Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37252039
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Warning! 2100 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 64 of 120
Found at i:18925176 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 18925168--18925210 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 14.7 Consensus size: 3
18925158 TTCTATCGTC
*
18925168 TCT TCT TC- TCC TCT TCCT TCT TCT TCT TCT TC- TCT TCT TCT TC
1 TCT TCT TCT TCT TCT T-CT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
18925211 AAATCCTTAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.14
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.11
3 29 0.81
4 3 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.40, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:18926857 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 18926802--18926881 Score: 99
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
18926792 TAGGATGAAT
* * * *
18926802 GTTTCAATCTGCCCCATGGTCGT-GGTATGAGATTTGATG
1 GTTTCAATCTGACCCATGATC-TAGGTAAGAGATTGGATG
*
18926841 GTTTCACTCTGACCCATGATCTAGGTAAGAGATTGGATG
1 GTTTCAATCTGACCCATGATCTAGGTAAGAGATTGGATG
18926880 GT
1 GT
18926882 GTCTTCAATC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 2
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.03
39 34 0.97
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.28, T:0.34
Consensus pattern (39 bp):
GTTTCAATCTGACCCATGATCTAGGTAAGAGATTGGATG
Found at i:18926934 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 18926864--18926966 Score: 143
Period size: 46 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
18926854 CCATGATCTA
* * * * *
18926864 GGTAAGAGATTGGATGGTGTCTTCAATCTGCCCTTCTTGACTTAAG
1 GGTAAAAGATTGGACGATGGCTTCAATCTGCCCCTCTTGACTT-AG
*
18926910 GGTAAAAGATTGGACGATGGCTTCAATCTGCCCCTCTTGACTTGG
1 GGTAAAAGATTGGACGATGGCTTCAATCTGCCCCTCTTGACTTAG
18926955 GGTAAAAGATTG
1 GGTAAAAGATTG
18926967 AATGATGATG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 13 0.25
46 38 0.75
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.27, T:0.31
Consensus pattern (45 bp):
GGTAAAAGATTGGACGATGGCTTCAATCTGCCCCTCTTGACTTAG
Found at i:18927214 original size:123 final size:122
Alignment explanation
Indices: 18927029--18927876 Score: 1029
Period size: 123 Copynumber: 6.9 Consensus size: 122
18927019 TTGTTACTTA
* * * *
18927029 TTTGGCCCACTTCTCTATACCTCATCAGGAAGATGCGGTTTGAAGTTTCACTCGCATTGAGCTTC
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATG-GGTTTGAAGTTTCACTAGCATTGAGCTTC
* * **
18927094 GCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGAAAGATTATTACTTCATTGT
65 GCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
*
18927152 TTTGACCCACTTCTTTGTATCTCATCAGGAAGATGGGTTTTGAAGTTTCACTAGCATTGAGCTTC
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGG-TTTGAAGTTTCACTAGCATTGAGCTTC
* *
18927217 GCTTCATTATTTTCGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
65 GCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
* * *
18927275 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTTATCAAGAAGATCGGGTTTGAAGTTTCACTCGCATTGAGCTTC
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGAT-GGGTTTGAAGTTTCACTAGCATTGAGCTTC
* * ** *
18927340 GCTTCATTGTTTTGGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGAAAGATGATTGA-TTCATTAT
65 GCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGA-CCACTTCATTGT
* * *
18927398 TTTGACCCACTTATCTGTATCTCATCAGGAAGATGGGGTTTGAAGTTTCAGTCGCATTGAGCTTC
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGAT-GGGTTTGAAGTTTCACTAGCATTGAGCTTC
* * * * * *
18927463 GCTTTATTATTTTGGTCTACTTCTCTTTATCTCATCAGGAATATGATCACTTCATTGT
65 GCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
* * * *
18927521 TTTGACCCACTTCTCTGTATCCCATCAGGAACATGGGGTTTAAAGTTCCACTCA-CATTGAGCTT
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGAT-GGGTTTGAAGTTTCACT-AGCATTGAGCTT
* * * * * * *
18927585 CACTTCGTTGATTTAATCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTTATTAT
64 CGCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
* * * * *
18927644 TTTGATCCACTTCTCTGTATCTCATTAGGAAGATAGGTTTGAAGTTTCACTCA-CATTGATCTCC
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGGTTTGAAGTTTCACT-AGCATTGAGCTTC
* * * * *
18927708 GTTTCGTTGATTTAGTCCACTTCTCTGTATCTCATCAAGAAGATGACCACTTCATTGT
65 GCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
* * * * * *
18927766 TTTAACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGGGCTTGAAATTTCACTCA-TATTAAGTTT
1 TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGAT-GGGTTTGAAGTTTCACT-AGCATTGAGCTT
* * * * *
18927830 TGCTTCCTTGATTTGGTCCACTTCTCTGTATTCTCATCAGGAAGATG
64 CGCTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTA-TCTCATCAGGAAGATG
18927877 GAGATCTGAA
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 84, Indels: 13
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 112 0.18
123 503 0.79
124 19 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (122 bp):
TTTGACCCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGGTTTGAAGTTTCACTAGCATTGAGCTTCG
CTTCATTGTTTTAGTCTACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCACTTCATTGT
Found at i:18927874 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 18927772--18927951 Score: 254
Period size: 77 Copynumber: 2.4 Consensus size: 76
18927762 TTGTTTTAAC
* * * * **
18927772 CCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGGGCT-TGAAATTTCACTCATATTAAGTTTTGCTTC
1 CCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGAGATCTGAAATTTCACTCATACTAAGCTCCGCTTC
18927836 CTTGATTTGGT
66 CTTGATTTGGT
* *
18927847 CCACTTCTCTGTATTCTCATCAGGAAGATGGAGATCTGAAGTTTCACTCATACTGAGCTCCGCTT
1 CCACTTCTCTGTA-TCTCATCAGGAAGATGGAGATCTGAAATTTCACTCATACTAAGCTCCGCTT
*
18927912 CGTTGATTTGGT
65 CCTTGATTTGGT
*
18927924 CCACTTCTCTATATCTCATCAGGAAGAT
1 CCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGAT
18927952 AACCGTTACA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 10, Indels: 3
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
75 13 0.14
76 34 0.37
77 46 0.49
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (76 bp):
CCACTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGGAGATCTGAAATTTCACTCATACTAAGCTCCGCTTC
CTTGATTTGGT
Found at i:18928258 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 18928195--18928458 Score: 210
Period size: 49 Copynumber: 5.4 Consensus size: 49
18928185 CAGTCTGCTT
* * ** * *
18928195 CATCTTTAGAGTATAAGATTCGTCGTTGTAGCCTTAATCTTTCCCTTCA
1 CATCTCTAGGGTATAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
* ** * * * *
18928244 CATCTCTAGGGTATAAGGTTTGCCGTTGCGGTCTCGACCTTTCCCTTCA
1 CATCTCTAGGGTATAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
* * * * * ** * *
18928293 CATCTTTAGGGCT-CAAGATTCATCGTTGCAGCTTTAATC-TGGCTTTCT
1 CATCTCTAGGG-TATAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
* * * * * *
18928341 TATTTCTAAGGTATAAGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCCTTCA
1 CATCTCTAGGGTATAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
* *
18928390 CATCCCTAGGGTACAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
1 CATCTCTAGGGTATAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
*
18928439 CAT-TCCTAGGGTATGAGATT
1 CATCT-CTAGGGTATAAGATT
18928459 TGTAGTTACG
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 53, Indels: 8
0.72 0.24 0.04
Matches are distributed among these distances:
47 1 0.01
48 31 0.20
49 125 0.79
50 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (49 bp):
CATCTCTAGGGTATAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCA
Found at i:18928429 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 18928248--18928429 Score: 258
Period size: 97 Copynumber: 1.9 Consensus size: 97
18928238 CCTTCACATC
* ** * * **
18928248 TCTAGGGTATAAGGTTTGCCGTTGCGGTCTCGACCTTTCCCTTCACATCTTTAGGGCTCAAGATT
1 TCTAAGGTATAAGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCCTTCACATCCCTAGGGCTCAAGATT
* * *
18928313 CATCGTTGCAGCTTTAATCTGGCTTTCTTATT
66 CACCGTTGCAGCCTCAATCTGGCTTTCTTATT
18928345 TCTAAGGTATAAGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCCTTCACATCCCTAGGG-TACAAGAT
1 TCTAAGGTATAAGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCCTTCACATCCCTAGGGCT-CAAGAT
18928409 TCACCGTTGCAGCCTCAATCT
65 TCACCGTTGCAGCCTCAATCT
18928430 TTCCCTTCAC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 10, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
96 1 0.01
97 73 0.99
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (97 bp):
TCTAAGGTATAAGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCCTTCACATCCCTAGGGCTCAAGATT
CACCGTTGCAGCCTCAATCTGGCTTTCTTATT
Found at i:18928478 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 18928350--18928488 Score: 143
Period size: 49 Copynumber: 2.8 Consensus size: 49
18928340 TTATTTCTAA
* * * * *
18928350 GGTATAAGGTTCACCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCCTTCACATCCCTAG
1 GGTACAAGATTCACAGTTACGGCCTCAATCTTTCCCTTCACATCCCTAG
* * * *
18928399 GGTACAAGATTCACCGTTGCAGCCTCAATCTTTCCCTTCACATTCCTAG
1 GGTACAAGATTCACAGTTACGGCCTCAATCTTTCCCTTCACATCCCTAG
** *** *
18928448 GGTATGAGATTTGTAGTTACGGCCTTAATCTTTCCCTTCAC
1 GGTACAAGATTCACAGTTACGGCCTCAATCTTTCCCTTCAC
18928489 GTCTTTAGAG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 76 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (49 bp):
GGTACAAGATTCACAGTTACGGCCTCAATCTTTCCCTTCACATCCCTAG
Found at i:18929057 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18929031--18929072 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18929021 CAAACAATGA
*
18929031 CAAAAAGTATCGATACCTTTT
1 CAAAAAGTAGCGATACCTTTT
18929052 CAAAAAGTAGCGATACCTTTT
1 CAAAAAGTAGCGATACCTTTT
18929073 ATCGGGTATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
CAAAAAGTAGCGATACCTTTT
Found at i:18931245 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18931221--18931265 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
18931211 CTTTCAACAG
* *
18931221 AAAATTTTGAAAATAACTTTA
1 AAAACTTTCAAAATAACTTTA
*
18931242 AAAACTTTCAAAATAATTTTA
1 AAAACTTTCAAAATAACTTTA
18931263 AAA
1 AAA
18931266 TTTGAATAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.07, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
AAAACTTTCAAAATAACTTTA
Found at i:18933944 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18933912--18933965 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
18933902 TAACTCAAAC
18933912 AATTTCA-TTCGACTAGACTTGACTCA
1 AATTTCATTTC-ACTAGACTTGACTCA
* *
18933938 AATTTCATTTCACTATACTTGATTCA
1 AATTTCATTTCACTAGACTTGACTCA
18933964 AA
1 AA
18933966 AAAAAAAATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 22 0.88
27 3 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (26 bp):
AATTTCATTTCACTAGACTTGACTCA
Found at i:18940246 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18940220--18940648 Score: 588
Period size: 23 Copynumber: 18.7 Consensus size: 23
18940210 ATATGATTTA
* *
18940220 TGATTTATGATTAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940243 TGATTTGTGCTTAAGTACTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940266 TGATTTATGCTTAAATATTAATA
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940289 TGATTTGTGCTCAAATATAAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* * *
18940312 TCATTTGTACTTAAATATTAATA
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940335 TGATTTGTGCTCAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* * *
18940358 TGATTTATGTTTAAATATTAATA
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940381 TGATTTGTGCTCAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940404 TGATTTGTGCTTAAATATTAATA
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940427 TGATTTGTGCTCAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940450 TGATTTGTGCTTAAATATTAATT
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940473 TGATTTGTGCTCAAATATTTATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940496 TGATTTATGTTTAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940519 TGATTTGTGCTTAAATATTAACG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940542 TGATTTGTGCTTAAATATTAATA
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940565 TGATTTATGATTAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
*
18940588 TGATTTGTGCTTAAATATTAATA
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
* *
18940611 TGATTTATGATTAAATATTAATG
1 TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
18940634 TGATTTGTGCTTAAA
1 TGATTTGTGCTTAAA
18940649 GAATTAAGAT
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 58, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 348 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
TGATTTGTGCTTAAATATTAATG
Found at i:18941128 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 18941087--18941154 Score: 127
Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
18941077 TATGAGTCTA
18941087 GTGTTGGTGTGTTGGAGATCCGCGTATCCAAT
1 GTGTTGGTGTGTTGGAGATCCGCGTATCCAAT
*
18941119 GTGTTGGTGTGTTGGAGATCCGCGTATCTAAT
1 GTGTTGGTGTGTTGGAGATCCGCGTATCCAAT
18941151 GTGT
1 GTGT
18941155 GATGATAGAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 35 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.13, G:0.35, T:0.37
Consensus pattern (32 bp):
GTGTTGGTGTGTTGGAGATCCGCGTATCCAAT
Found at i:18945010 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 18945002--18945078 Score: 93
Period size: 3 Copynumber: 25.7 Consensus size: 3
18944992 TTAGGGATTT
* * * *
18945002 GAA GAA GAA GAA TAA GTA GAA TAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA AAA GAA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA
*
18945050 GAA GAA GAA GAA GGAA G-A GGA GAA GAA GA
1 GAA GAA GAA GAA -GAA GAA GAA GAA GAA GA
18945079 GACGATATAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 4
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
3 58 0.92
4 3 0.05
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.32, T:0.04
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:18953738 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 18953730--18953774 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 14.7 Consensus size: 3
18953720 TTAAGGATTT
*
18953730 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GGAA GAA GGAA G-A GGA GAA GAA GA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA -GAA GAA -GAA GAA GAA GAA GAA GA
18953775 GACGATAGAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.13
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 30 0.79
4 6 0.16
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.40, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:18953758 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 18953730--18953774 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
18953720 TTAAGGATTT
18953730 GAAGAA-GAAGA-AGAAGAAGAAG
1 GAAGAAGGAAGAGAGAAGAAGAAG
18953752 GAAGAAGGAAGAGGAGAAGAAGA
1 GAAGAAGGAAGA-GAGAAGAAGA
18953775 GACGATAGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.30
23 5 0.25
25 9 0.45
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.40, T:0.00
Consensus pattern (24 bp):
GAAGAAGGAAGAGAGAAGAAGAAG
Found at i:18957205 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18957140--18957205 Score: 91
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
18957130 ATTTTTATGC
*
18957140 CTTAAATTGAAAATGATTTTTAGATAAGGGGAG
1 CTTAAATTCAAAATGATTTTTAGATAAGGGGAG
*
18957173 CTTAAATTCAAAATG-TCTTTTA-TTAAGGGGAG
1 CTTAAATTCAAAATGAT-TTTTAGATAAGGGGAG
18957205 C
1 C
18957206 AATCTATTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 11 0.37
33 19 0.63
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (33 bp):
CTTAAATTCAAAATGATTTTTAGATAAGGGGAG
Found at i:18957549 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18957523--18957564 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18957513 CAAACAATGA
*
18957523 CAAAAGGTATCGATACCTTTT
1 CAAAAGGTATCGATACATTTT
*
18957544 CAAAAGGTATTGATACATTTT
1 CAAAAGGTATCGATACATTTT
18957565 ATCGGGTATC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
CAAAAGGTATCGATACATTTT
Found at i:18959676 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18959657--18959717 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 3.7 Consensus size: 16
18959647 AAATAATTTT
18959657 AAAATTTTAAAATATTA
1 AAAATTTTAAAA-ATTA
* *
18959674 AAAATTTCAAAAAAT-
1 AAAATTTTAAAAATTA
* *
18959689 ATATTTTTAAAAAAATTA
1 AAAATTTT--AAAAATTA
18959707 AAAATTTTAAA
1 AAAATTTTAAA
18959718 GAATATATAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 8, Indels: 7
0.69 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.15
16 5 0.15
17 17 0.52
18 6 0.18
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTTTAAAAATTA
Found at i:18959710 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18959661--18959760 Score: 102
Period size: 33 Copynumber: 3.1 Consensus size: 33
18959651 AATTTTAAAA
*
18959661 TTTT-AAAATATTAAAAATTTCAAAAAATATAT
1 TTTTAAAAAAATTAAAAATTTCAAAAAATATAT
* *
18959693 TTTTAAAAAAATTAAAAATTTTAAAGAATATA-
1 TTTTAAAAAAATTAAAAATTTCAAAAAATATAT
* *
18959725 --TAAAAGAAAATTAAAAATTTC-TAAAATAATAT
1 TTTTAAA-AAAATTAAAAATTTCAAAAAAT-ATAT
18959757 TTTT
1 TTTT
18959761 GGATAACTAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 10
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
30 8 0.15
31 17 0.31
32 4 0.07
33 24 0.44
34 1 0.02
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (33 bp):
TTTTAAAAAAATTAAAAATTTCAAAAAATATAT
Found at i:18962400 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18962368--18962421 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
18962358 TTACTCAAAC
18962368 AATTTCA-TTCGACTAGACTTGACTCA
1 AATTTCATTTC-ACTAGACTTGACTCA
* *
18962394 AATTTCATTTCACTATACTTGATTCA
1 AATTTCATTTCACTAGACTTGACTCA
18962420 AA
1 AA
18962422 AAAAAATTTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 22 0.88
27 3 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (26 bp):
AATTTCATTTCACTAGACTTGACTCA
Found at i:18973025 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 18972948--18973025 Score: 120
Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 36
18972938 AATATAATCA
**
18972948 GTCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTTTCT
1 GTCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTCACT
*
18972984 GTCACATGGCATGAAGATCATACCCACATATTCACT
1 GTCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTCACT
*
18973020 TTCACA
1 GTCACA
18973026 ACAGTCATCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 38 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.27, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (36 bp):
GTCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTCACT
Found at i:18973130 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18973095--18973438 Score: 463
Period size: 23 Copynumber: 15.0 Consensus size: 23
18973085 ATCTTAATTC
* *
18973095 TTTAAGCGCAAATCACATAAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
* * *
18973118 TTTAATCATAAATCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
*
18973141 TTAAAGCACAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
18973164 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
*
18973187 TTTAAGCATAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
* *
18973210 TTTGAGCACAAATCACTTTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
*
18973233 TTTAAGTACAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
** * *
18973256 TTTAATTACAAATCACATTATTG
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
* * *
18973279 TTTAAGCACATATCACACTAAAA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
*
18973302 TTTAAGCACAAATCAAATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
*
18973325 TTTAAGCATAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
* * *
18973348 TTTGAGCACAAGTCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
18973371 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
* *
18973394 TTTGAGCACAAATCAGATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATA
*
18973417 TTTAAGCCCAAATCACATTAAT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAAT
18973439 CAAATCATAT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 45, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 276 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.15, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
TTTAAGCACAAATCACATTAATA
Found at i:18973156 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 18973095--18973606 Score: 594
Period size: 46 Copynumber: 11.3 Consensus size: 46
18973085 ATCTTAATTC
* * * *
18973095 TTTAAGCGCAAATCACATAAATATTTAATCATAAATCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* *
18973141 TTAAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* *
18973187 TTTAAGCATAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCACT-TTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCA-TATTAATA
* ** * * *
18973233 TTTAAGTACAAATCACATTAATATTTAATTACAAATCACATTATTG
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* * * *
18973279 TTTAAGCACATATCACACTAAAATTTAAGCACAAATCAAATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* * *
18973325 TTTAAGCATAAATCACATTAATATTTGAGCACAAGTCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* *
18973371 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
*
18973417 TTTAAGCCCAAATCACATT-A-A--T-----CAAATCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* * * * **
18973454 TTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGTGCAAATCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* * * *
18973500 TTTAAGCATAAATGACATTTATATTTGAGCACAAATCATATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* * *
18973546 TTTAAGCATAAATCACATTAATACTTAAGCACAAATCACATTAATA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
* *
18973592 TTTAATCATAAATCA
1 TTTAAGCACAAATCA
18973607 TAAATCATAT
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 55, Indels: 22
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 29 0.07
38 1 0.00
39 1 0.00
41 1 0.00
42 1 0.00
44 1 0.00
45 1 0.00
46 365 0.91
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (46 bp):
TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCATATTAATA
Found at i:18973207 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 18973095--18973606 Score: 601
Period size: 69 Copynumber: 7.6 Consensus size: 69
18973085 ATCTTAATTC
* * * * *
18973095 TTTAAGCGCAAATCACATAAATATTTAATCATAAATCATATTAATATTAAAGCACAAATCACATT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
18973160 AATA
66 AATA
* *
18973164 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCACTTT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
18973229 AATA
66 AATA
* ** * * * * *
18973233 TTTAAGTACAAATCACATTAATATTTAATTACAAATCACATTATTGTTTAAGCACATATCACACT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
*
18973298 AAAA
66 AATA
* * * *
18973302 TTTAAGCACAAATCAAATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTGAGCACAAGTCATATT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
18973367 AATA
66 AATA
* * * *
18973371 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATATTTAAGCCCAAATCACATT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
18973436 -A-A
66 AATA
* * * * ** *
18973438 --T-----CAAATCATATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGTGCAAATCATATT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
18973496 AATA
66 AATA
* * * * * * *
18973500 TTTAAGCATAAATGACATTTATATTTGAGCACAAATCATATTAATATTTAAGCATAAATCACATT
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
18973565 AATA
66 AATA
* *
18973569 CTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAATCATAAATCA
1 TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCA
18973607 TAAATCATAT
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 68, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
60 48 0.13
61 1 0.00
62 1 0.00
64 1 0.00
65 1 0.00
67 1 0.00
68 1 0.00
69 312 0.85
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (69 bp):
TTTAAGCACAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTAAGCACAAATCACATT
AATA
Found at i:18973452 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 18973402--18973475 Score: 103
Period size: 37 Copynumber: 2.0 Consensus size: 37
18973392 TATTTGAGCA
* * *
18973402 CAAATCAGATTAATATTTAAGCCCAAATCACATTAAT
1 CAAATCAGATTAATATTAAAGCACAAATCAAATTAAT
* *
18973439 CAAATCATATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAAT
1 CAAATCAGATTAATATTAAAGCACAAATCAAATTAAT
18973476 ATTTGAGTGC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.15, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (37 bp):
CAAATCAGATTAATATTAAAGCACAAATCAAATTAAT
Found at i:18973467 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18973440--18973608 Score: 194
Period size: 23 Copynumber: 7.3 Consensus size: 23
18973430 CACATTAATC
*
18973440 AAATCATATTAATATTAAAGCAT
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
* * ***
18973463 AAATCAAATTAATATTTGAGTGC
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
18973486 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
* * * * *
18973509 AAATGACATTTATATTTGAGCAC
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
18973532 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
* * *
18973555 AAATCACATTAATACTTAAGCAC
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
* *
18973578 AAATCACATTAATATTTAATCAT
1 AAATCATATTAATATTTAAGCAT
18973601 AAATCATA
1 AAATCATA
18973609 AATCATATAT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 28, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 118 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
AAATCATATTAATATTTAAGCAT
Found at i:18973474 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 18973379--18973498 Score: 159
Period size: 60 Copynumber: 2.0 Consensus size: 60
18973369 TATTTAAGCA
** *
18973379 CAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATATTTAAGCCCAAATCACATTAAT
1 CAAATCACATTAATATTAAAGCACAAATCAAATTAATATTTAAGCCCAAATCACATTAAT
* * * ** *
18973439 CAAATCATATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGTGCAAATCATATTAAT
1 CAAATCACATTAATATTAAAGCACAAATCAAATTAATATTTAAGCCCAAATCACATTAAT
18973499 ATTTAAGCAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 51 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.14, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (60 bp):
CAAATCACATTAATATTAAAGCACAAATCAAATTAATATTTAAGCCCAAATCACATTAAT
Found at i:18973543 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 18973310--18973567 Score: 408
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
18973300 AATTTAAGCA
* * *
18973310 CAAATCAAATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATATTTGAGCACAAGTCATATTAATATTTA
1 CAAATCAAATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGCACAAATCATATTAATATTTA
*
18973375 AGCACAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATATTTAAGCCCAAATCACATTAAT
66 AGCACAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAAT
* **
18973439 CAAATCATATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGTGCAAATCATATTAATATTTA
1 CAAATCAAATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGCACAAATCATATTAATATTTA
* * * * *
18973504 AGCATAAATGACATTTATATTTGAGCACAAATCATATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAAT
66 AGCACAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAAT
18973568 ACTTAAGCAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 12, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
129 117 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (129 bp):
CAAATCAAATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGCACAAATCATATTAATATTTA
AGCACAAATCACATTAATATTTGAGCACAAATCAGATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAAT
Found at i:18973607 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 18973439--18973632 Score: 208
Period size: 69 Copynumber: 2.7 Consensus size: 69
18973429 TCACATTAAT
* * * * ** * *
18973439 CAAATCATATTAATATTAAAGCATAAATCAAATTAATATTTGAGTGCAAATCATATTAATATTTA
1 CAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCATATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAATACTTA
18973504 AGCA
66 AGCA
* * * * * *
18973508 TAAATGACATTTATATTTGAGCACAAATCATATTAATATTTAAGCATAAATCACATTAATACTTA
1 CAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCATATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAATACTTA
18973573 AGCA
66 AGCA
*
18973577 CAAATCACATTAATATTTAATCATAAATCATAAATCATATATATTTAAGCACAAAT
1 CAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCAT--AT--TA-ATATTTAAGCACAAAT
18973633 ATAAGAACAC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 21, Indels: 5
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
69 80 0.81
71 2 0.02
73 2 0.02
74 15 0.15
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (69 bp):
CAAATCACATTAATATTTAAGCATAAATCATATTAATATTTAAGCACAAATCACATTAATACTTA
AGCA
Found at i:18981289 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18981253--18981306 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
18981243 ATTTTTTTTT
18981253 TTTGAATCAAGTATAGT-GAAATGAAA
1 TTTGAATCAAGTATAGTCG-AATGAAA
* *
18981279 TTTGAGTCAAGTCTAGTCGAATGAAA
1 TTTGAATCAAGTATAGTCGAATGAAA
18981305 TT
1 TT
18981307 GTTTGAGTTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 24 0.96
27 1 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (26 bp):
TTTGAATCAAGTATAGTCGAATGAAA
Found at i:18983987 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18983926--18984016 Score: 91
Period size: 34 Copynumber: 2.8 Consensus size: 33
18983916 AAAATATTAT
*
18983926 TTTAGAAATTTTTAATTTTCTTT---TATATATTC
1 TTTA-AAATTTTTAATTTT-TTTAAAAATATATTC
*
18983958 TTTAAAATTTTTAATTTTTTTAAAAATATATTT
1 TTTAAAATTTTTAATTTTTTTAAAAATATATTC
*
18983991 TTTGAAAATTTATTAA-TATTTTAAAA
1 TTT-AAAATTT-TTAATTTTTTTAAAA
18984017 TTTTAAAATT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 8
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.06
31 14 0.27
32 4 0.08
33 10 0.20
34 16 0.31
35 4 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.02, T:0.58
Consensus pattern (33 bp):
TTTAAAATTTTTAATTTTTTTAAAAATATATTC
Found at i:18984011 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18983985--18984061 Score: 69
Period size: 21 Copynumber: 3.9 Consensus size: 21
18983975 TTTTAAAAAT
18983985 ATATT-TTTTGAAAATTTATT-
1 ATATTATTTTGAAAATTT-TTA
18984005 A-A-TATTTT-AAAA-TTTTA
1 ATATTATTTTGAAAATTTTTA
* *
18984022 AAATTATTTTGAAAGTTTTTA
1 ATATTATTTTGAAAATTTTTA
18984043 A-AGTTATTTTGAAAATTTT
1 ATA-TTATTTTGAAAATTTT
18984062 CTGTTGAAAG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 13
0.76 0.03 0.21
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.04
17 3 0.06
18 6 0.12
19 11 0.23
20 5 0.10
21 21 0.44
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (21 bp):
ATATTATTTTGAAAATTTTTA
Found at i:18986142 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18986113--18986154 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18986103 GATACCCGAT
*
18986113 AAAATGTATCAATACCTTTTG
1 AAAAGGTATCAATACCTTTTG
*
18986134 AAAAGGTATCGATACCTTTTG
1 AAAAGGTATCAATACCTTTTG
18986155 TCATTGTTTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGGTATCAATACCTTTTG
Found at i:18986522 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 18986477--18986539 Score: 83
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
18986467 TAGATTGCTC
*
18986477 CCCCTTAATAAAAGA-CATTTTGAATTTAAGCT
1 CCCCTTAATAAAA-ATCATTTTCAATTTAAGCT
*
18986509 CCCCTTATCTAAAAATCATTTTCAATTTAAG
1 CCCCTTA-ATAAAAATCATTTTCAATTTAAG
18986540 GCATAAAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 8 0.30
33 19 0.70
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.06, T:0.37
Consensus pattern (32 bp):
CCCCTTAATAAAAATCATTTTCAATTTAAGCT
Found at i:18989922 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 18989914--18989958 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 14.7 Consensus size: 3
18989904 TTCTATCGTC
*
18989914 TCT TCT TC- TCC TCT TCCT TCT TCCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
1 TCT TCT TCT TCT TCT T-CT TCT T-CT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
18989959 AAATCCTTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.13
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 30 0.79
4 6 0.16
ACGTcount: A:0.00, C:0.40, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:18989943 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18989915--18989958 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
18989905 TCTATCGTCT
18989915 CTTCTTC-TCCTCTTCCTTCTTC
1 CTTCTTCTTCCTCTT-CTTCTTC
*
18989937 CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC
1 CTTCTTCTTCCTCTTCTTCTTC
18989959 AAATCCTTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.70
23 6 0.30
ACGTcount: A:0.00, C:0.41, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (22 bp):
CTTCTTCTTCCTCTTCTTCTTC
Found at i:18993634 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18993610--18993650 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
18993600 AAATCAGGAA
18993610 ATAA-TATTTCAAAAAATAAAT
1 ATAATTATTTCAAAAAATAAAT
* *
18993631 ATAATTTTTTTAAAAAATAA
1 ATAATTATTTCAAAAAATAA
18993651 TTTTTTGGTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.24
22 13 0.76
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
ATAATTATTTCAAAAAATAAAT
Found at i:18998618 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 18998610--18998685 Score: 100
Period size: 3 Copynumber: 25.3 Consensus size: 3
18998600 TTATATCGTC
* *
18998610 TCT TCT TC- TCC TCT TCCT TCT TCT TCT TCT TCT TTT TCT TCT TCT
1 TCT TCT TCT TCT TCT T-CT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT
* *
18998655 TCT TCT TCT TAT TCT ACT TCT TCT TCT TCT T
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
18998686 TAAATCCCTA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 4
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
3 59 0.92
4 3 0.05
ACGTcount: A:0.03, C:0.33, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:19005832 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19005802--19005861 Score: 93
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
19005792 GCAACTTCGA
*
19005802 GTATCGATACCTGCTAAAAGG
1 GTATCTATACCTGCTAAAAGG
* *
19005823 GTATCTATACATGCCAAAAGG
1 GTATCTATACCTGCTAAAAGG
19005844 GTATCTATACCTGCTAAA
1 GTATCTATACCTGCTAAA
19005862 TTAATTTATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 34 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
GTATCTATACCTGCTAAAAGG
Found at i:19005885 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19005877--19005911 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
19005867 TTATATTGTC
19005877 TCT TCT TCT TC- TCT TCCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
1 TCT TCT TCT TCT TCT T-CT TCT TCT TCT TCT TCT TC
19005912 AAATCCTTAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
3 25 0.83
4 3 0.10
ACGTcount: A:0.00, C:0.37, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:19015423 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 19015408--19015457 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12
19015398 GAAGGTGATC
*
19015408 AAGAGAAGGATG
1 AAGAGAAGGAAG
* *
19015420 AAGAAAAAGAAG
1 AAGAGAAGGAAG
19015432 AAG-GAAAGGAAG
1 AAGAG-AAGGAAG
19015444 AAGAGAAGGAAG
1 AAGAGAAGGAAG
19015456 AA
1 AA
19015458 ACTGAACCTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
12 30 0.97
13 1 0.03
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.36, T:0.02
Consensus pattern (12 bp):
AAGAGAAGGAAG
Found at i:19019561 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19019537--19019588 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
19019527 TTATCAAAAA
* *
19019537 TTTCTTTCTTTTTTTCCTT
1 TTTCTTTCTTTTTCTCATT
*
19019556 TTTCTTCCTTTTTCTCATT
1 TTTCTTTCTTTTTCTCATT
*
19019575 TTTTTTTCTTTTTC
1 TTTCTTTCTTTTTC
19019589 AAATGACTGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 28 1.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.21, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (19 bp):
TTTCTTTCTTTTTCTCATT
Found at i:19019563 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 19019537--19019588 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 5.4 Consensus size: 10
19019527 TTATCAAAAA
*
19019537 TTTCTTTCTT
1 TTTCTTCCTT
19019547 TTT-TTCCTT
1 TTTCTTCCTT
19019556 TTTCTTCCTT
1 TTTCTTCCTT
*
19019566 TTTC-TCATT
1 TTTCTTCCTT
* *
19019575 TTTTTTTCTT
1 TTTCTTCCTT
19019585 TTTC
1 TTTC
19019589 AAATGACTGA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 4
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
9 15 0.44
10 19 0.56
ACGTcount: A:0.02, C:0.21, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (10 bp):
TTTCTTCCTT
Found at i:19032290 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19032260--19032299 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 3.7 Consensus size: 11
19032250 TTATATTTAA
19032260 AAAATAATTTT
1 AAAATAATTTT
*
19032271 AAATTAATTTT
1 AAAATAATTTT
*
19032282 AAAAT-ATTTA
1 AAAATAATTTT
19032292 AAAATAAT
1 AAAATAAT
19032300 AATTAATTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.36
11 16 0.64
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (11 bp):
AAAATAATTTT
Found at i:19035977 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19035927--19035978 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19035917 TTTAGAAAAA
*
19035927 AATTTATTTTTAACTTTCTTT
1 AATTTATTTTTAAATTTCTTT
* *
19035948 TATATATTCTTTAAATTT-TTAT
1 AATTTATT-TTTAAATTTCTT-T
19035970 AATTTATTT
1 AATTTATTT
19035979 AAAAATATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 4
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.38
22 15 0.62
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (21 bp):
AATTTATTTTTAAATTTCTTT
Found at i:19036012 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19035960--19036036 Score: 86
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
19035950 TATATTCTTT
*
19035960 AAATTTTTATAATTTATTTAAAAATAT-AAATTTTG
1 AAATTTTTATAA-TTATTTAAAAATATAAAATTTTA
* * *
19035995 AAATTTTTATTAA-TATTTTAATATTTAAAATTTTA
1 AAATTTTTA-TAATTATTTAAAAATATAAAATTTTA
19036030 AAATTTT
1 AAATTTT
19036037 AAAATTTTAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 10 0.28
35 23 0.64
36 3 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (35 bp):
AAATTTTTATAATTATTTAAAAATATAAAATTTTA
Found at i:19036027 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 19036004--19036051 Score: 69
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
19035994 GAAATTTTTA
* *
19036004 TTAATATTTTAATAT
1 TTAAAATTTTAAAAT
19036019 TTAAAATTTTAAAATT
1 TTAAAATTTTAAAA-T
19036035 TTAAAATTTTAAAAT
1 TTAAAATTTTAAAAT
19036050 TT
1 TT
19036052 TTAAAAATTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 15 0.50
16 15 0.50
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (15 bp):
TTAAAATTTTAAAAT
Found at i:19036055 original size:9 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19036004--19036057 Score: 74
Period size: 8 Copynumber: 6.8 Consensus size: 8
19035994 GAAATTTTTA
*
19036004 TTAATATT
1 TTAAAATT
*
19036012 TTAATA-T
1 TTAAAATT
19036019 TTAAAATT
1 TTAAAATT
19036027 TTAAAATT
1 TTAAAATT
19036035 TTAAAATT
1 TTAAAATT
19036043 TTAAAATTT
1 TTAAAA-TT
19036052 TTAAAA
1 TTAAAA
19036058 ATTATTTTGA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 3
0.91 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.14
8 29 0.67
9 8 0.19
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (8 bp):
TTAAAATT
Found at i:19039388 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 19039370--19039395 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
19039360 CTTAGATGAG
19039370 TTCCTGCACTGAC
1 TTCCTGCACTGAC
19039383 TTCCTGCACTGAC
1 TTCCTGCACTGAC
19039396 AATTCTAAGG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.38, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
TTCCTGCACTGAC
Found at i:19052610 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19052580--19052619 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 3.7 Consensus size: 11
19052570 TTATATTTAA
19052580 AAAATAATTTT
1 AAAATAATTTT
*
19052591 AAATTAATTTT
1 AAAATAATTTT
*
19052602 AAAAT-ATTTA
1 AAAATAATTTT
19052612 AAAATAAT
1 AAAATAAT
19052620 AATTAATTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.36
11 16 0.64
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (11 bp):
AAAATAATTTT
Found at i:19056297 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19056247--19056298 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19056237 TTTAGAAAAA
*
19056247 AATTTATTTTTAACTTTCTTT
1 AATTTATTTTTAAATTTCTTT
* *
19056268 TATATATTCTTTAAATTT-TTAT
1 AATTTATT-TTTAAATTTCTT-T
19056290 AATTTATTT
1 AATTTATTT
19056299 AAAAATATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 4
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.38
22 15 0.62
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (21 bp):
AATTTATTTTTAAATTTCTTT
Found at i:19056335 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19056324--19056378 Score: 83
Period size: 8 Copynumber: 6.8 Consensus size: 8
19056314 GAAATTTTTA
*
19056324 TTAATATT
1 TTAAAATT
*
19056332 TTAATATT
1 TTAAAATT
19056340 TTAAAATT
1 TTAAAATT
19056348 TTAAAATT
1 TTAAAATT
19056356 TTAAAATT
1 TTAAAATT
19056364 TTAAAATTT
1 TTAAAA-TT
19056373 TTAAAA
1 TTAAAA
19056379 ATTATTTTGA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 1
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
8 37 0.82
9 8 0.18
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (8 bp):
TTAAAATT
Found at i:19066764 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19066678--19066868 Score: 186
Period size: 41 Copynumber: 4.7 Consensus size: 41
19066668 GAAAGCGTCA
* * * * *
19066678 CTAATGCTCTAACTTTTAGCTGCACTTCCTCATAA-ACGTCG
1 CTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTCCTCATAAGA-GCCG
* * * * * * *
19066719 CTAATACTCTGATCTTTAGCGGTGCTCCCTCTTAAGCGCCA
1 CTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTCCTCATAAGAGCCG
* ** *
19066760 CTAATGGTCTGACCTTTAATGGCGCTTACTCATAAGAGCCG
1 CTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTCCTCATAAGAGCCG
** *
19066801 CTAATGCAATGACCTTTAGCGGCGCTTCTTCATAAGAGCCG
1 CTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTCCTCATAAGAGCCG
*
19066842 CTAATGCTCTGATCTTTAGCGGCGCTT
1 CTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTT
19066869 AATGTTCTGA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 33, Indels: 2
0.77 0.22 0.01
Matches are distributed among these distances:
41 116 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (41 bp):
CTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTCCTCATAAGAGCCG
Found at i:19066925 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19066867--19066944 Score: 111
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
19066857 TTAGCGGCGC
* * * **
19066867 TTAATGTTCTGATCTTTAGTTGCGCTTCCTCATAAGCGTCG
1 TTAATGGTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGCGTCG
19066908 TTAATGGTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGC
1 TTAATGGTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGC
19066945 ACCACTAATG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 32 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (41 bp):
TTAATGGTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGCGTCG
Found at i:19066954 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19066868--19066968 Score: 103
Period size: 41 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41
19066858 TAGCGGCGCT
* * * ** ** **
19066868 TAATGTTCTGATCTTTAGTTGCGCTTCCTCATAAGCGTCGT
1 TAATGCTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGCACCAC
*
19066909 TAATGGTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGCACCAC
1 TAATGCTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGCACCAC
*
19066950 TAATGCTATGACCTTTAGC
1 TAATGCTCTGACCTTTAGC
19066969 GGCGTTTATT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 11, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 49 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.25, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (41 bp):
TAATGCTCTGACCTTTAGCTGAACTTCCTCATAAGCACCAC
Found at i:19067053 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 19066960--19067053 Score: 145
Period size: 40 Copynumber: 2.4 Consensus size: 39
19066950 TAATGCTATG
19066960 ACCTTTAGCGGCGTTTATTGAAAAGCGCCGCTATTGCTTT
1 ACCTTTAGCGGCGTTTATTGAAAAGCGCCGC-ATTGCTTT
* *
19067000 ACCTTTAGCGACGTTTATTGAAAAGCGTCGC-TTGCTTT
1 ACCTTTAGCGGCGTTTATTGAAAAGCGCCGCATTGCTTT
*
19067038 ACCTTTTGCGGCGTTT
1 ACCTTTAGCGGCGTTT
19067054 TCTTTCCAAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 21 0.42
40 29 0.58
ACGTcount: A:0.18, C:0.22, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (39 bp):
ACCTTTAGCGGCGTTTATTGAAAAGCGCCGCATTGCTTT
Found at i:19069596 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19069569--19069619 Score: 66
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
19069559 ATAATATAAA
19069569 TATTAAAATATTATTATT
1 TATT-AAATATTATTATT
19069587 TATTATAATATTATTATT
1 TATTA-AATATTATTATT
*
19069605 AATTAATATATTATT
1 TATTAA-ATATTATT
19069620 TGAAAACATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.07
18 28 0.93
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (17 bp):
TATTAAATATTATTATT
Found at i:19069597 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 19069557--19069620 Score: 85
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
19069547 GCTTTATATT
19069557 TTATAATATAAATATTAA-AATATTATTATTTA
1 TTATAATATAAATATTAATAATA-TATTATTTA
* *
19069589 TTATAATATTATTATTAATTAATATATTATTT
1 TTATAATATAAATATTAA-TAATATATTATTT
19069621 GAAAACATAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 16 0.57
33 8 0.29
34 4 0.14
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (32 bp):
TTATAATATAAATATTAATAATATATTATTTA
Found at i:19069603 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19069577--19069619 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
19069567 AATATTAAAA
* *
19069577 TATTATTATTTATTATAATAT
1 TATTATTAATTAATATAATAT
*
19069598 TATTATTAATTAATATATTAT
1 TATTATTAATTAATATAATAT
19069619 T
1 T
19069620 TGAAAACATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (21 bp):
TATTATTAATTAATATAATAT
Found at i:19073336 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19073283--19073328 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
19073273 GTTGGATCCA
19073283 AATTAAAATCTAAAAAGATAATTAG
1 AATTAAAATCTAAAAAGATAATTAG
*
19073308 AATT-AAATCTAAACA-ATAATT
1 AATTAAAATCTAAAAAGATAATT
19073329 CCGCAATTGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
24 10 0.50
25 4 0.20
ACGTcount: A:0.59, C:0.07, G:0.04, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
AATTAAAATCTAAAAAGATAATTAG
Found at i:19075343 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 19075328--19075373 Score: 53
Period size: 6 Copynumber: 8.0 Consensus size: 6
19075318 GCATAATTAA
*
19075328 AAAAATT AAAAAT -AAAAT -AAAAT -AAAAT AAAACT AAAAAT AAAAAT
1 AAAAA-T AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT
19075374 GAAATAAATA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 3
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
5 15 0.42
6 16 0.44
7 5 0.14
ACGTcount: A:0.78, C:0.02, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (6 bp):
AAAAAT
Found at i:19075346 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 19075336--19075385 Score: 57
Period size: 5 Copynumber: 9.6 Consensus size: 5
19075326 AAAAAAATTA
*
19075336 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAACT AAAAAT AAAAAT GAAAT -AAAT
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAA-T -AAAAT -AAAAT AAAAT AAAAT
19075383 AAA
1 AAA
19075386 CTAATTTCTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 6
0.85 0.02 0.12
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.10
5 25 0.61
6 8 0.20
7 4 0.10
ACGTcount: A:0.78, C:0.02, G:0.02, T:0.18
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:19075359 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 19075325--19075389 Score: 82
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
19075315 AGTGCATAAT
*
19075325 TAAA-AAAATTAAAAAT-AAAATAAAA
1 TAAATAAAACTAAAAATAAAAATAAAA
*
19075350 TAAAATAAAACTAAAAATAAAAATGAAA
1 T-AAATAAAACTAAAAATAAAAATAAAA
19075378 TAAAT-AAACTAA
1 TAAATAAAACTAA
19075390 TTTCTTTTTG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 5
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.03
26 10 0.29
27 15 0.43
28 9 0.26
ACGTcount: A:0.75, C:0.03, G:0.02, T:0.20
Consensus pattern (27 bp):
TAAATAAAACTAAAAATAAAAATAAAA
Found at i:19075419 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19075403--19075451 Score: 71
Period size: 11 Copynumber: 4.4 Consensus size: 11
19075393 CTTTTTGAAC
19075403 TTTTCAATTTT
1 TTTTCAATTTT
*
19075414 TTTTCAAACTTT
1 TTTTC-AATTTT
*
19075426 TTTTAAATTTT
1 TTTTCAATTTT
19075437 TTTTCAATTTT
1 TTTTCAATTTT
19075448 TTTT
1 TTTT
19075452 AAAAAAAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 24 0.73
12 9 0.27
ACGTcount: A:0.20, C:0.08, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (11 bp):
TTTTCAATTTT
Found at i:19075436 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19075403--19075454 Score: 77
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
19075393 CTTTTTGAAC
*
19075403 TTTTCAATTTTTTTTCAAACTTT
1 TTTTAAATTTTTTTTC-AACTTT
*
19075426 TTTTAAATTTTTTTTCAATTTT
1 TTTTAAATTTTTTTTCAACTTT
19075448 TTTTAAA
1 TTTTAAA
19075455 AAAAAATGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.44
23 15 0.56
ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAAATTTTTTTTCAACTTT
Found at i:19079447 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19079394--19079439 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
19079384 TTGGGATCCA
19079394 AATTAAAATCTAAAAAGATAATTAG
1 AATTAAAATCTAAAAAGATAATTAG
*
19079419 AATT-AAATCTAAACA-ATAATT
1 AATTAAAATCTAAAAAGATAATT
19079440 CCGTAATTGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
24 10 0.50
25 4 0.20
ACGTcount: A:0.59, C:0.07, G:0.04, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
AATTAAAATCTAAAAAGATAATTAG
Found at i:19089252 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19089227--19089274 Score: 62
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
19089217 CCACAATAAA
*
19089227 CAAAGAAACTC-ATGATAATCTT
1 CAAAGAAA-TCAATGAAAATCTT
19089249 CAAAGAAATCAAATGAAAATCTT
1 CAAAGAAATC-AATGAAAATCTT
19089272 CAA
1 CAA
19089275 TCTTAATTGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.09
22 8 0.35
23 13 0.57
ACGTcount: A:0.52, C:0.17, G:0.08, T:0.23
Consensus pattern (22 bp):
CAAAGAAATCAATGAAAATCTT
Found at i:19090936 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19090928--19090961 Score: 61
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
19090918 ATACTAAGCC
19090928 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA -AA TAA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
19090962 TACTAACACT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
3 28 0.93
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:19096327 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19096308--19096345 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
19096298 ACATCTCAAC
19096308 TCTTTTCT-TTT-TGTTT
1 TCTTTTCTATTTGTGTTT
19096324 TCTTTTCTATTTGTGTTT
1 TCTTTTCTATTTGTGTTT
19096342 TCTT
1 TCTT
19096346 CTATTAAACC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.40
17 3 0.15
18 9 0.45
ACGTcount: A:0.03, C:0.13, G:0.08, T:0.76
Consensus pattern (18 bp):
TCTTTTCTATTTGTGTTT
Found at i:19099731 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19099698--19099760 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
19099688 CATTAAATTA
*
19099698 CAATGACAAATGGAAATG
1 CAATGAC-AATGCAAATG
19099716 CAATGACAATGCAAATG
1 CAATGACAATGCAAATG
* *
19099733 CAGTGACAAT-TAAAGTG
1 CAATGACAATGCAAA-TG
*
19099750 TAATGACAATG
1 CAATGACAATG
19099761 GGAATGTGTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 4
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.08
17 28 0.74
18 7 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
CAATGACAATGCAAATG
Found at i:19109123 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19109097--19109723 Score: 779
Period size: 23 Copynumber: 27.0 Consensus size: 23
19109087 ATGATTGGAA
* *
19109097 ATTAATGTGATTTTTGCTTAAGT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109120 ATTAATGTGATTTATACTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109143 ATTAATATGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109166 ATAAATGTGATTTGTGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109189 ATTAATATGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* * *
19109212 ATTAATGTTATTTATGTTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109235 ATTAATATGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* * ** *
19109258 ATTTATATGATTTATGATTTATGATTGGAA
1 A-TTA-ATG-----TGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109288 ATTAATGTGATTTTTGCTTAAGT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109311 ATTAATGTGATTTATACTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109334 ATTAATATGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
19109357 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109380 ATTAATATGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109403 ATTAATGTGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109426 ATTGATGTGATTTGTTCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109449 ATTAATATGATTTGTGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109472 ATTAATGTGATTTATGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109495 ATTAATTTGATTTGTG-TTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTT-AAAT
* *
19109518 ATTAATGTGATTTATGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
19109541 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109564 ATTAATGTGATTTGTGTTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109587 ATTAATATGATTTGTGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* *
19109610 ATTAATGTGATTTATGCTCAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
19109633 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
19109656 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
* * *
19109679 ATTAATATGATTTATGATTAAAT
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
*
19109702 ATTAATGTGATTTGTTCTTAAA
1 ATTAATGTGATTTGTGCTTAAA
19109724 GAATTAAGAT
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 80, Indels: 18
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.00
23 490 0.95
24 4 0.01
25 2 0.00
28 3 0.01
29 3 0.01
30 11 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.14, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
ATTAATGTGATTTGTGCTTAAAT
Found at i:19116444 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 19116427--19116452 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
19116417 TAGTGACGTC
19116427 TTTTTTGAAGTT
1 TTTTTTGAAGTT
19116439 TTTTTTGAAGTT
1 TTTTTTGAAGTT
19116451 TT
1 TT
19116453 AGAGGTGAAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.15, T:0.69
Consensus pattern (12 bp):
TTTTTTGAAGTT
Found at i:19124906 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19124881--19124947 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 4.0 Consensus size: 16
19124871 TTCAATTTCG
*
19124881 CATTTAAAATTATTAA
1 CATTTTAAATTATTAA
19124897 CATTTTAAATT-TTGAA
1 CATTTTAAATTATT-AA
19124913 -ATTTTGAAATTTTTATTAA
1 CATTTT-AAA---TTATTAA
*
19124932 CATTTTAAATTTTTAA
1 CATTTTAAATTATTAA
19124948 AAATATTTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 14
0.72 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.17
16 21 0.50
19 7 0.17
20 7 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
CATTTTAAATTATTAA
Found at i:19124955 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19124898--19124982 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 4.5 Consensus size: 19
19124888 AATTATTAAC
*
19124898 ATTTTAAA-TTTT-GAAAT
1 ATTTTAAATTTTTAAAAAT
* ** *
19124915 -TTTGAAATTTTTATTAAC
1 ATTTTAAATTTTTAAAAAT
19124933 ATTTTAAATTTTTAAAAAT
1 ATTTTAAATTTTTAAAAAT
* *
19124952 ATTTTAAAACTTTTGAAAATT
1 ATTTT-AAA-TTTTTAAAAAT
19124973 ATTTTAAATT
1 ATTTTAAATT
19124983 ATTTTGTTAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 10, Indels: 8
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.11
17 4 0.08
18 2 0.04
19 21 0.40
20 6 0.11
21 14 0.26
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTAAATTTTTAAAAAT
Found at i:19124970 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19124933--19124980 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
19124923 TTTTATTAAC
*
19124933 ATTTT-AAATTTTTAAAAA-T
1 ATTTTAAAACTTTTAAAAATT
*
19124952 ATTTTAAAACTTTTGAAAATT
1 ATTTTAAAACTTTTAAAAATT
19124973 ATTTTAAA
1 ATTTTAAA
19124981 TTATTTTGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.20
20 11 0.44
21 9 0.36
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTAAAACTTTTAAAAATT
Found at i:19124970 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19124933--19124980 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
19124923 TTTTATTAAC
*
19124933 ATTTT-AAATTTTTAAAAAT
1 ATTTTAAAATTTTGAAAAAT
*
19124952 ATTTTAAAACTTTTGAAAATT
1 ATTTTAAAA-TTTTGAAAAAT
19124973 ATTTTAAA
1 ATTTTAAA
19124981 TTATTTTGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.20
20 3 0.12
21 17 0.68
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTAAAATTTTGAAAAAT
Found at i:19125461 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 19125423--19125482 Score: 102
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
19125413 TTTAATTTTA
* *
19125423 TCAATTTTAATCTTTGTACTTTTCAAATTGG
1 TCAATTTTAATCATTGCACTTTTCAAATTGG
19125454 TCAATTTTAATCATTGCACTTTTCAAATT
1 TCAATTTTAATCATTGCACTTTTCAAATT
19125483 TTATTTTTAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 27 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (31 bp):
TCAATTTTAATCATTGCACTTTTCAAATTGG
Found at i:19126766 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 19126531--19126927 Score: 661
Period size: 129 Copynumber: 3.1 Consensus size: 129
19126521 TTATGCGAAA
* * *
19126531 AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAGAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTT
1 AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAGCGCCGCTGAAGGCTATGTT
* * * * * * *
19126596 CTTCAACGGCGC-TTCATCCAAAAGCGCCGCGGAAGGCCATGTTCTTCAGCGGCGCTTTTTCCAC
66 CTTTAGCGGCGCTTTC-TCTAGAAGCGCCGCTGAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
*
19126660 AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAACGCCGCTGAAGGCTATGTT
1 AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAGCGCCGCTGAAGGCTATGTT
*
19126725 CTTTAGCGGCGCTTTCTCTGGAAGCGCCGCTGAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
66 CTTTAGCGGCGCTTTCTCTAGAAGCGCCGCTGAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
19126789 AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAGCGCCGCTGAAGGCTATGTT
1 AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAGCGCCGCTGAAGGCTATGTT
*
19126854 CTTTAGCGGCGCTTTCTCTAGAAGCGCCGCTAAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
66 CTTTAGCGGCGCTTTCTCTAGAAGCGCCGCTGAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
19126918 AAGCGCCGCT
1 AAGCGCCGCT
19126928 AATATAACAG
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 15, Indels: 2
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
129 249 0.99
130 3 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (129 bp):
AAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCCAAAAGCGCCGCTGAAGGCTATGTT
CTTTAGCGGCGCTTTCTCTAGAAGCGCCGCTGAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
Found at i:19126929 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19126529--19126927 Score: 566
Period size: 43 Copynumber: 9.3 Consensus size: 43
19126519 GTTTATGCGA
19126529 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
* * *
19126572 AGAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTCAACGGCGC-TTCATCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTC-TCC
* * *
19126615 AAAAGCGCCGCGGAAGGCCATGTTCTTCAGCGGCGCTTTTTCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
* *
19126658 ACAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
* * *
19126701 AAAAACGCCGCTGAAGGCTATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCT
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
** * *
19126744 GGAAGCGCCGCTGAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
* *
19126787 ACAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTCCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
* *
19126830 AAAAGCGCCGCTGAAGGCTATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCT
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
* * * *
19126873 AGAAGCGCCGCTAAAGGACATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTCC
1 AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
*
19126916 ACAAGCGCCGCT
1 AAAAGCGCCGCT
19126928 AATATAACAG
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 40, Indels: 4
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.01
43 309 0.98
44 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.30, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
AAAAGCGCCGCTGAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCC
Found at i:19127258 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 19127242--19127279 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
19127232 TTCCTTCGCT
19127242 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
19127253 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
19127262 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
19127274 TGCCTC
1 TGCCTC
19127280 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.08
10 7 0.29
11 13 0.54
12 2 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:19127275 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19127228--19127280 Score: 88
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
19127218 CTTGTAGCCT
* *
19127228 CTGCTTCCTTCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
19127249 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
19127270 CTGCTGCCTCC
1 CTGCTGCCTCC
19127281 ACTTTAAGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 30 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
Found at i:19127382 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 19127276--19127423 Score: 208
Period size: 66 Copynumber: 2.2 Consensus size: 66
19127266 CTCGCTGCTG
* *
19127276 CCTCCACTTTAAGTTGTATGTGGAGTTCTTCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCCCTCACTGCA
1 CCTCCTCTTTAAGTTGTATGTGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCCCTCACTGCA
19127341 A
66 A
* * * **
19127342 CCTCCTCTTTAAGTTTTA-GATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGCCTCTGCTTCTCTCGTTGC
1 CCTCCTCTTTAAGTTGTATG-TGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCCCTCACTGC
*
19127406 AG
65 AA
19127408 CCTCCTCTTTAAGTTG
1 CCTCCTCTTTAAGTTG
19127424 AGCAATTTGC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 9, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 1 0.01
66 71 0.99
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.16, T:0.44
Consensus pattern (66 bp):
CCTCCTCTTTAAGTTGTATGTGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCCCTCACTGCA
A
Found at i:19132853 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 19132823--19132952 Score: 142
Period size: 26 Copynumber: 5.0 Consensus size: 26
19132813 ATAAATTATG
19132823 GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
1 GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
19132849 GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
1 GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
* * *
19132875 GTTACTTTAATATAAATAAATTATGA
1 GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
* *
19132901 -TTAAATCTTT--TA-ACTTAATATAATCA
1 GTT--A-CTTTAATATAATTAA-ATAATTA
*
19132927 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
1 GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
19132953 AATCTTTTAA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 9, Indels: 16
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.05
25 7 0.08
26 64 0.74
27 8 0.09
28 4 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (26 bp):
GTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
Found at i:19133080 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 19133027--19133225 Score: 301
Period size: 49 Copynumber: 4.1 Consensus size: 49
19133017 ATTAAATAAT
* * *
19133027 TTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* * * *
19133076 TTAATATACTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT-ATTTAAT
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* * *
19133124 TTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
19133173 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
19133222 TTAA
1 TTAA
19133226 ATATTTAACT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 14, Indels: 2
0.89 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
48 43 0.32
49 92 0.68
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (49 bp):
TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
Found at i:19133117 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19133017--19134490 Score: 122
Period size: 18 Copynumber: 85.8 Consensus size: 18
19133007 ATTAAACATG
19133017 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133035 ATCATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133053 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133068 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133084 CTTATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133102 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133117 ATT---TAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** * *
19133132 ATTATTTACTTTAGTATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
*
19133150 ATTAAATGA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133165 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133181 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
19133199 ATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 ATTAAATAATTTAA---TATA
*
19133220 ACTTAAAT-ATTTAA-CTA
1 A-TTAAATAATTTAATATA
** *
19133237 A-TCGATAGTGTT--TATA
1 ATTAAATAAT-TTAATATA
* *
19133253 ATTAAATACATAATTAAACATG
1 ATTAAATA-AT--TT-AATATA
19133275 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133293 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133308 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
**
19133324 ATTATTTAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** * *
19133342 ATTATTTACTTTAGTATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
*
19133360 ATTAAATGA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133375 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133391 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
19133409 ATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 ATTAAATAATTTAA---TATA
*
19133430 ACTTAAAT-ATTTAA-CTA
1 A-TTAAATAATTTAATATA
** *
19133447 A-TCGATAGTGTT--TATA
1 ATTAAATAAT-TTAATATA
* *
19133463 ATTAAATACATAATTAAACATG
1 ATTAAATA-AT--TT-AATATA
19133485 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133503 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133518 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
**
19133534 ATTATTTAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** * *
19133552 ATTATTTACTTTAGTATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
*
19133570 ATTAAATGA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133585 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133601 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
19133619 ATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 ATTAAATAATTTAA---TATA
*
19133640 ACTTAAAT-ATTTAA-CTA
1 A-TTAAATAATTTAATATA
** *
19133657 A-TCGATAGTGTT--TATA
1 ATTAAATAAT-TTAATATA
* *
19133673 ATTAAATACATAATTAAACATG
1 ATTAAATA-AT--TT-AATATA
19133695 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133713 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133728 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
**
19133744 ATTATTTAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** * *
19133762 ATTATTTACTTTAGTATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
*
19133780 ATTAAATGA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133795 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133811 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
19133829 ATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 ATTAAATAATTTAA---TATA
*
19133850 ACTTAAAT-A-TTAA-CTA
1 A-TTAAATAATTTAATATA
** *
19133866 A-TCGATAGTGTT--TATA
1 ATTAAATAAT-TTAATATA
* *
19133882 ATTAAATACATAATTAAACATG
1 ATTAAATA-AT--TT-AATATA
19133904 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19133922 ATCATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19133940 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19133955 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
**
19133971 ATTATTTAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** *
19133989 ATTATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134007 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134022 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19134038 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134056 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134071 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19134087 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134105 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134120 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134136 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134151 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19134167 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134185 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134200 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19134216 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134234 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
19134249 ATT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19134265 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
*
19134283 GTTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134298 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134314 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
19134329 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
19134345 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
19134363 ATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 ATTAAATAATTTAA---TATA
*
19134384 CCTTAAAT-ATTTAAT-TA
1 -ATTAAATAATTTAATATA
** *
19134401 A-TCGATAGTGTT--TATA
1 ATTAAATAAT-TTAATATA
* *
19134417 ATTAAATACATAATTAAACATG
1 ATTAAATA-AT--TT-AATATA
19134439 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** *
19134457 ATTATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
19134475 ATTAAATAATTATAAT
1 ATTAAATAATT-TAAT
19134491 CAAGCTGATA
Statistics
Matches: 1029, Mismatches: 269, Indels: 315
0.64 0.17 0.20
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.00
13 51 0.05
14 63 0.06
15 98 0.10
16 94 0.09
17 99 0.10
18 464 0.45
19 24 0.02
20 3 0.00
21 50 0.05
22 80 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
ATTAAATAATTTAATATA
Found at i:19133130 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 19133023--19133213 Score: 310
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
19133013 CATGATTAAA
* * * *
19133023 TAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATATACTTA
1 TAATTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAATCA
19133088 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATT
66 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATT
* * * *
19133120 TAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCA
1 TAATTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAATCA
19133185 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
66 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
19133214 CTTTTAACTT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 8, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 86 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (97 bp):
TAATTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAATCA
TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATT
Found at i:19133219 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19133044--19134381 Score: 218
Period size: 23 Copynumber: 55.1 Consensus size: 25
19133034 AATCATTTAG
*
19133044 TTTAATATAATTAAATAATTATATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* **
19133069 TTT--TA-AATTAATATACTTATTTAC
1 TTTAATATAATTAA-ATAATTAAAT-C
*
19133093 TTTAATATAATTAAATAATTAAATA
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* **
19133118 TTTAATTTAA-T--ATAATTATTTAC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
* *
19133141 TTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133166 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19133190 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133215 TTT--TA-ACTTAAAT-ATTTAA-C
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* **
19133235 --TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATAC
1 TTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-C
* * * *
19133262 -ATAAT-TAA--ACATGATTAAATAA
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
*
19133284 TTTAATATAATTAAATAATTATATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
19133309 TTT--TA-AATTAATATAATT--A--
1 TTTAATATAATTAA-ATAATTAAATC
* **
19133328 TTTAATTTAA-T--ATAATTATTTAC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
* *
19133351 TTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133376 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19133400 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133425 TTT--TA-ACTTAAAT-ATTTAA-C
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* **
19133445 --TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATAC
1 TTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-C
* * * *
19133472 -ATAAT-TAA--ACATGATTAAATAA
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
*
19133494 TTTAATATAATTAAATAATTATATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
19133519 TTT--TA-AATTAATATAATT--A--
1 TTTAATATAATTAA-ATAATTAAATC
* **
19133538 TTTAATTTAA-T--ATAATTATTTAC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
* *
19133561 TTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133586 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19133610 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133635 TTT--TA-ACTTAAAT-ATTTAA-C
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* **
19133655 --TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATAC
1 TTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-C
* * * *
19133682 -ATAAT-TAA--ACATGATTAAATAA
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
*
19133704 TTTAATATAATTAAATAATTATATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
19133729 TTT--TA-AATTAATATAATT--A--
1 TTTAATATAATTAA-ATAATTAAATC
* **
19133748 TTTAATTTAA-T--ATAATTATTTAC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
* *
19133771 TTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19133796 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19133820 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
*
19133845 TTT--TA-ACTTAAAT-ATT-AA-C
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* **
19133864 --TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATAC
1 TTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-C
* * * *
19133891 ATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATA
1 -T--TT-AATATAATTAAATAATTAAATC
* * * * *
19133920 TAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATA
1 T-TTAATATA-ATTAA-ATAATTAAATC
* ** * *
19133948 ATT-ATATCTTTTAAATTAATATAATTA
1 TTTAATAT-AATTAAA-TAAT-TAAATC
* **
19133975 TTTAATTTAA-T--ATAATTATTTAC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
19133998 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19134023 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19134047 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19134072 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19134096 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
19134121 TTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 ---T---TTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19134152 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19134176 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19134201 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
*
19134225 TTTAATATAATTAAATAATTAAATAT
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAAT-C
* *
19134251 TTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
*
19134274 TTTAATATAGTTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
19134299 TTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 ---T---TTAATATAATTAAATAATTAAATC
* *
19134330 TTTTAACT-TAA-TATAATCATT-TA-C
1 -TTTAA-TATAATTA-AATAATTAAATC
19134354 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
19134379 TTT
1 TTT
19134382 TACCTTAAAT
Statistics
Matches: 956, Mismatches: 164, Indels: 386
0.63 0.11 0.26
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.00
18 21 0.02
19 11 0.01
20 8 0.01
21 28 0.03
22 115 0.12
23 247 0.26
24 71 0.07
25 104 0.11
26 221 0.23
27 34 0.04
28 28 0.03
29 4 0.00
30 10 0.01
31 50 0.05
32 1 0.00
33 2 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
TTTAATATAATTAAATAATTAAATC
Found at i:19133271 original size:258 final size:258
Alignment explanation
Indices: 19132824--19133435 Score: 899
Period size: 258 Copynumber: 2.3 Consensus size: 258
19132814 TAAATTATGG
** * *
19132824 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAGTTACTTTAATATAATTAAATAATTAGTTACTTTAATATA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATA-TTTAATTTAA-T--ATAATTATTTACTTTAATAT-
*
19132889 AATAAATTATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
61 AATTAA--ATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
19132954 ATCTTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAATGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGAT
124 ATCTTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAATGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGAT
** *
19133019 TAAATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATAT-AATTAAA-TAAT-TATATCT-TTTAAATTAA
189 TAAATAATTTAATATAATCAAATA-ATT-ATATCAATTAAATTAATATA-AT-TATTTAAATTAA
*
19133080 TATACTTAT
250 TATAATTAT
*
19133089 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTA
19133154 AATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTT
66 AATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTT
*
19133219 AACTTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAA
131 AACTTAAATATTTAACTAATCGATAATGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAA
* ** *
19133284 TTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAT
196 TTTAATATAATCAAATAATTATATCAATTAAATTAATATAATTATTTAAATTAATATAATTAT
* * * * *
19133347 TTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT-ATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATT
*
19133412 AAATAATTAAATCTTTTAACTTAA
65 AAATGATTAAATCTTTTAACTTAA
19133436 ATATTTAACT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 22, Indels: 16
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
256 4 0.01
257 8 0.03
258 191 0.60
259 57 0.18
260 5 0.02
261 18 0.06
263 1 0.00
264 9 0.03
265 27 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (258 bp):
TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTA
AATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTT
AACTTAAATATTTAACTAATCGATAATGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAA
TTTAATATAATCAAATAATTATATCAATTAAATTAATATAATTATTTAAATTAATATAATTAT
Found at i:19133363 original size:210 final size:210
Alignment explanation
Indices: 19133103--19134260 Score: 1758
Period size: 210 Copynumber: 5.6 Consensus size: 210
19133093 TTTAATATAA
*
19133103 TTAAA-TAAT-TAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
19133166 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
66 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
19133231 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
131 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
19133296 AAATAATTATATCTT
196 AAATAATTATATCTT
19133311 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
19133376 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
66 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
19133441 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
131 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
19133506 AAATAATTATATCTT
196 AAATAATTATATCTT
19133521 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
19133586 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
66 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
19133651 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
131 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
19133716 AAATAATTATATCTT
196 AAATAATTATATCTT
19133731 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
1 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
19133796 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATA-T
66 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
19133860 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATC
131 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATG--------A--T--TA-AAT-
19133925 ATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTT
182 A---A-TTTAATATAATTAAATAATTATATCTT
* *
19133958 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATC
1 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
19134023 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTT-AATA--
66 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
* * * * * * *
19134085 TAA-TCAT--TTACT-TTAAT-A-TAATTAAATAATTAAATC-T--TT---TAACTTAATATAAT
131 TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAA-CATGATTAAATAATTTAATATAAT
*
19134138 TAAATAATTAAATCTT
195 TAAATAATTATATCTT
* * *
19134154 TTAACTTAATATAATCATTTACTTT-A-AT-A-TA---A---T--TA-AA-T--A--ATTAAATC
1 TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
*
19134201 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAA
66 TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAA
19134261 TATAATCATT
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 15, Indels: 73
0.91 0.01 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 65 0.07
179 1 0.00
180 1 0.00
182 1 0.00
183 2 0.00
184 2 0.00
186 1 0.00
189 1 0.00
192 2 0.00
193 1 0.00
194 2 0.00
195 1 0.00
196 47 0.05
197 1 0.00
200 1 0.00
201 1 0.00
205 1 0.00
207 1 0.00
208 5 0.01
209 49 0.05
210 536 0.59
217 1 0.00
219 16 0.02
220 2 0.00
221 6 0.01
222 6 0.01
223 1 0.00
224 3 0.00
225 3 0.00
226 5 0.01
227 148 0.16
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (210 bp):
TTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATC
TTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATT
TAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATT
AAATAATTATATCTT
Found at i:19133381 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 19133328--19133555 Score: 193
Period size: 49 Copynumber: 4.7 Consensus size: 49
19133318 AATATAATTA
* *
19133328 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCT
1 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* *
19133377 TTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
1 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* * * **
19133426 TTTAACTTAA-AT-A-T-TTAAC--TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATAC-
1 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-CT
* * * * ** * *
19133472 -ATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATTAAATAATTATATCT
1 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* *
19133520 TTTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTA
1 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTA
19133556 TTTACTTTAG
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 27, Indels: 24
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
43 4 0.03
45 14 0.10
46 13 0.09
47 4 0.03
48 13 0.09
49 88 0.63
51 4 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (49 bp):
TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
Found at i:19133591 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 19133538--19134139 Score: 315
Period size: 49 Copynumber: 12.4 Consensus size: 49
19133528 AATATAATTA
* * *
19133538 TTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCT
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
*
19133587 TTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* * **
19133636 TTTAACTTAA-AT-A-T-TTAAC--TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATAC-
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-CT
* * * ** * *
19133682 -ATAA-TTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATTAAATAATTATATCT
1 TTTAACTT-AATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* * ** * * * *
19133730 TTTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTAT
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* * * * * ** * * *
19133779 AATTAAATGATTA-AATCT-TTTAAC-TTAATATAATCATTTACTTTAATAT
1 -TTTAACTTAATATAAT-TATTT-ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
* * * * * *
19133828 AATTAA-ATAAT-TAAATCT-TTTAAC-TTAA-AT-ATTAACTAATCGATAGTGT
1 -TTTAACTTAATAT-AAT-TATTT-ACTTTAATATAATTAAATAAT-TA-AATCT
* * * *
19133877 TTATAA-TTAA-ATACATAATTAAACATGATTAA-ATAATTTAAT-A-T-AATCA
1 TT-TAACTTAATATA-ATTATT-TAC-T--TTAATATAATTAAATAATTAAATCT
** ** * **
19133926 TTTAGTTTAATATAATTAAATA-ATT-ATATCTTTTAAATTAA-TATAAT-T
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATAT-AATTAAA-TAATTA-AATCT
*
19133974 ATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
1 -TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
*
19134024 TTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
*
19134073 TTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
1 TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
19134122 TTTAACTTAATATAATTA
1 TTTAACTTAATATAATTA
19134140 AATAATTAAA
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 76, Indels: 88
0.73 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
43 5 0.01
44 6 0.01
45 17 0.04
46 14 0.03
47 12 0.03
48 22 0.05
49 311 0.72
50 26 0.06
51 8 0.02
53 7 0.02
54 5 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (49 bp):
TTTAACTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT
Found at i:19133937 original size:178 final size:172
Alignment explanation
Indices: 19133704--19134478 Score: 719
Period size: 178 Copynumber: 4.4 Consensus size: 172
19133694 GATTAAATAA
* * * * *
19133704 TTTAATATAATTAAATAATTATATC-T-TT-TAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTA
1 TTTAATATAAATAAATAATTA-AACATATTATAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTA
* *
19133766 T-TT-A-C-T-TTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAAT
65 TATTAATCTTATTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAAT
*
19133826 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATTAACTAATCGATAG
130 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTT-AATA-TAA-TAAT--ATAC
* * * *
19133874 TGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATAT
1 T-TTAAT-A-TAAATAAATAATTAAACAT-ATT--ATAACTTAATATAATCATTTACTTTAATAT
* * * * *
19133939 AATTA-AATAA--TTA-T-ATCT-TTTAAATTAA-TATAAT-TATTTAATTTAATATAATTATTT
60 AATTATATTAATCTTATTAATATAATTAAA-TAATTA-AATCT-TTTAACTTAATATAATCATTT
* *
19133996 ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTAC
122 ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATAATATAC
*
19134047 TTTAATATAATTAAATAATTAAATC-T-TT-TAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTA
1 TTTAATATAAATAAATAATTAAA-CATATTATAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT-
19134109 AATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTT
64 -AT-ATT-AATC--TT-A-TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTT
* *
19134174 ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTAC
122 ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATAATATAC
* * *
19134225 TTTAATATAATTAAATAATT-AA-ATATTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAGTTAA
1 TTTAATATAAATAAATAATTAAACATATTATAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT--
19134288 ATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTA
64 AT-ATT-AATC--TT-A-TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTA
* *
19134353 CTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTACCTTAAATATTTAATTAATCGATAG
123 CTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTT-AATA--TAA-TAAT--ATAC
* * * * *
19134409 TGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATAT
1 T-TTAAT-A-TAAATAAATAATTAAACAT-ATT--ATAACTTAATATAATCATTTACTTTAATAT
19134474 AATTA
60 AATTA
19134479 AATAATTATA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 40, Indels: 80
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
165 31 0.06
167 1 0.00
168 2 0.00
169 2 0.00
170 18 0.03
171 6 0.01
172 7 0.01
173 16 0.03
174 2 0.00
175 6 0.01
176 4 0.01
177 17 0.03
178 326 0.63
179 15 0.03
181 3 0.01
182 3 0.01
184 3 0.01
185 4 0.01
186 1 0.00
187 11 0.02
188 2 0.00
189 2 0.00
190 4 0.01
192 29 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (172 bp):
TTTAATATAAATAAATAATTAAACATATTATAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAT
ATTAATCTTATTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATA
TAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATAATATAC
Found at i:19133945 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 19133904--19134250 Score: 160
Period size: 31 Copynumber: 10.5 Consensus size: 36
19133894 ATTAAACATG
*
19133904 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* *
19133940 ATTAAATAA--T--TAT-ATCTTTTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
** * *
19133971 ATTATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* *
19134007 ATTAAATAA--T--TA-AATCTTTTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* ** * * **
19134038 ATCATTTACTTTAATATAATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* * * *
19134071 CTT--TTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* *
19134105 ATTAAATAA--T--TA-AATCTTTTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* *
19134136 ATTAAATAA--T--TA-AATCTTTTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* ** * * **
19134167 ATCATTTACTTTAATATAATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
* * * *
19134200 CTT--TTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
*
19134234 ATTAAATAATTAAATAT
1 ATTAAATAATTTAATAT
19134251 TTTAACTTAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 56, Indels: 50
0.68 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
31 126 0.55
32 15 0.07
33 9 0.04
34 11 0.05
35 15 0.07
36 54 0.23
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAATAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATA
Found at i:19133950 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 19133932--19134019 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 10.4 Consensus size: 9
19133922 ATCATTTAGT
19133932 TTAATATAA
1 TTAATATAA
19133941 TTAA-ATAA
1 TTAATATAA
*
19133949 TT-ATAT-C
1 TTAATATAA
*
19133956 TT-TTA-AA
1 TTAATATAA
19133963 TTAATATAA
1 TTAATATAA
*
19133972 TT-ATTTAA
1 TTAATATAA
19133980 TTTAATATAA
1 -TTAATATAA
* *
19133990 TT-ATTTACT
1 TTAATATA-A
19133999 TTAATATAA
1 TTAATATAA
19134008 TTAA-ATAA
1 TTAATATAA
19134016 TTAA
1 TTAA
19134020 ATCTTTTAAC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 17
0.69 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 7 0.11
8 27 0.44
9 18 0.30
10 9 0.15
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (9 bp):
TTAATATAA
Found at i:19134083 original size:31 final size:28
Alignment explanation
Indices: 19134048--19134346 Score: 104
Period size: 31 Copynumber: 11.4 Consensus size: 28
19134038 ATCATTTACT
19134048 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
*
19134079 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * *
19134101 TATAAT-TAAATAATTAAAT-CTTTTAAC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
19134128 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
*
19134159 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * *
19134181 TATAAT-TAAATAATTAAAT-CTTTTAAC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
*
19134208 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * *
19134230 TATAAT-TAAATAATTAAATA-TTTTAAC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
*
19134257 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * * *
19134279 TATAGT-TAAATAATTAAAT-CTTTTAAC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
19134306 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
19134337 TTAATATAAT
1 TTAATATAAT
19134347 CATTTACTTT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 28, Indels: 84
0.64 0.09 0.27
Matches are distributed among these distances:
22 16 0.08
23 42 0.21
24 7 0.04
25 7 0.04
26 42 0.21
27 34 0.17
29 4 0.02
30 2 0.01
31 44 0.22
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
Found at i:19134181 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 19134128--19134315 Score: 358
Period size: 49 Copynumber: 3.8 Consensus size: 49
19134118 ATCTTTTAAC
19134128 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACT
19134177 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACT
*
19134226 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAATATAATCATTTACT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACT
*
19134275 TTAATATAGTTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAAT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAAT
19134316 TAAATAATTA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 136 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (49 bp):
TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACT
Found at i:19134261 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 19134097--19134346 Score: 226
Period size: 80 Copynumber: 3.1 Consensus size: 80
19134087 ATCATTTACT
* ** * * * * *
19134097 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAACTT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAA-AT
19134161 AA-TATAATCA-TTT-AC
65 AATTA-AAT-ATTTTAAC
19134176 TTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAAT
1 -TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAAT
19134241 AATTAAATATTTTAAC
65 AATTAAATATTTTAAC
* ** * * * * * *
19134257 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAGTTAA-ATAAT-TAAATCTTTTAAC-TTAATATAATTAA
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAACTTAATAT-AATCATTT-ACTTTAATATAATTAA
*
19134319 ATAATTAAATCTTTTAAC
63 ATAATTAAATATTTTAAC
19134337 TTAATATAAT
1 TTAATATAAT
19134347 CATTTACTTT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 18, Indels: 14
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
79 2 0.01
80 129 0.89
81 14 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (80 bp):
TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATA
ATTAAATATTTTAAC
Found at i:19134359 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 19134226--19134402 Score: 302
Period size: 80 Copynumber: 2.2 Consensus size: 80
19134216 ATCATTTACT
*
19134226 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAGTTAAATA
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATA
19134291 ATTAAATCTTTTAAC
66 ATTAAATCTTTTAAC
*
19134306 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATA
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATA
*
19134371 ATTAAATCTTTTACC
66 ATTAAATCTTTTAAC
* *
19134386 TTAA-ATATTTAATTAAT
1 TTAATATAATTAAATAAT
19134403 CGATAGTGTT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 5, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
79 11 0.12
80 81 0.88
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (80 bp):
TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATA
ATTAAATCTTTTAAC
Found at i:19134361 original size:227 final size:226
Alignment explanation
Indices: 19133705--19134389 Score: 820
Period size: 227 Copynumber: 3.0 Consensus size: 226
19133695 ATTAAATAAT
* **
19133705 TTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTA
1 TTAATATAATCAAATAATTATATCAATTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTA
* *
19133770 CTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAA
66 CTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAA
* * * * *
19133835 TAATTAAATCTTTTAACTTAA-AT-ATTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAA-ATACATAATT
131 TAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAAT-TA-AATATTT-TAATTAATATA-ATCATT
* * * **
19133897 AAACATGATTAA-ATAATTTAAT-A-T-AATCATTTAGT
192 -TAC-T--TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* **
19133932 TTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTA
1 TTAATATAATCAAATAATTATATCAATTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTA
19133997 CTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAA
66 CTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAA
* ** * * * * *
19134062 TAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAAT-TAAATCTTTTA
131 TAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATAT-TTTAATTAATAT-AATCATTT-
19134126 AC-TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
193 ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
** * * *
19134159 TTAATATAATCATTTACTTTAATAT-AATTAAA-TAAT-TAAATCT-TTTAACTTAATATAATCA
1 TTAATATAATCAAATA-ATT-ATATCAATTAAATTAATAT-AAT-TATTTAATTTAATATAATTA
* *
19134220 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAGT
62 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAAT
*
19134285 TAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCAT
127 TAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAA-TTAATATAATCAT
*
19134350 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTACC
191 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
19134386 TTAA
1 TTAA
19134390 ATATTTAATT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 39, Indels: 34
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
223 4 0.01
224 9 0.02
225 1 0.00
226 8 0.02
227 357 0.89
228 13 0.03
229 10 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (226 bp):
TTAATATAATCAAATAATTATATCAATTAAATTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTA
CTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAA
TAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAATTAATATAATCATTTACT
TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
Found at i:19139060 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 19139006--19139373 Score: 400
Period size: 41 Copynumber: 8.9 Consensus size: 41
19138996 CTTATTTATA
**
19139006 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTTAGCGGCGCTTGAATG
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACC-TTTAGCGGCGCTTGAGGG
*
19139048 AAAGCGCTGCTAAATGA-CCGTACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
1 AAAGCGCCGCT-AATGACCCG-ACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
* * * *
19139090 AAAGCGTCGCTAATGACCCGACCCTTTCGTGGCGCTTCAGGG
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGA-CCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
* ** **
19139132 AAAGCGCCGCTAATGATCATACCTTTAGCGGCGCTTGAGTT
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
* * *
19139173 AAAGCGCCGCTAATTACCTGGCCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
* * *
19139214 AAAGCGCCGCTAATTACCCTACCTTTAGCGGCG-TATTAGAGG
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCT-TGAG-GG
** * * **
19139256 -AAGCGCCGCTAATGACTTGAACTTTAGCGGCGCTTGTGAT
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
* * *
19139296 AAAGCGCCGCTAATGACCCCACCTTTAGCGGCGATTGTGGG
1 AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
*
19139337 TAAAGCGCCGCTAATGACCCCACCTTTAGCGGCGCTT
1 -AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTT
19139374 TTGTTAAGCG
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 45, Indels: 18
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.00
41 150 0.55
42 113 0.42
43 8 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.27, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGG
Found at i:19139237 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 19138948--19139412 Score: 433
Period size: 82 Copynumber: 5.6 Consensus size: 82
19138938 TTTAAATAAA
* * * **
19138948 TTAGCGGCGCTT-ATGGGAAAGCGCCGCTAAT-TCAC-ACCTTTAGCGACGCTT-ATTTATAAAA
1 TTAGCGGCGCTTGA-GGGAAAGCGCCGCTAATGACCCTACCTTTAGCGGCGCTTGA--GGT-AAA
19139009 GCGCCGCTAATGACCCGACCTT
62 GCGCCGCTAATGACCCGACC-T
** * * *
19139031 TTAGCGGCGCTTGAATGAAAGCGCTGCTAAATGACCGTACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCG
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCT-AATGACCCTACCTTTAGCGGCGCTTGAGGTAAAGCG
*
19139096 TCGCTAATGACCCGACCCT
65 CCGCTAATGACCCGA-CCT
* * * * * *
19139115 TTCGTGGCGCTTCAGGGAAAGCGCCGCTAATGATCATACCTTTAGCGGCGCTTGAGTTAAAGCGC
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCTACCTTTAGCGGCGCTTGAGGTAAAGCGC
* * *
19139180 CGCTAATTACCTGGCCT
66 CGCTAATGACCCGACCT
* *
19139197 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATTACCCTACCTTTAGCGGCGTATTAGAGG--AAGC
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCTACCTTTAGCGGCG-CTT-GAGGTAAAGC
** *
19139260 GCCGCTAATGACTTGAACT
64 GCCGCTAATGACCCGACCT
* ** * * *
19139279 TTAGCGGCGCTTGTGATAAAGCGCCGCTAATGACCCCACCTTTAGCGGCGATTGTGGGTAAAGCG
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCTACCTTTAGCGGCGCTTG-AGGTAAAGCG
*
19139344 CCGCTAATGACCCCACCT
65 CCGCTAATGACCCGACCT
** ** ** *
19139362 TTAGCGGCGCTT-TTGTTAAGCGCCGCTAATG-CTTTACCTTTTGCGGCGCTT
1 TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCTACCTTTAGCGGCGCTT
19139413 TGTTTCCAAA
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 55, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.00
81 20 0.06
82 127 0.40
83 99 0.31
84 50 0.16
85 3 0.01
86 15 0.05
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.27, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (82 bp):
TTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCGCCGCTAATGACCCTACCTTTAGCGGCGCTTGAGGTAAAGCGC
CGCTAATGACCCGACCT
Found at i:19139657 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19139635--19139669 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
19139625 TTAATCTTTT
19139635 ATGCATATATATTAATC
1 ATGCATATATATTAATC
19139652 ATGCATATATATTAATC
1 ATGCATATATATTAATC
19139669 A
1 A
19139670 CTAATCTATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
ATGCATATATATTAATC
Found at i:19144424 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19144389--19144426 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
19144379 TAAATTTTAG
* *
19144389 AATTTGAATAACTTGAAT
1 AATTTGAATAAATCGAAT
19144407 AATTTGAATAAATCGAAT
1 AATTTGAATAAATCGAAT
19144425 AA
1 AA
19144427 AAATATATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (18 bp):
AATTTGAATAAATCGAAT
Found at i:19145527 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19145505--19145537 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19145495 AGATCCAGCT
*
19145505 CCAGCATCTTAACATCA
1 CCAGCACCTTAACATCA
19145522 CCAGCACCTTAACATC
1 CCAGCACCTTAACATC
19145538 CTGAACCAAG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.39, G:0.06, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
CCAGCACCTTAACATCA
Found at i:19147718 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19147698--19147736 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
19147688 TACATATATT
*
19147698 TTTTTTTTC-TTTTC-C
1 TTTTTTTCCTTTTTCTC
19147713 TTTTTTTCCTTTTTCTC
1 TTTTTTTCCTTTTTCTC
19147730 TTTTTTT
1 TTTTTTT
19147737 ATGTGAATGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.38
16 5 0.24
17 8 0.38
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTTTCCTTTTTCTC
Found at i:19152283 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19152263--19152305 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
19152253 ACATGTGCTA
*
19152263 ACAAATAAAATGTAAAG
1 ACAAATAAAATGCAAAG
* *
19152280 ACAAACAAAATGCAATG
1 ACAAATAAAATGCAAAG
*
19152297 ACAAGTAAA
1 ACAAATAAA
19152306 TGAAATGTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 5, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 21 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.12, G:0.12, T:0.14
Consensus pattern (17 bp):
ACAAATAAAATGCAAAG
Found at i:19152724 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 19152706--19152758 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 3.5 Consensus size: 15
19152696 CTTCCTCTTT
19152706 TTCTTTTTCCTTCTC
1 TTCTTTTTCCTTCTC
*
19152721 TTC-TGTTCCTTCCTC
1 TTCTTTTTCCTT-CTC
19152736 TTCTTATTTCTCTTCT-
1 TTCTT-TTTC-CTTCTC
19152752 TTCTTTT
1 TTCTTTT
19152759 CAACATCTAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 8
0.76 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.22
15 11 0.34
16 6 0.19
17 5 0.16
18 3 0.09
ACGTcount: A:0.02, C:0.30, G:0.02, T:0.66
Consensus pattern (15 bp):
TTCTTTTTCCTTCTC
Found at i:19159987 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19159957--19159996 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
19159947 TACCTTACAC
*
19159957 TTCTACCGAAACATGTATGGG
1 TTCTACCGAAACAAGTATGGG
*
19159978 TTCTATCGAAACAAGTATG
1 TTCTACCGAAACAAGTATG
19159997 CAGAATCTCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
TTCTACCGAAACAAGTATGGG
Found at i:19160657 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 19160536--19160668 Score: 142
Period size: 52 Copynumber: 2.6 Consensus size: 52
19160526 ATTTCATTTA
* * * * * * *
19160536 ATACCCACGATAACATATAGTCACCGGACCTCATAATCCGTAGAGGGTTCAT
1 ATACTCACGATGACACATAGTCATCGGACCTCATAATCCATAAAGGATTCAT
* * * *
19160588 ATACTCACAATTG-CACATAGTCATTGGACCTTATAATCTATAAAGGATTCAT
1 ATACTCACGA-TGACACATAGTCATCGGACCTCATAATCCATAAAGGATTCAT
*
19160640 ATACTCACGATGACACATAATCATCGGAC
1 ATACTCACGATGACACATAGTCATCGGAC
19160669 TCTTTTCATT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 14, Indels: 4
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
51 2 0.03
52 62 0.95
53 1 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (52 bp):
ATACTCACGATGACACATAGTCATCGGACCTCATAATCCATAAAGGATTCAT
Found at i:19166626 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19166588--19166645 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
19166578 CCTTGCAACT
**
19166588 TCTACCGATACAAGCACACA-A-
1 TCTACCGATACTTGCACACAGAG
* *
19166609 TCTACCGATACTTTCACATAGAG
1 TCTACCGATACTTGCACACAGAG
19166632 TACTACCGATACTT
1 T-CTACCGATACTT
19166646 ACAACTCAAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 3
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.53
22 1 0.03
23 1 0.03
24 12 0.40
ACGTcount: A:0.34, C:0.29, G:0.10, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
TCTACCGATACTTGCACACAGAG
Found at i:19167384 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 19167328--19167519 Score: 276
Period size: 52 Copynumber: 3.7 Consensus size: 52
19167318 TCAGTTAAGA
* * *
19167328 AATCATACACTCACGATGACACTTAGTCACCGGACGTCATAATCCGTAGAGG
1 AATCATATACTCACGATGACACATAGTCACCGGACCTCATAATCCGTAGAGG
* *
19167380 AATCATATACTCACGATGACACTTAGTCACCGGACCTTATAATCCGTAGAGG
1 AATCATATACTCACGATGACACATAGTCACCGGACCTCATAATCCGTAGAGG
* * * * *
19167432 ATTCATATACTCACGATGACACATAGTCATCAGACCTCATAATCTGTAAAGG
1 AATCATATACTCACGATGACACATAGTCACCGGACCTCATAATCCGTAGAGG
* *
19167484 ATTCATATACTCACGATGACACATAGTCATCGGACC
1 AATCATATACTCACGATGACACATAGTCACCGGACC
19167520 CTTTTCATTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 11, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 129 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.26, G:0.16, T:0.24
Consensus pattern (52 bp):
AATCATATACTCACGATGACACATAGTCACCGGACCTCATAATCCGTAGAGG
Found at i:19171137 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 19170926--19171143 Score: 427
Period size: 117 Copynumber: 1.9 Consensus size: 117
19170916 GAAGAAAAGT
19170926 TTGAATAACAATGGAGGTTATTTCTAAATAACACAGTCGGCACACAAGGGATTGCTTTATAGGGA
1 TTGAATAACAATGGAGGTTATTTCTAAATAACACAGTCGGCACACAAGGGATTGCTTTATAGGGA
19170991 ATGAAAAGAGTATATGGAGAGGCATGTTTGTTTACATTGCAAAGAGAGAAGG
66 ATGAAAAGAGTATATGGAGAGGCATGTTTGTTTACATTGCAAAGAGAGAAGG
*
19171043 TTGACTAACAATGGAGGTTATTTCTAAATAACACAGTCGGCACACAAGGGATTGCTTTATAGGGA
1 TTGAATAACAATGGAGGTTATTTCTAAATAACACAGTCGGCACACAAGGGATTGCTTTATAGGGA
19171108 ATGAAAAGAGTATATGGAGAGGCATGTTTGTTTACA
66 ATGAAAAGAGTATATGGAGAGGCATGTTTGTTTACA
19171144 CAGCAGAGAG
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
117 100 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (117 bp):
TTGAATAACAATGGAGGTTATTTCTAAATAACACAGTCGGCACACAAGGGATTGCTTTATAGGGA
ATGAAAAGAGTATATGGAGAGGCATGTTTGTTTACATTGCAAAGAGAGAAGG
Found at i:19171626 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 19171588--19171641 Score: 99
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
19171578 AATGGTCCAA
*
19171588 ACCACCGTAAGCGCAATTTACCTGGGT
1 ACCACCGTAAGCGCAATTTACATGGGT
19171615 ACCACCGTAAGCGCAATTTACATGGGT
1 ACCACCGTAAGCGCAATTTACATGGGT
19171642 GCAATTTTAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (27 bp):
ACCACCGTAAGCGCAATTTACATGGGT
Found at i:19180648 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19180618--19180655 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
19180608 AACTAAATTA
19180618 ACAAAAAGAAATACAATG
1 ACAAAAAGAAATACAATG
*
19180636 ACAAAATAGAAATGCAATG
1 ACAAAA-AGAAATACAATG
19180655 A
1 A
19180656 TAGTAAAATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.33
19 12 0.67
ACGTcount: A:0.63, C:0.11, G:0.13, T:0.13
Consensus pattern (18 bp):
ACAAAAAGAAATACAATG
Found at i:19199902 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19199868--19199915 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
19199858 AGGTTAAGAG
19199868 TAAAACTGTCA-ATGCAAATGTAATA
1 TAAAACTGTCAGA-GCAAAT-TAATA
19199893 TAAAA-TGTCAGAGCAAATTAATA
1 TAAAACTGTCAGAGCAAATTAATA
19199916 AAAGATAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.23
24 11 0.50
25 6 0.27
ACGTcount: A:0.50, C:0.10, G:0.12, T:0.27
Consensus pattern (24 bp):
TAAAACTGTCAGAGCAAATTAATA
Found at i:19209870 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19209849--19209879 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
19209839 TTGTGGATCC
19209849 CATTTTACCTTTATTA
1 CATTTTACCTTTATTA
*
19209865 CATTTTATCTTTATT
1 CATTTTACCTTTATT
19209880 TTCACATTAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.16, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (16 bp):
CATTTTACCTTTATTA
Found at i:19215182 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 19215145--19215198 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
19215135 ATTCTGGGCG
*
19215145 CAATTCTAGACACATTGATGCAGCGA
1 CAATTCTAGACACATTCATGCAGCGA
* **
19215171 CAATTCTGGACATGTTCATGCAGCGA
1 CAATTCTAGACACATTCATGCAGCGA
19215197 CA
1 CA
19215199 TTCCTGGGTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 24 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (26 bp):
CAATTCTAGACACATTCATGCAGCGA
Found at i:19215230 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 19215188--19215272 Score: 102
Period size: 38 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
19215178 GGACATGTTC
**
19215188 ATGCAGCGACA-TTCCTGGGTACAA-TTGAAGAATACTT
1 ATGCAGCGACAGTT-CTGAATACAATTTGAAGAATACTT
* * *
19215225 ATGCAGCGATAGTTCTGAATGCAATTTGAAGAATATTT
1 ATGCAGCGACAGTTCTGAATACAATTTGAAGAATACTT
19215263 ATGCAGCGAC
1 ATGCAGCGAC
19215273 TGTCTTGGAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 3
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
37 17 0.43
38 23 0.57
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (38 bp):
ATGCAGCGACAGTTCTGAATACAATTTGAAGAATACTT
Found at i:19219772 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 19219759--19219798 Score: 71
Period size: 2 Copynumber: 20.0 Consensus size: 2
19219749 GTTATGAGGC
*
19219759 AT AT AC AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
19219799 TGTGTGTGTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.