Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_6358
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7465
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.22, T:0.33
Found at i:1915 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1859--2060 Score: 263
Period size: 40 Copynumber: 5.1 Consensus size: 40
1849 TCGAATGATG
* *
1859 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAGTGACTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
*
1898 TCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-A
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
*
1937 TTCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCA-TTGTGCGAGTTACTAAA
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
1976 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
* * **
2016 ACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-TAGCTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTA-CTATA
2056 TCCGG
1 TCCGG
2061 TTAAATTCCG
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 10, Indels: 15
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
38 26 0.18
39 41 0.28
40 78 0.54
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATA
Found at i:1993 original size:78 final size:79
Alignment explanation
Indices: 1859--2039 Score: 260
Period size: 78 Copynumber: 2.3 Consensus size: 79
1849 TCGAATGATG
* * *
1859 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAGTGACTATATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTG
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGTGCGAGTGACTAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTG
1924 TGCGAGTTACTA-A
66 TGCGAGTTACTATA
* *
1937 TTCCGGGCTAAG-CCCGAAGGCATTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATT
1 -TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGTGCGAGTGACTAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATT
2000 TGTGCGAGTTACTATA
64 TGTGCGAGTTACTATA
* *
2016 ACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT
2040 TGAACGAGTA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 7, Indels: 6
0.88 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
77 1 0.01
78 67 0.73
79 24 0.26
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTGTGCGAGTGACTAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATTTG
TGCGAGTTACTATA
Found at i:5594 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 5450--5808 Score: 485
Period size: 47 Copynumber: 7.8 Consensus size: 48
5440 CAAGATAAAT
* * *
5450 ATATATATGTGTGGTGAAGCCGAATGGCTAATGTG-AATATATGTGTG
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
5497 ATATGT-TATGTGGTAAAG-CGAATGGCT-ATGTGAAATATATGTGTG
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
* * * *
5542 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGTGAAATAT-TATGAG
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
* *
5589 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATG-A
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
*
5636 ATATGTATATGTGGT-AAGCCAAATGGCTAATGTGAAAT-TATGTGTG
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
*
5682 ATAAGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AATATATGTGTG
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
* * * *
5729 ATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATGGCGAATGTGAAA-ATGTATGAG
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
5775 ATATGTATATGT-GTAAAGCCG-AT-GCTAATGTGAA
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAA
5809 TGTTGTAAAT
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 21, Indels: 23
0.86 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
44 15 0.05
45 36 0.13
46 103 0.37
47 112 0.40
48 15 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (48 bp):
ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
Found at i:5668 original size:93 final size:96
Alignment explanation
Indices: 5450--5808 Score: 485
Period size: 93 Copynumber: 3.9 Consensus size: 96
5440 CAAGATAAAT
* * * * * *
5450 ATATATATGTGTGGTGAAGCCGAATGGCTAATGTG-AATATATGTGTGATATGT-TATGTGGTAA
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAA
5513 AG-CGAATGGCT-ATGTGAAATATATGTGTG
66 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
*
5542 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGACGAATGTGAAATAT-TATGAGATATGTATATGTGGTAA
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAA
* *
5606 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATG-A
66 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
* * * * *
5636 ATATGTATATGTGGT-AAGCCAAATGGCTAATGTGAAAT-TATGTGTGATAAGTATATGTGGTAA
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAA
5699 AGCCGAATGGCTAATGTG-AATATATGTGTG
66 AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
*
5729 ATATGTATATGTGGT-AAGCCGAATGGCGAATGTGAAA-ATGTATGAGATATGTATATGT-GTAA
1 ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAA
5791 AGCCG-AT-GCTAATGTGAA
66 AGCCGAATGGCTAATGTGAA
5809 TGTTGTAAAT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 23, Indels: 17
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
90 9 0.04
91 3 0.01
92 59 0.25
93 126 0.53
94 24 0.10
95 15 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (96 bp):
ATATGTATATGTGGTAAAGCCGAATGGCGAATGTGAAATATATATGAGATATGTATATGTGGTAA
AGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATGTGTG
Found at i:7367 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 7304--7463 Score: 241
Period size: 40 Copynumber: 4.0 Consensus size: 40
7294 GGTGTCTACG
* * *
7304 AGCATGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATGTAACACC
1 AGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAACACC
7344 AGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAACACC
1 AGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAACACC
* *
7384 AGCACAAATGCTCTTCGGGACATAGCCCGGATATAACA-C
1 AGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAACACC
* * *
7423 AGCACGAATGCTCTTTGGGGCTTAGGCCGGATATAACACC
1 AGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAACACC
7463 A
1 A
7464 CC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 10, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 34 0.31
40 75 0.69
ACGTcount: A:0.29, C:0.28, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (40 bp):
AGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAACACC
Found at i:7455 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 7310--7463 Score: 247
Period size: 79 Copynumber: 1.9 Consensus size: 80
7300 TACGAGCATG
* *
7310 AATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATGTAACACCAGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 AATGCTCTTCGGAACATAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGA
7375 TATAACACCAGCACA
66 TATAACACCAGCACA
* * * *
7390 AATGCTCTTCGGGACATAGCCCGGATATAACA-CAGCACGAATGCTCTTTGGGGCTTAGGCCGGA
1 AATGCTCTTCGGAACATAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGA
7454 TATAACACCA
66 TATAACACCA
7464 CC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 6, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
79 39 0.57
80 29 0.43
ACGTcount: A:0.29, C:0.28, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (80 bp):
AATGCTCTTCGGAACATAGCCCGGATATAACACCAGCACGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGA
TATAACACCAGCACA
Done.