Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_4117
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15923
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.21, T:0.31
Found at i:3366 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 3314--3765 Score: 672
Period size: 47 Copynumber: 9.6 Consensus size: 47
3304 GATAATTGTG
* * *
3314 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3361 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3410 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
3457 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3506 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3553 ATGTGAAAGTGTATTTATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3600 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
** *
3647 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGGGGCCTAATGGCTGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
3694 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGG-CAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3740 ATGTGAAAGTGTATAAATATGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
3766 TCCGAAGGCA
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 30, Indels: 9
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 29 0.08
47 251 0.68
49 91 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:3414 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 3314--3760 Score: 697
Period size: 96 Copynumber: 4.7 Consensus size: 96
3304 GATAATTGTG
* *
3314 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3379 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
3410 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3475 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3506 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT-T-T
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
3569 ATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
3600 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
** *
3663 ATGTGATGGGGCCTAATGGCTGATGTGATGA
66 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
3694 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGG-CAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
3758 ATG
66 ATG
3761 ATAAGTCCGA
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 18, Indels: 9
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
92 1 0.00
93 20 0.06
94 149 0.45
95 8 0.02
96 151 0.46
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (96 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:10838 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10767--10992 Score: 176
Period size: 48 Copynumber: 4.7 Consensus size: 47
10757 TATGTGTGCT
* *
10767 AGTGTAAGACCATGTTTGGGACATGACATCAGCCATATTATGAGAGCC
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATC-GCCATATTATGAGAGCC
* * * *
10815 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGAATCG--GTATTGAGATGAAAGCT
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGCCATATT---ATGAGAGCC
* * *
10863 AGTGTAAGACCATGTACT-GGACATGGCATCGCCAT-TGAGATAAGAGCT
1 AGTGTAAGACCATGT-CTGGGACATGGCATCGCCATAT--TATGAGAGCC
* * * *
10911 AGCGTAAGACAATGTCTGGGACATGGCATCGGCC-TCGA-CATGTGAGCC
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATC-GCCAT--ATTATGAGAGCC
* * *
10959 AGCGTAATACCATGTCTGAGACATGGCATCGCCA
1 AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGCCA
10993 ATTTACCCTC
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 20, Indels: 28
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
45 4 0.03
47 6 0.04
48 127 0.88
49 6 0.04
50 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATCGCCATATTATGAGAGCC
Found at i:10928 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 10764--10992 Score: 244
Period size: 96 Copynumber: 2.4 Consensus size: 94
10754 TGATATGTGT
* * * * * *
10764 GCTAGTGTAAGACCATGTTTGGGACATGACATCAGCCATATTATGAGAGCCAGTGTAAGACCATG
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCT-GGACATGGCATC-GCCATATGATAAGAGCCAGCGTAAGACAATG
* * *
10829 TCTGGGACATGGAATCGGTATTGAGATGAAA
64 TCTGGGACATGGAATCGGCATCGACATGAAA
*
10860 GCTAGTGTAAGACCATGTACTGGACATGGCATCGCCAT-TGAGATAAGAGCTAGCGTAAGACAAT
1 GCTAGTGTAAGACCATGT-CTGGACATGGCATCGCCATAT--GATAAGAGCCAGCGTAAGACAAT
* * **
10924 GTCTGGGACATGGCATCGGCCTCGACATGTGA
63 GTCTGGGACATGGAATCGGCATCGACATGAAA
* * *
10956 GCCAGCGTAATACCATGTCTGAGACATGGCATCGCCA
1 GCTAGTGTAAGACCATGTCTG-GACATGGCATCGCCA
10993 ATTTACCCTC
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
94 1 0.01
95 8 0.07
96 102 0.91
97 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (94 bp):
GCTAGTGTAAGACCATGTCTGGACATGGCATCGCCATATGATAAGAGCCAGCGTAAGACAATGTC
TGGGACATGGAATCGGCATCGACATGAAA
Found at i:12044 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 12026--12050 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
12016 ACATGGCCAT
12026 GTCATGGACACGG
1 GTCATGGACACGG
12039 GTCATGGACACG
1 GTCATGGACACG
12051 AGCGTGTGCC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.36, T:0.16
Consensus pattern (13 bp):
GTCATGGACACGG
Found at i:14862 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 14826--14887 Score: 92
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
14816 GCGAAAGAAG
14826 AATTTGAACTT-GG-TTCAAGAAACGTTGCAC
1 AATTTGAACTTGGGTTTCAAG-AACGTTGCAC
14856 AATTTGAACTTGGGGTTTCAAGAACGTTGCAC
1 AATTTGAACTT-GGGTTTCAAGAACGTTGCAC
14888 TAAACTTAAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
30 11 0.38
32 12 0.41
33 6 0.21
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.23, T:0.31
Consensus pattern (31 bp):
AATTTGAACTTGGGTTTCAAGAACGTTGCAC
Done.