Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 50980411
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 1700 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 57 of 171
Found at i:22644162 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22644123--22644233 Score: 81
Period size: 17 Copynumber: 6.6 Consensus size: 17
22644113 GACACCCTAT
*
22644123 TAAATTTATAA-TAATTT
1 TAAATTTA-AATTAATTC
*
22644140 TAAAATTTACATTAATTC
1 T-AAATTTAAATTAATTC
22644158 TAAATTTAAATTAAATT-
1 TAAATTTAAATT-AATTC
*
22644175 TAAATTT-AA-TAAATC
1 TAAATTTAAATTAATTC
22644190 TAAATTTAAATTAAATT-
1 TAAATTTAAATT-AATTC
* *
22644207 TAACTTTAACATAAATT-
1 TAAATTTAA-ATTAATTC
*
22644224 TAATTTTAAA
1 TAAATTTAAA
22644234 ATGATTTGGC
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 8, Indels: 17
0.76 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.04
15 8 0.10
16 5 0.06
17 40 0.51
18 22 0.28
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTTAAATTAATTC
Found at i:22644169 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22644153--22644233 Score: 68
Period size: 6 Copynumber: 14.3 Consensus size: 6
22644143 AATTTACATT
*
22644153 AATTCTA AATTTA AA-TTA AATTTA AATTT- AA--TA AATCTA AATTTA
1 AATT-TA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA
* *
22644198 AA-TTA AATTTA ACTTTA ACA--TA AATTTA ATTTTA AA
1 AATTTA AATTTA AATTTA A-ATTTA AATTTA AATTTA AA
22644234 ATGATTTGGC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 17
0.73 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
3 1 0.02
4 3 0.05
5 15 0.25
6 38 0.62
7 4 0.07
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Found at i:22644174 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 22644158--22644209 Score: 72
Period size: 11 Copynumber: 4.8 Consensus size: 11
22644148 ACATTAATTC
22644158 TAAATTTAAAT
1 TAAATTTAAAT
22644169 TAAATTTAAAT
1 TAAATTTAAAT
*
22644180 TTAA--TAAAT
1 TAAATTTAAAT
22644189 CTAAATTTAAAT
1 -TAAATTTAAAT
22644201 TAAATTTAA
1 TAAATTTAA
22644210 CTTTAACATA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.14
10 3 0.08
11 23 0.64
12 5 0.14
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (11 bp):
TAAATTTAAAT
Found at i:22644933 original size:132 final size:126
Alignment explanation
Indices: 22644749--22645097 Score: 400
Period size: 126 Copynumber: 2.7 Consensus size: 126
22644739 AGATGGAGGG
* * * *
22644749 TTTGGTTGAGGCACTGGTGCTGGTTGC-GTTTCGATTCAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGG
1 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGG
* *
22644813 TGTTGGTTGCGGTTTTGGTTCT-ACGGGCGGGTTAGGTTTAGCAACTTGTGGTGGTGATGGTTGT
66 TGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGA-GGGAGGGTTAGGTTTAGCAAC---TGGT-G-G-TGGTTGT
22644877 GGA
124 GGA
22644880 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGG
1 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGG
* *
22644945 TGCTGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCTACTGGTGGTGGTTGTGGA
66 TGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCAACTGGTGGTGGTTGTGGA
* * * * * * * * *
22645006 TTTGGATTATGAATTGGTGGAGGTTGCGGTTTTGGTTCAG-AGG-GCAAGTTAGGTTTAGGCATT
1 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTG-GACTT-GGTTTAGGCACT
* * * *
22645069 GGTGGTGGTTTCGGCTTTGGTTCAGAGGG
64 GGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGG
22645098 CGAGTTCAGT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 22, Indels: 13
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
124 1 0.01
125 6 0.03
126 79 0.41
127 1 0.01
128 1 0.01
129 4 0.02
131 24 0.12
132 75 0.39
133 1 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.40, T:0.38
Consensus pattern (126 bp):
TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGG
TGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCAACTGGTGGTGGTTGTGGA
Found at i:22645005 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 22644923--22645078 Score: 181
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
22644913 GATTCAGAAG
* * * * * *
22644923 GTGGACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGG-AGGGTTAGGTTTA-G
1 GTGGACTTGGATTAGGAACTGGTGCAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCA-AGTTAGGTTTAGG
22644986 CTACTGGTGGTGGTT
65 C-ACTGGTGGTGGTT
* * * *
22645001 GTGGATTTGGATTATGAATTGGTGGAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGC
1 GTGGACTTGGATTAGGAACTGGTGCAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGC
*
22645066 ATTGGTGGTGGTT
66 ACTGGTGGTGGTT
22645079 TCGGCTTTGG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 11, Indels: 4
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
78 62 0.95
79 3 0.05
ACGTcount: A:0.13, C:0.07, G:0.42, T:0.38
Consensus pattern (78 bp):
GTGGACTTGGATTAGGAACTGGTGCAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGC
ACTGGTGGTGGTT
Found at i:22645142 original size:84 final size:83
Alignment explanation
Indices: 22645022--22645180 Score: 230
Period size: 84 Copynumber: 1.9 Consensus size: 83
22645012 TTATGAATTG
* * *
22645022 GTGGAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTTCGGCTTT
1 GTGGAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGCTTT
22645087 GGTTCAGAGGGCGAGTTCA
66 GGTTCA-AGGGCGAGTTCA
* * * *
22645106 GTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGC-GGATTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGTTT
1 GTGGAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAG-TTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGCTT
22645170 TGGTTCAAGGG
65 TGGTTCAAGGG
22645181 GCAGATTTGG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 3
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 5 0.07
84 62 0.93
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.43, T:0.35
Consensus pattern (83 bp):
GTGGAGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGCTTT
GGTTCAAGGGCGAGTTCA
Found at i:22645627 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 22645546--22645646 Score: 157
Period size: 46 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
22645536 TATCTCATGA
* *
22645546 TTTGATTTTTGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATACTAAT
1 TTTG-TTTTAGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATAATAAT
* *
22645593 TTTGTTTTAGAAATTTGAATTTATTAGTTTATTTTAAGATAATAAT
1 TTTGTTTTAGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATAATAAT
22645639 TTTGTTTT
1 TTTGTTTT
22645647 TATTTAAAAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 46 0.92
47 4 0.08
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.12, T:0.55
Consensus pattern (46 bp):
TTTGTTTTAGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATAATAAT
Found at i:22648406 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 22648370--22648430 Score: 95
Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
22648360 AAATATCACA
*
22648370 ATTTGATTTTATTCCAGTCAAATTGATTTTCG
1 ATTTGATTTGATTCCAGTCAAATTGATTTTCG
* *
22648402 ATTTGATTTGATTCTATTCAAATTGATTT
1 ATTTGATTTGATTCCAGTCAAATTGATTT
22648431 ATAGGCTCCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 26 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.11, T:0.52
Consensus pattern (32 bp):
ATTTGATTTGATTCCAGTCAAATTGATTTTCG
Found at i:22651826 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 22651711--22651976 Score: 137
Period size: 48 Copynumber: 5.8 Consensus size: 47
22651701 CGGTGGCTCC
* *
22651711 TCAGATGGAGGGTTTGGTTGAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
1 TCAGA-GGCGGGTTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
* * * * *
22651759 TCAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGGTGTTGGTTGCGGTTTTGGT
1 TCAG-AGGCGGGTTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
*
22651807 TCTACG-GGCGGGTTAGGTTTA-GCAACT--TG-TGG-T--GG--T-GA-
1 TC-A-GAGGCGGGTTTGGTTTAGGC-ACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
* ** * * * *
22651845 T-GGTTGTGGATTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGAT
1 TCAGAGGCGGGTTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
* ** * * *
22651891 TCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGTGGTTTTGGT
1 TCAG-AGGCGGGTTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
* * * *
22651939 TCTGAGGGAGGGTTAGGTTTA-GCTACTGGTGGTGGTTG
1 TCAGA-GGCGGGTTTGGTTTAGGC-ACTGGTGCTGGTTG
22651977 TGGATTTGGT
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 31, Indels: 40
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.01
36 13 0.08
37 2 0.01
38 3 0.02
39 4 0.02
40 2 0.01
42 4 0.02
44 2 0.01
45 5 0.03
46 3 0.02
47 6 0.04
48 119 0.71
49 2 0.01
50 1 0.01
ACGTcount: A:0.12, C:0.10, G:0.41, T:0.37
Consensus pattern (47 bp):
TCAGAGGCGGGTTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGAT
Found at i:22651879 original size:132 final size:126
Alignment explanation
Indices: 22651723--22652072 Score: 427
Period size: 132 Copynumber: 2.7 Consensus size: 126
22651713 AGATGGAGGG
* * *
22651723 TTTGGTTGAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGG
1 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGG
* *
22651788 TGTTGGTTGCGGTTTTGGTTCT-ACGGGCGGGTTAGGTTTAGCAACTTGTGGTGGTGATGGTTGT
66 TGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGA-GGGAGGGTTAGGTTTAGCAAC---TGGT-G-G-TGGTTGT
22651852 GGA
124 GGA
*
22651855 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGG
1 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGG
* *
22651920 TGCTGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCTACTGGTGGTGGTTGTGGA
66 TGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCAACTGGTGGTGGTTGTGGA
* * * * * * * *
22651981 TTTGGTTTATGAATTGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAG-AGG-GCAAGTTAGGTTTAGGCACT
1 TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTG-GA-TTTGGTTTAGGCACT
* * *
22652044 GGTGGTGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGG
64 GGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGG
22652073 CGAGTTCAGT
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 21, Indels: 12
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
124 1 0.01
125 4 0.02
126 82 0.42
127 1 0.01
128 1 0.01
129 4 0.02
132 100 0.52
133 1 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.41, T:0.37
Consensus pattern (126 bp):
TTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGG
TGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCAACTGGTGGTGGTTGTGGA
Found at i:22651980 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 22651898--22652138 Score: 254
Period size: 78 Copynumber: 3.0 Consensus size: 78
22651888 GATTCAGAAG
* * *
22651898 GTGGACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTA-GC
1 GTGGACTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGAGGGTTAGGTTTAGGC
22651962 TACTGGTGGTGGTT
66 -ACTGGTGGTGGTT
* * * * *
22651976 GTGGATTTGGTTTATGAATTGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCA-AGTTAGGTTTAGG
1 GTGGACTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGG-AGGGTTAGGTTTAGG
22652040 CACTGGTGGTGGTT
65 CACTGGTGGTGGTT
* * * * *
22652054 GCGG-CTTTGGTTCAGAGGGCGAGTTCAGTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGATTAGG
1 GTGGAC-TTGGTT--TA-GGC-A-TT-GGTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGAGGGTTAGG
*
22652118 TTTAGGCACTGGTAGTGGTT
59 TTTAGGCACTGGTGGTGGTT
22652138 G
1 G
22652139 CGGTTTTGGT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 14
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
78 74 0.55
79 3 0.02
80 1 0.01
81 1 0.01
82 1 0.01
83 2 0.01
84 52 0.39
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.42, T:0.37
Consensus pattern (78 bp):
GTGGACTTGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGAGGGTTAGGTTTAGGC
ACTGGTGGTGGTT
Found at i:22652047 original size:48 final size:46
Alignment explanation
Indices: 22651995--22652155 Score: 164
Period size: 48 Copynumber: 3.7 Consensus size: 46
22651985 GTTTATGAAT
* *
22651995 TGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCAC
1 TGGTGGTGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGC--GTTAGGTTTAGGCAC
*
22652043 TGGTGGTGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGGCG--A-G-TT---CA-
1 TGGTGGTGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCGTTAGGTTTAGGCAC
*
22652081 --GTGGTGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGATTAGGTTTAGGCAC
1 TGGTGGTGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGC-G-TTAGGTTTAGGCAC
*
22652127 TGGTAGTGGTTGCGGTTTTGGTTCA-AGGG
1 TGGTGGTGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGG
22652156 GCGGATTTGG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 7, Indels: 25
0.75 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
36 27 0.29
37 1 0.01
39 2 0.02
40 1 0.01
41 1 0.01
42 4 0.04
43 1 0.01
44 1 0.01
45 2 0.02
46 1 0.01
47 4 0.04
48 49 0.52
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.43, T:0.34
Consensus pattern (46 bp):
TGGTGGTGGTTGCGGTTTTGGTTCAGAGGGCGTTAGGTTTAGGCAC
Found at i:22652158 original size:84 final size:82
Alignment explanation
Indices: 22651923--22652158 Score: 268
Period size: 84 Copynumber: 2.9 Consensus size: 82
22651913 GCACTGGTGC
* * * *
22651923 TGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTA-GCTACTGGTGGTGGTTGTGGATTTGGT
1 TGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGATTAGGTTTAGGC-ACTGGTGGTGGTTGCGGATTTGGT
* * *
22651987 TTA----TGAATTGGTGG
65 TCAGGGGCGAATTAGTGG
* * *
22652001 AGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGC-AAGTTAGGTTTAGGCACTGGTGGTGGTTGCGGCTTTGGT
1 TGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGA-TTAGGTTTAGGCACTGGTGGTGGTTGCGGATTTGGT
*
22652065 TCAGAGGGCGAGTTCAGTGG
65 TCAG-GGGCGAATT-AGTGG
* *
22652085 TGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGATTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGTTTTGGTT
1 TGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGATTAGGTTTAGGCACTGGTGGTGGTTGCGGATTTGGTT
22652150 CAAGGGGCG
66 C-AGGGGCG
22652159 GATTTGGTTT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 15, Indels: 14
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
78 55 0.41
79 2 0.02
83 4 0.03
84 69 0.52
85 3 0.02
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.43, T:0.36
Consensus pattern (82 bp):
TGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCGGATTAGGTTTAGGCACTGGTGGTGGTTGCGGATTTGGTT
CAGGGGCGAATTAGTGG
Found at i:22652603 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 22652522--22652623 Score: 159
Period size: 46 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
22652512 TATCTCATGA
* *
22652522 TTTGATTTTTGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATACTAAT
1 TTTG-TTTTAGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATAATAAT
* *
22652569 TTTGTTTTAGAAATTTGAATTTATTAGTTTATTTTAAGATAATAAT
1 TTTGTTTTAGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATAATAAT
22652615 TTTGTTTTA
1 TTTGTTTTA
22652624 TTTAAAAATA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 47 0.92
47 4 0.08
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.12, T:0.55
Consensus pattern (46 bp):
TTTGTTTTAGAAATTTGAATTTACTAGTTGATTTTAAGATAATAAT
Found at i:22654169 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22654148--22654193 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
22654138 CCCGAGGCTT
*
22654148 CTCCTCTTCCCGAGA-CC
1 CTCCTCTTCCCAAGATCC
*
22654165 GCTCCTCTGCCCAAGATCC
1 -CTCCTCTTCCCAAGATCC
22654184 CTCCT-TTCCC
1 CTCCTCTTCCC
22654194 CGGAGTCTCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 3
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.17
18 18 0.75
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.11, C:0.52, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
CTCCTCTTCCCAAGATCC
Found at i:22658134 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 22658095--22658197 Score: 84
Period size: 29 Copynumber: 3.5 Consensus size: 28
22658085 ATCGGGATCA
*
22658095 AAAACGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGT
1 AAAATGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGT
* * *
22658123 AAAATGGAAATTTTTGAAAG-TTTC-GAGGT
1 AAAATGG-AATTTTTG--GGCATTCGGGGGT
* *
22658152 CAAAAATGGAGTTTTTGGACATTCGGGGGT
1 --AAAATGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGT
22658182 AAAATGGTAATTTTTG
1 AAAATGG-AATTTTTG
22658198 AAAGTTTTAG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 10, Indels: 15
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 13 0.23
29 22 0.39
30 14 0.25
31 8 0.14
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AAAATGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGT
Found at i:22658135 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 22658072--22658201 Score: 174
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 59
22658062 GTAAAGCGAT
*
22658072 AATTTTTAGAAA-AATCG-GGATCAAAAACGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGTAAAATGGA
1 AATTTTT-GAAAGAATCGAGG-TCAAAAACGGAATTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGA
** * * *
22658131 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAGTTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGT
1 AATTTTTGAAAGAATCGAGGTCAAAAACGGAATTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGA
22658190 AATTTTTGAAAG
1 AATTTTTGAAAG
22658202 TTTTAGGGTA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 4
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
58 4 0.06
59 57 0.90
60 2 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.27, T:0.32
Consensus pattern (59 bp):
AATTTTTGAAAGAATCGAGGTCAAAAACGGAATTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGA
Found at i:22658210 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 22658178--22658354 Score: 139
Period size: 29 Copynumber: 6.1 Consensus size: 29
22658168 GGACATTCGG
22658178 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTA
1 GGGTAAAAAT-GTAATTTTTGAAAGTTTTA
* * **
22658207 GGGTAAAAATAG-AGTTTTTAGACA-TTCGA
1 GGGTAAAAAT-GTAATTTTT-GAAAGTTTTA
* *
22658236 GGGT-AAAATGTTAATTTTTGCAAGTTTTG
1 GGGTAAAAATG-TAATTTTTGAAAGTTTTA
* * **
22658265 GGGTCAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTGG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTTA
* *
22658294 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTTA
* * *
22658323 GGGTTAAAATATAATTTATGAACAG-TTTA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGAA-AGTTTTA
22658352 GGG
1 GGG
22658355 ACCTCTACGG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 14
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.01
28 7 0.06
29 95 0.79
30 17 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
GGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAGTTTTA
Found at i:22658243 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 22658104--22658333 Score: 252
Period size: 58 Copynumber: 3.9 Consensus size: 58
22658094 AAAAACGGAA
* * * *
22658104 TTTTTGGGCATTCGGGGGTAAAATGGAAATTTTTGAAAG-TTTCGAGGTCAAAAATGGAG
1 TTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAG-GGT-AAAAATAGAG
22658163 TTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAGGGTAAAAATAGAG
1 TTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAGGGTAAAAATAGAG
* * * * * * *
22658221 TTTTTAGACATTCGAGGGTAAAATGTTAATTTTTGCAAGTTTTGGGGTCAAAAT-GTAA
1 TTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAGGGTAAAAATAG-AG
* * * *
22658279 TTTTTGGA-AGTTTGGGGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTTAAGGGTTAAAATA
1 TTTTTGGACA-TTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAGGGTAAAAATA
22658334 TAATTTATGA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 19, Indels: 10
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.01
58 96 0.65
59 45 0.31
60 4 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (58 bp):
TTTTTGGACATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAGGGTAAAAATAGAG
Found at i:22658338 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 22658177--22658339 Score: 190
Period size: 87 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
22658167 TGGACATTCG
* * *
22658177 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTAGGGTAAAAATAGAGTTTTTAGACATTCGAGGGTAA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGTAAAAATAGAATTTTTAGACATTCAAGGGTAA
*
22658242 AATGTTAATTTTTGCAAGTTTT
66 AATGATAATTTTTGCAAGTTTT
* * * *
22658264 GGGGTCAAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGA-AGTTTAAGGG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGTAAAAATAG-AATTTTTAGACA-TTCAAGGG
22658326 TTAAAAT-ATAATTT
63 -TAAAATGATAATTT
22658340 ATGAACAGTT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 8
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
86 2 0.03
87 51 0.80
88 11 0.17
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.25, T:0.39
Consensus pattern (87 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGAGGGTAAAAATAGAATTTTTAGACATTCAAGGGTAA
AATGATAATTTTTGCAAGTTTT
Found at i:22659538 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 22659524--22659603 Score: 65
Period size: 11 Copynumber: 7.0 Consensus size: 11
22659514 TAATATCAAT
*
22659524 TTAAATTTTAA
1 TTAAATTTAAA
22659535 TTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
*
22659546 TTTAAA-GTAAA
1 -TTAAATTTAAA
22659557 TTTAAAATTTAAAA
1 -TT-AAATTT-AAA
*
22659571 TTTAATTTTAAA
1 -TTAAATTTAAA
*
22659583 ATAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
22659594 TT-AATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
22659604 CCCAATAAAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 7, Indels: 9
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.14
11 27 0.47
12 11 0.19
13 6 0.10
14 6 0.10
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (11 bp):
TTAAATTTAAA
Found at i:22659543 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22659511--22659595 Score: 79
Period size: 17 Copynumber: 5.1 Consensus size: 17
22659501 ATTTTTGGGT
*
22659511 TTTTAATATCAATTTAAA
1 TTTTAAT-TAAATTTAAA
22659529 TTTTAATTAAATTTAAA
1 TTTTAATTAAATTTAAA
* *
22659546 TTTAAAGTAAATTTAAA
1 TTTTAATTAAATTTAAA
*
22659563 ATTT-A--AAATTT-AA
1 TTTTAATTAAATTTAAA
*
22659576 TTTTAAAATAAATTTAAA
1 TTTT-AATTAAATTTAAA
22659594 TT
1 TT
22659596 AATTTAAACC
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 10
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.09
14 6 0.11
15 1 0.02
16 1 0.02
17 32 0.57
18 11 0.20
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAATTAAATTTAAA
Found at i:22659544 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22659521--22659603 Score: 77
Period size: 6 Copynumber: 14.3 Consensus size: 6
22659511 TTTTAATATC
* *
22659521 AATTTA AATTTT AA-TTA AATTTA AATTTA AA-GTA AATTTAA AATTTAA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTT-A AATTT-A
* *
22659569 AATTTA ATTTTA AA-ATA AATTTA AA-TT- AATTTA AA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AA
22659604 CCCAATAAAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 12
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.03
5 16 0.25
6 32 0.51
7 13 0.21
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Found at i:22660306 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 22659944--22660531 Score: 914
Period size: 206 Copynumber: 2.9 Consensus size: 206
22659934 TTTCACTGAC
* * * * * ** * * *
22659944 TTGGCCTTCTTCTCGGTATCTCATCAGGAAGATAACCGCATCACTTATTTTGATCCACTTTTTTG
1 TTGGTCTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCATCGCTTGTTTCAATCCGCTTCTCTG
* * * *
22660009 TGTTTCATCAGGAAGACGGATTTGGTTCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAACCATTTTAT
66 TATCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTCCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAACCATTTTAT
* * *
22660074 TTCTTAGACCTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTGGGGTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGC
131 TACTTCGACCTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAGGGTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGC
22660139 GTGGGTTTGAT
196 GTGGGTTTGAT
*
22660150 TTGGTCTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCATCGCTTGTTTCAATTCGCTTCTCTG
1 TTGGTCTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCATCGCTTGTTTCAATCCGCTTCTCTG
*
22660215 TATCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTCCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATAACCATTTTAT
66 TATCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTCCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAACCATTTTAT
* * *
22660280 TGCTTCGACCTGCTTCTCAATATCTCATCAGGAAGCTAGGGTTCGAAGATTTGCTCACATTGAGC
131 TACTTCGACCTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAGGGTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGC
22660345 GTGGGTTTGAT
196 GTGGGTTTGAT
22660356 TTGGTCTTCTTCTCAGTA--TC-TCAGGAAGATGACCGCATCGCTTGTTTCAATCCGCTTCTCTG
1 TTGGTCTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCATCGCTTGTTTCAATCCGCTTCTCTG
22660418 TATCTCATCAGGAAGACGAA-TTGGTCCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAACCATTTTAT
66 TATCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTCCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAACCATTTTAT
* * * *
22660482 TACTTCGCCCTGCCTCTTAGTATCTCATCAGGAAGCTAGGGTTCAAAGAT
131 TACTTCGACCTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAGGGTTCGAAGAT
22660532 CTGTTCGCAT
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 29, Indels: 4
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
202 87 0.25
203 61 0.17
204 2 0.01
206 203 0.58
ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (206 bp):
TTGGTCTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCATCGCTTGTTTCAATCCGCTTCTCTG
TATCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTCCACTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAACCATTTTAT
TACTTCGACCTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTAGGGTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGC
GTGGGTTTGAT
Found at i:22660687 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 22660647--22660701 Score: 92
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
22660637 AATAACTTCA
*
22660647 ATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAGAGATG
1 ATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAAAGATG
*
22660675 ATCTGCCCCTTGCTCGGGGTAAAAGAT
1 ATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAAAGAT
22660702 CAAATGGCTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 25 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (28 bp):
ATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAAAGATG
Found at i:22660721 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 22660608--22660740 Score: 194
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
22660598 GTTAATCGCA
*
22660608 ATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATAACTTCAATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAGAGA
1 ATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATAACTTAAATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAGAGA
22660673 TG
66 TG
** ** * * *
22660675 ATCTGCCCCTTGCTCGGGGTAAAAGATCAAATGGCTTAAATTTGCCCCTTGCTCGGGGTGAGAGA
1 ATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATAACTTAAATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAGAGA
22660740 T
66 T
22660741 CAGAATCTTC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 58 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (67 bp):
ATCTGCCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATCAAATAACTTAAATCTGCCCCTTGCTCAGGGTAAGAGA
TG
Found at i:22661077 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 22661003--22661156 Score: 155
Period size: 49 Copynumber: 3.1 Consensus size: 49
22660993 CGACTTAAAC
* ** * *
22661003 CTTTCCCTTCAAATCTTTATGGTACTGGATCTGCCGTCGCAGCTTAGAT
1 CTTTCCCTTCATATCTTCGTAGTACTGGATCCGCCGTCGCAGCTTAGAT
* * * * *
22661052 CTTTCTCTTCCTATGTTCGTAGTACTGGGTCCGTCGTCGCAGCTTAGAT
1 CTTTCCCTTCATATCTTCGTAGTACTGGATCCGCCGTCGCAGCTTAGAT
* * * * **
22661101 CTTTCCCTTCATGTCTTTGTGGTACTGGATCCGCCGTTGTGGCTTTAGAT
1 CTTTCCCTTCATATCTTCGTAGTACTGGATCCGCCGTCGCAGC-TTAGAT
22661151 CTTTCC
1 CTTTCC
22661157 TATCGTGTCT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 21, Indels: 1
0.79 0.20 0.01
Matches are distributed among these distances:
49 71 0.86
50 12 0.14
ACGTcount: A:0.13, C:0.27, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (49 bp):
CTTTCCCTTCATATCTTCGTAGTACTGGATCCGCCGTCGCAGCTTAGAT
Found at i:22664429 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 22664351--22664565 Score: 162
Period size: 23 Copynumber: 9.5 Consensus size: 23
22664341 TAAACGGAAC
* * *
22664351 AAACAGAGAGTAC-CGAAGTACT
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
* *
22664373 GAACAGAGAGCACA-TAAGTGCT
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
22664395 GGGGAAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
1 ----AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
*
22664422 AAACAGAGAGTACACAAA--G-T
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
*
22664442 --AC--TGAGCACACAAAGTGCT
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
* *
22664461 AATCAGAGAGCACACGAAGTGCT
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
* *
22664484 AATCAGAGAGCACACACAGTGCT
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
* *
22664507 AATAACAGAGAGCACGA-GACGTGCT
1 -A-AACAGAGAGCAC-ACAAAGTGCT
*
22664532 AAACAGAGAGCACACACAGTGCT
1 AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
*
22664555 AATCAGAGAGC
1 AAACAGAGAGC
22664566 GCTAGTGTTC
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 22, Indels: 33
0.74 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.06
18 3 0.02
19 1 0.01
20 1 0.01
21 2 0.01
22 18 0.12
23 80 0.52
24 2 0.01
25 16 0.10
26 14 0.09
27 7 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.21, G:0.25, T:0.12
Consensus pattern (23 bp):
AAACAGAGAGCACACAAAGTGCT
Found at i:22664460 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 22664406--22664480 Score: 123
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
22664396 GGGAAACAGA
*
22664406 GAGCACACAAAGTGCTAAACAGAGAGTACACAAAGTACT
1 GAGCACACAAAGTGCTAAACAGAGAGCACACAAAGTACT
* *
22664445 GAGCACACAAAGTGCTAATCAGAGAGCACACGAAGT
1 GAGCACACAAAGTGCTAAACAGAGAGCACACAAAGT
22664481 GCTAATCAGA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 33 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.23, T:0.12
Consensus pattern (39 bp):
GAGCACACAAAGTGCTAAACAGAGAGCACACAAAGTACT
Found at i:22664519 original size:48 final size:46
Alignment explanation
Indices: 22664445--22664565 Score: 181
Period size: 48 Copynumber: 2.6 Consensus size: 46
22664435 ACAAAGTACT
* *
22664445 GAGCACACAAAGTGCTAATCAGAGAGCAC-ACGAAGTGCTAATCAGA
1 GAGCACACACAGTGCTAATCAGAGAGCACGA-GAAGTGCTAAACAGA
*
22664491 GAGCACACACAGTGCTAATAACAGAGAGCACGAGACGTGCTAAACAGA
1 GAGCACACACAGTGCTAAT--CAGAGAGCACGAGAAGTGCTAAACAGA
22664539 GAGCACACACAGTGCTAATCAGAGAGC
1 GAGCACACACAGTGCTAATCAGAGAGC
22664566 GCTAGTGTTC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 3, Indels: 6
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
46 26 0.38
48 42 0.61
49 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.23, G:0.25, T:0.12
Consensus pattern (46 bp):
GAGCACACACAGTGCTAATCAGAGAGCACGAGAAGTGCTAAACAGA
Found at i:22667333 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 22667317--22667383 Score: 71
Period size: 1 Copynumber: 67.0 Consensus size: 1
22667307 CGACCTCTCC
* * * * * * *
22667317 TTTTCTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGTTTTTTTTTCTCTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
22667382 TT
1 TT
22667384 CATTGAATCC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 14, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 52 1.00
ACGTcount: A:0.01, C:0.07, G:0.01, T:0.90
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:22667336 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 22667317--22667383 Score: 89
Period size: 13 Copynumber: 5.0 Consensus size: 13
22667307 CGACCTCTCC
22667317 TTTTCTTTTTTCTT
1 TTTTCTTTTTT-TT
22667331 TTTTCTTTTTTTT
1 TTTTCTTTTTTTT
*
22667344 TTTTTTTTTTTTT
1 TTTTCTTTTTTTT
*
22667357 TTTTATGTTTTTTT
1 TTTTCT-TTTTTTT
*
22667371 TTCTCTTTTTTTT
1 TTTTCTTTTTTTT
22667384 CATTGAATCC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 26 0.54
14 22 0.46
ACGTcount: A:0.01, C:0.07, G:0.01, T:0.90
Consensus pattern (13 bp):
TTTTCTTTTTTTT
Found at i:22672641 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 22672578--22672718 Score: 164
Period size: 59 Copynumber: 2.4 Consensus size: 59
22672568 GATATCCGGA
* * *
22672578 GGTAAAACGATAATTTTTAGAAA-AATCAGGATCAAAAATGGAATTTTTGGGCAT-TCGGG
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGAATCAGG-TCAAAAATGGAATTTTTGGACATCT-GGG
** * *
22672637 GGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTTGAGGTCAAAAATGGAGTTTTTGGACATCTGGG
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAG-AATCAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCTGGG
22672696 GGTAAAATGGTAATTTTTA-AAAG
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAG
22672719 TTTTGGGGTT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 7, Indels: 8
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 4 0.06
59 62 0.87
60 5 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGAATCAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGACATCTGGG
Found at i:22672713 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 22672612--22672713 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 3.5 Consensus size: 27
22672602 ATCAGGATCA
*
22672612 AAAATGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGT
1 AAAATGGAATTTTTGGACATT-GGGGGT
* * *
22672640 AAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTTGAGGT
1 AAAATGG-AATTTTTGGACA--TTGGGGGT
*
22672669 CAAAAATGGAGTTTTTGGACATCTGGGGGT
1 --AAAATGGAATTTTTGGACAT-TGGGGGT
22672699 AAAATGGTAATTTTT
1 AAAATGG-AATTTTT
22672714 AAAAGTTTTG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 9, Indels: 15
0.70 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.28
29 18 0.32
30 13 0.23
31 10 0.18
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.28, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
AAAATGGAATTTTTGGACATTGGGGGT
Found at i:22672719 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 22672609--22672877 Score: 276
Period size: 59 Copynumber: 4.6 Consensus size: 58
22672599 AAAATCAGGA
* * *
22672609 TCAAAAATGGAATTTTTGGGCATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTGAGG
1 TCAAAAATGGAATTTTTGGACATT-GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGG
*
22672668 TCAAAAATGGAGTTTTTGGACATCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGG
1 TCAAAAATGGAATTTTTGGACAT-TGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGG
* * * * * * * **
22672727 T-TAAAATAGAGTTTTTAGATATTCGAGGGTAAAATGATAATTTTTGCAAGTTTTGGGG
1 TCAAAAATGGAATTTTTGGACATT-GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGG
* * * * ** *
22672785 TCAAAAGTGAAATTTTT-GAAAGTCTGGGTAAAAT-GTAATTTTTATAAGTTTTGGGG
1 TCAAAAATGGAATTTTTGGACATTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGG
22672841 TCAAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTTGGGGGTCAAAAT
1 TCAAAAATGGAATTTTTGGACA--TTGGGGGT-AAAAT
22672878 ATAATTTGTG
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 29, Indels: 14
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
56 35 0.20
57 12 0.07
58 57 0.33
59 69 0.40
60 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (58 bp):
TCAAAAATGGAATTTTTGGACATTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGG
Found at i:22672732 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22672634--22672877 Score: 138
Period size: 30 Copynumber: 8.4 Consensus size: 30
22672624 TTGGGCATTC
*
22672634 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTT
1 GGGGTTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTT
* * * * *
22672664 GAGGTCAAAAATGG-AGTTTTTGGACA--TCT
1 GGGGT-TAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTT
* *
22672693 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTT
1 GGGGTTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTT
* * * *
22672723 GGGGTTAAAATAG-AGTTTTT-AGA-TATTC
1 GGGGTTAAAATGGTAATTTTTGAAAGT-TTT
* *
22672751 GAGGG-TAAAATGATAATTTTTGCAAGTTTT
1 G-GGGTTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTT
* * *
22672781 GGGGTCAAAA-GTGAAATTTTTGAAAG-TCT
1 GGGGTTAAAATG-GTAATTTTTGAAAGTTTT
22672810 -GGG-TAAAAT-GTAATTTTT-ATAAGTTTT
1 GGGGTTAAAATGGTAATTTTTGA-AAGTTTT
* * *
22672837 GGGGTCAAAAATGG-AATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGT-TAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTT
*
22672867 GGGGTCAAAAT
1 GGGGTTAAAAT
22672878 ATAATTTGTG
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 36, Indels: 41
0.67 0.15 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.01
26 11 0.07
27 7 0.04
28 26 0.16
29 37 0.23
30 64 0.41
31 12 0.08
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (30 bp):
GGGGTTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTT
Found at i:22672761 original size:58 final size:56
Alignment explanation
Indices: 22672630--22672846 Score: 224
Period size: 58 Copynumber: 3.8 Consensus size: 56
22672620 ATTTTTGGGC
* * *
22672630 ATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTTGAGGTCAAAAATGGAGTTTTTGGAC
1 ATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGGTC-AAAAT-GAGTTTTT-GAA
* *
22672689 A-TCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGGTTAAAATAGAGTTTTTAGAT
1 ATTC-GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGGTCAAAAT-GAGTTTTT-GAA
* * ** *
22672747 ATTCGAGGGTAAAATGATAATTTTTGCAAGTTTTGGGGTCAAAAGTGAAATTTTTGAA
1 ATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGGTCAAAA-TG-AGTTTTTGAA
* * *
22672805 AGTC-TGGGTAAAAT-GTAATTTTTATAAGTTTTGGGGTCAAAA
1 ATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGGTCAAAA
22672847 ATGGAATTTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 18, Indels: 11
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
56 25 0.18
57 9 0.07
58 59 0.43
59 43 0.32
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
ATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGTTTTGGGGTCAAAATGAGTTTTTGAA
Found at i:22672895 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 22672830--22672895 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
22672820 TAATTTTTAT
* *
22672830 AAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGG
1 AAGTTTGGGGGTCAAAAAT-GAATTTGTGG
22672860 AAGTTTGGGGGTCAAAATAT-AATTTGTGG
1 AAGTTTGGGGGTCAAAA-ATGAATTTGTGG
22672889 ATAGTTT
1 A-AGTTT
22672896 AGGGACCTTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.28
30 21 0.66
31 2 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.29, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
AAGTTTGGGGGTCAAAAATGAATTTGTGG
Found at i:22674079 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22674068--22674142 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 12.5 Consensus size: 6
22674058 TTTTAATATC
** * *
22674068 AATTTA AATTTA AA-GCA AATTTAA AATTTAA AATTTA ATTTTA AA-ATA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTT-A AATTT-A AATTTA AATTTA AATTTA
*
22674116 AATTTA AATTTTA AA-ATA AATTTA AAT
1 AATTTA AA-TTTA AATTTA AATTTA AAT
22674143 CAATTTAAAC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 10, Indels: 10
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 11 0.20
6 24 0.44
7 19 0.35
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Found at i:22674096 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 22674084--22674132 Score: 52
Period size: 7 Copynumber: 7.6 Consensus size: 7
22674074 AATTTAAAGC
22674084 AAATTTA
1 AAATTTA
22674091 AAATTTA
1 AAATTTA
22674098 AAATTT-
1 AAATTTA
*
22674104 AATTTTA
1 AAATTTA
22674111 AAA--T-
1 AAATTTA
22674115 AAATTTA
1 AAATTTA
*
22674122 AATTTTA
1 AAATTTA
22674129 AAAT
1 AAAT
22674133 AAATTTAAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 8
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.09
5 1 0.03
6 6 0.18
7 24 0.71
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (7 bp):
AAATTTA
Found at i:22674103 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 22674068--22674151 Score: 102
Period size: 31 Copynumber: 2.8 Consensus size: 31
22674058 TTTTAATATC
*
22674068 AATTTAAATTTAAAGCAAATTTAAAATTTAA
1 AATTTAAATTTAAAACAAATTTAAAATTTAA
* * *
22674099 AATTTAATTTTAAAATAAATTTAAATTTTAA
1 AATTTAAATTTAAAACAAATTTAAAATTTAA
*
22674130 AA--TAAATTTAAATC-AATTTAAA
1 AATTTAAATTTAAAACAAATTTAAA
22674152 CCCAATAAAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 3
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
28 8 0.17
29 9 0.20
31 29 0.63
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (31 bp):
AATTTAAATTTAAAACAAATTTAAAATTTAA
Found at i:22674112 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 22674084--22674132 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.8 Consensus size: 14
22674074 AATTTAAAGC
22674084 AAATTTAAAATTTA
1 AAATTTAAAATTTA
*
22674098 AAATTT-AATTTTA
1 AAATTTAAAATTTA
22674111 AAA--T-AAATTTA
1 AAATTTAAAATTTA
*
22674122 AATTTTAAAAT
1 AAATTTAAAAT
22674133 AAATTTAAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 6
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 9 0.31
13 10 0.34
14 10 0.34
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
AAATTTAAAATTTA
Found at i:22674141 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22674098--22674142 Score: 83
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
22674088 TTAAAATTTA
22674098 AAATTT-AATTTTAAAAT
1 AAATTTAAATTTTAAAAT
22674115 AAATTTAAATTTTAAAAT
1 AAATTTAAATTTTAAAAT
22674133 AAATTTAAAT
1 AAATTTAAAT
22674143 CAATTTAAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.22
18 21 0.78
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
AAATTTAAATTTTAAAAT
Found at i:22697475 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22697421--22697478 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
22697411 TTAATATAAC
* *
22697421 ATTTGATACCTAAATTTGATATTTTTTTTA
1 ATTTGATACCTAAACTTGACATTTTTTTTA
* *
22697451 ATTTGGTACTTAAACTTGACATTTTTTT
1 ATTTGATACCTAAACTTGACATTTTTTT
22697479 AAAATTGTAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 24 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.09, T:0.55
Consensus pattern (30 bp):
ATTTGATACCTAAACTTGACATTTTTTTTA
Found at i:22697488 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22697431--22697489 Score: 75
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
22697421 ATTTGATACC
* * * *
22697431 TAAATTTGATATTTTTTTTAATTTGGTACT
1 TAAACTTGACATTTTTTTAAAATTGGTACT
22697461 TAAACTTGACATTTTTTTAAAATT-GTACT
1 TAAACTTGACATTTTTTTAAAATTGGTACT
22697490 CTTGGGGGTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.20
30 20 0.80
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.08, T:0.54
Consensus pattern (30 bp):
TAAACTTGACATTTTTTTAAAATTGGTACT
Found at i:22697855 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 22697805--22697871 Score: 64
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
22697795 AAAAAATGAC
* *
22697805 AAATTCAAATATTAAATTGGATAAA
1 AAATTCAAATATCAAATTAGATAAA
* *
22697830 AAATTTAAATATCAAATTA-AGAAA
1 AAATTCAAATATCAAATTAGATAAA
*
22697854 AAGTGTCAAAGTATCAAA
1 AAAT-TCAAA-TATCAAA
22697872 AATTATATTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 3
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.21
25 20 0.59
26 7 0.21
ACGTcount: A:0.57, C:0.06, G:0.09, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
AAATTCAAATATCAAATTAGATAAA
Found at i:22698332 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 22698209--22698315 Score: 189
Period size: 55 Copynumber: 2.0 Consensus size: 55
22698199 ACAAAATCAG
*
22698209 AAACATAA-CATTAAATAAGAAATTAAATAAAAAATTGATACATAAATTTATCCA
1 AAACATAACCATTAAATAAGAAATTAAATAAAAAATTAATACATAAATTTATCCA
*
22698263 AAACATAACCATTAAATAAGAAATTAAATATAAAATTAATACATAAATTTATC
1 AAACATAACCATTAAATAAGAAATTAAATAAAAAATTAATACATAAATTTATC
22698316 TATTTCTTTC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 1
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
54 8 0.16
55 42 0.84
ACGTcount: A:0.59, C:0.09, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (55 bp):
AAACATAACCATTAAATAAGAAATTAAATAAAAAATTAATACATAAATTTATCCA
Found at i:22704715 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 22704708--22704751 Score: 65
Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2
22704698 ATTTTTAATT
*
22704708 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -A TT TA T- TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
22704748 TA TA
1 TA TA
22704752 AATCATTTCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.05
2 36 0.95
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:22706816 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22706778--22706846 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 5.8 Consensus size: 12
22706768 TAAATTAATC
22706778 GAACATGTTCAT
1 GAACATGTTCAT
* **
22706790 GAATAT-TAAAT
1 GAACATGTTCAT
22706801 GAACATGTTCAT
1 GAACATGTTCAT
* *
22706813 GAACAT-ATAATT
1 GAACATGTTCA-T
*
22706825 TAACATGTTCAT
1 GAACATGTTCAT
22706837 GAACAATGTT
1 GAAC-ATGTT
22706847 AATTAATGAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 12, Indels: 7
0.68 0.20 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.24
12 24 0.59
13 7 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (12 bp):
GAACATGTTCAT
Found at i:22706834 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 22706755--22706841 Score: 97
Period size: 23 Copynumber: 3.7 Consensus size: 23
22706745 TAATGTTCAC
*
22706755 GAACATGTTCATTTAA-ATT-AAT
1 GAACATGTTCA-TGAACATTAAAT
*
22706777 CGAACATGTTCATGAATATTAAAT
1 -GAACATGTTCATGAACATTAAAT
*
22706801 GAACATGTTCATGAACATATAATT
1 GAACATGTTCATGAACAT-TAAAT
*
22706825 TAACATGTTCATGAACA
1 GAACATGTTCATGAACA
22706842 ATGTTAATTA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 5
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 3 0.05
23 31 0.54
24 23 0.40
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (23 bp):
GAACATGTTCATGAACATTAAAT
Found at i:22707401 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 22707350--22707404 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 20
22707340 TTAATAAAGT
*
22707350 ATTAATATATTATATTTAAAAC
1 ATTAATATA-AATA-TTAAAAC
* *
22707372 ATTATTTTAAATATTAAAA-
1 ATTAATATAAATATTAAAAC
22707391 ATTAATATAAATAT
1 ATTAATATAAATAT
22707405 AAGGCGAATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 3
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.43
20 6 0.21
21 3 0.11
22 7 0.25
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATATAAATATTAAAAC
Found at i:22715990 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22715979--22716017 Score: 71
Period size: 6 Copynumber: 6.7 Consensus size: 6
22715969 CATAACTGTC
22715979 TTTTAT TTTTA- TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTT
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTTT
22716018 TTAATATATT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.16
6 27 0.84
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (6 bp):
TTTTAT
Found at i:22715995 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 22715979--22716016 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 3.4 Consensus size: 11
22715969 CATAACTGTC
22715979 TTTTATTTTTA
1 TTTTATTTTTA
22715990 TTTTATTTTTA
1 TTTTATTTTTA
22716001 TTTTTATTTTTA
1 -TTTTATTTTTA
22716013 TTTT
1 TTTT
22716017 TTTAATATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 15 0.58
12 11 0.42
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.00, T:0.84
Consensus pattern (11 bp):
TTTTATTTTTA
Found at i:22716719 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 22716690--22716731 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
22716680 CCATGTTATC
*
22716690 AAATAATTTAAAAAATATAA
1 AAATAATTTAAAAAATACAA
22716710 AAAT-ATTTAAAAAATACAA
1 AAATAATTTAAAAAATACAA
22716729 AAA
1 AAA
22716732 ATTCTTAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.81
20 4 0.19
ACGTcount: A:0.71, C:0.02, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
AAATAATTTAAAAAATACAA
Found at i:22716731 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22716690--22716742 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
22716680 CCATGTTATC
*
22716690 AAATAATTTAAAAAATATAA
1 AAAT-ATTTAAAAAATAAAA
22716710 AAATATTTAAAAAATACAAA
1 AAATATTTAAAAAATA-AAA
22716730 AAAT-TCTTAAAAA
1 AAATAT-TTAAAAA
22716743 TTAACTTGAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.43
20 17 0.57
ACGTcount: A:0.68, C:0.04, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
AAATATTTAAAAAATAAAA
Found at i:22717362 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 22717336--22717383 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
22717326 TGAATTTGAA
*
22717336 TCTTC-TCTT-TTCTCTGCAAATTC
1 TCTTCTTCTTCTTCT-TCCAAATTC
22717359 TCTTCTTCTTCTTCTTCCAAATTC
1 TCTTCTTCTTCTTCTTCCAAATTC
22717383 T
1 T
22717384 TAAAATCTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.23
24 13 0.59
25 4 0.18
ACGTcount: A:0.12, C:0.31, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (24 bp):
TCTTCTTCTTCTTCTTCCAAATTC
Found at i:22718460 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22718388--22718630 Score: 201
Period size: 30 Copynumber: 8.1 Consensus size: 30
22718378 TTTCGGAGAA
* *
22718388 TTTGA-GGTCAAAATGTAACTTTAGAAAAAA
1 TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTTAG-AAAAG
* * * *
22718418 ATTAAGGGTCAAAATGTAATTTTAAGGAATG
1 TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTT-AGAAAAG
*
22718449 TTTGA-GGTCAAAATGTGATTTTA-AAAAGG
1 TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTTAGAAAA-G
* *
22718478 TTTG-GGAGTCAAAATGTGATTTTGGAAAAG
1 TTTGAGG-GTCAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * * *
22718508 TTT-AGGTGTCAAAATATGATTTTGGGAAAG
1 TTTGAGG-GTCAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* *
22718538 TTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
1 TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * *
22718568 TTT-AAGGTCAAAATGTAGTTTTAAAAAAG
1 TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * * *
22718597 TTAGAGGGTCAAAATATAATTTTTGAAAGG
1 TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTTAGAAAAG
22718627 TTTG
1 TTTG
22718631 GAGATAAAAT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 32, Indels: 18
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.01
29 31 0.18
30 109 0.63
31 28 0.16
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
TTTGAGGGTCAAAATGTAATTTTAGAAAAG
Found at i:22718612 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 22718392--22718619 Score: 223
Period size: 89 Copynumber: 2.5 Consensus size: 89
22718382 GGAGAATTTG
* * * * * *
22718392 AGGTCAAAATGTAACTTTAGAAAAAAATTA-AGGGTCAAAATGTAATTTTAAGGAATGTTTGAGG
1 AGGTCAAAATGT-AGTTT-TAAAAAAGTTAGAGGGTCAAAATATAATTTTAAGGAAAGTTTAAGG
* *
22718456 TCAAAATGTGATTTTAAAAAGGTTTG
64 TCAAAATGTAATTTTAAAAAGGTTTA
* ** * * *
22718482 GGAGTCAAAATGT-GATTTTGGAAAAGTTTAG-GTGTCAAAATATGATTTT-GGGAAAGTTTAAG
1 AG-GTCAAAATGTAG-TTTTAAAAAAG-TTAGAGGGTCAAAATATAATTTTAAGGAAAGTTTAA-
*
22718544 GGTTAAAATGTAATTTTAGAAAA-GTTTA
62 GGTCAAAATGTAATTTTA-AAAAGGTTTA
22718572 AGGTCAAAATGTAGTTTTAAAAAAGTTAGAGGGTCAAAATATAATTTT
1 AGGTCAAAATGTAGTTTTAAAAAAGTTAGAGGGTCAAAATATAATTTT
22718620 TGAAAGGTTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 20, Indels: 17
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
88 4 0.04
89 48 0.44
90 44 0.40
91 14 0.13
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (89 bp):
AGGTCAAAATGTAGTTTTAAAAAAGTTAGAGGGTCAAAATATAATTTTAAGGAAAGTTTAAGGTC
AAAATGTAATTTTAAAAAGGTTTA
Found at i:22720908 original size:49 final size:48
Alignment explanation
Indices: 22720756--22721193 Score: 315
Period size: 49 Copynumber: 8.9 Consensus size: 48
22720746 TGTCGTTGAT
* ** *
22720756 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATTTTCATGGTGTCGGATTCACCG-TGCG
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
* * * * * ** * * * *
22720804 ACCTTAATCCTTCCCATCACATCTTCTAAAGTATCAGATTCGCTGTTACG
1 GCCTCAA-CCTTTCCTTCATATCTTC-ATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
* *
22720854 GCCTCAACCATTCCTGTCATATCTTCATGATACCGGATTCGCCGTTGCG
1 GCCTCAACCTTTCCT-TCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
* * * * * *
22720903 ACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCGCCGTTACG
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTC-ATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
* * * * * *
22720953 GCCTCAACCTTTCCCTTCCTATCTTTATGGTACTGGGTTCACCATTGCG
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
* * * * * * * *
22721002 TCCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTAAGGTGCCGGGTTCACCGTTACG
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTC-ATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
* * *
22721052 GCCTCAACCTTTCTCTTCATATCTTCATGGTTCTAGG-TTCGCCGTTGCA
1 GCCTCAACCTTTC-CTTCATATCTTCATGGTAC-CGGATTCGCCGTTGCG
* * * * *
22721101 GCCTCAACCTTTCCCATCATATCTTTTAAGGTA-CGGGTTCACCGTTGCG
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATC-TTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
*
22721150 GCCTCAACCTTTCTCTTCATATCTTCATGGTACCGGTTTCGCCG
1 GCCTCAACCTTTC-CTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCG
22721194 GGTTCGCCAT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 77, Indels: 27
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
48 25 0.08
49 167 0.56
50 107 0.36
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (48 bp):
GCCTCAACCTTTCCTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCG
Found at i:22720937 original size:99 final size:98
Alignment explanation
Indices: 22720756--22721193 Score: 508
Period size: 99 Copynumber: 4.4 Consensus size: 98
22720746 TGTCGTTGAT
* ** * *
22720756 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATTTTCATGGTGTCGGATTCACCG-TGCGACCTTAATCC-TTCCC
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCGACCTCAA-CCTTTCCC
* * * *
22720819 ATCACATCTTCTAAAGTATCAGATTCGCTGTTACG
64 ATCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCACCGTTACG
* *
22720854 GCCTCAACCATTCCTGTCATATCTTCATGATACCGGATTCGCCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCA
1 GCCTCAACCTTTCCT-TCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCA
*
22720919 TCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCGCCGTTACG
65 TCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCACCGTTACG
* * * * * * *
22720953 GCCTCAACCTTTCCCTTCCTATCTTTATGGTACTGGGTTCACCATTGCGTCCTCAACCTTTCCCA
1 GCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCA
** *
22721018 TCACATCTTCTAAGGTGCCGGGTTCACCGTTACG
65 TCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCACCGTTACG
* *
22721052 GCCTCAACCTTTCTCTTCATATCTTCATGGTTCTAGG-TTCGCCGTTGC-AGCCTCAACCTTTCC
1 GCCTCAACCTTTC-CTTCATATCTTCATGGTAC-CGGATTCGCCGTTGCGA-CCTCAACCTTTCC
* * * *
22721115 CATCATATCTTTTAAGGTA-CGGGTTCACCGTTGCG
63 CATCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCACCGTTACG
*
22721150 GCCTCAACCTTTCTCTTCATATCTTCATGGTACCGGTTTCGCCG
1 GCCTCAACCTTTC-CTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCG
22721194 GGTTCGCCAT
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 36, Indels: 16
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
97 5 0.02
98 91 0.31
99 195 0.66
100 5 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (98 bp):
GCCTCAACCTTTCCTTCATATCTTCATGGTACCGGATTCGCCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCAT
CACATCTTCTAAGGTATCGGATTCACCGTTACG
Found at i:22721174 original size:148 final size:145
Alignment explanation
Indices: 22720756--22721185 Score: 402
Period size: 148 Copynumber: 2.9 Consensus size: 145
22720746 TGTCGTTGAT
* * * *
22720756 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATTTTCATGGTGTCGGATTCACCG-TGCGACCTTAATCC-TTCCC
1 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTATCGGATTCGCCGTTGCG-CCTCAA-CCTTTCCC
* * * * * * * * * *
22720819 ATCACATCTTCTAAAGTATCAGATTCGCTGTTACGGCCTCAACCATTCCTGTCATATCTTCATGA
64 ATCATATCTTTTAAGGTA-CGGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCT-TCATATCTTCAAGA
* *
22720884 TACCGGATTCGCCGTTGCG
127 TACCGGATTCACCGTTACG
* * * * *
22720903 ACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTAAGGTATCGGATTCGCCGTTACGGCCTCAACCTTTCCC
1 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTC-ATGGTATCGGATTCGCCGTTGC-GCCTCAACCTTTCCC
* * * * * * *
22720968 TTCCTATC-TTTATGGTACTGGGTTCACCATTGCGTCCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTAAG
64 ATCATATCTTTTAAGGTAC-GGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTT-CCTTCATATCTTC-AAG
* * *
22721032 GTGCCGGGTTCACCGTTACG
126 ATACCGGATTCACCGTTACG
*
22721052 GCCTCAACCTTTCTCTTCATATCTTCATGGT-TCTAGG-TTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTTCC
1 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTATC--GGATTCGCCGTTGC-GCCTCAACCTTTCC
* *
22721115 CATCATATCTTTTAAGGTACGGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCTCTTCATATCTTCATGG
63 CATCATATCTTTTAAGGTACGGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTC-CTTCATATCTTCAAGA
22721180 TACCGG
127 TACCGG
22721186 TTTCGCCGGG
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 47, Indels: 22
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
147 34 0.15
148 121 0.54
149 69 0.31
150 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (145 bp):
GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTATCGGATTCGCCGTTGCGCCTCAACCTTTCCCAT
CATATCTTTTAAGGTACGGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCTTCATATCTTCAAGATACC
GGATTCACCGTTACG
Found at i:22722172 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22722155--22722188 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
22722145 CTCTTATTCT
22722155 TTTTTCTTTTCTTTTTC
1 TTTTTCTTTTCTTTTTC
22722172 TTTTTCTTTTCCTTTTT
1 TTTTTCTTTT-CTTTTT
22722189 TTCTTTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.62
18 6 0.38
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTCTTTTCTTTTTC
Found at i:22722196 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22722146--22722188 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 7.2 Consensus size: 6
22722136 CATCTTAACC
* *
22722146 TCTTAT TCTTTT T-TCTTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT CCTTTT T
1 TCTTTT TCTTTT TCT-TTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT T
22722189 TTCTTTTTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
5 1 0.03
6 30 0.94
7 1 0.03
ACGTcount: A:0.02, C:0.19, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (6 bp):
TCTTTT
Found at i:22722199 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22722151--22722200 Score: 64
Period size: 12 Copynumber: 4.0 Consensus size: 12
22722141 TAACCTCTTA
*
22722151 TTCTTTTTTCTT
1 TTCTTTTTTTTT
*
22722163 TTCTTTTTCTTT
1 TTCTTTTTTTTT
22722175 TTCTTTTCCTTTTT
1 TTCTTTT--TTTTT
22722189 TTCTTTTTTTTT
1 TTCTTTTTTTTT
22722201 ATTATTTAGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
12 22 0.67
14 11 0.33
ACGTcount: A:0.00, C:0.16, G:0.00, T:0.84
Consensus pattern (12 bp):
TTCTTTTTTTTT
Found at i:22725734 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22725718--22725756 Score: 62
Period size: 6 Copynumber: 6.7 Consensus size: 6
22725708 TTTAAGAATG
*
22725718 GTATG- GTATGA GTATGA GTATGA GTATGA GCATGA GTAT
1 GTATGA GTATGA GTATGA GTATGA GTATGA GTATGA GTAT
22725757 ATGTATAAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.16
6 26 0.84
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (6 bp):
GTATGA
Found at i:22729947 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 22729595--22729946 Score: 304
Period size: 30 Copynumber: 12.0 Consensus size: 29
22729585 TAAAGTTTCA
* * * *
22729595 GAAAA-TTTTGGGTTAAAATGTATTTTTA
1 GAAAAGTTTAGGGTCAAAATGTAATTTTG
* *
22729623 GAAAATTTTAAGGGTCATAATGTAATTTTAAG
1 GAAAAGTTT-AGGGTCAAAATGTAATTTT--G
* * *
22729655 G-AATGTTTGGGGTCAAAATGTGATTTTG
1 GAAAAGTTTAGGGTCAAAATGTAATTTTG
* *
22729683 GAAAGGTTTAGGAGTCAAAATGTGATTTTG
1 GAAAAGTTTAGG-GTCAAAATGTAATTTTG
* *
22729713 G-GAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTG
1 GAAAAGTTTA-GGGTCAAAATGTAATTTTG
* *
22729742 G-GAAGTTTGAGGGTTAAAATGTAATTTTTG
1 GAAAAGTTT-AGGGTCAAAATGTAA-TTTTG
22729772 G-AAAGTTT-GGATGTCAAAATGTAATTTTG
1 GAAAAGTTTAGG--GTCAAAATGTAATTTTG
* *
22729801 GAAAAGTTTGAAGGTTAAAATGTAATTTTG
1 GAAAAGTTT-AGGGTCAAAATGTAATTTTG
*
22729831 GAAAAGTTTGGGGTC-AAATGTAATTTTG
1 GAAAAGTTTAGGGTCAAAATGTAATTTTG
* * *
22729859 GAAAAGTTTAAGGTCAAAATGCAATTTTA
1 GAAAAGTTTAGGGTCAAAATGTAATTTTG
* * * * *
22729888 AAAAAATTTGAGGGTTAAAATATAATTTTT
1 GAAAAGTTT-AGGGTCAAAATGTAATTTTG
*
22729918 GAAAGGTTTACGGGTCAAAATGTAATTTT
1 GAAAAGTTTA-GGGTCAAAATGTAATTTT
22729947 TAAGTAAAAT
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 41, Indels: 32
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 35 0.13
29 80 0.30
30 144 0.54
31 5 0.02
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
GAAAAGTTTAGGGTCAAAATGTAATTTTG
Found at i:22731847 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22731806--22731857 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
22731796 ATATGGATTC
*
22731806 AAAAT-TTTTAAATTAAAAAA
1 AAAATATTTAAAATTAAAAAA
*
22731826 ATAAATATTTAAAATTATAAAA
1 A-AAATATTTAAAATTAAAAAA
22731848 AAAATATTTA
1 AAAATATTTA
22731858 TCCATTTATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.04
21 13 0.46
22 14 0.50
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
AAAATATTTAAAATTAAAAAA
Found at i:22732116 original size:401 final size:404
Alignment explanation
Indices: 22731343--22739088 Score: 6496
Period size: 407 Copynumber: 19.2 Consensus size: 404
22731333 TGGTTTAAGG
* * * **
22731343 GCATTTAAGGGCATT-AAAAGAGTATCCGTTGGTAGAGTTGAGCATTTAACAGTAACTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* * *
22731407 TTGAAAATTTTCAAATTAAAAAAACCTAAA-A---AAGA--AT----AAAACATATTTATTAATT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA-CTAAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCATT
*
22731462 TATTAAAATTTTTAATTTTTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAA
130 TATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAA
* * * * * * * * * *
22731527 TATAGACAAATGTATAATTAGGATTGTAAACGAATTGAACTTCAACGAATAAACCATTTAGTTGA
194 TATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGG
*
22731592 GTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCCCT-AAGAGAA
259 GTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAA
* * * * **
22731656 TTCACAAAGGAATGGAAATGCAAGTTTCAAGAATAAAAAGGAGATAAAGTATTAAAAGTAATTGT
324 TTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCGT
*
22731721 TGGAGAAGAGCTTTGGA
388 TGGAGAAGAGCCTTGGA
* *
22731738 GCATTTAAGGGCATTAAAAAAAGTATCTGTTGGTGAAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* *
22731803 TTCAAAATTTTTAAATTAAAAAAA-TAAATATTTAAAATTAT-AAAAAAA-ATATTTATCCATTT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACTAAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCATTT
*
22731865 ATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTGATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAATA
131 ATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAATA
* * *
22731930 TAAACAAGTGTATAATTAGGATTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGGGT
196 TAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGGGT
* *
22731995 TTGTAATC-GACAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATGCATTATTTTTTCATTCTATGAAGAGAAT
261 TTGTAATCTG-CAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAAT
** *
22732059 TCACAAATAAATGAAATGGAAATTCCAAGAATACAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTG
325 TCACAAAGGAATGAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTG
*
22732124 GAGAGGTA-CCTTGGA
390 GAGAAG-AGCCTTGGA
* ** * *
22732139 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGTA-TATCTATTACTGGAGTTAAGCATTTAACAACATTTAT-TGG
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAG-AGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGG
* *
22732202 ATTGAAAATTTCTAAATTAAAAAAA--AATATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAACATCTTTAT
65 ATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACTAA-ATATTTAAAATTAT---A-AAAAAAACATATTTAT
* * *
22732265 TCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTATTTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATA
125 TCATTTATTAAA-ATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATA
* * * * **
22732330 TTAAATATAGACTAGTGTATAATTAGGGCTTTAAATTAATTGAGCTTGAACGAACAAAATATTCA
189 TTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCA
* * * * *
22732395 ATTGGGTTTGTAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTACCATATATTATTTTTTTCATTGTCCGA
254 ATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTA-TTTTTTCATTCTCTGA
* * * * **
22732460 AAAGAATTCACAAATGAATGAAAATGGAAGTTTCAAGAATAAAAAACAAATAAAGTATTAAAAGT
318 AGAGAATTCACAAAGGAATG-AAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGT
* *
22732525 AACCGTTAGAG-AGTAGCCTTGGT
382 AACCGTTGGAGAAG-AGCCTTGGA
* * * *
22732548 GCATTT-AGGGCATTAAAAAAAAGTATCCGTTGGTGGAGTTAAGCATTTAACAGCATTTATATAG
1 GCATTTAAGGGCATT-AAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGG
*
22732612 ATTG-AAATTTTTAAATTAAAAAAACTAAAAAATTTAAAATTAT-AAAAAAACATATTTATTCAT
65 ATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT-AAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCAT
* * ** *
22732675 TTATTAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATCAAATTAAATAGGAATATATATTAAA
129 TTATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAA
* *
22732740 TATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGGGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTGG
194 TATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGG
* * * *
22732805 ATTTGTAATATGCAATTATTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTTCATTCTCTGAAGAGA
259 GTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTA-TTTTTTCATTCTCTGAAGAGA
* * * *
22732870 ATTTACAAAGGAATGAAAATGGAAGTTCCAAGAATAAAAA--AAA-AAAGTA-TAAAAGCAACCA
323 ATTCACAAAGGAATG-AAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCG
22732931 TTGGAGAAGAGCCTTGGA
387 TTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * *
22732949 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGATGGAGTTAAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* * * *
22733014 TTGAAATTTTTTAAA-TAAAAAAACTAAAAAATTACAATTATAAAAAAAACATATTTATTCATTT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACTAAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCATTT
* *
22733078 ATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAAT
131 ATTAAA-ATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAAT
* *
22733143 ATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAACT-AATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTTAGTT-G
195 ATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAA-TGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGG
* * * * * *
22733206 GTTTGTAATCTACAACTGTGGTCAGATTTACTCTCATATATTATTTTTTTCATTCTCTGAAGAGA
259 GTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTA-TTTTTTCATTCTCTGAAGAGA
*
22733271 ATTCACAAAGGAATGGAAAT-GAAAGTTCTAAGAATAAAAA-GAAGATAAAGTATTAAAAGTAAC
323 ATTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAA-TTCCAAGAATAAAAAGGAA-ATAAAGTATTAAAAGTAAC
** * * *
22733334 CCATGGTGAGGAGTCTTGGA
385 CGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
*
22733354 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTAT-TCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGG
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCT-GTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGG
* *
22733418 ATTCAAAATTTTTAAATTAAAAAAAAACTATAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAACATGTTT
65 ATTGAAAATTTTTAAATT--AAAAAAACTA-AATATTTAAAATTAT---A-AAAAAAACATATTT
* * * * *
22733483 GTTCGTCTATTAAAATTTT-ATTTTTGAAGTAATTTTATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGAT
123 ATTCATTTATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGAT
* * *
22733547 ATTAAATATAGACAAGTGTATAATTAGGACTGTAAATAAATTTGAGCTTGAACGAACAGACCATT
188 ATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAA-TTGAGCTTGAACGAACAAACCATT
* * * * * * *
22733612 CAATTGGGTTTGTAATCGGCAACTGTAGTTAAATTGTTTCCCATACATTGTTTTTTCATTCTATG
252 CAATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTG
* ** * * *
22733677 AAGAGAATTTACAAATAAATGAAATGGAAATTCGAAGAATACAAAGGAGATAAAGTATTAAAAGT
317 AAGAGAATTCACAAAGGAATGAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGT
* * * *
22733742 AACCGTTGAAGAGGTGCCTTGAA
382 AACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * * *
22733765 ACATTTAAGGGCATTAAAAAGTGTATC--TTGTTGGAGTTGAGCATTTAACTGCATTTAT-TGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
*
22733827 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA-TAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAACATCTTTAT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT-AAATATTTAAAATTAT-----AAAAAAAACATATTTAT
*
22733891 TCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTT-ATTGAAAATTAAATTAAATTTAAATAGAT
125 TCATTTATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATT-AAAATTAAATTAAATTTGAATAGAT
* * * * **
22733955 ATTAAATATAGACTAGTGTATAATTAGGGCTTTAAATGAATTGAACTTGAACGAACAAAATATTC
188 ATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTC
* *
22734020 AATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTGTCCGA
253 AATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGA
* * **
22734085 AGAGAATTCACAAATGAATGAAAATGGAAGTTCCAAGAATAAAAAACAAATAAAGTATTAAAAGT
318 AGAGAATTCACAAAGGAATG-AAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGT
** * *
22734150 AACTATTAGAGAAGAGCCTTGGT
382 AACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* *
22734173 GCATTTAAGGGCATTAAAAAAAAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAACATTTAACAGCATTTATATGG
1 GCATTTAAGGGCATT-AAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGG
** * *
22734238 ATTGAATTTTTTTAAA-TAAAAAAACTAAAAAATTTAAAATTAT-AAAAATACATATTTATTCAT
65 ATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT-AAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCAT
**
22734301 TTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATAAGAATAGATATTAA
129 TTATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAA
* * * *
22734366 ATATAGACGAGTGTATAATTAAGACTATAAATGAATTGGGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTG
193 ATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTG
* * * * * *
22734431 GGTTTGTAATCTGTAATTGTTGTCAAATTGATTCTCATACA-T-TTTTTCCATTATCTGAAGAGA
258 GGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGA
* * * * *
22734494 ATTTACAAAGGAATGAAAATGGAAGTTTCAAGAATAAAAAGG--AGAAAGTATT-AAAGCAACCG
323 ATTCACAAAGGAATG-AAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCG
22734556 TTGGAGAAGAGCCTTGGA
387 TTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * *
22734574 TCATTT-AGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGTATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* * *
22734638 TTGAAATTTTTTAAATTAAAAAAACTAAAAAAATTTACAATTATAAAAAAAACATATTTATTCAT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT--AAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCAT
**
22734703 TTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATAGGAATAGATATTAA
129 TTATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAA
* * * *
22734768 ATATAGACGAGTGTATAATTAAGACGGTAAATGAATTGGGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTG
193 ATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTG
* * *
22734833 GGTTTGTAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTATTTTTTTATTCTCTGAAGAGA
258 GGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGA
* * * *
22734898 ATTTAAAAAGAAATGAAAAT-GAAAGTTCCAAGAATAAAAAGG--AGAAAGTATTAAAAGTAACC
323 ATTCACAAAGGAATG-AAATGGAAA-TTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACC
* *
22734960 GTTGGAGAAGAGCTTTTGA
386 GTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * * *
22734979 GCATTTAAGGGCATTAAAAGGAGTATCCGTTGGTGGAGTTGATCATTTAACAACATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
** ** * ** ** * ** * *
22735044 TTGAAAATTTTTAAATGT--TTATTC-ATATA-TTAAAATT-T----TTAATTTGTGAAGTAATT
66 TTGAAAATTTTTAAAT-TAAAAAAACTAAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCATT
* * * **
22735100 TAATTAAAATTAAATTAAATAG-GAA-TAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAAGACGGT
130 T-ATTAAAATT---TTAATTTGTGAAGTA-AT-TT-AAT-TA-A--AAT-TA-AATTAA-A-TTT
* ** * *** * * *
22735163 AAAT-GA-ATTGGGCATGAATAAAC-AAACTATTCAGTT-GGATTTGTAATCTGTAATT--G-TT
180 GAATAGATATT--AAAT--ATAGACGAGTGTA-T-AATTAGGA-CTGTAA-ATG-AATTGAGCTT
* ** ** * ** * * * ** * ** *
22735221 G-TCAGATTGATTCTCATAC-ATT-ATTTTTTCAT-T-C-TCTGAAG--AGAATT--TACAAAGA
236 GAAC-GA-ACAAAC-CATTCAATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAG-ATTGATTCCCATA
* * *** *** * * **
22735276 AATGAAAATGGAAGTT-TC---A-AGAA-T-AAAAAGG-A-GAAA--G-TATTAAAAGCAACCGT
297 CATTATTTTTTCA-TTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGAAATGGAAATTCCAAG-AA----
* * *** ** * * ** * * * *
22735329 TGGAGAAGAGCCTTGGAGCATT-TAAG--GGCATT-AAAAAGAGTATCCGTTGGT
356 T-AAAAAG-GAAATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAAGAG---CC-TTGGA
* * * * * * * *** * ***
22735380 GAAGTT--GAGCATT--TAACAGTAT-T-TAT-ATGGA-TTGA-AATTTTTTA-AATTTA-AAAA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGT-TGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGG
* * ** * *
22735434 ACTAAAAAAATTTACAATTATAAAAA--AAACA--T---ATT-T---------------ATTCAT
65 ATTGAAAATTTTTA-AATTAAAAAAACTAAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCAT
* *
22735476 TTATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTGAATTTAAATAGATATTAAA
129 TTATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAA
* * * *
22735541 TATAGACGAGTGTATAATTATGACTGTAAATGAATTAAGCTTGAACGAATAAACCATTTAATTGG
194 TATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGG
* * * * * * *
22735606 ATTTGTAATCTACAACTATTGTTAGATTTATTCCCATATA-TATTTTTTCATTCTCTGAACAGAA
259 GTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAA
* * ** *
22735670 TTCACAAAGGAATGAAAAT-GAAAGTTCTAAGAATAAAAAAGCGATAAAGTATTAAAAGTAACCC
324 TTCACAAAGGAATG-AAATGGAAA-TTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCG
* * * * *
22735734 TTGGTGAGGGGTCTTGAA
387 TTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * * *
22735752 ACATTTAAGGGTATTAAAAAGAGTAT-TCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAATAACATTTATATGG
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCT-GTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGG
* * *
22735816 ATTCGAAAA-TTTTAAATAAAAAAAAACTACAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATGTTTGTTC
65 ATT-GAAAATTTTTAAAT-TAAAAAAACTA-AATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTC
* * * *
22735880 GTCTATTAAAAATTTTGATTTTTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATT
127 ATTTATT-AAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATT
* * *
22735945 AAATATAGACAAATGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAATGAACAAACCATTCAAT
191 AAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAAT
* * * * * *
22736010 TGGATTTGTAATCGGCAACTATTGTCAGATTGATTCCCATGCATTGTTTTTTCATTCTATGAAGA
256 TGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGA
** * **
22736075 GAATTCACAAATAAATGAAATAGAAATTCCAAGAATACGAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACC
321 GAATTCACAAAGGAATGAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACC
* * *
22736140 GTTGGAGAGGTGACTTGGA
386 GTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* *
22736159 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTAGTGGAGTTGAGAATTTAACAGCATTTAT-TGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* * *
22736223 TTGAAAATTTCTAAATTAAAAAAAATAAAATATTT-AAATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT-AAATATTTAAAATTAT---A-AAAAAAACATATTTATT
* * * *
22736287 CATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAATAATTTATTTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATAT
126 CATTTATTAAA-ATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATAT
* * * *
22736352 TAAATATAGACTAGTGTATAATTAGGGCTTTAAATGAATTGAGCTTGAAAC-AACAAA-TATTCA
190 TAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTG-AACGAACAAACCATTCA
* * * * * *
22736415 GTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTAAGATTGATTCTCATATATTATTTTTTCATTGTCCGAA
254 ATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAA
* * * * * * ** *
22736480 TAGAATTCACAAATGAATGGAAATAGAAGTTTCAATAATAAAAAACAAATAAAGTATTAAAAGTT
319 GAGAATTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTA
* * * *
22736545 ACCATTAGAGAGGAGCCTTGGT
383 ACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* *
22736567 GCATTTAAGGGCATTAAAAAAAAGTATCTGTTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATATATATG
1 GCATTTAAGGGCATT-AAAAAGAGTATCTG-TTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATG
* *
22736632 GATTGAAATTTTTTAAATTAAAAAAACTAAAAAATTTAAAATTAT-AAAAAAACATATTTATTCA
64 GATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT-AAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCA
**
22736696 TTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATAGGAATAGATATTA
128 TTTATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTA
* * * * *
22736761 AATATAGACGAGTGTATAATTAAGACGGTAAATGAATTGGGCTTGAACGAACAAACCATTTAGTT
192 AATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATT
* * *
22736826 GAGTTTGTAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTATTTTTTTCATTCTCTGAAGA
257 GGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTA-TTTTTTCATTCTCTGAAGA
* * * * * *
22736891 TAATTTAAAAAGAAATAAAAAT-GAAAGTTCCAAGAATAAAAAGG--AGAAAGTATTAAAAGTAA
321 GAATTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAA-TTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAA
*
22736953 CCGTTGGAGAAGAGCCTTTGA
384 CCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* *
22736974 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGTGGAGTTGATCATTTAACAGCATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* * ** * * * * * ** * *
22737039 TTGAAAA-TTTTAATTTAAAAAAAATATTTA-TT-CATTTATTAAAATTTTAATC-TGTGAAGTA
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACTAAATATTTAAAATTA-TAAAA---AAAACATATTTATTC
* * * *
22737100 ATTTAATTAAAATTAAATTAA-ATATGAA-TAGATATTAAATATAGAGGAGTGTATAATTAGGA-
127 ATTT-ATTAAAATT---TTAATTTGTGAAGTA-AT-TT-AAT-TA-A--AAT-TA-AATTA-AAT
* * * **** ** ** **
22737162 CTGTAAAAGA-ATTAAGCT-T-GAACGAACAAACCATTCAGATGGGTTGTTATCTGCAACGGTTG
178 TTG-AATAGATATTAA-ATATAG-ACGAGTGTATAATT---A-GGACTG-TAAATG-AA---TTG
* * * * * * * * *
22737224 TCAGATTGATTC--TCATA-TATT--ATT---TTT-TCATTCT-CTAA-AG-AG--A-ATT--TA
231 --AGCTTGA-ACGAACAAACCATTCAATTGGGTTTGT-AATCTGC-AACTGTTGTCAGATTGATT
** * * *** *** ** * * * * * *
22737272 CAAAGGA-ATGAAAATGAAAGTTCTAAGAATGAAAAATAT-ATAAA-GTATTAAA-AGTAA--CC
291 CCCA-TACATTATTTTTTCA-TTCTCTGAA-G-AGAAT-TCACAAAGGAATGAAATGGAAATTCC
* * ** *** * * * ** * * * *
22737331 AATG-GTGAGGA-GCCTTAGAGCATT-TAAG--GGCATT-AAAAAGAGTATTCGTTGGTA
351 AA-GAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAAGAG----CCTTGG-A
* * * * * * ** * * * **
22737385 G-ATTT--GAGCATTTAACAACA-T-T-T-AT-ATGGA-TTCAAAATTTTTA-A--ATTAAAAAA
1 GCATTTAAGGGCA-TTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCA-TTTAACAGCATTTATATG
* ** * * ** * **** *
22737438 AACTACAATA-TTTAAAATTATAAAAGAAAAAACATGTTTGTTCGTT-T-ATAAAAA-AT-TTTA
64 GA-TTGAAAATTTTTAAATTA-AAAA-AACTAA-ATATTT-AAAATTATAAAAAAAACATATTTA
* * * *
22737498 ---ATTT-GT-GAA--GTAA-TT-T-AATTAA---AATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATA
124 TTCATTTATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATA
* * * * * *
22737550 TTACATATAAACGAGTGTATAATTAGGATTATAAATGAATTGAACTTGAACGAATAAACCATTCA
189 TTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCA
* * * * * * * * * *
22737615 GTTGGGTTTGTAACCAGCAACTATTGTCAAATTGATTCCTATATATTGTTTTTTTATTCTATGAA
254 ATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAA
* * *
22737680 GAGAATTCACAAAGAAATGAAAATGAAAATTCCAAGAATAAAAA-GAGATAAAGTATTAAAAGTA
319 GAGAATTCACAAAGGAATG-AAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTA
* * *
22737744 ACCGTCGGAGAGGTGCCTTGGA
383 ACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * ** ** *
22737766 GCATTAAAGGGCATTAAAAAGATTATCCATTACTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* *
22737831 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAAAACTAGAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAAACTTGT
66 TTGAAAATTTTTAAATT---AAAAAAACTA-AATATTTAAAATTAT------AAAAAAAACATAT
* * *
22737896 TTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAAATTGAATTTAAATA
121 TTATTCATTTATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATA
* *
22737961 GATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAAGACT-TCAAATGAATTGAACTTGAACGAACAAACC
185 GATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGT-AAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACC
* *
22738025 ATTCAGTTAGGG-TTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCTATACATTATTTTTTCATTC
249 ATTCAATT-GGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTC
* * * *
22738089 TCTGAAGAGAATTCACAAATGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAA-GAGATAAAGTATTA
313 TCTGAAGAGAATTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTA
* * * * *
22738153 AAAATAACAGTTGAAGAGGAG-CTTAGA
377 AAAGTAACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * *
22738180 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATTTGTTGGTGGAGTTAAGCATTTAACAACATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* *
22738245 TTGAAAA-TTTAAAATTAAGAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAATGAAACATGTTTAT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAA-AAAAACT-AAATATTTAAAATTAT-AAA-AA--AAACATATTTAT
* * *
22738309 TTATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAATAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATA
125 TCATTTATTAAA-ATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATA
* * * **
22738374 TT-AA-ATAGACGAGTGTATAATTA-GAGCTGTAAATTAATAGAGCTTGAACGAATAAATTATGT
189 TTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGA-CTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCAT-T
* * * * * * *
22738436 -AGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTAATTCTCATACATTGTTTTTTGAATTC-CC
252 CAATTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTT-CATTCTCT
* * * * *
22738499 CAATGAGAATTCACAAAGGAATGGAAAT-AAAAGTTCCAAGAATAGAAAA-TAGATAAATTATTA
316 GAA-GAGAATTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAA-TTCCAAGAATA-AAAAGGAAATAAAGTATTA
* * *
22738562 AAAGTAACCGTTAGAGAGGAGCCTTGAA
377 AAAGTAACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
* * * *
22738590 GTATTTAAGGGCATTAAAAAGATTATATGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
* * *
22738655 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAGTAAAATATTTAAAATAATAAAAGAAAAAAACATGTTTATT
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACT-AAATATTTAAAAT--T-ATA-AAAAAAACATATTTATT
*
22738720 CATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATT-AAATTAAATTAAATTTAAATAGATAT
126 CATTTATTAAAA-TTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATAT
* *
22738784 TAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAATAAACCATTCAG
190 TAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAA
* * ** * *
22738849 TTGGGTTTATAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTTTCATACA-CATTGTTTTCATTCTGC-AA
255 TTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATT-TTTTCATTCT-CTGA
* * * * * *
22738912 AGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAATGAGATAAAATATTAAAAGT
318 AGAGAATTCACAAAGGAAT-GAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGT
22738977 AACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
382 AACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGA
** * * *
22739000 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCATTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACATTTATATTGA
1 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
22739065 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA
66 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA
22739089 AAATGTTATT
Statistics
Matches: 5987, Mismatches: 974, Indels: 765
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
359 4 0.00
360 5 0.00
361 14 0.00
362 19 0.00
363 5 0.00
364 8 0.00
365 7 0.00
366 18 0.00
367 11 0.00
368 13 0.00
370 4 0.00
371 8 0.00
372 22 0.00
373 32 0.01
374 15 0.00
375 7 0.00
376 31 0.01
377 37 0.01
378 16 0.00
379 23 0.00
380 15 0.00
381 12 0.00
382 38 0.01
383 17 0.00
384 6 0.00
385 6 0.00
386 4 0.00
387 2 0.00
388 15 0.00
389 8 0.00
390 11 0.00
391 30 0.01
392 25 0.00
393 14 0.00
394 10 0.00
395 26 0.00
396 79 0.01
397 23 0.00
398 25 0.00
399 84 0.01
400 91 0.02
401 556 0.09
402 395 0.07
403 27 0.00
404 175 0.03
405 436 0.07
406 397 0.07
407 869 0.15
408 555 0.09
409 388 0.06
410 376 0.06
411 385 0.06
412 149 0.02
413 78 0.01
414 84 0.01
415 227 0.04
416 11 0.00
417 1 0.00
418 4 0.00
419 11 0.00
420 4 0.00
421 2 0.00
422 2 0.00
424 6 0.00
425 3 0.00
426 5 0.00
427 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (404 bp):
GCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATTTATATGGA
TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAACTAAATATTTAAAATTATAAAAAAAACATATTTATTCATTT
ATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAATA
TAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAATTGGGT
TTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATT
CACAAAGGAATGAAATGGAAATTCCAAGAATAAAAAGGAAATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGG
AGAAGAGCCTTGGA
Found at i:22733877 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 22733829--22733877 Score: 55
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
22733819 TTATTGGATT
*
22733829 GAAAATTTTTAAATTAAAAAAA
1 GAAAATTTTAAAATTAAAAAAA
* *
22733851 TAAAATATTTAAAATT-ATAAAA
1 GAAAAT-TTTAAAATTAAAAAAA
22733873 GAAAA
1 GAAAA
22733878 AAAACATCTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.64
23 8 0.36
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
GAAAATTTTAAAATTAAAAAAA
Found at i:22733878 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 22733830--22733872 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
22733820 TATTGGATTG
*
22733830 AAAATTTTTAAATTAAAAAAAT
1 AAAATTTTAAAATTAAAAAAAT
*
22733852 AAAATATTTAAAATTATAAAA
1 AAAAT-TTTAAAATTAAAAAA
22733873 GAAAAAAAAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.28
23 13 0.72
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
AAAATTTTAAAATTAAAAAAAT
Found at i:22736723 original size:815 final size:813
Alignment explanation
Indices: 22735058--22739501 Score: 5305
Period size: 815 Copynumber: 5.5 Consensus size: 813
22735048 AAATTTTTAA
* * **
22735058 ATGTTTATTCATATATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATAGG
1 ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * * * **
22735123 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAAGACGGTAAATGAATTGGGCATGAATAAACAA
66 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
* * * *
22735188 ACTATTCAGTTGGATTTGTAATCTGTAATTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTATTTTTTCAT
131 ACCATTCAGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTGTTTTTTCAT
* * * *
22735253 TCTCTGAAGAGAATTTACAAAGAAATGAAA-ATGGAAGTTTCAAGAATAAAAAGG-AGAAAGTAT
196 TCTCTGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAATA-GAAAGTTCCAAGAATAAAAAGGAATAAAGTAT
* *
22735316 TAAAAGCAACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGTG
260 TAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGTG
* ** * * * *
22735381 AAGTTGAGCATTTAACAGTATTTATATGGATTGAAATTTTTTAAATTTAAAAAACTAAAAAAATT
325 GAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAAT-AAAATATT
* *
22735446 TACAATTAT---A-AAAAAAACATATTTATTCATTTATTAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTA
389 TA-AATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTA
* *
22735507 ATTAAAATTAAATTGAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTATGACTGTAAAT
453 ATTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAAT
* * * * * * * * *
22735572 GAATTAAGCTTGAACGAATAAACCATTTAATTGGATTTGTAATCTACAACTATTGTTAGATTTAT
518 GAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGAT
* * *
22735637 TCCCATATA-TATTTTTTCATTCTCTGAACAGAATTCACAAAGGAATGAAAAT-GAAAG-TTCTA
583 TCTCATATATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAG-AAGTTTC-A
* * * * * *
22735699 AGAATAAAAAAGC-GATAAAGTATTAAAAGTAACCCTTGGTGAGGGGTCTTGAAACATTTAAGGG
646 AGAATAAAAAA-CAGATAAAGTATTAAAAGTAACCATTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGG
* *
22735763 TATTAAAAAGAGTATTCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAATAACATTTATATGGATTCGAAAATTT
710 CATTAAAAAGAGTATT-GTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATT-GAAAATTT
* *
22735828 TAAATAAAAAAAAACTACAATATTTAAAATTATAAAAAAAAC
773 TAAAT-TAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAAAAAC
* * * * *
22735870 ATGTTTGTTCGTCTATTAAAAATTTTGATTTTTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
1 ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * *
22735935 AATAGATATTAAATATAGACAAATGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAATGAACAA
66 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
* * * * *
22736000 ACCATTCAATTGGATTTGTAATCGGCAACTATTGTCAGATTGATTCCCATGCATTGTTTTTTCAT
131 ACCATTCAGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTGTTTTTTCAT
* * **
22736065 TCTATGAAGAGAATTCACAAATAAATGAAATAGAAA-TTCCAAGAATACGAAGGAAATAAAGTAT
196 TCTCTGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAATAGAAAGTTCCAAGAATAAAAAGG-AATAAAGTAT
* * * *
22736129 TAAAAGTAACCGTTGGAGAGGTGACTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTAGTG
260 TAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGTG
* * *
22736194 GAGTTGAGAATTTAACAGCATTTAT-TGGATTGAAAATTTCTAAATTAAAAAAAATAAAATATTT
325 GAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAATAAAATATTT
* *
22736258 AAATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAATAATTTAT
390 AAATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAA-TTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAA
* * *
22736323 TTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACTAGTGTATAATTAGGGCTTTAAATG
454 TTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATG
* *
22736388 AATTGAGCTTGAAAC-AACAAA-TATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTAAGATTGAT
519 AATTGAGCTTG-AACGAACAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGAT
* * * * *
22736451 TCTCATATATTATTTTTTCATTGTCCGAATAGAATTCACAAATGAATGGAAATAGAAGTTTCAAT
583 TCTCATATATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAGAAGTTTCAAG
* * * *
22736516 AATAAAAAACAAATAAAGTATTAAAAGTTACCATTAGAGAGGAGCCTTGGTGCATTTAAGGGCAT
648 AATAAAAAACAGATAAAGTATTAAAAGTAACCATTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCAT
* * * *
22736581 TAAAAAAAAGTATCTGTTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAGCATATATATGGATTGAAATTTTTT
713 T-AAAAAGAGTAT-TG-TTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAA-ATTTT
*
22736646 AAATTAAAAAAACTAAAAAATTTAAAATTAT-AAAAAAAC
774 AAATTAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAAAAAC
* * **
22736685 ATATTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATAGG
1 ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * *
22736750 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAAGACGGTAAATGAATTGGGCTTGAACGAACAA
66 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
* * *
22736815 ACCATTTAGTT-GAGTTTGTAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTATTTTTTTC
131 ACCATTCAGTTGGA-TTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATT-GTTTTTTC
* * * * *
22736879 ATTCTCTGAAGATAATTTAAAAAGAAAT-AAAAATGAAAGTTCCAAGAATAAAAAGG-AGAAAGT
194 ATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAATA-GAAAGTTCCAAGAATAAAAAGGAATAAAGT
* *
22736942 ATTAAAAGTAACCGTTGGAGAAGAGCCTTTGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGG
258 ATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGG
* *
22737007 TGGAGTTGATCATTTAACAGCATTTATATGGATTGAAAA-TTTT-AATT--------T-AAA-A-
323 TGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAATAAAATAT
* *
22737059 --AAA--AT-------------A--TTTATTCATTTATTAAAATTTTAATCTGTGAAGTAATTTA
388 TTAAATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTA
* * * *
22737105 ATTAAAATTAAATTAAATATGAATAGATATTAAATATAGAGGAGTGTATAATTAGGACTGTAAAA
453 ATTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAAT
* * * *
22737170 GAATTAAGCTTGAACGAACAAACCATTCAGATGGG-TTGTTATCTGCAACGGTTGTCAGATTGAT
518 GAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGAT
* * *
22737234 TCTCATATATTATTTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTTACAAAGGAATGAAAAT-GAAAG-TTCTA
583 TCTCATATATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAG-AAGTTTC-A
* * * * * *
22737297 AGAATGAAAAATATATAAAGTATTAAAAGTAACCAATGGTGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGC
646 AGAATAAAAAACAGATAAAGTATTAAAAGTAACCATTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGC
* * *
22737362 ATTAAAAAGAGTATTCGTTGGTAGATTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTCAAAATTTTT
711 ATTAAAAAGAGTATT-GTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAA-TTTT
*
22737427 AAATTAAAAAAAACTACAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAC
774 AAATT-AAAAAAACTAAAATATTTAAAATTAT--AA-AAAAAAC
* * *
22737471 ATGTTTGTTCGTTTATAAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAAATTAAATTA
1 ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAA--T--TT--AATTAAAATTAAATTA
* * * * *
22737536 AATTTGAATAGATATTACATATAAACGAGTGTATAATTAGGATTATAAATGAATTGAACTTGAAC
60 AATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAAC
* * * * * * *
22737601 GAATAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAACCAGCAACTATTGTCAAATTGATTC-CTATATATTGTT
125 GAACAAACCATTCAGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTC-ATACATTGTT
* * *
22737665 TTTTTATTCTATGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAA-ATGAAAATTCCAAGAATAAAAA-GAGA
189 TTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAATA-GAAAGTTCCAAGAATAAAAAGGA-A
* * * *
22737728 TAAAGTATTAAAAGTAACCGTCGGAGAGGTGCCTTGGAGCATTAAAGGGCATTAAAAAGATTATC
252 TAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATC
* **
22737793 CATTACTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAAAA
317 CGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATT--AAAAAAAA
* *
22737858 CTAGAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAAACTTGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTT
380 -TAAAATATTT-AAATTATAAAAG--AAAAAAACATGTTTATTCATTTATT-AAATTTTTAATTT
* *
22737923 GTGAAGTAATTTAATAAAAATTAAATTGAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAAT
440 GTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAAT
* *
22737988 TAAGACT-TCAAATGAATTGAACTTGAACGAACAAACCATTCAGTTAGGG-TTGTAATCTGCAAC
505 TAGGACTGT-AAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTT-GGGTTTGTAATCTGCAAC
* *
22738051 TGTTGTCAGATTGATTC-CTATACATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAATGAATGG
568 TGTTGTCAGATTGATTCTC-ATATATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGG
* * * *
22738115 AAATAGAAGTTCCAAGAAT-AAAAAGAGATAAAGTATTAAAAATAA-CAGTTGAAGAGGAG-CTT
632 AAATAGAAGTTTCAAGAATAAAAAACAGATAAAGTATTAAAAGTAACCA-TTGGAGAGGAGCCTT
* *
22738177 AGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATTTGTTGGTGGAGTTAAGCATTTAACAACATTTATAT
696 GGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTA-TTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATAT
*
22738242 GGATTGAAAATTTAAAATTAAGAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAATGAAAC
760 GGATTGAAAATTTTAAATTAA-AAAAACTAAAATATTTAAAATTAT-AAA-AA--AAAC
* ** *
22738301 ATGTTTATTTATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAATAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
1 ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * *
22738366 AATAGATATT-AA-ATAGACGAGTGTATAATTA-GAGCTGTAAATTAATAGAGCTTGAACGAATA
66 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGA-CTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACA
** *
22738428 AATTATGT-AGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTAATTCTCATACATTGTTTTTTG
130 AACCAT-TCAGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTGTTTTTT-
* ** * *
22738492 AATTC-CCCAATGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATA-AAAGTTCCAAGAATAGAAAA-TAGATA
193 CATTCTCTGAA-GAGAATTCACAAAGAAAT-GAAATAGAAAGTTCCAAGAATA-AAAAGGA-ATA
* * * * * **
22738554 AATTATTAAAAGTAACCGTTAGAGAGGAGCCTTGAAGTATTTAAGGGCATTAAAAAGATTATATG
254 AAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCG
*
22738619 TTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAGTAAA
319 TTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAATAAA
*
22738684 ATATTTAAAATAATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGT
384 ATATTT-AAATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATT-AAATTTTTAATTTGTGAAGT
22738749 AATTTAATT-AAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACT
447 AATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACT
* * *
22738813 GTAAATGAATTGAGCTTGAACGAATAAACCATTCAGTTGGGTTTATAATCTGCAATTGTTGTCAG
512 GTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAG
* * * * *
22738878 ATTGATTTTCATACA-CATTGTTTTCATTCTGC-AAAGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAGAA
577 ATTGATTCTCATATATTATT-TTTTCATTCT-CTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAGAA
* ** * * *
22738941 GTTCCAAGAATAAAAATGAGATAAAATATTAAAAGTAACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGAGCATTT
640 GTTTCAAGAATAAAAAACAGATAAAGTATTAAAAGTAACCATTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTT
** *
22739006 AAGGGCATTAAAAAGAGTATCCATTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACA-TT-TAT--ATTG---
705 AAGGGCATTAAAAAGAGTAT-TGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAA
*
22739064 -------ATT--GAAAA-T----T-TTT-AAATTA-AAAAAAAA-
769 ATTTTAAATTAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAAAAAC
22739091 ATG-TTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
1 ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
*
22739155 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGATTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
66 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
* * * * * * *
22739220 ATCATTCAGTTGGGTTTGTGATCTACAACTGTTGTCAGATTAATTCACATACATTATTTTTT-AT
131 ACCATTCAGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTGTTTTTTCAT
* * * ** *
22739284 TCTCTGAAGAGAATTTACTAAAG-AATGGAAGAGAAAGTTTTAAGAATAAAAAGTAGATAAAGTA
196 TCTCTGAAGAGAATTCAC-AAAGAAATGAAATAGAAAGTTCCAAGAATAAAAAGGA-ATAAAGTA
** * * * * * *
22739348 TTAAAAGTAACCCATGGTGAGGTGTCATGGAGCATTTAAGGACATTAAAAAGAGTATTCG-TGGT
259 TTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGT
** ** *
22739412 GGAGTTTTGCATTTAACAACATTTATATGGATT-AAAAAATTTAAATTAAAAAAAACTACAATAT
324 GGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAA-TAAAATAT
*
22739476 TGAAATTATAAAAG-AAAAAACATGTT
388 TTAAATTATAAAAGAAAAAAACATGTT
22739502 CGTTCGTTTT
Statistics
Matches: 3148, Mismatches: 364, Indels: 266
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
781 47 0.01
782 42 0.01
783 228 0.07
784 27 0.01
785 1 0.00
786 55 0.02
787 30 0.01
788 52 0.02
789 153 0.05
790 16 0.01
791 153 0.05
792 223 0.07
793 7 0.00
794 7 0.00
796 6 0.00
797 3 0.00
798 1 0.00
799 2 0.00
801 3 0.00
802 1 0.00
803 4 0.00
804 1 0.00
805 4 0.00
806 6 0.00
807 1 0.00
810 6 0.00
811 26 0.01
812 227 0.07
813 93 0.03
814 76 0.02
815 457 0.15
816 95 0.03
817 65 0.02
818 173 0.05
819 91 0.03
820 55 0.02
821 23 0.01
822 100 0.03
823 38 0.01
824 151 0.05
825 1 0.00
826 2 0.00
827 1 0.00
828 8 0.00
829 31 0.01
830 125 0.04
831 143 0.05
832 85 0.03
833 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (813 bp):
ATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
ACCATTCAGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTGTTTTTTCAT
TCTCTGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAATAGAAAGTTCCAAGAATAAAAAGGAATAAAGTATT
AAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGTTGGTGG
AGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAATAAAATATTTA
AATTATAAAAGAAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATT
AAAATTAAATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAA
TTGAGCTTGAACGAACAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCT
CATATATTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAGAAGTTTCAAGAAT
AAAAAACAGATAAAGTATTAAAAGTAACCATTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAA
AAAGAGTATTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTAAATTAA
AAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAAAAAC
Found at i:22738097 original size:415 final size:409
Alignment explanation
Indices: 22737055--22739089 Score: 2659
Period size: 410 Copynumber: 4.9 Consensus size: 409
22737045 ATTTTAATTT
* * *
22737055 AAAAAAA-ATATTTATTCATTTATTAAAA-TTTTAATCTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAAT
1 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAAAT
* * *
22737118 TAAATATGAATAGATATTAAATATAGAGGAGTGTATAATTAGGACTGTAAAAGAATT-AAGCTTG
66 TAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAA-CTTG
* * * * *
22737182 AACGAACAAACCATTCAGATGGGTTGTTATCTGCAACGGTTGTCAGATTGATTCTCATATATTAT
130 AACGAATAAACCATTCAGTTGGGTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTAT
* * * * * *
22737247 TTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTTACAAAGGAATGAAAATGAAAGTTCTAAGAATGAAAAATATA
195 TTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAGAAATGGAAAT-AAAGTTCCAAGAAT-AAAAAGAGA
** * * *
22737312 TAAAGTATTAAAAGTAACCAATGGTGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATT
258 TAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATC
* * *
22737377 CGTTGGTAGATTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTCAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACT
323 CGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACT
*
22737442 ACAATATTTAAAATTATAAAAG
388 AAAATATTTAAAATTATAAAAG
* * * *
22737464 -AAAAAACATGTTTGTTCGTTTATAAAAAATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAAA
1 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAA-T---A--AAAA
* * * *
22737528 TTAAATTAAATTTGAATAGATATTACATATAAACGAGTGTATAATTAGGATTATAAATGAATTGA
60 TTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGA
* * * *
22737593 ACTTGAACGAATAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAACCAGCAACTATTGTCAAATTGATTC-CTAT
125 ACTTGAACGAATAAACCATTCAGTTGGG-TTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTC-AT
* * * * * * *
22737657 ATATTGTTTTTTTATTCTATGAAGAGAATTCACAAAGAAATGAAAATGAAAATTCCAAGAATAAA
188 ACATTATTTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAGAAATGGAAAT-AAAGTTCCAAGAATAAA
* * *
22737722 AAGAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTCGGAGAGGTGCCTTGGAGCATTAAAGGGCATTAAAAAG
252 AAGAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAG
* * **
22737787 ATTATCCATTACTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAA
317 AGTATCCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATT--AA
*
22737852 AAAAAACTAGAATATTTAAAATTATAAAAG
380 AAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
*
22737882 AAAAAAAAACTTGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAA
1 --AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAA
* * *
22737947 ATTGAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAAGACT-TCAAATGAATTGAACT
64 ATTAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGT-AAATGAATTGAACT
*
22738011 TGAACGAACAAACCATTCAGTTAGGGTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTC-CTATACA
128 TGAACGAATAAACCATTCAGTT-GGGTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTC-ATACA
*
22738075 TTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAATG-AATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAA
191 TTATTTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAA-GAAATGGAAATA-AAGTTCCAAGAATAAAAA
* * * *
22738139 GAGATAAAGTATTAAAAATAACAGTTGAAGAGGAG-CTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAG
254 GAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAG
** * * *
22738203 TATTTGTTGGTGGAGTTAAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAA-TTTAAAATTAAGAAA
319 TATCCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAA
22738267 AACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
384 AACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
** * * * *
22738293 AATGAAACATGTTTATTTATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAATAATTTAATTAAAATTAAAT
1 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAAAT
* * *
22738358 TAAATTTGAATAGATATT-AA-ATAGACGAGTGTATAATTA-GAGCTGTAAATTAATAGAGCTTG
66 TAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGA-CTGTAAATGAATTGAACTTG
** * *
22738420 AACGAATAAATTATGT-AGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTAATTCTCATACATT
130 AACGAATAAACCAT-TCAGTTGG-GTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATT
* * * * * * *
22738484 GTTTTTTGAATTCCCCAATGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAAAAGTTCCAAGAATAGAAAAT
193 ATTTTTT-CATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAGAAATGGAAAT-AAAGTTCCAAGAATA-AAAAG
* * * * *
22738549 AGATAAATTATTAAAAGTAACCGTTAGAGAGGAGCCTTGAAGTATTTAAGGGCATTAAAAAGATT
255 AGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGT
**
22738614 ATATGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATT-AAAAAA
320 ATCCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA
* *
22738678 AGTAAAATATTTAAAATAATAAAAG
385 ACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
*
22738703 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAAT-TAAATTAAAT
1 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAAAT
* *
22738767 TAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGA
66 TAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAACTTGA
* * * *
22738832 ACGAATAAACCATTCAGTTGGGTTTATAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTTTCATACA-CAT
131 ACGAATAAACCATTCAGTTGGG-TTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTAT
22738896 TGTTTTCATTCTGC-AAAGAGAATTCACAAA-AGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAATG
195 T-TTTTCATTCT-CTAAAGAGAATTCACAAAGA-AATGGAAATA-AAGTTCCAAGAATAAAAA-G
* *
22738959 AGATAAAATATTAAAAGTAACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGT
255 AGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGT
* * *
22739024 ATCCATTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACATTTATATTGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA
320 ATCCGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAA
22739089 A
385 A
22739090 AATGTTATTC
Statistics
Matches: 1425, Mismatches: 159, Indels: 82
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
406 4 0.00
407 93 0.07
408 53 0.04
409 156 0.11
410 330 0.23
411 140 0.10
412 2 0.00
413 8 0.01
414 71 0.05
415 203 0.14
416 202 0.14
417 84 0.06
418 31 0.02
420 1 0.00
421 47 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (409 bp):
AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAAAT
TAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAACTTGA
ACGAATAAACCATTCAGTTGGGTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCTCATACATTATT
TTTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAGAAATGGAAATAAAGTTCCAAGAATAAAAAGAGATAA
AGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCCGT
TGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAA
ATATTTAAAATTATAAAAG
Found at i:22738690 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 22738658--22738707 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
22738648 ATATGGATTG
* * *
22738658 AAAATTTTTAAATTAAAAAAAGT
1 AAAATATTTAAAATAAAAAAAGA
*
22738681 AAAATATTTAAAATAATAAAAGA
1 AAAATATTTAAAATAAAAAAAGA
22738704 AAAA
1 AAAA
22738708 AACATGTTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.04, T:0.28
Consensus pattern (23 bp):
AAAATATTTAAAATAAAAAAAGA
Found at i:22738917 original size:818 final size:811
Alignment explanation
Indices: 22737055--22739501 Score: 3111
Period size: 818 Copynumber: 3.0 Consensus size: 811
22737045 ATTTTAATTT
* *
22737055 AAAAAAA-ATATTTATTCATTTATTAAAA-TTTTAATCTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAAT
1 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATT-AAATTAAAT
* * * * *
22737118 TAAATATGAATAGATATTAAATATAGAGGAGTGTATAATTAGGACTGTAAAAGAATTAAGCTTGA
65 TAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGA
* * * *
22737183 ACGAACAAACCATTCAGATGGGTTGTT-ATCTGCAACGGTTGTCAGATTGATTCTCATATATTAT
130 ACGAACAAACCATTCAGTTGGGTT-TTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTTTCATACATTAT
* * * * * *
22737247 TTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTTACAAAGGAATGAAAAT-GAAAGTTCTAAGAATGAAAAATAT
194 TTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAG-AAGTTCCAAGAAT-AAAAAGAG
* *
22737311 ATAAAGTATTAAAAGTAACCA-ATGGTGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTA
257 ATAAAGTATTAAAAGTAA-CAGTTGGAGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTA
* * * *
22737375 TTCGTTGGTAGATTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTCAAAATTTTTAAATTAAAAAAAA
321 TTCGTTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAA--TTTAAATTAAGAAAAA
* * *
22737440 CTACAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAACATGTTTGTTCGTTTATAAAAAATTTTAATTTGTG
384 CTA-AATATTTAAAATTATAAAAG-AAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTG
* *
22737505 AAGTAATTTAATTAAAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTACATATAAACGAGTGTAT
447 -A--AA--TAATT-TAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTA-ATATAGACGAGTGTAT
* * * * *
22737570 AATTAGGATTATAAATGAATTGAACTTGAACGAATAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAACCAGCAA
505 AATTAGGATTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAATAAATCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAA
* * * * * * *
22737635 CTATTGTCAAATTGATTCCTATATATTGTTTTTTTATTCTATGAAGAGAATTCACAAAGAAATGA
570 CTGTTGTCAGATTAATTCC-ATACATTG-TTTTTTATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGG
* *
22737700 AAATGAAAA-TTCCAAGAATAAAAAGAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTCGGAGAGGTGCCTTG
633 AAAT-AAAAGTTCCAAGAATAAAAATAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGTGCCTTG
* ** **
22737764 GAGCATTAAAGGGCATTAAAAAGATTATCCATTACTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATG
697 GAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGATTAT-TGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATG
*
22737829 GATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAAAACTAGAATATTTAAAATTATAAAAG
761 GATTGAAAATTTTTAAATT--AAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
* *
22737882 AAAAAAAAACTTGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATAAAAATTAA
1 --AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAAT-TAAATTAA
* * *
22737947 ATTGAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAAGACT-TCAAATGAATTGAACT
63 ATTAAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGT-AAATGAATTGAGCT
* *
22738011 TGAACGAACAAACCATTCAGTTAGGGTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGA-TTCCTATACA
127 TGAACGAACAAACCATTCAGTT-GGGTTTTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTTTC-ATACA
* *
22738075 TTATTTTTTCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAATGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAAG
190 TTATTTTTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAAG
* *
22738140 AGATAAAGTATTAAAAATAACAGTTGAAGAGGAG-CTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGT
255 AGATAAAGTATTAAAAGTAACAGTTGGAGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGT
* * *
22738204 ATTTGTTGGTGGAGTTAAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTAAAATTAAGAAAAA
320 ATTCGTTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTT-AAATTAAGAAAAA
* **
22738269 CTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAATGAAACATGTTTATTTATTTATTAAATTTTTTAATTTGT
384 CT-AAATATTTAAAATTATAAAAGAA--AAACATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGT
22738334 GAAATAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAA-ATAGACGAGTGTATAATTA-
446 GAAATAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAATATAGACGAGTGTATAATTAG
* * * * *
22738397 GAGCTGTAAATTAATAGAGCTTGAACGAATAAATTATGT-AGTTGGATTTGTAATCTGCAACTGT
511 GA-TTGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAATAAATCAT-TCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGT
**
22738461 TGTCAGATTAATTCTCATACATTGTTTTTTGAATTC-CCCAATGAGAATTCACAAAGGAATGGAA
574 TGTCAGATTAATTC-CATACATTGTTTTTT--ATTCTCTGAA-GAGAATTCACAAAGGAATGGAA
* * * *
22738525 ATAAAAGTTCCAAGAATAGAAAATAGATAAATTATTAAAAGTAACCGTTAGAGAGGAGCCTTGAA
635 ATAAAAGTTCCAAGAATA-AAAATAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGTGCCTTGGA
*
22738590 GTATTTAAGGGCATTAAAAAGATTATATGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGA
699 GCATTTAAGGGCATTAAAAAGATTAT-TGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGA
* *
22738655 TTGAAAATTTTTAAATT-AAAAAAAGTAAAATATTTAAAATAATAAAAG
763 TTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
22738703 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAATTAAATT
1 AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAATTAAATT
22738768 AAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAA
66 AAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAA
* * *
22738833 CGAATAAACCATTCAGTTGGGTTTATAATCTGCAATTGTTGTCAGATTGATTTTCATACA-CATT
131 CGAACAAACCATTCAGTTGGGTTT-TAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTTTCATACATTATT
22738897 GTTTTCATTCTGC-AAAGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAATGAG
195 -TTTTCATTCT-CTAAAGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAA-GAG
* * * *
22738961 ATAAAATATTAAAAGTAACCGTTGGAGAAGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTAT
257 ATAAAGTATTAAAAGTAACAGTTGGAGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTAT
* *
22739026 CCATTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACA-TT-TAT--ATTG---------ATT--G-AAAA-T-
322 TCGTTGGTGGAATTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTAAATTAAGAAAAACTA
*
22739073 --T-TTT-AAA-T-TAAAA-AAAAA-ATG-TTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAGTA
387 AATATTTAAAATTATAAAAGAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAATA
22739129 ATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGATTG
452 ATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATT-AATATAGACGAGTGTATAATTAGGATTG
* * *
22739194 TAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAAATCATTCAGTTGGGTTTGTGATCTACAACTGTTGTCAGA
516 TAAATGAATTGAGCTTGAACGAATAAATCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGA
* * *
22739259 TTAATTCACATACATTATTTTTTATTCTCTGAAGAGAATTTACTAAA-GAATGGAAGA-GAAAGT
581 TTAATTC-CATACATTGTTTTTTATTCTCTGAAGAGAATTCAC-AAAGGAATGGAA-ATAAAAGT
** ** * * *
22739322 TTTAAGAATAAAAAGTAGATAAAGTATTAAAAGTAACCCATGGTGAGGTGTCATGGAGCATTTAA
643 TCCAAGAATAAAAA-TAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGTGCCTTGGAGCATTTAA
* * ** *
22739387 GGACATTAAAAAGAGTATTCG-TGGTGGAGTTTTGCATTTAACAACATTTATATGGATT-AAAAA
707 GGGCATTAAAAAGATTATT-GTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAAT
* * *
22739450 ATTTAAATTAAAAAAAACTACAATA-TTGAAATTATAAAAG
771 TTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
22739490 -AAAAAACATGTT
1 AAAAAAACATGTT
22739502 CGTTCGTTTT
Statistics
Matches: 1439, Mismatches: 141, Indels: 119
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
786 12 0.01
787 25 0.02
788 53 0.04
789 158 0.11
790 13 0.01
791 101 0.07
792 2 0.00
793 2 0.00
794 5 0.00
795 1 0.00
796 3 0.00
797 3 0.00
798 1 0.00
802 1 0.00
803 4 0.00
804 1 0.00
806 3 0.00
816 4 0.00
817 8 0.01
818 174 0.12
819 90 0.06
820 55 0.04
821 36 0.03
822 91 0.06
823 40 0.03
824 148 0.10
825 5 0.00
827 2 0.00
828 5 0.00
829 42 0.03
830 128 0.09
831 139 0.10
832 83 0.06
833 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (811 bp):
AAAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAATTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAATTAAATT
AAATTTAAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGACTGTAAATGAATTGAGCTTGAA
CGAACAAACCATTCAGTTGGGTTTTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTTTCATACATTATTT
TTTCATTCTCTAAAGAGAATTCACAAAAGAATGGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAAGAGATAA
AGTATTAAAAGTAACAGTTGGAGAGGAGCCTTAGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATTCGT
TGGTGGAATTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTAAATTAAGAAAAACTAAATA
TTTAAAATTATAAAAGAAAAACATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTGTGAAATAATTT
AATTAAAATTAAATTAAATTTGAATAGATATTAATATAGACGAGTGTATAATTAGGATTGTAAAT
GAATTGAGCTTGAACGAATAAATCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTAAT
TCCATACATTGTTTTTTATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATGGAAATAAAAGTTCCAAGAA
TAAAAATAGATAAAGTATTAAAAGTAACCGTTGGAGAGGTGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAA
AAAGATTATTGTTGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATTTATATGGATTGAAAATTTTTAAATTA
AAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG
Found at i:22740867 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 22740784--22740898 Score: 135
Period size: 45 Copynumber: 2.5 Consensus size: 46
22740774 CGAAGTACTT
*
22740784 AACAGTAAGCACAC-AAGTGCTGGGGAAACAGTAAGCACACACAGTGC-A
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGC----GAAACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
* * *
22740832 ATCAGTAGGCACACAAAGTGCGAAACAGTAGGCACACAAAGTGCGA
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGCGAAACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
*
22740878 AACAGTAAGCACACACAGTGC
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGC
22740899 TGATCGGTAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 7, Indels: 6
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
45 21 0.36
46 19 0.33
48 12 0.21
49 6 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.23, G:0.24, T:0.10
Consensus pattern (46 bp):
AACAGTAAGCACACAAAGTGCGAAACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
Found at i:22740910 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 22740784--22740898 Score: 135
Period size: 23 Copynumber: 4.9 Consensus size: 23
22740774 CGAAGTACTT
22740784 AACAGTAAGCACAC-AAGTGCTGGGGA
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGC----GA
*
22740810 AACAGTAAGCACACACAGTGC-A
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
* *
22740832 ATCAGTAGGCACACAAAGTGCGA
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
*
22740855 AACAGTAGGCACACAAAGTGCGA
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
*
22740878 AACAGTAAGCACACACAGTGC
1 AACAGTAAGCACACAAAGTGC
22740899 TGATCGGTAA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 7, Indels: 7
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 19 0.24
23 42 0.52
26 14 0.17
27 5 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.23, G:0.24, T:0.10
Consensus pattern (23 bp):
AACAGTAAGCACACAAAGTGCGA
Found at i:22741364 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 22741339--22741367 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
22741329 AGACTCTAAT
22741339 AATTTTTCTAC
1 AATTTTTCTAC
22741350 -ATTTTTCTAC
1 AATTTTTCTAC
22741360 AATTTTTC
1 AATTTTTC
22741368 AAAGTCAGAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.59
11 7 0.41
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (11 bp):
AATTTTTCTAC
Found at i:22747016 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 22746963--22747054 Score: 107
Period size: 22 Copynumber: 3.9 Consensus size: 23
22746953 CGAAGTACTT
22746963 AACAGTAAGCACACA-AGTGCTGGGGA
1 AACAGTAAGCACACACAGTGC----GA
22746989 AACAGTAAGCACACACAGTGC-A
1 AACAGTAAGCACACACAGTGCGA
* * *
22747011 ATCAGTAGGCACACAAAGTGCGA
1 AACAGTAAGCACACACAGTGCGA
22747034 AACAGTAAGCACACACAGTGC
1 AACAGTAAGCACACACAGTGC
22747055 TGATCGGTAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 7
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 19 0.33
23 19 0.33
26 15 0.26
27 5 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.24, G:0.24, T:0.11
Consensus pattern (23 bp):
AACAGTAAGCACACACAGTGCGA
Found at i:22747064 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 22746991--22747066 Score: 89
Period size: 23 Copynumber: 3.4 Consensus size: 22
22746981 GCTGGGGAAA
*
22746991 CAGTAAGCACACACAGTGCAAT
1 CAGTAAGCACACACAGTGCGAT
* * *
22747013 CAGTAGGCACACAAAGTGCGAAA
1 CAGTAAGCACACACAGTGCG-AT
22747036 CAGTAAGCACACACAGTGCTGAT
1 CAGTAAGCACACACAGTGC-GAT
*
22747059 CGGTAAGC
1 CAGTAAGC
22747067 GCGCTAGCGT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 8, Indels: 3
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.39
23 26 0.59
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.25, G:0.24, T:0.13
Consensus pattern (22 bp):
CAGTAAGCACACACAGTGCGAT
Found at i:22747521 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 22747496--22747524 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
22747486 AGACTCTAAT
22747496 AATTTTTCTAC
1 AATTTTTCTAC
22747507 -ATTTTTCTAC
1 AATTTTTCTAC
22747517 AATTTTTC
1 AATTTTTC
22747525 AAAGTCAGAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.59
11 7 0.41
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (11 bp):
AATTTTTCTAC
Found at i:22750492 original size:412 final size:411
Alignment explanation
Indices: 22748699--22751351 Score: 3478
Period size: 406 Copynumber: 6.5 Consensus size: 411
22748689 GGATGTTACA
* *
22748699 TATATGAATTGAAAATTTCTAAATTTAAAAGAAAA--AAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAA
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAA-TTAAAA-AAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAG-AAAAA
* * * * *
22748762 AACATCTTGATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTTAAGTAATTTATTTAAAATTAAATTAATT
63 AACATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAAT
* * * * * * * *
22748827 TTAAATAAATATTAAATATAGACAAGTGTATAATTAGGGCTTTAAATAAATTGAGCTTGAGCGAA
128 TTGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGAACGAA
** *
22748892 CAAAATATTCAGTTAGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTT
193 CAAACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTT
* * * *
22748957 CATTGTCCGAAGAGAATTCACAAAGAAAT-GAAA-ATGAAAGTTTCAAGAATAAAAAGGAGATAA
258 CATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATA-G-AAGTTCCAAGAATAAAAA-GAGATAA
* * * * *
22749020 AGTATTAAAAGTAACGGTTGGAGACGAGCCTTAGAGCTTTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATTTGT
320 AGTATTAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGT
* *
22749085 TAGTGGAGTTGAGCATTTAACAATATT
385 TGGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATT
*
22749112 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAGAAAC
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAC
* * *
22749177 ATGCTTATTTATTTATTAAAATTTTTAATTT-TGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
66 ATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * * * *
22749241 AATAGATATTAAATATAGACGAATGTATAATTA-GGACTTTAAATGAATTAAACTTGAACAAATA
131 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGA-TGTAAATGAATTGAACTTGAACGAACA
* * * * * * *
22749305 AACTATTTAATTGGGTTTGTAATTTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCGTTCATTGTTTTTTCA
195 AACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCA
* * * * *
22749370 TTCTCCGAGGAGAATTCTA-AAAGGAATGGAAATAGAAGTTTCAAGAATAAAAAGGAGAGAAAGT
260 TTCTCTGAAGAGAATTC-ACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAA-GAGATAAAGT
* * * * * * ** *
22749434 AATAAAAGTAACTGTTGAAAAGTAGCCTTGGAACATATAAAAGCATT-AAAA-A-T-T-GGTTGG
323 ATTAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGG
* * **
22749494 TGAAGTTAAGCATTTGGCAACATT
388 TGGAGTTGAGCATTTAACAACATT
*
22749518 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATT-AAAAAAACTCAAATATTTAAAATTAT-AAAGAAAAAAAC
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAC
* **
22749581 ATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTAAATTAAAATTAAATTAAATAGG
66 ATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
*
22749646 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAGCTTGAACGAACAA
131 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGAACGAACAA
* * * * *
22749711 ACCATTCAGTTGGATTTGTGATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCAATATATTGTTTTTTCAT
196 ACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCAT
* * * * *
22749776 TCTCTGAAGAGAATTCTCAAATGAATGGAAATAGAAGCTCCAAGAATAAAAAGGGATAAAGTTAT
261 TCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAAGAGATAAAG-TAT
* * * * *
22749841 TAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTTGAGCATTTAAGAGCATTAAAAAAATTATCCGTTGGTG
325 TAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTG
* *
22749906 AAGTTGAGCATTTAACAGCATT
390 GAGTTGAGCATTTAACAACATT
* * *
22749928 TCTATGGATTGAAAATTTTGAAATTAAAAAAAAACTAATATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAA
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATT-AAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAA
** * *
22749993 CATGTTTATTCATTTATTAAAAATTTTAATTTTTGTAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTT
65 CATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTT
* *
22750058 GAATATATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGTACGAACA
130 GAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGAACGAACA
* * *
22750123 AACCGTTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTG-CTAGATTAATTCCCATACATTATTTATTC
195 AACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTC-AGATTGATTCCCATACATTATTTTTTC
*
22750187 ATTCTCTGAAGAGTATTCACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAA-AAAAAGAGATAAAGTA
259 ATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAAGAGATAAAGTA
* *
22750251 TTAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGTCTTGGAGCATTCAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGT
324 TTAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGT
* *
22750316 GTAGTTGAGTATTTAACAACATT
389 GGAGTTGAGCATTTAACAACATT
* **
22750339 TATATGGATTGATAATTTTTAAATTAAAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAATGAA
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATT--AAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAA
*
22750404 ACATGTTTATTTATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATT
64 ACATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATT
* * *
22750469 TGAATAGATATTAAATTTAGACGAGTGTATAATTA-GGACTGTAAATAAATTGAACTTGAATGAA
129 TGAATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGA-TGTAAATGAATTGAACTTGAACGAA
* ** * * * * * *
22750533 TAAATTATGT-AGTTGGATTTGTAATTTGCAACTGTTGTCGGATTAATTCTCATACATTGTTTTT
193 CAAACCAT-TCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTT
* *
22750597 TCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAATGAATAGAAATAGAAATTCCAAGAATAAAAAAGAGATAAA
257 TCATTCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAAT-AAAAAGAGATAAA
* ** * * * * * *
22750662 ATATTAAAAGTAACCATTAGAGTGGAGCTTTGAAGTATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCGGTT
321 GTATTAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTT
*
22750727 GATGGAGTTGAGCATTTAACAACATT
386 GGTGGAGTTGAGCATTTAACAACATT
* * *
22750753 TATATAGATTGAAAATTTTTAAATT--ATAAAACTCAAATATTTAAAATTATAAAAG-AAAAAAC
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAC
*
22750815 ATGTTTATTCATTTATTAAA---ATTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
66 ATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * * * *
22750877 AATAGATATTAAATATAGACGATTGTATAATTAGGGTTGTAAATGAATTGAGCTTGAATGAATAA
131 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGAACGAACAA
* *
22750942 ACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAAATTGATTCCCATACATTATTTTTTTAT
196 ACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCAT
* *
22751007 T-TTTCGAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATGGAAGTTCCAAGAATAAAAAAGAGATAAAGTA
261 TCTCT-GAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAAT-AAAAAGAGATAAAGTA
* * * * *
22751071 TTAAAAGTATCTGTTGAAGAAGAGCTTTGGAGCATTTAAAGGCATTAAAAAGAGTAT-TCGTTGG
324 TTAAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCT-GTTGG
* *
22751135 TGGCGTTGAGCATTTAACATCATT
388 TGGAGTTGAGCATTTAACAACATT
* *
22751159 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATT-AAAAAAACTAAAATATTTAAAATTGTAAAAGAAAAAAAA
1 TATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAC
* **
22751223 AT-TTT-TTCATTTATTAAA-ATTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATAGG
66 ATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
* * * *
22751285 AATCGATATTAAATATAGAC-AGTGAATAATTAGGGTTGTAAATGAATTGAACTTGAACAAACAA
131 AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGAACGAACAA
22751349 ACC
196 ACC
22751352 TCTGTTCGTG
Statistics
Matches: 1971, Mismatches: 236, Indels: 72
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
404 46 0.02
405 253 0.13
406 372 0.19
407 75 0.04
408 68 0.03
409 26 0.01
410 82 0.04
411 331 0.17
412 331 0.17
413 274 0.14
414 113 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (411 bp):
TATATGGATTGAAAATTTTTAAATTAAAAAAAACTAAAATATTTAAAATTATAAAAGAAAAAAAC
ATGTTTATTCATTTATTAAATTTTTTAATTTGTGAAGTAATTTAATTAAAATTAAATTAAATTTG
AATAGATATTAAATATAGACGAGTGTATAATTAGGGATGTAAATGAATTGAACTTGAACGAACAA
ACCATTCAGTTGGGTTTGTAATCTGCAACTGTTGTCAGATTGATTCCCATACATTATTTTTTCAT
TCTCTGAAGAGAATTCACAAAGGAATAGAAATAGAAGTTCCAAGAATAAAAAGAGATAAAGTATT
AAAAGTAACTGTTGGAGAGGAGCCTTGGAGCATTTAAGGGCATTAAAAAGAGTATCTGTTGGTGG
AGTTGAGCATTTAACAACATT
Found at i:22752687 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 22752643--22752714 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.9 Consensus size: 25
22752633 ATAATGTGTC
22752643 AAAAAAATAAAAA-AAGTAAAAACAA
1 AAAAAAATAAAAATAA-TAAAAACAA
* * *
22752668 AAAAAAATAAAAATCATAAAATTCCA
1 AAAAAAATAAAAATAATAAAA-ACAA
* *
22752694 AAAAATA-AAAAATTATAAAAA
1 AAAAAAATAAAAATAATAAAAA
22752715 TTATAAAAAC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 5
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 30 0.77
26 9 0.23
ACGTcount: A:0.78, C:0.06, G:0.01, T:0.15
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAAATAAAAATAATAAAAACAA
Found at i:22752713 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 22752674--22752738 Score: 53
Period size: 9 Copynumber: 7.4 Consensus size: 9
22752664 ACAAAAAAAA
*
22752674 ATAAAAATC
1 ATAAAAATT
22752683 AT-AAAATT
1 ATAAAAATT
** *
22752691 CCAAAAAAT
1 ATAAAAATT
22752700 A-AAAAATT
1 ATAAAAATT
22752708 ATAAAAATT
1 ATAAAAATT
*
22752717 ATAAAAACT
1 ATAAAAATT
* *
22752726 AAAAAAACT
1 ATAAAAATT
22752735 ATAA
1 ATAA
22752739 TCTATTTGAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 4
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 12 0.27
9 33 0.73
ACGTcount: A:0.69, C:0.08, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (9 bp):
ATAAAAATT
Found at i:22752714 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 22752669--22752731 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 25
22752659 TAAAAACAAA
*
22752669 AAAAAAT-AAAAATCATAAAATTCC
1 AAAAAATAAAAAATCATAAAATTAC
* *
22752693 AAAAAATAAAAAATTATAAAAATTAT
1 AAAAAATAAAAAATCAT-AAAATTAC
*
22752719 AAAAACTAAAAAA
1 AAAAAATAAAAAA
22752732 ACTATAATCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.21
25 8 0.24
26 18 0.55
ACGTcount: A:0.73, C:0.06, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAATAAAAAATCATAAAATTAC
Found at i:22752722 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22752674--22752738 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.7 Consensus size: 18
22752664 ACAAAAAAAA
*
22752674 ATAAAAATCAT-AAAATT
1 ATAAAAATTATAAAAATT
** *
22752691 CCAAAAAATA-AAAAATT
1 ATAAAAATTATAAAAATT
*
22752708 ATAAAAATTATAAAAACT
1 ATAAAAATTATAAAAATT
* *
22752726 AAAAAAACTATAA
1 ATAAAAATTATAA
22752739 TCTATTTGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 10, Indels: 3
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 19 0.53
18 17 0.47
ACGTcount: A:0.69, C:0.08, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
ATAAAAATTATAAAAATT
Found at i:22752722 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 22752669--22752731 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
22752659 TAAAAACAAA
22752669 AAAAAAT-AAAAATCATAAAATTCC
1 AAAAAATAAAAAATCATAAAATT-C
*
22752693 AAAAAATAAAAAATTATAAAAATT-
1 AAAAAATAAAAAATCAT-AAAATTC
22752717 ATAAAAACTAAAAAA
1 A-AAAAA-TAAAAAA
22752732 ACTATAATCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 6
0.83 0.02 0.15
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.24
25 13 0.38
26 13 0.38
ACGTcount: A:0.73, C:0.06, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
AAAAAATAAAAAATCATAAAATTC
Found at i:22753017 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 22753000--22753024 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
22752990 TGGATGATCT
22753000 AGAAAA AGAAAA AGAAAA AGAAAA A
1 AGAAAA AGAAAA AGAAAA AGAAAA A
22753025 TTAAATTTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
AGAAAA
Found at i:22755614 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 22755555--22755653 Score: 189
Period size: 47 Copynumber: 2.1 Consensus size: 47
22755545 AATCTGTAAG
*
22755555 ATATAGCAGATAGCAGCATTGGTGGAAAGCTGCATTGTCTGTGGTGT
1 ATATAGCAGATAGCAGCATTGGTGGAAACCTGCATTGTCTGTGGTGT
22755602 ATATAGCAGATAGCAGCATTGGTGGAAACCTGCATTGTCTGTGGTGT
1 ATATAGCAGATAGCAGCATTGGTGGAAACCTGCATTGTCTGTGGTGT
22755649 ATATA
1 ATATA
22755654 TATCAAGCTA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 51 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATATAGCAGATAGCAGCATTGGTGGAAACCTGCATTGTCTGTGGTGT
Found at i:22756615 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22756588--22756633 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
22756578 ATAAAAAAAC
22756588 ATATA-TAAAAATACATAA
1 ATATATTAAAAATACATAA
* *
22756606 ATATTTTAAAAATATATAA
1 ATATATTAAAAATACATAA
22756625 ATATATTAA
1 ATATATTAA
22756634 TATTAAATGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.17
19 20 0.83
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
ATATATTAAAAATACATAA
Found at i:22761640 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 22761596--22761642 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
22761586 TAAAAATATA
* **
22761596 ATTTTTAAATTTAATTGTAAAATT
1 ATTTTTAAATTAAATAATAAAATT
22761620 ATTTTTAAATTAAATAATAAAAT
1 ATTTTTAAATTAAATAATAAAAT
22761643 AGGTTTGAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 20 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (24 bp):
ATTTTTAAATTAAATAATAAAATT
Found at i:22761736 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 22761718--22761763 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 3.0 Consensus size: 15
22761708 ATTATACCAC
22761718 ATAAATATATAAAAT
1 ATAAATATATAAAAT
22761733 ATAAAT-TAATAAATAAT
1 ATAAATAT-AT-AA-AAT
22761750 ATAAATATA-AAAAT
1 ATAAATATATAAAAT
22761764 GACTTAATAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 9
0.75 0.00 0.25
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.15
15 10 0.37
16 2 0.07
17 10 0.37
18 1 0.04
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
ATAAATATATAAAAT
Found at i:22762198 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22762183--22762226 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.9 Consensus size: 12
22762173 ATACACTTAA
22762183 AAACATTAAAAT
1 AAACATTAAAAT
22762195 AAACATTAAAA-
1 AAACATTAAAAT
22762206 AAA-ATTTAAAAT
1 AAACA-TTAAAAT
22762218 --ACATTAAAA
1 AAACATTAAAA
22762227 AAATTTATAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.28
11 10 0.34
12 11 0.38
ACGTcount: A:0.68, C:0.07, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (12 bp):
AAACATTAAAAT
Found at i:22762224 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 22762169--22762226 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 5.5 Consensus size: 10
22762159 ATATAATATA
22762169 TAAAATACACT
1 TAAAATACA-T
22762180 TAAAA-ACAT
1 TAAAATACAT
22762189 TAAAATAAACAT
1 TAAAAT--ACAT
* *
22762201 TAAAAAAAATT
1 TAAAATACA-T
22762212 TAAAATACAT
1 TAAAATACAT
22762222 TAAAA
1 TAAAA
22762227 AAATTTATAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 9
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.15
10 11 0.28
11 13 0.33
12 9 0.23
ACGTcount: A:0.66, C:0.09, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (10 bp):
TAAAATACAT
Found at i:22762228 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 22762169--22762233 Score: 78
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
22762159 ATATAATATA
*
22762169 TAAAATACACTTAAAAACA-T
1 TAAAATACA-TTAAAAAAATT
22762189 TAAAATAAACATTAAAAAAAATT
1 TAAAAT--ACATT-AAAAAAATT
22762212 TAAAATACATTAAAAAAATT
1 TAAAATACATTAAAAAAATT
22762232 TA
1 TA
22762234 TATTAAAATA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 8
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.43
21 7 0.17
22 9 0.22
23 7 0.17
ACGTcount: A:0.65, C:0.08, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
TAAAATACATTAAAAAAATT
Found at i:22762344 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22762319--22762363 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
22762309 AAAAATGCAT
*
22762319 AAAAATAAC-ATCAAAATAAC
1 AAAAATAACAATCAAAACAAC
22762339 AAAAATAACAATCAAAACAAC
1 AAAAATAACAATCAAAACAAC
22762360 AAAA
1 AAAA
22762364 TAGCAGCAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.39
21 14 0.61
ACGTcount: A:0.73, C:0.16, G:0.00, T:0.11
Consensus pattern (21 bp):
AAAAATAACAATCAAAACAAC
Found at i:22762426 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 22762388--22762450 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
22762378 ATAGCAAAAC
*
22762388 AACAGC-AAAAGCATCACCAA
1 AACAGCAAAAAACA-CACCAA
* *
22762408 AACAGTAAAAAACAACACCGA
1 AACAGCAAAAAAC-ACACCAA
*
22762429 AACAGCAAAATACACACCAA
1 AACAGCAAAAAACACACCAA
22762449 AA
1 AA
22762451 ATAACAAAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 4
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.37
21 21 0.60
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.60, C:0.27, G:0.08, T:0.05
Consensus pattern (20 bp):
AACAGCAAAAAACACACCAA
Found at i:22762445 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22762388--22762450 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
22762378 ATAGCAAAAC
*
22762388 AACAGCAAAAGCATCACCAA
1 AACAGCAAAAACA-CACCAA
* *
22762408 AACAGTAAAAAACAACACCGA
1 AACAG-CAAAAAC-ACACCAA
22762429 AACAGCAAAATACACACCAA
1 AACAGCAAAA-ACACACCAA
22762449 AA
1 AA
22762451 ATAACAAAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 6
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
20 17 0.49
21 17 0.49
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.60, C:0.27, G:0.08, T:0.05
Consensus pattern (19 bp):
AACAGCAAAAACACACCAA
Found at i:22763845 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 22763822--22763861 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
22763812 CTATCGGTGG
* *
22763822 AACTCCACTTCTACTGATAC
1 AACTACACTTCTACCGATAC
*
22763842 AACTACAGTTCTACCGATAC
1 AACTACACTTCTACCGATAC
22763862 CTTGAAGACT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.33, G:0.07, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AACTACACTTCTACCGATAC
Found at i:22764084 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 22764068--22764125 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
22764058 TAGAACTCCT
22764068 CTTCTACTGATACAACTACA
1 CTTCTACTGATACAACTACA
* * * **
22764088 GTTCTACTGATATAAGTATG
1 CTTCTACTGATACAACTACA
*
22764108 CTTCTACTGAAACAACTA
1 CTTCTACTGATACAACTA
22764126 AGCTGCAGAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 9, Indels: 0
0.76 0.24 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 29 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
CTTCTACTGATACAACTACA
Found at i:22765750 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 22765721--22765789 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 25
22765711 TATATGTATA
*
22765721 AAAATAAAAATAAATTTATAAGTTC
1 AAAATAAAAATAAATTTATAAATTC
22765746 ----TAAAAATAAATTTATAAATTC
1 AAAATAAAAATAAATTTATAAATTC
*
22765767 TAAACATAAAAGT-AATTTATAAA
1 -AAA-ATAAAAATAAATTTATAAA
22765790 AAAAATATAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 11
0.73 0.04 0.22
Matches are distributed among these distances:
21 20 0.56
26 10 0.28
27 6 0.17
ACGTcount: A:0.59, C:0.04, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
AAAATAAAAATAAATTTATAAATTC
Found at i:22765751 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22765725--22765776 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
22765715 TGTATAAAAA
*
22765725 TAAAAATAAATTTATAAGTTC
1 TAAAAATAAATTTATAAATTC
22765746 TAAAAATAAATTTATAAATTC
1 TAAAAATAAATTTATAAATTC
*
22765767 TAAACATAAA
1 TAAAAATAAA
22765777 AGTAATTTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.06, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
TAAAAATAAATTTATAAATTC
Found at i:22768106 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22768052--22768109 Score: 82
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
22768042 TCTCAAAATT
* *
22768052 ATACATGAACTTTGATTTAATGTGCAATTGC
1 ATACATGAACTTTAATTT-AGGTGCAATTGC
22768083 ATACATGAACTTTAATTT-GGTGCAATT
1 ATACATGAACTTTAATTTAGGTGCAATT
22768110 ATACACATGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 8 0.32
31 17 0.68
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (30 bp):
ATACATGAACTTTAATTTAGGTGCAATTGC
Found at i:22768341 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22768299--22768357 Score: 75
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
22768289 GAATTTGATC
* *
22768299 AAATCAAAATTTCATGTATAAAATTACACA
1 AAATCAAAAGTTCACGTATAAAATTACACA
* *
22768329 AAATC-AAAGTTCACGTATACAATTGCACA
1 AAATCAAAAGTTCACGTATAAAATTACACA
22768358 TTACATGAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 20 0.80
30 5 0.20
ACGTcount: A:0.49, C:0.17, G:0.07, T:0.27
Consensus pattern (30 bp):
AAATCAAAAGTTCACGTATAAAATTACACA
Found at i:22769525 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 22769455--22769855 Score: 407
Period size: 41 Copynumber: 9.8 Consensus size: 42
22769445 AAAGGTAAAG
*
22769455 CATTAGCGGCGC-TTA-ACACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
* *
22769495 CATTAGCGACGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGT
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
* * * **
22769537 CATTAGCGGTGCTTTA-TCACAAGCGCCGCTAAAGTTCAAGT
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
* * *
22769578 CATTAGCGGCGCTTT-CTCTA-ATGCGCCGCTAAAGGTAGGGT
1 CATTAGCGGCGCTTTAC-CCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
* ** *
22769619 AATTAGCGGCGCTTTACCC-CAAGCGCCGCTAAAGGTATGAT
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
*
22769660 CATTAGCGGCGCTTT-CCCTA-AAGCGCCACTAAAAGGTCGGGT
1 CATTAGCGGCGCTTTACCC-ACAAGCGCCGCT-AAAGGTCGGGT
* *
22769702 CATTAGCGGCGCTTT-CCCTCAAGCGCCGCTAAAGTTCGGGT
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
*** *
22769743 CATTAGCGGCGCTTATATATA-AAGCGCCGCTAAAGGTCAGGT
1 CATTAGCGGCGCTT-TACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
* ** * * *
22769785 CATTAGCGGCGCTTTTCTAATAAGCGTCGCTAAAGGT-GTG-
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
*
22769825 CATTAGCGGCGCTTT-CCCATAAGCG-CGCTAA
1 CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAA
22769856 TTATTTAAAT
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 44, Indels: 28
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 6 0.02
39 8 0.03
40 29 0.10
41 138 0.45
42 123 0.40
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (42 bp):
CATTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGT
Found at i:22769580 original size:83 final size:81
Alignment explanation
Indices: 22769433--22769855 Score: 430
Period size: 83 Copynumber: 5.2 Consensus size: 81
22769423 CGTTTGGAAA
* * * * *
22769433 CAAAGCGCCGCAAAAGGTAAAG-CATTAGCGGCGC-TTAACACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTC
1 CAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTC
*
22769496 ATTAGCGACGCTTTACC
66 ATTAGCGGCGCTTT-CC
* * * *
22769513 CACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGTGCTTTATCACAAGCGCCGCTAAAGTTCAAGT
1 CA-AAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGT
22769578 CATTAGCGGCGCTTTCTC
65 CATTAGCGGCGCTTTC-C
* * * * *
22769596 TAATGCGCCGCTAAAGGT-AGGGTAATTAGCGGCGCTTTACCCCAAGCGCCGCTAAAGGT-ATGA
1 CAAAGCGCCGCTAAAGGTCA-GGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTCA-GG
22769659 TCATTAGCGGCGCTTTCC
64 TCATTAGCGGCGCTTTCC
* * * * * *
22769677 CTAAAGCGCCACTAAAAGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTTCCCTCAAGCGCCGCTAAAGTTCGGG
1 C-AAAGCGCCGCT-AAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGG
**
22769742 TCATTAGCGGCGCTTATATA
64 TCATTAGCGGCGCTT-T-CC
* * * * *
22769762 TAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTTCTAATAAGCGTCGCTAAAGGT---GT
1 CAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTAC-CACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGT
22769824 GCATTAGCGGCGCTTTCC
65 -CATTAGCGGCGCTTTCC
22769842 CATAAGCG-CGCTAA
1 CA-AAGCGCCGCTAA
22769856 TTATTTAAAT
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 42, Indels: 30
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
80 9 0.03
81 28 0.10
82 101 0.35
83 123 0.43
84 25 0.09
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.26, T:0.22
Consensus pattern (81 bp):
CAAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTC
ATTAGCGGCGCTTTCC
Found at i:22769697 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 22769434--22769850 Score: 486
Period size: 165 Copynumber: 2.5 Consensus size: 164
22769424 GTTTGGAAAC
* * * * * **
22769434 AAAGCGCCGCAAAAGGTAAAG-CATTAGCGGCGC-TTAACACAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTCA
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTAATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGT-ATGTCA
* * * *
22769497 TTAGCGACGCTTTACCCACAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGTGCTTTATCACAAGCG
65 TTAGCGGCGCTTT-CCCACAAGCGCCACTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCG
* *
22769562 CCGCTAAAGTTCAAGTCATTAGCGGCGCTT-TCTCT
129 CCGCTAAAGTTCAAGTCATTAGCGGCGCTTATATAT
* *
22769597 AATGCGCCGCTAAAGGT-AGGGTAATTAGCGGCGCTTTACCCCAAGCGCCGCTAAAGGTATGATC
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCA-GGTAATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTATG-TC
* * *
22769661 ATTAGCGGCGCTTTCCCTA-AAGCGCCACTAAAAGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTTCCCTCAAG
64 ATTAGCGGCGCTTTCCC-ACAAGCGCCACT-AAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAG
**
22769725 CGCCGCTAAAGTTCGGGTCATTAGCGGCGCTTATATAT
127 CGCCGCTAAAGTTCAAGTCATTAGCGGCGCTTATATAT
* * * * * *
22769763 AAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTTCTAATAAGCGTCGCTAAAGGTGTG-CA
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTAATTAGCGGCGCTTTAC-CACAAGCGCCGCTAAAGGTATGTCA
*
22769827 TTAGCGGCGCTTTCCCATAAGCGC
65 TTAGCGGCGCTTTCCCACAAGCGC
22769851 GCTAATTATT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 27, Indels: 18
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 16 0.07
164 25 0.12
165 120 0.55
166 37 0.17
167 18 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.26, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (164 bp):
AAAGCGCCGCTAAAGGTCAGGTAATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCCGCTAAAGGTATGTCAT
TAGCGGCGCTTTCCCACAAGCGCCACTAAAGGTCAGGTCATTAGCGGCGCTTTACCACAAGCGCC
GCTAAAGTTCAAGTCATTAGCGGCGCTTATATAT
Found at i:22774737 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 22774728--22774803 Score: 50
Period size: 4 Copynumber: 18.8 Consensus size: 4
22774718 AAACAGTATC
* * *
22774728 AATT AATT AAAT AATT AATTT AAAAT AATT AATT -ATT AATT ATATT AAACT
1 AATT AATT AATT AATT AA-TT -AATT AATT AATT AATT AATT A-ATT -AATT
* *
22774779 AAAT AATT -A-T AATT AATT ATTT AAT
1 AATT AATT AATT AATT AATT AATT AAT
22774804 ATGTTTAATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 9, Indels: 14
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.02
3 5 0.09
4 39 0.70
5 8 0.14
6 3 0.05
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (4 bp):
AATT
Found at i:22774755 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 22774728--22774761 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
22774718 AAACAGTATC
22774728 AATTAA-TTAAAT
1 AATTAATTTAAAT
22774740 AATTAATTTAAAAT
1 AATTAATTT-AAAT
22774754 AATTAATT
1 AATTAATT
22774762 ATTAATTATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.30
13 2 0.10
14 12 0.60
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (13 bp):
AATTAATTTAAAT
Found at i:22774896 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22774838--22774907 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 5.8 Consensus size: 12
22774828 AAACAGTATC
22774838 AATTAATTAAAT
1 AATTAATTAAAT
22774850 AATTAATTAAAAT
1 AATTAATT-AAAT
*
22774863 ATTTAATT--AT
1 AATTAATTAAAT
*
22774873 -ATTAAAGTAAAT
1 AATT-AATTAAAT
22774885 AATTATATTAAATT
1 AATTA-ATTAAA-T
*
22774899 ATTTAATTA
1 AATTAATTA
22774908 TGTTTAATTA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 13
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.04
10 5 0.11
12 11 0.24
13 23 0.50
14 5 0.11
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (12 bp):
AATTAATTAAAT
Found at i:22774922 original size:425 final size:429
Alignment explanation
Indices: 22774071--22776252 Score: 3221
Period size: 425 Copynumber: 5.1 Consensus size: 429
22774061 TTATATATAT
* *
22774071 ATTATAAAACAGTATCAATTAATTAAATATTTAATTT-GAATGATTTAATTATTTAATCATATTA
1 ATTAT-AAACAGTATCAATTAATTAAATA-TTAATTTAAAAT-A-TTAATTATTTAATTATATTA
* * *
22774135 AAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACAGTACCA
62 AACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCA
*
22774200 ATTAATTAAATATTTAATTTAATAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA-TA
127 ATTAATTAAATAATTAA-TT--TA-A---AA-TATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTA
* * * *
22774264 AATTATTAAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAATAGTATCAATTAATTAAATAATTAA-
184 AATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAAT
*
22774328 TT-AAA-A---AA-T-TTAA-TAT-TTAAAGT-AATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTA
249 TTAAAATATTTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTA
*
22774383 ATTATGTATTTAATTAT-AACAGTA-CAATTAATTAAATAA-TAATTTAAAATATTTAATTATTT
314 ATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTT---A-A---AA-TATTT
*
22774445 AATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAA-TATTT-ATTATGTTTAA-TATGTATTTA
371 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
* *
22774501 ATTGTAAACAGTATCAA-TAATTAAATCCTTAATTTAAAATATT-ATTA-TTAATTATATTAAAC
1 ATTATAAACAGTATCAATTAATTAAAT-ATTAATTTAAAATATTAATTATTTAATTATATTAAAC
22774563 TAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATT
65 TAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATT
** *
22774628 AATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATCCTTATATTAAATTCTTTAAT
130 AATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAAT
*
22774693 TATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATAATT
195 TATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTT
22774758 AATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATAATT-AATTATTTAA-TATGTTTAATTATGTATT
260 AATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTAT-ATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATT
22774821 TAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAA-TTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAAT
324 TAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAAT
22774885 AATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
389 AATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
*
22774926 AATATAAA-AGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAA
1 ATTATAAACAGTATCAATTAATTAAAT-ATTAATTTAAAATA-TTAATTATTTAATTATATTAAA
*
22774990 CT-AA-AATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTTTGTATTTAATTGTAAACAGTATCAAT
64 CTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAAT
*
22775053 TAA-TAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATT-AAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTAA
129 TAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAA
22775116 TTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTA-CAATTAATTAAATAATTAA-TTAAAATATT
194 TTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATA-T
* * *
22775179 TTAATTATTAAATATATTAAA--GAATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTAT
258 TTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTAT
* *
22775242 TTAA-TATAAACAGTACCAATTAATTAAATAA-TAATTTAAAATATTTAATTATTAAATATATTA
323 TTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTT-A--A-T---TATATTA
22775305 AAGTAAATAATTATATTAAA-TATTT-ATTATGTTTAATTATGTATTTA
381 AAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
*
22775352 ATTATAAACAGTACCAATTAATTAAAT-TTAATTTAATAGAT-TTAATTATTTAA-TATATTAAA
1 ATTATAAACAGTATCAATTAATTAAATATTAATTTAA-A-ATATTAATTATTTAATTATATTAAA
*
22775414 GTAAATAATTATATTAAATTA-TTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAAT
64 CTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAAT
22775478 TAATTAAATAATTAATTTAAAATATTT-ATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAA
129 TAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAA
*
22775542 TTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAATC-GTATCAATTAATTAACT-ATT-ATTTAAAATAT
194 TTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAA-CAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATAT
**
22775604 TTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATCCTTATATT-AATTATTTAATTATGTTTAATTATGTA
258 TTAATTA-TTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTA
* *
22775668 TTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAGAATATTTAATTATATATTAAGTA
322 TTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATAT-TAAAGTA
* *
22775733 AATAATTATATTAAATTATTTAAATGTGTTTAATTATGTATTTA
386 AATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
*
22775777 AATATAAACAGTATCAATTAATTGAAA-ATTAATTT-AAATATTAATTATTTAATTATATTAAAC
1 ATTATAAACAGTATCAATTAATT-AAATATTAATTTAAAATATTAATTATTTAATTATATTAAAC
22775840 TAAATAATTATATCTTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAA
65 TAAATAATTATA--TTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAA
22775905 TTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTA
128 TTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTA
22775970 ATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAA-TAATTTAAAATAT
193 ATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATAT
22776034 TTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTAT
258 TTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTAT
*
22776099 TTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATT-ATTTAAAATATTTAATTATCTTAAAGT-AA
323 TTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAA
*
22776162 TAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
388 TAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
* *
22776204 ATTGTAAATAGTATCAATTAATTATTTAATATTAA-TT-AAATATTTAATT
1 ATTATAAACAGTATCAATTAATTA---AATATTAATTTAAAATA-TTAATT
22776253 TAAAATATTT
Statistics
Matches: 1616, Mismatches: 65, Indels: 142
0.89 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
417 28 0.02
418 63 0.04
419 2 0.00
420 9 0.01
421 56 0.03
422 71 0.04
423 69 0.04
424 110 0.07
425 310 0.19
426 235 0.15
427 150 0.09
428 201 0.12
429 193 0.12
430 116 0.07
431 3 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (429 bp):
ATTATAAACAGTATCAATTAATTAAATATTAATTTAAAATATTAATTATTTAATTATATTAAACT
AAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTA
ATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATT
ATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTA
ATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
ATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATATTAAAGTAAATAA
TTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTA
Found at i:22775324 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 22775259--22775331 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 5.5 Consensus size: 13
22775249 AAACAGTACC
22775259 AATTA-ATTAAAT
1 AATTATATTAAAT
*
22775271 AATAAT-TTAAAAT
1 AATTATATT-AAAT
*
22775284 ATTTAATTATTAAAT
1 AATT-A-TATTAAAT
* *
22775299 ATATTAAAGTAAAT
1 A-ATTATATTAAAT
22775313 AATTATATTAAAT
1 AATTATATTAAAT
*
22775326 ATTTAT
1 AATTAT
22775332 TATGTTTAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 11
0.70 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.13
13 21 0.46
14 8 0.17
15 7 0.15
16 4 0.09
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (13 bp):
AATTATATTAAAT
Found at i:22775704 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22775687--22775748 Score: 63
Period size: 12 Copynumber: 5.0 Consensus size: 12
22775677 AAACAGTATC
22775687 AATTAATTAAAT
1 AATTAATTAAAT
22775699 AATTAATTTAGAAT
1 AATTAA-TTA-AAT
* *
22775713 ATTTAATTATAT
1 AATTAATTAAAT
*
22775725 -ATTAAGTAAAT
1 AATTAATTAAAT
22775736 AATTATATTAAAT
1 AATTA-ATTAAAT
22775749 TATTTAAATG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 7
0.75 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.20
12 12 0.30
13 12 0.30
14 8 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (12 bp):
AATTAATTAAAT
Found at i:22775867 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22774087--22776196 Score: 292
Period size: 18 Copynumber: 118.9 Consensus size: 18
22774077 AAACAGTATC
22774087 AATTA-ATTAAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774103 AATTTGAATGATTTAATTATTT
1 AA-TT--AT-ATTAAATTATTT
* * **
22774125 AATCATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774143 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774161 AATTATGTTTAATTATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA--AT-TATTT
* **
22774183 AATTATA--AACAGTA-CC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
22774199 AATTA-ATTAAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774215 AATTTAATAGATTTAATTATTT
1 AA-TT-AT--ATTAAATTATTT
* **
22774237 AATTATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774255 AATTATA-TAAATTATTA
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22774272 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* *
22774290 ATTTA-ATTGTAAA-TAGTATC
1 AATTATA-T-TAAATTA-T-TT
*
22774310 AATTA-ATTAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774326 AATTA-A--AAA--ATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* *
22774339 AA-TAT-TTAAAGTA-AT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774354 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22774372 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * **
22774390 ATTTA-ATTATAA-CAGTAC
1 AATTATATTA-AATTA-TTT
22774408 AATTA-ATTAAATAATAATTT
1 AATTATATTAAAT--T-ATTT
* *
22774428 AA-AATATTTAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22774445 AATTATATTAAACTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774463 AATTATATTAAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774480 -ATTATGTTTAATATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA-AT-TATTT
* * *
22774500 AATTGTA--AACAGTA-TC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
22774516 AA-TA-ATTAAATCCTTAATTT
1 AATTATATTAAA---TT-ATTT
*
22774536 AA-AATATT--ATTA-TT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22774550 AATTATATTAAACTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774568 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774586 AATTATGTTTAATTATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA--AT-TATTT
* * *
22774608 AATTGTA--AACAGTA-TC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
*
22774624 AATTA-ATTAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774640 AATT-TA--AAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22774654 AATTATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
** *
22774672 CCTTATATTAAATTCTTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22774690 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * *
22774708 ATTTAAATATAAA-CAGTATC
1 AATTATAT-TAAATTA-T-TT
22774728 AATTA-ATTAAATAATTAATTT
1 AATTATATT--A-AATT-ATTT
*
22774749 AA-AATAATT-AATTA-TT
1 AATTAT-ATTAAATTATTT
* **
22774765 AATTATATTAAACTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774783 AATTATAATT-AATTATTT
1 AATTAT-ATTAAATTATTT
* * *
22774801 AA-TATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22774818 ATTTA-ATTGTAAA-CA-GT
1 AATTATA-T-TAAATTATTT
* **
22774835 -ATCA-ATT-AATTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22774850 AATTA-ATTAAAATATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22774867 AATTATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22774885 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22774903 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * *
22774921 ATTTAAATATAAAAGTA-TC
1 AATT--ATATTAAATTATTT
22774940 AATTA-ATTAAATAATTAATTT
1 AATTATATT--A-AATT-ATTT
* *
22774961 AA-AATATTTAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* *
22774978 AATTATATTAAACTA--A
1 AATTATATTAAATTATTT
22774994 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* *
22775012 AATTATGTTTAATT-TTGT
1 AATTATATTAAATTATT-T
* * *
22775030 ATTTA-ATTGTAAA-CAGTATC
1 AATTATA-T-TAAATTA-T-TT
*
22775050 AATTA-A-TAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775065 AATT-TA--AAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22775079 AATTATATT-AAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775096 AATTGTATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22775114 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * **
22775132 ATTTAAATATAAA-CAGTAC
1 AATTATAT-TAAATTA-TTT
*
22775151 AATTA-ATTAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775167 AATTAAAATATTTTAATTA-TT
1 AATT---ATA-TTAAATTATTT
* * *
22775188 AAATATATTAAA-GA-AT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775204 AATTGTATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22775222 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * **
22775240 ATTTAATATAAACAGTA-CC
1 AATT-ATATTAA-ATTATTT
22775259 AATTA-ATTAAATAATAATTT
1 AATTATATTAAAT--T-ATTT
* *
22775279 AA-AATATTTAATTA-TT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * **
22775295 AAATATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775313 AATTATATTAAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775330 -ATTATGTTTAATTATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA--AT-TATTT
* **
22775351 AATTATA--AACAGTA-CC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
22775367 AATTA-ATTAAATTTAATTT
1 AATTATATTAAA-TT-ATTT
* *
22775386 AA-TAGATTTAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22775403 AA-TATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775420 AATTATATTAAATTA-TT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775437 AATTATGTTTAATTATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA--AT-TATTT
* * *
22775459 AATTGTA--AACAGTA-TC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
*
22775475 AATTA-ATTAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775491 AATT-TA--AAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22775505 -ATTATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775522 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22775540 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22775558 ATTTAAATATAAATCGTA-TC
1 AATTATAT-TAAAT--TATTT
22775578 AATTA-ATTAACTATTATTT
1 AATTATATTAA--ATTATTT
* *
22775597 AA-AATATTTAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22775614 AATTATATTAAACTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
**
22775632 CCTTATATT-AATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775649 AATTATGTTTAATTATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA--AT-TATTT
* * *
22775671 AATTGTA--AACAGTA-TC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
*
22775687 AATTA-ATTAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22775703 AATT-TA--GAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * **
22775717 AATTATATATTAAGTAAAT
1 AATTATAT-TAAATTATTT
22775736 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * * *
22775754 AAATGTGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * *
22775772 ATTTAAATATAAA-CAGTATC
1 AATTATAT-TAAATTA-T-TT
22775792 AATTA-ATTGAAAATTAATTT
1 AATTATATT--AAATT-ATTT
22775812 AA--ATATT-AATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22775827 AATTATATTAAACTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775845 AATTATATCTTAAATTATTT
1 AATTATA--TTAAATTATTT
*
22775865 AATTATGTTTAATTATGTATTT
1 AATTAT-ATTAA--AT-TATTT
* * *
22775887 AATTGTA--AACAGTA-TC
1 AATTATATTAA-ATTATTT
*
22775903 AATTA-ATTAAA-TAATT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775919 AATT-TA--AAA-TATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22775933 AATTATATTAAAGTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22775951 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22775969 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * * *
22775987 ATTTAAATATAAA-CAGTATC
1 AATTATAT-TAAATTA-T-TT
22776007 AATTA-ATTAAATAATAATTT
1 AATTATATTAAAT--T-ATTT
* *
22776027 AA-AATATTTAATTA-TT
1 AATTATATTAAATTATTT
* **
22776043 AATTATATTAAACTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
22776061 AATTATATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22776079 AATTATGTTTAATTATGT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22776097 ATTTA-ATTGTAAA-CA-GT
1 AATTATA-T-TAAATTATTT
* **
22776114 -ATCA-ATT-AATTAAAT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22776129 AATTAT-TTAAAATATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* * *
22776146 AATTATCTTAAAGTA-AT
1 AATTATATTAAATTATTT
*
22776163 AATTGTATTAAATTATTT
1 AATTATATTAAATTATTT
* *
22776181 AATTATGTTTAATTAT
1 AATTATATTAAATTAT
22776197 GTATTTAATT
Statistics
Matches: 1480, Mismatches: 387, Indels: 452
0.64 0.17 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 2 0.00
13 12 0.01
14 67 0.05
15 51 0.03
16 168 0.11
17 250 0.17
18 564 0.38
19 126 0.09
20 103 0.07
21 61 0.04
22 75 0.05
23 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AATTATATTAAATTATTT
Found at i:22775973 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22775905--22775973 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 5.6 Consensus size: 12
22775895 ACAGTATCAA
*
22775905 TTAATTAAATAA
1 TTAATTAAATAT
22775917 TTAATTTAAAATAT
1 TTAA-TT-AAATAT
22775931 TTAATT--ATAT
1 TTAATTAAATAT
* * *
22775941 TAAAGTAAATAA
1 TTAATTAAATAT
22775953 TTATATTAAATTAT
1 TTA-ATTAAA-TAT
22775967 TTAATTA
1 TTAATTA
22775974 TGTTTAATTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 11
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.18
12 9 0.20
13 13 0.30
14 14 0.32
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
TTAATTAAATAT
Found at i:22775983 original size:532 final size:527
Alignment explanation
Indices: 22774077--22776318 Score: 3032
Period size: 532 Copynumber: 4.2 Consensus size: 527
22774067 ATATATTATA
* *
22774077 AAACAGTATCAATTAATTAAATATTTAATTT-GAATGATTTAATTATTTAATCATATTAAAGTAA
1 AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAAT-ATTT-A--A-TTAAT-ATATT-AAGTAA
*
22774141 ATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACAGTACCAATTAAT
59 ATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTACCAATTAAT
* * *
22774206 TAAATATTTAATTTAATAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA-TAAATTAT
124 TAAATA-TTAATTTAAAATATTTAATTA-TTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTAT
* * *
22774270 TAAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAATAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTAAAAA
187 TTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTAAAAT
*
22774335 ATTTAATAT-TTAAAGT-AATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATT
252 ATTTAATATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAAT
22774398 AT-AACAGTA-CAATTAATTAAATAATAATTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAA
317 ATAAACAGTATCAATTAATTAAATAATAATTT--AA-A---AATTATTTAATTATATTAAACTAA
22774461 ATAATTATATTAAA-TATTT-ATTATGTTTAA-TATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAA-TAAT
376 ATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAAT
** * * *
22774522 TAAATCCTTAATTTAAAATATTATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTA
441 TAAATAATTAATTTAAAATATT-TAATT-A-T-TATT-AAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTA
22774587 ATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGT
501 ATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGT
* **
22774614 AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATT-ATAT-TAAAGTAAATCCTTA
1 AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTAATATATTAAGTAAATAATTA
* *
22774677 TATTAAATTCTTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAA
66 TATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTACCAATTAATTAAAT-A
*
22774742 TTAATTTAAAATAATTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATAATT-AATTATTTAA-TA
130 TTAATTTAAAATATTTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTAT-ATTAAATTATTTAATTA
22774805 TGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTAAAATATTTAAT
194 TGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTAAAATATTTAA-
22774870 TATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAA-
258 TATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAAC
22774934 AGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAACT-AA-AAT
323 AGTATCAATTAATTAAATAA-TAATTT--AA-A---AATTATTTAATTATATTAAACTAAATAAT
*
22774997 TATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTTTGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAA-TAAAT
381 TATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAAT
22775061 AATTAATTTAAAATATTTAATTA-TATTAAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTA
446 AATTAATTTAAAATATTTAATTATTATTAAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTA
* *
22775125 ATTATGTATTTAAATAT
511 ATTATGTATTTAATTGT
22775142 AAACAGTA-CAATTAATTAAATAATTAA-TTAAAATATTTTAATTATTAAATATATTAA--AGAA
1 AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATA-TTT-A--ATT-AATATATTAAGTA-AA
*
22775203 TAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTT-AATATAAACAGTACCAATTAATT
60 TAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTACCAATTAATT
* * *
22775267 AAATAATAATTTAAAATATTTAATTATTAAATATATTAAAGTAAATAATTATATTAAA-TATTT-
125 AAATATTAATTTAAAATATTTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTA
* *
22775330 ATTATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACAGTACCAATTAATTAAATTTAATTTAA-TAGATT
190 ATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAA--TAA-TTAATTA-A--
22775394 TAATTATTTAATATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTA-TTAATTATGTTTAATTATGTATT
249 -AA-TATTTAATATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATT
* * *
22775458 TAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTT-AAAA-TATTT-ATTATATTAAAGTAA
312 TAAATATAAACAGTATCAATTAATTAAATAA-TAATTTAAAAATTATTTAATTATATTAAACTAA
* *
22775520 ATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAATC-GTATCAATTAA
376 ATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAA-CAGTATCAATTAA
* * *
22775584 TTAACT-ATT-ATTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATCCT-TATATTAATTA
440 TTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTA-TT-ATTA-AGTAAA-T-AAT--TGTAT-TAAATTA
22775646 TTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGT
497 TTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGT
*
22775677 AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAGAATATTTAATT-ATATATTAAGTAAATAATTA
1 AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTAATATATTAAGTAAATAATTA
* * *
22775741 TATTAAATTATTTAAATGTGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTATCAATTAATTGAAA-A
66 TATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTACCAATTAATT-AAATA
22775805 TTAATTT-AAATA-TTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATCTTAAATTATTTAAT
130 TTAATTTAAAATATTTAATTA-TTAATTATATTAAACTAAATAATTATA--TTAAATTATTTAAT
22775868 TATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTT
192 TATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAA-TTAAAATATTT
22775933 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATA
256 AA-TATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATA
22775998 AACAGTATCAATTAATTAAATAATAATTTAAAATATTTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAA
320 AACAGTATCAATTAATTAAATAATAATTTAAAA-A-TT-A-T-TTAATTATATTAAACTAAATAA
22776063 TTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAA
380 TTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAA
*
22776128 TAATT-ATTTAAAATATTTAATTATCT-TAAAGT-AATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTT
445 TAATTAATTTAAAATATTTAATTAT-TATTAAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTT
22776190 TAATTATGTATTTAATTGT
509 TAATTATGTATTTAATTGT
* * **
22776209 AAATAGTATCAATTAATTATTTAAT-ATTAA-TT-AAATATTTAATTTAAAATATTTTCGTAAAT
1 AAACAGTATCAATTAATTA---AATAATTAATTTAAAATATTTAA-TTAATATA-TTAAGTAAAT
* *
22776271 AATTATATATATTAATTAATTTAATTA--ATTAATTAT-TATTTAATTATA
61 AATTATAT-TA--AATT-ATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATA
22776319 CTAAATTAAA
Statistics
Matches: 1547, Mismatches: 75, Indels: 167
0.86 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
526 20 0.01
527 47 0.03
528 211 0.14
529 164 0.11
530 70 0.05
531 158 0.10
532 267 0.17
533 105 0.07
534 105 0.07
535 135 0.09
536 92 0.06
537 52 0.03
538 12 0.01
539 87 0.06
540 22 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (527 bp):
AAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTTAATTAATATATTAAGTAAATAATTA
TATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGTACCAATTAATTAAATAT
TAATTTAAAATATTTAATTATTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATG
TTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTAAAATATTTAATAT
ATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATATAAACAGT
ATCAATTAATTAAATAATAATTTAAAAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAAT
TATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTA
AAATATTTAATTATTATTAAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATT
TAATTGT
Found at i:22776233 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 22774548--22776229 Score: 1858
Period size: 102 Copynumber: 15.8 Consensus size: 110
22774538 AATATTATTA
*
22774548 TTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
*
22774613 TAAACAGTATCAATTAATTA--AA-T-AAT--TAATTTAAAATAT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
** * * *
22774652 TTAATTATATTAAAGTAAATCCTTATATTAAATTCTTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* * * * *
22774717 TAAACAGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATAATT-AATTA-
66 TAAACAGTATCAATTAATT-ATTAATTAA-AT-AATTATTTAAAATAT
*
22774763 TTAATTATATTAAACTAAATAATTATAATT-AATTATTTAA-TATGTTTAATTATGTATTTAATT
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTAT-ATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATT
*
22774826 GTAAACAGTATC-----A--ATTAATTAAATAATTAATTAAAATAT
65 GTAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* *
22774865 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* * * *
22774930 TAAA-AGTATCAATTAATTAAATAATTAATTTAAAATATTT-AATTAT
66 TAAACAGTATCAATTAATT-ATTAATTAA-AT-AATTATTTAAAATAT
* *
22774976 TTAATTATATTAAACT-AA-AATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTTTGTATTTAATTG
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
*
22775039 TAAACAGTATCAATTAA-TA--AA-T-AAT--TAATTTAAAATAT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* * *
22775077 TTAATTATATT-AAGTAAATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* * * * *
22775141 TAAACAGTA-CAATTAATTAAATAATTAATTAAAATATTTTAATTA-
66 TAAACAGTATCAATTAATT-ATTAATTAAAT-AATTATTTAAAATAT
* * *
22775186 TTAAATATATTAAAG--AATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAA-TA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* * *
22775248 TAAACAGTACCAATTAATTAAATAATAATTTAA-AA-TATTT-AATTA-
66 TAAACAGTATCAATTAATT--AT--TAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* *
22775293 TTAAATATATTAAAGTAAATAATTATATTAAA-TATTT-ATTATGTTTAATTATGTATTTAATTA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* * * *
22775356 TAAACAGTACCAATTAATTA--AATTTAATTTAATAGATTT-AATTAT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATTAA-TTAA-ATAAT-TATTTAAAATAT
22775401 TTAA-TATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTA-TTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
*
22775464 TAAACAGTATCAATTAATTA--AA-T-AAT--TAATTTAAAATAT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* *
22775503 TT-ATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* * *
22775567 TAAATC-GTATCAATTAATTAACTATTATTTAA-AA-TATTT-AATTAT
66 TAAA-CAGTATCAATTAATT-A-T-TAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* **
22775612 TTAATTATATTAAACTAAATCCTTATATT-AATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* *
22775676 TAAACAGTATCAATTAATTA--AA-T-AAT--TAATTTAGAATAT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* * * *
22775715 TTAATTATATATTAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAAATGTGTTTAATTATGTATTTAAAT
1 TTAATTATAT-TAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATT
* * * * *
22775780 ATAAACAGTATCAATTAATTGA-AAATTAATTTAAATA-TT-AATTAT
65 GTAAACAGTATCAATTAATT-ATTAATTAA-ATAATTATTTAAAATAT
*
22775825 TTAATTATATTAAACTAAATAATTATATCTTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAT
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA--TTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAT
*
22775890 TGTAAACAGTATCAATTAATTA--AA-T-AAT--TAATTTAAAATAT
64 TGTAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* *
22775931 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAAATA
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
* *
22775996 TAAACAGTATCAATTAATTAAATAATAATTTAA-AA-TATTT-AATTA-
66 TAAACAGTATCAATTAATT--AT--TAATTAAATAATTATTTAAAATAT
*
22776041 TTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
22776106 TAAACAGTATC-----A--ATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
* *
22776144 TTAATTATCTTAAAGT-AATAATTGTATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
1 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
*
22776208 TAAATAGTATCAATTAATTATT
66 TAAACAGTATCAATTAATTATT
22776230 TAATATTAAT
Statistics
Matches: 1362, Mismatches: 111, Indels: 205
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
99 7 0.01
100 16 0.01
101 45 0.03
102 207 0.15
103 104 0.08
104 154 0.11
105 61 0.04
106 39 0.03
107 101 0.07
108 144 0.11
109 155 0.11
110 187 0.14
111 119 0.09
112 20 0.01
113 3 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (110 bp):
TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTG
TAAACAGTATCAATTAATTATTAATTAAATAATTATTTAAAATAT
Found at i:22776406 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 22776361--22776432 Score: 128
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 32
22776351 AAGAACCAAA
22776361 ATATTT-AAGTAAAATGTTGTCACTAATATAT
1 ATATTTAAAGTAAAATGTTGTCACTAATATAT
22776392 ATATTTAAAGTAAAATGTTGTCACTAATATAT
1 ATATTTAAAGTAAAATGTTGTCACTAATATAT
*
22776424 ATTTTTAAA
1 ATATTTAAA
22776433 TTTAAATCAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 6 0.15
32 33 0.85
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
ATATTTAAAGTAAAATGTTGTCACTAATATAT
Found at i:22782040 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 22781935--22782090 Score: 233
Period size: 66 Copynumber: 2.4 Consensus size: 66
22781925 CAAATTGCTC
* *
22781935 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTC-AAAAAAATATGATGAACTCCATCTA
1 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
22781999 A
66 A
* *
22782000 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGTGAGAGAAGCAGAGTCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
1 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
*
22782065 C
66 A
* **
22782066 AACTTAAAGTGGAGGCAACAGCGAG
1 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAG
22782091 GCAAGCGGAG
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
65 37 0.46
66 44 0.54
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.25, T:0.15
Consensus pattern (66 bp):
AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
A
Found at i:22782102 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22782076--22782118 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
22782066 AACTTAAAGT
22782076 GGAGGCAACAGCGAGGCAAGC
1 GGAGGCAACAGCGAGGCAAGC
*
22782097 GGAGGCAGCAGCGAGGCAAGC
1 GGAGGCAACAGCGAGGCAAGC
22782118 G
1 G
22782119 AAGGAAGCAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.47, T:0.00
Consensus pattern (21 bp):
GGAGGCAACAGCGAGGCAAGC
Found at i:22782127 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22782084--22782128 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
22782074 GTGGAGGCAA
* *
22782084 CAGCGAGGCAAGCGGAGGCAG
1 CAGCGAGGCAAGCGAAGGAAG
22782105 CAGCGAGGCAAGCGAAGGAAG
1 CAGCGAGGCAAGCGAAGGAAG
22782126 CAG
1 CAG
22782129 AGGCTACAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.44, T:0.00
Consensus pattern (21 bp):
CAGCGAGGCAAGCGAAGGAAG
Done.