Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42971368
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 2600 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 142 of 143
Found at i:42511105 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 42511090--42511126 Score: 65
Period size: 12 Copynumber: 3.1 Consensus size: 12
42511080 ATAATTCATA
42511090 TCACTTTCAATT
1 TCACTTTCAATT
*
42511102 TCACTTTCACTT
1 TCACTTTCAATT
42511114 TCACTTTCAATT
1 TCACTTTCAATT
42511126 T
1 T
42511127 TGATCACAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 23 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.27, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (12 bp):
TCACTTTCAATT
Found at i:42511109 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 42511090--42511122 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 5.5 Consensus size: 6
42511080 ATAATTCATA
*
42511090 TCACTT TCAATT TCACTT TCACTT TCACTT TCA
1 TCACTT TCACTT TCACTT TCACTT TCACTT TCA
42511123 ATTTTGATCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 25 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
TCACTT
Found at i:42513147 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 42513122--42513205 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 4.3 Consensus size: 19
42513112 ATTATATTAT
42513122 TGTTTTGGTCTTTTTTTTAC
1 TGTTTTGGT-TTTTTTTTAC
* *
42513142 TGTTTTGGTTGCTTGTTTTGC
1 TGTTTTGGTT--TTTTTTTAC
* *
42513163 TGTTTT--TGTGTTTTTAC
1 TGTTTTGGTTTTTTTTTAC
42513180 TGTTTTGGTGTTTTTTTTAC
1 TGTTTTGGT-TTTTTTTTAC
42513200 TGTTTT
1 TGTTTT
42513206 AGTTGTTATT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 10
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.24
19 3 0.06
20 23 0.45
21 13 0.25
ACGTcount: A:0.04, C:0.07, G:0.20, T:0.69
Consensus pattern (19 bp):
TGTTTTGGTTTTTTTTTAC
Found at i:42513182 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 42513135--42513194 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
42513125 TTTGGTCTTT
42513135 TTTTTACTGTTTTGGTTG
1 TTTTTACTGTTTTGG-TG
* *
42513153 CTTGTTTTGCTGTTTTTGTG
1 --T-TTTTACTGTTTTGGTG
42513173 TTTTTACTGTTTTGGTG
1 TTTTTACTGTTTTGGTG
42513190 TTTTT
1 TTTTT
42513195 TTTACTGTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 5
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 19 0.54
18 1 0.03
20 3 0.09
21 12 0.34
ACGTcount: A:0.03, C:0.07, G:0.22, T:0.68
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTACTGTTTTGGTG
Found at i:42513217 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 42513202--42513314 Score: 78
Period size: 12 Copynumber: 9.9 Consensus size: 12
42513192 TTTTTTACTG
*
42513202 TTTTAGTTGTTA
1 TTTTTGTTGTTA
* *
42513214 TTTTCG-TGTTG
1 TTTTTGTTGTTA
**
42513225 TTTTTACTGTTA
1 TTTTTGTTGTTA
*
42513237 TTTTTGTTGCTA
1 TTTTTGTTGTTA
42513249 TTTTTGTTGTT-
1 TTTTTGTTGTTA
*
42513260 TTTAATGTTG---
1 TTT-TTGTTGTTA
42513270 --TTTGTTGTTA
1 TTTTTGTTGTTA
* *
42513280 TTTTTGTTGCTG
1 TTTTTGTTGTTA
*
42513292 TTTTGGTTGTTA
1 TTTTTGTTGTTA
42513304 TTTTTGTTGTT
1 TTTTTGTTGTT
42513315 TGGATGTTAT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 17, Indels: 14
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.06
8 1 0.01
11 11 0.14
12 60 0.78
ACGTcount: A:0.08, C:0.04, G:0.19, T:0.69
Consensus pattern (12 bp):
TTTTTGTTGTTA
Found at i:42513229 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 42513202--42513315 Score: 94
Period size: 24 Copynumber: 5.1 Consensus size: 22
42513192 TTTTTTACTG
42513202 TTTTAGTTGTTATTTTCGTGTTGT
1 TTTTAGTTGTTATTTT--TGTTGT
*
42513226 TTTTA-CTGTTATTTTTGTTGCT
1 TTTTAGTTGTTATTTTTGTTG-T
* *
42513248 ATTTTTGTTGTT-TTTAATGTTG-
1 -TTTTAGTTGTTATTT-TTGTTGT
42513270 -TTT-GTTGTTATTTTTGTTGCT
1 TTTTAGTTGTTATTTTTGTTG-T
*
42513291 GTTTTGGTTGTTATTTTTGTTGT
1 -TTTTAGTTGTTATTTTTGTTGT
42513314 TT
1 TT
42513316 GGATGTTATT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 5, Indels: 22
0.74 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.15
20 6 0.08
21 5 0.07
22 3 0.04
23 20 0.27
24 30 0.40
ACGTcount: A:0.08, C:0.04, G:0.19, T:0.69
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAGTTGTTATTTTTGTTGT
Found at i:42513229 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 42513182--42513288 Score: 110
Period size: 31 Copynumber: 3.3 Consensus size: 31
42513172 GTTTTTACTG
* *
42513182 TTTTGGTGTTTTTTTTACTGTTTTAGTTGTTA
1 TTTT-GTGTTGTTTTTACTGTTTTTGTTGTTA
*
42513214 TTTTCGTGTTGTTTTTACTGTTATTTTTGTTGCTA
1 TTTT-GTGTTGTTTTTACTG---TTTTTGTTGTTA
*
42513249 TTTT-TGTTGTTTTTAATGTTGTTTGTTGTTA
1 TTTTGTGTTGTTTTTACTGTT-TTTGTTGTTA
42513280 TTTT-TGTTG
1 TTTTGTGTTG
42513289 CTGTTTTGGT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 9
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.03
31 18 0.28
32 18 0.28
33 13 0.20
35 14 0.22
ACGTcount: A:0.08, C:0.04, G:0.19, T:0.69
Consensus pattern (31 bp):
TTTTGTGTTGTTTTTACTGTTTTTGTTGTTA
Found at i:42513286 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 42513232--42513328 Score: 135
Period size: 43 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
42513222 TTGTTTTTAC
* *
42513232 TGTTATTTTTGTTGCTATTTTTGTTGTT-TTTAATGTTGTTT-GT
1 TGTTATTTTTGTTGCTATTTTGGTTGTTATTT-ATGTTGTTTGGA
* *
42513275 TGTTATTTTTGTTGCTGTTTTGGTTGTTATTTTTGTTGTTTGGA
1 TGTTATTTTTGTTGCTATTTTGGTTGTTATTTATGTTGTTTGGA
42513319 TGTTATTTTT
1 TGTTATTTTT
42513329 TTATGCGTTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 34 0.71
44 14 0.29
ACGTcount: A:0.08, C:0.02, G:0.21, T:0.69
Consensus pattern (44 bp):
TGTTATTTTTGTTGCTATTTTGGTTGTTATTTATGTTGTTTGGA
Found at i:42513301 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42513239--42513302 Score: 76
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
42513229 TACTGTTATT
*
42513239 TTTGTTGCTATTTTTGTTGTTTTTAATGTTG
1 TTTGTTGCTATTTTTGTTGTTTTT-AGGTTG
*
42513270 TTTGTTGTTATTTTTGTTGCTGTTTT-GGTTG
1 TTTGTTGCTATTTTTGTTG-T-TTTTAGGTTG
42513301 TT
1 TT
42513303 ATTTTTGTTG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 24 0.83
32 1 0.03
33 4 0.14
ACGTcount: A:0.06, C:0.03, G:0.22, T:0.69
Consensus pattern (30 bp):
TTTGTTGCTATTTTTGTTGTTTTTAGGTTG
Found at i:42514895 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 42514835--42514924 Score: 135
Period size: 42 Copynumber: 2.1 Consensus size: 42
42514825 TATGGTCATA
* * * *
42514835 ATTGTATGAATTTGTTGATTATGATTGTAATTTCATTTATGC
1 ATTGTATGAATGTATTGATTATAATTATAATTTCATTTATGC
*
42514877 ATTGTATGAATGTATTGATTATAATTATAATTTTATTTATGC
1 ATTGTATGAATGTATTGATTATAATTATAATTTCATTTATGC
42514919 ATTGTA
1 ATTGTA
42514925 CTAATTTAGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 43 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (42 bp):
ATTGTATGAATGTATTGATTATAATTATAATTTCATTTATGC
Found at i:42514940 original size:38 final size:42
Alignment explanation
Indices: 42514835--42514946 Score: 117
Period size: 42 Copynumber: 2.8 Consensus size: 42
42514825 TATGGTCATA
* * * * *
42514835 ATTGTATGAATTTGTTGATTATGATTGTAATTTCATTTATGC
1 ATTGTATGAATGTATAGATTATAATTATAATTTCATTTATGC
* *
42514877 ATTGTATGAATGTATTGATTATAATTATAATTTTATTTATGC
1 ATTGTATGAATGTATAGATTATAATTATAATTTCATTTATGC
42514919 ATTGTACT-AAT-T-TAG-TT-TAATTATAATT
1 ATTGTA-TGAATGTATAGATTATAATTATAATT
42514947 ATACAAATGT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 6
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 11 0.17
39 2 0.03
40 2 0.03
41 1 0.02
42 46 0.73
43 1 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (42 bp):
ATTGTATGAATGTATAGATTATAATTATAATTTCATTTATGC
Found at i:42516038 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 42516007--42516064 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
42515997 AAAATTATAT
42516007 TTTAAT-TTTT-AAAATTGA-TAAAAATATTA
1 TTTAATCTTTTAAAAATT-ATTAAAAATATTA
42516036 TTTAATCTTTTAAAAATTATTAAAAATAT
1 TTTAATCTTTTAAAAATTATTAAAAATAT
42516065 AGATTATTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 4
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.23
30 5 0.19
31 15 0.58
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
TTTAATCTTTTAAAAATTATTAAAAATATTA
Found at i:42527547 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 42527488--42527573 Score: 172
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
42527478 TTCCTCTACG
42527488 ATGAAACTTGAGGATTTGATCCCTTCTTTGCTTTAATTTGAC
1 ATGAAACTTGAGGATTTGATCCCTTCTTTGCTTTAATTTGAC
42527530 ATGAAACTTGAGGATTTGATCCCTTCTTTGCTTTAATTTGAC
1 ATGAAACTTGAGGATTTGATCCCTTCTTTGCTTTAATTTGAC
42527572 AT
1 AT
42527574 AATTTATTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 44 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.16, T:0.43
Consensus pattern (42 bp):
ATGAAACTTGAGGATTTGATCCCTTCTTTGCTTTAATTTGAC
Found at i:42528417 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 42528409--42528434 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
42528399 GTGGAAGATG
42528409 GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GA
1 GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GA
42528435 AGAAGAAGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.35, T:0.31
Consensus pattern (3 bp):
GAT
Found at i:42528439 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 42528433--42528475 Score: 77
Period size: 3 Copynumber: 14.0 Consensus size: 3
42528423 TGATGATGAT
42528433 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAGA GAA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GA-A GAA
42528476 AGGTGTTCAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
3 36 0.92
4 3 0.08
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:42529119 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42529091--42529133 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
42529081 AATATATAGT
42529091 AAAATTTTACT-CCCC-TCAAATG
1 AAAATTTT-CTGCCCCTTCAAATG
42529113 AAAATTTTCTGCCCCTTCAAA
1 AAAATTTTCTGCCCCTTCAAA
42529134 AAATGATTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.11
22 12 0.63
23 5 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.28, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AAAATTTTCTGCCCCTTCAAATG
Found at i:42530688 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 42530654--42530691 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
42530644 AAAATTATTA
**
42530654 TTTTTTAATTTTATTATTGT
1 TTTTTTAATAATATTATTGT
42530674 TTTTTTAATAATATTATT
1 TTTTTTAATAATATTATT
42530692 TCGAGGATTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.03, T:0.71
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTAATAATATTATTGT
Found at i:42531095 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42531060--42531113 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
42531050 ATGAATATTT
42531060 TTTTGTTTCAATTTGATACTTGAG
1 TTTT-TTTCAATTTGATACTTGAG
*
42531084 TTTTTTT-AATTTGATATTTGAG
1 TTTTTTTCAATTTGATACTTGAG
42531106 TTTATTTT
1 TTT-TTTT
42531114 GTTCTAATTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.61
23 7 0.25
24 4 0.14
ACGTcount: A:0.20, C:0.04, G:0.13, T:0.63
Consensus pattern (23 bp):
TTTTTTTCAATTTGATACTTGAG
Found at i:42535514 original size:59 final size:57
Alignment explanation
Indices: 42535444--42535817 Score: 394
Period size: 59 Copynumber: 6.4 Consensus size: 57
42535434 GGACTTTTCA
* * * * *
42535444 AGGGCAAAATGGTAATTTTTGTGAAATCGGGGTTTAAAATAGAATTTTGAAAAGTTCGG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT--G
* * * *
42535503 GGGGTAAAATGGTAA-ATTTG-GCAAAACTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGTG-AAATC-GAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT-G
*** * *
42535561 AGGGTAAAACAATAAATTTTGGTGAAATCG-GAGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTAG
1 AGGGTAAAATGGT-AATTTTTGTGAAATCGAG-GTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT-G
* * * * *
42535620 GGGGTAAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTCA
1 AGGGTAAAATGGT-AATTTTTGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT-G
*
42535679 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGATGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTTG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTG-TGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAG-TTG
* *
42535738 AGGGTAAAATAGTAATTTTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTT
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTT-GTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTG
*
42535796 AGGGGTAAGATGGTAATTTTTG
1 A-GGGTAAAATGGTAATTTTTG
42535818 AAAGTTTCGA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 35, Indels: 23
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
57 1 0.00
58 30 0.11
59 226 0.84
60 11 0.04
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (57 bp):
AGGGTAAAATGGTAATTTTTGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTG
Found at i:42535640 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 42535597--42535756 Score: 83
Period size: 29 Copynumber: 5.5 Consensus size: 28
42535587 ATCGGAGTTA
42535597 AAAATGGAATTTTGGAAGGTTAGGGGGT
1 AAAATGGAATTTTGGAAGGTTAGGGGGT
* * *
42535625 AAAATGGTAAATTTTGGTGAA--ATCGGGGTT
1 AAAATGG--AATTTT-G-GAAGGTTAGGGGGT
*
42535655 AAAAATGGAATTTTGGAAGGTTCA-AGGGT
1 -AAAATGGAATTTTGGAAGGTT-AGGGGGT
* * ** * * *
42535684 AAAATGGTAATTTTTGATGAAATCGAGGTT
1 AAAATGG-AATTTTGGAAG-GTTAGGGGGT
* *
42535714 AAAAATGGAATTTTGGAAGGTTTGAGGGT
1 -AAAATGGAATTTTGGAAGGTTAGGGGGT
*
42535743 AAAATAGTAATTTT
1 AAAAT-GGAATTTT
42535757 TGGTGAAATC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 20, Indels: 25
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.03
28 20 0.20
29 32 0.32
30 26 0.26
31 15 0.15
32 3 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AAAATGGAATTTTGGAAGGTTAGGGGGT
Found at i:42535720 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 42535449--42535817 Score: 489
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
42535439 TTTCAAGGGC
* * **
42535449 AAAATGGT-AATTTTTGTGAAATCGGGGTTTAAAATAGAATTTTGAAAAGTTCGGGGGGTAAAAT
1 AAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATAGAATTTTGAAAAGTTCGAAGGGTAAAAT
42535513 GGTAAATTTGGCAAAACTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCGAGGGTAAAACAATAAAT
66 GGTAAATTTGGCAAAACTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCGAGGGTAAAACAATAAAT
42535578 TTTGGTGAAATCG-GAGTTAAAAATGGAATTTTGG-AAGGTTAGGGGGT
131 TTTGGTGAAATCGAG-GTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGGTTA-GGGGT
* * *
42535625 AAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTC-AAGGGTAAAAT
1 AAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATAGAATTTTGAAAAGTTCGAAGGGTAAAAT
* * * * * * *
42535689 GGTAATTTTTG-ATGAAA-TCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTTGAGGGTAAAATAGTA
66 GGTAAATTTGGCA--AAACT-GAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCGAGGGTAAAACAATA
* *
42535752 ATTTTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT
128 AATTTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGGTTAGGGGT
* *
42535802 AAGATGGTAATTTTTG
1 AAAATGGTAAATTTTG
42535818 AAAGTTTCGA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 18, Indels: 11
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 27 0.16
177 134 0.79
178 7 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (177 bp):
AAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATAGAATTTTGAAAAGTTCGAAGGGTAAAAT
GGTAAATTTGGCAAAACTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCGAGGGTAAAACAATAAAT
TTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGGTTAGGGGT
Found at i:42535785 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42535625--42535786 Score: 115
Period size: 30 Copynumber: 5.4 Consensus size: 30
42535615 GTTAGGGGGT
* *
42535625 AAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTA
1 AAAATGG-AATTTTTGGTGAAATCGAGGTTA
* * *
42535656 AAAATGGAA-TTTT-G-GAAGGTTCAAGGGT-
1 AAAATGGAATTTTTGGTGAA--ATCGAGGTTA
*
42535684 AAAATGGTAATTTTTGATGAAATCGAGGTTA
1 AAAATGG-AATTTTTGGTGAAATCGAGGTTA
* * *
42535715 AAAATGGAA-TTTT-G-GAAGGTTTGAGGGT-
1 AAAATGGAATTTTTGGTGAA--ATCGAGGTTA
*
42535743 AAAATAGTAATTTTTGGTGAAATCGAGGTTA
1 AAAAT-GGAATTTTTGGTGAAATCGAGGTTA
42535774 AAAATGGAATTTT
1 AAAATGGAATTTT
42535787 GGAAAGTTTA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 17, Indels: 29
0.68 0.12 0.20
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.06
28 13 0.13
29 24 0.24
30 31 0.31
31 20 0.20
32 6 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
AAAATGGAATTTTTGGTGAAATCGAGGTTA
Found at i:42535828 original size:59 final size:57
Alignment explanation
Indices: 42535449--42535865 Score: 380
Period size: 59 Copynumber: 7.1 Consensus size: 57
42535439 TTTCAAGGGC
* * * * **
42535449 AAAATGGTAATTTTTGTGAAATCGGGGTTTAAAATAGAATTTTGAAAAGTTCGGGGGGT
1 AAAATGGTAA-TTTTGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTT-TAGGGGT
* * * *
42535508 AAAATGGTAAATTTG-GCAAAACTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG-TTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTGTG-AAATC-GAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAG-GGGT
*** *
42535566 AAAACAATAAATTTTGGTGAAATCG-GAGTTAAAAATGGAATTTTGG-AAGGTTAGGGGGT
1 AAAATGGT-AATTTT-GTGAAATCGAG-GTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTA-GGGGT
* * * *
42535625 AAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTCAAGGGT
1 AAAATGGT-AATTTT-GTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT
*
42535684 AAAATGGTAATTTTTGATGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTT-GAGGGT
1 AAAATGGTAA-TTTTG-TGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAG-GGGT
*
42535743 AAAATAGTAATTTTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT
1 AAAATGGTAA-TTTT-GTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT
* * * *
42535802 AAGATGGTAATTTT-TGAAAGTTTCGAGATT-AAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTGTGAAA---TCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGG-AAAGTTTAGGGGT
42535861 CAAAA
1 -AAAA
42535866 CATAATTTTG
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 34, Indels: 41
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
56 5 0.02
57 2 0.01
58 43 0.14
59 236 0.78
60 16 0.05
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (57 bp):
AAAATGGTAATTTTGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT
Found at i:42535828 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 42535419--42535848 Score: 447
Period size: 118 Copynumber: 3.6 Consensus size: 117
42535409 TACCCGGGGG
*** * * * *
42535419 AAAAATGGTAATTTTGGACTTTTCAAGGGCAAAATGGTAATTTTTGTGAAATCGGGGTTTAAAAT
1 AAAAATGG-AATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAAATCGAGGTTAAAAAT
* * * * * * * * *
42535484 AGAATTTTGAAAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAAA-TTTGG-CAAAACTGAGGTC
65 GGAATTTTGGAAGGTT-AGAGGGTAAAATAGTAAATTTTGGTGAAATC-GAGGTT
* *** * *
42535537 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCGAGGGTAAAACAATAAATTTTGGTGAAATCG-GAGTTAAAAA
1 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGT-AATTTTTGAGAAATCGAG-GTTAAAAA
* * *
42535601 TGGAATTTTGGAAGGTTAGGGGGTAAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTT
64 TGGAATTTTGGAAGGTTAGAGGGTAAAATAGTAAATTTTGGTGAAATCGAGGTT
*
42535655 AAAAATGGAATTTTGGAAGGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGATGAAATCGAGGTTAAAAAT
1 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-GAAATCGAGGTTAAAAAT
* *
42535720 GGAATTTTGGAAGGTTTGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGTGAAATCGAGGTT
65 GGAATTTTGGAAGGTTAGAGGGTAAAATAGTAAATTTTGGTGAAATCGAGGTT
* * * * *
42535773 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGTAAGATGGTAATTTTTGA-AAGTTTCGAGATT-AAAA
1 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAA--ATCGAGGTTAAAAA
*
42535836 TGTAATTTTGGAA
64 TGGAATTTTGGAA
42535849 AAGTTTTGGG
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 37, Indels: 17
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
116 2 0.01
117 62 0.23
118 198 0.74
119 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (117 bp):
AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAAATCGAGGTTAAAAATG
GAATTTTGGAAGGTTAGAGGGTAAAATAGTAAATTTTGGTGAAATCGAGGTT
Found at i:42535854 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 42535708--42535904 Score: 125
Period size: 30 Copynumber: 6.7 Consensus size: 29
42535698 TGATGAAATC
* *
42535708 GAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGGTTT-
1 GAGGTT-AAAATGTAATTTTGGAAAGTTTA
* *
42535737 GAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGTGAAA---TC
1 GAGGTTAAAAT-GTAA-TTTT-G-GAAAGTTTA
*
42535767 GAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTA
1 GAGGTT-AAAATGTAATTTTGGAAAGTTTA
* * * *
42535797 G-GGGTAAGATGGTAATTTTTGAAAGTTTC
1 GAGGTTAAAAT-GTAATTTTGGAAAGTTTA
* *
42535826 GAGATTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTT
1 GAGGTTAAAATGTAATTTTGG-AAAGTTTA
* * ** *
42535856 GGGGTCAAAACATAATTTTGTAAAAGTTTA
1 GAGGTTAAAATGTAATTTTG-GAAAGTTTA
*
42535886 GGGGTTAAAATGTAATTTT
1 GAGGTTAAAATGTAATTTT
42535905 TATAAAGTTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 26, Indels: 25
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.03
28 10 0.08
29 41 0.32
30 65 0.50
31 6 0.05
32 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
GAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAGTTTA
Found at i:42535896 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 42535419--42535904 Score: 371
Period size: 118 Copynumber: 4.1 Consensus size: 117
42535409 TACCCGGGGG
*** * * * * *
42535419 AAAAATGGTAATTTTGGACTTTTCAAGGGCAAAATGGTAATTTTTGTGAAATCGGGGTTTAAAAT
1 AAAAATGG-AATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAAATCGAGATTAAAAAT
* * * * * ** * * * *
42535484 AGAATTTTGAAAAGTTCGGGGGGTAAAATGGTAA-ATTTGGCAAAACT-GAGGTC
65 GGAATTTTGGAAGGTT-TGAGGGTAAAACAGTAATTTTTGGTAAAA-TAGGGGTT
* *** * *
42535537 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCGAGGGTAAAACAATAAATTTTGGTGAAATCG-GAGTTAAAAA
1 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGT-AATTTTTGAGAAATCGAGA-TTAAAAA
* * ** * * *
42535601 TGGAATTTTGGAAGGTTAGGGGGTAAAATGGTAAATTTTGGTGAAATCGGGGTT
64 TGGAATTTTGGAAGGTTTGAGGGTAAAACAGTAATTTTTGGTAAAATAGGGGTT
* *
42535655 AAAAATGGAATTTTGGAAGGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGATGAAATCGAGGTTAAAAAT
1 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-GAAATCGAGATTAAAAAT
* * * *
42535720 GGAATTTTGGAAGGTTTGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGTGAAATCGAGGTT
65 GGAATTTTGGAAGGTTTGAGGGTAAAACAGTAATTTTTGGTAAAATAGGGGTT
* * * *
42535773 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGTAAGATGGTAATTTTTGA-AAGTTTCGAGATT-AAAA
1 AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAA--ATCGAGATTAAAAA
* *
42535836 TGTAATTTTGGAAAAGTTTTG-GGGTCAAAACA-TAA-TTTT-GTAAAAGTTTAGGGGTT
64 TGGAATTTTGG--AAGGTTTGAGGGT-AAAACAGTAATTTTTGGTAAAA---TAGGGGTT
*
42535892 -AAAATGTAATTTT
1 AAAAATGGAATTTT
42535905 TATAAAGTTT
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 46, Indels: 28
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
116 7 0.02
117 64 0.21
118 218 0.71
119 19 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (117 bp):
AAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAGAAATCGAGATTAAAAATG
GAATTTTGGAAGGTTTGAGGGTAAAACAGTAATTTTTGGTAAAATAGGGGTT
Found at i:42535901 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 42535767--42535925 Score: 171
Period size: 60 Copynumber: 2.7 Consensus size: 59
42535757 TGGTGAAATC
* * *** * *
42535767 GAGGTTAAAAATGGAATTTTGG-AAAGTTTAGGGGT-AAGATGGTAATTTTTGAAAGTTTC
1 GAGGTT-AAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCAA-AACATAATTTTTAAAAGTTTA
*
42535826 GAGATTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCAAAACATAATTTTGTAAAAGTTTA
1 GAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCAAAACATAATTTT-TAAAAGTTTA
* *
42535886 GGGGTTAAAATGTAATTTT-TATAAAGTTTTGGGGTCAAAA
1 GAGGTTAAAATGTAATTTTGGA-AAAGTTTTGGGGTCAAAA
42535926 TATTTTTTGG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 11, Indels: 7
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
58 14 0.16
59 26 0.31
60 45 0.53
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (59 bp):
GAGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGGGGTCAAAACATAATTTTTAAAAGTTTA
Found at i:42535912 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42535769--42535926 Score: 135
Period size: 30 Copynumber: 5.3 Consensus size: 30
42535759 GTGAAATCGA
* *
42535769 GGTTAAAAATGGAATTTTG-GAAAGTTTAGG
1 GGTT-AAAATGTAATTTTGTAAAAGTTTAGG
* * * *
42535799 GG-TAAGATGGTAATTTT-TGAAAGTTTCGA
1 GGTTAAAAT-GTAATTTTGTAAAAGTTTAGG
* * *
42535828 GATTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTTGG
1 GGTTAAAATGTAATTTTGTAAAAGTTTAGG
* **
42535858 GGTCAAAACATAATTTTGTAAAAGTTTAGG
1 GGTTAAAATGTAATTTTGTAAAAGTTTAGG
*
42535888 GGTTAAAATGTAATTTT-TATAAAGTTTTGG
1 GGTTAAAATGTAATTTTGTA-AAAGTTTAGG
*
42535918 GGTCAAAAT
1 GGTTAAAAT
42535927 ATTTTTTGGA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 21, Indels: 10
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.04
29 28 0.27
30 70 0.69
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (30 bp):
GGTTAAAATGTAATTTTGTAAAAGTTTAGG
Found at i:42537703 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 42537694--42537769 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 13.2 Consensus size: 6
42537684 ATATGGACAT
* * * *
42537694 TTTAAA TTTAAG TTTAAG TTTAAA ATT-AT TTTAAAA TTT-AA -TTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA
* **
42537740 TTTAAA TTCAAA -ACAAA TTTAAA TTTAAA T
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA T
42537770 AAATCTTAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 10
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.04
5 11 0.20
6 38 0.69
7 4 0.07
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:42537743 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 42537727--42537784 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 16
42537717 AATTATTTTA
*
42537727 AAATTTAATTAAATTT
1 AAATTTAAATAAATTT
* *
42537743 AAATTCAAAACAAATTT
1 AAATT-TAAATAAATTT
42537760 AAATTTAAATAAATCTT
1 AAATTTAAATAAAT-TT
*
42537777 AAAATTAA
1 AAATTTAA
42537785 TTCAAACTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 3
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.35
17 22 0.65
ACGTcount: A:0.57, C:0.05, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AAATTTAAATAAATTT
Found at i:42537794 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 42537774--42537807 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
42537764 TTAAATAAAT
*
42537774 CTTAAAATTAATTCAAA
1 CTTAAAATAAATTCAAA
*
42537791 CTTAATATAAATTCAAA
1 CTTAAAATAAATTCAAA
42537808 AATCTCAAGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.12, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
CTTAAAATAAATTCAAA
Found at i:42542894 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 42542823--42542894 Score: 76
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 32
42542813 TGTCTTAACT
* * *
42542823 TATATTTTTATAATTTTTTGGAGGATTAAAAC
1 TATATTTTTATAATTTATTGAAGGATCAAAAC
* * *
42542855 -ATAATTTTATTATTTATT-AAGGATCCAAAC
1 TATATTTTTATAATTTATTGAAGGATCAAAAC
42542885 TATATTTTTA
1 TATATTTTTA
42542895 CCAATACTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 7, Indels: 3
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 9 0.28
31 23 0.72
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (32 bp):
TATATTTTTATAATTTATTGAAGGATCAAAAC
Found at i:42549127 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 42549105--42549142 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
42549095 TAGATTTTCA
*
42549105 ATTTTTAGGTTTT-TTTTGT
1 ATTTTTAGATTTTATTTTGT
42549124 ATTTTTAGATTTTATTTTG
1 ATTTTTAGATTTTATTTTG
42549143 ATAATAATAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.71
20 5 0.29
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.13, T:0.71
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTAGATTTTATTTTGT
Found at i:42551568 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42551561--42551590 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
42551551 AATTTTTAAA
42551561 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
42551591 TTAACAATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:42567777 original size:109 final size:111
Alignment explanation
Indices: 42567654--42567879 Score: 375
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 111
42567644 TAACGATTGT
42567654 TGATGTAAATCGATAGAAGATACCAACAACAAGTAATTCATGTCAACAACTAATT-A-AAATTGA
1 TGATGTAAATCGATAGAAGATACCAACAACAAGTAATTCATGTCAACAACTAATTAATAAATTGA
42567717 TGCATAAATTATAAATTAAGTTTATGTATTATTTCTTTAAATTTGA
66 TGCATAAATTATAAATTAAGTTTATGTATTATTTCTTTAAATTTGA
*
42567763 TGATGTAAATCGATAGAAGGTACCAACAACAAGTAATTCATGTCAACAACTAATTAAAAATTTTA
1 TGATGTAAATCGATAGAAGATACCAACAACAAGTAATTCATGTCAACAACTAATT---AA---TA
42567828 AATTGATGCATAAATTATAAATTAAGTTTATGTATTATTTCTTTAAATTTGA
60 AATTGATGCATAAATTATAAATTAAGTTTATGTATTATTTCTTTAAATTTGA
42567880 ATTTATTTTA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 1, Indels: 8
0.92 0.01 0.07
Matches are distributed among these distances:
109 54 0.50
113 1 0.01
117 53 0.49
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (111 bp):
TGATGTAAATCGATAGAAGATACCAACAACAAGTAATTCATGTCAACAACTAATTAATAAATTGA
TGCATAAATTATAAATTAAGTTTATGTATTATTTCTTTAAATTTGA
Found at i:42568550 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 42568524--42568553 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
42568514 AACCCAAATC
42568524 AAAACAAGATAAACA
1 AAAACAAGATAAACA
42568539 AAAACTAAGATAAAC
1 AAAAC-AAGATAAAC
42568554 GCCCCTTAGA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.36
16 9 0.64
ACGTcount: A:0.70, C:0.13, G:0.07, T:0.10
Consensus pattern (15 bp):
AAAACAAGATAAACA
Found at i:42569590 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 42569582--42569615 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 11.3 Consensus size: 3
42569572 TTTAAGTGTT
* *
42569582 TTA TTA TTA TTT TTA TTA TTA TCA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
42569616 AACCTCTCTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 27 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:42573733 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 42573645--42573753 Score: 164
Period size: 56 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
42573635 TTGTATCATC
* * * *
42573645 TTATTTTAAGTTTCGTTCTATGTGAATCTTATCCAAATTTATTTTAGTATAACATT
1 TTATTTTAAGTTTCGTTCCATGAGAATCTTATCCAAATTTATTCTAATATAACATT
* *
42573701 TTATTTTAAGTTTCGTTCCGTGAGAATGTTATCCAAATTTATTCTAATATAAC
1 TTATTTTAAGTTTCGTTCCATGAGAATCTTATCCAAATTTATTCTAATATAAC
42573754 TTTAGACATA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 47 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (56 bp):
TTATTTTAAGTTTCGTTCCATGAGAATCTTATCCAAATTTATTCTAATATAACATT
Found at i:42575715 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42575660--42575718 Score: 84
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
42575650 ATCTCAAAAT
* *
42575660 TATACATTAACTTTAATTTAATGTGCAATTG
1 TATACATAAACTTTAATTT-AGGTGCAATTG
42575691 TATACATAAACTTTAATTT-GGTGCAATT
1 TATACATAAACTTTAATTTAGGTGCAATT
42575719 ATACACTTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 8 0.31
31 18 0.69
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (30 bp):
TATACATAAACTTTAATTTAGGTGCAATTG
Found at i:42575938 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 42575904--42575966 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
42575894 AATTTACAAG
42575904 AATTGAATC-AAATCAAAATTTCATGTATAC
1 AATTGAA-CAAAATCAAAATTT-ATGTATAC
* *
42575934 AATTGCACAAAATCAAAGTTTATGTATAC
1 AATTGAACAAAATCAAAATTTATGTATAC
42575963 AATT
1 AATT
42575967 ACACATTAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
29 13 0.43
30 17 0.57
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
AATTGAACAAAATCAAAATTTATGTATAC
Found at i:42575959 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42575913--42575971 Score: 93
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
42575903 GAATTGAATC
*
42575913 AAATCAAAATTTCATGTATACAATTGCACA
1 AAATCAAAATTTCATGTATACAATTACACA
*
42575943 AAATCAAAGTTT-ATGTATACAATTACACA
1 AAATCAAAATTTCATGTATACAATTACACA
42575972 TTAAACCATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 16 0.59
30 11 0.41
ACGTcount: A:0.47, C:0.15, G:0.07, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
AAATCAAAATTTCATGTATACAATTACACA
Found at i:42577323 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 42577301--42577333 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
42577291 TATTTAAGCA
42577301 TATATTTATAATTATAC
1 TATATTTATAATTATAC
*
42577318 TATATTTATATTTATA
1 TATATTTATAATTATA
42577334 AACTCTGGAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (17 bp):
TATATTTATAATTATAC
Found at i:42580138 original size:107 final size:108
Alignment explanation
Indices: 42579942--42580153 Score: 363
Period size: 107 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
42579932 TTAATGTAAA
*
42579942 TCGCTGTCCTTTAACTCGTAAGTAATGTAAACATCATCAAACTTTTCCCTCTCAGGTGGTAGCAC
1 TCGCTGTCCTTTAACTCGTAAGTAATGTAAACATCATCAAACTTTTCCCTCTCAGGAGGTAGCAC
* *
42580007 AATGTCCTTGATTTTGACAATCTGTAGAAAGATTAATGCAAGT
66 AATGTCCTGGATTTTGACAATCTGTAAAAAGATTAATGCAAGT
* * *
42580050 TCGCTGTCCTTTAACTCGTAAGTAATGTAAACATCATCAAAC-TTTCCGTCTCCGGAGGTAGCAT
1 TCGCTGTCCTTTAACTCGTAAGTAATGTAAACATCATCAAACTTTTCCCTCTCAGGAGGTAGCAC
42580114 AATGTCCTGGATTTTGACAATCTGTAAAAAGATTAATGCA
66 AATGTCCTGGATTTTGACAATCTGTAAAAAGATTAATGCA
42580154 TGTATGCAAC
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 6, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
107 56 0.57
108 42 0.43
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (108 bp):
TCGCTGTCCTTTAACTCGTAAGTAATGTAAACATCATCAAACTTTTCCCTCTCAGGAGGTAGCAC
AATGTCCTGGATTTTGACAATCTGTAAAAAGATTAATGCAAGT
Found at i:42589520 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 42589486--42589547 Score: 72
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
42589476 ACAAATTTAG
* **
42589486 AATTTAGTCTCTGTA-TTTTTATTTTTAAA
1 AATTTAG-CCCTGTACTTTTTAGATTTAAA
*
42589515 AATTTAGCCCTTTACTTTTTAGATTTAAA
1 AATTTAGCCCTGTACTTTTTAGATTTAAA
42589544 AATT
1 AATT
42589548 AAGTTCAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.18
29 23 0.82
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (29 bp):
AATTTAGCCCTGTACTTTTTAGATTTAAA
Found at i:42590138 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 42590106--42590146 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
42590096 TTAAAACACT
*
42590106 AAAAAATATAAATTTTTTCA
1 AAAAAAAATAAA-TTTTTCA
42590126 AAAAAAAAT-AATTTTTCA
1 AAAAAAAATAAATTTTTCA
42590144 AAA
1 AAA
42590147 TTTATTTTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.50
19 2 0.10
20 8 0.40
ACGTcount: A:0.61, C:0.05, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAAAATAAATTTTTCA
Found at i:42598988 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 42598980--42599039 Score: 84
Period size: 3 Copynumber: 20.0 Consensus size: 3
42598970 CAAACCGGAT
* * * *
42598980 TAA TAA TAA TAA TAG TCA TAG TCA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
42599028 TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA
42599040 ACAGTTGAGC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 49 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.03, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:42614126 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 42613938--42614128 Score: 265
Period size: 105 Copynumber: 1.8 Consensus size: 105
42613928 CCGTCAGAAA
* * * *
42613938 AGTTTGCCTCACCAGTTCGGATTGTCACCTACACCATCAATTGGTACATTATCGGATACACCTAT
1 AGTTTGCCACACCAATTCGGATTGTCACCTACACCATCAATTGGCACATTATCAGATACACCTAT
* * *
42614003 GATGGGGCAGAAACGAGATGCATTTGAGAAGAGTATTGAG
66 GACGGGACAGAAAAGAGATGCATTTGAGAAGAGTATTGAG
* * * * *
42614043 AGTTTGCCACAGCAATTTGGATTGTCACCTACCCCATCTATTGGCACGTTATCAGATACACCTAT
1 AGTTTGCCACACCAATTCGGATTGTCACCTACACCATCAATTGGCACATTATCAGATACACCTAT
*
42614108 GACGGGACGGAAAAGAGATGC
66 GACGGGACAGAAAAGAGATGC
42614129 TCAAGATGCA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 13, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 73 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (105 bp):
AGTTTGCCACACCAATTCGGATTGTCACCTACACCATCAATTGGCACATTATCAGATACACCTAT
GACGGGACAGAAAAGAGATGCATTTGAGAAGAGTATTGAG
Found at i:42618514 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 42618469--42618516 Score: 60
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
42618459 TTAATAAAGT
* *
42618469 ATATTTAAAATATTTAAAATTTTC
1 ATATTCAAAATATATAAAATTTTC
*
42618493 ATATTCAAATATATATATAATTTT
1 ATATTCAAA-ATATATAAAATTTT
42618517 ATAAAAACAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.40
25 12 0.60
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (24 bp):
ATATTCAAAATATATAAAATTTTC
Found at i:42618760 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 42618694--42618763 Score: 81
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
42618684 TACTAATTTT
42618694 ATAATTTTTATAATTTAATATTTATTAAATAA
1 ATAATTTTTATAA-TTAATATTTATTAAATAA
*
42618726 ATAATTTTTA-AA-TATTATTTATGTCAAATAAA
1 ATAATTTTTATAATTAATATTTAT-T-AAAT-AA
42618758 ATAATT
1 ATAATT
42618764 ATTTTTTATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 6
0.83 0.02 0.15
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.26
30 1 0.03
31 6 0.18
32 18 0.53
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.01, T:0.50
Consensus pattern (31 bp):
ATAATTTTTATAATTAATATTTATTAAATAA
Found at i:42618905 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 42618875--42618941 Score: 89
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
42618865 AAAACCTCCT
*
42618875 AGTGCCGCCACTTTAAAATTTTCTTAC
1 AGTGCCGCCACTTTAAAATTCTCTTAC
* * *
42618902 AGTGTCGCCATTTTGAAATTCTCTTAC
1 AGTGCCGCCACTTTAAAATTCTCTTAC
*
42618929 AGTGCCGTCACTT
1 AGTGCCGCCACTT
42618942 GATACTCCTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 33 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
AGTGCCGCCACTTTAAAATTCTCTTAC
Found at i:42626663 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 42626617--42626663 Score: 58
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
42626607 TTTTTGCTCG
* * **
42626617 ATTTTGATTTTCTTTTATTTTTTT
1 ATTTTGATTTTATTTAAAATTTTT
42626641 ATTTTGATTTTATTTAAAATTTT
1 ATTTTGATTTTATTTAAAATTTT
42626664 CATCATCAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 19 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.04, T:0.72
Consensus pattern (24 bp):
ATTTTGATTTTATTTAAAATTTTT
Found at i:42627262 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 42627245--42627286 Score: 59
Period size: 12 Copynumber: 3.5 Consensus size: 12
42627235 TAATATTACT
42627245 TTAAAATAAATA
1 TTAAAATAAATA
42627257 TTAAAAT-AATA
1 TTAAAATAAATA
*
42627268 TTAAGATAAATA
1 TTAAAATAAATA
42627280 TATAAAA
1 T-TAAAA
42627287 ATTAATAAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.38
12 12 0.46
13 4 0.15
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.02, T:0.33
Consensus pattern (12 bp):
TTAAAATAAATA
Found at i:42627327 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42627250--42627334 Score: 75
Period size: 23 Copynumber: 3.7 Consensus size: 23
42627240 TTACTTTAAA
*
42627250 ATAAATATTAAAATAATATTAAG-
1 ATAAATATT-AAATATTATTAAGT
* * *
42627273 ATAAATATATAAAAATTAATAAAT
1 ATAAATAT-TAAATATTATTAAGT
*
42627297 AAAAAATATTAAATATTATTAAGT
1 -ATAAATATTAAATATTATTAAGT
*
42627321 ATTAA-ATTAAATAT
1 ATAAATATTAAATAT
42627335 AAAAAATTTG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 7
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 9 0.18
23 20 0.41
24 13 0.27
25 7 0.14
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
ATAAATATTAAATATTATTAAGT
Found at i:42650248 original size:115 final size:108
Alignment explanation
Indices: 42650078--42650303 Score: 281
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
42650068 CCTTGGCAGT
* * * *
42650078 AAATTCATGGCTGGATCAATTTGCTGATTTGGATATTTTGCTGGGATTCCTTATATATAATTTAT
1 AAATGCATGGCTGGATCAATATGCTGATTAGGATATTTTACTGGGATTCCTTATATA-AA---AT
* * *
42650143 TTATTCTTTTATGAATTTTCTTACTCAAGCTCATATATTCTATATAAGG
62 TTATT-TTTTATAAATTTGCTGACTCAAGCTCATATATTCTATAT-AGG
* *
42650192 AAATGCATGGCTGGATCAATATGTTGAATTAGGATATTTTATTGGGATTCCTTATATAAAATTTA
1 AAATGCATGGCTGGATCAATATGCTG-ATTAGGATATTTTACTGGGATTCCTTATATAAAATTTA
* * *
42650257 TTTTTTGTAAATTTGCTGACTCAAGTTCATATATTCTGTATAGG
65 TTTTTTATAAATTTGCTGACTCAAGCTCATATATTCTATATAGG
42650301 AAA
1 AAA
42650304 ATAGCGAGTG
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 7
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
109 6 0.06
110 33 0.33
111 7 0.07
114 25 0.25
115 28 0.28
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (108 bp):
AAATGCATGGCTGGATCAATATGCTGATTAGGATATTTTACTGGGATTCCTTATATAAAATTTAT
TTTTTATAAATTTGCTGACTCAAGCTCATATATTCTATATAGG
Found at i:42651849 original size:206 final size:203
Alignment explanation
Indices: 42651237--42651883 Score: 817
Period size: 207 Copynumber: 3.1 Consensus size: 203
42651227 CATTTTTGTG
* * * *
42651237 GATACGAGGACAAACCTCCGAAGATGCTCCGAATGCATAGAAAACCTT-TAAAAAAATGATCTAT
1 GATATGAGGACATACCTCCAAAGATGCTCCGAATGCATAGAAAACCTTAAAAAAAAATGATCTAT
* * *
42651301 ATCCGTGTTTGACACTCACACTTGAGTCCGAGTCAGAGGTTCAAGAACCACCAATTATTGTATTT
66 ATCCGTGTCTGACACTCACACTTGAGTCCGAGTCAGAGGTTC-CGAACCACCAATTAGTGTATTT
* **
42651366 TTATTGTTGTTCATTACTCATTGTTCATGTTGCTCCAACTTTTCATTTTT-CTGGATATACCTGT
130 TTATTGTTGTTCGTTACTCATTGTTCATGTTGCTCTGACTTTTCATTTTTGC-GGATATACCTGT
*
42651430 GTTTCTAACAAAT
194 G-TTC-AAC-ACT
* * *
42651443 GGATATGAGGACGTACCTCCAAAGATGCTCCGAATGCATAGAAAACCTCAAAAAAAATATGATCC
1 -GATATGAGGACATACCTCCAAAGATGCTCCGAATGCATAGAAAACCTTAAAAAAAA-ATGATCT
* ** *
42651508 ATATCCGTGTCTAACACTCACACTTGAGT----G-C-GAGGTTCACGAAGTACCAATTAGTGTAA
64 ATATCCGTGTCTGACACTCACACTTGAGTCCGAGTCAGAGGTTC-CGAACCACCAATTAGTGTAT
*
42651567 TTTTATTGTTGTTCGTTACTCATTGATTGTCCATGTTGCTCTGACTTTTCATTTTTGTGGATATA
128 TTTTATTGTTGTTCGTTACTCATTG--T-T-CATGTTGCTCTGACTTTTCATTTTTGCGGATATA
*
42651632 CCTATGTTCAACACT
189 CCTGTGTTCAACACT
* * *
42651647 -ATATGAGGACATACCTCCAAAGGTGCCCCGAATGCATAGAAATCCTTAAAAAGAAAATGATCTA
1 GATATGAGGACATACCTCCAAAGATGCTCCGAATGCATAGAAAACCTTAAAAA-AAAATGATC--
* * *
42651711 TATATCTGTGTCTGACATTCACACTTGAGTCCGAGTCAGAGGTTCCTGAACCATCAATTAGTGTA
63 TATATCCGTGTCTGACACTCACACTTGAGTCCGAGTCAGAGGTTCC-GAACCACCAATTAGTGTA
*
42651776 TTTTTATTGTTGTTCGTTACTCATTGTTCATGTTGCTCTGATTTTTCATTTTTGCGGATATACCT
127 TTTTTATTGTTGTTCGTTACTCATTGTTCATGTTGCTCTGACTTTTCATTTTTGCGGATATACCT
42651841 GTGTTCAACACAT
192 GTGTTCAACAC-T
*
42651854 GGGTATGAGGACATACCTCCAAAGATGCTC
1 -GATATGAGGACATACCTCCAAAGATGCTC
42651884 TGTATCGTGT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 39, Indels: 38
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
202 53 0.14
203 50 0.13
204 29 0.08
205 5 0.01
206 49 0.13
207 80 0.21
208 8 0.02
209 60 0.16
210 47 0.12
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (203 bp):
GATATGAGGACATACCTCCAAAGATGCTCCGAATGCATAGAAAACCTTAAAAAAAAATGATCTAT
ATCCGTGTCTGACACTCACACTTGAGTCCGAGTCAGAGGTTCCGAACCACCAATTAGTGTATTTT
TATTGTTGTTCGTTACTCATTGTTCATGTTGCTCTGACTTTTCATTTTTGCGGATATACCTGTGT
TCAACACT
Found at i:42662481 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42662474--42662499 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
42662464 TAGTATATGC
42662474 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
42662500 GACCTGGTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:42674674 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 42674639--42674716 Score: 156
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
42674629 TAATGTCCAA
42674639 TGACCAAAAAAGAAAAATTCGAATATTTAGG
1 TGACCAAAAAAGAAAAATTCGAATATTTAGG
42674670 TGACCAAAAAAGAAAAATTCGAATATTTAGG
1 TGACCAAAAAAGAAAAATTCGAATATTTAGG
42674701 TGACCAAAAAAGAAAA
1 TGACCAAAAAAGAAAA
42674717 GGTCAAATAG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 47 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.10, G:0.15, T:0.19
Consensus pattern (31 bp):
TGACCAAAAAAGAAAAATTCGAATATTTAGG
Found at i:42675611 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42675606--42675633 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
42675596 ATATCATGTC
42675606 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
42675634 GAGAGAGAGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:42675638 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42675633--42675662 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
42675623 ATATATATAT
42675633 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
42675663 CATACGCAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:42676344 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 42676322--42676353 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
42676312 AAACTTGAAA
42676322 TGACTTGAACACAAAAC
1 TGACTTGAAC-CAAAAC
42676339 TGACTTGAACCAAAA
1 TGACTTGAACCAAAA
42676354 TGGCCTGACA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 10 0.67
ACGTcount: A:0.47, C:0.22, G:0.12, T:0.19
Consensus pattern (16 bp):
TGACTTGAACCAAAAC
Found at i:42677351 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 42677339--42677365 Score: 54
Period size: 7 Copynumber: 3.9 Consensus size: 7
42677329 GTATATATGA
42677339 ACATGTT
1 ACATGTT
42677346 ACATGTT
1 ACATGTT
42677353 ACATGTT
1 ACATGTT
42677360 ACATGT
1 ACATGT
42677366 ATATGTATGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 20 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (7 bp):
ACATGTT
Found at i:42686021 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 42686010--42686048 Score: 53
Period size: 8 Copynumber: 4.9 Consensus size: 8
42686000 AGTCGTTTAA
42686010 AAAATTAT
1 AAAATTAT
42686018 AAAATTAT
1 AAAATTAT
42686026 AAAA-TATT
1 AAAATTA-T
*
42686034 AAAATAAT
1 AAAATTAT
42686042 AAAATTA
1 AAAATTA
42686049 CATTTTTGCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
7 2 0.07
8 24 0.89
9 1 0.04
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (8 bp):
AAAATTAT
Found at i:42686679 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42686667--42686697 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
42686657 GCACATTTGA
42686667 AT AT CAT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT -AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
42686698 CAATTACTAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 26 0.93
3 2 0.07
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:42688275 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42688232--42688311 Score: 108
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 30
42688222 GAATTGGATC
*
42688232 AAATCAAAATTTCATGTATACAATTGCACA-
1 AAATC-AAAGTTCATGTATACAATTGCACAT
*
42688262 AAATCAAAGTTCATGTATACAATTGCATATT
1 AAATCAAAGTTCATGTATACAATTGCACA-T
*
42688293 AAATCATAGTTCATGTATA
1 AAATCAAAGTTCATGTATA
42688312 GTTTTGAGAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 3
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 22 0.49
30 5 0.11
31 18 0.40
ACGTcount: A:0.44, C:0.14, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
AAATCAAAGTTCATGTATACAATTGCACAT
Found at i:42689726 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 42689689--42689747 Score: 84
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
42689679 GTTCAACTTG
42689689 AATTT-AATTTAAATAATAAAAAATATTTTTA
1 AATTTAAATTT-AATAATAAAAAATATTTTTA
* *
42689720 AATTTAAATTTAATTATAAAATATATTT
1 AATTTAAATTTAATAATAAAAAATATTT
42689748 GTAATGTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 20 0.80
32 5 0.20
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (31 bp):
AATTTAAATTTAATAATAAAAAATATTTTTA
Found at i:42693607 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42693573--42693654 Score: 107
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 30
42693563 TTCTTCCTAA
42693573 CGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTCCCCT
1 CGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTCCCCT
* *
42693603 CGGAGGTGGAGGT---GGTGGTGGTCTCTT
1 CGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTCCCCT
* *
42693630 CGGTGATGGAGGTGGAGGTGGTGGT
1 CGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGT
42693655 GTTGTACTTG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 6
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 23 0.51
30 22 0.49
ACGTcount: A:0.10, C:0.11, G:0.55, T:0.24
Consensus pattern (30 bp):
CGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTCCCCT
Found at i:42693666 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 42693636--42695032 Score: 450
Period size: 27 Copynumber: 50.6 Consensus size: 27
42693626 TCTTCGGTGA
*
42693636 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42693663 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42693688 GGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG---G
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42693717 TGGAGG-CGTGGGTGGTGGTGGTT-TACT
1 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGTACT
*
42693744 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42693769 GGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG---G
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42693798 TGGAGG-CGTGGGTGGTGGTGGTT-TACT
1 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGTACT
* * *
42693825 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTA--C-T
* *
42693855 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACTT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTAC-T
*
42693883 GGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGTTTTACT
1 -----TGGAGGTGGT---GGTGGTGGTGTTGTACT
*
42693918 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGA-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGT-GTTGT-ACT
*
42693946 GGTGGAGG-CGTAGGTGGTGGTGGTT-TACT
1 --TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGTACT
* * *
42693975 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGA--
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694000 -GG-CGTAGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694026 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694051 GGTGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* * *
42694083 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTA--C-T
* *
42694113 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694140 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694165 GGTGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* * *
42694197 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTA--C-T
* * *
42694227 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTATACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694254 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694279 GGTGGAGGT-GTAGGTGGAGGTGGTGGTGA-T
1 --TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGT-ACT
*
42694309 GGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGA-T
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTG-TTGT-ACT
*
42694342 GGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGA-T
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGT-GTTGT-ACT
* *
42694375 GGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG---G
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694404 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG---G
1 TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
42694431 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTT-TACT
1 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGTACT
*
42694458 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694483 GGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG---G
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694512 TGGAGG-CGTGGGTGGTGGTGGTT-TACT
1 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGTACT
* * * **
42694539 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694566 CGTAGGTGGTGGTGGTGGTG--G----
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
42694587 TGGA---GGTGGTGGTG-T-TT-TACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694608 TGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGA-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGT-GTTGT-ACT
*
42694636 GGTGGAGG-CGTAGGTGGTGGTGGTT-TACT
1 --TGGAGGTGGT-GGTGGTGGT-GTTGTACT
* * *
42694665 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGA--
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694690 -GG-CGTAGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694716 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694741 GGTGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* * *
42694773 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTA--C-T
* *
42694803 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694830 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTG-A-T
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
*
42694855 GGTGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 --TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* * *
42694887 TGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTA--C-T
* * *
42694917 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTATACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* *
42694944 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTG-A--
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
* **
42694968 T---GGTGGAGGT-GTAGGTG--G-AGG
1 TGGAGGTGGTGGTGGT-GGTGTTGTACT
* *
42694989 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGTTTTACT
1 TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
42695016 TGGAGGTGGTGGTGGTG
1 TGGAGGTGGTGGTGGTG
42695033 ATGGTGGAGG
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 157, Indels: 308
0.69 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.00
18 10 0.01
19 2 0.00
20 2 0.00
21 20 0.02
23 12 0.01
24 93 0.09
25 25 0.02
26 26 0.02
27 408 0.39
28 47 0.04
29 33 0.03
30 269 0.25
31 5 0.00
32 9 0.01
33 78 0.07
34 3 0.00
35 1 0.00
36 15 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.03, G:0.56, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
Found at i:42693678 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 42693667--42696161 Score: 1199
Period size: 6 Copynumber: 415.8 Consensus size: 6
42693657 TGTACTTGGA
* * * *
42693667 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGAT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT
* * * ** *
42693715 GGTGGA GG-CGT GGGTGGT GGTGGT -TTACTT GGAGGT GGTGGT GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * * *
42693763 GGTGAT GGTGGA GG-CGT AGGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTGGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT
* ** * * * *
42693811 GGTGGT GGT-TT ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT
1 GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT
* ** * * *
42693859 GGTGGT GGTGGT GGT-GT TGTACTT GGAGGT GGAGGT GGTGGA GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
** ** * * *
42693907 GGT-GT TTTACTT GGAGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG-
1 GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * ** * * *
42693954 CGTAGGT GGTGGT GGT-TT ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG-
1 GGT-GGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * ** * * *
42694002 CGTAGGT GGTGGT GGT-GT TGTACTT GGAGGT GGAGGT GGTGGT GGTGAT
1 GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* ** ** *
42694051 GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGT -GTTTT ACTTGGA GGTGGT GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * ** *
42694099 GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GT TGTACTT GGAGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT
* * * **
42694147 GGAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGT -GTTTT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
** * * * *
42694194 ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGGT
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT
** ** * * * *
42694243 GGT-GT TATACTT GGAGGT GGAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT
1 GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * *
42694290 AGGTGGA GGTGGT GGTGAT GGTGGA GG-CGT AGGTGGT GGTGGT GATGGT
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * * *
42694339 GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GG-CGT
1 GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * *
42694386 AGGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* ** * *
42694435 GGT-GT AGGTGGT GGTGGT -TTACTT GGAGGT GGTGGT GGTGGT GGTGAT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * *
42694483 GGTGGA GG-CGT AGGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTGGGT GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT
* ** * * * *
42694531 GGT-TT ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT
* ** ** * *
42694579 GGTGGT GGTGGA GGTGGT GGT-GT TTTACTT GGAGGT GGTGGT GGTAGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * ** *
42694627 GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGT-TT ACTTGGA GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT
* * * * ** *
42694675 GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGT-GT TGTACTT GGAGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT
* * * **
42694723 GGAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGT -GTTTT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
** * * * *
42694770 ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGGT
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT
* ** * * * *
42694819 GGT-GT TGTACTT GGAGGT GGAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT
1 GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
** ** * * *
42694866 AGGTGGT GGTGGT -GTTTT ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG-
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* ** ** * *
42694914 CGTAGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GT TATACTT GGAGGT GGAGGT GGTGGT
1 GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * *
42694963 GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGA GGTGGA GGTGGA GGTGGT GGT-GT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
** ** * * * *
42695010 TTTACTT GGAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GG-CGT AGGTGGT GGTGGT
1 GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT
* * * * * *
42695059 GATGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * *
42695107 GG-CGT AGGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGAT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695155 GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGA GGTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT
1 GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * * *
42695203 GGAGGT -GTAGGT GGAGGT GGAGGT -GTAGGT GGAGGT GGAGGT GGAGGT
1 GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* ** ** * * *
42695251 GGAGGT GGTGGT -GTTTT ACTTGGA GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGG-
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * * *
42695298 CGTAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGAT GGTGGA GG-CGT AGGTGGT GGTGGT
1 GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT
* * * * * *
42695347 GGTGGT GATGGT GGAGG- CGTAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GG-CGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695394 AGGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGGT -GTAGGT GGTGGT GGAGGT GGAGGT
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * *
42695443 GGTGGT GATGGT GGAGGT -GTAGGT -GTAGGT GGTGGT GGTGGA GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695491 GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGGT -GTAGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695539 GGT-GT AGGTTGT GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTTGT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT
* * *
42695587 GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGA GGTGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * *
42695635 GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT -GTGGT GGAGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695682 GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGT GATGGA
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
** * *
42695730 GGT-GT ACTTGGT GGTGGT GGTGAT GGAGGT -GTAGGT GGTGGT GGTGGT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695778 GGTGAT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GGTGGT GATGGT GGTGGT GGTGGA
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * *
42695826 GGT-GT AGGTGGT GGTGGT GGTGGA GGT-GT AGGTGGT GATGGA GGT-GT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42695873 AGGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGT GGAGGT GGTGGT GATGGT GGAGGT
1 -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * ** * *
42695922 -GTAGGT GGTGGT GGTGAT GGAGGT -GTACTT GGTGGT GGTGGT GATGGA
1 GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* *
42695970 GGT-GT AGGTGGT GGTGGT GGTGGT GATGGT GGAGGT AGGTGGT GGTGGT
1 GGTGGT -GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT -GGTGGT GGTGGT
* *
42696019 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGAGGT -GTAGGT -GTAAGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGT-GGT GGT-GGT
* * * *
42696067 GGTGGT GGTGGT GGTGGA GGTGGT GGTGGT GGTGAT GATGGT GGAGGT
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT
* * * *
42696115 GGTGGT GGTGGT GGTGAT GGTGGA GGTGGA GGTGGA GGTGGT GGTGG
1 GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGGT GGTGG
42696162 AGGTCTTGGT
Statistics
Matches: 1832, Mismatches: 501, Indels: 312
0.69 0.19 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 117 0.06
6 1582 0.86
7 133 0.07
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.58, T:0.30
Consensus pattern (6 bp):
GGTGGT
Found at i:42693707 original size:57 final size:55
Alignment explanation
Indices: 42693636--42696157 Score: 1256
Period size: 57 Copynumber: 44.9 Consensus size: 55
42693626 TCTTCGGTGA
* * *
42693636 TGGAGGTGGAGGTGGTGGT-GTTGT-ACTTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGA-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
* * * *
42693690 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGG-CGTGGGTGGTGGTGGTTTACT--
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGG-TGA-TGG
* *
42693744 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGG-CGTAGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* * * * *
42693798 TGGAGGCGTGGGTGGTGGTGGT--TTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGA-GG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGA-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGT-GATGG
* * * * * * *
42693852 CGTAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGTTGTACTTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTG-A-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
* ** * * * * *
42693909 TGTTTTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGGTG-GTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGG
1 TG---GAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGG-TG-GT-GGTGGTGATGG
** ** * * *
42693969 TTTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGTTGTACT--
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGGTG-A-TGG
* * * **
42694026 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTG--AT-GG
* * * * * *
42694083 TGGAGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAG-GCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATG---G
* * * **
42694140 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTG--AT-GG
* * * * **
42694197 TGGAGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAG-GCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTATACT
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTG--AT-GG
* * *
42694254 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGTGTAGGTGGAGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGGTGATGG
*
42694311 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGT-G-G-TGGTGA--GT----G-G-AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATG
42694376 G
55 G
* * *
42694377 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGG-CGTAGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* *
42694431 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGT--TTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGA-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
* * * *
42694485 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGG-CGTGGGTGGTGGTGGTTTACT--
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGG-TGA-TGG
* * * *
42694539 TGGAGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAG-GCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGA-GG
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGT-GATGG
* * * * * * *
42694593 TGGTGGTGTTTTACTTGGAGGTGGTGGTGGT-AGTGGTGGTGATGGTGGAGG-CGTAGGTGG
1 TGGAGGTG---TA---GGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGT-GATGG
* * * *
42694653 TGGTGGTTTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGTTGTACT--
1 TGGAGGTGTA---GGTGGTGGTGGTGGTGA--GTGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGGTG-A-TGG
* * * **
42694716 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTG--AT-GG
* * * * * *
42694773 TGGAGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAG-GCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACT
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATG---G
* * * **
42694830 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGTTTTACT
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTG--AT-GG
* * * * **
42694887 TGGAGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAG-GCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTATACT
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTG--AT-GG
* * * *
42694944 TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGTGTAGGTGGAGGTGGAGGTGGA-GG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGGT-GATGG
* *
42695001 TGGTGGTGTTTTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTG
1 TGGAGGTG---TA---GGTGGTGGTGGTGGTGA--GTGGA-G-GT-GGTGGTGGT-G-G-TGGTG
42695066 ATGG
52 ATGG
* *
42695070 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-CGTAGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTA---GGTGGTGGTGGTGGTGA--GTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* *
42695130 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGT-G-GA-GG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* * * * *
42695181 TGGAGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAG-GTGTAGGTGGAGGTGGAGGTGTAGGTGGA-GG
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGG-TG-GT-GGT-GATGG
* * * ** ** *
42695238 TGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTG-TTTTACTTGGAGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
*
42695292 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGT-G-G-TGGTGA--GT----G-G-AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATG
42695357 G
55 G
* * *
42695358 TGGAGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGG-CGTAGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
*
42695412 TGGAGGTGTA---------GGTGGTG-GTGGAGGTGGAGGTGGTGGT-G--ATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
**
42695454 TGGAGGTGTAGGTGTAGGTGGTGGTG-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
*
42695508 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGT-G-G-TGGT-GA-GTGGA-G--GTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
* * * * *
42695571 TGGAGGTGTAGGTTGTGGTGGTGGTG-GTGGTGATGGTGGAGGT-GTAGGTGGTGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGT-GGTGATGG
*
42695625 TGGA-G-GT-GGTGGTGGTGGTGGTG-GT-GATGGTGGAGGT-GTAGGTGGTG-TGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGA-GGTGGTGGTGGT-GGTGGTGATGG
*
42695675 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGA---
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* *
42695726 TGGAGGTGTACTTGGTGGTGGTGGTGATGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTA---GGTGGTGGTGGTGGT-GA-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
* * * *
42695786 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGATG-GTGGTGGTGGTGGAGGT-GTAGGTGGTGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGT-GGTGATGG
* * * * *
42695840 TGGTGGTGGAGGT-GT--AGGTGGTGA-TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGA
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* * *
42695891 TGG-TG-GT-GGAGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGA---
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATGG
* *
42695939 TGGAGGTGTACTTGGTGGTGGTGGTGATGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
1 TGGAGGTGTA---GGTGGTGGTGGTGGT-GA-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
*
42695999 TGGAGGTAGGT-GGTGGTGGTGGTGGTG-GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGA-GG
1 TGGAGGT--GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGT-GATGG
* * *
42696054 TGTAGGTGTAAGTGGTGGTGGTGGTG-GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGATGATGG
1 TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
* * *
42696108 TGGAGGTGGT-GGTGGTGGTGGTGATG-GTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTG
1 TGGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTG
42696158 GTGGAGGTCT
Statistics
Matches: 1989, Mismatches: 253, Indels: 452
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
42 14 0.01
44 1 0.00
45 22 0.01
46 1 0.00
48 5 0.00
49 4 0.00
50 17 0.01
51 150 0.08
52 17 0.01
53 66 0.03
54 554 0.28
55 71 0.04
56 26 0.01
57 560 0.28
58 41 0.02
59 20 0.01
60 169 0.08
61 5 0.00
62 8 0.00
63 87 0.04
64 4 0.00
65 4 0.00
66 122 0.06
67 4 0.00
68 5 0.00
69 12 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.58, T:0.30
Consensus pattern (55 bp):
TGGAGGTGTAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGG
Found at i:42694016 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 42693979--42696161 Score: 776
Period size: 33 Copynumber: 72.3 Consensus size: 32
42693969 TTTACTTGGA
42693979 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42694012 GGTGGT-GTTGT-ACT--T----GG-AGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694036 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42694069 GGTGGT-GT-TTTACT--T----GG-AGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694093 GGT-G--GT-G--ATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* **** *
42694120 GGTGGTGGTGGTG-TTGTACTTGG-AGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694150 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42694183 GGTGGT-GT-TTTACT--TGGA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * *
42694210 GGTGATGGT-G-GA-GGCGTA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* ** * *
42694237 GGTGGTGGT-GTTATACT---TGG-AGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694264 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGA-GGT--GTAGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGT-GGT
*
42694294 GGAGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
*
42694327 GGTGGTGATGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42694360 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTA------
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42694387 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTA---GGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42694417 GGT-G-G-TGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* ** * *
42694447 GGTGGT-TTACT--TGGAGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
*
42694474 GGTGGT-G-A----TGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42694501 GGTGGTGATGGTGGAGGCGTGG-GTGGT-GGTGGTTT
1 GGTGGTGGTGGT-GATG-GTGGAG-GGTAGGTGG--T
** * * * *
42694536 ACTTGGAGGTGGTGGTGGT-GATGGT-GGAGG-
1 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * *
42694566 CGTAGGTGGTGGTGGTGGTGG-TGG-AGGTGGT
1 GGT-GGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
** ** * *
42694597 GGT-GTTTTACT--TGGAGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42694624 AGTGGTGGT-G-A-TGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42694654 GGTGGT--T--T-ACT--TGGA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42694678 GGTGATGGT-G-GA-----G-GCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42694702 GGTGGT-GTTGT-ACT--TGGA-GGT-GGAGGT
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694729 GGTGGT---GGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42694759 GGTGGT-GT-TTTACT--T----GG-AGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694783 GGT-G-----GTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* **** *
42694810 GGTGGTGGTGGTG-TTGTACTTGG-AGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
42694840 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42694873 GGTGGT-GT-TTTACT--TGGA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * *
42694900 GGTGATGGT-G-GA-GGCGTA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* ** * *
42694927 GGTGGTGGT-GTTATACT---TGG-AGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
*
42694954 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* * * * ** ** *
42694987 GGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGTTTTACTTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAG-GGTAGGTGGT
42695020 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
*
42695053 GGTGGTGATGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42695086 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* * *
42695119 GGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGT-GATG-GT-GGAGGGTAGGTGGT
* * * * *
42695152 GATGGTGGAGGTG-TAGGTGGTGGTGGAGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGAT-GGTGGAGG-GTAGGTGGT
*
42695185 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42695218 GGTGGAGGT-GT-A-GGTGGA-GGT-GGAGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * * *** ** *
42695245 GGAGGTGGAGGTGGTGGT-G-TTTTACTTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
42695275 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
*
42695308 GGTGGTGATGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42695341 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTA------
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42695368 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42695401 GGTGGTGATGGTGGA-GGTGTA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGT-GATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * * *
42695431 GGAGGTGGAGGTGGTGGT-GATGGTGGAGGT-GT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGA-GG-GTAGGTGGT
*
42695463 AGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGA-GGT-GGTGGT
1 -GGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
42695494 GGTGGT-G--GTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* * *
42695524 GGTGGTGATGGTGGA-GGTGTA-GGT-TGTGGT
1 GGTGGTGGTGGT-GATGGTGGAGGGTAGGTGGT
42695554 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTTGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTA-G--GTGGT
42695590 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* * * *
42695623 GGTGGAGGTGGTGGTGGTGG-TGGT-GGTGAT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42695653 GGTGGAGGT-GT-A-GGTGGTGTGGTGGAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAG-GGT--AGGTGGT
42695685 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* * *
42695718 GGTGGTGAT-G-GA-GGTGTACTTGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGA--GGGTAGGTGGT
* * *
42695748 GGTGATGGAGGTG-TAGGTGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGAT-GGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42695778 GGTGATGGT-G-GA-GGTGTA-GGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42695805 GGTGATGGTGGTGGTGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* *
42695838 GGTGGTGGT-G-GA-GGTGTA-GGT-GGTGAT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * *
42695865 GGAGGT-GTAGGTGGTGGTGG-TGGTGATGGTGGT
1 GGTGGTGGT-GGTGATGGTGGAGGGT-A-GGTGGT
*
42695898 GGAGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGTAGGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
* * *
42695931 GGTGGTGAT-G-GA-GGTGTACTTGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGA--GGGTAGGTGGT
* * *
42695961 GGTGATGGAGGTG-TAGGTGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGAT-GGTGGAGGGTAGGTGGT
* * * *
42695991 GGTGATGGTGGAGGTAGGTGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGTGGTGGTGAT-GGTGGAGGGTAGGTGGT
* * *
42696022 GGTGGTGGTGGTGGTGGTGG-TGGT-GGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
* *
42696052 GGT-GTAGGT-GTAAGTGGTGG-TGGT-GGTGGT
1 GGTGGT-GGTGGTGA-TGGTGGAGGGTAGGTGGT
* * * *
42696082 GGAGGTGGTGGTGGTGGTGATGATGGT-GGAGGT
1 GGTGGTGGTGGTGATGGTG--GAGGGTAGGTGGT
* *
42696115 GGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGGAGGTGGA
1 GGTGGT-G--GTGGTGATGGTGGAGG-GTAGGTGGT
42696151 GGTGGTGGTGG
1 GGTGGTGGTGG
42696162 AGGTCTTGGT
Statistics
Matches: 1664, Mismatches: 246, Indels: 480
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.00
20 3 0.00
21 2 0.00
22 2 0.00
23 7 0.00
24 61 0.04
25 16 0.01
26 14 0.01
27 311 0.19
28 44 0.03
29 40 0.02
30 366 0.22
31 91 0.05
32 70 0.04
33 518 0.31
34 30 0.02
35 24 0.01
36 63 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.58, T:0.30
Consensus pattern (32 bp):
GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGGTAGGTGGT
Found at i:42695049 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 42694263--42696157 Score: 1159
Period size: 27 Copynumber: 69.5 Consensus size: 27
42694253 TTGGAGGTGG
42694263 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694290 AGGTGGAGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGT---GGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694320 AGGTGGTGGTGGTGATGGT-GATGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGA-GGTGT
* *
42694347 AGGCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGG
1 A-G-GT-GGTGGTGGTGATGGT-G-GA-GGTGT
* * *
42694380 AGG-CGTAGGTGGTGGTGGT-GATGGTGG
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGA-GGTGT
42694407 AGGCGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 A-G-GT-GGTG---GTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694440 AGGTGGTGGTGGTTTACT--TGGAGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGG-TGA-TGGTGGAGGT-GT
*
42694468 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694494 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* ** *
42694521 GGGTGGTGGTGGT--T--T--ACTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694542 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694569 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGA-G-GT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* * * *
42694594 -GGTGGT-GT-TTTACTTGGAGGTGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGA--TGGTGGAGGT-GT
* *
42694621 -GGTAGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
** *
42694647 AGGTGGTGGTGGT--T--T--ACTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694668 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* * *
42694695 AGGTGGTGGTGGTGTTGTACTTGGAGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATG---GTGGAGGTGT
42694725 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
** ** *
42694752 AGGTGGTGGTGGTG-T--TTTACTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694776 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* *
42694803 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTACTTGGAGGTGG
1 A---GGTGGTGGTGGTGATG--G----TGGAGGTGT
42694839 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
** ** *
42694866 AGGTGGTGGTGGTG-T--TTTACTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694890 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* *
42694917 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTATACTTGGAGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGAT-G-G-------TGGAGGTGT
42694953 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42694980 AGGTGGAGGT-G-GA-GGTGGA-G-GT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* *
42695002 -GGTGGT-GT-TTTACT--TGGAGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGA-TGGTGGAGGT-GT
* * *
42695026 -GGTGGTGATGGTGGA-GGCGTAGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGT-GATGGTGGAGGT-GT
* *
42695053 -GGTGGTGATGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695079 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 A------GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695112 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
42695139 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
42695166 AGGTGGTGGT-G-GA-GGTGGAGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
* * *
42695191 -GGTGGTGATGGTGGA-GGTGTAGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGT-GATGGTGGAGGTGT
* *
42695217 AGGTGGAGGT-GT-A-GGTGGAGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* * * ** *
42695241 AGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGTTTTACTTGG
1 AGGT---GGTGGTGGTGATGGTG---GAGGTGT
*
42695274 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGCGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695301 AGGTGGTGGTGGTGATGGT-GATGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGA-GGTGT
* *
42695328 AGGCGTAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGG
1 A-G-GT-GGTGGTGGTGATGGT-G-GA-GGTGT
* * *
42695361 AGG-CGTAGGTGGTGGTGGT-GATGGTGG
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGA-GGTGT
* * *
42695388 AGG-CGTAGGTGGTGGTGGT-GATGGTGG
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGA-GGTGT
*
42695415 AGGT-GTAGGT-G-G-TGGTGGAGGTGG
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAGGTGT
42695439 AGGTG---GTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695463 AGGTG-TAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGT
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
42695491 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
42695517 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* * *
42695544 AGGTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGT-G-GA-GGTGT
* * *
42695574 AGGT-GTAGGTTGTGGTGGTGGTGGTGGT
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
* * * *
42695602 -GATGGTGGAGGTG-TAGGTGGTGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGAT-GGTGGAGGTGT
* *
42695628 AGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGT-G-GA-GGTGT
42695658 AGGT-GTAGGTGGTG-TGGTGGAGGTGGT
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
42695685 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
42695711 AGGTGGTGGTGGTGA---TGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695735 ACTTGGTGGTGGTGGTGATGGAGGTGTAGGTGGT
1 A---GGTGGTGGTGGTGAT---GGTGGAGGT-GT
42695769 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695795 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
* * * *
42695823 -GGAGGT-GTAGGTGGTGGTGGTGGTGG
1 AGGTGGTGGT-GGTGATGGTGGAGGTGT
42695849 AGGT-GTAGGTGGTGA---TGGAGGTGT
1 AGGTGGT-GGTGGTGATGGTGGAGGTGT
* * *
42695873 AGGTGGTGGTGGTGGTGATGG-TG-GT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695898 -GGAGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
42695924 AGGTGGTGGTGGTGA---TGGAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42695948 ACTTGGTGGTGGTGGTGATGGAGGTGTAGGTGGT
1 A---GGTGGTGGTGGTGAT---GGTGGAGGT-GT
42695982 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTAGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGT--GT
* *
42696010 -GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
*
42696037 -GGTGGTGGTGGTGGA-GGTGTAGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGT-GATGGTGGAGGTGT
* *
42696063 AAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
*
42696091 -GGTGGTGGTGATGATGGTGGAGGTGGT
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGT-GT
*
42696118 -GGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
*
42696144 AGGTGGAGGTGGTG
1 AGGTGGTGGTGGTG
42696158 GTGGAGGTCT
Statistics
Matches: 1519, Mismatches: 168, Indels: 362
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.00
21 41 0.03
22 5 0.00
23 8 0.01
24 177 0.12
25 26 0.02
26 57 0.04
27 776 0.51
28 55 0.04
29 25 0.02
30 204 0.13
31 7 0.00
32 4 0.00
33 94 0.06
34 7 0.00
35 1 0.00
36 30 0.02
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.58, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AGGTGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGT
Found at i:42697129 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42697117--42697175 Score: 109
Period size: 2 Copynumber: 29.5 Consensus size: 2
42697107 TATTTGCATG
*
42697117 TA TA CA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
42697159 TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA T
42697176 GTGTGTGTAC
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 55 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:42697769 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 42697717--42697773 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
42697707 GCATAATTTT
*
42697717 AAAAAATATCCATATTTATATA
1 AAAAAATATTCATATTTATATA
* *
42697739 ATTAAAATATTCATATTTTATGCTA
1 A-AAAAATATTCATA-TTTAT-ATA
42697764 AAAAAATATT
1 AAAAAATATT
42697774 TTTATTAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 4
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.04
23 11 0.39
24 13 0.46
25 3 0.11
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
AAAAAATATTCATATTTATATA
Found at i:42700643 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 42700620--42700737 Score: 80
Period size: 20 Copynumber: 5.9 Consensus size: 20
42700610 GACAAGTTAG
*
42700620 AAATTTTAGAAATATCGGTA
1 AAATTTTAGAAATATTGGTA
*
42700640 AAATTTTA-AAATTGTTGGTA
1 AAATTTTAGAAA-TATTGGTA
* * *
42700660 AAGTCTTATAAATATTGGTA
1 AAATTTTAGAAATATTGGTA
* * *
42700680 AACTTTTAGAAATTTTGAT-
1 AAATTTTAGAAATATTGGTA
* * * *
42700699 AAATCGTTAGATATTTTGCT-
1 AAAT-TTTAGAAATATTGGTA
42700719 AAATCTTTAGAAATATTGG
1 AAAT-TTTAGAAATATTGG
42700738 GAATAGTTAG
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 18, Indels: 6
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.08
20 68 0.88
21 3 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
AAATTTTAGAAATATTGGTA
Found at i:42700787 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 42700654--42700795 Score: 96
Period size: 20 Copynumber: 7.2 Consensus size: 20
42700644 TTTAAAATTG
42700654 TTGGTAAAGTCTTATA-A-ATA
1 TTGGTAAA-TCTT-TAGATATA
* *
42700674 TTGGTAAA-CTTTTAGAAATT
1 TTGGTAAATC-TTTAGATATA
* * *
42700694 TTGATAAATCGTTAGATATT
1 TTGGTAAATCTTTAGATATA
* *
42700714 TTGCTAAATCTTTAGAAATA
1 TTGGTAAATCTTTAGATATA
* **
42700734 TTGG-GAATAGTTAGATATA
1 TTGGTAAATCTTTAGATATA
** * *
42700753 TTAATAAGTCCTTAGATATA
1 TTGGTAAATCTTTAGATATA
42700773 TTGGTAAATCTTTAGATAT-
1 TTGGTAAATCTTTAGATATA
42700792 TTGG
1 TTGG
42700796 GTGAAGTCAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 23, Indels: 11
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.03
19 20 0.21
20 70 0.74
21 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.16, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TTGGTAAATCTTTAGATATA
Found at i:42700889 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 42700830--42700891 Score: 70
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
42700820 TTGGTAAATC
*
42700830 TTAGATATTTTGCTAATTCT
1 TTAGATATTTTGCTAATT-G
* *
42700850 TTAGAAATATTGCTAAATTG
1 TTAGATATTTTGCT-AATTG
*
42700870 TTAGATATTTTGGTAATTG
1 TTAGATATTTTGCTAATTG
42700889 TTA
1 TTA
42700892 AGTCTTGGTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 3
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.23
20 23 0.66
21 4 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.15, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
TTAGATATTTTGCTAATTG
Found at i:42700988 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 42700965--42701032 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
42700955 GATAAAAATT
42700965 TTGGTAAATCGTTAGATATA
1 TTGGTAAATC-TTAGATATA
* *
42700985 TTGGTAAGATCTTAGAAAGA
1 TTGGTAA-ATCTTAGATATA
*
42701005 TTGGTAAATCATTAGATATT
1 TTGGTAAATC-TTAGATATA
42701025 TTGGTAAA
1 TTGGTAAA
42701033 GTTATAGAAC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 4
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.07
20 35 0.85
21 3 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TTGGTAAATCTTAGATATA
Found at i:42717476 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 42717422--42717477 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
42717412 TATATTATTT
*
42717422 TTATTTTATTTTATGAATTTTTTA
1 TTATTTTATTTTATGAATTTTTAA
42717446 TATATTATTATTTTAT-AATTTTTAAA
1 T-TATT-TTATTTTATGAATTTTT-AA
42717472 TTATTT
1 TTATTT
42717478 ATTGAAGTGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
24 2 0.07
25 15 0.54
26 11 0.39
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.02, T:0.68
Consensus pattern (24 bp):
TTATTTTATTTTATGAATTTTTAA
Found at i:42717480 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 42717423--42717470 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
42717413 ATATTATTTT
*
42717423 TATT-TTATTTTATGAATTTTTTATA
1 TATTATTATTTTATGAATTTTTAATA
42717448 TATTATTATTTTAT-AATTTTTAA
1 TATTATTATTTTATGAATTTTTAA
42717471 ATTATTTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 12 0.57
26 9 0.43
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.02, T:0.67
Consensus pattern (26 bp):
TATTATTATTTTATGAATTTTTAATA
Found at i:42731437 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 42731429--42731461 Score: 66
Period size: 3 Copynumber: 11.0 Consensus size: 3
42731419 AGCTTTTGTA
42731429 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT
42731462 CGCACACCTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 30 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:42731892 original size:225 final size:216
Alignment explanation
Indices: 42731492--42732135 Score: 721
Period size: 225 Copynumber: 3.0 Consensus size: 216
42731482 GGCTCTTGCA
* * * * * *
42731492 TTTTACTATGTTCAATGGTTTCAGCCACAGTAGCAACTGCATCAATTCCGTCCTTATTCTTCCTC
1 TTTTACTATGTTCAAGGGTTTCAGTCACAGTAGCAACTGCATCAATCCCATCCTT-GTCTTCTTC
* * * * *
42731557 TTGTGTTTATCTTTCCTAA-CCTTTCTTGCTTCCCCATTGCTCCCCAAATTCACCACCTTGCTAC
65 TTGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTT-TTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCTTGCTAC
* * * *
42731621 TTTGTTTTTCTGCATTCACTTTTCCACCTAAATAAGTTTCCATTGAAATCTCTTCAACCACATCT
129 TTTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCTAAACAAGTTTCCATTGAAATCTCTTCAACCACATCT
42731686 TTACTTTTCTTATGCGCCTTTGGAGATTCC
194 TTACTTTTCTTAT--GCC-----AGATTCC
* * * *
42731716 TCTTTACTATGTTCAAGGGTTACAGTCACAGTACCAACTGCATTAATCCCATTCTTGTCCTTCTT
1 T-TTTACTATGTTCAAGGGTTTCAGTCACAGTAGCAACTGCATCAATCCCATCCTTGT-CTTCTT
* * *
42731781 CTTGTGTTTATCTTTCCCGACCCTTTTTGCTTCCCCGTTGTTCTCCAAGTTCATCGCCTTGCTAC
64 CTTGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCTTGCTAC
** * * * *
42731846 TTTCTTGTTCTGTGTTCTTTTTTCCACCTAAACAATTTTGCATTGAAATCTCTTTAACCACATCT
129 TTTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCTAAACAAGTTTCCATTGAAATCTCTTCAACCACATCT
42731911 TTACTTTTC---T--CAGATTCC
194 TTACTTTTCTTATGCCAGATTCC
** ** * *
42731929 TTCTTACTATGTTTGAGGGTTTCAGTCACAGTAGCAACTGCATGGATCTCATCCCTG--TTCTTC
1 TT-TTACTATGTTCAAGGGTTTCAGTCACAGTAGCAACTGCATCAATCCCATCCTTGTCTTCTTC
* * **
42731992 TTTTGTTTGTCTTTCTTAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCTTGCTACT
65 TTGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCTTGCTACT
* * **
42732057 TTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCGACCCAAACAAGTTTCCATT-AGAATCTCTTCAACTGCATCT
130 TTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCTAAACAAGTTTCCATTGA-AATCTCTTCAACCACATCT
*
42732121 TTACTTGTCTTATGC
194 TTACTTTTCTTATGC
42732136 TTTTTATGAG
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 55, Indels: 29
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.00
210 124 0.35
212 1 0.00
213 54 0.15
218 1 0.00
222 1 0.00
224 2 0.01
225 166 0.47
226 5 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.28, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (216 bp):
TTTTACTATGTTCAAGGGTTTCAGTCACAGTAGCAACTGCATCAATCCCATCCTTGTCTTCTTCT
TGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCTTGCTACTT
TCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCTAAACAAGTTTCCATTGAAATCTCTTCAACCACATCTTT
ACTTTTCTTATGCCAGATTCC
Found at i:42732108 original size:210 final size:211
Alignment explanation
Indices: 42731709--42732126 Score: 545
Period size: 210 Copynumber: 2.0 Consensus size: 211
42731699 GCGCCTTTGG
* * *
42731709 AGATTCCTCTTTACTATGTTCAAGGGTTACAGTCACAGTACCAACTGCATTAATCCCATTCTTGT
1 AGATTCCTCTTTACTATGTTCAAGGGTTACAGTCACAGTACCAACTGCATGAATCCCATCCCTG-
* * *
42731774 CCTTCTTCTTGTGTTTATCTTTCCCGACCCTTTTTGCTTCCCCGTTGTTCTCCAAGTTCATCGCC
65 -CTTCTTCTTGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACC
** * * * * *
42731839 TTGCTACTTTCTTGTTCTGTGTTCTTTTTTCCACCTAAACAATTTTGCATTGAAATCTCTTTAAC
129 TTGCTACTTTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCCAAACAAGTTTCCATTGAAATCTCTTCAAC
42731904 CACATCTTTACTTTTCTC
194 CACATCTTTACTTTTCTC
** * * * *
42731922 AGATTCCT-TCTTACTATGTTTGAGGGTTTCAGTCACAGTAGCAACTGCATGGATCTCATCCCTG
1 AGATTCCTCT-TTACTATGTTCAAGGGTTACAGTCACAGTACCAACTGCATGAATCCCATCCCTG
* * **
42731986 -TTCTTCTTTTGTTTGTCTTTCTTAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCT
65 CTTCTTCTTGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCT
*
42732050 TGCTACTTTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCGACCCAAACAAGTTTCCATT-AGAATCTCTTCAAC
130 TGCTACTTTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCCAAACAAGTTTCCATTGA-AATCTCTTCAAC
**
42732114 TGCATCTTTACTT
194 CACATCTTTACTT
42732127 GTCTTATGCT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 26, Indels: 7
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.01
210 122 0.69
212 1 0.01
213 53 0.30
ACGTcount: A:0.18, C:0.27, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (211 bp):
AGATTCCTCTTTACTATGTTCAAGGGTTACAGTCACAGTACCAACTGCATGAATCCCATCCCTGC
TTCTTCTTGTGTTTATCTTTCCCAACCCTTTTTGCTTCCCCATTGTTCTCCAAGTTCATCACCTT
GCTACTTTCTTGTTCTGCATTCTCTTTTCCACCCAAACAAGTTTCCATTGAAATCTCTTCAACCA
CATCTTTACTTTTCTC
Found at i:42733859 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 42733822--42733854 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
42733812 ATACTATTAG
*
42733822 TATTTT-ATTTATT
1 TATTTTGATATATT
42733835 TATTTTGATATATT
1 TATTTTGATATATT
42733849 TATTTT
1 TATTTT
42733855 CTATAAATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.33
14 12 0.67
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.03, T:0.73
Consensus pattern (14 bp):
TATTTTGATATATT
Found at i:42738674 original size:12 final size:14
Alignment explanation
Indices: 42738637--42738675 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
42738627 ATGTTTAAGT
42738637 TATATAT-ATA-TA
1 TATATATAATATTA
42738649 TATATATAATATTA
1 TATATATAATATTA
42738663 TAT-TATAA-ATTA
1 TATATATAATATTA
42738675 T
1 T
42738676 TTTTAGGTTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
12 12 0.48
13 8 0.32
14 5 0.20
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (14 bp):
TATATATAATATTA
Found at i:42741473 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42741438--42741485 Score: 78
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
42741428 AGTCAAATTA
* *
42741438 TATTTTACTAAAAATAGATAAAT
1 TATTATACAAAAAATAGATAAAT
42741461 TATTATACAAAAAATAGATAAAT
1 TATTATACAAAAAATAGATAAAT
42741484 TA
1 TA
42741486 ATCTATGTAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.04, G:0.04, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
TATTATACAAAAAATAGATAAAT
Found at i:42746941 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 42746918--42746952 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
42746908 GTAAATGGAT
*
42746918 TTTTTTGTTAAAAAATTA
1 TTTTTTCTTAAAAAATTA
*
42746936 TTTTTTCTTTAAAAATT
1 TTTTTTCTTAAAAAATT
42746953 TTGTTTTATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.03, T:0.60
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTCTTAAAAAATTA
Found at i:42752533 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 42752509--42752538 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
42752499 TCTATCTGAC
*
42752509 AATGTTTCTTACCCA
1 AATGTCTCTTACCCA
42752524 AATGTCTCTTACCCA
1 AATGTCTCTTACCCA
42752539 GCTCACTGAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (15 bp):
AATGTCTCTTACCCA
Found at i:42755034 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 42754998--42755049 Score: 104
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
42754988 ACTGGCAGTA
42754998 AGAGTTTTCATTCTTTCTCATTTCTT
1 AGAGTTTTCATTCTTTCTCATTTCTT
42755024 AGAGTTTTCATTCTTTCTCATTTCTT
1 AGAGTTTTCATTCTTTCTCATTTCTT
42755050 CTTTTTATTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.19, G:0.08, T:0.58
Consensus pattern (26 bp):
AGAGTTTTCATTCTTTCTCATTTCTT
Found at i:42761765 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 42761739--42761784 Score: 92
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
42761729 TCCTTTTTTC
42761739 AAAGTTTGGTCGGTGAGCTTT
1 AAAGTTTGGTCGGTGAGCTTT
42761760 AAAGTTTGGTCGGTGAGCTTT
1 AAAGTTTGGTCGGTGAGCTTT
42761781 AAAG
1 AAAG
42761785 ATGATTTGAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.33, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
AAAGTTTGGTCGGTGAGCTTT
Found at i:42774590 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42774583--42774636 Score: 108
Period size: 2 Copynumber: 27.0 Consensus size: 2
42774573 TCCTCTTTGA
42774583 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
42774625 AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT
42774637 GCTAAATAAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 52 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:42779186 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 42779161--42779198 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.4 Consensus size: 11
42779151 TGCTGTTTTT
42779161 TTTTGGTTGT-
1 TTTTGGTTGTG
42779171 TTTTGGTGTGTG
1 TTTTGGT-TGTG
42779183 TTTTGGTTGTTG
1 TTTTGGTTG-TG
42779195 TTTT
1 TTTT
42779199 AATGTTGTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.28
11 5 0.20
12 13 0.52
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.32, T:0.68
Consensus pattern (11 bp):
TTTTGGTTGTG
Found at i:42779211 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42779154--42779220 Score: 55
Period size: 22 Copynumber: 2.9 Consensus size: 23
42779144 ATTATATTGC
* **
42779154 TGTTTTTTTTTGGTTGTTTTTGG
1 TGTTGTTTTTTGGTTGTTTTTAA
*
42779177 TG-TGTGTTTTGGTTGTTGTTTTAA
1 TGTTGTTTTTTGGTTG-T-TTTTAA
**
42779201 TGTTGTTTTTTTATTGTTTT
1 TGTTGTTTTTTGGTTGTTTT
42779221 GGTGCTGCTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 6
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 11 0.32
23 6 0.18
24 7 0.21
25 10 0.29
ACGTcount: A:0.04, C:0.00, G:0.24, T:0.72
Consensus pattern (23 bp):
TGTTGTTTTTTGGTTGTTTTTAA
Found at i:42779223 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 42779181--42779254 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
42779171 TTTTGGTGTG
* *
42779181 TGTTTTGGTTGTTG-TTTTAATGTTGTTTTTTTAT
1 TGTTTTGG-TGCTGCTTTTAATGTTATTTTTTTAT
* *
42779215 TGTTTTGGTGCTGCTTTTACTGTTATTTTTTTGT
1 TGTTTTGGTGCTGCTTTTAATGTTATTTTTTTAT
42779249 TGTTTT
1 TGTTTT
42779255 TGCTACTATT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 4 0.11
34 31 0.89
ACGTcount: A:0.07, C:0.04, G:0.20, T:0.69
Consensus pattern (34 bp):
TGTTTTGGTGCTGCTTTTAATGTTATTTTTTTAT
Found at i:42779289 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 42779273--42779309 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 3.4 Consensus size: 11
42779263 TTTTTCTTGT
42779273 TTTTGCTGTTA
1 TTTTGCTGTTA
42779284 TTTTGCTGTTA
1 TTTTGCTGTTA
* *
42779295 TTTTGTTGTTG
1 TTTTGCTGTTA
42779306 TTTT
1 TTTT
42779310 TGCTATTCGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 24 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.05, G:0.19, T:0.70
Consensus pattern (11 bp):
TTTTGCTGTTA
Found at i:42779293 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 42779243--42779293 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
42779233 ACTGTTATTT
*
42779243 TTTTGTTGTTTTTGCTACTA
1 TTTTGCTGTTTTTGCTACTA
* **
42779263 TTTTTCTTGTTTTTGCTGTTA
1 TTTTGC-TGTTTTTGCTACTA
42779284 TTTTGCTGTT
1 TTTTGCTGTT
42779294 ATTTTGTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 2
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.32
21 17 0.68
ACGTcount: A:0.06, C:0.10, G:0.16, T:0.69
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGCTGTTTTTGCTACTA
Found at i:42779476 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 42779448--42779494 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
42779438 TATAAAGAAT
42779448 TTTTAATGTAT-TTTTAATTGTTTA
1 TTTTAATGTATGTTTTAA-TGTTTA
*
42779472 TTTTAATGTTTGTTTTAATGTTT
1 TTTTAATGTATGTTTTAATGTTT
42779495 TAAGTGTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.71
25 6 0.29
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.11, T:0.68
Consensus pattern (24 bp):
TTTTAATGTATGTTTTAATGTTTA
Found at i:42779481 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 42779447--42779495 Score: 62
Period size: 12 Copynumber: 4.2 Consensus size: 11
42779437 ATATAAAGAA
*
42779447 TTTTTAATGTA
1 TTTTTAATGTT
42779458 TTTTTAATTGTT
1 TTTTTAA-TGTT
42779470 TATTTTAATGTT
1 T-TTTTAATGTT
42779482 TGTTTTAATGTT
1 T-TTTTAATGTT
42779494 TT
1 TT
42779496 AAGTGTATTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.24
12 20 0.59
13 6 0.18
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.10, T:0.69
Consensus pattern (11 bp):
TTTTTAATGTT
Found at i:42816805 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 42816774--42816807 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
42816764 ATCCAAGTTG
*
42816774 TTGGAGGAACAAAGTTAT
1 TTGGAAGAACAAAGTTAT
42816792 TTGGAAGAAC-AAGTTA
1 TTGGAAGAACAAAGTTA
42816808 GGGATGGGGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
TTGGAAGAACAAAGTTAT
Found at i:42817652 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42817645--42817679 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
42817635 TGGTTTAAGT
* *
42817645 TG TG TG TG TG TG TA TG TG TG TG TA TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
42817680 TTTATCTCTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.00, G:0.43, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:42817664 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 42817649--42817677 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 2.9 Consensus size: 10
42817639 TTAAGTTGTG
42817649 TGTGTGTGTA
1 TGTGTGTGTA
42817659 TGTGTGTGTA
1 TGTGTGTGTA
42817669 TGTGTGTGT
1 TGTGTGTGT
42817678 GTTTTATCTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 19 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.41, T:0.52
Consensus pattern (10 bp):
TGTGTGTGTA
Found at i:42817806 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42817799--42817857 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 30.5 Consensus size: 2
42817789 ATCCTACATT
* * * *
42817799 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TT TA TT TA T- TA AA TGC TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA
42817840 T- TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
42817858 TCCATGTATC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 8
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
1 3 0.07
2 41 0.91
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:42818484 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42818477--42818509 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
42818467 AGACATGAGT
42818477 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
42818510 TGTCCCTTGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:42824809 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 42824725--42824810 Score: 102
Period size: 40 Copynumber: 2.1 Consensus size: 40
42824715 TTTGGTCACT
* * *
42824725 AAATTTAAAAATATTATAAAATAGTCTATAAACCATTAGT
1 AAATTTAAAAATATTACAAAATAATCTATAAACCATTAGA
* * *
42824765 AAATTTAAATATATTACAAAATAAT-TATTAAATCATTTGA
1 AAATTTAAAAATATTACAAAATAATCTA-TAAACCATTAGA
42824805 AAATTT
1 AAATTT
42824811 TCATTTAAGT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 2
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.05
40 37 0.95
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (40 bp):
AAATTTAAAAATATTACAAAATAATCTATAAACCATTAGA
Found at i:42843073 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 42843063--42843096 Score: 50
Period size: 1 Copynumber: 34.0 Consensus size: 1
42843053 TAAACGACTG
* *
42843063 AAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
42843097 CGTACCGATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 29 1.00
ACGTcount: A:0.94, C:0.00, G:0.06, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Found at i:42845631 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 42845611--42845654 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
42845601 TCTCTCTTGA
*
42845611 TCTTTAACTTTCCATCT
1 TCTTTAACTTT-CATAT
42845628 TCTTTAATCTTTCATAT
1 TCTTTAA-CTTTCATAT
42845645 TCTTGTAACT
1 TCTT-TAACT
42845655 ATTTTTTCCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.71
18 7 0.29
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
TCTTTAACTTTCATAT
Found at i:42845637 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42845593--42845639 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
42845583 TGAATGTTCA
*
42845593 AACTTTCATCTCTCTTGATCTTT
1 AACTTTCATCTCTCTTAATCTTT
42845616 AACTTTCCATCT-TCTTTAATCTTT
1 AACTTT-CATCTCTC-TTAATCTTT
42845640 CATATTCTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.38
24 13 0.62
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (23 bp):
AACTTTCATCTCTCTTAATCTTT
Found at i:42847223 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 42847171--42847232 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
42847161 TAGAGTAATA
* *
42847171 AGAGTTTGACTCAAACAAATAAC
1 AGAGTTTAACTGAAACAAATAAC
*
42847194 AGAGTTTAATTGAAACAAATAAAC
1 AGAGTTTAACTGAAACAAAT-AAC
42847218 AGAGTTTAACTGAAA
1 AGAGTTTAACTGAAA
42847233 GATTATTTCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.50
24 17 0.50
ACGTcount: A:0.50, C:0.11, G:0.15, T:0.24
Consensus pattern (23 bp):
AGAGTTTAACTGAAACAAATAAC
Found at i:42851186 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 42851165--42851197 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
42851155 GCAACTACTT
42851165 TTATGTTCTTGATTAG
1 TTATGTTCTTGATTAG
42851181 TTATGTTCTTGATTAG
1 TTATGTTCTTGATTAG
42851197 T
1 T
42851198 CTGACAATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.06, G:0.18, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TTATGTTCTTGATTAG
Found at i:42855655 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 42855622--42855655 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
42855612 TTTTAAATTG
* *
42855622 TGTAACTTGTTCTTTTT
1 TGTAACTTGTGCATTTT
42855639 TGTAACTTGTGCATTTT
1 TGTAACTTGTGCATTTT
42855656 GTTACTAGCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.12, G:0.15, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
TGTAACTTGTGCATTTT
Found at i:42866902 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 42866875--42866925 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
42866865 AGTTTGACTC
*
42866875 AAACAAATAAACAGAGCTTAATTG
1 AAACAAATAAACAGAGCTTAACTG
* *
42866899 AAACAATTAAACAGAGTTTAACTG
1 AAACAAATAAACAGAGCTTAACTG
42866923 AAA
1 AAA
42866926 GATTATTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.12, G:0.12, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
AAACAAATAAACAGAGCTTAACTG
Found at i:42887338 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 42887103--42887489 Score: 557
Period size: 130 Copynumber: 3.0 Consensus size: 130
42887093 TAGGAATAAC
* * *
42887103 ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTCTGCAATTCATTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
1 ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTCTGTAATCCACTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
* * * * *
42887168 ACTTACCTTTCTTACAACACAAAAGAACGTCTAAAATTTTTGAACCATTAATAGTAGCCAAATAT
66 ACTGACCTTTCTTACAGCACAAAGGAACGTCCAAAGTTTTTGAACCATTAATAGTAGCCAAATAT
42887233 ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTCTGTAATCCACTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
1 ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTCTGTAATCCACTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
** * *
42887298 ACTGGTCTTTCTTACAGCACAAAGGAACGTCCAAAGTTTTTGAACCATTAATAATAGCC-AA-AC
66 ACTGACCTTTCTTACAGCACAAAGGAACGTCCAAAGTTTTTGAACCATTAATAGTAGCCAAATAT
* *
42887361 ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTTTGTAATCTACTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
1 ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTCTGTAATCCACTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
* * * * * *
42887426 AGTGACCTGTT-TTAAAGCATAAAGGAACGTCCAAAGCTTCTGAA-CATTAATGGTAGCCAAATA
66 ACTGACCT-TTCTTACAGCACAAAGGAACGTCCAAAGTTTTTGAACCATTAATAGTAGCCAAATA
42887489 T
130 T
42887490 TTGCATATCT
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 24, Indels: 7
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
127 12 0.05
128 100 0.43
129 5 0.02
130 113 0.49
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (130 bp):
ATATATTTGTTAAATCACAATGCATGTCTTCTGTAATCCACTGTTAAATTACTATGATTTGTATC
ACTGACCTTTCTTACAGCACAAAGGAACGTCCAAAGTTTTTGAACCATTAATAGTAGCCAAATAT
Found at i:42914540 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 42914507--42914533 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
42914497 TTCTGACACG
42914507 TATTTTTTTT
1 TATTTTTTTT
42914517 TATTTTTTTT
1 TATTTTTTTT
42914527 TATTTTT
1 TATTTTT
42914534 ATATATTAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.00, G:0.00, T:0.89
Consensus pattern (10 bp):
TATTTTTTTT
Found at i:42915292 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 42915219--42915293 Score: 105
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 25
42915209 AAAAATATTT
*
42915219 AAAATTTTATATTAATTTTTTATAACA
1 AAAATTTTAT-TTAA-TTTTTATAAAA
42915246 AAAATTTTATTTAATTTTTATAAAA
1 AAAATTTTATTTAATTTTTATAAAA
42915271 AAATTATTTTATTTAATTTTTAT
1 AAA--ATTTTATTTAATTTTTAT
42915294 CACTTATCAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 4
0.90 0.02 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 13 0.29
26 4 0.09
27 28 0.62
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (25 bp):
AAAATTTTATTTAATTTTTATAAAA
Found at i:42919255 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 42919237--42919286 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 3.9 Consensus size: 12
42919227 TAACCCAAAC
42919237 TTTTCAAAAGTAT
1 TTTTCAAAA-TAT
42919250 TTTTCAAAATCAT
1 TTTTCAAAAT-AT
42919263 TTTTCTAAAATACT
1 TTTTC-AAAATA-T
42919277 TTTT-AAAATA
1 TTTTCAAAATA
42919287 ACTTCTCAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 7
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.21
13 17 0.50
14 10 0.29
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
TTTTCAAAATAT
Found at i:42929428 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 42929403--42929447 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
42929393 ATAGCGAAAT
* *
42929403 AGTAGCAAAATAACAACATAAC
1 AGTAACAAAACAACAACATAAC
42929425 AGTAACAAAACAACAACATAAC
1 AGTAACAAAACAACAACATAAC
42929447 A
1 A
42929448 ACAACAAACA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.20, G:0.07, T:0.11
Consensus pattern (22 bp):
AGTAACAAAACAACAACATAAC
Found at i:42929453 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 42929408--42929471 Score: 71
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
42929398 GAAATAGTAG
* **
42929408 CAAAATAACAACATAACAGTAA
1 CAAAACAACAACATAACAACAA
42929430 CAAAACAACAACATAACAACAA
1 CAAAACAACAACATAACAACAA
42929452 C-AAACAA-AAGCA-AACAACAA
1 CAAAACAACAA-CATAACAACAA
42929472 TAGGTTTTTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 4
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.26
21 8 0.21
22 20 0.53
ACGTcount: A:0.67, C:0.23, G:0.03, T:0.06
Consensus pattern (22 bp):
CAAAACAACAACATAACAACAA
Found at i:42931944 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42931937--42931970 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
42931927 AACTAACTGG
42931937 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
42931971 CTTGGAGCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
GA
Found at i:42933858 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 42933808--42933869 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 3.9 Consensus size: 16
42933798 TGGTAGAGTA
*
42933808 GAATGAAAATTAGAAG
1 GAATGAAAAATAGAAG
* *
42933824 G-ATGAAAAATTGAGG
1 GAATGAAAAATAGAAG
*
42933839 GAATAGAAAACTAGAAG
1 GAAT-GAAAAATAGAAG
*
42933856 GAA-GAAAAACAGAA
1 GAATGAAAAATAGAA
42933870 TTTTTCTTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 8, Indels: 5
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 21 0.58
16 3 0.08
17 12 0.33
ACGTcount: A:0.58, C:0.03, G:0.26, T:0.13
Consensus pattern (16 bp):
GAATGAAAAATAGAAG
Found at i:42938889 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 42938852--42938889 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
42938842 AATTAAAACA
* *
42938852 AAAAAATAATTTTTGTGT
1 AAAAAATAATTTTTATAT
42938870 AAAAAAT-ATTTTTATAT
1 AAAAAATAATTTTTATAT
42938887 AAA
1 AAA
42938890 TTAATTGTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.61
18 7 0.39
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
AAAAAATAATTTTTATAT
Found at i:42941895 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 42941851--42941897 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
42941841 ATAAGAAAAT
42941851 ACCCAAAACCTTTAA
1 ACCCAAAACCTTTAA
* *
42941866 TCCAATAAACCTTTAA
1 ACCCA-AAACCTTTAA
*
42941882 ACCCAAACCCTTTAA
1 ACCCAAAACCTTTAA
42941897 A
1 A
42941898 AATCTTTAAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 2
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.50
16 13 0.50
ACGTcount: A:0.45, C:0.32, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (15 bp):
ACCCAAAACCTTTAA
Done.