Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39602670
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 500 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 55 of 125
Found at i:16956664 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16956605--16956702 Score: 117
Period size: 36 Copynumber: 2.7 Consensus size: 36
16956595 TGCCAAGTCA
* * * *
16956605 CGAGCTCACTTTAAGCTGCGAGCTCATCTACACTTG
1 CGAGCTCACTTGAAGTTGCGAGCTCATCCAAACTTG
* *
16956641 CGAGCTCACTTGAAGTTGTGAGCTCATCCAAATTTG
1 CGAGCTCACTTGAAGTTGCGAGCTCATCCAAACTTG
*
16956677 CAAGCTCA-TTGGAAGTTGCGAGCTCA
1 CGAGCTCACTT-GAAGTTGCGAGCTCA
16956703 CCTAAAGACA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 8, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 2 0.04
36 51 0.96
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (36 bp):
CGAGCTCACTTGAAGTTGCGAGCTCATCCAAACTTG
Found at i:16959925 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 16959888--16959927 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
16959878 TTGATGATAT
*
16959888 TAATTATAAAATTAAATTTATA
1 TAATTATAAAAATAAATTTATA
16959910 TAATTA-AAAAAT-AATTTA
1 TAATTATAAAAATAAATTTA
16959928 ATTATATTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.35
21 5 0.29
22 6 0.35
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
TAATTATAAAAATAAATTTATA
Found at i:16972224 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16972190--16972231 Score: 77
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
16972180 TTGATTTTTT
16972190 TTTAAGATGAAAATGCTGAAA
1 TTTAAGATGAAAATGCTGAAA
16972211 TTTAAGAT-AAAATGCTGAAA
1 TTTAAGATGAAAATGCTGAAA
16972231 T
1 T
16972232 GGCATTAAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.62
21 8 0.38
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
TTTAAGATGAAAATGCTGAAA
Found at i:16972639 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 16972611--16972668 Score: 62
Period size: 5 Copynumber: 10.8 Consensus size: 5
16972601 GAGGTGATGT
* *
16972611 AAATA ACATA AACTA AAATA TAAAGTA AAATA AAATA AGAATAA AAATA
1 AAATA AAATA AAATA AAATA -AAA-TA AAATA AAATA A-AAT-A AAATA
16972660 AAATA AAAT
1 AAATA AAAT
16972669 GACCTGTTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 8
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 29 0.64
6 12 0.27
7 4 0.09
ACGTcount: A:0.72, C:0.03, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (5 bp):
AAATA
Found at i:16972643 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 16972610--16972668 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 22
16972600 TGAGGTGATG
* *
16972610 TAAATAACATAAACTAA-AATA
1 TAAATAAAATAAAATAAGAATA
16972631 TAAAGTAAAATAAAATAAGAATA
1 TAAA-TAAAATAAAATAAGAATA
*
16972654 AAAATAAAATAAAAT
1 TAAATAAAATAAAAT
16972669 GACCTGTTTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.12
22 22 0.67
23 7 0.21
ACGTcount: A:0.71, C:0.03, G:0.03, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
TAAATAAAATAAAATAAGAATA
Found at i:16973004 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 16972996--16973025 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 10.0 Consensus size: 3
16972986 CGATCCCATT
*
16972996 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAA AAG AAG AAG
1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
16973026 GAGGAGGAGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.30, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AAG
Found at i:16973030 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 16973024--16973072 Score: 73
Period size: 3 Copynumber: 16.7 Consensus size: 3
16973014 AAAAAGAAGA
* *
16973024 AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG A-G AAG AAG AGG AGG AGG AGG AGG AGG
1 AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG
16973071 AG
1 AG
16973073 AAGAAATGGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 42 0.95
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.61, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AGG
Found at i:16973056 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 16973029--16973076 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
16973019 GAAGAAGGAG
16973029 GAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAA
1 GAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAA
*
16973052 GAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAA
1 GAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAA
16973075 GA
1 GA
16973077 AATGGAGATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 24 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.58, T:0.00
Consensus pattern (23 bp):
GAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAA
Found at i:16973083 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 16973018--16973077 Score: 111
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
16973008 AAGAAGAAAA
16973018 AGAAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
1 AGAAGAA-GAGGAGGAGGAGGAGGAGG
16973045 AGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
1 AGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
16973071 AGAAGAA
1 AGAAGAA
16973078 ATGGAGATGC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 26 0.79
27 7 0.21
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.55, T:0.00
Consensus pattern (26 bp):
AGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGG
Found at i:16974078 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 16974044--16974120 Score: 93
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
16974034 GATAATGTTA
16974044 TGATTGGTTTGTTATTTTTCTAAAGTTTAG
1 TGATTGGTTTGTTATTTTTC-AAAGTTTAG
* * *
16974074 TGATTGAG-TTGTAACTTTTCAATGTTTAG
1 TGATTG-GTTTGTTATTTTTCAAAGTTTAG
*
16974103 TGATTGTTTTGTTATTTT
1 TGATTGGTTTGTTATTTT
16974121 AACCAAAGTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 5
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 22 0.56
30 16 0.41
31 1 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.04, G:0.19, T:0.57
Consensus pattern (29 bp):
TGATTGGTTTGTTATTTTTCAAAGTTTAG
Found at i:16974114 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 16974013--16974114 Score: 102
Period size: 30 Copynumber: 3.4 Consensus size: 30
16974003 ATGTTAGTGG
*
16974013 GTGATTGATTTGTCACTTTTCGATAATG-TTA
1 GTGATTGATTTGTAACTTTTC--TAATGTTTA
* * * *
16974044 -TGATTGGTTTGTTATTTTTCTAAAGTTTA
1 GTGATTGATTTGTAACTTTTCTAATGTTTA
*
16974073 GTGATTGAGTTGTAACTTTTC-AATGTTTA
1 GTGATTGATTTGTAACTTTTCTAATGTTTA
*
16974102 GTGATTGTTTTGT
1 GTGATTGATTTGT
16974115 TATTTTAACC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 11, Indels: 6
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.07
29 21 0.36
30 33 0.57
ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.21, T:0.53
Consensus pattern (30 bp):
GTGATTGATTTGTAACTTTTCTAATGTTTA
Found at i:16974129 original size:60 final size:58
Alignment explanation
Indices: 16974013--16974139 Score: 139
Period size: 60 Copynumber: 2.1 Consensus size: 58
16974003 ATGTTAGTGG
* * * * *
16974013 GTGATTGATTTGTCACTTTTCGATAATGTTATGATTGGTTTGTTATTTTTCTAAAGTTTA
1 GTGATTGAGTTGTAACTTTTC-A-AATGTTATGATTGGTTTGTTATTTTACCAAAGTTGA
*
16974073 GTGATTGAGTTGTAACTTTTC-AATGTTTAGTGATTGTTTTGTTATTTTAACCAAAGTTGA
1 GTGATTGAGTTGTAACTTTTCAAATG-TTA-TGATTGGTTTGTTATTTT-ACCAAAGTTGA
*
16974133 GAGATTG
1 GTGATTG
16974140 TCGATGTACT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 6
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
57 4 0.07
58 3 0.05
59 17 0.30
60 33 0.58
ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.20, T:0.50
Consensus pattern (58 bp):
GTGATTGAGTTGTAACTTTTCAAATGTTATGATTGGTTTGTTATTTTACCAAAGTTGA
Found at i:16976195 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 16976111--16976222 Score: 145
Period size: 36 Copynumber: 3.0 Consensus size: 37
16976101 AGTCTTTAAC
* ** * *
16976111 CACCGACACAAAAGCCTGCTAGGCTTATAGCCCGATTT
1 CACCGACAC-GAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATA
* *
16976149 CACAGGCACGAAGCCTGCTAGGCACATA-CCCGAATA
1 CACCGACACGAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATA
16976185 CACCGACACGAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATA
1 CACCGACACGAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATA
16976222 C
1 C
16976223 TTAGATGCAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 3
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
36 32 0.50
37 25 0.39
38 7 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.34, G:0.21, T:0.14
Consensus pattern (37 bp):
CACCGACACGAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATA
Found at i:16976312 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 16976305--16976353 Score: 98
Period size: 2 Copynumber: 24.5 Consensus size: 2
16976295 TAATTCAAAG
16976305 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
16976347 AT AT AT A
1 AT AT AT A
16976354 AAGTAAATTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 47 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:16978514 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16978491--16978543 Score: 83
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
16978481 TGTCTATTTC
16978491 TTCTTTTTTTTTTCTCAATT
1 TTCTTTTTTTTTTCTCAATT
16978511 TTCTTTTTTTTTT-TCAATT
1 TTCTTTTTTTTTTCTCAATT
*
16978530 TT-TTTTCTTTTTCT
1 TTCTTTTTTTTTTCT
16978544 AAATAATAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 3
0.89 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.29
19 9 0.29
20 13 0.42
ACGTcount: A:0.08, C:0.13, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (20 bp):
TTCTTTTTTTTTTCTCAATT
Found at i:16978517 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16978494--16978543 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
16978484 CTATTTCTTC
16978494 TTTTTTTTTTCTCAATTT
1 TTTTTTTTTTCTCAATTT
*
16978512 TCTTTTTTTTTTTCAATTT
1 T-TTTTTTTTTCTCAATTT
16978531 TTTTTCTTTTTCT
1 TTTTT-TTTTTCT
16978544 AAATAATAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.18
19 23 0.82
ACGTcount: A:0.08, C:0.12, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTTTTCTCAATTT
Found at i:16981012 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 16980992--16981070 Score: 95
Period size: 15 Copynumber: 5.1 Consensus size: 15
16980982 AATAATGCCC
*
16980992 ATAATAGAAATAATA
1 ATAATAAAAATAATA
16981007 ATAATAAGCATAATAATA
1 ATAATAA--A-AATAATA
*
16981025 ATATTAAAAATAATA
1 ATAATAAAAATAATA
*
16981040 ATAATAAAAAGAATA
1 ATAATAAAAATAATA
*
16981055 ATAATAATAATAATA
1 ATAATAAAAATAATA
16981070 A
1 A
16981071 CGATAATAAT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 6
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 40 0.73
16 1 0.02
17 1 0.02
18 13 0.24
ACGTcount: A:0.67, C:0.01, G:0.04, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
ATAATAAAAATAATA
Found at i:16981013 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16980992--16981175 Score: 92
Period size: 18 Copynumber: 10.6 Consensus size: 18
16980982 AATAATGCCC
16980992 ATAATAGAAATAATAATA
1 ATAATAGAAATAATAATA
*
16981010 AT-A-AG-CATAATAATA
1 ATAATAGAAATAATAATA
* *
16981025 ATATTAAAAATAATAATA
1 ATAATAGAAATAATAATA
*
16981043 ATAA-AAAGAATAATAATA
1 ATAATAGA-AATAATAATA
**
16981061 ATAATA-ATAACGATAATA
1 ATAATAGA-AATAATAATA
**
16981079 ATAAATCTAAATAAATAATA
1 AT-AATAGAAAT-AATAATA
*
16981099 ATAAAATGAAATAAATAATA
1 ATAATA-GAAAT-AATAATA
*
16981119 A-AAT-GAAATCAAAGAATA
1 ATAATAGAAAT--AATAATA
16981137 A-AAT-GAAATAA-AA-A
1 ATAATAGAAATAATAATA
16981151 ATAA-A-AAATAA-AATAA
1 ATAATAGAAATAATAAT-A
16981167 ATAA-AGAAA
1 ATAATAGAAA
16981176 AGGGAAGAGC
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 16, Indels: 31
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.07
15 15 0.11
16 10 0.07
17 13 0.10
18 55 0.41
19 10 0.07
20 22 0.16
ACGTcount: A:0.69, C:0.02, G:0.05, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
ATAATAGAAATAATAATA
Found at i:16981076 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 16980992--16981166 Score: 94
Period size: 15 Copynumber: 11.9 Consensus size: 14
16980982 AATAATGCCC
16980992 ATAATAGAAATAATA
1 ATAATA-AAATAATA
*
16981007 ATAATAAGCATAATA
1 ATAATAA-AATAATA
16981022 ATAATATTAAA-AATA
1 ATAATA--AAATAATA
*
16981037 ATAAT--AATAAAA
1 ATAATAAAATAATA
*
16981049 AGAATAATAATAATA
1 ATAATAA-AATAATA
*
16981064 ATAATAACGATAATA
1 ATAATAA-AATAATA
*
16981079 ATAAATCTAAATAAATA
1 AT-AAT-AAAAT-AATA
16981096 ATAATAAAATGAAATAA
1 ATAATAAAAT--AAT-A
16981113 ATAATAAAATGAAATCAA
1 ATAATAAAAT--AAT--A
* *
16981131 AGAATAAAATGA-A
1 ATAATAAAATAATA
16981144 ATAA-AAAATAA-A
1 ATAATAAAATAATA
16981156 A-AATAAAATAA
1 ATAATAAAATAA
16981167 ATAAAGAAAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 15, Indels: 31
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.03
12 22 0.17
13 4 0.03
14 1 0.01
15 51 0.39
16 14 0.11
17 24 0.18
18 11 0.08
ACGTcount: A:0.69, C:0.02, G:0.05, T:0.25
Consensus pattern (14 bp):
ATAATAAAATAATA
Found at i:16981098 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16981016--16981170 Score: 102
Period size: 18 Copynumber: 8.2 Consensus size: 20
16981006 AATAATAAGC
* * *
16981016 ATAATAATAATATTAAAAATA
1 ATAATAATAAAATGAAATA-A
*
16981037 ATAATAATAAAAAG-AAT-A
1 ATAATAATAAAATGAAATAA
16981055 ATAATAAT--AAT--AATAA
1 ATAATAATAAAATGAAATAA
*
16981071 CGATAATAAT-AAATCTAAATAA
1 --ATAATAATAAAAT-GAAATAA
16981093 ATAATAATAAAATGAAAT--
1 ATAATAATAAAATGAAATAA
*
16981111 A-AATAATAAAATGAAAT-C
1 ATAATAATAAAATGAAATAA
*
16981129 A-AAGAATAAAATGAAATAA
1 ATAATAATAAAATGAAATAA
* *
16981148 AAAATAA-AAAATAAAATAA
1 ATAATAATAAAATGAAATAA
16981167 ATAA
1 ATAA
16981171 AGAAAAGGGA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 11, Indels: 24
0.76 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.03
16 3 0.03
17 16 0.14
18 34 0.30
19 18 0.16
20 18 0.16
21 15 0.13
22 5 0.04
ACGTcount: A:0.70, C:0.02, G:0.04, T:0.25
Consensus pattern (20 bp):
ATAATAATAAAATGAAATAA
Found at i:16981115 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16981087--16981170 Score: 100
Period size: 17 Copynumber: 4.9 Consensus size: 17
16981077 TAATAAATCT
16981087 AAAT-AAAT-AATAATA
1 AAATGAAATAAATAATA
16981102 AAATGAAATAAATAATA
1 AAATGAAATAAATAATA
*
16981119 AAATGAAATCAAAGAATA
1 AAATGAAAT-AAATAATA
*
16981137 AAATGAAATAAAAAATAAA
1 AAATGAAATAAATAAT--A
*
16981156 AAATAAAATAAATAA
1 AAATGAAATAAATAA
16981171 AGAAAAGGGA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 6
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.07
16 4 0.07
17 22 0.37
18 16 0.27
19 14 0.23
ACGTcount: A:0.74, C:0.01, G:0.05, T:0.20
Consensus pattern (17 bp):
AAATGAAATAAATAATA
Found at i:16981119 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 16981000--16981082 Score: 94
Period size: 3 Copynumber: 27.7 Consensus size: 3
16980990 CCATAATAGA
* * * * *
16981000 AAT AAT AAT AAT AAG CAT AAT AAT AAT ATT AAA AAT AAT AAT AAT AAA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
* * *
16981048 AAG AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAC GAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
16981083 ATCTAAATAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 15, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 65 1.00
ACGTcount: A:0.66, C:0.02, G:0.04, T:0.28
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:16981163 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 16981124--16981171 Score: 71
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
16981114 TAATAAAATG
*
16981124 AAATCAAAGAATAAAATGAAATAAA
1 AAATCAAAAAATAAAAT-AAATAAA
16981149 AAAT-AAAAAATAAAATAAATAAA
1 AAATCAAAAAATAAAATAAATAAA
16981172 GAAAAGGGAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.32
24 11 0.50
25 4 0.18
ACGTcount: A:0.77, C:0.02, G:0.04, T:0.17
Consensus pattern (24 bp):
AAATCAAAAAATAAAATAAATAAA
Found at i:16981992 original size:75 final size:76
Alignment explanation
Indices: 16981839--16981997 Score: 214
Period size: 75 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
16981829 ACGGTTTGGA
* * *
16981839 ACACGCCCGTGTCTATAAAACTTGTATCGTTTCGAAATGTTTGTGAAATCAAGCTCTAGTAGACA
1 ACACGCCCGTGTCTATAAAACGTGTATCGTTTCGAAATGTTTGTGAAATCAAGCTCTAATAAACA
*
16981904 CACGGTCATTC
66 CACGGTCACTC
** * * *
16981915 ACACGCCCGTGTCTATAAGCCGTGTGTCGTTTTGAAAT-TTTGTGAAATTAAGCT-TCAATAAAC
1 ACACGCCCGTGTCTATAAAACGTGTATCGTTTCGAAATGTTTGTGAAATCAAGCTCT-AATAAAC
16981978 ACACGGTCACTC
65 ACACGGTCACTC
16981990 ACACGCCC
1 ACACGCCC
16981998 ATGTGTTTTG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 9, Indels: 3
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
74 1 0.01
75 39 0.53
76 33 0.45
ACGTcount: A:0.28, C:0.25, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (76 bp):
ACACGCCCGTGTCTATAAAACGTGTATCGTTTCGAAATGTTTGTGAAATCAAGCTCTAATAAACA
CACGGTCACTC
Found at i:17000556 original size:258 final size:259
Alignment explanation
Indices: 17000098--17000604 Score: 818
Period size: 258 Copynumber: 2.0 Consensus size: 259
17000088 ACGCAATCAG
*
17000098 ATATTTTACAATCAAATCCAAGTCTTATATGAGCTTAAGAAAGTTCTTTTGATAACCCGAGATCG
1 ATATTTTACAATCAAATCCAAGTCTTATATGAGCTTAAGAAAGCTCTTTTGATAACCCGAGATCG
* *
17000163 AATAAGTACTAAAATGTAAAATTTTAAATTTATCGGGTTGATATCACGGCACCAAGATTTCCAAA
66 AATAAGAACTAAAATGTAAAATTTTAAATTTATCGGGTTGATATCACGACACCAAGATTTCCAAA
**
17000228 TTGTGACCCCACTCACTGTCCATTCCTCTTCACAATGTTAAGGGTCCGACGTTGTGATGTGACTT
131 TTGTGACCCCACTCACTGTCCATTCCTCTTCACAATGTTAAGGGTCCGACGTCATGATGTGACTT
*
17000293 GCTATTTTCATAAGGTCCATATGGTACCAATTTACAACACCTGAAACAAATGTTAGGAAAGCTC
196 GCTATTTTCATAAGGTCCATATGGTACCAATTTACAACACCTGAAAAAAATGTTAGGAAAGCTC
* * * * * *
17000357 ATATTTTACAATCATATCCGAGTTTTATATGATCTTAGGAAAGCTCTTTTGATAACTCGAGATCG
1 ATATTTTACAATCAAATCCAAGTCTTATATGAGCTTAAGAAAGCTCTTTTGATAACCCGAGATCG
* * *
17000422 AATAAGAACTAAAATGTAAAA-TTTAAATTTATCGGGTTGATGTCTCGACACCAGGATTTCCAAA
66 AATAAGAACTAAAATGTAAAATTTTAAATTTATCGGGTTGATATCACGACACCAAGATTTCCAAA
* * **
17000486 TTGTGACCCTACTCACTGTTCATTCCTCTTCACAATGTTAAGGGTTTGACGTCATGATGTGACTT
131 TTGTGACCCCACTCACTGTCCATTCCTCTTCACAATGTTAAGGGTCCGACGTCATGATGTGACTT
* *
17000551 GCTATTTTCATAAGTTCCATATGGTACCAATTTACAACACTTGAAAAAAATGTT
196 GCTATTTTCATAAGGTCCATATGGTACCAATTTACAACACCTGAAAAAAATGTT
17000605 CACATGCCTT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 21, Indels: 1
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
258 149 0.66
259 78 0.34
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (259 bp):
ATATTTTACAATCAAATCCAAGTCTTATATGAGCTTAAGAAAGCTCTTTTGATAACCCGAGATCG
AATAAGAACTAAAATGTAAAATTTTAAATTTATCGGGTTGATATCACGACACCAAGATTTCCAAA
TTGTGACCCCACTCACTGTCCATTCCTCTTCACAATGTTAAGGGTCCGACGTCATGATGTGACTT
GCTATTTTCATAAGGTCCATATGGTACCAATTTACAACACCTGAAAAAAATGTTAGGAAAGCTC
Found at i:17009732 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 17009703--17009749 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
17009693 AGATGATGTG
*
17009703 AAAATTTTTTAAAAAT
1 AAAATTTTAT-AAAAT
17009719 AAAATTTTATAAAAT
1 AAAATTTTATAAAAT
*
17009734 AAAATATTA-AAAAT
1 AAAATTTTATAAAAT
17009748 AA
1 AA
17009750 TTAATTTTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.24
15 13 0.45
16 9 0.31
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (15 bp):
AAAATTTTATAAAAT
Found at i:17010115 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 17010086--17010132 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
17010076 AAATGATGTG
*
17010086 AAAGTTTTTTAAAAAT
1 AAAGTTTTAT-AAAAT
17010102 AAAGTTTTATAAAAT
1 AAAGTTTTATAAAAT
* *
17010117 AAAATCTTA-AAAAT
1 AAAGTTTTATAAAAT
17010131 AA
1 AA
17010133 TTAATTTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.25
15 12 0.43
16 9 0.32
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (15 bp):
AAAGTTTTATAAAAT
Found at i:17011185 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17011163--17011197 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
17011153 ATTAAGCAAT
17011163 GTCATAATCGTTTGATG
1 GTCATAATCGTTTGATG
17011180 GTCATAATCGTTTGATG
1 GTCATAATCGTTTGATG
17011197 G
1 G
17011198 CAAGTTGACA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.11, G:0.26, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
GTCATAATCGTTTGATG
Found at i:17011355 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 17011281--17011403 Score: 237
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
17011271 TCACTTTGAA
*
17011281 TACATTCTAGAATTTGAGTAGATTTTTATCAAATTTAATTGATAATAATTTAATAATTAAT
1 TACATTCTAGAATTTAAGTAGATTTTTATCAAATTTAATTGATAATAATTTAATAATTAAT
17011342 TACATTCTAGAATTTAAGTAGATTTTTATCAAATTTAATTGATAATAATTTAATAATTAAT
1 TACATTCTAGAATTTAAGTAGATTTTTATCAAATTTAATTGATAATAATTTAATAATTAAT
17011403 T
1 T
17011404 TACCTTGAGA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 61 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (61 bp):
TACATTCTAGAATTTAAGTAGATTTTTATCAAATTTAATTGATAATAATTTAATAATTAAT
Found at i:17013459 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17013441--17013467 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
17013431 TAATTAAGGA
17013441 CACTTAAATTAGC
1 CACTTAAATTAGC
17013454 CACTTAAATTAGC
1 CACTTAAATTAGC
17013467 C
1 C
17013468 TAAGAATTTG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.26, G:0.07, T:0.30
Consensus pattern (13 bp):
CACTTAAATTAGC
Found at i:17021741 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17021719--17021795 Score: 75
Period size: 17 Copynumber: 4.5 Consensus size: 17
17021709 CCAACAGAGT
*
17021719 TTAAATTTGTTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
**
17021736 TTAAATTTATTTTAAGT
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
17021753 TTAAATTTA-CTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
* *
17021769 TTTAAATTTATTATAAAT
1 -TTAAATTTATTTTAAAA
*
17021787 TTAAGTTTA
1 TTAAATTTA
17021796 ACAAATAAAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 10, Indels: 4
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.08
17 40 0.83
18 4 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTATTTTAAAA
Found at i:17021755 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 17021729--17021816 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 15.2 Consensus size: 6
17021719 TTAAATTTGT
* * * * *
17021729 TTTAAA ATTAAA TTT-AT TTTAAG TTTAAA TTT-AC TTAAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* **
17021775 TTT--A TTATAAA TTTAAG TTTAACA AATAAA TTTAAA -TTAAA T
1 TTTAAA TT-TAAA TTTAAA TTTAA-A TTTAAA TTTAAA TTTAAA T
17021817 GTCCAAAATA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 15, Indels: 14
0.67 0.17 0.16
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.05
5 13 0.22
6 38 0.63
7 6 0.10
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:17021759 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 17021716--17021795 Score: 99
Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 34
17021706 GACCCAACAG
** *
17021716 AGTTTAAATTTGTTTTAAAA-TTAAATTTATTTTA
1 AGTTTAAATTT-ACTTAAAATTTAAATTTATTATA
17021750 AGTTTAAATTTACTTAAAATTTAAATTTATTATA
1 AGTTTAAATTTACTTAAAATTTAAATTTATTATA
* *
17021784 AATTTAAGTTTA
1 AGTTTAAATTTA
17021796 ACAAATAAAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.15
34 34 0.85
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.05, T:0.53
Consensus pattern (34 bp):
AGTTTAAATTTACTTAAAATTTAAATTTATTATA
Found at i:17023103 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 17023059--17023233 Score: 173
Period size: 30 Copynumber: 5.9 Consensus size: 30
17023049 CCTTGGAGGT
*
17023059 CCCTAAACTGT-CAAAAATTACATTTTT-AC
1 CCCTAAACT-TCCAAAAATTCCATTTTTGAC
* * * *
17023088 CCTTGAACTTCTAAAAATTCCATTTTTAAC
1 CCCTAAACTTCCAAAAATTCCATTTTTGAC
* *
17023118 CCCAAAAGTTCCAAAAA-TCACATTTTT-AC
1 CCCTAAACTTCCAAAAATTC-CATTTTTGAC
17023147 CCCTAAACTTCTC-AAAATTCCATTTTTGA-
1 CCCTAAACTTC-CAAAAATTCCATTTTTGAC
*
17023176 CCTTAAAACTTCCAAAAATTCCATTTTTGAC
1 CCCT-AAACTTCCAAAAATTCCATTTTTGAC
* *
17023207 CCCAAAACTTTCAAAAATTACCATTTT
1 CCCTAAACTTCCAAAAATT-CCATTTT
17023234 ACCTCGGATG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 18
0.79 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 1 0.01
29 49 0.40
30 62 0.51
31 9 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.26, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
CCCTAAACTTCCAAAAATTCCATTTTTGAC
Found at i:17023164 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 17023070--17023233 Score: 197
Period size: 59 Copynumber: 2.7 Consensus size: 59
17023060 CCTAAACTGT
* * * * *
17023070 CAAAAATTACATTTTTACCCTTGAACTTCTAAAAATTCCATTTTTAACCCCAAAAGTTC
1 CAAAAATCACATTTTTACCCCTAAACTTCTCAAAATTCCATTTTTAACCCCAAAACTTC
* **
17023129 CAAAAATCACATTTTTACCCCTAAACTTCTCAAAATTCCATTTTTGACCTTAAAACTTC
1 CAAAAATCACATTTTTACCCCTAAACTTCTCAAAATTCCATTTTTAACCCCAAAACTTC
*
17023188 CAAAAATTC-CATTTTTGACCCCAAAACTT-TCAAAAATTACCATTTT
1 CAAAAA-TCACATTTTT-ACCCCTAAACTTCTC-AAAATT-CCATTTT
17023234 ACCTCGGATG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 6
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
59 66 0.72
60 19 0.21
61 7 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.25, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
CAAAAATCACATTTTTACCCCTAAACTTCTCAAAATTCCATTTTTAACCCCAAAACTTC
Found at i:17030816 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17030769--17030855 Score: 102
Period size: 40 Copynumber: 2.1 Consensus size: 40
17030759 GTCAGTTTTC
* *
17030769 GCGGCGTTTGGACAGAAAACGCTGCAAAAGGTAAAGCAATA
1 GCGGCGTTTGGACA-AAAACGCCGCAAAAGGTAAAACAATA
* ** * *
17030810 GTGGCGTTTTTACACAAGCGCCGCAAAAGGTAAAACAATA
1 GCGGCGTTTGGACAAAAACGCCGCAAAAGGTAAAACAATA
17030850 GCGGCG
1 GCGGCG
17030856 CTTTTCCAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 27 0.71
41 11 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.29, T:0.16
Consensus pattern (40 bp):
GCGGCGTTTGGACAAAAACGCCGCAAAAGGTAAAACAATA
Found at i:17030838 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 17030784--17030869 Score: 111
Period size: 40 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40
17030774 GTTTGGACAG
* * * *
17030784 AAAA-CGCTGCAAAAGGTAAAGCAATAGTGGCGTTTTTAC
1 AAAAGCGCCGCAAAAGGTAAAACAATAGCGGCGCTTTTAC
* *
17030823 ACAAGCGCCGCAAAAGGTAAAACAATAGCGGCGCTTTTCC
1 AAAAGCGCCGCAAAAGGTAAAACAATAGCGGCGCTTTTAC
17030863 AAAAGCG
1 AAAAGCG
17030870 TTTTTATCAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 7, Indels: 1
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 3 0.08
40 36 0.92
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.23, T:0.17
Consensus pattern (40 bp):
AAAAGCGCCGCAAAAGGTAAAACAATAGCGGCGCTTTTAC
Found at i:17032244 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17032183--17032252 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 24
17032173 CAAACATTAT
17032183 TTTAAAAATGCAAATATATATAAAAGGA
1 TTTAAAAAT--AAATATATA-AAAA-GA
**
17032211 -TTAAATTTAAATATATAAAAA-A
1 TTTAAAAATAAATATATAAAAAGA
17032233 TTTAAAAATAAAT-TA-AAAAA
1 TTTAAAAATAAATATATAAAAA
17032253 TTAAAATATG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 9
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.14
22 3 0.08
23 10 0.27
24 4 0.11
25 9 0.24
27 6 0.16
ACGTcount: A:0.63, C:0.01, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (24 bp):
TTTAAAAATAAATATATAAAAAGA
Found at i:17032317 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 17032271--17032361 Score: 146
Period size: 41 Copynumber: 2.2 Consensus size: 41
17032261 TGGAAAAGAG
* * *
17032271 CATTAGCGGTGCTTATGGAAAAGCGCCGCTAAAAGTCAAAT
1 CATTAGCGGCGCTTATGGAAAAGCACCGCAAAAAGTCAAAT
*
17032312 CATTAGCGGCGCTTATGGAAAAGCACCGCAAAAAGTCAGAT
1 CATTAGCGGCGCTTATGGAAAAGCACCGCAAAAAGTCAAAT
17032353 CATTAGCGG
1 CATTAGCGG
17032362 AGTCAGATCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (41 bp):
CATTAGCGGCGCTTATGGAAAAGCACCGCAAAAAGTCAAAT
Found at i:17034675 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 17034662--17034790 Score: 70
Period size: 8 Copynumber: 16.0 Consensus size: 8
17034652 TTCATTAGAA
17034662 TAATTATT
1 TAATTATT
17034670 TAATTATT
1 TAATTATT
*
17034678 TAAATATT
1 TAATTATT
*
17034686 TAATTA-C
1 TAATTATT
*
17034693 TAATAACATT
1 TAAT--TATT
17034703 TAATTA--
1 TAATTATT
17034709 -AA-TATT
1 TAATTATT
*
17034715 TAAATATT
1 TAATTATT
*
17034723 TAATAATT
1 TAATTATT
17034731 TAATTATT
1 TAATTATT
* **
17034739 AAAAACAATT
1 --TAATTATT
* *
17034749 CAAATATT
1 TAATTATT
*
17034757 TAATTAGT
1 TAATTATT
17034765 TAATTATT
1 TAATTATT
17034773 TAATTATATT
1 TAA-T-TATT
17034783 TAATTATT
1 TAATTATT
17034791 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 19, Indels: 22
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.02
5 2 0.02
7 6 0.07
8 62 0.68
9 3 0.03
10 16 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.01, T:0.50
Consensus pattern (8 bp):
TAATTATT
Found at i:17034762 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 17034728--17034886 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 6.4 Consensus size: 26
17034718 ATATTTAATA
*
17034728 ATTTAATTATTAAAAACAATTCAAAT
1 ATTTAATTATTAAAAATAATTCAAAT
* *
17034754 ATTTAATTAGTT---AATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTA-TTAAAAATAATTCAA--AT
**
17034780 ATTTAATTATTAAAAATAACCCAAAT
1 ATTTAATTATTAAAAATAATTCAAAT
** *
17034806 ATTT-A--ATTAAAAAT-ATTTTATT
1 ATTTAATTATTAAAAATAATTCAAAT
* *
17034828 ATTTAGTTA-T--ATATAATT-AAAT
1 ATTTAATTATTAAAAATAATTCAAAT
* * *
17034850 ATTTAATAATTAAAAACAATCCAAAT
1 ATTTAATTATTAAAAATAATTCAAAT
*
17034876 ATTTAAATATT
1 ATTTAATTATT
17034887 TAATTATTTA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 23, Indels: 28
0.65 0.16 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 19 0.20
23 13 0.14
24 8 0.08
25 9 0.09
26 39 0.41
27 2 0.02
28 6 0.06
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (26 bp):
ATTTAATTATTAAAAATAATTCAAAT
Found at i:17034788 original size:52 final size:51
Alignment explanation
Indices: 17034662--17034814 Score: 167
Period size: 45 Copynumber: 3.1 Consensus size: 51
17034652 TTCATTAGAA
* * *
17034662 TAATTATTTAATTATTTAA-ATATTTAATTACTAATAAC-ATT----TAAT
1 TAATTATTTAATTATTTAATATATTTAATTATTAAAAACAATTCAAATATT
* *
17034707 TAAATATTTAAATATTTAATA-ATTTAATTATTAAAAACAATTCAAATATT
1 TAATTATTTAATTATTTAATATATTTAATTATTAAAAACAATTCAAATATT
* * **
17034757 TAATTAGTTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATT
1 TAATTATTTAATTATTTAA-TATATTTAATTATTAAAAACAATTCAAATATT
17034809 TAATTA
1 TAATTA
17034815 AAAATATTTT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 11, Indels: 9
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
45 32 0.36
46 4 0.04
50 19 0.21
51 2 0.02
52 32 0.36
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (51 bp):
TAATTATTTAATTATTTAATATATTTAATTATTAAAAACAATTCAAATATT
Found at i:17034829 original size:58 final size:56
Alignment explanation
Indices: 17034700--17034957 Score: 171
Period size: 52 Copynumber: 4.7 Consensus size: 56
17034690 TACTAATAAC
* **
17034700 ATTTAATTAAATATTTAAATATTTAA-TA-ATTTAATTATTAAAAACAATTCAAAT
1 ATTTAATTAAATATTTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAACAACCCAAAT
* *
17034754 ATTTAA-T---TAGTTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAAT
1 ATTTAATTAAATATTTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAACAACCCAAAT
* * * * ** * **
17034806 ATTTAATTAAAAATATTTTATTATTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAA-TTAAA-
1 ATTTAATT--AAATATTTAATTATTTAATTATATTTAATT-ATTA-AAAACAACCCAAAT
** * * *
17034864 A-ACAATCCAAATATTTAAATATTTAATTAT--TTAATTATTAAAAATAACCCAAAT
1 ATTTAAT-TAAATATTTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAACAACCCAAAT
* * *
17034918 ATTTAATTAAAAATATTT-TTTAGTTAATAATATTTAATTA
1 ATTTAATT--AAATATTTAATTATTTAATTATATTTAATTA
17034958 AATATTTAAT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 33, Indels: 33
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
50 13 0.08
51 2 0.01
52 34 0.22
53 8 0.05
54 12 0.08
55 12 0.08
56 27 0.18
57 10 0.07
58 24 0.16
59 6 0.04
60 5 0.03
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (56 bp):
ATTTAATTAAATATTTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAACAACCCAAAT
Found at i:17034904 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 17034844--17034923 Score: 124
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 42
17034834 TTATATATAA
*
17034844 TTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATAT
1 TTAAATATTTAATAATTAAAAACAACCCAAATATTTAAATAT
* * *
17034886 TTAATTATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAA
1 TTAAATATTTAATAATTAAAAACAACCCAAATATTTAA
17034924 TTAAAAATAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 34 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (42 bp):
TTAAATATTTAATAATTAAAAACAACCCAAATATTTAAATAT
Found at i:17034944 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17034919--17034952 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
17034909 AACCCAAATA
17034919 TTTAATTAAAAATATTT
1 TTTAATTAAAAATATTT
* *
17034936 TTTAGTTAATAATATTT
1 TTTAATTAAAAATATTT
17034953 AATTAAATAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTTAATTAAAAATATTT
Found at i:17035124 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 17035056--17035166 Score: 141
Period size: 50 Copynumber: 2.2 Consensus size: 50
17035046 ATTTAATTAC
*
17035056 ATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATAATTAATTAATT
1 ATTTAATTAAATAGTTAATAATTAAAAACAATCCAAATAATTAATTAATT
* * * * * *
17035106 ATTTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCAAAAT
1 ATTTAATTAAATAGTTAATAATTAAAAACAATCCAAATAATTAATT--AATT
17035158 ATTTAATTA
1 ATTTAATTA
17035167 TTTAATTATA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 40 0.78
52 11 0.22
ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.01, T:0.41
Consensus pattern (50 bp):
ATTTAATTAAATAGTTAATAATTAAAAACAATCCAAATAATTAATTAATT
Found at i:17035170 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 17035157--17035204 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 5.5 Consensus size: 8
17035147 TAATTCAAAA
17035157 TATTTAAT
1 TATTTAAT
17035165 TATTTAATT
1 TATTTAA-T
17035174 ATATTTAAT
1 -TATTTAAT
*
17035183 TATTTAGTT
1 TATTTA-AT
17035192 ATATTTAAT
1 -TATTTAAT
17035201 TATT
1 TATT
17035205 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
8 17 0.50
9 4 0.12
10 13 0.38
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (8 bp):
TATTTAAT
Found at i:17035173 original size:76 final size:75
Alignment explanation
Indices: 17035093--17035316 Score: 237
Period size: 76 Copynumber: 3.0 Consensus size: 75
17035083 ACAATCCAAA
* * * *
17035093 TAATTAATTAATTATTTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCAAAAT
1 TAATTAATTAATTATTTAATTAA-TATTTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTTAATTAAAAAT
17035158 ATTTAATTATT
65 ATTTAATTATT
* * *
17035169 TAATTATATTTAATTATTTAGTT-ATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAA
1 TAATTA-A-TTAATTATTTAATTAATATTTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTTAATTAAAAA
*
17035233 TATTTTATTATT
64 TATTTAATTATT
* * **
17035245 TAGTT-A-T-A-TA--TAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAA
1 TAATTAATTAATTATTTAATT-AATATTTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTT-AAT-TAAAA
17035304 ATATTTAATTATT
63 ATATTTAATTATT
17035317 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 16
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
68 4 0.03
70 31 0.24
71 4 0.03
72 16 0.13
74 1 0.01
76 56 0.44
77 2 0.02
78 13 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (75 bp):
TAATTAATTAATTATTTAATTAATATTTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTTAATTAAAAATA
TTTAATTATT
Found at i:17035179 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17035156--17035204 Score: 89
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
17035146 TTAATTCAAA
17035156 ATATTTAATTATTTAATT
1 ATATTTAATTATTTAATT
*
17035174 ATATTTAATTATTTAGTT
1 ATATTTAATTATTTAATT
17035192 ATATTTAATTATT
1 ATATTTAATTATT
17035205 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 30 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (18 bp):
ATATTTAATTATTTAATT
Found at i:17035180 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 17035156--17035203 Score: 59
Period size: 10 Copynumber: 5.2 Consensus size: 10
17035146 TTAATTCAAA
17035156 ATATTTAA-T
1 ATATTTAATT
17035165 -TATTTAATT
1 ATATTTAATT
17035174 ATATTTAA-T
1 ATATTTAATT
*
17035183 -TATTTAGTT
1 ATATTTAATT
17035192 ATATTTAATT
1 ATATTTAATT
17035202 AT
1 AT
17035204 TAAAAATAAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 7
0.79 0.05 0.17
Matches are distributed among these distances:
8 13 0.39
9 3 0.09
10 17 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (10 bp):
ATATTTAATT
Found at i:17035235 original size:196 final size:182
Alignment explanation
Indices: 17034984--17035360 Score: 488
Period size: 196 Copynumber: 2.0 Consensus size: 182
17034974 AAAAATCCAA
*
17034984 ATATTTATATATTTATTTATTTATTTATTAAAAAACCAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATT
1 ATATTTATATATTTATTTATTTAATTATTAAAAAACCAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATT
*
17035049 TAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATAATTAATTAATTATTTATTT
66 TAATTACATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAAT-A-T--TTAA--A--TATTT
* * * *
17035114 AACTAGTTAATTATTAACAACAATCC-AAATATTTAATTCAAAATATTTAATTATTTAATT
123 AAATAGTTAATTATTAAAAACAA-CCAAAATATTTAATTAAAAATATTTAATTAGTTAATT
*
17035174 ATATTTA-ATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTT
1 ATATTTATA-TATTTA-TT-TATTTAATTATT-AAAA-AA-CC-AATATTTAATTAAAAATATGT
* *
17035238 TATTATTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTA
59 TATTATTTAATTACATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTA
* * *
17035303 AATATTTAATTATTAAAAATAACCAAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTAGTTAAT
124 AATAGTTAATTATTAAAAACAACCAAAATATTTAATTAAAAATATTTAATTAGTTAAT
17035361 AAGATTTTAT
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 12, Indels: 18
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
187 2 0.01
188 54 0.32
189 1 0.01
190 14 0.08
191 2 0.01
192 15 0.09
193 4 0.02
194 3 0.02
195 3 0.02
196 69 0.41
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (182 bp):
ATATTTATATATTTATTTATTTAATTATTAAAAAACCAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATT
TAATTACATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAAATAGTT
AATTATTAAAAACAACCAAAATATTTAATTAAAAATATTTAATTAGTTAATT
Found at i:17035299 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 17035286--17035316 Score: 53
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 8
17035276 AAAACAATCC
17035286 AAATATTT
1 AAATATTT
17035294 AAATATTT
1 AAATATTT
17035302 AAATATTT
1 AAATATTT
*
17035310 AATTATT
1 AAATATT
17035317 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 22 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (8 bp):
AAATATTT
Found at i:17035310 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 17035258--17035337 Score: 126
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 42
17035248 TTATATATAA
17035258 TTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCC-AAATATTTAAATAT
1 TTAAATATTTAATAATTAAAAACAA-CCAAAATATTTAAATAT
* *
17035300 TTAAATATTTAATTATTAAAAATAACCAAAATATTTAA
1 TTAAATATTTAATAATTAAAAACAACCAAAATATTTAA
17035338 TTAAAAATAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.06
42 33 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (42 bp):
TTAAATATTTAATAATTAAAAACAACCAAAATATTTAAATAT
Found at i:17035323 original size:112 final size:111
Alignment explanation
Indices: 17035174--17035598 Score: 507
Period size: 112 Copynumber: 3.8 Consensus size: 111
17035164 TTATTTAATT
* *
17035174 ATATTTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTT
1 ATATTTAAATATTTA--AATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTT
* *
17035239 ATTATTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAA
64 ATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATAATT-AAAACAATCCAA
*
17035288 ATATTTAAATATTTAAATATTTAATTATTAAAAATAACCAAAATATTTAATTAAAAATATTTTAT
1 ATATTTAAATATTTAAATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTAT
* * * *
17035353 TAGTTAATAAGATTTTATTAAATATTTAATAATTAAAA-AATCCAA
66 TATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAACAATCCAA
* * * * *
17035398 ATATTTATATATTTAATTAATTATTTATT-AAAA-AA-CCAAATATTTAATTAAAAATATGTTAT
1 ATATTTAAATATTTAAATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTAT
* *
17035460 TATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATTATTAAAACAATCCAA
66 TATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAACAATCCAA
* * * * * *
17035506 ATATTTAATTAATTAATTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCAAAA
1 ATA--T--TT-A--AA-TATTTAAATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAA
* *
17035571 TATTTAATTATTTAATTATATCTAATTA
58 TATTTTATTATTTAATTATATTTAATTA
17035599 TTTAGTTATA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 30, Indels: 19
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
107 58 0.22
108 12 0.04
109 4 0.01
110 33 0.12
111 4 0.01
112 78 0.29
113 1 0.00
114 14 0.05
115 1 0.00
116 17 0.06
117 3 0.01
118 2 0.01
119 42 0.16
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (111 bp):
ATATTTAAATATTTAAATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTAT
TATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAACAATCCAA
Found at i:17035500 original size:414 final size:414
Alignment explanation
Indices: 17034764--17035756 Score: 1819
Period size: 414 Copynumber: 2.4 Consensus size: 414
17034754 ATTTAATTAG
*
17034764 TTAATTATTTAATTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTA
1 TTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTA
17034829 TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAATTAT
66 TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAATTAT
*
17034894 TTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTTTAGTTAATAATATTTAATTAA
131 TTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTTTAGTTAATAAGATTTAATTAA
* *
17034959 ATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTATTTATTTATTTATTAAAAAACCAAT
196 ATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTAATTATTTATTAAAAAACCAAT
17035024 ATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATC
261 ATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATC
*
17035089 CAAATAATTAATTAATTATTTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCA
326 CAAATAATTAATTAATTAATTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCA
17035154 AAATATTTAATTATTTAATTATAT
391 AAATATTTAATTATTTAATTATAT
17035178 TTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTA
1 TTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTA
*
17035243 TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAAATAT
66 TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAATTAT
* *
17035308 TTAATTATTAAAAATAACCAAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTAGTTAATAAGATTTTATTA
131 TTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTT-TTAGTTAATAAGATTTAATTA
17035373 AATATTTAATAATT-AAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTAATTATTTATTAAAAAACCAA
195 AATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTAATTATTTATTAAAAAACC-A
*
17035437 ATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATTATT-AAAACAA
259 ATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAA
*
17035501 TCCAAATATTTAATTAATTAATTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATT
324 TCCAAATAATTAATTAATTAATTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATT
17035566 CAAAATATTTAATTATTTAATTATAT
389 CAAAATATTTAATTATTTAATTATAT
* * *
17035592 CTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCTAAATATTTAATTAAAATTATTTTATTA
1 TTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTA
* *
17035657 TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAGAAACAATCAAAATATTTAAATATTTAATTAT
66 TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAATTAT
17035722 TTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAA
131 TTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAA
17035757 TATTTAATAA
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 17, Indels: 4
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
414 470 0.84
415 90 0.16
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (414 bp):
TTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTATTA
TTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATCCAAATATTTAAATATTTAATTAT
TTAATTATTAAAAATAACCCAAATATTTAATTAAAAATATTTTTTAGTTAATAAGATTTAATTAA
ATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTAATTATTTATTAAAAAACCAAT
ATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAACAATC
CAAATAATTAATTAATTAATTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCA
AAATATTTAATTATTTAATTATAT
Found at i:17035528 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17035507--17035542 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
17035497 ACAATCCAAA
*
17035507 TATTTAATTAATTAAT
1 TATTTAACTAATTAAT
*
17035523 TATTTAACTAGTTAAT
1 TATTTAACTAATTAAT
17035539 TATT
1 TATT
17035543 AACAACAATC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (16 bp):
TATTTAACTAATTAAT
Found at i:17035584 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 17035571--17035618 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 5.5 Consensus size: 8
17035561 TAATTCAAAA
17035571 TATTTAAT
1 TATTTAAT
17035579 TATTTAAT
1 TATTTAAT
17035587 TATATCTAAT
1 TAT-T-TAAT
*
17035597 TATTTAGTT
1 TATTTA-AT
17035606 ATATTTAAT
1 -TATTTAAT
17035615 TATT
1 TATT
17035619 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
8 17 0.50
9 4 0.12
10 13 0.38
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (8 bp):
TATTTAAT
Found at i:17035596 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17035570--17035618 Score: 80
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
17035560 TTAATTCAAA
17035570 ATATTTAATTATTTAATT
1 ATATTTAATTATTTAATT
* *
17035588 ATATCTAATTATTTAGTT
1 ATATTTAATTATTTAATT
17035606 ATATTTAATTATT
1 ATATTTAATTATT
17035619 AAAAATAACC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 28 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (18 bp):
ATATTTAATTATTTAATT
Found at i:17035634 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 17035534--17035787 Score: 215
Period size: 76 Copynumber: 3.4 Consensus size: 76
17035524 ATTTAACTAG
* *
17035534 TTAATTATTAACAACAATCCAAATATTTAATTCAAAA-TATTTAATTATTTAATTATATCTAATT
1 TTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTTAATT-AAAATTATTTAATTATTTAATTATATATAATT
17035598 ATTTAGTTATAT
65 ATTTAGTTATAT
* * *
17035610 TTAATTATTAAAAATAA-CCTAAATATTTAATTAAAATTATTTTATTATTTAGTTATATATAATT
1 TTAATTATTAAAAACAATCC-AAATATTTAATTAAAATTATTTAATTATTTAATTATATATAATT
17035674 A---A---ATAT
65 ATTTAGTTATAT
* * * ** ** *
17035680 TTAATAATTAGAAACAATCAAAATATTTAAATATTTAATTATTTAATTA-TTAAAAATA-ACCCA
1 TTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTT-AAT-TAAAATTATTTAATTATTTAATTATATA--TA
* *
17035743 AATATTTAATTAAATAT
62 ATTATTTAGTT--ATAT
*
17035760 TTAATAATTAAAAA-AATCCAAATATTTA
1 TTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTTA
17035788 TATATTTAAT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 19, Indels: 28
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
70 27 0.19
71 10 0.07
72 17 0.12
73 1 0.01
75 7 0.05
76 52 0.36
78 1 0.01
79 12 0.08
80 17 0.12
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (76 bp):
TTAATTATTAAAAACAATCCAAATATTTAATTAAAATTATTTAATTATTTAATTATATATAATTA
TTTAGTTATAT
Found at i:17035657 original size:195 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17035364--17035905 Score: 593
Period size: 195 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
17035354 AGTTAATAAG
*
17035364 ATTTTATTAAATATTTAATAATT-AAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTAATTATTTATTA
1 ATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATA--T--TTAATTA-TTA--A
*
17035428 AAAAACCAAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATTAT
59 AAAAACCAAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAAT
* * *
17035493 TAAAACAATCCAAATATTTAATTAATTAATTATTTAACTAGTTAATTATTAACAACAATCCAAAT
124 TAAAACAATCAAAATATTTAAATAATTAATTATTT-A--A-TT-ATTA--AA-AACAACCCAAAT
* ** * * *
17035558 ATTTAATTCAAAATATTTAATTATTTAATTATATCTAATTATTTAGTTATATTTAATTATTAAAA
1 ATTTAATT--AAATATTTAA-TAATTAAAAAAATCCAAATATTTA--TATATTTAATTATTAAAA
* * * * *
17035623 ATAACCTAAATATTTAATTAAAATTATTTTATTATTTAGTTATATATAATTAAATATTTAATAAT
61 A-AACC-AAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAAT
* *
17035688 TAGAAACAATCAAAATATTTAAATATTTAATTATTTAATTATTAAAAATAACCCAAAT
124 TA-AAACAATCAAAATATTTAAATAATTAATTATTTAATTATTAAAAACAACCCAAAT
17035746 ATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTATTTATTTATTA
1 ATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTA-TTA---A--A
*
17035811 AAAACCAAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATCATT
60 AAAACCAAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATT
* ** * *
17035876 AAAA-ACTTTATATATTTAAATATTTAATTA
125 AAAACAATCAAAATATTTAAATAATTAATTA
17035906 CTATAGGGTA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 34, Indels: 39
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
183 12 0.04
184 3 0.01
185 40 0.13
186 13 0.04
187 55 0.18
188 22 0.07
189 5 0.02
191 4 0.01
192 2 0.01
193 5 0.02
194 11 0.04
195 58 0.19
196 47 0.16
197 4 0.01
198 14 0.05
200 4 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTATTAAAAAAACC
AAATATTTAATTAAAAATATGTTATTATTTAATTACATTTAATTAAATATTTAATAATTAAAACA
ATCAAAATATTTAAATAATTAATTATTTAATTATTAAAAACAACCCAAAT
Found at i:17035809 original size:79 final size:76
Alignment explanation
Indices: 17035664--17035831 Score: 248
Period size: 79 Copynumber: 2.2 Consensus size: 76
17035654 TTATTTAGTT
* *
17035664 ATATATAATTAAATATTTAATAATTAGAAACAATCAAAATATTTAAATATTTAATTATTTAATTA
1 ATATTTAATTAAATATTTAATAATTAGAAAAAATCAAAATATTTAAATATTTAATTATTTAATTA
17035729 TTAAAAATAACCCAA
66 TT--AAA-AA-CCAA
* * *
17035744 ATATTTAATTAAATATTTAATAATTA-AAAAAATCCAAATATTTATATATTTAATTATTTATTTA
1 ATATTTAATTAAATATTTAATAATTAGAAAAAATCAAAATATTTAAATATTTAATTATTTAATTA
17035808 TTAAAAACCAA
66 TTAAAAACCAA
17035819 ATATTTAATTAAA
1 ATATTTAATTAAA
17035832 AATATGTTAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 5, Indels: 5
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
75 17 0.20
76 2 0.02
77 3 0.04
79 36 0.43
80 25 0.30
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (76 bp):
ATATTTAATTAAATATTTAATAATTAGAAAAAATCAAAATATTTAAATATTTAATTATTTAATTA
TTAAAAACCAA
Found at i:17045633 original size:207 final size:207
Alignment explanation
Indices: 17045080--17046312 Score: 2089
Period size: 207 Copynumber: 6.0 Consensus size: 207
17045070 TGCCTAATCG
17045080 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
1 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
* *
17045145 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGCGATACTGAGAAGTGGACCAAATTGGTCTTCCTGATGAA
66 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
* *
17045210 ATACAAAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGATCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
131 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
**
17045275 CAAATCAATTCC
196 CAAATCAAACCC
* * * * *
17045287 ACGCTCGATGCGAGCAAATCTTCGAA-CCTCAACTTCCTAATGAGATACTGAGAAGCAGGTCGAA
1 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
* *
17045351 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGACGAG
66 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
17045416 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
131 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
17045481 CAAATCAAACCC
196 CAAATCAAACCC
*
17045493 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
1 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
*
17045558 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTGGTCTTCCTGATGAA
66 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
* *
17045623 ATACAGAGAAGCAGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTAATGAGATACTGAGAAGAAGAC
131 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
*
17045688 CAAATCAAACCT
196 CAAATCAAACCC
*
17045700 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCAAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
1 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
* *
17045765 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGACGAG
66 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
17045830 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACT--G-AGAAGAC
131 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
17045892 CAAATCAAACCC
196 CAAATCAAACCC
17045904 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
1 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
17045969 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
66 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
*
17046034 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAGGAAGAC
131 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
17046099 CAAATCAAACCC
196 CAAATCAAACCC
* * ** * * * **
17046111 CCGCTCAATACGAGCAAATCTTCGAA-CCTCAGCTTCCTAATGAGATACTGAAAAGCGGGTCGAA
1 ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
*
17046175 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAG
66 GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
* * * * *
17046240 ATACAGAGAAGCGGATTGAGACAAGTAATGCGGTCATCTTCTTGATGGGATACTGAGAAGAAGGC
131 ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
*
17046305 CAAGTCAA
196 CAAATCAA
17046313 TGAAATCAGA
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 54, Indels: 9
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
204 199 0.21
205 1 0.00
206 357 0.37
207 411 0.42
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (207 bp):
ACGCTCGATGTGAGCAAATCTTCGAACCCCCAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTAGGTCGAA
GCAATAAAATGGTTAGCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGTGGACCAAATTCGTCTTCCTGATGAA
ATACAGAGAAGCGGATTGAAACAAGTGATGCGGTCATCTTCCTGATGAGATACTGAGAAGAAGAC
CAAATCAAACCC
Found at i:17046652 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17046630--17046706 Score: 75
Period size: 17 Copynumber: 4.5 Consensus size: 17
17046620 CCAACAAAGT
*
17046630 TTAAATTTGTTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
**
17046647 TTAAATTTATTTTAAGT
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
17046664 TTAAATTTA-CTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
* *
17046680 TTTAAATTTATTATAAAT
1 -TTAAATTTATTTTAAAA
*
17046698 TTAAGTTTA
1 TTAAATTTA
17046707 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 10, Indels: 4
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.08
17 40 0.83
18 4 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTATTTTAAAA
Found at i:17046666 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 17046640--17046727 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 15.2 Consensus size: 6
17046630 TTAAATTTGT
* * * * *
17046640 TTTAAA ATTAAA TTT-AT TTTAAG TTTAAA TTT-AC TTAAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* **
17046686 TTT--A TTATAAA TTTAAG TTTAAAA AATAAA TTTAAA -TTAAA T
1 TTTAAA TT-TAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA T
17046728 GTCCAAAATA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 15, Indels: 14
0.67 0.17 0.16
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.05
5 13 0.22
6 38 0.63
7 6 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:17046669 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 17046626--17046706 Score: 101
Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 34
17046616 GGGCCCAACA
** *
17046626 AAGTTTAAATTTGTTTTAAAA-TTAAATTTATTTT
1 AAGTTTAAATTT-ACTTAAAATTTAAATTTATTAT
17046660 AAGTTTAAATTTACTTAAAATTTAAATTTATTAT
1 AAGTTTAAATTTACTTAAAATTTAAATTTATTAT
* *
17046694 AAATTTAAGTTTA
1 AAGTTTAAATTTA
17046707 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.15
34 35 0.85
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.05, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
AAGTTTAAATTTACTTAAAATTTAAATTTATTAT
Found at i:17047493 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17047476--17047502 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
17047466 GGCATCAATG
17047476 AATATTATTAAT
1 AATATTATTAAT
17047488 AATATTATTAAT
1 AATATTATTAAT
17047500 AAT
1 AAT
17047503 TAATAAAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
AATATTATTAAT
Found at i:17048720 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 17048663--17048767 Score: 122
Period size: 30 Copynumber: 3.5 Consensus size: 30
17048653 CTAAACTATC
** **
17048663 CAAAAATTATATTTTT-ACCCTTGAACTTT
1 CAAAAATTCCATTTTTAACCCTAAAACTTT
*
17048692 CAAAAATTCCATTTTTAACCCTAAAACTTC
1 CAAAAATTCCATTTTTAACCCTAAAACTTT
* **
17048722 CAAAAATTCCTTTTTTAACCCCGAAACTTT
1 CAAAAATTCCATTTTTAACCCTAAAACTTT
17048752 CAAAAATTACCATTTT
1 CAAAAATT-CCATTTT
17048768 ACCCCGGATG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 10, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 14 0.22
30 44 0.69
31 6 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
CAAAAATTCCATTTTTAACCCTAAAACTTT
Found at i:17057855 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17057830--17057875 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
17057820 AATTGTTCCG
*
17057830 ACAACGAATGTGGCATTTTGTA
1 ACAACGAATGTGACATTTTGTA
*
17057852 ACAATGAATGTGACATTTTGTA
1 ACAACGAATGTGACATTTTGTA
17057874 AC
1 AC
17057876 TTGGACCTGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
ACAACGAATGTGACATTTTGTA
Found at i:17061497 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17061484--17061521 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
17061474 TGGAGAAATA
17061484 GGAAATGAGAGAAAGT
1 GGAAATGAGAGAAAGT
*
17061500 TGAAATGAGAGAAAGTT
1 GGAAATGAGAGAAAG-T
17061517 GGAAA
1 GGAAA
17061522 AGGTAACTGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.74
17 5 0.26
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (16 bp):
GGAAATGAGAGAAAGT
Found at i:17061873 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 17061844--17061908 Score: 96
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
17061834 AAAATTTTCT
17061844 CAAATCGAATCGAGTGTGATGGAATC
1 CAAATCGAATCGAGTGTGATGGAATC
*
17061870 CAAATC-AAGTCGAGTGTGATGGAATT
1 CAAATCGAA-TCGAGTGTGATGGAATC
*
17061896 CGAATCGAATCGA
1 CAAATCGAATCGA
17061909 ATATATATGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 2 0.06
26 31 0.89
27 2 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (26 bp):
CAAATCGAATCGAGTGTGATGGAATC
Found at i:17067179 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17067153--17067201 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
17067143 TTGAAACAAA
*
17067153 TTTAATATTATTATTTTAAAAATAAT
1 TTTAATATTAAT-TTTTAAAAATAAT
*
17067179 TTTAATTTTAATTTTTAAAAATA
1 TTTAATATTAATTTTTAAAAATA
17067202 TTGAAAATAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 11 0.52
26 10 0.48
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (25 bp):
TTTAATATTAATTTTTAAAAATAAT
Found at i:17067210 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 17067196--17067221 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 2.9 Consensus size: 9
17067186 TTAATTTTTA
17067196 AAAATATTG
1 AAAATATTG
17067205 AAAATATTG
1 AAAATATTG
17067214 AAAATATT
1 AAAATATT
17067222 AATATCAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 17 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (9 bp):
AAAATATTG
Found at i:17067427 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17067361--17067427 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
17067351 CAATAAACTT
* * *
17067361 AAAAATAATAAAATTAATTTTA
1 AAAAATATTTAAATTAATATTA
* * *
17067383 AAAAATATTATTAATATATTATTG
1 AAAAATATT-TAAAT-TAATATTA
17067407 AAAAATATTTAAATTAATATT
1 AAAAATATTTAAATTAATATT
17067428 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 8, Indels: 4
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.40
23 7 0.20
24 14 0.40
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
AAAAATATTTAAATTAATATTA
Found at i:17072239 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 17072201--17072248 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
17072191 TCTACATGGG
17072201 CATAATCTCTCATAT-TCATCATTTCT
1 CATAATCTCTCATATATCA-CATTTCT
17072227 CATAAT-T-TCATATATCACATTT
1 CATAATCTCTCATATATCACATTT
17072249 ACATTTCTCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
24 11 0.52
25 4 0.19
26 6 0.29
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (26 bp):
CATAATCTCTCATATATCACATTTCT
Found at i:17079205 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17079183--17079216 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
17079173 TTTGCAATTT
17079183 CCATTCATGAACTTAAA
1 CCATTCATGAACTTAAA
*
17079200 CCATTCATGAATTTAAA
1 CCATTCATGAACTTAAA
17079217 GAATTTATAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.21, G:0.06, T:0.32
Consensus pattern (17 bp):
CCATTCATGAACTTAAA
Found at i:17080618 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 17080560--17080653 Score: 134
Period size: 43 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
17080550 TGAAAAAACG
* * * *
17080560 CCGCTATAGAACATGTTCTTTAGCGGCGTTTTTCCTACAAGCC
1 CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGCTTTTCCAACAAGCC
* *
17080603 CCGCTAAAGACCATGTTCTTTAGCGACGCTTTTCCAACAAGCG
1 CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGCTTTTCCAACAAGCC
17080646 CCGCTAAA
1 CCGCTAAA
17080654 TTAACAGATT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 45 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (43 bp):
CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGCTTTTCCAACAAGCC
Found at i:17080970 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17080940--17080991 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
17080930 CTTTCTTGTA
* *
17080940 GCCTCTGCTTCCCTTGCTCCT
1 GCCTCCGCTTCCCTCGCTCCT
* * *
17080961 GTCTCCGCTTGCCTCGCTGCT
1 GCCTCCGCTTCCCTCGCTCCT
17080982 GCCTCCGCTT
1 GCCTCCGCTT
17080992 TAAGTTGTAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.46, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
GCCTCCGCTTCCCTCGCTCCT
Found at i:17084567 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17084541--17084587 Score: 76
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
17084531 TGTTTTTTTA
*
17084541 TAATTAAAAATAATTAAATATT
1 TAATTAAAAATAATTAAATAAT
*
17084563 TAATTAAATATAATTAAATAAT
1 TAATTAAAAATAATTAAATAAT
17084585 TAA
1 TAA
17084588 ATCTTTCAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 23 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
TAATTAAAAATAATTAAATAAT
Found at i:17084575 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 17084539--17085772 Score: 264
Period size: 32 Copynumber: 39.5 Consensus size: 31
17084529 GTTGTTTTTT
17084539 TATAATTAAAAATAATTAAATATTT-AATTAAA
1 TATAATT--AAATAATTAAATATTTAAATTAAA
*
17084571 TATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTT-AAATTAAA
* * * *
17084603 TAT--TTAATTAACTACTATTGTTTATAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTA--AATATTTA-AATTAAA
17084635 TATTTAATTCAACATAATT-AA-A--T-AATTAAA
1 TA--TAATT-AA-ATAATTAAATATTTAAATTAAA
** * *
17084665 TATAATTATTTACTTAAATATTTTAAAGTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATA-TTTAAATTAAA
* *
17084697 TATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCT--T
1 TA--TAATT-AA-ATAATTAAATATTTAAAT-TAAA
* * ** ***
17084731 TCA-AATTAAATATTTAATTAACTAATATTGTT
1 T-ATAATTAAATAATTAAATATTTAA-ATTAAA
*
17084763 TATAATTAAATATTTAATTTACTATTT-AATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAA---A-TATTTAAATTAAA
* *
17084797 TATAATTAAAT-A-TAATTATTT-ACTTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* *
17084825 TAT--TT-TA-AATTAAACATTT-AATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
*
17084851 TATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTT-AAATTAAA
* * *
17084883 TATTTAATTAACTAA-T-ACTGTTTATAATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTA-AATTAAA
*
17084915 TATTTAATTAACT-ATT-AA-A--T-AATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
** *
17084942 TATAATTATTTACTTAAATATTTTAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATA-TTTAAATTAAA
* *
17084974 TATAATTAAATAATTAAATCTCTCAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATAT-TTAAATTAAA
* * *
17085006 TATTTAATTAACTAA-T-ATTGTTTATAATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTA-AATTAAA
* * * **
17085038 TATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTA-AATTAAA
** *
17085072 TATAATTATTTACTTAAATATTTTAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATA-TTTAAATTAAA
*
17085104 TATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAA
1 TA--TAATT-AA-ATAATTAAATATTTAAA---TT-AAA
* ** *
17085143 -ATAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAA
1 TATAATTAAATAATT-A--AATA-T-TT-A-AATTAAA
* * *
17085180 TATTTAATTAAAT-A-TAATTATTT-ACTTTAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* * *
17085210 TAT--TT-TATATTTAATTATTT-AATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* *
17085237 TATAATTAAATAATTAAATCTTCCAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATT-TAAATTAAA
** *
17085269 TAT--TTACTTAACT-AATACTGTTCATAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATA-T-TT-A-AATTAAA
* * *
17085301 TATTTAATTAAAT-A-TAATTATTT-ACTTTAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* * *
17085331 TAT--TT-TATATTTAATTATTT-AATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* *
17085358 TATAATTAAATAATTAAATCTTCCAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATT-TAAATTAAA
** *
17085390 TAT--TTACTTAACT-AATACTGTTCATAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATA-T-TT-A-AATTAAA
* * *
17085422 TACTTAATTAAAT-A-TAATTATTT-ACTTTAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* * *
17085452 TAT--TT-TATATTTAATTATTT-AATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
*
17085479 TATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAAT-ATTTAAATTAAA
* * *
17085511 TATTTAATTAAA-AAAT-ATTGTTTATAATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTA-AATTAAA
* * * **
17085543 TAGTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTA-AATTAAA
** *
17085577 TATAATTATTTACTTAAATATTTTAAATTAAA
1 TATAATTAAATAATTAAATA-TTTAAATTAAA
**
17085609 TATTTAATTAAAT-A-T-AAT-TAAACAATTAAA
1 TA--TAATTAAATAATTAAATATTTA-AATTAAA
* * *
17085639 TCT--TT-TA-AATTAAATATTT-AATTAAC
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
*
17085665 TA-ATATTATTTATAATTAAATATTT-AATTAAA
1 TATA-ATTA--AATAATTAAATATTTAAATTAAA
*
17085697 -ATAATTAAATAATTAAATA--T-AATTAAT
1 TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
* * *
17085724 TGCTACGATT-TATAATTAAATATAT-AATTAAA
1 T-ATA--ATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
*
17085756 CATAATTAAATAATTAA
1 TATAATTAAATAATTAA
17085773 TATAATTATT
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 163, Indels: 286
0.67 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.02
26 40 0.04
27 75 0.08
28 30 0.03
29 32 0.04
30 149 0.17
31 39 0.04
32 296 0.33
33 18 0.02
34 102 0.11
35 28 0.03
36 36 0.04
37 10 0.01
38 11 0.01
39 5 0.01
40 7 0.01
41 2 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (31 bp):
TATAATTAAATAATTAAATATTTAAATTAAA
Found at i:17084584 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17084539--17085127 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 28.6 Consensus size: 20
17084529 GTTGTTTTTT
*
17084539 TATAATTAAAAATAATTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
17084559 TATTTAATTAAATATAATT-AA
1 TA--TAATTAAATATAATTAAA
*
17084580 -ATAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TATAATTAAA--TAT--AATTAAA
* ***
17084603 TATTTAATTAACTACT-ATTGTT
1 TA--TAATTAAATA-TAATTAAA
*
17084625 TATAATTAAATATTTAATTCAA
1 TATAATTAAATA--TAATTAAA
*
17084647 CATAATT-AA-ATAATTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
* *
17084665 TATAATT--ATTTACTTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
*
17084683 TAT-TTTAAAGTA-AA-T--A
1 TATAATTAAA-TATAATTAAA
*
17084699 TTTAATTAAATATAATT-AA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
*
17084718 -ATAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TATAATTAAA--TAT--AATTAAA
* ***
17084741 TATTTAATTAACTA-ATATTGTT
1 TA--TAATTAAATATA-ATTAAA
*
17084763 TATAATTAAATATTTAATTTACTA
1 TATAATTAAATA--TAA-TTA-AA
*
17084787 TTTAATTAAATATAATTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
* *
17084807 TATAATT--ATTTACTTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
* *
17084825 TAT-TTTAAAT-TAA--ACA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
*
17084841 TTTAATTAAATATAATT-AA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
*
17084860 -ATAATTAAATCTTTCAAATTAAA
1 TATAATTAAA--TAT--AATTAAA
* * *
17084883 TATTTAATTAACTAATACTGT--T
1 TA--TAATTAAAT-ATAAT-TAAA
17084905 TATAATTAAATAT--TT-AA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
*
17084922 T-TAACTATTAA-ATAATTAAA
1 TATAA-T-TAAATATAATTAAA
* *
17084942 TATAATT--ATTTACTTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
17084960 TATTTTAAATTAAATATAATT-AA
1 TA---T-AATTAAATATAATTAAA
*
17084983 -ATAATTAAATCTCTCAAATTAAA
1 TATAATTAAA--TAT--AATTAAA
* ***
17085006 TATTTAATTAACTA-ATATTGTT
1 TA--TAATTAAATATA-ATTAAA
17085028 TATAATTAAATATTTAATTAACTA
1 TATAATTAAATA--TAATTAA--A
*
17085052 TTTAATTAAATATAATTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
* *
17085072 TATAATT--ATTTACTTAAA
1 TATAATTAAATATAATTAAA
17085090 TATTTTAAATTAAATATTTAATTAAA
1 TA---T-AATTAAATA--TAATTAAA
17085116 TATAATTAAATA
1 TATAATTAAATA
17085128 ATTAAATCTT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 72, Indels: 172
0.63 0.11 0.26
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.03
17 24 0.06
18 96 0.23
19 12 0.03
20 66 0.16
21 15 0.04
22 88 0.21
23 17 0.04
24 40 0.10
25 2 0.00
26 37 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
TATAATTAAATATAATTAAA
Found at i:17084604 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 17084552--17085772 Score: 490
Period size: 44 Copynumber: 27.8 Consensus size: 43
17084542 AATTAAAAAT
17084552 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTT-A
* * ** *
17084596 AATTAAATATTTAATTAACTACTATTGTTTATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAATA-TAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
** * *
17084640 AATTCAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAAATATTTTA
1 AATT-AA-AT-ATT---TAATTAAATATAATTAAATAATTAAAT-CTTTA
*
17084690 AAGTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTT-A
* * ** *
17084734 AATTAAATATTTAATTAACTAATATTGTTTATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
* * ** *
17084778 AATTTACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATT-AA-ATAATTAAAT-CTTTA
17084824 ATATTTTAAATTAAACATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCA
1 A-A--TTAAA-T----ATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTT-A
* * ** *
17084876 AATTAAATATTTAATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
*
17084920 AATTAACTATTAAATAATTAAATATAATT--AT--TT--A-C-TTA
1 AATTAAATATT---TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTA
*
17084958 AA-T--AT-TTTAAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTCTCA
1 AATTAAATATTT-AATTAAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTA
* * ** *
17084999 AATTAAATATTTAATTAACTAATATTGTTTATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
* ** *
17085043 AATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATT-AA-ATAATTAAAT-CTTTA
17085089 ATATTTTAAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCA
1 A-A--TT-AA--A--TATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTT-A
* * * * ** *
17085141 AAATAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
* *
17085185 AATTAAATA--TAATT--ATTTACTT---TAA-T--AT-TTTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTA
* * *
17085217 TATTTAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTCCA
1 -AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTT-TA
* * * ** *
17085262 AATTAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
* *
17085306 AATTAAATA--TAATT--ATTTACTT---TAA-T--AT-TTTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTA
* * *
17085338 TATTTAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTCCA
1 -AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTT-TA
* * * **
17085383 AATTAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATAC-TT-
1 AATTAAATATTTAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAAT-CTTTA
* *
17085427 AATTAAATA--TAATT--ATTTACTT---TAA-T--AT-TTTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTA
* *
17085459 TATTTAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 -AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATC-TTTA
* * ** **
17085504 AATTAAATATTTAATTAAAAAATATTGTTTATAATTAAATAGTT-
1 AATTAAATATTTAATT-AAATATAAT-TAAATAATTAAATCTTTA
* ** *
17085548 AATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATT-AA-ATAATTAAAT-CTTTA
*
17085594 ATATTTTAAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAACAATTAAATCTTTTA
1 A-A--TT-AA--A--TATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATC-TTTA
* * *
17085646 AATTAAATATTTAATTAACTA-ATATTATTTATAATTAAATATTT-
1 AATTAAATATTTAATTAAATATA-ATTA--AATAATTAAATCTTTA
*** *
17085690 AATTAAAATAATTAAATAATTAAATATAATT-AATTGCTACGA--TTTA
1 AATT-AAAT-ATT---TAATTAAATATAATTAAATAATTA-AATCTTTA
* *
17085736 TAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAA
1 -AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAA
17085773 TATAATTATT
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 154, Indels: 280
0.67 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
31 9 0.01
32 20 0.02
33 21 0.02
34 7 0.01
35 25 0.03
36 2 0.00
37 21 0.02
38 6 0.01
39 14 0.02
40 12 0.01
41 9 0.01
42 30 0.03
43 32 0.04
44 279 0.32
45 66 0.07
46 135 0.15
47 23 0.03
48 17 0.02
49 35 0.04
50 18 0.02
51 10 0.01
52 31 0.04
53 6 0.01
54 56 0.06
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (43 bp):
AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTA
Found at i:17084682 original size:26 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17084649--17084721 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
17084639 TAATTCAACA
17084649 TAATTAAATAATTAAATATAATTATT
1 TAATTAAATAATTAAATA-AA-TATT
* *
17084675 TACTTAAATATTTTAAAGTAAATATT
1 TAATTAAATA-ATTAAA-TAAATATT
17084701 TAATTAAATATAATTAAATAA
1 TAATT-AA-ATAATTAAATAA
17084722 TTAAATCTTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 8
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.51
27 14 0.36
28 5 0.13
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (24 bp):
TAATTAAATAATTAAATAAATATT
Found at i:17084803 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 17084535--17085521 Score: 353
Period size: 54 Copynumber: 17.5 Consensus size: 54
17084525 TTGGGTTGTT
* *
17084535 TTTTTATAATTAAA-A-ATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
1 TTTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAA-T-AA
* * *** *
17084589 TCTTTCA-AATTAAATATTTAATTAACTA-CT-ATTGTTTATAATTAAATATTTAA
1 T-TTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATA-ATAA
*** * * * *
17084642 TTCAACATAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAAATAT-TTTAAAGTAA-ATA
1 TT-TTTATAATTAAAT-ATTTAAT-TAACTATTTAATTAAATATAATTAAA-TAATA-A
* ** * * *
17084699 TTTAATTA-AATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTAAT-A
1 TTT--TTATAAT-TAAATATTTAATTAACTATTT--AATTAAATA--TAATTAAATAATAA
*
17084758 TTGTTTATAATTAAATATTTAATTTACTATTTAATTAAATATAATTAAAT-ATAA
1 TT-TTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAATAA
* *
17084812 TTATT-TACTTAAATATTTTAAATTAAAC-ATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
1 TTTTTATAATTAAATA-TTT-AATT-AACTATTTAATTAAATATAATTAAATAA-T-AA
* * * * *
17084869 TCTTTCA-AATTAAATATTTAATTAACTA-ATACTGT--TTATAATTAAATATTTAA
1 T-TTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAAT-TAAATATAATTAAATA-ATAA
* * * * *
17084922 --TTAACT-ATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAAATAT-TTTAAAT--TAA
1 TTTTTA-TAATTAAAT-ATTTAAT-TAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAATAA
* * * * ** *
17084973 ---ATATAATTAAATAATTAA--ATCTCTCAAATTAAATATTTAATTAACTAAT-A
1 TTTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATA--TAATTAAATAATAA
17085023 TTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAAT-ATAA
1 TT-TTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAATAA
* * *
17085077 TTATT-TACTTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
1 TTTTTATAATTAAATA-TTT-AATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAA-T-AA
* * *
17085134 TCTTTCA-AAATAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAAAT-ATAA
1 T-TTTTATAATTAAATATTTAATTAAC---TA---TT--TAATTAAATA--TAATTAAATAATAA
* * * *
17085197 TTATT-TACTTTAATATTTTATATTTAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
1 TTTTTATAATTAAATA-TTTA-A-TTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAA-T-AA
** *
17085255 TCTTCCA-AATTAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAAAT-ATAA
1 T-TTTTATAATTAAATATTTAATTAAC---TA---TT--TAATTAAATA--TAATTAAATAATAA
* * * *
17085318 TTATT-TACTTTAATATTTTATATTTAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
1 TTTTTATAATTAAATA-TTTA-A-TTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAA-T-AA
** *
17085376 TCTTCCA-AATTAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATACTTAATTAAAT-ATAA
1 T-TTTTATAATTAAATATTTAATTAAC---TA---TT--TAATTAAATA--TAATTAAATAATAA
* * * *
17085439 TTATT-TACTTTAATATTTTATATTTAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
1 TTTTTATAATTAAATA-TTTA-A-TTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAA-T-AA
17085497 TCTTTTA-AATTAAATATTTAATTAA
1 T-TTTTATAATTAAATATTTAATTAA
17085522 AAAATATTGT
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 120, Indels: 236
0.66 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
46 11 0.02
48 1 0.00
49 10 0.01
50 12 0.02
51 11 0.02
52 25 0.04
53 27 0.04
54 148 0.21
55 52 0.07
56 72 0.10
57 62 0.09
58 78 0.11
59 44 0.06
60 5 0.01
61 4 0.01
62 36 0.05
63 21 0.03
64 33 0.05
65 15 0.02
66 27 0.04
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (54 bp):
TTTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATAATAA
Found at i:17084891 original size:142 final size:138
Alignment explanation
Indices: 17084552--17085772 Score: 1339
Period size: 121 Copynumber: 9.3 Consensus size: 138
17084542 AATTAAAAAT
17084552 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
*
17084617 CTATTGTTTATAATTAAATATTTAATTCAACA-TAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTA
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATT-AACATTAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTA
17084681 AATATTTTA
130 AATATTTTA
*
17084690 AAGTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
*
17084755 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTTACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTAC
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAC-A-TTAATT-AA-ATAATTAAATATAATTATTTAC
17084820 TTAAATATTTTA
127 TTAAATATTTTA
*
17084832 AATTAAACATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
*
17084897 ATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAC--T-ATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACATTAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
17084959 ATA---T-
131 ATATTTTA
*
17084963 --TT---TA---AATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTCTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
17085020 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTAC
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAC-A-TTAATT-AA-ATAATTAAATATAATTATTTAC
17085085 TTAAATATTTTA
127 TTAAATATTTTA
* *
17085097 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAATAAATATTTACTTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
* * * *
17085162 ATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAA-ATATAATT--AT--TT-ACTTTAA-TA-TT--TT-
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACAT-TAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTA
17085216 -ATA-TTT-
130 AATATTTTA
* * * * *
17085222 AATT--AT-TTAATTAAA-TATAATTAAATAATTAAATCTTCCAAATTAAATATTTACTTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
* * * *
17085283 ATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAA-ATATAATT--AT--TT-ACTTTAA-TA-TT--TT-
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACAT-TAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTA
17085337 -ATA-TTT-
130 AATATTTTA
* * * * *
17085343 AATT--AT-TTAATTAAA-TATAATTAAATAATTAAATCTTCCAAATTAAATATTTACTTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
* * * * *
17085404 ATACTGTTCATAATTAAATACTTAATTAA-ATATAATT--AT--TT-ACTTTAA-TA-TT--TT-
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACAT-TAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTA
17085458 -ATA-TTT-
130 AATATTTTA
* * * * **
17085464 AATT--AT-TTAATTAAA-TATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAAAA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
*
17085525 ATATTGTTTATAATTAAATAGTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTAC
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAAC-A-TTAATT-AA-ATAATTAAATATAATTATTTAC
17085590 TTAAATATTTTA
127 TTAAATATTTTA
* *
17085602 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAACAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAACTA
1 AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
* * * *
17085667 ATATTATTTATAATTAAATATTTAATTAA-AATAATTAAATAATTAAATATAATTAATTGC-T-A
66 ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACATTAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
**
17085729 CGA-TTTA
131 ATATTTTA
* *
17085736 TAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAATAATTAA
1 -AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAA
17085773 TATAATTATT
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 49, Indels: 99
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
121 306 0.31
122 6 0.01
123 89 0.09
124 1 0.00
125 4 0.00
126 4 0.00
127 6 0.01
128 3 0.00
129 8 0.01
130 34 0.03
131 4 0.00
132 5 0.01
133 6 0.01
134 8 0.01
135 64 0.06
136 10 0.01
137 28 0.03
138 98 0.10
139 8 0.01
140 14 0.01
141 8 0.01
142 272 0.28
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (138 bp):
AATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTA
ATATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACATTAATTAAATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
ATATTTTA
Found at i:17085011 original size:265 final size:262
Alignment explanation
Indices: 17084693--17085311 Score: 1017
Period size: 265 Copynumber: 2.3 Consensus size: 262
17084683 TATTTTAAAG
17084693 TAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTTAATTAACTAATA
1 TAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATC-TTCAAATTAAATATTTAATTAACTAATA
*
17084758 TTGTTTATAATTAAATATTTAATTTACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTA
65 TTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTA
*
17084823 AATATTTTAAATTAAACATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAATTAAATATTT
130 AATATTTTAAATTAAACATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAATAAATATTT
* *
17084888 AATTAACTAATACTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTAAATAATTAAATATAAT-TATT
195 AATTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAAATA-T-AATAATTAAATATAATATATT
17084952 -TACT
258 ATACT
17084956 TAAATATTTTAAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTCTCAAATTAAATATTTAATTAACTAA
1 TAAATA-TTT-AATTAAATATAATTAAATAATTAAATCT-TCAAATTAAATATTTAATTAACTAA
17085021 TATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACT
63 TATTGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACT
*
17085086 TAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAATAAATAT
128 TAAATATTTTAAATTAAACATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAATAAATAT
* * * * * *
17085151 TTACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTT
193 TTAATTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAAATATAATAATTAAATATAATATATT
*
17085216 ATATT
258 ATACT
* *
17085221 TAATTATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTCCAAATTAAATATTTACTTAACTAATA
1 TAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTT-CAAATTAAATATTTAATTAACTAATA
* *
17085286 CTGTTCATAATTAAATATTTAATTAA
65 TTGTTTATAATTAAATATTTAATTAA
17085312 ATATAATTAT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 16, Indels: 12
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
262 1 0.00
263 95 0.28
264 11 0.03
265 227 0.68
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (262 bp):
TAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTCAAATTAAATATTTAATTAACTAATAT
TGTTTATAATTAAATATTTAATTAACTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTAA
ATATTTTAAATTAAACATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTCAAAATAAATATTTA
ATTAACTAATACTGTTCATAATTAAATATTTAATTAAATATAATAATTAAATATAATATATTATA
CT
Found at i:17085203 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17085179--17085226 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
17085169 TCATAATTAA
17085179 ATATTTAATTAAATATAAT
1 ATATTTAATTAAATATAAT
* * **
17085198 -TATTTACTTTAATATTTT
1 ATATTTAATTAAATATAAT
17085216 ATATTTAATTA
1 ATATTTAATTA
17085227 TTTAATTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 6, Indels: 2
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.64
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATATTTAATTAAATATAAT
Found at i:17085310 original size:76 final size:74
Alignment explanation
Indices: 17084934--17085714 Score: 320
Period size: 76 Copynumber: 10.4 Consensus size: 74
17084924 AACTATTAAA
** * *
17084934 TAATTAAATATAATTATTTACTTAAATATTTTAAATTAAATA--TAATTAAATAATTAAATCTCT
1 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAA-T--AT-T-T
*
17084997 CA-AATTAAATATT
61 TATAATTAAATATT
* * ** * * *
17085010 TAATTAACTAATATTGTTTATAATTAAAT-ATTT-AATTAACTATTTAATTAAAT-ATA-ATTA-
1 TAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAATATTTTAT
*
17085070 AATATAATTATT
64 AAT-TAAATATT
* * *
17085082 TACTTAAATAT--TT-TA-AATTAAAT-ATTT-AATTAAATA--TAATTAAATAATTAAATCTTT
1 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAA-T--AT-TTT
*
17085139 CA-AAATAAATATT
62 -ATAATTAAATATT
* * * ** * * **
17085152 TACTTAACTAATACTGTTCATAATTAAAT-ATTT-AATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTT
1 TAATTAAAT-ATAAT-TAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATAT--TTAATTA-AATAATATTT
* *
17085215 TATATTTAATTATT
61 TATAATTAAATATT
** * * *
17085229 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTCCAAATTAAATATTTACTTAACTAATACTGTTCAT
1 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAATA-T-TTTAT
17085294 AATTAAATATT
64 AATTAAATATT
** * * * * * **
17085305 TAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATTTTATATTTAATTATTTAATTAAAT-ATAATTAAAT
1 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTA-AATTAAATATTTAATTAAATAAT-ATTTTAT
*
17085369 AATTAAATCTT
64 AATTAAATATT
* ** * * *
17085380 CCAAATTAAATAT--TTACTTAACT-AATACTGTTCATAATTAAATACTTAATTAAATATAATTA
1 --TAATTAAATATAATTAAATAATTAAAT-CT-TTTA-AATTAAATATTTAATT-AA-ATAA-TA
* **
17085442 TTTACTTTAATATTTTATATT
58 TTT--TAT-A-ATTAAATATT
* *
17085463 TAATTATTTAAT-TAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAAAAAT
1 TAATTA---AATAT-AAT-TAAAT-AA---TTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAAT
*
17085527 ATTGTTTATAATTAAATAGT
57 A-T-TTTATAATTAAATATT
* * *
17085547 TAATTAACTATTTAATTAAAT-A-T-AA----TTAAATATAATTATTTACTT--A-AATATTTTA
1 TAATTAA--ATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAAT-TAAATATTTAATTAAATAATATTTTA
17085602 -AATTAAATATT
63 TAATTAAATATT
* *
17085613 TAATTAAATATAATTAAACAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAACTAATATTATTTAT
1 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAATA-T-TTTAT
17085678 AATTAAATATT
64 AATTAAATATT
17085689 TAATTAAA-ATAATTAAATAATTAAAT
1 TAATTAAATATAATTAAATAATTAAAT
17085715 ATAATTAATT
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 87, Indels: 147
0.70 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
64 19 0.03
65 2 0.00
66 39 0.07
67 8 0.01
68 3 0.01
69 5 0.01
70 29 0.05
71 24 0.04
72 25 0.05
73 5 0.01
74 11 0.02
75 63 0.12
76 123 0.23
77 65 0.12
78 23 0.04
79 4 0.01
80 8 0.01
81 10 0.02
82 5 0.01
83 13 0.02
84 17 0.03
85 1 0.00
86 5 0.01
87 8 0.01
88 6 0.01
89 15 0.03
90 3 0.01
91 3 0.01
92 3 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (74 bp):
TAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTAAATAATATTTTATAA
TTAAATATT
Found at i:17085324 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17085300--17085347 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
17085290 TCATAATTAA
17085300 ATATTTAATTAAATATAAT
1 ATATTTAATTAAATATAAT
* * **
17085319 -TATTTACTTTAATATTTT
1 ATATTTAATTAAATATAAT
17085337 ATATTTAATTA
1 ATATTTAATTA
17085348 TTTAATTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 6, Indels: 2
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.64
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATATTTAATTAAATATAAT
Found at i:17085486 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17085471--17085793 Score: 84
Period size: 18 Copynumber: 17.6 Consensus size: 18
17085461 TTTAATTATT
17085471 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAATATAATTAAA
* *
17085489 TAATTAAATCT--TT-TA
1 TAATTAAATATAATTAAA
17085504 -AATTAAATATTTAATTAAAA
1 TAATTAAATA--TAATT-AAA
* ***
17085524 AATATTGTTTATAATTAAA
1 TA-ATTAAATATAATTAAA
* * **
17085543 TAGTT-AAT-TAACTATT
1 TAATTAAATATAATTAAA
17085559 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAATATAATTAAA
* *
17085577 T-A-TAATTATTTACTTAAA
1 TAATTAA--ATATAATTAAA
* * **
17085595 TATTTTAAAT-TAAATATT
1 TA-ATTAAATATAATTAAA
17085613 TAATTAAATATAATTAAA
1 TAATTAAATATAATTAAA
* * *
17085631 CAATTAAATCT--TT-TA
1 TAATTAAATATAATTAAA
*
17085646 -AATTAAATATTTAATTAAC
1 TAATTAAATA--TAATTAAA
**
17085665 TAATATTATTTATAATTAAATA
1 T-A-ATTAAATATAATT-AA-A
17085687 TTTAATTAAA-ATAATTAAA
1 --TAATTAAATATAATTAAA
*
17085706 TAATTAAATATAATTAATTGC
1 TAATTAAATATAATTAA---A
* *
17085727 TACGATTTATAAT-TAAATATA
1 TA--A-TTA-AATATAATTAAA
*
17085748 TAATTAAACATAATTAAA
1 TAATTAAATATAATTAAA
**
17085766 TAATT-AATATAATTATT
1 TAATTAAATATAATTAAA
17085783 TAATTAAATAT
1 TAATTAAATAT
17085794 TTATTCATCA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 50, Indels: 76
0.63 0.15 0.22
Matches are distributed among these distances:
14 16 0.07
15 2 0.01
16 18 0.08
17 35 0.16
18 79 0.36
19 8 0.04
20 13 0.06
21 17 0.08
22 15 0.07
23 2 0.01
24 9 0.04
25 3 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAATATAATTAAA
Found at i:17085650 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 17085458--17085691 Score: 253
Period size: 98 Copynumber: 2.4 Consensus size: 98
17085448 TTAATATTTT
* *
17085458 ATATTTAATT--ATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATATTTAATTA
1 ATATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTA
* ** *
17085521 AAAAATATTGTTTATAATTAAATAGTTAATTAA
66 AAAAATAATGTAAACAATTAAATAGTTAATTAA
* ** *
17085554 CTATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTATTTACTTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATT-
1 ATATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTA
* **
17085618 AAATATAAT-TAAACAATTAAATCTTTTAAATTAA
66 AAAAATAATGTAAACAATTAAAT-AGTT-AATTAA
* ** *
17085652 ATATTTAATTAACTA-ATATTATTTATAATTAAATATTTAA
1 ATATTTAATTAAATATA-ATTAAATATAATTAAATAATTAA
17085692 TTAAAATAAT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 20, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
96 19 0.17
97 10 0.09
98 84 0.74
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (98 bp):
ATATTTAATTAAATATAATTAAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTA
AAAAATAATGTAAACAATTAAATAGTTAATTAA
Found at i:17085722 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 17085646--17085780 Score: 184
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 60
17085636 AAATCTTTTA
** *
17085646 AATTAAATATTTAATTAACTAATATTATTTATAATTAAATATTTAATTAAA-ATAATTAAAT
1 AATTAAATA--TAATTAACTAATACGATTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAAT
* **
17085707 AATTAAATATAATTAATTGCTACGATTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAAT
1 AATTAAATATAATTAACTAATACGATTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAAT
17085767 AATT-AATATAATTA
1 AATTAAATATAATTA
17085781 TTTAATTAAA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
59 44 0.66
60 14 0.21
61 9 0.13
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (60 bp):
AATTAAATATAATTAACTAATACGATTTATAATTAAATATATAATTAAACATAATTAAAT
Found at i:17088974 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17088939--17088990 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
17088929 TAATATTTAT
* *
17088939 ATTTTATATCAATTTAA-TCTCA
1 ATTTTA-AACAATTTAACCCTCA
17088961 ATTTTAAACAATTTAACCCTCA
1 ATTTTAAACAATTTAACCCTCA
17088983 ATATTTAA
1 AT-TTTAA
17088991 TTTTATCCTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.35
22 12 0.46
23 5 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAACAATTTAACCCTCA
Found at i:17096557 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17096530--17096579 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
17096520 ACTTAGGACT
17096530 CAATTGGGCTTAAAGCACCTTTTA
1 CAATTGGGCTTAAAGCACCTTTTA
17096554 CAATTGGGCTTAAAGCACCTTTTA
1 CAATTGGGCTTAAAGCACCTTTTA
17096578 CA
1 CA
17096580 CCTTTTTACA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 26 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
CAATTGGGCTTAAAGCACCTTTTA
Found at i:17098507 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17098489--17098514 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
17098479 CATTACTTAG
17098489 ATTTTAGTTTTCA
1 ATTTTAGTTTTCA
17098502 ATTTTAGTTTTCA
1 ATTTTAGTTTTCA
17098515 CTTTCAAGTT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.08, T:0.62
Consensus pattern (13 bp):
ATTTTAGTTTTCA
Found at i:17114184 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17114131--17114185 Score: 60
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
17114121 TATTTATATT
*
17114131 TTTTTATTAATTTGACTCTTATTCC
1 TTTTTATTAATTTGACTCTTAATCC
17114156 TTTTTAGTTAAATTTGAC-CTTCAAT-C
1 TTTTTA-TT-AATTTGACTCTT-AATCC
17114182 TTTT
1 TTTT
17114186 AAAAAGAGTC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.23
26 10 0.38
27 10 0.38
ACGTcount: A:0.22, C:0.15, G:0.05, T:0.58
Consensus pattern (25 bp):
TTTTTATTAATTTGACTCTTAATCC
Found at i:17114203 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 17114165--17114229 Score: 87
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
17114155 CTTTTTAGTT
*
17114165 AAATTTGACC-TTCAATCTTTTAAAAAGAGTC
1 AAATTTGACCATT-AACCTTTTAAAAAGAGTC
* *
17114196 AAATTTGACCATTAACCTTTTGAAAATAGTC
1 AAATTTGACCATTAACCTTTTAAAAAGAGTC
17114227 AAA
1 AAA
17114230 ATGATTTTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 28 0.93
32 2 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
AAATTTGACCATTAACCTTTTAAAAAGAGTC
Found at i:17115534 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17115509--17115555 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
17115499 AAATTAAAGA
*
17115509 AATAAAAATATATAAAAT
1 AATATAAATATATAAAAT
*
17115527 TAT-TAAATAT-TAAAAT
1 AATATAAATATATAAAAT
17115543 AATATAAATATAT
1 AATATAAATATAT
17115556 TTTTAAAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 4
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
17 13 0.54
18 3 0.12
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATATAAATATATAAAAT
Found at i:17115721 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 17115711--17115740 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 6.0 Consensus size: 5
17115701 ACTTAAACTT
*
17115711 GACCC GACCC GACCT GACCC GACCC GACCC
1 GACCC GACCC GACCC GACCC GACCC GACCC
17115741 AAACCACCAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 23 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.57, G:0.20, T:0.03
Consensus pattern (5 bp):
GACCC
Found at i:17115730 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 17115710--17115739 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
17115700 TACTTAAACT
17115710 TGACCCGACCCGACC
1 TGACCCGACCCGACC
17115725 TGACCCGACCCGACC
1 TGACCCGACCCGACC
17115740 CAAACCACCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.53, G:0.20, T:0.07
Consensus pattern (15 bp):
TGACCCGACCCGACC
Found at i:17122417 original size:553 final size:554
Alignment explanation
Indices: 17121369--17122480 Score: 1911
Period size: 553 Copynumber: 2.0 Consensus size: 554
17121359 AGATACCATG
*
17121369 TGGCATTATCGTTATGTTGCATAAGCTTAAGAACATATTGCTCATCAGTATCCACTGTATTGAAA
1 TGGCATTATCGTTATGTTGCATAAGCTTAAGAACATATTACTCATCAGTATCCACTGTATTGAAA
* * **
17121434 CAGAAGTTTGACCCAACTTCGTACGAGGGTGATGTGGCATCAGACGTAATGCCAGTTGAATACTC
66 CAAAAGTTTGACCCAACTTCGTACGACGGTGATGTGGCATCAGACACAATGCCAGTTGAATACTC
*
17121499 AGACCCAAATACATCAATAACTCGGGGACAACTAGCCCACTCCATGATAAGTGATCGTGCTATGA
131 AGACCCAAATACATCAATAACTCAGGGACAACTAGCCCACTCCATGATAAGTGATCGTGCTATGA
* * * * *
17121564 ACGTCACAGCTATAATGTGCAAGCGAACATTGTTGATGCAAGTATAGTAGACATACGTGAGTCTG
196 ACATCACAGCAATAATGTGCAAGCAAACACTGTCGATGCAAGTATAGTAGACATACGTGAGTCTG
*
17121629 TCGGATATCGATCCCACTAGGATGGTGTTTTTGTTGCTTAAATTTGTCGATGCAATTAAAGTTAG
261 TCGGATATCGATCCCACTAGGATGGTGTTTTTGTTGCTTAAATTTGTCGATGCAATTAAAGTTAA
*
17121694 AACTAAAGAGATTGTGATGAAATAATGTTGGAGCAATTAAAATAAAGAATGCAATAATGAATGAA
326 AACTAAAGAGATTGTGATGAAATAATGTCGGAGCAATTAAAATAAAGAATGCAATAATGAATGAA
* *
17121759 TGTAATTTGTCGGAGCAATTATTAAGGGATTTTGATGAAATATGTTGAGGCAATTTAATAAGTAA
391 TGTAATTTGTCGGAGCAATTATTAAGGGATTTTAATGAAATATGTTGAGGCAATTTAATAAGGAA
*
17121824 ATGCAATAAAAGTCAGAAGATAATTAGTCAAGGCAATTTAAGAAAATTAAAGAAGTAAAAACAAT
456 ATGCAATAAAAGTCAGAAGATAATTAGTCAAGGAAATTTAAGAAAATTAAAGAAGTAAAAACAAT
*
17121889 GATAATGAGATGGAGGTTCCCTAACTTGATAAGT
521 GATAATGAGATGAAGGTTCCCTAACTTGATAAGT
* * *
17121923 TGGCATTGTCGTTATGTTGCATAAGCTTAGGAACATATTACTCATTAGTATCCACTGTATTGAAA
1 TGGCATTATCGTTATGTTGCATAAGCTTAAGAACATATTACTCATCAGTATCCACTGTATTGAAA
17121988 CAAAAGTTTGACCCAACTTCGTACGACGGTGATGTGGCATCAGACACAATGCCA-TTGAATACTC
66 CAAAAGTTTGACCCAACTTCGTACGACGGTGATGTGGCATCAGACACAATGCCAGTTGAATACTC
* * *
17122052 AGACCCAGATACATCAATAACTCAGGGACAACTGGCCCACTCCATGATAGGTGATCGTGCTATGA
131 AGACCCAAATACATCAATAACTCAGGGACAACTAGCCCACTCCATGATAAGTGATCGTGCTATGA
*
17122117 ACATCACAGCAATAATGTGTAAGCAAACACTGTCGATGCAAGTATAGTAGACATACGTGAGTCTG
196 ACATCACAGCAATAATGTGCAAGCAAACACTGTCGATGCAAGTATAGTAGACATACGTGAGTCTG
* *
17122182 TCGGATATCGATCCCATTAGGATGGTGTTTTTGTTGCTTAAATTTGTTGATGCAATTAAAGTTAA
261 TCGGATATCGATCCCACTAGGATGGTGTTTTTGTTGCTTAAATTTGTCGATGCAATTAAAGTTAA
* *
17122247 AACTAAAGATATTGTGATGAAATAATGTCGGAGCAATTAAAATAAGGAATGCAATAATGAATGAA
326 AACTAAAGAGATTGTGATGAAATAATGTCGGAGCAATTAAAATAAAGAATGCAATAATGAATGAA
* * *
17122312 TGTAATTTGTCGGAGCAATTGTTAAGGGATTTTAATGAAATATGTTGAGGTAATTTAATAGGGAA
391 TGTAATTTGTCGGAGCAATTATTAAGGGATTTTAATGAAATATGTTGAGGCAATTTAATAAGGAA
*
17122377 ATGCAATAAAAGTCTGAAGATAATTAGTCAAGGAAATTTAAGAAAATTAAAGAAGTAAAAACAAT
456 ATGCAATAAAAGTCAGAAGATAATTAGTCAAGGAAATTTAAGAAAATTAAAGAAGTAAAAACAAT
* *
17122442 GATAATGAGATGAAGGTTCCTTGACTTGATAAGT
521 GATAATGAGATGAAGGTTCCCTAACTTGATAAGT
17122476 TGGCA
1 TGGCA
17122481 AACAGCTAAA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 34, Indels: 1
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
553 413 0.79
554 111 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (554 bp):
TGGCATTATCGTTATGTTGCATAAGCTTAAGAACATATTACTCATCAGTATCCACTGTATTGAAA
CAAAAGTTTGACCCAACTTCGTACGACGGTGATGTGGCATCAGACACAATGCCAGTTGAATACTC
AGACCCAAATACATCAATAACTCAGGGACAACTAGCCCACTCCATGATAAGTGATCGTGCTATGA
ACATCACAGCAATAATGTGCAAGCAAACACTGTCGATGCAAGTATAGTAGACATACGTGAGTCTG
TCGGATATCGATCCCACTAGGATGGTGTTTTTGTTGCTTAAATTTGTCGATGCAATTAAAGTTAA
AACTAAAGAGATTGTGATGAAATAATGTCGGAGCAATTAAAATAAAGAATGCAATAATGAATGAA
TGTAATTTGTCGGAGCAATTATTAAGGGATTTTAATGAAATATGTTGAGGCAATTTAATAAGGAA
ATGCAATAAAAGTCAGAAGATAATTAGTCAAGGAAATTTAAGAAAATTAAAGAAGTAAAAACAAT
GATAATGAGATGAAGGTTCCCTAACTTGATAAGT
Found at i:17136246 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17136222--17136270 Score: 57
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
17136212 TTATGTCCCA
17136222 CTCC-ATCTCACC-TCCTTATTT
1 CTCCTATCTCACCTTCCTTATTT
* *
17136243 CTCCTTCTCTCGCCTTCCTTATTT
1 CTCC-TATCTCACCTTCCTTATTT
17136267 CTCC
1 CTCC
17136271 CGTTAGGAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.17
23 6 0.26
24 13 0.57
ACGTcount: A:0.08, C:0.45, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (23 bp):
CTCCTATCTCACCTTCCTTATTT
Found at i:17147417 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 17147173--17147446 Score: 521
Period size: 136 Copynumber: 2.0 Consensus size: 136
17147163 GGATTCAATA
17147173 TTGTCCAATAATACTTGGATTCTAGTTGATCTTCCTCAAGGATCAAAGCTTATCGGGTGTAAATG
1 TTGTCCAATAATACTTGGATTCTAGTTGATCTTCCTCAAGGATCAAAGCTTATCGGGTGTAAATG
*
17147238 GGTGTTTAAGAGGACGAACACTCCAATAGGGGGTTCTCCAATCTTTAAGGCTAGGTTAGTGGCTA
66 GGTGTTTAAGAGGAAGAACACTCCAATAGGGGGTTCTCCAATCTTTAAGGCTAGGTTAGTGGCTA
17147303 AAGCAT
131 AAGCAT
17147309 TTGTCCAATAATACTTGGATTCTAGTTGATCTTCCTCAAGGATCAAAGCTTATCGGGTGTAAATG
1 TTGTCCAATAATACTTGGATTCTAGTTGATCTTCCTCAAGGATCAAAGCTTATCGGGTGTAAATG
* *
17147374 GGTGTTTAAGAGGAAGAACACTCCAATAGGGGGTTCTCTAATCTTTAAGGCTAGGTTGGTGGCTA
66 GGTGTTTAAGAGGAAGAACACTCCAATAGGGGGTTCTCCAATCTTTAAGGCTAGGTTAGTGGCTA
17147439 AAGCAT
131 AAGCAT
17147445 TT
1 TT
17147447 AGGCAAAAGG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
136 135 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (136 bp):
TTGTCCAATAATACTTGGATTCTAGTTGATCTTCCTCAAGGATCAAAGCTTATCGGGTGTAAATG
GGTGTTTAAGAGGAAGAACACTCCAATAGGGGGTTCTCCAATCTTTAAGGCTAGGTTAGTGGCTA
AAGCAT
Found at i:17154686 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17154654--17154692 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 13
17154644 TAGCTTTAAC
*
17154654 TTAGATTAATTTAGT
1 TTAGATTAA--TACT
17154669 TTAGATTAATACT
1 TTAGATTAATACT
17154682 TTAGATTAATA
1 TTAGATTAATA
17154693 TCCTTCACCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 14 0.61
15 9 0.39
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (13 bp):
TTAGATTAATACT
Found at i:17156821 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 17156600--17156891 Score: 498
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
17156590 TATTCCCAAT
* *
17156600 CATCGTAGGTGACGGTCGTCGTCATCAATGACGGTGGCTCACAGTGGTGGTGCTCCATCGGACCA
1 CATCGTAGGCGACGGTCGTCGTCATCAATGACAGTGGCTCACAGTGGTGGTGCTCCATCGGACCA
17156665 AGGCCGACCATGGGGAATTTTGAGAGAAAAAATGATTTTTTTAAAAGAGGAATGAATATGAAG-A
66 AGGCCGACCATGGGGAATTTTGAGAGAAAAAATGATTTTTTTAAAAGAGGAATGAATATGAAGTA
17156729 TTTTTTTAGATTTTGG
131 TTTTTTTAGATTTTGG
*
17156745 CATCGTAGGCGACGGTCGTCGTCGTCAATGACAGTGGCTCACAGTGGTGGTGCTCCATCGGACCA
1 CATCGTAGGCGACGGTCGTCGTCATCAATGACAGTGGCTCACAGTGGTGGTGCTCCATCGGACCA
* * *
17156810 A-GCCTGGCCATGGGGAATTTTGAGAGAAAAAATGATTTTTTTTAAAGGGGAATGAATATGAAGT
66 AGGCC-GACCATGGGGAATTTTGAGAGAAAAAATGATTTTTTTAAAAGAGGAATGAATATGAAGT
*
17156874 TTTTTTTTAGATTTTGG
130 ATTTTTTTAGATTTTGG
17156891 C
1 C
17156892 TTTTATAAAG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 7, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
144 3 0.02
145 118 0.86
146 17 0.12
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (146 bp):
CATCGTAGGCGACGGTCGTCGTCATCAATGACAGTGGCTCACAGTGGTGGTGCTCCATCGGACCA
AGGCCGACCATGGGGAATTTTGAGAGAAAAAATGATTTTTTTAAAAGAGGAATGAATATGAAGTA
TTTTTTTAGATTTTGG
Found at i:17157196 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17157168--17157225 Score: 98
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
17157158 CACGTGTAAG
17157168 GGCCTTGGGCAAATTGCCCATGT
1 GGCCTTGGGCAAATTGCCCATGT
17157191 GAGCCTTGGGCAAATTGCCCATGT
1 G-GCCTTGGGCAAATTGCCCATGT
17157215 GGTCCTTGGGC
1 GG-CCTTGGGC
17157226 TTTCCGAATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 3
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.06
24 31 0.94
ACGTcount: A:0.16, C:0.26, G:0.33, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
GGCCTTGGGCAAATTGCCCATGT
Found at i:17157507 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17157486--17157527 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
17157476 GTTTTTTTTC
17157486 ATTTATTTATTTACTT
1 ATTTATTTATTTACTT
*
17157502 ATTTATTTATTTGCTT
1 ATTTATTTATTTACTT
* *
17157518 GTTTGTTTAT
1 ATTTATTTAT
17157528 ACTTTGCCCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 23 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.05, G:0.07, T:0.69
Consensus pattern (16 bp):
ATTTATTTATTTACTT
Found at i:17158470 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 17158437--17158504 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 17.2 Consensus size: 4
17158427 TCAATTCGTG
* *
17158437 TTTA TTT- TTTA TGTTG TTT- TTT- TTTCA TTTA TTTA TTTA CTTA TTTA
1 TTTA TTTA TTTA T-TTA TTTA TTTA TTT-A TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
* * *
17158484 TTTA TTTG TTTG TTTG TTTA T
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA T
17158505 ACTTTGCCCT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 8
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
3 9 0.16
4 40 0.73
5 6 0.11
ACGTcount: A:0.15, C:0.03, G:0.07, T:0.75
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:17162761 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 17162747--17162784 Score: 58
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
17162737 CTTAAAAAAG
17162747 AAGAAAAAGAA
1 AAGAAAAAGAA
*
17162758 AAGAAAAGGAA
1 AAGAAAAAGAA
*
17162769 AGGAAAAAGAA
1 AAGAAAAAGAA
17162780 AAGAA
1 AAGAA
17162785 GAGGTCGAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 23 1.00
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.24, T:0.00
Consensus pattern (11 bp):
AAGAAAAAGAA
Found at i:17164066 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 17163926--17164493 Score: 484
Period size: 40 Copynumber: 13.4 Consensus size: 41
17163916 TACATTAGGC
* **
17163926 CATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAGGGCAGATT-AA-ATTT
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGA-CA
* *
17163966 CATCCAATCTTTTACCCTAACCAGAGGGCAAATTGAAGAC-
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* *
17164006 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAAGGTAGATTGAAGACA
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* * *
17164047 CTATCCAATCTTTTACCCTAACCAGAGGGAAAATTGAAGACA
1 C-ATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* *
17164089 CCATCCAATCTTTTACCCTAACCAGAGGGCAAATTGAAGACA
1 -CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* * * * *
17164131 -ATCTAATCTTTTACCCTATCCAAAGGGTAGATTGAAGACA
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* * * *
17164171 CCATCCAATCTTTTACCCCCAACTAGTA-GGTAAATTGAAGGC-
1 -CATCCAATCTTTTA-CCCTAACTAG-AGGGCAGATTGAAGACA
* *
17164213 CATCCAATCTTTTAACCTAACTAGAGGGTAGATTGAAGACA
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* *
17164254 CCATCCAATCTTTTACCCAAACTAGAAGGCAGATTGAAGAC-
1 -CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
* * * *
17164295 CATCTAATCTTTTACCCTAACCAGAGGACAAATTGAAGCCATCA
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAG--A-CA
* * * * *
17164339 CATCCAATCTTATACCTCAAATCCAAGGGGGAAGATTGAAGCCATCA
1 CATCCAATCTTTTACC-CTAA--CTAGAGGGCAGATTGAAG--A-CA
* * * * *
17164386 CATCCAATCTTATATCACAAATCCAAAGGAGCAGATTGAAGCCATCA
1 CATCCAATCTTTTA-CCCTAA-CTAGAGG-GCAGATTGAAG--A-CA
* *
17164433 CATTCAATCTTTTACCCTAACCAGAGGGCAGATTGAAGCCATCA
1 CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAG--A-CA
*
17164477 CATCCAATCTTATACCC
1 CATCCAATCTTTTACCC
17164494 CAAATCTAGA
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 60, Indels: 38
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.00
40 154 0.34
41 17 0.04
42 125 0.28
43 20 0.04
44 47 0.11
45 9 0.02
46 8 0.02
47 65 0.15
48 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.26, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
CATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAGGGCAGATTGAAGACA
Found at i:17164081 original size:82 final size:81
Alignment explanation
Indices: 17163925--17164332 Score: 487
Period size: 82 Copynumber: 5.0 Consensus size: 81
17163915 TTACATTAGG
* * ***
17163925 CCATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAGGGCAGATTAAATTTCATCCAATCTTTTACCCTAACCAG
1 CCATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAAGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACCAG
*
17163990 AGGGCAAATTGAAG-A
66 AGGGAAAATTGAAGAA
* *
17164005 CCATCCAATCTTTTACCCTAACTAGAAGGTAGATTGAAGACACTATCCAATCTTTTACCCTAACC
1 CCATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAAGGCAGATTGAAGAC-C-ATCCAATCTTTTACCCTAACC
17164070 AGAGGGAAAATTGAAGACA
64 AGAGGGAAAATTGAAGA-A
* * * * * * * *
17164089 CCATCCAATCTTTTACCCTAACCAGAGGGCAAATTGAAGACAATCTAATCTTTTACCCTATCCAA
1 CCATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAAGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACCAG
* *
17164154 AGGGTAGATTGAAGACA
66 AGGGAAAATTGAAGA-A
* * * * * *
17164171 CCATCCAATCTTTTACCCCCAACTAGTAGGTAAATTGAAGGCCATCCAATCTTTTAACCTAACTA
1 CCATCCAATCTTTTA-CCCCAACTAGAAGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACCA
* *
17164236 GAGGGTAGATTGAAGACA
65 GAGGGAAAATTGAAGA-A
* *
17164254 CCATCCAATCTTTTACCCAAACTAGAAGGCAGATTGAAGACCATCTAATCTTTTACCCTAACCAG
1 CCATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAAGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACCAG
17164319 A-GGACAAATTGAAG
66 AGGGA-AAATTGAAG
17164333 CCATCACATC
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 40, Indels: 10
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
80 34 0.12
81 3 0.01
82 137 0.49
83 70 0.25
84 38 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.25, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (81 bp):
CCATCCAATCTTTTACCCCAACTAGAAGGCAGATTGAAGACCATCCAATCTTTTACCCTAACCAG
AGGGAAAATTGAAGAA
Found at i:17164379 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 17164326--17165151 Score: 465
Period size: 47 Copynumber: 17.8 Consensus size: 46
17164316 CAGAGGACAA
*
17164326 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCTCAAATCCAAGGGGGAAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACC-CAAATCCAAGGGGGCAG
* * *
17164373 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATATCACAAATCCAAAGGAGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCCAAATCCAAGGGGGCAG
* * * *
17164420 ATTGAAGCCATCACATTCAATCTTTTACCCTAA-CC-AGAGGGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCAAATCCAAGGGGGCAG
* * * *
17164464 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAAT-CTAGAGGGTAA
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCCAAATCCAAGGGGGCAG
* * ** * *
17164510 ATTAAAGCTATCACA-CCTAATCTTATACCCTAAATCCAAAAGAGCAA
1 ATTGAAGCCATCACATCC-AATCTTATACCC-AAATCCAAGGGGGCAG
* * * * * *
17164557 ATTAAAGTCATCATATCTAATCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCGG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCC-AAATCCAAGGGGGCAG
* * * *
17164604 ATTGAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCTTAAATCCACA-GGGGCAA
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACC-CAAATCCA-AGGGGGCAG
* * * * * *
17164651 ATTGAAGCCA-C-TATCTAGTCTTATACCTTAAAT-CTAGAGGGGTAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACC-CAAATCCAAG-GGGGCAG
* ** ** * ** ** *
17164696 ATTGGAGTTATCTTATTCAGCCTTATACCCTAAATTTAGAGAGGTG--G
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCC-AAATCCA-AG-GGGGCAG
* * * * *
17164743 ATTAAAGCCATCTCATTCAATCTTATACCTCAAAT-CTAGAGGGGCAA
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACC-CAAATCCAAG-GGGGCAG
* * * * * * * **
17164790 ATTGAAGTCATCTCATCTAATTTTACACCTTAAATCTAAAAGGGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACC-CAAATCCAAGGGGGCAG
* * * *
17164837 CTTGAAGCCATCACATCCAATATTATACCCCAAATTC-AGAGGAGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCCAAATCCAAG-GGGGCAG
* * * *
17164884 ATTAAAACCATCACATCCAATCTTATACCCAAAT-CTAGAGGGGCAA
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCAAATCCAAG-GGGGCAG
* * * *
17164930 ATTAAAGTCATCACATCCAATCTTATACCATAAATCC-AGAGAGGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACC-CAAATCCAAG-GGGGCAG
* * * *
17164977 ATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTCATACCCCAAAT-CTAGAAGGGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCCAAATCCAAG-GGGGCAG
* ** *
17165022 ATTGAAGCCATCCCATCCAATCTTATACCCCAAAT-TTAGAGAGGCAG
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCCAAATCCAAG-GGGGCAG
* * * * *
17165069 ATTGAAGCCA-C-TATCTAATCTTATAGCCCTAAAT-CTAGAGGGCCAA
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCC-AAATCCAAG-GGGGCAG
17165115 ATTGAAGCCA-C-CATCCAATCTTATACCCCTAAATCCA
1 ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCC-AAATCCA
17165152 GAGTGGTCAA
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 124, Indels: 64
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.00
44 33 0.05
45 99 0.16
46 130 0.21
47 346 0.56
48 8 0.01
49 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.25, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
ATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCAAATCCAAGGGGGCAG
Found at i:17164983 original size:326 final size:325
Alignment explanation
Indices: 17164316--17165149 Score: 835
Period size: 326 Copynumber: 2.6 Consensus size: 325
17164306 TTACCCTAAC
* * * * * *
17164316 CAGAGGACAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCTCAAATCCA-AGGGGGAAGATTGAAG
1 CAGAGG-CAAATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTCATACCCCAAATCTAGA-AGGGCAGATTGAAG
* * * * ** * *
17164380 CCATCACATCCAATCTTATATCACAAATCCAAAG-GAGCAGATTGAAGCCATCACATTCAATCTT
62 CCATCCCATCCAACCTTATACCCCAAATTTAGAGAG-GCAGATTGAAGCCATCTCATTCAATCTT
* * * * * *
17164444 TTACCCTAA-CCAGA-GGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAATCTAGAGGG
126 ATACCCAAATCTAGAGGGGCAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTACACCCCAAATCTAAAGGG
* * * * ** *
17164507 TAAATTAAAGCTATCACACCTAATCTTATACCCTAAATCCAAAAGAGCAAATTAAAGTCATCATA
191 CAAATTAAAGCCATCACACCTAATATTATACCCCAAATCCAAAAGAGCAAATTAAAACCATCACA
* ** * *
17164572 TCTAATCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCGGATTGAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCTTAA
256 TCCAATCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCAAATTAAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCATAA
17164637 ATCCA
321 ATCCA
* * * * ** * * * **
17164642 CAGGGGCAAATTGAAGCCACTATCTAGTCTTATACCTTAAATCTAGAGGGGTAGATTGGAGTTAT
1 CAGAGGCAAATTGAAGCCACCATCTAATCTCATACCCCAAATCTAGAAGGGCAGATTGAAGCCAT
** * * * ** *
17164707 CTTATTCAGCCTTATACCCTAAATTTAGAGAGGTGGATTAAAGCCATCTCATTCAATCTTATACC
66 CCCATCCAACCTTATACCCCAAATTTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCTCATTCAATCTTATACC
* * * * ** *
17164772 TCAAATCTAGAGGGGCAAATTGAAGTCATCTCATCTAATTTTACACCTTAAATCTAAAAGGGCAG
131 -CAAATCTAGAGGGGCAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTACACCCCAAATCT-AAAGGGCAA
* * * * * *
17164837 CTTGAAGCCATCACATCC-AATATTATACCCCAAATTCAGAGGAGCAGATTAAAACCATCACATC
194 ATTAAAGCCATCACA-CCTAATATTATACCCCAAATCCAAAAGAGCAAATTAAAACCATCACATC
* * *
17164901 CAATCTTATACCC-AAATCTAGAGGGGCAAATTAAAGTCATCACATCCAATCTTATACCATAAAT
258 CAATCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCAAATTAAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCATAAAT
17164965 CCA
323 CCA
* *
17164968 GAGAGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTCATACCCCAAATCTAGAAGGGCAGATTGAAGCCAT
1 CAGAGGCAAATTGAAGCCACCATCTAATCTCATACCCCAAATCTAGAAGGGCAGATTGAAGCCAT
*
17165033 CCCATCCAATCTTATACCCCAAATTTAGAGAGGCAGATTGAAGCCA-CT-A-TCTAATCTTATAG
66 CCCATCCAACCTTATACCCCAAATTTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCTCATTC-AATCTTATA-
* *
17165095 CCCTAAATCTAGAGGGCCAAATTGAAGCCA-C-CATCCAATCTTATACCCCTAAATC
129 CCC-AAATCTAGAGGGGCAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTACACCCC-AAATC
17165150 CAGAGTGGTC
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 88, Indels: 24
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 96 0.23
324 23 0.06
325 45 0.11
326 176 0.43
327 67 0.16
328 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (325 bp):
CAGAGGCAAATTGAAGCCACCATCTAATCTCATACCCCAAATCTAGAAGGGCAGATTGAAGCCAT
CCCATCCAACCTTATACCCCAAATTTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCTCATTCAATCTTATACC
CAAATCTAGAGGGGCAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTACACCCCAAATCTAAAGGGCAAAT
TAAAGCCATCACACCTAATATTATACCCCAAATCCAAAAGAGCAAATTAAAACCATCACATCCAA
TCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCAAATTAAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCATAAATCCA
Found at i:17165102 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 17164244--17165154 Score: 706
Period size: 138 Copynumber: 6.6 Consensus size: 138
17164234 TAGAGGGTAG
* * * *
17164244 ATTGAAGACACCATCCAATCTTTTACCC-AAA-CTAGA-AGGCAGATTGAAG--A-C-CATCTAA
1 ATTGAAGCCACTATCTAATCTTATACCCTAAATCTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCACATCTAA
* * * * * *
17164302 TCTTTTA-CCCTAA-CCAGAGGACAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCTCAAATCCA-
66 TCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAATCTAG
*
17164364 AGGGGGAA
131 AGGGGCAA
* * * * *
17164372 GATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATATCAC-AAATCCAAAG-GAGCAGATTGAAGCCATCACA
1 -ATTGAAGCCA-C-TATCTAATCTTATA-CCCTAAATCTAGAGAG-GCAGATTGAAGCCATCACA
* *
17164435 T-TCAATCTTTTA-CCCTAA-CCAGAGGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAA
61 TCT-AATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAA
*
17164497 ATCTAGA-GGGTAA
125 ATCTAGAGGGGCAA
* * * * * * * *
17164510 ATTAAAGCTATCAC-ACCTAATCTTATACCCTAAATCCA-AAAGAGCAAATTAAAGTCATCATAT
1 ATTGAAGC---CACTATCTAATCTTATACCCTAAATCTAGAGAG-GCAGATTGAAGCCATCACAT
* * * * * **
17164573 CTAATCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCGGATTGAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCTTAAA
62 CTAATCTTATACCCCAAATCCAGA-GGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAA
* *
17164638 TCCACAGGGGCAA
126 TCTAGAGGGGCAA
* * * * * ** **
17164651 ATTGAAGCCACTATCTAGTCTTATACCTTAAATCTAGAGGGGTAGATTGGAGTTATCTTAT-TCA
1 ATTGAAGCCACTATCTAATCTTATACCCTAAATCTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCACATCT-A
** * ** ** * * * *
17164715 GCCTTATACCCTAAATTTAGAGAGGTGGATTAAAGCCATCTCATTCAATCTTATACCTCAAATCT
65 ATCTTATACCCCAAATCCAGAG-GGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAATCT
17164780 AGAGGGGCAA
129 AGAGGGGCAA
* * * * * *
17164790 ATTGAAGTCATCTCATCTAATTTTACACCTTAAATCTA-AAAGGGCAGCTTGAAGCCATCACATC
1 ATTGAAGCCA-CT-ATCTAATCTTATACCCTAAATCTAGAGA-GGCAGATTGAAGCCATCACATC
* * * * *
17164854 CAATATTATACCCCAAATTCAGAGGAGCAGATTAAAACCATCACATCCAATCTTATA-CCCAAAT
63 TAATCTTATACCCCAAATCCAGAGG-GCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAAT
17164918 CTAGAGGGGCAA
127 CTAGAGGGGCAA
* * * *
17164930 ATTAAAGTCATCAC-ATCCAATCTTATACCATAAATCCAGAGAGGCAGATTGAAGCCA-C-CATC
1 ATTGAAG-C--CACTATCTAATCTTATACCCTAAATCTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCACATC
* * *
17164992 TAATCTCATACCCCAAATCTAGAAGGGCAGATTGAAGCCATCCCATCCAATCTTATACCCCAAAT
63 TAATCTTATACCCCAAATCCAG-AGGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAAT
* * *
17165057 TTAGAGAGGCAG
127 CTAGAGGGGCAA
* *
17165069 ATTGAAGCCACTATCTAATCTTATAGCCCTAAATCTAGAG-GGCCAAATTGAAGCCA-C-CATCC
1 ATTGAAGCCACTATCTAATCTTATA-CCCTAAATCTAGAGAGG-CAGATTGAAGCCATCACATCT
17165131 AATCTTATACCCCTAAATCCAGAG
64 AATCTTATACCCC-AAATCCAGAG
17165155 TGGTCAATTG
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 111, Indels: 73
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
129 9 0.01
130 1 0.00
131 13 0.02
132 5 0.01
133 4 0.01
134 11 0.02
136 7 0.01
137 67 0.11
138 171 0.27
139 142 0.23
140 104 0.17
141 93 0.15
142 1 0.00
143 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.25, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (138 bp):
ATTGAAGCCACTATCTAATCTTATACCCTAAATCTAGAGAGGCAGATTGAAGCCATCACATCTAA
TCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATACCCCAAATCTAG
AGGGGCAA
Found at i:17165165 original size:92 final size:90
Alignment explanation
Indices: 17163966--17165171 Score: 643
Period size: 94 Copynumber: 13.5 Consensus size: 90
17163956 GATTAAATTT
* * * * *
17163966 CATCCAATCTTTTA-CCCTAA-CCAGAGGGCAAATTGAAG--ACCATCCAATCTTTTACCCT-AA
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATACCCTAAA
* * *
17164026 -CTAGAAGGTAGATTGAAG--A-CA
66 TCTAGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * * *
17164047 CTATCCAATCTTTTA-CCCTAA-CCAGAGGGAAAATTGAAGACACCATCCAATCTTTTACCCT-A
1 C-ATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATACCCTAA
*
17164109 A-CCAGAGGGCAAATTGAAG--A-CA
65 ATCTAGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * * * * **
17164131 -ATCTAATCTTTTA-CCC-TATCCAAAGGGTAGATTGAAGACACCATCCAATCTTTTACCCCCAA
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATACCCTAAA
* *
17164193 -CTAGTA-GGTAAATTGAAG---GC-
66 TCTAG-AGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * * * *
17164213 CATCCAATCTTTTA-ACCTAA-CTAGAGGGTAGATTGAAGACACCATCCAATCTTTTACCC-AAA
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATACCCTAAA
* *
17164275 -CTAGAAGGCAGATTGAAG--A-C-
66 TCTAGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * *
17164295 CATCTAATCTTTTA-CCCTAA-CCAGAGGACAAATTGAAGCCATCACATCCAATCTTATA-CCTC
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTTATACCCT-
* *
17164357 AAATCCA-AGGGGGAAGATTGAAGCCATCA
63 AAATCTAGA-GGGCAA-ATTGAAGCCATCA
* * * *
17164386 CATCCAATCTTATATCACAAATCCAAAGGAGCAGATTGAAGCCATCACAT-TCAATCTTTTACCC
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGG-GCAGATTGAAGCCA-C-CATCT-AATCTTATACCC
* *
17164450 T-AA-CCAGAGGGCAGATTGAAGCCATCA
62 TAAATCTAGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * *
17164477 CATCCAATCTTATACCCCAAATCTAGAGGGTAAATTAAAGCTATCACACCTAATCTTATACCCTA
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTTATACCCTA
* * * * *
17164542 AATCCAAAAGAGCAAATTAAAGTCATCA
64 AAT-CTAGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * * * * *
17164570 TATCTAATCTTATACCCTAAATCCAAAGGGGCGGATTGAAGTCATCACATCCAATCTTAAACCTT
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGA-GGGCAGATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTTATACCCT
* *
17164635 AAATCCACAGGGGCAAATTGAAGCCA-C-
63 AAATCTAGA-GGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * ** * * * ** * **
17164662 TATCTAGTCTTATACCTTAAATCTAGAGGGGTAGATTGGAGTTATCTTAT-TCAGCCTTATACCC
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGA-GGGCAGATTGAAGCCA-C-CATCT-AATCTTATACCC
* *** * *
17164726 TAAATTTAGAGAGGTGGATTAAAGCCATCT
62 TAAATCTAGAG-GGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * * * * *
17164756 CATTCAATCTTATACCTCAAATCTAGAGGGGCAAATTGAAGTCATCTCATCTAATTTTACACCTT
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGA-GGGCAGATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTTATACCCT
* **
17164821 AAATCTAAAAGGGCAGCTTGAAGCCATCA
63 AAATCT-AGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
* * * * *
17164850 CATCCAATATTATACCCCAAATTCAGAGGAGCAGATTAAAACCATCACATCCAATCTTATACCC-
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGG-GCAGATTGAAGCCA-C-CATCTAATCTTATACCCT
* *
17164914 AAATCTAGAGGGGCAAATTAAAGTCATCA
63 AAATCTAGA-GGGCAAATTGAAGCCATCA
** * *
17164943 CATCCAATCTTATACCATAAATCCAGAGAGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTCATACCCCAA
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAG-GGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATACCCTAA
* *
17165008 ATCTAGAAGGGCAGATTGAAGCCATCC
65 ATCTAG-AGGGCAAATTGAAGCCATCA
** *
17165035 CATCCAATCTTATACCCCAAATTTAGAGAGGCAGATTGAAGCCACTATCTAATCTTATAGCCCTA
1 CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAG-GGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATA-CCCTA
17165100 AATCTAGAGGGCCAAATTGAAGCCA-C-
64 AATCTAGAGGG-CAAATTGAAGCCATCA
*
17165126 CATCCAATCTTATACCCCTAAATCCAGAGTGGTCA-ATTGATGCCAC
1 CATCCAATCTTATACCCC-AAATCCAGAG-GG-CAGATTGAAGCCAC
17165172 GACATTAAAT
Statistics
Matches: 909, Mismatches: 167, Indels: 87
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
81 3 0.00
82 138 0.15
83 71 0.08
84 54 0.06
85 4 0.00
86 5 0.01
87 7 0.01
89 1 0.00
90 28 0.03
91 87 0.10
92 181 0.20
93 139 0.15
94 184 0.20
95 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.25, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (90 bp):
CATCCAATCTTATACCCCAAATCCAGAGGGCAGATTGAAGCCACCATCTAATCTTATACCCTAAA
TCTAGAGGGCAAATTGAAGCCATCA
Found at i:17166202 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17166184--17166210 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
17166174 CATGGGGAAT
17166184 TTTGAGAGAAAAA
1 TTTGAGAGAAAAA
17166197 TTTGAGAGAAAAA
1 TTTGAGAGAAAAA
17166210 T
1 T
17166211 GATTATTTTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (13 bp):
TTTGAGAGAAAAA
Found at i:17166852 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 17166819--17166860 Score: 50
Period size: 4 Copynumber: 10.2 Consensus size: 4
17166809 TCAATTCGCG
*
17166819 TTTA TTTT TTTA TGTTA TTT- TTTCA TTTA TTTA TTTA TTTA T
1 TTTA TTTA TTTA T-TTA TTTA TTT-A TTTA TTTA TTTA TTTA T
17166861 ACTTTGCCCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 6
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.09
4 23 0.70
5 7 0.21
ACGTcount: A:0.19, C:0.02, G:0.02, T:0.76
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:17167296 original size:109 final size:108
Alignment explanation
Indices: 17167168--17167380 Score: 329
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
17167158 AAACCAAAGC
* * *
17167168 AATGTTCTTTATTTTAGGGAACTCAAGAAATTGTG-CTCTAATGTACTGATTATGGTTTTTCTTT
1 AATGTTCTTTATTTTAGGGAACTCAAGAAATTGTGTC-CTAACGTACTGAGTATGATTTTTCTTT
* *
17167232 GAACCTATGTAATTGAATATCCTATTTAAAATCGATAAATATTT
65 GAACCTAAGTAATTAAATATCCTATTTAAAATCGATAAATATTT
* * *
17167276 AATGTTCTTTTATTTTAGGGAACTCGAGAAATTGTGTCCTAACGTATTGGGTATGATTTTTCTTT
1 AATGTTC-TTTATTTTAGGGAACTCAAGAAATTGTGTCCTAACGTACTGAGTATGATTTTTCTTT
17167341 GAACCTAAGTAATTAAATATCCTATTTAAAATCGATAAAT
65 GAACCTAAGTAATTAAATATCCTATTTAAAATCGATAAAT
17167381 GTTTTTTGTT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 8, Indels: 3
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
108 7 0.07
109 87 0.92
110 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (108 bp):
AATGTTCTTTATTTTAGGGAACTCAAGAAATTGTGTCCTAACGTACTGAGTATGATTTTTCTTTG
AACCTAAGTAATTAAATATCCTATTTAAAATCGATAAATATTT
Found at i:17174381 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 17174278--17174438 Score: 295
Period size: 79 Copynumber: 2.0 Consensus size: 79
17174268 TTACTTATGA
17174278 ATATTGATGTGAGCTTGTTTTTATTTACTTTGTTATATATTCAGCTAATTCATCTTCTACTGCCA
1 ATATTGATGTGAGCTTGTTTTTATTTACTTTGTTATATATTCAGCTAATTCATCTTCTACTGCCA
* *
17174343 TAATATCTGCTAAT
66 CAATATCTACTAAT
*
17174357 ATATTGATGTGAGCTTGTTTTTATTTATTTTGTTATATATTCAGCTAATTCATCTTCTACTGCCA
1 ATATTGATGTGAGCTTGTTTTTATTTACTTTGTTATATATTCAGCTAATTCATCTTCTACTGCCA
17174422 CAATATCTACTAAT
66 CAATATCTACTAAT
17174436 ATA
1 ATA
17174439 AATTATATAC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
79 79 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (79 bp):
ATATTGATGTGAGCTTGTTTTTATTTACTTTGTTATATATTCAGCTAATTCATCTTCTACTGCCA
CAATATCTACTAAT
Found at i:17194388 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17194360--17194411 Score: 61
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
17194350 CTAACTGACT
17194360 TAACAGCTAATT-ATCTTAACTAAGC
1 TAACAGCTAATTGA-CTTAAC-AA-C
*
17194385 TAACTGCTAATTGACTTAACAAC
1 TAACAGCTAATTGACTTAACAAC
17194408 TAAC
1 TAAC
17194412 TATCTCTAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.20
24 2 0.08
25 17 0.68
26 1 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.21, G:0.08, T:0.31
Consensus pattern (23 bp):
TAACAGCTAATTGACTTAACAAC
Found at i:17196592 original size:59 final size:61
Alignment explanation
Indices: 17196528--17196643 Score: 164
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 61
17196518 ATCACTTTAA
* * *
17196528 TATTAAATTAATATAATATTTA-T-CAAGATAAATATTAGATTAAATTTAAGATTACATTT
1 TATTAAATTAATAGAATATTTACTACAAGATAAACATTAAATTAAATTTAAGATTACATTT
* *
17196587 TATTAAATTAATAGAATATTTATCTACAAGATAAACATTAAATTTAATTTAATATTA
1 TATTAAATTAATAGAATATTTA-CTACAAGATAAACATTAAATTAAATTTAAGATTA
17196644 AGATTATCAC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
59 21 0.43
61 1 0.02
62 27 0.55
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (61 bp):
TATTAAATTAATAGAATATTTACTACAAGATAAACATTAAATTAAATTTAAGATTACATTT
Done.