Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_5958
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:3035 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2965--3824 Score: 621
Period size: 43 Copynumber: 20.2 Consensus size: 42
2955 TCTTCTTTAG
* *
2965 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
*
3009 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * *
3051 CCCGCACCTCCTAGCCACCGAGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAG-CACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* *
3094 CCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAG-CACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * * * *
3137 CCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCC
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** ** *
3179 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * *
3222 CTCGCACGA-CCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTT
1 CCCGCAC-ATCCAA-GCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
3265 CCGGCACATCCAAGCACCAAGGTTGTCGATGGTGCACGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * *
3308 CCCGCACGA-CAAAGGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAA-GCACCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * ** *
3352 CCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** **
3394 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** ** *
3437 CCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * *
3479 CTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGGAGGTT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGATGGTGC-CCGAGGCT
* * * *
3523 CTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * ** *
3565 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
3608 CCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCA-AGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** *
3650 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT-GTGCCCGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
3692 CCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * ** * *
3734 CCTGCA-ATACCAAG-GCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCT
1 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
3776 CCTGCACATCCTAGCACCAGGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
3818 CCCGCAC
1 CCCGCAC
3825 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 138, Indels: 58
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.02
42 280 0.43
43 293 0.45
44 63 0.10
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:3175 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2985--3837 Score: 720
Period size: 42 Copynumber: 20.0 Consensus size: 42
2975 CCAGGCACCA
** *
2985 AGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCA
1 AGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
* * ** * ** *
3028 AGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACCG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG-GGCCT
* * ** *
3071 AGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCT
*
3114 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* *
3156 AGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
** * * *
3198 ATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCT
1 A-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * ** *
3241 AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCA
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
* * *
3284 AGGTTGTCGATGGTGCACGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGGCCT
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGGCCT
* * * **
3328 AGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCT
1 AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
* *
3371 AGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
** *
3413 ATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTT
1 A-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * *
3456 AGTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * * * * ** *
3498 AGGTTGTCGATGGTGCGCGGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCA
1 AGG-TGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
*
3542 AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
** * * * ** *
3584 AGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCT
3627 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* ** *
3669 AGGTTGCCGAT-GTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
* * ** *
3711 AGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAA-GGCTT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * * * * **
3752 AGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-
1 AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
3794 AGGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
1 A-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
3837 A
1 A
3838 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 130, Indels: 60
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.02
42 295 0.45
43 289 0.44
44 54 0.08
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
Found at i:3274 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2988--3837 Score: 967
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 170
2978 GGCACCAAGG
* * * *
2988 TGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGAT-GGTGGCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** * ** * * *
3053 CGCACCTCCTAGCCACCGAGG-TGCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGG
65 CGCACGACCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGG
*
3117 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-
128 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* ** ** *
3159 TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTC
1 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * * *
3223 TCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGT
64 CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-
* * * *
3288 TGTCGATGGTGCACGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGGCCTAGTT
128 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGGCCTAGGT
* * * *
3332 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** ** *
3397 GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTG
66 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTG
* *
3461 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
130 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * * * *
3502 TGTCGATGGTGCGCGGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTG-GCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** * * *
3567 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGT
3631 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
129 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * *
3673 TGCCGAT-GTGCCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCT
1 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * * * * * * *
3737 GCAATACCAA-GGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAGGGTGC
66 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGC
3801 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
131 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
3838 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 99, Indels: 27
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 79 0.14
169 53 0.09
170 63 0.11
171 262 0.46
172 77 0.14
173 34 0.06
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (170 bp):
TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGC
CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:3918 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3842--3920 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
3832 GGCCTATGCT
* *
3842 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
3866 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
3890 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
3914 ACCGGGA
1 ACCGGGA
3921 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:4270 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 4130--4336 Score: 176
Period size: 42 Copynumber: 4.9 Consensus size: 42
4120 ACTTTAGCTT
*
4130 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
4172 TGGT-CTCCGAGGCT-CC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
4213 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
4255 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
4298 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
4337 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 22, Indels: 21
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 10 0.08
41 23 0.17
42 47 0.36
43 42 0.32
44 10 0.08
ACGTcount: A:0.20, C:0.33, G:0.29, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Done.