Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_2932
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21013
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.17, T:0.31
Found at i:6961 original size:73 final size:75
Alignment explanation
Indices: 6884--7063 Score: 219
Period size: 73 Copynumber: 2.4 Consensus size: 75
6874 TAGCCGGTTA
*
6884 TAGTAACTCGCACAATGCCTT-AGTCTTAGCC-G-TATAGTAACTCGTACAAATGCCTTCGGGAC
1 TAGTAACTCGCACAATGCCTTCAGACTTAGCCGGATATAGTAACTCG-ACAAATGCCTTCGGG-C
*
6946 TTAGCCCGG-GT
64 TTAGCCCGGAAT
*
6957 TAGTAACTCGCA-AATG-CTTCGGGACTTAGCCGGATATAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGGCT
1 TAGTAACTCGCACAATGCCTTC-AGACTTAGCCGGATATAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGGCT
7020 TAGCCCGGAAT
65 TAGCCCGGAAT
* * **
7031 TAGTCACTAGCACAAATGCCTTGGGACTTAGCC
1 TAGTAACTCGCAC-AATGCCTTCAGACTTAGCC
7064 CGGTTATCAT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 6, Indels: 13
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
71 3 0.03
72 4 0.04
73 30 0.32
74 27 0.29
75 12 0.13
76 14 0.15
77 3 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (75 bp):
TAGTAACTCGCACAATGCCTTCAGACTTAGCCGGATATAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGGCTT
AGCCCGGAAT
Found at i:6964 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 6918--7066 Score: 200
Period size: 39 Copynumber: 3.9 Consensus size: 38
6908 CTTAGCCGTA
*
6918 TAGTAACTCGTACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGGT
1 TAGTAACTCG-ACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
6957 TAGTAACTCG-CAAATG-CTTCGGGACTTAG-CCGGAT
1 TAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
6992 ATAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAAT
1 -TAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGG-AT
* *
7031 TAGTCACTAGCACAAATGCCTT-GGGACTTAGCCCGG
1 TAGTAACTCG-ACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGG
7067 TTATCATCCA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 3, Indels: 14
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
35 5 0.05
36 23 0.23
37 17 0.17
38 22 0.22
39 33 0.33
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TAGTAACTCGACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
Found at i:11302 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 11239--11390 Score: 232
Period size: 27 Copynumber: 5.6 Consensus size: 27
11229 ATATTAAGTC
* * *
11239 CGCACACTCAGTGCTATATAATCAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACT
*
11266 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTC-AACT
11294 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACT
11321 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTC-AACT
* *
11349 CGCACACTTAGTGCTAGATAGTCAATT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACT
11376 CGCACACTTAGTGCT
1 CGCACACTTAGTGCT
11391 GCACAATTTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 5, Indels: 4
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 66 0.56
28 52 0.44
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (27 bp):
CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACT
Found at i:11323 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 11239--11390 Score: 250
Period size: 55 Copynumber: 2.8 Consensus size: 55
11229 ATATTAAGTC
* * *
11239 CGCACACTCAGTGCTATATAATCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
11294 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
* *
11349 CGCACACTTAGTGCTAGATAGTCAATTCGCACACTTAGTGCT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACTCGCACACTTAGTGCT
11391 GCACAATTTA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 6, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 91 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (55 bp):
CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAACTCGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
Found at i:18131 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 18073--18638 Score: 951
Period size: 47 Copynumber: 12.3 Consensus size: 47
18063 CAGCCAAGAC
*
18073 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
18120 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
18167 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
18214 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
18261 AGTGTATATATATG-T---G-AT-ATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
18302 AGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
18349 AGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
18396 AGTGTATATGTGTGATAA-G-CTAATGG-CGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
18440 AGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
18487 AGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
18534 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGAT-TGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
18579 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
18625 AGTG-ATATATGTGA
1 AGTGTATATATGTGA
18639 CAGGGCGAGT
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 11, Indels: 24
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 35 0.07
42 2 0.00
43 1 0.00
44 37 0.07
45 62 0.12
46 31 0.06
47 329 0.66
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.31
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
Found at i:18668 original size:320 final size:322
Alignment explanation
Indices: 18073--18686 Score: 940
Period size: 320 Copynumber: 1.9 Consensus size: 322
18063 CAGCCAAGAC
18073 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
18138 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTG
18203 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
131 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
* * *
18268 ATATATGTGATATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATAGCCG
196 ATATATGTGATATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCA
* * **
18333 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
261 ACGTGATGAATGTG-AAGTGCATAAATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * *
18396 AGTGTATATGTGTGATAA-G-CTAAT-GGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* *
18458 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
66 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTG
18523 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGAT-TGATGAATGTGAAAGTGTAT
131 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
* * * * *
18586 ATATGTGATAAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATATGTGA-CAGGGCGAG
196 ATATATG-T---G-AT-ATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
*
18648 T-GCCAACGTGATGGATGTGAAGTGCATAAATGTGATAAG
255 TAGCCAACGTGATGAATGTGAAGTGCATAAATGTGATAAG
18687 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 18, Indels: 16
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
318 26 0.10
319 22 0.08
320 153 0.57
321 11 0.04
322 11 0.04
323 42 0.16
324 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (322 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTG
ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
ATATATGTGATATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCCA
ACGTGATGAATGTGAAGTGCATAAATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
Done.