Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_4053
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16210
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.18, T:0.33
Found at i:7823 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7787--7851 Score: 121
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
7777 GATGGTTCTA
7787 TCTATCAATTCAGTCAGTGTCATGTTTGCGTG
1 TCTATCAATTCAGTCAGTGTCATGTTTGCGTG
*
7819 TCTATCAATTCAGTCAGTGTCATGTTTTCGTG
1 TCTATCAATTCAGTCAGTGTCATGTTTGCGTG
7851 T
1 T
7852 GAGGCCGAGG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 32 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.18, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
TCTATCAATTCAGTCAGTGTCATGTTTGCGTG
Found at i:8415 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8394--8428 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
8384 TTATTATTAA
*
8394 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
8412 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
8429 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:8482 original size:157 final size:156
Alignment explanation
Indices: 8288--8596 Score: 573
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
8278 CCCTTAACAT
*
8288 AAATTTGTTTTGGTAAATGATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTATTATCAA
1 AAATTTGTTTTGGTAAATGATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTAATATCAA
* *
8353 TAATAAATATTTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAA
66 TAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAA
8418 TTTAATAAAATTCTTAATAATTAGCAG
131 -TTAATAAAATTCTTAATAATTAGCAG
*
8445 AAATTTGTTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTAATATCAA
1 AAATTTGTTTTGGTAAATGATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTAATATCAA
8510 TAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAA
66 TAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAA
8575 TTAATAAAATTCTTAATAATTA
131 TTAATAAAATTCTTAATAATTA
8597 ATATTCTTAT
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 4, Indels: 1
0.97 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
156 22 0.15
157 126 0.85
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (156 bp):
AAATTTGTTTTGGTAAATGATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTAATATCAA
TAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAA
TTAATAAAATTCTTAATAATTAGCAG
Found at i:8568 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8531--8572 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
8521 TTAATCATAT
*
8531 TTAAACATA-ATTATTA
1 TTAAA-ATATATTATAA
8547 TT-AAATATATTATAA
1 TTAAAATATATTATAA
8562 TTAAAATATAT
1 TTAAAATATAT
8573 AATTAATAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.13
15 10 0.43
16 10 0.43
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TTAAAATATATTATAA
Found at i:8575 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8540--8578 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
8530 TTTAAACATA
*
8540 ATTATTATTAAATAT
1 ATTATAATTAAATAT
8555 ATTATAATTAAA-AT
1 ATTATAATTAAATAT
8569 A-TATAATTAA
1 ATTATAATTAA
8579 TAAAATTCTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.39
14 3 0.13
15 11 0.48
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (15 bp):
ATTATAATTAAATAT
Found at i:8698 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8649--8700 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
8639 ATAAAATATA
8649 AATTAACATA-ATTAT
1 AATTAA-ATATATTAT
*
8664 TATTAAATATATTAT
1 AATTAAATATATTAT
8679 AATTAAA-ATA-TAT
1 AATTAAATATATTAT
*
8692 AATTTAATA
1 AATTAAATA
8701 AAATTCTTAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.28
14 7 0.22
15 16 0.50
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (15 bp):
AATTAAATATATTAT
Found at i:8746 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 8534--9046 Score: 928
Period size: 120 Copynumber: 4.3 Consensus size: 120
8524 ATCATATTTA
8534 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAA-TTAATAAAATTCTTAATAATTAA
1 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
8598 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAATATAAATT
66 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAATATAAATT
8653 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
1 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
8718 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAATATAAATT
66 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAATATAAATT
8773 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
1 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
*
8838 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATT
66 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAATATAAATT
*
8893 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATCTAATAAAATTCTTAATAATTAA
1 AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
8958 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTAT-AAATGA-AAATTT
66 TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAAT-ATAAA-TT
* *
9013 GAA-ATAATTAATATTAAA-ATATTTTAATTAAAAT
1 -AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAAT
9047 TTATTGTTTA
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 5, Indels: 8
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 63 0.16
120 320 0.83
121 2 0.01
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (120 bp):
AACATAATTATTATTAAATATATTATAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAA
TATTCTTATATGAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTATAAAATATAAATT
Found at i:8818 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8769--8820 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
8759 ATAAAATATA
8769 AATTAACATA-ATTAT
1 AATTAA-ATATATTAT
*
8784 TATTAAATATATTAT
1 AATTAAATATATTAT
8799 AATTAAA-ATA-TAT
1 AATTAAATATATTAT
*
8812 AATTTAATA
1 AATTAAATA
8821 AAATTCTTAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.28
14 7 0.22
15 16 0.50
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (15 bp):
AATTAAATATATTAT
Found at i:8929 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8889--8931 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
8879 GTAAAATATA
*
8889 AATTAACATA-ATTAT
1 AATTAAAATATATTAT
*
8904 TATT-AAATATATTAT
1 AATTAAAATATATTAT
8919 AATTAAAATATAT
1 AATTAAAATATAT
8932 AATCTAATAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.17
15 11 0.48
16 8 0.35
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
AATTAAAATATATTAT
Found at i:15048 original size:69 final size:71
Alignment explanation
Indices: 14764--15139 Score: 381
Period size: 69 Copynumber: 5.4 Consensus size: 71
14754 ATATTTGATG
* *
14764 TATATCCAGGTTTAT-CCGCA-GTTTCGTGCTGG-TAATATCCGGGTTTATTCCGCAGGCTAGGC
1 TATATCCAGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGTTTATATCC-GGTTTA-T-C-C--GC-AGGC
14826 TTCGTGCTGGTAT
59 TTCGTGCTGGTAT
*
14839 TATAT-CGGGTTTAT-CCGCAGGC-TCGTGCTGGTATTATATCCGG-TTATCCTGCA-GC-TCGT
1 TATATCCAGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGT-TTATATCCGGTTTATCC-GCAGGCTTCGT
14898 GCTGGTA-
64 GCTGGTAT
* * * *
14905 T-TATCCGGGTTTATCCCGCAGCCTTAGTGCTGGTTTATATCTGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTG
1 TATATCCAGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGTTTATATCCGGTTTAT-CCGCAGGCTTCGTG
14969 CTGGTAT
65 CTGGTAT
* * *
14976 TATATCCAGGTTTATCCTGCAGGCTTCGTGCT-G-CTATATCCGGTTTATCCACAGGCTTCGTGC
1 TATATCCAGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGTTTATATCCGGTTTATCCGCAGGCTTCGTGC
*
15039 TCGTAT
66 TGGTAT
* * *
15045 TATATCCGGGTTTATCCCGCAGGCTT--TGCTGGTATATATCCGGGTTTTATCCGCA-GC-TAGT
1 TATATCCAGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGTTTATATCC-GG-TTTATCCGCAGGCTTCGT
15106 GCTGGTAT
64 GCTGGTAT
*
15114 TATATCTAGGTTTTATCCCGCAGGCT
1 TATATCCAGG-TTTATCCCGCAGGCT
15140 CGTAGGTATC
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 23, Indels: 39
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
65 3 0.01
66 10 0.04
67 31 0.12
68 19 0.07
69 73 0.28
70 45 0.17
71 12 0.05
72 27 0.10
73 1 0.00
74 25 0.10
75 8 0.03
76 7 0.03
ACGTcount: A:0.15, C:0.23, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (71 bp):
TATATCCAGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGTTTATATCCGGTTTATCCGCAGGCTTCGTGC
TGGTAT
Found at i:15118 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 14764--15139 Score: 364
Period size: 35 Copynumber: 10.7 Consensus size: 36
14754 ATATTTGATG
* *
14764 TATATCCAGGTTTATCCGCA-GTTTCGTGCTGGTA-
1 TATATCCGGGTTTATCCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
14798 -ATATCCGGGTTTATTCCGCAGGCTAGGCTTCGTGCTGGTAT
1 TATATCCGGGTTTA-T-C-C--GC-AGGCTTCGTGCTGGTAT
14839 TATAT-CGGGTTTATCCGCAGGC-TCGTGCTGGTAT
1 TATATCCGGGTTTATCCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
14873 TATATCC-GG-TTATCCTGCA-GC-TCGTGCTGGTA-
1 TATATCCGGGTTTATCC-GCAGGCTTCGTGCTGGTAT
* *
14905 T-TATCCGGGTTTATCCCGCAGCCTTAGTGCTGGT-T
1 TATATCCGGGTTTAT-CCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
*
14940 TATAT-CTGGTTTATCCCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
1 TATATCCGGGTTTAT-CCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
* *
14976 TATATCCAGGTTTATCCTGCAGGCTTCGTGCT-G--C
1 TATATCCGGGTTTATCC-GCAGGCTTCGTGCTGGTAT
* *
15010 TATATCC-GGTTTATCCACAGGCTTCGTGCTCGTAT
1 TATATCCGGGTTTATCCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
15045 TATATCCGGGTTTATCCCGCAGGCTT--TGCTGGTA-
1 TATATCCGGGTTTAT-CCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
*
15079 TATATCCGGGTTTTATCCGCA-GC-TAGTGCTGGTAT
1 TATATCCGGG-TTTATCCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
* *
15114 TATATCTAGGTTTTATCCCGCAGGCT
1 TATATC-CGGGTTTAT-CCGCAGGCT
15140 CGTAGGTATC
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 15, Indels: 64
0.79 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
31 5 0.02
32 17 0.06
33 50 0.17
34 56 0.19
35 72 0.25
36 29 0.10
37 33 0.11
38 3 0.01
39 2 0.01
40 14 0.05
41 8 0.03
42 4 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.23, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (36 bp):
TATATCCGGGTTTATCCGCAGGCTTCGTGCTGGTAT
Done.