Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 60359545
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 900 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 21 of 193
Found at i:7212787 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 7212543--7212792 Score: 360
Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 131
7212533 AAGGTAAATC
* *
7212543 ATTAGCGGCGCTTACACAAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTCTTTAGCGGCGCTTTACCCACAAGCG
1 ATTAGCGGCGCTTACACAAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTCACCCACAAGCG
* * *
7212608 CCGCTAAAGGTCGACTCATTAGCGGCGCTTAGACACAAGCGCCACTAAAAGTCGGAAAGTTGGGT
66 CCGCTAAAAGTCGACTCATTAGCGGCGCTTACACACAAACGCCACTAAAAGTCGGAAAGTTGGGT
7212673 T
131 T
* *
7212674 ATTAGCGGCGCTTAGCTAC-AAGCGCCGCTAATGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTCA-CCGCAAG
1 ATTAGCGGCGCTTA-C-ACAAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTCACCCACAAG
* * * * *
7212737 CGCCGCTAAAAGTGGAGTCATTAGCGGCGCTTACCCACAAACGCCGCTAAAGGTCG
64 CGCCGCTAAAAGTCGACTCATTAGCGGCGCTTACACACAAACGCCACTAAAAGTCG
7212793 TGTCATTAGC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 12, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
131 68 0.65
132 35 0.33
133 2 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (131 bp):
ATTAGCGGCGCTTACACAAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTCACCCACAAGCG
CCGCTAAAAGTCGACTCATTAGCGGCGCTTACACACAAACGCCACTAAAAGTCGGAAAGTTGGGT
T
Found at i:7212894 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 7212674--7212909 Score: 208
Period size: 41 Copynumber: 5.8 Consensus size: 41
7212664 AAGTTGGGTT
** * * *
7212674 ATTAGCGGCGCTTAGCTACAAGCGCCGCTAATGGTCGGGTC
1 ATTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTC
** *** * * *
7212715 ATTAGCGGCGCTTCACCGCAAGCGCCGCTAAAAGTGGAGTC
1 ATTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTC
** * * *
7212756 ATTAGCGGCGCTTACCCACAAACGCCGCTAAAGGTCGTGTC
1 ATTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTC
* * * *
7212797 ATTAGCGGCGCTTATATATAAAGCGCCGGTAAAGGTCAG-GTT
1 ATTAGCGGCGCTTTTCTAT-AAGCGCCGCTAAAGGTC-GTGTC
*
7212839 ATTAGCGGCGCTTTTCTAATAAGCGCCGTTAAAGGT-GTG-C
1 ATTAGCGGCGCTTTTCT-ATAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTC
*
7212879 ATTAGCGGCGTTTTTCTATAAGCGCCGCTAA
1 ATTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAA
7212910 TTTATTTAAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 28, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 13 0.08
40 17 0.10
41 83 0.51
42 47 0.29
43 3 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
ATTAGCGGCGCTTTTCTATAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTC
Found at i:7213102 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7213036--7213181 Score: 168
Period size: 44 Copynumber: 3.3 Consensus size: 43
7213026 CTCCAAATCG
* * * * *
7213036 CAGAACCCTCTGT-TGTTTCCCTCACTCTGTTGCCTCTTCACCTG
1 CAGAACCCGCT-TCTGTTCCCCTCACTCCGTTCCCTCTTCACC-C
*
7213080 CAGAACCCGCTTCTGTTCCCCTCACCCCGTTCCCTCTTCATCCC
1 CAGAACCCGCTTCTGTTCCCCTCACTCCGTTCCCTCTTCA-CCC
* * *
7213124 CAAAACCCGCTTCTCTTCCCCTCACTCCATTCCCTCTTCACCCC
1 CAGAACCCGCTTCTGTTCCCCTCACTCCGTTCCCTCTTCA-CCC
7213168 CAGAACCCGCTTCT
1 CAGAACCCGCTTCT
7213182 TGAGCCGATC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 12, Indels: 4
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 85 0.97
45 2 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.48, G:0.09, T:0.29
Consensus pattern (43 bp):
CAGAACCCGCTTCTGTTCCCCTCACTCCGTTCCCTCTTCACCC
Found at i:7215818 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7215772--7215818 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
7215762 TAAAAGATTT
*
7215772 AATTATTTAATTATATTA
1 AATTATTTAATTACATTA
* **
7215790 AAGTAAATAATTACATTA
1 AATTATTTAATTACATTA
7215808 AATTATTTAAT
1 AATTATTTAAT
7215819 CATGTTTAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 7, Indels: 0
0.76 0.24 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTTAATTACATTA
Found at i:7215927 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 7215756--7217100 Score: 995
Period size: 49 Copynumber: 26.1 Consensus size: 49
7215746 AATTAAATAT
* *
7215756 TTAAGCTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTACA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * *
7215805 TTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATT--A-TAAATAA-TATCAA
1 TTAAGTTA---AA--A-GATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTAT--A
*
7215856 TTAA-TT-AAATATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7215903 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAATTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* *
7215952 TTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * * * ** * *
7216001 TTAAATTTTTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATTATAAACACTATCGATTA-A
1 TT-AA---GTTAA--AAGATTTAATTATTTAATTATATTA-AAGTA-AAT-AATTATA
* ** *
7216056 TTAAATATTTAAG-TTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGT-TAAAAGATT--TA-A-TT-ATT---TAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216113 TTAAATT-AAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
7216161 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216210 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATT-AACTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * * * * *
7216258 TTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTAATTATAAACACGATCGATTAATTAAATA
1 TTAAGTTA---AA--A-GATTTAATTATTTAATT-A-TATTAA-A-G-T-AAATAATT--ATA
7216320 TTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 -TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* *
7216370 TTGAGTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
7216419 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216468 TTAAGTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216517 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * * * ** * *
7216566 TTAAAATTTTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATTATAAACACTATCGATTA-A
1 TT--AA--GTTAA--AAGATTTAATTATTTAATTATATTA-AAGTA-AAT-AATTATA
* ** *
7216621 TTAAATATTTAAG-TTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGT-TAAAAGATT--TA-A-TT-ATT---TAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216678 TTAAATT-AAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * *
7216726 TTAATTTAAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * *
7216775 TTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATTATAA--AAACTATCGATTA-A
1 TTAAGTTA---AA--A-GATTTAATTATTTAATTATATTA-AAGTAAA-TA---ATTATA
* ** *
7216830 TTAAATATTTAAG-TTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGT-TAAAAGATT--TA-A-TT-ATT---TAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216887 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATTTTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * * * * *
7216936 TTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATTATAAATACTATCGATTA-A
1 TTAAGTTA---AA--A-GATTTAATTATTTAATTATATTA-AAGTA-AAT-AATTATA
* ** *
7216991 TTAAATATTTAAG-TTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGT-TAAAAGATT--TA-A-TT-ATT---TAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7217048 TTGAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
1 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
7217097 TTAA
1 TTAA
7217101 AATTTTTAAT
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 113, Indels: 246
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
44 15 0.01
45 3 0.00
46 2 0.00
47 6 0.01
48 94 0.09
49 471 0.44
50 28 0.03
51 20 0.02
52 31 0.03
53 58 0.05
54 101 0.10
55 53 0.05
56 54 0.05
57 38 0.04
58 46 0.04
59 19 0.02
60 11 0.01
62 3 0.00
63 7 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (49 bp):
TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
Found at i:7216090 original size:161 final size:156
Alignment explanation
Indices: 7215713--7217109 Score: 1258
Period size: 161 Copynumber: 9.0 Consensus size: 156
7215703 AATAATTAAA
* * * * *
7215713 TAATTATGTATTTAATTATAAACAGTATCGATTAATTAAATATTTAAGCTAAAAGATTTAATTAT
1 TAATTATTTAATTAATTATAAATACTAT-GATTAATT--ATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
* * * *
7215778 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTACATTAAATT-----ATTTAATCATGTTTAATTATGTATTT
63 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAAT--TATTTAATTA--TATTA
* * * * ** *
7215838 AATTATA-AATAATA-TCAATTAATTAAATATT
124 AACTAAATAATTATATTAAATTTTTTAAATGTT
*
7215869 TAATTATTTAATTATATTA-AAGTA--A--A-TAATTATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
1 TAATTATTTAATTA-ATTATAAATACTATGATTAATTATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
*
7215927 AATTATATTAAATTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAA
65 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAA
7215992 ATAATTATATTAAATTTTTTAATCATGTT
130 ATAATTATATTAAATTTTTTAA--ATGTT
* * *
7216021 TAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
1 TAATTATTTAATTAATTATAAATACTAT-GATTAATT--ATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
* *
7216086 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATT-AAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGT
63 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACT
* *
7216150 AAATAATTATATT-AA---GTTAAAAGATT
128 AAATAATTATATTAAATTTTTTAAATG-TT
*
7216176 TAATTATTTAATTATATTA-AAGTA--A--A-TAATTATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
1 TAATTATTTAATTA-ATTATAAATACTATGATTAATTATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
* * * *
7216234 AATTATATT-AACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATTA
65 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATT--A--ATTTAA--AAGATTTAATTATTTAATTATA-T-
* * *
7216296 TAAAC-ACGATCGATTA-ATTAAATATTTAAGTTAAAAGATT
122 TAAACTA-AAT-AATTATATTAAAT-TTT---TTAAATG-TT
* * *
7216336 TAATTATTTAATTATATTA-AAGTA--A--A-TAATTATA-TTGAGTTAAAATATTTAATTATTT
1 TAATTATTTAATTA-ATTATAAATACTATGATTAATTATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
* *
7216394 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAA
65 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAA
* * *
7216459 ATAATTATATT-AA--GTTAAAATATT
130 ATAATTATATTAAATTTTTTAAATGTT
*
7216483 TAATTATTTAATTATATTA-AAGTA--A--A-TAATTATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
1 TAATTATTTAATTA-ATTATAAATACTATGATTAATTATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
* * * *
7216541 AATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAAATTTTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTA-ATTA
65 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATT--AA--TTTAA--AAGATTTAATTATTTAATTATA-T-
* * *
7216604 TAAAC-ACTATCGATTA-ATTAAATATTTAAGTTAAAAGATT
122 TAAACTA-AAT-AATTATATTAAAT-TTT---TTAAATG-TT
* *
7216644 TAATTATTTAATTATATTA-AAGTA--A--A-TAATTATA-TTAAATT-AAAGATTTAATTATTT
1 TAATTATTTAATTA-ATTATAAATACTATGATTAATTATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTT
*
7216701 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAA
65 AATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAA
*
7216766 ATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTT
130 ATAATTATATTAAATTTTTTAA--ATGTT
* * *
7216795 TAATTATGTATTTAATTATAAAAACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
1 TAATTATTTAATTAATTATAAATACTAT-GATTAATT--ATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
* * *
7216860 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATTTTAAAGT
63 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACT
*
7216925 AAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTT
128 AAATAATTATATTAAATTTTTTAA--ATGTT
* *
7216956 TAATTATGTATTTAATTATAAATACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
1 TAATTATTTAATTAATTATAAATACTAT-GATTAATT--ATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
* * *
7217021 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTGAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGT
63 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACT
*
7217086 AAATAATTATATTAAAATTTTTAA
128 AAATAATTATATTAAATTTTTTAA
7217110 TTATATTTAA
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 91, Indels: 157
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
145 16 0.01
146 33 0.03
147 140 0.13
148 16 0.01
149 16 0.01
150 34 0.03
151 44 0.04
152 55 0.05
153 25 0.02
154 32 0.03
155 43 0.04
156 46 0.04
157 17 0.02
158 7 0.01
159 6 0.01
160 172 0.16
161 367 0.34
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (156 bp):
TAATTATTTAATTAATTATAAATACTATGATTAATTATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTA
ATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAA
TAATTATATTAAATTTTTTAAATGTT
Found at i:7216166 original size:258 final size:259
Alignment explanation
Indices: 7215866--7217049 Score: 1679
Period size: 258 Copynumber: 4.5 Consensus size: 259
7215856 TTAATTAAAT
7215866 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
* *
7215931 ATATTAAATTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
66 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
*
7215996 TTATATTAAATTTTTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
131 TTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
*
7216061 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATT-AAAG
196 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAG
7216124 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
7216189 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATT-AACTAAATAA
66 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
*
7216253 TTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACGATCGATTAATTAAA
131 TTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
* *
7216318 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTGAGTTAAAAT
196 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAG
7216382 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
* *
7216447 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAA
66 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
* * * * *
7216512 TTATATTAAGTTA---AA--A-GATTTAATTATTTAATT-A-TATTAAACTA-AAT-AATTATAT
131 TTATATTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTAATTA-TAAAC-ACTATCGATTA-AT
* * * * * *
7216567 TAAA-ATTT---TTAATCATG-TTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAAT
192 TAAATATTTAAGTTAA--AAGATTTAATTATTTAATT-A-TATTAA-AGTA---AATAATT--AT
7216627 ATTTAAGTTAAAAG
247 A-TTAAGTTAAAAG
*
7216641 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATT-AAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
* *
7216705 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
66 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
*
7216770 TTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAAAACTATCGATTAATTAAA
131 TTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
7216835 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAG
196 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAG
* *
7216899 ATTTAATTATTTAATTATTTTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTA---AA--A-GATTTAATTAT
* * *
7216963 GTATTTA-ATTATAAATACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
60 TTAATTATATTA-AAGTA--A---A-TAATT--ATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
*
7217027 ATATTAAAGTAAATAATTATATT
115 ATATTAAACTAAATAATTATATT
7217050 GAGTTAAAAG
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 46, Indels: 83
0.87 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
249 4 0.00
250 13 0.02
251 3 0.00
252 15 0.02
253 18 0.02
254 15 0.02
256 8 0.01
257 130 0.16
258 389 0.47
259 77 0.09
261 8 0.01
262 2 0.00
263 19 0.02
264 36 0.04
265 16 0.02
266 4 0.00
267 13 0.02
268 4 0.00
269 1 0.00
270 5 0.01
272 3 0.00
273 48 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (259 bp):
ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
TTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAG
Found at i:7216384 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7216343--7216569 Score: 128
Period size: 31 Copynumber: 7.0 Consensus size: 32
7216333 ATTTAATTAT
* * *
7216343 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTGAG
1 TTAATAATATTTAAGTAAATAATTATATTAAG
* **
7216375 TTAA-AATATTTAATTATTTAATTATATTAAAG
1 TTAATAATATTTAAGTAAATAATTATATT-AAG
* *
7216407 TAAATAATTATATTAAGTTAAA-AGATT-TAATT-AT
1 TTAATAA-TAT-TTAAG-TAAATA-ATTAT-ATTAAG
* *
7216441 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAG
1 TTAATAATATTTAAGTAAATAATTATATTAAG
* **
7216473 TTAA-AATATTTAATTATTTAATTATATTAAAG
1 TTAATAATATTTAAGTAAATAATTATATT-AAG
* *
7216505 TAAATAATTATATTAAGTTAAA-AGATT-TAATT-AT
1 TTAATAA-TAT-TTAAG-TAAATA-ATTAT-ATTAAG
* * *
7216539 TTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAA
1 TTAATAATATTTAAGTAAATAATTATATTAA
7216570 AATTTTTAAT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 29, Indels: 40
0.68 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
31 58 0.40
32 32 0.22
33 10 0.07
34 18 0.12
35 12 0.08
36 16 0.11
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (32 bp):
TTAATAATATTTAAGTAAATAATTATATTAAG
Found at i:7216779 original size:209 final size:210
Alignment explanation
Indices: 7215866--7216939 Score: 1118
Period size: 209 Copynumber: 5.2 Consensus size: 210
7215856 TTAATTAAAT
*
7215866 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATT
* * *
7215931 ATATTAAATTAAATAATTATATT--A--ATTTAA--AAGATTT-A--AT-TATTTAATTATATTA
66 ATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTAATTATA-AA
* * * * *
7215986 AACTAAAT-AATTATATTAAAT-TTT---TTAATCATG-TTTAATTATGTATTTAATTATAAACA
129 AACT--ATCGATTA-ATTAAATATTTAAGTTAA--AAGATTTAATTATTTAATT-A-TATTAA-A
* *
7216045 CTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAG
186 GTA---AATAATT--ATA-TTAAGTTAAAAG
* *
7216076 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATT-AAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATT
* * *
7216140 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTA---AA--A-GATTT-A--AT-TATTTAATTATATTA
66 ATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATG-TTTAATTATGTATTTAATTATA-AA
* * *
7216195 AAGTA---AATAATT--ATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATT-AACTAAATAA
129 AACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAA
*
7216253 TTATATTAAATTATTTAATCATG
194 TTATATTAAGTTA---AA--A-G
* * * * * *
7216276 -TTTAATTATGTATTTAATTATAAACACGATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAAT
1 ATTTAATTATTTAATT-A-TATTAA-A-G-T-AAATAATT--ATA-TTAAGTTAAAAGATATAAT
* * * *
7216340 TATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTGAGTTA---AA--ATATTT-A--AT-TATTTAA
57 TATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAA
* * *
7216396 TTATATTAAAGTA---AATAATT--ATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAA
122 TTATA-AAAACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAA
*
7216455 GTAAATAATTATATTAAGTTAAAAT
186 GTAAATAATTATATTAAGTTAAAAG
*
7216480 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATT
*
7216545 ATATTAAACTAAATAATTATATTAAAATT-TTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAAC
66 ATATTAAACTAAATAATTATATT-AAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAAA
7216609 ACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAAT
130 ACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAAT
*
7216674 TATATTAAATT-AAAG
195 TATATTAAGTTAAAAG
*
7216689 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATATAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATT
7216754 ATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAAAA
66 ATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAAAA
7216819 CTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATT
131 CTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATT
7216884 ATATTAAGTTAAAAG
196 ATATTAAGTTAAAAG
*
7216899 ATTTAATTATTTAATTATTTTAAAGTAAATAATTATATTAA
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAA
7216940 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 42, Indels: 92
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
194 7 0.01
195 3 0.00
196 50 0.06
197 14 0.02
199 22 0.03
200 7 0.01
201 12 0.02
202 10 0.01
203 9 0.01
204 24 0.03
205 39 0.05
207 12 0.02
208 11 0.01
209 389 0.50
210 166 0.21
213 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (210 bp):
ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATT
ATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAAAA
CTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATT
ATATTAAGTTAAAAG
Found at i:7217157 original size:565 final size:564
Alignment explanation
Indices: 7215713--7217100 Score: 1955
Period size: 565 Copynumber: 2.4 Consensus size: 564
7215703 AATAATTAAA
* * * *
7215713 TAATTATGTATTTAATTATAAACA-GTATCGATTAATTAAATATTTAAGCTAAAAGATTTAATTA
1 TAATTATGTAATTAATTATAAACACG-ATCAAATAATT-AATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTA
*
7215777 TTTAATTATATTAAAGTAAATAATTACATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATT
64 TTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATT
* *
7215842 AT-AA-ATAAT-ATCA-ATTAA-TT-AAATATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTA
129 ATAAATATAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTA
* *
7215901 TATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAATTAAATAATTATATTAATTTAAAAGAT
194 TATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGAT
*
7215966 TTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTTTTTAATCATGTTTAATTATGTA
259 TTAATTA-TTAATTATATTAAACT-AAT-ATTATATTAAA--ATTTAATCATGTTTAATTATGTA
7216031 TTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATAT
319 TTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATAT
7216096 TAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
384 TAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
* * *
7216161 TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTT
449 TTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTAAAAGATTT
** * *
7216226 AATTATTTAATTATATTAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTT
514 AATTATTTAATTATAAAAACT-AATAATTATATTAAATTATTTAATAAAGTT
* * *
7216278 TAATTATGTATTTAATTATAAACACGATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
1 TAATTATGTAATTAATTATAAACACGATCAAATAATT-AATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTAT
* * * * *
7216343 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTGAGTTA---AA--ATATTTAATTATTTAATTATATT
65 TTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTA-ATT
*
7216403 A-AAGTA-AATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTA
129 ATAAATATAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTA
*
7216466 TATTAAGTTAAAATATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGAT
194 TATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGAT
7216531 TTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAAATTTTTAATCATGTTTAATTATGTA
259 TTAATTA-TTAATTATATTAAACT-AAT-ATTATATTAAAA--TTTAATCATGTTTAATTATGTA
7216596 TTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATAT
319 TTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATAT
7216661 TAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
384 TAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
*
7216726 TTAATTTAAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCA
449 TTAAGTTAAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTA---AA--A
*
7216791 TG-TTTAATTATGTATTTAATTATAAAAACT-ATCGATTA-ATTAAA-TATTTAAGTTAAAAGAT
509 -GATTT-A--AT-TATTTAATTATAAAAACTAAT-AATTATATTAAATTATTTAA--T-AAAG-T
7216852 T
564 T
* *
7216853 TAATTATTTAATT-A-TATTAA-A-G-T-AAATAATT-ATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATT
1 TAATTATGTAATTAATTATAAACACGATCAAATAATTAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATT
*
7216910 TAATTATTTTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTAT
66 TAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTAT
7216975 AAATACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAA
131 AAATA-TA---A-TAATT--ATA-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAA
*
7217040 TAATTATATTGAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAA
188 TAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAA
7217101 AATTTTTAAT
Statistics
Matches: 746, Mismatches: 37, Indels: 65
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
560 16 0.02
561 8 0.01
562 6 0.01
563 5 0.01
564 2 0.00
565 439 0.59
566 55 0.07
567 3 0.00
568 2 0.00
569 8 0.01
570 9 0.01
571 30 0.04
572 9 0.01
573 13 0.02
574 19 0.03
575 13 0.02
576 1 0.00
577 5 0.01
579 3 0.00
580 100 0.13
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (564 bp):
TAATTATGTAATTAATTATAAACACGATCAAATAATTAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATT
TAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTAT
AAATATAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTT
AATTATTAATTATATTAAACTAATATTATATTAAAATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATT
ATAAACACTATCGATTAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTA
AATAATTATATTAAATTAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTT
AAAAGATATAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATATTAAATTAAAAGATTTAATTATT
TAATTATAAAAACTAATAATTATATTAAATTATTTAATAAAGTT
Found at i:7217187 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 7217151--7217222 Score: 69
Period size: 8 Copynumber: 8.8 Consensus size: 8
7217141 TGGTCGTAAA
7217151 TAATTATAT
1 TAATTAT-T
7217160 ATAATTATT
1 -TAATTATT
7217169 TAAGCTTATT
1 TAA--TTATT
7217179 TAATTATT
1 TAATTATT
7217187 TAATTATAT
1 TAATTAT-T
7217196 TAA--A-T
1 TAATTATT
*
7217201 TAAATATT
1 TAATTATT
7217209 TAATTATT
1 TAATTATT
7217217 TAATTA
1 TAATTA
7217223 ATAAAAACAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 1, Indels: 14
0.79 0.01 0.20
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.07
7 2 0.04
8 29 0.53
9 5 0.09
10 15 0.27
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (8 bp):
TAATTATT
Found at i:7217196 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7217151--7217222 Score: 68
Period size: 18 Copynumber: 4.3 Consensus size: 18
7217141 TGGTCGTAAA
*
7217151 TAATTATATATAATTATT
1 TAATTATATTTAATTATT
*
7217169 TAAGCT-TATTTAATTATT
1 TAA-TTATATTTAATTATT
7217187 TAATTATA-TTAA--A-T
1 TAATTATATTTAATTATT
7217201 TAA--ATATTTAATTATT
1 TAATTATATTTAATTATT
7217217 TAATTA
1 TAATTA
7217223 ATAAAAACAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 16
0.69 0.05 0.26
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.07
13 4 0.09
14 4 0.09
15 2 0.05
16 4 0.09
17 5 0.12
18 20 0.47
19 1 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
TAATTATATTTAATTATT
Found at i:7217204 original size:370 final size:368
Alignment explanation
Indices: 7216431--7217211 Score: 1128
Period size: 370 Copynumber: 2.1 Consensus size: 368
7216421 AAGTTAAAAG
* *
7216431 ATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAATATTTAATTATTTAATT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAA-T---TAAATAT-TTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
7216496 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
61 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAA
7216561 TTATATTAAAATTTTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
126 TTATATTAAAATTTTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAA
7216626 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGAT
191 TATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGAT
* *
7216691 TTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATATAATTATTTAATTAT
256 TTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATATAATTAATTAACTAT
* * * * *
7216756 ATTAAACTAAATAATTATATTAAATTATTTAATCATGTTTAATTATGT
321 ATTAAACTAAATAATTATAGTAAATAATTTAATAATATTTAATGATGT
** *
7216804 ATTTAATTATAAAAACTATCGATT-AATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTAT-TTAATTAT--ATTAAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTAT
* *
7216868 ATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATTTTAAAGTAAATAATT
63 ATTAAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATT
*
7216933 ATATT-AAATTATTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAATACTATCGATTAATTAAAT
128 ATATTAAAATT-TTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAAT
* *
7216997 ATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTGAGTTAAAAGAT
192 ATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATT-AAAGAT
** * *
7217062 TTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAAATTTTTAA-TTATATTTAATTAACT
256 TTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATT--AATTTAAAAGATATAATTAATTAACT
* * * *
7217126 AT-TT-AACTTAA-AATGTGGTCGTAAATAATTATATATAATTATTTAA-GCT-T
319 ATATTAAACTAAATAAT-T-ATAGTAAATAATT-TA-ATAA-TATTTAATGATGT
7217176 ATTTAATTATTTAATTATATTAAATTAAATATTTAA
1 ATTTAATTATTTAATTATATTAAATTAAATATTTAA
7217212 TTATTTAATT
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 28, Indels: 29
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
369 11 0.03
370 226 0.62
371 65 0.18
372 27 0.07
373 21 0.06
374 12 0.03
375 2 0.01
376 3 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (368 bp):
ATTTAATTATTTAATTATATTAAATTAAATATTTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATT
AAAGTAAATAATTATATTAAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAACTAAATAATTATA
TTAAAATTTTTAATCATGTTTAATTATGTATTTAATTATAAACACTATCGATTAATTAAATATTT
AAGTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTAAAGATTTAAT
TATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATATTAATTTAAAAGATATAATTAATTAACTATATTAA
ACTAAATAATTATAGTAAATAATTTAATAATATTTAATGATGT
Found at i:7217208 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7217178--7217223 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
7217168 TTAAGCTTAT
*
7217178 TTAATTATTTAATTATATTAAA
1 TTAAATATTTAATTAT-TT-AA
7217200 TTAAATATTTAATTATTTAA
1 TTAAATATTTAATTATTTAA
7217220 TTAA
1 TTAA
7217224 TAAAAACAAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.26
21 2 0.09
22 15 0.65
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (20 bp):
TTAAATATTTAATTATTTAA
Found at i:7222740 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 7222629--7222785 Score: 224
Period size: 66 Copynumber: 2.4 Consensus size: 66
7222619 CAAATTGCTC
* * *
7222629 AACTTAAAGAGAAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGATGAACTCCATCTA
1 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
7222694 A
66 A
* * * *
7222695 AACTGAAAGAGGAGGTTGCAGTGAGAGAAGCAGAGTCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
1 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
*
7222760 C
66 A
* *
7222761 AACTTAAAGTGGAGGCAGCAGCGAG
1 AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAG
7222786 GCAAGCGGAG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 13, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 78 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.25, T:0.15
Consensus pattern (66 bp):
AACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCACCTA
A
Found at i:7223043 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 7223023--7223051 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
7223013 ATTTGAAATT
7223023 ATTGGTTGGATTTGC
1 ATTGGTTGGATTTGC
7223038 ATTGGTTGGATTTG
1 ATTGGTTGGATTTG
7223052 AATTTACAGG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.03, G:0.34, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
ATTGGTTGGATTTGC
Found at i:7223168 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7223120--7223303 Score: 287
Period size: 43 Copynumber: 4.3 Consensus size: 43
7223110 ATCTGTTATA
* * *
7223120 TTAGCGGCGCTTTTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGGACATGGTCT
1 TTAGCGGCGCTTGTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
***
7223163 TTAGCGGCGCTTGCAAAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
1 TTAGCGGCGCTTGTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
*
7223206 TTCGCGGCGCTTGTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
1 TTAGCGGCGCTTGTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
* *
7223249 TTCGCGGCGCTTGTGGTAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
1 TTAGCGGCGCTTGTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
7223292 TTAGCGGCGCTT
1 TTAGCGGCGCTT
7223304 TTTCGCATAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 12, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 129 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
TTAGCGGCGCTTGTGGAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCT
Found at i:7223406 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 7223352--7223408 Score: 73
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
7223342 TAGCGGCATT
*
7223352 TTTTACGGCGCTTTAGAAAGCGCCGCTAAA
1 TTTTACGGCGCTTTAGAAAGCACCGCTAAA
*
7223382 TTTTAGCGGCGC-TTA-TAAGCACCGCTA
1 TTTTA-CGGCGCTTTAGAAAGCACCGCTA
7223409 TAGACCTAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 10 0.42
30 8 0.33
31 6 0.25
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
TTTTACGGCGCTTTAGAAAGCACCGCTAAA
Found at i:7227559 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 7227552--7227597 Score: 92
Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2
7227542 TTTCAGCACA
7227552 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
7227594 AT AT
1 AT AT
7227598 TTGGCGAAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 44 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:7228173 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 7228117--7228178 Score: 70
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
7228107 ACCCACCCAT
*
7228117 ATTATTTTTAATTTATTTTAAAAATA
1 ATTA-TTTTATTTTATTTTAAAAATA
* **
7228143 TTTATTTTATTTTATTTTAATATTTA
1 ATTATTTTATTTTATTTTAA-AAATA
7228169 ATTATTTTAT
1 ATTATTTTAT
7228179 ATACTTTTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.50
26 15 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (25 bp):
ATTATTTTATTTTATTTTAAAAATA
Found at i:7228186 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 7228144--7228209 Score: 64
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
7228134 TTAAAAATAT
* *
7228144 TTATTTTAT-TTTATTTTA-ATATTTAA
1 TTATTTTATATAT-TTTTATATATTAAA
*
7228170 TTATTTTATATACTTTTTATTTATTAAA
1 TTATTTTATATA-TTTTTATATATTAAA
*
7228198 TTTTTTTATATA
1 TTATTTTATATA
7228210 GTTATCTTAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 4
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.27
27 6 0.18
28 18 0.55
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (27 bp):
TTATTTTATATATTTTTATATATTAAA
Found at i:7229885 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7229860--7229897 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
7229850 AAATTATAAT
*
7229860 TTTTTTTATAAATTTTATGG
1 TTTTTTAATAAATTTTATGG
*
7229880 TTTTTTAATAACTTTTAT
1 TTTTTTAATAAATTTTAT
7229898 ATTTTAAAAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.03, G:0.05, T:0.66
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTAATAAATTTTATGG
Found at i:7229902 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7229860--7229902 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
7229850 AAATTATAAT
* *
7229860 TTTTTTTATAAATTTTATGG
1 TTTTTTAATAAATTTTATGA
*
7229880 TTTTTTAATAACTTTTAT-A
1 TTTTTTAATAAATTTTATGA
7229899 TTTT
1 TTTT
7229903 AAAAGGATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.20
20 16 0.80
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.05, T:0.67
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTAATAAATTTTATGA
Found at i:7232804 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7232780--7232820 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
7232770 TCATTTGTTA
*
7232780 ATATATTTT-TATAAAT
1 ATATTTTTTATATAAAT
7232796 ATATTTTTTAATATAAAT
1 ATATTTTTT-ATATAAAT
7232814 -TATTTTT
1 ATATTTTT
7232821 GTTCTCCCAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.36
17 7 0.32
18 7 0.32
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (17 bp):
ATATTTTTTATATAAAT
Found at i:7232808 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7232772--7232810 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.1 Consensus size: 12
7232762 AAAAACAATC
*
7232772 ATTTGTTAATAT
1 ATTTTTTAATAT
7232784 ATTTTTATAAATAT
1 ATTTTT-T-AATAT
7232798 ATTTTTTAATAT
1 ATTTTTTAATAT
7232810 A
1 A
7232811 AATTATTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.46
13 2 0.08
14 11 0.46
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (12 bp):
ATTTTTTAATAT
Found at i:7237856 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 7237848--7237888 Score: 75
Period size: 3 Copynumber: 14.0 Consensus size: 3
7237838 CTTTTTTAGG
7237848 ATT ATT ATT ATT ATT A-T ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
7237889 TATATTTAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 35 0.95
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:7237980 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 7237954--7237999 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
7237944 CCAATTAGGG
7237954 AATTAT-TGTTTAG-ATTTAATTCT
1 AATTATCTGTTTAGAATTTAATTCT
*
7237977 AATTATCTTTTTAGAATTTAATT
1 AATTATCTGTTTAGAATTTAATT
7238000 TGGATCCAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
24 6 0.30
25 8 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (25 bp):
AATTATCTGTTTAGAATTTAATTCT
Found at i:7239116 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 7239058--7239122 Score: 78
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
7239048 AATTTAGCCA
* *
7239058 TTTTTATTTTTATTTTCATATTTTTTG
1 TTTTTATTTTAATTTTCACATTTTTTG
* *
7239085 TTTTTAATTTAATTTTTACATTTTTT-
1 TTTTTATTTTAATTTTCACATTTTTTG
7239111 TATTTTATTTTA
1 T-TTTTATTTTA
7239123 TAGGTTCTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.03
27 31 0.97
ACGTcount: A:0.20, C:0.03, G:0.02, T:0.75
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTATTTTAATTTTCACATTTTTTG
Found at i:7239792 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 7239511--7239791 Score: 476
Period size: 87 Copynumber: 3.2 Consensus size: 87
7239501 CAATGGTCAC
**
7239511 ATTTCGATTTCTGAAACTAGACCGGCTTTTCAGCAACC-TATCAACAAGAGCAGAAATCAAACCT
1 ATTTCGATTTCTGAAACTAGACCGATTTTTCAGCAACCTTATCAACAAGAGCAGAAATCAAACCT
7239575 TGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
66 TGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
* *
7239597 ATTTCGATTTTTGAAACTAGACCTGCTTTTT-AGCAACCTTATCAACAAGAGCAGAAATCAAACC
1 ATTTCGATTTCTGAAACTAGACC-GATTTTTCAGCAACCTTATCAACAAGAGCAGAAATCAAACC
7239661 TTGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
65 TTGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
* *
7239684 ATTTCGGTTTCTGAAACTAGATCGATTTTTCAGCAACCTTATCAACAAGAGCAGAAATCAAACCT
1 ATTTCGATTTCTGAAACTAGACCGATTTTTCAGCAACCTTATCAACAAGAGCAGAAATCAAACCT
7239749 TGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
66 TGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
*
7239771 ATTTCGATTTCTAAAACTAGA
1 ATTTCGATTTCTGAAACTAGA
7239792 TTTCAAAATA
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 9, Indels: 5
0.93 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
86 35 0.19
87 148 0.81
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (87 bp):
ATTTCGATTTCTGAAACTAGACCGATTTTTCAGCAACCTTATCAACAAGAGCAGAAATCAAACCT
TGAAGAGATGCTTGCTAAATTT
Found at i:7250903 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 7250890--7250922 Score: 57
Period size: 10 Copynumber: 3.3 Consensus size: 10
7250880 AAAATGAAAC
7250890 AAAAATTCAA
1 AAAAATTCAA
7250900 AAAAATTCAA
1 AAAAATTCAA
*
7250910 AAAAATTGAA
1 AAAAATTCAA
7250920 AAA
1 AAA
7250923 TTAAAAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 22 1.00
ACGTcount: A:0.73, C:0.06, G:0.03, T:0.18
Consensus pattern (10 bp):
AAAAATTCAA
Found at i:7250910 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7250890--7250932 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
7250880 AAAATGAAAC
7250890 AAAAATTCAAAAAAATTCAA
1 AAAAATTC-AAAAAATT-AA
*
7250910 AAAAATT-GAAAAATTAA
1 AAAAATTCAAAAAATTAA
7250927 AAAAAT
1 AAAAAT
7250933 AGTATATTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.36
18 7 0.32
20 7 0.32
ACGTcount: A:0.72, C:0.05, G:0.02, T:0.21
Consensus pattern (18 bp):
AAAAATTCAAAAAATTAA
Found at i:7250959 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 7250939--7250988 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 8.3 Consensus size: 6
7250929 AAATAGTATA
* * *
7250939 TTTATT TTCATTT TTTATT TTTATT TTTA-T TTTATT TTAAAT TTTATT
1 TTTATT TTTA-TT TTTATT TTTATT TTTATT TTTATT TTTATT TTTATT
7250987 TT
1 TT
7250989 AATTATACAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 4
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.14
6 26 0.72
7 5 0.14
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (6 bp):
TTTATT
Found at i:7250971 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7250951--7250989 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
7250941 TATTTTCATT
* *
7250951 TTTTATTTTTATTTTTA
1 TTTTATTTTAAATTTTA
7250968 TTTTATTTTAAATTTTA
1 TTTTATTTTAAATTTTA
7250985 TTTTA
1 TTTTA
7250990 ATTATACAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 20 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (17 bp):
TTTTATTTTAAATTTTA
Found at i:7251960 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7251930--7251982 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
7251920 AAAAGAAATC
7251930 GAAAGAAAAATTGA-AAAAAAA
1 GAAAGAAAAATTGAGAAAAAAA
7251951 GAAA-AAAAATTGAGAAAAAAA
1 GAAAGAAAAATTGAGAAAAAAA
7251972 GAGAAGAAAAA
1 GA-AAGAAAAA
7251983 GACAAAAATA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.31
21 13 0.45
22 2 0.07
23 5 0.17
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.17, T:0.08
Consensus pattern (22 bp):
GAAAGAAAAATTGAGAAAAAAA
Found at i:7251971 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7251913--7251990 Score: 86
Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32
7251903 TATTATTTAG
**
7251913 AAAAAGAAAAAGAAATCGAAAGAAAAATTGAAA
1 AAAAAGAAAAA-AAATCGAAAGAAAAAGAGAAA
* *
7251946 AAAAAGAAAAAAAATTGAGAA-AAAAAGAGAAG
1 AAAAAGAAAAAAAATCGA-AAGAAAAAGAGAAA
*
7251978 AAAAAGACAAAAA
1 AAAAAGAAAAAAA
7251991 TATGTCTGAG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 26 0.67
33 13 0.33
ACGTcount: A:0.76, C:0.03, G:0.15, T:0.06
Consensus pattern (32 bp):
AAAAAGAAAAAAAATCGAAAGAAAAAGAGAAA
Found at i:7251983 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 7251944--7251990 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 4.5 Consensus size: 10
7251934 GAAAAATTGA
7251944 AAAAAAAGA-
1 AAAAAAAGAG
7251953 AAAAAAATTGAG
1 AAAAAAA--GAG
7251965 AAAAAAAGAG
1 AAAAAAAGAG
*
7251975 AAGAAAAAGAC
1 AA-AAAAAGAG
7251986 AAAAA
1 AAAAA
7251991 TATGTCTGAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 7
0.80 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
9 7 0.21
10 8 0.24
11 11 0.33
12 7 0.21
ACGTcount: A:0.79, C:0.02, G:0.15, T:0.04
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAAAGAG
Found at i:7251989 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7251943--7251990 Score: 53
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
7251933 AGAAAAATTG
*
7251943 AAAAAAAAGAAAAAAAATTGAG
1 AAAAAAAAGAAAAAAAA-TGAC
*
7251965 AAAAAAAGAGAAGAAAAA-GAC
1 AAAAAAA-AGAAAAAAAATGAC
7251986 AAAAA
1 AAAAA
7251991 TATGTCTGAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.30
22 7 0.30
23 9 0.39
ACGTcount: A:0.79, C:0.02, G:0.15, T:0.04
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAAAGAAAAAAAATGAC
Found at i:7253061 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 7253035--7253080 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
7253025 CCAATTAGGG
7253035 AATTAT-TGTTTAG-ATTTAATTCT
1 AATTATCTGTTTAGAATTTAATTCT
*
7253058 AATTATCTTTTTAGAATTTAATT
1 AATTATCTGTTTAGAATTTAATT
7253081 TGGATCCAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
24 6 0.30
25 8 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (25 bp):
AATTATCTGTTTAGAATTTAATTCT
Found at i:7257273 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7257235--7257269 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
7257225 TACAAAATAA
7257235 TCAAAATAATTTTAAAAT
1 TCAAAATAATTTTAAAAT
7257253 TCAAAAT-ATTTATAAAA
1 TCAAAATAATTT-TAAAA
7257270 ATTCTAAAGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.25
18 12 0.75
ACGTcount: A:0.57, C:0.06, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
TCAAAATAATTTTAAAAT
Found at i:7257307 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7257284--7257319 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
7257274 TAAAGTTTGT
7257284 ATTTTTAAAAAAATTATA
1 ATTTTTAAAAAAA-TATA
*
7257302 ATTTTTTAAAAAATATA
1 ATTTTTAAAAAAATATA
7257319 A
1 A
7257320 AAATATATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.29
18 12 0.71
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTTAAAAAAATATA
Found at i:7263191 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7263149--7263261 Score: 95
Period size: 32 Copynumber: 3.4 Consensus size: 32
7263139 TTATTTTGGT
* * *
7263149 TTTTTTTACTGTTTGA-TTGCTGTTTTGGTGT
1 TTTTTTTACTGTTTGAGTTGCTATTTTAGTGC
* *
7263180 TGTTTTTTACTGTTTTAGTTGTTATTTTAGTGC
1 T-TTTTTTACTGTTTGAGTTGCTATTTTAGTGC
* * *
7263213 TTTTTTTACTGTTTTCATGTTGTTATTTTTGTTG-
1 TTTTTTTACTG-TTTGA-GTTGCTATTTTAG-TGC
7263247 TTATTTTTACTGTTT
1 TT-TTTTTACTGTTT
7263262 TTGTTGTTAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 7, Indels: 9
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 24 0.35
33 16 0.23
34 17 0.25
35 11 0.16
ACGTcount: A:0.10, C:0.06, G:0.17, T:0.67
Consensus pattern (32 bp):
TTTTTTTACTGTTTGAGTTGCTATTTTAGTGC
Found at i:7263207 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7263183--7263290 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 5.0 Consensus size: 21
7263173 TTGGTGTTGT
7263183 TTTTTACTGTTTTAGTTGTTA
1 TTTTTACTGTTTTAGTTGTTA
* *
7263204 TTTTAGTGCTTTTTTTACTGTT-TTCA
1 TTTT--TAC-TGTTTTA--GTTGTT-A
7263230 TGTTGTTA-T-TTTT-GTTGTTA
1 T-TT-TTACTGTTTTAGTTGTTA
*
7263250 TTTTTACTGTTTTTGTTGTTA
1 TTTTTACTGTTTTAGTTGTTA
* *
7263271 TTTTTATTGTTTTTGTTGTT
1 TTTTTACTGTTTTAGTTGTT
7263291 GTATTGCTGT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 4, Indels: 24
0.72 0.04 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.04
19 3 0.04
20 9 0.13
21 32 0.45
23 6 0.08
24 7 0.10
25 2 0.03
26 6 0.08
27 2 0.03
28 1 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.05, G:0.15, T:0.70
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTACTGTTTTAGTTGTTA
Found at i:7263254 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7263230--7263337 Score: 79
Period size: 12 Copynumber: 9.6 Consensus size: 12
7263220 ACTGTTTTCA
7263230 TGTTGTTATTTT
1 TGTTGTTATTTT
7263242 TGTTGTTATTTT
1 TGTTGTTATTTT
**
7263254 TACTG---TTTT
1 TGTTGTTATTTT
7263263 TGTTGTTATTTT
1 TGTTGTTATTTT
*
7263275 TATTGTT-TTTGT
1 TGTTGTTATTT-T
7263287 TGTTG-TA---T
1 TGTTGTTATTTT
*
7263295 TGCTGTTATTTT
1 TGTTGTTATTTT
** *
7263307 TGTTACTGTTTT
1 TGTTGTTATTTT
7263319 TGTTGTTATTTT
1 TGTTGTTATTTT
*
7263331 GGTTGTT
1 TGTTGTT
7263338 TGGATGTTAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 15, Indels: 18
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.07
9 9 0.12
11 4 0.06
12 54 0.75
ACGTcount: A:0.08, C:0.03, G:0.19, T:0.70
Consensus pattern (12 bp):
TGTTGTTATTTT
Found at i:7263282 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 7263215--7263330 Score: 146
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
7263205 TTTAGTGCTT
* * *
7263215 TTTTTACTGTTTTCATGTTGTTATTTTTGTTGTTA-TTT-TTACTGTTTTTGTTGTTA
1 TTTTTACTGTTTT--TGTTGTT-GTATTGCTGTTATTTTGTTACTGTTTTTGTTGTTA
*
7263271 TTTTTATTGTTTTTGTTGTTGTATTGCTGTTATTTTTGTTACTGTTTTTGTTGTTA
1 TTTTTACTGTTTTTGTTGTTGTATTGCTGTTA-TTTTGTTACTGTTTTTGTTGTTA
7263327 TTTT
1 TTTT
7263331 GGTTGTTTGG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 6
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
53 9 0.17
54 7 0.13
55 3 0.06
56 34 0.64
ACGTcount: A:0.09, C:0.04, G:0.16, T:0.71
Consensus pattern (55 bp):
TTTTTACTGTTTTTGTTGTTGTATTGCTGTTATTTTGTTACTGTTTTTGTTGTTA
Found at i:7267873 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 7267821--7267873 Score: 72
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
7267811 TGTTATATTA
**
7267821 AAAAAAAATTACTTGAAAATGTTTC
1 AAAAAAAATTACTTGAAAAAATTTC
*
7267846 AAAAAAATTTACTTGAAAAAATTT-
1 AAAAAAAATTACTTGAAAAAATTTC
7267870 AAAA
1 AAAA
7267874 TTTTCACCTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.16
25 21 0.84
ACGTcount: A:0.58, C:0.06, G:0.06, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAAAATTACTTGAAAAAATTTC
Found at i:7288237 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7288214--7288261 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
7288204 TTTTCTCATG
* * *
7288214 AAAAAAATTTAAATTTAATT
1 AAAAAAATTAAAAGTTAAGT
*
7288234 AAAAATATTAAAAGTTAAGT
1 AAAAAAATTAAAAGTTAAGT
*
7288254 GAAAAAAT
1 AAAAAAAT
7288262 ATGATTTATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 6, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 22 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAATTAAAAGTTAAGT
Found at i:7294489 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 7294471--7294498 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
7294461 AACTTTATTT
7294471 TTTAGGATTAATA
1 TTTAGGATTAATA
7294484 TTTAGGATTAATA
1 TTTAGGATTAATA
7294497 TT
1 TT
7294499 ATTATTATAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.14, T:0.50
Consensus pattern (13 bp):
TTTAGGATTAATA
Found at i:7304426 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 7304360--7304425 Score: 73
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
7304350 AATAATTTTC
*
7304360 AAAAATTC-AAAATAA-AAATAAAAAT
1 AAAAATTCTAAAA-AATATATAAAAAT
7304385 AAAAATTCTAAAAAATATATAAAAAGT
1 AAAAATTCTAAAAAATATATAAAAA-T
* *
7304412 TAAAATTTTAAAAA
1 AAAAATTCTAAAAA
7304426 TTTTCTAAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.29
26 12 0.34
27 13 0.37
ACGTcount: A:0.70, C:0.03, G:0.02, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
AAAAATTCTAAAAAATATATAAAAAT
Found at i:7317477 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 7317455--7317489 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
7317445 TTAATTTCTA
*
7317455 ATCTAATTAATTTG
1 ATCTAATTAATTCG
7317469 ATC-AATTAATTCG
1 ATCTAATTAATTCG
7317482 ATCTAATT
1 ATCTAATT
7317490 GATCAATCCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
13 12 0.63
14 7 0.37
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
ATCTAATTAATTCG
Found at i:7323348 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 7323229--7323336 Score: 130
Period size: 57 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
7323219 TTGTTTTAAA
*
7323229 TTAATAATATAAAATTATATTTTAATTTATCAAAAATAATAGAAATAAATTAAACTC
1 TTAA-AATATAAAATTATATTTTAATTTATCAAAAATAATACAAATAAATTAAACTC
* * *
7323286 TTAAAATGATAAAATTTTATTTTTA-TTATCATAAAA-ATATACAAATTAATT
1 TTAAAAT-ATAAAATTATATTTTAATTTATCA-AAAATA-ATACAAATAAATT
7323337 TTAATCTTAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 6
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
56 10 0.23
57 34 0.77
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (56 bp):
TTAAAATATAAAATTATATTTTAATTTATCAAAAATAATACAAATAAATTAAACTC
Found at i:7324244 original size:9 final size:8
Alignment explanation
Indices: 7324217--7324248 Score: 55
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 8
7324207 CCTATTAACT
7324217 TTTTAAAA
1 TTTTAAAA
7324225 TTTTAAAA
1 TTTTAAAA
7324233 TTTTAAACA
1 TTTTAAA-A
7324242 TTTTAAA
1 TTTTAAA
7324249 TAAGTTTTAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
8 15 0.65
9 8 0.35
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (8 bp):
TTTTAAAA
Found at i:7324249 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7324217--7324248 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
7324207 CCTATTAACT
7324217 TTTTAAAATTTTAAAA
1 TTTTAAAATTTTAAAA
7324233 TTTTAAACATTTTAAA
1 TTTTAAA-ATTTTAAA
7324249 TAAGTTTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
17 8 0.53
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
TTTTAAAATTTTAAAA
Found at i:7324301 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7324282--7324320 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
7324272 TATTAAAATT
7324282 TTTAT-ATT-TTTATAATA
1 TTTATAATTCTTTATAATA
7324299 TTTATAATTCTTTATAAT-
1 TTTATAATTCTTTATAATA
7324317 TTTA
1 TTTA
7324321 ATAAGTTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.25
18 7 0.35
19 8 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (19 bp):
TTTATAATTCTTTATAATA
Found at i:7324314 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 7324278--7324384 Score: 64
Period size: 9 Copynumber: 12.0 Consensus size: 9
7324268 AAAGTATTAA
7324278 AATTTTTAT
1 AATTTTTAT
7324287 -ATTTTTAT
1 AATTTTTAT
*
7324295 AATATTTAT
1 AATTTTTAT
7324304 AATTCTTTAT
1 AATT-TTTAT
*
7324314 AATTTTAAT
1 AATTTTTAT
*
7324323 AAGTTTATAT
1 AA-TTTTTAT
* *
7324333 CAATGTTAAT
1 -AATTTTTAT
7324343 -ATTTTTA-
1 AATTTTTAT
*
7324350 ATATTTTAAT
1 A-ATTTTTAT
7324360 -ATTTTTAT
1 AATTTTTAT
7324368 --TTTTTAAT
1 AATTTTT-AT
*
7324376 TATTTTTAT
1 AATTTTTAT
7324385 GAAAAAAATT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 12, Indels: 20
0.70 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.07
8 22 0.29
9 24 0.32
10 23 0.30
11 2 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.02, T:0.63
Consensus pattern (9 bp):
AATTTTTAT
Found at i:7324329 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 7324248--7324331 Score: 78
Period size: 27 Copynumber: 3.1 Consensus size: 25
7324238 AACATTTTAA
*
7324248 ATAAGTTTTATTAATTTTATAAAGTATT
1 ATAATTTTTA-TAATTTTAT-AAGT-TT
* * *
7324276 AAAATTTTTATATTTTTATAATATTT
1 ATAATTTTTATAATTTTATAA-GTTT
7324302 ATAATTCTTTATAATTTTAATAAGTTT
1 ATAATT-TTTATAATTTT-ATAAGTTT
7324329 ATA
1 ATA
7324332 TCAATGTTAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 7
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.20
27 25 0.54
28 12 0.26
ACGTcount: A:0.39, C:0.01, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (25 bp):
ATAATTTTTATAATTTTATAAGTTT
Found at i:7324365 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 7324338--7324383 Score: 62
Period size: 8 Copynumber: 5.3 Consensus size: 9
7324328 TATATCAATG
7324338 TTAATATTT
1 TTAATATTT
7324347 TTAATA-TT
1 TTAATATTT
7324355 TTAATATTT
1 TTAATATTT
7324364 TT-AT-TTT
1 TTAATATTT
7324371 TTAATTATTT
1 TTAA-TATTT
7324381 TTA
1 TTA
7324384 TGAAAAAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 7
0.82 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.15
8 11 0.33
9 11 0.33
10 6 0.18
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (9 bp):
TTAATATTT
Found at i:7324384 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7324279--7324384 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 6.0 Consensus size: 16
7324269 AAGTATTAAA
*
7324279 ATTTTTATATTTTTAT
1 ATTTTAATATTTTTAT
7324295 AATATTT-ATAATTCTTTAT
1 -AT-TTTAAT-ATT-TTTAT
*
7324314 AATTTTAATAAGTTTATAT
1 -ATTTTAAT-A-TTTTTAT
*
7324333 CAATGTTAATATTTTTAAT
1 --ATTTTAATATTTTT-AT
7324352 ATTTTAATATTTTTAT
1 ATTTTAATATTTTTAT
*
7324368 TTTTTAATTATTTTTAT
1 ATTTTAA-TATTTTTAT
7324385 GAAAAAAATT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 5, Indels: 16
0.78 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.11
17 26 0.34
18 13 0.17
19 19 0.25
20 10 0.13
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.02, T:0.63
Consensus pattern (16 bp):
ATTTTAATATTTTTAT
Found at i:7328981 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7328956--7328998 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
7328946 TATTTCTTTC
7328956 AATTCTGTTTTCTTTTATTTTT
1 AATTCTG-TTTCTTTTATTTTT
*
7328978 AATTTTGTTTCTTTTATTTTT
1 AATTCTGTTTCTTTTATTTTT
7328999 CCTATATCGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.70
22 6 0.30
ACGTcount: A:0.14, C:0.07, G:0.05, T:0.74
Consensus pattern (21 bp):
AATTCTGTTTCTTTTATTTTT
Found at i:7332727 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 7332707--7332736 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
7332697 CAGATCAATA
7332707 TTCAGAATCTGAATC
1 TTCAGAATCTGAATC
7332722 TTCAGAATCTGAATC
1 TTCAGAATCTGAATC
7332737 CTGTTCAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
TTCAGAATCTGAATC
Found at i:7337845 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 7337782--7338011 Score: 178
Period size: 58 Copynumber: 3.9 Consensus size: 58
7337772 ATAAACGATG
* * *
7337782 AAATCGGGGTGAAAAATGGGACTTGTGGATA-CTCGGGGGTAAAATGATAATTTTGGTA
1 AAATCGGGGTGAAAAAT-GAAATTGTGGAAAGCTCGGGGGTAAAATGATAATTTTGGTA
* * * * * *
7337840 AAATCGGGGTTAAAAATGAAATTTTGGAAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGATG
1 AAATCGGGGTGAAAAATGAAATTGTGGAAAGCTCGGGGGTAAAATGATAATTTT-GGTA
** * ** * * * *
7337899 AAATTAGGGTTAAAAATGAAATT-TTAAAAGATTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTCGGTG
1 AAATCGGGGTGAAAAATGAAATTGTGGAAAG-CTC-GGGGGTAAAATGATAATTTTGGTA
* * * * * *
7337958 AAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTAG-AAGATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTT
1 AAATCGGGGTGAAAAATGAAATTGTGGAAAG-CTCGGGGGTAAAATGATAATTTT
7338012 AGAAGATTCG
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 21, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 9 0.06
58 61 0.42
59 56 0.38
60 20 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (58 bp):
AAATCGGGGTGAAAAATGAAATTGTGGAAAGCTCGGGGGTAAAATGATAATTTTGGTA
Found at i:7337846 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 7337782--7338045 Score: 158
Period size: 29 Copynumber: 9.0 Consensus size: 28
7337772 ATAAACGATG
* * * *
7337782 AAATCGGGGTGAAAAATGGGACTTGTGGA
1 AAATCGGGG-GTAAAATGGTAATTTTGGA
* * *
7337811 TACTCGGGGGTAAAATGATAATTTTGGTA
1 AAATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGG-A
* *
7337840 AAATCGGGGTTAAAAAT-GAAATTTTGGA
1 AAATCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTGGA
* *
7337868 AAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGA
1 AA-ATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGA
** * * *
7337897 TGAAATTAGGGTTAAAAAT-GAAATTTT-AA
1 --AAATCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTGGA
* *
7337926 AAGATTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTCGGTG
1 AA-A-TC-GGGGGTAAAATGGTAATTTTGG-A
* *
7337958 AAATCGGGGTTAAAAATGG-AATTTTAGA
1 AAATCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTGGA
* *
7337986 AGATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAGA
1 A-AATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGA
*
7338015 AGATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 A-AATCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGA
7338045 A
1 A
7338046 GTTTCGGGAT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 36, Indels: 33
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.01
28 30 0.16
29 97 0.53
30 43 0.24
31 8 0.04
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
AAATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGA
Found at i:7337954 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 7337814--7338010 Score: 279
Period size: 59 Copynumber: 3.4 Consensus size: 58
7337804 TTGTGGATAC
* * * *
7337814 TCGGGGGTAAAATGATAATTTTGGTAAAATCGGGGTTAAAAATGAAATTTTGGAAAG-T
1 TCGGGGGTAAAATGGTAATTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGAAATTTT-AAAAGAT
* **
7337872 TCGGGGGTAAAATGGTAATTTTCGATGAAATTAGGGTTAAAAATGAAATTTTAAAAGAT
1 TCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGAAATTTTAAAAGAT
* *
7337931 TCTGGGGGTAAAATGGTAATTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTAGAAGAT
1 TC-GGGGGTAAAATGGTAATTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGAAATTTTAAAAGAT
7337990 TCGGGGGTAAAATGGTAATTT
1 TCGGGGGTAAAATGGTAATTT
7338011 TAGAAGATTC
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 6
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 40 0.32
59 68 0.55
60 16 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (58 bp):
TCGGGGGTAAAATGGTAATTTCGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGAAATTTTAAAAGAT
Found at i:7338411 original size:160 final size:161
Alignment explanation
Indices: 7338198--7338508 Score: 509
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
7338188 TTGTAAATCT
*
7338198 TGAAAAATTCTTGGGCCAATTTCGTAATTAAATAAAAGTTGATTTGAGGATTAAATTAAAATAAA
1 TGAAAAATTCTTGGGCCAATTTCGTAATTAAATAAAAGTTGATTTGAGGATTAAATTAAAACAAA
* * *
7338263 TTAAAAAAT-AAAAGGACTAAATGCATAAATAATCCAAAAAA-TACACGTGGCAGCCCCTGGTAC
66 TT-AAAAATGAAAAGGACTAAATGCATAAATAATCAAAAAAAGGACACGTGGCAGCCCCTGATAC
*
7338326 AGTCAAACAGTCATAGGACTAATTTATAAAGA
130 AGTCAAACAGTCAGAGGACTAATTTATAAAGA
* *
7338358 TGAAAAATTCTTGGGCCAATTTTGTAATTAAATAAAAGTTGATTTGGGGATTAAATTAAAACAAA
1 TGAAAAATTCTTGGGCCAATTTCGTAATTAAATAAAAGTTGATTTGAGGATTAAATTAAAACAAA
** *
7338423 TTAAAAATGTCAGGGACTAAATGCATAAATAATCAAAAAAAGGACACGTGGCAGCCCCTGATACA
66 TTAAAAATGAAAAGGACTAAATGCATAAATAATCAAAAAAAGGACACGTGGCAGCCCCTGATACA
7338488 GTCAAACAGTCAGAGGACTAA
131 GTCAAACAGTCAGAGGACTAA
7338509 ATTGAAAAGC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 10, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
159 6 0.04
160 92 0.66
161 41 0.29
ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (161 bp):
TGAAAAATTCTTGGGCCAATTTCGTAATTAAATAAAAGTTGATTTGAGGATTAAATTAAAACAAA
TTAAAAATGAAAAGGACTAAATGCATAAATAATCAAAAAAAGGACACGTGGCAGCCCCTGATACA
GTCAAACAGTCAGAGGACTAATTTATAAAGA
Found at i:7340257 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 7340246--7340309 Score: 69
Period size: 6 Copynumber: 11.0 Consensus size: 6
7340236 TAATATTATT
* * *
7340246 TTTAAA TTTAAA TTTAAA -ATAAA TTTAAA CTTAAA -ATAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* *
7340292 TTTAAA ATTAAT TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA
7340310 ATAAATAAAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 9, Indels: 4
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
5 8 0.17
6 39 0.83
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:7340270 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7340254--7340315 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 5.5 Consensus size: 11
7340244 TTTTTAAATT
7340254 TAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAAA
*
7340265 TAAATTTAAACT
1 TAAATTTAAA-A
* *
7340277 TAAA-ATAAATT
1 TAAATTTAAA-A
7340288 TAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAAA
*
7340299 TTAATTTTAAAA
1 -TAAATTTAAAA
7340311 TAAAT
1 TAAAT
7340316 AAAATCCAAG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 7, Indels: 6
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
11 23 0.56
12 18 0.44
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (11 bp):
TAAATTTAAAA
Found at i:7340270 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7340248--7340305 Score: 98
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 17
7340238 ATATTATTTT
7340248 TAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
*
7340265 TAAATTTAAACTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
7340282 TAAATTTAAATTTAAAA
1 TAAATTTAAATTTAAAA
*
7340299 TTAATTT
1 TAAATTT
7340306 TAAAATAAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 38 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TAAATTTAAATTTAAAA
Found at i:7340439 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7340416--7340453 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
7340406 AATGAAGATT
*
7340416 ATATGGATAAGGATGAAG
1 ATATGGATAAAGATGAAG
7340434 ATATGGATAAAGATGAAG
1 ATATGGATAAAGATGAAG
7340452 AT
1 AT
7340454 TTCGATGAAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.29, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
ATATGGATAAAGATGAAG
Found at i:7340464 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7340416--7340464 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
7340406 AATGAAGATT
* *
7340416 ATATGGATAAGGATGAAG
1 ATATCGATAAAGATGAAG
*
7340434 ATATGGATAAAGATGAAG
1 ATATCGATAAAGATGAAG
* *
7340452 ATTTCGATGAAGA
1 ATATCGATAAAGA
7340465 AGCTTTACAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 27 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.29, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
ATATCGATAAAGATGAAG
Found at i:7340591 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7340569--7340601 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
7340559 GACTAAAGTA
7340569 AAGAATCTTTACTGTTG
1 AAGAATCTTTACTGTTG
7340586 AAGAATCTTTACTGTT
1 AAGAATCTTTACTGTT
7340602 TACTATGTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAGAATCTTTACTGTTG
Found at i:7347548 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7347525--7347562 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
7347515 AATGAAGATT
*
7347525 ATATGGATAAGGATGAAG
1 ATATGGATAAAGATGAAG
7347543 ATATGGATAAAGATGAAG
1 ATATGGATAAAGATGAAG
7347561 AT
1 AT
7347563 TTCGATGAAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.29, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
ATATGGATAAAGATGAAG
Found at i:7347573 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7347525--7347573 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
7347515 AATGAAGATT
* *
7347525 ATATGGATAAGGATGAAG
1 ATATCGATAAAGATGAAG
*
7347543 ATATGGATAAAGATGAAG
1 ATATCGATAAAGATGAAG
* *
7347561 ATTTCGATGAAGA
1 ATATCGATAAAGA
7347574 AGCTTTACAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 27 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.29, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
ATATCGATAAAGATGAAG
Found at i:7347700 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7347678--7347710 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
7347668 GACTAAAGTA
*
7347678 AAGAATCTTTATTGTTG
1 AAGAATCTTTACTGTTG
7347695 AAGAATCTTTACTGTT
1 AAGAATCTTTACTGTT
7347711 TACTATGTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.15, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
AAGAATCTTTACTGTTG
Found at i:7350232 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7350217--7350245 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
7350207 CCCGAAACTC
7350217 GTTTTAAAA-T
1 GTTTTAAAATT
7350227 GTTTTAAAATT
1 GTTTTAAAATT
7350238 GTTTTAAA
1 GTTTTAAA
7350246 GGACTTAATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.50
11 9 0.50
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.10, T:0.52
Consensus pattern (11 bp):
GTTTTAAAATT
Found at i:7352720 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 7352701--7352731 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
7352691 TATTAAGCCT
*
7352701 TATTTTATATATAA
1 TATTTTATAAATAA
7352715 TATTTTATAAATAA
1 TATTTTATAAATAA
7352729 TAT
1 TAT
7352732 ATAGCATAGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
TATTTTATAAATAA
Found at i:7354404 original size:45 final size:41
Alignment explanation
Indices: 7354310--7354407 Score: 124
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 41
7354300 CGTGTGCTTG
* * *
7354310 GCCCGTGTGCCCCCAAATAGTATATACACACCCTAACACAT
1 GCCCGTGTGCCTCAAAATAGTATATACACACCCTAACACAC
*
7354351 GCCTGTGTGCCTCAAAATAGTATATACACACACACCCTAACACAC
1 GCCCGTGTGCCTCAAAATAGTATAT----ACACACCCTAACACAC
7354396 GCCCGTGTGCCT
1 GCCCGTGTGCCT
7354408 TTGAATAGTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 4
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 22 0.46
45 26 0.54
ACGTcount: A:0.30, C:0.36, G:0.14, T:0.20
Consensus pattern (41 bp):
GCCCGTGTGCCTCAAAATAGTATATACACACCCTAACACAC
Found at i:7366974 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 7366954--7366982 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
7366944 ACTTCCTTCA
7366954 TCAGCATCCTCATCG
1 TCAGCATCCTCATCG
7366969 TCAGCATCCTCATC
1 TCAGCATCCTCATC
7366983 CTCGTCCTCT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.41, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
TCAGCATCCTCATCG
Found at i:7366982 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 7366973--7367036 Score: 65
Period size: 6 Copynumber: 10.7 Consensus size: 6
7366963 TCATCGTCAG
* * * * * * *
7366973 CATCCT CATCCT CGTCCT CTTCCT CATCAT CCTCTT CCTCGT CATCCT
1 CATCCT CATCCT CATCCT CATCCT CATCCT CATCCT CATCCT CATCCT
7367021 CATCCT CATCCT CATC
1 CATCCT CATCCT CATC
7367037 ATCTTCATCG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 9, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 49 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.48, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (6 bp):
CATCCT
Found at i:7366982 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7366958--7367045 Score: 79
Period size: 21 Copynumber: 4.2 Consensus size: 21
7366948 CCTTCATCAG
*
7366958 CATCCTCATCGTCAGCATCCT
1 CATCCTCATCCTCAGCATCCT
* ** * *
7366979 CATCCTCGTCCTCTTCCTCAT
1 CATCCTCATCCTCAGCATCCT
*
7367000 CATCCTCTTCCTC-GTCATCCT
1 CATCCTCATCCTCAG-CATCCT
* *
7367021 CATCCTCATCCTCATCATCTT
1 CATCCTCATCCTCAGCATCCT
7367042 CATC
1 CATC
7367046 GTCTTCATCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 13, Indels: 4
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 52 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.45, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
CATCCTCATCCTCAGCATCCT
Found at i:7366990 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 7366960--7367015 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
7366950 TTCATCAGCA
*
7366960 TCCTCATCGTCAGCATCCTCATCCTCG
1 TCCTCATCCTCAGCATCCTCATCCTCG
* * *
7366987 TCCTCTTCCTCATCATCCTCTTCCTCG
1 TCCTCATCCTCAGCATCCTCATCCTCG
7367014 TC
1 TC
7367016 ATCCTCATCC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.46, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
TCCTCATCCTCAGCATCCTCATCCTCG
Found at i:7367054 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 7366958--7367045 Score: 74
Period size: 15 Copynumber: 6.1 Consensus size: 15
7366948 CCTTCATCAG
* *
7366958 CATCCTCATCGTCAG
1 CATCCTCATCCTCAT
7366973 CATCCTCAT-C-C-T
1 CATCCTCATCCTCAT
* *
7366985 CGTCCTCTTCCTCAT
1 CATCCTCATCCTCAT
* *
7367000 CATCCTCTTCCTCGT
1 CATCCTCATCCTCAT
7367015 CATCCTCATCCTCAT
1 CATCCTCATCCTCAT
* * *
7367030 CCTCATCATCTTCAT
1 CATCCTCATCCTCAT
7367045 C
1 C
7367046 GTCTTCATCA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 11, Indels: 6
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.12
13 2 0.03
14 1 0.02
15 49 0.83
ACGTcount: A:0.15, C:0.45, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (15 bp):
CATCCTCATCCTCAT
Found at i:7369996 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7369971--7370011 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
7369961 TAATTTAGTT
7369971 GATGTCATTCGTCATATTAA
1 GATGTCATTCGTCATATTAA
7369991 GATGTCATTCGTCATATTAA
1 GATGTCATTCGTCATATTAA
7370011 G
1 G
7370012 TTCAGTGATA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
GATGTCATTCGTCATATTAA
Found at i:7370794 original size:271 final size:274
Alignment explanation
Indices: 7370000--7371173 Score: 1217
Period size: 271 Copynumber: 4.2 Consensus size: 274
7369990 AGATGTCATT
* * **
7370000 CGTCATATTAAGTTCAGTGATA-AGTTTAGTAAATAAAAATGGAATTAACATTTAGATTTAAACA
1 CGTCATATTAAGTTCAATGATAGA-TTTAGTAAGTAAAAATGGAATTAATGTTTAGATTTAAACA
* * * *
7370064 ATAATATTATATTTTTCAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATTGAGTTGACCTCATTCATTAT
65 ATAATACTATATTTTTAAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATTAAGTTGACCTCATTCATGAT
* * *
7370129 GTTAAGCTTAAAGAAATGTTTAATAAGTGTAAATAAAAGTAATATTTATATTTAAGTTATAACGT
130 GTTAAGCTTAAAGAAATATTTAATAAGTGTAAATAAAAGTAATATTTAGATTTAAGTTATAACGC
* * * * ** * *
7370194 TGTAATTTAGGATAAATATGAA-TATGGCGTCAATGTTCATTATTTTATAATAATTACTATATTT
195 TATAATTTAGGATAAATCTAAATTATAGCACCAATATTCATTATTTTATAATAATTACTATATCT
7370258 CTATAATTTAGTTGA
260 CTATAATTTAGTTGA
* * **
7370273 CGTCATTCGTCATGTTAAGTTCAGTGATATG-TTTAGTAAATAAAAATGGAATTAAAATTTAGAT
1 CGTCA----T-A--TTAAGTTCAATGATA-GATTTAGTAAGTAAAAATGGAATTAATGTTTAGA-
* * * *
7370337 TAAGTTAAACAATAATACTATATTTTTCAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCGATTGAGTTGACG
57 T---TTAAACAATAATACTATATTTTTAAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATTAAGTTGACC
* * *
7370402 TTATTCATGATGTTAAGCTTAAAGAAATATTTAGTAAGTGTAAATAAAAGTAATCTTTAGATTTA
119 TCATTCATGATGTTAAGCTTAAAGAAATATTTAATAAGTGTAAATAAAAGTAATATTTAGATTTA
* * ** *
7370467 AGTTATAACGTTGTAATTTAGGATAAATCTAAATTATAGCGTCAATGTTCATTATTTTATAATAA
184 AGTTATAACGCTATAATTTAGGATAAATCTAAATTATAGCACCAATATTCATTATTTTATAATAA
7370532 TTACTATATCTCTATAATTTAGTTGA
249 TTACTATATCTCTATAATTTAGTTGA
*
7370558 -GTCATATTAAGTTCAATGATAGATTTAGTAAGTAAAAGTGGAATTAATGTTTAGATTTAAACAA
1 CGTCATATTAAGTTCAATGATAGATTTAGTAAGTAAAAATGGAATTAATGTTTAGATTTAAACAA
* * * *
7370622 CAATACT-T-TTTTTAAAATTTATGTTTAATAATTTTTTCAATTAAGTTGACCTTATTCATGGTG
66 TAATACTATATTTTTAAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATTAAGTTGACCTCATTCATGATG
* *** * * * *
7370685 TTAAGTTTAAAGAAGGGTTTACTCAGTGTAAATAAATGTAATATTTAGATTCAAGTTATAACGCT
131 TTAAGCTTAAAGAAATATTTAATAAGTGTAAATAAAAGTAATATTTAGATTTAAGTTATAACGCT
* ** * * * *
7370750 ATAATTTAGTATAGGTCCAAATTATGGCACCAATATTTATTATTTTATGATAATTACTATATCAT
196 ATAATTTAGGATAAATCTAAATTATAGCACCAATATTCATTATTTTATAATAATTACTATATC-T
* *
7370815 -TCTAATATAGTTGA
260 CTATAATTTAGTTGA
* * * * * *
7370829 TGCCGTTCGTAATGTTAAGCTCATTTATAGTTTTAGTAAGTAAAAATGAAATTAATGTTTAGA-T
1 ---CG-TC---ATATTAAGTTCAATGATAGATTTAGTAAGTAAAAATGGAATTAATGTTTAGATT
* *
7370893 TAAACAATAATA-TCAT-TTTTTAAAAAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATTGAA-TTTACG
59 TAAACAATAATACT-ATATTTTT---AAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATT-AAGTTGACC
* *
7370955 TCATTCGTGATGTTAAGTTTAAAGAAATATTTAATAAGTGTAAATAAACA-TAATATTTAG----
119 TCATTCATGATGTTAAGCTTAAAGAAATATTTAATAAGTGTAAATAAA-AGTAATATTTAGATTT
* *
7371015 -A--T-TAACGCTATAATTTATGATAAGTCTAAATTATAGCACCAATATTCATTATTTTATAATA
183 AAGTTATAACGCTATAATTTAGGATAAATCTAAATTATAGCACCAATATTCATTATTTTATAATA
*
7371076 ACTAC--TATCTCTATAATTTAGTTGA
248 ATTACTATATCTCTATAATTTAGTTGA
*
7371101 TGTCATTCGTTATGTTAAGCTT-AATGATAGATTTAGTAAGTAAAAATCGG-ATTAATGTTTAGA
1 CGTCA-----TA--TTAAG-TTCAATGATAGATTTAGTAAGTAAAAAT-GGAATTAATGTTTAGA
7371164 TTTAAACAAT
57 TTTAAACAAT
7371174 CTGCCTGCTG
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 86, Indels: 84
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
265 1 0.00
268 2 0.00
269 1 0.00
270 1 0.00
271 169 0.22
272 58 0.08
273 30 0.04
274 56 0.07
275 2 0.00
276 4 0.01
277 45 0.06
278 13 0.02
279 52 0.07
280 47 0.06
281 1 0.00
282 82 0.11
283 2 0.00
284 152 0.20
285 55 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (274 bp):
CGTCATATTAAGTTCAATGATAGATTTAGTAAGTAAAAATGGAATTAATGTTTAGATTTAAACAA
TAATACTATATTTTTAAAATTTATGTTTAATAATTTCTTCAATTAAGTTGACCTCATTCATGATG
TTAAGCTTAAAGAAATATTTAATAAGTGTAAATAAAAGTAATATTTAGATTTAAGTTATAACGCT
ATAATTTAGGATAAATCTAAATTATAGCACCAATATTCATTATTTTATAATAATTACTATATCTC
TATAATTTAGTTGA
Found at i:7374243 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7374217--7374281 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 22
7374207 CACGAACAAA
* * *
7374217 CTCGTTTATGGTTCGTTTATTAG
1 CTCGTTTATAGCTCGTTTA-AAG
* *
7374240 CTCGTATAAAGCTCGTTTAAAG
1 CTCGTTTATAGCTCGTTTAAAG
*
7374262 CTCGTTTATAAGCTCATTTA
1 CTCGTTTAT-AGCTCGTTTA
7374282 TTAGACCCAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 8, Indels: 2
0.77 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 9 0.27
23 24 0.73
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
CTCGTTTATAGCTCGTTTAAAG
Found at i:7374276 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7374229--7374282 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 4.7 Consensus size: 12
7374219 CGTTTATGGT
*
7374229 TCGTTTATTAGC
1 TCGTTTATAAGC
*
7374241 TCGTATA-AAGC
1 TCGTTTATAAGC
7374252 TCGTTTA-AAGC
1 TCGTTTATAAGC
7374263 TCGTTTATAAGC
1 TCGTTTATAAGC
*
7374275 TCATTTAT
1 TCGTTTAT
7374283 TAGACCCATC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 20 0.54
12 17 0.46
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.15, T:0.43
Consensus pattern (12 bp):
TCGTTTATAAGC
Found at i:7375995 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7375974--7376013 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
7375964 ACATGTTCGC
*
7375974 GAACGTTAAAT
1 GAACATTAAAT
*
7375985 GAACATATAAAC
1 GAACAT-TAAAT
7375997 GAACATTAAAT
1 GAACATTAAAT
7376008 GAACAT
1 GAACAT
7376014 GTTCACGAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 15 0.60
12 10 0.40
ACGTcount: A:0.53, C:0.12, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (11 bp):
GAACATTAAAT
Found at i:7376021 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 7375912--7376080 Score: 137
Period size: 23 Copynumber: 7.3 Consensus size: 23
7375902 TGGTTAGTTA
* * *
7375912 TAAACGAACATTTTCGCGAACACA
1 TAAACGAACATGTTCACGAACA-T
*
7375936 TAAACGAACATGTTCGCG-A-AT
1 TAAACGAACATGTTCACGAACAT
** * *
7375957 GCAACGAACATGTTCGCGAACGT
1 TAAACGAACATGTTCACGAACAT
* * **
7375980 TAAATGAACATATAAACGAACAT
1 TAAACGAACATGTTCACGAACAT
*
7376003 TAAATGAACATGTTCACGAACAT
1 TAAACGAACATGTTCACGAACAT
* * *
7376026 ATAAACGAATATGGTCACGAACGT
1 -TAAACGAACATGTTCACGAACAT
*
7376050 TAAACGAACATGTTCGCGAACGA-
1 TAAACGAACATGTTCACGAAC-AT
7376073 TAAACGAA
1 TAAACGAA
7376081 TGAGCACGAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 24, Indels: 9
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.14
22 2 0.02
23 63 0.54
24 36 0.31
ACGTcount: A:0.43, C:0.20, G:0.17, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
TAAACGAACATGTTCACGAACAT
Found at i:7376272 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7376236--7376276 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
7376226 CACCCCTACC
*
7376236 CTCTTCCCACGTTTCCATTT
1 CTCTTCCCACGTCTCCATTT
7376256 CTCTTCCCATC-TCTCCATTT
1 CTCTTCCCA-CGTCTCCATTT
7376276 C
1 C
7376277 CGTTGATAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 18 0.95
21 1 0.05
ACGTcount: A:0.10, C:0.44, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
CTCTTCCCACGTCTCCATTT
Found at i:7380598 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 7380582--7380624 Score: 61
Period size: 7 Copynumber: 6.3 Consensus size: 7
7380572 TTTCGAAAAA
*
7380582 GTCAATG
1 GTCAACG
7380589 GTCAACG
1 GTCAACG
*
7380596 GTCAA-A
1 GTCAACG
7380602 GTCAACG
1 GTCAACG
7380609 GTCAACG
1 GTCAACG
7380616 GTCAACG
1 GTCAACG
7380623 GT
1 GT
7380625 TAATCAACAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.16
7 27 0.84
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (7 bp):
GTCAACG
Found at i:7380604 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7380579--7380620 Score: 75
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
7380569 GTTTTTCGAA
*
7380579 AAAGTCAATGGTCAACGGTC
1 AAAGTCAACGGTCAACGGTC
7380599 AAAGTCAACGGTCAACGGTC
1 AAAGTCAACGGTCAACGGTC
7380619 AA
1 AA
7380621 CGGTTAATCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.24, T:0.17
Consensus pattern (20 bp):
AAAGTCAACGGTCAACGGTC
Found at i:7380607 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 7380589--7380624 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
7380579 AAAGTCAATG
7380589 GTCAACGGTCAA-A
1 GTCAACGGTCAACA
*
7380602 GTCAACGGTCAACG
1 GTCAACGGTCAACA
7380616 GTCAACGGT
1 GTCAACGGT
7380625 TAATCAACAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
13 12 0.57
14 9 0.43
ACGTcount: A:0.31, C:0.25, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (14 bp):
GTCAACGGTCAACA
Found at i:7380652 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7380614--7380672 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
7380604 CAACGGTCAA
***
7380614 CGGTCAACGGTTAATCAACAC
1 CGGTCAACGGTCGGTCAACAC
*
7380635 CGGTCAACGGTCGGTCAACAT
1 CGGTCAACGGTCGGTCAACAC
*
7380656 CGGTCAA-TGTCGGTCAA
1 CGGTCAACGGTCGGTCAA
7380673 TGGTTTGACT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.27
21 24 0.73
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
CGGTCAACGGTCGGTCAACAC
Found at i:7380729 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 7380709--7380738 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
7380699 TGGTTCATTT
7380709 GGTTTGGTTCAAATG
1 GGTTTGGTTCAAATG
*
7380724 GGTTTGGTTTAAATG
1 GGTTTGGTTCAAATG
7380739 AATTTGGGTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.03, G:0.33, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
GGTTTGGTTCAAATG
Found at i:7380748 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7380722--7380789 Score: 109
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
7380712 TTGGTTCAAA
7380722 TGGGTTTGGTTTAAATGAATT
1 TGGGTTTGGTTTAAATGAATT
*
7380743 TGGGTTTGGTTTAAATGAATG
1 TGGGTTTGGTTTAAATGAATT
*
7380764 TGGGTTTGGTTTAAATAGGATT
1 TGGGTTTGGTTTAAAT-GAATT
7380786 TGGG
1 TGGG
7380790 CTTAATGGGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 1
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
21 36 0.84
22 7 0.16
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.34, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
TGGGTTTGGTTTAAATGAATT
Found at i:7381193 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7381160--7381234 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 6.5 Consensus size: 11
7381150 AAGTGTGATT
*
7381160 AAAAGAGGAAG
1 AAAAGAGAAAG
*
7381171 AAAATAGAAAAG
1 AAAAGAG-AAAG
7381183 AAAAGAGAAAG
1 AAAAGAGAAAG
*
7381194 AAATA-AGGAATG
1 AAA-AGA-GAAAG
* *
7381206 AATGAGAAAAAG
1 AA-AAGAGAAAG
7381218 AAAAGAGAAAG
1 AAAAGAGAAAG
*
7381229 GAAAGA
1 AAAAGA
7381235 TGAGAGGCTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 10
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 26 0.53
12 22 0.45
13 1 0.02
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.27, T:0.05
Consensus pattern (11 bp):
AAAAGAGAAAG
Found at i:7383122 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7383088--7383127 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
7383078 TGTGATTCTG
* *
7383088 CATACTTGTTTCGGTAGAACC
1 CATACATGTATCGGTAGAACC
7383109 CATACATGTATCGGTAGAA
1 CATACATGTATCGGTAGAA
7383128 GTACACGGTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
CATACATGTATCGGTAGAACC
Found at i:7383868 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 7383809--7384024 Score: 165
Period size: 45 Copynumber: 4.8 Consensus size: 45
7383799 ATTTTTTCAT
* * *
7383809 ATCACCATCTTATGCATATCATATAGCATAATCAACCAAATAATA
1 ATCACAATCATATGCATATCATATAGCATAATCAACCAAATAGTA
** * *
7383854 ATCACAATCATATGCATATCATACGGCTTAATCAATCAAATAGTA
1 ATCACAATCATATGCATATCATATAGCATAATCAACCAAATAGTA
* * * * *
7383899 TTTACCATGTCATA--CATATCATATAACATAATCAACCAAATAGTG
1 ATCA-CA-ATCATATGCATATCATATAGCATAATCAACCAAATAGTA
* * * * * *
7383944 ATTAC-CTTATCATGCATATCATATATCATAA-CTAATCAAATAGTGT
1 ATCACAATCAT-ATGCATATCATATAGCATAATC-AACCAAATAGT-A
*
7383990 AT-ATAAT-ATCATGCATATCATATAGCATAATCAAC
1 ATCACAATCAT-ATGCATATCATATAGCATAATCAAC
7384025 TACATAATAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 26, Indels: 18
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.02
43 1 0.01
44 2 0.01
45 119 0.88
46 6 0.04
47 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.19, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (45 bp):
ATCACAATCATATGCATATCATATAGCATAATCAACCAAATAGTA
Found at i:7383965 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 7383823--7384035 Score: 232
Period size: 90 Copynumber: 2.4 Consensus size: 90
7383813 CCATCTTATG
* *
7383823 CATATCATATAGCATAATCAACCAAATAATAATCACAATCATATGCATATCATACGGCTTAA-TC
1 CATATCATATAGCATAATCAACCAAATAATAATCACAATCATATGCATATCATACAGCATAACT-
* * *
7383887 AATCAAATAGTATTTACCATGTCATA
65 AATCAAATAGTATATACAATATCATA
* * * * * * * *
7383913 CATATCATATAACATAATCAACCAAATAGTGATTAC-CTTATCATGCATATCATATATCATAACT
1 CATATCATATAGCATAATCAACCAAATAATAATCACAATCAT-ATGCATATCATACAGCATAACT
* * *
7383977 AATCAAATAGTGTATATAATATCATG
65 AATCAAATAGTATATACAATATCATA
* *
7384003 CATATCATATAGCATAATCAACTACATAATAAT
1 CATATCATATAGCATAATCAACCAAATAATAAT
7384036 TGTCACTCCT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 21, Indels: 4
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
89 3 0.03
90 96 0.96
91 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.18, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (90 bp):
CATATCATATAGCATAATCAACCAAATAATAATCACAATCATATGCATATCATACAGCATAACTA
ATCAAATAGTATATACAATATCATA
Found at i:7395384 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7395358--7395418 Score: 104
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
7395348 TATTTATACA
7395358 TGTCGTTACTGTTCATGGACT
1 TGTCGTTACTGTTCATGGACT
7395379 TGTCGTTACTGTTCATGGACT
1 TGTCGTTACTGTTCATGGACT
* *
7395400 TGACTTTACTGTTCATGGA
1 TGTCGTTACTGTTCATGGA
7395419 ATTAACCCCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 38 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.18, G:0.23, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TGTCGTTACTGTTCATGGACT
Found at i:7396375 original size:59 final size:61
Alignment explanation
Indices: 7396302--7396435 Score: 166
Period size: 61 Copynumber: 2.2 Consensus size: 61
7396292 TTAATATAAC
* *
7396302 ATTTGTTACCTAAACTT-G-ATACTTTTTCCTAATTTGATACCTAAAC-TTATTTAGGCCCA
1 ATTTGGTACCTAAACTTGGCAT-CTTTTTCCTAATTTGATACCTAAACTTTATTTAAGCCCA
* * * * **
7396361 ATTTGGTACCTAAACTTGGCATTTTTTTCCTAATTTGGTACCTAAGCTTTTTTTAAGTTCA
1 ATTTGGTACCTAAACTTGGCATCTTTTTCCTAATTTGATACCTAAACTTTATTTAAGCCCA
7396422 ATTTGGTACCTAAA
1 ATTTGGTACCTAAA
7396436 TTTATTAAAT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
59 16 0.25
60 23 0.36
61 25 0.39
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (61 bp):
ATTTGGTACCTAAACTTGGCATCTTTTTCCTAATTTGATACCTAAACTTTATTTAAGCCCA
Found at i:7396401 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 7396302--7396405 Score: 104
Period size: 28 Copynumber: 3.4 Consensus size: 30
7396292 TTAATATAAC
* *
7396302 ATTTGTTACCTAAACTTGATACTTTTTCCTA
1 ATTTGGTACCTAAACTTGAT-TTTTTTCCTA
* *** *
7396333 ATTTGATACCTAAACTT-A-TTTAGGCCCA
1 ATTTGGTACCTAAACTTGATTTTTTTCCTA
7396361 ATTTGGTACCTAAACTTGGCATTTTTTTCCTA
1 ATTTGGTACCTAAACTT-G-ATTTTTTTCCTA
7396393 ATTTGGTACCTAA
1 ATTTGGTACCTAA
7396406 GCTTTTTTTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 11, Indels: 7
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 21 0.36
30 1 0.02
31 17 0.29
32 19 0.33
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (30 bp):
ATTTGGTACCTAAACTTGATTTTTTTCCTA
Found at i:7396916 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 7396880--7396961 Score: 94
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
7396870 GAACCCTAAA
*
7396880 AAGTTTAAGTA-CTAACTTAAGAAAAAATGTC
1 AAGTTTAAGTATC-AAATTAAGAAAAAATGTC
* *
7396911 AAGTTTAGGTATCAAATTAAGAAAAATTGTC
1 AAGTTTAAGTATCAAATTAAGAAAAAATGTC
** *
7396942 AAGTTTGGGTATGAAATTAA
1 AAGTTTAAGTATCAAATTAA
7396962 ACAGAAAAAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 2
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 44 0.98
32 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
AAGTTTAAGTATCAAATTAAGAAAAAATGTC
Found at i:7396959 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 7396825--7397017 Score: 208
Period size: 90 Copynumber: 2.1 Consensus size: 90
7396815 ACAAAAAAAA
* * * * *
7396825 TTAGGTACCAAATTAAGAAAAAGAGTTAAGTTCAGGTACCAAATTGAACCCTAAAAAGTTTAAGT
1 TTAGGTACCAAATTAAGAAAAAGAGTCAAGTTCAGGTACCAAATTAAACACAAAAAAATTTAAGT
* * *
7396890 ACTAACTTAAGAAAA-AATGTCAAGT
66 ACCAAATTAAAAAAATAATGT-AAGT
* ** ** ** *
7396915 TTAGGTATCAAATTAAGAAAAATTGTCAAGTTTGGGTATGAAATTAAACAGAAAAAAATTTAAGT
1 TTAGGTACCAAATTAAGAAAAAGAGTCAAGTTCAGGTACCAAATTAAACACAAAAAAATTTAAGT
7396980 ACCAAATTAAAAAAATAATGTAAGT
66 ACCAAATTAAAAAAATAATGTAAGT
* *
7397005 TCAGGTACTAAAT
1 TTAGGTACCAAAT
7397018 ATTATATTAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 19, Indels: 2
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
90 78 0.94
91 5 0.06
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (90 bp):
TTAGGTACCAAATTAAGAAAAAGAGTCAAGTTCAGGTACCAAATTAAACACAAAAAAATTTAAGT
ACCAAATTAAAAAAATAATGTAAGT
Found at i:7400417 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7400394--7400436 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
7400384 GAATAGGTTT
7400394 TTAATTAAATAAGTTT-AA
1 TTAATTAAA-AAGTTTAAA
* *
7400412 TTAATTGAAAATTTTAAA
1 TTAATTAAAAAGTTTAAA
7400430 TTAATTA
1 TTAATTA
7400437 CACCTTGAAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.24
18 16 0.76
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTAAAAAGTTTAAA
Found at i:7404552 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 7404520--7404586 Score: 62
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
7404510 TAAATCATAA
*
7404520 AATTATACATTAATTTTGATTTAATATGT
1 AATTATACATTAATTTTAATTT-A-ATGT
* * *
7404549 AATTGTAAATATTAATTTTAATTTAGTGT
1 AA-T-TATACATTAATTTTAATTTAATGT
7404578 AATTATACA
1 AATTATACA
7404587 CATAAAATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 6
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.13
28 1 0.03
29 7 0.23
30 2 0.07
31 16 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (27 bp):
AATTATACATTAATTTTAATTTAATGT
Found at i:7417181 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7417160--7417206 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
7417150 CAGCATAGAC
*
7417160 GGTGGATACATCAAAGGT
1 GGTGGATACATCAAA-AT
*
7417178 GGTGGATACATTGAAAAT
1 GGTGGATACA-TCAAAAT
7417196 GGTGGATACAT
1 GGTGGATACAT
7417207 TGAAGGTGGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.04
18 21 0.81
19 4 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (17 bp):
GGTGGATACATCAAAAT
Found at i:7417216 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7417177--7417210 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
7417167 ACATCAAAGG
7417177 TGGTGGATACATTGAAAA
1 TGGTGGATACATTG-AAA
7417195 TGGTGGATACATTGAA
1 TGGTGGATACATTGAA
7417211 GGTGGACACA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.12
18 14 0.88
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
TGGTGGATACATTGAAA
Found at i:7422167 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 7422112--7422182 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
7422102 AAAGTTTGAA
*
7422112 TTAATTTTAAATTCATTTTTAAATTTATC
1 TTAAATTTAAATTCATTTTTAAATTTATC
* *
7422141 TTAAATTTAAATTTACTTATTTAAATTTATT
1 TTAAATTTAAATTCA-TT-TTTAAATTTATC
7422172 TTAAATTTAAA
1 TTAAATTTAAA
7422183 CTTAATTAAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 13 0.35
30 2 0.05
31 22 0.59
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
TTAAATTTAAATTCATTTTTAAATTTATC
Found at i:7422179 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7422110--7422180 Score: 58
Period size: 11 Copynumber: 6.5 Consensus size: 11
7422100 TTAAAGTTTG
*
7422110 AATTAATTTTA
1 AATTTATTTTA
*
7422121 AATTCATTTTTA
1 AATTTA-TTTTA
*
7422133 AATTTATCTTA
1 AATTTATTTTA
*
7422144 AATTTAAATTT-
1 AATTT-ATTTTA
*
7422155 -ACTTA-TTTA
1 AATTTATTTTA
7422164 AATTTATTTTA
1 AATTTATTTTA
7422175 AATTTA
1 AATTTA
7422181 AACTTAATTA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 10
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.06
9 1 0.02
10 7 0.15
11 24 0.50
12 13 0.27
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (11 bp):
AATTTATTTTA
Found at i:7422248 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 7422232--7422301 Score: 115
Period size: 28 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
7422222 CAATGTCCAT
7422232 TTACAA-AAGCCCAAATCAAAGGCCCGA
1 TTACAAGAAGCCCAAATCAAAGGCCCGA
*
7422259 TTACAAGAAGCCCAAATTAAAGGCCCGA
1 TTACAAGAAGCCCAAATCAAAGGCCCGA
*
7422287 TTACAAAAAGCCCAA
1 TTACAAGAAGCCCAA
7422302 TTGGGCTGAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.15
28 34 0.85
ACGTcount: A:0.46, C:0.27, G:0.14, T:0.13
Consensus pattern (28 bp):
TTACAAGAAGCCCAAATCAAAGGCCCGA
Found at i:7423937 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 7423659--7423968 Score: 435
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
7423649 TTCAATTTAA
* * *
7423659 TCCTTTGACTGTTTGACTGTACCAGAGGCTGACACGTGTCATGTTTTGGCTTATTTTTGCATATA
1 TCCTTTGACTGTTTGACTGCACCAGAGGCTGACACGTGTCATGTTTTGGCCTATTTATGCATATA
* *
7423724 GTCCCTGACATTATTAATTTGTTTTAATTTAATCCTTAAATCAACTTTTATTTAATTATAAAATT
66 GTCCCTGACATTATTAATTTATTTTAATTTAATCCTTAAATCAACTTTTATTTAATTACAAAATT
* *
7423789 GGCCCAACAATTTTTCAAGGTTTATAAAGAAG
131 GGCCCAAAAATTTTCCAAGGTTTATAAAGAAG
* * * *
7423821 TCCTTTGACTGTTTGACTGCACTAGAGGCTGCCACGTGTC-TTTTTTGGCCTATTTATGCATTTA
1 TCCTTTGACTGTTTGACTGCACCAGAGGCTGACACGTGTCATGTTTTGGCCTATTTATGCATATA
** * * * *
7423885 GT-CCTTTCTATTTTTAATTTATTTTAATTTAGTCCTTAGATTAACTTTTATTTAATTACAAAAT
66 GTCCCTGAC-ATTATTAATTTATTTTAATTTAATCCTTAAATCAACTTTTATTTAATTACAAAAT
*
7423949 TGGTCCAAAAATTTTCCAAG
130 TGGCCCAAAAATTTTCCAAG
7423969 ATTTTCAAAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 18, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.03
161 88 0.68
162 37 0.29
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.14, T:0.44
Consensus pattern (162 bp):
TCCTTTGACTGTTTGACTGCACCAGAGGCTGACACGTGTCATGTTTTGGCCTATTTATGCATATA
GTCCCTGACATTATTAATTTATTTTAATTTAATCCTTAAATCAACTTTTATTTAATTACAAAATT
GGCCCAAAAATTTTCCAAGGTTTATAAAGAAG
Found at i:7424294 original size:118 final size:120
Alignment explanation
Indices: 7424066--7424378 Score: 363
Period size: 118 Copynumber: 2.6 Consensus size: 120
7424056 AATTGTCTAG
* * * ** *
7424066 AAATTACATTTCAACCCTAAAACTTTTTGAAAATTATATTTTAACCCTGAAACTTTCCAAAAATT
1 AAATTACATTTCAACCCCAAAACTTTCTAAAAATTATATTTTAACCCCAAAACCTTCCAAAAATT
* * * *
7424131 ACTTTTTGACCCCTAAACTTTTCCAAAATTATATTTTGGCCCCAAAACTTTTCCA
66 ACATTTTGAACCCTAAACTTTTCCAAAATTACATTTTGACCCCAAAACTTTTCCA
* *
7424186 AAATTACATTTCGACCCCAAAACTTTCTAAAAATTATA-TTTAACCCCAAAACCTT-CTAAAATT
1 AAATTACATTTCAACCCCAAAACTTTCTAAAAATTATATTTTAACCCCAAAACCTTCCAAAAATT
*
7424249 ACATTTT-AACCCTAAAACTTTTCCAAAATTACATTTTGACTCCAAAACTTTTCCA
66 ACATTTTGAACCCT-AAACTTTTCCAAAATTACATTTTGACCCCAAAACTTTTCCA
* * * **
7424304 AAATTATACTTT-AACCCCAAAACTTTC--AAAATTACCATTTT-ACCCCCAAA-CTTCCCTAAA
1 AAATTACA-TTTCAACCCCAAAACTTTCTAAAAATTA-TATTTTAACCCCAAAACCTTCCAAAAA
* *
7424364 TTCCATTTTTAACCC
64 TTACATTTTGAACCC
7424379 CGATTTCACC
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 20, Indels: 14
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
116 10 0.06
117 26 0.16
118 80 0.48
119 17 0.10
120 34 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.25, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (120 bp):
AAATTACATTTCAACCCCAAAACTTTCTAAAAATTATATTTTAACCCCAAAACCTTCCAAAAATT
ACATTTTGAACCCTAAACTTTTCCAAAATTACATTTTGACCCCAAAACTTTTCCA
Found at i:7424350 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 7424066--7424379 Score: 284
Period size: 30 Copynumber: 10.6 Consensus size: 30
7424056 AATTGTCTAG
* * **
7424066 AAATTACATTTCAACCCTAAAACTTTTTGA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
* **
7424096 AAATTATATTTTAACCCTGAAAC-TTTCCAA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCC-A
* * *
7424126 AAATTACTTTTTGACCCCTAAACTTTTCCA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
* **
7424156 AAATTATATTTTGGCCCCAAAACTTTTCCA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
** *
7424186 AAATTACATTTCGACCCCAAAAC-TTTCTAA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTC-CA
* * *
7424216 AAATTATA-TTTAACCCCAAAAC-CTTCTA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
*
7424244 AAATTACATTTTAACCCTAAAACTTTTCCA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
* *
7424274 AAATTACATTTTGACTCCAAAACTTTTCCA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
* *
7424304 AAATTATACTTTAACCCCAAAAC-TTT-CA
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
* * *
7424332 AAATTACCATTTT-ACCCCCAAAC-TTCCCT
1 AAATTA-CATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
*
7424361 AAATTCCATTTTTAACCCC
1 AAATTACA-TTTTAACCCC
7424380 GATTTCACCA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 40, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 29 0.12
29 52 0.22
30 149 0.63
31 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.25, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCA
Found at i:7424356 original size:88 final size:87
Alignment explanation
Indices: 7424066--7424353 Score: 308
Period size: 88 Copynumber: 3.2 Consensus size: 87
7424056 AATTGTCTAG
* * ** * ** ** *
7424066 AAATTACATTTCAACCCTAAAACTTTTTGAAAATTATATTTTAACCCTGAAACTTTCCAAAAATT
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCAAAATTACATTTCGACCCCAAAACTTTCTAAAAATT
* * *
7424131 ACTTTTTGACCCCTAAACTTTTCCA
66 A-TATTTAACCCCAAAAC-TTT-CA
* **
7424156 AAATTATATTTTGGCCCCAAAACTTTTCCAAAATTACATTTCGACCCCAAAACTTTCTAAAAATT
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCAAAATTACATTTCGACCCCAAAACTTTCTAAAAATT
*
7424221 ATATTTAACCCCAAAACCTTCTA
66 ATATTTAACCCCAAAACTTTC-A
* * * *
7424244 AAATTACATTTTAACCCTAAAACTTTTCCAAAATTACATTTTGACTCCAAAACTTT-TCCAAAAT
1 AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCAAAATTACATTTCGACCCCAAAACTTTCT-AAAAAT
7424308 TATACTTTAACCCCAAAACTTTCA
65 TATA-TTTAACCCCAAAACTTTCA
*
7424332 AAATTACCATTTTACCCCCAAA
1 AAATTA-CATTTTAACCCCAAA
7424354 CTTCCCTAAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 27, Indels: 9
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
87 2 0.01
88 69 0.41
89 43 0.26
90 53 0.32
ACGTcount: A:0.39, C:0.24, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (87 bp):
AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTTTCCAAAATTACATTTCGACCCCAAAACTTTCTAAAAATT
ATATTTAACCCCAAAACTTTCA
Found at i:7424375 original size:58 final size:55
Alignment explanation
Indices: 7424133--7424379 Score: 160
Period size: 58 Copynumber: 4.2 Consensus size: 55
7424123 CAAAAATTAC
* * * * *
7424133 TTTTTGACCCCTAAACTTTTCCAAAATTATATTTTGGCCCCAAAACTTTTCCAAAATTACA
1 TTTTTAACCCCAAAAC-TTT-CAAAATTACATTTT-ACCCCAAAAC--TTCCTAAATT-CA
** * *
7424194 -TTTCGACCCCAAAACTTTCTAAAAATTATATTTAACCCCAAAACCTT-CTAAAATTACA
1 TTTTTAACCCCAAAACTTTC--AAAATTACATTTTACCCCAAAA-CTTCCT-AAATT-CA
* * *
7424252 -TTTTAACCCTAAAACTTTTCCAAAATTACATTTTGACTCCAAAACTTTTCCAAAATT-A
1 TTTTTAACCCCAAAAC-TTT-CAAAATTACATTTT-ACCCCAAAAC--TTCCTAAATTCA
* *
7424310 TACTTTAACCCCAAAACTTTCAAAATTACCATTTTACCCCCAAACTTCCCTAAATTCCA
1 T-TTTTAACCCCAAAACTTTCAAAATTA-CATTTTACCCCAAAACTT-CCTAAATT-CA
7424369 TTTTTAACCCC
1 TTTTTAACCCC
7424380 GATTTCACCA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 18, Indels: 35
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
56 2 0.01
57 8 0.05
58 61 0.40
59 33 0.22
60 47 0.31
61 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.27, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (55 bp):
TTTTTAACCCCAAAACTTTCAAAATTACATTTTACCCCAAAACTTCCTAAATTCA
Found at i:7424424 original size:59 final size:56
Alignment explanation
Indices: 7424330--7424525 Score: 203
Period size: 59 Copynumber: 3.4 Consensus size: 56
7424320 CCAAAACTTT
*
7424330 CAAAATTACCATTTTACCCCCAAACTTCCCTAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCAC
1 CAAAATTACCATTTTA-CCCCAAACTTTCC-AAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCAC
* * * * * ** * **
7424388 CAAAACTTACCGTTTTGCCTCCGAACTTTCCAAAATTTCATTTTTGACCTTGTTTTTGC
1 CAAAA-TTACCATTTTACC-CCAAACTTTCC-AAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCAC
*
7424447 CAAAATTTACCATTTTATTCCCTAAACTTTCCAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCAC
1 CAAAA-TTACCATTTTA--CCCCAAACTTTCCAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCAC
*
7424506 AAAAATTACCATTTTACCCC
1 CAAAATTACCATTTTACCCC
7424526 TAAAAACCCA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 26, Indels: 10
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
56 3 0.03
58 18 0.17
59 76 0.70
60 9 0.08
61 2 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
CAAAATTACCATTTTACCCCAAACTTTCCAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCAC
Found at i:7429031 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 7428877--7429121 Score: 465
Period size: 122 Copynumber: 2.0 Consensus size: 122
7428867 CGATTTATAG
7428877 TGGTTCAACCCTAATTCCCTACCTCTACTACCATATCTTTCCACAATTAAGGATTTCCTAATTCA
1 TGGTTCAACCCTAATTCCCTACCTCTACTACCATATCTTTCCACAATTAAGGATTTCCTAATTCA
7428942 CAATTAGAATTAATACCTTTCAAGCAGAAGGTCTAACATTTACAATCTTTATCTTTT
66 CAATTAGAATTAATACCTTTCAAGCAGAAGGTCTAACATTTACAATCTTTATCTTTT
*
7428999 TGGTTCAACCCTAATTCCCTACTTGC-ACTACCATATCTTTCCACAATTAAGGATTTCCTAATTC
1 TGGTTCAACCCTAATTCCCTACCT-CTACTACCATATCTTTCCACAATTAAGGATTTCCTAATTC
7429063 ACAATTAGAATTAATACCTTTCAAGCAGAAGGTCTAACATTTACAATCTTTATCTTTT
65 ACAATTAGAATTAATACCTTTCAAGCAGAAGGTCTAACATTTACAATCTTTATCTTTT
7429121 T
1 T
7429122 CACACGGCTA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 1, Indels: 2
0.98 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 120 0.99
123 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (122 bp):
TGGTTCAACCCTAATTCCCTACCTCTACTACCATATCTTTCCACAATTAAGGATTTCCTAATTCA
CAATTAGAATTAATACCTTTCAAGCAGAAGGTCTAACATTTACAATCTTTATCTTTT
Found at i:7430369 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7430333--7430370 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
7430323 CGCAATGATA
*
7430333 TTTATCTTTTTATATATTT
1 TTTATCTTATTATATATTT
7430352 TTTATCTATATTAT-TATTT
1 TTTATCT-TATTATATATTT
7430371 AAATTTTTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.71
20 5 0.29
ACGTcount: A:0.24, C:0.05, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (19 bp):
TTTATCTTATTATATATTT
Found at i:7430831 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7430787--7430833 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
7430777 ATATAAGGTT
*
7430787 ATAA-ATTATAATTATTTATAA
1 ATAATATTATAATTATTTAAAA
7430808 ATAATATTATAA-TA-TTAAAA
1 ATAATATTATAATTATTTAAAA
7430828 ATAATA
1 ATAATA
7430834 CTTTTATAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.46
21 6 0.25
22 7 0.29
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
ATAATATTATAATTATTTAAAA
Found at i:7434809 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 7434784--7434822 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 6.5 Consensus size: 6
7434774 ACAATTCATA
* * *
7434784 TCACTT TCAATT CCAATT TCACTT TCACTT TCACTT TCA
1 TCACTT TCACTT TCACTT TCACTT TCACTT TCACTT TCA
7434823 ATTTTGATCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 29 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (6 bp):
TCACTT
Found at i:7435345 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 7435237--7435371 Score: 252
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
7435227 TTTACTAAAA
*
7435237 ATTATATATCTTTTAGTACAGAGATCCAATAATGTTTTTGTCTATTTATTTTGAAAATAGACTTA
1 ATTATATATCTTTTAGTACAGAGATCCAATAATGTTTTTGTCTATTTATTTTGAAAATAGACTCA
7435302 TT
66 TT
*
7435304 ATTATATATCTTTTAGTACAGAGATCCAATAATGTTTTTGTCTATTTATTTTGAAAATATACTCA
1 ATTATATATCTTTTAGTACAGAGATCCAATAATGTTTTTGTCTATTTATTTTGAAAATAGACTCA
7435369 TT
66 TT
7435371 A
1 A
7435372 AGGATTAAAC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 66 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (67 bp):
ATTATATATCTTTTAGTACAGAGATCCAATAATGTTTTTGTCTATTTATTTTGAAAATAGACTCA
TT
Done.