Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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*
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1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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*
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196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
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*
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1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTA-TTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
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130 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGT
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195 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC
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260 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACC
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6301 ACCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCCGATT
389 ACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATT
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713 TTTTCCGGAATATTATTTACCCGTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTT
6683 CAATAAAATATTTACT-TAACC-AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAAATATT
777 CAATAAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTC-AAAAATATT
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841 TTTATTTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAA
6808 AACAAT-ACTAGTAAACTCGATTAACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
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*
6853 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTTTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTT-GACAATTA
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6917 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTT-GTGGT-TGGAAAGGAAAGAGGA
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7104 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAA-CA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
7167 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCT-AAAAATATTTTTA-TTTCCGGAATATTATTTAC
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*
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7771 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTA-TTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
7836 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGG
65 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGG
7901 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGT
130 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGT
7966 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCT-AAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC
195 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC
8030 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCT--ATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATA-TTACTCTAA-C
260 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACC
* *
8090 AAAAAA-ATTTAAAACCATAAAATTAATTT-TCAATAAATATTTTTATTTTCCGTAATA-TATTT
325 AAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAA-AAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTT
*
8152 ACCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTATTTTTTTTAAAAAAACAAT-ACTAGTAAACCCGAT
389 ACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTA-ATTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGAT
8215 TAACT-CTAGC-TTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGG-G
452 TAACTCCTAGCATTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCG
*
8277 ATTACAAGTAGGTTT-GACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATTAAAGATAAGCAGAATT
517 ATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATT
*
8341 TGGTGGT-TGGAAAAGAAAGAGG-AAA-ATTGGGCGATA-T-CCGTGGAAGAA-TTGT-TGCCAG
582 TGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAG
8399 CCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTATTCA-GATATTCGT-AGTGATA-TTTTC-AAAAATATTTTT
647 CCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTT
8459 ATTTTCCGGAATATTATTTACCC-TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTT
712 ATTTTCCGGAATATTATTTACCCGTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTT
*
8523 -AATAAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACAATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTT
777 CAATAAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTT
* *
8587 TTATTTTCCGGAATATTATTTA-CGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTGACTAATTTTTTTTTAAAA
842 TTATTTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAA
*
8650 AACAATGGCTAGTAAACTC-ATTAACT-CTAG-ATTCA-CCGGAAC
906 AACAATGACTAGTAAACTCGATTAACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
*
8692 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGAGCT-TTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTT-GACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
*
8755 GAATTGTGAT-GAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGC-GAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
8818 AAATATTGGGCGATACTCCC-T-GAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
8881 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCT-AAAATA-TTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
*
8944 TTTAGTTAATATT-TAACTTC-CT-CATTTTAATTTA-TCTTTCAATAAAATATTTACTAT-A--
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACT-TTTCAATAAAATATTTACTCTAACC
*
9002 AAAAAATATTTAAAACCA-AAAATTG-TTTCTCAAAAAATATTTTTATTTTCCAGAATATTATTT
325 AAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTC-AAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTT
9065 ACCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTT-AAAAAACAAT-ACTAGTAAACCGATTA
389 ACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
9127 ACTCCTAG-ATTCA-CCGGAACCCGATAAACTTACTC-AAACTGGTAGA-CTATTTTAGGG-GAT
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGAT
9187 TACAA-TAGGTTTGGAC-ATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAG-AGAATTTG
519 TACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTG
9249 GTGGTCTGGAAAGGAAAGA-GAAAATATT-GGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCC
584 GTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCC
9312 TAAAAGGAT-GGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTC-AAAAATATTTTTAT
649 TAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTAT
9375 TTTCCGGAATATTATTTACCCG-TTAGTTAATATTGTAACTTCTCT-CATTTTAATTTATTTTCA
714 TTTCCGGAATATTATTTACCCGTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCA
9438 ATAAAATATTTACTC-AACCAAAAAATA-TTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATA-TTTT
779 ATAAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTT
*
9500 ATTTTCCGGAATATTATTTACCGAATTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAAA
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*
9609 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGA-CTTTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
*
9673 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGTAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
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131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
9801 TT-ATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATA-TTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
*
9864 TTTAGTTAATATTGTAA-AT-TCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATA-TTACTCTAACC-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
*
9925 AAAAATATTTAAAA-CATAAAATTAATTTCTCAATAAATA-TTTTATTTT---GAATATTATTTA
326 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAA-AAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
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390 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATTA
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519 TACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTG
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584 GTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCC
10227 T-AAAGGAT--GGGTATTAGTA-TCAT-ATATTCGTGAGTGATA-TTTT-TAAAAATATTTTTAT
649 TAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTAT
10285 TTT-C-GAATA-TA-TTA-CCGTTTAGTTAATATTGTAAC-T-TCTCCATTTTAATTTA-TTTCA
714 TTTCCGGAATATTATTTACCCGTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCA
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10400 A-TTTCCGGAATATTATTTACCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCT-A-TAATTTTTTTAAAAAAAA
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*
10461 ACAATTACTAGTAAACTCGATTAACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
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* * *
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1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
* *
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10636 AAATATT-GG-GATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
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196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
**
10763 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTTTATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACC-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
***
10827 AAAAA-ATTTAAAA-CATAAAATT-ATTTCTCAATAAATATTTTTATTTTTAAGAATATTATTTA
326 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAA-AAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
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390 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATT
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453 AACTCCTAGCATTCACCCGGAACCCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTA-TTTTAGGGCG
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582 TGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAG
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647 CCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTT
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712 ATTTTCCGGAATATTATTTACCCGTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTT
*
11274 CAATAAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAA-ATAT
777 CAATAAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTT
*
11338 TTATTTT-CGG-ATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATT-AGCTAACTAATTTTTTTTTAAAA
842 TTATTTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAA
*
11400 AACAATGGCTAGT-AACTCGA-TAACT-CTAG-ATTCA-CCGGAA-
906 AACAATGACTAGTAAACTCGATTAACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
11440 CCG-TAAA---A-TCAAAACTGGTA-A-CT-TTTTA---CGATTACAAGTAGGTTT-GACAATT
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
11492 GATATGAAGC
Statistics
Matches: 10001, Mismatches: 44, Indels: 498
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (951 bp):
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GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
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AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
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AAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTT
TCCGGAATATTATTTACCCGTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAAT
AAAATATTTACTCTAACCAAAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTAT
TTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAA
TGACTAGTAAACTCGATTAACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
Found at i:3679 original size:475 final size:475
Alignment explanation
Indices: 289--11491 Score: 19519
Period size: 473 Copynumber: 24.1 Consensus size: 475
279 GATCACCGAA
289 CCGATAAAC-TA-TCAAAACT-GTAGA-CTA-TTTAGGGCGATTACAAGTA-G-TTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
461 TTCATGATATTC----GTGATATTTTTCT-AAAATA-TTTTATTTT-C-GAATATTATTTA-CCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
517 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATA-TTACTCTAA-C-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
579 AAAAATATTTAAAACCAT-AAATT-ATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCC-GAATATTATTTAC
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
641 CGA-TTTTAAATGAAATTAAG----CTAA-TTTTTT-AAAAAA-AAT-ACTAGTAAACCCGATTA
390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATTA
697 ACTCCTAG-ATTCA-CCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
717 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTA-GGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
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196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
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456 TCCTAGCATTCACCCGGAAC
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1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAA
1635 CTCCTAG-ATTCACCCGGAAC
455 CTCCTAGCATTCACCCGGAAC
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1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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1915 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
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66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
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131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
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390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
2588 ACTCCTAGCA-TCACCCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
2609 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
2674 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
2739 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
2804 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
2869 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACC-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
2933 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCC-GAATATTATTTAC
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
2997 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTT-AAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAA
390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAA
3061 CTCCTAGCATTCACCCGGAAC
455 CTCCTAGCATTCACCCGGAAC
3082 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
3147 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
3212 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
3276 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
3341 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
3406 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
3471 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAA
390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAA
3536 CTCCTAGCATTCACCCGGAAC
455 CTCCTAGCATTCACCCGGAAC
3557 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
3622 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
3687 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
3752 TTCATGATATTCGTGAGTGATA-TTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
3816 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACC-A
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
3880 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
326 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
3945 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAAC
391 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAAC
4010 TCCTAGCATTCACCCGGAAC
456 TCCTAGCATTCACCCGGAAC
4030 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
4095 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
4160 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
4225 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
4290 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACC-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
4354 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCC-GAATATTATTTAC
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
4418 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTT-AAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
4483 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
4505 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
4570 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
4635 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
4700 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
4765 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATA-TTACTCTAA-CA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
4828 AAAAATATTTAAAACCATAAAATT-ATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCC-GAATATTATTTAC
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
*
4891 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAACCCGATTA
390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
4956 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
4978 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
5043 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGG-AAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
5107 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
5172 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
5237 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
5302 AAAAATATTTAAAACCATAAAATT-ATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTAC
*
5366 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTTTAAAAAACAATG-CTAGT-AACCGATTA
390 CGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
5429 ACTCCTAGCA-TCACCCGGAA-
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
5449 CCG-TAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
5513 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
5578 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
5643 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
5708 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
5773 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
326 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
5838 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTT-----AACAATGACTAGTAAACCGATTAAC
391 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTAAC
5897 TCCTAG-ATTCACCCGGAAC
456 TCCTAGCATTCACCCGGAAC
5916 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTA-TTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
5981 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGG
65 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGG
6046 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGT
130 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGT
6110 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCC-GAATATTATTTACCC
195 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC
6174 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTA-TCTAACCA
260 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
6238 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAATAAATATTTTTATTTT-CGGAATATTATTTA
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAA-AAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
6302 CCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCCGATT
389 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATT
6365 AACTCCTAGCA-TCACCCGGAAC
453 AACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
6387 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
6452 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGG-AA-AGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
6515 AAATATTGGGCGATACT-CCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
6578 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTT-CGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
6642 TTTAGTTAATATTGTAACTTCT-TCCATTTTAATTTATTTTTCAATAAAATATTTACT-TAACC-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
6704 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAAATATTTTTATTTT-C-GAATATTATTTA
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTC-AAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
6767 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCT-ACTAATTTTTTTAAAAAAACAAT-ACTAGTAAACTCGATT
389 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAAC-CGATT
6830 AACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
453 AACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
*
6853 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTTTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTT-GACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
6917 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTT-GTGGT-TGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
6980 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTG-CAGCCTAAAA-GAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
7042 TTCATGATATTCGTG-GTGATATTTTTC-AAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA-CCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
7104 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAA-CAA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
7168 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCT-AAAAATATTTTTA-TTTCCGGAATATTATTTACC
326 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
7231 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTT-AAAAAA-AA--ACTAGTAAACTCGATTAA
391 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAAC-CGATTAA
7291 CTCCTAGCATTCA-CCGGAA-
455 CTCCTAGCATTCACCCGGAAC
*
7310 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGA-CTTTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
7374 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTAT-AAAGATAAGCAGAATTT-GTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
7437 AAATATT-GGCGATACT-CCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
7499 TTCATGATATTCGTGAGTGATA-TTTTCTAAAAATATTTTTATTTT--GGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
7561 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCT-CATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACT-TAA-CAA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
7623 AAAATATTTAAAA-CATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
326 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
7687 GA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTTAAAAAAA-AATGACTAGTAAACTCGATTA
391 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAAC-CGATTA
7750 ACTCCTAGCATTCA-CCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
7771 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTA-TTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATT
7836 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGG
65 AGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGG
7901 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGT
130 AAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGT
7966 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCT-AAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC
195 ATTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC
8030 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCT--ATTTTAATTTATTTTCAATAAAATA-TTACTCTAA-CA
260 GTTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
* *
8091 AAAAA-ATTTAAAACCATAAAATTAATTT-TCAATAAATATTTTTATTTTCCGTAATA-TATTTA
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAA-AAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
*
8153 CCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTATTTTTTTTAAAAAAACAAT-ACTAGTAAACCCGATT
389 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATT
8216 AACT-CTAGC-TTCACCCGGAAC
453 AACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
8237 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGG-GATTACAAGTAGGTTT-GACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
* *
8300 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATTAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGT-TGGAAAAGAAAGAGG-
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
8363 AAA-ATTGGGCGATA-T-CCGTGGAAGAA-TTGT-TGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
8422 TTCA-GATATTCGT-AGTGATA-TTTTC-AAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCC-
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
8482 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTT-AATAAAATATTTACTCTAACCAA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
*
8546 AAAATATTTAAAACAATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA-C
326 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
* * *
8610 GA-TTTTAAATGAAATTAAGCTGACTAATTTTTTTTTAAAAAACAATGGCTAGTAAACTC-ATTA
391 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAAC-CGATTA
8673 ACT-CTAG-ATTCA-CCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
*
8692 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGAGCT-TTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTT-GACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
*
8755 GAATTGTGAT-GAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGC-GAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
8818 AAATATTGGGCGATACTCCC-T-GAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
8881 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCT-AAAATA-TTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
*
8944 TTTAGTTAATATT-TAACTTC-CT-CATTTTAATTTATCTTTCAATAAAATATTTACTAT-A--A
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTAT-TTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
*
9003 AAAAATATTTAAAACCA-AAAATTG-TTTCTCAAAAAATATTTTTATTTTCCAGAATATTATTTA
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTC-AAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
9066 CCGA-TTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAA-TTTTTT-AAAAAACAAT-ACTAGTAAACCGATTA
389 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCGATTA
9127 ACTCCTAG-ATTCA-CCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
9147 CCGATAAACTTACTC-AAACTGGTAGA-CTATTTTAGGG-GATTACAA-TAGGTTTGGAC-ATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
9207 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAG-AGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGA-GA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
9270 AAATATT-GGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
9333 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTC-AAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
9397 -TTAGTTAATATTGTAACTTCTCT-CATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTC-AACCAA
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
9459 AAAATA-TTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATA-TTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
326 AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
*
9522 GAATTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAAACAATGACTAGTAAACTCGATTA
391 GATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTT-AAAAAAACAATGACTAGTAAAC-CGATTA
9587 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
454 ACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
*
9609 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGA-CTTTTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
*
9673 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGTAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
66 GGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAAGATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGA
9738 AAATATT-GGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGAT-GGGGTATTAGTA
131 AAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGAATTTGTGTGCCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTA
9801 TT-ATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATA-TTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
196 TTCATGATATTCGTGAGTGATATTTTTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCCG
*
9864 TTTAGTTAATATTGTAA-AT-TCTCCATTTTAATTTACTTTTCAATAAAATA-TTACTCTAACC-
261 TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTA-TTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCA
*
9925 AAAAATATTTAAAA-CATAAAATTAATTTCTCAATAAATA-TTTTATTTT---GAATATTATTTA
325 AAAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAA-AAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTA
9985 CCGATTTTTAAATGAAATTAA-CTAACTAA--TTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAACCCGATT
389 CCGATTTTTAAATGAAATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAAAAACAATGACTAGTAAA-CCGATT
10047 AACTCCTAGCA-TCA-CCGGAAC
453 AACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
10068 CCG--AAACTTACTCAAAACTGGTA-ACCTATTTTAGGG-GATTACAAGTAGGTTT-GACAATTA
1 CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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*
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* * *
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* *
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**
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***
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*
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* *
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453 AACTCCTAGCATTCACCCGGAAC
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11492 GATATGAAGC
Statistics
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Consensus pattern (475 bp):
CCGATAAACTTACTCAAAACTGGTAGACCTATTTTAGGGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTA
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TTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTCCATTTTAATTTATTTTCAATAAAATATTTACTCTAACCAA
AAAATATTTAAAACCATAAAATTGATTTCTCAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACC
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TCCTAGCATTCACCCGGAAC
Found at i:10380 original size:17 final size:19
Alignment explanation
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10344 AAAATAACTC
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*
10371 AACCATAAAATGATTTCAA
1 AACCAAAAAATGATTTCAA
10390 AA
1 AA
10392 ATATTTTTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.56
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19 4 0.22
ACGTcount: A:0.61, C:0.13, G:0.03, T:0.24
Consensus pattern (19 bp):
AACCAAAAAATGATTTCAA
Done.