Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42971368
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 2600 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 123 of 143
Found at i:36555875 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36555858--36555936 Score: 63
Period size: 11 Copynumber: 6.9 Consensus size: 11
36555848 TAATTTTTAT
36555858 TTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
*
36555869 TTCAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
36555880 TTTAAATATTTAAA
1 -TT-AA-ATTTAAA
*
36555894 TTTAAA-ATAAA
1 -TTAAATTTAAA
36555905 TCTAAATTTAAA
1 T-TAAATTTAAA
36555917 -TAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
* *
36555927 ATCAATTTAA
1 TTAAATTTAA
36555937 CTCAAAAGTC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 12
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
10 11 0.19
11 26 0.46
12 7 0.12
13 3 0.05
14 10 0.18
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (11 bp):
TTAAATTTAAA
Found at i:36555890 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 36555855--36555918 Score: 101
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
36555845 TTTTAATTTT
* * *
36555855 TATTTAAATTTAAATTCAATTTAAATTTAAA
1 TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
36555886 TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
1 TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
36555917 TA
1 TA
36555919 AATTTAAAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 30 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.03, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (31 bp):
TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
Found at i:36555905 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 36555819--36555926 Score: 114
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 43
36555809 TATTTGGACT
* * **
36555819 TTTAAATTTTAATGTTAAATTT-AATATTTTAATTTTTATTTAAA
1 TTTAAA-TTTAAT-TTAAATTTAAATATTTTAAATTTAAAATAAA
*
36555863 TTTAAATTCAATTTAAATTTAAATA-TTTAAATTTAAAATAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAATTTAAATATTTTAAATTTAAAATAAA
* *
36555905 TCTAAATTTAA-ATAAATTTAAA
1 TTTAAATTTAATTTAAATTTAAA
36555927 ATCAATTTAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 5
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 10 0.18
42 30 0.55
43 9 0.16
44 6 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.01, T:0.50
Consensus pattern (43 bp):
TTTAAATTTAATTTAAATTTAAATATTTTAAATTTAAAATAAA
Found at i:36555928 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36555856--36555926 Score: 92
Period size: 17 Copynumber: 4.4 Consensus size: 16
36555846 TTTAATTTTT
*
36555856 ATTTAAATTTAAATTCA
1 ATTTAAATTTAAA-TAA
36555873 ATTTAAATTTAAAT--
1 ATTTAAATTTAAATAA
36555887 ATTTAAATTTAAAATAA
1 ATTTAAATTT-AAATAA
*
36555904 ATCTAAATTTAAATAA
1 ATTTAAATTTAAATAA
36555920 ATTTAAA
1 ATTTAAA
36555927 ATCAATTTAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 2, Indels: 7
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.20
15 4 0.08
16 13 0.27
17 22 0.45
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
ATTTAAATTTAAATAA
Found at i:36556294 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 36556203--36556505 Score: 444
Period size: 68 Copynumber: 4.4 Consensus size: 67
36556193 GAGACTTTGC
* * * * * *
36556203 TATCCAACTTTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTATTTCATTTTCAGAGGTAAAGAT
1 TATCC-ACTCTACTTCAATTTCAAG-GGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGAC
36556268 GTGT
64 GTGT
* * *
36556272 TATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAATGACGTTGCCCTTACTTCAATTTCGGAGATGAAGACG
1 TATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGG-ATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACG
36556337 TGT
65 TGT
* *
36556340 TGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGATGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACG
1 TATCCACTCTACTTCAATTTCAAG-GGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACG
36556405 TGT
65 TGT
*
36556408 TATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACG
1 TATCCACTCTACTTCAATTTCAA-GGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACG
*
36556473 CGT
65 TGT
36556476 TATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGATGA
1 TATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGATGA
36556506 AGACGTGTTA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 18, Indels: 8
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 9 0.04
68 197 0.92
69 7 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (67 bp):
TATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGT
GT
Found at i:36556572 original size:136 final size:131
Alignment explanation
Indices: 36556417--36556920 Score: 564
Period size: 136 Copynumber: 3.7 Consensus size: 131
36556407 TTATCCACTC
* *
36556417 TACTTCAATTTCAAGGGGATGAC-TTTGCTCT-TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGCGTTATC
1 TACTTCAATTTCAA-GGGATGACGTTTGCACTCTACTTCAATTTCA-AGAGGAAGA--C-TT-TC
*
36556480 CACTCTACTTCAATTTCAAGGGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGA
60 CACT-TACTTCAATTTC-AGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGA
36556545 CTTTGCTCT
123 CTTTGCTCT
* * *
36556554 TACTTCAATTTCAAGGGATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTG
1 TACTTCAATTTCAAGGGAT---GACGT-TTG--CACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAAGACTTTC
* * *
36556619 CTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACT
60 CACTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACT
36556684 TTGCTCT
125 TTGCTCT
* * * * * *
36556691 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
1 TACTTCAATTTCA-AG-GGATGAC--GTT-TGCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAAGACTTTCC
* *
36556756 TCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTT
61 ACTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTT
36556821 TGCTCT
126 TGCTCT
* * * *
36556827 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAG-GGAATGACTTTG
1 TACTTCAATTTCA-AG-GGATGA--CGTT-TGCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAA-GACTTTC
*
36556891 CTCTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGT
60 CACTTACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGT
36556921 TGAGACCTGC
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 17, Indels: 33
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
135 3 0.01
136 194 0.58
137 81 0.24
138 18 0.05
139 9 0.03
140 3 0.01
141 4 0.01
143 9 0.03
144 13 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (131 bp):
TACTTCAATTTCAAGGGATGACGTTTGCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAAGACTTTCCACTTA
CTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTC
T
Found at i:36556631 original size:243 final size:243
Alignment explanation
Indices: 36556263--36556749 Score: 852
Period size: 243 Copynumber: 2.0 Consensus size: 243
36556253 TTCAGAGGTA
*
36556263 AAGATGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAATGACGTTGCCCTTACTTCAATTTCGGAG
1 AAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAATGACGTTGCCCTTACTTCAATTTCGGAG
*
36556328 ATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGATGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCA
66 ATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCA
* *
36556393 GAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATT
131 GAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAATT
36556458 TCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAA-GGGATG
196 TCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATG
* * *
36556505 AAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCAAGG
1 AAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAATGACGTTGCCCTTACTTCAATTTC--GG
* *
36556570 -GATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATTT
64 AGATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTT
36556634 CAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAA
129 CAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAA
*
36556699 TTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATG
194 TTTCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATG
36556749 A
1 A
36556750 CTTTGCTCTT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 10, Indels: 4
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
242 57 0.25
243 166 0.72
244 9 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (243 bp):
AAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAATGACGTTGCCCTTACTTCAATTTCGGAG
ATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCA
GAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAATT
TCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATG
Found at i:36556682 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 36556485--36556920 Score: 782
Period size: 68 Copynumber: 6.4 Consensus size: 68
36556475 TTATCCACTC
*
36556485 TACTTCAATTTCAAGGGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTG
1 TACTTCAATTTC-AGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTG
36556550 CTCT
65 CTCT
* *
36556554 TACTTCAATTTCAAGGGATGAAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTG
1 TACTTCAATTTC-AGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTG
36556619 CTCT
65 CTCT
* *
36556623 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGC
1 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
36556688 TCT
66 TCT
36556691 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
1 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
36556756 TCT
66 TCT
*
36556759 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
1 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
36556824 TCT
66 TCT
* *
36556827 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAATGACTTTGC
1 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
36556892 TCT
66 TCT
36556895 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGT
1 TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGT
36556921 TGAGACCTGC
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 10, Indels: 1
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
68 277 0.78
69 80 0.22
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (68 bp):
TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGC
TCT
Found at i:36556817 original size:243 final size:241
Alignment explanation
Indices: 36556270--36556817 Score: 790
Period size: 243 Copynumber: 2.3 Consensus size: 241
36556260 GTAAAGATGT
* *
36556270 GTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAG-GGAATGACGTTGCC-CTTACTTCAATTTC--GGAGATG
1 GTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAA-GAC-TTTCCACTTACTTCAATTTCAAGGGGATG
*
36556331 AAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGATGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAG
64 AAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAG
* *
36556396 ATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCA
129 ATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCA
36556461 GAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGATGAAGAC
194 GAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGA-GAAGAC
* * * *
36556510 GTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCAA-GGGATG
1 --GTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAAGACTTTCCACTTACTTCAATTTCAAGGGGATG
* *
36556574 AAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGGATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCAGAG
64 AAGACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAG
36556639 ATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCA
129 ATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCA
* *
36556704 GAGATGAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGG-GATGAC
194 GAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAGAAGAC
* * *
36556751 -TT-TGCTCT-TACTTCAATTTCAGAGATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGG
1 GTTATCCACTCTACTTCAATTTCA-AGAGGAAGA--C-TT-TCCACT-TACTTCAATTTCAAGGG
36556813 GATGA
60 GATGA
36556818 CTTTGCTCTT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 18, Indels: 21
0.88 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
236 13 0.05
237 10 0.04
238 2 0.01
239 1 0.00
240 2 0.01
241 12 0.04
242 57 0.21
243 180 0.65
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (241 bp):
GTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGAAGACTTTCCACTTACTTCAATTTCAAGGGGATGAA
GACGTGTTGTCCACTCTACTTCAATTTCAAGAGGATGACATTGCTCTTACTTCAATTTCAGAGAT
GAAGACGTGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAAGGAATGACTTTGCTCTTACTTCAATTTCAGA
GATGAAGACGCGTTATCCACTCTACTTCAATTTCAAGGGAGAAGAC
Found at i:36568945 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 36568847--36569280 Score: 638
Period size: 59 Copynumber: 7.4 Consensus size: 59
36568837 TATGGATACC
* * * * *
36568847 CGGGGGCAAAATGGTAATTTT-GATGTAATCGGGATTAAAAATGGAATTTTAAAAGATT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
* * ** * * *
36568905 CGGGGGTATAATTGTAATTTTTAGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTAGAAGCTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
* *
36568964 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACAGAATTTTAAAAGATT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
* * *
36569023 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCAGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGCTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
* *
36569082 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGATGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTAAAAGATT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
** *
36569141 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAGGAGCTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
*
36569200 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTT-AAAACGGAATTTTAAAAGATT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
*
36569258 CGGGGGTGAAATGGTAATTTTCG
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCG
36569281 AAAGTTTTGA
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 39, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 57 0.17
59 279 0.83
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (59 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAACGGAATTTTAAAAGATT
Found at i:36569263 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 36568884--36569278 Score: 154
Period size: 29 Copynumber: 13.4 Consensus size: 29
36568874 ATCGGGATTA
*
36568884 AAAATGGAATTTTAAAAGATTCGGGGG-T
1 AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
* *
36568912 ATAATTGTAATTTTTAGTGAA-A-TC-GGGGTT
1 A-AAATGGAA-TTTTA--GAAGATTCGGGGGTT
* *
36568942 AAAAATGGAATTTTAGAAGCTTCGAGGG-T
1 -AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
* ** *
36568971 AAAATGGTAATTTTCGGTGAAATC-GGGGTT
1 AAAATGG-AATTTTAGAAG-ATTCGGGGGTT
** *
36569001 AAAAACAGAATTTTAAAAGATTCGGGGG-T
1 -AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
* ** * *
36569030 AAAATGGTAATTTTTGGTGAAATC-AGGGTT
1 AAAATGG-AATTTTAGAAG-ATTCGGGGGTT
* * *
36569060 AAAAACGGAATTTTAAAAGCTTCGGGGG-T
1 -AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
* * *
36569089 AAAATGGTAATTTTCGATGAAATC-GGGGTT
1 AAAATGG-AATTTTAGAAG-ATTCGGGGGTT
*
36569119 AAAAATGGAATTTTAAAAGATTCGGGGG-T
1 -AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
* ** *
36569148 AAAATGGTAATTTTCGGTGAAATC-GGGGTT
1 AAAATGG-AATTTTAGAAG-ATTCGGGGGTT
* * * *
36569178 AAAAACGGAATTTTAGGAGCTTCGAGGG-T
1 -AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
* ** *
36569207 AAAATGGTAATTTTCGGTGAAATC-GGGGTT
1 AAAATGG-AATTTTAGAAG-ATTCGGGGGTT
* *
36569237 AAAACGGAATTTTAAAAGATTCGGGGG-T
1 AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
*
36569265 GAAATGGTAATTTT
1 AAAATGG-AATTTT
36569279 CGAAAGTTTT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 71, Indels: 67
0.65 0.18 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.01
28 41 0.16
29 105 0.40
30 85 0.32
31 26 0.10
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGAATTTTAGAAGATTCGGGGGTT
Found at i:36569315 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 36569266--36569457 Score: 278
Period size: 30 Copynumber: 6.4 Consensus size: 30
36569256 TTCGGGGGTG
* * *
36569266 AAATGGTAATTTTCG-AAAGTTTTGAGGTTA
1 AAAT-GTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
*
36569296 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTAGGGTCA
1 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
*
36569326 AAATGTAATTTCGGAAAAGTTTTGGGGTCA
1 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
* *
36569356 AAATATAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTTA
1 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
36569386 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
1 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
* *
36569416 AAATGTAATTTCGAAAAAGTTTTGGGGTCA
1 AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
*
36569446 AAATATAATTTT
1 AAATGTAATTTT
36569458 TGGATTGTTT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 15, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.06
30 137 0.94
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
AAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCA
Found at i:36569377 original size:90 final size:89
Alignment explanation
Indices: 36569272--36569457 Score: 327
Period size: 90 Copynumber: 2.1 Consensus size: 89
36569262 GGTGAAATGG
36569272 TAATTTTCGAAAGTTTTGAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTAGGGTCAAAATGTAATTT
1 TAATTTTCGAAAGTTTTGAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTAGGGTCAAAATGTAATTT
*
36569337 CGGAAAAGTTTTGGGGTCAAAATA
66 CGAAAAAGTTTTGGGGTCAAAATA
* * *
36569361 TAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCAAAATGTAATT
1 TAATTTTCG-AAAGTTTTGAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTAGGGTCAAAATGTAATT
36569426 TCGAAAAAGTTTTGGGGTCAAAATA
65 TCGAAAAAGTTTTGGGGTCAAAATA
36569451 TAATTTT
1 TAATTTT
36569458 TGGATTGTTT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 4, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
89 8 0.09
90 84 0.91
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (89 bp):
TAATTTTCGAAAGTTTTGAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTAGGGTCAAAATGTAATTT
CGAAAAAGTTTTGGGGTCAAAATA
Found at i:36571237 original size:12 final size:14
Alignment explanation
Indices: 36571218--36571255 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
36571208 TTTAGACTAT
36571218 TGTAATTGGGCC-C
1 TGTAATTGGGCCTC
*
36571231 T-TAATTGGGCCTT
1 TGTAATTGGGCCTC
36571244 TGTAATTGGGCC
1 TGTAATTGGGCC
36571256 GTGGGCCAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.45
13 2 0.09
14 10 0.45
ACGTcount: A:0.16, C:0.18, G:0.29, T:0.37
Consensus pattern (14 bp):
TGTAATTGGGCCTC
Found at i:36571356 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 36571333--36571440 Score: 89
Period size: 6 Copynumber: 18.0 Consensus size: 6
36571323 TATTTGGACT
* * **
36571333 TTTAAA TTTTAA TGTTAAA TTTAATA TTTTAA TTTTTA TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA T-TTAAA TTTAA-A TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* * *
36571383 TTCAAA -TTAAA TTTAAATA TTTAAA TTTAAA -ATAAA TCTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTT-AA-A TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
36571431 --TAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA
36571441 ATCAATTTAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 11, Indels: 16
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.05
5 8 0.10
6 53 0.64
7 14 0.17
8 4 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:36571404 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 36571376--36571425 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
36571366 TTTTATTTAA
* *
36571376 ATTTAAATTCAAATTAAATTTAAAT
1 ATTTAAATTCAAAATAAATCTAAAT
*
36571401 ATTTAAATTTAAAATAAATCTAAAT
1 ATTTAAATTCAAAATAAATCTAAAT
36571426 TTAAATAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.04, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
ATTTAAATTCAAAATAAATCTAAAT
Found at i:36571404 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 36571369--36571432 Score: 103
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
36571359 TTTTAATTTT
*
36571369 TATTTAAATTTAAATTCAAAT-TAAATTTAAA
1 TATTTAAATTTAAAAT-AAATCTAAATTTAAA
36571400 TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
1 TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
36571431 TA
1 TA
36571433 AATTTAAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 4 0.13
31 27 0.87
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (31 bp):
TATTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
Found at i:36571419 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 36571347--36571440 Score: 113
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
36571337 AATTTTAATG
* * ** *
36571347 TTAAATTT-AATATTTTAATTTTTATTTAAATTTAAATTCAAA
1 TTAAATTTAAATATTTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTCAAA
*
36571389 TTAAATTTAAATA-TTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAATATTTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTCAAA
36571431 -TAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
36571441 ATCAATTTAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 10 0.22
42 31 0.69
43 4 0.09
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (43 bp):
TTAAATTTAAATATTTTAAATTTAAAATAAATCTAAATTCAAA
Found at i:36571442 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36571370--36571440 Score: 85
Period size: 17 Copynumber: 4.4 Consensus size: 16
36571360 TTTAATTTTT
36571370 ATTTAAATTTAAATTCAA
1 ATTTAAATTTAAA-T-AA
36571388 A-TTAAATTTAAAT--
1 ATTTAAATTTAAATAA
36571401 ATTTAAATTTAAAATAA
1 ATTTAAATTT-AAATAA
*
36571418 ATCTAAATTTAAATAA
1 ATTTAAATTTAAATAA
36571434 ATTTAAA
1 ATTTAAA
36571441 ATCAATTTAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 10
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 1 0.02
14 8 0.17
15 4 0.09
16 13 0.28
17 20 0.43
18 1 0.02
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
ATTTAAATTTAAATAA
Found at i:36573344 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36573322--36573360 Score: 62
Period size: 11 Copynumber: 3.6 Consensus size: 11
36573312 ATTAATTATT
36573322 TTTTAAAA-TA
1 TTTTAAAATTA
*
36573332 TTCTAAAATTA
1 TTTTAAAATTA
36573343 TTTTAAAATTA
1 TTTTAAAATTA
36573354 TTTTAAA
1 TTTTAAA
36573361 TATAAAATTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.27
11 19 0.73
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (11 bp):
TTTTAAAATTA
Found at i:36574227 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36574186--36574226 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.8 Consensus size: 11
36574176 ATAATTTTAT
*
36574186 ATTTAAAAATA
1 ATTTTAAAATA
*
36574197 ATTTTAAATTA
1 ATTTTAAAATA
36574208 ATTTTAAAAT-
1 ATTTTAAAATA
36574218 ATTTTAAAA
1 ATTTTAAAA
36574227 AATAATTAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.33
11 18 0.67
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (11 bp):
ATTTTAAAATA
Found at i:36576471 original size:36 final size:31
Alignment explanation
Indices: 36576416--36576490 Score: 87
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
36576406 AATGAATTTA
*
36576416 ATTTTTATTAAATTAATAATTTAATATATATAT
1 ATTTTTATTAAAATAATAA-TTAATATA-ATAT
36576449 ATTTATTATTCAAAATACATAATTAATATAATAT
1 ATTT-TTATT-AAAATA-ATAATTAATATAATAT
*
36576483 TTTTTTAT
1 ATTTTTAT
36576491 AATTTAATAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 8 0.22
34 12 0.32
35 13 0.35
36 4 0.11
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (31 bp):
ATTTTTATTAAAATAATAATTAATATAATAT
Found at i:36577068 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36577027--36577068 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
36577017 AATTACTCAA
*
36577027 ACATGATCAATTAACTAGCTG
1 ACATGATCAATTAACCAGCTG
*
36577048 ACATGATCAATTAACCGGCTG
1 ACATGATCAATTAACCAGCTG
36577069 CATTGAAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
ACATGATCAATTAACCAGCTG
Found at i:36581665 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 36581323--36581764 Score: 424
Period size: 88 Copynumber: 5.0 Consensus size: 85
36581313 ATTTTGAAGT
* * * *
36581323 TGGTAAGTGTTTCTTTTCTG-TCTATATAAAAAAATGTCTATTTTTTAGGTTTTGTCTGGATGGT
1 TGGTAAGTGTTTTTTTTCTGTTC-ATAT-AAAAAA-GTCTATATTTTGGGTTTTGTTTGGATGGT
* * * *
36581387 CGGAAAAAGCAAAAAAATAATTG
63 CTGAAAATGCAAGAAAATAATGG
* * *
36581410 TGGTAAGTGTTTTTCTTTTTTCTGTTCATA-AAAAAGTGTCT-TCTTTTCTGAGTTTTGTTTGGA
1 TGGTAAGTG---TT-TTTTTTCTGTTCATATAAAAA-AGTCTAT-ATTT-TGGGTTTTGTTTGGA
*
36581473 TTGTCTGAAAATGCAAGAAAATAATGG
59 TGGTCTGAAAATGCAAGAAAATAATGG
** * * * *
36581500 TTATAATTGTTTTTTGTTCTGTTCATATAAAAAAAGTCTACATTTTTTGGTTTTGTTTAGATGGT
1 TGGTAAGTGTTTTTT-TTCTGTTCATAT-AAAAAAGTCTATA-TTTTGGGTTTTGTTTGGATGGT
* *
36581565 CTGAAAATGCCAGAAAATAATGA
63 CTGAAAATGCAAGAAAATAATGG
* * * * * *
36581588 TGGTACGTGTTTTTTTTCTGTTCATGTAAAAAATTGTATATTTTGGGTTTGGTTTGGATGCTCTG
1 TGGTAAGTGTTTTTTTTCTGTTCATATAAAAAAGTCTATATTTTGGGTTTTGTTTGGATGGTCTG
36581653 AAAATGCAAGAAAATAATGG
66 AAAATGCAAGAAAATAATGG
* * *
36581673 TAGTAAGTATTTTTGTTTCTGTTCATATAGAAAAAGTCTCAT-TTTATGGGTTTTGATTGGATGG
1 TGGTAAGTGTTTTT-TTTCTGTTCATATA-AAAAAGTCT-ATATTT-TGGGTTTTGTTTGGATGG
* *
36581737 TTTGAAAATACAAGAAAATAATGG
62 TCTGAAAATGCAAGAAAATAATGG
36581761 TGGT
1 TGGT
36581765 GAGTAGAGCT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 48, Indels: 33
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
85 50 0.17
86 27 0.09
87 43 0.15
88 94 0.32
89 21 0.07
90 42 0.14
91 11 0.04
92 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (85 bp):
TGGTAAGTGTTTTTTTTCTGTTCATATAAAAAAGTCTATATTTTGGGTTTTGTTTGGATGGTCTG
AAAATGCAAGAAAATAATGG
Found at i:36581697 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 36581337--36581764 Score: 482
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 174
36581327 AAGTGTTTCT
* * * *
36581337 TTTCTG-TCTATATAAAAAAATGTCT-ATTTTTTAGGTTTTGTCTGGATGGTCGGAAAAAGCAAA
1 TTTCTGTTC-ATATAAAAAAA-GTCTCATTTTTT-GGTTTTGTTTGGATGGTCTGAAAATGCAAG
* *
36581400 AAAATAATTGTGGTAAGTGTTTTTCTTTTTTCTGTTCATAAAAAAGTGTCTTCTTTTCTGAGTTT
63 AAAATAA-TGTGGTAAGTG--TTTCTTTTTTCTGTTCATAAAAAAGTGTCATCATTTCTGAGTTT
*
36581465 TGTTTGGATTGTCTGAAAATGCAAGAAAATAATGGTTATAATTGTTTTTTG
125 GGTTTGGATTGTCTGAAAATGCAAGAAAATAATGGTTATAA-TGTTTTTTG
* *
36581516 -TTCTGTTCATATAAAAAAAGTCTACATTTTTTGGTTTTGTTTAGATGGTCTGAAAATGCCAGAA
1 TTTCTGTTCATATAAAAAAAGTCT-CATTTTTTGGTTTTGTTTGGATGGTCTGAAAATGCAAGAA
* * *
36581580 AATAATGATGGTACGTG-TT-TTTTTTCTGTTCATGTAAAAAATTGT-AT-ATTT-TGGGTTTGG
65 AATAATG-TGGTAAGTGTTTCTTTTTTCTGTTCA--TAAAAAAGTGTCATCATTTCTGAGTTTGG
36581640 TTTGGA-TGCTCTGAAAATGCAAGAAAATAATGG-TAGTAA-GTATTTTTG
127 TTTGGATTG-TCTGAAAATGCAAGAAAATAATGGTTA-TAATGT-TTTTTG
* * * * *
36581688 TTTCTGTTCATATAGAAAAAGTCTCATTTTATGGGTTTTGATTGGATGGTTTGAAAATACAAGAA
1 TTTCTGTTCATATAAAAAAAGTCTCATTTT-TTGGTTTTGTTTGGATGGTCTGAAAATGCAAGAA
36581753 AATAATGGTGGT
65 AATAAT-GTGGT
36581765 GAGTAGAGCT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 19, Indels: 30
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 16 0.07
173 100 0.46
174 17 0.08
175 3 0.01
176 10 0.05
177 6 0.03
178 55 0.25
179 9 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
TTTCTGTTCATATAAAAAAAGTCTCATTTTTTGGTTTTGTTTGGATGGTCTGAAAATGCAAGAAA
ATAATGTGGTAAGTGTTTCTTTTTTCTGTTCATAAAAAAGTGTCATCATTTCTGAGTTTGGTTTG
GATTGTCTGAAAATGCAAGAAAATAATGGTTATAATGTTTTTTG
Found at i:36587492 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36587470--36587508 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
36587460 CTCCACCTTG
* *
36587470 ACAAGAATTCTCTACGA
1 ACAAGAACTCTCAACGA
36587487 ACAAGAACTCTCAACGA
1 ACAAGAACTCTCAACGA
36587504 ACAAG
1 ACAAG
36587509 TTCTCCACCT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 20 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.26, G:0.13, T:0.15
Consensus pattern (17 bp):
ACAAGAACTCTCAACGA
Found at i:36595574 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 36595536--36595606 Score: 115
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33
36595526 AGATTAATTT
36595536 ATATTTTATATATCATTATAGTAAATTATTTAA
1 ATATTTTATATATCATTATAGTAAATTATTTAA
* * *
36595569 ATATTTTATTTATTATTATATTAAATTATTTAA
1 ATATTTTATATATCATTATAGTAAATTATTTAA
36595602 ATATT
1 ATATT
36595607 ATATTCCTTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 35 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (33 bp):
ATATTTTATATATCATTATAGTAAATTATTTAA
Found at i:36595605 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36595557--36595607 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
36595547 ATCATTATAG
36595557 TAAATTATTTAAATAT
1 TAAATTATTTAAATAT
** *
36595573 TTTATT-TATTATTATAT
1 TAAATTAT-TTA-AATAT
36595590 TAAATTATTTAAATAT
1 TAAATTATTTAAATAT
36595606 TA
1 TA
36595608 TATTCCTTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 6
0.68 0.16 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.04
16 13 0.50
17 11 0.42
18 1 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (16 bp):
TAAATTATTTAAATAT
Found at i:36598516 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36598493--36598603 Score: 66
Period size: 20 Copynumber: 5.5 Consensus size: 20
36598483 TTTATAAGAC
36598493 TTTACCAAAATATTTAAGGA
1 TTTACCAAAATATTTAAGGA
* *
36598513 TTTATCC-AGATTTTTAA-GA
1 TTTA-CCAAAATATTTAAGGA
* * *
36598532 TTATACTAAAATATCTAAGAA
1 TT-TACCAAAATATTTAAGGA
* * * * **
36598553 TGTATCAAAACATCTAAATA
1 TTTACCAAAATATTTAAGGA
*
36598573 TTTACCAAAAT-TTCTAAGGG
1 TTTACCAAAATATT-TAAGGA
36598593 TTTACCAAAAT
1 TTTACCAAAAT
36598604 TTGTAAAGAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 20, Indels: 10
0.69 0.21 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.09
20 56 0.85
21 4 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
TTTACCAAAATATTTAAGGA
Found at i:36598754 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36598652--36598767 Score: 78
Period size: 20 Copynumber: 5.8 Consensus size: 20
36598642 AATATTTTGG
36598652 TATACCAAAATTTCTAATGAT
1 TATACCAAAATTTCTAA-GAT
** *
36598673 T-TGTCAACATTTCTAAGGAT
1 TATACCAAAATTTCTAA-GAT
* * *
36598693 T-TATCAATATTTTTAAGAAGT
1 TATACCAAAATTTCTAAG-A-T
*
36598714 TATA--AAAATTTCTAAGGT
1 TATACCAAAATTTCTAAGAT
*
36598732 TATACCAAAATTTCTAATAT
1 TATACCAAAATTTCTAAGAT
* *
36598752 TATACGAAAATATCTA
1 TATACCAAAATTTCTA
36598768 TGAATTTATC
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 11
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.07
19 1 0.01
20 65 0.86
21 3 0.04
22 2 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
TATACCAAAATTTCTAAGAT
Found at i:36599332 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36599274--36599359 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 4.2 Consensus size: 21
36599264 AATTTTGGAT
*
36599274 ATTTTGGTATAACC-TTAGAA
1 ATTTTGATATAACCTTTAGAA
* ** **
36599294 TTTTTTTTATAATTATTTAGAA
1 ATTTTGATATAA-CCTTTAGAA
*
36599316 ATTTTGATA-AACCTTTAGAT
1 ATTTTGATATAACCTTTAGAA
36599336 ATTTTGATATAACC-TTA-AA
1 ATTTTGATATAACCTTTAGAA
36599355 ATTTT
1 ATTTT
36599360 TAATAAATCC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 12, Indels: 7
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.12
20 27 0.53
21 6 0.12
22 12 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTGATATAACCTTTAGAA
Found at i:36599360 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 36599317--36599379 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
36599307 TATTTAGAAA
* *
36599317 TTTTGATAAACCTTTAGAT
1 TTTTGATAAACCTTAAAAT
36599336 ATTTTGATATAACCTTAAAAT
1 -TTTTGATA-AACCTTAAAAT
*
36599357 TTTTAATAAATCCTTAAATAT
1 TTTTGATAAA-CCTTAAA-AT
36599378 TT
1 TT
36599380 CGATAAAACA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 5
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.05
20 22 0.59
21 13 0.35
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
TTTTGATAAACCTTAAAAT
Found at i:36612246 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36612226--36612254 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
36612216 CTTGGACAAG
36612226 TGTCAAAGCCTAAGT
1 TGTCAAAGCCTAAGT
36612241 TGTCAAAGCCTAAG
1 TGTCAAAGCCTAAG
36612255 GGCTATGTGG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (15 bp):
TGTCAAAGCCTAAGT
Found at i:36619461 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 36619431--36619524 Score: 98
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
36619421 TATTTTTTAT
36619431 ATACATACTTTTAATTATAAAAATGAA
1 ATACATACTTTTAATTATAAAAATGAA
* * * *
36619458 ATACACATTTTTTATTATAAAAATGCA
1 ATACATACTTTTAATTATAAAAATGAA
* * *
36619485 ATACACAATTTTTAATTATAAAAATGTA
1 ATACA-TACTTTTAATTATAAAAATGAA
* *
36619513 ACAAATACTTTT
1 ATACATACTTTT
36619525 TAAACATGAT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 11, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 33 0.60
28 22 0.40
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
ATACATACTTTTAATTATAAAAATGAA
Found at i:36619480 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 36619439--36619510 Score: 119
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 28
36619429 ATATACATAC
36619439 TTTTAATTATAAAAATGAAATACAC-AT
1 TTTTAATTATAAAAATGAAATACACAAT
* *
36619466 TTTTTATTATAAAAATGCAATACACAAT
1 TTTTAATTATAAAAATGAAATACACAAT
36619494 TTTTAATTATAAAAATG
1 TTTTAATTATAAAAATG
36619511 TAACAAATAC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 23 0.56
28 18 0.44
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (28 bp):
TTTTAATTATAAAAATGAAATACACAAT
Found at i:36619524 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 36619439--36619527 Score: 88
Period size: 28 Copynumber: 3.2 Consensus size: 26
36619429 ATATACATAC
*
36619439 TTTTAATTATAAAAATGAAATACACAT
1 TTTTAATTATAAAAATGAAAAACAC-T
* * *
36619466 TTTTTATTATAAAAATGCAATACACAAT
1 TTTTAATTATAAAAATG-AA-AAACACT
*
36619494 TTTTAATTATAAAAATGTAACAAATACT
1 TTTTAATTATAAAAATG-AA-AAACACT
36619522 TTTTAA
1 TTTTAA
36619528 ACATGATATA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 3
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.31
28 31 0.61
29 4 0.08
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (26 bp):
TTTTAATTATAAAAATGAAAAACACT
Found at i:36625576 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 36625548--36625573 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
36625538 ATATTGAAGG
36625548 AAAAACC
1 AAAAACC
36625555 AAAAACC
1 AAAAACC
36625562 AAAAACC
1 AAAAACC
36625569 AAAAA
1 AAAAA
36625574 ACCTCTCAAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 19 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.23, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (7 bp):
AAAAACC
Found at i:36642921 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36642898--36642936 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
36642888 ATTTTTACTA
36642898 TTTTAAAT-ATAAAATATTTT
1 TTTTAAATCATAAAA-ATTTT
*
36642918 TTTTATATCATAAAAATTT
1 TTTTAAATCATAAAAATTT
36642937 AAAATTATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.65
21 6 0.35
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (20 bp):
TTTTAAATCATAAAAATTTT
Found at i:36648598 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 36648546--36648621 Score: 143
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
36648536 GCCGTGGCAT
*
36648546 GCAACGTGTTATTGCCTGATAAAGCTTGAAGTACACATG
1 GCAACGTGCTATTGCCTGATAAAGCTTGAAGTACACATG
36648585 GCAACGTGCTATTGCCTGATAAAGCTTGAAGTACACA
1 GCAACGTGCTATTGCCTGATAAAGCTTGAAGTACACA
36648622 AGATATGTAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 36 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
GCAACGTGCTATTGCCTGATAAAGCTTGAAGTACACATG
Found at i:36653796 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36653771--36653802 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
36653761 TTTTATAGGA
36653771 TTTTATAAATTTTTAAT
1 TTTTATAAATTTTTAAT
36653788 TTTTA-AAATTTTTAA
1 TTTTATAAATTTTTAA
36653803 ATAATTGTCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.67
17 5 0.33
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (17 bp):
TTTTATAAATTTTTAAT
Found at i:36654576 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36654556--36654586 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
36654546 ATGTTATTCA
36654556 AAAATTAA-ATTTTTT
1 AAAATTAATATTTTTT
36654571 AAAATTAATATTTTTT
1 AAAATTAATATTTTTT
36654587 TAATATAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.53
16 7 0.47
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTAATATTTTTT
Found at i:36654802 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 36654770--36654841 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 5.4 Consensus size: 13
36654760 TTGAGGTAAT
*
36654770 AATATTAAAAGTTAA
1 AATA-TAAAAATT-A
36654785 AATATAAAAATTA
1 AATATAAAAATTA
* *
36654798 AATATTAAATTTA
1 AATATAAAAATTA
* *
36654811 TAT-TAAAAGTTAA
1 AATATAAAAATT-A
*
36654824 AATATAAAGATTA
1 AATATAAAAATTA
36654837 AATAT
1 AATAT
36654842 TAAATTTAGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 6
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.13
13 23 0.50
14 13 0.28
15 4 0.09
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (13 bp):
AATATAAAAATTA
Found at i:36654825 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 36654771--36654849 Score: 149
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
36654761 TGAGGTAATA
36654771 ATATTAAAAGTTAAAATATAAAAATTAAATATTAAATTT
1 ATATTAAAAGTTAAAATATAAAAATTAAATATTAAATTT
*
36654810 ATATTAAAAGTTAAAATATAAAGATTAAATATTAAATTT
1 ATATTAAAAGTTAAAATATAAAAATTAAATATTAAATTT
36654849 A
1 A
36654850 GACATGATAG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 39 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.04, T:0.38
Consensus pattern (39 bp):
ATATTAAAAGTTAAAATATAAAAATTAAATATTAAATTT
Found at i:36654846 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 36654770--36654846 Score: 51
Period size: 7 Copynumber: 11.4 Consensus size: 7
36654760 TTGAGGTAAT
36654770 AATATTA
1 AATATTA
36654777 AA-AGTTA
1 AATA-TTA
36654784 AA-ATATA
1 AATAT-TA
*
36654791 AAAATTA
1 AATATTA
36654798 AATATTA
1 AATATTA
36654805 AAT-TT-
1 AATATTA
36654810 -ATATTA
1 AATATTA
36654816 AA-AGTTA
1 AATA-TTA
36654823 AA-ATATA
1 AATAT-TA
*
36654830 AAGATTA
1 AATATTA
36654837 AATATTA
1 AATATTA
36654844 AAT
1 AAT
36654847 TTAGACATGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 18
0.75 0.03 0.23
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.03
5 2 0.03
6 6 0.10
7 45 0.76
8 4 0.07
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (7 bp):
AATATTA
Found at i:36654986 original size:6 final size:7
Alignment explanation
Indices: 36654969--36654994 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 3.7 Consensus size: 7
36654959 TTTAGAAATG
36654969 AAAAACT
1 AAAAACT
36654976 AAAAACT
1 AAAAACT
36654983 AAAAACT
1 AAAAACT
36654990 AAAAA
1 AAAAA
36654995 ATAATAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 19 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.12, G:0.00, T:0.12
Consensus pattern (7 bp):
AAAAACT
Found at i:36659086 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 36658986--36659088 Score: 143
Period size: 46 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
36658976 ATATAACAAC
* * **
36658986 CTTAAATATATTAAATGTAGGAGACATTAACAGCTAACTAAGTACC
1 CTTAAATATATTAAATATAGGAGACATTAACAGCTAACTAACTAAA
*
36659032 CTTAAATATATTAAATATAGGAGACATTAACAGCTAACTACCTAAA
1 CTTAAATATATTAAATATAGGAGACATTAACAGCTAACTAACTAAA
* *
36659078 TTTTAATATAT
1 CTTAAATATAT
36659089 AAGGACTTCA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 50 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.10, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
CTTAAATATATTAAATATAGGAGACATTAACAGCTAACTAACTAAA
Found at i:36664477 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 36664469--36664493 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
36664459 TATAGTCAAT
36664469 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
36664494 TATTATTATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:36664498 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 36664492--36664519 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 9.3 Consensus size: 3
36664482 AATAATAATA
36664492 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
36664520 AAATAATAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:36665400 original size:663 final size:652
Alignment explanation
Indices: 36663179--36665531 Score: 2093
Period size: 654 Copynumber: 3.6 Consensus size: 652
36663169 ATTAGTTGCA
*
36663179 TAAATATTTATAGTCGATTAACTATTATTATTATTAGATTAGTAATTCGATTCAAATTGATTTAT
1 TAAATATTTATAGTCGATTAAC-ATTATTATTATT--ATTA-TAATTCGATTCAAATTAATTTAT
* * *
36663244 -TGTGAATT-AATTTTTTTAGGTTTGACTTTAGATAAATTATAGTTAGAA-GATAATATTTTTTT
62 CT-TGAATTAAATTTTTTTAGGCTCGACTTTAGATAAATTATATTTA-AATGAT-ATATTTTTTT
* * * * * *
36663306 CAATTATAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATATATCCTAAATAATTTTTTTGTCTATTAA
124 CAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATGTATCCTAAATAAATTTCTTGTCCATTGA
* * * *
36663371 TATTATTTACTTAGTTGTGTCTTTCTTATTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATAT-TTTTATG-
189 TATTATTTACTTAATTATGTCTTTCTTATTAAATTAAAAAATTAACTATCACAT-TCTTTTATGC
* *
36663434 ---TAAGTGA--T--GAC-A--AGTAGGTTCTGCGCCAATTACTTTTATGCCTTC-AAGGAAATG
253 AACTAA-TGATTTAAGACAAGCAGCAGGTTCTGCGCCAATTACTTTTATGCCTTCAAAGG-TATG
*
36663488 TAATTGAAAAGACTTGATGTTATTTTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATATTTATTATTAAAATAG
316 TAATTGAAAAGACTTGTTGTTATTTTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATA-TTATTATTAAAATAG
* ** *
36663553 TAATTTGATTCAAATAGAATTATTTTAAATTAATTTTTTTAGTTTCGATTTTGGATAAATTATAT
380 TAATTCGATTCAAATAGAATTATTTTAAATTAATTTTTTTAGTCACGATTTTAGATAAATTATAT
* *
36663618 TTAAATGGATAATTTAATTTTCAAGTGCATCTTAAATAAGTTTTTTGTCTATTG-ATATTATTTA
445 TTAAATGGATAATTTAATTTTCAAGTGCATCATAAATAA-ATTTTTGTCTATTGCATATTATTTA
* * * *
36663682 CTTA-ATTT-TTTTTAAATTAAAAAAATTAATTTTCTCATGTTTTTATGCAACTAATGACTTCAA
509 -TTAGCTTTCTTTTTAAATTAAAAAAATTAATTTTCTCATGCTTTTATGTAATTAATGACTTCAA
*
36663745 AAGGAACTTCAAAAGAATGAAATAAATTCTATGCCAACAACTTATATGACTTCAAGGGTAATTGA
573 AAGGAACTTCAAAAGAATGAAATAAATTCTATG-C--CAACTTATATGACTTTAAGGGTAATTGA
36663810 AAAG-TCTTATTATTATTT
635 AAAGAT-TTATTATTATTT
* *
36663828 TAAATGTTTATAGTCGATTAACTATTATTATTATTATTAGAATAATAATTCGATTCAAATTGATT
1 TAAATATTTATAGTCGATTAAC-ATTATTATTATTA-T----T-ATAATTCGATTCAAATTAATT
* * *
36663893 TATCTTGAATTAAATTTTATTAGGCTCGACTATAGATAAATTATATTTTAATG--ATATTTTTTT
59 TATCTTGAATTAAATTTTTTTAGGCTCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATATATTTTTTT
* * * * *
36663956 CAATTCTAATAAAATAATATAATATAATTTTCAAATGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCTATTGA
124 CAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATGTATCCTAAATAAATTTCTTGTCCATTGA
* * * * * *
36664021 TATTATTTA-TTAAGTTATGTCTTTCTTATTAAATTAAGAAATTAATTGTCGCATGCTTTTAAGC
189 TATTATTTACTTAA-TTATGTCTTTCTTATTAAATTAAAAAATTAACTATCACATTCTTTTATGC
* * * * *
36664085 AACTAATAACTTCAAGACATGCAGGCAGGTTCTGGGCTAATTACTTTTATGCCTTCAAAGGTATG
253 AACTAATGA-TTTAAGACAAGCA-GCAGGTTCTGCGCCAATTACTTTTATGCCTTCAAAGGTATG
* * * *
36664150 TAATTGAAAAGACTTGCTGTTATTTTAAATTTTTTTAATTGAATAAATATTATTATTAAAATAGT
316 TAATTGAAAAGACTTGTTGTTATTTTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATATTATTATTAAAATAGT
*** * * **
36664215 AATTCGATTCAAATAGAATTATTTTAAATTAATTTTGAGGATTCACTAGGGTTTTTTATTTTTCA
381 AATTCGATTCAAATAGAATTATTTTAAATTAATTTT-TTTAGTCAC----G-ATTTTA--GAT-A
* * * * * * * * * *
36664280 AATTTTGAAATCAAAGTAGTAAAATTTTAATATTCCA--GCA-GATAGGATAATATTTTT-TTTA
437 AATTAT--ATTTAAA-T-GGATAA-TTTAATTTTCAAGTGCATCATA-AATAA-ATTTTTGTCTA
* * * * ** ** * * * * * * *
36664341 -TCCAAATTATTT-TTGGCCTTCCATGGAAGTAGAAAAACAATGCAAGTTTCTTCTTGCATTGAT
495 TTGCATATTATTTATTAGCTTTCTTTTTAAAT-TAAAAA-AAT-TAATTTTC-TCATGCTTTTAT
* * * * * * * ******** *** ** * *
36664404 ATTATCTATTTAGTT----ATG--TTTTTTTTTCTTTTTATTCATTAGT-TG-C-A--TAAAT-A
556 GTAAT-TAATGACTTCAAAAGGAACTTCAAAAGAATGAAATAAATT-CTATGCCAACTTATATGA
* * * * * **
36664457 -TTTATA--GTCAATT-AATAATAATAATAATAATAA
619 CTTTA-AGGGT-AATTGAA-AAGATTTATTATTATTT
* * ** ** * *
36664490 TAATTA-TTATTA-T-TATTATTATTATTATTAAAATAATAATTTGATTCAAATTAATTTATCTT
1 TAAATATTTA-TAGTCGATTAACATTATTATTATTATTATAATTCGATTCAAATTAATTTATCTT
* * *
36664552 GAATTAAATTTCTTTTAAGCTCGACTTTAGAGAAATTATATTTAAATGATA-A-TTTTTTAAATT
65 GAATTAAATTT-TTTTAGGCTCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATATATTTTTTTCAATT
* * *
36664615 TTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATGTATCTTAAATAAATTTCTTGTCCATTTATATTA
129 CTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATGTATCCTAAATAAATTTCTTGTCCATTGATATTA
* * *
36664680 TTTACTTAATTATGTCTTTCTTATTAAATTTAAAAATTAACTATCACATTATTTTATGTAACTAA
194 TTTACTTAATTATGTCTTTCTTATTAAATTAAAAAATTAACTATCACATTCTTTTATGCAACTAA
* * ** * * * *
36664745 TGACTTTAGGAGAAGCTCCTAGGTTGTGTGCCAATTACTTTTAAGCGTTCAAAGGTATGTAATTG
259 TGA-TTTAAGACAAGCAGC-AGGTTCTGCGCCAATTACTTTTATGCCTTCAAAGGTATGTAATTG
* *
36664810 AAAAGACTTGTTGTTATTTTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATATTATTATTAGAATAGGAATTCG
322 AAAAGACTTGTTGTTATTTTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATATTATTATTAAAATAGTAATTCG
* * * * *
36664875 ATTCAAATTGAATTTTTTTGAATTAATATTTCTTTAGTCACGACTTCAGATAAATTATATTTAAA
387 ATTCAAATAGAATTATTTTAAATTAAT-TTT-TTTAGTCACGATTTTAGATAAATTATATTTAAA
* *
36664940 TGGATAATTTAATTTTCAAGTGCATCCTAAATAAATTTCTTGTCCATTGCTATTATTTATTTAAT
450 TGGATAATTTAATTTTCAAGTGCATCATAAATAAATTT-TTGTCTATTGC-A-TA-TTATTT-AT
*
36665005 TATGCTTTTCTTTTTAAATTAAAAAAATTAATTTTCCCATGCTTTTATGTAATTAATGACTTCAA
510 TA-GC-TTTCTTTTTAAATTAAAAAAATTAATTTTCTCATGCTTTTATGTAATTAATGACTTCAA
36665070 AAGGAACTTCAAAAGAATGAAATAAATTCTATGCCAACTTATATGACTTTAAGGGTAATTGAAAA
573 AAGGAACTTCAAAAGAATGAAATAAATTCTATGCCAACTTATATGACTTTAAGGGTAATTGAAAA
* *
36665135 GATTTGTTGTTATTT
638 GATTTATTATTATTT
* * *
36665150 TAAATATTTTTAGTCGATTAA-ATT-TTATTATTATTATTATTCGATTTAAATTAATTTATCTTG
1 TAAATATTTATAGTCGATTAACATTATTATTATTATTATAATTCGATTCAAATTAATTTATCTTG
*
36665213 AATTAAATTTCTTTTAGGCTCGATTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATATTTTTTTCAATT
66 AATTAAATTT-TTTTAGGCTCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGAT-ATATTTTTTTCAATT
* *
36665278 CTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAATTTATTGTCCATTGATATTA
129 CTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATGTATCCTAAATAAATTTCTTGTCCATTGATATTA
* * *
36665343 TTTGCTTAATTATGTCCTTCTTAATAAATTAAAAAATTAACTATCACATTCTTTTATGCAACTAA
194 TTTACTTAATTATGTCTTTCTTATTAAATTAAAAAATTAACTATCACATTCTTTTATGCAACTAA
* * * ** ** * * **
36665408 TGATTTCAAAAGAAACGAGCAACTTGAGCG-CAAGTTAATTATATGAGTTCAAA-G---GTAATT
259 TGATTT-AAGACAAGC-AGCAGGTTCTGCGCCAA-TTACTTTTATGCCTTCAAAGGTATGTAATT
* *
36665468 GAAAAGACTTGTTGTTATTTACTTAAATGTTTTTAGTCGATTAAATATTATTATTAGAATAGTA
321 GAAAAGACTTGTTGTTA-TT--TTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATATTATTATTAAAATAGTA
36665532 TTCACAATAG
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 269, Indels: 189
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
642 10 0.01
643 8 0.01
644 10 0.01
645 9 0.01
646 2 0.00
647 8 0.01
648 9 0.01
649 54 0.04
650 127 0.10
651 6 0.00
652 41 0.03
653 81 0.06
654 296 0.22
655 14 0.01
656 2 0.00
658 8 0.01
659 36 0.03
660 108 0.08
661 71 0.05
662 154 0.12
663 165 0.12
664 5 0.00
666 2 0.00
667 5 0.00
669 1 0.00
670 8 0.01
671 13 0.01
672 23 0.02
673 20 0.01
674 7 0.01
675 16 0.01
676 9 0.01
677 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (652 bp):
TAAATATTTATAGTCGATTAACATTATTATTATTATTATAATTCGATTCAAATTAATTTATCTTG
AATTAAATTTTTTTAGGCTCGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATATATTTTTTTCAATTCT
AATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAATGTATCCTAAATAAATTTCTTGTCCATTGATATTATT
TACTTAATTATGTCTTTCTTATTAAATTAAAAAATTAACTATCACATTCTTTTATGCAACTAATG
ATTTAAGACAAGCAGCAGGTTCTGCGCCAATTACTTTTATGCCTTCAAAGGTATGTAATTGAAAA
GACTTGTTGTTATTTTAAATTTTTTTAGTCGATTAAATATTATTATTAAAATAGTAATTCGATTC
AAATAGAATTATTTTAAATTAATTTTTTTAGTCACGATTTTAGATAAATTATATTTAAATGGATA
ATTTAATTTTCAAGTGCATCATAAATAAATTTTTGTCTATTGCATATTATTTATTAGCTTTCTTT
TTAAATTAAAAAAATTAATTTTCTCATGCTTTTATGTAATTAATGACTTCAAAAGGAACTTCAAA
AGAATGAAATAAATTCTATGCCAACTTATATGACTTTAAGGGTAATTGAAAAGATTTATTATTAT
TT
Found at i:36666615 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 36666589--36666649 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
36666579 TTTTTTTAAA
36666589 AAAATAAAAAATTAATTATT-TT
1 AAAATAAAAAATTAATTATTATT
* * **
36666611 TAAATTAATTATT-ATTATTATT
1 AAAATAAAAAATTAATTATTATT
*
36666633 AAAATAATAAATTAATT
1 AAAATAAAAAATTAATT
36666650 TAAATTGATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 9, Indels: 3
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.21
22 19 0.68
23 3 0.11
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
AAAATAAAAAATTAATTATTATT
Found at i:36669882 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36669861--36669895 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
36669851 AAGCATCAGC
36669861 TTGGAA-CTGGAACAAG
1 TTGGAACCT-GAACAAG
36669877 TTGGAACCTGAACAAG
1 TTGGAACCTGAACAAG
36669893 TTG
1 TTG
36669896 TTGATAAAGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 16 0.89
17 2 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (16 bp):
TTGGAACCTGAACAAG
Found at i:36675942 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 36675934--36675986 Score: 88
Period size: 3 Copynumber: 17.7 Consensus size: 3
36675924 AATGTTGCCA
* *
36675934 AAG AAG AAG AAG AAG AAG GAG AAG GAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
36675982 AAG AA
1 AAG AA
36675987 AGATGGATTA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 46 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.36, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AAG
Found at i:36676930 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36676895--36676935 Score: 68
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
36676885 ATCACAATTA
36676895 CTTTTATTCCACTCACTTTG
1 CTTTTATTCCACTCACTTTG
36676915 CTTTTA-TCCA-TCACTTTG
1 CTTTTATTCCACTCACTTTG
36676933 CTT
1 CTT
36676936 CTCAATTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.52
19 4 0.19
20 6 0.29
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
CTTTTATTCCACTCACTTTG
Found at i:36678981 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 36678941--36679223 Score: 220
Period size: 30 Copynumber: 9.5 Consensus size: 30
36678931 TTTAGGGACA
* *
36678941 AAAATGTAATTTTTTAAAATTTTTGGGGTT
1 AAAATATAATTTTTTAAAAGTTTTGGGGTT
* *
36678971 AAAATATAA-TTTTGAAGAAG-TTTAGGGTT
1 AAAATATAATTTTTTAA-AAGTTTTGGGGTT
* * *
36679000 AAAATGTAA-TTTATAGAAAGTTTTGGGGTC
1 AAAATATAATTTTTTA-AAAGTTTTGGGGTT
** * *
36679030 AAAATATAATTTTGAAAAAGTTTAGGGGTC
1 AAAATATAATTTTTTAAAAGTTTTGGGGTT
* * * *
36679060 AAAATGTAA-TTTATAGAAAGTTTTAGTGTT
1 AAAATATAATTTTTTA-AAAGTTTTGGGGTT
**
36679090 AAAATATAATTTTGGAAAA-TTTTGGGGTT
1 AAAATATAATTTTTTAAAAGTTTTGGGGTT
* * *
36679119 AAAATGTAA-TTTATAGAAAGTTTTAGGGTT
1 AAAATATAATTTTTTA-AAAGTTTTGGGGTT
** * * *
36679149 AAAATATAATTTTGAAAAAGTTTAGGGATC
1 AAAATATAATTTTTTAAAAGTTTTGGGGTT
* * *
36679179 AAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTT
1 AAAATATAATTTTTTAAAAGTTTTGGGGTT
36679209 AAAATA-ACATTTTTT
1 AAAATATA-ATTTTTT
36679224 GATAATTTAG
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 44, Indels: 20
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.02
29 53 0.27
30 130 0.65
31 12 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (30 bp):
AAAATATAATTTTTTAAAAGTTTTGGGGTT
Found at i:36679221 original size:119 final size:119
Alignment explanation
Indices: 36678919--36679214 Score: 445
Period size: 119 Copynumber: 2.5 Consensus size: 119
36678909 TCAAAAACGG
* * * *
36678919 AATTTTG-GAAAGTTTAGGGA-CAAAAATGTAATTTTTTAAAATTTTTGGGGTTAAAATATAATT
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATC-AAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTTAAAATATAATT
*
36678982 TTGAAGAAGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTGGGGTCAAAATAT
65 TTGAAGAAGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
* * * *
36679037 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGGTCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGTGTTAAAATATAATTT
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTTAAAATATAATTT
* * *
36679102 TGGAA-AATTTTGGGGTTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
66 T-GAAGAAGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
36679156 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTTAAAATA
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTTAAAATA
36679215 ACATTTTTTG
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 16, Indels: 5
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
118 7 0.04
119 148 0.93
120 4 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (119 bp):
AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTTAAAATATAATTT
TGAAGAAGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
Found at i:36679236 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 36678919--36679214 Score: 395
Period size: 59 Copynumber: 5.0 Consensus size: 60
36678909 TCAAAAACGG
* * * *
36678919 AATTTTG-GAAAGTTTAGGGA-CAAAAATGTAATTTTTTA-AAATTTTTGGGGTTAAAATAT
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATC-AAAATGTAA-TTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
* * * *
36678978 AATTTTGAAGAAGTTTAGGG-TTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTGGGGTCAAAATAT
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
* *
36679037 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGGTCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGTGTTAAAATAT
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
* * * *
36679097 AATTTTGGAAAA-TTTTGGGGTTAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
* *
36679156 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTTTAAAAAGTTTTAGGGTTAAAATA
1 AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATA
36679215 ACATTTTTTG
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 21, Indels: 9
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 5 0.02
59 109 0.52
60 97 0.46
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (60 bp):
AATTTTGAAAAAGTTTAGGGATCAAAATGTAATTTATAGAAAGTTTTAGGGTTAAAATAT
Found at i:36681103 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36681052--36681103 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
36681042 TATATAAGTC
36681052 TAAATTTAAAATT-AAAA
1 TAAATTT-AAATTAAAAA
36681069 TAAATTTAAATTCAAAAA
1 TAAATTTAAATT-AAAAA
*
36681087 TCAATTTAAACTTAAAA
1 TAAATTTAAA-TTAAAA
36681104 TAATTCTTAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 5
0.84 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.16
17 7 0.23
18 17 0.55
19 2 0.06
ACGTcount: A:0.60, C:0.06, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTTAAATTAAAAA
Found at i:36682397 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36682381--36682418 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
36682371 TTCCTTCGCT
36682381 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
36682392 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
36682401 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
36682413 TGCCTC
1 TGCCTC
36682419 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.08
10 7 0.29
11 13 0.54
12 2 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:36682414 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36682367--36682419 Score: 88
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
36682357 CTTGTAGCCT
* *
36682367 CTGCTTCCTTCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
36682388 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
36682409 CTGCTGCCTCC
1 CTGCTGCCTCC
36682420 ACTTTAAGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 30 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
Found at i:36682491 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 36682409--36682562 Score: 245
Period size: 66 Copynumber: 2.3 Consensus size: 66
36682399 GCTTGCCTCG
* * * *
36682409 CTGCTGCCTCCACTTTAAGTTGTAGGTGGAGTTCTTCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
36682474 A
66 A
* *
36682475 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTTTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGCCTCTGCTTCTCTC
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
*
36682540 G
66 A
36682541 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTG
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTG
36682563 AGCAAATTGC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 8, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 80 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.25, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (66 bp):
CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
A
Found at i:36688037 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 36687995--36688061 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
36687985 TTGATTTAAA
36687995 TTTAAAA-ATATATATTAGTGACAACATTTTAC
1 TTTAAAATATATATATTAGTGACAACATTTTAC
36688027 TTTAAAATATATATATTAGTGACAACATTTTAC
1 TTTAAAATATATATATTAGTGACAACATTTTAC
36688060 TT
1 TT
36688062 AAATATTTTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.21
33 27 0.79
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (33 bp):
TTTAAAATATATATATTAGTGACAACATTTTAC
Found at i:36688117 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36688081--36688217 Score: 93
Period size: 22 Copynumber: 6.3 Consensus size: 21
36688071 GGTTCTTTTT
*
36688081 ATTAA-TTAAATAATTAAATA
1 ATTAATTTATATAATTAAATA
*
36688101 TTTAATTTAGTATAATTAAATA
1 ATTAATTTA-TATAATTAAATA
*
36688123 ATTAATTAAT-TAATTAAAATTA
1 ATTAATTTATATAATT-AAA-TA
**
36688145 ATTAATTATATATAATTATTTA
1 ATTAATT-TATATAATTAAATA
* *
36688167 CGA-AAATATTTTA-AATTAAATA
1 --ATTAAT-TTATATAATTAAATA
* *
36688189 TTTAATTAAATATAATTAAATA
1 ATTAATT-TATATAATTAAATA
36688211 ATTAATT
1 ATTAATT
36688218 GATACTGTTT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 16, Indels: 22
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.11
21 12 0.13
22 51 0.57
23 9 0.10
24 7 0.08
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
ATTAATTTATATAATTAAATA
Found at i:36688130 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 36688081--36688162 Score: 69
Period size: 4 Copynumber: 20.0 Consensus size: 4
36688071 GGTTCTTTTT
* * * * *
36688081 ATTA ATTA AATA ATTA AATA TTTA ATTTA GTATA ATTA AATA ATTA ATTA
1 ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA A-TTA AT-TA ATTA ATTA ATTA ATTA
36688131 ATTA ATTA A--A ATTA ATTA ATTA TATATA ATTA
1 ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA -AT-TA ATTA
36688163 TTTACGAAAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 10, Indels: 12
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
4 48 0.77
5 10 0.16
6 2 0.03
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (4 bp):
ATTA
Found at i:36688161 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 36688120--36688162 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
36688110 GTATAATTAA
36688120 ATAATTAATTAATTAATT
1 ATAATTAATTAATTAATT
*
36688138 AAAATTAATTAATT-ATAT
1 ATAATTAATTAATTAAT-T
36688156 ATAATTA
1 ATAATTA
36688163 TTTACGAAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.09
18 20 0.91
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAATTAATTAATT
Found at i:36688206 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36688180--36688217 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.4 Consensus size: 11
36688170 AAATATTTTA
36688180 AATTAAATATTT
1 AATTAAATA-TT
36688192 AATTAAATA-T
1 AATTAAATATT
36688202 AATTAAATAATT
1 AATTAAAT-ATT
36688214 AATT
1 AATT
36688218 GATACTGTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.38
11 1 0.04
12 14 0.58
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (11 bp):
AATTAAATATT
Found at i:36688274 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 36688253--36688430 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 9.6 Consensus size: 18
36688243 ATTAAACATA
36688253 ATTAATTAATTTAATATT
1 ATTAATTAATTTAATATT
* *
36688271 ATT-ATTCACTTTAATATAA
1 ATTAATT-AATTTAATAT-T
* *
36688290 ATTAAATAATTAAATATT
1 ATTAATTAATTTAATATT
36688308 -TTAAATTAA-TT-AT-TT
1 ATT-AATTAATTTAATATT
36688323 AATTAATTTGAAATATTTACA-ATT
1 -ATTAA-TT---A-ATTTA-ATATT
* * *
36688347 AAATACAT-AATTTAACATA
1 -ATTA-ATTAATTTAATATT
* *
36688366 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAATTAATTTAATATT
* * *
36688384 ATTATTTAGTTTAATATA
1 ATTAATTAATTTAATATT
* *
36688402 ATTAAATAATTAAATATT
1 ATTAATTAATTTAATATT
36688420 -TTAAATTAATT
1 ATT-AATTAATT
36688431 ATTTAATTAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 38
0.66 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.02
16 4 0.03
17 13 0.11
18 66 0.55
19 18 0.15
20 4 0.03
21 1 0.01
22 2 0.02
24 8 0.07
25 1 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATTAATTAATTTAATATT
Found at i:36688287 original size:112 final size:111
Alignment explanation
Indices: 36688238--36689655 Score: 2058
Period size: 112 Copynumber: 12.9 Consensus size: 111
36688228 ACAATTAAAT
* * *
36688238 ACATAATTAAACATAATTAATTAATTTAATATTATTATTCACTTTAATATAAATTAAATAATTAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT--ATTAAATAATTAA
*
36688303 ATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTTGA-AATATTTACAATTAAAT
64 ATATTTTAAATTAATTATTTAATTAA-TTGATACTATTTACAATTAAAT
* *
36688351 ACATAATTTAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* * *
36688416 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATATTTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
*
36688463 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTACATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* * *
36688528 TATTTTAAATTAATTATTTAATTACTTGATACTGTTTACAGTTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
* * *
36688575 ATATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTACATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
*
36688640 TATTTTAAATTAATTATTAAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
* *
36688687 ACATAATTAAACATAATTAAATGATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAGTAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* * * * *
36688752 TCTATTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
* *
36688799 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAACATAATTATTTAGTTTAATATACTTAAATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATA-TTAAATAATTAAA
*
36688864 TATTTTAAATTAATTATTAAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
* *
36688911 ACATAATTAAACATAATTAAATGATTTAATATAATTATTTATTTTAATATAATTAAATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* * * *
36688976 TATATTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
* *
36689023 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATAATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* *
36689088 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
*
36689135 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAC-TT--TA-A-T--ATAATCAAAT
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATATTAAATAATTAAAT
* *
36689193 TTTTTAAATTAATTATTTGATTAATTGATACTATTTACAA-T---T
66 ATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
*
36689235 --A-AA-T--ACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTATTTTAATATAATTAAATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* * * * * *
36689294 TCTATTAAATTAATTATTTAGTTAATTTAAAATATTTACAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
*
36689341 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
* * *
36689406 TATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAAT
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
*
36689453 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAC-TT--TA-A-T--ATAATCAAAT
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATATTAAATAATTAAAT
*
36689511 TTTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
66 ATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
*
36689557 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTATATAATTAAA
1 ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-ATTAAATAATTAAA
36689622 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTA
65 TATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTA
36689656 AAGGTAAATC
Statistics
Matches: 1185, Mismatches: 91, Indels: 59
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
94 31 0.03
95 2 0.00
96 1 0.00
97 4 0.00
98 1 0.00
99 1 0.00
100 2 0.00
102 42 0.04
103 2 0.00
104 138 0.12
105 2 0.00
106 3 0.00
107 4 0.00
108 1 0.00
109 7 0.01
110 2 0.00
111 9 0.01
112 887 0.75
113 46 0.04
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (111 bp):
ACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATATTAAATAATTAAAT
ATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAAT
Found at i:36688488 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 36688465--36689637 Score: 324
Period size: 18 Copynumber: 63.4 Consensus size: 18
36688455 ATTTAAATAC
*
36688465 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36688483 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36688501 TTACTTTAATATAATTAC
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36688519 ATAATTAAATAT-TTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36688536 ATTAATTATTTAAT-TACTTGATA
1 A-TAATTA---AATATAATT-A-A
* ** * * *
36688559 CTGTTTACAGT-TAAATAT
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36688577 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36688595 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36688613 TTAGTTTAATATAATTAC
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36688631 ATAATTAAATAT-TTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36688648 ATTAATTATTAA-ATTAATTGATA
1 A-TAATTA--AATA-TAATT-A-A
* * * *
36688671 CTATTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36688689 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36688707 ATGATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36688725 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36688743 GTAATTAAATCT-ATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36688760 ATTAATTATTTAAT-TAATTTAAA
1 A-TAATTA---AATATAA-TT-AA
* * *
36688783 ATATTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36688801 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36688819 ATAATTTAACATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36688837 TTAGTTTAATATACTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36688855 ATAATTAAATAT-TTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36688872 ATTAATTATTAA-ATTAATTGATA
1 A-TAATTA--AATA-TAATT-A-A
* * * *
36688895 CTATTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36688913 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36688931 ATGATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36688949 TTATTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36688967 ATAATTAAATAT-ATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36688984 ATTAATTATTTAAT-TAATTTAAA
1 A-TAATTA---AATATAA-TT-AA
* * *
36689007 ATATTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36689025 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36689043 ATAATTTAATATAA-TAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36689060 TTTAGTTTAATATAATTAA
1 -ATAATTAAATATAATTAA
*
36689079 ATAATTAAATAT-TTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36689096 ATTAATTATTTAAT-TAATTGATA
1 A-TAATTA---AATATAATT-A-A
* ** * *
36689119 CTGTTTATAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36689137 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36689155 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36689173 TTACTTTAATATAATCAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
** *
36689191 ATTTTTTAAAT-TAATTAT
1 A-TAATTAAATATAATTAA
* * * *
36689209 TTGATTAATTGATACTATT-T
1 ATAATTAAAT-ATA--ATTAA
*
36689229 ACAATTAAATACATAATTAA
1 ATAATTAAAT--ATAATTAA
* *
36689249 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36689267 TTATTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36689285 ATAATTAAATCT-ATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
**
36689302 ATTAATTATTTAGTTAATTTAAA
1 A-TAATTAAATA--TAA-TT-AA
* * *
36689325 ATATTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36689343 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36689361 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
36689379 TTAGTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36689397 ATAATTAAATAT-ATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36689414 ATTAATTATTTAAT-TAATTGATA
1 A-TAATTA---AATATAATT-A-A
* ** * *
36689437 CTGTTTATAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36689455 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36689473 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36689491 TTACTTTAATATAATCAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
** *
36689509 ATTTTTTAAAT-TAATTAT
1 A-TAATTAAATATAATTAA
* *
36689527 TTAATT-AAT-TGA-T-A
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36689541 CTATTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
36689559 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
36689577 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
36689595 TTACTTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
36689613 ATAATTAAATAT-TTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
36689630 ATTAATTA
1 A-TAATTA
36689638 TTTAATTAAT
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 233, Indels: 164
0.68 0.19 0.13
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.00
15 1 0.00
16 10 0.01
17 75 0.09
18 547 0.65
19 30 0.04
20 71 0.08
21 39 0.05
22 48 0.06
23 15 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATATAATTAA
Found at i:36688720 original size:336 final size:333
Alignment explanation
Indices: 36688140--36689650 Score: 2285
Period size: 336 Copynumber: 4.6 Consensus size: 333
36688130 AATTAATTAA
* *** * *
36688140 AATTAATTAA-TTATATATAATTATTTACGAAAATAT-TTTAAATTAAATATTTAATTAAATATA
1 AATTAAATAATTTA-ATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTAAATA-TT--TTAAAT-TA
** * *
36688203 ATTAAATAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAATTAATTTAAT
61 ATTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAAT
* *
36688268 ATTATTATTCACTTTAATATAAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTTG
126 ATAATTATTTACTTTAATAT-AATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAA-TTG
*
36688333 -AAATATTTACAATTAAATACATAATTTAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTA
189 AAAATATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTA
* *
36688397 ATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATATTTAAA
254 ATATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAA
36688462 TACATAATTAAACAT
319 TACATAATTAAACAT
36688477 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTACATAATTAAATATTTTAAATTAAT
1 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAA-T-CA-AATTAAATATTTTAAATTAAT
* * * *
36688542 TATTTAATTACTTGATACTGTTTACAGTTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
63 TATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
* * * * *
36688607 AATTATTTAGTTTAATATAATTACATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTAAATTAATTGATAC
128 AATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGAAAA
* *
36688672 TATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATGATTTAATATAATTATTTACTTTAATAT
193 TATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATAT
* * * * * * *
36688737 AATTAAGTAATTAAATCTATTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAATTAAATACA
258 AATTAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACA
36688802 TAATTAAACAT
323 TAATTAAACAT
* * * *
36688813 AATTAAATAATTTAACATAATTATTTAGTTTAATATACTTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAT
1 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATA-AT-CA-AATTAAATATTTTAAATTAAT
* *
36688878 TATTAAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATGATTTAATAT
63 TATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
* * *
36688943 AATTATTTATTTTAATATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAA
128 AATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGAAAA
*
36689008 TATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATAATTTAGTTTAATAT
193 TATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATAT
*
36689073 AATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACA
258 AATTAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACA
36689138 TAATTAAACAT
323 TAATTAAACAT
36689149 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAA-T---T-TTTTAAATTAATTAT
1 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTAAATATTTTAAATTAATTAT
*
36689209 TTGATTAATTGATACTATTTACAA-T---T--A-AA-T--ACATAATTAAATAATTTAATATAAT
66 TTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAAT
* * * * *
36689264 TATTTATTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAATTATTTAGTTAATTTAAAATAT
131 TATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGAAAATAT
36689329 TTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAAT
196 TTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAAT
36689394 TAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAA
261 TAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAA
36689459 TTAAACAT
326 TTAAACAT
36689467 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAA-T---T-TTTTAAATTAATTAT
1 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTAAATATTTTAAATTAATTAT
36689527 TTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAAT
66 TTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAAT
*
36689592 TATTTACTTTAATATAATTATATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGA
131 TATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGA
36689651 TACTAAAGGT
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 77, Indels: 43
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
318 306 0.28
319 1 0.00
320 1 0.00
321 2 0.00
322 2 0.00
324 2 0.00
325 2 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 115 0.11
329 1 0.00
332 1 0.00
333 2 0.00
334 1 0.00
335 4 0.00
336 510 0.47
337 106 0.10
338 9 0.01
339 1 0.00
340 3 0.00
341 9 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (333 bp):
AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTAAATATTTTAAATTAATTAT
TTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAAT
TATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGAAAATAT
TTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAAT
TAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAA
TTAAACAT
Found at i:36688812 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 36688799--36688835 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 3.9 Consensus size: 10
36688789 ACAATTAAAT
36688799 ACATAATTAA
1 ACATAATTAA
36688809 ACATAATT-A
1 ACATAATTAA
*
36688818 A-ATAATTTA
1 ACATAATTAA
36688827 ACATAATTA
1 ACATAATTA
36688836 TTTAGTTTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
8 6 0.25
9 4 0.17
10 14 0.58
ACGTcount: A:0.57, C:0.08, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (10 bp):
ACATAATTAA
Found at i:36688941 original size:318 final size:310
Alignment explanation
Indices: 36688617--36689593 Score: 1396
Period size: 318 Copynumber: 3.0 Consensus size: 310
36688607 AATTATTTAG
* * * * *
36688617 TTTAATATAATTACATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTAAATTAATTGATACTATTTACAAT
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAAT
* * *
36688682 TAAATACATAATTAAACATAATTAAATGATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAGTAA
66 TAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAA
* * * * * *
36688747 TTAAATCTATTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAATTAAATACATAATTAAACA
131 TTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACA
* * * *
36688812 TAATTAAATAATTTAACATAATTATTTAGTTTAATATACTTAAATAATTAAATATTTTAAATTAA
196 TAATTAAATAATTTAATATAATTATTTA-CTT--TA-A--T--ATAATCAAATTTTTTAAATTAA
*
36688877 TTATTAAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATGATTTAATA
253 TTATTTAATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAAC---A-T--A--A--T--TA
36688942 TAATTATTTA
306 -AA-TA---A
*
36688952 TTTTAATATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAA
1 -TTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAA
*
36689017 TTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATAATTTAGTTTAATATAATTAAATA
65 TTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATA
*
36689082 ATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAAC
130 ATTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAAC
*
36689147 ATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTTTTTAAATTAATTATTTG
195 ATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTTTTTAAATTAATTATTTA
* *
36689212 ATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAT
260 ATTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAA-CA--TAAT-TAA--A--TAA
* * *
36689271 TTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAATTATTTAGTTAATTTAAAATATTTACAAT
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAAT
36689336 TAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAA
66 TAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAA
36689401 TTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACA
131 TTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACA
36689466 TAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTTTTTAAATTAATTATTTAA
196 TAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTTTTTAAATTAATTATTTAA
36689531 TTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAA
261 TTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAA
36689581 TTTAATATAATTA
1 TTTAATATAATTA
36689594 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 32, Indels: 36
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
310 15 0.02
312 1 0.00
314 3 0.00
315 4 0.01
317 1 0.00
318 292 0.48
319 1 0.00
320 3 0.00
321 2 0.00
322 3 0.00
323 1 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
327 2 0.00
328 63 0.10
330 1 0.00
332 1 0.00
333 2 0.00
335 2 0.00
336 205 0.34
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (310 bp):
TTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTTAAAATATTTACAAT
TAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAA
TTAAATATATTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACA
TAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATCAAATTTTTTAAATTAATTATTTAA
TTAATTGATACTATTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:36689134 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 36689079--36689239 Score: 117
Period size: 46 Copynumber: 3.2 Consensus size: 45
36689069 ATATAATTAA
36689079 ATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTT
1 ATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACT-TTT
* *
36689125 ATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT-ATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAAT--AT--TT---TA-AATT-AATTATTTAAT-TAATTGA--TACTTT--T
* * *
36689183 ATAATCAAATTTTTTAAATTAATTATTTGATTAATTGATACTATTT
1 ATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACT-TTT
*
36689229 ACAATTAAATA
1 ATAATTAAATA
36689240 CATAATTAAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 10, Indels: 32
0.68 0.08 0.24
Matches are distributed among these distances:
46 19 0.21
47 4 0.04
48 9 0.10
49 10 0.11
50 6 0.07
51 1 0.01
53 1 0.01
54 6 0.07
55 11 0.12
56 8 0.09
57 4 0.04
58 10 0.11
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (45 bp):
ATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTTTT
Found at i:36693988 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 36693876--36694336 Score: 474
Period size: 41 Copynumber: 11.3 Consensus size: 41
36693866 TTTAAATAAA
36693876 TTAGCGGCGCTT-ATGGGAAAGCGCCGCTAATG-CAC--ACCT
1 TTAGCGGCGCTTGA-GGGAAAGCGCCGCTAATGAC-CTGACCT
* * * *
36693915 TTAGCGACGCTT-ATTAGAAAAGCGCCGCTAATGACTTGACCT
1 TTAGCGGCGCTTGA--GGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
*
36693957 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACC-T
* * *
36693999 TTAGTGGCGCTTTAGGGAAAGCGCCGCTAATTACCTGACCT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
*
36694040 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATTACCTGACCT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
* ** * *
36694081 TTAACGATGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATTACCCGACCT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
* * *
36694122 TTAGCGGCGCATT-AGAGAAAGCGCCGCTAATGACTTGAACT
1 TTAGCGGCGC-TTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
* ** *
36694163 TTAGCGGCGCTTGTGATAAAGCGCCGCTAATGACATGACCT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
* * *
36694204 TTAGCGGCGCTTGTGGGTAAAGCGCCGCTAGTGACCCGACCT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGG-AAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
* ** * *
36694246 TTAGCGGCGCTTG-TGTTAAGCGCCGCTAATG-CTTTACCT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
* * * *
36694285 TTTGCGGCGCATT-AAGAAAAGCGCCGCTAAT-ACTTGACCT
1 TTAGCGGCGC-TTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
*
36694325 TTTGCGGCGCTT
1 TTAGCGGCGCTT
36694337 TGTTTCCAAA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 48, Indels: 24
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 28 0.08
40 65 0.18
41 180 0.50
42 88 0.24
43 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCT
Found at i:36694202 original size:123 final size:121
Alignment explanation
Indices: 36693876--36694336 Score: 556
Period size: 123 Copynumber: 3.8 Consensus size: 121
36693866 TTTAAATAAA
* *
36693876 TTAGCGGCGCTTATGGGAAAGCGCCGCTAATGCAC---ACCTTTAGCGACGCTTATTAGAAAAGC
1 TTAGCGGCGCTTA-GGGAAAGCGCCGCTAATG-ACTTGACCTTTAGCGGCGC-T-TGAGAAAAGC
36693938 GCCGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTT
62 GCCGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCGACC-T
* * * *
36693999 TTAGTGGCGCTTTAGGGAAAGCGCCGCTAATTACCTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGC
1 TTAGCGGCGC-TTAGGGAAAGCGCCGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGA-GAAAAGCGC
* * * ** *
36694064 CGCTAATTACCTGACCTTTAACGATGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATTACCCGACCT
64 CGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
* * *
36694122 TTAGCGGCGCATTAGAGAAAGCGCCGCTAATGACTTGAACTTTAGCGGCGCTTGTGATAAAGCGC
1 TTAGCGGCGC-TTAGGGAAAGCGCCGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGA-AAAGCGC
* * *
36694187 CGCTAATGACATGACCTTTAGCGGCGCTTGTGGGTAAAGCGCCGCTAGTGACCCGACCT
64 CGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG-AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
** * * *
36694246 TTAGCGGCGCTT-GTGTTAAGCGCCGCTAATG-CTTTACCTTTTGCGGCGCATTAAGAAAAGCGC
1 TTAGCGGCGCTTAG-GGAAAGCGCCGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGC-TTGAGAAAAGCGC
*
36694309 CGCTAAT-ACTTGACCTTTTGCGGCGCTT
64 CGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTT
36694337 TGTTTCCAAA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 37, Indels: 20
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
121 19 0.07
122 33 0.11
123 132 0.45
124 95 0.33
125 13 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (121 bp):
TTAGCGGCGCTTAGGGAAAGCGCCGCTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGAAAAGCGCCG
CTAATGACTTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
Found at i:36699667 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 36698721--36699924 Score: 1280
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 353
36698711 TCATCATCAA
* * ** *
36698721 AATAGTAATCCGATTCAAATTGATTTATTTTGAATTAAAATTTTTTAGTTTAGAATTTAGATAAA
1 AATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATCTTGAATT-AAATTTTTTAGGCTAGACTTTAGATAAA
* * * *
36698786 TTATATTTAAATGATAATCTTTTTTCAATT-TCAATATATTAATATAATTTGATTTTCAAGTGTA
65 TTATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTCT-AATAAAGTAATATAATTTGACTTTCAAGTGTA
* * * *
36698850 TCCAAAATAAACTTCATGTCTATTAATATTATTTACTTAATTAT-A-TTTTTTTAAATT-AAAAA
129 TCCTAAATAAATTTCTTGTCTATTAATATTATTTACTTAGTTATGACTTTTTTTAAATTAAAAAA
* *
36698912 CTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGGAAGAACTTCTAAGAAATGAAACAAAT
194 TTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGGAAGAACTTCTAAGAAATGAATCAAAT
* * ** ** * * * *
36698977 TATATACCAA-TGGCAGATCCGACTTCATGGGTAATTAAAATGCCTTGCTGTTATTTTAAATGTT
259 TATATGCCAACT-ACTTATATGACTTCAAGGATAATGAAAA-GTCTTGCTGTTATTTTAAATGTT
*
36699041 TATAGTCAATTAACTACTATCATTATAATAATTATTATTAG
322 TATAGTCGATT-A--ACTA-C-TT-T--T-ATTATTATTAG
** * * * * * *
36699082 TTTAGGAGTTCAATTCAAATTGATTTATCTTGAATTAAATTTTCTTGGGCTATACTTTAGTTAAA
1 AATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATCTTGAATTAAATTTT-TTAGGCTAGACTTTAGATAAA
* * * *
36699147 TTATATTTAAATGATAATCTTTTTTTTTTAATTATAATAAAGTAAAATAATTTGACTTTCAAGTG
65 TTATATTTAAATGATAA---TATTTTTTCAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGACTTTCAAGTG
* * * * *
36699212 TAGCCTAAATAAATTTCTTGTCTTTTAATATTATTTACTTAGTTATGTCTTTCTTTTTAAACTAT
127 TATCCTAAATAAATTTCTTGTCTATTAATATTATTTACTTAGTTATGAC-TT-TTTTTAAATTAA
* * * * *
36699277 AAAATTAATTATCCCATGCTTTTATACAACTAATCATTTCAGGAGGAGCTTCT-AGACAATGAAT
190 AAAATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGGAAGAACTTCTAAGA-AATGAAT
* * *
36699341 CAAATTATATGTCAACTACTTATATGACTTCAAGGATAACTGAAAAGTCTTGCTATTATTTTCAA
254 CAAATTATATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGGATAA-TGAAAAGTCTTGCTGTTATTTTAAA
36699406 TGTTTATAGTCGATTAACTACTTTTATTATTATTAG
318 TGTTTATAGTCGATTAACTACTTTTATTATTATTAG
* * * *
36699442 AATAGTAATTCGATTCACATTTATTTATCTTGAATTAAATTTCTTTCAGGCTCGACTTCAGATAA
1 AATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATCTTGAATTAAATTT-TTT-AGGCTAGACTTTAGATAA
*
36699507 ATTATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGATTTTCAAGTGTA
64 ATTATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGACTTTCAAGTGTA
* * * * *
36699572 TCCTAAATAAGTTTCTTCTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATGACCTTTTTGTTAAATTAAAA
129 TCCTAAATAAATTTCTTGTCTATTAATATTATTTACTTAGTTATGA-CTTTTT-TTAAATTAAAA
* * * * * * *
36699637 AATTAACTATTCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCACGAAGAACATATAAGAAAGGAATTAA
192 AATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGGAAGAACTTCTAAGAAATGAATCAA
* * * *
36699702 GTTCTATGCCAACGACTTATATGACTTCAAGGATAATTGAAAAGTCTTACTGTTATTTTAAATGT
257 ATTATATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGGATAA-TGAAAAGTCTTGCTGTTATTTTAAATG-
** *
36699767 TTTATAAACGATTAACTA---TTATTATTATTTG
320 TTTATAGTCGATTAACTACTTTTATTATTATTAG
* *
36699798 AATAGT-A----ATTC-----GATTTATCTTGAATTAAATATTTTTAGACTAGATTTTAGATAAA
1 AATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATCTTGAATTAAAT-TTTTTAGGCTAGACTTTAGATAAA
* * * *
36699853 TTATATTTTAATGAT-ATATTTTTT-AATTCTAGTAAATTAATATAATTTCACTTTCAAGTGTAT
65 TTATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGACTTTCAAGTGTAT
36699916 CCTAAATAA
130 CCTAAATAA
36699925 GTTTTGTTAG
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 109, Indels: 58
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
343 44 0.06
344 9 0.01
345 29 0.04
346 21 0.03
347 2 0.00
351 4 0.01
355 1 0.00
356 18 0.03
357 3 0.00
358 196 0.27
359 20 0.03
360 55 0.08
361 94 0.13
363 1 0.00
364 79 0.11
365 2 0.00
366 4 0.01
367 2 0.00
368 13 0.02
369 111 0.16
370 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (353 bp):
AATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATCTTGAATTAAATTTTTTAGGCTAGACTTTAGATAAAT
TATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTCTAATAAAGTAATATAATTTGACTTTCAAGTGTATC
CTAAATAAATTTCTTGTCTATTAATATTATTTACTTAGTTATGACTTTTTTTAAATTAAAAAATT
AATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAGGAAGAACTTCTAAGAAATGAATCAAATTA
TATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGGATAATGAAAAGTCTTGCTGTTATTTTAAATGTTTATA
GTCGATTAACTACTTTTATTATTATTAG
Found at i:36700849 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36700810--36700851 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
36700800 TCTTGGAGCA
* *
36700810 GTTTTAACTTGTTTAAAAATG
1 GTTTTAACATATTTAAAAATG
*
36700831 GTTTTAACATATTTGAAAATG
1 GTTTTAACATATTTAAAAATG
36700852 TTTGACTCAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
GTTTTAACATATTTAAAAATG
Found at i:36701740 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36701710--36701741 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 2.9 Consensus size: 11
36701700 TTAATTAGAG
*
36701710 TTTAAATTGAT
1 TTTAAATTTAT
36701721 TTTAAATTTAT
1 TTTAAATTTAT
36701732 TTTAAATTTA
1 TTTAAATTTA
36701742 AATTTACCTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (11 bp):
TTTAAATTTAT
Found at i:36701757 original size:20 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36701721--36701762 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
36701711 TTAAATTGAT
36701721 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
36701738 TTTAAATTTACCTATTTAAA
1 TTTAAATTTA--T-TTTAAA
36701758 TTTAA
1 TTTAA
36701763 TTAAATTTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.45
19 1 0.05
20 11 0.50
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATTTATTTTAAA
Found at i:36703659 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 36703623--36703952 Score: 199
Period size: 30 Copynumber: 11.3 Consensus size: 30
36703613 AAAAATTGTA
* *
36703623 TTTTAACCCCAAACTTCTCCAAAATTACAT
1 TTTTAACCCAAAACTTCTCAAAAATTACAT
36703653 TTTTAACCCTAAAACTTCT-AAAAATTACA-
1 TTTTAACCC-AAAACTTCTCAAAAATTACAT
* * *
36703682 TTTTACCCCTAAACTTTTTC-AAAATTACAT
1 TTTTAACCCAAAAC-TTCTCAAAAATTACAT
** *
36703712 TTTTAACCTTGAAATTTC-CAAAAATTACATT
1 TTTTAACC-CAAAACTTCTCAAAAATTACA-T
* ** * *
36703743 TTTTGATCTTAAAACTTC-AAAAAATTGCAT
1 TTTT-AACCCAAAACTTCTCAAAAATTACAT
* ** *
36703773 TTTT-TCCCCGAACATC-CAAAAATTACAT
1 TTTTAACCCAAAACTTCTCAAAAATTACAT
**
36703801 TTTT-ACCTCAAAACTTCT-AAAAATTATGT
1 TTTTAACC-CAAAACTTCTCAAAAATTACAT
* *
36703830 TTTTACCCCTAAACTT-TC-AAAATTACAT
1 TTTTAACCCAAAACTTCTCAAAAATTACAT
* **
36703858 TTTTGACCTTGAAACTT-TCAAAAATTACA-
1 TTTTAACC-CAAAACTTCTCAAAAATTACAT
* * * *
36703887 -TAT-GCCCTTAAACTT-TTAAAAATTACAT
1 TTTTAACCC-AAAACTTCTCAAAAATTACAT
*
36703915 TTTAAACCCTAAAACTTC-CAAAAATTACAT
1 TTTTAACCC-AAAACTTCTCAAAAATTACAT
36703945 TTTTAACC
1 TTTTAACC
36703953 TCGAATTTCC
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 48, Indels: 38
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 19 0.08
28 44 0.19
29 56 0.24
30 80 0.34
31 32 0.14
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
TTTTAACCCAAAACTTCTCAAAAATTACAT
Found at i:36703696 original size:59 final size:61
Alignment explanation
Indices: 36703600--36703952 Score: 244
Period size: 59 Copynumber: 6.0 Consensus size: 61
36703590 CCTTGGAGGT
** *
36703600 CCCTAAACTATCTAAAAATTGTA-TTTTAACCCC--AAACTTCTCCAAAATTACATTTTTAA
1 CCCTAAACT-TCTAAAAATTACATTTTTAACCCCTAAAACTTCTCAAAAATTACATTTTTAA
*
36703659 CCCTAAAACTTCTAAAAATTACA-TTTT-ACCCCT-AAACTTTTTC-AAAATTACATTTTTAA
1 CCCT-AAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCCCTAAAAC-TTCTCAAAAATTACATTTTTAA
* * * * * * * * *
36703718 CCTTGAAATTTCCAAAAATTACATTTTTTGA-TCTTAAAACTTC-AAAAAATTGCATTTTT-T
1 CCCT-AAACTTCTAAAAATTACA-TTTTTAACCCCTAAAACTTCTCAAAAATTACATTTTTAA
** * * * ** *
36703778 CCCCGAACATCCAAAAATTACATTTTT-ACCTC-AAAACTTCT-AAAAATTATGTTTTTAC
1 CCCTAAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCCCTAAAACTTCTCAAAAATTACATTTTTAA
* * * * * *
36703836 CCCTAAACTT-TCAAAATTACATTTTTGA-CCTTGAAACTT-TCAAAAATTACA--TAT-G
1 CCCTAAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCCCTAAAACTTCTCAAAAATTACATTTTTAA
* *
36703891 CCCTTAAACTTTTAAAAATTACA-TTTTAAACCCTAAAACTTC-CAAAAATTACATTTTTAA
1 CCC-TAAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCCCTAAAACTTCTCAAAAATTACATTTTTAA
36703951 CC
1 CC
36703953 TCGAATTTCC
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 43, Indels: 41
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
55 3 0.01
56 14 0.06
57 67 0.29
58 32 0.14
59 75 0.33
60 13 0.06
61 21 0.09
62 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.21, G:0.03, T:0.37
Consensus pattern (61 bp):
CCCTAAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCCCTAAAACTTCTCAAAAATTACATTTTTAA
Found at i:36703833 original size:57 final size:59
Alignment explanation
Indices: 36703633--36703949 Score: 220
Period size: 57 Copynumber: 5.4 Consensus size: 59
36703623 TTTTAACCCC
* * * * *
36703633 AAACTTCTCCAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTCTAAAAATTACA-TTTT-ACCCCT-
1 AAACTTCT-AAAAATTACATTTTTACCCCT-AAACATCCAAAAATTACATTTTTGA-CCTTA
* * * * ** *
36703692 AAACTTTTTCAAAATTACATTTTTAACCTTGAAATTTCCAAAAATTACATTTTTTGATCTTA
1 AAAC-TTCTAAAAATTACATTTTTACCCCT-AAACATCCAAAAATTACA-TTTTTGACCTTA
* * * * *
36703754 AAACTTCAAAAAATTGCATTTTTTCCCC-GAACATCCAAAAATTACATTTTT-ACCTCA
1 AAACTTCTAAAAATTACATTTTTACCCCTAAACATCCAAAAATTACATTTTTGACCTTA
** * * *
36703811 AAACTTCTAAAAATTATGTTTTTACCCCTAAACTTTC-AAAATTACATTTTTGACCTTG
1 AAACTTCTAAAAATTACATTTTTACCCCTAAACATCCAAAAATTACATTTTTGACCTTA
* * * * ** ** *
36703869 AAACTT-TCAAAAATTACA--TATGCCCTTAAACTTTTAAAAATTACATTTTAAACCCTA
1 AAACTTCT-AAAAATTACATTTTTACCCCTAAACATCCAAAAATTACATTTTTGACCTTA
*
36703926 AAACTTCCAAAAATTACATTTTTA
1 AAACTTCTAAAAATTACATTTTTA
36703950 ACCTCGAATT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 42, Indels: 24
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
56 13 0.06
57 75 0.37
58 28 0.14
59 57 0.28
60 3 0.01
61 23 0.11
62 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.20, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (59 bp):
AAACTTCTAAAAATTACATTTTTACCCCTAAACATCCAAAAATTACATTTTTGACCTTA
Found at i:36703963 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 36703623--36703967 Score: 149
Period size: 29 Copynumber: 11.8 Consensus size: 29
36703613 AAAAATTGTA
*
36703623 TTTTAACCCCAAACTTCTCC-AAAATTACAT
1 TTTTAACCTCAAA-TT-TCCAAAAATTACAT
* * *
36703653 TTTTAACCCTAAAACTTCTAAAAATTACA-
1 TTTTAA-CCTCAAATTTCCAAAAATTACAT
* *
36703682 TTTT-ACCCCTAAACTTTTTC-AAAATTACAT
1 TTTTAACCTC-AAA--TTTCCAAAAATTACAT
*
36703712 TTTTAACCTTGAAATTTCCAAAAATTACATT
1 TTTTAACC-TCAAATTTCCAAAAATTACA-T
* * * * * *
36703743 TTTTGATCTTAAAACTTCAAAAAATTGCAT
1 TTTT-AACCTCAAATTTCCAAAAATTACAT
* * * **
36703773 TTTT-TCCCCGAACATCCAAAAATTACAT
1 TTTTAACCTCAAATTTCCAAAAATTACAT
* * **
36703801 TTTT-ACCTCAAAACTTCTAAAAATTATGT
1 TTTTAACCTC-AAATTTCCAAAAATTACAT
*
36703830 TTTT-ACCCCTAAACTTT-C-AAAATTACAT
1 TTTTAACCTC-AAA-TTTCCAAAAATTACAT
* *
36703858 TTTTGACCTTGAAACTTT-CAAAAATTACA-
1 TTTTAACC-TCAAA-TTTCCAAAAATTACAT
* ** * *
36703887 -TATGCCCTTAAACTTT-TAAAAATTACAT
1 TTTTAACCTCAAA-TTTCCAAAAATTACAT
* * *
36703915 TTTAAACCCTAAAACTTCCAAAAATTACAT
1 TTTTAA-CCTCAAATTTCCAAAAATTACAT
*
36703945 TTTTAACCTCGAATTTCCAAAAA
1 TTTTAACCTCAAATTTCCAAAAA
36703968 CTCCATCTTT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 55, Indels: 41
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.08
28 45 0.19
29 72 0.30
30 69 0.29
31 32 0.13
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.21, G:0.03, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
TTTTAACCTCAAATTTCCAAAAATTACAT
Found at i:36703986 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 36703930--36703986 Score: 69
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
36703920 ACCCTAAAAC
* * *
36703930 TTCCAAAAATTACATTTTTAACCTCGAAT
1 TTCCAAAAACTACATCTTTAACCCCGAAT
* *
36703959 TTCCAAAAACTCCATCTTTGACCCCGAA
1 TTCCAAAAACTACATCTTTAACCCCGAA
36703987 ACTCGCAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 23 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.28, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
TTCCAAAAACTACATCTTTAACCCCGAAT
Found at i:36704025 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 36703934--36704071 Score: 138
Period size: 58 Copynumber: 2.4 Consensus size: 59
36703924 TAAAACTTCC
* * * *
36703934 AAAAATTA-CATTTTTAACCTCGAATTTCCAAAAA-CTCCATCTTTGACCCCGA-AACTCG
1 AAAAATTACCA-TTTTACCCCCGGATGTCCAAAAATC-CCATCTTTGACCCCGATAACTCG
* * * *** *
36703992 CAAAATTACCATTTTACCCCCGGATGTCCAAAAATCCCATTTTTGATCCCGATTTTTCT
1 AAAAATTACCATTTTACCCCCGGATGTCCAAAAATCCCATCTTTGACCCCGATAACTCG
36704051 AAAAATTACCATTTTACCCCC
1 AAAAATTACCATTTTACCCCC
36704072 AAATGTTCAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 12, Indels: 5
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
58 40 0.62
59 25 0.38
ACGTcount: A:0.33, C:0.29, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (59 bp):
AAAAATTACCATTTTACCCCCGGATGTCCAAAAATCCCATCTTTGACCCCGATAACTCG
Found at i:36704106 original size:59 final size:57
Alignment explanation
Indices: 36703930--36704123 Score: 137
Period size: 58 Copynumber: 3.3 Consensus size: 57
36703920 ACCCTAAAAC
* * * * * *
36703930 TTCCAAAAATTA-CATTTTTAACCTCGAATTTCCAAAAACTCCATCTTTGACCCCGAA-A
1 TTCCAAAAATTACCA-TTTTACCCCCAAATGTCCAAAAA-TCCATTTTTGACCCC-AATT
* ** * *
36703988 CTCGC-AAAATTACCATTTTACCCCCGGATGTCCAAAAATCCCATTTTTGATCCCGATTT
1 TTC-CAAAAATTACCATTTTACCCCCAAATGTCCAAAAAT-CCATTTTTGA-CCCCAATT
* *
36704047 TTCTAAAAATTACCATTTTACCCCCAAATGTTCAAAATAT-CATTTTT-AGCCCCAAATT
1 TTCCAAAAATTACCATTTTACCCCCAAATGTCCAAAA-ATCCATTTTTGA-CCCC-AATT
* *
36704105 TTCCCAAAATTGCCATTTT
1 TTCCAAAAATTACCATTTT
36704124 TGCCCTCGAG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 20, Indels: 16
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
57 5 0.05
58 64 0.59
59 37 0.34
60 2 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.27, G:0.06, T:0.34
Consensus pattern (57 bp):
TTCCAAAAATTACCATTTTACCCCCAAATGTCCAAAAATCCATTTTTGACCCCAATT
Found at i:36704114 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 36703960--36704123 Score: 147
Period size: 58 Copynumber: 2.8 Consensus size: 58
36703950 ACCTCGAATT
* * * **
36703960 TCCAAAAACTCCATCTTTGACCCCGAAA--CTCGCAAAATTACCATTTTACCCCCGGATG
1 TCCAAAAA-TCCATTTTTGACCCC-AAATTTTCCCAAAATTACCATTTTACCCCCAAATG
* * * **
36704018 TCCAAAAATCCCATTTTTGATCCCGATTTTTCTAAAAATTACCATTTTACCCCCAAATG
1 TCCAAAAAT-CCATTTTTGACCCCAAATTTTCCCAAAATTACCATTTTACCCCCAAATG
* *
36704077 TTCAAAATAT-CATTTTT-AGCCCCAAATTTTCCCAAAATTGCCATTTT
1 TCCAAAA-ATCCATTTTTGA-CCCCAAATTTTCCCAAAATTACCATTTT
36704124 TGCCCTCGAG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 16, Indels: 10
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
57 3 0.04
58 49 0.58
59 31 0.36
60 2 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.29, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
TCCAAAAATCCATTTTTGACCCCAAATTTTCCCAAAATTACCATTTTACCCCCAAATG
Found at i:36716914 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 36716351--36717468 Score: 1422
Period size: 201 Copynumber: 5.5 Consensus size: 201
36716341 CAGCAAGCCC
* * * * **
36716351 GTCATCTTCCTGATGAGACACTGAGAAGAAGACCAAATCAAACCCAGGCTCAATGTGAGCAAACC
1 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTC-AA--C--GCTCAATACGAGCAAACC
* * *
36716416 TTCGAACCCC-GCTTCCTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAACAATAAAATGGTTAGCTTCC
61 TTCGAACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCT
* * *
36716480 TGATGAGTTACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACTGAGAAGTGAATTGAAA
126 TGATGAGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAGAGAAGCGAATTGAAA
* *
36716545 CAAGTGATGCG
191 CAAGCGAGGCG
* ** * * **
36716556 GTCATCTTCCTGATGAGACATTGAGAAGAAGACCAAATCAAACCCAGGCTCAATGTGAGCAAACC
1 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTC-AA--C--GCTCAATACGAGCAAACC
* *
36716621 TTCGAACCCCATCTTAC-TGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATCAAATGGTTAGCTTC
61 TTCGAACCCCAGCTT-CTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTT-
* * *
36716685 CTT-ATAAGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAAAGAAGCAAATTGA
124 CTTGATGAGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAGAGAAGCGAATTGA
*
36716749 AACAAGCAAGGCG
189 AACAAGCGAGGCG
* * * *
36716762 GTTATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACGCTAAATACAAGCAAATCTTCGA
1 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACGCTCAATACGAGCAAACCTTCGA
* *
36716827 ACCCCAGCTTCTTGATTAGACACTGAGAAGCAGGTCTAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCTTGATG
66 ACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCTTGATG
* *
36716892 AGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCTTGATGAAACACAGAGAAGCGAATTGAAACAAGC
131 AGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAGAGAAGCGAATTGAAACAAGC
* *
36716957 AAGGTG
196 GAGGCG
* * *
36716963 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACACTCAATACTAGCAAATCTTCGA
1 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACGCTCAATACGAGCAAACCTTCGA
* *
36717028 ACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAACAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATG
66 ACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCTTGATG
* * * * *
36717093 AGATACTGAGAAGTGGACCAAATTTGTCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGCAAATTGAAACAAGT
131 AGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAGAGAAGCGAATTGAAACAAGC
*
36717158 GAGGCA
196 GAGGCG
* * * * **
36717164 GTCATCTTCTTGATAAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACGCTTAACACGAGCAAATTTTCGA
1 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACGCTCAATACGAGCAAACCTTCGA
* * *
36717229 ACCCCAGGTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTTGAAGCAATAAAACGGTTAGCTTCTTGATG
66 ACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCTTGATG
* * * * *
36717294 AGACACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCTTGATGAGATATAGGGACA-CGAATTGAAACAAG
131 AGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAGAGA-AGCGAATTGAAACAAG
*
36717358 CGAGGTG
195 CGAGGCG
* * * *
36717365 GTCATCTTCCTGATAAGATATAGA-ACA-ATATACCAACTCAACGCTTAATGCGAGCAAACCTTC
1 GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGA-AGA-ATACCAACTCAACGCTCAATACGAGCAAACCTTC
* * *
36717428 GAA-CCTAGCTTCCTGATGAGACACTGAGAAGCAAGTCGAAG
64 GAACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAG
36717469 TCAACGAAAC
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 86, Indels: 21
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
200 39 0.05
201 554 0.68
202 1 0.00
203 1 0.00
205 76 0.09
206 145 0.18
207 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (201 bp):
GTCATCTTCCTGATGAGATACAGAGAAGAATACCAACTCAACGCTCAATACGAGCAAACCTTCGA
ACCCCAGCTTCTTGATGAGACACTGAGAAGCAGGTCGAAGCAATAAAATGGTTAGCTTCTTGATG
AGATACAGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAGACACAGAGAAGCGAATTGAAACAAGC
GAGGCG
Found at i:36717846 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 36717835--36717879 Score: 60
Period size: 6 Copynumber: 8.0 Consensus size: 6
36717825 TTAAATTGAT
*
36717835 TTTAAA TTTAAA TTT-AG TTTAAA TTTAAA TTT-AA -TTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
36717880 ATAATATGAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 6
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.06
5 8 0.24
6 24 0.71
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:36717846 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36717824--36717879 Score: 76
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
36717814 TTAATTAGAG
*
36717824 TTTAAATTGATTTTAAA
1 TTTAAATTTA-TTTAAA
36717841 TTTAAATTTAGTTTAAA
1 TTTAAATTTA-TTTAAA
*
36717858 TTTAAATTTAATTAAA
1 TTTAAATTTATTTAAA
36717874 TTTAAA
1 TTTAAA
36717880 ATAATATGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.31
17 25 0.69
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATTTATTTAAA
Found at i:36717870 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36717824--36717878 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 5.0 Consensus size: 11
36717814 TTAATTAGAG
* *
36717824 TTTAAATTGAT
1 TTTAAATTTAA
36717835 TTTAAATTTAAA
1 TTTAAATTT-AA
*
36717847 TTT-AGTTTAAA
1 TTTAAATTT-AA
36717858 TTTAAATTTAA
1 TTTAAATTTAA
36717869 -TTAAATTTAA
1 TTTAAATTTAA
36717879 AATAATATGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 5
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.26
11 20 0.53
12 8 0.21
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (11 bp):
TTTAAATTTAA
Found at i:36718565 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 36718550--36718575 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
36718540 AATGTTTTAA
36718550 TATTAATAATAT
1 TATTAATAATAT
36718562 TATTAATAATAT
1 TATTAATAATAT
36718574 TA
1 TA
36718576 ATAACAGTAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (12 bp):
TATTAATAATAT
Found at i:36719781 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 36719738--36720010 Score: 222
Period size: 30 Copynumber: 9.2 Consensus size: 30
36719728 TATATTATCT
** *
36719738 AAAAATTGTATTTTGACCCTCAAACTTCTC
1 AAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTC
* *
36719768 TAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTT-TC
1 AAAAATTACATTTTT-ACCCTCAAACTTCTC
* * * * *
36719798 AACATTTATATTTTTACCCTCGAGCTTCTC
1 AAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTC
* *
36719828 CAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTCT-
1 AAAAATTACATTTTT-ACCCTCAAACTTCTC
*
36719858 AAAAATTACATTTTTACCCTTGAAACTTC-C
1 AAAAATTACATTTTTACCC-TCAAACTTCTC
** *
36719888 AAAAATTATGTTTTTAACCTCGAAACTTCT-
1 AAAAATTACATTTTTACCCTC-AAACTTCTC
* *
36719918 AAAAATTACATTTTTATCCTCAAACTT-TT
1 AAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTC
* *
36719947 GAAAATTACATTTTTAAACCC-AAAACTT-TC
1 AAAAATTACATTTTT--ACCCTCAAACTTCTC
* *
36719977 AAAAATTACGTTTTTAACCC-CAAATTTC-C
1 AAAAATTACATTTTT-ACCCTCAAACTTCTC
36720006 AAAAA
1 AAAAA
36720011 CTCCATCTTT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 36, Indels: 23
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 1 0.01
29 50 0.26
30 120 0.61
31 25 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
AAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTC
Found at i:36719826 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 36719735--36720000 Score: 269
Period size: 60 Copynumber: 4.5 Consensus size: 60
36719725 CCCTATATTA
** *
36719735 TCTAAAAATTGTATTTTGACCCTCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACT
1 TCTAAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACT
* * * * * *
36719795 T-TCAACATTTATATTTTTACCCTCGAGCTTCTCCAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACT
1 TCT-AAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACT
* * ** *
36719855 TCTAAAAATTACATTTTTACCCTTGAAACTTC-CAAAAATTATGTTTTTAA-CCTCGAAACT
1 TCTAAAAATTACATTTTTACCC-TCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCT-AAAACT
*
36719915 TCTAAAAATTACATTTTTATCCTCAAACTT-T-TGAAAATTACATTTTTAAACCC-AAAACT
1 TCTAAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTCT-AAAATTACATTTTT-AACCCTAAAACT
*
36719974 T-TCAAAAATTACGTTTTTAACCC-CAAA
1 TCT-AAAAATTACATTTTT-ACCCTCAAA
36720001 TTTCCAAAAA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 25, Indels: 21
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
58 1 0.01
59 47 0.27
60 114 0.67
61 9 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (60 bp):
TCTAAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACT
Found at i:36719902 original size:90 final size:89
Alignment explanation
Indices: 36719735--36719995 Score: 303
Period size: 90 Copynumber: 2.9 Consensus size: 89
36719725 CCCTATATTA
** * *
36719735 TCTAAAAATTGTATTTTGACCCTCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTTCAA
1 TCTAAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCT-AAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTTCAA
* * * * *
36719800 CATTTATATTTTTACCCTCG-AGCT
65 AAATTATGTTTTTAACCTCGAAACT
* * * *
36719824 TCTCCAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTCTAAAAATTACATTTTT-ACCCTTGAAACTTCC
1 TCT-AAAAATTACATTTTT-ACCCTCAAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCC-TAAAACTTTC
36719888 AAAAATTATGTTTTTAACCTCGAAACT
63 AAAAATTATGTTTTTAACCTCGAAACT
* * *
36719915 TCTAAAAATTACATTTTTATCCTCAAACTTTTGAAAATTACATTTTTAAACCC-AAAACTTTCAA
1 TCTAAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTAAAAATTACATTTTT-AACCCTAAAACTTTCAA
*
36719979 AAATTACGTTTTTAACC
65 AAATTATGTTTTTAACC
36719996 CCAAATTTCC
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 21, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
89 57 0.39
90 65 0.45
91 23 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (89 bp):
TCTAAAAATTACATTTTTACCCTCAAACTTCTAAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTTCAAA
AATTATGTTTTTAACCTCGAAACT
Found at i:36720032 original size:89 final size:87
Alignment explanation
Indices: 36719747--36720053 Score: 228
Period size: 89 Copynumber: 3.4 Consensus size: 87
36719737 TAAAAATTGT
* * * * **
36719747 ATTTTGACCCTCAAACTTCTCTAAAATTACATTTTTAACCCTAAAACTTTCAACATTTATATTTT
1 ATTTTGATCCTCAAACTT-T-TAAAATTACATTTTT-ACCCTAAAACTTCCAAAAATTACGTTTT
* * * * *
36719812 TACCCT-CGAGCTTCTCCAAAATTAC
63 TAACCTCCAAACTTC-CAAAAACTAC
* * * * * *
36719837 ATTTTTAACCCTAAAACTTCTAAAAATTACATTTTTACCCTTGAAACTTCCAAAAATTATGTTTT
1 A-TTTTGATCCTCAAACTT-TTAAAATTACATTTTTACCC-TAAAACTTCCAAAAATTACGTTTT
* * *
36719902 TAACCTCGAAACTTCTAAAAATTAC
63 TAACCTCCAAACTTCCAAAAACTAC
* *
36719927 ATTTTTATCCTCAAACTTTTGAAAATTACATTTTTAAACCC-AAAACTTTCAAAAATTACGTTTT
1 ATTTTGATCCTCAAACTTTT-AAAATTACATTTTT--ACCCTAAAACTTCCAAAAATTACGTTTT
* *
36719991 TAACC-CCAAATTTCCAAAAACTCC
63 TAACCTCCAAACTTCCAAAAACTAC
* *
36720015 ATCTTTGAT-CTCGAAACTCTTAAAATCACCA-TTTTACCC
1 AT-TTTGATCCTC-AAACTTTTAAAATTA-CATTTTTACCC
36720054 CCAAATGTTC
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 29, Indels: 22
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
86 4 0.02
88 30 0.17
89 71 0.40
90 48 0.27
91 26 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.03, T:0.37
Consensus pattern (87 bp):
ATTTTGATCCTCAAACTTTTAAAATTACATTTTTACCCTAAAACTTCCAAAAATTACGTTTTTAA
CCTCCAAACTTCCAAAAACTAC
Found at i:36723482 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36723457--36723497 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
36723447 TAGTGACCGT
36723457 TGGACCAAAACTATCGATACTG
1 TGGACC-AAACTATCGATACTG
* *
36723479 TGGAGCAAATTATCGATAC
1 TGGACCAAACTATCGATAC
36723498 CTTATGGAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.71
22 5 0.29
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
TGGACCAAACTATCGATACTG
Found at i:36723999 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 36723993--36724120 Score: 121
Period size: 3 Copynumber: 42.7 Consensus size: 3
36723983 ATTATTATTA
* *
36723993 TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG CTG TTG CTG
1 TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG
* * * * * * * * * * *
36724041 TTG CTG TTG CTG TTG CTG TTG CTG TTG CTG CTG CTA CTG CTG CTG TTG
1 TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG
* *
36724089 CTG TTG TTG TTG TTA TTG TTG TTG TTG TTG TT
1 TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TT
36724121 TATCTTGAAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 20, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 105 1.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.10, G:0.31, T:0.57
Consensus pattern (3 bp):
TTG
Found at i:36725448 original size:368 final size:362
Alignment explanation
Indices: 36724423--36725617 Score: 1454
Period size: 358 Copynumber: 3.3 Consensus size: 362
36724413 CGATTAACTG
* *
36724423 TTATTATTATTAGAATAGA-AATTCAATTCAAATTGATTTATCTTGAATTAAATTTTTTAGGCTC
1 TTATTATTATTAGAATA-ATAATTCAATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAATTTTTTAGGCTC
* *
36724487 GACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATA-ATATTTTTTAAATTTTAAGA-AAGTAATATAATTT
65 GACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATATAT-TTTTTTAAA-TCTAATATAA-TAATATAATTT
* *
36724550 GATTTTCATGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTATCCATTGATATTATTTACTTAGTTATGTCTTTT
127 GATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTT-TTATACATTGATA-TATTTACTTAGTTATGT-TTTT
* * *
36724615 -TTAC-TAAATT-AAGATATTAATTATCCCATGTTTTTATGCAACTAATAATTTCAGGAGGAATT
189 CTT-CTTAAATTAAAAATATTAATTATCCCATGTTTTT-TGCAACTAATAACTTCAGGAGGAACT
* * * * * * * **
36724677 TCTAAAGAATGAATCAGATTCTATGTCAACGACTTATATGACTTCAAGGGTTCTTGAAAAG-CAT
252 TCGACAGAAGGAATCAGGTTCTATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGAGTAATTGAAAAGTC-T
* * * * * *
36724741 TTTTATTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAACTATTATTATTGTTG
316 TGTTGTTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAAATAATATTATTATTA
* * * * *
36724788 TTGTTGTTGTTAGAATAATAATTCAATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAATTTTTTAGGTTCA
1 TTATTATTATTAGAATAATAATTCAATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAATTTTTTAGGCTCG
* * *
36724853 ACCTTAGATAAATTATATTTAAATGATA-ATTTTTTTAAAATCTAATATAGTAATATAATTTAAT
66 ACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATATATTTTTTT-AAATCTAATATAATAATATAATTTGAT
* * *
36724917 TTTCAGGTGTATCCTAAATAAATTTTTCTACA-T--T-TATTTACTTAGTTATGTTTTTCTTCTT
130 TTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTTTATACATTGATATATTTACTTAGTTATGTTTTTCTTCTT
* *
36724978 AAATTAAAAA-ATTAATTATCCCATGTTTATTTACAACTAATAACTTCAGGAGGAACTTTGACAG
195 AAATTAAAAATATTAATTATCCCATGTTT-TTTGCAACTAATAACTTCAGGAGGAACTTCGACAG
* * *
36725042 ACAGAAAT-AGGTTCTATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGAATAATT-AAATAGTCTTGCTGT
259 A-AGGAATCAGGTTCTATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGAGTAATTGAAA-AGTCTTGTTGT
* * * *
36725105 TATTTTAAATGTTTATCGTCGATTAAATAAAACTATTACTA
322 TATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAAATAATATTATTATTA
* * * *
36725146 TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAACTAAATTATTTTGAATTAAATTGTTTTAGGCTC
1 TTATTATTATTAGAATAATAATTCAATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAATT-TTTTAGGCTC
*
36725211 GACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATTATATTTTTTTCAAATGTAATATAATAATATAATTTG
65 GACTTTAGATAAATTATATTTAAATGA-TATATTTTTTT-AAATCTAATATAATAATATAATTTG
* *
36725276 ATTTTCAAGTATATCCTAAATAAGCTTTTTGTACATTGATATCATTTACTTAGTTATGTTTTTCT
128 ATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAG-TTTTTATACATTGATAT-ATTTACTTAGTTATGTTTTTCT
* * *
36725341 TCTTAAATTAAAAATAATAATTATCCCATGCTTTTTTGCAACTAATGACTTCAGAAGGAACTTCG
191 TCTTAAATTAAAAATATTAATTATCCCATG-TTTTTTGCAACTAATAACTTCAGGAGGAACTTCG
* * * *
36725406 ATCA-AAGGAATCAGGTTTTATGGCAGCTACTTATTTGACTTCAAGAGTAATTGAAAAGTCTTGT
255 A-CAGAAGGAATCAGGTTCTATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGAGTAATTGAAAAGTCTTGT
*
36725470 TGTTATTGTAAATGTTTATAGTCGATTAAATATTATTATTATTATTA
319 TGTTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAAATA--A-TATTATTATTA
** **
36725517 TTATTATTATTAGAATAATAATTTGATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAATTTTTTTAAACTC
1 TTATTATTATTAGAATAATAATTCAATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAA-TTTTTTAGGCTC
*
36725582 GACTTTAAATAAATT-TGATTTAAATGATAT-TTTTTT
65 GACTTTAGATAAATTAT-ATTTAAATGATATATTTTTT
36725618 GGGTGAAATA
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 85, Indels: 54
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 8 0.01
358 190 0.27
359 44 0.06
360 3 0.00
361 51 0.07
362 10 0.01
363 6 0.01
364 48 0.07
365 90 0.13
366 1 0.00
367 41 0.06
368 115 0.16
369 14 0.02
370 5 0.01
371 88 0.12
372 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (362 bp):
TTATTATTATTAGAATAATAATTCAATTCAAATTGAATTATTTTGAATTAAATTTTTTAGGCTCG
ACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATATATTTTTTTAAATCTAATATAATAATATAATTTGATT
TTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTTTATACATTGATATATTTACTTAGTTATGTTTTTCTTCTTA
AATTAAAAATATTAATTATCCCATGTTTTTTGCAACTAATAACTTCAGGAGGAACTTCGACAGAA
GGAATCAGGTTCTATGCCAACTACTTATATGACTTCAAGAGTAATTGAAAAGTCTTGTTGTTATT
TTAAATGTTTATAGTCGATTAAATAATATTATTATTA
Found at i:36725508 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 36725500--36725528 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 9.7 Consensus size: 3
36725490 GTCGATTAAA
36725500 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
36725529 GAATAATAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:36727419 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 36727375--36727578 Score: 222
Period size: 30 Copynumber: 6.8 Consensus size: 30
36727365 TTTAGGGAAG
*
36727375 TTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGAAAGT
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTGAAAGT
*
36727405 TTCGGGGTTAAAATA-TAATTTTTAGAAAGT
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTT-GAAAGT
* *
36727435 TTTGGGGTTGAAAT-GTAATTTTAGAAAAGT
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTG-AAAGT
*
36727465 TTTGGGGTTAAAATA-TAATTTTGGAAAAGT
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTG-AAAGT
*
36727495 TTAGGGGTTAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGT
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTT-GAAAGT
* *
36727525 TTCGGGGTCAAAATA-TAATTTTTAGAAAGT
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTT-GAAAGT
* **
36727555 TTTAGGGTCGAAAT-GTAATTTTTG
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTG
36727579 GATAATTTAG
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 15, Indels: 17
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
29 10 0.07
30 140 0.93
31 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (30 bp):
TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTGAAAGT
Found at i:36727477 original size:90 final size:91
Alignment explanation
Indices: 36727375--36727578 Score: 263
Period size: 90 Copynumber: 2.3 Consensus size: 91
36727365 TTTAGGGAAG
* * *
36727375 TTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTG-AAAGTTTCGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTTG
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTCG
** *
36727439 GGGTTGAAATGTAA-TTTTAGAAAAGT
66 GGGTCAAAATATAATTTTTAG-AAAGT
* * *
36727465 TTTGGGGTTAAAATA-TAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTCG
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTCG
36727529 GGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGT
66 GGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGT
* **
36727555 TTTAGGGTCGAAAT-GTAATTTTTG
1 TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTG
36727579 GATAATTTAG
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 13, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
89 8 0.08
90 84 0.86
91 6 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (91 bp):
TTTGGGGTTAAAATAGTAATTTTTGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTCG
GGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGT
Found at i:36727579 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 36727385--36727580 Score: 272
Period size: 60 Copynumber: 3.3 Consensus size: 60
36727375 TTTGGGGGTA
*
36727385 AAATAGTAATTTTT-GAAAGTTTCGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTTGGGGTTG
1 AAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTCGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTTAGGGTTG
* * * * *
36727445 AAATGTAATTTTAGAAAAGTTTTGGGGTTAAAATATAA-TTTTGGAAAAG-TTTAGGGGTTA
1 AAATGTAATTTTTGGAAAGTTTCGGGGTTAAAATATAATTTTTAG-AAAGTTTTA-GGGTTG
* *
36727505 AAATGTAATTTTTGGAAAGTTTCGGGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTTAGGGTCG
1 AAATGTAATTTTTGGAAAGTTTCGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTTAGGGTTG
36727565 AAATGTAATTTTTGGA
1 AAATGTAATTTTTGGA
36727581 TAATTTAGGG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 13, Indels: 10
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
59 16 0.14
60 93 0.79
61 9 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (60 bp):
AAATGTAATTTTTGGAAAGTTTCGGGGTTAAAATATAATTTTTAGAAAGTTTTAGGGTTG
Found at i:36728625 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36728593--36728627 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
36728583 TATACTTTAT
36728593 TTAAAAATATTAATTA
1 TTAAAAATATTAATTA
*
36728609 TTAAAGATATT-ATTA
1 TTAAAAATATTAATTA
36728624 TTAA
1 TTAA
36728628 TGCTAATGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.44
16 10 0.56
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TTAAAAATATTAATTA
Found at i:36729334 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36729280--36729340 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 3.7 Consensus size: 16
36729270 TTAAAACCAT
*
36729280 TTTAAATTTAATTAAA
1 TTTAAATTTAAATAAA
* *
36729296 TTTAAATTCAAAACAAA
1 TTTAAATT-TAAATAAA
36729313 TTTAAATTTAAATAAA
1 TTTAAATTTAAATAAA
*
36729329 TCTTAAAATTAA
1 T-TTAAATTTAA
36729341 TTCAAACTTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 3
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.41
17 22 0.59
ACGTcount: A:0.54, C:0.05, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATTTAAATAAA
Found at i:36729350 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36729330--36729363 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
36729320 TTAAATAAAT
*
36729330 CTTAAAATTAATTCAAA
1 CTTAAAATAAATTCAAA
*
36729347 CTTAATATAAATTCAAA
1 CTTAAAATAAATTCAAA
36729364 AATCTCAAGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.12, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
CTTAAAATAAATTCAAA
Found at i:36730077 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 36729947--36730728 Score: 968
Period size: 59 Copynumber: 13.3 Consensus size: 58
36729937 GGACTGTCCG
* * *
36729947 AAAATTACCATTTTACCCCTAAACTTTCCAAAATT--TTGTTTTAACCCC-GATTTCAACA
1 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTCCAT-TTTTAACCCCAG-TTTCATCA
* * * *
36730005 AAAATTACCATTTTACCCTCGAAATTTCCAAAATTCCATTTTTAATCTCGGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTACCC-CGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* * *
36730064 AAAATTACTATTTTACCCCTGAACTTCCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* * * * **
36730123 AAAAGTACCATTTTACCCCCAAACTTTCCAAAATTTCATTTTTATCCCTTGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTA-CCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
*
36730182 AAAATTACCATTTTACCCTCGAACTTCCCAAAATTCCATTTTTAACCCCTAGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTACCC-CGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCC-AGTTTCATCA
* ** *
36730242 AAAATTACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAA-CCTTGCTTTCATCG
1 AAAATTACCATTTTA-CCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAG-TTTCATCA
* *
36730301 AAAATTACCATTTTACCCCGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTACCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* ** *
36730359 AAAATTACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAA-CCTTGCTTTCATCG
1 AAAATTACCATTTTA-CCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAG-TTTCATCA
* * *
36730418 AAAATTACCATTTTACCCCGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCACCA
1 AAAATTACCATTTTACCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* * * *
36730476 AAAATTACCATTTTACCCCTAAACTATCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAATTTCATAA
1 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* * *
36730535 AAAATTACCATTTTACCCCTAAACTTTACAAAATTTCA-TTTTAACCCCAGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* * *
36730593 AAAATTACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATT-ACCTCGGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTA-CCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
* *
36730651 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAGATTCCATTTTTAACCCC-GATTTCACCA
1 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAG-TTTCATCA
*
36730710 AAAATTACCATTTTGCCCC
1 AAAATTACCATTTTACCCC
36730729 CCGCATCCAA
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 68, Indels: 39
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
57 4 0.01
58 239 0.38
59 336 0.53
60 54 0.08
61 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (58 bp):
AAAATTACCATTTTACCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAGTTTCATCA
Found at i:36730383 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 36729947--36730729 Score: 1073
Period size: 117 Copynumber: 6.7 Consensus size: 118
36729937 GGACTGTCCG
* * *
36729947 AAAATTACCATTTTACCCCTAAACTTTCCAAAATTT--TGTTTTAACCC-CGATTTCAACAAAAA
1 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCAT-TTTTAACCCTAG-TTTCATCAAAAA
* * * * *
36730009 TTACCATTTTACCCTCGAAATTTCCAAAATTCCATTTTTAATCTCGGTTTCATCA
64 TTACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTCGCTTTCATCA
* * * *
36730064 AAAATTACTATTTTACCCCTGAACTTCCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAAGT
1 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAATT
* * * * *
36730129 ACCATTTTACCCCCAAACTTTCCAAAATTTCATTTTTATCCCTTG-TTTCATCA
66 ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTA-ACCTCGCTTTCATCA
* *
36730182 AAAATTACCATTTTA-CCCTCGAACTTCCCAAAATTCCATTTTTAACCCCTAGTTTCATCAAAAA
1 AAAATTACCATTTTACCCCT-GAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAA-CCCTAGTTTCATCAAAAA
* *
36730246 TTACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTTGCTTTCATCG
64 TTACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTCGCTTTCATCA
36730301 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAATT
1 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAATT
* *
36730365 ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTTGCTTTCATCG
66 ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTCGCTTTCATCA
*
36730418 AAAATTACCATTTTACCCC-GAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCACCAAAAATT
1 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAATT
** * * * ** *
36730482 ACCATTTTACCCCTAAACTATCCAAAATTCCATTTTTAACCCCAATTTCATAA
66 ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTCGCTTTCATCA
* * *
36730535 AAAATTACCATTTTACCCCTAAACTTTACAAAATTTCA-TTTTAACCCCAGTTTCATCAAAAATT
1 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAATT
*
36730599 ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATT-ACCTCGGTTTCATCA
66 ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTCGCTTTCATCA
* * * *
36730651 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAGATTCCATTTTTAACCC-CGATTTCACCAAAAAT
1 AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAG-TTTCATCAAAAAT
*
36730715 TACCATTTTGCCCCC
65 TACCATTTTACCCCC
36730730 CGCATCCAAA
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 53, Indels: 22
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
116 46 0.08
117 326 0.54
118 146 0.24
119 81 0.13
120 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (118 bp):
AAAATTACCATTTTACCCCTGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTAACCCTAGTTTCATCAAAAATT
ACCATTTTACCCCCGAACTTTCCAAAATTCCATTATTAACCTCGCTTTCATCA
Found at i:36730764 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 36730710--36730768 Score: 91
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
36730700 GATTTCACCA
*
36730710 AAAATTACCATTTTGCCCCCCGCATCC
1 AAAATTACCATTTTGCCCCCAGCATCC
*
36730737 AAAATTACCATTTTGCCCCCGAGTATCC
1 AAAATTACCATTTTGCCCCC-AGCATCC
36730765 AAAA
1 AAAA
36730769 GTCCTGTGTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.69
28 9 0.31
ACGTcount: A:0.32, C:0.34, G:0.08, T:0.25
Consensus pattern (27 bp):
AAAATTACCATTTTGCCCCCAGCATCC
Found at i:36742927 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 36742871--36743097 Score: 116
Period size: 40 Copynumber: 5.5 Consensus size: 41
36742861 ATCTTCCTAT
*
36742871 CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCGTC
1 CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCCTC
* * *
36742912 CCTC-TGAAATTGAAGTAAGAGTAAGATGGAGCACCAA-CATCATTTTCCTAT
1 CCTCTTGAAATTGAAGTAA-AGCAGGAT--A--A-CAAGC--C---TTCCT-C
* * * * *
36742963 CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGTTATCAAGTCTT--TA
1 CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCCTC
* * ** *
36743002 TCTC-TGAAATTGAAGTAAGAGCAAGAT--C---TTTTCCTAT
1 CCTCTTGAAATTGAAGTAA-AGCAGGATAACAAGCCTTCCT-C
*
36743039 CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCGTC
1 CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCCTC
36743080 CCTC-TGAAATTGAAGTAA
1 CCTCTTGAAATTGAAGTAA
36743098 GAGTAAGAAG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 23, Indels: 49
0.66 0.11 0.23
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.02
36 1 0.01
37 11 0.08
38 28 0.20
39 9 0.06
40 29 0.21
41 14 0.10
42 6 0.04
43 1 0.01
45 3 0.02
46 6 0.04
47 1 0.01
49 1 0.01
50 4 0.03
51 8 0.06
52 14 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (41 bp):
CCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCCTC
Found at i:36743048 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 36742954--36743061 Score: 114
Period size: 38 Copynumber: 2.8 Consensus size: 38
36742944 ACCAACATCA
**
36742954 TTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGTTATC
1 TTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAAG-TATC
*** *
36742993 AAGTCTTTAT-CTC-TGAAATTGAAGTAAGAGCAAG-ATC
1 TTTTC-CTATCCTCTTGAAATTGAAGTAA-AGCAAGTATC
36743030 TTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCA
1 TTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCA
36743062 GGATAACAAG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 10
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 3 0.05
37 12 0.22
38 28 0.51
39 9 0.16
40 3 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (38 bp):
TTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAAGTATC
Found at i:36743139 original size:51 final size:48
Alignment explanation
Indices: 36743080--36743238 Score: 129
Period size: 51 Copynumber: 3.4 Consensus size: 48
36743070 AGCCTTCGTC
36743080 CCTCTGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCGAGATCATTTCCTAT
1 CCTCTGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACC-A-ATCATTTCCTAT
* * * * * *
36743130 CCTCTTGAAATTGAAGTAA-AAT-TG--GATA--A-CAAGC-CTTCGT-C
1 CCTC-TGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGA-AGGACCAATCATTTCCTAT
*
36743171 CCTCTGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTAT
1 CCTCTGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACC-A-ATCATTTCCTAT
36743221 CCTCTTGAAATTGAAGTA
1 CCTC-TGAAATTGAAGTA
36743239 GAGCTGGATA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 13, Indels: 27
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
40 14 0.17
41 6 0.07
42 5 0.06
43 3 0.04
44 3 0.04
45 2 0.02
46 2 0.02
47 3 0.04
48 3 0.04
49 4 0.05
50 10 0.12
51 27 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (48 bp):
CCTCTGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAATCATTTCCTAT
Found at i:36743247 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 36743033--36743285 Score: 375
Period size: 91 Copynumber: 2.8 Consensus size: 91
36743023 CAAGATCTTT
*
36743033 TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCAGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAA
1 TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAA
* * *
36743098 GAGTAAGAAGAAGGACCGAGATCATT
66 GAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATC
**
36743124 TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAATTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAA
1 TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAA
36743189 GAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATC
66 GAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATC
* * ** **
36743215 TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAATCTT--TATCTCTGAAATTGAAGTAA
1 TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAA
*
36743278 GAGCAAGA
66 GAGTAAGA
36743286 TCTTTTCCTA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 15, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
89 25 0.17
91 122 0.83
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (91 bp):
TCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAA
GAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATC
Found at i:36743295 original size:167 final size:158
Alignment explanation
Indices: 36743116--36743662 Score: 596
Period size: 167 Copynumber: 3.4 Consensus size: 158
36743106 AGAAGGACCG
* ** * **
36743116 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAATTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAAT
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATAACAAGTCTT--TATCTCTGAAAT
*
36743181 TGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGG
64 TGAAGT-A-AGT-AGAAGAA-G--CAA-ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGG
*
36743246 ATATCAAATCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
122 ATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
* *
36743283 AGATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTG
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAATTG
* * * *
36743348 AAGTAAG-AG--CAAG---ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGC
66 AAGTAAGTAGAAGAAGCAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGT
**
36743407 CTTCGTCCCTCTGAAATTGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCA
131 CTT--TATCTCTGAAATT---G--A-AGT---AAG-A-G--CA
* * * *
36743450 ACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAATTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTG
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAATTG
*
36743515 AAGTAAG-AG-A-AAG---ATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGT
66 AAGTAAGTAGAAGAAGCAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGT
36743574 CTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
131 CTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
*
36743602 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAA
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAA
36743663 GTTATAGTAA
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 31, Indels: 47
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
152 102 0.31
154 12 0.04
155 1 0.00
156 3 0.01
157 1 0.00
158 1 0.00
159 6 0.02
160 4 0.01
161 2 0.01
162 1 0.00
163 5 0.02
164 2 0.01
165 28 0.08
167 165 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (158 bp):
AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAATTG
AAGTAAGTAGAAGAAGCAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGT
CTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
Found at i:36743306 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 36743209--36743390 Score: 160
Period size: 38 Copynumber: 4.8 Consensus size: 38
36743199 AAGGACCAAC
* * *
36743209 ATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGT-AGAGCTGGAT
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGC--AAG
** *
36743248 ATCAAATCTTTAT-CTC-TGAAATTGAAGTAAGAGCAAG
1 ATCATTTC-CTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGCAAG
* * *
36743285 ATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGT-AGAGCTGGAT
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGC--AAG
** *
36743324 ATCAAGTCTTTAT-CTC-TGAAATTGAAGTAAGAGCAAG
1 ATCATTTC-CTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGCAAG
36743361 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTA
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTA
36743391 GAGTTGGATA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 20, Indels: 21
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
36 6 0.05
37 24 0.21
38 49 0.43
39 28 0.25
40 6 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (38 bp):
ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGCAAG
Found at i:36743341 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 36743209--36743681 Score: 597
Period size: 76 Copynumber: 6.0 Consensus size: 76
36743199 AAGGACCAAC
* *
36743209 ATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAATCTTTATCTCTGAAATTGAA
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAA
36743274 GTAAGAGCAAG
66 GTAAGAGCAAG
*
36743285 ATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAA
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAA
36743350 GTAAGAGCAAG
66 GTAAGAGCAAG
* * * **
36743361 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAATTG
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTT--TATCTCTGAAATTG
*
36743426 AAGTAAGAGTAAGAAGAAGG
64 AAGT-A-AG--AG--CAA-G
* ** * * ** *
36743446 ACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAATTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAA
1 ATC-ATTTCCTATCC--T-CT-TGAAA-TTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAA
*
36743511 ATTGAAGTAAGAGAAAG
60 ATTGAAGTAAGAGCAAG
*
36743528 ATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAA
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAA
36743593 GTAAGAGCAAG
66 GTAAGAGCAAG
* * *
36743604 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAGTT-AT
1 ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGA-
36743668 AGTAAGAGCAAG
65 AGTAAGAGCAAG
36743680 AT
1 AT
36743682 GAATTTTCAA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 38, Indels: 32
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.00
76 242 0.71
77 3 0.01
78 18 0.05
79 2 0.01
80 2 0.01
81 6 0.02
82 5 0.01
83 2 0.01
84 2 0.01
85 5 0.01
86 7 0.02
87 2 0.01
88 2 0.01
89 18 0.05
90 3 0.01
91 23 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (76 bp):
ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAA
GTAAGAGCAAG
Found at i:36743544 original size:243 final size:243
Alignment explanation
Indices: 36743116--36743648 Score: 1021
Period size: 243 Copynumber: 2.2 Consensus size: 243
36743106 AGAAGGACCG
* *
36743116 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAATTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAAT
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAAT
36743181 TGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGG
66 TGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGG
*
36743246 ATATCAAATCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCAAGATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGA
131 ATATCAAATCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGA
36743311 AGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
196 AGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
36743359 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAAT
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAAT
*
36743424 TGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAATTAGAGCTGG
66 TGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGG
*
36743489 ATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGA
131 ATATCAAATCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGA
36743554 AGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
196 AGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
36743602 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAG
1 AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAG
36743649 TCTTTATCTC
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 5, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
243 285 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (243 bp):
AGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGCCTTCGTCCCTCTGAAAT
TGAAGTAAGAGTAAGAAGAAGGACCAACATCATCTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGCTGG
ATATCAAATCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCTTTTCCTATCCTCTTGAAATTGA
AGTAGAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCA
Found at i:36743549 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 36743507--36743633 Score: 134
Period size: 38 Copynumber: 3.3 Consensus size: 38
36743497 TCTTTATCTC
*
36743507 TGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCTTTTCCTATCCTCT
1 TGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCATTTCCTATCCTCT
** * ** *
36743545 TGAAATTGAAGT-AGAGCTGGATATCAAGTCTTTAT-CTC-
1 TGAAATTGAAGTAAGAG--AAAGATCATTTC-CTATCCTCT
*
36743583 TGAAATTGAAGTAAGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCT
1 TGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCATTTCCTATCCTCT
36743621 TGAAATTGAAGTA
1 TGAAATTGAAGTA
36743634 GAGTTGGATA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 13, Indels: 12
0.74 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 3 0.04
37 14 0.20
38 37 0.53
39 13 0.19
40 3 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (38 bp):
TGAAATTGAAGTAAGAGAAAGATCATTTCCTATCCTCT
Found at i:36744051 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 36744031--36744089 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 9.8 Consensus size: 6
36744021 TTAAATAGGT
* * *
36744031 TTTAAA TTT-AT TTTAAA TTTAAA TTTACTTA TTTAAA TTT-AC TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTA--AA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
*
36744079 TTTAAG TTTAA
1 TTTAAA TTTAA
36744090 TCAAATTTAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 8
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 8 0.19
6 29 0.69
8 5 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:36744066 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 36744047--36744074 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
36744037 TTTATTTTAA
36744047 ATTTAAATTTACTT
1 ATTTAAATTTACTT
36744061 ATTTAAATTTACTT
1 ATTTAAATTTACTT
36744075 TAAATTTAAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (14 bp):
ATTTAAATTTACTT
Found at i:36746186 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 36746085--36746480 Score: 189
Period size: 29 Copynumber: 13.5 Consensus size: 30
36746075 TAAACTTTTC
*
36746085 AAAATT-CCATTTTAACCCTGATTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTAACCCCGATTTCATCA
* *
36746114 AAAATTACCA-TTTAACCCTCGAACTTC--CT
1 AAAATTACCATTTTAACCC-CG-ATTTCATCA
*
36746143 AAAATT-CCATTTTAACCCCGGTTTCATCA
1 AAAATTACCATTTTAACCCCGATTTCATCA
* * *
36746172 AAAATTATCATTTTACCCCCAAACTTTC--C-
1 AAAATTACCATTTTAACCCC-GA-TTTCATCA
** *
36746201 AAAATT-CCATTTTTAACCCCGGGTTCACCA
1 AAAATTACCA-TTTTAACCCCGATTTCATCA
* * *
36746231 AAAATTACTATTTTACCCCCAAAATTTC--C-
1 AAAATTACCATTTTAACCCC--GATTTCATCA
* * *
36746260 AAAATT-CCATTATTAACCTCGGTTTCACCA
1 AAAATTACCATT-TTAACCCCGATTTCATCA
*
36746290 AAAATTACCATTTT-ACCCCTAAACTTTC--C-
1 AAAATTACCATTTTAACCCC--GA-TTTCATCA
*
36746319 AAAATT-CCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
1 AAAATTACCA-TTTTAACCCCGATTTCATCA
36746349 AAAATTACCATTTT-ACCCTCGAACTTTC--C-
1 AAAATTACCATTTTAACCC-CG-A-TTTCATCA
36746378 AAAATT-CCATTATTAACCCC-AGTTTCATCA
1 AAAATTACCATT-TTAACCCCGA-TTTCATCA
* ** * *
36746408 AAAATTACTATTTT-ACTCCCGAACT-GTCC
1 AAAATTACCATTTTAAC-CCCGATTTCATCA
* * * *
36746437 AAGATT-CCATTTTTAACCTCGGTTTCACCA
1 AAAATTACCA-TTTTAACCCCGATTTCATCA
36746467 AAAATTACCATTTT
1 AAAATTACCATTTT
36746481 GCCCTCCGCG
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 45, Indels: 89
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
27 19 0.07
28 22 0.08
29 111 0.40
30 87 0.31
31 23 0.08
32 15 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
AAAATTACCATTTTAACCCCGATTTCATCA
Done.