Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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196 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
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1 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
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521 TGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTCT
11345 CAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
586 CAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
11406 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
1 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
11471 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
66 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
11536 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
131 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
11601 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
196 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
11666 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
261 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
11731 TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
326 TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
11796 TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
391 TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
11861 TTTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTAT
456 -TTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTAT
11926 TTGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTC
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585 TCAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
12053 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
1 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
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12313 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
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456 TTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTATT
12573 TGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTAC-TTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTCT
521 TGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTCT
12637 CAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
586 CAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
12698 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
1 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
12763 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
66 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
12828 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
131 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
12893 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
196 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
12958 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
261 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
13023 TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
326 TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
13088 TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
391 TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
13153 TTTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTAT
456 -TTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTAT
13218 TTGAGTGACGAATACGGTTA-GGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTC
520 TTGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTC
13282 TCAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
585 TCAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
13344 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
1 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
13409 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
66 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
13474 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
131 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
13539 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
196 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
13604 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
261 AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
13669 TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
326 TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
13734 TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
391 TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
13799 TTTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTAT
456 -TTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTAT
13864 TTGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTC
520 TTGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTC
13929 TCAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
585 TCAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
13991 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
1 TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
14056 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
66 CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
14121 ACCTGG-CCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
131 ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
*
14185 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTTTCACAACCTCA
196 ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAG-TTCCACAACCTCA
Statistics
Matches: 13123, Mismatches: 3, Indels: 44
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
641 135 0.01
642 473 0.04
643 275 0.02
644 316 0.02
645 4273 0.33
646 5818 0.44
647 1833 0.14
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (646 bp):
TGTGATAGCTTTTGATTATCTTTGAAATGTTCTTATATAGGTAAAAGATGTTGTCGGGATCTAAT
CAAGTAGGTTCTAATGAGGTAGAAAGTTTTATTCCACCTACTAACGAGGAAAGTACGCGGAATGA
ACCTGGACCGTAAGAATCTAGAGAAGTAGCACCTAATTTATTTCTTCGTATGATGCATGACATGT
ACGATGCGCATTTAATGGTAAACTCCACAGTTCCACAACCTCAATCTGCTCACCATCAAGGTTCA
AGTAAGCAATGTGCTCATAGAGTGACCATGTATAAAGTTAGAAAGTGTGACCCTTGTAGTGTGCA
TTTTTTCTAACTTTTTCCTCAAGGTTTCATATGTTCTCGATTTAGTCCGGGATCATTTTTAAAAT
TTTTTAAGGCCTTGAGGGCTCGATTAAGGGATAATATGCATGTGTTTCAATGAATTATGCTATGA
TTATCTAATGTTTGGAAATGAATTTTTTATGTTACGATTTTACGGTAATGCTCTGTAACCCTATT
TGAGTGACGAATACGGTTAGGGGTGTTACGTTTAGTGGTATCAGAGCAACAATTTAGTCGATTCT
CAGACTAAACTTAGCATGGATAGAGTCTAGAAATATATGACACTTGACTAACCGGAGATAG
Done.