Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_5016
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12539
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.20, T:0.35
Found at i:7044 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 6948--7118 Score: 136
Period size: 43 Copynumber: 4.0 Consensus size: 43
6938 ACATAGGATC
* * ** ** *
6948 CGATATGTG-TTTTCGTGTAAGACCACATCTGGGATGTTGCAT
1 CGATATTTGATTTACGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
*
6990 CGACT-TATGATTTACGTGTAAGACCATGTCTGGGACATCGGCAT
1 CGA-TATTTGATTTACGTGTAAGACCATGTCTGGGACAT-GGCAT
* * * *
7034 CG-TGTTTGATTT-CGTGTCAGACCCTGTCTGGGAAAGTGGCAT
1 CGATATTTGATTTACGTGTAAGACCATGTCTGGGACA-TGGCAT
* * *
7076 CGATATTTGA-TTACATGTAAGGCCACGTCTGGGACATTGGCAT
1 CGATATTTGATTTACGTGTAAGACCATGTCTGGGACA-TGGCAT
7119 TGTACGAGCT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 19, Indels: 13
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
42 36 0.35
43 61 0.59
44 6 0.06
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
CGATATTTGATTTACGTGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCAT
Found at i:9509 original size:519 final size:520
Alignment explanation
Indices: 8099--12468 Score: 8298
Period size: 516 Copynumber: 8.5 Consensus size: 520
8089 TTGGCAAGTC
8099 AATTTTGGTATATGTTTTGTG-TAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
8163 AATT-GTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
8227 A-TGAATGAGGTAAATTGAGATTATG-ATC-TGTA-TTT-GTATGA-TTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
8286 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGAT-ATGATATGTCATGAATGTT-TAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
8349 TTGGTTGT-AATTGGTTGAAAATTTGGTAC-AAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTA-GGAGA-CC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
8410 TT-TA-GGT-GCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATAC-GGCAGGGACAC-GGCG
326 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
8470 TGTGTCTCAG-CTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCGAAATGAGCCT-GGCAGATCACATAGTCG-CA
391 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAA-GCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGACA
8532 CACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAAT
455 CACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAAT
8597 G
520 G
8598 -ATTTTGGTATATGTTTTGTGTT-AAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
8661 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
8726 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
8791 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAA-GATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
8855 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGA-GACC
8920 CTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGC
325 CTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGC
8985 GTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGCAC
390 GTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCG-AC
9050 ACACGGGCGTGTGCCAGGTC-TGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAA
454 ACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAA
9114 TG
519 TG
9116 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
9181 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
9246 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
9311 CATGATTTGCTATGGATTAT-AGCATGAAATTGATGATAATGATAT-TCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
9374 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGGACC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGA-GACC
9439 CTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGC
325 CTTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGC
9504 GTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGAC
390 GTGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAA-GCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGAC
9569 ACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAA
454 ACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAA
9634 TG
519 TG
9636 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
9701 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
9766 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGA-TTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
9830 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
9895 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTAC-AAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
9959 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
326 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
10024 TGTGTCTCAG-CTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCT-GGCAGATCACATAGTCGACAC
391 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGACAC
10087 ACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATG
456 ACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATG
10152 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
10217 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
10282 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
10347 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAA-GATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
10411 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTAC-AAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
10475 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
326 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
10540 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCT-GGCAGATCACATAGTCGCACA
391 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCG-ACA
10604 CACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAAT
455 CACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAAT
10669 G
520 G
10670 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTA-GTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
10734 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
10799 AGTGAAT-AGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
10863 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
10928 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
10993 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
326 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
11058 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGTACA
391 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCG-ACA
11123 CACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAAT
455 CACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAAT
11188 G
520 G
11189 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
11254 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
11319 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
11384 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
11449 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
11514 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
326 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
11579 TGTGTCTCAG-CTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGACAC
391 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGACAC
11643 ACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATG
456 ACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATG
11708 AATTTTGGTATATGTTTTGTG--AAAAAAATGGTAT-TTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
11770 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
11835 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
11900 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
11965 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
261 TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
12030 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGC-
326 TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
*
12094 -GTGTCTCAGCTTTGTTGCTCGAAGGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGCAC
391 TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAA-GCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCG-AC
12158 ACACGGGCGTGTGCCAGGT-GTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAA
454 ACACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAA
12222 TG
519 TG
12224 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
1 AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
12289 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGG-ATTTGGTAATATGTTAGCAT-AG
66 AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
*
12352 AGTGAATTAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTA-GATATGT
131 AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
12416 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATT-ATGATAA-GATATGTCATGAAT
196 CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAAT
12469 TTTTTTTGGT
Statistics
Matches: 3823, Mismatches: 3, Indels: 75
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
498 65 0.02
499 62 0.02
500 24 0.01
501 3 0.00
502 4 0.00
503 3 0.00
504 6 0.00
505 73 0.02
506 15 0.00
507 21 0.01
508 25 0.01
509 3 0.00
510 2 0.00
511 4 0.00
512 2 0.00
513 3 0.00
514 61 0.02
515 30 0.01
516 1051 0.27
517 403 0.11
518 338 0.09
519 655 0.17
520 660 0.17
521 310 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (520 bp):
AATTTTGGTATATGTTTTGTGTTAAAAAAATGGTATGTTTTGATGCACTTTTGAATGGCCAAGTG
AATTGGTCAATTTGGTAAGTTTTGGTATGTGCCTATTTTGGAATTTGGTAATATGTTAGCATAAG
AGTGAATGAGGTAAATTGAGATTATGAATCATGTATTTTGGTATGATTTTTGGCTTAGGATATGT
CATGATTTGCTATGGATTATAAGCATGAAATTGATGATAATGATATGTCATGAATGTTGTAAGTT
TTGGTTGTGAATTGGTTGAAAATTTGGTACAAAATGAATTCGTTTTGATGCTTGTAGGGAGACCC
TTATAGGGTGGCATTATGGCCTTCTAAATGGCCTATTTTTGCCCATACGGGCAGGGACACGGGCG
TGTGTCTCAGCCTTGTTGCTCGAAGCCATTTCGAAATGAGCCTGGGCAGATCACATAGTCGACAC
ACGGGCGTGTGCCAGGTCGTGTGGCCAAGTCAATTTTGGCTTGGTTATGGATGTGATCATGAATG
Done.