Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39602670
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 500 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 125 of 125
Found at i:39601656 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 39601636--39601670 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
39601626 GGGTTTGGGG
*
39601636 TTAGGGTTTAGGGTT
1 TTAGGGTTCAGGGTT
*
39601651 TTAGGGTTCGGGGTT
1 TTAGGGTTCAGGGTT
39601666 TTAGG
1 TTAGG
39601671 TTTTTAGGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 18 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.03, G:0.43, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TTAGGGTTCAGGGTT
Found at i:39601703 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 39601591--39602670 Score: 730
Period size: 21 Copynumber: 51.2 Consensus size: 21
39601581 CTCGGGTCTG
* * *
39601591 GGGTCTGGGGTCTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
39601612 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * *
39601633 GGGTTAGGGTTTAGGGTTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* **
39601654 GGGTTCGGGGTTTTAGGTTTTTA
1 GGGTTTGGGG-TTT-GGGGTTTA
*
39601677 -GG-TTGGGGGTTGGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
39601696 GGGTTTGGGGTTTGGGGGTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * **
39601716 GGGTCTAGGG-TTGGGGCTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * * * **
39601736 GGGCTCGGGGCTCGGGGCTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * * * **
39601757 GGGCTCGGGGCTCGGGGCTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39601778 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * *
39601799 GGGTTTTAGGGTCTGGGGTCTG
1 GGG-TTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * * **
39601821 GGGTCTGGGGCTCGGGGCTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39601842 GGGCTCGGTGCTCGGGG-CTCGGGTTTA
1 GGG-T---T--T-GGGGTTTGGGGTTTA
* * * *
39601869 GGGTCTGGGGTCTGGGGTCTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
39601890 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39601911 GGGTTCGGGG-TTCGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39601931 GGGTTTAGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
39601952 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39601973 GGGTTTGGGGTTTTGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* **
39601994 GGGTTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTT-GGGGTTTGGGGTTTA
* * **
39602016 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
39602037 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
39602058 GGGTTTCGGGTTTCGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
39602079 GGGTTTCGGGTTTCGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
39602100 GGGTTTCGGGTTTCGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602121 GGGTTTGGGGTTTCGGG-TTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602141 GGGCTTGGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602162 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602183 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602204 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602225 GGGTTTAGGGTTTTAGGGTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602247 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602268 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602289 GGGTTT-AGGTTT-AGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602308 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602329 GGGTTTAGGG-TTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602349 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
39602369 TGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602390 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602411 GGG-TTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602431 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
39602452 -GGTTTAGGGTTTAGGAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTT--G-GGGTTTA
* *
39602475 GGGTTT-AGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602495 GGGTTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGG-TTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602517 GGGTTTAGGGTTTTAGGGTTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTT-GGGGTTTA
* *
39602540 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602561 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602582 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602603 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602624 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
39602645 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
39602666 GGGTT
1 GGGTT
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 110, Indels: 64
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 25 0.03
20 147 0.16
21 613 0.67
22 83 0.09
23 31 0.03
24 5 0.01
26 1 0.00
27 8 0.01
28 4 0.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.05, G:0.47, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
Found at i:39601738 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 39601728--39601780 Score: 106
Period size: 7 Copynumber: 7.6 Consensus size: 7
39601718 GTCTAGGGTT
39601728 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601735 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601742 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601749 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601756 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601763 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601770 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601777 GGGG
1 GGGG
39601781 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 46 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.26, G:0.60, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
GGGGCTC
Found at i:39601808 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 39601778--39601810 Score: 57
Period size: 7 Copynumber: 4.6 Consensus size: 7
39601768 TCGGGGCTCG
39601778 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39601785 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39601792 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39601799 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
39601807 GGGT
1 GGGT
39601811 CTGGGGTCTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
7 18 0.72
8 7 0.28
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.45, T:0.42
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:39601837 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 39601827--39601864 Score: 67
Period size: 7 Copynumber: 5.4 Consensus size: 7
39601817 TCTGGGGTCT
39601827 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601834 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601841 GGGGCTC
1 GGGGCTC
*
39601848 GGTGCTC
1 GGGGCTC
39601855 GGGGCTC
1 GGGGCTC
39601862 GGG
1 GGG
39601865 TTTAGGGTCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 29 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.26, G:0.58, T:0.16
Consensus pattern (7 bp):
GGGGCTC
Found at i:39601872 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 39601862--39602670 Score: 1015
Period size: 7 Copynumber: 115.7 Consensus size: 7
39601852 CTCGGGGCTC
39601862 GGGTTTA
1 GGGTTTA
* *
39601869 GGGTCTG
1 GGGTTTA
* *
39601876 GGGTCTG
1 GGGTTTA
* *
39601883 GGGTCTG
1 GGGTTTA
*
39601890 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601897 GGGTTTG
1 GGGTTTA
39601904 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
39601910 GGGGTTC
1 GGGTTTA
* *
39601917 GGGGTTC
1 GGGTTTA
39601924 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39601931 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
39601938 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601945 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601952 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601959 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601966 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601973 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39601980 GGGTTTT
1 GGGTTTA
*
39601987 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39601994 GGGTTTCG
1 GGGTTT-A
**
39602002 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602009 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602016 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602023 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602030 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602037 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602044 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
39602051 GGGTTCG
1 GGGTTTA
*
39602058 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602065 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602072 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602079 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602086 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602093 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602100 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602107 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602114 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602121 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
39602128 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
39602135 GGG-TTC
1 GGGTTTA
* *
39602141 GGGCTTG
1 GGGTTTA
39602148 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602162 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602169 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602176 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602183 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602190 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602197 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602204 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602232 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
39602240 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602247 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602254 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602261 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602289 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602296 -GGTTTA
1 GGGTTTA
39602302 -GGTTTA
1 GGGTTTA
39602308 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602315 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602322 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602329 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602336 GGG-TTA
1 GGGTTTA
39602342 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602349 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602356 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602363 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
39602369 TGGTTTA
1 GGGTTTA
39602376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602411 GGG-TTA
1 GGGTTTA
39602417 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602424 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602431 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602452 -GGTTTA
1 GGGTTTA
39602458 GGGTTTAGGA
1 GGGTTT---A
39602468 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602475 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602482 -GGTTTA
1 GGGTTTA
39602488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602495 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
39602503 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602510 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602517 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602524 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
39602532 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
39602540 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602554 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602561 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602575 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602582 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602589 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602596 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602603 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602645 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602652 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602659 GGGTTTA
1 GGGTTTA
39602666 GGGTT
1 GGGTT
Statistics
Matches: 767, Mismatches: 20, Indels: 30
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
6 52 0.07
7 674 0.88
8 34 0.04
10 7 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.03, G:0.46, T:0.42
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:39601882 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 39601803--39601954 Score: 187
Period size: 62 Copynumber: 2.5 Consensus size: 62
39601793 GGTTTAGGGT
*
39601803 TTTAGGGTCTGGGGTCTGGGGTCTGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGTGCTCGGGGCTCGGG
1 TTTAGGGTCTGGGGTCTGGGGTCTGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGG
* * * * * * * *
39601865 TTTAGGGTCTGGGGTCTGGGGTCTGGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTGGGGTTCGGGGTTCGGG
1 TTTAGGGTCTGGGGTCTGGGGTCTGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGG
* * * *
39601927 TTTAGGGTTTAGGGTTTGGGGTTTGGGG
1 TTTAGGGTCTGGGGTCTGGGGTCTGGGG
39601955 TTTGGGGTTT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 13, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 77 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.12, G:0.53, T:0.32
Consensus pattern (62 bp):
TTTAGGGTCTGGGGTCTGGGGTCTGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGGGCTCGGG
Done.