Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_5287
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11546
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.20, T:0.25
Found at i:1101 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 1021--1662 Score: 444
Period size: 42 Copynumber: 15.5 Consensus size: 41
1011 CACCAAGGTA
* *
1021 CCGATGGTGCCCGAGG-TCTCGTACGACAAGGGCCTAGGTTA
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
*
1062 CCGATAGTGCCCGAGGCTCCGGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCACGACAAGGGCCTAGGTTG
* ** *
1104 CCGATGGTGTCCGAGGCTTCCGTCATC--CAAGCCACCAAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGAGGC-TCCG-CA-CGACAAG-GGCCTAGGTTG
* * * * * *
1146 CTGGTGGTGCCTGAAGCTCCCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTT
1 CCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
* * ** *
1189 ACGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGA--CAAGGGCCTAGGTTG
* *
1231 TCGATGGTGGCCGAGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
* * *
1273 CCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCAACGATCAGGGGCTTAGGTTA
1 CCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGC-ACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
* *** * * * *
1316 CCAATGGTGTTTG-GGCTCC-CGCGACCAGGGGCTAGGGTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
* * * *
1355 CCGATGGGTG-CCAAGGCCCCGC-C-AGCCAGGG-CTAGGGTGG
1 CCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCGCACGA-CAAGGGCCTA-GGTTG
* * *
1395 CCGATGGTGTCTGAGGGCTGCCGCACGACCA-GGCCTAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGA-GGCT-CCGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
*
1436 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGCCAAGGGCCTAGGTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
* *
1477 CCGATGGTGTCCGA-GCTCTCGCACGACCAAGGGCATAGGTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
* *
1519 CCGATGGTGGCCGAGGCTCTCGCACGCCAAGGGCCTAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
* *
1560 CCAATGGTGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCCTAGGTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
* * *
1603 CCGGT-GTGCCCGAGGCTCTGCACGACCAAGGGTCTAGGTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
*
1644 -CGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1663 TGCATATCAA
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 83, Indels: 78
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
39 34 0.07
40 45 0.09
41 121 0.25
42 197 0.41
43 79 0.16
44 3 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (41 bp):
CCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACAAGGGCCTAGGTTG
Found at i:1119 original size:83 final size:85
Alignment explanation
Indices: 1021--1662 Score: 527
Period size: 83 Copynumber: 7.7 Consensus size: 85
1011 CACCAAGGTA
* * * * *
1021 CCGATGGTGCCCGAGG-TCTCGTACGA-CAAGGGCCTAGGTTACCGATAGTGCCCGAGGCTCCGG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC-G
1084 CACGA-CAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * ** * * * *
1104 CCGATGGTGTCCGAGGCTTCCGTCA--TCCAAGCCACCAAGG-TGCTGGTGGTG-CCTGAAGCTC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG-CACGACCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCT-
* *
1165 CCGCATGACCAAGGGCCTAGGTTT
62 CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * ** * * *
1189 ACGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGGCCGAGGCTCCT
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC-
1252 GCACGACCAAGGGCCTAGG-TG
64 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * * * **
1273 CCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCAACGATCAGGGGCTTAGGTTACCAATGGTGTTTG-GGCTCC-
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC-ACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCG
* * *
1335 CGCGACC-AGGGGCTAGGGTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * *
1355 CCGATGGGTG-CCAAGGC-CCCGC-C-AGCC-AGGG-CTAGGGTGGCCGATGGTGTCTGAGGGCT
1 CCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTA-GGTTGCCGATGGTGTCCGA-GGCT
1414 GCCGCACGACC-A-GGCCTAGG-TG
62 -CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
1436 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACG-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGA-GCTCTCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTC-CG
*
1498 CACGACCAAGGGCATAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * *
1519 CCGATGGTGGCCGAGGCTCTCGCACG-CCAAGGGCCTAGG-TGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC-G
*
1582 CATGACCAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * *
1603 CCGGT-GTGCCCGAGGCT-CTGCACGACCAAGGGTCTAGGTTG-CGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1663 TGCATATCAA
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 66, Indels: 74
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.00
79 19 0.04
80 24 0.05
81 28 0.06
82 61 0.13
83 115 0.25
84 109 0.24
85 91 0.20
86 7 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGGTTG
Found at i:1236 original size:127 final size:126
Alignment explanation
Indices: 927--1325 Score: 334
Period size: 127 Copynumber: 3.2 Consensus size: 126
917 CATCCAATGT
* * * *
927 CCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAA-CACCAAGGTGGCCAAT-CTGCTCG
1 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGT-GCCGATGGTGC-CG
* * * *
990 AGGCTCCCGTACATCCGAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGCCCGAGGTCTCGTACGACAAGGG
64 AGGCTCCCGTACATCCGAAGCCACCAAGGTACCGATGGTGCCCGAGCTCCCGCACGACAAGGG
* * * ** *
1053 CCTAGGTTACCGATAGTGCCCGAGGCTCCGGCACGA--CAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
1 CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CC
* * * * * *
1116 GAGGCTTCCGT-CATCC-AAGCCACCAAGGTGCTGGTGGTGCCTGAAGCTCCCGCATGACCAAGG
63 GAGGCTCCCGTACATCCGAAGCCACCAAGGTACCGATGGTGCCCG-AGCTCCCGCACGA-CAAGG
1179 G
126 G
*
1180 CCTAGGTTTA-CGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGGCCG
1 CCTAGG-TTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCCG
* * ** * * *
1244 AGGCTCCTGCACGA-CC-AAG-GGCCTAGGTGCCGATGGT-CCCGAGGCTCCCGCAACGATCAGG
64 AGGCTCCCGTAC-ATCCGAAGCCACCAAGGTACCGATGGTGCCCGA-GCTCCCGC-ACGA-CAAG
1305 GG
125 GG
* *
1307 CTTAGGTTACCAATGGTGT
1 CCTAGGTTACCGATGGTGT
1326 TTGGGCTCCC
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 41, Indels: 31
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
125 26 0.12
126 68 0.31
127 101 0.47
128 20 0.09
129 1 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.31, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (126 bp):
CCTAGGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCGAG
GCTCCCGTACATCCGAAGCCACCAAGGTACCGATGGTGCCCGAGCTCCCGCACGACAAGGG
Found at i:6278 original size:57 final size:59
Alignment explanation
Indices: 6182--6301 Score: 190
Period size: 57 Copynumber: 2.1 Consensus size: 59
6172 GGGAGGGACA
* *
6182 GGGACGATTCATTCATTGTTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTAGC-TTT
1 GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTTT
* *
6240 GGGACGGTTCATTCATTATT-GGTACCGAACATGTAACGGTATCTGAATTCTACCTTTT
1 GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTTT
6298 GGGA
1 GGGA
6302 TTGGGGAGGG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 2
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 32 0.56
58 25 0.44
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
GGGACGATTCATTCATTATTGGGTACCGAACATGCAACGGTATCTGAATTCTACCTTTT
Found at i:8052 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7884--8061 Score: 277
Period size: 43 Copynumber: 4.2 Consensus size: 43
7874 GGCAGTGTCT
* * *
7884 GAGGCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTTCTC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
* **
7926 GAGGCTCCCGCACTACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTTC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
7969 GAGGCTCCCGCACTACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
8012 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
*
8055 GAAGCTC
1 GAGGCTC
8062 GCTCCCTATT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 8, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 26 0.20
43 101 0.80
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (43 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
Done.