Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_3589
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18004
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.33
Found at i:3814 original size:148 final size:145
Alignment explanation
Indices: 3536--4122 Score: 946
Period size: 148 Copynumber: 4.0 Consensus size: 145
3526 TAGTATGGCG
*
3536 TAATGGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
3601 GAATGTGAAAGTGTAATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
66 GAATGTGAAAGTG---TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
3666 TATATATGTGATAAGGCC
128 TATATATGTGATAAGGCC
3684 TTAATGGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATAGGCCGATGT
1 -TAAT-GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAAT-GGCCGATGT
*
3749 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
63 GATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTA
3814 TATATATGTGATAAGGCC
128 TATATATGTGATAAGGCC
3832 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGATAAGTGTATATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGA-AAGTGTATATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
3897 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCGCGATGTGATGAAATGTGAAAGTGT
64 ATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGC-CGATGTGATG-AATGTGAAAGTGT
3962 ATATATATAGTGAATAAGGCC
127 ATATATAT-GTG-ATAAGGCC
*
3983 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT-TGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
* * * * * * *
4047 GAATGTGGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATA
66 GAATGT-GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
4112 -A-ATGTGATAAG
130 TATATGTGATAAG
4123 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 11, Indels: 24
0.92 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
143 5 0.01
144 3 0.01
145 2 0.00
146 21 0.05
147 81 0.19
148 134 0.32
149 60 0.14
150 55 0.13
151 57 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (145 bp):
TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
ATATGTGATAAGGCC
Found at i:3953 original size:100 final size:97
Alignment explanation
Indices: 3536--4122 Score: 900
Period size: 100 Copynumber: 6.0 Consensus size: 97
3526 TAGTATGGCG
*
3536 TAATGGCTGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
3601 GAATGTGAAAGTGTAATATATATGTGATAAGGCC
66 GAATGTGAAAGTG--ATATATATGTGATAAGGCC
3635 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTTAATGGGCCGATGTG
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC-TAAT-GGCCGATGTG
3700 ATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
64 ATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCC
*
3735 TAATAGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGA
1 TAAT-GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA
3798 TGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC
65 TGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGGCC
3832 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGATAAGTGTATATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGA-AAGTGTATATATA-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG
3897 ATGAATGTGAAAGTG-TATATATGTGATAAGGCC
64 ATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCC
3930 TAATGGCGCGATGTGATGAAATGTGAAAGTGTATATATATAGTGAATAAGGCCTAATGGCCGATG
1 TAATGGC-CGATGTGATG-AATGTGAAAGTGTATATATAT-GTG-ATAAGGCCTAATGGCCGATG
3995 TGATGAATGTGAAAGTTG-TATATATGTGATAAGGCC
62 TGATGAATGTGAAAG-TGATATATATGTGATAAGGCC
* * * * * *
4031 TAATGGCCGATGTGATGAATGTGGAAAGTG--TATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGA
1 TAATGGCCGATGTGATGAATGT-GAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA
* *
4094 TGGATGTGAAAGTG-TATAAATGTGATAAG
65 TGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAG
4123 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 12, Indels: 30
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
95 16 0.03
96 48 0.10
97 56 0.12
98 37 0.08
99 103 0.22
100 126 0.27
101 77 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (97 bp):
TAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
GAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGGCC
Found at i:3993 original size:247 final size:247
Alignment explanation
Indices: 3544--4122 Score: 937
Period size: 247 Copynumber: 2.4 Consensus size: 247
3534 CGTAATGGCT
3544 GATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 GATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
3609 AAGTGTA-ATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATAT
66 AAGTGTATATATAT-TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATATAT
3673 GTGATAAGGCCTTAATGGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAA
129 GTGATAAGGCCTTAATGGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAA
3738 TAGGCCGATGTGATGAATGTGAAAG-TGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCC
194 TAGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCC
3791 GATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
1 GATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
3856 TAAGTGTATATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG-TATATATG
66 -AAGTGTATATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATG
3920 TGATAAGGCC-TAAT-GGCGCGATGTGATGAAATGTGAAAGTGTATATATATAGTGAATAAGGCC
130 TGATAAGGCCTTAATGGGC-CGATGTGATG-AATGTGAAAGTGTATATATAT-GTG-ATAAGGCC
*
3983 TAAT-GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC
191 TAATAGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCC
* * * * * * *
4039 GATGTGATGAATGTGGAAAGTG--TATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTG
1 GATGTGATGAATGT-GAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG
4102 AAAGTGTATA-A-A-TGTGATAAG
65 AAAGTGTATATATATTGTGATAAG
4123 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 8, Indels: 20
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
243 9 0.03
244 4 0.01
245 15 0.05
246 48 0.15
247 126 0.40
248 101 0.32
249 13 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (247 bp):
GATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGA
AAGTGTATATATATTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATGT
GATAAGGCCTTAATGGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATA
GGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCC
Found at i:5106 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 5042--5455 Score: 476
Period size: 48 Copynumber: 8.7 Consensus size: 48
5032 GGGATAGGGG
* *
5042 TGTTACAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCAATGCCA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* *
5090 TGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* ** * *
5138 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGTCGATGCCA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* * * * *
5186 TGTCCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGTC-ATACTA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* * ** * *
5233 TGTTCCAAACATTGGTCTTACACTGGCTCACATATCGAGGCCGATACCA
1 TGTTCCAAACA-TGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* * *
5282 TG-TCCAGACATGGTCTTACACTAGCTCTCATTTAAATGCCGATACCA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* ** *
5329 TGTTCCAAACATGGTCTTACACT-GCTCACATATCGAGGCC-ATGCCA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* ** * * *
5375 TGTCCCAGGCATGGTCTTATACAAGCTCTCATATAAATGCTGATGCCA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
* *
5423 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTGGCTCACATA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATA
5456 CCCCTAGTAT
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 59, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 23 0.08
47 70 0.23
48 202 0.67
49 7 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (48 bp):
TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
Found at i:5211 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 5042--5455 Score: 620
Period size: 96 Copynumber: 4.3 Consensus size: 96
5032 GGGATAGGGG
* * ** * *
5042 TGTTACAAACATGGTCTTACACTAGCTCTCATATAAATGCCAATGCCATGTCCCAGACATGGTCT
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCT
*
5107 TACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATGCCA
66 TACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATACCA
*
5138 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGTCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCT
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCT
* *
5203 TACACTAGCTCTCATATAAATGTC-ATACTA
66 TACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATACCA
* *
5233 TGTTCCAAACATTGGTCTTACACTGGCTCACATATCGAGGCCGATACCATGT-CCAGACATGGTC
1 TGTTCCAAACA-TGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTC
*
5297 TTACACTAGCTCTCATTTAAATGCCGATACCA
65 TTACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATACCA
*
5329 TGTTCCAAACATGGTCTTACACT-GCTCACATATCGAGGCC-ATGCCATGTCCCAGGCATGGTCT
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCT
* * * *
5392 TATACAAGCTCTCATATAAATGCTGATGCCA
66 TACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATACCA
*
5423 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTGGCTCACATA
1 TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATA
5456 CCCCTAGTAT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 23, Indels: 9
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
93 8 0.03
94 78 0.27
95 71 0.24
96 134 0.46
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (96 bp):
TGTTCCAAACATGGTCTTACACTAGCTCACATATCGAGGCCGATGCCATGTCCCAGACATGGTCT
TACACTAGCTCTCATATAAATGCCGATACCA
Found at i:11774 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 11749--11792 Score: 88
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
11739 TTGTGGGCCT
11749 TAACATACCTTGAGTGCACATA
1 TAACATACCTTGAGTGCACATA
11771 TAACATACCTTGAGTGCACATA
1 TAACATACCTTGAGTGCACATA
11793 CTTTTTCTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (22 bp):
TAACATACCTTGAGTGCACATA
Done.