Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Warning! 2100 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 46 of 120
Found at i:12780609 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 12780498--12780671 Score: 201
Period size: 40 Copynumber: 4.3 Consensus size: 40
12780488 TGTGACCATG
* * *
12780498 GGGCAGATTGAAG-CCATCCAATTTTTTACCGTAACTGGA
1 GGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACTAGA
* * *
12780537 GGGCAGATTCAAGACACCATCCAATCTCTTACCCTAACCAGA
1 GGGCAGATTGAAG--ACCATCCAATCTTTTACCCTAACTAGA
* *
12780579 GGGCAGATAGAAGACCATCCAATTTTTTACCCTAACTAGA
1 GGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACTAGA
* **
12780619 GGGCAAATTGAAGACCATCCAATCTTTTA-CCTATTTAGA
1 GGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACTAGA
12780658 GGGCATG-TTGAAGA
1 GGGCA-GATTGAAGA
12780672 TAGGTTATGA
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Consensus pattern (40 bp):
GGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACTAGA
Found at i:12787542 original size:26 final size:25
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Indices: 12787502--12787574 Score: 78
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12787492 TAAAACAATT
* *
12787502 ATAAAAAAATTAAATATTTTAAACT
1 ATAAAAAATTTAAATATTTTAAACA
*
12787527 TTAAAAAATTTAAA-ATTTTAAAACA
1 ATAAAAAATTTAAATATTTT-AAACA
*
12787552 ATAATAAATTTTAAA-ATTTTAAA
1 ATAA-AAAATTTAAATATTTTAAA
12787575 AGTTTAAATT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 4
0.82 0.10 0.08
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Consensus pattern (25 bp):
ATAAAAAATTTAAATATTTTAAACA
Found at i:12787546 original size:8 final size:8
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Indices: 12787511--12787599 Score: 70
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12787501 TATAAAAAAA
12787511 TTAAATATT
1 TTAAA-ATT
*
12787520 TTAAACTT
1 TTAAAATT
* *
12787528 TAAAAAAT
1 TTAAAATT
12787536 TTAAAATT
1 TTAAAATT
**
12787544 TTAAAACAA
1 TTAAAA-TT
*
12787553 TAATAAATT
1 TTA-AAATT
12787562 TTAAAATT
1 TTAAAATT
*
12787570 TTAAAAGT
1 TTAAAATT
*
12787578 TTAAATTT
1 TTAAAATT
*
12787586 TTAAATTT
1 TTAAAATT
12787594 TTAAAA
1 TTAAAA
12787600 ATTAATAAAA
Statistics
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8 50 0.81
9 9 0.15
10 3 0.05
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (8 bp):
TTAAAATT
Found at i:12806476 original size:24 final size:24
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Indices: 12806444--12806777 Score: 434
Period size: 24 Copynumber: 13.9 Consensus size: 24
12806434 CAATGTTTCT
*
12806444 TATATTAGCTGACGAGCGTAAATG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
**
12806468 TATATTAGCTGGTGAGCGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* * *
12806492 CATATTAGCTGACAAGCGTAAATG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
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1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* * *
12806540 CATATTAGTTGACGAGCGTAAACA
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* *
12806564 TATATAAGTTGACGAGCGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
*
12806588 TATATTAGCTGACGAGTGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
*
12806612 TATATTAGCTGGCGAGCGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* * *
12806636 CATATTAGCTGATGAGTGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* *
12806660 TATATTAGTTGGCGAGCGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
*
12806684 CATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* *
12806708 TATATTAGCTGGCGAGCATAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
* ** *
12806732 CATATTAGCTGGTGATCGTAAACG
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
*
12806756 TATCTTAGCTGACGAGCGTAAA
1 TATATTAGCTGACGAGCGTAAA
12806778 TGTACTGAAC
Statistics
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24 264 1.00
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Consensus pattern (24 bp):
TATATTAGCTGACGAGCGTAAACG
Found at i:12807270 original size:26 final size:26
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Indices: 12807193--12807270 Score: 63
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12807183 GAATTATTAC
* *
12807193 ATGAA-ATGATATGTGAAATTATATGT
1 ATGAATATGATATTTG-ATTTATATGT
* *
12807219 ATAAAT-TGAGATATTAGATTGT-TATGT
1 ATGAATAT--GATATTTGATT-TATATGT
12807246 ATGAATATGATATTTGATTTATATG
1 ATGAATATGATATTTGATTTATATG
12807271 CCAAATGTGT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 12
0.69 0.10 0.21
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.03
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Consensus pattern (26 bp):
ATGAATATGATATTTGATTTATATGT
Found at i:12809559 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 12809504--12809598 Score: 120
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12809494 ATTTTTTAAA
* * *
12809504 TTTAAAATTTAAAAA-AACTATAATTTT
1 TTTAAAATTTAAAAATCA-T-TAAATAT
12809531 TTTAAAATTTAAAAATCATTAAATAT
1 TTTAAAATTTAAAAATCATTAAATAT
*
12809557 TTTAAAATTTAAAAGTCATTAAATAT
1 TTTAAAATTTAAAAATCATTAAATAT
*
12809583 TTTAAAATATAAAAAT
1 TTTAAAATTTAAAAAT
12809599 GATAACATTT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 6, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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27 16 0.26
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Consensus pattern (26 bp):
TTTAAAATTTAAAAATCATTAAATAT
Found at i:12817892 original size:89 final size:88
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Indices: 12817732--12817905 Score: 276
Period size: 89 Copynumber: 2.0 Consensus size: 88
12817722 GTCAAGGATA
* * *
12817732 TAATGATGCTAGTAACATATAGGGCAATGGAACGGTTTGCAAGCATTGTTTTTAAATGATTATCC
1 TAATGATGCTAGCAACATATAGGGAAATGCAACGGTTTGCAAGCATTGTTTTTAAATGATTATCC
*
12817797 CCATGCATATTATTTTCATTACT
66 CCATGCATATTATGTTCATTACT
* *
12817820 TAATGATGCTAGCAACATGTAGGGTAAATGCAACGGTTTGCAAGCATTGTTTTTAAATGATTGTC
1 TAATGATGCTAGCAACATATAGGG-AAATGCAACGGTTTGCAAGCATTGTTTTTAAATGATTATC
*
12817885 CCTATGCATATTATGTTCATT
65 CCCATGCATATTATGTTCATT
12817906 GCTTGGCTCA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 7, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
88 22 0.28
89 56 0.72
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Consensus pattern (88 bp):
TAATGATGCTAGCAACATATAGGGAAATGCAACGGTTTGCAAGCATTGTTTTTAAATGATTATCC
CCATGCATATTATGTTCATTACT
Found at i:12819793 original size:59 final size:58
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Indices: 12819696--12819883 Score: 279
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12819686 ATTTTTGACT
*
12819696 TTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAATCAAGGTTAAAATTGGAATTTTGGAAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCAGGGTTAAAA-TGGAATTTTGGAAAG
* *
12819754 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCAGGGTT-AAAATGGAATTTTGGAAAG
* * *
12819813 TTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCTGGGTTAAAATGGGATTTTGGAAAG
1 TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCAGGGTTAAAATGGAATTTTGGAAAG
**
12819871 TTTAGGGGTAAAA
1 TTCGGGGGTAAAA
12819884 ATATAATTTT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 8, Indels: 4
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 48 0.40
59 68 0.57
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Consensus pattern (58 bp):
TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCAGGGTTAAAATGGAATTTTGGAAAG
Found at i:12819796 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 12819697--12819866 Score: 140
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12819687 TTTTTGACTT
*
12819697 TCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAA
1 TCGGGGTTAAAATGGTAATTTTGGTGAAA
**
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1 TCGGGGTTAAAA-TGGTAATTTTGGTGAAA
12819753 GTTCGAGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGTGAAA
1 --TCG-GGGTTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAA
12819785 TCGGGGTTAAAAATGG-AATTTT-G-GAAA
1 TCGGGGTT-AAAATGGTAATTTTGGTGAAA
* *
12819812 GTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAA
1 --TCGGGGTTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAA
* *
12819844 TCTGGGTTAAAATGG-GATTTTGG
1 TCGGGGTTAAAATGGTAATTTTGG
12819867 AAAGTTTAGG
Statistics
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0.72 0.07 0.21
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Consensus pattern (29 bp):
TCGGGGTTAAAATGGTAATTTTGGTGAAA
Found at i:12819879 original size:29 final size:28
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12819720 GTGAAATCAA
*
12819730 GGTTAAAATTGGAATTTTGGAAAGTTCGAG
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*
12819760 GG-TAAAATGGTAATTTTTGGTGAAA--TCGG
1 GGTTAAAATGG-AA-TTTT-G-GAAAGTTTGG
12819789 GGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTGG
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* *
12819818 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAA-TCT-G
1 GGTTAAAATGG-AA-TTTT-G-GAAAGTTTGG
*
12819848 GGTTAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTAGG
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*
12819877 GGTAAAAAT
1 GGTTAAAAT
12819886 ATAATTTTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (28 bp):
GGTTAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTGG
Found at i:12821778 original size:17 final size:18
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Indices: 12821756--12821801 Score: 60
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12821746 TTATTTGGAC
*
12821756 ATTT-AATTTTATTTTAA
1 ATTTAAATTTTATATTAA
12821773 ATTTAAATTTT-TATTAA
1 ATTTAAATTTTATATTAA
*
12821790 GTTTAAATTTTA
1 ATTTAAATTTTA
12821802 GAAAAACTTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
17 19 0.76
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATTTTATATTAA
Found at i:12823165 original size:37 final size:38
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Indices: 12823124--12823217 Score: 97
Period size: 38 Copynumber: 2.5 Consensus size: 38
12823114 ATGTTCATGT
12823124 AGCGACATTCTTAGGTGCAA-TTGAAGAATACTTATGC
1 AGCGACATTCTTAGGTGCAATTTGAAGAATACTTATGC
* * *
12823161 AGCG--ATTGTTCTGGATGCAATTTGAAGAATATTTATGC
1 AGCGACATTCTT-AGG-TGCAATTTGAAGAATACTTATGC
*
12823199 AGTGAC-TATCTTAGGTGCA
1 AGCGACAT-TCTTAGGTGCA
12823218 TTCCGAAAAT
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Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (38 bp):
AGCGACATTCTTAGGTGCAATTTGAAGAATACTTATGC
Found at i:12828593 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 12828552--12828614 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
12828542 TTGGAGCTAC
* *
12828552 TTTGACTTGTTTGAAAAACAT
1 TTTGAATTGTTT-AAAATCAT
*
12828573 TTTGAATTG-TTAAAATGAT
1 TTTGAATTGTTTAAAATCAT
*
12828592 TTTGACTTGTTTAAAATCAT
1 TTTGAATTGTTTAAAATCAT
12828612 TTT
1 TTT
12828615 AACTTGATTT
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Matches are distributed among these distances:
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20 14 0.39
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Consensus pattern (20 bp):
TTTGAATTGTTTAAAATCAT
Found at i:12828607 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 12828552--12828620 Score: 86
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12828542 TTGGAGCTAC
*
12828552 TTTGACTTGTTTGAAAAACAT
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* *
12828573 TTTGAATTG-TTAAAATGAT
1 TTTGACTTGTTTAAAATCAT
12828592 TTTGACTTGTTTAAAATCAT
1 TTTGACTTGTTTAAAATCAT
*
12828612 TTTAACTTG
1 TTTGACTTG
12828621 ATTTTAAACT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 3
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.34
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Consensus pattern (20 bp):
TTTGACTTGTTTAAAATCAT
Found at i:12841464 original size:20 final size:19
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Indices: 12841401--12841490 Score: 90
Period size: 19 Copynumber: 4.6 Consensus size: 19
12841391 ACCTGGAGCT
*
12841401 ATTTTGACTTGTTTGAAAAAC
1 ATTTTGACTTG-TT-AAAATC
* *
12841422 ATTTTGAATTGTTAAAATG
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* *
12841441 ATTTTGACTTGGTTCAAATT
1 ATTTTGACTT-GTTAAAATC
*
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1 ATTTTGACTTGTTAAAATC
*
12841480 ATTTTAACTTG
1 ATTTTGACTTG
12841491 GTTTTAAAAT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 11, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
ATTTTGACTTGTTAAAATC
Found at i:12841617 original size:22 final size:23
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Indices: 12841582--12841631 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
12841572 TTTTTGTCAC
12841582 TTTTAACTTATTTT-CAAAAATA
1 TTTTAACTTATTTTACAAAAATA
* * *
12841604 TTTTAATTTGTTTTATAAAAATA
1 TTTTAACTTATTTTACAAAAATA
*
12841627 CTTTA
1 TTTTA
12841632 TCAAATAAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.52
23 11 0.48
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TTTTAACTTATTTTACAAAAATA
Found at i:12844212 original size:7 final size:7
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Indices: 12844183--12844223 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 6.1 Consensus size: 7
12844173 TCTCGTTTCT
12844183 AAAA-TA
1 AAAACTA
12844189 AAAA-TA
1 AAAACTA
* *
12844195 CAAAGTA
1 AAAACTA
12844202 AAAACTA
1 AAAACTA
12844209 AAAACTA
1 AAAACTA
12844216 AAAACTA
1 AAAACTA
12844223 A
1 A
12844224 GAAATGGTGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
6 9 0.29
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Consensus pattern (7 bp):
AAAACTA
Found at i:12851528 original size:22 final size:22
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Indices: 12851478--12851528 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
12851468 CAACAAAGTG
* *
12851478 CGACAATAACGACGATGTGCGA
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* *
12851500 TGGCAACAACGACGATGTGCAA
1 CGACAACAACGACGATGTGCAA
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12851529 GTTGGTGCTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 0
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* ** * *
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* *
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* *
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** * * * *
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* ** *
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* * *
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* * **
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*
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* ***
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*
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*
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AGAAAAA
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*
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*
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12893763 CTAAGATAGA
*
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1 ATAATGGTTAGAATTT
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12898779 AAACATATGA
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AAAAT
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12904786 GAAGAAATAA
*
12904796 AATTAACCCAATTTAATTAATT
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*
12904818 AATTCAACCCAAATTATTTAAT
1 AATT-AACCCAAATTAATTAAT
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12910710 TCTTCATTTT
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* *
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1 CCTTC
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12920822 CTCATAATTC
*
12920832 TTTTGTTTTTACTC-ATTT-TC-CTTTTCT
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*
12920859 TTTTGATTTTTCTCTATTTCTCTCTTTT
1 TTTTGATTTTACTCTATTTCTCTCTTTT
12920887 TGGCTAAACT
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12921484 TATGCCAAAA
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13 12 1.00
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AAATAAAAACTAA
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12927540 GATATAGCGA
* * *
12927550 TATTCTGA-TTCTAGCTCGGATAGAGCAATATTCTAAATCTTGCTCGGGTAGAGCAT
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* * ** * * * *
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1 TATTCTACTTCTAGCTCGGATAGA-TCAATATACTGAATCTTGCTCGGGTAGAGCAT
* * *
12927662 TATTCTACTTCTAGCTCGGATAGATCAATATACTGTATCTTGTTCGAGTAGAGCAT
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*
12927718 TATTCTACTTCTGGCTC-GAGTAGATC
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12927744 GTTATCGTGA
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55 4 0.04
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TATTCTACTTCTAGCTCGGATAGATCAATATACTGAATCTTGCTCGGGTAGAGCAT
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12927540 GATATAGCGA
*
12927550 TATTCTGA-TTCTAGCTCG-GATAGAGCAA
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** * *
12927578 TATTCTAAATCTTGCTCGGGTAGAGCAT
1 TATTCTACTTCTAGCTCGAGTAGAGCAT
* * **
12927606 TATTCTACTTCTAGCTTGGGTAGAGTGT
1 TATTCTACTTCTAGCTCGAGTAGAGCAT
* * *
12927634 TATAT-TGAATCCT-GCTC-AGGTAGAACAT
1 TAT-TCT-ACTTCTAGCTCGA-GTAGAGCAT
* *
12927662 TATTCTACTTCTAGCTCG-GATAGATCAA
1 TATTCTACTTCTAGCTCGAG-TAGAGCAT
* * * *
12927690 TATACT-GTATCTTGTTCGAGTAGAGCAT
1 TATTCTACT-TCTAGCTCGAGTAGAGCAT
*
12927718 TATTCTACTTCTGGCTCGAGTAGA
1 TATTCTACTTCTAGCTCGAGTAGA
12927742 TCGTTATCGT
Statistics
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0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.07
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TATTCTACTTCTAGCTCGAGTAGAGCAT
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Indices: 12927709--12927803 Score: 86
Period size: 28 Copynumber: 3.4 Consensus size: 28
12927699 TCTTGTTCGA
* * * *
12927709 GTAGAGCATTATTCT-ACTTCTGGCTCGA
1 GTAGAGCGTTATCCTGA-TTCTGGATCGG
* * *
12927737 GTAGATCGTTATCGTGATTCT-GATTGGG
1 GTAGAGCGTTATCCTGATTCTGGA-TCGG
12927765 GTAGAGCGTTATCCTGATTCTGGATCGG
1 GTAGAGCGTTATCCTGATTCTGGATCGG
*
12927793 GTAGAGTGTTA
1 GTAGAGCGTTA
12927804 ATATGCTTCT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 11, Indels: 6
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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GTAGAGCGTTATCCTGATTCTGGATCGG
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Period size: 504 Copynumber: 2.0 Consensus size: 505
12934155 AAATCTTAGC
12934165 ATTGATGAATGAGCTAGTTCTTGTAAATTTATGGAAGTTTTGTAAGCTTGGTTGTTGTTTTTGAT
1 ATTGATGAATGAGCTAGTTCTTGTAAATTTATGGAAGTTTTGTAAGCTTGGTTGTTGTTTTTGAT
12934230 AATTTTGTAAAGTGATTTTTGATTATTTTAGGGTTTGAAGACTAGATTGTGAAAATAATAGAAAT
66 AATTTTGTAAAGTGATTTTTGATTATTTTAGGGTTTGAAGACTAGATTGTGAAAATAATAGAAAT
12934295 ACATATATTTGATGTGAAATATTTGCATGAAGGGATTGTGGGAAGACCATATAGTGTTCGGCTAG
131 ACATATATTTGATGTGAAATATTTGCATGAAGGGATTGTGGGAAGACCATATAGTGTTCGGCTAG
12934360 TATGGGTTGGAAAAGAAAATGGCTATTTTGCTTGTTTGAGGCTTAGGGACTAAATTGAATAAAAG
196 TATGGGTTGGAAAAGAAAATGGCTATTTTGCTTGTTTGAGGCTTAGGGACTAAATTGAATAAAAG
*
12934425 TAAAATGTTGGGGGTAATTTTGTAAAAGACCAAAAATAATGTAATTGCATAAAATGACTTAAATT
261 TAAAATATTGGGGGTAATTTTGTAAAAGACCAAAAATAATGTAATTGCATAAAATGACTTAAATT
12934490 TCTTGTTGAAATGGGTAATTGAATGAGTTATTGATTTAGATTAAGAATGGGTTACGGATTACGGA
326 TCTTGTTGAAATGGGTAATTGAATGAGTTATTGATTTAGATTAAGAATGGGTTACGGATTACGGA
12934555 AAAGGGAAAATTACGGAGTAATCCCTAACGTTGAGTTATAGCTGCAAATTCGTCTGGTAAGTTCA
391 AAAGGGAAAATTACGGAGTAATCCCTAACGTTGAGTTATAGCTGCAAATTCGTCTGGTAAGTTCA
12934620 TACTATCTTTTTAATTTTAATATTACTAATTATATTCAACTTGGAGTTAT
456 TACTATCTTTTTAATTTTAATATTACTAATTATATTCAACTTGGAGTTAT
12934670 ATTGATGAATGAGCTAGTTCTTGTAAATTTATGGAAGTTTTGTAAGCTTGGTTGTTGTTTTTGAT
1 ATTGATGAATGAGCTAGTTCTTGTAAATTTATGGAAGTTTTGTAAGCTTGGTTGTTGTTTTTGAT
12934735 AATTTTGTAAAGTGATTTTTGATTATTTTAGGGTTTGAAGACTAGATTGTGAAAATAATAGAAAT
66 AATTTTGTAAAGTGATTTTTGATTATTTTAGGGTTTGAAGACTAGATTGTGAAAATAATAGAAAT
12934800 ACATATATTTGATGTGAAATATTTGCATGAA-GGATTGTGGGAAGACCATATAGTGTTCGGCTAG
131 ACATATATTTGATGTGAAATATTTGCATGAAGGGATTGTGGGAAGACCATATAGTGTTCGGCTAG
12934864 TATGGGTTGGAAAAGAAAATGGCTATTTTGCTTGTTTGAGGCTTAGGGACTAAATTGAATAAAAG
196 TATGGGTTGGAAAAGAAAATGGCTATTTTGCTTGTTTGAGGCTTAGGGACTAAATTGAATAAAAG
12934929 TAAAATATTGGGGGTAATTTTGTAAAAGACCAAAAATAATGTAATTGCATAAAATGACTTAAATT
261 TAAAATATTGGGGGTAATTTTGTAAAAGACCAAAAATAATGTAATTGCATAAAATGACTTAAATT
*
12934994 TCTTGTTGAAATGGGTAATTGAATGATTTATTGATTTAGATTAAGAATGGGTTACGGATTACGG-
326 TCTTGTTGAAATGGGTAATTGAATGAGTTATTGATTTAGATTAAGAATGGGTTACGGATTACGGA
12935058 AAAGGGAAAATTACGGAGTAATCCCTAACGTTGAGTTATAGCTGCAAATTCGTCTGGTAAGTTCA
391 AAAGGGAAAATTACGGAGTAATCCCTAACGTTGAGTTATAGCTGCAAATTCGTCTGGTAAGTTCA
12935123 TACTATCTTTTTTAATTTTAATATTACTAATTATATTCAACTTGGAGTTAT
456 TACTATC-TTTTTAATTTTAATATTACTAATTATATTCAACTTGGAGTTAT
12935174 ATT
1 ATT
12935177 TGGAGAATTG
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 2, Indels: 3
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
503 72 0.14
504 271 0.54
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ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
ATTGATGAATGAGCTAGTTCTTGTAAATTTATGGAAGTTTTGTAAGCTTGGTTGTTGTTTTTGAT
AATTTTGTAAAGTGATTTTTGATTATTTTAGGGTTTGAAGACTAGATTGTGAAAATAATAGAAAT
ACATATATTTGATGTGAAATATTTGCATGAAGGGATTGTGGGAAGACCATATAGTGTTCGGCTAG
TATGGGTTGGAAAAGAAAATGGCTATTTTGCTTGTTTGAGGCTTAGGGACTAAATTGAATAAAAG
TAAAATATTGGGGGTAATTTTGTAAAAGACCAAAAATAATGTAATTGCATAAAATGACTTAAATT
TCTTGTTGAAATGGGTAATTGAATGAGTTATTGATTTAGATTAAGAATGGGTTACGGATTACGGA
AAAGGGAAAATTACGGAGTAATCCCTAACGTTGAGTTATAGCTGCAAATTCGTCTGGTAAGTTCA
TACTATCTTTTTAATTTTAATATTACTAATTATATTCAACTTGGAGTTAT
Found at i:12935286 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 12935255--12935539 Score: 148
Period size: 28 Copynumber: 10.2 Consensus size: 28
12935245 TTCGAATCTT
12935255 GCTCGGGTAGAGCATTATTCT-ACTTCTG
1 GCTCGGGTAGAGCATTATTCTGA-TTCTG
* * ** * *
12935283 GCTCGGGTAAAGCGTTAAACTGAATCTT
1 GCTCGGGTAGAGCATTATTCTGATTCTG
* * * ** *
12935311 GCTCGAGTAGAGCATCATTATTCTTCTT
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** *
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*
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * *
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* **
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* *
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* *
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*
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* *
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* *
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* *
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* *
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**
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* *
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* * *
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*
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* *
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* ** *
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
*
13040136 GCTTAAGTATTAATGTGATTTAT
1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* *
13040159 GCTTAAATATTAATATGATTTGT
1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* * *
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* *
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* *
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*
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* *
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
*
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* *
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1 GCTTAAATATTAATGTGATTTAT
* *
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* *
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* * *
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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1 C
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* * * * * * * **
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* * * ** * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
* * * * * * * *
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66 AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGTT
*
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* ** * * *
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* * * * *
13051849 AATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATTGCTATA-CTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTT
66 AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGTT
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131 AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
* * ** *
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* ***
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
13052154 AATTTGAGATTAACGGAAAGTGCAACTGCTATATTTCTTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAATT
66 AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGTT
13052219 AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
131 AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
* ** *
13052242 --A-T----GCACGTTAAT-TTAGATTTTGTCACCGATGGTTTATATTTTTAATAAAATAGGTAA
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** * ***
13052299 TAATTTGAGATTAACTGGAAGCCCAACAACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGT
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130 TAAGCTATAAGTTCT-CAAAG-ACGC
* * * * * * * ** **
13052388 ATATTAGCAGCATATTAAACTTAATTTTGTAGACAATAGTTTCCATTTTTCGTAAAAGAGGTAAT
1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
* ** * * *
13052453 AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACTATTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTT
66 AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGTT
* *
13052518 AAGCTATTAGTTCTCAAAGACAC
131 AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
* * * *
13052541 ATATTAGCAACAAATTAATCTTGATTTTGTCAGTGATGGTTTATA-TTTTAATAAAAGAGGTAAA
1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGT-AA
* * * * * * *
13052605 CAATTTGAGATTAAGAGGAAGTCCAACTACTATATTAATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGT
65 TAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGT
* * *
13052670 TAA-CCACTAAGTTCTTAAAGACAC
130 TAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACGC
* * *
13052694 ATATTAGGAGCACATTGATCTTGATTTTGTTGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
* * * * * * * ** *
13052759 CATTTGAGATTAA-AGGAAGTGGTTCAAATGCTATATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATTAAAC
66 AATTTGAGATTAAGGGGAA---GTCCAATTGC--TATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATC
*
13052823 GAGTTAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGC
126 GAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
* * * * ** * *
13052851 ATATTAGCAGCACATTTATCTTTATTTTTTGGGTAATGGTTTATATTTTTTAT-AAAGTTGGTAA
1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAG-AGGTAA
* * ** * * * *
13052915 TAATTTGAGATTAAGGGAAAGTTCAATTGAAATATTTCTTAGCTAGTTACAAGAATCAATCGAGT
65 TAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGT
* *
13052980 TAAGCTATTAA-TTTTCAAAGATGC
130 TAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACGC
* * * *
13053004 ATA-TATGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGGGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGGAA
1 ATATTA-GCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAA
* * * ** *
13053068 TAATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGTTAGTTATAAGAATCGATCGAGT
65 TAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGT
**
13053133 TAAGCTATTTGTTCTCAAAGACGC
130 TAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
* * * * * *
13053157 ATATTAGCAACATATTAATCCTAATTTCGTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAATAAAAGAGGT
1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATA-TTTT--TAATAAAAGAGGT
* * ** * *
13053222 AACAATTT-ATCATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTAGAAGCAAGTTGCATGAATTGATCG
63 AATAATTTGA-GATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCG
13053286 AGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
127 AGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
* ***
13053313 ATATTAGCAGTACATTAATCTTGATTTT-TCAATGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
1 ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
13053377 AA
66 AA
13053379 ATTATTCACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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148 1 0.00
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150 1 0.00
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ATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAAT
AATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGTT
AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC
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Indices: 13051447--13053378 Score: 2035
Period size: 305 Copynumber: 6.3 Consensus size: 306
13051437 TGTATTAACG
* * * ** * * * *
13051447 GATCGAGTTAAACTATAAGTTTTCAAACACAAATATTCGCAGCACATTGATATTGATTATGTCGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGG
* * * * *
13051512 CAACGGTTTATAGTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAC-GGAAGTTCAATGGCTATA
66 CGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAAGTTCAATTGCTATA
* * ** *
13051576 TTTATTAG-ATTGTTGCTTGAATCAATCA-AGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGAATATTAGC
131 TTTATTAGCA-AGTTGCATGAATTGAT-AGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGC
* * * * *
13051639 AGCACATTAAACTTGATTTTATCGGCAACT-GTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGG
194 AACACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGA-TGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA
* * * * * * *
13051703 GATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAACC
258 GATTAAGGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
* * *
13051752 GATCAAGTTAAGCTATAAGCTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTCGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGG
** * * *
13051817 TAATGGTTTCTATCTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATTGCTATA
66 CGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAAGTTCAATTGCTATA
*
13051882 -CTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAA
131 TTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAA
* ** * *
13051946 CACATTAATCTAGATTTTGTCGATGATGGTTTATATTTTTAATAAAATAGGTAATTATTTGAGAT
196 CACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGAT
*
13052011 TAAGGGGAAGTCCAACAACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
261 TAAGGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
* * * * * * *
13052057 GATCGAGTTAAGCTATAGGTTC-CGAAAGATGCAAATTAGTAGCAAATTAATCTTAATTTTGTTG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTC-AAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
* * * * *
13052121 GTGACGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGAAAGTGCAACTGCTAT
65 GCGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAAGTTCAATTGCTAT
* *
13052186 ATTTCTTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAATTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC--A-T-G--
130 ATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCA
* ** *
13052245 -CACGTTAAT-TTAGATTTTGTCACCGATGGTTTATATTTTTAATAAAATAGGTAATAATTTGAG
195 ACACATTAATCTT-GATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAG
** * *
13052308 ATTAACTGGAAGCCCAACAACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
259 ATTAAGGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
* * * *
13052356 GATCGAGTTAAGCTATAAGTT-TCCAAAGTA-GCATATTAGCAGCATATTAAACTTAATTTTGTA
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCT-CAAAG-ACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTC
* * * * ** * * * **
13052419 GACAATAGTTTCCATTTTTCGTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACTATTA
64 GGCGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAAGTTCAATTGCTA
* *
13052484 TATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATTAGTTCTCAAAGACACATATTAGC
129 TATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGC
* * * *
13052549 AACAAATTAATCTTGATTTTGTCAGTGATGGTTTATA-TTTTAATAAAAGAGGTAAACAATTTGA
194 AACACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGT-AATAATTTGA
* * * *
13052613 GATTAAGAGGAAGTCCAACTACTATATTAATTAGCAAGTTGCATGAATT
258 GATTAAGGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
* * * * * *
13052662 GATCGAGTTAA-CCACTAAGTTCTTAAAGACACATATTAGGAGCACATTGATCTTGATTTTGTTG
1 GATCGAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCG
* * * *
13052726 GCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATCATTTGAGATTAA-AGGAAGTGGTTCAAATGC
65 GCGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAA---GTTCAATTGC
** * * * *
13052790 TATATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATT-AAACGAGTTAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATA
127 --TATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATA-GAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATA
* * * * * ** * *
13052854 TTAGCAGCACATTTATCTTTATTTTTTGGGTAATGGTTTATATTTTTTAT-AAAGTTGGTAATAA
189 TTAGCAACACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAG-AGGTAATAA
* * * * * * *
13052918 TTTGAGATTAAGGGAAAGTTCAATTGA-AATATTTCTTAGCTAGTTACAAGAATC
253 TTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACT-ACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
* * * *
13052972 AATCGAGTTAAGCTATTAA-TTTTCAAAGATGCATA-TATGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTC
1 GATCGAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACGCATATTA-GCAGCACATTAATCTTGATTTTGTC
* * * *
13053035 GGGGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGGAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAA
64 GGCGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAAGTTCAATTGCTA
** ** * * * **
13053100 TATTTATTAGTTAGTTATAAGAATCGATCGAGTTAAGCTATTTGTTCTCAAAGACGCATATTAGC
129 TATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGC
* * * * * *
13053165 AACATATTAATCCTAATTTCGTCGACGATGGTTTATATTTTTAATAATAAAAGAGGTAACAATTT
194 AACACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATA-TTTT--TAATAAAAGAGGTAATAATTT
* * * ** * *
13053230 -ATCATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTAGAAGCAAGTTGCATGAATT
256 GA-GATTAAGGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
* **
13053281 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGTACATTAATCTTGATTTT-TCAA
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGG
* *
13053345 TGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAA
66 CGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAA
13053379 ATTATTCACA
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 223, Indels: 83
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
298 1 0.00
299 257 0.19
300 2 0.00
301 1 0.00
302 2 0.00
303 2 0.00
304 4 0.00
305 373 0.27
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (306 bp):
GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGG
CGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAACGGGAAGTTCAATTGCTATA
TTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAA
CACATTAATCTTGATTTTGTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGAT
TAAGGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC
Found at i:13052471 original size:452 final size:454
Alignment explanation
Indices: 13051447--13059282 Score: 2903
Period size: 461 Copynumber: 16.9 Consensus size: 454
13051437 TGTATTAACG
* * * ** * * * * * * *
13051447 GATCGAGTTAAACTATAAGTTTTCAAACACAAATATTCGCAGCACATTGATATTGATTATGTCGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAGA
* * * * * ***
13051512 CAACGGTTTATAGTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAA-CGGAAGTTCAATGGCTATA
66 TAATGGTTTATA-TTTT-TTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTATA
* * * *
13051576 TTTATTAGATTGTTGCTTGAATCAATCAAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACG-AATATTAGC
129 TTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAA-ATTAGC
* * * ** * *
13051639 AGCACATTAAACTTGATTTTATCGGCAACTGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGGG
193 AGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAG
* * *
13051704 ATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAACCGATCA-AGTTAAGCTAT
258 ATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGAT-AGAGTTAAGCTAT
* * ** * *
13051768 AAGCTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTCGGTAATGGTTTCTATCTT
322 AAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTTT
* *
13051833 TAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATTGCTATA-CTATTAGCAAGTTGC
383 TAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGC
13051897 ATGAATT
448 ATGAATT
* * *
13051904 GATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAACACATTAATC-TAGATTTTGTCG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTA-ATTTTGTAG
* * *
13051968 ATGATGGTTTATATTTTTAATAAAATAGGTAATTATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTAT
65 ATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTAT
* * *
13052033 ATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGATCGAGTTAAGCTA-TAGGTTC-CGAAAGATGCAAATTAG
128 ATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTC-AAAGACGCAAATTAG
* * * *
13052096 TAGCAAATTAATCTTAATTTTGTTGGTGACGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA
192 CAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA
* * * * * * * * *
13052161 GATTAACGGAAAGTGCAACTGCTATATTTCTTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAATTAAGCTAT
257 GATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTAT
* *
13052226 AAGTTCTCAAAGACGC-A-T-GCACGTTAAT-TTAGATTTTGTCACCGATGGTTTATATTTTTAA
322 AAGTTCTCAAAGACGCAATTAGCACATTAATCTTA-ATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTTTTAA
* * * * * * *
13052287 TAAAATAGGTAATAATTTGAGATTAACTGGAAGCCCAACAACTATATTTATTAGCTAGTTGCATG
386 TAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCATG
*
13052352 AATC
451 AATT
* *
13052356 GATCGAGTTAAGCTATAAGTT-TCCAAAGTA-GCATATTAGCAGCATATTAAACTTAATTTTGTA
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCT-CAAAG-ACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTA
* * ** * *
13052419 GACAATAGTTTCCATTTTTCGTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACTATTA
64 GATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTA
* ** * * *
13052484 TATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATAGAGTTAAGCTATT-AGTTCTCAAAGACACATATTAG
127 TATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTAG
* * * *
13052548 CAACAAATTAATCTTGATTTTGTCAGTGATGGTTTATA-TTTTAATAAAAGAGGTAAACAATTTG
192 CAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGT-AATAATTTG
* * * * * * * * * *
13052612 AGATTAAGAGGAAGTCCAACTACTATATTAATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAA-CCA
256 AGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTA
* * * * **
13052676 CTAAGTTCTTAAAGACACATATTAGGAGCACATTGATCTTGATTTTGTTGGCGATGGTTTATATT
321 -TAAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATT
* *
13052741 TTTAATAAAAGAGGTAATC-ATTTGAGATTAA-AGGAAGTGGTTCAA-ATGCTATATATTTATTA
381 TTTAATAAAAGAGGTAA-CAATTTGAGATTAACGGGAA---GTCCAATA-GC--TATATTTATTA
** * *
13052803 GGTAGCTGCAAGAATT
439 GCAAGTTGCATGAATT
* * * * * * * *
13052819 AAACGAGTTAAGCTATAAGTTCTAAAAGACGCATATTAGCAGCACATTTATCTTTATTTTTTGGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAGA
* * * *
13052884 TAATGGTTTATATTTTTTATAAAGTTGGTAATAATTTGAGATTAAGGGAAAGTTCAATTGAA--A
66 TAATGGTTTATATTTTTTA-AAAG-AGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAA--CAACTA
* * * * * *
13052947 TATTTCTTAGCTAGTTACAAGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAA-TTTTCAAAGATGCATA-TAT
127 TATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTA-
* * * *
13053010 GCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGGGATGGTTTCTATTTTTAATAAAAGAGGGAATAATTTG
191 GCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTG
* ** * *
13053075 AGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGTTAGTTATAAGAATCGATCGAGTTAAGCTA
256 AGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTA
** * *
13053140 TTTGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAACATATTAATCCTAATTTCGTC-GACGATGGTTTATATT
321 TAAGTTCTCAAAGACGCA-ATTAGC-AC--ATTAATCTTAATTTTGTCAG-CGATGGTTTATA-T
* * * **
13053204 TTTAATAATAAAAGAGGTAACAATTT-ATCATTAAGGGGAAGTCCAATTGCTATATTTAGAAGCA
380 TTT--TAATAAAAGAGGTAACAATTTGA-GATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCA
13053268 AGTTGCATGAATT
442 AGTTGCATGAATT
* *
13053281 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGTACATTAATCTTGATTTT-TCA-
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGT-AG
*
13053344 ATGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAATTATTCACAAAAACAAGAGGTAATAATTT
65 ATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAAT-AA-T-TT--------------G-----A---
* * * *
13053409 GAGGTTAAGGGGAAGACCAA-ACACTAAATTTATTAGTTAGTTGCATGAATCGATCGAGTTAAGC
103 GA--TTAAGGGGAAGTCCAACA-ACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGC
* ** * * * * * *
13053473 TA-TAAGTTCCCAAAGACGCGTATTAGCAACACATTAATCTTGATTTTTTTGG-GAATGATTTAT
165 TATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTG-ACGGTTTAT
* * * * * * *
13053536 ATTTTTAAGAAAAGATGTTATAATTTGAGATTAA-AGGAAGTTCAATTTCAATATTTATTAGCTA
229 ATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAA
* * * * *
13053600 GTTACAAGAATTGATTGAGTTAAGCTATAAATTCTCAAAGACGCCTATTTTTTCGCAAAGTCAGG
294 GTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACG-C-A---ATTAGC--A--CA--
** ** *** ** * ** * * * * * **
13053665 GAAATACAAAAAAGGATTGTTAAAAGC-A-GCCCTTACAAGTTCAAT-CATG-GCTTAAAAAACT
348 TTAAT-C---TTA--ATT-TTGTCAGCGATG-GTTTATATTTTTAATAAAAGAG-GTAACAATTT
* * ** * * *** ** ** * * ** **
13053726 AACAAAAACACCCCAGCAAAAACAACTAAGC-A-A-ACAAAAACCAGCTT-CAAACAACA
404 GA-GATTA-A---CGGGAAGTCCAA-T-AGCTATATTTATTAGCAAG-TTGC-ATGAATT
* * ** * * *
13053782 GACTACACCAATTAA-C--TCGGCTGT-TGAAA-ACAGCAGACCATTCCAGCAG-ACCA--AACC
1 GA-T---CGAGTTAAGCTATAAG-T-TCTCAAAGAC-GC--A-TATT--AGCAGCA-CATTAATC
** ***** * ** * * * * **** *** ** **** *
13053839 AGCAACAAAATCACCACCACGCTTTGAAGCACTCCCCACGATTCAGGCCAGCCCTT--G-CTAA-
53 -TTAATTTTGT-A-GATAATGGTTT--A-TATTTTTTA--AAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAG
* ** * * * * * ** ** **
13053900 TGTTACTGCCAATTC-ATTATCAGCCTGTTCTGCA-CAAGATTACGCAACCCCACCCCCCTCGAC
110 GGGAAGT-CCAA--CAACTAT-A---T-TTAT-TAGCTAG-TT--GC-A--TGA-ATCAATCGA-
** ** * * * **** * * *
13053963 TGCCATCCTATCAATTTCAGTGAATTTTGCCAA-TAG-GGTCCAAGGTCTCAAATCCTT-A---T
158 -GTTAAGCTATTAAGTTC--TCAAAGACGCAAATTAGCAG--CAA-AT-T--AAT-CTTGATTTT
* * * ** *** * * * * ** *
13054022 GTC--TCAACCAGTTGTACACTTCCCTAA-AACCAA-CTTTCACAATAATCA-ACCCAA-GAG-A
213 GTCGGT-GA-CGGTT-TATA-TT-TTTAATAA--AAGAGGTAATAAT-TTGAGA-TTAAGGGGAA
* * ** ** ******* * * * * *
13054080 CTCCCCCCCCCCCCCCCCCATTGAGCTAA-TGACCCCCA-AAGCTG-TA-A-TGACAGCCT-CAA
269 GT--TCAACTGCAATATTTATT-AGC-AAGTTA---CAAGAATC-GATAGAGTTA-AG-CTATAA
* * * * ** *** * * **
13054139 TTTCAGCTGAATA-AC-CATCCCTTGCAGCACA--AGGTCCCGAAAATACCGCTCTTGCAACTCC
324 GTT---CTCAA-AGACGCA---ATT--AGCACATTA-AT--C-TTAATTTTG-TC-AGCGA-TGG
* * * **** * ** ** **** * *** *
13054200 ATTCTCGTCGCGAAGAACACCA--CCACACCCCGCCGCATCCTCCAACACCACA--CCACTTA-C
373 TTTAT-ATTTTTAATAA-AAGAGGTAACAATTTG-AG-AT--T--AACGGGA-AGTCCA-ATAGC
* * * * * * *
13054260 ATTAAACTTAATCAAGCCAGTTGGAGGATGCTT
428 --TATA-TTTAT-TAGCAAGTTGCATGA--ATT
* ** * * *
13054293 CCAAATAAAATTTACAGGCCT-TAACTCCTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGA
1 ---GAT-CGAGTTA-A-G-CTATAAGT--TCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAA
* * * * *
13054357 TTTTATTGATAATGGTTTATATTCTTAATAAAAGAGGTAATCATTTGAGATTAA-GAGAAGTGGT
57 TTTTGTAGATAATGGTTTATATT-TT-TTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA---GT
* ** * ** * * *
13054421 TCAA-ATGTTATATTTATTAGGTAGCGGCAAGAATTGAAT-GAGTTAAACTA-TAAGTTCTCAAA
117 CCAACA-ACTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAA-TCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAA
* * * ** * * * ** *** * * **
13054483 GACTCATATTAGTAGCTCATTAATTTTAATTTTTTTCGGCAATTATTTTTAATTTTAATAAAATT
180 GACGCAAATTAGCAGCAAATTAATCTTGA-TTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGA
* * * * * *
13054548 GGTAATAATTTGTGATTAAGGGGCAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCAAT
244 GGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGAT
* * * * *
13054613 CA-AGTTAATCTACT-AGTTCTCAAAGACGTATATTAGCTGCAAATTAATCTTGATATTGTC-GA
309 -AGAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACGCA-ATTA---GCACATTAATCTTAATTTTGTCAG-
* * * * * * *
13054675 TGATGGTTTATATTTTTAATAAATGAGGTAATAATTTGAGATTAA-AGGAAGTCGAATTGCAATA
367 CGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATA
* * * *
13054739 TTTATTAGCTAGTTACAAGAATC
432 TTTATTAGCAAGTTGCATGAATT
* * *** * *
13054762 GATCAAGTTAATCTACT-AGTTCTCAAAGACATTTATTAGCAGCAAATTAATCTTAATTTTGTCG
1 GATCGAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAG
* * * * * * ***
13054826 GTGATGATTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTT-ATGATTAA-AGGAAGACCAATTGCTA
65 ATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGA-GATTAAGGGGAAGTCCAACAACTA
* * **
13054889 TATTTAGTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACG-AATATTA
127 TATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAA-ATTA
* * * **** * *
13054952 ACAGCACATTAATCTTGAATTTTTTTTACGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGGGGTAATAATTT
191 GCAGCAAATTAATCTTG-ATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTT
* * ** ** * * ** * * ** *
13055017 GAGGTTAA-GGGAAGTCCAACAACTTTATTTATCAGCTAGTTGTATGAATTGATCTAGTTAAGTT
255 GAGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCT
* * ** *
13055081 ACAAGTAC-CAAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTTGGCGATGGTTTTTAT
320 ATAAGTTCTC-AAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATAT
*
13055145 TTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAATGGGAAGTCCAACTA-CTATATTTATTAGCAAG
380 TTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAA-TAGCTATATTTATTAGCAAG
13055209 TTGCATGAATT
444 TTGCATGAATT
* * * * *
13055220 GAT--A---AAG-T-TAAG--CT-----A---TTA-TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAGA
* * * *** *
13055267 TGATGGTTTATATTTTTATTAAAAGATGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATA
66 TAATGGTTTATA-TTTT-TTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTATA
* * * * * * *
13055332 TTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTGAAACTA-TAAGTTCTAAAAGA-G-GAATGCTAG
129 TTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAAT--TAG
** * * * *
13055394 CAGCACCTTTAATCTTGATTTTGTTGATGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTCATCATTTG
192 CAGCA-AATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTG
* * ** * * * *
13055459 AGATTGA-GGGAAGTGGTTCAGA-TGCTATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATTGA-ACGAGCTA
256 AGATTAAGGGGAA---GTTCA-ACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATA-GAGTTA
* * * * ** *
13055521 AGCCATAAGATCTCAAATACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTTTTTGCAATGGTTT-
316 AGCTATAAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTA
* * * ** * * * * *
13055585 T-TATTTAATAAAAGTA-GTAATAATTTGGGATTAGGGGGAAGTCCAATTGCAAAAATTATTAAC
377 TATTTTTAATAAAAG-AGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGC
* * * *
13055648 TAGGTACAAGAATT
441 AAGTTGCATGAATT
* * * * * **
13055662 GATCGAGTTAAGCTATTAGTTC-AAACAGACGCATATTAGCAACAAATTAATCTTGATTTTGTCT
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAA-AGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAG
* * * * ** *** *
13055726 ATGATGGTTTATATTTTAATAAAAGAGATAATAATTTGAGATTAAGGGAAAGTTGAATTGCAATA
65 ATAATGGTTTATATTTT-TTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTATA
* * * * * *
13055791 ATTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGTTA-TAAGTTCTCACAA-ACGCATATTAGC
129 TTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCA-AAGACGCAAATTAGC
* * * * *
13055854 AGCAAATTAATCTTAATTTTGCCTGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTT-AT
193 AGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA-
* * * * * *
13055918 GATTAAGGGGAAGTCCAA-TAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAAGCTA
257 GATTAAGGGGAAGTTCAACT-GCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTA
* * * *
13055982 TAAGTTCTCAAAGACGCATATTGGCAGCACATTAATCTTGATTTTTTCGGTGATGGTTTATATTT
321 TAAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTT
* * * *
13056047 TTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTCA-GTGGAAGTCCAACAACTATATTTATTAGCAAGTT
382 TTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACG-GGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTT
* *
13056111 GCATGGATC
446 GCATGAATT
* * * ** * *
13056120 GATGGAGTTAAGCTATAAATTC-CTAAAGA--CATATTAGCAGTACATTAATCTTGGTTTTATCG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTC-AAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAG
* ** * * * *** *
13056182 GTAATGGTTTATATATTTAAAAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAA-AGAAAGTTCAATTGCAAT
65 ATAATGGTTTATAT-TTT-TTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTAT
* * * * ** * *
13056246 ATTTATTATG-GAATTACAAGAATTGATC-ATGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACACATATTA
128 ATTTATTA-GCTAGTTGCATGAATCAATCGA-GTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTA
* * * * * *
13056308 GTAGCACATTATTCTTGA-TTTGTTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATACTTT
191 GCAGCAAATTAATCTTGATTTTG-TCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTT
* * ** * * * *
13056372 GATATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGTTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAACT
255 GAGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCT
* * * * * ** *
13056437 ATAAATTCTCAAAGACACATATTAACAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGCCTATTTT
320 ATAAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATT
* * * * *
13056502 TTTAATAAAAGCGGAAATAATTTGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAA-ATGCTATATTTATTATG-
381 TTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAA---GTCCAATA-GCTATATTTATTA-GC
* * *
13056564 TAGTTGCAAGAATC
441 AAGTTGCATGAATT
* * ***
13056578 GAAT-GAATTAAGCAATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAATGCATTAATCTTAATTTTGTCA
1 G-ATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGT-A
** * * * **
13056642 -ACGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAAGAGGAACTCCAACTGCTA
64 GATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTA
* ** * * ** *
13056706 TATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAA-C-CTCAAGTTCTCAAAGATACATATTAG
127 TATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTAG
* * ** * * * *
13056769 CAGCACATTAATCTTAATTTTGTCAATGATGGTTAATATTATTAATAAAAGAGGTAATCATTTGA
192 CAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA
* * * ** * * * *
13056834 GATTAA-GGGAAGTGTTTCAAATGCTATATTTATTTGGTAGCTGCAAGAATTGA-ACAAGTTAAG
257 GATTAAGGGGAA--G-TTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATA-GAGTTAAG
* ** * *
13056897 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTTTTGGCAATGGATTATA
318 CTATAAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATA
* * * * ** * * *
13056962 TTTTTAATAAAAGTGGTAATAATTTGTGATTAAGGGGAAGTGGAATATCAATATTTATTAGCTAG
379 TTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAG
* *
13057027 TTACAAGAATCT
444 TTGCATGAAT-T
* * * * * * *
13057039 -ATCGAGTTAAGTTATTAGTTCTCAAAGACACATATTAGCAGCGCATTAATCTTGATTTTGTCGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAGA
*** * * * * *** *
13057103 CGTTGATTTATATTTTTTATAAAAGAGGTAATAATTTAAGATTAAAGGGAAGTTCAATTGCAATA
66 TAATGGTTTATA-TTTTT-TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTATA
* ** * * * *
13057168 TTCATTAGCTAGTAACATGAATTGAAT-GAGTTAATCTA-TAAATTCTCAAAGACGCATAGTT-G
129 TTTATTAGCTAGTTGCATGAA-TCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCA-AATTAG
* * * * *
13057230 CAGCACATTAATCTAGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAGTAAAAGAGGTAACAATTTGA
192 CAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGA
* * * * * * *
13057295 GATTAAGGGGAAGTTCAAGTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAGGAATCGATCGGGTTAAGCTAT
257 GATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTAT
* * * * * * ** *
13057360 AAGGTCTCAAATACGCTTATTAGCAGCACATTAATCATGATTTTGTCGGTAATGATTTATATTTT
322 AAGTTCTCAAAGACGC-AATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTTT
* * * * * * * *
13057425 TAATAAAAGAGGCT-ATAATTTGAGATTAAGGGGAAATTCAATTGCGATATTTATCT-TCTAGTT
383 TAATAAAAGAGG-TAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTAT-TAGCAAGTT
*
13057488 GCAAGAATT
446 GCATGAATT
* * * * * ** *
13057497 GATTGAGTTACGCAATAAGTTCAT-AAATACGCATATTAGTAGCACATTAATCTTGTTTTTGTCG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTC-TCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAG
*** * ** * *****
13057561 ACGGTTGTTTATATTTTTAATAAAAGATTTAATAATTTGAGATTAA-GTGAAGTGGTTTGAATGC
65 ATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGT-CCAACAA--C
* * * * *
13057625 TATATTTATTAGATAGTTGCAAGAATTGAAT-GAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCAAAGACACATAT
125 TATATTTATTAGCTAGTTGCATGAA-TCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAAT
* * * * * * * *
13057688 TAGCAGCATATTAGTCTTAATTTTGTCGAG-GATGGTTTATATTATTAATAAAATATGTAACAAT
189 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCG-GTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * * *
13057752 TTGAGATTAAGGGGAAGCTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAA
253 TTGAGATTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAG
* * * ** * *
13057817 CTATAAATTCTCAAAGACACATATTAGTAGCACATTAATCTTGATTTTGTTTGTGATTGGCTTAT
318 CTATAAGTTCTCAAAGACGCA-A-T--TAGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGA-TGGTTTAT
* * * * *
13057882 ATTTTTCATAAAAGAGGTAATC-ATTTGACACTAA-GGGAAGTGGTTCAA-ACTCTATATTTATT
378 ATTTTTAATAAAAGAGGTAA-CAATTTGAGATTAACGGGAA---GTCCAATA-GCTATATTTATT
** * * * *
13057944 AGGTAGCTGTAAGAATC
438 AGCAAGTTGCATGAATT
* * * * * * * * *
13057961 AAACGAGTTAAACTATAAGTTTTTAAAGACGTATATTAGCAACACATTAATCTTAATTTTGTTGG
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAGA
* * * * *
13058026 TAATGGTTTACATTTTTAATAAAAGTGGTAACAATTTGAGATCAA-GGGAAGTCCAACTACTATA
66 TAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTATA
* * *
13058090 TTTATTAGCAAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTA-TAAGCTCTCAAAGACGCATATTAGCA
129 TTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTAGCA
* ** ** *
13058154 GCACATTAATCTTGATTTTGTCGACGATTGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTTATAATTTGAGA
194 GCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGA
* * **** * * * * *
13058219 TTAAGGAGAAGTCCAACAATTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAAGCTATAA
259 TTAAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTATAA
* * * * ***
13058284 GTTCCCAAAGACACATATTAGCAATACATGAAT-TTGATTTTGTCAAAAATGGTTTATATTTTTA
324 GTTCTCAAAGACGCA-ATTAGC---ACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTTTTA
* * * * * *
13058348 ATAAAAGAGGTAATAAATTGAGATTAAGGGGAAGAT-CAATAGCAATATTTATTAGCTAGTTACA
385 ATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAG-TCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCA
* *
13058412 AGAATC
449 TGAATT
* * *
13058418 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAAATGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCA-
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGT-AG
* * * * * *
13058482 ATGATGGTTTAT-TTTTTAAAAAAAGAAGTAAGAATTTGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAA-ATT
65 ATAATGGTTTATATTTTT--TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAA---GTCCAACA-A
* * * * * *
13058544 CTATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATCGAGT-GAGTTAAGCTA-TAAGTTCTCGAAGACGCATA
124 CTATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATC-AATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAA
* * ** * *
13058607 TTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTCGACGATGGTTTATA-TTTTACATAAAAAGAGATAATA
188 TTAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTA-AT-AAAAGAGGTAATA
* * * * *
13058671 ATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACTACTAA-ATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCGAT-GAAGT
251 ATTTGAGATTAAGGGGAAGTTCAACTGC-AATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAG-AGT
* * * *
13058734 TAAGCTATAAGTTCTCAAATACGCAAATTGGCTGCACATTAATCTTGATTTTGTCAGCGGTGGTT
314 TAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGC-AATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTT
* * * * *
13058799 TAAATTTTAAATAAAAGAGGTAATAATTTGAGACTAA-GCGGAAGTCCAATGGCTATATTTATTA
375 TATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAACG-GGAAGTCCAATAGCTATATTTATTA
* * ** **
13058863 GCTACTTTTATGAAAC
439 GCAAGTTGCATGAATT
* ** * ** * * *
13058879 GATCGATTTAAGCTATAAGTTCTCATGGACGGATATTAATAGCACATTAATCTTGATTTTTTCGA
1 GATCGAGTTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTAGA
* * * * * * **
13058944 -AGGTGGTTTATATTTTAAATAAAAGAGGTAACAATTTGATATTATGAGGAAGTCCAAGTACTAT
66 TA-ATGGTTTATATTTT--TTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAAC--T
* * * * ** **
13059008 ATATTTTTTAGCTAGTTTCAAGAATCGATCGAGTTAAAATA-TAAGTTCTCAAAGA-TTAATATT
126 ATATTTATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAA-ATT
*** * * * * *
13059071 AATTGCACATTAATCTTTATTTTGTCGGTGATGATTTATATTTTTAATAAAAGAAGTAATAATTT
190 AGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATTT
* * * * * * ** * *
13059136 GAGATTAAGGGAAATGGTCCAAATGCTATATTTATTAAG-TAGTTGCAAGAATTTATCGATTTAA
255 GAGATTAAGGGGAA--GTTCAACTGCAATATTTATT-AGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAA
* * * * * ** *
13059200 GCTATAAGTTTTCAAAGACGAATATTAACAACACATTAATCTTGATTTAGTTGGCAATGGTTTAT
317 GCTATAAGTTCTCAAAGACGCA-ATT---AGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTAT
13059265 ATTTTTAATAAAAGAGGT
378 ATTTTTAATAAAAGAGGT
13059283 TATCATTTGT
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TAATGGTTTATATTTTTTAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGGAAGTCCAACAACTATATT
TATTAGCTAGTTGCATGAATCAATCGAGTTAAGCTATTAAGTTCTCAAAGACGCAAATTAGCAGC
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AAGGGGAAGTTCAACTGCAATATTTATTAGCAAGTTACAAGAATCGATAGAGTTAAGCTATAAGT
TCTCAAAGACGCAATTAGCACATTAATCTTAATTTTGTCAGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAA
GAGGTAACAATTTGAGATTAACGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATT
Found at i:13055046 original size:153 final size:153
Alignment explanation
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13054311 CCTTAACTCC
* ** *
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* * * * * * **
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* *
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* * * * * * * ** * *
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1 TCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGAATTTTGTT-GACGATGGTTTATATTTTTA
** * * * *
13054540 ATAAAATTGGTAATAATTTGTGATTAAGGGGCAGTCCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAA
65 ATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAA-GGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAA
** *
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129 GAATTGATCAAGTTAAGCTA-TAAGT
* * * * * *
13054630 TCTCAAAGACGTATATTAGCTGCAAATTAATCTTG-ATATTGTCGATGATGGTTTATATTTTTAA
1 TCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAA
* * * * *
13054694 TAAATGAGGTAATAATTTGAGATTAAAGGAAGTCGAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGA
66 TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGA
* *
13054759 ATCGATCAAGTTAATCTACT-AGT
131 ATTGATCAAGTTAAGCTA-TAAGT
*** * * ** *
13054782 TCTCAAAGACATTTATTAGCAGCAAATTAATCTT-AATTTTGTCGGTGATGATTTATATTTTTAA
1 TCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAA
* * * * * *
13054846 TAAAAGAGGTAACAATTT-ATGATTAAAGGAAGACCAATTGCTATATTTAGTAGCAAGTTGCATG
66 TAAAAGAGGTAATAATTTGA-GATTAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAG
*
13054910 AATTGATCGAGTTAAGCTATAAGT
130 AATTGATCAAGTTAAGCTATAAGT
* * * *
13054934 TCTCAAAGACGAATATTAACAGCACATTAATCTTGAATTTTTTTTACGATGGTTTATATTTTTAA
1 TCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAA
* * *** * * * *
13054999 TAAAAGGGGTAATAATTTGAGGTTAAGGGAAGTCCAACAACTTTATTTATCAGCTAGTTGTATGA
66 TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGA
* * *
13055064 ATTGATCTAGTTAAGTTACAAGT
131 ATTGATCAAGTTAAGCTATAAGT
* * *
13055087 AC-CAAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTT-AATTTTGTTGGCGATGGTTTTTATTTTTA
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* * * * *
13055150 ATAAAAGAGGTAACAATTTGAGATTAATGGGAAGTCCAACTACTATATTTATTAGCAAGTTGCAT
65 ATAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAA-GGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAA
*
13055215 GAATTGATAAAGTTAAGCTAT
129 GAATTGATCAAGTTAAGCTAT
13055236 TATAGCAGCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (153 bp):
TCTCAAAGACGCATATTAGCAGCACATTAATCTTGAATTTTGTTGACGATGGTTTATATTTTTAA
TAAAAGAGGTAATAATTTGAGATTAAGGGAAGTCCAATTGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGA
ATTGATCAAGTTAAGCTATAAGT
Found at i:13055984 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 13055238--13059349 Score: 4031
Period size: 153 Copynumber: 26.8 Consensus size: 153
13055228 TAAGCTATTA
* * *
13055238 TAGCAGCAAATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTATTAAAAGATGTAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * *
13055303 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTGAAAC
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGC
* * * **
13055368 TATAAGTTCTAAAAGAGGAATGC
131 TATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* * * * * *
13055391 TAGCAGCACCTTTAATCTTGATTTTGTTGATGACGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTCATCAT
1 TAGCAGCA-CATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * * * *
13055456 TTGAGATTGA-GGGAAGTGGTTCAGAT-GCTATATTTATTAGGTAGCTGCAAGAATTGAACGAGC
65 TTGAGATTAAGGGGAA---GTTCA-ATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGT
* * *
13055519 TAAGCCATAAGATCTCAAATACGCATAT
126 TAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* * ** ** *
13055547 TAGCAGCACATTAATCTTAATTTTTTTTGCAATGGTTT-T-TATTTAATAAAAGTA-GTAATAAT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAG-AGGTAATAAT
* * * * * * * * * * *
13055609 TTGGGATTAGGGGGAAGTCCAATTGCAAAAATTATTAACTAGGTACAAGAATTGATCGAGTTAAG
65 TTGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAG
* *
13055674 CTATTAGTTC-AAACAGACGCATAT
130 CTATAAGTTCTCAA-AGACGCATAT
* * ** *
13055698 TAGCAACAAATTAATCTTGATTTTGTCTATGATGGTTTATA-TTTTAATAAAAGAGATAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * * *
13055762 TGAGATTAAGGGAAAGTTGAATTGCAATAATTATTAGCTAGTTACAAGAATCGATCGAGTTAAGT
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGC
13055827 TATAAGTTCTCACAA-ACGCATAT
131 TATAAGTTCTCA-AAGACGCATAT
* * * * *
13055850 TAGCAGCAAATTAATCTTAATTTTGCCTGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * *
13055915 T-ATGATTAAGGGGAAGTCCAATAGCTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAAG
66 TGA-GATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAG
13055979 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
130 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* *
13056003 TGGCAGCACATTAATCTTGATTTTTTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * * * * *
13056068 TGAGATTCAGTGGAAGTCCAACAACTATATTTATTAGCAAGTTGCATGGATCGATGGAGTTAAGC
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGC
*
13056133 TATAAATTC-CTAAAGA--CATAT
131 TATAAGTTCTC-AAAGACGCATAT
* * * * * *
13056154 TAGCAGTACATTAATCTTGGTTTTATCGGTAATGGTTTATATATTTAAAAAAAGAGGTAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * * * *
13056219 TGAGATTAA-AGAAAGTTCAATTGCAATATTTATTATG-GAATTACAAGAATTGATC-ATGTTAA
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTA-GCTAGTTGCAAGAATCGATCGA-GTTAA
*
13056281 GCTATAAGTTCTCAAAGACACATAT
129 GCTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* * * *
13056306 TAGTAGCACATTATTCTTGA-TTTGTTCGGCGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATACT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTG-TCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAAT
* * * * * *
13056370 TTGATATTAAGGGGAAGTTCAATTGCAATATTTATTAGTTAGTTGCAAGAATTGATCGAGTTAAA
65 TTGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAG
* *
13056435 CTATAAATTCTCAAAGACACATAT
130 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* ** * * *
13056459 TAACAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGCCTATTTTTTTAATAAAAGCGGAAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
*
13056524 TGAGATT-AGGGGAAGTGGTTCAA-ATGCTATATTTATTATG-TAGTTGCAAGAATCGAAT-GAA
66 TGAGATTAAGGGGAA---GTTCAATA-GCTATATTTATTA-GCTAGTTGCAAGAATCG-ATCGAG
*
13056585 TTAAGCAATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
125 TTAAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
*** * *** *
13056614 TAGCAATGCATTAATCTTAATTTTGTCAACGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAACAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * * *
13056679 TGAGATTAAGAGGAACTCCAACT-GCTATATTTATTAGCAAGTTGCATGAATTGATCGAGTTAAC
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAA-TAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAG
* **
13056743 CT-CAAGTTCTCAAAGATACATAT
130 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* ** * * *
13056766 TAGCAGCACATTAATCTTAATTTTGTCAATGATGGTTAATATTATTAATAAAAGAGGTAATCATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * *
13056831 TGAGATTAA-GGGAAGTGTTTCAA-ATGCTATATTTATTTGGTAGCTGCAAGAATTGAACAAGTT
66 TGAGATTAAGGGGAA--G-TTCAATA-GCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTT
13056894 AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
127 AAGCTATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* * * ** * *
13056921 TAGCAGCACATTAATCTTAATTTTTTTGGCAATGGATTATATTTTTAATAAAAGTGGTAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* ** * * * * *
13056986 TGTGATTAAGGGGAAGTGGAATATCAATATTTATTAGCTAGTTACAAGAATCTATCGAGTTAAGT
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCGATCGAGTTAAGC
* *
13057051 TATTAGTTCTCAAAGACACATAT
131 TATAAGTTCTCAAAGACGCATAT
* * * * *
13057074 TAGCAGCGCATTAATCTTGATTTTGTCGGCGTTGATTTATATTTTTTATAAAAGAGGTAATAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* * * * * ** * * *
13057139 TAAGATTAAAGGGAAGTTCAATTGCAATATTCATTAGCTAGTAACATGAATTGAAT-GAGTTAAT
66 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAATAGCTATATTTATTAGCTAGTTGCAAGAATCG-ATCGAGTTAAG
*
13057203 CTATAAATTCTCAAAGACGCATAGT
130 CTATAAGTTCTCAAAGACGCATA-T
* * *
13057228 T-GCAGCACATTAATCTAGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAGTAAAAGAGGTAACAATT
1 TAGCAGCACATTAATCTTGATTTTGTCGGTGATGGTTTATATTTTTAATAAAAGAGGTAATAATT
* *
13057292 TGAGATTAAGGGGAAGTTCAAGT-GCTATATTTATTAGCTAGTTGCAGGAATCGATCGGGTTAAG
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* * *
13057356 CTATAAGGTCTCAAATACGCTTAT
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* * *
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* *
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* * ** * * **
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* * * * *
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* *
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* ** * * *
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*
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** * *
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* *
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** * **** *
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* *
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** * * *
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*
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* ** *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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** *
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** * ** * * *
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* * * * * *
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** ***
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*** * * *
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* ** * *
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Statistics
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* * * *** *
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* * * *
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* *
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* *** * ***
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* * *
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* * * * * * *
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** * *
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*
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* * * *
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* * * ****
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* *
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** * **** *
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* * **
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* * * * * *
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** *** *** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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** ** * * *
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* * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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*
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* ** * * *
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* *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * ****
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*** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** *
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447 AAGACGCATAT
** * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * *** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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AT
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Consensus pattern (22 bp):
ATGTATGCACTTTAGATGGCCC
Found at i:13075178 original size:20 final size:19
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13075108 TAAATAAAAA
**
13075118 TGTATGCACTTTAGTGCCC
1 TGTATGCACTTCGGTGCCC
* * *
13075137 ATGTATACATTTCGATGGCCC
1 -TGTATGCACTTCGGT-GCCC
13075158 TGTATGCACTTCGGTGTCCC
1 TGTATGCACTTCGGTG-CCC
13075178 T
1 T
13075179 ATGTGTTACG
Statistics
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20 26 0.84
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Consensus pattern (19 bp):
TGTATGCACTTCGGTGCCC
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13087371 TCGTTGACCG
13087381 ACCGTTGACTTTA
1 ACCGTTGACTTTA
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1 ACCGTTGACTTT
13087406 TTTTAAAAAA
Statistics
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ACCGTTGACTTTA
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13088438 ACATTTTGGT
*
13088448 TTA TTA TTTA TTA TTTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA ATA TTA TTA TT
1 TTA TTA -TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
13088494 TGGAATTTTA
Statistics
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Consensus pattern (3 bp):
TTA
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13096526 AAATGAAGTT
*
13096536 CCGAAGAACATT-ACGGGGGCA
1 CCGAAGAACATTCACAGGGGCA
**
13096557 CCGAAGTGCATTCACAGGGGCA
1 CCGAAGAACATTCACAGGGGCA
13096579 CCG
1 CCG
13096582 TAGTGCAAGA
Statistics
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CCGAAGAACATTCACAGGGGCA
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13096560 AAGTGCATTC
* *
13096570 ACAGGGGCACCGTAGTGCAAG
1 ACAGAGGCACCGTAATGCAAG
* *
13096591 ACAGAGACACCATAATGCAAG
1 ACAGAGGCACCGTAATGCAAG
* * *
13096612 ATAGGGGCACCGTAATGCAAT
1 ACAGAGGCACCGTAATGCAAG
* * *
13096633 TCAGAGGCACTGTAGTGCAA
1 ACAGAGGCACCGTAATGCAA
13096653 TTTAGGGGCA
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ACAGAGGCACCGTAATGCAAG
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13096562 GTGCATTCAC
*
13096572 AGGGGCACCGTAGTGCAAGACAGAGACACCATAATGCAAGAT
1 AGGGGCACCGTAGTGCAATACAGAGACACCATAATGCAAGAT
* * * ** * **
13096614 AGGGGCACCGTAATGCAATTCAGAGGCACTGTAGTGCAATTT
1 AGGGGCACCGTAGTGCAATACAGAGACACCATAATGCAAGAT
*
13096656 AGGGGCACTGTAGTGCAATACAG
1 AGGGGCACCGTAGTGCAATACAG
13096679 GGCATCACAT
Statistics
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AGGGGCACCGTAGTGCAATACAGAGACACCATAATGCAAGAT
Found at i:13096653 original size:21 final size:20
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Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
13096606 TGCAAGATAG
* *
13096616 GGGCACCGTAATGCAATTCA
1 GGGCACTGTAGTGCAATTCA
*
13096636 GAGGCACTGTAGTGCAATTTA
1 G-GGCACTGTAGTGCAATTCA
*
13096657 GGGGCACTGTAGTGCAATACA
1 -GGGCACTGTAGTGCAATTCA
13096678 GGGCA
1 GGGCA
13096683 TCACATAGCC
Statistics
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Consensus pattern (20 bp):
GGGCACTGTAGTGCAATTCA
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Indices: 13100341--13100578 Score: 273
Period size: 52 Copynumber: 4.6 Consensus size: 52
13100331 TAAATGAGAA
* * *
13100341 AGGTCCGATGACTATGTGTTATCGTGAGTATGTAAATCCTTAACGGATTATG
1 AGGTCCGATGACTACGTGTCATCGTGAGTATGTAAATCCTTAACGAATTATG
*
13100393 AGG-CTCGATGACTACGTGTCATCGTGAATATGTAAATCCTTAACGAATTATG
1 AGGTC-CGATGACTACGTGTCATCGTGAGTATGTAAATCCTTAACGAATTATG
* * *
13100445 GGGTCCGATGACTACGTGTCATCGTGAGTATGTAAATCCTTTATGAATTATG
1 AGGTCCGATGACTACGTGTCATCGTGAGTATGTAAATCCTTAACGAATTATG
* * * * * * * * * *
13100497 AGGTCCGGTGACTATGTGTCATCGTGAGTGTATGATTTCTTTACGGAA-CAAG
1 AGGTCCGATGACTACGTGTCATCGTGAGTATGTAAATCCTTAAC-GAATTATG
* *
13100549 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCATGAGTA
1 AGGTCCGATGACTACGTGTCATCGTGAGTA
13100579 CTGAGTGTAA
Statistics
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AGGTCCGATGACTACGTGTCATCGTGAGTATGTAAATCCTTAACGAATTATG
Found at i:13101939 original size:33 final size:33
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Indices: 13101795--13101941 Score: 81
Period size: 33 Copynumber: 4.4 Consensus size: 33
13101785 CACCCAGTGC
*
13101795 CTAG-CGGATAAACCATAAAAGTGAGCCCAGCT
1 CTAGTCGGATAAACCACAAAAGTGAGCCCAGCT
* * ** * *
13101827 CTAGTTGGATTAA-C-CAACGGTTTGCGCCCAGCG
1 CTAGTCGGATAAACCACAAAAG--TGAGCCCAGCT
* ***
13101860 CTAGTCGGATAAACCGACGATTCT-AGCACCCAG-T
1 CTAGTCGGATAAACC-ACAAAAGTGAG--CCCAGCT
*
13101894 GCCTAG-CAGATAAACCACAAAAGTGAGCCCAGCT
1 --CTAGTCGGATAAACCACAAAAGTGAGCCCAGCT
13101928 CTAGTCGGATAAAC
1 CTAGTCGGATAAAC
13101942 TGAAAAATAT
Statistics
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Consensus pattern (33 bp):
CTAGTCGGATAAACCACAAAAGTGAGCCCAGCT
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Indices: 13108383--13108544 Score: 270
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
13108373 TATTTGGGAA
* *
13108383 TAATTGACTTTTCATGAAGGAAGATGTAATGTTTACCATGAGATAAAATAAGATCATATTGAGAG
1 TAATTGACTTTTCATGAAGGAAGATGAAATGATTACCATGAGATAAAATAAGATCATATTGAGAG
13108448 AGCGAATTTATTATTTAATAG
66 AGCGAATTTATTATTTAATAG
* * *
13108469 TAATTGACTTTTCATGAAGGAAGATGAAATGATTATCATGAGATAAAATAGGATCATATTGGGAG
1 TAATTGACTTTTCATGAAGGAAGATGAAATGATTACCATGAGATAAAATAAGATCATATTGAGAG
*
13108534 AGCGGATTTAT
66 AGCGAATTTAT
13108545 ACTAAAGAGA
Statistics
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TAATTGACTTTTCATGAAGGAAGATGAAATGATTACCATGAGATAAAATAAGATCATATTGAGAG
AGCGAATTTATTATTTAATAG
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13115034 AATATTAAAC
*
13115044 TAAAAAAA-TAAATTTATA
1 TAAAAAAATTAAACTTATA
*
13115062 TAAAAAAATTAAACTTATT
1 TAAAAAAATTAAACTTATA
13115081 TAAAA
1 TAAAA
13115086 TATGGCTCAT
Statistics
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Consensus pattern (19 bp):
TAAAAAAATTAAACTTATA
Found at i:13115683 original size:22 final size:22
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Indices: 13115658--13115712 Score: 76
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
13115648 TACAAAGAAA
13115658 AAATAAAAGCCAAACA-AGTAAT
1 AAATAAAAGCCAAACAGA-TAAT
*
13115680 AAATAAAAGCCAAGCAGATAAT
1 AAATAAAAGCCAAACAGATAAT
*
13115702 AGATAAAAGCC
1 AAATAAAAGCC
13115713 TCGGTTGCAA
Statistics
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Consensus pattern (22 bp):
AAATAAAAGCCAAACAGATAAT
Found at i:13117038 original size:21 final size:21
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Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
13116988 ATGCATAATT
*
13116998 AAATTTTAAAAAATATATTTA
1 AAATTTTAAAAAATAAATTTA
13117019 AAATTTT-AAAAATAAAATTTA
1 AAATTTTAAAAAAT-AAATTTA
13117040 AAA
1 AAA
13117043 AGCATAAAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
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Consensus pattern (21 bp):
AAATTTTAAAAAATAAATTTA
Found at i:13117275 original size:21 final size:21
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Indices: 13117242--13117291 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
13117232 ATGAGGTTAA
* *
13117242 AAATACTGATAACGGTGAAATT
1 AAATATTG-TAACGATGAAATT
* *
13117264 AATTATTGTAACGATGTAATT
1 AAATATTGTAACGATGAAATT
13117285 AAATATT
1 AAATATT
13117292 TTAATAGTAT
Statistics
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21 17 0.74
22 6 0.26
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Consensus pattern (21 bp):
AAATATTGTAACGATGAAATT
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Indices: 13117522--13117553 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
13117512 AGATAAAATG
13117522 ATAATTAG-TTT
1 ATAATTAGTTTT
13117533 -TAATTAGTTTT
1 ATAATTAGTTTT
13117544 ATAATTAGTT
1 ATAATTAGTT
13117554 ATTCTCTTTT
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10 7 0.37
11 3 0.16
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ATAATTAGTTTT
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Indices: 13117827--13117866 Score: 80
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13117817 GGATTTTATC
13117827 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
13117867 CACAATAGTG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 37 1.00
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Consensus pattern (3 bp):
TTA
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Indices: 13118793--13118830 Score: 60
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13118783 TTTTTAATTG
13118793 ATCATTTAAATG-TATTTTAA
1 ATCA-TTAAATGTTATTTTAA
13118813 ATCATTAAATGTTATTTT
1 ATCATTAAATGTTATTTT
13118831 CTTTTTTTTA
Statistics
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19 7 0.41
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ATCATTAAATGTTATTTTAA
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Indices: 13119402--13119439 Score: 58
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1 TTTTCTTAGTTTACTTTTGG
* *
13119422 TTTTTTTAGTTTTCTTTT
1 TTTTCTTAGTTTACTTTT
13119440 TCATTTGATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
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20 16 1.00
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TTTTCTTAGTTTACTTTTGG
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Indices: 13149883--13149915 Score: 50
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13149873 ATTATTAATA
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*
13149895 -ATAAACAAGTC
1 AATAAACGAGTC
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1 AATAAACGAG
13149916 CTTTTGAACG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 2
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.56
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AATAAACGAGTC
Found at i:13157279 original size:685 final size:682
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Indices: 13155970--13157346 Score: 2693
Period size: 685 Copynumber: 2.0 Consensus size: 682
13155960 GATAGGCCGC
13155970 CAACTAGTTGGCATCCCAAAGTCATCGTATATATCGTCTATACAAGAATCCAATAATTTGATGTA
1 CAACTAGTTGGCATCCCAAAGTCATCGTATATATCGTCTATACAAGAATCCAATAATTTGATGTA
13156035 CACACAAGCTATCATTAGAATATACCTTATGCAGTAGTGATTGAATAGGCATCCACTTTCCAATG
66 CACACAAGCTATCATTAGAATATACCTTATGCAGTAGTGATTGAATAGGCATCCACTTTCCAATG
13156100 TTTGGATCAAACATCTCTACCTCTGAGAAACATTCAACTCCATTTCCACCTCCAACGACAAACAT
131 TTTGGATCAAACATCTCTACCTCTGAGAAACATTCAACTCCATTTCCACCTCCAACGACAAACAT
13156165 GCTATCCTCTAAAGGAAGTCAAGCAAAGCTCCCTTTCTTTTGATTTAATGGGGTGACATGTCCAC
196 GCTATCCTCTAAAGGAAGTCAAGCAAAGCTCCCTTTCTTTTGATTTAATGGGGTGACATGTCCAC
13156230 TGATTGCTTAGCAGGTAGTATGATTCAACTAGGGGAAATGAAGTTGATAGCAGGATTATCCTGTT
261 TGATTGCTTAGCAGGTAGTATGATTCAACTAGGGGAAATGAAGTTGATAGCAGGATTATCCTGTT
*
13156295 AAGTTAGAGAGTAATTGACCAAAACAAATGCCTAAAGGGTACAATCATACCTGTATCATACCATA
326 AAGTTAGAGAGTAATTGACCAAAACAAATGCCTAAAGGGTACAATCATACCTGTATCAAACCATA
13156360 AATTACCATCTACACCACCCAAAATATACAATGCATCACTGAATTTTGCTGCTGACGCATATGAA
391 AATTACCATCTACACCACCCAAAATATACAATGCATCACTGAATTTTGCTGCTGACGCATATGAA
13156425 CGTGGAAAGCTCATTGTAGTCCATGTTCTCATCATGTCCTGAGAAGAAGAGTAGATGTCCAAAGA
456 CGTGGAAAGCTCATTGTAGTCCATGTTCTCATCATGTCCTGAGAAGAAGAGTAGATGTCCAAAGA
13156490 AGATAACCATGAACAACCATCAAATCCTCCCACCATACATATCGATGTATCACAAGCTGGATGAG
521 AGATAACCATGAACAACCATCAAATCCTCCCACCATACATATCGATGTATCACAAGCTGGATGAG
13156555 GTTGGTCATCCACTAATTGAAACTTCTCTTCTTCAAAATCATCTGCCTCAACACACCTTGATTCA
586 GTTGGTCATCCACTAATTGAAACTTCTCTTCTTCAAAATCATCTGCCTCAACACACCTTGATTCA
13156620 AACCCAGTTTCCAACATCCTGCCAACTTGTTTTT
651 AACCCAGTTTCCAACATCCTG-C-ACTTGTTTTT
13156654 CAACTAGTTGGCATCCCAAAGTCATCGTATATATCGTCTATACAAGAATCCAATAATTTGATGTA
1 CAACTAGTTGGCATCCCAAAGTCATCGTATATATCGTCTATACAAGAATCCAATAATTTGATGTA
*
13156719 CACACAAGCTATCATTGGAATATACCTTATGCAGTAGTGATTGAATAGGCATCCACTTTCCAATG
66 CACACAAGCTATCATTAGAATATACCTTATGCAGTAGTGATTGAATAGGCATCCACTTTCCAATG
13156784 TTTGGATCAAACATCTCTACCTCTGAGAAACATTCAACTCCATTTCCACCTCCAACGACAAACAT
131 TTTGGATCAAACATCTCTACCTCTGAGAAACATTCAACTCCATTTCCACCTCCAACGACAAACAT
13156849 GCTATCCTCTAAAGGAAGTCAAGCAAAGCTCCCTTTCTTTTGATTTAATGGGGGTGACATGTCCA
196 GCTATCCTCTAAAGGAAGTCAAGCAAAGCTCCCTTTCTTTTGATTTAAT-GGGGTGACATGTCCA
*
13156914 CTGATTGCTTAGCAGGTTGTATGATTCAACTAGGGGAAATGAAGTTGATAGCAGGATTATCCTGT
260 CTGATTGCTTAGCAGGTAGTATGATTCAACTAGGGGAAATGAAGTTGATAGCAGGATTATCCTGT
13156979 TAAGTTAGAGAGTAATTGACCAAAACAAATGCCTAAAGGGTACAATCATACCTGTATCAAACCAT
325 TAAGTTAGAGAGTAATTGACCAAAACAAATGCCTAAAGGGTACAATCATACCTGTATCAAACCAT
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* *
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* * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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* **
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*
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* * *
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* * * *
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* *
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* **
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* * *
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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* * *
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*
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* * *
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*
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* * * *
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* * * *
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*
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*
13178842 TCATCGTGAG-TATATGATTCTCAATAT-GGATTA-ATGGTCCG
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ATCGTGAGTTATATGAATCCAATATCGGATTATAGGTCCG
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*
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*
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1 AAAATGCAACGAAAATG
13182796 CTTACTAACA
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13187229 AAATTAACGA
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1 AAAAATGCAATGAC-AAAT
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*
13187274 AAAGATGCA
1 AAAAATGCA
13187283 TGCAAACTAT
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* * ***
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1 GCCATTCGGATGGAGAGCAAGCTGTCCTAGTAGTTGAGTTATATAAAAAT-CCATTCAAATGACA
13214474 AATCTTA
65 AATCTTA
* * * * * *
13214481 GCCATTTGGATGGAAAGCAAACTTTCTTAGTAGTTGAGTTATACTAAAACAT-CATTCAAATGAT
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**
13214545 GGATGC-TA
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13215566 CTTATATACA
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Matches are distributed among these distances:
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*
13219602 ATAAATTATATATATTT
1 -TAAATTTTATA-ATTT
13219619 ATATTATTTA
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TAAATTTTATAATTTTC
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13219974 AAAAGGATTG
*
13219984 AAAATAAACAATTAGA
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*
13220000 ACAATAAAAAGATTA-A
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13220016 AAAATAAAAA
1 AAAATAAAAA
13220026 TAAAATGATT
Statistics
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AAAATAAAAAATTAGA
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13221075 TGATGAAAAA
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1 ATATT
13221127 ATTGGAGCCT
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ATATTTAAATTATATTTT
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13221153 TCCTCAAATA
*
13221163 GACATAAAATGGACTTGAAACATATAGGCATTT
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13221196 GACATAAAATGGACCTGAAACATATAGGCAT
1 GACATAAAATGGACCTGAAACATATAGGCAT
13221227 GGGCTCAAAG
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13235565 AACACATGTT
13235575 ATAAAACAGCTAGACATAAAATAAAGAATAATTTGTACAAATTTAAAC
1 ATAAAACAGCTAGACATAAAATAAAGAATAATTTGTACAAATTTAAAC
*
13235623 ATAAAATAGCTAGACATAAAATAAAGAATAATTTGTACAAATTTAAAC
1 ATAAAACAGCTAGACATAAAATAAAGAATAATTTGTACAAATTTAAAC
13235671 ATA
1 ATA
13235674 CAATTAGAAA
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ATAAAACAGCTAGACATAAAATAAAGAATAATTTGTACAAATTTAAAC
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13244396 ATGTTAATGG
13244406 GTGACTGATTTGTCACTTTTCGATAACGTT-A
1 GTGACTGATTTGTCACTTTTCGA-AA-GTTGA
* *
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1 GTGACTGA-TTTGTCACTTTTCGAAAGTTGA
13244467 GTGACTG
1 GTGACTG
13244474 GATTGAAACC
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GTGACTGATTTGTCACTTTTCGAAAGTTGA
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13244195 GCTAATTTAG
** *
13244205 TAGCCACATCACCTATCTTGTTAGGCCTGTAACGAAACATGTTAATGAGTGACTGATTTGTCACT
1 TAGCCACATCACCTATCCCGTTAAGCCTGTAACGAAACATGTTAATGAGTGACTGATTTGTCACT
*
13244270 TTTCGACAACATTAATGACTGATTTGTTATTTTTTGAAAGTTAAGTAACTGAATTGAAACCTTGC
66 TTTCGACAACATTAATGACTGATTTGTTATTTTTCGAAAGTTAAGTAACTGAATTGAAACCTTGC
13244335 CTCGTCCAATGAGGCAAGTTAAT
131 CTCGTCCAATGAGGCAAGTTAAT
* *
13244358 TAGCCACGTCACCTATCCCGTTAAGCCTGTAACAGAAA-ATGTTAATGGGTGACTGATTTGTCAC
1 TAGCCACATCACCTATCCCGTTAAGCCTGTAAC-GAAACATGTTAATGAGTGACTGATTTGTCAC
* * * * * *
13244422 TTTTCGATAACGTTAGTGACT-ATTTTGTTATTTTTCGAAAGTTGAGTGACTGGATTGAAACC
65 TTTTCGACAACATTAATGACTGA-TTTGTTATTTTTCGAAAGTTAAGTAACTGAATTGAAACC
13244484 AGAGTGACTA
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TAGCCACATCACCTATCCCGTTAAGCCTGTAACGAAACATGTTAATGAGTGACTGATTTGTCACT
TTTCGACAACATTAATGACTGATTTGTTATTTTTCGAAAGTTAAGTAACTGAATTGAAACCTTGC
CTCGTCCAATGAGGCAAGTTAAT
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13253985 CGGATTCGAT
13253995 AAAGAAAAATAA-A
1 AAAGAAAAA-AAGA
*
13254008 AATAAAAAAGAAAGA
1 AA-AGAAAA-AAAGA
*
13254023 AAAGAAAAATA-A
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*
13254035 AAATAAAAAAGAGA
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*
13254049 AAAGGAAAAAAGGAA
1 AAA-GAAAAAAAG-A
13254064 AAAGAAAA
1 AAAGAAAA
13254072 GGAGAGGTCG
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Indices: 13253995--13254037 Score: 70
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13253985 CGGATTCGAT
*
13253995 AAAGAAAAATAAAAATAAAAAAG
1 AAAGAAAAAGAAAAATAAAAAAG
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1 AAAGAAAAAGAAAAATAAAAA
13254038 TAAAAAAGAG
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*
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*
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13254062 AAAAAGAAAA
1 AAAAAGAAAA
13254072 GGAGAGGTCG
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Indices: 13254018--13254074 Score: 53
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**
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*
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13254075 GAGGTCGAGG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 6
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18 2 0.06
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AAAGAAAAAGAAAAGGAAA
Done.