Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_3905
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16726
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Found at i:8376 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 8321--8531 Score: 287
Period size: 43 Copynumber: 5.0 Consensus size: 41
8311 GCGTTTACAG
* *
8321 AAAAATAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGTTT
1 AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
*
8362 AAAAAAAGATGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
1 AAAAAAA-ACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
* * *
8404 AACAAAAAACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTCAGCGGCGCTT
1 AA-AAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
*
8446 AAAAGAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGTGGCGCTT
1 -AAA-AAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
* *
8489 GGTAAAAAAACGCCGCTATAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
1 --AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
8532 TCATTACGAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 15, Indels: 8
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 6 0.04
42 65 0.43
43 77 0.51
44 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
Found at i:8466 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 8321--8531 Score: 296
Period size: 42 Copynumber: 5.0 Consensus size: 42
8311 GCGTTTACAG
* *
8321 AAAAATAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGTTTA
1 AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTTA
* *
8363 AAAAAAGATGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTTA
1 AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTTA
* * * *
8405 ACAAAAAACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTCAGCGGCGCTTA
1 AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTTA
* *
8447 AAAGAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGTGGCGCTTGG
1 AAA-AAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT-A
* *
8491 TAAAAAAACGCCGCTATAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
1 AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTT
8532 TCATTACGAA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 19, Indels: 3
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 76 0.51
43 70 0.47
44 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (42 bp):
AAAAAAAACGCCGCTAAAGATCATGTTCTTTAGCGGCGCTTA
Found at i:8553 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8529--8561 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
8519 TTTAGCGGCG
8529 CTTTCATTACGAACGC
1 CTTTCATTACGAACGC
*
8545 CTTTTATTACGAACGC
1 CTTTCATTACGAACGC
8561 C
1 C
8562 GCGAAAAGTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
CTTTCATTACGAACGC
Found at i:8900 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8856--8901 Score: 92
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
8846 CGACTCTCGC
8856 AGTTTTTGAAGTTCATCGT
1 AGTTTTTGAAGTTCATCGT
8875 AGTTTTTGAAGTTCATCGT
1 AGTTTTTGAAGTTCATCGT
8894 AGTTTTTG
1 AGTTTTTG
8902 CTCTGCTCTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 27 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.09, G:0.22, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
AGTTTTTGAAGTTCATCGT
Found at i:14511 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 14494--14759 Score: 204
Period size: 9 Copynumber: 30.8 Consensus size: 9
14484 TATGTATTAA
*
14494 GTAAATTAT
1 GTAAGTTAT
14503 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
14512 GTACGTGTA-
1 GTAAGT-TAT
*
14521 -TAAGTTAC
1 GTAAGTTAT
14529 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
14538 GT-A-TTAA
1 GTAAGTTAT
*
14545 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
14554 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
14563 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
14570 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
14579 GTAAG-TAT
1 GTAAGTTAT
** *
14587 CAAAGTAAT
1 GTAAGTTAT
*
14596 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
14605 TTAAG-T-T
1 GTAAGTTAT
14612 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
14621 -TATGTATTAT
1 GTAAG--TTAT
14631 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
14640 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
14649 GTAAGTTAAAT
1 GTAAGTT--AT
14660 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
14667 GTAGGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
14676 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
14685 GTAAGATAT
1 GTAAGTTAT
*
14694 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
14703 GTAAGTTTT
1 GTAAGTTAT
14712 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
14719 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
14728 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
* *
14737 GTATGCTAT
1 GTAAGTTAT
14746 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
14753 GTAAGTT
1 GTAAGTT
14760 GTCATGTTAT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 36, Indels: 42
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
7 31 0.16
8 22 0.11
9 133 0.67
10 7 0.04
11 7 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.21, T:0.45
Consensus pattern (9 bp):
GTAAGTTAT
Found at i:14514 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 14483--14788 Score: 170
Period size: 25 Copynumber: 12.1 Consensus size: 25
14473 TGATATATAT
*
14483 TTATGTATTAAGTAAATTATGTAAG
1 TTATGTATTAAGTAAGTTATGTAAG
*
14508 TTATGTACGTGT-A-TAAGTTACGTAAG
1 TTATGTA--T-TAAGTAAGTTATGTAAG
*
14534 TTATGTATTAAGTAAGCTATGTAAG
1 TTATGTATTAAGTAAGTTATGTAAG
* *
14559 TTGTGTATTATGTAAGTTATGTAAG
1 TTATGTATTAAGTAAGTTATGTAAG
* * *
14584 -TAT-CA--AAGTAA-TGTATGTTAT
1 TTATGTATTAAGTAAGT-TATGTAAG
* *
14605 TTAAGT-TGTAAGTTA-TTATGT-A-
1 TTATGTAT-TAAGTAAGTTATGTAAG
*
14627 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAG
1 TTATGT-A-TTAAGTAAGTTATGTAAG
* *
14654 TTAAATGTATTATGTAGGTTATGTAAG
1 TT--ATGTATTAAGTAAGTTATGTAAG
* * **
14681 TTGTGTAAGATATTTAAGTTATGTAAG
1 TTATGT-A-TTAAGTAAGTTATGTAAG
* *
14708 TTTTGTATTATGTAAGTTATGTAAG
1 TTATGTATTAAGTAAGTTATGTAAG
*
14733 TTATGTATGCTATGT-A-TTATGTAAG
1 TTATGTAT--TAAGTAAGTTATGTAAG
* *
14758 TTGTCATGTTATTACGTAAGTTATGCAAG
1 -T-T-ATG-TATTAAGTAAGTTATGTAAG
14787 TT
1 TT
14789 TATATATAAG
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 29, Indels: 56
0.72 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.00
21 11 0.05
22 7 0.03
23 3 0.01
24 14 0.06
25 88 0.39
26 23 0.10
27 54 0.24
28 7 0.03
29 15 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.20, T:0.45
Consensus pattern (25 bp):
TTATGTATTAAGTAAGTTATGTAAG
Found at i:14604 original size:67 final size:61
Alignment explanation
Indices: 14498--14654 Score: 145
Period size: 67 Copynumber: 2.5 Consensus size: 61
14488 TATTAAGTAA
* * * * *
14498 ATTATGTAAGTTATGTACGTGTATAAGTTACGTAAGTTATGTATTAAGTAAGCTATGTAAGTTGT
1 ATTATGTAAGTTATGTAAGTATATAAGTAACGTAAGTTA--T-TTAAGT-AG-TAAGTAA-TTAT
14563 GT
60 GT
* * * *
14565 ATTATGTAAGTTATGTAAGTATCA-AAGTAATGTATGTTATTTAAGTTGTAAGTTATTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGTAAGTAT-ATAAGTAACGTAAGTTATTTAAGTAGTAAGTAATTATGT
*
14626 ATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGT
1 ATTATGTAAGTTATGTAAG-TATATAAGT
14655 TAAATGTATT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 10, Indels: 11
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
61 24 0.31
62 12 0.16
63 1 0.01
64 6 0.08
65 1 0.01
67 32 0.42
68 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.20, T:0.44
Consensus pattern (61 bp):
ATTATGTAAGTTATGTAAGTATATAAGTAACGTAAGTTATTTAAGTAGTAAGTAATTATGT
Found at i:14648 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 14483--14788 Score: 195
Period size: 70 Copynumber: 4.4 Consensus size: 70
14473 TGATATATAT
* * * * * * * * *
14483 TTATGTATTAAGTAAATTATGTAAGTTATGTACGTGTATAAGTTACGTAAGTTATGT-ATTAAGT
1 TTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTATA-AAGTAATGTATGTTATGTAAGTATGT
*
14547 AAGCTA
65 AAGTTA
* * *
14553 TGTAAG--TTGTGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTATCAAAGTAATGTATGTTATTTAAGT-TG
1 T-TATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTAT-AAAGTAATGTATGTTATGTAAGTATG
14613 TAAGTTA
64 TAAGTTA
* *
14620 TTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGT-TAAATGTATTATGTAGGTTATGTAAGTTG
1 TTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTATAAA-GTA--ATGTATGTTATGTAAG-TA
*
14684 TGTAAGATA
62 TGTAAGTTA
* * * * * *
14693 TT-T-AAGTTATGTAAGTTTTGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTATGCTATGT-ATTAT
1 TTATGTA-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAG-TAT-AAAGTAATGTATGTTATGTAAGTAT
*
14753 GTAAGTTG
63 GTAAGTTA
* * *
14761 TCATGTTATTACGTAAGTTATGCAAGTT
1 TTATG-TATTATGTAAGTTATGTAAGTT
14789 TATATATAAG
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 32, Indels: 40
0.72 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
66 3 0.02
67 41 0.22
68 21 0.11
69 11 0.06
70 52 0.28
71 22 0.12
72 21 0.11
73 12 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.20, T:0.45
Consensus pattern (70 bp):
TTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTATAAAGTAATGTATGTTATGTAAGTATGTA
AGTTA
Found at i:14778 original size:79 final size:77
Alignment explanation
Indices: 14636--14789 Score: 188
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 77
14626 ATTATGTAAG
*
14636 TTATGTAAGTTATGTAAGTTAAATGTATTATGTAGGTTATGTAAGTTGTGTAAGATATTTAAGTT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTT-AATGTATTATGTA-GTTATGTAAGTTGTGCAAGATATTTAAGTT
*
14701 ATGTAAGTTTTGTA
64 ATGCAAGTTTTGTA
* *
14715 TTATGTAAGTTATGTAAGTT-ATGTATGCTATGTA-TTATGTAAGTTGT-CATGTTATTACGTAA
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTAATGTAT--TATGTAGTTATGTAAGTTGTGCAAGATATT---TAA
14777 GTTATGCAAGTTT
61 GTTATGCAAGTTT
14790 ATATATAAGC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 10
0.82 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
76 6 0.09
77 19 0.29
79 41 0.62
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.21, T:0.47
Consensus pattern (77 bp):
TTATGTAAGTTATGTAAGTTAATGTATTATGTAGTTATGTAAGTTGTGCAAGATATTTAAGTTAT
GCAAGTTTTGTA
Found at i:14788 original size:88 final size:87
Alignment explanation
Indices: 14623--14788 Score: 201
Period size: 88 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
14613 TAAGTTATTA
* * **
14623 TGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTTAAATGTATTATGTAGGTTATGTAAGTTGTGTA
1 TGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCT-AATGTATTATGTAGGTCATGTAAGTTACGTA
**
14688 AGATATTTAAGTTATGTAAGTTT
65 AGATATGCAAGTTATGTAAGTTT
* *
14711 TGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTATGCT-ATGTATTATGTAAGTTGTCATGTTA-TTACG
1 TGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCTAATGTATTATGT-AG--GTCATGTAAGTTACG
*
14774 TAAGTTATGCAAGTT
63 TAAGATATGCAAGTT
14789 TATATATAAG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 6
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 11 0.17
87 2 0.03
88 46 0.70
89 7 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.21, T:0.46
Consensus pattern (87 bp):
TGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCTAATGTATTATGTAGGTCATGTAAGTTACGTAA
GATATGCAAGTTATGTAAGTTT
Found at i:14887 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14866--14914 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
14856 AAAAAATTTA
14866 TAAGTTATGTATTATG
1 TAAGTTATGTATTATG
*
14882 TAAG---T-TA-CATG
1 TAAGTTATGTATTATG
14893 TAAGTTATGTATTATG
1 TAAGTTATGTATTATG
14909 TAAGTT
1 TAAGTT
14915 TACATATAAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 10
0.68 0.05 0.26
Matches are distributed among these distances:
11 7 0.27
12 2 0.08
13 1 0.04
14 1 0.04
15 2 0.08
16 13 0.50
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.18, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
TAAGTTATGTATTATG
Found at i:14896 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 14864--14931 Score: 111
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
14854 TAAAAAAATT
14864 TATAAGTTATGTATTATGTAAG-TTACA
1 TATAAGTTATGTATTATGTAAGTTTACA
*
14891 TGTAAGTTATGTATTATGTAAGTTTACA
1 TATAAGTTATGTATTATGTAAGTTTACA
14919 TATAAGTTTATGT
1 TATAAG-TTATGT
14932 GATAGTTATG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 21 0.57
28 10 0.27
29 6 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.16, T:0.47
Consensus pattern (28 bp):
TATAAGTTATGTATTATGTAAGTTTACA
Found at i:15139 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 15084--15144 Score: 72
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
15074 AACAAGTTAT
* **
15084 GTAAGTAATTTATTATACTTAAATTTT-A
1 GTAAGTAATGTATTATAAGTAAATTTTAA
15112 GTAAGTAATGTATT-TAAGTAAATATTTAA
1 GTAAGTAATGTATTATAAGTAAAT-TTTAA
15141 GTAA
1 GTAA
15145 AAATTAACAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.25
28 16 0.57
29 5 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (29 bp):
GTAAGTAATGTATTATAAGTAAATTTTAA
Found at i:15188 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 15166--15268 Score: 93
Period size: 13 Copynumber: 7.8 Consensus size: 13
15156 TTAGTATATG
*
15166 TATTTAAAGTAACA
1 TATTT-AAGTAATA
15180 TATTTAAGTAATA
1 TATTTAAGTAATA
* **
15193 AATTTAACCAA-A
1 TATTTAAGTAATA
*
15205 T-TTAGTAAGTAATG
1 TATT--TAAGTAATA
*
15219 TATTTAAGTAATT
1 TATTTAAGTAATA
15232 TATTTAAGTAATA
1 TATTTAAGTAATA
*
15245 TATTCAAGTAATA
1 TATTTAAGTAATA
*
15258 TATTAAAGTAA
1 TATTTAAGTAA
15269 ATAGTAAAAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 12, Indels: 9
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.03
12 1 0.01
13 62 0.85
14 6 0.08
15 2 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (13 bp):
TATTTAAGTAATA
Found at i:15239 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 15113--15268 Score: 95
Period size: 26 Copynumber: 5.8 Consensus size: 26
15103 TAAATTTTAG
*
15113 TAAGTAATGTATTTAAGTAA-ATATT
1 TAAGTAATATATTTAAGTAATATATT
* *
15138 TAAGTAAAAATTAACAATTT-AGTATATGTATT
1 TAAGT---AA-T-A-TATTTAAGTA-ATATATT
* *
15170 TAAAGTAACATATTTAAGTAATAAATT
1 T-AAGTAATATATTTAAGTAATATATT
** *
15197 TAACCAA-AT-TTAGTAAGTAATGTATT
1 TAAGTAATATATT--TAAGTAATATATT
*
15223 TAAGTAATTTATTTAAGTAATATATT
1 TAAGTAATATATTTAAGTAATATATT
* *
15249 CAAGTAATATATTAAAGTAA
1 TAAGTAATATATTTAAGTAA
15269 ATAGTAAAAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 18, Indels: 27
0.69 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
24 2 0.02
25 7 0.07
26 49 0.49
27 11 0.11
28 9 0.09
29 1 0.01
30 6 0.06
31 5 0.05
32 5 0.05
33 4 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (26 bp):
TAAGTAATATATTTAAGTAATATATT
Found at i:16209 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 16189--16220 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
16179 GTGATAACAG
*
16189 TAAATTAGTACCAAA
1 TAAATTACTACCAAA
16204 TAAATTACTACCAAA
1 TAAATTACTACCAAA
16219 TA
1 TA
16221 CTTCAACCCT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.16, G:0.03, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
TAAATTACTACCAAA
Done.