Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_6479
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:4157 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3988--4857 Score: 523
Period size: 43 Copynumber: 20.2 Consensus size: 42
3978 TCTTCTTTAG
*
3988 CCCGCCACATCCCAGGCA-CAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCCT
1 CCCG-CACAT-CCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGG-CT
* *
4033 CCCGCACATCCAAGCACCAAGTTG-CGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
4074 CCCGCCACCTCCTAGCCACCGAGGTGCCCGATGCTGCCCGAGGCT
1 CCCG-CACATCCAAG-CACCAAGGTG-CCGATGGTGCCCGAGGCT
*
4119 CCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
4162 CCCGCACGA-CCAAG-GCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGGAGGCC
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-GCCCGAGGCT
** *** *
4204 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
*** * *
4247 CTCCGCACGA-CCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTT
1 C-CCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* *
4291 CCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCCACGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCC-CGAGGCT
* ** * * *
4334 CCCGCACGA-CAAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
4377 CCCGCCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCT
1 CCCG-CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** ***
4420 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTG-CGATGGTGCCCGAGGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG-CT
** ** * *
4463 CCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * *
4506 CTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTTGGCGCGAGGTT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGG-T-GCCCGAGGCT
* * *
4551 CTCGGACCATCCAAGCACCAAGGTGCCCGATGG-GCTCGAGGCT
1 CCCGCA-CATCCAAGCACCAAGGTG-CCGATGGTGCCCGAGGCT
** * ** *
4594 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* *
4637 CCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** *
4679 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCCT
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGG-CT
* * *
4723 CCCGCCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 CCCG-CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * ** ** * * *
4766 CCTGCA-ATAC-AGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
4807 CCTGCACATCCTAGCACCAGGGTGCCGATCGGTGCCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTG-CCCGAGGCT
4851 CCCGCAC
1 CCCGCAC
4858 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 128, Indels: 89
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
40 5 0.01
41 46 0.07
42 137 0.21
43 248 0.38
44 150 0.23
45 50 0.08
46 17 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.36, G:0.31, T:0.15
Consensus pattern (42 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:4275 original size:129 final size:126
Alignment explanation
Indices: 4008--4727 Score: 594
Period size: 129 Copynumber: 5.5 Consensus size: 126
3998 CCCAGGCACA
* * *
4008 AGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTG-CGATGGTGTCCGAG
1 AGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGA-CCAAG-GCCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAG
* ** * ** * * * * *
4071 GCTCCCGCCACCTCCTAGCCACCGAG-GTGCCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGC
62 GCCCCCG-CACGACCAAG-GGCCTAGTTTG-CCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGA-CCAAG-
*
4134 CACCA
122 CACCT
* *
4139 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGGAGGCC
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCAAGGTGCCGATGGT-GCCCGAGGCC
* ***
4204 CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCCGCACGACCAAGGGTCT
65 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTC-CCGCACGACCAAGCACCT
* * * *
4267 AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCCACGAG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GCCAAGGTGCCGATGGTGCC-CGAG
* * * * *
4331 GCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCCAC-ATCCCAGCAC
62 GCCCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCG-CACGA-CCAAGCAC
4395 CT
125 CT
* * ***
4397 AGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTG-CGATGGTGCCCGAGGC
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* * **
4461 CTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCT
64 C-CCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCAAGCACCT
* * * * * * * *
4525 AGGTTGTCGATGGTTGGCGCGAGGTTCTCGGACCATCCAAGCACCAAGGTGCCCGATGG-GCTCG
1 AGG-TGCCGATGG-T-GCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GCCAAGGTG-CCGATGGTGCCCG
* * ** * * * *
4589 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCA
60 AGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCA-AGCA
*
4653 CCG
124 CCT
*
4656 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGC
4721 CTCCCGC
64 C-CCCGC
4728 CACATCGAAG
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 89, Indels: 60
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
127 16 0.03
128 75 0.16
129 172 0.37
130 113 0.24
131 75 0.16
132 14 0.03
133 6 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.35, G:0.32, T:0.15
Consensus pattern (126 bp):
AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCCC
CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCAAGCACCT
Found at i:4333 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4011--4870 Score: 829
Period size: 172 Copynumber: 5.0 Consensus size: 172
4001 AGGCACAAGG
* * * *
4011 TGCCGATGG-GTGCCCGAGGCCTCCCG-CACATCCAAGCACCAAGTTG-CGATGGTGTCCGAGGC
1 TGCCGATGGTG-GCCGGAGGCC-CCCGCCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
** * ** * * *
4073 TCCCGCCACCTCCTAGCCACCGAGG-TGCCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
64 TCCCG-CACGACCAAG-GGCCTAGGTTG-CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CAC
*
4137 CAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCGAGG-
125 CAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** ** *
4183 TGCCGATGGTGGCCGGAGGCCCCCG-CACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCC
1 TGCCGATGGTGGCCGGAGGCCCCCGCCAC-ATCCAAGCACCTA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* * *
4246 TCTCCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAA
64 TC-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAA
* * *
4311 GGTGTCGATGGTGCCACGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGTT
128 GGTGCCGATGGTGCC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * *
4357 TGCCGATGGTGTCC-GAGGCTCCCGCCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGGCCGGAGGCCCCCGCCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
** ** **
4421 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTG-CGATGGTGCCCGAGGCCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTTAG
66 CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG
* * *
4484 TTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
129 -GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* ** * * * *
4529 TGTCGATGGTTGG-CGCGAGGTTCTCG-GACCATCCAAGCACCAAGGTGCCCGATGG-GCTCGAG
1 TGCCGATGG-TGGCCG-GAGGCCCCCGCCA-CATCCAAGCACCTAGGTG-CCGATGGTGCCCGAG
** * *
4591 GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACC
62 GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACC
*
4655 GAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
126 AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * *
4702 TGCCGATGGT-GCCCGAGGCCTCCCGCCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 TGCCGATGGTGGCCGGAGGCC-CCCGCCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * * * * *
4766 CCTGCAATA-C-AGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAGGG
65 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG
4829 TGCCGATCGGTGCCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
130 TGCCGAT-GGTG-CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
4871 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 92, Indels: 58
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 48 0.08
171 68 0.12
172 209 0.37
173 129 0.23
174 94 0.17
175 19 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.35, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (172 bp):
TGCCGATGGTGGCCGGAGGCCCCCGCCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGT
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:4917 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 4881--4946 Score: 96
Period size: 25 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
4871 TGCTACCGGA
*
4881 ACGGTTCACCGGAGCACCGACGGG
1 ACGGTTCGCCGGAGCACCG-CGGG
4905 ACGGGTTCGCCGGAGCACCGCGGG
1 AC-GGTTCGCCGGAGCACCGCGGG
*
4929 ACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACGGTTCGCCGGAGCACC
4947 ACCGGGAACC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 3
0.89 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.38
24 8 0.21
25 16 0.41
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.39, T:0.08
Consensus pattern (23 bp):
ACGGTTCGCCGGAGCACCGCGGG
Found at i:4941 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 4889--4946 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
4879 GAACGGTTCA
*
4889 CCGGAGCACCGACGGGACGGGTTCG
1 CCGGAGCACCGACGGGACGGGATCG
4914 CCGGAGCACCG-CGGGAC-GGATCG
1 CCGGAGCACCGACGGGACGGGATCG
4937 CCGGAGCACC
1 CCGGAGCACC
4947 ACCGGGAACC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.47
24 6 0.19
25 11 0.34
ACGTcount: A:0.17, C:0.36, G:0.41, T:0.05
Consensus pattern (25 bp):
CCGGAGCACCGACGGGACGGGATCG
Found at i:4952 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4875--4953 Score: 90
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
4865 GGCCTATGCT
* *
4875 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
4899 GA-CGGGACGGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGAC-GGTTCGCCGGAGCACC
* *
4924 -GCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
4947 ACCGGGA
1 ACCGGGA
4954 ACCTAACCCG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 7
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.32
24 16 0.34
25 16 0.34
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.39, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:5244 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 5171--5369 Score: 179
Period size: 42 Copynumber: 4.7 Consensus size: 42
5161 TTGGTGCTGA
*
5171 AGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTCTCCG
1 AGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTCTCCG
* ** * * * *
5213 AGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGGTGGTGTCCG
1 AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTCTCCG
* *
5255 ATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-CG
1 AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGT-CTCCG
* * ** *
5297 AGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGATGGTGGCTG
1 AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTCTCCG
* *
5340 AGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 AGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
5370 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 27, Indels: 13
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 10 0.08
42 65 0.53
43 41 0.33
44 7 0.06
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTCTCCG
Done.