Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_2729
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21960
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.18, T:0.32
Found at i:1096 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1041--1120 Score: 151
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
1031 AAAAAAAAGA
1041 AAGATTTCTGGCTTAGAACATCCGAGACTATAATCATTTG
1 AAGATTTCTGGCTTAGAACATCCGAGACTATAATCATTTG
*
1081 AAGATTTCTGGCTTAGAACATCCGAGACTATTATCATTTG
1 AAGATTTCTGGCTTAGAACATCCGAGACTATAATCATTTG
1121 CCTAGAGTGA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 39 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (40 bp):
AAGATTTCTGGCTTAGAACATCCGAGACTATAATCATTTG
Found at i:6505 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6442--7131 Score: 980
Period size: 47 Copynumber: 14.6 Consensus size: 47
6432 CCCTTCGGGA
* * *
6442 CTTATCACATTTATACACT-TCCACATCCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
6489 CTTATCACATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* * *
6536 CTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCACATTGGTCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
6583 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* * *
6630 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGT
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
6677 CTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
6724 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
6771 CTTATCACATATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* * *
6820 CTTATCGCACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
6867 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
6914 CTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
6961 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
*
7008 CTTATCACATATATATACACT-TTTACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
7057 CTTATCACATATATATACACT-TT-ACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
7105 CTTATCACATATATACACT-TTCACATT
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATT
7132 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 40, Indels: 18
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 15 0.03
47 447 0.75
48 31 0.05
49 99 0.17
50 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
Found at i:6882 original size:237 final size:237
Alignment explanation
Indices: 6463--7131 Score: 1100
Period size: 237 Copynumber: 2.8 Consensus size: 237
6453 TATACACTTC
* * *
6463 CACATCCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGG
1 CACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACA-TGTTCACATTCATCACATTGG
* * *
6527 CCATTCGGCCTTATCTC--ATATATGCA-TGTTCACATTCATCACATTGGTCATTCGGCCTTATC
65 CCATTCGGCCTTATCACATATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATC
6589 ACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCAC
129 ACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCAC
*
6654 ATTCATCACATTGGCCATTCGGTCTTATCTCATATATGCATGTT
194 ATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCTCATATATGCATGTT
6698 CACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGC
1 CACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGC
*
6763 CATTCGGCCTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCGC
66 CATTCGGCCTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCAC
6828 ACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACAT
131 ACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACAT
6893 TCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCTCATATATGCATGTT
196 TCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCTCATATATGCATGTT
6935 CACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGC
1 CACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGC
*
7000 CATTCGGCCTTATCACATATATATACACTTTTACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCAC
66 CATTCGGCCTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCAC
* * * * * *
7065 ATATATATACACT-TT-ACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATATACACT-TTC
131 --ACATACACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACA-TGTTC
7127 ACATT
192 ACATT
7132 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 16, Indels: 13
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
234 1 0.00
235 75 0.18
237 276 0.67
238 47 0.11
239 10 0.02
240 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (237 bp):
CACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGC
CATTCGGCCTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCAC
ACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACACATGTTCACAT
TCATCACATTGGCCATTCGGCCTTATCTCATATATGCATGTT
Found at i:8426 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 8410--8434 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
8400 TGCCCTTTAT
8410 TTTATGACATG
1 TTTATGACATG
8421 TTTATGACATG
1 TTTATGACATG
8432 TTT
1 TTT
8435 TTAGCCATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (11 bp):
TTTATGACATG
Found at i:11424 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 11301--12167 Score: 1177
Period size: 47 Copynumber: 18.3 Consensus size: 47
11291 TACATGATAG
*
11301 TATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG----TA
*
11352 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGGA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
11399 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
11446 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
11495 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
11542 TATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
* *
11590 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG-GCCGATGTGGT-
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG--AAAGT-GTA
* ** * * *
11638 GA-ATGTGA-AAGTG--TATAT---ATATGTGAT-AAGGCCT-AATG-GCCGA
1 TATATGTGATAAG-GCCTA-ATGGCCGATGTGATGAATG--TGAAAGTG--TA
* * *
11681 TGTGATG-AATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TAT-ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
*
11730 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
11777 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
11824 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
11871 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
*
11920 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
11967 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
12014 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* *
12061 TATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* * * * * *
12108 TATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
12155 TAAATGTGATAAG
1 TATATGTGATAAG
12168 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 43, Indels: 64
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.00
42 6 0.01
43 7 0.01
44 2 0.00
45 10 0.01
46 28 0.04
47 452 0.61
48 38 0.05
49 151 0.20
50 3 0.00
51 45 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:11628 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11607--11642 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
11597 GATAAGGCCT
11607 AATGGCCGATGTGATG
1 AATGGCCGATGTGATG
*
11623 AATGGCCGATGTGGTG
1 AATGGCCGATGTGATG
11639 AATG
1 AATG
11643 TGAAAGTGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 19 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.39, T:0.25
Consensus pattern (16 bp):
AATGGCCGATGTGATG
Found at i:11640 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 11559--11766 Score: 310
Period size: 75 Copynumber: 3.1 Consensus size: 65
11549 GATAAGGCCT
11559 AATGG-CGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
11623 AATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA--TG-TG
11688 AATAAGG
63 -AT---G
11695 CCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
1 ---AATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
*
11760 GTG
63 ATG
11763 AATG
1 AATG
11767 TGAAAGTGTA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 1, Indels: 21
0.86 0.01 0.14
Matches are distributed among these distances:
64 5 0.04
65 56 0.42
67 2 0.02
68 3 0.02
69 2 0.02
71 1 0.01
72 3 0.02
73 2 0.02
75 58 0.44
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.32, T:0.29
Consensus pattern (65 bp):
AATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:11699 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 11663--11716 Score: 99
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
11653 TATATATGTG
11663 ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
11689 ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGA
1 ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
11715 AT
1 AT
11717 GTGAAAGTGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (26 bp):
ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:11974 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 11301--12167 Score: 1161
Period size: 143 Copynumber: 6.1 Consensus size: 142
11291 TACATGATAG
* *
11301 TATATGTGATAAGGTCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATATGTGATAAGG
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATATGTGATAAGG
*
11366 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGGATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGAT
64 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGAT
11431 GAATGTGAAAGTGTA
128 GAATGTGAAAGTGTA
11446 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
* *
11511 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCGATGTGGTGAA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAA
11576 TGTGAAAGTGTATA
131 TGTGAAAGTG--TA
11590 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTG---A----TAA-GGCC-------T-AATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
** *
11655 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA--T--AAG-G--CCTA----AT--GGCC-G
50 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTA
11706 ATG----TG-G-TGAATGTGAAAGTGTATA
115 ATGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
11730 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
11793 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
11858 ATGTGAAAGTGTA
130 ATGTGAAAGTGTA
11871 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
*
11936 TAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
12001 ATGTGAAAGTGTA
130 ATGTGAAAGTGTA
*
12014 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
* * * * * * * *
12077 GAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
12142 ATGTGAAAGTGTA
130 ATGTGAAAGTGTA
*
12155 TAAATGTGATAAG
1 TATATGTGATAAG
12168 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 24, Indels: 86
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
122 37 0.06
124 29 0.04
125 1 0.00
126 3 0.00
127 1 0.00
129 2 0.00
132 4 0.01
133 5 0.01
135 4 0.01
136 2 0.00
137 2 0.00
140 26 0.04
141 149 0.23
142 25 0.04
143 222 0.34
144 10 0.02
145 43 0.07
146 3 0.00
147 5 0.01
149 2 0.00
151 3 0.00
152 4 0.01
153 2 0.00
155 1 0.00
156 3 0.00
158 1 0.00
159 1 0.00
160 67 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (142 bp):
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCGATGTGATGAA
TGTGAAAGTGTA
Found at i:13930 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 13567--13918 Score: 551
Period size: 40 Copynumber: 8.8 Consensus size: 40
13557 GAGAATTGAG
*
13567 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
13607 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
13647 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
13687 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
13727 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
13767 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAATAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
13807 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * ** *
13847 AGTGATATATCCGTGCTAAACCCCAAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * * *
13887 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
13919 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 21, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 291 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:17918 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 17795--18984 Score: 1922
Period size: 47 Copynumber: 25.3 Consensus size: 47
17785 TACATGATAG
*
17795 TATATGTGATAAGGCCTAATGGGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG----TA
*
17846 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGGA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
17893 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
17940 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTGTA
17989 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* *
18036 TATATATTATAA-G--TAAT-GCCGATGTGATGAA-GTG-AAGTG--
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18075 --TA--T-AT-AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18116 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18163 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
*
18212 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18259 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18306 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18353 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
*
18402 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
18451 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* *
18498 TATATGTGATAAGGCCTAGTGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
*
18547 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18594 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18641 TATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18688 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
*
18737 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18784 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18831 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18878 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* * * * * *
18925 TATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTA
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
*
18972 TAAATGTGATAAG
1 TATATGTGATAAG
18985 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 1084, Mismatches: 31, Indels: 52
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.00
34 3 0.00
35 1 0.00
36 4 0.00
37 15 0.01
38 3 0.00
39 5 0.00
41 5 0.00
42 3 0.00
43 16 0.01
44 4 0.00
45 1 0.00
46 3 0.00
47 694 0.64
49 282 0.26
51 44 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:18170 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 18080--18984 Score: 1558
Period size: 143 Copynumber: 6.3 Consensus size: 141
18070 AAGTGTATAT
18080 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
*
18145 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTA
66 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--
18210 TATATATGTGATA
129 TATATATGTGATA
18223 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
*
18288 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
66 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18353 TATATGTGATA
131 TATATGTGATA
18364 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
*
18429 GTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
64 GTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG
18494 TGTATATATGTGATA
127 TGTATATATGTGATA
*
18509 AGGCCTAGTGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAT
*
18574 GTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
64 GTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
18639 TATATATGTGATA
129 TATATATGTGATA
* *
18652 AGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
* *
18717 GGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG
66 GATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
18782 TATATATGTGATA
129 TATATATGTGATA
*
18795 AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
18860 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
66 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18925 TATATGTGATA
131 TATATGTGATA
* * * * * * * *
18936 GGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
18985 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 19, Indels: 14
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 195 0.26
143 401 0.54
145 141 0.19
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.31, T:0.30
Consensus pattern (141 bp):
AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGT
GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
TATATGTGATA
Found at i:18403 original size:190 final size:190
Alignment explanation
Indices: 17795--18984 Score: 1956
Period size: 190 Copynumber: 6.3 Consensus size: 190
17785 TACATGATAG
* *
17795 TATATGTGATAAGGCCTAATGGGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATATGTGATAAGG
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATATGTGATAAGG
* *
17860 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGGATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGAT
64 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
17925 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTGTA
129 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTGTA
*
17989 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATAT-T-ATAA-G--
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
*
18049 TAAT-GCCGATGTGATGAA-GTG-AAGTG----TA--T-AT-AGGCCTAATGGCCGATGTGGTGA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
18103 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
131 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18163 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
*
18228 TAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
18293 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
131 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
18353 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
*
18418 TAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
* *
18483 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAGTGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
129 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
18547 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
*
18610 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
18675 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
131 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
18737 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCC
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
18800 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
18865 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
131 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
* * * * * * *
18925 TATATGTGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATA-A-ATGTGATAAG
1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAG
18985 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 22, Indels: 50
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 58 0.06
175 1 0.00
176 80 0.08
177 3 0.00
178 1 0.00
179 4 0.00
180 15 0.02
181 3 0.00
182 5 0.01
184 5 0.01
185 3 0.00
186 16 0.02
187 4 0.00
188 51 0.05
189 4 0.00
190 461 0.48
191 1 0.00
192 146 0.15
194 91 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (190 bp):
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
Found at i:20920 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20875--21235 Score: 535
Period size: 40 Copynumber: 9.1 Consensus size: 40
20865 CGAATACACG
* * * *
20875 TCACCAGCATGATTGCTCTTCGGGACCTAGCCCGGATATA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* * ** ** * *
20915 ACACCAGCACAAATGCTCTTCGGGGTTTAGCACGGATATA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* *
20955 TCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
20995 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
21035 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* * *
21075 TCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAACCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
21115 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* * *
21155 TCACTAGCATGAATGCTCTTCAGAACTTAGCCCAGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
21195 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGAT-CA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
21234 TC
1 TC
21236 GTCGAGACCT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 30, Indels: 1
0.90 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 4 0.01
40 287 0.99
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
Found at i:21358 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 21289--21363 Score: 107
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
21279 GAATTTTAAT
*
21289 CCGGACATAATCTCTGTACATAGCCATCGGGTCTTTAC
1 CCGGACATAATCTCTGTACATAGCCAGCGGGTCTTTAC
* *
21327 CCGGACATAATCTCT-TCATATAGTCAGCGGGTCTTTA
1 CCGGACATAATCTCTGT-ACATAGCCAGCGGGTCTTTA
21364 AACTCGGATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 1 0.03
38 32 0.97
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (38 bp):
CCGGACATAATCTCTGTACATAGCCAGCGGGTCTTTAC
Done.