genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  205  of  221  ( 26413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60212657--60212726	25	2.8	25	95	0	122	48	12	1	37	1.50
60213097--60213147	16	3.1	16	82	5	57	29	1	0	68	1.00
60213656--60213686	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
60214542--60214598	3	19.0	3	92	7	98	0	64	0	35	0.93
60217003--60217039	18	1.9	18	89	10	56	45	2	10	40	1.53
60221040--60221089	24	2.1	24	81	3	57	24	16	14	46	1.83
60229385--60229493	55	2.0	55	94	0	191	25	7	24	42	1.80
60229640--60229790	17	9.3	16	67	18	55	58	1	3	37	1.23
60231765--60231833	29	2.3	29	82	9	77	34	8	8	47	1.65
60237351--60237411	23	2.7	22	77	7	61	4	16	6	72	1.24
60237337--60237397	31	2.0	31	83	0	77	4	18	6	70	1.27
60238020--60238070	25	2.1	24	88	3	75	62	5	1	29	1.29
60242039--60242099	31	2.0	31	87	6	88	24	21	21	32	1.98
60245139--60245169	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
60258034--60258092	30	1.9	31	89	3	93	42	10	11	35	1.76
60258360--60258403	23	2.0	23	86	4	63	43	6	2	47	1.42
60262495--60262528	17	2.0	17	88	0	50	29	11	2	55	1.50
60274407--60274456	23	2.2	23	86	13	68	50	24	8	18	1.73
60274422--60274468	22	2.1	22	84	7	60	59	19	4	17	1.53
60276618--60276684	27	2.5	27	87	0	98	22	23	28	25	1.99
60276634--60276691	27	2.1	27	87	0	80	27	25	24	22	2.00
60276640--60276697	27	2.1	27	80	0	62	27	25	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60277533--60277570	7	5.6	7	87	3	51	0	10	13	76	1.02
60280525--60280707	62	3.0	62	95	0	323	41	20	4	32	1.74
60281899--60281927	14	2.0	15	93	6	51	82	6	10	0	0.83
60281901--60281944	21	2.0	21	86	8	61	84	2	9	4	0.85
60282241--60282287	13	3.7	12	83	11	58	85	4	10	0	0.74
60282240--60282286	10	4.6	10	82	12	60	85	4	10	0	0.74
60283315--60283452	45	3.2	44	67	15	124	28	23	24	23	1.99
60283279--60283408	41	3.1	41	65	17	104	24	21	26	26	1.99
60283238--60283536	86	3.5	86	88	2	386	25	24	25	25	2.00
60283328--60283464	44	3.2	42	68	15	118	25	26	24	24	2.00
60283413--60283574	43	3.7	43	66	13	116	24	26	25	23	2.00
60283200--60283620	88	4.8	87	81	5	284	27	23	24	25	2.00
60283680--60284092	127	3.3	124	85	8	532	33	22	21	22	1.97
60283680--60284117	84	5.2	84	84	8	479	33	23	20	22	1.97
60283685--60284117	211	2.1	211	94	1	762	33	23	20	22	1.97
60286035--60286078	22	2.0	22	86	8	63	31	9	2	56	1.43
60295902--60295963	29	2.1	29	88	5	90	41	3	0	54	1.16
60295920--60295979	29	2.1	29	81	6	68	41	0	0	58	0.98
60296056--60296098	21	2.0	22	82	13	54	44	2	4	48	1.36
60302471--60302555	9	9.7	9	76	11	61	27	3	0	69	1.05
60303613--60303658	1	46.0	1	91	0	74	95	2	2	0	0.30
60303613--60303658	21	2.2	21	96	0	83	95	2	2	0	0.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60318633--60318691	31	1.9	31	82	0	73	5	16	6	71	1.26
60319312--60319362	25	2.1	24	88	3	75	62	5	1	29	1.29
60323337--60323397	31	2.0	31	87	6	88	24	21	21	32	1.98
60326448--60326481	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
60339385--60339443	30	1.9	31	89	3	93	42	10	11	35	1.76
60339711--60339754	23	2.0	23	86	4	63	43	6	2	47	1.42
60344055--60344088	17	2.0	17	88	0	50	29	11	2	55	1.50
60346639--60346712	29	2.5	29	86	4	94	48	14	14	21	1.80
60349023--60349064	16	2.6	16	84	0	57	28	21	11	38	1.89
60351071--60351111	18	2.1	20	86	13	59	63	2	4	29	1.28
60352449--60352480	15	2.0	17	88	11	50	46	0	3	50	1.17
60353734--60353811	37	2.1	38	83	7	97	35	23	16	24	1.95
60353702--60353837	40	3.4	41	75	12	140	33	24	17	25	1.97
60353993--60354039	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
60354360--60354395	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
60356372--60356557	42	4.4	42	78	6	198	33	29	16	20	1.95
60358440--60358478	21	1.9	20	89	5	60	28	5	38	28	1.78
60359454--60359529	15	5.3	15	73	17	54	38	36	0	25	1.56
60359495--60359522	14	2.0	14	100	0	56	35	50	0	14	1.43
60359472--60359527	21	2.7	21	69	5	51	37	39	0	23	1.55
60359770--60359798	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
60359778--60359830	21	2.5	22	81	9	65	39	39	0	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60359797--60359846	14	3.6	14	74	15	50	38	40	0	22	1.54
60359794--60359860	28	2.4	27	82	5	80	44	35	0	19	1.51
60360130--60360324	41	4.8	41	94	0	327	29	26	23	20	1.99
60360364--60360500	40	3.4	41	83	6	140	21	16	22	39	1.92
60360681--60360706	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
60363424--60363465	16	2.7	15	89	10	59	69	7	2	21	1.25
60370928--60370961	17	2.0	17	88	0	50	67	2	5	23	1.26
60377474--60377508	18	1.9	18	94	0	61	31	11	11	45	1.76
60377781--60377855	23	3.5	22	69	22	70	33	5	18	42	1.73
60377767--60377885	40	3.0	40	94	0	202	31	5	17	46	1.70
60377804--60377872	17	3.7	17	70	20	57	30	2	18	47	1.63
60379898--60379984	33	2.6	33	96	0	165	31	24	24	20	1.98
60389533--60389567	16	2.2	16	89	0	52	48	20	2	28	1.63
60408038--60408203	43	3.9	43	79	9	178	20	19	27	32	1.97
60412635--60412741	20	5.3	20	71	19	89	38	0	1	58	1.15
60412635--60412752	10	12.0	9	72	23	71	38	0	1	59	1.14
60412639--60412708	9	7.2	9	76	20	54	42	0	0	57	0.99
60412715--60412769	26	2.0	28	89	6	87	36	0	5	58	1.21
60413730--60413767	17	2.4	17	86	8	53	52	0	2	44	1.14
60414542--60414588	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
60420282--60420319	19	2.0	19	100	0	76	36	0	0	63	0.95
60435076--60435253	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60435077--60435232	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60435073--60435253	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60435158--60435264	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
60437037--60437077	18	2.3	18	100	0	82	26	24	21	26	2.00
60439286--60439331	16	3.0	16	71	9	51	58	6	0	34	1.24
60439838--60439921	22	3.8	22	79	0	96	66	10	4	17	1.39
60441335--60441393	30	2.0	29	83	6	75	37	1	3	57	1.25
60441878--60441909	7	4.6	7	100	0	64	59	0	0	40	0.97
60449949--60449973	3	8.3	3	100	0	50	0	32	36	32	1.58
60456069--60456120	17	3.0	17	77	2	59	28	0	0	71	0.87
60456091--60456190	38	2.6	38	92	4	157	35	2	0	63	1.06
60456164--60456203	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
60456163--60456217	21	2.5	20	80	13	56	38	1	3	56	1.28
60461449--60461478	11	2.7	11	94	0	51	76	0	23	0	0.78
60471322--60471353	6	5.3	6	92	0	55	0	18	37	43	1.51
60476192--60476240	24	2.2	24	86	13	70	48	0	2	48	1.12
60476222--60476279	30	1.9	30	89	6	91	51	0	1	46	1.11
60477664--60477709	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
60478143--60478180	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
60482963--60482988	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60498967--60498999	16	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
60499418--60499465	23	2.0	25	84	11	66	45	6	8	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60502622--60502659	17	2.1	19	85	9	53	21	13	10	55	1.67
60517727--60517769	19	2.3	18	84	11	52	37	0	0	62	0.95
60523189--60523228	15	2.7	15	96	0	71	17	50	32	0	1.47
60523184--60523226	15	2.6	17	82	17	63	16	51	32	0	1.45
60530462--60530502	16	2.6	16	85	11	50	65	14	0	19	1.26
60538768--60538796	10	2.9	10	100	0	58	0	31	41	27	1.56
60544449--60544477	15	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
60553692--60553770	39	2.0	39	95	0	140	54	13	11	20	1.70
60554668--60554732	31	2.1	31	82	0	76	44	10	7	36	1.68
60554858--60554895	20	2.0	20	84	5	51	57	2	0	39	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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