genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21753784--21753835	6	8.3	6	83	8	50	1	9	5	82	0.90
21753752--21753847	38	2.4	38	86	6	120	7	10	7	75	1.20
21757982--21758015	18	1.9	17	88	5	50	64	17	0	17	1.29
21765592--21765646	24	2.2	24	84	9	67	34	1	1	61	1.17
21766519--21766581	21	3.1	20	77	9	65	50	1	1	46	1.20
21766514--21766591	41	1.9	40	82	7	95	52	1	1	44	1.17
21767976--21768006	12	2.7	11	90	9	53	0	19	3	77	0.90
21768996--21769022	14	1.9	14	100	0	54	29	18	7	44	1.77
21777081--21777278	50	3.8	50	82	6	182	28	20	26	24	1.99
21783955--21784070	56	2.2	52	83	9	137	29	19	26	24	1.99
21787580--21787707	61	2.1	61	91	0	202	25	29	21	23	1.99
21797195--21797274	25	3.2	25	72	22	69	26	21	28	23	1.99
21797204--21797276	25	2.9	25	82	13	96	26	21	28	23	1.99
21798759--21798941	40	4.6	40	84	2	172	32	15	20	30	1.94
21806670--21806719	18	2.9	16	76	23	57	24	2	2	72	1.06
21806668--21806716	13	4.2	12	75	14	50	24	2	2	71	1.07
21806681--21806731	25	2.0	25	88	7	77	25	5	0	68	1.12
21807855--21808045	101	1.9	100	86	6	269	27	14	27	30	1.95
21808031--21808077	20	2.4	19	82	10	58	78	0	2	19	0.85
21808645--21808679	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
21820676--21820716	22	1.9	22	90	5	66	17	17	2	63	1.42
21820928--21820952	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21822612--21822691	41	2.0	41	87	0	115	26	18	23	31	1.98
21825525--21825550	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21825525--21825591	21	3.2	19	73	12	53	68	1	2	26	1.12
21826674--21826705	13	2.5	13	95	5	57	56	0	40	3	1.15
21827181--21827228	21	2.2	22	85	3	62	41	6	0	52	1.27
21833303--21833495	106	1.8	106	89	2	307	38	17	19	23	1.93
21838382--21838563	79	2.3	81	83	7	221	25	27	21	25	2.00
21838382--21838563	40	4.6	40	83	6	219	25	27	21	25	2.00
21841332--21841444	45	2.5	45	84	2	138	44	15	17	22	1.87
21844701--21844878	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
21844701--21844878	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
21860308--21860394	45	1.9	45	95	0	156	24	16	25	34	1.95
21867100--21867136	17	2.1	18	85	14	51	16	40	0	43	1.48
21872959--21873484	27	19.7	27	79	6	432	40	19	15	24	1.90
21872959--21873496	107	5.0	106	80	6	577	40	19	15	24	1.90
21872959--21873485	134	3.9	134	76	7	464	40	19	15	24	1.90
21876424--21876713	27	10.7	28	83	7	278	40	19	14	25	1.89
21876424--21876713	54	5.4	54	80	10	315	40	19	14	25	1.89
21876424--21876714	107	2.7	108	87	4	417	40	19	14	25	1.90
21890440--21890568	49	2.6	50	81	6	147	22	24	20	32	1.98
21890528--21890686	50	3.1	50	80	5	138	22	28	20	28	1.98
21904737--21905045	40	7.7	40	98	0	546	29	20	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21913413--21913721	40	7.7	40	98	0	546	29	20	28	22	1.98
21919968--21920003	13	2.8	13	91	0	54	30	33	8	27	1.86
21936105--21936158	25	2.2	25	83	12	67	55	0	3	40	1.17
21936816--21936886	30	2.3	32	80	14	94	49	8	7	35	1.60
21948093--21948154	30	2.1	30	87	0	88	48	9	8	33	1.65
21957003--21957043	17	2.4	16	84	11	55	21	0	0	78	0.76
21962883--21962907	10	2.5	10	100	0	50	68	8	8	16	1.38
21963914--21963989	3	25.7	3	75	12	50	27	3	3	64	1.29
21964957--21965033	37	2.1	37	87	4	111	19	24	22	33	1.97
21978877--21979136	43	6.1	43	75	6	206	28	24	18	29	1.98
21978990--21979179	84	2.2	84	79	4	195	32	23	15	29	1.95
21995591--21995617	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
21995760--21995843	31	2.7	31	85	3	116	34	14	30	20	1.92
22000371--22000420	21	2.4	21	89	0	73	56	4	2	38	1.30
22004121--22004266	25	5.8	25	85	6	161	30	21	21	26	1.98
22004123--22004266	52	2.8	50	84	8	175	30	22	21	25	1.99
22010900--22010980	25	3.2	25	72	10	67	25	19	23	30	1.98
22021149--22021283	72	1.9	72	88	0	207	35	22	15	26	1.94
22023534--22023575	22	1.9	22	100	0	84	40	11	19	28	1.87
22024590--22024653	23	2.8	24	83	9	80	39	18	12	29	1.88
22044972--22045014	21	2.0	21	82	8	52	46	2	18	32	1.62
22053365--22053512	57	2.6	56	82	9	176	54	3	0	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22053490--22053539	24	2.1	23	82	10	57	60	2	2	36	1.20
22056511--22056554	21	2.0	22	86	4	63	18	4	13	63	1.46
22057972--22058183	101	2.1	101	90	0	334	22	22	20	34	1.96
22065245--22065343	23	4.3	23	89	5	155	22	20	26	31	1.98
22065547--22065594	23	2.0	25	84	8	64	39	0	22	37	1.55
22069231--22069255	9	2.8	9	100	0	50	72	0	20	8	1.10
22069362--22069403	18	2.3	18	87	0	57	73	2	16	7	1.15
22071841--22071910	31	2.2	32	82	9	83	25	28	12	32	1.93
22078229--22078274	22	2.1	22	100	0	92	13	8	17	60	1.56
22081847--22081900	20	2.7	20	88	0	81	29	12	33	24	1.92
22082186--22082226	14	2.7	15	85	7	57	21	2	2	73	1.07
22086020--22086071	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
22095058--22095111	20	2.7	20	79	0	63	29	12	33	24	1.92
22099647--22099688	22	2.0	21	90	4	66	54	11	0	33	1.37
22101556--22101614	15	4.1	15	72	20	54	6	16	0	76	1.00
22101570--22101604	9	4.1	8	86	13	52	0	14	0	85	0.59
22101556--22101616	21	2.9	21	78	7	79	6	16	0	77	0.98
22101596--22101630	12	2.8	12	91	4	52	11	20	0	68	1.20
22102776--22102832	10	5.8	10	78	10	64	17	0	3	78	0.88
22102785--22102832	20	2.4	20	96	0	87	16	0	4	79	0.89
22103066--22103130	31	2.1	31	97	0	121	49	20	9	21	1.76
22114797--22114850	19	2.8	20	77	2	56	25	25	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22117018--22117074	23	2.5	23	85	5	71	59	10	3	26	1.46
22123485--22123662	27	6.6	26	79	6	160	26	16	28	28	1.97
22123485--22123662	54	3.3	55	79	10	186	26	16	28	28	1.97
22123486--22123641	82	1.9	81	85	3	215	26	17	28	28	1.97
22123482--22123662	82	2.2	81	81	2	211	26	17	27	28	1.97
22127986--22128029	24	1.9	22	86	9	61	29	11	9	50	1.69
22128980--22129026	24	2.0	24	100	0	94	19	8	25	46	1.77
22132801--22132846	15	3.2	15	81	12	69	28	8	13	50	1.70
22135432--22135619	35	5.4	34	70	8	128	27	24	25	23	2.00
22135426--22135660	70	3.3	70	90	4	350	26	24	24	24	2.00
22136645--22136708	27	2.4	27	82	10	69	48	9	1	40	1.45
22146040--22146237	98	2.0	98	90	1	308	49	17	14	18	1.80
22151583--22151607	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22152252--22152677	126	3.4	126	90	1	644	30	17	23	28	1.97
22153279--22153645	22	17.0	22	86	3	494	22	0	30	46	1.54
22153279--22153645	65	5.7	65	89	3	526	22	0	30	46	1.54
22153279--22153645	87	4.2	88	86	2	512	22	0	30	46	1.54
22154229--22154271	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
22155063--22155100	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
22156038--22156137	51	2.0	51	86	4	139	46	2	25	27	1.64
22156115--22156173	22	2.7	21	75	19	57	42	0	30	27	1.56
22157368--22157414	17	2.7	18	90	9	80	70	4	0	25	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22157368--22157406	16	2.4	16	95	4	69	71	5	0	23	1.05
22157458--22157572	9	12.2	9	72	15	74	60	4	0	33	1.22
22157461--22157573	19	6.0	18	73	17	86	59	4	0	35	1.24
22157462--22157537	21	3.9	20	77	17	79	57	5	1	35	1.29
22157462--22157573	28	3.9	28	76	12	88	59	4	0	34	1.23
22159705--22159744	5	8.0	5	94	0	53	32	0	5	62	1.17
22170284--22170550	40	6.7	40	95	0	480	30	20	27	21	1.98
22172948--22173070	27	4.6	27	76	8	115	21	12	21	45	1.83
22172948--22173070	54	2.3	54	84	5	160	21	12	21	45	1.83
22173575--22173616	12	3.5	12	75	12	50	23	42	0	33	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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