Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_5629
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10179
ACGTcount: A:0.15, C:0.05, G:0.37, T:0.43
Found at i:2330 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 2314--2477 Score: 80
Period size: 7 Copynumber: 22.7 Consensus size: 7
2304 CGGTTCGGTT
2314 TTTA-GG
1 TTTAGGG
2320 TTTAGGG
1 TTTAGGG
*
2327 TTTATGG
1 TTTAGGG
*
2334 TTATA-GT
1 TT-TAGGG
*
2341 TTTATGG
1 TTTAGGG
*
2348 TTTAGGT
1 TTTAGGG
*
2355 TTTAGGA
1 TTTAGGG
2362 TTTAGGGG
1 TTTA-GGG
*
2370 TTTAGTGT
1 TTTAG-GG
**
2378 TTTAGTT
1 TTTAGGG
2385 TTTAGGGG
1 TTTA-GGG
*
2393 TTTGGGG
1 TTTAGGG
*
2400 TTTGGGG
1 TTTAGGG
*
2407 TTTATGG
1 TTTAGGG
*
2414 TTTAAGG
1 TTTAGGG
*
2421 TTTTGGG
1 TTTAGGG
*
2428 TTTTTGGG
1 -TTTAGGG
*
2436 ATTTGGGG
1 -TTTAGGG
*
2444 TTTTGGG
1 TTTAGGG
2451 TTTTAGGG
1 -TTTAGGG
*
2459 TTCAGGG
1 TTTAGGG
*
2466 TTCAGGG
1 TTTAGGG
*
2473 GTTAG
1 TTTAG
2478 AGTTATGTGT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 24, Indels: 15
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.05
7 83 0.66
8 37 0.29
ACGTcount: A:0.13, C:0.01, G:0.37, T:0.49
Consensus pattern (7 bp):
TTTAGGG
Found at i:2389 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2339--2457 Score: 107
Period size: 37 Copynumber: 3.2 Consensus size: 36
2329 TATGGTTATA
*
2339 GTTTTATGG-TTTAGGTTTTAGGATTTAGGGGTTTAGT
1 GTTTTA-GGTTTTAGGTTTTGGGATTT-GGGGTTTAGT
* * *
2376 GTTTTAGTTTTTAGGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA-T
1 GTTTTAGGTTTTA-GGTTTTGGGATTTGGGGTTTAGT
* * * *
2412 GGTTTAAGGTTTTGGGTTTTTGGGATTTGGGGTTTTGG
1 -GTTTTAGGTTTTAGG-TTTTGGGATTTGGGGTTTAGT
2450 GTTTTAGG
1 GTTTTAGG
2458 GTTCAGGGTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 12, Indels: 10
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 4 0.06
37 51 0.78
38 10 0.15
ACGTcount: A:0.11, C:0.00, G:0.38, T:0.51
Consensus pattern (36 bp):
GTTTTAGGTTTTAGGTTTTGGGATTTGGGGTTTAGT
Found at i:2402 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2313--2467 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 7.1 Consensus size: 23
2303 TCGGTTCGGT
*
2313 TTTTAGG-TTTA-GGGTTTATGG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
* * *
2334 TTATA-GTTTTA-TGGTTTA-GG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
*
2354 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGTG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
**
2377 TTTTAGTTTTTAGGGGTTT-GGG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
* * * * *
2399 GTTTGGGGTTTA-TGGTTTAAGG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
* * * * *
2421 TTTTGGGTTTTTGGGATTTGGGG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
* * *
2444 TTTTGGGTTTTA-GGGTTCAGGG
1 TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
2466 TT
1 TT
2468 CAGGGGTTAG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 26, Indels: 11
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.07
21 24 0.24
22 36 0.35
23 35 0.34
ACGTcount: A:0.12, C:0.01, G:0.36, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
TTTTAGGATTTAGGGGTTTAGGG
Found at i:2416 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2368--2453 Score: 113
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
2358 AGGATTTAGG
*
2368 GGTTT-AGTGTTTT-AGTTTTTAGGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAT
1 GGTTTAAG-GTTTTGAGTTTTT-GGGATTTGGGGTTTGGGGTTTAT
* *
2412 GGTTTAAGGTTTTGGGTTTTTGGGATTTGGGGTTTTGGGTTT
1 GGTTTAAGGTTTTGAGTTTTTGGGATTTGGGGTTTGGGGTTT
2454 TAGGGTTCAG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 4
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 29 0.78
45 8 0.22
ACGTcount: A:0.08, C:0.00, G:0.40, T:0.52
Consensus pattern (44 bp):
GGTTTAAGGTTTTGAGTTTTTGGGATTTGGGGTTTGGGGTTTAT
Found at i:2442 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2422--2460 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
2412 GGTTTAAGGT
2422 TTTGGGTTTTTGGGA
1 TTTGGGTTTTTGGGA
* *
2437 TTTGGGGTTTTGGGT
1 TTTGGGTTTTTGGGA
2452 TTTAGGGTT
1 TTT-GGGTT
2461 CAGGGTTCAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 16 0.80
16 4 0.20
ACGTcount: A:0.05, C:0.00, G:0.41, T:0.54
Consensus pattern (15 bp):
TTTGGGTTTTTGGGA
Found at i:2544 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 2525--2595 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 6.5 Consensus size: 10
2515 GTTAAGGGTT
2525 GGGGGTTGGG
1 GGGGGTTGGG
2535 GGGGGTTTGGGTCG
1 GGGGG-TT-GG--G
2549 GGTGGGGTTGGG
1 GG--GGGTTGGG
* *
2561 TGGGGTGGGG
1 GGGGGTTGGG
**
2571 GGGGGGGGGG
1 GGGGGTTGGG
2581 GGGGGTTGGG
1 GGGGGTTGGG
2591 GGGGG
1 GGGGG
2596 GTCGGGTTGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 12
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
10 33 0.67
11 2 0.04
12 4 0.08
14 5 0.10
15 2 0.04
16 3 0.06
ACGTcount: A:0.00, C:0.01, G:0.80, T:0.18
Consensus pattern (10 bp):
GGGGGTTGGG
Found at i:2561 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2536--2570 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
2526 GGGGTTGGGG
2536 GGGGTTTGGGTCGGGT
1 GGGGTTTGGGTCGGGT
*
2552 GGGG-TTGGGTGGGGT
1 GGGGTTTGGGTCGGGT
2567 GGGG
1 GGGG
2571 GGGGGGGGGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.78
16 4 0.22
ACGTcount: A:0.00, C:0.03, G:0.71, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
GGGGTTTGGGTCGGGT
Found at i:2610 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2594--2658 Score: 73
Period size: 13 Copynumber: 5.3 Consensus size: 12
2584 GGTTGGGGGG
2594 GGGTCGGGTTGT
1 GGGTCGGGTTGT
2606 AGGGTCGGG--GT
1 -GGGTCGGGTTGT
2617 GGGTCGGGGTTGT
1 GGGTC-GGGTTGT
2630 GGGTTCGGGTTGT
1 GGG-TCGGGTTGT
2643 GGGTTCGGG-TGT
1 GGG-TCGGGTTGT
2655 GGGT
1 GGGT
2659 TGGGGGGGTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 0, Indels: 10
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.10
11 6 0.12
12 6 0.12
13 29 0.60
14 2 0.04
ACGTcount: A:0.02, C:0.08, G:0.60, T:0.31
Consensus pattern (12 bp):
GGGTCGGGTTGT
Found at i:2610 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2583--2666 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
2573 GGGGGGGGGG
2583 GGGTTGGGGGGGGGTCGGGTTGT
1 GGGTTGGGGGGGGGTCGGGTTGT
* *
2606 AGGG-TCGGGGTGGGTCGGGGTTGT
1 -GGGTTGGGGGGGGGTC-GGGTTGT
* *
2630 GGGTTCGGGTTGTGGGTTCGGG-TGT
1 GGGTT-GGG--GGGGGGTCGGGTTGT
2655 GGGTTGGGGGGG
1 GGGTTGGGGGGG
2667 TTGGGGTTGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 12
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
22 3 0.06
23 13 0.27
24 14 0.29
25 10 0.21
26 3 0.06
27 5 0.10
ACGTcount: A:0.01, C:0.06, G:0.65, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
GGGTTGGGGGGGGGTCGGGTTGT
Found at i:2615 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2583--2675 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 4.0 Consensus size: 24
2573 GGGGGGGGGG
*
2583 GGGTTGGGGGGGGGTC-GGGTTGT
1 GGGTTCGGGGGGGGTCGGGGTTGT
*
2606 AGGG-TCGGGGTGGGTCGGGGTTGT
1 -GGGTTCGGGGGGGGTCGGGGTTGT
*
2630 GGGTTCGGGTTGTGGGTTC-GGG-TGT
1 GGGTTCGGG--G-GGGGTCGGGGTTGT
*
2655 GGGTT--GGGGGGGTTGGGGTTG
1 GGGTTCGGGGGGGGTCGGGGTTG
2676 GGTTGGCTTG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 16
0.72 0.08 0.21
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.07
21 4 0.07
22 2 0.04
23 15 0.27
24 15 0.27
25 8 0.14
26 4 0.07
27 4 0.07
ACGTcount: A:0.01, C:0.05, G:0.65, T:0.29
Consensus pattern (24 bp):
GGGTTCGGGGGGGGTCGGGGTTGT
Found at i:2673 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2653--2752 Score: 106
Period size: 25 Copynumber: 4.0 Consensus size: 26
2643 GGGTTCGGGT
2653 GTGGG-TTGGGGGGGTTGGGG-TTGG
1 GTGGGCTTGGGGGGGTTGGGGCTTGG
* *
2677 GTTGGCTT---GGGCTTGGGGCTTGG
1 GTGGGCTTGGGGGGGTTGGGGCTTGG
2700 GTGGGCTTGGGGGGGCTTGGGGCTTGG
1 GTGGGCTTGGGGGGG-TTGGGGCTTGG
*
2727 GTGGGGCTT--GGGGCTTGGGGCTTGG
1 GT-GGGCTTGGGGGGGTTGGGGCTTGG
2752 G
1 G
2753 GCTTGGGGTT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 13
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 9 0.14
23 11 0.17
24 4 0.06
25 14 0.22
26 7 0.11
27 13 0.20
28 6 0.09
ACGTcount: A:0.00, C:0.09, G:0.62, T:0.29
Consensus pattern (26 bp):
GTGGGCTTGGGGGGGTTGGGGCTTGG
Found at i:2679 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2622--2681 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
2612 GGGGTGGGTC
2622 GGGGTTGTGGGTTCGGGTT--G
1 GGGGTTG-GGGTT-GGGTTGGG
* *
2642 TGGGTTCGGGTGTGGGTTGGG
1 GGGGTTGGGGT-TGGGTTGGG
2663 GGGGTTGGGGTTGGGTTGG
1 GGGGTTGGGGTTGGGTTGG
2682 CTTGGGCTTG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 6
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.27
20 14 0.42
21 10 0.30
ACGTcount: A:0.00, C:0.03, G:0.63, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
GGGGTTGGGGTTGGGTTGGG
Found at i:2705 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 2668--2738 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 7.0 Consensus size: 10
2658 TTGGGGGGGT
*
2668 TGGGGTTGGG
1 TGGGCTTGGG
*
2678 TTGGCTTGGG
1 TGGGCTTGGG
2688 CTTGGGGCTTGGG
1 --T-GGGCTTGGG
2701 TGGGCTTGGG
1 TGGGCTTGGG
*
2711 GGGGCTT--G
1 TGGGCTTGGG
2719 -GGGCTTGGG
1 TGGGCTTGGG
2728 TGGGGCTTGGG
1 T-GGGCTTGGG
2739 GCTTGGGGCT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 13
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.12
8 1 0.02
9 1 0.02
10 23 0.46
11 10 0.20
12 1 0.02
13 8 0.16
ACGTcount: A:0.00, C:0.10, G:0.61, T:0.30
Consensus pattern (10 bp):
TGGGCTTGGG
Found at i:2712 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2702--2765 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 3.5 Consensus size: 18
2692 GGGCTTGGGT
2702 GGGCTT-GGGGGGGCTTG
1 GGGCTTGGGGGGGGCTTG
*
2719 GGGCTTGGGTGGGGCTTG
1 GGGCTTGGGGGGGGCTTG
2737 GGGCTTGGGGCTTGGGGCTTG
1 GGGCTTGGGG---GGGGCTTG
2758 GGG-TTGGG
1 GGGCTTGGG
2766 TTGGTTTAGG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 5
0.85 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.15
18 19 0.46
20 5 0.12
21 11 0.27
ACGTcount: A:0.00, C:0.11, G:0.62, T:0.27
Consensus pattern (18 bp):
GGGCTTGGGGGGGGCTTG
Found at i:2764 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 2685--2765 Score: 84
Period size: 27 Copynumber: 3.1 Consensus size: 27
2675 GGGTTGGCTT
2685 GGGCTTGGGGCTTGGGTGGGCTT-GGG--G
1 GGGCTTGGGGCTT--G-GGGCTTGGGGTTG
2712 GGGCTTGGGGCTT-GGG--TGGGGCTTG
1 GGGCTTGGGGCTTGGGGCTTGGGG-TTG
2737 GGGCTTGGGGCTTGGGGCTTGGGGTTG
1 GGGCTTGGGGCTTGGGGCTTGGGGTTG
2764 GG
1 GG
2766 TTGGTTTAGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 14
0.77 0.00 0.23
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.02
22 3 0.06
23 3 0.06
25 14 0.30
26 3 0.06
27 18 0.38
28 5 0.11
ACGTcount: A:0.00, C:0.11, G:0.62, T:0.27
Consensus pattern (27 bp):
GGGCTTGGGGCTTGGGGCTTGGGGTTG
Found at i:2765 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 2662--2769 Score: 116
Period size: 52 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
2652 TGTGGGTTGG
*
2662 GGGGGTTGGGGTTGGGTTGGCTTGGGCTTGGGGCTTGGGTGGGCTT
1 GGGGGTTGGGGTTGGGTGGGCTTGGGCTTGGGGCTT-GGTGGGCTT
2708 GGGGGGGCTTGGGGCTTGGGTGGGGCTTGGGGCTTGGGGCTT-G-GGGCTT
1 --GGGGG-TTGGGG-TTGGGT-GGGCTT-GGGCTTGGGGCTTGGTGGGCTT
2757 -GGGGTT-GGGTTGG
1 GGGGGTTGGGGTTGG
2770 TTTAGGGTTA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 1, Indels: 13
0.80 0.01 0.19
Matches are distributed among these distances:
43 4 0.07
44 3 0.05
45 2 0.04
46 4 0.07
48 5 0.09
49 12 0.22
50 7 0.13
51 5 0.09
52 13 0.24
ACGTcount: A:0.00, C:0.09, G:0.61, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
GGGGGTTGGGGTTGGGTGGGCTTGGGCTTGGGGCTTGGTGGGCTT
Found at i:2795 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 2775--2855 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 6.9 Consensus size: 11
2765 GTTGGTTTAG
2775 GGTTAGGGTTA
1 GGTTAGGGTTA
2786 GGTTAGGGGTTA
1 GGTTA-GGGTTA
*
2798 GG-T-GGTTTA
1 GGTTAGGGTTA
*
2807 GG-GAGGGTTA
1 GGTTAGGGTTA
2817 GGGTTTAGGGTTA
1 -GG-TTAGGGTTA
2830 GGGTTTAGGGTTTA
1 -GG-TTAGGG-TTA
2844 GGGTTTAGGGTT
1 -GG-TTAGGGTT
2856 TGGGGTTGGG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 10
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
9 7 0.12
10 5 0.08
11 8 0.13
12 8 0.13
13 19 0.32
14 13 0.22
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.48, T:0.37
Consensus pattern (11 bp):
GGTTAGGGTTA
Found at i:2816 original size:19 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2773--2846 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 4.0 Consensus size: 17
2763 GGGTTGGTTT
*
2773 AGGGTTAGGG-TTAGGTT
1 AGGGTTAGGGTTTAGG-G
2790 AGGGGTTAGGTGGTTTAGGG
1 A-GGGTTA-G-GGTTTAGGG
2810 AGGGTTAGGGTTTAGGG
1 AGGGTTAGGGTTTAGGG
2827 TTAGGGTTTAGGGTTTAGGG
1 --AGGG-TTAGGGTTTAGGG
2847 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 11
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.20
18 7 0.14
19 11 0.22
20 16 0.33
21 5 0.10
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.50, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AGGGTTAGGGTTTAGGG
Found at i:2819 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2773--2875 Score: 108
Period size: 34 Copynumber: 2.9 Consensus size: 37
2763 GGGTTGGTTT
2773 AGGGTTAGGG-TTA-GGTTAGGGGTTAGGTGGTTTAGGG
1 AGGGTTAGGGTTTAGGGTTAGGGGTTA-G-GGTTTAGGG
*
2810 AGGGTTAGGGTTTAGGGTTAGGGTTTAGGGTTTA--G
1 AGGGTTAGGGTTTAGGGTTAGGGGTTAGGGTTTAGGG
* * * *
2845 -GGTTTAGGGTTTGGGGTTGGGGGTTGGGGTT
1 AGGGTTAGGGTTTAGGGTTAGGGGTTAGGGTT
2876 GGGTTGGGTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 7
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
34 26 0.45
35 1 0.02
37 16 0.28
38 4 0.07
39 11 0.19
ACGTcount: A:0.13, C:0.00, G:0.51, T:0.36
Consensus pattern (37 bp):
AGGGTTAGGGTTTAGGGTTAGGGGTTAGGGTTTAGGG
Found at i:2830 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2771--2853 Score: 116
Period size: 44 Copynumber: 1.9 Consensus size: 43
2761 TTGGGTTGGT
2771 TTAGGGTTAGGGTTA-GG-TTAGGGGTTAGGTGGTTTAGGGAGGG
1 TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTAGGGGTTA-G-GGTTTAGGGAGGG
*
2814 TTAGGGTTTAGGGTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGG
1 TTAGGG-TTAGGGTTAGGGTTTAGGGGTTAGGGTTTAGGG
2854 TTTGGGGTTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 5
0.86 0.02 0.12
Matches are distributed among these distances:
43 6 0.17
44 18 0.50
45 3 0.08
46 9 0.25
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.48, T:0.36
Consensus pattern (43 bp):
TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTAGGGGTTAGGGTTTAGGGAGGG
Found at i:2868 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2814--2875 Score: 74
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
2804 TTAGGGAGGG
2814 TTAGGGTTTAGGGTT-AGGGT
1 TTAGGGTTTAGGGTTGAGGGT
*
2834 TTAGGGTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTTAGGGTTGAGGGT
* **
2855 TTGGGGTTGGGGGTTG-GGGT
1 TTAGGGTTTAGGGTTGAGGGT
2875 T
1 T
2876 GGGTTGGGTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 20 0.54
21 17 0.46
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.50, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TTAGGGTTTAGGGTTGAGGGT
Found at i:2873 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2855--3314 Score: 162
Period size: 13 Copynumber: 34.5 Consensus size: 13
2845 GGTTTAGGGT
2855 TTGGGGTTGGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
2868 TTGGGGTT--GGG
1 TTGGGGTTGGGGG
2879 TT-GGGTTGGTCTGGGG
1 TTGGGGTT-G---GGGG
**
2895 TCTGGGGTTCTGGG
1 T-TGGGGTTGGGGG
2909 TCTGGGGTCTGGTCTGGG
1 T-TGGGGT-TGG---GGG
2927 TCTGGGGTCT-GGGG
1 T-TGGGGT-TGGGGG
* *
2941 TTGGGGTTTTGGGT
1 TTGGGG-TTGGGGG
2955 TTGGGGTTTGGGGG
1 TTGGGG-TTGGGGG
2969 TTGGGGTT-GGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
2981 -TGGGGTTGGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
2993 TGGGGGTT-GGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
* *
3005 TTCGGGTT-CGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
3017 TTCGGGGTTGGGGG
1 TT-GGGGTTGGGGG
*
3031 TTGGGG-T-CGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
3042 TTCGGGGTTCGGGGT
1 TT-GGGGTT-GGGGG
* *
3057 TTCGGGTTCGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
3070 TTCGGGGTTCGGGG
1 TT-GGGGTTGGGGG
* *
3084 TTCGGGTTCGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
3097 TT-CGGTT-GGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
** *
3108 TT-CCGTTCGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
* *
3120 TTCGGGTT-TGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
* *
3132 TTCGGGTTAGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
3145 TTCGGGGTTAGGGGT
1 TT-GGGGTT-GGGGG
* *
3160 TTAGGG-TAGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
* *
3172 TTGGGTTTAGGTTTGGT
1 TTGGGGTT-GG---GGG
* * *
3189 TTAGGGTTTAGGGT
1 TT-GGGGTTGGGGG
* **
3203 TTAGGGTTTAGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
* **
3216 TTTGGGTTTAGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
3229 TT-GGGTTTGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
* *
3241 TTTGGGTT-TGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
*
3253 TTTGGGTTGGGTGG
1 TTGGGGTTGGG-GG
3267 TTGAGGGTTGGGGG
1 TTG-GGGTTGGGGG
*
3281 TTTGGGGTTTGGGGT
1 -TTGGGG-TTGGGGG
*
3296 TTGGGGTTTGGGG
1 TTGGGGTTGGGGG
3309 TTGGGG
1 TTGGGG
3315 GGGGGGGGGG
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 51, Indels: 80
0.73 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.01
11 27 0.08
12 78 0.22
13 96 0.27
14 88 0.25
15 27 0.08
16 4 0.01
17 7 0.02
18 24 0.07
ACGTcount: A:0.02, C:0.06, G:0.56, T:0.36
Consensus pattern (13 bp):
TTGGGGTTGGGGG
Found at i:2992 original size:7 final size:6
Alignment explanation
Indices: 2617--3314 Score: 230
Period size: 7 Copynumber: 111.5 Consensus size: 6
2607 GGGTCGGGGT
* * *
2617 GGGTCG GGGTTG TGGGTTC GGGTTG TGGGTTC GGG-TG TGGGTT- GGG--G
1 GGGTTG GGGTTG -GGGTTG GGGTTG -GGGTTG GGGTTG -GGGTTG GGGTTG
* * *
2664 GGGTTG GGGTT- GGGTT- GGCTTG GGCTTG GGGCTT- GGG-TG GGCTTG
1 GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGG-TTG GGGTTG GGGTTG
*
2709 GGG--G GGCTTG GGGCTT- GGG-TG GGGCTTG GGGCTTG GGGCTTG GGGCTTG
1 GGGTTG GGGTTG GGG-TTG GGGTTG GGG-TTG GGG-TTG GGG-TTG GGG-TTG
* * * * *
2758 GGGTT- GGGTT- GGTTTA GGGTTA GGGTT- AGGTTAG GGGTTAG GTGGTTTA
1 GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTT-G GGGTT-G G-GG-TTG
* * * * * * *
2807 GGG--A GGGTTAG GGTTTA GGGTTAG GGTTTAG GGTTTAG GGTTTAG GGTTTG
1 GGGTTG GGGTT-G GGGTTG GGGTT-G GGGTT-G GGGTT-G GGGTT-G GGGTTG
*
2858 GGGTTGG GGGTTG GGGTT- GGGTT- GGGTT- -GGTCTG GGGTCTG GGGTTCT
1 GGGTT-G GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGT-TG GGGT-TG GGGTT-G
2906 GGGTCTG GGGTCT- -GGTCT- GGGTCTG GGGTCTG GGGTTG GGGTTTTG
1 GGGT-TG GGGT-TG GGGT-TG GGGT-TG GGGT-TG GGGTTG GGG--TTG
* *
2952 GGTTTG GGGTTTGG GGGTTG GGGTTG GGG-TG GGGTTGG GGGTGG GGGTTG
1 GGGTTG GGG-TT-G GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTT-G GGGTTG GGGTTG
* * *
3002 GGGTTC GGGTTC GGGTTCG GGGTTGG GGGTTG GGG-TC GGGTTCG GGGTTCG
1 GGGTTG GGGTTG GGGTT-G GGGTT-G GGGTTG GGGTTG GGGTT-G GGGTT-G
* * *
3053 GGGTTTC GGGTTCG GGGTTCG GGGTTCG GGGTTC GGGTTCG GGGTT- CGGTTG
1 GGG-TTG GGGTT-G GGGTT-G GGGTT-G GGGTTG GGGTT-G GGGTTG GGGTTG
** * * *
3105 GGGTT- CCGTTCG GGGTTC GGGTTT GGGTTC GGGTTAG GGGTTCG GGGTTAG
1 GGGTTG GGGTT-G GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTT-G GGGTT-G GGGTT-G
* * * * * * * *
3156 GGGTTTA GGGTAG GGGTT- GGGTTT AGGTTT GGTTTAG GGTTTAG GGTTTAG
1 GGG-TTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTT-G GGGTT-G GGGTT-G
* * * * * * * *
3207 GGTTTAG GGTTTG GGTTTA GGGTTG GGTTTG GGGTTT GGGTTT GGGTTT
1 GGGTT-G GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG GGGTTG
3256 GGGTTGG GTGGTTG AGGGTTGG GGGTTTG GGGTTTG GGGTTTG GGGTTTG
1 GGGTT-G G-GGTTG -GGGTT-G GGG-TTG GGG-TTG GGG-TTG GGG-TTG
3306 GGGTTG GGG
1 GGGTTG GGG
3315 GGGGGGGGGG
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 65, Indels: 116
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
4 15 0.03
5 68 0.12
6 205 0.36
7 254 0.45
8 25 0.04
9 2 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.06, G:0.56, T:0.35
Consensus pattern (6 bp):
GGGTTG
Found at i:3317 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 3311--3434 Score: 221
Period size: 1 Copynumber: 124.0 Consensus size: 1
3301 GTTTGGGGTT
3311 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
1 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
***
3376 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGGGGGGGGGGGGGGG
1 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
3435 TTTGGGGTTG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 121 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.98, T:0.02
Consensus pattern (1 bp):
G
Found at i:3441 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 3432--10179 Score: 8550
Period size: 7 Copynumber: 946.6 Consensus size: 7
3422 GGGGGGGGGG
3432 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3438 GGGGTT-
1 GGGTTTA
3444 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3450 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3456 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3463 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3470 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3476 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3482 GGGTTTGG
1 GGGTTT-A
3490 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3496 GGG-TT-
1 GGGTTTA
3501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3508 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
3516 GGTTTTA
1 GGGTTTA
3523 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3530 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3536 --TTTTA
1 GGGTTTA
3541 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3548 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3555 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3562 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3569 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3590 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3604 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3611 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3625 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3632 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3640 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3647 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3654 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3661 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3668 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3675 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3682 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3690 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
3699 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3706 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3713 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3720 GGG--TA
1 GGGTTTA
3725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3732 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3739 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3746 -GGTTTA
1 GGGTTTA
3752 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3759 GGG-TTA
1 GGGTTTA
3765 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3772 GGG-TTA
1 GGGTTTA
3778 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3785 GGG-TTA
1 GGGTTTA
3791 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3798 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3805 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3812 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
3820 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3828 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3842 -GGTTTA
1 GGGTTTA
3848 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3870 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3884 GGGTTTT
1 GGGTTTA
3891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3905 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3912 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3927 -GGTTTA
1 GGGTTTA
3933 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3940 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3948 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
3957 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3964 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3972 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3979 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3986 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3993 GGG-TTA
1 GGGTTTA
3999 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4006 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4013 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4021 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
4028 GGTTTTA
1 GGGTTTA
4035 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4042 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4050 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4057 GGGTGGTTTA
1 --G-GGTTTA
4067 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4109 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4117 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4124 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4132 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
4140 GGG---A
1 GGGTTTA
4144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4158 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
*
4168 GGG---G
1 GGGTTTA
****
4172 GGGGGGG
1 GGGTTTA
4179 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4186 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4193 GGG-TTA
1 GGGTTTA
4199 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4206 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4213 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4219 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4226 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4233 GGGGTTTTTA
1 -GGG--TTTA
4243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4250 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
4260 -GGTTT-
1 GGGTTTA
**
4265 -TTTTTA
1 GGGTTTA
4271 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4279 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4286 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4301 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
4309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4316 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4330 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4338 --GTTTA
1 GGGTTTA
4343 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4350 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4356 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4363 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4370 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
4383 GGTTTTA
1 GGGTTTA
4390 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4396 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4403 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4409 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4423 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4430 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4436 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4443 GGGTTT-
1 GGGTTTA
4449 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
*
4458 -GTTTTA
1 GGGTTTA
4464 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4471 TGGGTTTA
1 -GGGTTTA
4479 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4485 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4491 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4499 GGGTTT-
1 GGGTTTA
4505 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4520 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4527 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
4536 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
4545 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4552 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4559 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4566 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
4572 GGTTTTA
1 GGGTTTA
4579 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4586 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4593 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4601 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4608 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4615 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4622 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4629 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4636 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4643 GGGTTT-
1 GGGTTTA
4649 GGG-TTA
1 GGGTTTA
4655 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4662 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
4671 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4677 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4683 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4689 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4696 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4702 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4709 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4716 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4723 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4730 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4737 -GGTTT-
1 GGGTTTA
4742 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4750 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4757 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4764 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4771 GGG-TTA
1 GGGTTTA
4777 GGG-TTA
1 GGGTTTA
4783 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4790 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
4799 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4806 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4813 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4821 GGG-TTA
1 GGGTTTA
4827 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4863 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4869 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4905 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4912 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4918 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4925 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4933 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4940 -GGTTTA
1 GGGTTTA
4946 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
4954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4961 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
4969 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4976 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
4997 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5011 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5025 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5033 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5040 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
5048 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5055 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5062 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5076 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
5085 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5092 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5100 TGGGTTTA
1 -GGGTTTA
5108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5115 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5122 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5129 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5136 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5157 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5165 -GGTTT-
1 GGGTTTA
5170 -GGTTTA
1 GGGTTTA
5176 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5183 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5190 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5198 -GGTTTA
1 GGGTTTA
5204 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5232 GGGGTTTTA
1 -GGG-TTTA
5241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5248 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5255 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5263 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5270 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5277 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5284 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5292 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5300 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5307 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5314 GGG-TTA
1 GGGTTTA
5320 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5327 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5341 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
5350 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5357 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5365 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5372 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
5381 -GGTTTA
1 GGGTTTA
5387 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5394 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5408 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
5423 GGTTTTTTA
1 GG--GTTTA
5432 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5439 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5446 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5454 -GGTTTA
1 GGGTTTA
5460 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5467 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5474 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5481 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5495 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5502 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5509 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5517 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5525 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5533 -GGTTTA
1 GGGTTTA
5539 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5546 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5553 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5560 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
5569 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5590 GGGTTTAGTA
1 GGG-TT--TA
5600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5614 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5621 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5628 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5636 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
5646 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5653 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5660 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5668 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5675 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
5690 GGTTTTA
1 GGGTTTA
5697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5704 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5711 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5718 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5725 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5733 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5740 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5768 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
5777 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5784 -GGTTTA
1 GGGTTTA
5790 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5797 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5805 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5812 GGGTTT-
1 GGGTTTA
5818 --GTTTA
1 GGGTTTA
5823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5830 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5838 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5852 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5873 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
5881 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5888 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5895 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5902 GGG-TTA
1 GGGTTTA
5908 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5915 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
5924 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5931 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5938 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5945 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5952 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5959 GGG-TTA
1 GGGTTTA
5965 GGG-TTA
1 GGGTTTA
5971 GGG-TTA
1 GGGTTTA
5977 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5984 GGG-TTA
1 GGGTTTA
5990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5997 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6005 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6013 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6020 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6026 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6034 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6042 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6050 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6057 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6064 GGGGTTTAA
1 -GGGTTT-A
6073 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6080 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6086 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6093 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6108 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6116 GGGGTTTAA
1 -GGGTTT-A
6125 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6132 CGGGTTTA
1 -GGGTTTA
6140 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6147 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6154 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6161 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6169 GGG--TA
1 GGGTTTA
6174 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6182 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6189 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6196 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
6203 GGTTTTA
1 GGGTTTA
6210 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
6217 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
6224 GGTTTTAGA
1 GGGTTT--A
6233 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6240 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6247 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6254 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6261 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6269 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6276 GGGGTTTAA
1 -GGGTTT-A
6285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6292 GGGGGTTTTTA
1 --GGG--TTTA
6303 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6316 GGAGTTTTA
1 GG-G-TTTA
6325 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6332 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6339 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6346 -GGTGTTA
1 GGGT-TTA
6353 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6360 ---TTTA
1 GGGTTTA
6364 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6371 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6379 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6386 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6393 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
6401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6408 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6415 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6422 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6429 -GG-TTA
1 GGGTTTA
6434 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6441 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
6449 -GGTTTA
1 GGGTTTA
6455 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6462 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6469 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6476 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
6484 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
6493 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
6501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6515 -GGTTTA
1 GGGTTTA
6521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6528 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6535 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6541 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6549 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6556 -GG-TTA
1 GGGTTTA
6561 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
6569 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6583 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6591 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6598 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6605 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6612 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6619 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6627 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6634 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6641 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6648 GGGTTATTTA
1 GGG---TTTA
6658 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6665 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6672 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6679 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
6687 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6694 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6701 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6708 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
6717 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6724 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6732 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6738 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
6746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6753 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6760 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6767 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6774 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6802 -GGTTTA
1 GGGTTTA
6808 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6814 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6822 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6829 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
6838 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6845 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6853 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6866 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6874 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6881 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6888 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6896 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6902 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6909 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6916 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6923 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6930 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
6938 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6945 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6952 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6959 GGG-TTA
1 GGGTTTA
6965 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6972 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6979 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6986 GGGTTTA
1 GGGTTTA
6993 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7000 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7008 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7015 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7022 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7029 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7036 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7044 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7051 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7058 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7065 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7071 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7078 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7086 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7093 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7100 -GG-TTA
1 GGGTTTA
7105 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7113 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7120 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7135 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7142 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
7150 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
*
7160 -GGTTAA
1 GGGTTTA
7166 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7181 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7189 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7196 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
7206 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
7215 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
7223 GGGATTTA
1 GGG-TTTA
7231 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7238 GGG--T-
1 GGGTTTA
7242 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7249 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7256 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7263 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
7273 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7280 GGTTGGTTTA
1 -G--GGTTTA
7290 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7304 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7312 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7326 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7341 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
7351 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7358 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7364 ---TTTA
1 GGGTTTA
7368 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7375 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7397 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
7406 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7413 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7420 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7427 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7434 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7441 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
7450 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7457 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7463 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7470 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7477 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7485 -GGTTT-
1 GGGTTTA
7490 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7497 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
7507 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7514 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
7521 GGGTTTT
1 GGGTTTA
7528 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
7535 GGGTTTT
1 GGGTTTA
***
7542 TTATTT-
1 GGGTTTA
*
7548 GGTTTTA
1 GGGTTTA
7555 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7562 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7575 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7582 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7589 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7595 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7602 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
7608 GGTTTTA
1 GGGTTTA
7615 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7623 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7630 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7637 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7644 -GGTTT-
1 GGGTTTA
7649 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7655 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
7665 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7673 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
7683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7690 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7705 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
7715 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7722 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7729 GGGTTTGTTA
1 GGG--T-TTA
7739 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7753 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
7763 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
7770 GGGGTTA
1 GGGTTTA
7777 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7784 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7791 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7798 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7805 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7812 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7819 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7827 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7834 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7841 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7848 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7855 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7862 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7868 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7874 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7880 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7886 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7900 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7906 GGGTTT-
1 GGGTTTA
7912 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7919 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
7926 GGTTTTTA
1 GG-GTTTA
7934 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7940 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7947 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7968 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
7976 -GGTTTA
1 GGGTTTA
7982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
7989 GGG-TTA
1 GGGTTTA
7995 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8002 -GGTTTA
1 GGGTTTA
8008 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8016 -GGTTTA
1 GGGTTTA
8022 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8030 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8038 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
8047 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8054 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8061 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8068 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8075 -GG-TTA
1 GGGTTTA
8080 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8087 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8108 -GG-TTA
1 GGGTTTA
8113 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8121 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8135 --GTTTA
1 GGGTTTA
8140 GAGGTTTA
1 G-GGTTTA
8148 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8162 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8169 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
8176 -AGTTTA
1 GGGTTTA
8182 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8189 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8196 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8204 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8232 GGG-TTA
1 GGGTTTA
8238 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8253 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8260 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8267 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8274 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8281 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8288 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8295 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8302 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
8316 GGTTTTA
1 GGGTTTA
8323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8330 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8337 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8344 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8351 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8358 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8365 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
8375 GGGGGGTTTTA
1 ---GGG-TTTA
8386 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8393 GGGTGGTTTA
1 --G-GGTTTA
8403 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8410 GGGATTTA
1 GGG-TTTA
**
8418 GGAGGGTA
1 GG-GTTTA
8426 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8433 GGGGGTTTTA
1 --GGG-TTTA
8443 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
8451 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
8459 GGGGGTTTTA
1 --GGG-TTTA
8469 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
*
8478 TTTTGGTTTA
1 ---GGGTTTA
8488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8495 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*** *
8501 TTTTTTT
1 GGGTTTA
*** *
8508 TTTTTTT
1 GGGTTTA
***
8515 TTTTTTA
1 GGGTTTA
8522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8529 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
8537 --GTTTA
1 GGGTTTA
8542 -GGTTT-
1 GGGTTTA
8547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8554 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*** *
8560 TTTTTTT
1 GGGTTTA
*** *
8567 TTTTTTT
1 GGGTTTA
*** *
8574 TTTTTTT
1 GGGTTTA
*** *
8581 TTTTTTT
1 GGGTTTA
***
8588 TTTTTTA
1 GGGTTTA
8595 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
8601 --TTTTT
1 GGGTTTA
***
8606 TTTTTTA
1 GGGTTTA
8613 GGGTTTA
1 GGGTTTA
***
8620 TTTTTTA
1 GGGTTTA
8627 TTTGGGTTTAA
1 ---GGGTTT-A
8638 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
8644 -GTTTTA
1 GGGTTTA
8650 GGGGTTTATA
1 -GGG-TT-TA
8660 GGGATTTTTTA
1 GGG----TTTA
8671 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
8681 GGGGGGTTTTAA
1 ---GGG-TTT-A
8693 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8700 GGG--T-
1 GGGTTTA
8704 GGGTTGTA
1 GGGTT-TA
8712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8719 GGGGTTTCA
1 -GGGTTT-A
8728 GGGTTTA
1 GGGTTTA
**
8735 GGG--GG
1 GGGTTTA
****
8740 GGGGGGG
1 GGGTTTA
8747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
8761 GGGGTTTT
1 -GGGTTTA
***
8769 TTTTTTA
1 GGGTTTA
8776 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8783 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8790 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8797 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8804 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8811 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8818 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8825 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8832 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8839 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8846 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8853 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8860 -GGTTTA
1 GGGTTTA
8866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8894 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8901 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8908 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8915 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8922 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8929 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8936 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8943 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8950 -GG-TTA
1 GGGTTTA
8955 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8969 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8976 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8997 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9011 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9025 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9032 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9053 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9061 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9068 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9075 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9082 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9089 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9096 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9103 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9110 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9117 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9124 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9131 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9137 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9157 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9199 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9206 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9213 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9220 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9227 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9234 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9248 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9255 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9261 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9269 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9276 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9283 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9290 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9304 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9312 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9318 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9325 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9333 GGGGTTTTA
1 -GGG-TTTA
9342 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9349 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9356 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9363 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9370 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
9378 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9385 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9392 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9398 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9405 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9412 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9419 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9427 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
9434 GGTTTTA
1 GGGTTTA
9441 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9448 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9455 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9463 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9470 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9477 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9484 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9491 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
9498 GGTTTTA
1 GGGTTTA
9505 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9511 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9518 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9525 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9532 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*** *
9538 TTTTTTT
1 GGGTTTA
*** *
9545 TTTTTTT
1 GGGTTTA
***
9552 TTTTTTA
1 GGGTTTA
9559 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9565 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9572 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9579 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9587 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9594 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9601 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9609 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9616 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9645 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9651 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9657 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9664 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9684 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9719 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9732 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9738 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9745 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9752 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9758 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9765 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9772 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
9781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9795 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9801 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9808 GGG-TT-
1 GGGTTTA
9813 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9820 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
9828 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9842 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
9850 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9858 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9864 -GGTTTA
1 GGGTTTA
9870 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9876 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9883 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9890 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9905 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9912 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
9921 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9928 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
9936 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
9944 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
9952 GGGGTTTTA
1 -GGG-TTTA
9961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
9968 GGGTTT-
1 GGGTTTA
9974 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
9981 GGGGTTA
1 GGGTTTA
9988 GGG-TTA
1 GGGTTTA
9994 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10001 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
10010 GGGGTTTTA
1 -GGG-TTTA
10019 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10026 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10033 GGGTATTA
1 GGGT-TTA
10041 GTGGTTTA
1 G-GGTTTA
10049 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10056 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10063 GGG-TTA
1 GGGTTTA
10069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10076 GGGTTATA
1 GGGTT-TA
10084 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
10092 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10099 GGGTTT-
1 GGGTTTA
***
10105 TTATTT-
1 GGGTTTA
10111 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
10120 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10127 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10134 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10141 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10148 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10162 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10169 GGGTTTA
1 GGGTTTA
10176 GGGT
1 GGGT
Statistics
Matches: 6185, Mismatches: 123, Indels: 867
0.86 0.02 0.12
Matches are distributed among these distances:
4 31 0.01
5 77 0.01
6 643 0.10
7 4039 0.65
8 946 0.15
9 258 0.04
10 167 0.03
11 17 0.00
12 4 0.00
14 3 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.41, T:0.45
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:3445 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 3431--3503 Score: 56
Period size: 6 Copynumber: 11.5 Consensus size: 6
3421 GGGGGGGGGG
* * * *
3431 GGGGTTT GGGGTT GGGTTT GGGTTT GGGTTT GGGGTTT GGGGTTT GGGTTT
1 GGGG-TT GGGGTT GGGGTT GGGGTT GGGGTT GGGG-TT GGGG-TT GGGGTT
* *
3482 GGGTTT GGGGGTT TGGGTT GGG
1 GGGGTT -GGGGTT GGGGTT GGG
3504 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 5
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
6 37 0.64
7 21 0.36
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.58, T:0.42
Consensus pattern (6 bp):
GGGGTT
Found at i:3454 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 3412--3490 Score: 95
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
3402 GGGGGGGGGG
3412 GGGTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGGTTGGGTTT
1 GGGTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGGTTGGGTTT
*** *** *
3450 GGGTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTGGGTTTGGGTTT
1 GGGTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGGTTGGGTTT
3488 GGG
1 GGG
3491 GGTTTGGGTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 34 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.63, T:0.37
Consensus pattern (38 bp):
GGGTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGGTTGGGTTT
Found at i:4174 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 4132--4173 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 4.4 Consensus size: 10
4122 TAGGGTTTTA
4132 GGGGTTTAGG
1 GGGGTTTAGG
4142 GAGGGTTTA--
1 G-GGGTTTAGG
4151 -GGGTTTAGG
1 GGGGTTTAGG
4160 GGGGTTTAGG
1 GGGGTTTAGG
4170 GGGG
1 GGGG
4174 GGGGGGGGTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.25
10 14 0.50
11 7 0.25
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.60, T:0.29
Consensus pattern (10 bp):
GGGGTTTAGG
Found at i:4266 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 4229--4277 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 5.1 Consensus size: 10
4219 GGGTTTAGGG
*
4229 TTTAGGGGTT
1 TTTAGGGTTT
4239 TTTAGGG---
1 TTTAGGGTTT
4246 TTTAGGGTTT
1 TTTAGGGTTT
*
4256 TTTAGGTTTTT
1 TTTAGG-GTTT
4267 TTTAGGGTTT
1 TTTAGGGTTT
4277 T
1 T
4278 AGGGTTTAGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.21
10 17 0.52
11 9 0.27
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.31, T:0.59
Consensus pattern (10 bp):
TTTAGGGTTT
Found at i:7168 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 4747--8300 Score: 516
Period size: 22 Copynumber: 147.0 Consensus size: 25
4737 GGTTTGGGTT
* *
4747 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGG
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
4774 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGG-TTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
4796 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
4818 TTAGGGTT-AGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
4839 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
*
4866 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
4888 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
* *
4915 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGGTTTAGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
*
4943 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
4966 TAAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
4987 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
5015 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
5037 TTAGGGTTTAAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5059 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG-TTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
5082 TTAGGGTTTAGGGTTTTATGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGG-TTTAAGGGTTT----T
*
5112 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
5140 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
5164 AGGTT-TGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 ---TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5187 TTAGGGTTTTA-GGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
5215 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG-GTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5238 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5260 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
5281 TTAGGGTTTTAGGGTTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
5311 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
5331 TTAGGGTTTAGGGTTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGG-TTTAAGGGTTTT
*
5354 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG-TTT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5378 TTA-GGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
5405 TTAGGGTTTTAGGGTTT-A-GGTTTT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5429 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5451 TTA-GGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
5478 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
5506 TTAGGGTTTTAGGGTTTTAGGG--TT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5530 TTA-GGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
5557 TTAGGGTTTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGG--TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5580 TTAGGGTTTAGGGTTTAGTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTA--AGGGTTT----T
*
5611 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5633 TTAGGGTTTTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGG---TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5657 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
5680 TTAGGGTTTA-GGTTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
5708 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5730 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5751 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG-TTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5774 TTAGGGTTTA-GGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5794 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGGTTTGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT-T
* *
5820 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5842 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
5870 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
5899 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGG-TTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
5921 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* **
5942 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTAGGG
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT--TT
5968 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGG----
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
5987 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG-TT-
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6010 TTAGGGTTTAGGG-TT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
6031 TTAGGGTTTTAGGGTTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
6061 TTAGGGGTTTAAGGGTTT-AGGGTTAGGGT
1 TTA-GGG-TTAAGGGTTTAAGGGTT---TT
*
6090 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6113 TTAGGGGTTTAAGGGTTTACGGGTTTAGGGT
1 TTA-GGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
6144 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6166 TTAGGG-T-AGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6186 TTAGGGTTTAGGGTTT-A-GG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
6207 TTAGGGTTTAGGGGTT-A-GGTTTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
** *
6230 AGAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
6258 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG-GTT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* * *
6282 TAAGGGTTTAGGGGGTTTTTAGGG----
1 TTAGGG-TTA-AGGG-TTTAAGGGTTTT
* *
6306 TTAGGGTTTAGGAGTTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGG-GTTTAAGGGTTT----T
*
6336 TTAGGGTTTA-GGTGTT-AGGGTTTAT
1 TTAGGGTTAAGGGT-TTAAGGGTTT-T
* *
6361 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6383 TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6405 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6426 TTA-GGTT-AGGGTTTAGGGGTTTAGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
*
6452 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6473 TTAGGGTTTAAGGGTTTTTAGGG--TT
1 TTAGGG-TTAAGGG-TTTAAGGGTTTT
* *
6498 TAAGGGTTTAGGGTTT-A-GG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6518 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTAGGGTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT----TT
6546 TTAGGGTTTAGGTTAGGGTTTAAGGG---T
1 TTAGGG-TTA----AGGGTTTAAGGGTTTT
* *
6573 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
6602 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6624 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
6645 TTAGGGTTATTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTA---AGGGTTTAAGGGTTTT
*
6669 TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6691 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG-TTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
6714 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG----
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
6735 TTAGGGTTTAAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
6764 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
6792 TTAGGGTTTA-GGTTT-AGGGTTAGGGTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT----TT
* *
6819 TTAGGGTTTAGGGTTTTTAGGGTTTAGGGTT
1 TTAGGGTTAAGGG-TTTAAGGG-TT----TT
6850 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6871 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
6893 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6913 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
6935 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
6956 TTAGGGTT-AGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
6983 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7005 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7026 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7048 TTAGGGTTTAGGGTTT-A-GGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
7075 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGG
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT--T
*
7102 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7125 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7147 TAAGGGTTTTTTA-GG-TTAAGGG--TT
1 TTAGGG---TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* * *
7171 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGGTTTA
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*** * *
7196 GGGGGGTTTAGGGTTTTTAGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGG-TTTAAGGGTTTT
* * **
7220 TAAGGGATTTAGGGTTT-AGGGTGGGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGT-TTT
* ***
7246 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7270 TTAGGGTTTAGGTTGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGG-TTAAG--GGTTTAAGGGTTTT
* *
7294 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7316 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7338 TTAGGGTTTTTTAGGGTTT-A-GGTTTAT
1 TTAGGG---TTAAGGGTTTAAGGGTTT-T
* *
7365 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7387 TTAGGGTTTAGGGTTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGG-TTTAAGGGTTTT
*
7410 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
7438 TTAGGGTTTTTAGGGTTT-A-GG---T
1 TTAGGG--TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7460 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7482 TTA-GGTT-TGGGTTT-AGGGTTTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7504 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *****
7526 TT-GGGTTTAGGGTTTTTTATTTGGTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT--TT
*
7552 TTAGGGTTTAGGG-TT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7572 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT---TT
*
7599 TTAGGGTT-A-GGTTTTAGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7620 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7641 TTA-GGTT--TGGTTT-AGGGTTTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7662 TTAGGGTTTTAGGGTTTTTTAGGG---T
1 TTAGGG-TTAAGGG--TTTAAGGGTTTT
*
7687 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGGTTTT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7712 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTG
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7736 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
7760 TTAGGGTTTAGGGGTT-AGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7781 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
7809 TTAGGGTTTAGGGTTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
7838 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGG
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
*
7865 TTAGGGTT-A-GGTTT-AGGGTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT---TT
*
7890 TTAGGGTTTAGGG-TT-AGGGTTTGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
* * *
7916 TTAGGGTTTAGGTTTTTA-GG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
7937 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
* *
7965 TTAGGGTTTTA-GGTTT-AGGGTTTAGGG
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT---T
*
7992 TTAGGGTTTA-GGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
8013 TTA-GGTTTAGGGTTTTAGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
8035 TTAGGGTTTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAGGG--TTAAGGGTTTAAGGGTTTT
* *
8058 TTAGGGTTTAGGGTTT-A-GGTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTT---TT
* *
8084 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGG
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT--T
*
8110 TTAGGGTTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGT
1 TTAGGG-TTAAGGGTTTAAGGGTTT--T
*
8137 TTAGAGGTTTAGGGTTT-AGGG---T
1 TTAG-GGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
8159 TTAGGGTTTAGGGTTTAA--G---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
8179 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG--TT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
8201 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
8229 TTAGGGTT-AGGGTTTTAGGG---T
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
*
8250 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTTAGGGT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT----T
*
8278 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGGTTT
1 TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTT
8301 AGGGTTTAGG
Statistics
Matches: 3029, Mismatches: 98, Indels: 799
0.77 0.02 0.20
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.00
19 16 0.01
20 154 0.05
21 460 0.15
22 606 0.20
23 264 0.09
24 232 0.08
25 174 0.06
26 160 0.05
27 255 0.08
28 383 0.13
29 173 0.06
30 81 0.03
31 51 0.02
33 7 0.00
34 4 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.41, T:0.45
Consensus pattern (25 bp):
TTAGGGTTAAGGGTTTAAGGGTTTT
Found at i:8373 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 8358--8477 Score: 91
Period size: 10 Copynumber: 13.8 Consensus size: 9
8348 TTAGGGTTTA
8358 GGGTTTAGGG
1 GGGTTTA-GG
8368 GGGTTTAGGG
1 GGGTTTA-GG
8378 GGGTTTTA--
1 GGG-TTTAGG
8386 GGGTTTAGG
1 GGGTTTAGG
8395 GTGGTTTA--
1 G-GGTTTAGG
8403 GGGTTTA-G
1 GGGTTTAGG
*
8411 GGATTTAGG
1 GGGTTTAGG
8420 AGGG--TA--
1 -GGGTTTAGG
8426 GGGTTTAGG
1 GGGTTTAGG
8435 GGGTTTTA-G
1 GGG-TTTAGG
8444 GGGTTTA-G
1 GGGTTTAGG
8452 GGGTTTAGG
1 GGGTTTAGG
8461 GGGTTTTAGG
1 GGG-TTTAGG
8471 GGGTTTA
1 GGGTTTA
8478 TTTTGGTTTA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 2, Indels: 29
0.75 0.02 0.23
Matches are distributed among these distances:
5 3 0.03
7 12 0.13
8 24 0.26
9 17 0.18
10 34 0.36
11 4 0.04
ACGTcount: A:0.13, C:0.00, G:0.50, T:0.37
Consensus pattern (9 bp):
GGGTTTAGG
Found at i:8611 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 8557--8593 Score: 74
Period size: 1 Copynumber: 37.0 Consensus size: 1
8547 GGGTTTAGGG
8557 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
8594 AGGGTTTTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 36 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Done.