Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42061019
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 2000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 84 of 135
Found at i:26029435 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 26029390--26029462 Score: 96
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
26029380 AAATTTGTAC
*
26029390 TTTGACCCT-CAAACTTCTTAAAAATTACA-T
1 TTTGACCCTAAAAACTTC-TAAAAATTACATT
*
26029420 TTTGACCCTAAAAACTTCTCAAAATTACATT
1 TTTGACCCTAAAAACTTCTAAAAATTACATT
*
26029451 TTTGCCCCTAAA
1 TTTGACCCTAAA
26029463 TTTTCCAAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 3
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 19 0.50
31 19 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.25, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
TTTGACCCTAAAAACTTCTAAAAATTACATT
Found at i:26029501 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 26029462--26029610 Score: 101
Period size: 29 Copynumber: 5.2 Consensus size: 28
26029452 TTGCCCCTAA
*
26029462 ATTTTCC-AAAATTCCGTTTTAACCCCG
1 ATTTTCCAAAAATTCCATTTTAACCCCG
**
26029489 ATTTTACCAAAAATTTCCATTTTGCCCCCG
1 ATTTT-CCAAAAA-TTCCATTTTAACCCCG
* * *
26029519 AACTTT-CTAAAATTCCATTTTTGACCCCG
1 -ATTTTCCAAAAATTCCA-TTTTAACCCCG
26029548 ATTTTACCAAAAATTACCATTTT-ACCCTCGG
1 ATTTT-CCAAAAATT-CCATTTTAACCC-C-G
* * *
26029579 A-TATCC-AAAATTTCACTTTTAACCCCA
1 ATTTTCCAAAAATTCCA-TTTTAACCCCG
26029606 ATTTT
1 ATTTT
26029611 TTTCTAAAAT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 12, Indels: 25
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.08
28 24 0.25
29 29 0.30
30 27 0.28
31 9 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (28 bp):
ATTTTCCAAAAATTCCATTTTAACCCCG
Found at i:26029510 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 26029440--26029570 Score: 178
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 60
26029430 AAAACTTCTC
* *
26029440 AAAATTA-CATTTTTGCCCCTAAATTTTCCAAAATTCC-GTTTTAACCCCGATTTTACCA
1 AAAATTACCATTTTTGCCCCCAAACTTTCCAAAATTCCAGTTTTAACCCCGATTTTACCA
* * * * *
26029498 AAAATTTCCA-TTTTGCCCCCGAACTTTCTAAAATTCCATTTTTGACCCCGATTTTACCA
1 AAAATTACCATTTTTGCCCCCAAACTTTCCAAAATTCCAGTTTTAACCCCGATTTTACCA
26029557 AAAATTACCATTTT
1 AAAATTACCATTTT
26029571 ACCCTCGGAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
58 29 0.47
59 30 0.48
60 3 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.26, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (60 bp):
AAAATTACCATTTTTGCCCCCAAACTTTCCAAAATTCCAGTTTTAACCCCGATTTTACCA
Found at i:26031248 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 26031219--26031287 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 3.1 Consensus size: 22
26031209 TGCACTAATG
*
26031219 AACGGAGAGCACCAAGGTGCTA
1 AACGGAGAGCACAAAGGTGCTA
* *
26031241 GACGGAGAGCACAAATGTGCTA
1 AACGGAGAGCACAAAGGTGCTA
* *
26031263 AATGGAGAGCACAATACGTGCTA
1 AACGGAGAGCACAA-AGGTGCTA
26031286 AA
1 AA
26031288 TAACGGAGAG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
22 31 0.77
23 9 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.29, T:0.13
Consensus pattern (22 bp):
AACGGAGAGCACAAAGGTGCTA
Found at i:26046796 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 26046772--26046839 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
26046762 AACATTATGT
26046772 TTGTAAATCTCCTT-ATAATGC
1 TTGTAAATCT-CTTCATAATGC
* *
26046793 TTGTAACTCTCTTCATAATGTT
1 TTGTAAATCTCTTCATAATG-C
* * * *
26046815 TTGTAACTCTCATCATTATGT
1 TTGTAAATCTCTTCATAATGC
26046836 TTGT
1 TTGT
26046840 TTTAAATTTC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 4
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.07
21 20 0.49
22 18 0.44
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (21 bp):
TTGTAAATCTCTTCATAATGC
Found at i:26046821 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 26046771--26046837 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 3.1 Consensus size: 22
26046761 AAACATTATG
*
26046771 TTTGTAAATCTCCTT-ATAATG-
1 TTTGTAACTCT-CTTCATAATGT
*
26046792 CTTGTAACTCTCTTCATAATGT
1 TTTGTAACTCTCTTCATAATGT
* *
26046814 TTTGTAACTCTCATCATTATGT
1 TTTGTAACTCTCTTCATAATGT
26046836 TT
1 TT
26046838 GTTTTAAATT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.08
21 15 0.38
22 21 0.54
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (22 bp):
TTTGTAACTCTCTTCATAATGT
Found at i:26052534 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 26052432--26052687 Score: 264
Period size: 82 Copynumber: 3.1 Consensus size: 82
26052422 ATAGGAAATA
* * * * * *
26052432 CGCCGCTAAAGGTTAGAGCATTAGCAATGTTTATGAGGAAGCGCCGCTATAGGTCAGAGCATTAG
1 CGCCGCTAAAAGTCAGAGCATTAGCGACGCTTATGAGGAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTAG
*
26052497 CGGTGTTTCTGATAAAG
66 CGGCGTTTCTGATAAAG
* * * *
26052514 CGCCGCTAAAAGTCAAAGCATTAGCGACGCTTATTAGGAAGCGCCGCTAAAGGTTAGAGTATTAG
1 CGCCGCTAAAAGTCAGAGCATTAGCGACGCTTATGAGGAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTAG
* * *
26052579 CGCCGCTTATG-TAAAAG
66 CGGCGTTTCTGAT-AAAG
* * * * * * *
26052596 CGCTGCTAAATGTCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAGCGCTGCTAAAGATCAAAGCATTAG
1 CGCCGCTAAAAGTCAGAGCATTAGCGACGCTTATGAGGAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTAG
* *
26052661 TGGCGCTTTCTCATAAA-
66 CGGCG-TTTCTGATAAAG
*
26052678 CGTCGCTAAA
1 CGCCGCTAAA
26052688 GGTTAAGCAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 32, Indels: 6
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
81 1 0.01
82 131 0.94
83 6 0.04
84 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.26, T:0.24
Consensus pattern (82 bp):
CGCCGCTAAAAGTCAGAGCATTAGCGACGCTTATGAGGAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTAG
CGGCGTTTCTGATAAAG
Found at i:26052666 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 26052432--26052668 Score: 201
Period size: 41 Copynumber: 5.8 Consensus size: 41
26052422 ATAGGAAATA
* * *** * *
26052432 CGCCGCTAAAGGTTAGAGCATTAGCAATGTTTATGAGGAAG
1 CGCCGCTAAAGATCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAG
* * * * * *
26052473 CGCCGCTATAGGTCAGAGCATTAGCGGTGTTTCTGATAAAG
1 CGCCGCTAAAGATCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAG
* * * *
26052514 CGCCGCTAAA-AGTCAAAGCATTAGCGACGCTTATTAGGAAG
1 CGCCGCTAAAGA-TCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAG
* * * *
26052555 CGCCGCTAAAGGTTAGAGTATTAGCGCCGCTTATGTA-AAAG
1 CGCCGCTAAAGATCAGAGCATTAGCGGCGCTTATG-AGAAAG
*
26052596 CGCTGCTAAATG-TCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAG
1 CGCCGCTAAA-GATCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAG
* * *
26052637 CGCTGCTAAAGATCAAAGCATTAGTGGCGCTT
1 CGCCGCTAAAGATCAGAGCATTAGCGGCGCTT
26052669 TCTCATAAAC
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 30, Indels: 12
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.01
41 156 0.98
42 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
CGCCGCTAAAGATCAGAGCATTAGCGGCGCTTATGAGAAAG
Found at i:26052668 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 26052432--26052660 Score: 300
Period size: 123 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
26052422 ATAGGAAATA
* * * *
26052432 CGCCGCTAAAGGTTAGAGCATTAGCAATGTTTATGAGGAAGCGCCGCTATAGGTCAGAGCATTAG
1 CGCCGCTAAAGGTTAGAGCATTAGCAACGCTTATGAGAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTAG
* * * *
26052497 CGGTGTTTCTGATAAAGCGCCGCTAAAAGTCAAAGCATTAGCGACGCTTATTAGGAAG
66 CGGCGCTTATGAGAAAGCGCCGCTAAAAGTCAAAGCATTAGCGACGCTTATTAGGAAG
* ** * *
26052555 CGCCGCTAAAGGTTAGAGTATTAGCGCCGCTTATGTA-AAAGCGCTGCTAAATGTCAGAGCATTA
1 CGCCGCTAAAGGTTAGAGCATTAGCAACGCTTATG-AGAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTA
*
26052619 GCGGCGCTTATGAGAAAGCGCTGCT-AAAGATCAAAGCATTAG
65 GCGGCGCTTATGAGAAAGCGCCGCTAAAAG-TCAAAGCATTAG
26052661 TGGCGCTTTC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 14, Indels: 4
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
122 4 0.04
123 85 0.94
124 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (123 bp):
CGCCGCTAAAGGTTAGAGCATTAGCAACGCTTATGAGAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGAGCATTAG
CGGCGCTTATGAGAAAGCGCCGCTAAAAGTCAAAGCATTAGCGACGCTTATTAGGAAG
Found at i:26052791 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26052768--26052807 Score: 80
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
26052758 ACTTATATAA
26052768 AAAAAATTCTAAAATTTT
1 AAAAAATTCTAAAATTTT
26052786 AAAAAATTCTAAAATTTT
1 AAAAAATTCTAAAATTTT
26052804 AAAA
1 AAAA
26052808 CTTATATAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.05, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
AAAAAATTCTAAAATTTT
Found at i:26055955 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 26055894--26056080 Score: 205
Period size: 43 Copynumber: 4.3 Consensus size: 43
26055884 ATCTATTAAT
26055894 TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAACGCCGCTAAAGACCATGTTC
1 TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAACGCCGCTAAAGACCATGTTC
* * * *
26055937 TTTAGTGGCATTTGTGGG-AAAGCGCCGCTAAAGATCATGTTC
1 TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAACGCCGCTAAAGACCATGTTC
* * * * *
26055979 TTTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAATGTCGCTGTTAAAGATCATGTTA
1 TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAA---CGCCGCTAAAGACCATGTTC
* * * *
26056025 TTTAGCGGCGTTTGTGAGAAAAGCGCCGTTAAAGACTATGTTC
1 TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAACGCCGCTAAAGACCATGTTC
* *
26056068 TATGGCGGCGTTT
1 TTTAGCGGCGTTT
26056081 TTCTCATAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 37 0.31
43 46 0.38
46 37 0.31
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAACGCCGCTAAAGACCATGTTC
Found at i:26055976 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 26055894--26056080 Score: 205
Period size: 42 Copynumber: 4.3 Consensus size: 42
26055884 ATCTATTAAT
* *
26055894 TTTAGCGGCGTTTGTGGGAAAAACGCCGCTAAAGACCATGTTC
1 TTTAGCGGCGTTTGT-GGAAAAGCGCCGCTAAAGATCATGTTC
* * *
26055937 TTTAGTGGCATTTGTGGGAAAGCGCCGCTAAAGATCATGTTC
1 TTTAGCGGCGTTTGTGGAAAAGCGCCGCTAAAGATCATGTTC
* * *
26055979 TTTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAATGTCGCTGTTAAAGATCATGTTA
1 TTTAGCGGCGTTTGTGG--AAAA-G-CGCCGCTAAAGATCATGTTC
*
26056025 TTTAGCGGCGTTTGTGAGAAAAGCGCCGTTAAAGA-CTATGTTC
1 TTTAGCGGCGTTTGTG-GAAAAGCGCCGCTAAAGATC-ATGTTC
* *
26056068 TATGGCGGCGTTT
1 TTTAGCGGCGTTT
26056081 TTCTCATAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 15, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 40 0.33
43 40 0.33
44 4 0.03
45 5 0.04
46 33 0.27
47 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (42 bp):
TTTAGCGGCGTTTGTGGAAAAGCGCCGCTAAAGATCATGTTC
Found at i:26063538 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 26063512--26063758 Score: 374
Period size: 43 Copynumber: 5.8 Consensus size: 43
26063502 AGAACATGGC
26063512 CTTTAGCGGCGCTTT-TCCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
1 CTTTAGCGGCGCTTTCT-CCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
* *
26063555 CTTTAACGGCGCTTT-TCCCACAAACGCCGCTAAAGGCCATGTT
1 CTTTAGCGGCGCTTTCT-CCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
26063598 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
1 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
* * *
26063641 CTTTAACGGCGCTTTATCCACAAGCGCGGCTAAAGG-CATGTT
1 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
* * *
26063683 TTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGTGCCGCTAAAGCCCATGTT
1 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
*
26063726 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAGCGCCGCTAA
1 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAA
26063759 TATAACAGAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 16, Indels: 4
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 36 0.19
43 149 0.80
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
Found at i:26063736 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 26063512--26063758 Score: 381
Period size: 85 Copynumber: 2.9 Consensus size: 85
26063502 AGAACATGGC
26063512 CTTTAGCGGCGCTTT-TCCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAACGGCGCTTTTCCCAC
1 CTTTAGCGGCGCTTTCT-CCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAACGGCGCTTTT-CCAC
*
26063576 AAACGCCGCTAAAGGCCATGTT
64 AAGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
26063598 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAACGGCGCTTTATCCACA
1 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAACGGCGCTTT-TCCACA
*
26063663 AGCGCGGCTAAAGG-CATGTT
65 AGCGCCGCTAAAGGCCATGTT
* * * * *
26063683 TTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGTGCCGCTAAAGCCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAA
1 CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAACGGCGCTTT-TCCACA
26063748 AGCGCCGCTAA
65 AGCGCCGCTAA
26063759 TATAACAGAT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 9, Indels: 5
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 75 0.50
86 73 0.49
87 2 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
CTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAACGGCGCTTTTCCACAA
GCGCCGCTAAAGGCCATGTT
Found at i:26064062 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 26064050--26064107 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 5.9 Consensus size: 9
26064040 TTTGCTTCCT
26064050 TCGCTTGCC
1 TCGCTTGCC
26064059 TCGCTGCTGCC
1 TCGCT--TGCC
26064070 TCCGCTTGCC
1 T-CGCTTGCC
26064080 TCGCTGCTGCC
1 TCGCT--TGCC
26064091 TTCGCTTGCC
1 -TCGCTTGCC
26064101 TCG-TTGC
1 TCGCTTGC
26064108 TGCCTCCACT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 13
0.77 0.00 0.23
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.09
9 12 0.28
10 9 0.21
11 9 0.21
12 9 0.21
ACGTcount: A:0.00, C:0.43, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (9 bp):
TCGCTTGCC
Found at i:26064066 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 26064042--26064112 Score: 115
Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
26064032 TTGTAGCCTT
*
26064042 TGCTTCCTTCGCTTGCCTCGC
1 TGCTGCCTTCGCTTGCCTCGC
*
26064063 TGCTGCCTCCGCTTGCCTCGC
1 TGCTGCCTTCGCTTGCCTCGC
*
26064084 TGCTGCCTTCGCTTGCCTCGT
1 TGCTGCCTTCGCTTGCCTCGC
26064105 TGCTGCCT
1 TGCTGCCT
26064113 CCACTTTAAG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 46 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.42, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
TGCTGCCTTCGCTTGCCTCGC
Found at i:26064071 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 26064055--26064113 Score: 63
Period size: 11 Copynumber: 5.5 Consensus size: 11
26064045 TTCCTTCGCT
26064055 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
26064066 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
26064075 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
26064087 TGCCTTCGCT--
1 TGCC-TCGCTGC
*
26064097 TGCCTCGTTGC
1 TGCCTCGCTGC
26064108 TGCCTC
1 TGCCTC
26064114 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 12
0.76 0.02 0.22
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.15
10 11 0.27
11 17 0.41
12 7 0.17
ACGTcount: A:0.00, C:0.44, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:26064215 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 26064109--26064257 Score: 244
Period size: 66 Copynumber: 2.3 Consensus size: 66
26064099 CCTCGTTGCT
* * *
26064109 GCCTCCACTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCTTCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTCACTGC
1 GCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTACTTCTCTCACTGC
26064174 A
66 A
* * *
26064175 GCCTCCTCTTTAAGTTTTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGCCTCTACTTCTCTCGCTGC
1 GCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTACTTCTCTCACTGC
26064240 A
66 A
26064241 GCCTCCTCTTTAAGTTG
1 GCCTCCTCTTTAAGTTG
26064258 AGCAATTTGC
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 76 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.24, G:0.16, T:0.43
Consensus pattern (66 bp):
GCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTACTTCTCTCACTGC
A
Found at i:26066737 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 26066697--26066773 Score: 154
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
26066687 ATCTCTCGAT
26066697 GTTGTAATCTTCGGGAGCGTGAACGAGATCTCAAGA
1 GTTGTAATCTTCGGGAGCGTGAACGAGATCTCAAGA
26066733 GTTGTAATCTTCGGGAGCGTGAACGAGATCTCAAGA
1 GTTGTAATCTTCGGGAGCGTGAACGAGATCTCAAGA
26066769 GTTGT
1 GTTGT
26066774 TTATACTCAC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 41 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (36 bp):
GTTGTAATCTTCGGGAGCGTGAACGAGATCTCAAGA
Found at i:26069796 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26069783--26069883 Score: 73
Period size: 8 Copynumber: 12.1 Consensus size: 8
26069773 TTGTTTTCAT
26069783 TAATTAAA
1 TAATTAAA
26069791 TAATTAAA
1 TAATTAAA
*
26069799 T-ATTTAA
1 TAATTAAA
*
26069806 T--TTAGTA
1 TAATTA-AA
26069813 TAATTAAA
1 TAATTAAA
26069821 TAATTAAA
1 TAATTAAA
26069829 TAATTAAA
1 TAATTAAA
26069837 TATATTTCAAAA
1 TA-A-TT--AAA
* **
26069849 TAAATATT
1 TAATTAAA
26069857 TAATTAAATA
1 TAATT-AA-A
26069867 TAATTAAA
1 TAATTAAA
26069875 TAATTAAA
1 TAATTAAA
26069883 T
1 T
26069884 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 10, Indels: 18
0.73 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
6 2 0.03
7 8 0.11
8 43 0.58
9 7 0.09
10 8 0.11
11 1 0.01
12 5 0.07
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (8 bp):
TAATTAAA
Found at i:26069860 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 26069795--26069877 Score: 94
Period size: 26 Copynumber: 3.1 Consensus size: 26
26069785 ATTAAATAAT
* *
26069795 TAAATATTTAATTTAGTATAATTAAA
1 TAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
* ** *
26069821 TAATTAAATAATTAAATATATTTCAAAA
1 TAAATATTTAATTAAATATAATT--AAA
26069849 TAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
1 TAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
26069875 TAA
1 TAA
26069878 TTAAATCTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 10, Indels: 4
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 23 0.51
28 22 0.49
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
TAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
Found at i:26069866 original size:44 final size:42
Alignment explanation
Indices: 26069783--26069912 Score: 133
Period size: 44 Copynumber: 3.1 Consensus size: 42
26069773 TTGTTTTCAT
* * *
26069783 TAATTAAATAATTAAATATTT--AATTTAGTA--TAATTAAA
1 TAATTAAATAATTAAATATTTCAAAATAAATATTTAATTAAA
26069821 TAATTAAATAATTAAATATATTTCAAAATAAATATTTAATTAAATA
1 TAATTAAATAATT-AA-ATATTTCAAAATAAATATTTAATT-AA-A
* * * *
26069867 TAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAAC
1 TAATTAAATAATTAAATATTTCAAAATAAATATTTAATTAAA
26069909 TAAT
1 TAAT
26069913 ACTGATTGTT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 7, Indels: 12
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 13 0.17
39 2 0.03
40 6 0.08
42 10 0.13
43 2 0.03
44 26 0.34
45 4 0.05
46 14 0.18
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (42 bp):
TAATTAAATAATTAAATATTTCAAAATAAATATTTAATTAAA
Found at i:26070192 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26070171--26070220 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26070161 TAAATTAAAC
26070171 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26070189 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26070207 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26070221 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26070337 original size:75 final size:76
Alignment explanation
Indices: 26070207--26070450 Score: 422
Period size: 75 Copynumber: 3.2 Consensus size: 76
26070197 TTACTTTAAT
*
26070207 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26070272 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
*
26070283 ATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAA-TAAATATTAAATTAACTAATACTATTTATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAA-ATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAAT
26070346 ATTTAATTAAAC
65 ATTTAATTAAAC
26070358 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAA-TAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26070422 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
*
26070433 ATAGTTAAATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAAAT
26070451 ATAATTATTT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 5, Indels: 7
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
75 125 0.78
76 35 0.22
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.01, T:0.41
Consensus pattern (76 bp):
ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
TTTAATTAAAC
Found at i:26070568 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 26070352--26070861 Score: 943
Period size: 135 Copynumber: 3.8 Consensus size: 135
26070342 AAATATTTAA
* * * *
26070352 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26070416 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26070481 TTCAT
131 TTCAT
*
26070486 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGCTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26070551 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATA-TTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26070615 TTCAT
131 TTCAT
26070620 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26070685 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26070750 TTCAT
131 TTCAT
26070755 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
* *
26070820 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
26070862 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 8, Indels: 3
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
134 170 0.46
135 196 0.54
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (135 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
TTCAT
Found at i:26070630 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 26070580--26070631 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
26070570 AGTTAAATAA
*
26070580 TTAAATATAA--TTATTTACT
1 TTAAATATAATTTTATTCACT
*
26070599 TTAATATTTAATTTTATTCA-T
1 TTAA-ATATAATTTTATTCACT
26070620 TTAAATATAATT
1 TTAAATATAATT
26070632 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 5
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.15
20 12 0.44
21 5 0.19
22 6 0.22
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (21 bp):
TTAAATATAATTTTATTCACT
Found at i:26070643 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26070558--26070643 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 4.6 Consensus size: 18
26070548 AATTAAATAT
* *
26070558 ATAATTAAACATAGTTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
26070576 ATAATTAAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
26070594 TTACTTTAATATTTAATTTTA
1 ATA-ATTAA-ATATAA-TTAA
* *
26070615 TTCATTTAAATATAATTAA
1 AT-AATTAAATATAATTAA
26070634 ATAATTAAAT
1 ATAATTAAAT
26070644 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 12, Indels: 8
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 24 0.46
19 8 0.15
20 10 0.19
21 9 0.17
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATATAATTAA
Found at i:26070712 original size:269 final size:268
Alignment explanation
Indices: 26070352--26070861 Score: 948
Period size: 269 Copynumber: 1.9 Consensus size: 268
26070342 AAATATTTAA
*
26070352 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATT
1 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATT
26070417 AAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTAT
66 AAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTAT
26070482 TCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGCTTA
131 TCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGCTTA
*
26070547 TAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTAATT
196 TAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTAATT
26070612 TTATTCAT
261 TTATTCAT
* * *
26070620 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAAT
26070685 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
65 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
*
26070750 TTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTT
130 TTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGCTT
*
26070815 ATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
195 ATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
26070862 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 7, Indels: 1
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
268 37 0.16
269 197 0.84
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (268 bp):
TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATT
AAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTAT
TCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGCTTA
TAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTAATT
TTATTCAT
Found at i:26070848 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26070815--26070872 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26070805 GATACTGTTT
26070815 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26070823 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26070831 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26070837 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26070845 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26070854 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26070863 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26070871 AT
1 AT
26070873 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26070851 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26070828--26070955 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26070818 ATTAAATATT
26070828 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26070846 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26070864 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26070886 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26070903 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26070922 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26070940 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26070956 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26070853 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26070755--26070955 Score: 375
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26070745 TTTTATTCAT
* *
26070755 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26070820 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26070849 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26070914 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26070943 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26070956 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26070915 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26070785--26070928 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26070775 AAATCTTTCA
* * *
26070785 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26070817 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26070847 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26070879 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26070911 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26070929 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26071208 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26071187--26071236 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26071177 TAAATTAAAC
26071187 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26071205 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26071223 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26071237 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26071291 original size:597 final size:597
Alignment explanation
Indices: 26070623--26072071 Score: 2551
Period size: 597 Copynumber: 2.4 Consensus size: 597
26070613 TATTCATTTA
26070623 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26070688 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26070753 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26070818 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26070883 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26070948 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26071013 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26071078 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26071143 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26071208 ATTATTTACTTT
586 ATTATTTACTTT
26071220 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26071285 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
*
26071350 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTGAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26071415 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26071480 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26071545 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
*
26071610 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGTTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
*
26071675 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACGGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26071740 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26071805 ATTATTTACTTT
586 ATTATTTACTTT
* *
26071817 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
* * * *
26071882 ATATTTAATTAAACATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACT
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAA-A---TAT-AATT--AT-TT-ACTT---TA--A-T
* * * * * * *
26071946 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAA
116 ATTT-TAATT--TTATTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAAT
* * *
26072010 TAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
178 TAACTGATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
26072072 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 19, Indels: 20
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
596 3 0.00
597 682 0.84
600 2 0.00
601 4 0.00
603 2 0.00
604 2 0.00
605 3 0.00
608 2 0.00
610 1 0.00
611 4 0.00
612 5 0.01
613 63 0.08
614 42 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (597 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
ATTATTTACTTT
Found at i:26071390 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 26071220--26071537 Score: 102
Period size: 32 Copynumber: 9.7 Consensus size: 31
26071210 TATTTACTTT
26071220 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTT-AAATTA
* * * *
26071252 AATAT--TTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAA-TTA-AATCTTTA-AATT-A
* **
26071285 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATA
1 A-ATATAATT-AA-ATAATTAAATCTTTAAAT-TA
* * * * * *
26071320 ATTATTTACTTTAATATTTTAAT-TTTATTCATTTA
1 A--ATATAATTAAATAATTAAATCTTTA---AATTA
26071355 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTGAAATTA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTT-AAATTA
* * * *
26071387 AATAT--TTAATTAACTGATACTGTTTATAATTA
1 AATATAATTAAATAA-TTA-AATCTTTA-AATTA
26071419 AATATTTAATTAAACATAATTAAA----T-AATTA
1 AATA--TAATT-AA-ATAATTAAATCTTTAAATTA
26071449 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTT-AAATTA
* * *
26071481 AATATTAAATTAACTAA-T-ACTGTTTATAATTAA
1 AATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTA-AATT-A
26071514 ATATATAATTAAACATAATTAAAT
1 A-ATATAATT-AA-ATAATTAAAT
26071538 AATTAAATAT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 35, Indels: 76
0.66 0.11 0.24
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.04
27 2 0.01
28 5 0.02
30 24 0.11
31 7 0.03
32 60 0.28
33 27 0.13
34 31 0.15
35 11 0.05
36 22 0.10
37 8 0.04
38 5 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (31 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTAAATTA
Found at i:26071445 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26071412--26071469 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26071402 GATACTGTTT
26071412 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26071420 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26071428 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26071434 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26071442 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26071451 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26071460 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26071468 AT
1 AT
26071470 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26071448 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26071425--26071552 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26071415 ATTAAATATT
26071425 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26071443 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26071461 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26071483 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26071500 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26071519 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26071537 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26071553 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26071450 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26071352--26071552 Score: 366
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26071342 TTTTATTCAT
* * *
26071352 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTGAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26071417 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26071446 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26071511 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26071540 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26071553 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 103 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26071805 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26071784--26071833 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26071774 TAAATTAAAC
26071784 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26071802 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26071820 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26071834 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26071900 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 26071820--26072334 Score: 462
Period size: 76 Copynumber: 7.2 Consensus size: 76
26071810 TTACTTTAAT
26071820 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26071885 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
* *
26071896 ATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACTGTTTATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAA-ATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAAT
26071960 ATTTAATTAAAC
65 ATTTAATTAAAC
*
26071972 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAA-TAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26072036 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
* * ** ** * *
26072047 ATAGTTAAATAATTAAA--TAT--AATT--AT-TTACTTTAA-T-ATTTTAATTT-T-ATT-CAT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT-GTTTATAATTAAAT
*
26072100 -TTAAATAT----
65 ATTTAAT-TAAAC
* *
26072108 --AATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26072171 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
* * ** ** * *
26072182 ATAGTTAAATAATTAAA--TAT--AATT--AT-TTACTTTAA-T-ATTTTAATTT-T-ATT-CAT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT-GTTTATAATTAAAT
*
26072235 -TTAAATAT----
65 ATTTAAT-TAAAC
* *
26072243 --AATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26072306 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
26072317 ATAATTAAATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAAAT
26072335 ATAATTAAAT
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 46, Indels: 90
0.72 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
59 28 0.08
61 4 0.01
63 8 0.02
64 8 0.02
65 10 0.03
66 18 0.05
67 16 0.05
68 19 0.05
69 17 0.05
70 8 0.02
71 13 0.04
72 4 0.01
73 2 0.01
74 2 0.01
75 54 0.16
76 134 0.39
77 3 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (76 bp):
ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
TTTAATTAAAC
Found at i:26072180 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 26071966--26072341 Score: 691
Period size: 135 Copynumber: 2.8 Consensus size: 135
26071956 AAATATTTAA
* * * *
26071966 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26072030 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26072095 TTCAT
131 TTCAT
26072100 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26072165 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26072230 TTCAT
131 TTCAT
26072235 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
* *
26072300 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
26072342 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 6, Indels: 1
0.97 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
134 37 0.16
135 198 0.84
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (135 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
TTCAT
Found at i:26072245 original size:883 final size:867
Alignment explanation
Indices: 26071220--26072938 Score: 3091
Period size: 883 Copynumber: 2.0 Consensus size: 867
26071210 TATTTACTTT
26071220 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26071285 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
*
26071350 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTGAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26071415 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26071480 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26071545 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
*
26071610 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGTTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
*
26071675 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACGGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26071740 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26071805 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
586 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
* *
26071870 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAA
651 GTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAA-A---TAT-AATT--AT-TT-AA
* * *
26071934 TTAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAAT
707 TT---TA--A-TATTT-TAATT--ATATTCAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAT
*
26071999 TAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAA
763 TAAATATTTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAA
26072063 ATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATTTA
828 ATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATTTA
26072103 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26072168 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26072233 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26072298 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26072363 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26072428 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26072493 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26072558 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26072623 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
* *
26072688 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACT
586 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
* *
26072753 GTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATT
651 GTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTAATTTAATATT
* * * * *
26072818 TTAATTTTATTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTG
716 TTAATTATATTCAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAAATAACTA
*
26072883 ATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
781 ATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
26072939 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 19, Indels: 20
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
866 42 0.05
867 63 0.08
868 5 0.01
869 4 0.00
870 1 0.00
872 2 0.00
875 3 0.00
876 2 0.00
877 2 0.00
879 4 0.00
880 2 0.00
883 682 0.84
884 3 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (867 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
GTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTAATTTAATATT
TTAATTATATTCAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAAATAACTA
ATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTA
ATATTTTAATTTTATTCATTTA
Found at i:26072328 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26072295--26072352 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26072285 GATACTGTTT
26072295 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26072303 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26072311 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26072317 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26072325 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26072334 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26072343 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26072351 AT
1 AT
26072353 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26072331 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26072308--26072435 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26072298 ATTAAATATT
26072308 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26072326 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26072344 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26072366 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26072383 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26072402 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26072420 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26072436 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26072333 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26072235--26072435 Score: 375
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26072225 TTTTATTCAT
* *
26072235 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26072300 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26072329 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26072394 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26072423 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26072436 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26072395 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26072265--26072408 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26072255 AAATCTTTCA
* * *
26072265 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26072297 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26072327 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26072359 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26072391 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26072409 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26072688 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26072667--26072716 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26072657 TAAATTAAAC
26072667 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26072685 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26072703 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26072717 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26072870 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26072832--26072965 Score: 106
Period size: 32 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
26072822 TTTTATTCAT
26072832 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
* * * *
26072864 TTAAATAT--TTAATTAACT-GATACTGTTTATAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAAT-CT-TTCA-AA
26072896 TTAAATATTTAATTAAACATAATTAAA----T--AA
1 TTAAATA--TAATT-AA-ATAATTAAATCTTTCAAA
26072926 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
26072958 TTAAATAT
1 TTAAATAT
26072966 TAAATTAACT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 7, Indels: 32
0.67 0.06 0.27
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.11
27 2 0.03
28 5 0.06
29 2 0.03
30 20 0.25
31 3 0.04
32 27 0.34
33 1 0.01
34 1 0.01
36 2 0.03
37 2 0.03
38 4 0.05
39 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
Found at i:26072925 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26072892--26072949 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26072882 GATACTGTTT
26072892 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26072900 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26072908 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26072914 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26072922 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26072931 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26072940 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26072948 AT
1 AT
26072950 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26072928 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26072905--26073032 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26072895 ATTAAATATT
26072905 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26072923 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26072941 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26072963 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26072980 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26072999 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26073017 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26073033 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26072930 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26072832--26073032 Score: 375
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26072822 TTTTATTCAT
* *
26072832 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26072897 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26072926 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26072991 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26073020 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26073033 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26072992 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26072862--26073005 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26072852 AAATCTTTCA
* * *
26072862 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26072894 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26072924 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26072956 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26072988 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26073006 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26073236 original size:597 final size:597
Alignment explanation
Indices: 26072103--26073550 Score: 2569
Period size: 597 Copynumber: 2.4 Consensus size: 597
26072093 TATTCATTTA
26072103 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26072168 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26072233 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26072298 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26072363 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26072428 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26072493 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26072558 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26072623 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26072688 ATTATTTACTTT
586 ATTATTTACTTT
26072700 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26072765 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26072830 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26072895 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26072960 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26073025 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26073090 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26073155 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26073220 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26073285 ATTATTTACTTT
586 ATTATTTACTTT
* *
26073297 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
* * * *
26073362 ATATTTAATTAAACATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACT
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAA-A---TAT-AATT--AT-TT-ACTT---TA--A-T
* * * * * * *
26073426 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAA
116 ATTT-TAATT--TTATTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAAT
* * *
26073490 TAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTT-AATAATTAAATATAATTA
178 TAACTGATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
26073551 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 16, Indels: 21
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
596 3 0.00
597 685 0.84
600 2 0.00
601 4 0.00
603 2 0.00
604 2 0.00
605 3 0.00
608 2 0.00
610 1 0.00
611 4 0.00
612 23 0.03
613 44 0.05
614 42 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (597 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
ATTATTTACTTT
Found at i:26073285 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26073264--26073313 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26073254 TAAATTAAAC
26073264 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26073282 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26073300 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26073314 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26073380 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 26073300--26073543 Score: 422
Period size: 76 Copynumber: 3.2 Consensus size: 76
26073290 TTACTTTAAT
*
26073300 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26073365 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
*
26073376 ATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACTGTTTATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAA-ATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAAT
26073440 ATTTAATTAAAC
65 ATTTAATTAAAC
26073452 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAA-TAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26073516 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
*
26073527 ATAGTT-AATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAAAT
26073544 ATAATTATTT
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 5, Indels: 6
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
74 11 0.07
75 43 0.27
76 104 0.65
77 3 0.02
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (76 bp):
ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
TTTAATTAAAC
Found at i:26073633 original size:881 final size:883
Alignment explanation
Indices: 26072700--26075297 Score: 4862
Period size: 881 Copynumber: 3.0 Consensus size: 883
26072690 TATTTACTTT
26072700 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26072765 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26072830 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26072895 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26072960 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26073025 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26073090 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26073155 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26073220 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26073285 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
586 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
26073350 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATAACATCTTTTAAATTAAATATTAAAT
651 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATAACATCTTTTAAATTAAATATTAAAT
26073415 TAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATT
716 TAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATT
26073480 AAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTT-AATAATTAAAT
781 AAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAAT
26073544 ATAATTATTTACTTTAATATTTTAA-TTTATTCATTTA
846 ATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATTTA
26073581 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26073646 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26073711 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26073776 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26073841 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26073906 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26073971 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26074036 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26074101 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26074166 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
586 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
26074231 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATAACATCTTTTAAATTAAATATTAAAT
651 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATAACATCTTTTAAATTAAATATTAAAT
26074296 TAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATT
716 TAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATT
26074361 AAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAAT
781 AAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAAT
*
26074426 ATAACTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATTTA
846 ATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATTTA
26074464 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26074529 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26074594 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26074659 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26074724 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26074789 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGG-AAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26074853 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26074918 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26074983 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
* * *
26075048 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATGCT
586 ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
* * * *
26075113 G-TTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAA-A---TAT-AATT--AT-TT-AC
651 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAA
* * * * * *
26075168 TT---TA--A-TATTT-TAATT--TTATTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAT
715 TTAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAAT
* * * *
26075224 TAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAA
780 TAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAA
26075289 ATATAATTA
844 ATATAATTA
26075298 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 1694, Mismatches: 19, Indels: 24
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
864 42 0.02
865 62 0.04
866 5 0.00
867 4 0.00
868 1 0.00
870 2 0.00
873 3 0.00
874 2 0.00
875 2 0.00
877 4 0.00
878 2 0.00
881 868 0.51
882 317 0.19
883 380 0.22
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (883 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
ATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT
GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATAACATCTTTTAAATTAAATATTAAAT
TAACTACTACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATT
AAATATTAAATAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAAT
ATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATTTA
Found at i:26073742 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 26073446--26073819 Score: 671
Period size: 135 Copynumber: 2.8 Consensus size: 134
26073436 AAATATTTAA
* * * *
26073446 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26073510 TAAATATATAATTAAACATAGTT-AATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTAT
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTAT
26073574 TCAT
131 TCAT
26073578 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26073643 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAA-TTTA
26073708 TTCAT
130 TTCAT
26073713 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
* *
26073778 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
26073820 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 6, Indels: 3
0.96 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
132 37 0.16
133 46 0.20
134 36 0.15
135 114 0.49
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (134 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTAT
TCAT
Found at i:26073751 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26073713--26073846 Score: 106
Period size: 32 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
26073703 TTTTATTCAT
26073713 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
* * * *
26073745 TTAAATAT--TTAATTAACT-GATACTGTTTATAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAAT-CT-TTCA-AA
26073777 TTAAATATTTAATTAAACATAATTAAA----T--AA
1 TTAAATA--TAATT-AA-ATAATTAAATCTTTCAAA
26073807 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
26073839 TTAAATAT
1 TTAAATAT
26073847 TAAATTAACT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 7, Indels: 32
0.67 0.06 0.27
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.11
27 2 0.03
28 5 0.06
29 2 0.03
30 20 0.25
31 3 0.04
32 27 0.34
33 1 0.01
34 1 0.01
36 2 0.03
37 2 0.03
38 4 0.05
39 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
Found at i:26073806 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26073773--26073830 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26073763 GATACTGTTT
26073773 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26073781 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26073789 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26073795 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26073803 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26073812 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26073821 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26073829 AT
1 AT
26073831 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26073809 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26073786--26073913 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26073776 ATTAAATATT
26073786 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26073804 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26073822 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26073844 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26073861 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26073880 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26073898 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26073914 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26073811 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26073713--26073913 Score: 375
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26073703 TTTTATTCAT
* *
26073713 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26073778 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26073807 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26073872 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26073901 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26073914 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26073873 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26073743--26073886 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26073733 AAATCTTTCA
* * *
26073743 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26073775 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26073805 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26073837 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26073869 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26073887 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26074166 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26074145--26074194 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26074135 TAAATTAAAC
26074145 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26074163 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26074181 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26074195 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26074419 original size:75 final size:76
Alignment explanation
Indices: 26074181--26074425 Score: 431
Period size: 76 Copynumber: 3.2 Consensus size: 76
26074171 TTACTTTAAT
*
26074181 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26074246 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
*
26074257 ATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACTGTTTATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAA-ATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAAT
26074321 ATTTAATTAAAC
65 ATTTAATTAAAC
26074333 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAA-TAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26074397 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
*
26074408 ATAGTTAAATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAAAT
26074426 ATAACTATTT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 5, Indels: 5
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
75 55 0.34
76 104 0.64
77 3 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (76 bp):
ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
TTTAATTAAAC
Found at i:26074689 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26074656--26074713 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26074646 GATACTGTTT
26074656 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26074664 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26074672 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26074678 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26074686 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26074695 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26074704 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26074712 AT
1 AT
26074714 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26074692 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26074669--26074796 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26074659 ATTAAATATT
26074669 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26074687 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26074705 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26074727 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26074744 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26074763 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26074781 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26074797 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26074694 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26074596--26074796 Score: 375
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26074586 TTTTATTCAT
* *
26074596 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26074661 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26074690 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26074755 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26074784 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26074797 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26074700 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 26074327--26074702 Score: 682
Period size: 135 Copynumber: 2.8 Consensus size: 135
26074317 AAATATTTAA
* * * *
26074327 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
*
26074391 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAACTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26074456 TTCAT
131 TTCAT
26074461 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26074526 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26074591 TTCAT
131 TTCAT
26074596 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
* *
26074661 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
26074703 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 7, Indels: 1
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
134 37 0.16
135 197 0.84
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (135 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
TTCAT
Found at i:26074756 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26074626--26074769 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26074616 AAATCTTTCA
* * *
26074626 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26074658 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26074688 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26074720 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26074752 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26074770 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26075048 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26075027--26075076 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26075017 TAAATTAAAC
26075027 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26075045 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26075063 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26075077 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26075229 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26075191--26075324 Score: 106
Period size: 32 Copynumber: 4.2 Consensus size: 32
26075181 TTTTATTCAT
26075191 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
* * * *
26075223 TTAAATAT--TTAATTAACT-GATACTGTTTATAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAAT-CT-TTCA-AA
26075255 TTAAATATTTAATTAAACATAATTAAA----T--AA
1 TTAAATA--TAATT-AA-ATAATTAAATCTTTCAAA
26075285 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
26075317 TTAAATAT
1 TTAAATAT
26075325 TAAATTAACT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 7, Indels: 32
0.67 0.06 0.27
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.11
27 2 0.03
28 5 0.06
29 2 0.03
30 20 0.25
31 3 0.04
32 27 0.34
33 1 0.01
34 1 0.01
36 2 0.03
37 2 0.03
38 4 0.05
39 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
Found at i:26075232 original size:67 final size:64
Alignment explanation
Indices: 26075060--26075282 Score: 196
Period size: 67 Copynumber: 3.3 Consensus size: 64
26075050 TATTTACTTT
* **
26075060 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATGCTGTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAAATGATAATGTTATAATTAA
* ** * * ** *
26075124 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATT-AAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATT
1 A-ATATAATT-AA-ATAATTAAATCTTTCAAAT-TAAATATTTA-ATTAA-ATGATAATGTTA-T
* *
26075188 CATTTA
59 AATTAA
* *
26075194 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAAATGATAATG-TTATAATTAA
*
26075259 ATATTTAATTAAACATAATTAAAT
1 A-ATATAATT-AA-ATAATTAAAT
26075283 AATTAAATAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 26, Indels: 20
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
64 1 0.01
65 18 0.15
66 20 0.17
67 42 0.35
68 20 0.17
69 14 0.12
70 6 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (64 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAAATGATAATGTTATAATTAA
Found at i:26075266 original size:94 final size:93
Alignment explanation
Indices: 26075191--26075391 Score: 357
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 93
26075181 TTTTATTCAT
* *
26075191 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26075256 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATTTAA-TAAACATAATTAAATAA
26075285 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26075350 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATTTAA-TAAACATAATTAAATAA
26075379 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26075392 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (93 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATTTAATAAACATAATTAAATAA
Found at i:26075284 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26075251--26075308 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26075241 GATACTGTTT
26075251 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26075259 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26075267 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26075273 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26075281 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26075290 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26075299 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26075307 AT
1 AT
26075309 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26075287 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26075264--26075391 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26075254 ATTAAATATT
26075264 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26075282 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26075300 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26075322 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26075339 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26075358 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26075376 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26075392 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26075298 original size:595 final size:597
Alignment explanation
Indices: 26074464--26075910 Score: 2551
Period size: 596 Copynumber: 2.4 Consensus size: 597
26074454 TATTCATTTA
26074464 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26074529 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26074594 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26074659 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26074724 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26074789 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGG-AAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26074853 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26074918 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26074983 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26075048 ATTATTTACTTT
586 ATTATTTACTTT
*
26075060 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATGCTG-TTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
26075124 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
26075189 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
131 ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
26075254 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
196 ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
26075319 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
261 AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
26075384 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
326 TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
26075449 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
391 TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
26075514 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
456 AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
26075579 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
521 CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
26075644 ATTATTTACTTT
586 ATTATTTACTTT
* *
26075656 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAA
1 AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
* * * *
26075721 ATATTTAATTAAACATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACT
66 ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAA-A---TAT-AATT--AT-TT-ACTT---TA--A-T
* * * * * * *
26075785 GTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAA
116 ATTT-TAATT--TTATTCATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAAT
* * *
26075849 TAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
178 TAACTGATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
26075911 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 18, Indels: 23
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
595 313 0.38
596 335 0.41
597 35 0.04
600 2 0.00
601 4 0.00
603 2 0.00
604 2 0.00
605 3 0.00
608 2 0.00
610 1 0.00
611 4 0.00
612 5 0.01
613 63 0.08
614 42 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (597 bp):
AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAA
ATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTC
ATTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATA
ATTAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATT
AAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAAA
TATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTATTCATCAAAAGGAAAGCCATGGAAGCTGATTGTT
TTGAACCCATTTTGATCTTAATGGCCTACTTTTTTGGTGGGTTAGTGGATCAAATTGTAGAATAA
AATCAGTAAAATCAAATTAAGGTGGACAGTGAAGTTTGGATGTTTGTGATTTGTGAGGTGAAAAT
CGAACATTACCATATTACCATTGCTCCTAAAGAATAAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA
ATTATTTACTTT
Found at i:26075351 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26075221--26075364 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26075211 AAATCTTTCA
* * *
26075221 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26075253 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26075283 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26075315 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26075347 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26075365 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26075644 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26075623--26075672 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
26075613 TAAATTAAAC
26075623 ATAATTAAATAATTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
** *
26075641 ATAATTATTTACTTTAAT
1 ATAATTAAATAATTTAAT
26075659 ATAATTAAATAATT
1 ATAATTAAATAATT
26075673 AAATCTTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATAATTTAAT
Found at i:26075739 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 26075659--26076173 Score: 462
Period size: 76 Copynumber: 7.2 Consensus size: 76
26075649 TTACTTTAAT
26075659 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26075724 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
* *
26075735 ATAATTAAATAA-TAACATCTTTTAAATTAAATATTAAATTAACTACTACTGTTTATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAA-ATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAAT
26075799 ATTTAATTAAAC
65 ATTTAATTAAAC
*
26075811 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTAAA-TAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26075875 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
* * ** ** * *
26075886 ATAGTTAAATAATTAAA--TAT--AATT--AT-TTACTTTAA-T-ATTTTAATTT-T-ATT-CAT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT-GTTTATAATTAAAT
*
26075939 -TTAAATAT----
65 ATTTAAT-TAAAC
* *
26075947 --AATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
*
26076010 TATAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
* * ** ** * *
26076021 ATAGTTAAATAATTAAA--TAT--AATT--AT-TTACTTTAA-T-ATTTTAATTT-T-ATT-CAT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACT-GTTTATAATTAAAT
*
26076074 -TTAAATAT----
65 ATTTAAT-TAAAC
* *
26076082 --AATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAATTAAATA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
26076145 TTTAATTAAAC
66 TTTAATTAAAC
26076156 ATAATTAAATAATTAAAT
1 ATAATTAAATAATTAAAT
26076174 ATAATTAAAT
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 46, Indels: 90
0.72 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
59 28 0.08
61 4 0.01
63 8 0.02
64 8 0.02
65 10 0.03
66 18 0.05
67 16 0.05
68 19 0.05
69 17 0.05
70 8 0.02
71 13 0.04
72 4 0.01
73 2 0.01
74 2 0.01
75 54 0.16
76 134 0.39
77 3 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (76 bp):
ATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATA
TTTAATTAAAC
Found at i:26076019 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 26075805--26076180 Score: 691
Period size: 135 Copynumber: 2.8 Consensus size: 135
26075795 AAATATTTAA
* * * *
26075805 TTAAACATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATA-TTAAATAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26075869 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26075934 TTCAT
131 TTCAT
26075939 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
26076004 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
26076069 TTCAT
131 TTCAT
26076074 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
* *
26076139 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAATTAAATATAATTA
66 TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTA
26076181 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 6, Indels: 1
0.97 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
134 37 0.16
135 198 0.84
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (135 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAGTTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTAATTTTA
TTCAT
Found at i:26076167 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26076134--26076191 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 7.2 Consensus size: 8
26076124 GATACTGTTT
26076134 ATAATTAA
1 ATAATTAA
*
26076142 ATATTTAA
1 ATAATTAA
* *
26076150 TTAA--AC
1 ATAATTAA
26076156 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26076164 ATAATTAAA
1 ATAATT-AA
26076173 TATAATTAA
1 -ATAATTAA
26076182 ATAATTAA
1 ATAATTAA
26076190 AT
1 AT
26076192 CTTTCAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 8
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.10
8 26 0.65
9 4 0.10
10 6 0.15
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
ATAATTAA
Found at i:26076170 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26076147--26076274 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
26076137 ATTAAATATT
26076147 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26076165 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26076183 TAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TAATTAAA-C-AT--AATTAAA
* *
26076205 T-ATTAAA-TTAACTAATA
1 TAATTAAACATAATTAA-A
** * * *
26076222 CTGTTTATAA-TTAAATATA
1 -TAATTA-AACATAATTAAA
26076241 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAACATAATTAAA
*
26076259 TAATTAAATATAATTA
1 TAATTAAACATAATTA
26076275 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 18
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.06
17 3 0.03
18 53 0.60
19 4 0.05
20 9 0.10
21 6 0.07
22 8 0.09
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.01, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAACATAATTAAA
Found at i:26076172 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 26076074--26076274 Score: 375
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
26076064 TTTTATTCAT
* *
26076074 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
*
26076139 TAAATATTTAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26076168 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
1 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
26076233 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
66 TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
26076262 TTAAATATAATTA
1 TTAAATATAATTA
26076275 TTTACTTTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 104 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (94 bp):
TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTATAAT
TAAATATATAATTAAACATAATTAAATAA
Found at i:26076234 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 26076104--26076247 Score: 113
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
26076094 AAATCTTTCA
* * *
26076104 AATTAAATATTTAATTAACTGATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
* **
26076136 AATTAAATATTTAATTAA--ACATAAT-TAAAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTA-ATAATGTTTAT
* *
26076166 AATTAAATA-T-AATTAAATAATTAAATCTTTCA-
1 AATTAAATATTAAATTAACTAA-T-AATGTTT-AT
*
26076198 AATTAAATATTAAATTAACTAATACTGTTTAT
1 AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
26076230 AATTAAATA-TATAATTAA
1 AATTAAATATTA-AATTAA
26076248 ACATAATTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 22
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.07
29 2 0.02
30 14 0.15
31 10 0.11
32 48 0.52
33 3 0.03
34 9 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (32 bp):
AATTAAATATTAAATTAACTAATAATGTTTAT
Found at i:26078769 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 26078737--26078769 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
26078727 TTATTTGTTT
26078737 TTTTCTTTTAAATCTAA
1 TTTTCTTTTAAATCTAA
26078754 TTTT-TTTTAAAT-TAA
1 TTTTCTTTTAAATCTAA
26078769 T
1 T
26078770 CAAACTAAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.25
16 8 0.50
17 4 0.25
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (17 bp):
TTTTCTTTTAAATCTAA
Found at i:26080019 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 26079852--26080109 Score: 272
Period size: 41 Copynumber: 6.3 Consensus size: 41
26079842 GTTAAATAAA
* * * *
26079852 TTAGCGGCGCTTATGTGA-AAGCGCCGCTAAT-TCAC-ACCT
1 TTAGCGGCGCTTTTCT-ATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
* * ** * **
26079891 TTAGTGGCGCTTTTCTAATAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCT
1 TTAGCGGCGCTTTTCT-ATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
* * * **
26079933 TTAGCGGCGCTTATTATAAAAGCGCCGCTACTGACAAGACCT
1 TTAGCGGCGCTT-TTCTATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
* * *
26079975 TTAGCGGTGCTTTTCTATAAGCACCACTAATGACCCGACCT
1 TTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
*
26080016 TTAGCGGTGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
1 TTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
*
26080057 TTAGCGGCCCTTTTCTATAAGCGCCGCTAATGA-CCGACCT
1 TTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
26080097 TTAGCGGCGCTTT
1 TTAGCGGCGCTTT
26080110 GTGGAAAGCG
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 34, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 14 0.08
40 31 0.17
41 92 0.51
42 41 0.23
43 3 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (41 bp):
TTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAATGACCCGACCT
Found at i:26082200 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 26081932--26082229 Score: 587
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
26081922 GAGAAGAGAG
26081932 AAGAAGACGATTGTATTCTTAATTCATAACTTCCTTCCCCAACCCTGCATGACTATTTTAGGGTG
1 AAGAAGACGATTGTATTCTTAATTCATAACTTCCTTCCCCAACCCTGCATGACTATTTTAGGGTG
26081997 GTTAACGACCATTCCAACAATGATAGCTGTAAGGATAGCTGTGACTTAGTCACCTGTGCAGATAA
66 GTTAACGACCATTCCAACAATGATAGCTGTAAGGATAGCTGTGACTTAGTCACCTGTGCAGATAA
26082062 AAACAAAGAACAAAAGAT
131 AAACAAAGAACAAAAGAT
*
26082080 AAGAAGATGATTGTATTCTTAATTCATAACTTCCTTCCCCAACCCTGCATGACTATTTTAGGGTG
1 AAGAAGACGATTGTATTCTTAATTCATAACTTCCTTCCCCAACCCTGCATGACTATTTTAGGGTG
26082145 GTTAACGACCATTCCAACAATGATAGCTGTAAGGATAGCTGTGACTTAGTCACCTGTGCAGATAA
66 GTTAACGACCATTCCAACAATGATAGCTGTAAGGATAGCTGTGACTTAGTCACCTGTGCAGATAA
26082210 AAACAAAGAACAAAAGAT
131 AAACAAAGAACAAAAGAT
26082228 AA
1 AA
26082230 CAGCTAAAAC
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
148 149 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.17, T:0.27
Consensus pattern (148 bp):
AAGAAGACGATTGTATTCTTAATTCATAACTTCCTTCCCCAACCCTGCATGACTATTTTAGGGTG
GTTAACGACCATTCCAACAATGATAGCTGTAAGGATAGCTGTGACTTAGTCACCTGTGCAGATAA
AAACAAAGAACAAAAGAT
Found at i:26083836 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 26083753--26083943 Score: 251
Period size: 52 Copynumber: 3.7 Consensus size: 52
26083743 ACTTCATTTG
* * * *
26083753 TATACTCACGATGACA-TATAGCCACCGGACCT-TATAATCCGCAAGGGATTCA
1 TATACTCACGATGACACT-TAGTCATCGGACCTCT-TAATCCGTAAAGGATTCA
* * ** * *
26083805 TATACGCACGATGAGACAGAGTCATCAGACCTCTTAATCCATAAAGGATTCA
1 TATACTCACGATGACACTTAGTCATCGGACCTCTTAATCCGTAAAGGATTCA
*
26083857 TATACTCATGATGACACTTAGTCATCGGACCTCTTAATCCGTAAAGGATTCA
1 TATACTCACGATGACACTTAGTCATCGGACCTCTTAATCCGTAAAGGATTCA
26083909 TATACTCACGATGACACTTAGTCATCGGACCTCTT
1 TATACTCACGATGACACTTAGTCATCGGACCTCTT
26083944 CGTTTATGGC
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 18, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
52 118 0.99
53 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.25, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (52 bp):
TATACTCACGATGACACTTAGTCATCGGACCTCTTAATCCGTAAAGGATTCA
Found at i:26090814 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 26090805--26090835 Score: 53
Period size: 4 Copynumber: 7.8 Consensus size: 4
26090795 GCCCTAAGAT
*
26090805 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTCA TTTA TTT
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTT
26090836 TTTTGTAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 25 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.03, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:26095518 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 26095510--26095534 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
26095500 TCCTCAGCTC
26095510 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
26095535 AGGGTTCTCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.32, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:26095971 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 26095964--26096001 Score: 76
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
26095954 TAAGTACTGA
26095964 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
26096002 GATGGAAAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:26098414 original size:420 final size:421
Alignment explanation
Indices: 26097865--26098690 Score: 1458
Period size: 420 Copynumber: 2.0 Consensus size: 421
26097855 ATGGAAGCTT
* *
26097865 AATTTCTAGAGGAAGGTGATCTGATGCCACAAGGATGCGATAGCTTCTGATGAGAAGTGCTTGGT
1 AATTTCTAGAGGAAGGTGATCTGATGCCACAAGGATGCGACAGCTTCTGACGAGAAGTGCTTGGT
* * *
26097930 GCGACGCAAGAGGAGCGGTTAAGGAAGAATTCTAATAGACTAGGAATAGGATGTTTCAATTCCTT
66 GCGACACAAAAGGAGCGGTTAAGGAAGAATTCTAATAGACTAGGAATAGGATGCTTCAATTCCTT
*
26097995 TGTTAATCCCTCTTAAATTGTTGATGAATATTATTGATAATTGTTTGAATACGGAAGTATCTTTC
131 TGTTAATCCCTCTTAAATTGTTGATGAATATTATTGATAATTGTTTGAATACGGAAGTATATTTC
* *
26098060 AATATTAGATTTGCTTTGAGTTCTATTAAATTGTTCTCATTTGTTTATCTTTGGATTTAACTGTT
196 AATATTAGATTTCCTTTGAGTTCTATTAAATTCTTCTCATTTGTTTATCTTTGGATTTAACTGTT
* *
26098125 TTGACCAC-GAAAGTGCGATTGGAGTCACAGTCACTGGAAGGTACGGTGACAAGTTAGATTAACA
261 TTGACCACAG-AAGTCCGATTGCAGTCACAGTCACTGGAAGGTACGGTGACAAGTTAGATTAACA
* * *
26098189 AGCAAGAAAGTGGAAGTTTCTTGGGACTAGGAGGAATTCTGGTCACTTGTTCTTAAGTACTTAGC
325 AGCAAGAAAGTGGAAGTTGCTTGGGACTAGGAGGAATTCTAGTCACTTGTTCTTAAGTACTCAGC
26098254 ATTACCAGCAATGGAAGCTTAATTTCTGGAGG
390 ATTACCAGCAATGGAAGCTTAATTTCTGGAGG
26098286 AATTTCTAGAGGAAGGTGATCTGATGCCACAAGGATGC-ACAGCTTCTGACGAGAAGTGCTTGGT
1 AATTTCTAGAGGAAGGTGATCTGATGCCACAAGGATGCGACAGCTTCTGACGAGAAGTGCTTGGT
26098350 GCGACACAAAAGGAGCGGTTAAGGAAGAATTCTAATAGACTAGGAATAGGATGCTTCAATTCCTT
66 GCGACACAAAAGGAGCGGTTAAGGAAGAATTCTAATAGACTAGGAATAGGATGCTTCAATTCCTT
* *
26098415 TGTTAATCCCTCTTAAATTGTTGATGAATATTATTGATAATTGTTTGAATATGGAAGTATATTTT
131 TGTTAATCCCTCTTAAATTGTTGATGAATATTATTGATAATTGTTTGAATACGGAAGTATATTTC
*
26098480 AATATTAGATTTCCTTTGAGTTCTATTCAATTCTTCTCATTTGTTTATCTTTGGATTTAACTGTT
196 AATATTAGATTTCCTTTGAGTTCTATTAAATTCTTCTCATTTGTTTATCTTTGGATTTAACTGTT
* *
26098545 TTGACCACAGAAGTCCGATTGCAGTCACAGTCACTGGAAGGTACGGTGACAAGTTAGATTCATAA
261 TTGACCACAGAAGTCCGATTGCAGTCACAGTCACTGGAAGGTACGGTGACAAGTTAGATTAACAA
26098610 GCAAGAAAGTGGAAGTTGCTTGGGACTAGGAGGAATTCTAGTCACTTGTTCTTAAGTACTCAGCA
326 GCAAGAAAGTGGAAGTTGCTTGGGACTAGGAGGAATTCTAGTCACTTGTTCTTAAGTACTCAGCA
*
26098675 TTACCAGTAATGGAAG
391 TTACCAGCAATGGAAG
26098691 GTGTGGTAGT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 19, Indels: 3
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
420 346 0.90
421 39 0.10
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (421 bp):
AATTTCTAGAGGAAGGTGATCTGATGCCACAAGGATGCGACAGCTTCTGACGAGAAGTGCTTGGT
GCGACACAAAAGGAGCGGTTAAGGAAGAATTCTAATAGACTAGGAATAGGATGCTTCAATTCCTT
TGTTAATCCCTCTTAAATTGTTGATGAATATTATTGATAATTGTTTGAATACGGAAGTATATTTC
AATATTAGATTTCCTTTGAGTTCTATTAAATTCTTCTCATTTGTTTATCTTTGGATTTAACTGTT
TTGACCACAGAAGTCCGATTGCAGTCACAGTCACTGGAAGGTACGGTGACAAGTTAGATTAACAA
GCAAGAAAGTGGAAGTTGCTTGGGACTAGGAGGAATTCTAGTCACTTGTTCTTAAGTACTCAGCA
TTACCAGCAATGGAAGCTTAATTTCTGGAGG
Found at i:26098936 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26098909--26098963 Score: 83
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
26098899 ACAATCAATT
26098909 CATTTTATATTACAGTTGCACTGA
1 CATTTTATATTACAGTTGCACTGA
* *
26098933 CATTTTGTATTACATTTGCACTGA
1 CATTTTATATTACAGTTGCACTGA
26098957 CAATTTT
1 C-ATTTT
26098964 TACTCTTAAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 23 0.82
25 5 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (24 bp):
CATTTTATATTACAGTTGCACTGA
Found at i:26103990 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 26103966--26104010 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
26103956 AACTTCTTCT
26103966 TCTTCCTTCTCTTT-TTTTC
1 TCTTCCTTCT-TTTCTTTTC
26103985 -CTTCC-TCTTTTCTTTTC
1 TCTTCCTTCTTTTCTTTTC
26104002 TCTT-CTTCT
1 TCTTCCTTCT
26104011 GCTTCAATAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 7
0.77 0.00 0.23
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.13
17 9 0.39
18 11 0.48
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (19 bp):
TCTTCCTTCTTTTCTTTTC
Found at i:26128633 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 26128557--26128678 Score: 235
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
26128547 AATTAGCTAA
26128557 ACATCAATCTTGAGTTGCATGTGAGATAGGTATTGTATGAATTTAATCTTTGATTGCCATG
1 ACATCAATCTTGAGTTGCATGTGAGATAGGTATTGTATGAATTTAATCTTTGATTGCCATG
*
26128618 ACATCGATCTTGAGTTGCATGTGAGATAGGTATTGTATGAATTTAATCTTTGATTGCCATG
1 ACATCAATCTTGAGTTGCATGTGAGATAGGTATTGTATGAATTTAATCTTTGATTGCCATG
26128679 CTTTTTATTG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 60 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (61 bp):
ACATCAATCTTGAGTTGCATGTGAGATAGGTATTGTATGAATTTAATCTTTGATTGCCATG
Found at i:26130043 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 26130017--26130064 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
26130007 TAAATATATA
26130017 TTAAATGTATTAACTAAAGTT
1 TTAAATGTATTAA-TAAA-TT
*
26130038 TTAAATGGTATTAATTAATT
1 TTAAAT-GTATTAATAAATT
26130058 TTAAATG
1 TTAAATG
26130065 ATAATATTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.04
20 8 0.32
21 9 0.36
22 7 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TTAAATGTATTAATAAATT
Found at i:26130061 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 26130017--26130064 Score: 66
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
26130007 TAAATATATA
26130017 TTAAAT-GTATTAACTAAAGTT
1 TTAAATGGTATTAACTAAAGTT
*
26130038 TTAAATGGTATTAA-TTAA-TT
1 TTAAATGGTATTAACTAAAGTT
26130058 TTAAATG
1 TTAAATG
26130065 ATAATATTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.36
21 9 0.36
22 7 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (22 bp):
TTAAATGGTATTAACTAAAGTT
Found at i:26131300 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 26131202--26131645 Score: 590
Period size: 59 Copynumber: 7.6 Consensus size: 59
26131192 GCTCTCTAGT
*
26131202 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACTAAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * *
26131261 CCCCAAACTTTCTAAAATTCCATTTTTAACCTCGGTTTCACCAAAAATTATCATTTTAC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * *
26131320 CCCTAAACTTTCCAAAATTCTATTTTAAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* ** * *
26131379 CCCCATACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAATTTTA-CAAAAAATACCATTTTAC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * *
26131437 CCCTAAACTTTCCAAAATACCATTTTTAACCTC-AGTTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGA-TTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * *
26131496 CCTCGAACTTTCCAAAATCCCATTTTCAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA-
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
** ** *
26131554 CCCTGAACTTTCCAAAA-TCACATTTTTAACCCTAATTTCACCAAAAACTACCATTTTAC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTC-CATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * *
26131613 CCTCAAACTTTCCAAAATTACATTTTTACCCCC
1 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCC
26131646 CGGAAGTCAA
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 46, Indels: 12
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.01
58 98 0.29
59 231 0.69
60 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.30, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
Found at i:26131492 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 26131202--26131640 Score: 595
Period size: 117 Copynumber: 3.7 Consensus size: 118
26131192 GCTCTCTAGT
* *
26131202 CCCC-AAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACTAAAAATTACCATTTTACCCCCA
1 CCCCTAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCAGATTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCCA
* * *
26131266 AACTTTCTAAAATTCCATTTTTAA-CCTCGGTTTCACCAAAAATTATCATTTTA
66 AACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCT-GATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
* * *
26131319 CCCCTAAACTTTCCAAAATTCTATTTTAAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCCA
1 CCCCTAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCAGATTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCCA
* * * *
26131384 TACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAATTTTA-CAAAAAATACCATTTTA
66 AACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
* *
26131436 CCCCTAAACTTTCCAAAATACCATTTTTAACCTCAG-TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTC
1 CCCCTAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACC-CAGATTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCC
* * * *
26131500 GAACTTTCCAAAATCCCATTTTCAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
65 AAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
* * *
26131554 -CCCTGAACTTTCCAAAA-TCACATTTTTAACCCTA-ATTTCACCAAAAACTACCATTTTACCCT
1 CCCCTAAACTTTCCAAAATTC-CATTTTTAACCC-AGATTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCC
*
26131616 CAAACTTTCCAAAATTACATTTTTA
64 CAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTA
26131641 CCCCCCGGAA
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 30, Indels: 14
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
116 2 0.01
117 179 0.63
118 101 0.35
119 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.29, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (118 bp):
CCCCTAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCAGATTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCCA
AACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
Found at i:26131507 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 26131202--26131640 Score: 634
Period size: 176 Copynumber: 2.5 Consensus size: 175
26131192 GCTCTCTAGT
* ** * *
26131202 CCCCAAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACTAAAAATTACCATTTTACCCCCAA
1 CCCCCAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAATTTCAC-AAAAAATACCATTTTACCCCTAA
* * * *
26131267 ACTTTCTAAAATTCCATTTTTAACCTCGGTTTCACCAAAAATTATCATTTTACCCCTAAACTTTC
65 ACTTTCCAAAATACCATTTTTAACCTCAGTTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCTAAACTTTC
* *
26131332 CAAAATTCTATTTTAAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
130 CAAAATCCCATTTTAAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
*
26131378 CCCCCATACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAATTTTACAAAAAATACCATTTTACCCCTAA
1 CCCCCA-ACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAATTTCACAAAAAATACCATTTTACCCCTAA
*
26131443 ACTTTCCAAAATACCATTTTTAACCTCAGTTTCACCAAAAATTACCATTTTA-CCCTCGAACTTT
65 ACTTTCCAAAATACCATTTTTAACCTCAGTTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCT-AAACTTT
*
26131507 CCAAAATCCCATTTTCAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
129 CCAAAATCCCATTTTAAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
** *
26131554 CCCTGAACTTTCCAAAA-TCACATTTTTAACCCTAATTTCACCAAAAACTACCATTTTA-CCCTC
1 CCCCCAACTTTCCAAAATTC-CATTTTTAACCCTAATTTCA-CAAAAAATACCATTTTACCCCT-
26131617 AAACTTTCCAAAATTA-CATTTTTA
63 AAACTTTCCAAAA-TACCATTTTTA
26131641 CCCCCCGGAA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 18, Indels: 12
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.01
175 38 0.16
176 165 0.69
177 34 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.29, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (175 bp):
CCCCCAACTTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCTAATTTCACAAAAAATACCATTTTACCCCTAAA
CTTTCCAAAATACCATTTTTAACCTCAGTTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCCTAAACTTTCC
AAAATCCCATTTTAAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTA
Found at i:26135159 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 26134801--26135164 Score: 464
Period size: 161 Copynumber: 2.3 Consensus size: 158
26134791 CTAGTTCTCA
* * * * *
26134801 TACTCGTACCAA-ACTGAGAAC-AAAAATCGGAACCCAAACTAGATTTAAATAATTTGGAGTTGA
1 TACTCGTA-CAAGACTAAGACCAAAAAATCAGAACCCAAATTAGATTAAAATAATTTGGAGTTGA
* * *
26134864 CATTAAAAAAGTGTTTACGATATACTTGTGATCCAATTGTATTAGGGTGAATGCATGGCGGTGTT
65 CATTAAAAAAGTGTATACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCAT-G-GGTGTT
* * **
26134929 CTGTTGTTCTTTTTTTGGCTTCTAATTCCTG
128 ATGTTGTTATTTTTGGGGCTTCTAATTCCTG
* * * * *
26134960 TACTCGTACTAGGCTAAGACCAAAAAATCAGAACCCCAAATTAGATTAAAATATTTTTGATTTGA
1 TACTCGTACAAGACTAAGACCAAAAAATCAGAA-CCCAAATTAGATTAAAATAATTTGGAGTTGA
*
26135025 CATTAAAATAGTGTATACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCAT-GGTGTTAT
65 CATTAAAAAAGTGTATACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCATGGGTGTTAT
* * *
26135089 GTTGTTATTTTTGGGGCTTGTAGTTCTTG
130 GTTGTTATTTTTGGGGCTTCTAATTCCTG
*
26135118 TACTCGTACAAGACTAAGACCAAAAAAATCAGAACCGAAATTAGATT
1 TACTCGTACAAGACTAAGACC-AAAAAATCAGAACCCAAATTAGATT
26135165 TTTATATTTT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 24, Indels: 9
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
158 63 0.36
159 26 0.15
160 10 0.06
161 78 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (158 bp):
TACTCGTACAAGACTAAGACCAAAAAATCAGAACCCAAATTAGATTAAAATAATTTGGAGTTGAC
ATTAAAAAAGTGTATACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCATGGGTGTTATG
TTGTTATTTTTGGGGCTTCTAATTCCTG
Found at i:26135228 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 26134801--26135212 Score: 479
Period size: 158 Copynumber: 2.6 Consensus size: 158
26134791 CTAGTTCTCA
* * * * * *
26134801 TACTCGTACCAA-ACTGAGAAC-AAAAATCGGAACCCAAACTAGATTTAAATAATTTGGAGTTGA
1 TACTCGTA-CAAGACTAAGACCAAAAAATCAGAACCCAAATTAGATTTAAATATTTTGGAATTGA
* * *
26134864 CATTAAAAAAGTGTTTACGATATACTTGTGATCCAATTGTATTAGGGTGAATGCATGGCGGTGTT
65 CAATAAAAAAGTGTTTACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCAT-G-GGTGTT
* * **
26134929 CTGTTGTTCTTTTTTTGGCTTCTAATTCCTG
128 ATGTTGTTATTTTTGGGGCTTCTAATTCCTG
* * * * *
26134960 TACTCGTACTAGGCTAAGACCAAAAAATCAGAACCCCAAATTAGATTAAAATATTTTTGATTTGA
1 TACTCGTACAAGACTAAGACCAAAAAATCAGAA-CCCAAATTAGATTTAAATATTTTGGAATTGA
* * *
26135025 CATTAAAATAGTGTATACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCAT-GGTGTTAT
65 CAATAAAAAAGTGTTTACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCATGGGTGTTAT
* * *
26135089 GTTGTTATTTTTGGGGCTTGTAGTTCTTG
130 GTTGTTATTTTTGGGGCTTCTAATTCCTG
* **
26135118 TACTCGTACAAGACTAAGACCAAAAAAATCAGAACCGAAATTAGATTTTTATATTTTGGAATTGA
1 TACTCGTACAAGACTAAGACC-AAAAAATCAGAACCCAAATTAGATTTAAATATTTTGGAATTGA
* * * *
26135183 CAATGAGAAAGTGTTTACAATATACCTGTG
65 CAATAAAAAAGTGTTTACGATATACATGTG
26135213 TTCCTGTTGT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 36, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
158 99 0.46
159 26 0.12
160 10 0.05
161 78 0.37
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (158 bp):
TACTCGTACAAGACTAAGACCAAAAAATCAGAACCCAAATTAGATTTAAATATTTTGGAATTGAC
AATAAAAAAGTGTTTACGATATACATGTGATCCAATTGTATTAGGCTGAATGCATGGGTGTTATG
TTGTTATTTTTGGGGCTTCTAATTCCTG
Found at i:26139327 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 26139302--26139354 Score: 88
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
26139292 GGTTGTTGTT
26139302 CTTCCTTCTTTGCTTTTCCC
1 CTTCCTTCTTTGCTTTTCCC
26139322 CTTCCTTCTTTGCTTTTCCC
1 CTTCCTTCTTTGCTTTTCCC
*
26139342 TTTCCTTTCTTTG
1 CTTCC-TTCTTTG
26139355 GGGTAGCTTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 24 0.77
21 7 0.23
ACGTcount: A:0.00, C:0.36, G:0.06, T:0.58
Consensus pattern (20 bp):
CTTCCTTCTTTGCTTTTCCC
Found at i:26149374 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 26149318--26149404 Score: 140
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
26149308 CTCGAATCCT
*
26149318 CACCACCTCCCTCACCCTCACCAC-CTTTACTTCCAGCATCCTTAC
1 CACCACCTCCCTCACCCTCACCACAC-TTACTACCAGCATCCTTAC
*
26149363 CACCATCTCCCTCACCCTCACCACACTTACTACCAGCATCCT
1 CACCACCTCCCTCACCCTCACCACACTTACTACCAGCATCCT
26149405 CATCCTCACC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
45 38 0.97
46 1 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.53, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (45 bp):
CACCACCTCCCTCACCCTCACCACACTTACTACCAGCATCCTTAC
Found at i:26149392 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 26149358--26149416 Score: 75
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
26149348 TTCCAGCATC
*
26149358 CTTACCACCATC-TCCCTCACCCTCACCACA
1 CTTACCACCAGCAT-CCTCACCCTCACCACA
* *
26149388 CTTACTACCAGCATCCTCATCCTCACCAC
1 CTTACCACCAGCATCCTCACCCTCACCAC
26149417 CTTTATTGCC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 24 0.96
31 1 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.53, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (30 bp):
CTTACCACCAGCATCCTCACCCTCACCACA
Found at i:26149511 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26149443--26149519 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
26149433 CTCACCACCC
** *
26149443 TCACCTTCACCACCTTTAACACCC
1 TCACCTTCACCACCTTTATTACCA
*
26149467 TCACCATCACCACCTTTATTACCA
1 TCACCTTCACCACCTTTATTACCA
* *
26149491 TCACCTTGACCACCTTCATTACCA
1 TCACCTTCACCACCTTTATTACCA
26149515 TCACC
1 TCACC
26149520 ATAATATTCC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 46 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.45, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (24 bp):
TCACCTTCACCACCTTTATTACCA
Found at i:26150645 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 26150570--26150664 Score: 145
Period size: 50 Copynumber: 1.9 Consensus size: 50
26150560 CTAAAAGTAA
* * *
26150570 ACAAATGTTGTCTCAATTCCCATAAACATTTCACATGGAAAAAACAGTTC
1 ACAAATGTTGTCTCAAGTCCCATAAACAGTTCACAGGGAAAAAACAGTTC
* *
26150620 ACAAATGTTGTCTCAAGTCCCATAAATAGTTCACGGGGAAAAAAC
1 ACAAATGTTGTCTCAAGTCCCATAAACAGTTCACAGGGAAAAAAC
26150665 CACTCTTCTG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 40 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.21, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (50 bp):
ACAAATGTTGTCTCAAGTCCCATAAACAGTTCACAGGGAAAAAACAGTTC
Found at i:26155348 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 26155309--26155377 Score: 84
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 20
26155299 TTTTGAAACA
*
26155309 ATTTTAAAATCAAGTTAAAATG
1 ATTTT-AAA-CAAGTCAAAATG
26155331 ATTTTAAACAAGTCAAAATG
1 ATTTTAAACAAGTCAAAATG
* * *
26155351 ATTTCAACCAAGTCAAAATC
1 ATTTTAAACAAGTCAAAATG
26155371 ATTTTAA
1 ATTTTAA
26155378 CACTTTAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 34 0.81
21 3 0.07
22 5 0.12
ACGTcount: A:0.48, C:0.12, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTAAACAAGTCAAAATG
Found at i:26157722 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 26157690--26157755 Score: 87
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
26157680 TCCTTTGGGT
* *
26157690 TTTCGCCACAAAAGTTTTATTTTCATA
1 TTTCGCCACAAAAGCTTTACTTTCATA
* *
26157717 TTTCGCCACAAATGCTTTCCTTTCATA
1 TTTCGCCACAAAAGCTTTACTTTCATA
*
26157744 TTTAGCCACAAA
1 TTTCGCCACAAA
26157756 GGTTATCACA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 34 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
TTTCGCCACAAAAGCTTTACTTTCATA
Found at i:26166769 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 26166690--26166778 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 4.3 Consensus size: 21
26166680 AAAAATTAAA
*
26166690 AATATTTCTT-TATAA-TTTCT
1 AATATTT-TTATATAATTTTAT
26166710 AA-ATTTTTAT-TAATTTTAAT
1 AATATTTTTATATAATTTT-AT
* * *
26166730 AAT-TTTTAAACATATTTTTAT
1 AATATTTT-TATATAATTTTAT
* *
26166751 AATATTTTTTTATAATTTTTT
1 AATATTTTTATATAATTTTAT
*
26166772 AAAATTT
1 AATATTT
26166779 AAAAAAATTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 10, Indels: 13
0.69 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.10
19 8 0.15
20 9 0.17
21 20 0.38
22 10 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (21 bp):
AATATTTTTATATAATTTTAT
Found at i:26169522 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26169487--26169535 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
26169477 TAAATTTCAT
**
26169487 AACTTTTTCAATATA-TAATATTA
1 AACTTTTGAAATATATTAATATTA
*
26169510 AACTTTTGAAATATATTTATATTA
1 AACTTTTGAAATATATTAATATTA
26169534 AA
1 AA
26169536 AAACCATTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 13 0.59
24 9 0.41
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (24 bp):
AACTTTTGAAATATATTAATATTA
Found at i:26170986 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 26170973--26170998 Score: 52
Period size: 8 Copynumber: 3.2 Consensus size: 8
26170963 AATATAGATA
26170973 AATAAAAT
1 AATAAAAT
26170981 AATAAAAT
1 AATAAAAT
26170989 AATAAAAT
1 AATAAAAT
26170997 AA
1 AA
26170999 AATTATTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 18 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (8 bp):
AATAAAAT
Found at i:26171089 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26171050--26171091 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
26171040 CCTCATTTTC
*
26171050 TTTTTTTTACAAGCTCAA
1 TTTTTTTTACAAGCCCAA
26171068 TTTTCTTTTACAAGCCCAAA
1 TTTT-TTTTACAAGCCC-AA
26171088 TTTT
1 TTTT
26171092 AAAAGAAACC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.19
19 11 0.52
20 6 0.29
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTTACAAGCCCAA
Found at i:26171418 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 26171411--26171488 Score: 142
Period size: 2 Copynumber: 40.0 Consensus size: 2
26171401 TTCTATTCAC
26171411 AT AT AT AT AT AT AT -T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
26171452 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -T AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
26171489 TTACTTTATA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 0, Indels: 4
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.03
2 72 0.97
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:26171498 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 26171479--26171521 Score: 68
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
26171469 TATATATATA
26171479 TATATTATATTTACTT
1 TATATTATATTTACTT
* *
26171495 TATATTTTATTTATTT
1 TATATTATATTTACTT
26171511 TATATTATATT
1 TATATTATATT
26171522 ATTATTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 24 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (16 bp):
TATATTATATTTACTT
Found at i:26183756 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26183722--26183768 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
26183712 ATTCATCTTT
*
26183722 TATTAATTTGCTCTGAC-ATTTTA
1 TATTAATTTGCACTGACAATTTTA
26183745 TATTACATTTGCACTGACAATTTT
1 TATTA-ATTTGCACTGACAATTTT
26183769 TACTCTTAAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.24
24 11 0.52
25 5 0.24
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.09, T:0.49
Consensus pattern (24 bp):
TATTAATTTGCACTGACAATTTTA
Found at i:26185739 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 26185685--26185856 Score: 200
Period size: 50 Copynumber: 3.4 Consensus size: 50
26185675 GAGGAAAGGT
*
26185685 TTGAAGTCGCAATGGCGAATCTCATACACCTAAAGCTATAGAGGGACAAA
1 TTGAAGCCGCAATGGCGAATCTCATACACCTAAAGCTATAGAGGGACAAA
* * ** * * *
26185735 TTGAAGCCGTAATGGTGAATCTCATACATTTAAAGCTTTAGAGGGGCAGA
1 TTGAAGCCGCAATGGCGAATCTCATACACCTAAAGCTATAGAGGGACAAA
* * * *
26185785 TTGAAGCCGCAATGGCCAATCTCATACACCTAAAGCTGTAGAGGGGCAGA
1 TTGAAGCCGCAATGGCGAATCTCATACACCTAAAGCTATAGAGGGACAAA
* * * *
26185835 CTGAAACCACAAGGGCGAATCT
1 TTGAAGCCGCAATGGCGAATCT
26185857 TACACTTTTG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 19, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 103 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (50 bp):
TTGAAGCCGCAATGGCGAATCTCATACACCTAAAGCTATAGAGGGACAAA
Found at i:26204804 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 26204746--26204812 Score: 71
Period size: 17 Copynumber: 3.8 Consensus size: 17
26204736 TTTCATCACA
*
26204746 TTCCTATTGTCATTACAT
1 TTCC-ATTGTCATTGCAT
** *
26204764 TTTAATTGTCACTGCAT
1 TTCCATTGTCATTGCAT
*
26204781 TTGCATTGTCATTGCAT
1 TTCCATTGTCATTGCAT
26204798 TTCCATTTGTCATTG
1 TTCCA-TTGTCATTG
26204813 TAATTTAATG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 2
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 29 0.73
18 11 0.28
ACGTcount: A:0.19, C:0.19, G:0.12, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
TTCCATTGTCATTGCAT
Found at i:26216018 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 26215988--26216028 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
26215978 TCCCTCAGTC
26215988 GAAAAAAAAAG-AAAGAAAAGG
1 GAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGG
*
26216009 GAAAAGAAAAGAAAAGAAAA
1 GAAAAAAAAAGAAAAGAAAA
26216029 AACAATATGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.56
22 8 0.44
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.22, T:0.00
Consensus pattern (22 bp):
GAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGG
Found at i:26216030 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 26215992--26216030 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
26215982 TCAGTCGAAA
26215992 AAAAAAGAAAGAAAAG
1 AAAAAAGAAAGAAAAG
**
26216008 GGAAAAGAAAAGAAAAG
1 AAAAAAG-AAAGAAAAG
26216025 AAAAAA
1 AAAAAA
26216031 CAATATGTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 1
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.28
17 13 0.72
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.21, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAAGAAAGAAAAG
Done.