Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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1 TTTCTAAAAATATTTTTATTTTCGGAATATTATATACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTC
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* *
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*
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456 ATTTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATT
8638 TTTCT-AAAAT-TTTTTATTTT--GAATATTATATA-CTATTTAGTT-ATATTGTAAC-T-TCTC
1 TTTCTAAAAATATTTTTATTTTCGGAATATTATATACCTATTTAGTTAATATTGTAACTTCTCTC
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66 AATAAACCCCATTTTAATTTATTTTTCAATAAAATATTTATTTTAACCAAAAAATATTTAAAACC
8752 AT-AAATTGATTTCT-T-AAAATA-TTTTA-TTT-C-GAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAA
131 ATAAAATTGATTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAA
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196 ATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAGAAATGACTAGTAAACCCGATTAACTCCTAGCTTTCACCCG
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261 GAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTATTTTTAGGGCGTTACAAACACAACATA-CT
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325 TTGGAAAATTTGCGATTACAAGTA
8955 TTACAATGGT
Statistics
Matches: 8245, Mismatches: 13, Indels: 242
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
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ATAAAATTGATTTCTCTAAAAATATTTTTATTTTCCGGAATATTATTTACCGATTTTTAAATGAA
ATTAAGCTAACTAATTTTTTTAAAGAAATGACTAGTAAACCCGATTAACTCCTAGCTTTCACCCG
GAACCCGATAAACTTACTCAAAACTAGTAGACCTATTTTTAGGGCGTTACAAACACAACATACTT
TGGAAAATTTGCGATTACAAGTAGGTTTGGACAATTAGGATTGTGATCGAGGAGCTTCTATCAAA
GATAAGCAGAATTTGGTGGTCTGGAAAGGAAAGAGGAAAATATTGGGCGATACTCCCGTGGAAGA
ATTTGTGTCAGCCTAAAAGGATGGGGGTATTAGTATTCATGATATTCGTGATATT
Found at i:8257 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8223--8264 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
8213 CCCCATTTTA
*
8223 ATTTATTTTCAA-TAAAAT
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8241 ATTTATTTT-AACCAAAAAT
1 ATTTATTTTCAA-CAAAAAT
8260 ATTTA
1 ATTTA
8265 AAACCATAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.10
18 9 0.43
19 10 0.48
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
ATTTATTTTCAACAAAAAT
Found at i:8970 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 8964--8993 Score: 60
Period size: 1 Copynumber: 30.0 Consensus size: 1
8954 ATTACAATGG
8964 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
8994 AACAATTTTC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 29 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Done.