Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_3096
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20239
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.22, T:0.32
Found at i:154 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1--479 Score: 778
Period size: 47 Copynumber: 10.0 Consensus size: 47
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAA
50 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAA
99 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
146 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* *
193 GGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAA
242 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAA
291 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* *
338 GGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATGA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* *
385 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAG
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* * * * * *
432 GGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAA
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
479 G
1 G
480 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 18, Indels: 6
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 234 0.57
49 176 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
Found at i:333 original size:192 final size:192
Alignment explanation
Indices: 1--479 Score: 831
Period size: 192 Copynumber: 2.5 Consensus size: 192
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
66 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
66 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
131 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
131 GTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* *
193 GGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
258 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
66 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
*
323 GTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATGA
131 GTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
* * * * * *
385 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACG
1 GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
*
448 TGATGGATGTGAAAGTGTATA-A-ATGTGATAAG
66 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAG
480 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 13, Indels: 4
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
188 10 0.04
189 1 0.00
190 44 0.16
192 219 0.80
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (192 bp):
GGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
TGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
GTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA
Found at i:2763 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2704--3001 Score: 421
Period size: 40 Copynumber: 7.6 Consensus size: 40
2694 AGGTCTCGAC
2704 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
2743 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2783 GA--TATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
2820 GATGTATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
2859 GATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* *
2899 GATGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * * *
2938 AATATATCCGTGCTAA-ACCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * *
2978 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAA
3002 CGGCTCGTAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 17, Indels: 15
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
37 22 0.09
38 22 0.09
39 74 0.32
40 114 0.49
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:2859 original size:116 final size:117
Alignment explanation
Indices: 2704--3001 Score: 424
Period size: 116 Copynumber: 2.5 Consensus size: 117
2694 AGGTCTCGAC
2704 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
1 GATGTATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
*
2768 AGCATTCGTGCTAGTGA-TATCCGGGCTAAG-TCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
65 AGCATTCATGCTAGTGAGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
2820 GATGTATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGA
1 GATGTATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
*
2885 GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
66 GCATTCATGCTAGTGA-GTATCCGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * * * * *
2938 AATATATCCGTGCTAA-ACCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAA
1 GATGTATCCG-GCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAA
3002 CGGCTCGTAT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 12, Indels: 9
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
116 74 0.45
117 11 0.07
118 36 0.22
119 43 0.26
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (117 bp):
GATGTATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGA
GCATTCATGCTAGTGAGTATCCGGCTAAGTTCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:2909 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 2704--3001 Score: 430
Period size: 79 Copynumber: 3.8 Consensus size: 80
2694 AGGTCTCGAC
2704 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
2768 AGCATTCGTGCTAGT
66 AGCATTCGTGCTAGT
2783 GA--TATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCC-GGCTAAGTCCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
*
2844 AGCATTCATGCTAGT
66 AGCATTCGTGCTAGT
* *
2859 GATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCC-GGCTAAGTTCCGAAG
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
2923 AGCATTCGTGCTAGT
66 AGCATTCGTGCTAGT
* * * * * * * * *
2938 AATATATCCGTGCTAA-ACCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAA
3002 CGGCTCGTAT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 15, Indels: 11
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
76 31 0.16
77 30 0.15
78 28 0.14
79 97 0.49
80 12 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (80 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAG
AGCATTCGTGCTAGT
Found at i:6109 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6026--6694 Score: 929
Period size: 47 Copynumber: 14.6 Consensus size: 47
6016 GATAATTGTG
* *
6026 ATGTGGAATTGTATATATGTGATATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTG--ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6075 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
6122 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT-ATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
6168 ATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6214 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6261 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAGAGTGTGATGAA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC-GA-TGTGATG-A
6311 TGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAATGG-CGATGTG-TG-
1 --ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
6356 ATGTGAAAGTG--TATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6400 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
6446 ATGTG-AAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
6494 ATG-G---GTGTTATATATGT--T-----CTAAT-GCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG-TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6530 ATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6576 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
6622 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6669 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6695 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 23, Indels: 62
0.87 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
36 16 0.03
37 6 0.01
38 9 0.02
39 3 0.01
40 4 0.01
41 17 0.03
42 8 0.01
43 13 0.02
44 20 0.04
45 37 0.07
46 125 0.22
47 228 0.40
48 18 0.03
49 28 0.05
50 2 0.00
51 6 0.01
52 27 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:6182 original size:139 final size:141
Alignment explanation
Indices: 6026--6694 Score: 929
Period size: 139 Copynumber: 4.9 Consensus size: 141
6016 GATAATTGTG
* *
6026 ATGTGGAATTGTATATATGTGATATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTG--ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
6091 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCC-TATG
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATG
6155 GCCGATGTGATGA
129 GCCGATGTGATGA
6168 ATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
6232 GTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGC
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGC
6297 CAGAGTGTGATGAA
131 C-GA-TGTGATG-A
6311 TGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAATGG-CGATGTG-TG-ATGTGAAAGTG--TAT
1 --ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
6370 ATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATG
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATG
6434 GCC-ATGTGATGA
129 GCCGATGTGATGA
6446 ATGTG-AAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG-G---GTGTTATA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG-TATA
*
6506 TATGT--T-----CTAAT-GCCGATGTGATGAATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
63 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAAT
*
6562 AGCCGATGTGATGA
128 GGCCGATGTGATGA
*
6576 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* * * * * * * *
6640 GTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6695 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 15, Indels: 64
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
128 16 0.03
129 51 0.11
130 32 0.07
131 19 0.04
132 8 0.02
133 5 0.01
134 19 0.04
135 9 0.02
136 14 0.03
137 11 0.02
138 6 0.01
139 174 0.36
140 35 0.07
141 16 0.03
142 23 0.05
143 3 0.01
144 7 0.01
145 12 0.02
146 21 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (141 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGC
CGATGTGATGA
Found at i:6383 original size:186 final size:185
Alignment explanation
Indices: 6026--6694 Score: 939
Period size: 186 Copynumber: 3.7 Consensus size: 185
6016 GATAATTGTG
* *
6026 ATGTGGAATTGTATATATGTGATATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTG--ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
6091 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGA-ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT-AT
64 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGG-CTAAT
6154 GGCCGATGTGATGAATGTGAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
128 GG-CGATGTGATGAATGTGAAGTG-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6214 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
6279 GTGATAAGGCCGAATGGCCAGAGTGTGATGAATGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCTAA
66 GTGATAAGGCCGAATGGCC-GA-TGTGATG-A-GATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCTAA
6344 TGGCGATGTG-TG-ATGTGAAAGTG-TATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
127 TGGCGATGTGATGAATGTG-AAGTGATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6400 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATGAATGTG-AAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT
*
6463 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA-ATG-G---GTGTTATATATGT--T----CTAAT
64 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAGATGTGAAAGTG-TATATATGTGATAAGGCTAAT
* *
6517 GCCGATGTGATGAATGTGAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
128 GGCGATGTGATGAATGTGAAGTG-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
6576 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* * * * * *
6640 GTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG-GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
6695 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 17, Indels: 59
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 13 0.03
173 7 0.02
174 5 0.01
175 45 0.10
176 69 0.16
177 8 0.02
178 17 0.04
179 3 0.01
180 2 0.00
181 3 0.01
183 1 0.00
184 12 0.03
185 16 0.04
186 145 0.33
187 12 0.03
188 31 0.07
189 8 0.02
190 9 0.02
191 31 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (185 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCTAATGGC
GATGTGATGAATGTGAAGTGATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:6544 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 6475--6548 Score: 105
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 37
6465 GTGATAAGGC
**
6475 CTAATGGCCGATGTGATGAATGGGTGTTATATATGTT
1 CTAATGGCCGATGTGATGAATGGAAGTTATATATGTT
6512 CTAAT-GCCGATGTGATGAATGTGAAGTGTATATATGT
1 CTAATGGCCGATGTGATGAATG-GAAGT-TATATATGT
6549 GATAAGGCCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 16 0.48
37 8 0.24
38 9 0.27
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.28, T:0.36
Consensus pattern (37 bp):
CTAATGGCCGATGTGATGAATGGAAGTTATATATGTT
Found at i:9125 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 8897--9185 Score: 256
Period size: 40 Copynumber: 7.7 Consensus size: 39
8887 AGGTCTCGAC
8897 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-TGCTAGT
* *
8936 GATG--T-CAGG-TAAGT--CAAAG-GCATTCGTGCTA--
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-TGCTAGT
8967 G-TG-ATCCGGGCT-AGTCCCGAAGAGCATTCTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCTGCTAGT
* *
9003 GATGTATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCTGCTAGT
*
9042 GATGTAT-C-GACT-AGTCCCG-AG-GCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-TGCTAGT
* *
9077 GATGTATCCGGTCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-TGCTAGT
* * * * *
9117 AATATATCCGTGCTAA-ACCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTC-TGCTAGT
* * *
9157 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
9186 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 24, Indels: 37
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.01
31 2 0.01
32 6 0.03
33 12 0.06
34 19 0.09
35 21 0.10
36 14 0.07
37 11 0.05
38 16 0.08
39 37 0.18
40 65 0.31
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCTGCTAGT
Found at i:9180 original size:80 final size:75
Alignment explanation
Indices: 8982--9185 Score: 223
Period size: 74 Copynumber: 2.7 Consensus size: 75
8972 CCGGGCTAGT
* * *
8982 CCCGAAGAGCATTCTGCTAGTGATGTATTCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAGCTAGTGATGT
1 CCCGAAGAGCATTCTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAGCTAGTAATAT
**
9047 ATCGACTAGT
66 ATCGACTAAA
* * *
9057 CCCG-AG-GCATTCATGCTAGTGATGTATCCGGTCTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTAAT
1 CCCGAAGAGCATTC-TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTC-AGCTAGTAAT
*
9120 ATATCCGTGCTAAA
64 ATAT-CG-ACTAAA
* * * *
9134 CCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 CC-CGAAGAGCATTC-TGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
9186 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 16, Indels: 9
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
73 6 0.06
74 38 0.36
75 15 0.14
76 2 0.02
77 5 0.05
78 2 0.02
79 2 0.02
80 36 0.34
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (75 bp):
CCCGAAGAGCATTCTGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCAGCTAGTAATAT
ATCGACTAAA
Found at i:12854 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 12725--13367 Score: 1022
Period size: 47 Copynumber: 13.6 Consensus size: 47
12715 GATAATTGTG
* *
12725 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
12772 ATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
12818 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
12867 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
12914 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
12961 ATGTG-AAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
13009 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
13056 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
13103 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
13152 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGTCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
13201 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
13248 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * *
13295 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA-CAGGGCTGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT-AATGGCCGATGTGATGA
*
13342 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
13368 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 27, Indels: 19
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 53 0.09
47 321 0.57
48 41 0.07
49 144 0.26
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:19761 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 19729--19782 Score: 108
Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
19719 TTGATTCTGG
19729 GAGCCGTTTGAAGGGAGTTGTGAGATTA
1 GAGCCGTTTGAAGGGAGTTGTGAGATTA
19757 GAGCCGTTTGAAGGGAGTTGTGAGAT
1 GAGCCGTTTGAAGGGAGTTGTGAGAT
19783 CTTTCGGGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 26 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.41, T:0.28
Consensus pattern (28 bp):
GAGCCGTTTGAAGGGAGTTGTGAGATTA
Done.