Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 38743931
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 2800 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 108 of 144
Found at i:25254750 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25254719--25254781 Score: 92
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
25254709 TAAAAATGAG
*
25254719 ATTTTGGA-TGCTCGGGAGCAAAATGGTA
1 ATTTTGGACT-CTCGAGAGCAAAATGGTA
*
25254747 ATTTTGGACTCTCGAGAGTAAAATGGTA
1 ATTTTGGACTCTCGAGAGCAAAATGGTA
25254775 ATTTTGG
1 ATTTTGG
25254782 GAAAATTTGG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 31 0.97
29 1 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
ATTTTGGACTCTCGAGAGCAAAATGGTA
Found at i:25254904 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 25254720--25255164 Score: 531
Period size: 146 Copynumber: 3.0 Consensus size: 144
25254710 AAAAATGAGA
* *
25254720 TTTTGGATGCTCG-GGAGCAAAATGGTAATTTTGGACTCTCGAGAGTAAAATGGTAATTTTGGGA
1 TTTTGGATGCTCGAGG-GTAAAATGGTAATTTTGGACTCTCGAG-GCAAAATGGTAATTTTGGGA
*
25254784 AAATTTGGGCTTAAAAATGATATTTTAGACACTTGAGGGTAAAACGGTAATTTTCAAAAAAATCG
64 AAATTTGGG-TTAAAAATGACATTTTAGACACTTGAGGGTAAAACGGTAATTTTCAAAAAAATCG
25254849 AGATAAAAAATGGGACT
128 AGATAAAAAATGGGACT
* ** *
25254866 TTTTGGATGCTCGAGGGTAAAATGGCAATTTTAAACTCTCGAGGGCAAAATGGTAATTTTGAGAA
1 TTTTGGATGCTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGACTCTCGA-GGCAAAATGGTAATTTTGGGAA
* * ** * * *
25254931 AATTTGGGGTTAGAAATAACATTTTAGA-TTTTCGAGGGTAAAACAGTAATTTTCGAAAGAATCG
65 AATTT-GGGTTAAAAATGACATTTTAGACACTT-GAGGGTAAAACGGTAATTTTCAAAAAAATCG
* *
25254995 GGATAAAAAATGAGAC-
128 AGATAAAAAATGGGACT
** * * *
25255011 TTTTGGATATTCGAGGGGTAAAATGGTAATTTTGGATTTTCGATGGCAAAATGGTAATTTTAGGA
1 TTTTGGATGCTCGA-GGGTAAAATGGTAATTTTGGACTCTCGA-GGCAAAATGGTAATTTT-GGG
* * *
25255076 AAAATTTAGGGTTAAAAATGACATTTTAAACACTTGAGGGTAAAACGGTAATTTTTAGAAAAATC
63 AAAATTT-GGGTTAAAAATGACATTTTAGACACTTGAGGGTAAAACGGTAATTTTCAAAAAAATC
*
25255141 -AGGATCAAAAATGGGA-T
127 GA-GATAAAAAATGGGACT
25255158 TTTTGGA
1 TTTTGGA
25255165 CATCCGGGGG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 40, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
145 14 0.06
146 157 0.63
147 77 0.31
148 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (144 bp):
TTTTGGATGCTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGACTCTCGAGGCAAAATGGTAATTTTGGGAAA
ATTTGGGTTAAAAATGACATTTTAGACACTTGAGGGTAAAACGGTAATTTTCAAAAAAATCGAGA
TAAAAAATGGGACT
Found at i:25255070 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25255011--25255071 Score: 88
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
25255001 AAAATGAGAC
*
25255011 TTTTGGATATTCGAGGGGTAAAATGGTAA
1 TTTTGGATATTCGAGGGGCAAAATGGTAA
* *
25255040 TTTTGGATTTTCGA-TGGCAAAATGGTAA
1 TTTTGGATATTCGAGGGGCAAAATGGTAA
25255068 TTTT
1 TTTT
25255072 AGGAAAAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.55
29 13 0.45
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.26, T:0.41
Consensus pattern (29 bp):
TTTTGGATATTCGAGGGGCAAAATGGTAA
Found at i:25255227 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 25255201--25255326 Score: 150
Period size: 29 Copynumber: 4.3 Consensus size: 30
25255191 GGAGTTCCAC
*
25255201 GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCGG
1 GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
**
25255230 GGGAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
1 GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
* *
25255260 GGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTT-GG
1 GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
* * *
25255289 AGGT-AAGAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAA
1 -GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
25255319 GGTCAAAA
1 GGTCAAAA
25255327 CTATATTTTT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 12, Indels: 7
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 47 0.58
30 34 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (30 bp):
GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
Found at i:25255276 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 25255201--25255339 Score: 190
Period size: 59 Copynumber: 2.4 Consensus size: 59
25255191 GGAGTTCCAC
* * *
25255201 GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAG
1 GGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTCGGAGGAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAA
* * * *
25255260 GGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGAGGTAAGAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAA
1 GGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTCGGAGGAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAA
* *
25255319 GGTCAAAACT-ATATTTTTGGA
1 GGTCAAAAATGAAATTTTTGGA
25255340 GAAGTTTCGA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 9, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 10 0.14
59 61 0.86
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.27, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
GGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTCGGAGGAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAA
Found at i:25255357 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 25255242--25255370 Score: 89
Period size: 29 Copynumber: 4.3 Consensus size: 31
25255232 GAAAAAATGG
*
25255242 AATTTTT-G-GAAGTTTCAGGGTCAAAA-AT
1 AATTTTTGGAGAAGTTTCAAGGTCAAAATAT
** *
25255270 GAAATTTTT-G-GAAGTTTGGAGGT-AAGAATGT
1 --AATTTTTGGAGAAGTTTCAAGGTCAA-AATAT
25255301 AATTTTT-G-GAAGTTTCAAGGTCAAAACTAT
1 AATTTTTGGAGAAGTTTCAAGGTCAAAA-TAT
*
25255331 -ATTTTTGGAGAAGTTTCGAGAG-CAAAATAT
1 AATTTTTGGAGAAGTTTCAAG-GTCAAAATAT
*
25255361 AATTTCTGGA
1 AATTTTTGGA
25255371 CAGTTAAAAC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 9, Indels: 15
0.77 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
29 29 0.35
30 28 0.34
31 24 0.29
32 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.23, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
AATTTTTGGAGAAGTTTCAAGGTCAAAATAT
Found at i:25256443 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25256437--25256513 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 24.0 Consensus size: 3
25256427 TTCCTTTTTT
*
25256437 TTA TTA TT- TTA TTTA TTAA TTA TTA TTA TCA TTAA TTA CTGTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA -TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TT-A TTA -T-TA TTA
* *
25256483 TTA TTA ATA -AA GTTA TTTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA -TTA -TTA TTA TTA TTA TTA
25256514 GTAATCAAAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 16
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
2 3 0.05
3 40 0.67
4 15 0.25
5 2 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.03, T:0.60
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:25256509 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25256478--25256532 Score: 76
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
25256468 TTAATTACTG
* *
25256478 TATTATTATTAAT-AAAGTTATTTATTAT
1 TATTATTAGTAATCAAA-ATATTTATTAT
25256506 TATTATTAGTAATCAAAATATTTATTA
1 TATTATTAGTAATCAAAATATTTATTA
25256533 CTCGTTATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 21 0.88
29 3 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (28 bp):
TATTATTAGTAATCAAAATATTTATTAT
Found at i:25262198 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 25262183--25262268 Score: 56
Period size: 6 Copynumber: 14.3 Consensus size: 6
25262173 GATTTGATTT
* * *
25262183 TTTAAG TTTAAA TTT-AT TATTAAA TTTAAA TTT-AT TTTAAA TTTAAAATA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA T-TTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT--AA-A
*
25262233 TTTGAAA --TAAA TTTAAA TTT-AA TTAAAA TTTAAA TT
1 TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TT
25262269 AAAAGTCCAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 18
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.05
5 11 0.17
6 38 0.60
7 3 0.05
8 4 0.06
9 4 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:25262224 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25262182--25262268 Score: 86
Period size: 17 Copynumber: 4.9 Consensus size: 17
25262172 TGATTTGATT
*
25262182 TTTTAAGTTTAAATTTA
1 TTTTAAATTTAAATTTA
25262199 TTATTAAATTTAAATTTA
1 TT-TTAAATTTAAATTTA
*
25262217 TTTTAAATTTAAA-ATA
1 TTTTAAATTTAAATTTA
25262233 TTTGAAATAAATTTAAATTTA
1 TTT----TAAATTTAAATTTA
* *
25262254 ATTAAAATTTAAATT
1 TTTTAAATTTAAATT
25262269 AAAAGTCCAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 12
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.08
17 24 0.41
18 16 0.27
20 10 0.17
21 4 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAAATTTAAATTTA
Found at i:25262256 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 25262183--25262271 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 8.0 Consensus size: 11
25262173 GATTTGATTT
25262183 TTTAAGTTTAAA
1 TTTAA-TTTAAA
*
25262195 TTTATTATTAAA
1 TTTAAT-TTAAA
*
25262207 TTTAAATTT-AT
1 TTT-AATTTAAA
25262218 TTTAAATTTAAA
1 TTT-AATTTAAA
*
25262230 -AT-ATTTGAAA
1 TTTAATTT-AAA
*
25262240 -TAAATTTAAA
1 TTTAATTTAAA
*
25262250 TTTAATTAAAA
1 TTTAATTTAAA
*
25262261 TTTAAATTAAA
1 TTTAATTTAAA
25262272 AGTCCAAGAC
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 11, Indels: 13
0.71 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
9 4 0.07
10 6 0.10
11 33 0.55
12 15 0.25
13 2 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (11 bp):
TTTAATTTAAA
Found at i:25264010 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25263979--25264074 Score: 74
Period size: 29 Copynumber: 3.4 Consensus size: 28
25263969 AAAATTACCA
25263979 TTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCAT
1 TTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCAT
*
25264007 TTTTAACCCT--AA-TTTCACCAAAAATT-ACT
1 TTTT-ACCCTCAAACTTT--CC-AAATTTCA-T
* *
25264036 ATTTTACCCCCAAACTTTCCAAATTCCAT
1 -TTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCAT
*
25264065 TTTTAACCTC
1 TTTTACCCTC
25264075 GATTTCACCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 20
0.67 0.08 0.26
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.06
27 2 0.04
28 15 0.29
29 20 0.38
30 7 0.13
31 2 0.04
32 3 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.29, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (28 bp):
TTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCAT
Found at i:25264156 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25264124--25264223 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 3.4 Consensus size: 28
25264114 TAAAATCCCA
25264124 TTTTAACCTCGATTTCACCAAAAATTAT
1 TTTTAACCTCGATTTCACCAAAAATTAT
* * *
25264152 CTTTTTACCCCAAACTTT--CC-AAAATCTCAT
1 -TTTTAACCTC-GA-TTTCACCAAAAAT-T-AT
25264182 TTTTAACCTCGATTTCACCAAAAATTACT
1 TTTTAACCTCGATTTCACCAAAAATTA-T
*
25264211 ATTTTACCCTCGA
1 -TTTTAACCTCGA
25264224 ACCTTCCAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 17
0.70 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.05
28 7 0.13
29 23 0.42
30 19 0.35
31 3 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.27, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (28 bp):
TTTTAACCTCGATTTCACCAAAAATTAT
Found at i:25264267 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 25263902--25264247 Score: 382
Period size: 58 Copynumber: 5.9 Consensus size: 59
25263892 TTATAGAACT
* * * * * ** *** *
25263902 TTTCACCAAAAATTACCATTTTATCTTTAAATTTTTTAAAATTTTATTTTTAATCTCGA
1 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCAAACTTTCCAAAATCCCATTTTTAACCTCGA
* ** *
25263961 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCC-AAATTTCATTTTTAACC-CTAA
1 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCAAACTTTCCAAAATCCCATTTTTAACCTC-GA
* *
25264019 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCCCAAACTTTCC-AAATTCCATTTTTAACCTCGA
1 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCAAACTTTCCAAAATCCCATTTTTAACCTCGA
* ** * **
25264077 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACTTTCGAACTTTTTTAAAATCCCA-TTTTAACCTCGA
1 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCAAAC-TTTCCAAAATCCCATTTTTAACCTCGA
*
25264136 TTTCACCAAAAATTATCT-TTTTACCC-CAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCTCGA
1 TTTCACCAAAAATTA-CTATTTTACCCTCAAACTTTCCAAAATCCCATTTTTAACCTCGA
* *
25264194 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCGAACCTTCCAAAATCCCA-TTTTAACC
1 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCAAACTTTCCAAAATCCCATTTTTAACC
25264248 CTGAATTTTT
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 31, Indels: 17
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 14 0.06
58 142 0.57
59 84 0.34
60 8 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.25, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (59 bp):
TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCAAACTTTCCAAAATCCCATTTTTAACCTCGA
Found at i:25264267 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 25263902--25264247 Score: 497
Period size: 175 Copynumber: 2.0 Consensus size: 176
25263892 TTATAGAACT
*** *
25263902 TTTCACCAAAAATTACCATTTTATCTTT--AAATTTTTTAAAATTTTATTTTTAATCTCGATTTC
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTA-CTTTCGAAATTTTTTAAAATCCCATTTTTAACCTCGATTTC
*
25263965 ACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCATTTTTAACCCTAATTTCACCAAAA
65 ACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATCTCATTTTTAACCCTAATTTCACCAAAA
* *
25264030 ATTACTATTTTACCCCCAAACTTTCCAAATTCCATTTTTAACCTCGA
130 ATTACTATTTTACCCCCAAACCTTCCAAATCCCATTTTTAACCTCGA
*
25264077 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACTTTCGAACTTTTTTAAAATCCCA-TTTTAACCTCGATTTCA
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACTTTCGAAATTTTTTAAAATCCCATTTTTAACCTCGATTTCA
* * *
25264141 CCAAAAATTATCTTTTTACCC-CAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAA-CCTCGATTTCACCAAA
66 CCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCC-AAATCTCATTTTTAACCCT-AATTTCACCAAA
* *
25264204 AATTACTATTTTACCCTCGAACCTTCCAAAATCCCA-TTTTAACC
129 AATTACTATTTTACCCCCAAACCTTCC-AAATCCCATTTTTAACC
25264248 CTGAATTTTT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 13, Indels: 10
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 17 0.11
175 115 0.75
176 21 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.25, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTTCACCAAAAATTACCATTTTACTTTCGAAATTTTTTAAAATCCCATTTTTAACCTCGATTTCA
CCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATCTCATTTTTAACCCTAATTTCACCAAAAA
TTACTATTTTACCCCCAAACCTTCCAAATCCCATTTTTAACCTCGA
Found at i:25268975 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25268933--25268977 Score: 65
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
25268923 ACCCAAATAA
*
25268933 AAAAGAAAAAAAAAGAG
1 AAAAGAAGAAAAAAGAG
25268950 AAAA-AAGAAAAAAGAG
1 AAAAGAAGAAAAAAGAG
25268966 AAGAAGAAGAAA
1 AA-AAGAAGAAA
25268978 GGGTCAAGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.52
17 6 0.24
18 6 0.24
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.20, T:0.00
Consensus pattern (17 bp):
AAAAGAAGAAAAAAGAG
Found at i:25271311 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25271150--25271390 Score: 136
Period size: 50 Copynumber: 4.8 Consensus size: 50
25271140 GGCAGACCGT
* * *
25271150 GTACCTCAGAAGCATGACGGGAAAGACCTAAGACCGCAATGGTGGATCTA
1 GTACCTCAAAAGCATGAAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTA
* ** * * ** * ** *
25271200 GTACCGT-AAAAACACAAAAGGGAAAGGTCCAAG-TTGCAACGGCAGACCGT-
1 GTACC-TCAAAAGCA-TGAAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATC-TA
25271250 GTACCTCAAAAGCATGGAAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTA
1 GTACCTCAAAAGCAT-GAAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTA
* * * *** *
25271301 GTACCACAAAA--ATAGAAAAGGGAAAGGTCTAAG-TCGCAATGACAGA-CTGT
1 GTACCTCAAAAGCAT-G--AAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCT-A
* * *
25271351 GTACCTCAAAAGACACGACGAGAAAGATCTAAGACCGCAA
1 GTACCTCAAAAG-CATGAAGGGAAAGATCTAAGACCGCAA
25271391 CGACAGATCC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 39, Indels: 27
0.68 0.19 0.13
Matches are distributed among these distances:
49 6 0.04
50 77 0.56
51 53 0.38
52 1 0.01
53 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.25, T:0.15
Consensus pattern (50 bp):
GTACCTCAAAAGCATGAAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTA
Found at i:25271320 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 25271103--25271422 Score: 401
Period size: 101 Copynumber: 3.2 Consensus size: 100
25271093 AGGTCTCAGC
* *
25271103 ACCAC-AAAACACAACAA-GGAAAGGTCTAAGTCACAATGGCAGACCGTGTACCTCAGAAGCATG
1 ACCACAAAAACACAA-AAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACCGTGTACCTCAAAAGCATG
*
25271166 ACGGGAAAGACCTAAGACCGCAATGGTGGATCTAGT
65 ACGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTAGT
** * * *
25271202 ACCGTAAAAACACAAAAGGGAAAGGTCCAAGTTGCAACGGCAGACCGTGTACCTCAAAAGCATGG
1 ACCACAAAAACACAAAAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACCGTGTACCTCAAAAGCAT-G
*
25271267 AAGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTAGT
65 ACGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTAGT
* * * * *
25271303 ACCACAAAAATAGAAAAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAATGACAGACTGTGTACCTCAAAAGACACG
1 ACCACAAAAACACAAAAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACCGTGTACCTCAAAAG-CATG
* * *** *
25271368 ACGAGAAAGATCTAAGACCGCAACGACAGATCCAGT
65 ACGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTAGT
* *
25271404 ACCGCAAAAAGACAAAAGG
1 ACCACAAAAACACAAAAGG
25271423 ATAATGAATC
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 29, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
99 5 0.03
100 49 0.26
101 132 0.70
102 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.22, G:0.24, T:0.13
Consensus pattern (100 bp):
ACCACAAAAACACAAAAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACCGTGTACCTCAAAAGCATGA
CGGGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCTAGT
Found at i:25271361 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25271120--25271361 Score: 147
Period size: 50 Copynumber: 4.8 Consensus size: 50
25271110 AACACAACAA
* * * *
25271120 GGAAAGGTCTAAGTCACAATGGCAGACCGTGTACCTCAGAAGCATG--ACG
1 GGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACTGTGTACCTCA-AAACATGAAAAG
** * ** * * *
25271169 GGAAAGACCTAAGACCGCAATGGTGGATCT-AGTACCGTAAAAACA-CAAAAG
1 GGAAAGGTCTAAG-TCGCAATGGCAGA-CTGTGTACC-TCAAAACATGAAAAG
* * * * *
25271220 GGAAAGGTCCAAGTTGCAACGGCAGACCGTGTACCTCAAAAGCATG-GAAG
1 GGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACTGTGTACCTCAAAA-CATGAAAAG
* * ** * *
25271270 GGAAAGATCTAAGACCGCAATGGTGGATCT-AGTACCACAAAA-ATAGAAAAG
1 GGAAAGGTCTAAG-TCGCAATGGCAGA-CTGTGTACCTCAAAACAT-GAAAAG
*
25271321 GGAAAGGTCTAAGTCGCAATGACAGACTGTGTACCTCAAAA
1 GGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACTGTGTACCTCAAAA
25271362 GACACGACGA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 43, Indels: 25
0.67 0.21 0.12
Matches are distributed among these distances:
49 21 0.15
50 67 0.49
51 48 0.35
52 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.26, T:0.16
Consensus pattern (50 bp):
GGAAAGGTCTAAGTCGCAATGGCAGACTGTGTACCTCAAAACATGAAAAG
Found at i:25271704 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 25271578--25272249 Score: 1095
Period size: 76 Copynumber: 8.9 Consensus size: 76
25271568 TCAAATGTCA
* * * *
25271578 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
*
25271643 AGAGCAAGATC
66 AGAGCAAAATC
25271654 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
* *
25271719 AGAGTAAGATC
66 AGAGCAAAATC
*
25271730 ATTTCTTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
*
25271795 AGAGCAAGATC
66 AGAGCAAAATC
* * *
25271806 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
25271871 AGAGCAAAATC
66 AGAGCAAAATC
* * * *
25271882 ATTTCCTATCCTTTTGAAATTGAAGTAAAGCCGGATATCAAGTCTTTATCTTTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
25271947 AGAGCAAAATC
66 AGAGCAAAATC
*
25271958 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
25272023 AGAGCAAAATC
66 AGAGCAAAATC
* *
25272034 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATATCAAG--TC--T-T-TGGAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
25272093 AGAGCAAAATC
66 AGAGCAAAATC
* *
25272104 ATTTCCTATCATCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
* *
25272169 TGAGCAACATC
66 AGAGCAAAATC
25272180 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
25272245 AGAGC
66 AGAGC
25272250 TAGATAAAGC
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 34, Indels: 12
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
70 63 0.11
71 1 0.00
72 2 0.00
74 2 0.00
75 1 0.00
76 487 0.88
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (76 bp):
ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
AGAGCAAAATC
Found at i:25271854 original size:152 final size:152
Alignment explanation
Indices: 25271578--25272341 Score: 1110
Period size: 152 Copynumber: 5.0 Consensus size: 152
25271568 TCAAATGTCA
* * * *
25271578 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
*
25271643 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTG
66 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
* *
25271708 AAATTGAAGTAAGAGTAAGATC
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
*
25271730 ATTTCTTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
* * * *
25271795 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTG
66 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
25271860 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
* * * *
25271882 ATTTCCTATCCTTTTGAAATTGAAGTAAAGCCGGATATCAAGTCTTTATCTTTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
*
25271947 AGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
66 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
25272012 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
* *
25272034 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATATCAAG--TC--T-T-TGGAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
* *
25272093 AGAGCAAAATCATTTCCTATCATCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
66 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
* *
25272158 AAATTGAAGTATGAGCAACATC
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
25272180 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGT-
*
25272245 AGAGCTAGATAAAGCATCAAGCATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAG-TAGGATAAC
65 --A---AG----AG---CAAG-ATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCT-GGATATC
25272309 AAGTCTTTATCTCTCTGAAATTGAAGTAAGAGC
116 AAGTCTTTA--TCTCTGAAATTGAAGTAAGAGC
25272342 TAGATAAAGC
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 34, Indels: 30
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
146 137 0.25
147 1 0.00
148 3 0.01
150 2 0.00
151 1 0.00
152 334 0.60
155 1 0.00
158 2 0.00
162 2 0.00
165 4 0.01
166 47 0.08
168 21 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (152 bp):
ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
AAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
Found at i:25271975 original size:228 final size:228
Alignment explanation
Indices: 25271578--25272341 Score: 1162
Period size: 228 Copynumber: 3.3 Consensus size: 228
25271568 TCAAATGTCA
* *
25271578 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTTTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
* *
25271643 AGAGCAAGATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTATCTCTG
66 AGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
* * *
25271708 AAATTGAAGTAAGAGTAAGATCATTTCTTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
25271773 CTCTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCAAGATC
196 CTCTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCAAGATC
*
25271806 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAGAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
* * *
25271871 AGAGCAAAATCATTTCCTATCCTTTTGAAATTGAAGTAAAGCCGGATATCAAGTCTTTATCTTTG
66 AGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
25271936 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
* *
25272001 CTTTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCAAAATC
196 CTCTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCAAGATC
* *
25272034 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATATCAAG--TC--T-T-TGGAATTGAAGTA
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
*
25272093 AGAGCAAAATCATTTCCTATCATCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
66 AGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
* *
25272158 AAATTGAAGTATGAGCAACATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
131 AAATTGAAGTAAGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
25272223 CTCTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAGCATC
196 CTCTATCTCTGAAATTGAAGT---A---AG----AG---CAAG-ATC
* *
25272270 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTAGGATAACAAGTCTTTATCTCTCTGAAATTGAAG
1 ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATAACAAGTCTCTA--TCTCTGAAATTGAAG
25272335 TAAGAGC
64 TAAGAGC
25272342 TAGATAAAGC
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 26, Indels: 28
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
222 156 0.32
223 1 0.00
224 1 0.00
225 1 0.00
226 2 0.00
228 259 0.53
232 2 0.00
235 3 0.01
236 43 0.09
238 1 0.00
242 1 0.00
243 1 0.00
244 17 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (228 bp):
ATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTTGGATAACAAGTCTCTATCTCTGAAATTGAAGTA
AGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTTTATCTCTG
AAATTGAAGTAAGAGCAAAATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGT
CTCTATCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCAAGATC
Found at i:25272289 original size:52 final size:51
Alignment explanation
Indices: 25272225--25272389 Score: 178
Period size: 52 Copynumber: 3.4 Consensus size: 51
25272215 TATCAAGTCT
25272225 CTATCTC-TGAAATTGAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAGCATCATTTC
1 CTATCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAGCATCATTTC
25272275 CTATCCTCTTGAAATTGAAGTAA-AG-TAGGAT--A--A-CAAG--TC--TT-
1 CTAT-CTCTTGAAATTGAAGTAAGAGCTA-GATAAAGCATCAAGCATCATTTC
*
25272316 -TATCTCTCTGAAATTGAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATGAAGCATCATTTC
1 CTATCTCT-TGAAATTGAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAGCATCATTTC
*
25272367 CTATCCTCTTGAAATTGAGGTAA
1 CTAT-CTCTTGAAATTGAAGTAA
25272390 AATTGGATAA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 2, Indels: 34
0.73 0.02 0.26
Matches are distributed among these distances:
39 4 0.04
40 17 0.18
41 5 0.05
42 4 0.04
43 1 0.01
44 2 0.02
45 1 0.01
46 7 0.07
47 1 0.01
48 2 0.02
49 1 0.01
50 8 0.08
51 8 0.08
52 30 0.32
53 4 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (51 bp):
CTATCTCTTGAAATTGAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAGCATCATTTC
Found at i:25272373 original size:92 final size:91
Alignment explanation
Indices: 25272176--25272442 Score: 389
Period size: 92 Copynumber: 2.9 Consensus size: 91
25272166 GTATGAGCAA
* *
25272176 CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGCTGGATATCAAGTCTCTA--TCTCTGAAATT
1 CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAG-TGGATAACAAGTCTTTATCTCTCTGAAATT
25272239 GAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAG
65 GAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAG
25272266 CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTAGGATAACAAGTCTTTATCTCTCTGAAATT
1 CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGT-GGATAACAAGTCTTTATCTCTCTGAAATT
*
25272331 GAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATGAAG
65 GAAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAG
* * *
25272358 CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAGGTAAAATTGGATAACAAGTCTTTATCCCTCT-AAAGT
1 CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGT-AAAGTGGATAACAAGTCTTTATCTCTCTGAAA-T
* * *
25272422 TGTA-TAAGAGCAAGATGAAGC
64 TGAAGTAAGAGCTAGATAAAGC
25272443 TTCGACATCA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 9, Indels: 9
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
89 1 0.01
90 48 0.29
91 18 0.11
92 92 0.56
93 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (91 bp):
CATCATTTCCTATCCTCTTGAAATTGAAGTAAAGTGGATAACAAGTCTTTATCTCTCTGAAATTG
AAGTAAGAGCTAGATAAAGCATCAAG
Found at i:25275221 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 25275131--25275475 Score: 357
Period size: 58 Copynumber: 5.9 Consensus size: 58
25275121 TTATAGAACT
* * * * *
25275131 TTTCACCAAAAATTACCATTTTA-TCTCCAAACTTTTTAAAATTTATTTTTAATCTCGA
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCT-CAAACTTTTCAAAATTCATTTTTAACCCCGA
* * **
25275189 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCATTTTTAACCCTAA
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTTCAAAATTCATTTTTAACCCCGA
*
25275247 TTTCACCAAAAATTACCA-TTTAGCCCT-AAAC-TTTCCAAATTCCATTTTTAACCCCGA
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTA-CCCTCAAACTTTTCAAAATT-CATTTTTAACCCCGA
* * * * *
25275304 TTTCACCAAAAATTACCATTTTA-CTTCTGAACTTTTTTAAAATCCCA-TTTTAACCTCGA
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTC-AAAC-TTTTCAAAAT-TCATTTTTAACCCCGA
*
25275363 TTTCACCAAAAATTATCC-TTTTACCC-CAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGA
1 TTTCACCAAAAATTA-CCATTTTACCCTCAAACTTTTCAAAAT-TCATTTTTAACCCCGA
* * * * *
25275421 TTTCACCAAAAATTACTATTTTACCCTCGAACCTTCCAAAATCCCA-TTTTAACCC
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTTCAAAAT-TCATTTTTAACCC
25275476 TGAATTTTTC
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 30, Indels: 28
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
56 9 0.04
57 51 0.21
58 121 0.50
59 50 0.21
60 12 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.27, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (58 bp):
TTTCACCAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTTCAAAATTCATTTTTAACCCCGA
Found at i:25275268 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25275236--25275324 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 29
25275226 AAATTTCATT
25275236 TTTAACCCTAATTTCACCAAAAATTACCA
1 TTTAACCCTAATTTCACCAAAAATTACCA
*
25275265 TTTAGCCCTAAACTTT--CC--AAATT-CCA
1 TTTAACCCT-AA-TTTCACCAAAAATTACCA
**
25275291 TTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCA
1 --TTTAACCCTAATTTCACCAAAAATTACCA
25275322 TTT
1 TTT
25275325 TACTTCTGAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 18
0.68 0.06 0.26
Matches are distributed among these distances:
26 6 0.13
27 6 0.13
28 9 0.19
29 13 0.28
30 7 0.15
31 6 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.28, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
TTTAACCCTAATTTCACCAAAAATTACCA
Found at i:25275426 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 25275131--25275475 Score: 470
Period size: 174 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
25275121 TTATAGAACT
** *
25275131 TTTCACCAAAAATTACCATTTTATCTCCAAACTTTTTAAAATTTATTTTTAATCTCGATTTCACC
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTATCTCCAAACTTTTTAAAATCCATTTTTAACCTCGATTTCACC
* *
25275196 AAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATTTCATTTTTAACCCTAATTTCACCAAAAATT
66 AAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATCTCATTTTTAACCCCAATTTCACCAAAAATT
* *
25275261 ACCA-TTTAGCCCT-AAACTTTCC-AAATTCCATTTTTAACCCCGA
131 ACCATTTTA-CCCTCAAACCTTCCAAAATCCCA-TTTTAACCCCGA
**
25275304 TTTCACCAAAAATTACCATTTTA-CTTCTGAACTTTTTTAAAATCCCA-TTTTAACCTCGATTTC
1 TTTCACCAAAAATTACCATTTTATC-TCCAAAC-TTTTTAAAAT-CCATTTTTAACCTCGATTTC
*
25275367 ACCAAAAATTATCC-TTTTACCC-CAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGATTTCACCAA
63 ACCAAAAATTA-CCATTTTACCCTCAAACTTTCC-AAATCTCATTTTTAACCCCAATTTCACCAA
* *
25275430 AAATTACTATTTTACCCTCGAACCTTCCAAAATCCCATTTTAACCC
126 AAATTACCATTTTACCCTCAAACCTTCCAAAATCCCATTTTAACCC
25275476 TGAATTTTTC
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 12, Indels: 14
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.01
173 38 0.25
174 83 0.55
175 23 0.15
176 7 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.27, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (174 bp):
TTTCACCAAAAATTACCATTTTATCTCCAAACTTTTTAAAATCCATTTTTAACCTCGATTTCACC
AAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCCAAATCTCATTTTTAACCCCAATTTCACCAAAAATT
ACCATTTTACCCTCAAACCTTCCAAAATCCCATTTTAACCCCGA
Found at i:25275492 original size:116 final size:117
Alignment explanation
Indices: 25275131--25275482 Score: 432
Period size: 116 Copynumber: 3.0 Consensus size: 117
25275121 TTATAGAACT
* * ** * * *
25275131 TTTCACCAAAAATTACCATTTTATCTCCAAACTTTTTAAAAT-TTATTTTTAATCTCGATTTCAC
1 TTTCACCAAAAATTACC-TTTTAGCCCCAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGATTTCAC
* **
25275195 CAAAAATTACCATTTTACCCTCAAACTTTCC-AAATTTCATTTTTAACCCT-AA
65 CAAAAATTACCATTTTACCCTCGAACTTTCCAAAATCCCA-TTTTAACCCTGAA
* * *
25275247 TTTCACCAAAAATTACCATTTAGCCCTAAACTTTCCAAATTC-CATTTTTAACCCCGATTTCACC
1 TTTCACCAAAAATTACCTTTTAGCCCCAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGATTTCACC
* **
25275311 AAAAATTACCATTTTA-CTTCTGAACTTTTTTAAAATCCCATTTTAA-CCTCG-A
66 AAAAATTACCATTTTACCCTC-GAAC-TTTCCAAAATCCCATTTTAACCCT-GAA
25275363 TTTCACCAAAAATTATCCTTTTA-CCCCAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGATTTCAC
1 TTTCACCAAAAATTA-CCTTTTAGCCCCAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGATTTCAC
* *
25275427 CAAAAATTACTATTTTACCCTCGAACCTTCCAAAATCCCATTTTAACCCTGAA
65 CAAAAATTACCATTTTACCCTCGAACTTTCCAAAATCCCATTTTAACCCTGAA
25275480 TTT
1 TTT
25275483 TTCCGAAATT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 24, Indels: 21
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
114 3 0.01
115 58 0.29
116 77 0.38
117 60 0.30
118 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.27, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (117 bp):
TTTCACCAAAAATTACCTTTTAGCCCCAAACTTTCCAAAATCTCATTTTTAACCCCGATTTCACC
AAAAATTACCATTTTACCCTCGAACTTTCCAAAATCCCATTTTAACCCTGAA
Found at i:25276805 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 25276761--25276810 Score: 59
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
25276751 AGGTGATTTC
*
25276761 GACATAATCTTTGTACTTTAATTTTT
1 GACATAA-CTTTGTACTTTAACTTTT
25276787 GACATAA-TTTGATAC-TTAACTTTT
1 GACATAACTTTG-TACTTTAACTTTT
25276811 AGTTATTCTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.55
25 3 0.14
26 7 0.32
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (25 bp):
GACATAACTTTGTACTTTAACTTTT
Found at i:25280212 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25280156--25280215 Score: 77
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
25280146 CATGGTCTGA
* *
25280156 CACACGGTCGTGTGGCAGCCAGTGTGGCT
1 CACACGGTCGAGTGCCAGCCAGTGTGGCT
25280185 CACACGGTCGAGTGCCCAGCCCA-TGTGGCT
1 CACACGGTCGAGTG-CCAG-CCAGTGTGGCT
25280215 C
1 C
25280216 CTAAAATCTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
29 13 0.48
30 11 0.41
31 3 0.11
ACGTcount: A:0.15, C:0.33, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (29 bp):
CACACGGTCGAGTGCCAGCCAGTGTGGCT
Found at i:25287650 original size:12 final size:10
Alignment explanation
Indices: 25287626--25287660 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 3.6 Consensus size: 10
25287616 GATTTCACCC
25287626 AAAAAA-GAA
1 AAAAAAGGAA
*
25287635 AAAAGAGGAA
1 AAAAAAGGAA
25287645 AAAAAAGGAA
1 AAAAAAGGAA
25287655 AAAAAA
1 AAAAAA
25287661 AAGAAAAAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.22
10 18 0.78
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.17, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAAGGAA
Found at i:25287661 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 25287643--25287677 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 12
25287633 AAAAAAGAGG
25287643 AAAAAAAAGGAA
1 AAAAAAAAGGAA
25287655 AAAAAAAA-GAA
1 AAAAAAAAGGAA
25287666 AAAGAAAAAGGA
1 AAA-AAAAAGGA
25287678 GAGGTCGAGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 6 0.29
12 13 0.62
13 2 0.10
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.17, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAAAAGGAA
Found at i:25287667 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 25287626--25287673 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 4.6 Consensus size: 10
25287616 GATTTCACCC
25287626 AAAAAAGAAA
1 AAAAAAGAAA
* *
25287636 AAAGAGGAAA
1 AAAAAAGAAA
*
25287646 AAAAAGGAAAA
1 AAAAAAG-AAA
25287657 AAAAAAGAAA
1 AAAAAAGAAA
25287667 AAGAAAA
1 AA-AAAA
25287674 AGGAGAGGTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
10 19 0.59
11 13 0.41
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.17, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAAGAAA
Found at i:25288859 original size:99 final size:97
Alignment explanation
Indices: 25288545--25289124 Score: 793
Period size: 99 Copynumber: 5.9 Consensus size: 97
25288535 AGTTTTCATC
* * * *
25288545 ACCA-GAAGGATATGGAGGGAAATGTTTAAGTCGTAACGGTGAGCCTTGTACCTCAGAAGATGAG
1 ACCACGAA-GATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGA-
*
25288609 ATGGGAAAGATTTAAGCTGCAACGATGAATCTAGT
64 A-GGGAAAGATTTAAGCCGCAACGATGAATCTAGT
* * *
25288644 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGTAACGGTGAACCTTATACCTCAGAAGCATGAA
1 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAG-ATGAA
* *
25288709 GGGAAAGATTTAAGCCGTAACGATGAATCCAGT
65 GGGAAAGATTTAAGCCGCAACGATGAATCTAGT
* * * *
25288742 ACCGCGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAATGGCAAACCTTGTACCTCAAAAGATGAGA
1 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGA-A
*
25288807 TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGT
65 -GGGAAAGATTTAAGCCGCAACGATGAATCTAGT
* * * *
25288841 ACAACGAAGATATTGAGGGAAAGGTTTAAGTAGCAACGGTGAACCTTGTACCTCAGAAGCATGAA
1 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAG-ATGAA
* *
25288906 GGGAAAGATTTAAGCCGCAACGACGAATCCAGT
65 GGGAAAGATTTAAGCCGCAACGATGAATCTAGT
* *
25288939 ACCATGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGACGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATAAGA
1 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGAT--GA
* *
25289004 TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGT
64 AGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGATGAATCTAGT
* * * *
25289038 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAAGTTTAAGTCACAACGGCGAACCTTGTACCTTAGAAACATGAA
1 ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAG-AAGATGAA
*
25289103 GGGAAAGATTGAAGCCGCAACG
65 GGGAAAGATTTAAGCCGCAACG
25289125 GCGAGTTTGG
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 45, Indels: 17
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
97 6 0.01
98 189 0.44
99 218 0.51
100 15 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.28, T:0.20
Consensus pattern (97 bp):
ACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGAAG
GGAAAGATTTAAGCCGCAACGATGAATCTAGT
Found at i:25289126 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25288547--25289128 Score: 449
Period size: 49 Copynumber: 11.8 Consensus size: 50
25288537 TTTTCATCAC
* * * * *
25288547 CAGAAGGATATGGAGGGAAATG-TTTAAGTCGTAACGGTGAGCCTTGTACCT
1 CAGAA-GATATGAAGGGAAA-GATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * ** * * *
25288598 CAGAAGATGA-GATGGGAAAGATTTAAGCTGCAACGATGAATCTAGTACCA
1 CAGAAGAT-ATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * * * * *
25288648 C-GAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGTAACGGTGAACCTTATACCT
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * ** * *
25288697 CAGAAG-CATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGTAACGATGAATCC-AGTACCG
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAA-CCTTGTACCT
* * * * *
25288746 C-GAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAATGGCAAACCTTGTACCT
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * * * * **
25288795 CAAAAGATGA-GATGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACAA
1 CAGAAGAT-ATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* ** *
25288845 C-GAAGATATTG-AGGGAAAGGTTTAAGTAGCAACGGTGAACCTTGTACCT
1 CAGAAGATA-TGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * *
25288894 CAGAAG-CATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGACGAATCC-AGTA-C-
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAA-CCTTGTACCT
* * *
25288941 CATGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGACGCAACGGCGAACCTTGTACCT
1 CA-GAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * * * * *
25288992 CAGAAGATAAGATGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACCA
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * *
25289042 C-GAAGATATGGAGGGAAA-AGTTTAAGTCACAACGGCGAACCTTGTACCT
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGA-TTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
* * *
25289091 TAGAA-ACATGAAGGGAAAGATTGAAGCCGCAACGGCGA
1 CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGA
25289129 GTTTGGCACC
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 98, Indels: 46
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 2 0.00
48 18 0.04
49 257 0.63
50 125 0.30
51 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.28, T:0.20
Consensus pattern (50 bp):
CAGAAGATATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGCGAACCTTGTACCT
Found at i:25289161 original size:197 final size:197
Alignment explanation
Indices: 25288545--25289124 Score: 903
Period size: 197 Copynumber: 2.9 Consensus size: 197
25288535 AGTTTTCATC
* * * *
25288545 ACCA-GAAGGATATGGAGGGAAATGTTTAAGTCGTAACGGTGAGCCTTGTACCTCAGAAGATGAG
1 ACCATGAA-GATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGAG
* *
25288609 ATGGGAAAGATTTAAGCTGCAACGATGAATCTAGTACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAG
65 ATGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAG
** * * *
25288674 TCGTAACGGTGAACCTTATACCTCAGAAGCATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGTAACGATGAATCC
130 TCACAACGGTGAACCTTGTACCTCAGAAGCATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGACGAATCC
25288739 AGT
195 AGT
** * * *
25288742 ACCGCGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAATGGCAAACCTTGTACCTCAAAAGATGAGA
1 ACCATGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGAGA
* *
25288807 TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACAACGAAGATATTGAGGGAAAGGTTTAAGT
66 TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGT
25288872 -AGCAACGGTGAACCTTGTACCTCAGAAGCATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGACGAATCC
131 CA-CAACGGTGAACCTTGTACCTCAGAAGCATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGACGAATCC
25288936 AGT
195 AGT
* *
25288939 ACCATGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGACGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATAAGA
1 ACCATGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGAGA
*
25289004 TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACCACGAAGATATGGAGGGAAAAGTTTAAGT
66 TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGT
* * * *
25289069 CACAACGGCGAACCTTGTACCTTAGAAACATGAAGGGAAAGATTGAAGCCGCAACG
131 CACAACGGTGAACCTTGTACCTCAGAAGCATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACG
25289125 GCGAGTTTGG
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 31, Indels: 6
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
197 345 0.99
198 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.28, T:0.20
Consensus pattern (197 bp):
ACCATGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGTCGCAACGGCGAACCTTGTACCTCAGAAGATGAGA
TGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGGTGAATCTAGTACCACGAAGATATGGAGGGAAAGGTTTAAGT
CACAACGGTGAACCTTGTACCTCAGAAGCATGAAGGGAAAGATTTAAGCCGCAACGACGAATCCA
GT
Found at i:25289233 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 25289136--25289236 Score: 157
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 49
25289126 CGAGTTTGGC
* * **
25289136 ACCATAAAGATTTGAAGGGAAAGGTTACGACCGCGATGGCGAACCCAGT
1 ACCATAAAGATTTAAAGGGAAAGGTTACGACCGCAACAGCGAACCCAGT
*
25289185 ACCATGAAGATTTAAAGGGAAAGGTTACGACCGCAACAGCGAACCCAGT
1 ACCATAAAGATTTAAAGGGAAAGGTTACGACCGCAACAGCGAACCCAGT
25289234 ACC
1 ACC
25289237 TTAGAAACAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 47 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.26, T:0.15
Consensus pattern (49 bp):
ACCATAAAGATTTAAAGGGAAAGGTTACGACCGCAACAGCGAACCCAGT
Found at i:25289439 original size:97 final size:98
Alignment explanation
Indices: 25289317--25289700 Score: 468
Period size: 97 Copynumber: 3.8 Consensus size: 98
25289307 TCAAATCTAC
* * * *
25289317 AATACCAAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTACAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTTAAATTCT
1 AATAGCAAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTCAAATCCT
*
25289382 ATCCTCTTGAAGTTACAGTAAAGTTGGATT-AA
66 ATCCTCTTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATTAAA
* *
25289414 AATAGCAAGTCTTTATCTCTATGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTCAACGTCAAATCCT
1 AATAGCAAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTCAAATCCT
*
25289479 ATCCTCTTGAAGTTGCAATAAAGTTGGATTAAAAATA
66 ATCCTCTTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATT---AA-A
* * *
25289516 AATAGTAAGTATTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCT
1 AATAGCAAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTCAAATCCT
* * *
25289581 ATCTTCCTGAAGTTGCAGTGAAGTTGGATTAAAAACAAA
66 ATCCTCTTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATT------AAA
* * *
25289620 AATA-AAATGTCTTTATCTATCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAA-CC
1 AATAGCAA-GTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTCAAATCC
* *
25289683 TTATCTTCCTGAAGTTGC
65 -TATCCTCTTGAAGTTGC
25289701 GATGAAGTTA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 21, Indels: 13
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
97 87 0.34
101 1 0.00
102 87 0.34
103 4 0.02
104 73 0.29
105 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (98 bp):
AATAGCAAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTCAAATCCT
ATCCTCTTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATTAAA
Found at i:25289591 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 25289435--25289700 Score: 150
Period size: 51 Copynumber: 5.2 Consensus size: 51
25289425 TTTATCTCTA
* * * *
25289435 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTCAACGTCAAATCCTATCCTCT
1 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTAAACATCAAATCCTATCTTCC
* *** * *** * *
25289486 TGAAGTTGCAATAA-AGTTGGATTAAAAATAAATAGT-AAGTAT-TTATC-TCTC
1 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTAAACA-TCAA--ATCCTATCTTC-C
*
25289537 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCTATCTTCC
1 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTAAACATCAAATCCTATCTTCC
* *** * **** * * *
25289588 TGAAGTTGCAGTGA-AGTTGGATTAAAAACAAAAATAAAATGTCTTTATCTAT-C
1 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTAAACATCAAA--TC-CTATCT-TCC
*
25289641 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAA-CCTTATCTTCC
1 TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTAAACATCAAATCC-TATCTTCC
25289692 TGAAGTTGC
1 TGAAGTTGC
25289701 GATGAAGTTA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 50, Indels: 30
0.65 0.22 0.13
Matches are distributed among these distances:
50 31 0.21
51 66 0.44
52 19 0.13
53 19 0.13
54 15 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (51 bp):
TGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTAAACATCAAATCCTATCTTCC
Found at i:25289709 original size:104 final size:102
Alignment explanation
Indices: 25289323--25289700 Score: 500
Period size: 102 Copynumber: 3.7 Consensus size: 102
25289313 CTACAATACC
* * * *
25289323 AAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTACAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACGTTAAATTCTATCCTC
1 AAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCTATCCTC
* * *
25289388 TTGAAGTTACAGTAAAGTTGGATT-----AAAATAGC
66 CTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATTAAAAAAAAATAGA
* * *
25289420 AAGTCTTTATCTCTATGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTCAACGTCAAATCCTATCCTC
1 AAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCTATCCTC
* * * *
25289485 TTGAAGTTGCAATAAAGTTGGATTAAAAATAAATAGT
66 CTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATTAAAAAAAAATAGA
* *
25289522 AAGTATTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCTATCTTC
1 AAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCTATCCTC
*
25289587 CTGAAGTTGCAGTGAAGTTGGATTAAAAACAAAAATA-A
66 CTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATT-AAAA-AAAAATAGA
* *
25289625 AATGTCTTTATCTATCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAA-CCTTATCT
1 AA-GTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCC-TATCC
25289689 TCCTGAAGTTGC
64 TCCTGAAGTTGC
25289701 GATGAAGTTA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 21, Indels: 11
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
97 82 0.33
102 87 0.35
103 8 0.03
104 74 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (102 bp):
AAGTCTTTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAAGAGCAAGATGAAGCTTTAACATCAAATCCTATCCTC
CTGAAGTTGCAGTAAAGTTGGATTAAAAAAAAATAGA
Found at i:25290237 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25290215--25290243 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
25290205 AAATAAATAA
25290215 ATTTAAATTTAAATT
1 ATTTAAATTTAAATT
25290230 ATTT-AATTTAAATT
1 ATTTAAATTTAAATT
25290244 TCTATTTTAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.71
15 4 0.29
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
ATTTAAATTTAAATT
Found at i:25293668 original size:39 final size:41
Alignment explanation
Indices: 25293420--25293657 Score: 288
Period size: 41 Copynumber: 5.9 Consensus size: 41
25293410 CGCTTTCCAC
25293420 AAAGCGCCGCTAAAGGTCG-GTCA-TAGCGGCGCTTATAGA
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
*
25293459 AAAGCGCCGCTAAAGGTCGGGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
*
25293500 AAAGCGCCGCTAAAGGTCTTGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
* * * *
25293541 AAAGCGCCGCTAAAGGTCTTGTCAGTAGCGGCGCTTTTATA
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
* * * * **
25293582 ATAAGCGCCGCTAAA-GACCTGACCTTTAGCGGCGCTTATCTA
1 A-AAGCGCCGCTAAAGGTCGTG-TCATTAGCGGCGCTTATAGA
* * *
25293624 TAAGCGCCACTAAAGGT-GTG-AATTAGCGGCGCTT
1 AAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTCATTAGCGGCGCTT
25293658 TCACATAAGC
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 18, Indels: 10
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.18
40 4 0.02
41 112 0.64
42 29 0.16
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
AAAGCGCCGCTAAAGGTCGTGTCATTAGCGGCGCTTATAGA
Found at i:25294783 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25294758--25294790 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
25294748 ATTTAGTTTG
25294758 ATTAATTTAAAA-AAA
1 ATTAATTTAAAAGAAA
25294773 ATTAGATTTAAAAGAAA
1 ATTA-ATTTAAAAGAAA
25294790 A
1 A
25294791 AAACAAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.25
16 8 0.50
17 4 0.25
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.06, T:0.30
Consensus pattern (16 bp):
ATTAATTTAAAAGAAA
Found at i:25294950 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 25294932--25294957 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
25294922 CACGTACCAA
25294932 AATCAGCCAAAAT
1 AATCAGCCAAAAT
25294945 AATCAGCCAAAAT
1 AATCAGCCAAAAT
25294958 CTGAGGGAAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.23, G:0.08, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
AATCAGCCAAAAT
Found at i:25297286 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25297265--25297392 Score: 100
Period size: 18 Copynumber: 6.9 Consensus size: 18
25297255 TTAAAGTAAA
25297265 TAATTATATTTAATTATT
1 TAATTATATTTAATTATT
* *
25297283 TAATTATGTTTAATTATA
1 TAATTATATTTAATTATT
* **
25297301 TATTTA-ATTATAAACAGTAT
1 TAATTATATT-TAATTA-T-T
*
25297321 TAGTTA-ATTTAA-TATT
1 TAATTATATTTAATTATT
*
25297337 TAATTTGAAAGATTTAATTATT
1 TAA-TT---ATATTTAATTATT
25297359 TAATTATATTTAATTATT
1 TAATTATATTTAATTATT
*
25297377 TAATTATGTTTAATTA
1 TAATTATATTTAATTA
25297393 AATATTTATT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 12, Indels: 18
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.03
17 5 0.06
18 53 0.60
19 4 0.04
20 9 0.10
21 8 0.09
22 7 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
TAATTATATTTAATTATT
Found at i:25297359 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 25297301--25297460 Score: 159
Period size: 54 Copynumber: 3.2 Consensus size: 54
25297291 TTTAATTATA
25297301 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAAT
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAAT
* * * *
25297355 TATTTAATTAT----A-T-TTAATT-ATTTAAT-TAT-GTTT---A-A-TTAAA
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAAT
* * *
25297395 TATTTATTTATAAACAGTATCAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAAT
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAAT
25297449 TATTTAATTATA
1 TATTTAATTATA
25297461 TTTAAATGAA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 12, Indels: 28
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
40 14 0.17
41 1 0.01
42 1 0.01
44 1 0.01
45 4 0.05
46 6 0.08
47 13 0.16
48 7 0.09
49 4 0.05
50 1 0.01
52 1 0.01
53 1 0.01
54 26 0.32
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.06, T:0.51
Consensus pattern (54 bp):
TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAAT
Found at i:25297361 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 25297348--25297383 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 4.2 Consensus size: 8
25297338 AATTTGAAAG
25297348 ATTTAATT
1 ATTTAATT
25297356 ATTTAATTAT
1 ATTTAA-T-T
25297366 ATTTAATT
1 ATTTAATT
25297374 ATTTAATT
1 ATTTAATT
25297382 AT
1 AT
25297384 GTTTAATTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 4
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
8 17 0.65
9 2 0.08
10 7 0.27
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (8 bp):
ATTTAATT
Found at i:25297429 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 25297265--25297465 Score: 366
Period size: 94 Copynumber: 2.1 Consensus size: 94
25297255 TTAAAGTAAA
* *
25297265 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
*
25297330 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATT
66 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATT
*
25297359 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTATTTATAAACAGTATCAGTTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
25297424 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATT
66 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATT
25297453 TAATTATATTTAA
1 TAATTATATTTAA
25297466 ATGAATAAAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 103 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.05, T:0.52
Consensus pattern (94 bp):
TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATT
Found at i:25297462 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 25297280--25297750 Score: 152
Period size: 32 Copynumber: 14.3 Consensus size: 33
25297270 ATATTTAATT
*
25297280 ATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTAT-AAAC
1 ATTTAATTA--TTTAATTA-ATATTTAATT-TGAAAG
* *
25297316 A-GT-ATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAG
1 ATTTAATTATTTAA-TTAATATTTAATTTGAAAG
25297348 ATTTAATTATTTAATT-ATATTTAA-TT-----
1 ATTTAATTATTTAATTAATATTTAATTTGAAAG
* *
25297374 ATTTAATTATGTTTAATTAAATATTT-ATTTATAAAC
1 ATTTAATTA--TTTAATT-AATATTTAATTT-GAAAG
* * *
25297410 A-GT-ATCAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAG
1 ATTTAATTATTTAATT-AATATTTAATTTGAAAG
* *
25297442 ATTTAATTATTTAATT-ATATTTAA-ATGAATAAA
1 ATTTAATTATTTAATTAATATTTAATTTG-A-AAG
* * * * * **
25297475 ATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTT-AATT
1 ATTTAATTATTTAA-TTAATATTTA-ATTTGAAAG
* *
25297509 ATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTAT-AAAC
1 ATTTAA-T-TATTTAATTA-ATATTTAATT-TGAAAG
* * *
25297545 A-GT-ATCAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAG
1 ATTTAATTATTTAATT-AATATTTAATTTGAAAG
* *
25297577 ATTTAATTATTTAA-TAATATTTAA-ATGAATAAA
1 ATTTAATTATTTAATTAATATTTAATTTG-A-AAG
* * * * * **
25297610 ATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTT-AATT
1 ATTTAATTATTTAA-TTAATATTTA-ATTTGAAAG
* *
25297644 ATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTAT-AAAC
1 ATTTAA-T-TATTTAATTA-ATATTTAATT-TGAAAG
* * * *
25297680 A-GT-ATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAG
1 ATTTAATTATTTAATTAATATTTAATTTGAAAG
* *
25297711 ATTTAATTATTTAATT-ATGTTTAA-TT-AAAT
1 ATTTAATTATTTAATTAATATTTAATTTGAAAG
25297741 ATTTAATTAT
1 ATTTAATTAT
25297751 AAACAGTATT
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 67, Indels: 96
0.66 0.14 0.20
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.03
28 7 0.02
29 1 0.00
30 22 0.07
31 24 0.07
32 98 0.30
33 51 0.16
34 46 0.14
35 29 0.09
36 34 0.11
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (33 bp):
ATTTAATTATTTAATTAATATTTAATTTGAAAG
Found at i:25297500 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 25297359--25298975 Score: 1055
Period size: 135 Copynumber: 11.8 Consensus size: 135
25297349 TTTAATTATT
* *
25297359 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTATTTATAAACAGTATCAGTTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
*
25297424 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
25297489 GTAAA
131 GTAAA
*
25297494 TAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
* *
25297559 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATAATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
25297624 GTAAA
131 GTAAA
* *
25297629 TAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATTAGTT-ATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
* * * * *
25297693 TAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTT-AAT---TAAATATTTAATTATAAA
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAA-ATTAAAATATTAA
*
25297754 CAGT-AT
130 -AGTAAA
* **
25297760 TAGTTA-ATTTAA-TATTTAATT-TG-AAAGATT-TAATTATTTAATTATATTAA-AGTAAAT-A
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTA-ATTAT-A-TATTTAATTATA--AACAGT--ATCA
* * ** * ** * *
25297818 ATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTA-ATTT-ATTCTTTAGGAGCA-ATGGTAATATG-GTAA
59 GTTA-ATTTAA-TATTTAATT-TG-AAAGATTTAATTATTTA--ATTATAT-TTAA-ATGAATAA
** ** * * **
25297879 TGTT-CGATTTTCACCTCACAAA
116 AATTAAAATATTAAAGT---AAA
* * ** * * * * * * * **
25297901 TCACA-AACATCCAAACTTCACTGTCCACCTTA-ATTTGATTTTACTGATTTTATTCTACAA-TT
1 T-A-ATTATAT-TTAA-TT-A-T-T-TA-ATTATGTTTAATTATA-T-ATTTAATTATA-AACAG
*** ** *** * * *** * * ** * *** * ** * *
25297963 TGATCCA-TTAACCCACCAAAAAAGTAG-GCCA-CTAA-GATCAAAATGGGTTCAAAACAATTAG
54 T-AT-CAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAA
* ** * **** **
25298024 CTT-CCATGGCCTTCCTTTTGA
117 ATTAAAAT---ATTAAAGTAAA
* * * * * * * *
25298045 TGAATAAAATTAAAATA-TTAA--A-G-TAAATAATTATATTTAATTTAAACAATCAGTATTAGT
1 T-AATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTA-TATATTTAA-TTATA-AA-CAGTATCAGT
* * ** *
25298105 TAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTATTTTGAA
61 TAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATA---AAATTAAA
* *
25298170 ATATTTAATTAAA
123 ATATTAAAGTAAA
* *
25298183 TAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
*
25298248 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
25298313 GTAAA
131 GTAAA
* * *
25298318 TAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATATACAGTATTAGTT-ATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
* * * * *
25298382 TAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTGTAAACAGT
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATA---AAAT-TAAA-A-T
* *
25298447 ATTAGTTAATTTAA
125 ATTA---AAGTAAA
* ** * *
25298461 TATTTA-ATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTAT
1 TAATTATATTT-AATTATTT-A--A-TT-A-TG--TTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTAT
25298525 CAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAA
57 CAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAA
25298590 AATATTAAAGTAAA
122 AATATTAAAGTAAA
** *
25298604 TAATTATATTTAATTATTTAACCATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATTAGTT-ATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
* *** * * * * * *
25298668 TAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATAAACAGTATTAGT-TAATT-TAATATTTA
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTA-AATGAATAAAATTAAAATATTAA
*
25298731 A-T--T
130 AGTAAA
* * *
25298734 TAA-AAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
* * * * *
25298798 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTATTTCGAAATATT
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATA--AAATT-AAAATATT
* *
25298863 TAATTAAA
128 AAAGTAAA
* *
25298871 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACATTATTAGTTAATT
1 TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
*
25298936 AAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTTATATT
66 TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAA-TTATATT
25298976 AAAGTAAATA
Statistics
Matches: 1154, Mismatches: 229, Indels: 194
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
127 2 0.00
128 6 0.01
129 74 0.06
130 56 0.05
131 21 0.02
132 15 0.01
133 27 0.02
134 170 0.15
135 311 0.27
136 7 0.01
137 33 0.03
138 167 0.14
139 12 0.01
140 17 0.01
141 15 0.01
142 13 0.01
143 39 0.03
144 24 0.02
145 1 0.00
146 10 0.01
147 9 0.01
148 7 0.01
149 9 0.01
150 5 0.00
151 45 0.04
152 59 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (135 bp):
TAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATT
TAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAA
GTAAA
Found at i:25297630 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25297587--25297631 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
25297577 ATTTAATTAT
*
25297587 TTAATAATATTTAAATGAATAAAA
1 TTAATAATATTTAAATAAATAAAA
25297611 TTAA-AATA-TTAAAGTAAATAA
1 TTAATAATATTTAAA-TAAATAA
25297632 TTATATTTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.26
23 10 0.53
24 4 0.21
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (24 bp):
TTAATAATATTTAAATAAATAAAA
Found at i:25297730 original size:75 final size:76
Alignment explanation
Indices: 25297636--25297804 Score: 304
Period size: 75 Copynumber: 2.2 Consensus size: 76
25297626 AAATAATTAT
* *
25297636 ATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATTAGTT-ATTTAATATT
1 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
25297700 TAATTTAAAAG
66 TAATTTAAAAG
25297711 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
1 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
*
25297776 TAATTTGAAAG
66 TAATTTAAAAG
25297787 ATTTAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
25297805 ATTAAAGTAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 3, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 52 0.58
76 38 0.42
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (76 bp):
ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
TAATTTAAAAG
Found at i:25297848 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25297791--25297840 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
25297781 TGAAAGATTT
25297791 AATTATTTAATTATATTA
1 AATTATTTAATTATATTA
* **
25297809 AAGTAAATAATTATATTA
1 AATTATTTAATTATATTA
25297827 AATTATTTAATTAT
1 AATTATTTAATTAT
25297841 GTTTAATTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTTAATTATATTA
Found at i:25298151 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25298128--25298217 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 5.6 Consensus size: 17
25298118 AATTTGAAAG
25298128 ATTTAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAA-TAT
25298146 ATTT-A--A-TTAA-AT
1 ATTTAATTATTTAATAT
*
25298158 ATTT-ATT-TTGAA-AT
1 ATTTAATTATTTAATAT
**
25298172 ATTTAATTAAATAATTAT
1 ATTTAATTATTTAA-TAT
25298190 ATTTAATTATTTAACTAT
1 ATTTAATTATTTAA-TAT
*
25298208 GTTTAATTAT
1 ATTTAATTAT
25298218 ATATTTAATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 14
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.12
14 13 0.23
15 4 0.07
16 2 0.04
17 1 0.02
18 30 0.53
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
ATTTAATTATTTAATAT
Found at i:25298173 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25298135--25298203 Score: 86
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
25298125 AAGATTTAAT
*
25298135 TATTTAATTATATTTAATTAAATATTTA
1 TATTTAA--ATATTTAATTAAATAATTA
25298163 T-TTTGAAATATTTAATTAAATAATTA
1 TATTT-AAATATTTAATTAAATAATTA
*
25298189 TATTTAATTATTTAA
1 TATTTAAATATTTAA
25298204 CTATGTTTAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 28 0.76
27 6 0.16
28 3 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (26 bp):
TATTTAAATATTTAATTAAATAATTA
Found at i:25298489 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 25298325--25298575 Score: 432
Period size: 76 Copynumber: 3.3 Consensus size: 76
25298315 AAATAATTAT
* * *
25298325 ATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATATACAGTATTAGTT-ATTTAATATT
1 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
25298389 TAATTTAAAAG
66 TAATTTAAAAG
*
25298400 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTGTAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
1 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
25298465 TAATTTAAAAG
66 TAATTTAAAAG
*
25298476 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATT
1 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
*
25298541 TAATTTGAAAG
66 TAATTTAAAAG
*
25298552 ATTTAATTATTTAATTATATTTAA
1 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAA
25298576 ATGAATAAAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 8, Indels: 1
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 50 0.30
76 117 0.70
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.06, T:0.51
Consensus pattern (76 bp):
ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATT
TAATTTAAAAG
Found at i:25298617 original size:824 final size:800
Alignment explanation
Indices: 25297037--25298624 Score: 2232
Period size: 824 Copynumber: 1.9 Consensus size: 800
25297027 TCAAATCATA
*
25297037 TAATTTATCCTATAGGAGCAATGGTAACATGACAATGTTCGATTTCCATCTCACAAATCACAAAC
1 TAATTTATCCTATAGGAGCAATGGTAACATGACAATGTTCGATTTCCACCTCACAAATCACAAAC
*
25297102 ATCCAAATTTCACCGCCCACCTTAATTTGATTTTACTGATTTTATTCTACAATTTGATCCATTAA
66 ATCCAAACTTCACCGCCCACCTTAATTTGATTTTACTGATTTTATTCTACAATTTGATCCATTAA
* *
25297167 CCCACAAAAAAAGTAGGCCATTAAGATCAAAATGGGTTCAAAACAATCAGCTTCCATGGCTTTCC
131 CCCACAAAAAAAGTAGGCCACTAAGATCAAAATGGGTTCAAAACAATCAGCTTCCATGGCCTTCC
***
25297232 TTTTGATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAAT
196 TTTTGATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTAAACAATTATGTTTAAT
* * **
25297297 TATATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAA
261 TATATATTTAATTATAAAAAGTATTAATTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTAAATAA
* * *
25297362 TTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTATTTATAAACAGTATCAGTTAATTAAA
326 TTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAA
25297427 TATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTA
391 TATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTA
25297492 AATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAA
456 AATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAA
* *
25297557 TTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATAATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTA
521 TTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATAATATTTAAATAAATAAAATTAAAATATTA
* * *
25297622 AAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATTA
586 AAGTAAATAATTAGATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCA
* * *
25297687 GTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATA
651 GTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATAAATA--TAAATATA
*
25297752 AACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAAT
714 AACAGTATTA--TAATGTAATA-TTAATTT--AAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAAT
25297817 AATTATATTAAATTATTTAATTATGTT
774 AATTATATTAAATTATTTAATTATGTT
* * * ** *
25297844 TAATTTATTCTTTAGGAGCAATGGTAATATGGTAATGTTCGATTTTCACCTCACAAATCACAAAC
1 TAATTTATCCTATAGGAGCAATGGTAACATGACAATGTTCGATTTCCACCTCACAAATCACAAAC
* *
25297909 ATCCAAACTTCACTGTCCACCTTAATTTGATTTTACTGATTTTATTCTACAATTTGATCCATTAA
66 ATCCAAACTTCACCGCCCACCTTAATTTGATTTTACTGATTTTATTCTACAATTTGATCCATTAA
* *
25297974 CCCACCAAAAAAGTAGGCCACTAAGATCAAAATGGGTTCAAAACAATTAGCTTCCATGGCCTTCC
131 CCCACAAAAAAAGTAGGCCACTAAGATCAAAATGGGTTCAAAACAATCAGCTTCCATGGCCTTCC
25298039 TTTTGATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTTAAACAATCAGTAT-TA
196 TTTTGATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAA-TTAAACAAT---TATGT-
* *
25298103 GTTAATT-TAATATTTAATT-TGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTATTT
256 -TTAATTAT-ATATTTAATTAT--AA-A---AAGTA-TTAATTA-A--T--TT-AATATTTAATT
* *
25298166 TGAAATATTTAATTAAATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATA
306 TGAAAGATTTAATTAAATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATA
25298231 AACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAAT
371 AACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAAT
25298296 AAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAA
436 AAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAA
* * * * * *
25298361 TTATATACAGTATTAGTT-ATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAAT
501 TTATAAACAGTATCAGTTAATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATAATATTTAAA
* *
25298425 TAAATATTTAATTGTAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAA
566 TAAATA---AAAT-TAAA-A-TATTA---AA-GTAA-A--TAA-TT---AGATTTAATTATTTAA
* *
25298490 TTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATT
614 CTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTT-ATTTAATATTTAATTTAAAAGATT
*
25298555 TAATTATTTAATTATATTTAAATGAATA-AAAT-TAAA-A-TATTA-AA-GTAA-A-TAA-TT-A
678 TAATTATTTAATTATATTTAAATAAATATAAATATAAACAGTATTATAATGTAATATTAATTTAA
*
25298610 TATTTAATTATTTAA
743 GATTTAATTATTTAA
25298625 CCATGTTTAA
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 49, Indels: 59
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
807 227 0.33
808 6 0.01
810 1 0.00
811 5 0.01
812 16 0.02
813 2 0.00
814 1 0.00
817 3 0.00
818 6 0.01
819 1 0.00
821 1 0.00
823 48 0.07
824 229 0.33
826 3 0.00
827 6 0.01
828 4 0.01
829 5 0.01
830 1 0.00
831 3 0.00
832 4 0.01
833 3 0.00
834 1 0.00
835 5 0.01
836 4 0.01
837 6 0.01
838 3 0.00
840 52 0.07
841 48 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (800 bp):
TAATTTATCCTATAGGAGCAATGGTAACATGACAATGTTCGATTTCCACCTCACAAATCACAAAC
ATCCAAACTTCACCGCCCACCTTAATTTGATTTTACTGATTTTATTCTACAATTTGATCCATTAA
CCCACAAAAAAAGTAGGCCACTAAGATCAAAATGGGTTCAAAACAATCAGCTTCCATGGCCTTCC
TTTTGATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTAAACAATTATGTTTAAT
TATATATTTAATTATAAAAAGTATTAATTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTAAATAA
TTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAA
TATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTA
AATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAA
TTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATAATATTTAAATAAATAAAATTAAAATATTA
AAGTAAATAATTAGATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCA
GTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATAAATATAAATATAAA
CAGTATTATAATGTAATATTAATTTAAGATTTAATTATTTAATTATATTAAAGTAAATAATTATA
TTAAATTATTTAATTATGTT
Found at i:25298667 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25298640--25298725 Score: 77
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
25298630 TTTAATTATA
25298640 TATTTAATTATAAACAGTATTAGT
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGT
*
25298664 TATTTAATATTTAATTTAAA-AG-ATTTAAT
1 TATTT-A-A-TT-A--TAAACAGTA-TTAGT
25298693 TATTTAATTATAAACAGTATTAGT
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGT
25298717 TAATTTAAT
1 T-ATTTAAT
25298726 ATTTAATTTA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 19
0.70 0.03 0.27
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.08
24 12 0.24
25 10 0.20
26 3 0.06
27 3 0.06
28 3 0.06
29 11 0.22
30 4 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (24 bp):
TATTTAATTATAAACAGTATTAGT
Found at i:25298691 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 25298665--25298757 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 3.8 Consensus size: 23
25298655 AGTATTAGTT
25298665 ATTTAA-TATTTAATT-TAAAAG
1 ATTTAATTATTTAATTATAAAAG
25298686 ATTTAATTATTTAATTATAAACAG
1 ATTTAATTATTTAATTATAAA-AG
25298710 TATTAGTTAATTTAATATTTAATT-TAAAAG
1 -A-T--TTAA--T--TATTTAATTATAAAAG
25298740 ATTTAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
25298758 GTTTAATTAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 0, Indels: 22
0.73 0.00 0.27
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.10
22 18 0.30
23 5 0.08
24 3 0.05
25 1 0.02
26 5 0.08
28 5 0.08
29 1 0.02
30 3 0.05
31 4 0.07
32 9 0.15
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
ATTTAATTATTTAATTATAAAAG
Found at i:25298697 original size:53 final size:54
Alignment explanation
Indices: 25298640--25298757 Score: 229
Period size: 54 Copynumber: 2.2 Consensus size: 54
25298630 TTTAATTATA
25298640 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTT-ATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAAT
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAAT
25298693 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAAT
1 TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAAT
25298747 TATTTAATTAT
1 TATTTAATTAT
25298758 GTTTAATTAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
53 25 0.39
54 39 0.61
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (54 bp):
TATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAAT
Found at i:25298753 original size:286 final size:276
Alignment explanation
Indices: 25298076--25298985 Score: 1144
Period size: 286 Copynumber: 3.3 Consensus size: 276
25298066 AGTAAATAAT
* *
25298076 TATATTTAATTTAAACAATCAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
1 TATATTTAA-TTATA-AA-CAGTATTAGTT-ATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTA
* * * ** *
25298141 A-T-TA-TATTTAATTAAATATTTATTTTGAAATATTTAATTAAATAA-TTATATTTAATTATTT
62 ATTATAGTATTTAATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTTAGATTTAATTATTT
*
25298202 AACTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAATTTGAAAGA
127 AACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAATTTGAAAGA
25298267 TTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAAT
192 TTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAAT
*
25298332 TATTTAACTATGTTTAATTA
257 TATTTAACCATGTTTAATTA
*
25298352 TATATTTAATTATATACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTA
1 TATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTA
25298417 T-G--TTTAATTAAATATTTAATTGTAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATT
66 TAGTATTTAATTAAATATTTAATT-TAAA-AG-A-T--TTAA--T--TATTTAATTT---AGATT
* * *
25298479 TAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAA
118 TAATTATTTAACTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAA
25298544 TTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATT
183 TTTGAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATT
25298609 ATATTTAATTATTTAACCATGTTTAATTA
248 ATATTTAATTATTTAACCATGTTTAATTA
25298638 TATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTA
1 TATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTA
* * * * * *
25298703 TA--A---ACAGT-ATTAGTTAATTT--AATATTT-A--ATTTAA--AAGATTTAATTATTTAAT
66 TAGTATTTA-ATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTTAGATTTAATTATTTAAC
* *
25298755 TATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTT
130 TATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTT
* * * * * * *
25298820 AATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTATTTCGAAATATTTAATTAAATAATTATATTTAAT
195 AATTATTTAATTATATTTAAATGAATA--AAATT-AAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAAT
**
25298885 TATTTAATTATGTTTAATTA
257 TATTTAACCATGTTTAATTA
* * *
25298905 TATATTTAATTATAAACATTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATT
1 TATATTTAATTATAAACAGTATTAGTT-ATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
* *
25298970 -TA-TATTAAAGTAAATA
65 ATAGTATTTAATTAAATA
25298986 ATTATATTAA
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 33, Indels: 63
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
264 107 0.19
266 3 0.01
267 73 0.13
268 36 0.06
269 6 0.01
270 3 0.01
271 4 0.01
272 52 0.09
273 15 0.03
274 3 0.01
275 6 0.01
276 12 0.02
278 5 0.01
279 1 0.00
280 2 0.00
281 1 0.00
282 5 0.01
283 3 0.01
284 10 0.02
285 2 0.00
286 223 0.39
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (276 bp):
TATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTA
TAGTATTTAATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTTAGATTTAATTATTTAACT
ATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGCTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTA
ATTATTTAATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATT
TAACCATGTTTAATTA
Found at i:25298774 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 25298688--25298969 Score: 326
Period size: 76 Copynumber: 3.9 Consensus size: 76
25298678 TTTAAAAGAT
* * *
25298688 TTAATTATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTA
1 TTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
25298753 ATTATGTTTAA
66 ATTATGTTTAA
* *
25298764 TTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
1 TTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
*
25298829 ATTATATTTAA
66 ATTATGTTTAA
* * * *
25298840 TTAAATATTT-ATT-TCGAA-A-TA-T--TTAATTAAATAATTATATTT---A-A-TTATTTAAT
1 TTAAATATTTAATTAT-AAACAGTATTAGTTAATTAAATATTTA-ATTTGAAAGATTTAATTATT
25298893 T----ATGTTTAA
64 TAATTATGTTTAA
* *
25298902 TTATATATTTAATTATAAACATTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
1 TTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
25298967 ATT
66 ATT
25298970 TATATTAAAG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 16, Indels: 36
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
62 16 0.09
63 5 0.03
64 2 0.01
65 2 0.01
66 9 0.05
67 5 0.03
68 15 0.09
70 14 0.08
71 5 0.03
72 8 0.05
73 2 0.01
74 2 0.01
75 5 0.03
76 82 0.48
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (76 bp):
TTAAATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
ATTATGTTTAA
Found at i:25298839 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25298816--25299234 Score: 100
Period size: 18 Copynumber: 21.9 Consensus size: 18
25298806 AATTTGAAAG
25298816 ATTTAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
*
25298834 ATTTAATTAAATATTTATTTCGAAAT
1 ATTTAA-T---TATTTAATT----AT
**
25298860 ATTTAATTAAATAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
25298878 ATTTAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
* * *
25298896 GTTTAATTATATATTTA-
1 ATTTAATTATTTAATTAT
*
25298913 ATTATAAACATTA-TTAGTTA-
1 ATT-T--A-ATTATTTAATTAT
* *
25298933 A-TTAAATATTTAATTTGAAAG
1 ATTTAATTATTTAA-TT---AT
25298954 ATTTAATTATTTAATTTAT
1 ATTTAATTATTTAA-TTAT
* * **
25298973 ATTAAAGTAAATAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
* * *
25298991 ATTAAATCAATTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
* * *
25299009 GTTTAATTATGTATTTA-
1 ATTTAATTATTTAATTAT
** * *
25299026 ATTGTAAACAGTATCAGTTA-
1 ATT-TAATTA-T-TTAATTAT
*
25299046 A-TTAAATATTTAATTAAAAT
1 ATTTAATTATTTAATT---AT
*
25299066 ATTTAAGTATTTAATTTAT
1 ATTTAATTATTTAA-TTAT
* * **
25299085 ATTAAAGTAAATAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
*
25299103 ATTAAATTATTTAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
* *
25299121 GTTTAAAATATTTAATTTAAAAT
1 ATTT-AATTATTTAA-TT---AT
*** **
25299144 ATTTTCGTAAATAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
* *
25299162 ATATAATTATTTAATTTT
1 ATTTAATTATTTAATTAT
* *
25299180 AATTATTTATTTAA-T-T
1 ATTTAATTATTTAATTAT
*
25299196 ATTTAATTATACTAAATTAAAT
1 ATTTAATTAT--TTAATT--AT
25299218 ATTTAATTATTTAATTA
1 ATTTAATTATTTAATTA
25299235 ATGAAAACAA
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 68, Indels: 78
0.67 0.15 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.01
16 17 0.06
17 8 0.03
18 128 0.44
19 39 0.13
20 21 0.07
21 18 0.06
22 46 0.16
23 5 0.02
25 1 0.00
26 8 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
ATTTAATTATTTAATTAT
Found at i:25298861 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25298823--25298894 Score: 85
Period size: 26 Copynumber: 2.7 Consensus size: 26
25298813 AAGATTTAAT
25298823 TATTTAATTATATTTAATTAAAT-ATT-
1 TATTTAA--ATATTTAATTAAATAATTA
25298849 TATTTCGAAATATTTAATTAAATAATTA
1 TATTT--AAATATTTAATTAAATAATTA
*
25298877 TATTTAATTATTTAATTA
1 TATTTAAATATTTAATTA
25298895 TGTTTAATTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 8
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
26 31 0.76
27 3 0.07
28 7 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (26 bp):
TATTTAAATATTTAATTAAATAATTA
Found at i:25298863 original size:188 final size:187
Alignment explanation
Indices: 25298500--25298895 Score: 414
Period size: 188 Copynumber: 2.1 Consensus size: 187
25298490 TTATGTTTAA
* *
25298500 TTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTA
1 TTAATTATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTA
* * * *
25298565 ATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAACCATG
66 ATTATATTTAAATAAATAAAATTAAAACAGTAAAGTAAAT-ATTATATTTAATTATTGAA-CATG
* *
25298630 TTTAATTATATATTTAATTATAAACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATT-TAA-AAGAT
129 TTTAATTATATAATTAATTATAAACAG-AATAGTTATTTAATATTTAATTATAATAAGAT
*
25298688 TTAATTATTTAATTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTA
1 TTAATTATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTA
* * * * *
25298753 ATTATGTTTAATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAAT-TTAATATTTAA-T-TTGAA-
66 ATTATATTTAAATAAATA--AAATTA-AAACAGTA-AAGTAAATATT-ATATTTAATTATTGAAC
* ** * *
25298814 A-GATTTAATTATTTAATTATATT-TAATTA-AATATTTATTTCGAAATATTTAATTAAATAATT
126 ATG-TTTAATTATATAATTA-ATTATAAACAGAATAGTTATTT---AATATTTAATT--ATAATA
*
25298876 ATAT
184 AGAT
25298880 TTAATTATTTAATTAT
1 TTAATTATTTAATTAT
25298896 GTTTAATTAT
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 20, Indels: 24
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
185 9 0.05
186 1 0.01
187 19 0.11
188 91 0.52
189 4 0.02
190 8 0.05
191 17 0.10
192 25 0.14
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (187 bp):
TTAATTATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTA
ATTATATTTAAATAAATAAAATTAAAACAGTAAAGTAAATATTATATTTAATTATTGAACATGTT
TAATTATATAATTAATTATAAACAGAATAGTTATTTAATATTTAATTATAATAAGAT
Found at i:25298942 original size:62 final size:61
Alignment explanation
Indices: 25298816--25298947 Score: 158
Period size: 62 Copynumber: 2.1 Consensus size: 61
25298806 AATTTGAAAG
* * *
25298816 ATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTATTTCGAAATATTTAATTAAATAATTAT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATTAGAAACATTTAATTAAATAA-TAT
* * * * *
25298878 ATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACATTATTAGTTAATTAA-AT
1 ATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATTAGAAACA-T-TTAATTAAATAATAT
25298940 ATTTAATT
1 ATTTAATT
25298948 TGAAAGATTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 8, Indels: 4
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
62 49 0.82
63 1 0.02
64 10 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (61 bp):
ATTTAATTATTTAATTATATTTAATTAAATATTTAATTAGAAACATTTAATTAAATAATAT
Found at i:25299067 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 25299043--25299226 Score: 66
Period size: 12 Copynumber: 15.6 Consensus size: 12
25299033 ACAGTATCAG
25299043 TTAATTAAATAT
1 TTAATTAAATAT
25299055 TTAATTAAA-A-
1 TTAATTAAATAT
* *
25299065 -TATTTAAGTAT
1 TTAATTAAATAT
*
25299076 TTAATT-TATAT
1 TTAATTAAATAT
* * *
25299087 TAAAGTAAATAA
1 TTAATTAAATAT
25299099 TTATATTAAATTAT
1 TTA-ATTAAA-TAT
*
25299113 TTAATT--ATGT
1 TTAATTAAATAT
25299123 TT-A--AAATAT
1 TTAATTAAATAT
25299132 TTAATTTAAAATAT
1 TTAA-TT-AAATAT
*** *
25299146 TTTCGTAAATAA
1 TTAATTAAATAT
*
25299158 TTATATATAATTAT
1 TTA-AT-TAAATAT
*
25299172 TTAATTTTAATTAT
1 TTAA--TTAAATAT
* *
25299186 TTATTTAATTAT
1 TTAATTAAATAT
*
25299198 TTAATT--ATAC
1 TTAATTAAATAT
*
25299208 TAAATTAAATAT
1 TTAATTAAATAT
25299220 TTAATTA
1 TTAATTA
25299227 TTTAATTAAT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 30, Indels: 38
0.64 0.16 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 12 0.10
10 13 0.11
11 9 0.07
12 47 0.38
13 10 0.08
14 31 0.25
15 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (12 bp):
TTAATTAAATAT
Found at i:25299109 original size:340 final size:329
Alignment explanation
Indices: 25298305--25299081 Score: 924
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 329
25298295 TAAAATTAAA
* *
25298305 ATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAACTATGTTTAATTATATATTTAATTATATACA
1 ATATTAAAGTAAATAATTATATTTAA-TATTTAATTATGTTTAATTAT-TATTTAATTATAAACA
25298370 GTATTAGTT-ATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTT
64 GTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTT
* * *
25298434 AATTGTAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTA
129 AATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTA
* *
25298499 ATTAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTT
194 ATTAAATATTTAATTATAAACAGTAT-A-TTAATTAAATAATTAATTTGAAAGATTTAATTATTT
**
25298564 AATTATATTTAAATGAATAAAATTAAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATTATTTAACCAT
257 AATTATATTTAAATGAATAAAATT-AAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAAAGATTTAA-CAT
*
25298629 GTTTAATTAT
320 ATTTAATTAT
* *
25298639 ATATTTAATTA-TAAACAGTATTAGTTATTTAATATTTAATTTAAAAGATTT-A--ATTATTTAA
1 ATA-TTAA--AGTAAATA--ATTA--TATTTAATATTTAA-TT--ATG-TTTAATTATTATTTAA
25298700 TTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAAT
55 TTATAAACAGTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAAT
*
25298765 TAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAA
120 TAAATATTTAATTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAA
* **
25298830 TTATATTTAATTAAATATTT-ATT-TCGAA-A-TAT-TTAATTAAATAATTATATTT-AATTATT
185 TTATATTTAATTAAATATTTAATTAT-AAACAGTATATTAATTAAATAATTA-ATTTGAAAGATT
* * * * *
25298889 TAATTATGTTTAATTATATATTTAAT-TATAAACATT-ATTAGTT-AATTAAATATTTA-ATTTG
248 TAATTA--TTTAATTATAT-TTAAATGAATAAA-ATTAAATA-TTAAAGTAAATAATTATATTT-
*
25298950 AAAGATTTAA-TTATTTAATT-T
307 AAAGATTTAACATATTTAATTAT
* * *
25298971 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATCAATTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACA
1 ATATTAAAGTAAATAATTATATTTAAT-ATTTAATTATGTTTAATTAT-TATTTAATTATAAACA
* * * *
25299036 GTATCAGTTAATTAAATATTTAA-TTAAAATATTTAAGTATTTAATT
64 GTATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATT
25299082 TATATTAAAG
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 31, Indels: 60
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
323 3 0.01
324 3 0.01
326 32 0.08
327 41 0.11
328 4 0.01
329 1 0.00
330 5 0.01
331 4 0.01
332 4 0.01
333 8 0.02
334 31 0.08
335 30 0.08
336 23 0.06
337 12 0.03
338 6 0.02
339 36 0.09
340 137 0.35
342 3 0.01
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (329 bp):
ATATTAAAGTAAATAATTATATTTAATATTTAATTATGTTTAATTATTATTTAATTATAAACAGT
ATTAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTAAATATTTAA
TTATAAACAGTATCAGTTAATTTAATATTTAATTTAAAAGATTTAATTATTTAATTATATTTAAT
TAAATATTTAATTATAAACAGTATATTAATTAAATAATTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATT
ATATTTAAATGAATAAAATTAAATATTAAAGTAAATAATTATATTTAAAGATTTAACATATTTAA
TTAT
Found at i:25299122 original size:112 final size:113
Alignment explanation
Indices: 25298858--25299141 Score: 425
Period size: 113 Copynumber: 2.6 Consensus size: 113
25298848 TTATTTCGAA
* * *
25298858 ATATTTAATTAAATAATTATATTTAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACA
1 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACA
* * * *
25298923 TTATTAGTTAATTAAATATTTAATTTGAAAGATTTAATTATTTAATTT
66 GTATCAGTTAATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAAGTATTTAATTT
* * * *
25298971 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATCAATTAATTATGTTTAATTATGTATTTAATTGTAAACA
1 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACA
*
25299036 GTATCAGTTAATTAAATATTTAA-TTAAAATATTTAAGTATTTAATTT
66 GTATCAGTTAATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAAGTATTTAATTT
25299083 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAA--A-ATATTTAATT-TAAA
1 ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAA
25299142 ATATTTTCGT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 15, Indels: 5
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
108 4 0.03
109 9 0.06
110 1 0.01
112 63 0.40
113 79 0.51
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (113 bp):
ATATTAAAGTAAATAATTATATTAAATTATTTAATTATGTTTAATTATATATTTAATTATAAACA
GTATCAGTTAATTAAATATTTAATTTAAAAGATTTAAGTATTTAATTT
Found at i:25299188 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 25299155--25299234 Score: 58
Period size: 8 Copynumber: 9.8 Consensus size: 8
25299145 TTTTCGTAAA
25299155 TAATTATAT
1 TAATTAT-T
25299164 ATAATTATT
1 -TAATTATT
*
25299173 TAATTTTAAT
1 TAA--TTATT
*
25299183 TATTTATT
1 TAATTATT
25299191 TAATTATT
1 TAATTATT
*
25299199 TAATTATAC
1 TAATTAT-T
25299208 TAA--A-T
1 TAATTATT
*
25299213 TAAATATT
1 TAATTATT
25299221 TAATTATT
1 TAATTATT
25299229 TAATTA
1 TAATTA
25299235 ATGAAAACAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 14
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
5 3 0.05
7 2 0.04
8 35 0.61
9 4 0.07
10 13 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (8 bp):
TAATTATT
Found at i:25299194 original size:26 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25299160--25299234 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.7 Consensus size: 29
25299150 GTAAATAATT
* *
25299160 ATATATAATTATTTAATT-T-T-AATTAT
1 ATATTTAATTATTTAATTATATAAATTAA
*
25299186 TTATTTAATTATTTAATTATACTAAATTAA
1 ATATTTAATTATTTAATTATA-TAAATTAA
25299216 ATATTTAATTATTTAATTA
1 ATATTTAATTATTTAATTA
25299235 ATGAAAACAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 4
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 16 0.39
27 1 0.02
29 1 0.02
30 23 0.56
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
ATATTTAATTATTTAATTATATAAATTAA
Found at i:25299214 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25299151--25299234 Score: 91
Period size: 30 Copynumber: 3.0 Consensus size: 28
25299141 AATATTTTCG
* *
25299151 TAAATAATTATATATAATTATTTAATT-T
1 TAAATTATT-TATTTAATTATTTAATTAT
25299179 T-AATTATTTATTTAATTATTTAATTAT
1 TAAATTATTTATTTAATTATTTAATTAT
**
25299206 ACTAAATTAAATATTTAATTATTTAATTA
1 --TAAATTATTTATTTAATTATTTAATTA
25299235 ATGAAAACAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 6
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 16 0.33
27 7 0.15
28 1 0.02
29 1 0.02
30 23 0.48
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (28 bp):
TAAATTATTTATTTAATTATTTAATTAT
Found at i:25304859 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 25304713--25304869 Score: 235
Period size: 65 Copynumber: 2.4 Consensus size: 66
25304703 GCAAATTGCT
*
25304713 CAACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGATGAACTCCATCT
1 CAACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCATCT
25304778 A
66 A
* * * *
25304779 AAACTTAAAGAGGAGGCTGTAGTGAGAGAAGCAGAGTCTC-AAAAAAATATGAAGAACTCCATCT
1 CAACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCATCT
25304843 A
66 A
* * *
25304844 CAACTTAAAGTGGAGGCAGCAACGAG
1 CAACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAG
25304870 GCAAGCGGAG
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 11, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
65 44 0.55
66 36 0.45
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.25, T:0.16
Consensus pattern (66 bp):
CAACTTAAAGAGGAGGCTGCAGCGAGAGAAGCAGAGGCTCAAAAAAAATATGAAGAACTCCATCT
A
Found at i:25304879 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 25304855--25304906 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
25304845 AACTTAAAGT
25304855 GGAGGCAGCAACGAGGCAAGC
1 GGAGGCAGCAACGAGGCAAGC
*
25304876 GGAGGCAGCAGCGAGGCAAGC
1 GGAGGCAGCAACGAGGCAAGC
* *
25304897 GAAGGAAGCA
1 GGAGGCAGCA
25304907 GAGGCTACAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 28 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.44, T:0.00
Consensus pattern (21 bp):
GGAGGCAGCAACGAGGCAAGC
Found at i:25305298 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 25305191--25305421 Score: 337
Period size: 43 Copynumber: 5.4 Consensus size: 44
25305181 TCTGTTATTC
* *
25305191 AAAAGCGCCGCTAAAGAACAAGGGCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
* * *
25305235 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGGCTTTAACGGCACTTGTGGAG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
* *
25305279 -AAAGCGCCGCTAAAAAACAT-GACTTTAGCGGCGCTTGTGGA-
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
* *
25305320 TAAAGCGCCGTTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGG-G
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
*
25305363 AAAAGCGCCGTTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGG-G
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
25305406 AAAAGCGCCGCTAAAG
1 AAAAGCGCCGCTAAAG
25305422 GCCATGTTCT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 12, Indels: 7
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 36 0.21
43 95 0.55
44 41 0.24
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (44 bp):
AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGAG
Found at i:25305443 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 25305191--25305421 Score: 331
Period size: 85 Copynumber: 2.7 Consensus size: 85
25305181 TCTGTTATTC
* *
25305191 AAAAGCGCCGCTAAAGAACAAGGGCTTTAGCGGCGCTTGTGGAGAAAAGCGCCGCTAAAGAACAT
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGACTTTAGCGGCGCTTGTGG-GAAAAGCGCCGCTAAAGAACAT
* * *
25305256 GGGCTTTAACGGCACTTGTGG
65 GGCCTTTAGCGGCGCTTGTGG
* *
25305277 AGAAAGCGCCGCTAAAAAACAT-GACTTTAGCGGCGCTTGT-GGATAAAGCGCCGTTAAAGAACA
1 A-AAAGCGCCGCTAAAGAACATGGACTTTAGCGGCGCTTGTGGGA-AAAGCGCCGCTAAAGAACA
25305340 TGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGG
64 TGGCCTTTAGCGGCGCTTGT-GG
* *
25305363 AAAAGCGCCGTTAAAGAACATGGCCTTTAGCGGCGCTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGACTTTAGCGGCGCTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAG
25305422 GCCATGTTCT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 11, Indels: 10
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.02
85 54 0.42
86 52 0.40
87 21 0.16
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (85 bp):
AAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGACTTTAGCGGCGCTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGAACATG
GCCTTTAGCGGCGCTTGTGG
Found at i:25306427 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25306407--25306441 Score: 61
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
25306397 CGACTTCCTG
25306407 AGGTTGTCAGGCCTA
1 AGGTTGTCAGGCCTA
*
25306422 AGGTTGTTAGGCCTA
1 AGGTTGTCAGGCCTA
25306437 AGGTT
1 AGGTT
25306442 TGTTTCAGGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.14, G:0.34, T:0.31
Consensus pattern (15 bp):
AGGTTGTCAGGCCTA
Found at i:25311212 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25311161--25311212 Score: 59
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
25311151 CAAGTATCCA
*
25311161 AACTACCGATACTACTATGAATAG
1 AACTACCGATACTACTATGAATAC
* * * *
25311185 AACTACTGATACTTCTATTAGTAC
1 AACTACCGATACTACTATGAATAC
25311209 AACT
1 AACT
25311213 GATACAATGC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (24 bp):
AACTACCGATACTACTATGAATAC
Found at i:25311887 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 25311823--25311957 Score: 198
Period size: 52 Copynumber: 2.6 Consensus size: 52
25311813 ATTTCAATTA
* *
25311823 ATACTCACGATGACACATAGTCATTAGACCTCATAATTCATAAAGGACTCAT
1 ATACTCACGATGACACATAGTCATCAGACCTCATAATCCATAAAGGACTCAT
* * * *
25311875 ATACTCATGATGACACATAGTTATCGGACCTCATAATCCATAAAGGATTCAT
1 ATACTCACGATGACACATAGTCATCAGACCTCATAATCCATAAAGGACTCAT
* *
25311927 ACACTCACGATGGCACATAGTCATCAGACCT
1 ATACTCACGATGACACATAGTCATCAGACCT
25311958 TTTACATTTA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 11, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 72 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (52 bp):
ATACTCACGATGACACATAGTCATCAGACCTCATAATCCATAAAGGACTCAT
Found at i:25313100 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25313070--25313123 Score: 99
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
25313060 ATATTTACAG
*
25313070 CCTAAATCTCATAAATGAGATCCCGTC
1 CCTAAATCTCATAAACGAGATCCCGTC
25313097 CCTAAATCTCATAAACGAGATCCCGTC
1 CCTAAATCTCATAAACGAGATCCCGTC
25313124 ACCTCGTTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.31, G:0.11, T:0.24
Consensus pattern (27 bp):
CCTAAATCTCATAAACGAGATCCCGTC
Found at i:25314396 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 25314380--25314417 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.6 Consensus size: 11
25314370 GATGATGATT
25314380 ATAATTTTAAA
1 ATAATTTTAAA
25314391 ATAATTTT--A
1 ATAATTTTAAA
25314400 ATAATTTTAAA
1 ATAATTTTAAA
*
25314411 ATCATTT
1 ATAATTT
25314418 GTTGACGTGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
9 9 0.38
11 15 0.62
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (11 bp):
ATAATTTTAAA
Found at i:25314405 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 25314380--25314417 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
25314370 GATGATGATT
25314380 ATAATTTTAAAATAATTTTA
1 ATAATTTTAAAATAATTTTA
*
25314400 ATAATTTTAAAATCATTT
1 ATAATTTTAAAATAATTT
25314418 GTTGACGTGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
ATAATTTTAAAATAATTTTA
Found at i:25322660 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25322637--25322680 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
25322627 CTCAAGCTCC
25322637 TTTATTT-TCTTTTCTTGT
1 TTTATTTGTC-TTTCTTGT
25322655 TTTATTTGTCTTTCTTGT
1 TTTATTTGTCTTTCTTGT
*
25322673 TTTGTTTG
1 TTTATTTG
25322681 CTTGAGGACA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 22 0.92
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.05, C:0.09, G:0.11, T:0.75
Consensus pattern (18 bp):
TTTATTTGTCTTTCTTGT
Found at i:25328204 original size:275 final size:274
Alignment explanation
Indices: 25327710--25328258 Score: 882
Period size: 275 Copynumber: 2.0 Consensus size: 274
25327700 TTTGCCATTG
* *
25327710 ATGAATGAGCTTGTCTTTGAATATTTATGAAAGATTTGAAATCTTGAAGATTGGGTTTAACATGT
1 ATGAATGAGCTTGTCTTTGAACATTTATGAAAGATTTGAAAGCTTGAAGATTGGGTTTAACATGT
* *
25327775 TTGAAAAGTGATTTTTGATGAATTTAAGGTTTAAGGACTAGATTGTGAAAATGGTAAAAGTACAT
66 TTGAAAAGTGATTTTTGATGAATTTAAGGTTTAAGGACTAGATTGTAAAAATGGTAAAAGTACAA
* *
25327840 GCTTTGATGTGAAATAAATGTATGAATGAGTTGAGATTTTTGCCCTAGAATATTCGATTGGCAAT
131 GCTTTAATGTGAAATAAATGTATGAATGAATTGAGATTTTTGCCCTAGAATATTCGATTGGCAAT
* * * *
25327905 AGGTAAATTTAGAAATGGTTATTTTACATGTTTTGGCTTTAAAGACTAAATTGAATAGAAATATA
196 AGGTAAATTTAGAAATGATTATTTTACATATTTTGGCTCTAAAGACTAAATTGAATAGAAATACA
25327970 AAGTTTAGAGGTAA
261 AAGTTTAGAGGTAA
* * * *
25327984 ATGAATGAGTTTGTCTTTGAACATTTATGGAATATTTGAAAGCTTGACGATTGGGTTTAACATGT
1 ATGAATGAGCTTGTCTTTGAACATTTATGAAAGATTTGAAAGCTTGAAGATTGGGTTTAACATGT
*
25328049 TTGAAAAGTGAATTTTTGATGAATTTAGGGTTTAAGGACTAGATTGTAAAAATGGTAAAAGTACA
66 TTGAAAAGTG-ATTTTTGATGAATTTAAGGTTTAAGGACTAGATTGTAAAAATGGTAAAAGTACA
* * *
25328114 AGCTTTAATGTGAAATAAATGTATGAATGAATTGAGATTTTTTCCCTAGAATATTTGGTTGGCAA
130 AGCTTTAATGTGAAATAAATGTATGAATGAATTGAGATTTTTGCCCTAGAATATTCGATTGGCAA
* * * *
25328179 TGGGTAAATTTAGAAATTATTATTTTACATATTTTGGCTCTAAGGACTAAATTGAATAGAAATGC
195 TAGGTAAATTTAGAAATGATTATTTTACATATTTTGGCTCTAAAGACTAAATTGAATAGAAATAC
*
25328244 AAAGTTTAGGGGTAA
260 AAAGTTTAGAGGTAA
25328259 TTTTGTAATT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 23, Indels: 1
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
274 69 0.27
275 182 0.73
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (274 bp):
ATGAATGAGCTTGTCTTTGAACATTTATGAAAGATTTGAAAGCTTGAAGATTGGGTTTAACATGT
TTGAAAAGTGATTTTTGATGAATTTAAGGTTTAAGGACTAGATTGTAAAAATGGTAAAAGTACAA
GCTTTAATGTGAAATAAATGTATGAATGAATTGAGATTTTTGCCCTAGAATATTCGATTGGCAAT
AGGTAAATTTAGAAATGATTATTTTACATATTTTGGCTCTAAAGACTAAATTGAATAGAAATACA
AAGTTTAGAGGTAA
Found at i:25328545 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 25328500--25328578 Score: 149
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
25328490 GAAACTCGAC
25328500 ATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCGAGATGAGAATGAGGTT
1 ATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCGAGATGAGAATGAGGTT
*
25328541 ATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCGGGATGAGAATGAG
1 ATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCGAGATGAGAATGAG
25328579 ACTCATGTCT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 37 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
ATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCGAGATGAGAATGAGGTT
Found at i:25328586 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 25328552--25328604 Score: 88
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
25328542 TATTAAAGGA
* *
25328552 AGACTCATGTCTCGGGATGAGAATG
1 AGACTCATGTCTAGGGATAAGAATG
25328577 AGACTCATGTCTAGGGATAAGAATG
1 AGACTCATGTCTAGGGATAAGAATG
25328602 AGA
1 AGA
25328605 TTATATTAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 26 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (25 bp):
AGACTCATGTCTAGGGATAAGAATG
Found at i:25328638 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 25328511--25328638 Score: 193
Period size: 66 Copynumber: 1.9 Consensus size: 66
25328501 TATTAAAGGA
* * * ***
25328511 AGACTCATGTCTCGAGATGAGAATGAGGTTATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCGGGATGAGAAT
1 AGACTCATGTCTAGAGATAAGAATGAGATTATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCAAAATGAGAAT
25328576 G
66 G
*
25328577 AGACTCATGTCTAGGGATAAGAATGAGATTATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCAAAATGAG
1 AGACTCATGTCTAGAGATAAGAATGAGATTATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCAAAATGAG
25328639 TGTAAGGTTT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 55 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (66 bp):
AGACTCATGTCTAGAGATAAGAATGAGATTATATTAAAGGAAGACTCATGTCTCAAAATGAGAAT
G
Found at i:25329911 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25329903--25329940 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 12.7 Consensus size: 3
25329893 AGACAATGAC
*
25329903 GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG G-G GATG GAT GAG GA
1 GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GA-G GAG GAG GA
25329941 TGAATAAGTG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 26 0.84
4 3 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.63, T:0.05
Consensus pattern (3 bp):
GAG
Found at i:25333181 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 25333143--25333272 Score: 109
Period size: 34 Copynumber: 3.8 Consensus size: 34
25333133 TGATCTGATG
25333143 TGACATTCTGATATGATATATGTTTATGAAAATA
1 TGACATTCTGATATGATATATGTTTATGAAAATA
* * * * *
25333177 TGACATTTTGATCTAATATATGATTT-TGGATATA
1 TGACATTCTGATATGATATATG-TTTATGAAAATA
** * * **
25333211 TGATGTTCTGATCTGATATATGTTTCTGTTAATA
1 TGACATTCTGATATGATATATGTTTATGAAAATA
* * * *
25333245 TGACATTTTAATATGATATTTGTATATG
1 TGACATTCTGATATGATATATGTTTATG
25333273 TTTACATCAT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 20, Indels: 4
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 3 0.04
34 68 0.92
35 3 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.15, T:0.47
Consensus pattern (34 bp):
TGACATTCTGATATGATATATGTTTATGAAAATA
Found at i:25333668 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25333620--25333689 Score: 104
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
25333610 AATAGGTTTT
*
25333620 CAAAACTTAAAAACTCCAAAAATATCCGCCA
1 CAAAA-TT-AAAACTCCAAAAATATCCACCA
*
25333651 CAAAATTAAAACTCCAAAAATATCCACTA
1 CAAAATTAAAACTCCAAAAATATCCACCA
25333680 CAAAATTAAA
1 CAAAATTAAA
25333690 GGTCAAACTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 30 0.81
30 2 0.05
31 5 0.14
ACGTcount: A:0.56, C:0.24, G:0.01, T:0.19
Consensus pattern (29 bp):
CAAAATTAAAACTCCAAAAATATCCACCA
Found at i:25336286 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25336267--25336297 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
25336257 GCTGAAATTT
25336267 AAAAAAAGAAAAAGAA
1 AAAAAAAGAAAAAGAA
*
25336283 AAAAAAAGGAAAAGA
1 AAAAAAAGAAAAAGA
25336298 GATAAATAAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAAAGAAAAAGAA
Found at i:25340702 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25340665--25340721 Score: 78
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
25340655 TTTCTAGAAG
* *
25340665 ATTTAGTAGTATAATATATTTAGC
1 ATTTATTAGCATAATATATTTAGC
*
25340689 ATTTATTAGCATAATATATTTTGC
1 ATTTATTAGCATAATATATTTAGC
*
25340713 ATTGATTAG
1 ATTTATTAG
25340722 AATTAGGCTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 29 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (24 bp):
ATTTATTAGCATAATATATTTAGC
Found at i:25344803 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 25344792--25344836 Score: 63
Period size: 6 Copynumber: 7.5 Consensus size: 6
25344782 TGATTAAAAT
* * *
25344792 TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAT TGGAAT TGAAAG TGA
1 TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGA
25344837 TATGAATTGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 35 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (6 bp):
TGAAAG
Found at i:25345947 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 25345840--25346005 Score: 305
Period size: 82 Copynumber: 2.0 Consensus size: 82
25345830 GGAAAATTTG
* * *
25345840 AACCAAGATCCATTAAATGTATTTTTTCTTTGTTATAAGGTTGGTGTAAAAGGGTATAAGTTATG
1 AACCAAGATCCATTAAATGTATTTTTTCTTGGTTATAAGGTTGGTGTAAAAAGGTATAAGTTATA
25345905 GTGTCTTGCAAATAGAA
66 GTGTCTTGCAAATAGAA
25345922 AACCAAGATCCATTAAATGTATTTTTTCTTGGTTATAAGGTTGGTGTAAAAAGGTATAAGTTATA
1 AACCAAGATCCATTAAATGTATTTTTTCTTGGTTATAAGGTTGGTGTAAAAAGGTATAAGTTATA
25345987 GTGTCTTGCAAATAGAA
66 GTGTCTTGCAAATAGAA
25346004 AA
1 AA
25346006 GTTGTGATTA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
82 81 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (82 bp):
AACCAAGATCCATTAAATGTATTTTTTCTTGGTTATAAGGTTGGTGTAAAAAGGTATAAGTTATA
GTGTCTTGCAAATAGAA
Found at i:25347912 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25347872--25347930 Score: 82
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
25347862 TCGTGGAAGA
* * * *
25347872 GGTGGAGAACTTGTTCGTTGAGAGTTCGT
1 GGTGAAGAACTTCTTCGCTGAGAATTCGT
25347901 GGTGAAGAACTTCTTCGCTGAGAATTCGT
1 GGTGAAGAACTTCTTCGCTGAGAATTCGT
25347930 G
1 G
25347931 TCAAGGTGGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 26 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.14, G:0.34, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
GGTGAAGAACTTCTTCGCTGAGAATTCGT
Found at i:25348008 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 25347967--25348038 Score: 119
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
25347957 TTACCTAAAT
*
25347967 TCTAAG-AGATTGCTTACAAGTCAAGTTAAACAAAA
1 TCTAAGAAAATTGCTTACAAGTCAAGTTAAACAAAA
*
25348002 TCTAAGAAAATTGCTTGCAAGTCAAGTTAAACAAAA
1 TCTAAGAAAATTGCTTACAAGTCAAGTTAAACAAAA
25348038 T
1 T
25348039 ATATTATCTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 6 0.18
36 28 0.82
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
TCTAAGAAAATTGCTTACAAGTCAAGTTAAACAAAA
Found at i:25348427 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25348406--25348452 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
25348396 TAATTTATTT
*
25348406 TAAAATTAAATTTGATA
1 TAAATTTAAATTT-ATA
* *
25348423 TAAATTTAGATTTATT
1 TAAATTTAAATTTATA
25348439 TAAATTTAAATTTA
1 TAAATTTAAATTTA
25348453 AATTAAACTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.58
17 11 0.42
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
TAAATTTAAATTTATA
Found at i:25348436 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 25348398--25348469 Score: 94
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
25348388 CCCTTTCTTA
*
25348398 ATTTATTTTAAAATTAAATTT-GATATAAA-TTTAG
1 ATTTA-TTTAAAATTAAATTTAAAT-TAAACTTTAG
*
25348432 ATTTATTTAAATTTAAATTTAAATTAAACTTTAG
1 ATTTATTTAAAATTAAATTTAAATTAAACTTTAG
25348466 ATTT
1 ATTT
25348470 GAATTTAATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
33 18 0.53
34 16 0.47
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (34 bp):
ATTTATTTAAAATTAAATTTAAATTAAACTTTAG
Found at i:25348445 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 25348404--25348519 Score: 66
Period size: 6 Copynumber: 20.3 Consensus size: 6
25348394 CTTAATTTAT
* * * *
25348404 TTTAAA ATTAAA TTT-GA TATAAA TTTAGA TTT--A TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* * * * ** *
25348449 TTTAAA -TTAAA CTTTAGA TTTGAA TTT-AA TTTGAG CCTAAA TTT-AT
1 TTTAAA TTTAAA -TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
*
25348495 TTTAAA TTTAAA ATT-AA TTTAAA TT
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TT
25348520 AAGTCCAACG
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 21, Indels: 16
0.69 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.05
5 21 0.26
6 52 0.64
7 4 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.03, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:25348506 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25348397--25348519 Score: 86
Period size: 17 Copynumber: 6.9 Consensus size: 17
25348387 GCCCTTTCTT
* *
25348397 AATTTATTTTAAAATTA
1 AATTTAATTTAAATTTA
* *
25348414 AATTTGATATAAATTTA
1 AATTTAATTTAAATTTA
*
25348431 GATTT-ATTTAAATTTA
1 AATTTAATTTAAATTTA
*
25348447 AATTTAAATTAAACTTTA
1 AATTTAATTTAAA-TTTA
* *
25348465 GATTTGAATTTAATTTGAGCCTA
1 AATTT-AATTTAAATT-----TA
*
25348488 AATTTATTTTAAATTTA
1 AATTTAATTTAAATTTA
*
25348505 AAATTAATTTAAATT
1 AATTTAATTTAAATT
25348520 AAGTCCAACG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 16, Indels: 16
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.17
17 38 0.46
18 10 0.12
19 6 0.07
22 8 0.10
23 6 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
AATTTAATTTAAATTTA
Found at i:25350421 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 25350243--25350611 Score: 521
Period size: 162 Copynumber: 2.3 Consensus size: 161
25350233 GGTTTTCAAT
*
25350243 TTAATCCTTTGACTGTTGGACTGCACCGGAGGCTGCCACGTGTCACTTTTTGGTTTATTTCTGCA
1 TTAATCCTTTGACTGTTGGACTGCACCGGAGGCTGCCACGTGTCACTTTTTGGTTTATTTATGCA
* *
25350308 TTTAATCGTTTTTATTTTTAATTTGCTTTAATTAAAT-CCTCAAATCAACTTCTGCTTAATTACA
66 TTTAATCCTTTTTATTTTTAATTTGCTTTAATTAAATCCCT-AAATCAACTTCTACTTAATTACA
25350372 AAATTGGCCCAAGAATTTTTCAAGATGTATA-AA
130 AAATTGGCCCAAGAATTTTTCAAGAT-T-TACAA
* *
25350405 TTAATCCTTTGACTGTTTGACTGCACCAGAGGCTGCCACGTGTCACTTTTTGGTTTATTTATGCA
1 TTAATCCTTTGACTGTTGGACTGCACCGGAGGCTGCCACGTGTCACTTTTTGGTTTATTTATGCA
* * * * *
25350470 TTTAGTCCTTTTTATTTTTAATTTGTTTTAATTTAATCCCTAAATCAACTTTTATTTAATTACAA
66 TTTAATCCTTTTTATTTTTAATTTGCTTTAATTAAATCCCTAAATCAACTTCTACTTAATTACAA
*
25350535 AATTGGCCCAAGAATTTTTTAAGATTTACAA
131 AATTGGCCCAAGAATTTTTCAAGATTTACAA
* * * * *
25350566 TCTAGTCCCTTGACTGCTGGA-TGC-CTGTGAGGCTGCCATGTGTCAC
1 T-TAATCCTTTGACTGTTGGACTGCACCG-GAGGCTGCCACGTGTCAC
25350612 CCACTCTTTG
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 18, Indels: 9
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
161 24 0.13
162 155 0.84
163 3 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (161 bp):
TTAATCCTTTGACTGTTGGACTGCACCGGAGGCTGCCACGTGTCACTTTTTGGTTTATTTATGCA
TTTAATCCTTTTTATTTTTAATTTGCTTTAATTAAATCCCTAAATCAACTTCTACTTAATTACAA
AATTGGCCCAAGAATTTTTCAAGATTTACAA
Found at i:25350716 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25350640--25350719 Score: 79
Period size: 29 Copynumber: 2.8 Consensus size: 28
25350630 ATTTATAGGT
* * *
25350640 CCCCAAATAGTCCAAAAATTGCATTTTGA
1 CCCCAAA-ATTCCAAAAATTACATTCTGA
**
25350669 CCCCAAAATTTTAATAAATTACATTCTGA
1 CCCCAAAATTCCAA-AAATTACATTCTGA
*
25350698 CCCCGAAACTTCCAAAAATTAC
1 CCCC-AAAATTCCAAAAATTAC
25350720 CAGGCTTCAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 4
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.10
29 30 0.73
30 7 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.26, G:0.06, T:0.28
Consensus pattern (28 bp):
CCCCAAAATTCCAAAAATTACATTCTGA
Found at i:25352666 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 25352595--25352688 Score: 143
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
25352585 ATCATACTCT
* *
25352595 GGATATTATAGTATAGGGAGTAATCTTAGGATTTGACCATAAAAATG
1 GGATATTATAGTATAGGGAGTAATCTCAGGATTTGACAATAAAAATG
* * *
25352642 GGATATTATAGTATAGGGATTAATCTCGGGATTTGATAATAAAAATG
1 GGATATTATAGTATAGGGAGTAATCTCAGGATTTGACAATAAAAATG
25352689 AAAAGTTCTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 42 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
GGATATTATAGTATAGGGAGTAATCTCAGGATTTGACAATAAAAATG
Found at i:25353075 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 25353001--25353075 Score: 62
Period size: 11 Copynumber: 6.5 Consensus size: 11
25352991 CTTTTTTCAC
25353001 TGTTTTGGTTGT
1 TGTTTT-GTTGT
* *
25353013 TGTTTTGATGC
1 TGTTTTGTTGT
25353024 TGTTTTAG-TGT
1 TGTTTT-GTTGT
25353035 TGTTTTGTTGT
1 TGTTTTGTTGT
* *
25353046 TATTTTTGTTGC
1 T-GTTTTGTTGT
*
25353058 AGTTTTTGTTGT
1 TG-TTTTGTTGT
25353070 TGTTTT
1 TGTTTT
25353076 TCTATTATTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 9, Indels: 9
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
10 1 0.02
11 25 0.50
12 24 0.48
ACGTcount: A:0.05, C:0.03, G:0.25, T:0.67
Consensus pattern (11 bp):
TGTTTTGTTGT
Found at i:25353076 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 25353001--25353076 Score: 68
Period size: 12 Copynumber: 6.6 Consensus size: 12
25352991 CTTTTTTCAC
*
25353001 TGTTTTGGTTGT
1 TGTTTTTGTTGT
* *
25353013 TG-TTTTGATGC
1 TGTTTTTGTTGT
*
25353024 TGTTTTAG-TGT
1 TGTTTTTGTTGT
25353035 TG-TTTTGTTGT
1 TGTTTTTGTTGT
* *
25353046 TATTTTTGTTGC
1 TGTTTTTGTTGT
*
25353058 AGTTTTTGTTGT
1 TGTTTTTGTTGT
25353070 TGTTTTT
1 TGTTTTT
25353077 CTATTATTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 12, Indels: 6
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.08
11 16 0.33
12 29 0.59
ACGTcount: A:0.05, C:0.03, G:0.25, T:0.67
Consensus pattern (12 bp):
TGTTTTTGTTGT
Found at i:25353084 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 25353015--25353087 Score: 85
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
25353005 TTGGTTGTTG
* *
25353015 TTTTGATGCTGTTTTAGTGTTGTTTTGTTGTTAT
1 TTTTGATGCAGTTTTAGTGTTGTTTTGTTATTAT
* *
25353049 TTTTGTTGCAGTTTTTGTTGTTGTTTT-TCTATTAT
1 TTTTGATGCAGTTTTAG-TGTTGTTTTGT-TATTAT
25353084 TTTT
1 TTTT
25353088 ACCGCTGTTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 15 0.45
35 18 0.55
ACGTcount: A:0.08, C:0.04, G:0.19, T:0.68
Consensus pattern (34 bp):
TTTTGATGCAGTTTTAGTGTTGTTTTGTTATTAT
Found at i:25354995 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 25354981--25355075 Score: 70
Period size: 11 Copynumber: 9.8 Consensus size: 9
25354971 AATGGTGATG
25354981 ATTTTAATA
1 ATTTTAATA
25354990 ATTTT-A-A
1 ATTTTAATA
25354997 ATTTTAAAATA
1 ATTTT--AATA
25355008 ATTTTAAAATA
1 ATTTT--AATA
25355019 ATTTTAAAATA
1 ATTTT--AATA
25355030 ATTTTAATA
1 ATTTTAATA
25355039 ATTTT-ATA
1 ATTTTAATA
*
25355047 TTTTTAAAAATTA
1 ATTTT---AA-TA
25355060 ATTTTAATA
1 ATTTTAATA
25355069 ATTTTAA
1 ATTTTAA
25355076 AATCATTTGT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 2, Indels: 18
0.79 0.02 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.08
8 8 0.11
9 23 0.31
10 3 0.04
11 28 0.37
12 1 0.01
13 6 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (9 bp):
ATTTTAATA
Found at i:25355012 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 25354996--25355083 Score: 91
Period size: 11 Copynumber: 8.5 Consensus size: 11
25354986 AATAATTTTA
25354996 AATTTTAAAAT
1 AATTTTAAAAT
25355007 AATTTTAAAAT
1 AATTTTAAAAT
25355018 AATTTTAAAAT
1 AATTTTAAAAT
25355029 AATTTT--AAT
1 AATTTTAAAAT
25355038 AATTTT---AT
1 AATTTTAAAAT
*
25355046 ATTTTTAAAAATT
1 AATTTT-AAAA-T
25355059 AATTTT--AAT
1 AATTTTAAAAT
25355068 AATTTTAAAAT
1 AATTTTAAAAT
*
25355079 CATTT
1 AATTT
25355084 GTTGATGTGG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 3, Indels: 14
0.80 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.10
9 16 0.24
10 2 0.03
11 35 0.52
12 1 0.01
13 6 0.09
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (11 bp):
AATTTTAAAAT
Found at i:25355021 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 25354981--25355083 Score: 92
Period size: 20 Copynumber: 5.2 Consensus size: 20
25354971 AATGGTGATG
25354981 ATTTTAATAATTTT-AAAT-
1 ATTTTAATAATTTTAAAATA
*
25354999 -TTTAAAATAATTTTAAAATA
1 ATTT-TAATAATTTTAAAATA
25355019 ATTTTAAAATAATTTT--AATA
1 ATTTT--AATAATTTTAAAATA
*
25355039 ATTTT-ATATTTTTAAAAATTA
1 ATTTTAATAATTTT-AAAA-TA
*
25355060 ATTTTAATAATTTTAAAATC
1 ATTTTAATAATTTTAAAATA
25355080 ATTT
1 ATTT
25355084 GTTGATGTGG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 5, Indels: 20
0.73 0.05 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.14
18 9 0.13
19 4 0.06
20 16 0.23
21 14 0.20
22 16 0.23
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTAATAATTTTAAAATA
Found at i:25355036 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25354981--25355083 Score: 149
Period size: 50 Copynumber: 2.1 Consensus size: 50
25354971 AATGGTGATG
25354981 ATTTTAATAATTTTA-AATTTT-AAAA-TAATTTTAAAATAATTTTAAAATA
1 ATTTTAATAATTTTATAATTTTAAAAATTAATTTT--AATAATTTTAAAATA
* *
25355030 ATTTTAATAATTTTATATTTTTAAAAATTAATTTTAATAATTTTAAAATC
1 ATTTTAATAATTTTATAATTTTAAAAATTAATTTTAATAATTTTAAAATA
25355080 ATTT
1 ATTT
25355084 GTTGATGTGG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 2, Indels: 5
0.88 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
49 15 0.31
50 23 0.47
51 4 0.08
52 7 0.14
ACGTcount: A:0.47, C:0.01, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (50 bp):
ATTTTAATAATTTTATAATTTTAAAAATTAATTTTAATAATTTTAAAATA
Found at i:25355069 original size:39 final size:37
Alignment explanation
Indices: 25354981--25355078 Score: 110
Period size: 39 Copynumber: 2.5 Consensus size: 37
25354971 AATGGTGATG
25354981 ATTTTAATAATTTT-AAATTTTAAAATAATTTTAAAATA
1 ATTTTAATAATTTTAAAATTTT--AATAATTTTAAAATA
*
25355019 ATTTTAAAATAATTTTAATAATTTT-ATATTTTTAAAAATTA
1 ATTTT--AATAATTTTAA-AATTTTAATAATTTT-AAAA-TA
25355060 ATTTTAATAATTTTAAAAT
1 ATTTTAATAATTTTAAAAT
25355079 CATTTGTTGA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 1, Indels: 12
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
38 8 0.15
39 18 0.34
40 13 0.25
41 8 0.15
42 6 0.11
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (37 bp):
ATTTTAATAATTTTAAAATTTTAATAATTTTAAAATA
Found at i:25357380 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 25357361--25357390 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
25357351 CAATTGAAAC
25357361 TAATTAAAAATA
1 TAATTAAAAATA
*
25357373 TTATTAAAAATA
1 TAATTAAAAATA
25357385 TAATTA
1 TAATTA
25357391 CGGTGAGTAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 16 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
TAATTAAAAATA
Found at i:25357775 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25357756--25357810 Score: 83
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
25357746 TTGATTTGAT
25357756 TTTAAATTTATTTAAA
1 TTTAAATTTATTTAAA
*
25357772 TTTAAATTTGTTTTAAA
1 TTTAAATTT-ATTTAAA
*
25357789 TTTAAATTTAGTTAAA
1 TTTAAATTTATTTAAA
25357805 TTTAAA
1 TTTAAA
25357811 ATAGTTTTTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.57
17 15 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.04, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATTTATTTAAA
Found at i:25357776 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 25357739--25357810 Score: 99
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33
25357729 TTTTTGATTT
* * * *
25357739 TTTAAGTTTGATTTGATTTTAAATTTATTTAAA
1 TTTAAATTTGATTTAAATTTAAATTTAGTTAAA
*
25357772 TTTAAATTTGTTTTAAATTTAAATTTAGTTAAA
1 TTTAAATTTGATTTAAATTTAAATTTAGTTAAA
25357805 TTTAAA
1 TTTAAA
25357811 ATAGTTTTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 34 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (33 bp):
TTTAAATTTGATTTAAATTTAAATTTAGTTAAA
Found at i:25357818 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 25357756--25357828 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
25357746 TTGATTTGAT
* * *
25357756 TTTAAATTTATTTAAATTTAAATTTG-TTTTAAA
1 TTTAAATTTAGTTAAATTTAAAATAGTTTTTAAA
25357789 TTTAAATTTAGTTAAATTTAAAATAGTTTTTAAA
1 TTTAAATTTAGTTAAATTTAAAATAGTTTTTAAA
*
25357823 CTTAAA
1 TTTAAA
25357829 ATTAAGTTTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
33 23 0.66
34 12 0.34
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATTTAGTTAAATTTAAAATAGTTTTTAAA
Found at i:25362719 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25362657--25362828 Score: 170
Period size: 50 Copynumber: 3.4 Consensus size: 50
25362647 AATACAAAAG
*
25362657 GGAAAGGTCTAAGTCGCAACGACAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACA
1 GGAAAGGTCTAAGTCGCAACGGCAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACA
* * * * ** *
25362707 GGAAAGCTCTAAGACTGTAACGGCGGATCCA-GTACAACAAAAAGACA-AA-A
1 GGAAAGGTCTAAGTC-GCAACGGCAGA-CCATGTACCTC-AGAAGACACAACA
* * *
25362757 GGGAAAGGTCTAAGTCGCAACGGCAGACCGTGTACCTCAGAAGACACGACG
1 -GGAAAGGTCTAAGTCGCAACGGCAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACA
*
25362808 GGAAAGATCTAAGATCGCAAC
1 GGAAAGGTCTAAG-TCGCAAC
25362829 AGTGGATCCA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 19, Indels: 15
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
49 9 0.09
50 41 0.43
51 35 0.37
52 10 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.23, G:0.25, T:0.12
Consensus pattern (50 bp):
GGAAAGGTCTAAGTCGCAACGGCAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACA
Found at i:25362771 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 25362605--25362942 Score: 362
Period size: 101 Copynumber: 3.3 Consensus size: 101
25362595 AACACGAAGA
* * * * ** *
25362605 GAAAGATCTAAAACCGCAACGGCGGACCCAGTACCGCTAAAAAATACAAAAGGGAAAGGTCTAAG
1 GAAAGATCTAAGACTGCAACAGCGGATCCAGTACAAC--AAAAAGACAAAAGGGAAAGGTCTAAG
25362670 TCGCAACGACAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACAG
64 TCGCAACGACAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACAG
* * *
25362708 GAAAGCTCTAAGACTGTAACGGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACAAAAGGGAAAGGTCTAAGTC
1 GAAAGATCTAAGACTGCAACAGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACAAAAGGGAAAGGTCTAAGTC
* * * *
25362773 GCAACGGCAGACCGTGTACCTCAGAAGACACGACGG
66 GCAACGACAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACAG
* ** * * *
25362809 GAAAGATCTAAGA-TCGCAACAGTGGATCCAGTACCGCAAAAAGACAGAAGGGAAAGATCTAAGA
1 GAAAGATCTAAGACT-GCAACAGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACAAAAGGGAAAGGTCTAAGT
* *
25362873 CAACAACGACAGATCCA-GTACCAC-GAAGACATCAA-AG
65 C-GCAACGACAGA-CCATGTACCTCAGAAGACA-CAACAG
* * *
25362910 GAAAGATTTAAG-CTGCAACTGCGAATCCAGTAC
1 GAAAGATCTAAGACTGCAACAGCGGATCCAGTAC
25362943 CACGAAGACA
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 31, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 17 0.09
101 133 0.67
102 17 0.09
103 32 0.16
ACGTcount: A:0.42, C:0.23, G:0.23, T:0.12
Consensus pattern (101 bp):
GAAAGATCTAAGACTGCAACAGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACAAAAGGGAAAGGTCTAAGTC
GCAACGACAGACCATGTACCTCAGAAGACACAACAG
Found at i:25362862 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25362600--25362872 Score: 196
Period size: 51 Copynumber: 5.4 Consensus size: 50
25362590 CATGAAACAC
* * * *
25362600 GAAGAGAAAGATCTAAAACCGCAACGGCGGACCCAGTACCGCTAAAAAATACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGATCGCAACGGCGGA-CCAGTACCGC--AAAAAGACA
* * * * * *
25362653 AAAGGGAAAGGTCTAAG-TCGCAACGACAGACCATGTACCTC-AGAAGACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGATCGCAACGGCGGACCA-GTACCGCAAAAAGACA
* * * * **
25362702 CAACAGGAAAGCTCTAAGA-CTGTAACGGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACA
1 GAA-GGGAAAGATCTAAGATC-GCAACGGCGGA-CCAGTACCGCAAAAAGACA
* * * * * *
25362754 AAAGGGAAAGGTCTAAG-TCGCAACGGCAGACCGTGTACCTC-AGAAGACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGATCGCAACGGCGGACC-AGTACCGCAAAAAGACA
* * *
25362803 CGACGGGAAAGATCTAAGATCGCAACAGTGGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
1 -GAAGGGAAAGATCTAAGATCGCAACGGCGGA-CCAGTACCGCAAAAAGACA
25362855 GAAGGGAAAGATCTAAGA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGA
25362873 CAACAACGAC
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 38, Indels: 26
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
49 17 0.10
50 41 0.24
51 62 0.36
52 37 0.22
53 13 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.22, G:0.25, T:0.11
Consensus pattern (50 bp):
GAAGGGAAAGATCTAAGATCGCAACGGCGGACCAGTACCGCAAAAAGACA
Found at i:25362888 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25362600--25363019 Score: 202
Period size: 49 Copynumber: 8.3 Consensus size: 50
25362590 CATGAAACAC
* * * * * *
25362600 GAAGAGAAAGATCTAAAACCGCAACGGCGGACCCAGTACCGCTAAAAAATACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGA-CGCAACGACAGATCCAGTACCGC--AAAAAGACA
* * * * *
25362653 AAAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAACGACAGA-CCATGTACCTC-AGAAGACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGACGCAACGACAGATCCA-GTACCGCAAAAAGACA
* * * * * * **
25362702 CAACAGGAAAGCTCTAAGACTGTAACGGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACA
1 GAA-GGGAAAGATCTAAGAC-GCAACGACAGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
* * * * * * *
25362754 AAAGGGAAAGGTCTAAGTCGCAACGGCAGA-CCGTGTACCTC-AGAAGACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGACGCAACGACAGATCC-AGTACCGCAAAAAGACA
* **
25362803 CGACGGGAAAGATCTAAGATCGCAAC-AGTGGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
1 -GAAGGGAAAGATCTAAGA-CGCAACGA-CAGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
* **
25362855 GAAGGGAAAGATCTAAGACAACAACGACAGATCCAGTA-C-CACGAAGACA
1 GAAGGGAAAGATCTAAGAC-GCAACGACAGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
* * * **
25362904 TCAAAGGAAAGATTTAAG-CTGCAACTG-C-GAATCCAGTA-C-CACGAAGACA
1 -GAAGGGAAAGATCTAAGAC-GCAAC-GACAG-ATCCAGTACCGCAAAAAGACA
* * * **
25362953 TGAAGGGAAAGATCTAAGCCGCGACGGCAGATCCAGTA--GCACGAAGACA
1 -GAAGGGAAAGATCTAAGACGCAACGACAGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
*
25363002 TGAATGGAAAGATCTAAG
1 -GAAGGGAAAGATCTAAG
25363020 CCGCGACGGC
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 56, Indels: 44
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
48 2 0.01
49 105 0.36
50 60 0.21
51 73 0.25
52 38 0.13
53 13 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.22, G:0.24, T:0.12
Consensus pattern (50 bp):
GAAGGGAAAGATCTAAGACGCAACGACAGATCCAGTACCGCAAAAAGACA
Found at i:25362990 original size:98 final size:97
Alignment explanation
Indices: 25362596--25363040 Score: 347
Period size: 101 Copynumber: 4.4 Consensus size: 97
25362586 GCACCATGAA
* * * * * * *
25362596 ACACGAAGAGAAAGATCTAAAACCGCAACGGCGGACCCAGTACCGCTAAAAAATACAAAAGGGAA
1 ACACAAAG-GAAAGATCT-AAGCTGCAACGGCGGATCCAGTA-CAC--AAAAAGACAGAAGGGAA
* * *
25362661 AGGTCTAAGTCGCAACGACAGACCATGTACCTCAGAAG
61 AGATCTAAGCCGCAACGACAGACCA-GTACCACAGAAG
* * *
25362699 ACACAACAGGAAAGCTCTAAGACTGTAACGGCGGATCCAGTACAACAAAAAGACAAAAGGGAAAG
1 ACACAA-AGGAAAGATCTAAG-CTGCAACGGCGGATCCAGTAC-ACAAAAAGACAGAAGGGAAAG
* * * * *
25362764 GTCTAAGTCGCAACGGCAGACCGTGTACCTCAGAAG
63 ATCTAAGCCGCAACGACAGACC-AGTACCACAGAAG
** * * * *
25362800 ACACGACGGGAAAGATCTAAGATCGCAACAGTGGATCCAGTACCGCAAAAAGACAGAAGGGAAAG
1 ACAC-AAAGGAAAGATCTAAGCT-GCAACGGCGGATCCAGTA-CACAAAAAGACAGAAGGGAAAG
**
25362865 ATCTAAGACAACAACGACAGATCCAGTACCAC-GAAG
63 ATCTAAG-CCGCAACGACAGA-CCAGTACCACAGAAG
* * * **
25362901 ACATCAAAGGAAAGATTTAAGCTGCAACTGCGAATCCAGTAC-CACGAAGACATGAAGGGAAAGA
1 ACA-CAAAGGAAAGATCTAAGCTGCAACGGCGGATCCAGTACACAAAAAGACA-GAAGGGAAAGA
* * *
25362965 TCTAAGCCGCGACGGCAGATCCAGTAGCAC-GAAG
64 TCTAAGCCGCAACGACAGA-CCAGTACCACAGAAG
* * * * *
25362999 ACATGAATGGAAAGATCTAAGCCGCGACGGCGGATCCCGTAC
1 ACA-CAAAGGAAAGATCTAAGCTGCAACGGCGGATCCAGTAC
25363041 CACGAAGATT
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 48, Indels: 27
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
98 65 0.23
99 18 0.06
100 16 0.06
101 128 0.45
102 21 0.07
103 33 0.12
104 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.23, G:0.24, T:0.12
Consensus pattern (97 bp):
ACACAAAGGAAAGATCTAAGCTGCAACGGCGGATCCAGTACACAAAAAGACAGAAGGGAAAGATC
TAAGCCGCAACGACAGACCAGTACCACAGAAG
Done.