Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
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Warning! 2800 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 134 of 144
Found at i:33823574 original size:60 final size:60
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33823283 GGGCAACACC
* * * *
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* * * * * **
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1 AAAA-ATTTGAATTTTTTATCTGA-CAAAAAGAGGGTGTCGACCATTGC-ATGACCAACACAA
* * * * * * * * * *
33823414 AAAAATTTGATTTTTTTTATCAGATAAATAG-GAGTGTCGGCTATGGTATGACCAACACCA
1 AAAAATTTGA-ATTTTTTATCTGACAAAAAGAGGGTGTCGACCATTGCATGACCAACACAA
* * *
33823474 AAAAA-TTGAATTTTTTATCTGACAAAAAGAAGGTGTCGACCATTGCATGATCAACATC-T
1 AAAAATTTGAATTTTTTATCTGACAAAAAGAGGGTGTCGACCATTGCATGACCAACA-CAA
* **
33823533 AAAAATTTGATTTTTTTATCTGATTAAAAGAGGGTGTCGACCAT
1 AAAAATTTGAATTTTTTATCTGACAAAAAGAGGGTGTCGACCAT
33823577 GTAATGGCCA
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AAAAATTTGAATTTTTTATCTGACAAAAAGAGGGTGTCGACCATTGCATGACCAACACAA
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33831838 ATCATTTTTA
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1 GAGTGATTAATTTGTAAATTTATTAATA-TT
*
33831879 GAGTGATTAATTTGTAAGTTT-TTGAA-ATT
1 GAGTGATTAATTTGTAAATTTATT-AATATT
* *
33831908 GAGTGATTACA-ATGTAAAATTATTAATA
1 GAGTGATTA-ATTTGTAAATTTATTAATA
33831936 ATTTAATGAC
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GAGTGATTAATTTGTAAATTTATTAATATT
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33834861 TGTGGATTTG
*
33834871 AATATCAATATCTTTGA-A
1 AATATTAATAT-TTTGATA
33834889 AATATTAATATTTTGATA
1 AATATTAATATTTTGATA
33834907 AATATT
1 AATATT
33834913 TCTATTAAAA
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Consensus pattern (18 bp):
AATATTAATATTTTGATA
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33846157 TCGAAAACCT
33846167 TACAACTTAGATTTA
1 TACAACTTAGATTTA
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1 TACAACTTAGATTTA
33846197 CGTATTTAAC
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Consensus pattern (15 bp):
TACAACTTAGATTTA
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33851067 GCAATCAACT
33851077 TAGAGGTGTTTA
1 TAGAGGTGTTTA
33851089 TAGAGGTGTTTA
1 TAGAGGTGTTTA
33851101 T
1 T
33851102 GGATTAAGTT
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TAGAGGTGTTTA
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33886757 ACAGGAAGAA
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1 GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT G
33886792 GATAAGGAAA
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Consensus pattern (3 bp):
GAT
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33898898 ATTTGAGAAA
* *
33898908 TAATTTTTCAGTTAAACTTTGTT
1 TAATTTTTCAATTAAACTCTGTT
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33898955 TA
1 TA
33898957 TTTATTTGAG
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TAATTTTTCAATTAAACTCTGTT
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33900084 CATCTCCCCA
33900094 CCTCTCTCCTTCTCTTTT
1 CCTCTCTCCTTCT-TTTT
*
33900112 CCTCTCGTTCTTCTTTTT
1 CCTCTC-TCCTTCTTTTT
*
33900130 CTTCTCT
1 CCTCTCT
33900137 TTTCCTTTTA
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CCTCTCTCCTTCTTTTT
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33913391 GAGGTGTACA
33913401 AGCAAT AGCAAT AGCAAT AGCAAT AGCAAT AGCA
1 AGCAAT AGCAAT AGCAAT AGCAAT AGCAAT AGCA
33913435 GCCTTTGGAT
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1.00 0.00 0.00
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AGCAAT
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33915239 CACATACAAT
*
33915249 AGTCAAACACAGTA-AGCGATAAGAATTTTATATTGGC
1 AGTCAAACAC-GTATAGCAATAAGAATTTTATATTGGC
* * *
33915286 AGTCAAGTACACTTATGGCAATTAGAATTTTATATTGGC
1 AGTCAA--ACACGTATAGCAATAAGAATTTTATATTGGC
33915325 AG-CAAA
1 AGTCAAA
33915331 AATAGGTGCG
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AGTCAAACACGTATAGCAATAAGAATTTTATATTGGC
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33917703 TCATCGCTTC
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1 CCACCG CCACCG CCACCG CCACCG CCA
33917740 AGCTTGAGGG
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CCACCG
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33920520 AAAAAAAACT
*
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1 CAAATTAGAAAATAAAAAATA
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*
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*
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1 TAAATAAAAAA-ATAA
33920579 TATTCATGTG
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TAAATAAAAAAATAAACAAATTAGA
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33922367 TTTATTTTAC
* * *
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1 TATTTTAATTTTTATATCTTTAAAAT
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1 TATTTTAATTTTTATATCTTTAAA
33922426 TTTTAATCAA
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33924437 TGGCTCATAC
*
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*
33924474 ATTGTAGCGTTATTGCTATTATAAGAG
1 ATTGTAGCGTTATTGCTATTAGAAGAG
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ATTGTAGCGTTATTGCTATTAGAAGAG
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33931811 TTTTAATGGT
*
33931821 TAACTATGATAAATCATA
1 TAACTATAATAAATCATA
*
33931839 T-ACTAT--TATAT-ATA
1 TAACTATAATAAATCATA
* *
33931853 TGA-TATAGT-AATCAT-
1 TAACTATAATAAATCATA
33931868 TAACTATAATAAATCATA
1 TAACTATAATAAATCATA
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33939909 GACTTCAATC
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1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
33939944 ATGTTTTCTC
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T
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* * *
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1 CTCTCTGATTAGCACTGTAT-GTGCTCTTTG-TATTAGCACTTTGTATA
* * *
33945235 CTCTCTGATTAGCACTTTATGTGCTCTTTG-ATTAGTACTTTGTGTA
1 CTCTCTGATTAGCACTGTATGTGCTCTTTGTATTAGCACTTTGTATA
* *
33945281 CTCTCTGTTTAGCACTGTGTGTGCTCT
1 CTCTCTGATTAGCACTGTATGTGCTCT
33945308 CTGTTGCCCA
Statistics
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33945176 ACACTAGCGC
* *
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* *
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1 GCTCTCTG-T-TTAGCACTTTGTGT
* *
33945234 GCTCTCTGATTAGCACTTTATGT
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* * *
33945257 GCTCTTTGATTAGTACTTTGTGT
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* *
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* *
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*
33945328 GCTCTCTG-TTAGTACTTTG-GT
1 GCTCTCTGTTTAGCACTTTGTGT
**
33945349 ATTCTCTGTTT
1 GCTCTCTGTTT
33945360 GTTCCGTATA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 25, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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22 4 0.03
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GCTCTCTGTTTAGCACTTTGTGT
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*
33946218 ATTAGAATATTATTTATCAAATG
1 ATTAGAATATTATCTATCAAATG
33946241 ATTAGAATATTATCTAT-AAAT
1 ATTAGAATATTATCTATCAAAT
33946262 ATTGAAATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.20
23 16 0.80
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ATTAGAATATTATCTATCAAATG
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Indices: 33947045--33947078 Score: 52
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33947062 ATTTGTAATAAAATTTT
1 ATTTGTAATAAAATTTT
33947079 TAAAATTCTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
17 13 0.81
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33948005 ATTTTTTTTA
33948015 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
33948057 AT AT AT AT
1 AT AT AT AT
33948065 TTGGTGTCTG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 48 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
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*
33948983 CGAAATTAAAATTAT--TTTTAGAGAT
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1 CGAAATTAAATTATAATTTTTAGAT
* *
33949033 AGTAA--AAA-TATAATTTTTA-A-
1 CGAAATTAAATTATAATTTTTAGAT
* *
33949053 -AAAATTAAATTAAAATTTT
1 CGAAATTAAATTATAATTTT
33949072 ATCAAGTTAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 6, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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*
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A
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* * *
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* * *
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Done.