Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold_5551

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 10521
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.22, T:0.33


Found at i:1913 original size:42 final size:43

Alignment explanation


    Indices: 1866--1968  Score: 190
    Period size: 42  Copynumber: 2.4  Consensus size: 43

       1856 TTGGTTTTCA

                                                       
       1866 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTT-ACGGTTGTGAGATTG
          1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG

                                                       
       1908 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG
          1 GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG

                              
       1951 GCACTAAGTGTGGCGGGC
          1 GCACTAAGTGT-GCGGGC

       1969 TTGAAATGCA


Statistics
Matches: 59,  Mismatches: 0, Indels: 2
        0.97            0.00        0.03

Matches are distributed among these distances:
  42   27  0.46
  43   26  0.44
  44    6  0.10

ACGTcount: A:0.22, C:0.15, G:0.37, T:0.26


Consensus pattern (43 bp):   
GCACTAAGTGTGCGGGCAATAAGTGTTCACGGTTGTGAGATTG

Found at i:2019 original size:29 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 1949--2023  Score: 98
    Period size: 29  Copynumber: 2.6  Consensus size: 29

       1939 GTTGTGAGAT

                             *         *  
       1949 TGGCACTAAGTGTGGCGGGCTTGAAATGCA
          1 TGGCACTAAGTGT-GCGAGCTTGAAATACA

                                 *        
       1979 TGGCACTAAGTGTGCGAG-TTTAAAGTACA
          1 TGGCACTAAGTGTGCGAGCTTGAAA-TACA

                            
       2008 TGGCACTAAGTGTGCG
          1 TGGCACTAAGTGTGCG

       2024 TGTTGATTAT


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 3, Indels: 3
        0.87            0.06        0.06

Matches are distributed among these distances:
  28    5  0.12
  29   23  0.56
  30   13  0.32

ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.33, T:0.25


Consensus pattern (29 bp):   
TGGCACTAAGTGTGCGAGCTTGAAATACA

Found at i:6077 original size:47 final size:47

Alignment explanation


    Indices: 5947--6437  Score: 763
    Period size: 47  Copynumber: 10.5  Consensus size: 47

       5937 GATTCAGCCA

                                                           
       5947 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                        *                *   *             
       5994 G-AAGTGTATATGT-TGATAAGGCCT-ATAGCCAATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                                                           
       6038 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                                                             
       6085 GAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                        *                *                 
       6134 GAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                        * *              *                 
       6181 GAAAGTGTATATGTTTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                        *                *                 
       6228 GAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                        *                                  
       6275 GAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                                                           
       6322 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                              * *    * *     * *      *    
       6369 GAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGT
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

                   *   *          
       6416 GAAAGTGCATAAATGTGATAAG
          1 GAAAGTGTATATATGTGATAAG

       6438 TCCCGAAGGG


Statistics
Matches: 416,  Mismatches: 23, Indels: 10
        0.93            0.05        0.02

Matches are distributed among these distances:
  44   19  0.05
  45   22  0.05
  46   22  0.05
  47  306  0.74
  49   47  0.11

ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29


Consensus pattern (47 bp):   
GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT

Found at i:6612 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 6556--6634  Score: 106
    Period size: 37  Copynumber: 2.1  Consensus size: 37

       6546 CCGAGCTCTA

                *     *                 *         
       6556 AAGATCCGATGACTACGTGTGG-GAATTTTGTCCGGGT
          1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAG-ATTATGTCCGGGT

                          *                      
       6593 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
          1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT

                 
       6630 AAGAC
          1 AAGAC

       6635 TTCGTAATAA


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 4, Indels: 2
        0.86            0.09        0.05

Matches are distributed among these distances:
  37   36  0.97
  38    1  0.03

ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.30, T:0.27


Consensus pattern (37 bp):   
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Done.