Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
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Warning! 2800 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 58 of 144
Found at i:12048386 original size:33 final size:33
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Indices: 12048332--12048415 Score: 98
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12048322 AGTTACCGAT
* *
12048332 GGTGTCCGATGCTCCCACACATCCG-GCGCACCAA
1 GGTGT-CGATGTTCCCGCACATCCGAG-GCACCAA
*
12048366 GGTGTCGATGTTCCCGCACATCCGAGGCACTAA
1 GGTGTCGATGTTCCCGCACATCCGAGGCACCAA
*
12048399 GGTGCCGATGCTTCCCG
1 GGTGTCGATG-TTCCCG
12048416 ATGGTCCCGC
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33 32 0.73
34 12 0.27
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GGTGTCGATGTTCCCGCACATCCGAGGCACCAA
Found at i:12048407 original size:119 final size:119
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12048248 TGTCCCATGC
* *
12048258 TCCCGCACATGCAAGGCAGCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCTAA
1 TCCCGCACATCCAAGGCAGCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA
12048323 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCGGCGCACCAAGGTGTCGATGT
66 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCGGCGCACCAAGGTGTCGATGT
*
12048377 TCCCGCACATCCGAGGCA-CTAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTA
1 TCCCGCACATCCAAGGCAGC-AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTA
*
12048441 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT
65 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACAT
12048473 TGAAGGCACC
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 4, Indels: 2
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
118 1 0.01
119 90 0.99
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Consensus pattern (119 bp):
TCCCGCACATCCAAGGCAGCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA
GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCGGCGCACCAAGGTGTCGATGT
Found at i:12048482 original size:119 final size:120
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Indices: 12048254--12048501 Score: 373
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12048244 ATGGTGTCCC
* *
12048254 ATGC-TCCCGCACATGCAAGGCAGCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCGG
1 ATGCTTCCCGCACATCCAAGGCAGCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGG
12048318 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCGGCGCACCAAGGTG-TCG
66 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCGGCGCACCAAGGTGCT-G
*
12048373 ATG-TTCCCGCACATCCGAGGCA-CTAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG
1 ATGCTTCCCGCACATCCAAGGCAGC-AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG
* *
12048436 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-TGAAG-GCACCAAGGTGCTG
65 GCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCG--GCGCACCAAGGTGCTG
12048492 ATGCTTCCCG
1 ATGCTTCCCG
12048502 ATGGTCTCGC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 5, Indels: 11
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
118 2 0.02
119 108 0.92
120 8 0.07
ACGTcount: A:0.19, C:0.35, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (120 bp):
ATGCTTCCCGCACATCCAAGGCAGCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGG
CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCGGCGCACCAAGGTGCTG
Found at i:12048532 original size:205 final size:205
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Period size: 205 Copynumber: 2.1 Consensus size: 205
12048150 AGTTGCTGAT
* *
12048160 GGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCGAGACACCAAGGTACCGATGCTTCTCGGTGGTCCCGCACCA
1 GGTGTC-GATGCTCCCGCACATCCGAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
** *
12048225 CCATCGGCCAAAGTTATTGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCAGCAAGGTGCCGATG
65 CCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATG
* *
12048290 CTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATC
130 CTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATC
12048355 CG-GCGCACCAA
195 CGAG-GCACCAA
* * * *
12048366 GGTGTCGATGTTCCCGCACATCCGAGGCACTAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
1 GGTGTCGATGCTCCCGCACATCCGAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
* * *
12048431 CATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTG-AAGGCACCAAGGTGCTGATG
66 CATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACA-TGCAAGGCACCAAGGTGCCGATG
* *
12048495 CTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC
130 CTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATC
12048560 CGAGGCACCAA
195 CGAGGCACCAA
*
12048571 GGTGCCGATGCT
1 GGTGTCGATGCT
12048583 TCTCGATAGT
Statistics
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0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
205 188 0.95
206 9 0.05
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Consensus pattern (205 bp):
GGTGTCGATGCTCCCGCACATCCGAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
CATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGC
TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCC
GAGGCACCAA
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Period size: 215 Copynumber: 2.0 Consensus size: 215
12048481 CCAAGGTGCT
* *
12048491 GATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA
1 GATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA
* **
12048556 CATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATAGTCCCGC-CCGACTTTCGGCCTAAGTTACC
66 CATCCGAGGCACCAAGGCGCCGATGCTTCTCGATAGTCCCGCACC-ACCATCGGCCTAAGTTACC
*
12048620 AATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-ACGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCAC
130 AATGATGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAACGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCAC
12048684 ACCACCATCGGCCAAAGTTACC
194 ACCACCATCGGCCAAAGTTACC
* *
12048706 GATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTG-CTTGATGCTCCCGC
1 GATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGC
* * * * * * *
12048770 ACATGCGAGGCACCAAGGCGCCGATGTTTCTCGATGGTCCTGCACCACCATCGGCTTGAGTTGCC
65 ACATCCGAGGCACCAAGGCGCCGATGCTTCTCGATAGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACC
* * *
12048835 AATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCA
130 AATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCGAACGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACA
12048900 CCACCATCGGCC
195 CCACCATCGGCC
12048912 TCAATTGCCG
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 18, Indels: 6
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
214 3 0.02
215 180 0.97
216 2 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.36, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (215 bp):
GATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA
CATCCGAGGCACCAAGGCGCCGATGCTTCTCGATAGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCA
ATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCGAACGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACAC
CACCATCGGCCAAAGTTACC
Found at i:12049436 original size:43 final size:43
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Indices: 12048395--12049439 Score: 280
Period size: 43 Copynumber: 24.3 Consensus size: 43
12048385 ATCCGAGGCA
* *
12048395 CTAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * * * *
12048438 CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CA--TTGAAGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-CA-GC
* * * * *
12048480 ACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGC
1 -CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * * * *
12048524 CAAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCGAGGCA-C
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CC-A-TCAGC
* * * ** *
12048568 C-AAGGTGCCGATGCTTCTCGATAGTCCCGC-CCGACTTTCGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC-ACCATCAGC
* * * *
12048610 CTAAGTTACCAATGATGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCGA-C-GC
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CC-ATCAGC
* * * * *
12048652 ACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCACACCACCATCGGC
1 -CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * *
12048696 CAAAGTTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATC-GAC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-C
* * * * ** * * *
12048739 CAAAGTTACCGATGGTGCTTGATGCTCCCGCA-CATGCGAGGCA-C
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA--CCA-TCAGC
** * * * *
12048783 C-AAGGCGCCGATGTTTCTCGATGGTCCTGCACCACCATCGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * * * * *
12048825 TTGAGTTGCCAATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA--AGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCA-GC
* * *
12048867 ACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGC
1 -CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
*
12048911 CTCAA-TTGCCGATGGTGT-CCGAT--TCCC-C-CGCA-CATTCAAGGC
1 CT-AAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCAC-CACCA-TC-A-GC
* * * * *
12048953 ATCAAGGTACCGATGCTTCCCGACGGTCCCGCACCACCATCGGC
1 CT-AAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * * * *
12048997 CAAAGTTGTCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA--AGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCA-GC
* * * * * *
12049039 ACCAAGGTGCCAATGCTT-CTGATGGTCCCGCACCACCTTCGGC
1 -CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * * * *
12049082 CTAAGTTACTGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCGAGACA-C
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CC-A-TCAGC
* * * *
12049126 C-AAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* *** * * * *
12049168 CAAAGTTATTGATGGTGTCCC-ATGCTCCCGCA-CATGCAAGGCAG-
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA--CCA-TCAGC
* *
12049212 C-AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
* * * * * * *
12049254 CAAAGTTTCCGATGGTGCCCGATGCTCTCGCA-CATCCGAGGCA-C
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA-CC-A-TCAGC
* * *
12049298 C-ATGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATC-GAC
1 CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-C
** * * * * *
12049340 CTAAGTTATCGATGGTGT-CCAATGCTCCCGCA-TATCGA--AGGC
1 CTAAGTTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCA-GC
* * *
12049382 ACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
1 -CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
12049426 CTAAGTTGCCGATG
1 CTAAGTTGCCGATG
12049440 GTGTTCGATT
Statistics
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0.65 0.18 0.17
Matches are distributed among these distances:
39 3 0.00
40 6 0.01
41 10 0.01
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47 3 0.00
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CTAAGTTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGC
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Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
12049568 ATAGAATTTC
*
12049578 TAAAATATTATTTAAAAAAT
1 TAAAAAATTATTTAAAAAAT
* *
12049598 TAAAAAATTATTTTAAAAGT
1 TAAAAAATTATTTAAAAAAT
12049618 TAA
1 TAA
12049621 TAATAATAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
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TAAAAAATTATTTAAAAAAT
Found at i:12049721 original size:3 final size:3
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12049703 CAATCAAATT
12049713 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
12049741 TTTTCTTAGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
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TAA
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Indices: 12053295--12068600 Score: 29000
Period size: 345 Copynumber: 44.3 Consensus size: 347
12053285 NNNNNNNNNN
*
12053295 TTTTTATTTTATTTTGTATCTATCCGCAAAGATACGCATTCCC-GGCATTATTTGGGTATATTTG
1 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
12053359 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
66 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
*
12053424 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAAATCCGCAG-TAAGCGTGCT
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12053488 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCT-CTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTT
196 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTT
12053552 TTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGG
261 TTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGG
12053617 ATACGTGGACATTATTAGCGTA
326 ATACGTGGACATTATTAGCGTA
*
12053639 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATT-CCAGGCATTATTTGGGTATATTTG
1 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
12053703 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
66 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
12053768 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCT
131 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCT
*
12053833 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA--CCTTTTTTTT
196 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTT
**
12053896 TTTTATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAA--TCCGTGGG
261 TTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGG
12053959 ATACGTGGACATTATTAGCGTA
326 ATACGTGGACATTATTAGCGTA
12053981 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCC-GG-ATTATTTGGGTATA-TT-
1 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
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12054105 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAG-TAAGCGTGCT
131 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCT
12054169 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCT-CTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCCTCTTTTT
196 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCCTCTTTTT
12054233 TTTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGG
260 TTTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGG
12054298 GATACGTGGACATTATTAGCGTA
325 GATACGTGGACATTATTAGCGTA
12054321 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATA-TTG
1 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
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131 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCT
12054515 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTT
196 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTC-TTTTT
12054580 TTTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGT-G
260 TTTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGG
12054644 GATACGTGGACATTATTAGCGTA
325 GATACGTGGACATTATTAGCGTA
*
12054667 TTTTTTTTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
1 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
12054732 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
66 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
12054797 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCT
131 AATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCT
12054862 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTC-TTTTT
196 TGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTCTTTTTT
12054926 TTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGG
261 TTCCATTTTGTATTATTTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGG
12054991 ATACGTGGACATTATTAGCGTA
326 ATACGTGGACATTATTAGCGTA
12055013 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
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Statistics
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* *
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**
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*
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*
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*
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
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66 GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTATTT
*
12074277 ATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTTGGATACGTGGACATTATTAGCGTAT
131 ATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGTAT
12074342 TTTTATTTTATTTTTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATT
196 TTTTATTTTA---TTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATT
12074407 TGTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAAC
258 TGTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAAC
12074472 TTAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
323 TTAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
12074497 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGAGTAGTACTAGGA
1 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC--GAGAGTAGTACTAGGA
*
12074562 TGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTC-TTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTAT
64 TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTAT
12074626 TTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGT
129 TTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGT
*
12074691 A-TTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCAGGCATTATTTGGGTATA-TT
194 ATTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTT
*
12074754 GTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATATAAATAGATTACGCAGAACT
259 GTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACT
12074819 TAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
324 TAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
*
12074843 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGAGTAGTAGAG
1 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGT--AGTACTAG-G
** **
12074908 ATAGGAGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTG-CACACCCTCTTTTTTTTTTTATTTTGTATTAT
63 AT----GGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTAT
* *
12074972 TTTA-TTATCGTAAGCTTGCAATTATGCAAAATAGTAAATCTCCGTGGGATACGTGGACATTATT
124 TTTATTTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATT
12075036 AGCGTATTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGT
189 AGCGTATTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGC-AAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGT
*
12075101 ATAATTGTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGC
253 ATATTTGTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGC
12075166 AGAACTTAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
318 AGAACTTAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
*
12075196 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCACAGTT-AGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATG
1 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATG
*
12075260 GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCC-C-TCTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTATTT
66 GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTATTT
12075323 ATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGTAT
131 ATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGTAT
*
12075388 TTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGC-TTCCC-AGCATTATTTGGGTATATTTGT
196 TTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTGT
12075451 ATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTTA
261 ATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTTA
*
12075516 AGGGGTGCGATCATACCAGCAC
326 ATGGGTGCGATCATACCAGCAC
12075538 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATG
1 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATG
*
12075603 GGTGACCTCCT-GGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTATT
66 GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTATT
12075667 TATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGTA
130 TATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGTA
12075732 TTTTTATTTTA--TTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATT-CCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
195 TTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTG
*
12075794 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATATAAATAGATTACGCAGAACTT
260 TATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTT
12075859 AATGGGTGCGATCATACCAGCAC
325 AATGGGTGCGATCATACCAGCAC
12075882 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA-G
1 TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATG
12075946 GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTC--TTTTTTT-CATTTTGTATTATTATT-TA
66 GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATT-TTAT-
12076007 TTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGT
129 TTATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGT
*
12076072 ATTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCAGGCATTATTTGGGTATATTT
194 ATTTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTT
12076137 GTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACT
259 GTATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACT
* *
12076202 TAAGGGGTGCGATCATACCAGCAA
324 TAATGGGTGCGATCATACCAGCAC
12076226 TAAT
1 TAAT
12076230 TGCAATGATC
Statistics
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ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (347 bp):
TAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATG
GGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTCTTTTTTTTTCCATTTTGTATTATTTTATTT
ATCGTAAGCTTGCAATTATGCGAAATAGTAAAGCTCCGTGGGATACGTGGACATTATTAGCGTAT
TTTTATTTTATTTTGTTTCTATCCGCAAAGATACGCATTCCCGGGCATTATTTGGGTATATTTGT
ATTCAAATTCGAGGCACGAATGAGATGAAAGGTAGTCTTTATGTAAATAGATTACGCAGAACTTA
ATGGGTGCGATCATACCAGCAC
Found at i:12084931 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12084912--12084956 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
12084902 GCTACGCTAC
12084912 GCTACCAGGAGACATT
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1 GCTACCAGGAGACATT
*
12084941 GCTACTAGGAGACATT
1 GCTACCAGGAGACATT
12084957 TTTTTTGATC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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16 13 0.52
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Consensus pattern (16 bp):
GCTACCAGGAGACATT
Found at i:12084950 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 12084910--12084953 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
12084900 CTGCTACGCT
12084910 ACGCTACCAGGAG
1 ACGCTACCAGGAG
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*
12084939 ACGCTACTAGGAG
1 ACGCTACCAGGAG
12084952 AC
1 AC
12084954 ATTTTTTTTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
13 14 0.52
16 13 0.48
ACGTcount: A:0.32, C:0.27, G:0.27, T:0.14
Consensus pattern (13 bp):
ACGCTACCAGGAG
Found at i:12090987 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12090926--12091970 Score: 868
Period size: 43 Copynumber: 24.5 Consensus size: 43
12090916 ATCGCTACCA
* *
12090926 GCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTCTCCGATGCTCCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * *
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1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * * * *
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* * * *
12091055 GCACATCCGAGGCACCAAGCTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* *
12091098 GCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * *
12091141 GCACAAT-CAGGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTTCC
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* * * *
12091184 GCACAGCCAGGGCATCAAGGT-CACGATGGTGTCCGATGCTCTC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGC-CGATGGTGTCCGATGCTCCC
* *
12091227 GCACATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
12091270 GCACAT--------CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGA-GACTCCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATG-CTCCC
** * *
12091305 GCACATCTGAGGTACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCC
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* * * *
12091348 GCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCCCGATGGTCCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT-CCGATGCTCCC
* ** * * *
12091391 GCAACA-CCATCGGC-CTTAGTTACCGATGGCGTCCGATGCTCCC
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* * *
12091434 GCACATCCAAGGCACCAAAGTGCCGATGAT-TCCAGATGGTCCC
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* * * * ** *
12091477 GCATCA-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGCATCCGATGCTCTC
1 GCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * * * * *
12091520 GCACATCCGAGGCATCAAGGTGCCGATGCT-TCCCGACGGTCTC
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* ** * * * *
12091563 GCACCA-CTATTTGC-CTAAGTTGCCGATGATGTCCGATGCTCTC
1 GCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * * *
12091606 GCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGAT-TCTCGATGGTCCC
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* * *
12091649 GCACATCCTAA-GCACCAAGGTGTCGATGAT-TCCCGATGGTCCC
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** * * *
12091692 GCACCA-CCATCG-ACCTAAGTTG-CAATGGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCA-CATCCAAGGCACC-AAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * * * * *
12091734 TCACATCCGAGGCACCATGGTACCGATGGTGTCTGATGCTGCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * *
12091777 GCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCTATGGTGTTCGATGCTCCC
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* * * *
12091820 GCACATCTAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCAGATGCTGCC
1 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * *
12091863 GCACAACC-AGGACACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT
1 GCACATCCAAGG-CACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * *
12091906 GCACAACCAAAGGCACCAAGGTGACGATGGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCACATCC-AAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
*
12091950 GAACAT-CAGAGGCACCAAGGT
1 GCACATCCA-AGGCACCAAGGT
12091971 CCCGCACATC
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 134, Indels: 92
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.00
35 33 0.04
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42 54 0.07
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ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.27, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCC
Found at i:12091290 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 12091199--12091355 Score: 237
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
12091189 GCCAGGGCAT
* *
12091199 CAAGGTCACGATGGTGTCCGATG-CTCTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGA
1 CAAGGTCACGATGGTGTCCGA-GACTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGGTGTCCGA
12091263 GGCTCCCGCACATC
65 GGCTCCCGCACATC
**
12091277 CAAGGTGC-CGATGGTGTCCGAGACTCCCGCACATCTGAGGTACCAAGGTACCGATGGTGTCCGA
1 CAAGGT-CACGATGGTGTCCGAGACTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGGTGTCCGA
*
12091341 TGCTCCCGCACATC
65 GGCTCCCGCACATC
12091355 C
1 C
12091356 GAGGCACCAA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 5, Indels: 4
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
77 1 0.01
78 70 0.97
79 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.32, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (78 bp):
CAAGGTCACGATGGTGTCCGAGACTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGGTGTCCGAG
GCTCCCGCACATC
Found at i:12091814 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 12091510--12091823 Score: 325
Period size: 128 Copynumber: 2.4 Consensus size: 129
12091500 CGATGGCATC
* * * * * * * * *
12091510 CGATGCTCTCGCACATCCGAGGCATCAAGGTGCCGATGCTTCCCGACGGTCTCGCACCACTATTT
1 CGATGCTCCCGCACATCCGAAGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGCTCCCGCACCACCA-TC
* * *
12091575 G-CCTAAGTTGCCGATGATGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGATTCT
65 GACCTAAGTTGCCAATGATGTCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGATTCT
* * * *
12091639 CGATGGTCCCGCACATCCTAAGCACCAAGGTGTCGATGATTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG
1 CGATGCTCCCGCACATCCGAAGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGCTCCCGCACCACCATCG
* * * *
12091704 ACCTAAGTTG-CAATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCG-AGGCACCATGGTACCGATGGTGTC
66 ACCTAAGTTGCCAATGATGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTACCGATGAT-TC
12091767 T
129 T
* * * *
12091768 -GATGCTGCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCTATGGTGT-TCGATGCTCCCGCAC
1 CGATGCTCCCGCACATCCGAA-GCACCAAGGTGCCGATGAT-TCCCGATGCTCCCGCAC
12091824 ATCTAAGGCA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 26, Indels: 11
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 3 0.02
128 84 0.55
129 67 0.44
ACGTcount: A:0.21, C:0.32, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (129 bp):
CGATGCTCCCGCACATCCGAAGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGCTCCCGCACCACCATCG
ACCTAAGTTGCCAATGATGTCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGATTCT
Found at i:12091979 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 12091946--12091994 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
12091936 TGTCCGAGGC
*
12091946 TCCCGAACATCAGAGGCACCAAGG
1 TCCCGAACATCAGAAGCACCAAGG
* **
12091970 TCCCGCACATCCTAAGCACCAAGG
1 TCCCGAACATCAGAAGCACCAAGG
12091994 T
1 T
12091995 GCCGGTGATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 21 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.37, G:0.20, T:0.12
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGAACATCAGAAGCACCAAGG
Found at i:12092090 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12092040--12092315 Score: 266
Period size: 43 Copynumber: 6.4 Consensus size: 43
12092030 CCTAAATTGA
* * * * *
12092040 GATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCGAGGTACCATGGTACC
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACC
* * * *
12092083 GATGGTGTCCGATGCTGCCGCACATCAAAGGTACCAAGGTGCC
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACC
* * * *
12092126 TATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACTAAGGTACG
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACC
* * * * **
12092169 GATGGTGTCCGATGCTGCCGCATAACCAGGGCACCAAGGGGCC
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACC
* *
12092212 GATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAAGGCACCAAGATGA-C
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCC-AAGGCACCAAGGT-ACC
* * * * **
12092256 GATGGTGTCCGAGGCTTCCGAACATCCGAGGTGCCAAGGTACC
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACC
* *
12092299 GATGGTGTTCGAGGCTC
1 GATGGTGTCCGATGCTC
12092316 TCGTACATGT
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 42, Indels: 6
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.01
43 153 0.81
44 34 0.18
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACC
Found at i:12092150 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12092040--12092315 Score: 302
Period size: 86 Copynumber: 3.2 Consensus size: 86
12092030 CCTAAATTGA
* * * *
12092040 GATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCGAGGTACCATGGTACCGATGGTGTCCGATGCTGCCGCA
1 GATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTGCCGCA
*
12092105 CATCAAAGGTACCAAGGTGCC
66 CATCCAAGGTACCAAGGTGCC
* * * * *
12092126 TATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACTAAGGTACGGATGGTGTCCGATGCTGCCGCA
1 GATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTGCCGCA
* * * * *
12092191 TAACCAGGGCACCAAGGGGCC
66 CATCCAAGGTACCAAGGTGCC
* * * * *
12092212 GATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAAGGCACCAAGATGA-CGATGGTGTCCGAGGCTTCCG
1 GATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCC-AAGGCACCAAGGT-ACCGATGGTGTCCGATGCTGCCG
* * * *
12092276 AACATCCGAGGTGCCAAGGTACC
64 CACATCCAAGGTACCAAGGTGCC
*
12092299 GATGGTGTTCGAGGCTC
1 GATGGTGTCCGAGGCTC
12092316 TCGTACATGT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 34, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
86 95 0.62
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Consensus pattern (86 bp):
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CATCCAAGGTACCAAGGTGCC
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*
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* *
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* *
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*
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196 GGTACCGATGGTGTCAGATGCTGCCGCACAACCAGGACACCAAGGGACCGATGGTGTCCGATGCT
*
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261 CCTGCACAACCAAAGGCACCAAGATGACGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACATCAGAGGCACCAA
* *
12091968 GGTCCCGCACATCCTAAGCACCAAGGTGCCGGTGATTCCCGATGGTCCCTCACCACCATCGACCT
1 GGTCCCGCACATCCTAAGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCT
*
12092033 AAATTG-AGATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCGAGGTACCATGGTACCGATGGTGTCCGATG
66 AAATTGCA-ATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCGAGGCACCATGGTACCGATGGTGTCCGATG
* *
12092097 CTGCCGCACATCAAAGGTACCAAGGTGCCTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACTA
130 CTGCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCA
* * * * *
12092162 AGGTACGGATGGTGTCCGATGCTGCCGCATAACCAGGGCACCAAGGGGCCGATGGTGTCCGATGC
195 AGGTACCGATGGTGTCAGATGCTGCCGCACAACCAGGACACCAAGGGACCGATGGTGTCCGATGC
* * * **
12092227 TCCTGCACATCCAAAGGCACCAAGATGACGATGGTGTCCGAGGCTTCCGAACATCCGAGGTGCCA
260 TCCTGCACAACCAAAGGCACCAAGATGACGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACATCAGAGGCACCA
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325 A
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GGTCCCGCACATCCTAAGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCT
AAATTGCAATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCGAGGCACCATGGTACCGATGGTGTCCGATGC
TGCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCAA
GGTACCGATGGTGTCAGATGCTGCCGCACAACCAGGACACCAAGGGACCGATGGTGTCCGATGCT
CCTGCACAACCAAAGGCACCAAGATGACGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACATCAGAGGCACCAA
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*
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* *
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*
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* * * *
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* *
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* *
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* * * **
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**
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* * * *
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** * **
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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*
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* *
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*
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* * * * *
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** * * *
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* **
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* *
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* * * * *
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*
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* * *
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*
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* * ** * * * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * ** *
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*
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* *
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* *
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* * * *
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CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
ACCACCATCGGCTAAGTTAT
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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*
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* *
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* * * ** *
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* * * ** * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * *
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** * *
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* * * * *
12093924 CACATCCGAGGCATCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTGCCGTACCACCATCAGCCTAAGTTAT
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* *
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* * * ** * *
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* **
12094119 GATGCTTCCCGATGGTTCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCTACA
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* * * * * * *
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* * **
12094247 CGATGGTGTCCGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATATTTCTCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
*
12094312 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTG
66 ACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTG
* * * * * * *
12094375 CCGACGATTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTT-GCGATGGTGTCCGAGGCTCCCT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * * * * * * * * *
12094439 CACATCCGAGGCACCATGGTACCGATGGTGT-CCGATGCTGCAGCA-CATCA-AAGGCACCAAGG
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCACCATGA-GC-CTAAGT
*
12094501 T-G
256 TAT
* * * * * * * *
12094503 CTTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTACGGATGGTGTC-CGATGCTGCC
1 C-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCTCGATGGTCCC
* ** ** * *
12094567 GCACAACCAGGGTACC-AAGGGGC-CGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAAGGCACCAAG
64 GCACCACCATCG-ACCTAA-GTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCC-GAGGCACCAAG
* * * * * * *
12094630 GTGACGATGGTGT-CCGA-GGCTCCCG-AACATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGGTGCCCGA
126 GTGCCGATGCT-TCCCGATGG-TCCCGTACCA-CC-ATCGGC-CTAAGTTATCGATGGTGTCCGA
* * * * * * * *** *
12094690 GGCTCTCGCACATGTCTGA---AACAA-G-GACAAT-ATT--TTTTAG-CACCG-ACCAACC--G
186 TGCTCCCGCACA--TCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTC-CCGCACC-ACCATG
* * **
12094743 GGTCCTATA-CTCC
247 AG-CCTA-AGTTAT
* * * * ** * * * *
12094756 CGATGGTG-CTTGACGCTCCCGTACAACTAAGG-GCCTAGGTCACCGATGGTGTC-CGA-GGCTC
1 CGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT-GCCGATGCT-TCTCGATGG-TC
** * ** * * * * ** ** ** * *
12094817 CTACA-CATCAAGGGCGCTAAGGTAC-CGTTGCTACCCGATGGACCCATACAACCAATGGC-CTC
62 CCGCACCACCATCGAC-CTAA-GTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGA-GGCAC-C
* ** * * * * * * * ** *
12094879 --GTTGTTGGTGGTGT-ACGATGCTCCCGCACCACCGAT-GTCTTAAGTTGGCGGA-GG-AT-C-
123 AAGGTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGTACCACC-ATCGGCCTAAGTTATC-GATGGTGTCCG
* * ** * ** * * ** *
12094936 TTG-T--TGCA-ATAGGGGAGGGACC--GG-GATGATTCATT--CG-TAGG---CGAATGAACAT
185 ATGCTCCCGCACAT--CCGAGGCACCAAGGTGCCGATGC-TTCCCGAT-GGTCCCGCACCACCAT
*
12094988 --G--TAATGATAT
246 GAGCCTAA-GTTAT
* * * ** ***** * ** * * * ** * *
12094998 CCATAGCTTTGGGATGGGAGAGGGAC-T-CGTCGCATC-A-TTTCTTATG-TTC-CGA-GATGCC
1 CGAT-GGTGTCCGAT-GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCC
** * * * * * * * * *
12095056 TTACCGA-AAGTTC-ACCGAAATAGTCACCGGAAGGT-TGCCG-GGAT--AGCTCA-CCG-GAGC
64 GCACC-ACCA--TCGACCTAAGT--TC-TC-GATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACATCCGAG-GC
** ** * * *** * * * * * *
12095113 ACCACCG-G--GAACCTAACCGGCGGTGG-AGGGGATCCAACATTGGGGCATGAG--ATGGGCAT
120 ACCAAGGTGCCGATGCT-TCC--CGATGGTCCCGTA-CCACCA-T-CGGCCTAAGTTAT-CG-AT
** * * ** * * * * * **
12095172 GG-G-AAG-TGC-CCTTG-ACA----A-CCA-CTTGGT--CTAGTCCCTCACAATCACTCCC-C-
177 GGTGTCCGATGCTCC-CGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGA-TGCTTCCCGAT-GGTCCCGCA
* * *
12095222 CTTA--AAGAG-CTAAAAAATTTAT
239 C-CACCATGAGCCT----AAGTTAT
* * ** ** * * * * * * ***
12095244 CGATGTGCGACCAGGAAACATTAC-TACGTCTGA---AAC-AGG-GAC-A--CTTTTTTTTTGG-
1 CGATG-GTGTCC--GATGC-TCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGC-TTCTCGATGGT
* ** * ** * * * *
12095299 CGCC-AAGTTACCGATGGTTTAGCGCT-TTTTTTGGATCGAGGTGTCCCATGCT-CCGCACATAC
61 C-CCGCA-CCACC-ATCG---A-C-CTAAGTTCTCGAT---GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCC
* * * * * * *
12095361 AAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCTGCACCATCATCGGCCAAAGTTGTAGATGGT
115 GAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGT
*
12095426 GTCCGATGCTCCCGAACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
180 GTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
*
12095491 TCG-GCCTAAGTTGT
245 T-GAGCCTAAGTTAT
* * * *
12095505 TGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
* * * * * * *
12095570 ACCACCATGGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCTAGGCACCAAGCTACC
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** * * * **
12095635 GATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACTATCAGCCTAAGTTCCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA
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* * **
12095700 CATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGA-CTTAAGTTGC
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* *
12095763 CGATGGTGTCCGATGCTCCCACATAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
* * * * * * * * *
12095827 CACCACCTTCGGCCAAAGTTGC-CGACGGTGTCCGATGCTCCTGTACATGCAAGGCACCAAGGTA
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* * * * * *
12095891 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTGTCGATAGTGTTCGATGCTCCCG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * * * *
12095956 CACATCCGAGGCATCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTACCGTACCACCATCAGCCTAAGTTAT
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGAGCCTAAGTTAT
* * *
12096021 CGATGGTGTCCGATGGTCCCGCACAACCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
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*
12096278 C
258 T
* * * * * *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
* * * *
12096344 ACCACCATC-AGCCTAAGTTGTCGATGGTTTTCGATAG-TCCAGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
66 ACCACCATCGA-CCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGAT-GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* * * * * * * * *
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129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * * * * *
12096472 CACATTCGAAGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCATCATCG-GCCAAAGTTG
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTTA
12096536 T
258 T
* * * * * * *
12096537 CGATAGTGTCCGATCCTCCCGCACATTCGAGGCATCAAGGTACCGATAG-TTCCCGATGGTGCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGAT-GCTTCTCGATGGTCCCG
* * * * *
12096601 TACCACCATC-AGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGGTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTG
65 CACCACCATCGA-CCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* * * * * * * * *
12096665 CCGTTGCTTCCCGATGGTTCAGCACCACCATCGACCTAAGTTGTCGATCGTGTTCGATGCTCCTG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* *
12096730 CATATTCC-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG-GCCTCAGTT
194 CACA-TCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTT
*
12096793 AC
257 AT
* * *
12096795 CGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCATCAAGGTGCCGATGCTT-TCCAATGGTCCC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCCC
* * *
12096858 ACACCATCATCGGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT
64 GCACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT
* * * * ** * * *
12096922 ACCGATACTTTCCGATGGTCCCGCATAACCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCCC
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCC
*
12096987 GCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG-GCCTAAGTT
193 GCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTT
*
12097051 AC
257 AT
* *
12097053 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCTCGATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
* * * * * * *
12097117 CACCACCTTCGGCCTAACTTGCT-AATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCAAGGTA
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* *** * *
12097181 CCGACGCTTCCCGATGGTCCAACACCACCATCGGCCAAAGTTATAGATGGTGTCCGATGCTCCCG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
**
12097246 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATATTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG-GTCC-AAGTT
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAG-CCTAAGTT
*
12097309 AC
257 AT
* * *
12097311 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
* * * *
12097376 ACCATCATCGACCTAAGTTAC-CGTTGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCGAGGCACCAAGGTGT
66 ACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGC
* * ** * *
12097440 CGATGCTTCCCGATGGTCTCGTACCACCATCGGCCTCAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCAGT
130 CGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGC
* * ** * *
12097505 ACATCCAAGGCACCAAGATATCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCG-GCCTAAGTTAC
195 ACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTTAT
** ** *
12097569 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTATCGATGCTT-TCCAATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCCCG
* * *
12097633 CACCATCATCGGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* * * *
12097697 TCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * * *
12097762 CATAT-CGAAGGCACCAA-GTGCCAATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCTTCG-GCCTAAGTT
194 CACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTT
*
12097824 -G
257 AT
* * * * * * *
12097825 CTAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGACGCTTCCCGATGGTCCAG
1 C-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
* * * * * *
12097890 CACCACCATCGGCCAAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGTACATCCGAGGCACCAAGGTAC
65 CACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGC
* * * * *
12097955 CGATGTTTCTCGATGGT-CCTTCACCACCATCGGTCTAAGTTGTCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
130 CGATGCTTCCCGATGGTCCCGT-ACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* ** *
12098019 CACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTTTCGTACCACCATCG-GCCTAAGTTA
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTTA
12098083 T
258 T
** * * * * *
12098084 CGATGGTGTCCGATGCTCCTACACATTCGAGGAACCAAAGTGCCGATGCTT-TCTGACGGTCCCA
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* *
12098148 CACCACCATCGACCTAAGTTAC-CGATGGTGTCCGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTA
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* * *
12098212 CCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * * *
12098277 CACATTCGAGGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCCCCATCATCG-GCCTAAGTTA
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTTA
12098341 -
258 T
* * * *
12098341 CTGTTGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCTCG
1 C-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
* * * * * * * *
12098406 TACCACTATCGGCCTCAGTTGC-CGATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGATA
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* * * * **
12098470 TCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATTGGCCTAAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
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* * ** * *
12098535 CACAT-CGAAGGCACCAAGGTACAGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCTGCCTTAGTTG
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*
12098599 C
258 T
* *
12098600 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCATCAAGGTGCCGATGCTT-TCCAATGGTCCC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCCC
* *
12098663 GCACCATCATCGGCCTAAGTTAC-CGATGGT-TGCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGG
64 GCACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGG
* * ** * ** *
12098726 TGTCGATACTTTTCGATGGTCCCGCATAACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
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* * *
12098791 CGCACGTCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG-GCCTAAGT
192 CGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGT
*
12098855 TAC
256 TAT
* *
12098858 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCTCGATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
* * * * * * *
12098922 CACCACCTTCGGCCTAAGTTGCT-AATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGATA
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
** * * * *
12098986 CCGACACTTCCCGATGGTCCAGCACCACTATCGGCCAAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * ** * *
12099051 CACATCCGAAGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCCGTCTAAGTTGT
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGAGCCTAAGTTAT
* * * * **
12099116 CGATGGGGTTCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTTTCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
* * ** * *
12099181 ACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCTACACATTCGAGGCACCAAAGTGCC
66 ACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCC
*** * * * * ** *
12099246 GATGCTTTTTGATGGTTCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTGTGATACTCCCGCA
131 GATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA
* * * * *
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196 CATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACC-ATGAGCCTAAGTTAT
* * *
12099374 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
* * * *
12099439 ACCATCATCGGCCTAAGTTAC-CGTTGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGT
66 ACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGC
* *** *
12099503 CGATGCTTCCCGATGGTCACGTACCACCATCGGCCTCAA-TCGCCGATGGTGTCCGATGCTCCAG
130 CGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCT-AAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * ** * *
12099567 CACATCCAAGGCACCAAGATAACGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCG-GCCTAAGTTG
194 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGTTA
*
12099631 C
258 T
*
12099632 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTT-TCCGATGGTCCC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCCC
* * *
12099695 GCACCATCATCGGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGT
64 GCACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT
* ** * *
12099759 GTCGATGCTTCCCGATGGTCCCCCATCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCC
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCC
* * * * *
12099824 GCATAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCAATGGTTCTCGATGGTCCCGCACCACCTTCG-GCCTAAGT
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*
12099887 T-G
256 TAT
* * * * * * * *
12099889 CTAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGACGCTTCCCGATGGTCCAG
1 C-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCG
* * * *
12099954 CACCACCATCGGCCAAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGC
65 CACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGC
* * * *
12100019 CGATGTTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGTCC-AAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCTG
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* * ** *
12100083 CACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTTTCGCACTACCATCG-GCCTAAGTTA
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12100147 T
258 T
** * * * *
12100148 CGATGGTGTCCGATGCTCCTACACATTCGAGGCACCAAAGTGCCGATACTT-TCTGATGGTTCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTC-GATGGTCCCG
* * * *
12100212 CACCACCATCGACCTAAGTTAC-CGATGGTGTCTGATACTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTA
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
* ** * *
12100276 CCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCGCCACCAACGGTCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* *
12100341 CACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCATCATCG-GCCTAAGTTA
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258 T
* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* *
12100599 CACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGATGGTCCCGCACCATCATCG-GCCTAAGTT
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*
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257 AT
* * * *
12100664 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTGTCGATACTT-TCCGATGGTCCCC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCCCG
* *
12100728 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATAT-CGAAGGCACCAAGGT
65 CACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGT
* * * * * * *
12100791 GACAATGGTTCTCGATGGTCCCGTACCACCTTCGGCCTAAGTT-GCTAATGGTGTCCGATGCTCC
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* * * * * *
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192 CGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT-GAGCCTAAGT
12100919 TAT
256 TAT
* *
12100922 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGC
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* * *
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* ** * **
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* * *** *
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* * * * * *
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** * *
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** * * * * *
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* * * **
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* * * * ** *
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*
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* ** * * * * *
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* *
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Statistics
Matches: 6939, Mismatches: 1224, Indels: 559
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (258 bp):
CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
ACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCC
GATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA
CATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGAGCCTAAGTTAT
Found at i:12094486 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12092956--12094702 Score: 671
Period size: 43 Copynumber: 40.7 Consensus size: 43
12092946 CTTTTTTTGG
* *
12092956 ACCGATGGTGTCCCATGCT-CCGCACATACAAGGCACCAAGGT
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* * * * * * *
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*** * *
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* * * * * *
12093084 GCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CTAAGTT
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*** * *
12093127 GTTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACAAAGGT
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* * * * * *
12093170 ACCGATGCT-TCCCAATGGTCCCGCACCA-CCATGAGC-CTAAGTT
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* * *
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* * * **
12093256 GCCGATGCT-TCTCGATGGTCCCGCACCA-CCATCG-ACCTAA-GT
1 ACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCCAAGGCACC-AAGGT
* * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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* * *
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*
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* **
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* * * *
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* ***
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* **
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* * * *
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* * * **
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * ** *
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** ** * *
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*
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* * *
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1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* * *
12098411 CTATCGGCCTCAGTTGCCGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * ** *
12098432 GGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGATATCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* *
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* *
12098518 GGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTACAGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
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* * *
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65 ACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * *
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*
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65 ACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * ** **
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1 GGTGT-CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
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65 ACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * *
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* * *
12098862 GGTGTCCGATGCTCCCGCATAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCTCGATGGTCCCGCACC
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* * **
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65 ACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * ** *
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1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* * *
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* *
12099034 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAAGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* * **
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * **
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1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
*
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
** * * *** *
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*
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** * * * *
12099292 GGTGTGTGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCGCCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* * *
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* *
12099378 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* *
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * *
12099464 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCACGTACCA
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**
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* * * ** *
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*
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* *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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* *
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* * *
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*
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* * * ** *
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*
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** * * * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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** * * ** *
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*
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* * **
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*
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** * * ***
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*
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * *
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*
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * ** * *
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* *
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66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * *
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* *
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* * * * ** * *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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Statistics
Matches: 5417, Mismatches: 773, Indels: 89
0.86 0.12 0.01
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84 1 0.00
85 117 0.02
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Consensus pattern (86 bp):
GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
Found at i:12099808 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 12095373--12102535 Score: 1453
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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** *
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** * *
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*
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* * *
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Statistics
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40 24 0.00
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Consensus pattern (42 bp):
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Found at i:12101700 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12092956--12101657 Score: 8226
Period size: 172 Copynumber: 50.8 Consensus size: 170
12092946 CTTTTTTTGG
* * *
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* *** *
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*** * * *
12093127 GTTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACAAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCC
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*
12093192 GCACCACCAT-GAGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGT
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* *
12093256 GCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTT
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* * *
12093299 -CTCGATGGTGTCCGACGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTCGATGGTCC
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** * * * *
12093363 CATACCACCATCGGCTTAAGTTGCCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGGT
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* * ** *
12093428 GCAGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACTTTCGGCCAAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * * *
12093471 GCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTTCC
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* ** * * * *
12093536 GCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATAGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCATCAAGGTG
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
12093708 GCACCACCATCGACCTAAGTTATCGATCGTATCCGATGCTCCTGCACATTCGAGGCACCAAGGTG
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* ** * *
12093773 CCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCATAATCGACCTCAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* **
12093815 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACAAAGGTGCCGATGCTTTTCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * *
12093880 GTACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCATCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * * *
12093945 CCGATACTTCCCGATGGTGCCGTACCACCATCAGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * *
12093987 ATCGATGGTGTCCGATGGTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATAGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * * **
12094052 GCACCACCATCGACCTAAGTTATCGATCGTGTCCGATTCTCCTACACATTCGAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTG
* * *
12094117 CAGATGCTTCCCGATGGTTCCGTACCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* ** * * * * *
12094159 ATCGATGGTGTCCGATGCTCCTACACATTCTAGGCACCGAA-GTACCGATGCTTTCTGATAGTCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACC-AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCC
* * *
12094223 CGCACCACCATTGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT
64 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGT
* ** *
12094288 ACCGATATTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* *
12094331 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGACGATTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * * * *
12094396 GCACCACCATCGACCTAAGTT-GCGATGGTGTCCGAGGCTCCCTCACATCCGAGGCACCATGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * * * * ** * *
12094460 CCGATGGTGT-CCGATGCTGCAGCA-CATCAAAGGCACCAAGGT
129 CCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGC-CTAAGTT
* ** * * * * * * *
12094502 GCTTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTACGGATGGTGT-CCGATGCTGC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCC
* * *** * *
12094566 CGCACAACCA-GGGTACC-AAGGGGCCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAAGGCACCAA
64 CGCACCACCATCGG--CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-C-GAGGCACCAA
* * * * *
12094629 GGTGACGATGGTGT-CCGA-GGCTCCCG-AACATCCGA--GGCACCAAGGT
125 GGTGCCGATGCT-TCCCGATGG-TCCCGCACCA-CC-ATCGGC-CTAAGTT
* * * ** * * * * * *** *
12094675 ACCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACAT-GTCTGAAACAA-G-GACAAT-ATT--TTTTAG-CAC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTC-C
* * * * * * * * * *
12094733 CG-ACCAACC--GGGTCCTATA-CTCCCGATGGTG-CTTGACGCTCCCGTACAACTAAGG-GCCT
64 CGCACC-ACCATCGG-CCTA-AGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCACATC-GAGGCACCA
* * ** * ** *
12094792 AGGTCACCGATGGTGT-CCGA-GGCTCCTACA-CATCAAGGGCGCTAAGGT
124 AGGT-GCCGATGCT-TCCCGATGG-TCCCGCACCACCATCGGC-CTAAGTT
* * ** ** ** * * * ** * * * *
12094840 ACCGTTGCTACCCGATGGACCCATACAACCAATGGC-CTC--GTTGTTGGTGGTGT-ACGATGCT
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCAC-ATCGA-GGCAC-CAAGGTGCCGATGCT-TCCCGATGGT
* * * * * * * * *
12094901 CCCGCACCACCGAT-GTCTTAAGTTGGCGGA-GG-AT-C-TTG-T--TGCA-ATAGGGGAGGGAC
62 CCCGCACCACC-ATCGGCCTAAGTT-ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT---CGAGGCAC
** * * ** * *
12094957 C--GG-GATGATTCATT--CG-TAGG---CGAATGAACAT--G--TAATGAT
122 CAAGGTGCCGATGC-TTCCCGAT-GGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA-GTT
* * ** ***** * ** * * * ** *
12094996 ATCC-ATAGCTTTGGGATGGGAGAGGGAC-TCGTCGCATC-A-TTTCTTATG-TTCCGAGATGCC
1 A-CCGAT-GGTGTCCGAT-GCTCCCGCACATCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCC-CGATG--
* * * **** * *** * * * * * * *
12095056 TTACCGAAAGTTCACCGAAAT-AGTCACCGGAAGGT-TGCCG-GGAT--AGCTCACCG-GAGCAC
60 GTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACC-GATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACATCGAG-GCAC
** ** * * *** * * * * * *
12095115 CACCG-G--GAACCTAACCGGCGGTGG-AGGGGATCCAACATTGGGGCATGAGAT
122 CAAGGTGCCGATGCT-TCC--CGATGGTCCCGCA-CCACCA-T-CGGCCTAAGTT
** ** * * ** * * * * * **
12095166 -GGGCATGG-G-AAG-TGC-CCTTG-ACA---A-CCA-CTTGGT--CTAGTCCCTCACAATCACT
1 ACCG-ATGGTGTCCGATGCTCC-CGCACATCGAGGCACCAAGGTGCCGA-TGCTTCCCGAT-GGT
* *** ** * ***** * * * * ** ** * * *
12095218 CCCCCTTAAAGAGCTAAAAAATTTATCGATGTGCGACCAGGAAACATTAC-TACGTCTGA---AA
62 CCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATG-GTGTCC--GATGC-TCCCGCACATC-GAGGCAC
* ***** * ** * ***
12095279 C-AGG-GAC-A--CTTTTTTTTTGG-CGCC-AAGTTACCGATGGTTTAGCGCTTTTTTT
122 CAAGGTGCCGATGC-TTCCCGATGGTC-CCGCA-CCACC-ATCG----GC-C-TAAGTT
* * *
12095331 GGATCGA-GGTGTCCCATGCT-CCGCACATACAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTC
1 --ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTC
* * * *** *
12095394 CTGCACCATCATCGGCCAAAGTTGTAGATGGTGTCCGATGCTCCCGAACATCCGAGGCACCAAGG
63 CCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGG
12095459 TGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
127 TGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
*** * *
12095503 GTTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * * *
12095568 GCACCACCATGGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCTAGGCACCAAGCTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTG
** * *
12095633 CCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACTATCAGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* *
12095675 CCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * * *
12095740 GCACCACCATCGACTTAAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCACATATCGAAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTG
* * *
12095805 CCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCAAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * * * *
12095847 GCCGACGGTGTCCGATGCTCCTGTACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * ** * * *
12095912 GCACCACCATCGACCAAAGTTGTCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCATCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * * *
12095977 CCGATACTTCCCGATGGTACCGTACCACCATCAGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12096019 ATCGATGGTGTCCGATGGTCCCGCACAACCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCAC-ATCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* ** * * *
12096084 GCACCACCATCGACCTAAGTTGTCGATCGTGTCCGATGCTCCTGCACATTAGAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTG
* * *
12096149 CCGATGCTTCTCGATGGTCCAGCACCACCATCGACCTCAA-TT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT-AAGTT
* * *
12096191 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCGAAGGCACAAAGGTGCCGATGCTTTCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * *
12096256 GTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCATCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * * *
12096321 CCGATACTTCCCGATGGTGCCGTACCACCATCAGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
** * * * *
12096363 GTCGATGGTTTTCGATAG-TCCAGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGTTCC
1 ACCGATGGTGTCCGAT-GCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCC
* *** * * * * *
12096427 CGCACCACCATCGACCTAAGTTGTGGATCGTGTCTGATTCTCCTGCACATTCGAAGCACCAAGGT
64 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGT
* * *
12096492 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCATCATCGGCCAAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
** * * * * *
12096535 GTCGATAGTGTCCGATCCTCCCGCACATTCGAGGCATCAAGGTACCGATAG-TTCCCGATGGTGC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTGCCGAT-GCTTCCCGATGGTCC
* * * * * *
12096599 CGTACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGGTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGT
64 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGT
* * * *
12096664 GCCGTTGCTTCCCGATGGTTCAGCACCACCATCGACCTAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
** * * * * *
12096707 GTCGATCGTGTTCGATGCTCCTGCATATTCCAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * *
12096772 GCACCACCATCGGCCTCAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCATCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTG
* * * *
12096837 CCGATGCTTTCCAATGGTCCCACACCATCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12096879 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACTTTCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
** * *
12096944 GCATAACCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
*
12097009 TCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12097051 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCTCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * ** * *
12097116 GCACCACCTTCGGCCTAACTTGCTAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCAAGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTG
* ** *
12097181 CCGACGCTTCCCGATGGTCCAACACCACCATCGGCCAAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
** **
12097223 ATAGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATATTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
*
12097288 GCACCACCATCGGTCC-AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGT
65 GCACCACCATCGG-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGT
* * *
12097352 GCCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCATCATCGACCTAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * *
12097395 ACCGTTGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCTC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * * * * * *
12097460 GTACCACCATCGGCCTCAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCAGTACATCCAAGGCACCAAGATA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* *
12097525 TCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* ** * *
12097567 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTTCCAATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-GAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* *
12097632 GCACCATCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* *
12097697 TCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12097739 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAA-GTGCCAATGCTTCTCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * ** * *
12097803 GCACCACCTTCGGCCTAAGTTGCTAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * *
12097868 CCGACGCTTCCCGATGGTCCAGCACCACCATCGGCCAAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * * * * *
12097910 ATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGTACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGTTTCTCGATGGTCCT
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * ** *
12097975 TCACCACCATCGGTCTAAGTTGTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
** *
12098040 CCGATGCTTCCCGATGGTTTCGTACCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* ** * * * * *
12098082 ATCGATGGTGTCCGATGCTCCTACACATTCGAGGAACCAAAGTGCCGATGCTTTCTGACGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * *
12098147 ACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
*
12098212 CCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
*
12098254 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * *
12098319 GCCCCATCATCGGCCTAAGTTACTGTTGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * * * *
12098384 TCGATGCTTCCCGATGGTCTCGTACCACTATCGGCCTCAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * * ** *
12098426 GCCGATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGATATCGATGCTTCCCGATGGTCTC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * *
12098491 GCACCACCATTGGCCTAAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTG
* * *
12098556 CAGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCTGCCTTAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * *
12098598 GCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCATCAAGGTGCCGATGCTTTCCAATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
*
12098663 GCACCATCATCGGCCTAAGTTACCGATGGT-TGCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGT
* * ** **
12098727 GTCGATACTTTTCGATGGTCCCGCATAACCATCGGCCTAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12098770 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACGTCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
*
12098835 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTG
* * *
12098900 CCAATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* ** * * * ** *
12098942 GCTAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGATACCGACACTTCCCGATGGTCCA
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * *
12099007 GCACCACTATCGGCCAAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAAGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * *
12099072 CCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCCGTCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
** * * * **
12099114 GTCGATGGGGTTCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTTTC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* ** *
12099179 GCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCTACACATTCGAGGCACCAAAGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTG
*** * *
12099244 CCGATGCTTTTTGATGGTTCCGCACCACCATCGACCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
** * * *
12099286 ACCGATGGTGTGTGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGTTTCCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * * * *
12099351 GCGCCACCAACGGTCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* *
12099416 CCGATGTTTCCCGATGGTCCCGCACCATCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12099458 ACCGTTGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCAC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* ** * * *
12099523 GTACCACCATCGGCCTCAA-TCGCCGATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGAT
65 GCACCACCATCGGCCT-AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGT
** *
12099587 AACGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12099630 GCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTTCCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* *
12099695 GCACCATCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * *
12099760 TCGATGCTTCCCGATGGTCCCCCATCACCATCGGCCTAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * * *
12099802 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTGCCAATGGTTCTCGATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * ** * * *
12099867 GCACCACCTTCGGCCTAAGTTGCTAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGTG
* * *
12099932 CCGACGCTTCCCGATGGTCCAGCACCACCATCGGCCAAAGTT
129 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* * *
12099974 ATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTGCCGATGTTTCCCAATGGTCCC
1 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* *
12100039 GCACCACCATCGGTCC-AAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCGAGGCACCAAGGT
65 GCACCACCATCGG-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGGCACCAAGGT
* * ** *
12100103 ACCGATGATTCCCGATGGTTTCGCACTACCATCGGCCTAAGTT
128 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT
* ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* ** *
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*** *
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* * * * *
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* * *
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** * * *
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*
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*
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*
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** * *
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** * *
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*
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** *
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** * * * * ** * * *
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* *
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* * * * **
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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*
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* * * * * * ** *
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* * * *
12114281 TACCGCTGATGT-CCGATGCTCCCGCA-C
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* * * * ** * * * * ** * * *
12114308 ATCGA-AGGCACCAAGGTGTCGATGCT-TCCCGATGGTACCGCACCAAC-ATCTGC-CAAAGTTA
1 A-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
* * * * * *
12114369 TCGATGGTGCCTGATGCTTCCGCA-C
61 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * *
12114394 ATCCGA--GGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CTATCA-G-ACTAAGT
1 A-CC-ATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA--AGGCACCAAGG
* * **
12114453 TACCGATGGTGT-CCGATACTCCCGCA-C
59 TGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * * *
12114480 ATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGCTTTCCGATGGTCCCGAACCA-C-CA-TCTACCTCAGTT
1 A-CC-ATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGAAGGC-ACC-AAGGT
* * * * *
12114540 ACCGATGGTGT-CCGATGCTCCAGTA-C
60 GCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* ** * * * * * *
12114566 ATCC--CAGGCACTAAGGTACCGATACT-TCTCGATGGTCTCGCACCA-C-CA-TCAACCTTAGT
1 A-CCATC-GGC-CTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCGAAGGC-ACC-AAGG
* * * *
12114625 TGTCGATGGTGT-CCGATGCTCCTGCA-C
59 TGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * * * * *** * *
12114652 ATCCA-AGGTACGAAGGTGCCGATGCTTTCCAATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-TTGAGTTAC
1 A-CCATCGG-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTGC
* *
12114714 CGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-C
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* * * * * * * * * *
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1 A-CCATCGG--CCTAAGT-TACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
** * * * ** *
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59 TGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * *
12114824 ATCCGA--GGTACC-AAGGTGCCGATGCT-TCTCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGGCA-TAAGT
1 A-CC-ATCGG--CCTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
* *
12114883 TGCCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-C
59 TGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * * *** * *
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1 ACCAT-CGG--CCTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGC-TCCCGC-ACATCGAAGGCAC-CAAGG
* * * * *
12114969 TACCGATGGTGT-TCGATGCTCCAGCA-C
59 TGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * ** * * * * * ** * **
12114996 ATCC--CGGGCATTAAGGTACCGATACTTTTCGATGGTCCCGCACAACCATCG-ACCTAAGTTAT
1 A-CCATC-GGC-CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACC-AAGGTGC
* * * *
12115058 CGATGGTGT-CCGATGCTCTCGGA-C
62 CGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * ** ** * *
12115082 ATCGA-AGGCACCAAGGTACCGAT-GTTTCCCGATGGTCTCGCACCA-CTTTAGGC-CTTAGTTA
1 A-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATC-GAAGGCACCAAGGTG
* * * *
12115143 CCGATGGTGT-CCAATGCTCCCGCA-T
61 CCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* ** * * * * * * **** * * *
12115168 ATCGA-AAGCACTAAGGTATCGACGCT-TCTCGATGGTCCCGTACCA-CCTTCG-ACCTTAGTTA
1 A-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCGAAGGCACC-AAGGTG
* *
12115229 CCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-C
61 CCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * ** *
12115254 ATCCGA--GGTACC-AAGGTATCGATGCT-TCCCAATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CTGAGT
1 A-CC-ATCGG--CCTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
** * * * *
12115313 TATCGACGGTGT-CCAATGCTCCCGCA-C
59 TGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * **** * * *
12115340 ATCGA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCTTCGC-CCTTAGTTA
1 A-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGAAGGCACC-AAGGTG
* * *
12115401 CCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCACA
61 CCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * *** ** *
12115427 ACGA-AGGTACC-AAGGTATCGATGCT-TCCCAATGTTCCCGCACCACCTTCGGC-CTTAGTTGC
1 ACCATCGG--CCTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGAAGGCACCAAGGTGC
* * **
12115488 TGATGGTGT-CCGATACTCCCGCA-C
62 CGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * ** *
12115512 ATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGCT-TCCCAATGGTCCTGCACCA-CTATCGGC-CTGAGTT
1 A-CC-ATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGT
* * * * *
12115572 ACCGATGGTGT-CCGCTGCTCCCGCACA
60 GCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * * * * *
12115599 ACGA-AGGCACCAAGGTT-TCGATGCT-TCCCGATGGTCCCACACCA-CCATCGGC-CAAAGTTA
1 ACCATCGGC-CTAA-GTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
* * * * **
12115659 TCGATGGTGCCCGATGCTGTCGCA-C
61 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * ** ** **
12115684 ATC-TGAGGCACCAAGGTACC-ATTGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-C-ATTCTGC-TTAAAT
1 ACCAT-CGGC-CTAAGTTACCGA-TGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA--AGGCACCAAGG
** * *
12115743 TATCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-C
59 TGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * * * * ** * *
12115770 ATC-TGAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCCCAAAGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CTGAGTTA
1 ACCAT-CGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
* * *
12115831 CCGACGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-C
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** * * * * * * *
12115856 ATTGA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTACC
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** *
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* * ** * * * *
12115943 ACCTTCGGTCTTTGTTACCGATGGTGTCTGATGCGCCCACACATCCG-AGGTACCAAGGTGCCGA
1 ACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCGA
*
12116007 TGCTTCCCAATGGTCCCGCACC
65 TGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * *
12116029 ACCATCGGCCTGAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAAGCACCAAGGTGCCAAT
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* ** * *
12116115 ACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTTTCGAACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGA
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* * * * *
12116201 ACCATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAAGTGCCAAT
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * *
12116287 ACCTTCGGCCTAAGTTACCGTTAGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-GCAAGGCACCAAGGTACCGA
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*
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* *
12116373 ACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGA
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* * *
12116437 TACTTCCCAATGGTCTCGCACC
65 TGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * **
12116459 ACCATCGGCCTCAGTTATCGATGGTGTCCGATGGTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGATATCGAT
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* ** *
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*
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*
12116610 GCTTCCCGATGGTTCCGCACC
66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
** * * * * ** * * * **
12116631 ACTTTCGACCTTATTTATCGACAGTGTCCGATGCTCCCGCATATCAAAGGCACCAAAGTATCGAT
1 ACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGAT
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * *
12116717 ACCTTCGGCCTCAGTTACCGATGGTGTCCGATACTCTCGCACATCCG-AGGTACCAAGATGCCGA
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* * **
12116781 TCCTTCCCAATGACCCCGCACC
65 TGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * *
12116803 ACCATCGGCCTGAGTTACCGATGCTGTCTGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTGTCGAT
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* *
12116868 GCTTCTCGACGGTCCCGCACC
66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * * *
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* * *
12116954 GTTTCCCGATGATCTCGCACC
66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* *
12116975 ACCTTCGGCCCT-AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGA
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* *
12117039 TGGTTCCCGATGGTCTCGCACC
65 TGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * *
12117061 ACCTTCGGCCTTAA-TTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCTG-AGGCACCAAGGTGTCG
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*
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* * * *
12117147 ATCATCGGCCTAAGTTACCGCTGATGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGAT
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* *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
** ** ** * *
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* * *
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* *** ** * *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * ***
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* *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * *
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*
12117556 GCTTCTCGATGGTCCCGCACC
66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * ** * *
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*
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * *
12117663 ACCATCGACCTGAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGAT
1 ACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGAT
*
12117728 GCTTCCCGATGGTCCCACACC
66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* *
12117749 ACCTTCGGCCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGAT
1 ACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGAT
* * *
12117814 GCTTCTCGATGGTCCCACGCC
66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * ** * * *
12117835 ACCTTCGGCCTTAGTTGTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGTACGAAGGTGCCGAT
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* *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * *
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* * *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
** * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* **
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* * * * * *
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*
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
** * * * *
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*
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* *
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*
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* * * * * * * **
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*
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* ** * *
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*
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* * * *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * *
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* *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * *
12119125 ACCTTCGACCTTAA-TTACTGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCGAA-GCACCAAGGTACCG
1 ACCATCGGCC-TAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCG
* *
12119188 ATGCTTCCCAATGGTCCCGCACT
64 ATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * *
12119211 ACTATCGCCCTGAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCGAACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGAT
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* *
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * * **
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* * * * * *
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*
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66 GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * *
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Statistics
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Consensus pattern (86 bp):
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GCTTCCCGATGGTCCCGCACC
Found at i:12112122 original size:43 final size:43
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12111978 CCGATGCTTC
* * * *
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* *** ** * * *
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* * *
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* * *
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66 ACCA
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1 C
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Statistics
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ACCA
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*
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** * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * ** * * *
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* * * * ***
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
12113337 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTTGGCCTTAGTTA
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* * *
12113380 CCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCA-CATCCGA--GACACCAAGGTA
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* * * **
12113423 CCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTTA
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* * * * * * *
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* * * * *
12113509 TCGATGCTTCCCGATTG-TACCGCACCACCATCTGCCAAAGTTA
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* * * * * *
12113552 TCGATGGTGCCTGATGCTTCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTG
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* * * * * *
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* ***
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* * * * **
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* * * * * *
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** * * *
12113767 CCGATACTTTCCGATGGTCCCGCACCACTATCGGCCTAAGTTA
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* * * * * *
12113810 CCGATAGTGTCCGATGCTCCGGTA-CATCGA-AGGCACCAAG-AA
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* * * *
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1 -CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * ** * * * *
12113896 CCGATTGTGTCCGATGCTCTCGCA-CATGGA-AGGCAGCAAGGTG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * *
12114068 CCGATGGTGTCCGATGCTTCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTA
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* * * ** *
12114111 CCGATGCTTTCCGATGGTCCCGCA-CATCAAAGGCACCAAGGTA
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* ** * * ** ***
12114154 CCGATGCTTCCCGATATTTCCGCACCACCTTCGATCTTTGTTA
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* * *
12114197 CCGATGGTGTCCGATGCGCCCGCA-CATCCGA--GGTACCAAGATA
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* * * **
12114240 CCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTTA
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* * * * * *
12114283 CCGCTGATGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
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* * * * * * *
12114326 TCGATGCTTCCCGATGGTACCGCACCAACATCTGCCAAAGTTA
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
12114455 CCGATGGTGTCCGATACTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTA
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* * * **
12114498 CCGATGCTTTCCGATGGTCCCGAACCACCATCTACCTC-AGTTA
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* * * *
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** * * ** ** *
12114584 CCGATACTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCAACCTTAGTTG
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* * * * * * *
12114627 TCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCA-CATCCA-AGGTACGAAGGTG
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* * * ***
12114670 CCGATGCTTTCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCTTGAGTTA
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* *
12114713 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAAGTGT-
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* * * * * *
12114757 -CGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATAGTCCAAAGTTA
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* * * * * * *
12114799 TCGATGGTGCTCGATTCTGCCGCA-CATCCGA--GGTACCAAGGTG
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
12114928 CCGATGCTTCTTGAT-CGTCCCGCGCCACCTTCGTCCTC-AGTTA
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* * ** *
12114971 CCGATGGTGTTCGATGCTCCAGCA-CATCC--CGGGCATTAAGGTA
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** * * * * *
12115014 CCGATACTTTTCGATGGTCCCGCACAACCATCGACCTAAGTTA
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* * * * * *
12115057 TCGATGGTGTCCGATGCTCTCGGA-CATCGA-AGGCACCAAGGTA
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* * * ** * **
12115100 CCGATGTTTCCCGATGGTCTCGCACCACTTTAGGCCTTAGTTA
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* * * ** * *
12115143 CCGATGGTGTCCAATGCTCCCGCA-TATCGA-AAGCACTAAGGTA
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* * * * * * * **
12115186 TCGACGCTTCTCGATGGTCCCGTACCACCTTCGACCTTAGTTA
1 CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* *
12115229 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--GGTACCAAGGTA
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* * * * **
12115272 TCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * *
12115315 TCGACGGTGTCCAATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTA
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* * * *
12115358 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTC-GCCCTTAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCC-AAGTTA
* * * * *
12115401 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAACGA-AGGTACCAAGGTA
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* * * * * ** *
12115444 TCGATGCTTCCCAATGTTCCCGCACCACCTTCGGCCTTAGTTG
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * *
12115487 CTGATGGTGTCCGATACTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTA
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* * * * * **
12115530 CCGATGCTTCCCAATGGTCCTGCACCACTATCGGCCTGAGTTA
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* * * *
12115573 CCGATGGTGTCCGCTGCTCCCGCACAACGA-AGGCACCAAGGTT-
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* * * * *
12115616 TCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGGCCAAAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * ** * * *
12115659 TCGATGGTGCCCGATGCTGTCGCA-CATC-TGAGGCACCAAGGTA
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* * * ** *
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* * * * *
12115745 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATC-TGAGGCACCAAGGTG
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* * * * **
12115788 CCGATGCTTCCCAAAGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTTA
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* ** * *
12115831 CCGACGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATTGA-AGGCACCAAGGTA
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* * * ** *
12115874 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCA-CATCAAAGGCACCAAGGTA
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* ** * * * ***
12115917 CCGATGCTTCCCGATATTTCCGCACCACCTTCGGTCTTTGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * *
12115960 CCGATGGTGTCTGATGCGCCCACA-CATCCGA--GGTACCAAGGTG
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* * * **
12116003 CCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTTA
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* * ** * *
12116046 CCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AAGCACCAAGGTG
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* * * * *
12116089 CCAATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTA
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** * *
12116132 CCGATGGTGTCCGATGCTTTCG-AACATCCGA--GGCACCAAGGTA
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* * *
12116175 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
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* * * ** *
12116218 TCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCAAAGGCACCAAAG-TG
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* * * * *
12116261 CCAATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCTAAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * *
12116304 CCGTTAGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATGCA-AGGCACCAAGGTA
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* *
12116347 CCGATGCTTCCCGAT-CGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTA
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*
12116390 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTA
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** * * *
12116433 CCGATACTTCCCAATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTC-AGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCC-CAAGTTA
* * * * *
12116476 TCGATGGTGTCCGATGGTCCAGCA-CATCCA-AGGCACCAAGATA
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * ** * *
12116519 TCGATGCTTCTCGATGGTTTCGCGCCACCATCGGCCTAAGTTA
1 CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * *
12116562 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * ** * ** *
12116605 TCGATGCTTCCCGATGGTTCCGCACCACTTTCGACCTTATTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* ** * * **
12116648 TCGACAGTGTCCGATGCTCCCGCA-TATCAAAGGCACCAAAG-TA
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCACCATCGGC-CC-AAGTTA
* * * *
12116691 TCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCTC-AGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCC-CAAGTTA
* * * * *
12116734 CCGATGGTGTCCGATACTCTCGCA-CATCCGA--GGTACCAAGATG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CC-ATCGG-CCCAAGTTA
** * **
12116777 CCGATCCTTCCCAATGAC-CCCGCACCACCATCGGCCTGAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATG-CTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * * *
12116820 CCGATGCTGTCTGATGCTCCCGCA-TATCGA-AGGCACCAAGGTG
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* * * * * * *
12116863 TCGATGCTTCTCGACGGTCCCGCACCACCTTCGACCAAAGTTA
1 CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * ** * * * *
12116906 TCGATTGTGTCCGATGCTCCCGTA-CATCAAAGGTACCATGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCACCATCGG-CCCAAGTTA
* * * * *
12116949 CCGATGTTTCCCGATGATCTCGCACCACCTTCGGCCCTAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * *
12116992 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * *
12117035 TCGATGGTTCCCGATGGTCTCGCACCACCTTCGGCCTTAA-TTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCC-CAAGTTA
* * * * *
12117078 CCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCA-CATC-TGAGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCACCAT-CGGC-CCAAGTTA
* * * * * *
12117121 TCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCATCATCGGCCTAAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * *
12117164 CCGCTGATGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
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* * * * ** ** *
12117207 TCGATGCTTTCCGATGGTACCGCACCACCATCTACGAAAGTTG
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* * * *
12117250 GCGAT-GTTGCCAGATGCTCCCGTA-CATCCGA--GGCACCAAGGTG
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* * * * * * *
12117293 CCGATGCTTCCCAATGGTCTCGAACCACCATCGGACTAAGTTA
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*** * *
12117336 CCGATGGTGTCCGATGCTTTAGCA-CATCC--CAGACACCAAGGTA
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* * *
12117379 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
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* * ** **
12117422 CCGATGGTGTCCTATGCTCCCGCA-CATCAAAGGCACCAA-AAA
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* * * * * *
12117464 GCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACTACCATCGACCAAAGTTA
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* ** * * * *
12117508 CCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCA-CATGGA-AGGCAGCAAGGTG
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* * * * * * *
12117551 TCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGTCTAAGTTG
1 CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
** * * * *
12117594 CCGATGGTGTCCGATAATCCCGCA-CATCGA-AGGCGCCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * * **
12117637 TCGATGCTTCCCGATGGTCCCGGACCACCATCGACCTGAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * *
12117680 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCATGGTA
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * **
12117723 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCTTCGGCCTTAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * *
12117766 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * * ** *
12117809 CCGATGCTTCTCGATGGTCCCACGCCACCTTCGGCCTTAGTTG
1 CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * *
12117852 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGTACGAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGG-CCCAAGTTA
* * * * **
12117895 CCGATGCTTCTCAATGGTCCCGCACCACCATTGGCCTGAGTTA
1 CCGATGGTTC-CGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * *
12117938 CCAATGGTGTCCGATGCTCCTGCA-CATCGA-AGGCACCAAAGTGT-
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CC-AAGT-TA
* * * * * ** *
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1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * * *
12118024 TCAATAGTGCTCGATGCTGCCGCA-CATCCGA--GGTACCAAGGTA
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* * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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** * * * *
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1 CCGAT-GGTTCCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * * * *
12118282 CCGATAGTGTCCGATGCCCCCGGA-CATCGA-AGGTACCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGG-CCCAAGTTA
* * * ** * *
12118325 CCAATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACTTTCGACCTAAGTTA
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* * * * *
12118368 CCGTTAGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATGCA-AGGCACCAAGGTA
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* * * *
12118411 CCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * *
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1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCACCAT-CGGC-CCAAGTTA
* * * *
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1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCC-CAAGTTA
* * * * *
12118540 CCGATGGTGTTCGATGGTCCAGCA-CATCCA-AGGCACCAAGATA
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * * *
12118583 TCGATGCTTCCCGATGGTTCCGCACCACCATCGGTCTAAGTTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
** * * * *
12118626 CAAATGGTGTCCGATGCTCCCG-AACATCGA-AGGCACCAAGGTA
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * *
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1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * *
12118712 CCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * * **
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1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * * * * *
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1 CCGATGGT-TCCGATGCTCCCGCACCA-CCATCGGC-CCAAGTTA
* * * * ** *
12118841 CCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCTCCACCATCGGCTTAAATTA
1 CCGATGGTT-CCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
* * * *
12118884 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGTACCAAGGTA
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* * * * * **
12118927 CCGATGCTTCCCAATGGTCCTGCACCACCATTGGCCTGAGTTA
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
12119056 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCACA-CATCGA-AGGCACCAAGGTA
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* * * * *
12119099 CCGATGCTTCTCGATGTTCCCGCACCACCTTCGACCTTAA-TTA
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* * * *
12119142 CTGATGGTGTCCGATGCTCTCGCA-CATCCGA--AGCACCAAGGTA
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* * * * * *
12119185 CCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACTACTATC-GCCCTGAGTTA
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* * * * * *
12119228 CTGATGGTGTCCGATGCTCCCG-AACATCGA-AGGCACCAAGGTG
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* * * * *
12119271 TCGATGCTTTCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTA
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* * * * * * **
12119314 TCGATGGTGCCCGATGCTGCCGTA-CATC-TGAGGCACCAAGGAA
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* * * *
12119357 CC-ATTGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCGGCCAAAGTTA
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* * * * * *
12119400 TCGATGGTGTCCGAAGCTCCCACA-CATCGA-AGGCACCAAGGTA
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* * * * ** *
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Statistics
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Consensus pattern (42 bp):
CCGATGGTTCCGATGCTCCCGCACCACCATCGGCCCAAGTTA
Found at i:12121240 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12121167--12121794 Score: 514
Period size: 43 Copynumber: 14.4 Consensus size: 43
12121157 TATTTTTAGC
* * * * **
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* *
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** * * * * * *
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* ** * * **
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* * *
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* * *
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*
12121435 CCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGGT-T
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* * * *
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* ** **
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* * * * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * *
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* *
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* *
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
Found at i:12122572 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12122427--12123387 Score: 1070
Period size: 86 Copynumber: 11.2 Consensus size: 86
12122417 TTTTTTTGGC
* * * * * *
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* *
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*
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*
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * *
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66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * *
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1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
* * ***
12122836 TACCACTATCGGTAGAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * *
12122857 CCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
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*
12122922 CACCACCATCGGCCAAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * *
12122943 CCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAGGTACCGATTCTTCCCGATGGTCTCG
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* *
12123008 CACCACCATCGACCAAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * * *
12123029 TCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACGAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
* * * *
12123094 TACCAGCATCGACCAAAGTTA
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* *
12123115 CCGATGGTG-CTCGATGTTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCG
1 CCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCC
*
12123179 GCACCACCATCGGCATAAGTTA
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* * * * *
12123201 TCGATGGTATCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACTAAGGTATCGATACTTCCCGATGGTCCC
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* * *
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** * * * *
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*
12123351 GCACCACCATCGGCCTAAGTTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
*
12123373 CCGATGGTGTTCGAT
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12123388 TCTGTCCGAT
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 125, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (86 bp):
CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
CACCACCATCGGCCTAAGTTA
Found at i:12131199 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12131132--12132329 Score: 574
Period size: 43 Copynumber: 28.4 Consensus size: 43
12131122 TATTTTTAGC
* * *
12131132 CCGATGCTCTCGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* *
12131175 CTGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12131218 CCGAGGCTCCCGCACATACGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *
12131261 CCGAGGCTCTCGCACATCCGAGGTACCAAGGTACTGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12131304 CCGATGCTCCTGCACAATCAG-GGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
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* * ***
12131347 CCGATGCTCCCGCACCTCCAAGGCACCAAGGTGGAGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* *
12131390 TCGATGCTCCCGCACAT--------CCAAGGTGCCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* ** * * *
12131425 CCGAGGCTCCCGCACATTTGAGGTACCAAGGTGCCGATGGGGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *** * **
12131468 TCGAGGCACCCGCACATTAAAGGCACCATA-GTGCCGATACT-T
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCA-AGGTACCGATGGTGT
* * * * *
12131510 CCCGATGGTCCCGCACATACGAGACGCCAAGGTACCGATGAT-T
1 -CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *
12131553 CTCAATGGTCCCGCACCA-CC-ATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT
1 C-CGATGCTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *
12131597 CCGATGCTCTCGCACATCCTAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-T
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * ** * *
12131639 CCCGACGGTCCCAAACCA-CC-ATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGT
1 -CCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * *
12131683 CCGATGCTCCTGTACAT-CGAAGGCACCGAGGTGCAGATGCT-T
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* *** * ** * *
12131725 CCTGATGGTCCTAAACCA-CC-ACCGC-CTTAGTTACCGATGATGT
1 CC-GATGCTCCCGCA-CATCCGA-GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
** * *
12131768 CCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCATCGTATCGATGGTCT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * ** *
12131811 -CGA----ACCAC-CAT-C--GGC-CTTA-GTCACCGATGGTGC
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT-ACCGATGGTGT
** * ** * ** *
12131844 CCGGGGGTATCGCACATCTGAGGCACCAAGGTGTCGATGCT-T
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * ** * *
12131886 CTCGATGGTCCCGCACCA-CCACAGGC-CTGAGTTACAGATGGTGT
1 C-CGATGCTCCCGCA-CATCC-GAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * **
12131930 CCGATGCTCTCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCGATACT-T
1 CCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * **
12131972 CCTGATGGTCTCGCACATCCGAGGCATCAAGGTGTCGATGGT-T
1 CC-GATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12132015 CCCGATGGTCCCGCACCA-CC-ATCGGC-CTAAGTTA-C---GGTGT
1 -CCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *
12132055 TCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACTAAGGTACCGAAGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * *
12132098 CCGATGCTACTGCACAT-CGAAGGAACCAAGGTGCCTATAGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
*
12132141 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* ** * *
12132184 CCAATGCTGTCGCACAACC-AGGGCATCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGA-GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12132227 CCGATGGTCCCGCACATCCAAGGCATCAAGGTGA-CGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGT-ACCGATGGTGT
* * * **
12132270 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGTACTAAGGTGTCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* *
12132313 CCGAGGCTCTCGCACAT
1 CCGATGCTCCCGCACAT
12132330 GTCTGAAACA
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 199, Indels: 156
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.00
33 9 0.01
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35 31 0.04
37 4 0.00
38 11 0.01
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41 3 0.00
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44 44 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.27, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
Found at i:12131369 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 12131328--12131441 Score: 113
Period size: 35 Copynumber: 3.0 Consensus size: 36
12131318 CAATCAGGGC
*
12131328 ACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCTCCAAGGC
1 ACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCA----C-A--T
** *
12131371 ACCAAGGTGGAGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACAT
1 ACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT
*
12131407 -CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT
1 ACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT
12131442 TTGAGGTACC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 8
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
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38 1 0.02
39 1 0.02
43 30 0.48
ACGTcount: A:0.19, C:0.32, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (36 bp):
ACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT
Found at i:12131428 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 12131329--12131484 Score: 213
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
12131319 AATCAGGGCA
* * * *
12131329 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCTCCAAGGCACCAAGGTGGAGATGGTGTTCGA
1 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCAGATGGGGTTCGA
* *
12131394 TGCTCCCGCACAT
66 GGCACCCGCACAT
*** * *
12131407 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATTTGAGGTACCAAGGTGCCGATGGGGTTCGA
1 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCAGATGGGGTTCGA
12131472 GGCACCCGCACAT
66 GGCACCCGCACAT
12131485 TAAAGGCACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (78 bp):
CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCAGATGGGGTTCGA
GGCACCCGCACAT
Found at i:12131542 original size:164 final size:164
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Indices: 12131243--12131542 Score: 379
Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
12131233 ATACGAGGCA
* * *
12131243 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCTCGCACATCCGAGGTACCAAGGTACTGATGGTGTCCGA
1 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTACCGATGGGGTCCGA
* * * * * ** * * *
12131308 TGCTCCTGCACAATCAGGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACCTCCAAGGCAC
66 GGCACCCGCACAATAAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGTCCGATGCTCCCGCACATACAAGACAC
12131373 CAAGGTGGAGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACAT
131 CAAGGTGGAGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACAT
** * *
12131407 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATTTGAGGTACCAAGGTGCCGATGGGGTTCGA
1 CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTACCGATGGGGTCCGA
* * *
12131472 GGCACCCGCACATTAAAGGCACCATA-GTGCCGATACT-TCCCGATGGTCCCGCACATACGAGAC
66 GGCACCCGCACAATAAAGGCACCA-AGGTGCCGATACTGT-CCGATGCTCCCGCACATACAAGAC
*
12131535 GCCAAGGT
129 ACCAAGGT
12131543 ACCGATGATT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 21, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
164 111 0.98
165 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.30, T:0.19
Consensus pattern (164 bp):
CCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGTACCAAGGTACCGATGGGGTCCGA
GGCACCCGCACAATAAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGTCCGATGCTCCCGCACATACAAGACAC
CAAGGTGGAGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACAT
Found at i:12133106 original size:76 final size:76
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Indices: 12133014--12133252 Score: 252
Period size: 76 Copynumber: 3.0 Consensus size: 76
12133004 TCCAGATACT
* ** *
12133014 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGTCCGATGCTTCCGCACATCCG
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CG
12133079 -AGGCACCAAGG
65 AAGGCACCAAGG
*
12133090 TCCCGATGGTCTCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
12133155 AGGCACCAAGCTGTCG
66 AGGCACCAA---G--G
* * *
12133171 ATGCTTTCCGATGG-CCTCGCACCACCATC-GGCATGAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGC
1 -T-C---CCGATGGTCC-CGCACCACCATCAGCCA-AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGC
12133234 ACA-CAGAAGGCACCAAGG
59 ACATC-GAAGGCACCAAGG
12133252 T
1 T
12133253 GTCGATACTT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 9, Indels: 24
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
75 2 0.01
76 66 0.47
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80 1 0.01
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82 1 0.01
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ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.25, T:0.19
Consensus pattern (76 bp):
TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
AGGCACCAAGG
Found at i:12133198 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12133090--12133270 Score: 267
Period size: 86 Copynumber: 2.1 Consensus size: 86
12133080 GGCACCAAGG
*
12133090 TCCCGATGGTCTCGCACCACCATCAGCCA-AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-
1 TCCCGATGGCCTCGCACCACCATC-GCCATAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-CA
*
12133153 GAAGGCACCAAGCTGTCGATGCT
64 GAAGGCACCAAGCTGTCGATACT
* * * *
12133176 TTCCGATGGCCTCGCACCACCATCGGCATGAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACACAGA
1 TCCCGATGGCCTCGCACCACCATCGCCATAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACACAGA
*
12133241 AGGCACCAAGGTGTCGATACT
66 AGGCACCAAGCTGTCGATACT
12133262 TCCCGATGG
1 TCCCGATGG
12133271 TTGCGCACAT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 8, Indels: 4
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 4 0.05
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ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (86 bp):
TCCCGATGGCCTCGCACCACCATCGCCATAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACACAGA
AGGCACCAAGCTGTCGATACT
Found at i:12133321 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12133222--12133321 Score: 130
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
12133212 CGATGGTGTT
* *
12133222 CGATGCTCCCGCACACAGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCC
1 CGATGGTCCCGCACACAGAAGGCACCAAAGTGTCGATACTTCC
** * *
12133265 CGATGGTTGCGCACATCCG-AGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCC
1 CGATGGTCCCGCACA-CAGAAGGCACCAAAGTGTCGATACTTCC
12133308 CGATGGTCCCGCAC
1 CGATGGTCCCGCAC
12133322 CACCATCGAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 46 0.96
44 2 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.34, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
CGATGGTCCCGCACACAGAAGGCACCAAAGTGTCGATACTTCC
Found at i:12133344 original size:86 final size:87
Alignment explanation
Indices: 12133262--12133923 Score: 586
Period size: 86 Copynumber: 7.7 Consensus size: 87
12133252 TGTCGATACT
* * * *
12133262 TCCCGATGGTTGCGCACATCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
1 TCCCGATGCTTCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
* *
12133327 TCGACCTGAGTTATCGATGATG
66 TCGACCTGAGTTACCGATGGTG
* * * *
12133349 T-CCTATGC-TCCTGCACAT-CGAAGGTACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGTACCAC
1 TCCCGATGCTTCC-GCACATCCG-AGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
*
12133411 CATC-AGCCTTAGTTACCGATGGTG
64 CATCGA-CCTGAGTTACCGATGGTG
** * * * *
12133435 T-TGGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTTTCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCATC
1 TCCCGATGCTTCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACC
* *
12133498 ATCGGCCTTAGTTACCGATGGTG
65 ATCGACCTGAGTTACCGATGGTG
* * ** * * * *
12133521 -CCCGATAC-TCTAGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCAATCCTTCTCGATGGTCCCGCACCATC
1 TCCCGATGCTTC-CGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACC
* *
12133584 ATCGATCTGAATTACCGATGGTG
65 ATCGACCTGAGTTACCGATGGTG
* ** * *
12133607 T-CCGATGC-TCGCGCACAT-CGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCGCACCAT
1 TCCCGATGCTTC-CGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
* *
12133669 CATCGGCCTGAGTTATCGATGGTG
64 CATCGACCTGAGTTACCGATGGTG
* ** * ** *
12133693 TCCTC--TGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTTTAATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACC
1 TCC-CGATGCTTCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACC
** *
12133756 ATCGACCTTTGTTGCCGATGGTG
65 ATCGACCTGAGTTACCGATGGTG
* * *
12133779 -CCCGATGC-TCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACC
1 TCCCGATGCTTC-CGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACC
* *
12133842 ATCGGCCTGAGTTACTGATGGTG
65 ATCGACCTGAGTTACCGATGGTG
* * * ** *
12133865 T-TCGATGC-TCTCGCACAT-CGAAGGTACCAAAGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCGCAC
1 TCCCGATGCTTC-CGCACATCCG-AGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCAC
12133924 ATCGAAGGCA
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 83, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
84 1 0.00
85 12 0.03
86 452 0.96
87 7 0.01
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (87 bp):
TCCCGATGCTTCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
TCGACCTGAGTTACCGATGGTG
Found at i:12133359 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 12133090--12134237 Score: 576
Period size: 215 Copynumber: 5.3 Consensus size: 215
12133080 GGCACCAAGG
* *
12133090 TCCCGATGGTCTCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
* * * *
12133155 AGGCACCAAGCTGTCGATGCTTTCCGATGG-CCTCGCACCACCATCGGCATGAGTTACCGATGGT
66 AGGCACCAAGCTGCCGATACTTCCCGATGGTCC-CGCACCACCATCAGCATGAGTTACCGATGGT
12133219 GTTCGATGCTCCCGCACA-CAGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTTGCGCACATCC
130 GTTCGATGCTCCCGCACATC-GAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTTGCGCACATCC
12133283 GAGGCACCAAAGTGTCGATGCT
194 GAGGCACCAAAGTGTCGATGCT
** * * *
12133305 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATC-GACCTGAGTTATCGATGATGTCCTATGCTCCTGCACATCG
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-CCAAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCG
* * * * *
12133369 AAGGTACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCAGCCTTAGTTACCGATGGT
65 AAGGCACCAAGCTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCATGAGTTACCGATGGT
* * * ** *
12133434 GTTGGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTTTCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCATCA
130 GTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTTGCGCA-CATCC
** ** *
12133499 TCGG--CCTTAGT-TACCGATGGT
194 GAGGCACCAAAGTGT--CGATGCT
* ** ** * * * ** *
12133520 GCCCGATACTCTAGCA-CATCCGAGGCA-CC-AAGGTACCAATCCT-TCTCGATGGTCCCGCACC
1 TCCCGATGGTCCCGCACCA-CC-A-TCAGCCAAAGTTACCGATGATGTC-CGATGCTCCCGCA-C
** * * * ** * * * *
12133581 ATC-ATCG-ATCTGAA-TTACCGATGGTGT-CCGATGCTCGCGCA-CATCGAAGGT-ACCA--AG
61 ATCGAAGGCA-C-CAAGCTGCCGATACT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-C-CA--TCAGCATGAG
* ** * * ** * * **
12133638 GTACCGATACT-TCCCGATGCTCCCGCACCATC-ATCGGC-CTGAGTTATCGATGGTGTCCTC--
119 TTACCGATGGTGT-TCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTGTCGATACT-TCC-CGA
* ** ** * * **
12133698 TGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTTTAATGCT
179 TGGTTGCGCACATCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCT
*** * * * * *
12133735 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATC-GACCTTTGTTGCCGATGGTGCCCGATGCTCTCGCACATCC
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-CCAAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCG
* * * * * * *
12133799 AAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTGAGTTACTGATGGT
65 AAGGCACCAAGCTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCATGAGTTACCGATGGT
* * * ** * **
12133864 GTTCGATGCTCTCGCACATCGAAGGTACCAAAGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCGCACAT-CG
130 GTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTTGCGCACATCCG
** ** *
12133928 AAGGCACCATGGTACCGATACT
195 -AGGCACCAAAGTGTCGATGCT
* * * * *** * * * * *
12133950 TCTCGATGTTCTCGCACCACCATCGGCGTTAGTTACCGATGGTGCCCGGTGGTCTCGCACATCCG
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACAT-CG
* * * * * * * * *
12134015 -AGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCC-CATCACGACCGGCTTGAGTTACCGATGGT
65 AAGGCACCAAGCTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCATGAGTTACCGATGGT
* * * ** *
12134078 GTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGGTCT-CGCACATCC
130 GTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGT-TGCGCACATCC
* * * ** *
12134142 GAGGAATCAAGGTACCGATGAT
194 GAGGCACCAAAGTGTCGATGCT
* * * * * * * *
12134164 TCCCGTTGGTCCCGCACCGCTATC-GACCTAAGTT-GCGATGGTGTTCGAGGCTCCCGCACATCC
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-CCAAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACAT-C
12134227 G-AGGCACCAAG
64 GAAGGCACCAAG
12134238 GTACCGAAGG
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 173, Indels: 104
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
212 1 0.00
213 38 0.05
214 160 0.23
215 462 0.65
216 42 0.06
217 5 0.01
218 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (215 bp):
TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
AGGCACCAAGCTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCATGAGTTACCGATGGTG
TTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTTGCGCACATCCGA
GGCACCAAAGTGTCGATGCT
Found at i:12133431 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 12133135--12133404 Score: 359
Period size: 129 Copynumber: 2.1 Consensus size: 129
12133125 CCGATGGTGT
* *
12133135 CCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACC-AAGCTGTCGATGCTTTCCGATGGCCTCGCACCACCA
1 CCGATGGTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAAG-TGTCGATGCTTCCCGATGGCCTCGCACCACCA
* * * *
12133198 TCGGCATGAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACACAGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTT
64 TCGACATGAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACACAGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTT
12133263 C
129 C
**
12133264 CCGATGGTTGCGCACATCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCC-CGCACCACCAT
1 CCGATGGTCCCGCACATCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGG-CCTCGCACCACCAT
* * * * *
12133328 CGACCTGAGTTATCGATGATGTCCTATGCTCCTGCACATC-GAAGGTACCAAGGTGCCGATACTT
65 CGACATGAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACA-CAGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTT
12133392 C
129 C
12133393 CCGATGGTCCCG
1 CCGATGGTCCCG
12133405 TACCACCATC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 15, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
129 114 0.93
130 8 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (129 bp):
CCGATGGTCCCGCACATCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGCCTCGCACCACCATC
GACATGAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACACAGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTC
Found at i:12133572 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12133274--12133923 Score: 759
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 172
12133264 CCGATGGTTG
* * *
12133274 CGCACATCCG-AGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTGAGT
1 CGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGT
* * * * * *
12133338 TATCGATGATGTCCTATGCTC-CTGCACATCGAAGGTACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTC
65 TACCGATGGTGTCCGATGCTCTC-GCACATCGAAGGCACCAAGGTACCAATACTTCCCGATGGTC
* **
12133402 CCGTACCACCATC-AGCCTTAGTTACCGATGGTGTTGGATGCTCC
129 CCGCACCACCATCGA-CCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
* * * *
12133446 CGCACATCGAAGGCACCAAGGTTTCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCATCATCGGCCTTAGTT
1 CGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTT
* * * * *
12133511 ACCGATGGTGCCCGATACTCTAGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCAATCCTTCTCGATGGTCC
66 ACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTACCAATACTTCCCGATGGTCC
* * * * *
12133575 CGCACCATCATCGATCTGAATTACCGATGGTGTCCGATGCTCG
130 CGCACCACCATCGACCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
* ** * *
12133618 CGCACATCGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCGCACCATCATCGGCCTGAGTT
1 CGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTT
* ** * * *** *
12133683 ATCGATGGTGTCCTCTGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTTTAATGCTTCCCGATGGTCCC
66 ACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCAATACTTCCCGATGGTCCC
* * * *
12133748 GCACCACCATCGACCTTTGTTGCCGATGGTGCCCGATGCTCT
131 GCACCACCATCGACCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
* * *
12133790 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTGAGTT
1 CGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTT
* * * * * *
12133855 ACTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCGAAGGTACCAAAGTACCGATACTTCCCGATGCTCCC
66 ACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCAATACTTCCCGATGGTCCC
12133920 GCAC
131 GCAC
12133924 ATCGAAGGCA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 76, Indels: 10
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.01
172 391 0.98
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (172 bp):
CGCACATCGAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTGAGTT
ACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCAATACTTCCCGATGGTCCC
GCACCACCATCGACCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
Found at i:12133634 original size:258 final size:257
Alignment explanation
Indices: 12133275--12133923 Score: 911
Period size: 258 Copynumber: 2.5 Consensus size: 257
12133265 CGATGGTTGC
*
12133275 GCACATCCGAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTGAGTTA
1 GCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTGAGTTA
* * * * *
12133340 TCGATGATGTCCTATGCTCCTGCACATCGAAGGTACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCG
66 CCGATGGTGTCCGATGCTCC-GCACATCGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCG
* * ** *
12133405 TACCACCATCAGCCTTAGTTACCGATGGTGTTGGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTTT
130 CACCACCATCAGCCTGAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTT
* * * *
12133470 CGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCATCATCGGCCTTAGTTACCGATGGTGCCCGATACTCTA
195 CAATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTTAGTTACCGATGGTGCCCGATACTCTA
** * * * * * *
12133533 GCACATCCGAGGCACCAAGGTACCAATCCTTCTCGATGGTCCCGCACCATCATCGATCTGAATTA
1 GCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTGAGTTA
12133598 CCGATGGTGTCCGATGCTCGCGCACATCGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCG
66 CCGATGGTGTCCGATGCTC-CGCACATCGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCG
* * * **
12133663 CACCATCATCGGCCTGAGTTATCGATGGTGTCCTCTGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTT
130 CACCACCATCAGCCTGAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTT
* * * * * *
12133728 TAATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTTTGTTGCCGATGGTGCCCGATGCTCTC
195 CAATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTTAGTTACCGATGGTGCCCGATACTCTA
* * *
12133791 GCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTGAGTTA
1 GCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTGAGTTA
* * *
12133856 CTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCGAAGGTACCAAAGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCG
66 CCGATGGTGTCCGATGCTC-CGCACATCGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCG
12133921 CAC
130 CAC
12133924 ATCGAAGGCA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 49, Indels: 2
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
258 340 1.00
259 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (257 bp):
GCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTGAGTTA
CCGATGGTGTCCGATGCTCCGCACATCGAAGGTACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCGC
ACCACCATCAGCCTGAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTTTC
AATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTTAGTTACCGATGGTGCCCGATACTCTA
Found at i:12134104 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12133908--12134133 Score: 305
Period size: 85 Copynumber: 2.6 Consensus size: 86
12133898 ACCGATACTT
* * * * *
12133908 CCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCTCGATGTTCTCGCACCACCAT
1 CCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCTCGATGGTCTCCCACCACCAC
12133973 CGGCGTTAGTTACCGATGGTG
66 CGGCGTTAGTTACCGATGGTG
* * * * *
12133994 CCCGGTGGTCTCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTC-CCCATCACGA
1 CCCGATGCTCTCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCTCGATGGTCTCCCACCACCA
12134057 CCGGC-TTGAGTTACCGATGGTG
65 CCGGCGTT-AGTTACCGATGGTG
* *
12134079 TCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGGTCTC
1 CCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCTCGATGGTCTC
12134134 GCACATCCGA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
84 4 0.03
85 70 0.58
86 45 0.37
87 2 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.33, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (86 bp):
CCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCTCGATGGTCTCCCACCACCAC
CGGCGTTAGTTACCGATGGTG
Found at i:12134157 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12133866--12134482 Score: 196
Period size: 43 Copynumber: 14.4 Consensus size: 43
12133856 CTGATGGTGT
* *
12133866 TCGATGCTCTCGCACAT-CGAAGGTACCAAAGTACCGATACTTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATACTTC
* * *
12133909 CCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCATGGTACCGATACTTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATACTTC
* *** * ** *
12133952 TCGATGTTCTCGCACCA-CC-ATCGGC-GTTAGTTACCGATGGTGC
1 TCGATGCTCTCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATACTTC
* * * *
12133995 CCGGTGGTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACTTC
* *** * **
12134038 TCGATGGTC-C-C-CATCACGACCGGC-TTGAGTTACCGATGGTGTC
1 TCGATGCTCTCGCACATC-CGA--GGCACCAAGGTACCGATACT-TC
*
12134081 -CGATGCTCTCGCACAT-CGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATACTTC
* * *
12134123 TCGATGGTCTCGCACATCCGAGGAATCAAGGTACCGATGA-TTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGAT-ACTTC
* * * * * * ** **
12134166 CCGTTGGTCCCGCAC--CGCTA-TCGACCTAA-GTTGCGATGGTGT-
1 TCGATGCTCTCGCACATC-CGAGGC-ACC-AAGGTACCGATACT-TC
* * *
12134208 TCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGA-AGGTATC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATA-CT-TC
* * *
12134252 T-GATGCTGC-CGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTATCTATAGTGTC
1 TCGATGCT-CTCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATACT-TC
* * **
12134295 -CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACT-TC
* * * * *
12134338 T-GATGATGTCGCACAACC-AGGGCACCAAGTTGCCGATGA-TGTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGA-GGCACCAAGGTACCGAT-ACT-TC
* * * * **
12134381 -CGATGGTCCCCCACATCCAAGGC-CGCAAGGTGA-CGATGGTGTC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCAC-CAAGGT-ACCGATACT-TC
* * **
12134424 -CGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTATC
1 TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACT-TC
*
12134467 -CGAGGCTCTCGCACAT
1 TCGATGCTCTCGCACAT
12134483 GTCTGAAACA
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 93, Indels: 92
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.01
41 5 0.01
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43 343 0.79
44 20 0.05
45 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
TCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACTTC
Found at i:12134203 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 12133999--12134244 Score: 307
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 128
12133989 TGGTGCCCGG
* * * * * *
12133999 TGGTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCCATCACGACCGGCTT
1 TGGTCTCGCACATCCGAGGAACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTCCCCACCACGACCGACCT
* * *
12134064 GAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACAT-CGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGA
66 AAGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGA
* * * * *
12134127 TGGTCTCGCACATCCGAGGAATCAAGGTACCGATGATTCCCGTTGGTCCCGCACCGCTATCGACC
1 TGGTCTCGCACATCCGAGGAACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTCCC-CACCACGACCGACC
* * *
12134192 TAAGTT-GCGATGGTGTTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGA
65 TAAGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAAGTACCGA
12134245 AGGTATCTGA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 17, Indels: 4
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
128 84 0.85
129 15 0.15
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (128 bp):
TGGTCTCGCACATCCGAGGAACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTCCCCACCACGACCGACCT
AAGTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGA
Found at i:12134281 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 12134002--12134283 Score: 297
Period size: 128 Copynumber: 2.2 Consensus size: 128
12133992 TGCCCGGTGG
* * * * * *
12134002 TCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCCATCACGACCGGCTTGAG
1 TCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTCCCCACCACGACCGACCTAAG
* * *
12134067 TTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGG
66 TTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGC
* * * * * *
12134130 TCTCGCACATCCGAGGAATCAAGGTACCGATGATTCCCGTTGGTCCCGCACCGCTATCGACCTAA
1 TCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTCCC-CACCACGACCGACCTAA
* * * *
12134195 GTT-GCGATGGTGTTCGAGGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGA-AGGTATCT-GAT
65 GTTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAAGTACCGATA-CT-TCTCGAT
12134256 GC
127 GC
12134258 TGC-CGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTA
1 T-CTCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTA
12134284 TCTATAGTGT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 12
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
127 3 0.02
128 105 0.83
129 19 0.15
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (128 bp):
TCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGATTCCCGATGGTCCCCACCACGACCGACCTAAG
TTACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGC
Found at i:12134296 original size:214 final size:214
Alignment explanation
Indices: 12133734--12134474 Score: 612
Period size: 214 Copynumber: 3.5 Consensus size: 214
12133724 GTTTTAATGC
* ** * * *
12133734 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTTTGTTGCCGATGGTGCCCGATGCTCTCGCACATCC
1 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTG-CGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCC
* ** * * * * * * ** * * *
12133799 AAGGCACCAAGGTGTCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGTACCACCATC-GGCCTGAGTTACTGATG
65 GAGGCACCAAGGTACCGATGGTATCTCGATGCTCCC-CATCACGA-CAGGCCCAAGGTACCGATA
* * * * *
12133862 GTGTTCGATGCTCTCGCACATCGAAGGTACCAAAGTACCGATACTTCCCGATGCTCCCGCACAT-
128 GTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGATCTCGCACATC
*
12133926 CGAAGGCACCATGGTACCGAT-A
193 CG-AGGCACCAAGGTACCGATGA
* * * * * * * * *
12133948 CTTCTCGATGTTCTCGCACCACCATCGGCGTTAGTTACCGATGGTGCCCG-GTGGTCTCGCACAT
1 -TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT-GCGATGGTGTCCGAG-GCTCCCGCACAT
* * * *** * *
12134012 CCGAGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGGTCCCCATCACGACCGGCTTGAGTTACCGATG
63 CCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTATCTCGATGCTCCCCATCACGACAGGCCCAAGGTACCGATA
*
12134076 GTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGGTCTCGCACATC
128 GTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGATCTCGCACATC
* *
12134141 CGAGGAATCAAGGTACCGATGA
193 CGAGGCACCAAGGTACCGATGA
* * * * *
12134163 TTCCCGTTGGTCCCGCACCGCTATCGACCTAAGTTGCGATGGTGTTCGAGGCTCCCGCACATCCG
1 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTGCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCG
* * * *
12134228 AGGCACCAAGGTACCGAAGGTATCT-GATGCTGCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGGTATCTATA
66 AGGCACCAAGGTACCGATGGTATCTCGATGCT-CCCCATCA-CGACAGGC-CCAAGGTACCGATA
* * * ** * *
12134290 GTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCT-GATGATGTCGCACAA
128 GTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACT-TCTCGATGATCTCGCACAT
* *
12134354 CC-AGGGCACCAAGTTGCCGATGA
192 CCGA-GGCACCAAGGTACCGATGA
* * * *
12134377 TGT-CCGATGGTCCCCCA-CATCCA-AGGCCGCAAGGTGACGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA
1 T-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGGCC-TAAGTTG-CGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA
*
12134439 TCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTATC-CGAGGCTC
62 TCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTATCTCGATGCTC
12134475 TCGCACATGT
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 75, Indels: 35
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
213 58 0.13
214 228 0.53
215 148 0.34
ACGTcount: A:0.21, C:0.32, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (214 bp):
TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTGCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCG
AGGCACCAAGGTACCGATGGTATCTCGATGCTCCCCATCACGACAGGCCCAAGGTACCGATAGTG
TCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAAGTACCGATACTTCTCGATGATCTCGCACATCCGA
GGCACCAAGGTACCGATGA
Found at i:12134318 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 12134199--12134482 Score: 288
Period size: 86 Copynumber: 3.3 Consensus size: 85
12134189 ACCTAAGTTG
* * * *
12134199 CGATGGTGTTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGAAGGTATCTGATGCTGCCGC
1 CGAT-GTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCTGATGCTGCCGC
*
12134264 ACATCGAAGGCACCAAGGTAT
65 ACATCGAAGGCACCAAGGTAC
* * * *
12134285 CTATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCTGATGATGTCGC
1 CGAT-GTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCTGATGCTGCCGC
* * * * *
12134350 ACAACCAGGGCACCAAGTTGC
65 ACATCGAAGGCACCAAGGTAC
* * * *
12134371 CGATGATGTCCGATGG-TCCCCCACATCCAAGGC-CGCAAGGTGA-CGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 CGATG-TGTCCGA-GGCTCCCGCACATCCAAGGCAC-CAAGGT-ACCGATGGTGTCTGATGCTGC
12134433 CGCACATCCG-AGGCACCAAGGTAC
62 CGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTAC
* *
12134457 CGATGGTATCCGAGGCTCTCGCACAT
1 CGAT-GTGTCCGAGGCTCCCGCACAT
12134483 GTCTGAAACA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 31, Indels: 14
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
85 4 0.03
86 152 0.95
87 4 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (85 bp):
CGATGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCTGATGCTGCCGCA
CATCGAAGGCACCAAGGTAC
Found at i:12135753 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 12135699--12135822 Score: 116
Period size: 43 Copynumber: 2.9 Consensus size: 44
12135689 GCAAGGCACC
12135699 AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGAC-CA
1 AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACACA
* * * * * *
12135742 AAGTTGTCGATGGTAT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCGA--GGCACT
1 AAGGTGCCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CC-ATCGACACA
*
12135785 AAGGTGCCGATGCTTCCC-ATGGTCCCGTACCACCATCG
1 AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG
12135823 GCCTATCGGC
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 11, Indels: 16
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.02
42 16 0.26
43 43 0.69
44 2 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (44 bp):
AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACACA
Found at i:12144571 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12144505--12145270 Score: 637
Period size: 43 Copynumber: 17.9 Consensus size: 43
12144495 TAGTTTTAGC
* * * *
12144505 CCGACGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* *
12144548 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * **
12144591 CCAAGGCTCCAGCACATCCGAGGCACCATGCTGTCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* *
12144634 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATAGAGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12144677 CTGAGGCTCCCGTACATTCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12144720 CCGACGCTCCCGCACAACC-AGGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGA-GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12144763 CCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12144806 CCGAGGCTCCCGTACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAAT-GTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * * *
12144848 TCAAGGCACCAGCA-ATTCGAGACACCAAGGTACCGATGATGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* ** *
12144890 CCGATGCTCCTACACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCT-T
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *** *
12144932 CCCGATG-TCCCGTACCA-CC-ATCGGC-TTGAGTTACCGATGGTGT
1 -CCGAGGCTCCCGCA-CATCCGA--GGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* *
12144975 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * *
12145018 CCGAGGCTCCCGTACATCCGAGGCACCAAGGTGCCAAT-GTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * ** * * * *
12145060 CCAAGGCACCAACACATTCGAGACACCAAGGTGCCGATGATGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* ** **
12145103 CCGATGCTCTTGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACT-T
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *
12145145 CCCGATGG-TCCCGCAC-TAAC-A-TCAACCTTAGTTACCGATGGTGT
1 -CCGA-GGCTCCCGCACAT-CCGAGGC-ACC-AAGGTACCGATGGTGT
** * ** *
12145189 CCGATCCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
** * *
12145232 TTGATGG-TCCCGCACATCCTAGCCACCAAGGTACCGATG
1 CCGA-GGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATG
12145271 ATTCCCAATG
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 123, Indels: 54
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 21 0.04
42 95 0.17
43 446 0.78
44 10 0.02
45 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.25, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
Found at i:12145247 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 12145114--12145359 Score: 341
Period size: 129 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
12145104 CGATGCTCTT
* * * *
12145114 GCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGAT-ACTTCCCGATGGTCCCGCACTAACATCAACCTTAGTT
1 GCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGATGA-TTCCCAATGGTCCCGCACCAACATCAACCTAAGTT
* * * *
12145178 ACCGATGGTGTCCGATCCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTTTTGATGGTCCC
65 ACCGATGGCGTCCGATCCTCCCGAAAATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTTTTGATGGTCCC
* * *
12145243 GCACATCCTAGCCACCAAGGTACCGATGATTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTA
1 GCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGATGATTCCCAATGGTCCCGCACCAACATCAACCTAAGTTA
* * * *
12145308 CCGATGGCGTTCGATGCTCTCGAAAATCCAAGGCCCCAAGGTGCCGATACTT
66 CCGATGGCGTCCGATCCTCCCGAAAATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTT
12145360 CCCGATGGTC
Statistics
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0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
129 100 0.99
130 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.34, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (129 bp):
GCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGATGATTCCCAATGGTCCCGCACCAACATCAACCTAAGTTA
CCGATGGCGTCCGATCCTCCCGAAAATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTTTTGATGGTCCC
Found at i:12145355 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12145255--12146942 Score: 824
Period size: 86 Copynumber: 19.4 Consensus size: 86
12145245 ACATCCTAGC
* * * * * * *
12145255 CACCAAGGTACCGATGATTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGCGTTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
12145320 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * *
12145341 CCCCAAGGTGCCGAT-ACTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGTC
1 CACCAAGGTGCCGATGA-TTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTC
* * *
12145405 CGATGCTCTCGGACATCGAAGG
65 CGATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * *
12145427 CACAAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
*** *
12145492 GATGCTTCTCGATGGTCCCTCACCA-C
66 GATGC-TCTCGAAAAT--C-CA--AGG
* * * * * * * **
12145518 CATCGGTCTAAGTTACCGATGGTGT-CCGATGATCCCGCA-CATCCGA--GGCACAAAGGTGCCG
1 CA-C---C-AAGGTGCCGATGAT-TCCCGATGGTCTCGCACCA-CC-ATCGGC-CTAAGTTATCG
* * * ** *
12145579 ATGCT-TCCTGATGGTCCCGCACCA-CCATCGG
57 ATGGTGTCC-GATGCTCTCG-AAAATCCA-AGG
* * * * * * * * * * * **
12145610 C-CTAAGTTACTGAT-AGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGTAAC-AAGGTACCGATAC
1 CACCAAGGTGCCGATGA-T-TCCCGATGGTCTCGCACCA-CCATCGG--CCTAAGTTATCGATGG
* * * * * *
12145669 T-TATCGATGGTC-CCACACATTCGAGG
61 TGT-CCGATGCTCTCGA-AAATCCAAGG
* * * * * *
12145695 CACCAAGGTACCGTTGATTCCTGATGGTC-C-CGCCACCAGCGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTTT
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGA---TG---
* * * *
12145758 GATTGTCTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGAG
60 G--TG--TCCGATGCTCTCGAAAATCCAAG-G
* * * * * * * *
12145789 CACCATGGTGCCGATGCTTCCCGACT-GTCCCGTACCACCATCAGCCAAAGTTACCGATAGTGTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGA-TGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTC
* * * * *
12145853 CTATGCTCCCGCACATCGAAGG
65 CGATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * * *
12145875 CACCAAGGTACCGAT-ACTTCCCGATGGTCCCGCACCACAATCAGCCTAAGTTACCCATGGTGTC
1 CACCAAGGTGCCGATGA-TTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTC
* * *
12145939 CGATGCTCTCGCACATCCGAGG
65 CGATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * * * * **
12145961 CACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCATCATCGGCCAAAGTTGCCGATGGTGTCC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * * *
12146026 CATGCTCTCGCACATGCAAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * * * *
12146047 CACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * *
12146112 GATGCTCTAGCACATCCGAA-G
66 GATGCTCTCGAAAATCC-AAGG
* * * * * * * **
12146133 CACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCTCTATCGGCCTGAGTTACCGATGGTGTGT
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * *
12146198 GATGCTCTCGCACATCAAAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * *
12146219 CACCAAGGTGCCAATGCTTCCCGATGGTC-CGCACCACCACCATCGCCCTTAGTTACCGATGGTG
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCG---CACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTG
* * *
12146283 TCCGATGCTCCCGCACATCCAAGG
63 TCCGATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * *
12146307 CACTAAGGTG-CGCATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTC
1 CACCAAGGTGCCG-ATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTC
* * * *
12146371 CCATGCTC-CAGCACATGCAAGG
65 CGATGCTCTC-GAAAATCCAAGG
* * * * * * * *
12146393 CACCAAGTTACCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCTCCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * * *
12146458 -ATTGCTCCCGCACATCGAAGG
66 GA-TGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * *
12146479 TACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAGGTTATCGATGGTGTTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * * *
12146544 GATGCTCCCGCATATCGAAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * * * * *
12146565 CACCAAGGTACCGATGCTTCACGATGGTCTCGTACCACCATCGG-CTTAGTTACCGATAGTGTTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * * *
12146629 GATGCTCCCGCACATCGAAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * ** * * *
12146650 CACCATGGTACCGATGCTTTTCGATGCTC-CTGTACCACCATCGGTCTAAGTTATCGATGGTGTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTC-GCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTC
* * * * *
12146714 GGATGCTCTCGCACATCCGAGA
65 CGATGCTCTCGAAAATCCAAGG
** * * * * * * * * *
12146736 TGCTAAGGTACCGATGCTTCCCGCTGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * * * **
12146801 GATACTCCCGCACATCTGAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* * * * * * *
12146822 CACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCAACACCATTGGTCTAAGTTATCGATGGTGTTC
1 CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * **
12146887 GATGCTCTCGCACATTGAAGG
66 GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
* *
12146908 CACCAAGGTACCGAT-ACTTCCCGATGGTCCCGCAC
1 CACCAAGGTGCCGATGA-TTCCCGATGGTCTCGCAC
12146943 ATCCGAGGTA
Statistics
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0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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84 12 0.01
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ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (86 bp):
CACCAAGGTGCCGATGATTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
GATGCTCTCGAAAATCCAAGG
Found at i:12145367 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 12145083--12145375 Score: 340
Period size: 129 Copynumber: 2.3 Consensus size: 129
12145073 ACATTCGAGA
* ** *
12145083 CACCAAGGTGCCGATGA-TGT-CCGATGCTCTTGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACTTC
1 CACCAAGGTGCCGAT-ACT-TCCCGATGGTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGATACTTC
* * * * * * *
12145146 CCGATGGTCCCGCACTAACATCAACCTTAGTTACCGATGGTGTCCGATCCTCCCGCACATCGAAG
64 CCAATGGTCCCGCACCAACATCAACCTAAGTTACCGATGGCGTCCGATCCTCCCGAAAATCCAAG
12145211 G
129 G
*** *
12145212 CACCAAGGTGCCGATACTTTTTGATGGTCCCGCACATCCTAGCCACCAAGGTACCGATGA-TTCC
1 CACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGAT-ACTTCC
* * * * *
12145276 CAATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGCGTTCGATGCTCTCGAAAATCCAAGG
65 CAATGGTCCCGCACCAACATCAACCTAAGTTACCGATGGCGTCCGATCCTCCCGAAAATCCAAGG
* *
12145341 CCCCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTCGCAC
1 CACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCAC
12145376 CACCATCGGC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 24, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
128 2 0.01
129 134 0.98
130 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.34, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (129 bp):
CACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTACCGATACTTCCC
AATGGTCCCGCACCAACATCAACCTAAGTTACCGATGGCGTCCGATCCTCCCGAAAATCCAAGG
Found at i:12145408 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12145361--12145495 Score: 141
Period size: 43 Copynumber: 3.1 Consensus size: 43
12145351 CCGATACTTC
12145361 CCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGT
1 CCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGT
* * * * * * *
12145404 CCGATGCTCTCGGA-CATCGA-AGGCACAAAGGTGCCGATGCT-T
1 CCGATGGTCTCGCACCA-CCATCGGC-CAAAGTTGTCGATGGTGT
* *
12145446 CTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGT
1 C-CGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGT
12145490 CCGATG
1 CCGATG
12145496 CTTCTCGATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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43 56 0.80
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ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGT
Found at i:12145497 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 12145433--12145548 Score: 189
Period size: 53 Copynumber: 2.2 Consensus size: 53
12145423 AAGGCACAAA
* *
12145433 GGTG-CCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGAT
1 GGTGTCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* *
12145485 GGTGTCCGATGCTTCTCGATGGTCCCTCACCACCATCGGTCTAAGTTACCGAT
1 GGTGTCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
12145538 GGTGTCCGATG
1 GGTGTCCGATG
12145549 ATCCCGCACA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
52 4 0.07
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ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (53 bp):
GGTGTCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
Found at i:12145537 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 12145490--12145643 Score: 118
Period size: 43 Copynumber: 3.6 Consensus size: 42
12145480 TCGATGGTGT
* *
12145490 CCGATGCTTCTCGATGGTCCCTCACCACCATCGGTCTAAGTTA
1 CCGATGCTTC-CGATGGTCCCGCACCACCATCGGACTAAGTTA
* * * * *
12145533 CCGATGGTGTCCGATGATCCCGCA-CATCCGA--GGCACAAAGGTG
1 CCGATGCT-TCCGATGGTCCCGCACCA-CC-ATCGG-ACTAAGTTA
*
12145576 CCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
1 CCGATGCTTCC-GATGGTCCCGCACCACCATCGGACTAAGTTA
* *
12145619 CTGATAG-TGTCCGATGCTCCCGCAC
1 CCGAT-GCT-TCCGATGGTCCCGCAC
12145644 ATCGAAGGTA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 15, Indels: 20
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
42 8 0.09
43 67 0.78
44 11 0.13
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (42 bp):
CCGATGCTTCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGACTAAGTTA
Found at i:12145539 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 12145347--12145640 Score: 409
Period size: 139 Copynumber: 2.1 Consensus size: 139
12145337 AAGGCCCCAA
* * ** *
12145347 GGTG-CCGATACTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTGTCGATGGTGTCCGATGC
1 GGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGA
* * *
12145411 TCTCGGACAT-CGAAGGCACAAAGGTGCCGATGCTT-CTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCT
66 TCCCGCACATCCG-AGGCACAAAGGTGCCGATGCTTCCT-GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
12145474 AAGTTA-TCGAT
129 AAGTTACT-GAT
* * * *
12145485 GGTGTCCGATGCTTCTCGATGGTCCCTCACCACCATCGGTCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGA
1 GGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGA
12145550 TCCCGCACATCCGAGGCACAAAGGTGCCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA
66 TCCCGCACATCCGAGGCACAAAGGTGCCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA
12145615 GTTACTGAT
131 GTTACTGAT
*
12145624 AGTGTCCGATGC-TCCCG
1 GGTGTCCGATGCTTCCCG
12145641 CACATCGAAG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 14, Indels: 8
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
138 8 0.06
139 125 0.91
140 5 0.04
ACGTcount: A:0.19, C:0.32, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (139 bp):
GGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCGATGA
TCCCGCACATCCGAGGCACAAAGGTGCCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA
GTTACTGAT
Found at i:12145887 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12145840--12146664 Score: 161
Period size: 43 Copynumber: 19.2 Consensus size: 43
12145830 CAGCCAAAGT
*
12145840 TACCGATAGTGTCCTATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
* * * *
12145883 TACCGATACT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-C-AA-TCAGCCTAAGT
1 TACCGATAGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGAAGGCA-CC-AAGG
* * *
12145926 TACCCATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCG-AGGCACCAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGG
* * * * *
12145969 TACCGAT-GCT-TCTCGATGGTCCCGTACCATC-ATCGGC-CAAAGT
1 TACCGATAG-TGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
* * * *
12146012 TGCCGATGGTGTCCCATGCTCTCGCACAT-GCAAGGCACCAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AAGGCACCAAGG
* * * * *
12146055 TACCGAT-GCT-TCTCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CAAAGT
1 TACCGATAG-TGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
* * **
12146098 TACCGATGGTGTTCGATGCTCTAGCACATCCGAA-GCACCAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGG
** * * * * ** *
12146141 TGTCGAT-GCT-TCCCGATGGTCCCGCACCTCTATCGGC-CTGAGT
1 TACCGATAG-TGT-CCGATGCTCCCGCACATCGA-AGGCACCAAGG
* ** * *
12146184 TACCGATGGTGTGTGATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
* * * * * * *
12146227 TGCCAAT-GCT-TCCCGATGGT-CCGCACCA-CCACCATCGC-CCTTAGT
1 TACCGATAG-TGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA--A-GGCACC-AAGG
* * *
12146272 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
* * * * * *
12146315 T-GCGCAT-GCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CAAAGT
1 TACCG-ATAG-TGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
* * * *
12146358 TACCGATGGTGTCCCATGCTCCAGCACAT-GCAAGGCACCAAGT
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AAGGCACCAAGG
* * * * * *
12146401 TACCGAT-GCT-TCCTGATGGTCCCGCACCTCCATCGGC-CAAAGT
1 TACCGATAG-TGTCC-GATGCTCCCGCACATCGA-AGGCACCAAGG
* *
12146444 TACCGATGGTGTCC-ATTGCTCCCGCACATCGAAGGTACCAAGG
1 TACCGATAGTGTCCGA-TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
* * * * * *
12146487 TGCCGAT-GCT-TCCCGATGGTCTCGCACCA-CCATCGG--CCTAGG
1 TACCGATAG-TGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
* * * *
12146529 TTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGG
1 -TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
* * * * * ** *
12146573 TACCGAT-GCT-TCACGATGGTCTCGTACCA-CCATCGG--CTTAGT
1 TACCGATAG-TGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCGA-AGGCACCAAGG
* *
12146615 TACCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGG
1 TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
12146658 TACCGAT
1 TACCGAT
12146665 GCTTTTCGAT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 146, Indels: 174
0.63 0.17 0.20
Matches are distributed among these distances:
41 6 0.01
42 89 0.16
43 358 0.65
44 65 0.12
45 21 0.04
46 10 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
TACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGG
Found at i:12145993 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12145765--12146942 Score: 1370
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
12145755 TTTGATTGTC
* * *
12145765 TCCGATGCTCCCGCACAT-CGAGAGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGACT-GTCCCGTACCACC
1 TCCGATGCTCCCGCACATCCGAG-GCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGA-TGGTCCCGCACCACC
* * * * * *
12145828 ATCAGCCAAAGTTACCGATAGTGTCCTATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATACT
64 ATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCT
* * *
12145893 TCCCGATGGTCCCGCACCACAATCAGCCTAAGTTACCCATGGTG
129 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATC-GCCAAAGTTACCGATGGTG
* * * *
12145937 TCCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCATCAT
1 TCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT
* * *
12146002 CGGCCAAAGTTGCCGATGGTGTCCCATGCTCTCGCACAT-GCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT
66 CGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCG-AAGGCACCAAGGTACCGATGCTT
*
12146066 CTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTG
130 CCCGATGGTCCCGCACCACCATC-GCCAAAGTTACCGATGGTG
* ** * ** * *
12146109 TTCGATGCTCTAGCACATCCGAAGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCTCTAT
1 TCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT
* ** * * *
12146174 CGGCCTGAGTTACCGATGGTGTGTGATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTC
66 CGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTC
* **
12146239 CCGATGGTCCGCACCACCACCATCGCCCTTAGTTACCGATGGTG
131 CCGATGGTCC-C-GCACCACCATCG-CCAAAGTTACCGATGGTG
* * *
12146283 TCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGT-GCGCATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
1 TCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCG-ATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
* * *
12146347 TCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTC-CAGCACAT-GCAAGGCACCAAGTTACCGATGC
65 TCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTC-GCACATCG-AAGGCACCAAGGTACCGATGC
* *
12146410 TTCCTGATGGTCCCGCACCTCCATCGGCCAAAGTTACCGATGGTG
128 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATC-GCCAAAGTTACCGATGGTG
* * *
12146455 TCC-ATTGCTCCCGCACAT-CGAAGGTACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACC
1 TCCGA-TGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACC
* * * * *
12146518 ATCGGCCTAGGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCT
64 ATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCT
* * * * ** *
12146583 TCACGATGGTCTCGTACCACCATCGGCTTAGTTACCGATAGTG
129 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGCCAAAGTTACCGATGGTG
* * ** * * *
12146626 TTCGATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCATGGTACCGATGCTTTTCGATGCTCCTGTACCACCA
1 TCCGATGCTCCCGCACATCCG-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
* * * * *
12146690 TCGGTCTAAGTTATCGATGGTGTCGGATGCTCTCGCACATCCGAGATG--CTAAGGTACCGATGC
65 TCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACAT-CGA-AGGCACCAAGGTACCGATGC
*
12146753 TTCCCGCTGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTG
128 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCG-CCAAAGTTACCGATGGTG
* * * *
12146798 TTCGATACTCCCGCACATCTGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCAACACCAT
1 TCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT
* * * * * *
12146863 TGGTCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATTGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTC
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CCGATGGTCCCGCACCACCATCGCCAAAGTTACCGATGGTG
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*
12146806 TCCCGCACATCTGAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
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* * * * * * ** * *
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*
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1 TCCCGCACATCTG-AGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGG
* * * * *
12146935 TCCCGCACATCCGAGGTATCAAGGTA-TGATTAATTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCTGAGGCACCAAGGTACCGA-TACTTCCCGATGG
12146978 TCCCGCAC
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12146986 CACCATCGGC
Statistics
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TCCCGCACATCTGAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGG
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Alignment explanation
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* * * * * * * * *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTC-CG
*
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** * * * *
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* * * *
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* ** * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* **
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * **
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* *
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* * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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*
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* * ** * * *
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*
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* * * *
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* * **
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* * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* **
12149230 CACCACCATCGGCCTAGGTTGT
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
12149252 CGATGGTGTTCGATGCTTCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCGA-TGGTCTCG
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* * *
12149316 CACCACCATCGACCTTAGTTGC
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *** *
12149338 CGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCGAAGGCGCCATGGTACCGATGCTTTTTGA-TGCTCCTG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTCC-G
*
12149402 CACCACCATCGGTCTAAGTTAC
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
12149424 CGATGGTGTCGGATGCTCTCGCACATCCGAGATG--CCAAGGTGCCGATGCTTCCCGCTGGTCCC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGA-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTCC
*
12149487 GCACCACCATCGACC-AAGTTAC
64 GCACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * *
12149509 CGATGGTGTTCGATACTCCCGTACATCTG-AGGCACTAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-GAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTCCG
* * *
12149573 CACCACCATTGGTCTAAGTTAT
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
12149595 CGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATTGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGA-TGGTCTCG
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* *
12149659 CACCACCATCGACCAAAGTTAC
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
12149681 CGATGGTGTTCGATACTCCCGCACATCTG-AGGCACTAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-GAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTCCG
* * * *
12149745 CACCACCATTGGTCTAAGTAAT
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
12149767 CGATGGTGTTCAATGCTCTCGCACATTGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTCCGC
12149832 AC
66 AC
12149834 ATCCGAGGCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATTGTTCCGC
ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
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* * * * *
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* *
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*
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12147426 CACTATCAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTC
Found at i:12147343 original size:258 final size:257
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Indices: 12146968--12149833 Score: 3077
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12146958 GTATGATTAA
*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * **
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*
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* * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
12147431 TCAGCCTTAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGATACCGGTTC
195 TCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGC
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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12147751 C
257 C
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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194 ATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CGA-AGGCACCAAGGTACCGATG
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257 C
** * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
12148203 CCATCGGCCTAGGTTGTCGATGGTGTTCTATGCTCCTGCATATCGAAGGCACCAAGGTACCGATG
192 CCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATG
12148268 C
257 C
* *
12148269 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTTAGTTA-CTGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATC
1 TTCCCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATC-GATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATC
* * * *
12148333 GAAGGCACCATGGTACCGATGCTT-TCCGATGCTC-CTGCACCACCATCGGCTTAAGTTACCGAT
65 G-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCTC-GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * *
12148396 GGTGT-CGAATGCTCTCGCACATCCGAGACGCCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACC
127 GGTGTCCG-ATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * * * *
12148460 ACTATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCCTATGCTCCCGCAGAT-GCAAGGTACCAAGGTACCGA
191 ACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AAGGCACCAAGGTACCGA
12148524 TGC
255 TGC
** * * *
12148527 TTTTCGAT-GCTCCTGTACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTG-TCGGATGCTCTCGCACAT
1 TTCCCGATGGTTCC-GCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTC-GATGCTCCCGCACAT
* * *
12148590 CCGAGACGCCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCAAAGTTACCGATG
64 -CGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATG
* * ** *
12148655 GTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGACACCAAGGTGTCGATCCTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
128 GTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
* * *
12148720 CATCGGCCAAAGTTACCGATGGTGTCC-ATTGCTCCCGCACATCGAAGGTACCAAGGTGCCGATG
193 CATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGA-TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATG
12148784 C
257 C
* * * * * *
12148785 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAGGTTGTCGATGGAGTTCGATGCTCCCGCATATCG
1 TTCCCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCG
* * * *
12148850 AAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTTAGTTACCGATGGT
66 -AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGT
* * * * * * *
12148915 GTTCGATGCTCCCACACATCGAAGACACCATGGTACCGATGCTTTCCGATGCTCCTGCACCACCA
130 GTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
* * * * * *
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195 TCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCC-GATGCTCCCGCACAT-CGAAGGCACCAAGGTACCGATGC
* * * *
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1 TTCCCGATGGTTC-CGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATC
* * * * *
12149106 GCATGGTACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCCACCACCATCGGCC-AAATTACCGAC
65 G-A-GGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTCG-CACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * *
12149170 GGTGTCC-ATTGCTTCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
127 GGTGTCCGA-TGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* ** * * * *
12149234 ACCATCGGCCTAGGTTGTCGATGGTGTTCGATGCTTCCGCATATCGAAGGCACCAAGGTACCAAT
191 ACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGAT
12149299 GC
256 GC
* * ** *
12149301 TTCCCGATGG-TCTCGCACCACCATCGACCTTAGTTGCCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATC
1 TTCCCGATGGTTC-CGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATC
* * * * * * *
12149365 GAAGGCGCCATGGTACCGATGCTTTTTGATGCTC-CTGCACCACCATCGGTCTAAGTTACCGATG
65 G-AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTC-GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATG
* * * ** * *
12149429 GTGTCGGATGCTCTCGCACATCCGAGATGCCAAGGTGCCGATGCTTCCCGCTGGTCCCGCACCAC
128 GTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCAC
* * * * *
12149494 CATCGACC-AAGTTACCGATGGTGTTCGATACTCCCGTACATCTG-AGGCACTAAGGTACCGATG
193 CATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-GAAGGCACCAAGGTACCGATG
12149557 C
257 C
* * * * *
12149558 TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGGTCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATTG
1 TTCCCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCG
* * * * *
12149623 AAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGT
66 -AGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGT
* * ** * *
12149688 GTTCGATACTCCCGCACATCTGAGGCACTAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCA
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* * * * * * * * *
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*
12149816 TTCCCGATGGTCCCGCAC
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12149834 ATCCGAGGCA
Statistics
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TTCCCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCG
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TCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCAT
CGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGC
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*
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
12149783 TCTCGCACAT-TGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGATGG
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* * *
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Statistics
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* * *
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* * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * *
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* **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
** * * * * *
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** * **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * ** * *
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* * * *** * * * *
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*
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* * * * **
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* *
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* * * * *
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* *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * *** * *
12151110 CGATTGTGTCCCATGCTCCCGCACATTCGAGGCACCAAACAGCCGATACTTCCCGATGGTCTCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
*
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* * * * ** * *
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1 -CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
*
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* * ** *
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* **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * **
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*
12151428 CACCACCATTGGCCTAAGTTAC
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * **
12151450 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCGATTATCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* * *
12151515 ACCACTATCGACCAAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
12151536 CGATGGTGTCCGATGCTCCCTCACATCCGAGGCACCAACGTACCGATGCTTCTCGACGGTCTCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* *
12151601 ACCACCATCGGCCTAGGTTAT
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* * * * * * * *
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* * *
12151687 ACCATCATCGGACTAAGTTAT
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
12151708 CGATGATGTCCGATGCTCTCGCACATCCGAGGTACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATTGTCTCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
*
12151773 ACCACCATCGGCCAAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * **
12151794 CGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCAT
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*
12151859 ACCACCATCGGCCAAAGTTAC
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* * * * * * *
12151880 CGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCGAGGTACCAAAGAGCAGATACTTCCCGATGGTCCCGC
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* *
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* * ** * *
12151965 TCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCTTATGCTTTCCGATGGTCTCG
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*
12152030 CACCACCATCGGTC-AATGTTAC
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* * **
12152052 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCAAGATGGTCCCGC
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* **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * *
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*
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* * *
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* ** * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *** * * * * * **
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*
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
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* *
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* * * *
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***
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* * * **
12152734 TCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCAAAGGCTCCAAGGTGCTTATGCTTCCCGATGGTCCCG
1 -CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
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* *
12152821 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCAAC-ATGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTC-CCGATGGTCCCG
* *
12152885 CACCACCATCGACCTAAGTTAT
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * *
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* * * * **
12152993 TGATAGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATTATCCCGC
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* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * **
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*
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* * * **
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* ** * *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * ** *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* *
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* * * * * * *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* * **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* **
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* * *** * * * * *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
** * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
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* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * ** *
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* * * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * *
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* **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * **
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*
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* * ** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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*
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* * ** * *
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** **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * ** *
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** * * *
12154778 ACCATAATCGACCAAAGTTAT
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
** * *
12154799 CGATGGTGTTTGATACTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
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66 AC
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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12150626 CACCAATGTG
*
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* * * * ** * *
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*
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*
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CCGATGTTTCCCGATGGTTCCACACCACCATCGACCAAAGTTA
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*
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* * * * * ** * *
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* * *
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CGATGGTGTTCGATGCTCCCGCATATCGAAGGCACCAAGATAC
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* * *
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* *
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* * * * * **
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* * *
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* ** * * * * *
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*
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * *
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* * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
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* *
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* * * *
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*
12156100 ACCACCATCGGCCAAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
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* * **
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* * * * *
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*
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* * * * * **
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1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
* * *
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* * * **
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**
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * ** * * * * *
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*
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* * ** * * * *
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* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
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* *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * ** *
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* * **
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * **
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*
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66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * * * *
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* * *
12157217 CCCAACATC-GACTAAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCT-AAGTTAC
* * * * * * *
12157238 CGATGGTATCCGATGCTTCCGTACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATACTTTCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
*
12157303 ACCACTATCGGCCTAAGTT-C
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
12157323 TCTATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCA
1 -CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
*
12157388 CACC-CCATCGACCTAAGTTAC
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * *
12157409 TGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATTCAAGGCACTAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
*
12157474 ACCACCATTGGCCTAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
** * * *
12157495 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGGAAGGCACCAAGGTGCCAATACTTCCCGATGGTCTCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
12157560 AC
66 AC
12157562 ATTCGAGGTA
Statistics
Matches: 2024, Mismatches: 395, Indels: 66
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Matches are distributed among these distances:
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80 1 0.00
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ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (86 bp):
CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
Found at i:12165333 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12165263--12165906 Score: 375
Period size: 43 Copynumber: 14.9 Consensus size: 43
12165253 TATTTTCAGC
* * * *
12165263 CCGATGCTCTCGTACATCCAAGACACCAAGGTATCGATGGTGT
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** * * *
12165306 CCGATGCTCCCGCACATCTGAGCCACCAAGCTGCCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * **
12165349 CCTAGGCTTCCGTACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGGTGT
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* * * * *
12165392 CCGAGGCACCCGCACATTCGAGGGACCAAGGTACCGATGGTGT
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** * * **
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1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * *
12165478 TCGAGGCTCCCGCACGTCCGAGGCACCAAGGTACCAATGGAGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
** * * *
12165521 CCGACACTCTCGCACATCCTAGGCACCAAGG-AGCCGATGGTTT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA-CCGATGGTGT
* * * * *
12165564 TCGATGCTCCCGCACATCAAAGGAACCAAGATGCCGATGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * *
12165607 CCGATTCTCTCGTAAATCCAAGGCACTAAGGTACCGGTGGTGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * * * * * **
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1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
** * *
12165693 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCATTAAGGTGCCGATAGT-T
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * ** * **
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* ** ** * ** **
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1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
* * * *
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1 C-CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA-----CCGATGGTGT
* *
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CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGT
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*
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*
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1 AAAAAATAAAGAGAAA
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AAAAAATAAAGAGAAA
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* * * *
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* *
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* * *
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*
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66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * * * * *
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*
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66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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**
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* * * * * *
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*
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66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * **
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*
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* * * ** * * * * * *
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* * *
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* *
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66 CACCAC
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Statistics
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CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCTCG
CACCACCATCGGCCTAAGTTA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
12172922 TCGATGGTGTC-CGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * *
12173093 TCGATGGTGT-TCGATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTA
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* * * *
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* * *
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* * * ** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
12173308 CCGATACT-TCTCGATGGTCCCGCACCAT-CATTGGCA-TAAGTTA
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* *
12173351 CCGATGGTGTCT-GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
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*
12173394 CCGATGCT-TCCCGATG
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12173410 GTTTCGCACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCGATGCTGTCTCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
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12172654 TTTTTTTGGC
** * *
12172664 CCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCTGATGGTCTCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCGATGGTCTCG
* * * *
12172729 GACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGC
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* * * * * *
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* * * * *
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196 ACATCCAAGGCACCAAGGTGCAGATGGTTCCCAATGATCCCACACCATCATCGGCCTAAGTTACC
* * * * *
12172924 GATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAAT-GTTCACAATGGTTCCGCA
261 GATAGTGTCCGATACTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGATGCCAATACTTCACAATGGTCCCGCA
* * *
12172988 CCACCATTGGCCTCAGTTG
326 CCACCATTGGCATAAGTTA
* * * * *
12173007 CTGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCATGGTGCCAATACTTCCCAATGGTCTCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCGATGGTCTCG
* * * *
12173072 CACCACCATC-GATCTCAA-TTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGT
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*
12173135 ACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTC
129 ACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTC
* * *
12173200 GAACATCCAAGGCACCAAGGTG-ACGATGGTTCCCAATTATCTCGCACCATCATCGGCCTAAGTT
194 GAACATCCAAGGCACCAAGGTGCA-GATGGTTCCCAATGATCCCACACCATCATCGGCCTAAGTT
* * * * * * *
12173264 ACCGATAGTGTCCGGTACTCTTGCACATCGAAGGCACCATGATGCCGATACTTCTCGATGGTCCC
258 ACCGATAGTGTCCGATACTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGATGCCAATACTTCACAATGGTCCC
*
12173329 GCACCATCATTGGCATAAGTTA
323 GCACCACCATTGGCATAAGTTA
* *
12173351 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTTTCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCGATGGTCTCG
*
12173416 CACCACTATCA
66 CACCACCATCA
12173427 ATCGATACTT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 55, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.23, T:0.23
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CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCGATGGTCTCG
CACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAAGGTAC
CGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGA
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CCACCATTGGCATAAGTTA
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12174120 CTTTTTTGGC
* *
12174130 CCGATGGTGTCCC-ATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCAAGGTG
1 CCGATGCT-TCCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTG
* * ** * *
12174173 CTGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA-GCATCG-ATCTAAGTTG
1 CCGATGCTTCCCGATGCTCCCGCA-CATGCAAGGCA-CCAAGGTG
* * *
12174216 TCGATGGTGT-CCGATTCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTG
1 CCGATGCT-TCCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTG
*
12174259 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGT-
1 CCGATGCTTCCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTG
*
12174301 CCTGATGCTTCTCGAT
1 CC-GATGCTTCCCGAT
12174317 TATCTCGCAC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 22, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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CCGATGCTTCCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTG
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Indices: 12174130--12174389 Score: 324
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 125
12174120 CTTTTTTGGC
* * * *
12174130 CCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCCG
1 CCGATGCTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTCCTGATGCTTCCCGATGATCCCG
* * * *
12174195 CACCAGCATCGATCTAAGTTGTCGATGGTGTCCGATTCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTG
66 CACCACCATCG-GCTAAGTTGTC---GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
* * * *
12174259 CCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTCCTGATGCTTCTCGATTATCTC
1 CCGATGCTGTCCC-ATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTCCTGATGCTTCCCGATGATCCC
* * * *
12174323 GCACCACCATCGGCTAAGTTTTCGGTGTCCGATGGTCTCGTACATCCAAGGCACCAAGGTG
65 GCACCACCATCGGCTAAGTTGTCGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
12174384 CCGATG
1 CCGATG
12174390 GTCCCGCACC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
125 39 0.34
128 13 0.11
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ACGTcount: A:0.20, C:0.32, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (125 bp):
CCGATGCTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTCCTGATGCTTCCCGATGATCCCG
CACCACCATCGGCTAAGTTGTCGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
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Indices: 12174322--12174471 Score: 205
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12174312 TCGATTATCT
** * * *
12174322 CGCACCACCATCGG-CTAAGTTTTCG-GTGTCCGATGGTCTCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGC
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12174385 CGATGGTCC
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1 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCG--TGTGTCCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
* *
12174459 GTCGATGTTCC
64 GCCGATGGTCC
12174470 CG
1 CG
12174472 ATGGTCCCGC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 4
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
72 14 0.21
73 9 0.13
76 44 0.66
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (74 bp):
CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGTGTGTCCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGC
CGATGGTCC
Found at i:12174742 original size:86 final size:85
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Indices: 12174385--12175906 Score: 855
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12174375 ACCAAGGTGC
* * * *
12174385 CGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATTGTGTCCAATGCTCTCGCACATCCAAGG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAGG
* * *
12174450 CACCAAGGTGTCGAT-GTTCC
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* * * * *
12174470 CGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTCAGTTATCGATGGTGTCCGATGTACC-CGCACATCCAAG
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* * * *
12174534 GCACCATGATACCGATACTTTT
64 GCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * *
12174556 CGAT-GTCCCACACCACCATCGGTCTCAA-TTACCGATGGTGTTCGATGCTCC-CG-ACATCCAA
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCT-AAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCTCGTACATCCAA
* *
12174617 GGCACCAAGGTGCCGGTGCTTC-
63 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCT
** * *
12174639 CTGATGGTTTCGCACCACCACTTGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCATACATCCAAG
1 C-GATGGTCCCGCACCACCA-TGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAG
**
12174704 GCACCAAGGTGCCGATGGTTCT
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* *** * * * * ** * *
12174726 CGATTGTCCTATACCACCATCGGCCTAAATT-CTCAATGCTGTCCGGTGCTTTCATACATCGAAG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAG
* * *
12174790 GTACCATGGTGCCGATACTTTT
64 GCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * * *
12174812 CGATGGTCCTGCACCACC-TCGGCATAAGTTATCGATGGTGTCTGATG-CTTCCGTACATCCAAG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCT-CGTACATCCAAG
* * *
12174875 GAACCAAAGTGCCGATGCTTCT
64 GCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* ** * * * *
12174897 CGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGGTGTCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCGAAGG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAGG
* * *
12174962 CACCATGGTACCAATACTTCT
65 CACCAAGGTGCCGATACTTCT
* *** * * * * * * * *
12174983 CGATGGTCCCACACCACCAACAACATAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCACGCACAACCGATG
1 CGATGGTCCCGCACCACC-ATGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAGG
* * * *
12175048 -ATTCTCGATGGTCCCG-CAC--CA
65 CA--C-C-AAGGTGCCGATACTTCT
* * * ** * *
12175069 CCA---T--CG-ACCTA--ATGTG-TTGATGGTTTTCGA---TG--C--T--CCT-GCACATCGA
1 CGATGGTCCCGCACC-ACCATG-GCCT-A-AGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCA
* * *
12175115 AGGTACCATGGTGCTGATACTT-T
62 AGGCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * **
12175138 CTGATGGTCCCACACCACTATCGGCATAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC-CACACATCCAA
1 C-GATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCTCGTACATCCAA
* *
12175202 GGCACCAAAGTGTCGATACTTCT
63 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCT
** * * *
12175225 CGATGGTCTTGCACCACCATCGGCCTAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCC-CGCACATCGAAG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCTCGTACATCCAAG
* * *
12175289 GCACCATGGTGTCGATACTTTT
64 GCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * **
12175311 CGATGGTCCCGGACCACCATCGGCCTTAA-ATACCGATGGTGTCTGATGCTCCTAC--ACATTGA
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCC-TAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCT-CGTACATCCA
* * *
12175373 AGGCACCATGGTGCCAATACTTCC
62 AGGCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * * *
12175397 CGATGGTCTCGCACCATCATCGACATAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC-CGCACATCCAAG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCTCGTACATCCAAG
* ** *
12175461 GCACCATGGTGTTGATACTTTT
64 GCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * *
12175483 CGATGGTCCTGGACCACCATTGGCCTTAA-TTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCGAA
1 CGATGGTCCCGCACCACCA-TGGCC-TAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCTCGTACATCCAA
* * * *
12175546 GGAACCATGGTACCGATACTTCC
63 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * ** * **
12175569 CGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTTAGTTACCGATGGTGTCTGATGTTCTCGCACATCTTAGG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAGG
* * *
12175634 CACCGAGGTACCGATACATCT
65 CACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * * **
12175655 CGATGGTCCCGCACCATCATCAGTCAAAGTTTTCGATGGTGTCCGATGCTCC-CGTACATCCAAG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CCTCGTACATCCAAG
* * * *
12175719 GCATCAAGGTACCGATGCTTCC
64 GCACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * * * * * ** *
12175741 CGATGGTTCTGTACCACTATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCAAGCACATCCAAGG
1 CGATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAGG
* **
12175806 CACCAAGGTACCGATGGTTC-
65 CACCAAGGTGCCGATACTTCT
* * * * * *
12175826 CAAATTGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAG
1 C-GATGGTCCCGCACCACCAT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAG
*
12175891 GCACCAAGGTGACGAT
64 GCACCAAGGTGCCGAT
12175907 GGTGTCTGAT
Statistics
Matches: 1120, Mismatches: 249, Indels: 135
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
67 7 0.01
68 3 0.00
69 2 0.00
70 9 0.01
71 2 0.00
73 2 0.00
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80 9 0.01
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86 779 0.70
87 14 0.01
88 4 0.00
89 7 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (85 bp):
CGATGGTCCCGCACCACCATGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCTCGTACATCCAAGGC
ACCAAGGTGCCGATACTTCT
Found at i:12175057 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 12175014--12175066 Score: 63
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
12175004 AACATAAGTT
*
12175014 ACCGATGGTGTCTGATGCTCACGCACA
1 ACCGATGATGTCTGATGCTCACGCACA
* *
12175041 ACCGATGAT-TCTCGATGGTCCCGCAC
1 ACCGATGATGTCT-GATGCTCACGCAC
12175067 CACCATCGAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.14
27 19 0.86
ACGTcount: A:0.21, C:0.32, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (27 bp):
ACCGATGATGTCTGATGCTCACGCACA
Found at i:12175170 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 12174886--12175329 Score: 451
Period size: 156 Copynumber: 2.7 Consensus size: 156
12174876 AACCAAAGTG
* *
12174886 CCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGGTGTCGATGGTGTTCGATGCTCTCG
1 CCGATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGGTGTCGATGGTGTTCGATGCTCTCG
12174951 CACATCGAAGGCACCATGGTACCAATACTTCTCGATGGTCCCACACCACCAACAACATAAGTTAC
66 CACATCGAAGGCACCATGGTACCAATACTTCTCGATGGTCCCACACCACCAACAACATAAGTTAC
*
12175016 CGATGGTGTCTGATGCTCACGCACAA
131 CGATGGTGTCCGATGCTCACGCACAA
* * *
12175042 CCGATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAATGTGTTGATGGTTTTCGATGCTC-CT
1 CCGATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGGTGTCGATGGTGTTCGATGCTCTC-
* * ** * * **
12175106 GCACATCGAAGGTACCATGGTGCTGATACTT-TCTGATGGTCCCACACCACTATCGGCATAAGTT
65 GCACATCGAAGGCACCATGGTACCAATACTTCTC-GATGGTCCCACACCACCAACAACATAAGTT
*
12175170 ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCA
129 ACCGATGGTGTCCGATGCT--CACGCA--C-A---A
* ** * ** *
12175206 CCAAAGTGTCGATACTTCTCGATGGTCTTGCACCACCATCGGCCTAAGGTACCGATGGTGTCCGA
1 CC---G-AT-G--A-TTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGGTGTCGATGGTGTTCGA
* ** * * **
12175271 TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTTTCGATGGTCCCGGACCACCA
58 TGCTCTCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCAATACTTCTCGATGGTCCCACACCACCA
12175330 TCGGCCTTAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 31, Indels: 24
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.01
156 128 0.54
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160 1 0.00
161 1 0.00
164 3 0.01
167 1 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
171 1 0.00
172 89 0.38
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (156 bp):
CCGATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGGTGTCGATGGTGTTCGATGCTCTCG
CACATCGAAGGCACCATGGTACCAATACTTCTCGATGGTCCCACACCACCAACAACATAAGTTAC
CGATGGTGTCCGATGCTCACGCACAA
Found at i:12175735 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12175513--12175960 Score: 179
Period size: 43 Copynumber: 10.4 Consensus size: 43
12175503 TGGCCTTAAT
* * * *
12175513 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCGAAGGAACCATGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
** * * * ** *
12175556 TACCGATACT-TCCCGATGGTCTCGCACCA-CCATCGGC-CTTAGT
1 TACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGG
* * * ** *
12175599 TACCGATGGTGTCTGATGTTCTCGCACATCTTAGGCACCGAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
*** * * *
12175642 TACCGAT-ACATCTCGATGGTCCCGCACCAT-CATCAGTCA--AAGT
1 TACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCCA--AGGCACCAAGG
** * *
12175685 TTTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATCCAAGGCATCAAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
* * * * * * * * *
12175728 TACCGATGCT-TCCCGATGGTTCTGTACCA-CTATCGGC-CTAAGT
1 TACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGG
* * **
12175771 TATCGATAGTGTCCGATGCTCAAGCACATCCAAGGCACCAAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
* ** *
12175814 TACCGATGGT-TCCAAATTG-TCCCGCACCA-CCATCG-ACCTAAGT
1 TACCGATGGTGTCC-GA-TGCTCCCGCA-CATCCAAGGCACC-AAGG
* *
12175857 TATCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
* * * * *
12175900 TGA-CGATGGTGTCTGATGGTCCAGCACATCCAGGGCACCAATG
1 T-ACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
*
12175943 TGCCGATGGTGTCCGATG
1 TACCGATGGTGTCCGATG
12175961 ACTCAAAAAA
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 87, Indels: 60
0.66 0.20 0.14
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.01
42 27 0.09
43 226 0.78
44 27 0.09
45 4 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (43 bp):
TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
Found at i:12189680 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12189599--12190098 Score: 412
Period size: 43 Copynumber: 11.4 Consensus size: 43
12189589 TATTTTTAGC
* * * * *
12189599 CCGATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* * * ** * *
12189642 CCGATGCTCCTGCACATCTGAGGCATGAGGGTGTCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* * * *
12189685 TCGAGGCTCTCGCACATCCGAGGCACTAAGGTACCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* *
12189728 TCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* * * *
12189771 CCGATGCTACCGTACATCCGAGGTACCAAGGTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* * * *
12189814 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGGATCAAGGTGCCAATGGTAT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* ** * **
12189857 CCGAGGCTCTCAAACATCCGAGGCACCAAGGTACCGATACTGGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGT-GT
** * * *
12189901 -CG-GCGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTACCAATGTTGT
1 CCGAG-GCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
* * * * *
12189943 TCAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACTAAGGTACCGATGGTCT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGG---T---G--CCGATGGTGT
* *
12189994 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCC-AGTGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGA-TGGTGT
* * * * *
12190037 CCGACGCTGCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTTT
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
** *
12190080 TTGATGCTCCCGCACATCC
1 CCGAGGCTCCCGCACATCC
12190099 AAGGTGCCGA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 74, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
42 4 0.01
43 324 0.88
44 2 0.01
45 1 0.00
46 1 0.00
48 1 0.00
51 36 0.10
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (43 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT
Found at i:12190222 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12190175--12190286 Score: 120
Period size: 43 Copynumber: 2.6 Consensus size: 43
12190165 CCCCGTACAA
* * *
12190175 CCAAGGCACCAAGGTGTCGGTGCTGTC-CGATGCTCCTACACAT
1 CCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCT-TCTCAATGCTCCCACACAT
* ** *
12190218 CCAAGGTAGAAAGGTG-CTGATGCTTCTCAATGCTCCCGCACAT
1 CCAAGGCACCAAGGTGTC-GATGCTTCTCAATGCTCCCACACAT
*
12190261 CCAAGGCACCAATGTGTCGATGCTTC
1 CCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTC
12190287 CTGATAGTGT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 11, Indels: 6
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.05
43 51 0.93
44 1 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
CCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTCAATGCTCCCACACAT
Found at i:12191070 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12191023--12191925 Score: 179
Period size: 43 Copynumber: 21.1 Consensus size: 43
12191013 TGTCCCATGC
* *
12191023 TCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * ** * *
12191066 TCCCGTACCAT-CATCGGC-TTAAGTTACCGATGCTGTC-CGATGC
1 TCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
* * **
12191109 TCCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTT-TCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCT-CGATGG
* * ** * *
12191152 TCCTGCACCA-CCATCGGC-GTAAGTTACCGATGGTGT-TCGATGG
1 TCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
* * *
12191195 TCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * * * *
12191238 T-CC-CACA-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGC
1 TCCCGCACATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
** * * * * *
12191278 TCTTGCACATCCAAGGCACAAAGGTGCTGATGGTCCT-GATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * * * * *
12191320 TCCCGCACAACCATCAAGC-TCAA-TTACCGATGGTGTCT-GATGC
1 TCCCGCACATCCA--AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
* * * * * * * *
12191363 TCCCGCACATCTAAGGCACCACGATGCTGATACTTCTTGATGA
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * * * * * *
12191406 TCTCGCACCA-CCATCGGTC-TCAA-TTATCGATGGTGTC-CGATGC
1 TCCCGCA-CATCCA-AGG-CACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
* ** *
12191449 TCCCTCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * * * * **
12191492 TCCTGCACCA-CCACTGGC-CTAAGTTACCGATGATGTC-CGATCC
1 TCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
* * * * * *
12191535 TCTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATGGTTCCCGATTG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * * * * * *
12191578 TTCAGCACCA-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATGGTGTC-C-AGTGC
1 TCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGA-TGG
* ** * *** *
12191621 TCTCGCACATTGAAGGCACCATGGTGTTGATACTTCTCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * *
12191664 TCCCGCACCA-CCATCA-GCA-TAAGGTACCGATGGTGTCT-GATGC
1 TCCCGCA-CATCCA--AGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGG
* * * * *
12191707 TCCGGCACATCCAAGGTACCAAAGTGCCGATGCTTCTCAATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
** ** * * * * *
12191750 TCCTACACCA-CCATCTGC-CTAAGGTGCCGATGGTTTTCGATGC
1 TCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
* * * * * * * *
12191793 TCTCGTACATCGAAGGCA-TATGGTATCGATACTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
** * * * *
12191835 TCCCGCACCA-CCATCG-ACATAAGTTACCGATGGCGTC-CGATGC
1 TCCCGCA-CATCCAAGGCAC-CAAGGTACCGAT-GCTTCTCGATGG
* * *
12191878 TCCAGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCAATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
12191921 TCCCG
1 TCCCG
12191926 TACCACCATC
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 199, Indels: 134
0.64 0.21 0.14
Matches are distributed among these distances:
40 23 0.04
41 15 0.03
42 113 0.19
43 385 0.65
44 56 0.09
45 2 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (43 bp):
TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
Found at i:12191150 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12191000--12192595 Score: 1241
Period size: 86 Copynumber: 18.6 Consensus size: 86
12190990 TTTTGGTGCC
* * *
12191000 AAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGC-TTCTCGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGAT
* * *
12191064 GGTCCCGTACCATCATCGGCTT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * *
12191086 AAGTTACCGATGCTGTCCGATGCTCCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTTCCGATG
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGATG
* *
12191151 GTCCTGCACCACCATCGGCGT
66 GTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * *
12191172 AAGTTACCGATGGTGTTCGATGGT-CTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTTCCCGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGAT
12191236 GGT-CC-CA-CACCATCGGCCT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * *
12191255 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCACAAAGGTGCTGATG--GTCCTGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCC-GAT
* *
12191318 GGTCCCGCACAACCATCAAG-CT
65 GGTCCCGCACCACCATC-GGCCT
* * * * * * * *
12191340 CAA-TTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCACGATGCTGATAC-TTCTTGA
1 -AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGA
* * *
12191403 TGATCTCGCACCACCATCGGTCT
64 TGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * *
12191426 CAA-TTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCT-CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGA
1 -AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCT-CCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGA
*
12191489 TGGTCCTGCACCACCA-CTGGCCT
64 TGGTCCCGCACCACCATC-GGCCT
* * * * *
12191512 AAGTTACCGATGATGTCCGATCCT-CTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATGGTTCCCGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGAT
* * *
12191576 TGTTCAGCACCACCATCGGCCT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
** * ** *
12191598 AAGTTACCGATGGTGTCC-AGTGCT-CTCGCACATTGAAGGCACCATGGTGTTGATAC-TTCTCG
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGA-TGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CG
* *
12191660 ATGGTCCCGCACCACCATCAGCAT
63 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * * *
12191684 AAGGTACCGATGGTGTCTGATGCTCCGGCACATCCAAGGTACCAAAGTGCCGATGC-TTCTCAAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGAT
** *
12191748 GGTCCTACACCACCATCTGCCT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * * * * * ** * *
12191770 AAGGTGCCGATGGTTTTCGATGCT-CTCGTACATCGAAGGCA-TATGGTATCGATACTTCCCGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGAT
* *
12191833 GGTCCCGCACCACCATCGACAT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * *
12191855 AAGTTACCGATGGCGTCCGATGCTCCAGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGC-TTCTCAAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGAT
* *
12191919 GGTCCCGTACCACCATCGACCT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * ** * * *
12191941 AAGTTACCGATGGTGTCCAATGCT-CTCACACATTAAAGGCACTAAGGTGCCGATGGTTCCCGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGAT
** * *
12192005 TATCCCGTACCACCATTGGCCT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * * * * *
12192027 AAGTTACCGATGGTGTCTGGTACT-CT-CACATATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGA
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCAC--ATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGA
* ** **
12192090 GGGTTTCGCACCACCATCAACCT
64 TGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* ** * * * *
12192113 AAGTTACCGATGTTGTTTGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAACGTACCGATGC-TTCTCGAT
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGAT
* *
12192177 GGCCCCGCACCACCATCGGCTT
65 GGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * * * *
12192199 AAGTTACCTATGGGGTCCTATGGT-CTCGCACGTCCAAGGCACCAAGGTACCGATG-GTTCTCGA
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGA
* * * *
12192262 TTGTCTCGCACCATCATC-GACT
64 TGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* ** * * *
12192284 AAGTTACAGATGGTGTCTAATGCT-CTCGCACATCCAAGGCATCAAGGTACCGATG--TTCTTGA
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTC-CGA
** *
12192346 TGGTCCCATACCACAATCGGCCT
64 TGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * *
12192369 CAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCC--CAAGCATCCAAGGCACCATGGTACCGAT-ATTTCCTG
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGC-A-CATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCC-G
* * *
12192431 ATGGTCCCGCATCACCATCTGTCT
63 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
* * * * * *
12192455 CAA-TTACCGATGGTGTCTGATGCTCTCAG-ACATCCAAGGTACCAATGTGCCTATGCTTTCCGG
1 -AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTC-CTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGA
*
12192518 TGGTCCCGCACCACCACCGGCCT
64 TGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
*** * * * *
12192541 AAGTTGTAGATGGTGTTCGATGCT-TTCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATG
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12192596 GTGTTCGGTT
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AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTTCCGATG
GTCCCGCACCACCATCGGCCT
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12190990 TTTTGGTGCC
* * *
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* * * *
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65 GTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCTC-GCACATCCAAGGCACC
* * * * * * *
12191129 AAGGTGTCGATGCTTTCCGATGGTCCTGCACCACCATCGGCGTAAGTTACCGATGGTGTTCGATG
129 AAGGTGCCGATGGTTCCCGATTGTCCAGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCG-TG
* * * ** ** *
12191194 GTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTTCCCGATGGTCC-CA-CACCATCGGCCTAA
193 CTCTCGCACATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCGCACCACCATCAGCCTAA
* ** * * *
12191257 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCA-CAAAGGTGCTGATGGTCCT-GATGG
258 GTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAA-GTGCCGATGCTTCTCGATGG
* * * *
12191320 TCCCGCACAACCATCAAG-CTCAA-TTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACC
322 TCCCGCACCACCATC-AGCCT-AAGTTACCGATGGTTTC-GATGCTCTCGCACATCCAAGGCACC
* * * *
12191383 ACG-ATGCTGATACTTCTTGATGATCTCGCACCACCATCGGTCT
384 AGGTAT-C-GATACTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATC-GACT
* * ** *
12191426 CAA-TTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCTCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGAT
1 -AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCT-CCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGAT
* * * *
12191490 GGTCCTGCACCACCA-CTGGCCTAAGTTACCGATGATGTCCGATCCTCTCGCACATCCAAGGTAC
64 GGTCCCGTACCACCATC-GGCCTAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCAC
*
12191554 CAAGGTGCCGATGGTTCCCGATTGTTCAGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCAGT
128 CAAGGTGCCGATGGTTCCCGATTGTCCAGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCC-GT
* * * *
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* * * *
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** * * * * * *
12191749 GTCCTACACCACCATCTGCCTAAGGTGCCGATGGTTTTCGATGCTCTCGTACATCGAAGGCA-TA
321 GTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGG-TTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCA
* *
12191813 TGGTATCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACAT
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* * *
12191855 AAGTTACCGATGGCGTCCGATGCTCCAGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCAATG
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC-GCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATG
* * * * ** *
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* * * * * *
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130 AGGTGCCGATGGTTCCCGATTGTCCAGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTC-CGTGC
* * * * *
12192050 TCTCACATATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGAGGGTTTCGCACCACCATCAACCTAA
194 TCTCGCACATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGATGG-TCCGCACCACCATCAGCCTAA
* * * * * *
12192115 GTTACCGATGTTGTTTGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAACGTACCGATGCTTCTCGATGGC
258 GTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAAGTGCCGATGCTTCTCGATGGT
* * * * * * * *
12192180 CCCGCACCACCATCGGCTTAAGTTACCTATGGGGTCCTATGGTCTCGCACGTCCAAGGCACCAAG
323 CCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGAT-GGTTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACC-AG
* ** * *
12192245 GTACCGATGGTTCTCGATTGTCTCGCACCATCATCGACT
386 GTATCGATACTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGACT
* ** * *
12192284 AAGTTACAGATGGTGTCTAATGCTCTCGCACATCCAAGGCATCAAGGTACCGATG-TTCTTGATG
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTC-CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATG
* * * * *
12192348 GTCCCATACCACAATCGGCCTCAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTC-C-CAAGCATCCAAGGCAC
65 GTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCTCGC-A-CATCCAAGGCAC
* * ** * * * * * * *
12192411 CATGGTACCGATATTTCCTGATGGTCCCGCATCACCATCTGTCTCAA-TTACCGATGGTGTCTGA
128 CAAGGTGCCGATGGTTCCCGATTGTCCAGCACCACCATCGGCCT-AAGTTACCGATGGTGTCCG-
* * * * * * * * *
12192475 TGCTCTCAG-ACATCCAAGGTACCAAT-GTGCCTATGCTTTCCGGTGGTCCCGCACCACCACCGG
191 TGCTCTC-GCACATCGAAGGCACC-ATGGTGTCGATACTTCCCGATGGT-CCGCACCACCATCAG
*** ** * * *
12192538 CCTAAGTTGTAGATGGTGT-TCGATGCTTTCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATG
253 CCTAAGTTACCGATGGTGTCT-GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAAGTGCCGATG
12192596 GTGTTCGGTT
Statistics
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AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGG
TCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAA
GGTGCCGATGGTTCCCGATTGTCCAGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGTGCTC
TCGCACATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCGCACCACCATCAGCCTAAGTT
ACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAAGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCC
GCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAGGTATC
GATACTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGACT
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12191821 ATACTTCCCG
* * *
12191831 ATGGTCCCGCACCACCATCGACATAAGTTACCGATGGCGTCCG
1 ATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGAT-GCGTCCA
* * ** * *
12191874 ATGCTCCAGTA-CATCCAAGGCACC-AAGGTACCGATGCTTCTCA
1 ATGGTCCCGTACCA-CCATCG-ACCTAAGTTACCGATGCGTC-CA
*
12191917 ATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCA
1 ATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGAT-GCGTCCA
12191960 ATG
1 ATG
12191963 CTCTCACACA
Statistics
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ATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGCGTCCA
Found at i:12192692 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 12192459--12192724 Score: 290
Period size: 129 Copynumber: 2.1 Consensus size: 129
12192449 CTGTCTCAAT
* * * * *
12192459 TACCGATGGTGTCTGATGCTCTCAGACATCCAAGGTACCAATGTGCCTATGCTTTCCGGTGGTCC
1 TACCGATGGTGTCGGATGCTCTCAGACATCCAAGGCACCAATGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCC
* * ** * *
12192524 CGCACCACCACCGGCCTAAGTTGTAGATGGTGTTCGATGCT-TTCACACATCCAAGGCACCAAGG
66 CACACCACCACCGGCATAAGTTACAGATGGTGTTCGATGCTCCT-ACACATCCAAGGCACCAAAG
* *
12192588 TACCGATGGTGTTCGGTTG-TCTC-GTACATCGAAGGCACC-ATGGTGCCGATGCTTCCCGATGG
1 TACCGATGGTG-TCGGATGCTCTCAG-ACATCCAAGGCACCAAT-GTGCCGATGCTTCCCGATGG
* * * * *
12192650 TCCCATACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGTG-TCTGATGCTCCTGCACATTCAAGGCACCA
63 TCCCACACCACCACCGGCATAAGTTACAGATGGTGTTC-GATGCTCCTACACATCCAAGGCACCA
12192714 AAG
127 AAG
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1 TACCGATG
12192725 CTTTTCGATG
Statistics
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TACCGATGGTGTCGGATGCTCTCAGACATCCAAGGCACCAATGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCC
CACACCACCACCGGCATAAGTTACAGATGGTGTTCGATGCTCCTACACATCCAAGGCACCAAAG
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Period size: 86 Copynumber: 6.5 Consensus size: 86
12192609 TCGTACATCG
* **
12192619 AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCATACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGT
1 AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGT
12192684 GTCTGATGCTCCTGCACATTC
66 GTCTGATGCTCCTGCACATTC
** * * * * * *
12192705 AAGGCACCAAAGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACTATCGGCTTAAGGTGCCGATGGT
1 AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGT
* *
12192770 GTCCGATGCT-CTGGTACA-TC
66 GTCTGATGCTCCT-GCACATTC
* * * * * * *
12192790 GAAGGCACCATGGTACCGATACTT-TCCGATGGTCTCGCACCATCATCGACATAAGTTATCGATA
1 -AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCT-CGATGGTCCCGCACCACCATCGGCATAAGTTACCGATG
* * *
12192854 GTGTCTGATGATCCCGCACATCC
64 GTGTCTGATGCTCCTGCACATTC
* * * * *
12192877 AAGGAACCAAGGTGCCGATGTTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGATC-TAAGGTACCGAT-G
1 AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCG-GCATAAGTTACCGATGG
**
12192940 TCGTCTGATGCTCCCACACA-TC
65 T-GTCTGATGCTCCTGCACATTC
* * * * * * * ** *
12192962 AAAGGCACCATGGTGCTGATACTTTTTGATGGTCCCACATCATCATCGGTGTAAGTTACCGATTG
1 -AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGG
* * *
12193027 TGTCCGATACTCCT-CTACATCC
65 TGTCTGATGCTCCTGC-ACATTC
* * * * * * * *
12193049 AAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCACGATCGACCTAAGATGCCGATGGT
1 AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGT
* *
12193114 GTCTGATACT-CTCGCACATTA
66 GTCTGATGCTCCT-GCACATTC
* * * *
12193135 AAGGCACCATGGTGCTGATACTTCCCGATGGTCCCACACCA
1 AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCA
12193176 GCATTGGCCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (86 bp):
AAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGT
GTCTGATGCTCCTGCACATTC
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Alignment explanation
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12192389 TGCTCCCAAG
* * * * *
12192399 CATCCAAGGCACCATGGTACCGATATTTCCTGATGGTCCCGCATCACCATCTGTCTCAATTACCG
1 CATCCAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCTGGCTCAATTACCG
* * * * *
12192464 ATGGTGTCTGATGCTCTCAGACATCCAAGGTACCAATGTGCCTATGCTTTCCGGTGGTCCCGCAC
66 ATGGTGTCTGATGCTCTCAGACATCCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTTCCGATGGTCCCGCAC
* * * *
12192529 CACCACCGGCCTAAGTTGTAGATGGTGTTCGATGCTTTCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGA
131 CACCACCGGCCTAAGGTGCAGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGA
12192594 TGGTGTTCGGTTGTCTCGTA
196 TGGTGTTCGGTTGTCTCGTA
* * * *
12192614 CATCGAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCATACCACCATC-GGCAT-AAGTTAC
1 CATCCAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCTGGC-TCAA-TTAC
* * *
12192677 CGATGGTGTCTGATGCTC-CTGCACATTCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCG
64 CGATGGTGTCTGATGCTCTCAG-ACATCCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTTCCGATGGTCCCG
* * * * *** * *
12192741 CACCACTATCGGCTTAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTGGTACATCGAAGGCACCATGGTAC
128 CACCACCACCGGCCTAAGGTGCAGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTAC
12192806 CGAT
193 CGAT
12192810 ACTTTCCGAT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 30, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
214 6 0.04
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CATCCAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCTGGCTCAATTACCG
ATGGTGTCTGATGCTCTCAGACATCCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTTCCGATGGTCCCGCAC
CACCACCGGCCTAAGGTGCAGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGA
TGGTGTTCGGTTGTCTCGTA
Found at i:12192845 original size:172 final size:172
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Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 172
12192574 CCAAGGCACC
* * * * *
12192584 AAGGTACCGATGGTGTTCGGTTG-TCTCGTACATCGAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGAT
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* * * *
12192648 GGTCCCATACCACCATCGGCATAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCTGCACATTCAAGGCACC
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* *
12192713 AAAGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACTATCGGCTT
130 AAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCTT
* * * * * * *
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1 AAGGTACCGATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATACTTCCCGATG
* * * * * * *
12192821 GTCTCGCACCATCATCGACATAAGTTATCGATAGTGTCTGATGATCCCGCACATCCAAGGAACCA
66 GTCCCACACCATCATCGGCATAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCA
* *
12192886 AGGTGCCGATG-TTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATC-GATCT
131 AGGTACCGATGCTTT-TCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCT-T
* * * ***
12192928 AAGGTACCGAT-GTCGTCTGATGCTCCCACACATCAAAGGCACCATGGTGCTGATACTTTTTGAT
1 AAGGTACCGATGGT-GTCTGATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATACTTCCCGAT
* ** * * *
12192992 GGTCCCACATCATCATCGGTGTAAGTTACCGATTGTGTCCGATACTCCT-CTACATCCAAGGCAC
65 GGTCCCACACCATCATCGGCATAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTCCTGC-ACATCCAAGGCAC
* * * * *
12193056 CAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCACGATCGACCT
129 CAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCTT
* * * * *
12193100 AAGATGCCGATGGTGTCTGATACTCTCGCACATTAAAGGCACCATGGTGCTGATACTTCCCGATG
1 AAGGTACCGATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATACTTCCCGATG
12193165 GTCCCACACCA
66 GTCCCACACCA
12193176 GCATTGGCCT
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 63, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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AGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCTT
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Indices: 12192613--12193175 Score: 631
Period size: 258 Copynumber: 2.2 Consensus size: 258
12192603 GTTGTCTCGT
* * *
12192613 ACATCGAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCATACCACCATCGGCATAAGTTACC
1 ACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGGCATAAGGTACC
** * *
12192678 GATGGTGTCTGATGCTCCTGCACATTCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTTTCGATGGTCCCGCA
66 GATGGTGTCTGATGCTCCCACACATTCAAGGCACCAAAGTACCGATACTTTTCGATGGTCCCACA
* * * * *
12192743 CCACTATCGGCTTAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTGGTACATCGAAGGCACCATGGTACCG
131 CCACTATCGGCTTAAGGTACCGATGGTGTCCGATACTCTGCTACATCCAAGGCACCAAGGTACCG
* * *
12192808 ATACTTTCCGATGGTCTCGCACCATCATCGACATAAGTTATCGATAGTGTCTGATGA-TCCCGC
196 ATACTTTCCGATGGTCCCGCACCATCATCGACATAAGATACCGATAGTGTCTGAT-ACTCCCGC
* * * * * * *
12192871 ACATCCAAGGAACCAAGGTGCCGATGTTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGATC-TAAGGTAC
1 ACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCG-GCATAAGGTAC
** * * *
12192935 CGAT-GTCGTCTGATGCTCCCACACA-TCAAAGGCACCATGGTGCTGATACTTTTTGATGGTCCC
65 CGATGGT-GTCTGATGCTCCCACACATTC-AAGGCACCAAAGTACCGATACTTTTCGATGGTCCC
* * *
12192998 ACATCA-TCATCGG-TGTAAGTTACCGATTGTGTCCGATACTCCT-CTACATCCAAGGCACCAAG
128 ACACCACT-ATCGGCT-TAAGGTACCGATGGTGTCCGATACT-CTGCTACATCCAAGGCACCAAG
* * * * *
12193060 GTACCGATGC-TTCTCGATGGTCCCGTACCA-CGATCGACCTAAGATGCCGATGGTGTCTGATAC
190 GTACCGATACTTTC-CGATGGTCCCGCACCATC-ATCGACATAAGATACCGATAGTGTCTGATAC
*
12193123 TCTCGC
253 TCCCGC
* * *
12193129 ACATTAAAGGCACCATGGTGCTGATACTTCCCGATGGTCCCACACCA
1 ACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCA
12193176 GCATTGGCCT
Statistics
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ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
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ACATCAAAGGCACCATGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGGCATAAGGTACC
GATGGTGTCTGATGCTCCCACACATTCAAGGCACCAAAGTACCGATACTTTTCGATGGTCCCACA
CCACTATCGGCTTAAGGTACCGATGGTGTCCGATACTCTGCTACATCCAAGGCACCAAGGTACCG
ATACTTTCCGATGGTCCCGCACCATCATCGACATAAGATACCGATAGTGTCTGATACTCCCGC
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12196208 AATACGAGAG
12196218 TATCTTTTGATT-TTA
1 TATCTTTTGATTCTTA
12196233 TATCATTTTGATTCTTA
1 TATC-TTTTGATTCTTA
12196250 T
1 T
12196251 TTTATACTAT
Statistics
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Consensus pattern (16 bp):
TATCTTTTGATTCTTA
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12201219 TGCCCCAAAC
* * * *
12201229 TCCCGCACATCCAAAGGCACTAAAGTGCCAATGCTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCC-AAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
*
12201273 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGAGGCTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
** * * *
12201316 TCCCATATATCCATGGCACCAAGGTATC-AGTGCTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGA-TGCTTCCCGATGG
* ** * * *
12201359 TCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTTTCGATGCTCCCCCATTG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
** * ** * *
12201402 TCGGGCACATCAAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTCCCCGATGA
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
* * * * *
12201445 TCCTGCACATCCGAGACACTAATGTACCGATG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATG
12201477 GTGTTTGACG
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TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
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12201397 CATTGTCGGG
* * * * * *
12201407 CACATCAAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTCCCCGATGATCCTGCA-CATCCGA--GACACTAA-T
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCA-CC-ATCGAC-CTAAGT
* *
12201468 GTACCGATGGTGTTTGACGCTCCCA
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* * * * *
12201493 CATATTCGAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCATCACCATC-AGCCTAAGTTA
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGA-CCTAAGTTA
*
12201557 CCGGTGGTGTTCGATGCTCCCA
65 CCGATGGTGTTCGATGCTCCCA
* * * * *
12201579 CCCATCCAAGGCACTAAGGTGTCGATACTTCCCTATGGTCCCGCACCACTATCGACCTAAGTTAT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTAC
12201644 CGATGGTGTTCGATGCTCCCA
66 CGATGGTGTTCGATGCTCCCA
* ** * * ** ** * *
12201665 CACATCCTAGGCACCAATATGCCAATGGTGT-CCAATTCTCCCGCA-CATCTAAT-GTACC-AAC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACT-TCCCAATGGTCCCGCACCA-C-CATCG-ACCTAAG
* * * *
12201726 TTTCCGATGGTGTCCGATTCTCTCA
62 TTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCA
* ** ** *** * ** * * *
12201751 CACATCCAAGGCACCAATGTGTCGATGGTGT-CTGATGGTCCTATA-AATCCA-AAACATCGAGG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACT-TCCCAATGGTCCCGCACCA-CCATCGACCT-AAGT
** * ** *
12201813 TGTCGATGCAT-CCCGAT-CGTCCCG
63 TACCGATG-GTGTTCGATGC-TCCCA
* * * ** * *
12201837 TACATCCAAGGTACCAAGGTGTTGATTTTTCCCGATAGG-CCCGCACCATCATC-AGCCTAAGTT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAAT-GGTCCCGCACCACCATCGA-CCTAAGTT
* * * *
12201900 ATCGATGGT-ATCTGATGCTCTCG
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* * ** * ** * *
12201923 CACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGCTTTTCGATGGTCTAGCACGACCATC-AGCCTAAGTTG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGA-CCTAAGTTA
* *
12201987 CCAAAT-GTG-TCTGATGCTCCCG
65 CC-GATGGTGTTC-GATGCTCCCA
* * * * * *
12202009 CACATCCAAGGCACCAAGGGGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGTACCACCATCGCCCTAAGTTGC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTAC
* * * *
12202074 TGATAGTG-TCTGATGCTCTCG
66 CGATGGTGTTC-GATGCTCCCA
*
12202095 CACATCCAAGTCACCAAGGT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGT
12202115 ACCGATGCTT
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Matches are distributed among these distances:
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CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTAC
CGATGGTGTTCGATGCTCCCA
Found at i:12201712 original size:43 final size:42
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Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 42
12201634 CCTAAGTTAT
* * *
12201644 CGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCCTAGGCACCAATATGC
1 CGATGGTGTCCAATTCTCCCACACATCCTAGGCACCAAT-TGC
* * * * *
12201687 CAATGGTGTCCAATTCTCCCGCACAT-CTAATGTACCAACTTTC
1 CGATGGTGTCCAATTCTCCCACACATCCT-AGGCACCAA-TTGC
* * * *
12201730 CGATGGTGTCCGATTCTCTCACACATCCAAGGCACCAATGTGT
1 CGATGGTGTCCAATTCTCCCACACATCCTAGGCACCAAT-TGC
12201773 CGATGGTGTC
1 CGATGGTGTC
12201783 TGATGGTCCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CGATGGTGTCCAATTCTCCCACACATCCTAGGCACCAATTGC
Found at i:12202243 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 12201999--12202265 Score: 317
Period size: 129 Copynumber: 2.1 Consensus size: 129
12201989 AAATGTGTCT
* * * * *
12201999 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGGGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGTACCACCATCGC
1 GATGGTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGGGCCGATACTTCCCAATGATCCCGCACCACCATCGC
* * *
12202064 CCTAAGTTGCTGATAGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGTCACCAAGGTACCGATGCTTCTC
66 CCTAAGTTGCTGATAGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGACGCTTCCC
* **
12202128 GATGGTCCCACACATCCAAGGTACCAAGGTGG-CGATACTTCCTGATGATCCCGCACCACCATCG
1 GATGGTCCCACACATCCAAGGCACCAAGG-GGCCGATACTTCCCAATGATCCCGCACCACCATCG
* * * * **
12202192 GCCTAAGTT-ATCGAT-G-GTCTTCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCACTAAGGTGTCGACGCTT
65 CCCTAAGTTGCT-GATAGTGTC-T-GATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGACGCTT
12202254 CCC
127 CCC
12202257 GATGGTCCC
1 GATGGTCCC
12202266 GCACCACCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
127 3 0.03
128 3 0.03
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Consensus pattern (129 bp):
GATGGTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGGGCCGATACTTCCCAATGATCCCGCACCACCATCGC
CCTAAGTTGCTGATAGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGACGCTTCCC
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Period size: 86 Copynumber: 2.1 Consensus size: 86
12202128 GATGGTCCCA
* * * *
12202138 CACATCCAAGGTACCAAGGTGGCGATACTTCCTGATGATCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTAT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGGCGACACTTCCCGATGATCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTAT
*
12202203 CGATGGTCTTCGA-TGCTCTTG
66 CGATGGTCTTCGAGT-CTCTAG
* * * * *
12202224 CACATCCAAGGCACTAAGGTGTCGACGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCTTCAGCCTAAGTTAT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGGCGACACTTCCCGATGATCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTAT
* * *
12202289 TGATGTTGTTCGAGTCTCTAG
66 CGATGGTCTTCGAGTCTCTAG
12202310 CACAT
1 CACAT
12202315 TTATAAAATA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 13, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 76 0.99
87 1 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
CACATCCAAGGCACCAAGGTGGCGACACTTCCCGATGATCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTAT
CGATGGTCTTCGAGTCTCTAG
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Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
12203132 GATGGTCTTA
* ** * *
12203142 CACATCCAAGGCACGAAGGTGCCGATGCTTCCCTATGGTCCCG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGCACCGATGCTTCCCAATGATCCCG
* * *
12203185 TATATCCAAGGCACCAAGGCACTGATGCTTCCCAATGATCCCG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGCACCGATGCTTCCCAATGATCCCG
*
12203228 CACATCCAAGGTACCAA
1 CACATCCAAGGCACCAA
12203245 TGCTCCCCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
43 49 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.34, G:0.20, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
CACATCCAAGGCACCAAGGCACCGATGCTTCCCAATGATCCCG
Found at i:12203413 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 12203306--12203555 Score: 254
Period size: 86 Copynumber: 2.9 Consensus size: 86
12203296 TATGCATCTA
* ** * * *
12203306 GATGGTCCCGCACATCCAAGGCACAAAGGTACCT-ATTTTTCTCAATGGTCTCGTACCACTATCG
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACAAAGGT-CCTGATGCTTCCCAATGGTCCCGTACCACCATCG
* *
12203370 GCCTAAGTTATCGACGGTGTCT
65 ACCTAAGTTATCGACAGTGTCT
* *
12203392 GATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCAAA-GTGCTGATGCTTCCCAATGGTCCCGTACCACCATCG
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCA-CAAAGGTCCTGATGCTTCCCAATGGTCCCGTACCACCATCG
* * *
12203456 ACCTAAGTTATTGATAGTGTTT
65 ACCTAAGTTATCGACAGTGTCT
* * ** * * * *
12203478 GATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGTTGATGCTTCCTGACT-GTCCTGCACCACCATCG
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACAAAGGTCCTGATGCTTCC-CAATGGTCCCGTACCACCATCG
*
12203542 GCCTAAGTTATCGA
65 ACCTAAGTTATCGA
12203556 TGTTGTTCGA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 23, Indels: 8
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 5 0.04
86 126 0.92
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ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACAAAGGTCCTGATGCTTCCCAATGGTCCCGTACCACCATCGA
CCTAAGTTATCGACAGTGTCT
Found at i:12204311 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12204225--12204472 Score: 219
Period size: 43 Copynumber: 5.7 Consensus size: 43
12204215 TGTTTGAGCC
* * * * * *
12204225 TCCCGCACATCCAAAGACTCCAACGTGCCAATCCTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCC-AAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
* * * * *
12204269 TCCCGCACATCAAAGGAACTAAGGTACCGAGGCTTCCTGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
** * * *
12204312 TTTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCTGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
* * ** * *
12204355 TCCCGTATATCCAAGGCACTGAGGCACTGATGCTTCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
* * *
12204398 TTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTCCCCGATGG
1 TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
* * *
12204441 T-CCGACATATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATG
1 TCCCG-CACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATG
12204473 ATGTCTTATG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 41, Indels: 3
0.79 0.20 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.02
43 148 0.91
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TCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGG
Found at i:12204646 original size:86 final size:84
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Indices: 12204499--12204792 Score: 280
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12204489 AATGGTCCCG
* * * ** * * *
12204499 CACATCTAAGGCACAAAGGTGCCTATTTTTCTCGATGGTCTCGCACCACCATCGACTTAAGTTGC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGC
*
12204564 CGATGGTGTCTAATCCTCCTG
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* * *
12204585 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATTGACCTAAGTTAC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGC
12204650 CGA---TG-C--T-C-CCA
66 CGATGGTGTCTATCCTCCA
** * * * * *
12204661 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTTGATGCTTCCTGATTGTCCCACACCACCATCGGCCTAAGTTGT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGC
*
12204726 CGATGGTGTCTGATGCTTCCA
66 CGATGGTGTCT-AT-CCTCCA
* ** *
12204747 CACATCCAAGGCATCAAGGTTTCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCAC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCAC
12204793 ATCCAAGGAT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 28, Indels: 20
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
76 58 0.34
77 2 0.01
78 1 0.01
79 3 0.02
80 1 0.01
82 1 0.01
83 3 0.02
86 101 0.59
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (84 bp):
CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGC
CGATGGTGTCTATCCTCCA
Found at i:12204704 original size:43 final size:43
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Indices: 12204656--12204821 Score: 153
Period size: 43 Copynumber: 3.9 Consensus size: 43
12204646 TTACCGATGC
*
12204656 TCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGTTGATGCTTCCTGATTG
1 TCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTGATTG
* * * *
12204699 TCCCACACCA-CCATCGGC-CTAAGTTGTCGATGGTGT-CTGA-TG
1 TCCCACA-CATCCA-AGGCACCAAGGTGTCGATGCT-TCCTGATTG
* * * *
12204741 CTTCCACACATCCAAGGCATCAAGGTTTCGATGCTTCCTGATGG
1 -TCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTGATTG
* *
12204785 TCCCGCACATCCAAGG-ATCCAAGGTGTCGATACTTCC
1 TCCCACACATCCAAGGCA-CCAAGGTGTCGATGCTTCC
12204822 CAATGGTCCT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 18, Indels: 18
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
42 9 0.09
43 80 0.83
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ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
TCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTGATTG
Found at i:12204828 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12204747--12204835 Score: 117
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
12204737 GATGCTTCCA
* * **
12204747 CACATCCAAGGCATCAAGGTTTCGATGCTTCCTGATGGTCCCG
1 CACATCCAAGGCATCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCG
*
12204790 CACATCCAAGG-ATCCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCTG
1 CACATCCAAGGCAT-CAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCG
12204833 CAC
1 CAC
12204836 CACCCTCGAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.05
43 38 0.95
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Indices: 12204651--12204921 Score: 305
Period size: 129 Copynumber: 2.1 Consensus size: 129
12204641 CTAAGTTACC
* * * * ** * *
12204651 GATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGTTGATGCTTCCTGATTGTCCCACACCACCATCGG
1 GATGGTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCGA
* * * **
12204716 CCTAAGTT-GTCGATGGTG-TCTGATGCTTCCACACATCCAAGGCATCAAGGTTTCGATGCTTCC
66 CCTAAGTTACT-GATGGTGTTC-GATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCC
12204779 T
129 T
** *
12204780 GATGGTCCCGCACATCCAAGG-ATCCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCTGCACCACCCTCG
1 GATGGTCCCGCACATCCAAGGCA-CCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCG
* ** *
12204844 ACCTAAGTTACTGATGTTGTTCGATGCTCCCGTACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGCTTCCT
65 ACCTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCT
*
12204909 AATGGTCCCGCAC
1 GATGGTCCCGCAC
12204922 CAGCATCGAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
128 1 0.01
129 114 0.97
130 3 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (129 bp):
GATGGTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCGA
CCTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCT
Found at i:12204931 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 12204780--12204988 Score: 260
Period size: 86 Copynumber: 2.4 Consensus size: 85
12204770 GATGCTTCCT
* * * * *
12204780 GATGGTCCCGCACATCCAAGGATCCAAGGTGTCGATACTTCCCAATGGTCCTGCACCACCCTCGA
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGA-CCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGA
12204845 CCTAAGTTACT-GAT-GTTGTTC
65 CCTAAGTT-CTCGATAG-TGTTC
* * * *
12204866 GATGCTCCCGTACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGCTTCCTAATGGTCCCGCACCAGCATCGA
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGG-ACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGA
*
12204931 CCTAAGTTGTCGATAGTGTTC
65 CCTAAGTTCTCGATAGTGTTC
*
12204952 GATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCAAGGTGCCGATG
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGG-ACCAAGGTGCCGATG
12204989 GTCTCGCACC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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86 103 0.97
87 2 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (85 bp):
GATGCTCCCGCACATCCAAGGACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGAC
CTAAGTTCTCGATAGTGTTC
Found at i:12205055 original size:75 final size:76
Alignment explanation
Indices: 12204910--12205058 Score: 210
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76
12204900 ATGCTTCCTA
* * * *
12204910 ATGGTCCCGCACCAGCATCGACCTAAGTTGTCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATTCAAGGCA
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGTCGATAGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCA
12204975 CCAAGGTGCCG
66 CCAAGGTGCCG
* * * * *
12204986 ATGGTCTCGCACCACCATCGACTTAAGTTG-CTATGGTGTCCGATGCTCCTACACATCCAAGGCA
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGTCGATAGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCA
12205050 CCAAGGTGC
66 CCAAGGTGC
12205059 TGATATTTCC
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 1
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 37 0.58
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ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (76 bp):
ATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTGTCGATAGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCA
CCAAGGTGCCG
Found at i:12210725 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 12210681--12210861 Score: 202
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 40
12210671 CGGTGTTAAA
* * * *
12210681 AAAATTCAAGCTATGGCTTAGTAGGCTATAAGTCGATGAC
1 AAAATTCAAGCTACGGCTTAGCAGGCTATAAGCCGATGAT
* * * *
12210721 AAAATTCAAGCTACAGATTAGTAGGCTATGAGCCTG-TGAT
1 AAAATTCAAGCTACGGCTTAGCAGGCTATAAGCC-GATGAT
* * * *
12210761 AAAATTCAAGCTACGACTTAGCAGACTATGAGCCGATAAT
1 AAAATTCAAGCTACGGCTTAGCAGGCTATAAGCCGATGAT
*
12210801 AAAATTCAAGCTACGGCTTAGCAGGCTATAAGTCGATGAT
1 AAAATTCAAGCTACGGCTTAGCAGGCTATAAGCCGATGAT
* * *
12210841 AAAATTCGAGCTTCGACTTAG
1 AAAATTCAAGCTACGGCTTAG
12210862 TATGCTTTGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 20, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 117 0.98
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ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
AAAATTCAAGCTACGGCTTAGCAGGCTATAAGCCGATGAT
Found at i:12216664 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12216636--12216666 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
12216626 TGTTTGGTGG
12216636 AATTAAAGTATTATAA
1 AATTAAAGTATTATAA
12216652 AATTAAA-TATTATAA
1 AATTAAAGTATTATAA
12216667 TGGTTAAACT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
15 8 0.53
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ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
AATTAAAGTATTATAA
Found at i:12227696 original size:21 final size:21
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Indices: 12227651--12227713 Score: 57
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12227641 TAATAATGTC
*
12227651 ATAATAAATGATAA-G-AT-A
1 ATAATAAATGAAAATGAATAA
12227669 A-AATAAATGAAAATGAATAA
1 ATAATAAATGAAAATGAATAA
12227689 ATAATAAATAGTAAAAT-AA-AA
1 ATAATAAAT-G-AAAATGAATAA
12227710 ATAA
1 ATAA
12227714 AGGACAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 9
0.79 0.02 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.29
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ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.08, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
ATAATAAATGAAAATGAATAA
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Indices: 12229359--12229433 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 4.6 Consensus size: 16
12229349 GTTCTAAATT
*
12229359 TTATTTTTGATCTTTTCA
1 TTATTTTT-AACTTTT-A
12229377 TTA-TTTTAACTTTTA
1 TTATTTTTAACTTTTA
*
12229392 TTATTTTT-ATTTTGCTAA
1 TTATTTTTAACTTT--T-A
*
12229410 TTA-TTTCAACTTTTA
1 TTATTTTTAACTTTTA
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1 TTATTTTTA
12229434 TTTTGCTTTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
15 12 0.26
16 15 0.33
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ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.03, T:0.67
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TTATTTTTAACTTTTA
Found at i:12229396 original size:15 final size:15
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Indices: 12229357--12229431 Score: 62
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12229347 TGGTTCTAAA
* *
12229357 TTTTATT-TTTGATC
1 TTTTATTATTTTAAC
12229371 TTTTCATTATTTTAAC
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* *
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*
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1 TTTTATTATTTT
12229432 TATTTTGCTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 9
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.08
15 22 0.46
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18 11 0.23
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.03, T:0.68
Consensus pattern (15 bp):
TTTTATTATTTTAAC
Done.