Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 47257441
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 3600 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 21 of 163
Found at i:5845340 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 5845248--5845373 Score: 182
Period size: 57 Copynumber: 2.2 Consensus size: 57
5845238 GTAAATAAAT
*
5845248 AAATAATGATACACGTGATAATATTTTAGCTTTTCAATTTGAAAAATAATTTTTTTAGTGA
1 AAATAATGATACAC--G-TAATATTTTAGCTTTTCAAATTGAAAAATAA-TTTTTTAGTGA
*
5845309 AAATAATGATACAC-TAATATTTTAGCTTTTCAAATTGATAAATAATTTTTTAGTGA
1 AAATAATGATACACGTAATATTTTAGCTTTTCAAATTGAAAAATAATTTTTTAGTGA
*
5845365 AAATGATGA
1 AAATAATGA
5845374 GGTTTTTCAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 3, Indels: 5
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
56 19 0.31
57 29 0.47
61 14 0.23
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (57 bp):
AAATAATGATACACGTAATATTTTAGCTTTTCAAATTGAAAAATAATTTTTTAGTGA
Found at i:5845354 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5845265--5845361 Score: 74
Period size: 28 Copynumber: 3.4 Consensus size: 28
5845255 GATACACGTG
* *
5845265 ATAATATTTTAGCTTTTCAATTTGAAAA
1 ATAATATTTTAGCTTTTCAAATTGATAA
* **
5845293 ATAATTTTTTTAG---TGAAAATAATGATACA
1 ATAA-TATTTTAGCTTTTCAAAT--TGATA-A
*
5845322 CTAATATTTTAGCTTTTCAAATTGATAA
1 ATAATATTTTAGCTTTTCAAATTGATAA
*
5845350 ATAATTTTTTAG
1 ATAATATTTTAG
5845362 TGAAAATGAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 11, Indels: 14
0.67 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.08
28 26 0.51
29 16 0.31
31 5 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
ATAATATTTTAGCTTTTCAAATTGATAA
Found at i:5847790 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 5847691--5847921 Score: 236
Period size: 79 Copynumber: 2.9 Consensus size: 79
5847681 TACTGTTAAC
* * * * ** *
5847691 AACAG-AAATCAAATAAATTCTGTTGAATGACAGGAATAAAATCTTGAAATGGAATTGTTTAATT
1 AACAGAAAATCGAATAAATTCTATTGAACGACAGGAATAAAATCATGAAACAGAATTGTTAAATT
* *
5847755 TATTTCTGTTTGGA
66 AATTTCTGTGTGGA
* * *
5847769 AACA-AAAACTCGAATAAATTCTATTAAACGATAGGAATAAAATCATGAAACATAATTGTTAAAT
1 AACAGAAAA-TCGAATAAATTCTATTGAACGACAGGAATAAAATCATGAAACAGAATTGTTAAAT
5847833 TAATTTCTGTGTGGA
65 TAATTTCTGTGTGGA
* * *** * *
5847848 TACAGAAAATCGAATAAATTCTATTGAACAGA-AGAAAT-AAATCCCAAAACAGAATTATTCAAT
1 AACAGAAAATCGAATAAATTCTATTGAAC-GACAGGAATAAAATCATGAAACAGAATTGTT-AAA
5847911 TTAATTTCTGT
64 TTAATTTCTGT
5847922 TTACAATAGA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 23 0.18
79 98 0.77
80 6 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (79 bp):
AACAGAAAATCGAATAAATTCTATTGAACGACAGGAATAAAATCATGAAACAGAATTGTTAAATT
AATTTCTGTGTGGA
Found at i:5851714 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 5851655--5851762 Score: 171
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42
5851645 GTAAAAACTA
*
5851655 CCATTGGCCGTGGATGCACAGCATGTTTGTAGATAATAGTTG
1 CCATTGGCCGTGGATGCACAACATGTTTGTAGATAATAGTTG
*
5851697 CCATTGGCCGTGGATGCACAATATGTTTGTAGATAATAGTTG
1 CCATTGGCCGTGGATGCACAACATGTTTGTAGATAATAGTTG
**
5851739 CCATTGGGTTGTGGATGCACAACA
1 CCATT-GGCCGTGGATGCACAACA
5851763 AAAACGCTAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 45 0.75
43 15 0.25
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (42 bp):
CCATTGGCCGTGGATGCACAACATGTTTGTAGATAATAGTTG
Found at i:5860361 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5860338--5860374 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
5860328 TTTCCATTTC
5860338 TTTTTTT-C-TTATTTCCT
1 TTTTTTTCCATTA-TTCCT
5860355 TTTTTTTCCATTATTCCT
1 TTTTTTTCCATTATTCCT
5860373 TT
1 TT
5860375 CTTCTTCATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.39
18 8 0.44
19 3 0.17
ACGTcount: A:0.08, C:0.19, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTCCATTATTCCT
Found at i:5862308 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 5862232--5862357 Score: 191
Period size: 61 Copynumber: 2.1 Consensus size: 61
5862222 TCCAATAATT
* *
5862232 AAATAATGATCCACGTCTTAATAATTTAGCTTTTCAATTTGATAAATAAATT-TTTTAGTGA
1 AAATAATGATACACGTCATAATAATTTAGCTTTTCAATTTGATAAAT-AATTATTTTAGTGA
* * *
5862293 AAATGATGATACACGTGATAATATTTTAGCTTTTCAATTTGATAAATAATTATTTTAGTGA
1 AAATAATGATACACGTCATAATAATTTAGCTTTTCAATTTGATAAATAATTATTTTAGTGA
5862354 AAAT
1 AAAT
5862358 TATAAGGTGT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
60 4 0.07
61 55 0.93
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (61 bp):
AAATAATGATACACGTCATAATAATTTAGCTTTTCAATTTGATAAATAATTATTTTAGTGA
Found at i:5864930 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 5864919--5864949 Score: 53
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 8
5864909 TTATTTATTT
*
5864919 AATAAATA
1 AATAAAAA
5864927 AATAAAAA
1 AATAAAAA
5864935 AATAAAAA
1 AATAAAAA
5864943 AATAAAA
1 AATAAAA
5864950 TTTGGGTTGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 22 1.00
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (8 bp):
AATAAAAA
Found at i:5865637 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 5865455--5866108 Score: 1059
Period size: 80 Copynumber: 8.2 Consensus size: 80
5865445 ATAACTTTAG
* * * * * *
5865455 GGGTAAAAGATTAGATTGT-TTCAATTTGCCTCATGGTCGAGGTAAAAGATCTGATGGTCTTCAA
1 GGGTAAAAGATTGGATT-TCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAA
*
5865519 TC-TGCCCTTTGGTTA
65 TCTTGCCCTCTGGTTA
* * *
5865534 GGGTAAAAGATTAGATTTCTTCAATCTACCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTTAAT
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
* *
5865599 CTTACCCTCTGATTA
66 CTTGCCCTCTGGTTA
*
5865614 GGGTAAAAGATTAGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
5865679 CTTGCCCTCTGGTTA
66 CTTGCCCTCTGGTTA
5865694 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
5865759 CTTGCCCTCTGGTTA
66 CTTGCCCTCTGGTTA
5865774 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
5865839 CTTGCCCTCTGGTTA
66 CTTGCCCTCTGGTTA
5865854 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
5865919 CTTGCCCTCTCTGGTTA
66 CTTG-CC-CTCTGGTTA
* *
5865936 GGGTAAAAGATTGGATTTTTTCAATTTGCCCCATGATCGGGGTAAAAG-TC-GATTGGTCTTCAA
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGA-TGGTCTTCAA
*
5865999 TCTTGCCCTCTAGTTA
65 TCTTGCCCTCTGGTTA
*
5866015 GGGTAAAAGATTGAATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAG-TC-GATTGGTCTTCAA
1 GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGA-TGGTCTTCAA
*
5866078 TCTTGCCCTCTAGTTA
65 TCTTGCCCTCTGGTTA
5866094 GGGTAAAAGATTGGA
1 GGGTAAAAGATTGGA
5866109 GGTTGTAACT
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 22, Indels: 10
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
78 1 0.00
79 155 0.28
80 318 0.58
81 19 0.03
82 55 0.10
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (80 bp):
GGGTAAAAGATTGGATTTCTTCAATCTGCCCCATGATCGGGGTAAAAGATCGGATGGTCTTCAAT
CTTGCCCTCTGGTTA
Found at i:5874368 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 5874349--5874379 Score: 53
Period size: 8 Copynumber: 3.8 Consensus size: 8
5874339 AATGTATGAT
5874349 AATGCAATG
1 AATGC-ATG
5874358 AATGCATG
1 AATGCATG
5874366 AATGCATG
1 AATGCATG
5874374 AATGCA
1 AATGCA
5874380 AATGCAAGAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
8 17 0.77
9 5 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (8 bp):
AATGCATG
Found at i:5879083 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 5879064--5879097 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 12
5879054 GTTTATTAAT
5879064 TTTA-TTATTTC
1 TTTATTTATTTC
*
5879075 TTTATTTATTTG
1 TTTATTTATTTC
5879087 TTTATTTATTT
1 TTTATTTATTT
5879098 AATAAATAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.19
12 17 0.81
ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.03, T:0.76
Consensus pattern (12 bp):
TTTATTTATTTC
Found at i:5879763 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5879720--5879837 Score: 130
Period size: 43 Copynumber: 2.8 Consensus size: 40
5879710 TAGCAGTGTT
*
5879720 TTCTTTAGCGACG-TCCCACAAACGCTGCTAAAGAACATG
1 TTCTTTAGCGACGTTCCCACAAACGCCGCTAAAGAACATG
* *
5879759 TTCTTTAGCGGCGCTTTTCCCGCAAACGCCGCTAAAGAACATG
1 TTCTTTAGCGACG---TTCCCACAAACGCCGCTAAAGAACATG
*
5879802 TTCTTTAGCGACGATTTTTCCCAAAAACGCCGCTAA
1 TTCTTTAGCGACG----TTCCCACAAACGCCGCTAA
5879838 CATTAACAGA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 5
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.18
43 36 0.54
44 19 0.28
ACGTcount: A:0.27, C:0.29, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TTCTTTAGCGACGTTCCCACAAACGCCGCTAAAGAACATG
Found at i:5879793 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 5879733--5879837 Score: 158
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
5879723 TTTAGCGACG
* *
5879733 TCCCACAAACGCTGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGGCG-CTTT
1 TCCCACAAACGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGACTTT
* *
5879776 TCCCGCAAACGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGATTTT
1 TCCCACAAACGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGACTTT
*
5879820 TCCCAAAAACGCCGCTAA
1 TCCCACAAACGCCGCTAA
5879838 CATTAACAGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 1
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 36 0.65
44 19 0.35
ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (44 bp):
TCCCACAAACGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGACGACTTT
Found at i:5885227 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5885193--5885392 Score: 108
Period size: 29 Copynumber: 6.8 Consensus size: 29
5885183 GAAATTTTAT
*
5885193 GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAACCGGA
1 GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAACCGGG
* * **
5885222 GTTAAAAATGG-GATTTTGG-GAAGTTCGGG
1 GGT-AAAATGGTAATTTTGGTGAA-ACCGGG
* *
5885251 GGTAAAATGATAATTTTCGGTGAAATCGGG
1 GGTAAAATGGTAATTTT-GGTGAAACCGGG
* * * *
5885281 GTTGAAAAT-G-AGATTTTAG-GAAATTCAGG
1 GGT-AAAATGGTA-ATTTTGGTGAAA-CCGGG
* *
5885310 GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGAG
1 GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAACCGGG
* * ***
5885339 GTTAAAAATGG-GATTTTGG-GAAGTTTTGGG
1 GGT-AAAATGGTAATTTTGGTGAA--ACCGGG
5885369 GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAA
1 GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAA
5885393 TTAGGGTTAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 25, Indels: 32
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
28 21 0.16
29 53 0.41
30 45 0.35
31 11 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
GGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAACCGGG
Found at i:5885296 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 5885132--5885679 Score: 647
Period size: 59 Copynumber: 9.3 Consensus size: 58
5885122 TTGACTTCCG
* * * * *
5885132 GGGGTAAAAAT-GTGATTCTTGGTGAAA-CTGGAGTTGAAAACGGGATTTTAGGAAATTTTA
1 GGGGT-AAAATGGTAATT-TTGGTGAAATC-GGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAGTTTA
* * * * **
5885192 -TGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAACCGGAGTTAAAAATGGGATTTTGGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
* * * *
5885249 GGGGTAAAATGATAATTTTCGGTGAAATCGGGGTTGAAAATGAGATTTTAGGAAA-TTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-GGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAGTTTA
* * *
5885308 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGGATTTTGGGAAGTTTTG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAG-TTTA
**
5885367 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATTAGGGTTAAAAATGGGATTTTAGG-AAGTTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAG-TTTA
* * * *
5885426 GGGGTAAAATGGTAAATTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGAGATTTTAGAAAGTTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAG-TTTA
* * * * *
5885485 GGGGTAAAAAGGTAATTTTGGTGAAATCAGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
* *
5885543 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATTGGGGTTAAAAATGGGATTTTGAAAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
* * *
5885602 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTG
1 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
5885661 GGGGTAAAATGGTAATTTT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT
5885680 TGGACAGTCT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 51, Indels: 22
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 10 0.02
58 96 0.22
59 315 0.74
60 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
Found at i:5885683 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5885528--5885683 Score: 114
Period size: 29 Copynumber: 5.3 Consensus size: 30
5885518 TAAAAATGAG
**
5885528 ATTTTT-GAAAGTTCAGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAAAGTTTGGGGGTAAAATGGTA
* *
5885557 ATTTTTGGTGAAA--TTGGGGTTAAAAATGG-G
1 ATTTTT-G-GAAAGTTTGGGGGT-AAAATGGTA
* *
5885587 A-TTTTGAAAAGTTTAGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAAAGTTTGGGGGTAAAATGGTA
* * *
5885616 ATTTTTGGTGAAA--TCGAGGTTAAAAATGG-A
1 ATTTTT-G-GAAAGTTTGGGGGT-AAAATGGTA
5885646 A-TTTTGGAAAGTTTGGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAAAGTTTGGGGGTAAAATGGTA
5885675 ATTTTTGGA
1 ATTTTTGGA
5885684 CAGTCTAGGG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 16, Indels: 29
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.07
28 16 0.17
29 28 0.29
30 23 0.24
31 15 0.16
32 7 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.01, G:0.29, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
ATTTTTGGAAAGTTTGGGGGTAAAATGGTA
Found at i:5887546 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5887495--5887550 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
5887485 ATGGACATTT
*
5887495 AATTT-AATTT-TTA
1 AATTTAAATTTATAA
5887508 AATTTAAATTTATAA
1 AATTTAAATTTATAA
5887523 TAGATTTAAATTGTATACA
1 -A-ATTTAAATT-TATA-A
5887542 AATTTAAAT
1 AATTTAAAT
5887551 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 8
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.14
14 5 0.14
15 2 0.06
16 1 0.03
17 17 0.47
18 5 0.14
19 1 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.04, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
AATTTAAATTTATAA
Found at i:5888272 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 5887911--5888911 Score: 1480
Period size: 201 Copynumber: 5.0 Consensus size: 201
5887901 ACCGCAATTC
* * * * * *
5887911 TGTTTTAATTCGCTTCTCTGGATCTCCTCAGGAAGACAAATTTGATCCACTTCTCTGTGTCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* *
5887976 CAGGAAGCTAACCTTTTAATTGCTTCGTCCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
66 CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGCTTCGTCTTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
* * *
5888041 AGATTTGCTCGAGTCTGAGCGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCTC
131 AGATTTGCTCGAGTTTGAGCGCTAAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCTC
5888106 CTCGCT
196 CTCGCT
* *
5888112 TGTCTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCATTTCTCTGTATCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* * * *
5888177 CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGGTTTGTCTTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTGGGTTTGA
66 CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGCTTCGTCTTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
* * *
5888242 AGATTTGCTCGTGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCACATCAGGAAGATGACCTC
131 AGATTTGCTCGAGTTTGAGCGCTAAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCTC
5888307 CTCGCT
196 CTCGCT
* *
5888313 TGTTTTGATTCGTTTCTCTGGATCTCTTTAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* * * * **
5888378 CAGAAAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGCTTCTCTGTGTCTCATCAGGAAGC-GTATTCGA
66 CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGCTTCGTCTTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
* * * *
5888442 AGATTTGCTCGAGTTTGAACGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGC
131 AGATTTGCTCGAGTTTGAGCGCTAAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCTC
5888507 CTCGCT
196 CTCGCT
*
5888513 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTGTCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* * * * *
5888578 CAGAAAGCTAACCTTTTTATTGCTTTGTCCTGCTTCTCAATATCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
66 CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGCTTCGTCTTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
* *
5888643 AGACTTGCTC-ATGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCT
131 AGATTTGCTCGA-GTTTGAGCGCTAAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCT
5888707 CCTCGCT
195 CCTCGCT
*
5888714 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGGTCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* * * * ** * *
5888779 CAAGAAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGGTTCTTTGTGTCTCATCAGGAAGCCGTGTTCGA
66 CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGCTTCGTCTTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
*
5888844 AGATTTGCTCGAGTTT----G---AGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGC
131 AGATTTGCTCGAGTTTGAGCGCTAAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCTC
5888902 CTCGCT
196 CTCGCT
5888908 TGTT
1 TGTT
5888912 GAACTACTCC
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 77, Indels: 13
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
194 49 0.07
197 1 0.00
200 181 0.25
201 488 0.68
202 1 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.23, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (201 bp):
TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
CAGGAAGCTAACCTTTTTATTGCTTCGTCTTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCGA
AGATTTGCTCGAGTTTGAGCGCTAAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCTC
CTCGCT
Found at i:5888616 original size:401 final size:399
Alignment explanation
Indices: 5887911--5888911 Score: 1620
Period size: 401 Copynumber: 2.5 Consensus size: 399
5887901 ACCGCAATTC
* * * * * *
5887911 TGTTTTAATTCGCTTCTCTGGATCTCCTCAGGAAGACAAATTTGATCCACTTCTCTGTGTCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* * * * *
5887976 CAGGAAGCTAA-CCTTTTAATTGCTTCGTCCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGTTCG
66 CAGAAAGCTAACCCTTTT-ATTGCTTCGACTTGCTTCTCTGTGTCTCATCAGGAAGC-GTGTTCG
*
5888040 AAGATTTGCTCGAGTCTGAGCGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCT
129 AAGATTTGCTCGAGT-TGA-CGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCG
* *
5888105 CCTCGCTTGTCTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCATTTCTCTGT
192 CCTCGCTTGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGT
* * * *
5888170 ATCTCATCAGGAAGCTAACCTTTTTATTGGTTTGTCTTGCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGCTG
257 ATCTCATCAGAAAGCTAACCTTTTTATTGCTTTGTCCTGCTTCTCAATATCTCATCAGGAAGCTG
* * *
5888235 GGTTTGAAGATTTGCTCGTGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCACATCAGGAAGA
322 GGTTCGAAGACTTGCTCATGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCACATCAGGAAGA
5888300 TGACCTCCTCGCT
387 TGACCTCCTCGCT
* *
5888313 TGTTTTGATTCGTTTCTCTGGATCTCTTTAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
*
5888378 CAGAAAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGCTTCTCTGTGTCTCATCAGGAAGCGTATTCGAA
66 CAGAAAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGCTTCTCTGTGTCTCATCAGGAAGCGTGTTCGAA
5888443 GATTTGCTCGAGTTTGAACGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCC
131 GATTTGCTCGAG-TTG-ACGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCC
*
5888508 TCGCTTGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTGT
194 TCGCTTGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTAT
5888573 CTCATCAGAAAGCTAACCTTTTTATTGCTTTGTCCTGCTTCTCAATATCTCATCAGGAAGCTGGG
259 CTCATCAGAAAGCTAACCTTTTTATTGCTTTGTCCTGCTTCTCAATATCTCATCAGGAAGCTGGG
*
5888638 TTCGAAGACTTGCTCATGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATG
324 TTCGAAGACTTGCTCATGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCACATCAGGAAGATG
5888703 ACCTCCTCGCT
389 ACCTCCTCGCT
*
5888714 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGGTCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
1 TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
* *
5888779 CA-AGAAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGGTTCTTTGTGTCTCATCAGGAAGCCGTGTTCG
66 CAGA-AAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGCTTCTCTGTGTCTCATCAGGAAG-CGTGTTCG
5888843 AAGATTTGCTCGAG-T----TTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCC
129 AAGATTTGCTCGAGTTGACGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCC
5888903 TCGCTTGTT
194 TCGCTTGTT
5888912 GAACTACTCC
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 32, Indels: 17
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
395 54 0.10
400 2 0.00
401 375 0.67
402 125 0.22
403 6 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.23, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (399 bp):
TGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCTCAT
CAGAAAGCTAACCCTTTTATTGCTTCGACTTGCTTCTCTGTGTCTCATCAGGAAGCGTGTTCGAA
GATTTGCTCGAGTTGACGTTGAGTTGGTATTCTTCTCTGTATCTCATCAGGAAGATGACCGCCTC
GCTTGTTTTGATTCGCTTCTCTGGATCTCTTCAGGAAGACGAATCTGGTCCACTTCTCTGTATCT
CATCAGAAAGCTAACCTTTTTATTGCTTTGTCCTGCTTCTCAATATCTCATCAGGAAGCTGGGTT
CGAAGACTTGCTCATGTTTGAGCGCTAAGTTGGTGTTCTTCTCTGTATCACATCAGGAAGATGAC
CTCCTCGCT
Found at i:5896182 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 5896159--5896188 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
5896149 AAAACAGTGA
*
5896159 ATCAGTAGTTGATC
1 ATCAGCAGTTGATC
5896173 ATCAGCAGTTGATC
1 ATCAGCAGTTGATC
5896187 AT
1 AT
5896189 TGTGAACATG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (14 bp):
ATCAGCAGTTGATC
Found at i:5901120 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5901066--5901399 Score: 202
Period size: 29 Copynumber: 11.5 Consensus size: 28
5901056 ACTGGAGTTG
* * *
5901066 AAAATGG-GATTTTAGGAAATTTGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTGGGAAA-TCGGGGGT
*
5901094 AAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTT
1 AAAATGGTAATTTTGG-GAAATCGGGGGT
*
5901123 GAAAATGG-GATTTTGGGAAATTCGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTGGGAAA-TCGGGGGT
*
5901152 AAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTT
1 AAAATGGTAATTTTGG-GAAATCGGGGGT
* * ** *
5901181 AAAATGG-GATTTTGGGAAGTTTTAGGAGT
1 AAAATGGTAATTTTGGGAA--ATCGGGGGT
* *
5901210 AAAATGGTAAGTTTGGTGAAATCGGGGTT
1 AAAATGGTAATTTTGG-GAAATCGGGGGT
**
5901239 AAAAAT-G-AGATTTT-GGAAAGTTTAGGGGT
1 -AAAATGGTA-ATTTTGGGAAA--TCGGGGGT
*
5901268 AAAATGGTAATATTTGGTGAAATCGGGGTT
1 AAAATGGTAAT-TTTGG-GAAATCGGGGGT
* *
5901298 AAAAATGG-GATTTT-GGAAAGTTAGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTGGGAAA--TCGGGGGT
* **
5901327 AAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCGAGTTT
1 AAAATGGTAA-TTTTGG-GAAATCGGGGGT
*
5901357 AAAAATGG-AATTTT-GGAAAGTTTGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTGGGAAA--TCGGGGGT
5901386 AAAATGGTAATTTT
1 AAAATGGTAATTTT
5901400 TGGACAGTCC
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 40, Indels: 59
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
27 15 0.06
28 48 0.20
29 99 0.42
30 47 0.20
31 19 0.08
32 8 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.32, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AAAATGGTAATTTTGGGAAATCGGGGGT
Found at i:5901124 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 5901029--5901399 Score: 500
Period size: 59 Copynumber: 6.3 Consensus size: 58
5901019 TTTGACTTCC
* * *
5901029 GGGGGTAAAAAT-GTGATTCTTGGTGAAA-CTGGAGTTGAAAATGGGATTTTAGGAAA-TTT
1 GGGGGT-AAAATGGTAATT-TTGGTGAAATC-GGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAGTTT
* *
5901088 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTGAAAATGGGATTTTGGGAAA-TTC
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAGTTT
*
5901146 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTT-AAAATGGGATTTTGGGAAGTTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAG-TTT
* * * *
5901204 AGGAGTAAAATGGTAAGTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGAGATTTTGGAAAGTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTT
* *
5901262 AGGGGTAAAATGGTAATATTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTA
1 GGGGGTAAAATGGTAAT-TTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTT
* * *
5901321 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCGAGTTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTT
5901380 GGGGGTAAAATGGTAATTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTT
5901400 TGGACAGTCC
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 20, Indels: 15
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
56 4 0.01
57 13 0.05
58 131 0.46
59 136 0.48
60 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTT
Found at i:5901284 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 5901030--5901399 Score: 482
Period size: 58 Copynumber: 6.3 Consensus size: 58
5901020 TTGACTTCCG
* * * *
5901030 GGGGTAAAAAT-GTGATTCTTGGTGAAA-CTGGAGTTGAAAATGGGATTTTAGGAAA-TTTG
1 GGGGT-AAAATGGTAATT-TTGGTGAAATC-GGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAGTTTA
* **
5901089 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTGAAAATGGGATTTTGGGAAA-TTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTT-GGAAAGTTTA
*
5901147 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTT-AAAATGGGATTTTGGGAAGTTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAG-TTTA
* * *
5901205 GGAGTAAAATGGTAAGTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGAGATTTTGGAAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
5901263 GGGGTAAAATGGTAATATTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAG-TTA
1 GGGGTAAAATGGTAAT-TTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
* * * *
5901321 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTGAAATCGAGTTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTG
1 -GGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
5901381 GGGGTAAAATGGTAATTTT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT
5901400 TGGACAGTCC
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 18, Indels: 19
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
56 4 0.01
57 13 0.05
58 134 0.47
59 130 0.46
60 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTGGTGAAATCGGGGTTAAAAATGGGATTTTGGAAAGTTTA
Found at i:5903187 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5903136--5903191 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
5903126 ATGGACATTT
*
5903136 AATTT-AATTT-TTA
1 AATTTAAATTTATAA
5903149 AATTTAAATTTATAA
1 AATTTAAATTTATAA
5903164 TAGATTTAAATTGTATACA
1 -A-ATTTAAATT-TATA-A
5903183 AATTTAAAT
1 AATTTAAAT
5903192 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 8
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.14
14 5 0.14
15 2 0.06
16 1 0.03
17 17 0.47
18 5 0.14
19 1 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.04, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
AATTTAAATTTATAA
Found at i:5906705 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 5906683--5906731 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
5906673 TGCTTTTTTA
5906683 TCTTTTGAATAATTAAATATTTTGGT
1 TCTTTT-AATAATTAAATATTTT-GT
*
5906709 TGTTTTAATAATTAAATATTTTG
1 TCTTTTAATAATTAAATATTTTG
5906732 AATTAAATAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.05
25 16 0.73
26 5 0.23
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.10, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TCTTTTAATAATTAAATATTTTGT
Found at i:5906768 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 5906755--5906912 Score: 72
Period size: 8 Copynumber: 19.5 Consensus size: 8
5906745 CATTGTTTTT
5906755 AATAATTA
1 AATAATTA
*
5906763 AATAATGA
1 AATAATTA
*
5906771 AATAAATA
1 AATAATTA
*
5906779 ATTAATTA
1 AATAATTA
* *
5906787 ATTAATTGG
1 AATAATT-A
* *
5906796 ATTATTTTA
1 AATA-ATTA
*
5906805 AATAATTT
1 AATAATTA
*
5906813 AATAATTT
1 AATAATTA
*
5906821 AATAATCA
1 AATAATTA
* *
5906829 AATATTTGG
1 AATAATT-A
** * *
5906838 GTTAGTTTT
1 AATA-ATTA
5906847 AATAATTA
1 AATAATTA
5906855 AAT-ATT-
1 AATAATTA
5906861 --TAATTA
1 AATAATTA
5906867 AATAATTCA
1 AATAATT-A
5906876 ATATAATTA
1 A-ATAATTA
*
5906885 GATAATTA
1 AATAATTA
5906893 AATAATTA
1 AATAATTA
*
5906901 AATAATCA
1 AATAATTA
5906909 AATA
1 AATA
5906913 TTGGGTTGCT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 26, Indels: 20
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
4 1 0.01
5 3 0.03
7 3 0.03
8 82 0.72
9 14 0.12
10 11 0.10
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (8 bp):
AATAATTA
Found at i:5906864 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 5906773--5906919 Score: 197
Period size: 80 Copynumber: 1.8 Consensus size: 79
5906763 AATAATGAAA
* ** * * *
5906773 TAAATAATTAATTAATTAATTGGAT-TATTTTAAATAATTTAATAATTTAATAATCAAATATTTG
1 TAAATAATTAATTAAATAATTCAATATA-ATTAAATAATTAAATAATTAAATAATCAAATA-TTG
5906837 GGTTAGTTTTAATAAT
64 GGTTAGTTTTAATAAT
* *
5906853 TAAATATTTAATTAAATAATTCAATATAATTAGATAATTAAATAATTAAATAATCAAATATTGGG
1 TAAATAATTAATTAAATAATTCAATATAATTAAATAATTAAATAATTAAATAATCAAATATTGGG
5906918 TT
66 TT
5906920 GCTTTTTTAT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 3
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
79 7 0.12
80 49 0.84
81 2 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (79 bp):
TAAATAATTAATTAAATAATTCAATATAATTAAATAATTAAATAATTAAATAATCAAATATTGGG
TTAGTTTTAATAAT
Found at i:5908501 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 5908358--5908527 Score: 340
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
5908348 CAGTTAGAGT
5908358 GGAGACGGCTATCGACGGGCAGCACTTATGGATTCTGATTTTAGGAACTTCGATCGATTTGGGAA
1 GGAGACGGCTATCGACGGGCAGCACTTATGGATTCTGATTTTAGGAACTTCGATCGATTTGGGAA
5908423 TAAGGGGAGGGGAGCTGATC
66 TAAGGGGAGGGGAGCTGATC
5908443 GGAGACGGCTATCGACGGGCAGCACTTATGGATTCTGATTTTAGGAACTTCGATCGATTTGGGAA
1 GGAGACGGCTATCGACGGGCAGCACTTATGGATTCTGATTTTAGGAACTTCGATCGATTTGGGAA
5908508 TAAGGGGAGGGGAGCTGATC
66 TAAGGGGAGGGGAGCTGATC
5908528 ACTTAGGAAT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 85 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.35, T:0.25
Consensus pattern (85 bp):
GGAGACGGCTATCGACGGGCAGCACTTATGGATTCTGATTTTAGGAACTTCGATCGATTTGGGAA
TAAGGGGAGGGGAGCTGATC
Found at i:5908757 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5908633--5908779 Score: 161
Period size: 41 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
5908623 TTTATGGGGA
5908633 AACGCCGCTATTGCTTAACCTTTAGCGGCGTTTTTCCCAT
1 AACGCCGCTATTGCTTAACCTTTAGCGGCGTTTTTCCCAT
* * * *
5908673 ACACGCCGCTAATTCTCTTTACCTTTTGCGGCG-TTTTCTCAT
1 A-ACGCCGCT-ATT-GCTTAACCTTTAGCGGCGTTTTTCCCAT
* *
5908715 AAGCGCCGCTATTGCTTAACCTTCAGCGGTGTTTTTCCCAT
1 AA-CGCCGCTATTGCTTAACCTTTAGCGGCGTTTTTCCCAT
* * *
5908756 AAACGCCGTTATCGCTTTACCTTT
1 -AACGCCGCTATTGCTTAACCTTT
5908780 TGTGACGTTT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 14, Indels: 11
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
40 14 0.16
41 37 0.43
42 21 0.24
43 15 0.17
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
AACGCCGCTATTGCTTAACCTTTAGCGGCGTTTTTCCCAT
Found at i:5910035 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5910003--5910077 Score: 69
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 29
5909993 AGACAAATTG
* * * *
5910003 AAAGTTCAAGTGCCACATTGGACATTTTC
1 AAAGTACAAGTACCACAATGAACATTTTC
* *
5910032 AAAGTACATGTACCACAATGAACATTTTATA
1 AAAGTACAAGTACCACAATGAACA-TTT-TC
*
5910063 AAAGTATAAGTACCA
1 AAAGTACAAGTACCA
5910078 AATTTAACAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 8, Indels: 2
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 19 0.53
30 3 0.08
31 14 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
AAAGTACAAGTACCACAATGAACATTTTC
Found at i:5910493 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5910359--5910723 Score: 263
Period size: 40 Copynumber: 8.9 Consensus size: 40
5910349 TTTATGGAAA
* ***
5910359 AAACGCCGCTAATTCTCTTTACCTTTTATAGCGTTTTATCCAT
1 AAACGCCGCT-ATT-GCTTTACCTTTTGCGGCGTTTT-TCCAT
* * * **
5910402 AAACACCGATATTGCTTTACAC-TTTGCGGCGTTTAT-GGT
1 AAACGCCGCTATTGCTTTAC-CTTTTGCGGCGTTTTTCCAT
* * * *
5910441 AAAACACTGCTATAGCTTTACCTTTTGCGGTGTTTTTCCAT
1 -AAACGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTTTTCCAT
* **
5910482 AAATGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGATGTTTTTCCAT
1 AAACGCCGCTATTG--CTTTACCTTTTGCGGCGTTTTTCCAT
* * * * *
5910524 AAACGCCACTACTGCTTTTTACCTTTTACAGCGTTTTTCAAT
1 AAACGCCGCTATTGC--TTTACCTTTTGCGGCGTTTTTCCAT
* *
5910566 AAACGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGTGGCATTTTTCCCAT
1 AAACGCCGCTATTG--CTTTACCTTTTGCGGCGTTTTT-CCAT
* * * * * * *
5910609 AAACACTGCCATTGCTTTACCTTTTACAGCGTTTAT--AGG
1 AAACGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTTTTCCA-T
* *
5910648 AAAGCGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCTGCGTTTATT-CAA
1 AAA-CGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTT-TTCCAT
*
5910689 AAACGCCGCTATTGCTTTACTTTTTGCGGCGTTTT
1 AAACGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTTT
5910724 CTATCCAAAC
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 54, Indels: 34
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.00
39 6 0.02
40 96 0.38
41 37 0.15
42 90 0.36
43 22 0.09
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (40 bp):
AAACGCCGCTATTGCTTTACCTTTTGCGGCGTTTTTCCAT
Found at i:5910603 original size:84 final size:83
Alignment explanation
Indices: 5910455--5910675 Score: 234
Period size: 84 Copynumber: 2.7 Consensus size: 83
5910445 CACTGCTATA
* * * * * **
5910455 GCTTTACCTTTTGCGGTGTTTTTCCATAAATGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGATGTTTTT
1 GCTTTACCTTTTACAGCGTTTTTCAATAAACGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGACATTTTT
* *
5910520 -CCATAAACGCCACTACT
66 CCCATAAACACCACCACT
* *
5910537 GCTTTTTACCTTTTACAGCGTTTTTCAATAAACGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGTGGCATTT
1 GC--TTTACCTTTTACAGCGTTTTTCAATAAACGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGACATTT
** *
5910602 TTCCCATAAACACTGCCATT
64 TTCCCATAAACACCACCACT
* **
5910622 GCTTTACCTTTTACAGCGTTTAT-AGGAAAGCGCCGCTATTG--CTTTACCTTTTGC
1 GCTTTACCTTTTACAGCGTTTTTCAATAAA-CGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGC
5910676 TGCGTTTATT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 18, Indels: 9
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 12 0.10
82 6 0.05
83 31 0.26
84 54 0.46
85 14 0.12
ACGTcount: A:0.19, C:0.25, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (83 bp):
GCTTTACCTTTTACAGCGTTTTTCAATAAACGCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGACATTTTT
CCCATAAACACCACCACT
Found at i:5910663 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 5910486--5910675 Score: 219
Period size: 83 Copynumber: 2.3 Consensus size: 83
5910476 TTCCATAAAT
* * *
5910486 GCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGATGTTTTTCCATAAACGCCACTACTGCTTTTTACCTTTT
1 GCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGATGTTTTCCCATAAACACCACCACTGC-TTTTACCTTTT
* *
5910551 ACAGCGTTTTTCAATAAAC
65 ACAGCGTTTATCAAGAAAC
* ** *
5910570 GCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGTGGCAT-TTTTCCCATAAACACTGCCATTGC-TTTACCTTT
1 GCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTG-CG-ATGTTTTCCCATAAACACCACCACTGCTTTTACCTTT
*
5910633 TACAGCGTTTAT-AGGAAAGC
64 TACAGCGTTTATCAAGAAA-C
5910653 GCCGCTATTG--CTTTACCTTTTGC
1 GCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGC
5910676 TGCGTTTATT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 11, Indels: 10
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
81 12 0.13
82 4 0.04
83 31 0.34
84 24 0.26
85 19 0.21
86 2 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (83 bp):
GCCGCTATTGCTCTTTACCTTTTGCGATGTTTTCCCATAAACACCACCACTGCTTTTACCTTTTA
CAGCGTTTATCAAGAAAC
Found at i:5913063 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5913022--5913263 Score: 270
Period size: 40 Copynumber: 6.0 Consensus size: 40
5913012 TGTATTGCAA
* * *
5913022 TTCAG-TGATAATCTTATAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAA
1 TTCAGTTG-TAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
*
5913062 TTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
1 TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
* * **
5913102 TTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTTACAGTGTAACTGTTAG
1 TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
* **
5913142 TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTACTGG
1 TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
* ** * *
5913182 TTCAGTTGTAATCTTGTAGTGTTTACAGTGCCACTGCTAG
1 TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
* * * * * *
5913222 TTCAATTATAATCTTACAATGTTTACAGTGTTACCGCCAG
1 TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
5913262 TT
1 TT
5913264 TAGTAAATAT
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 27, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
40 172 0.99
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (40 bp):
TTCAGTTGTAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAG
Found at i:5913245 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 5913022--5913252 Score: 311
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
5913012 TGTATTGCAA
* * *
5913022 TTCAGTGATAATCTTATAGTGTTTACAGTGTCACTGCCAATTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTTA
1 TTCAGTGATAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTACCAATTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTTA
* * * * *
5913087 CAGTGTCACTGCCAGTTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTTACAGTGTAACTGTTAG
66 CAGTGCCACTGCCAGTTCAATTATAATATTACAATGTTTACAGTGTAACTGTTAG
*** * *
5913142 TTCAGTTG-TAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTACTGGTTCAGTTGTAATCTTGTAGTGTTT
1 TTCAG-TGATAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTACCAATTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTT
* *
5913206 ACAGTGCCACTGCTAGTTCAATTATAATCTTACAATGTTTACAGTGT
65 ACAGTGCCACTGCCAGTTCAATTATAATATTACAATGTTTACAGTGT
5913253 TACCGCCAGT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 15, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 93 0.98
121 2 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (120 bp):
TTCAGTGATAATATTACAGTGTTTACAGTGTCACTACCAATTCAGTTGTAATATTGCAGTGTTTA
CAGTGCCACTGCCAGTTCAATTATAATATTACAATGTTTACAGTGTAACTGTTAG
Found at i:5913596 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5913554--5913644 Score: 146
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 29
5913544 AATATATACT
5913554 ACACACGACCATGTGCTAGCCCATGTGTG
1 ACACACGACCATGTGCTAGCCCATGTGTG
* *
5913583 ACACACGACCATGTGCTAACCCGTGTGTG
1 ACACACGACCATGTGCTAGCCCATGTGTG
* *
5913612 ACACATGGCCATGTGCTAGCCCATGTGTG
1 ACACACGACCATGTGCTAGCCCATGTGTG
5913641 ACAC
1 ACAC
5913645 CCTACTTGAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 56 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (29 bp):
ACACACGACCATGTGCTAGCCCATGTGTG
Found at i:5917781 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5917740--5917789 Score: 82
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
5917730 AATCCTTTTC
5917740 TAGAAATTATGATATTAATATAATGT
1 TAGAAATTATGATATTAATATAATGT
* *
5917766 TAGAAATTTTGGTATTAATATAAT
1 TAGAAATTATGATATTAATATAAT
5917790 TTTTTTTCAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 22 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (26 bp):
TAGAAATTATGATATTAATATAATGT
Found at i:5918324 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5918279--5918327 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
5918269 TTAAAAATTA
*
5918279 TTTCCATT-TTCTTTTT
1 TTTCCATTATTCCTTTT
*
5918295 TTTTC-TTATTTCCTTTT
1 TTTCCATTA-TTCCTTTT
5918312 TTTCCATTATTCCTTT
1 TTTCCATTATTCCTTT
5918328 CTTCTTCATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 5
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.07
16 4 0.15
17 18 0.67
18 3 0.11
ACGTcount: A:0.08, C:0.20, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (17 bp):
TTTCCATTATTCCTTTT
Found at i:5918543 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 5918283--5918551 Score: 307
Period size: 131 Copynumber: 2.0 Consensus size: 132
5918273 AAATTATTTC
* * * * **
5918283 CATTTTCTTTTTTTTTCTTATTTCCTTTTTTTCCATTATTCCTTTCTTCTTCATTCTTTCTCTTT
1 CATTTTCTTGTTTTTTCTTATTTCATTTTTTTCCAGTATTCCTTTCTTCTTCATTCTTCCTCTCG
** *
5918348 TCATTTGTCTTTTCATTTCTTGGGTTCAATTAATCTTTCTGGGTTTCTATGAAATGAAATTTAAG
66 TCATTTGTCTTTTCATTTCTTGAATTCAATTAATCTTTCTGGGTTTCTATGAAAAGAAATTTAAG
5918413 AA
131 AA
* * *
5918415 TATTTT-TTGTTTTTTCTTATTTTATTTTTTT-CAGGTATTCCTTTCTTCTTCTTTCTTCCTCTC
1 CATTTTCTTGTTTTTTCTTATTTCATTTTTTTCCA-GTATTCCTTTCTTCTTCATTCTTCCTCTC
* * *
5918478 GTCATTT-TACCTTTTTC-TTTTTTGAATTC-ATTCAA-CATTTCTGTGTTTCTTTGAAAAGAAA
65 GTCATTTGT--C-TTTTCATTTCTTGAATTCAATT-AATC-TTTCTGGGTTTCTATGAAAAGAAA
5918539 TTTAAGAA
125 TTTAAGAA
5918547 CATTT
1 CATTT
5918552 CTAAGCTGCA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 16, Indels: 12
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
130 3 0.03
131 57 0.50
132 50 0.43
133 5 0.04
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.07, T:0.58
Consensus pattern (132 bp):
CATTTTCTTGTTTTTTCTTATTTCATTTTTTTCCAGTATTCCTTTCTTCTTCATTCTTCCTCTCG
TCATTTGTCTTTTCATTTCTTGAATTCAATTAATCTTTCTGGGTTTCTATGAAAAGAAATTTAAG
AA
Found at i:5919439 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 5919399--5919450 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 8.0 Consensus size: 6
5919389 GAGAAATAAT
* *
5919399 AAAAGA AAAGGA AAAGGGA AAAATGA AAAAGA AAAAGAA AAATAGA AAAAGA
1 AAAAGA AAAAGA AAA-AGA AAAA-GA AAAAGA AAAAG-A AAA-AGA AAAAGA
5919451 GATTATGACA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 8
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
6 18 0.45
7 20 0.50
8 2 0.05
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.21, T:0.04
Consensus pattern (6 bp):
AAAAGA
Found at i:5919445 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 5919399--5919450 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.9 Consensus size: 13
5919389 GAGAAATAAT
*
5919399 AAAAGAAAAGGAA
1 AAAAGAAAAAGAA
**
5919412 AAGGGAAAAATG-A
1 AAAAGAAAAA-GAA
5919425 AAAAGAAAAAGAA
1 AAAAGAAAAAGAA
5919438 AAATAGAAAAAGA
1 AAA-AGAAAAAGA
5919451 GATTATGACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 5
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
12 1 0.03
13 20 0.65
14 10 0.32
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.21, T:0.04
Consensus pattern (13 bp):
AAAAGAAAAAGAA
Found at i:5921742 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5921720--5921758 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
5921710 TTTCATAAAA
*
5921720 AAATATTTAATAAATAT-
1 AAATATTT-ACAAATATC
5921737 AAATATTTACAAATATC
1 AAATATTTACAAATATC
5921754 AAATA
1 AAATA
5921759 AATGAAACGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.35
17 13 0.65
ACGTcount: A:0.59, C:0.05, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATATTTACAAATATC
Found at i:5921806 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5921781--5921820 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
5921771 TAAATTTCAA
5921781 ATAT-AAAATATTCATCAATT
1 ATATAAAAATATTCATCAATT
*
5921801 ATATAAAAATATTTATCAAT
1 ATATAAAAATATTCATCAAT
5921821 AAACTTTACA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.22
21 14 0.78
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATATAAAAATATTCATCAATT
Found at i:5922329 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5922301--5922360 Score: 84
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
5922291 CTTCCTCCAA
* *
5922301 TTAAACTCTGTTTTTAGTTTTTCAC
1 TTAAACTCTATTTTTAGTTTTACAC
* *
5922326 TTAAATTCTATTTTTAGTTTTACTC
1 TTAAACTCTATTTTTAGTTTTACAC
5922351 TTAAACTCTA
1 TTAAACTCTA
5922361 ATTAAAGTAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 30 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (25 bp):
TTAAACTCTATTTTTAGTTTTACAC
Found at i:5922764 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 5922717--5922857 Score: 210
Period size: 43 Copynumber: 3.3 Consensus size: 43
5922707 CGCTAAAGAT
*
5922717 AACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTCTCCCACA
1 AACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTATCCCACA
* *
5922760 AACGCCGCTAACGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTATACCACA
1 AACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTATCCCACA
* * * *
5922803 AACGCTGGTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTTTCTCACA
1 AACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTATCCCACA
*
5922846 AATGCCGCTAAA
1 AACGCCGCTAAA
5922858 ATTAACAGAT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 12, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 86 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
AACGCCGCTAAAGAACATGGTCTTTAGCGGCGCTTATCCCACA
Found at i:5923186 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5923162--5923218 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
5923152 CTTGTTGCCT
* **
5923162 CTGCTTCATTCGCTTTTCTCG
1 CTGCTGCATTCGCTTCCCTCG
*
5923183 CTGCTGCCTTCGCTTCCCTCG
1 CTGCTGCATTCGCTTCCCTCG
* *
5923204 CTGATGCCTTCGCTT
1 CTGCTGCATTCGCTT
5923219 TAGTTGTAGC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 31 1.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.39, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
CTGCTGCATTCGCTTCCCTCG
Found at i:5925000 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5924937--5925210 Score: 334
Period size: 41 Copynumber: 6.7 Consensus size: 41
5924927 TCCCCATAAA
* * * *
5924937 CGCCGC-AATGCTCTGACCTTTAGTGGCGCTTTGCCAGAAA
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
* *
5924977 CACCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCATAAG
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
* * **
5925018 CGCGGCTAATACTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTCACAAG
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
* * * *
5925059 CGCCGTTAATGCTCTTACCTTTAGCGGTGCTTTCCCATAAG
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
* ** **
5925100 CACCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGTACTTTTTCACAAG
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
* *
5925141 CACCGATAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
* *
5925182 CGCTGCTAATGCTCTGACTTTTAGCGGCG
1 CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCG
5925211 TTTTTTCTAT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 35, Indels: 1
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 5 0.03
41 193 0.97
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (41 bp):
CGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTCCCACAAG
Found at i:5925069 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 5924929--5925217 Score: 391
Period size: 82 Copynumber: 3.5 Consensus size: 82
5924919 CGGTGTTTTC
* * ** * * *
5924929 CCCATAAACGCCGC-AATGCTCTGACCTTTAGTGGCGCTTTGCCAGAAACACCGCTAATGCTCTG
1 CCCATAAGCGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTCACAAGCACCGATAATGCTCTG
5924993 ACCTTTAGCGGCGCTTT
66 ACCTTTAGCGGCGCTTT
* * * * *
5925010 CCCATAAGCGCGGCTAATACTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTCACAAGCGCCGTTAATGCTCTT
1 CCCATAAGCGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTCACAAGCACCGATAATGCTCTG
*
5925075 ACCTTTAGCGGTGCTTT
66 ACCTTTAGCGGCGCTTT
* **
5925092 CCCATAAGCACCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGTACTTTTTCACAAGCACCGATAATGCTCTG
1 CCCATAAGCGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTCACAAGCACCGATAATGCTCTG
5925157 ACCTTTAGCGGCGCTTT
66 ACCTTTAGCGGCGCTTT
* * * *
5925174 CCCACAAGCGCTGCTAATGCTCTGACTTTTAGCGGCGTTTTTTC
1 CCCATAAGCGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTC
5925218 TATAAATGTC
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 28, Indels: 1
0.86 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
81 12 0.07
82 167 0.93
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (82 bp):
CCCATAAGCGCCGCTAATGCTCTGACCTTTAGCGGCGCTTTTTCACAAGCACCGATAATGCTCTG
ACCTTTAGCGGCGCTTT
Found at i:5925876 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 5925861--5925886 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
5925851 AAGATCAAAG
5925861 GATTAGTCAACC
1 GATTAGTCAACC
5925873 GATTAGTCAACC
1 GATTAGTCAACC
5925885 GA
1 GA
5925887 AGACTTTTTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (12 bp):
GATTAGTCAACC
Found at i:5928712 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 5928441--5928726 Score: 332
Period size: 58 Copynumber: 4.9 Consensus size: 59
5928431 TTTTTGGGAA
* * * * * *
5928441 AAATCAGGGTTAAAAATTGAATTTTGGAAAGTTT-GGAGGTAAAATGGTAATTCTGGATA
1 AAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAAG-GGTAAAATGGTAATTTTTGATG
* * * *
5928500 AAATTAGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT-AAATGGTAATTTTTGGTG
1 AAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGATG
* * * * *
5928558 AAATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAAGGTAAAATGATAATTTTTGGTG
1 AAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGATG
* ** *
5928617 AAAT-TGGGTCAAAAATGGAATTTTGG-AAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTATG
1 AAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGATG
*
5928674 AAATCAAGGTCAAAAATGGAATTTTGG-AAGTTTAAGGGTTAAAAT-GTAATTTT
1 AAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAAGGG-TAAAATGGTAATTTT
5928727 CAAAAAGTTT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 23, Indels: 9
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 30 0.15
58 106 0.53
59 62 0.31
60 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.26, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
AAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGATG
Found at i:5928735 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5928709--5928936 Score: 215
Period size: 30 Copynumber: 7.6 Consensus size: 30
5928699 GGAAGTTTAA
* * *
5928709 GGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTG
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
*
5928739 GGGTCAAAATATAATTTTGAAGAAGTTTTG
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
* * * * *
5928769 GGGTCAAAATATTATTTTTATAAAGCTTTA
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
* * * *
5928799 GGGCCAAAATATAATTTTGGAGAAGTTTAG
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
* * *
5928829 GGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAA-TTGTTG
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTT-TTG
** * *
5928859 GGGTTGAAATATAATTTTGAAGAAGTTTAG
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
* * * * *
5928889 GGGTTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTTA
1 GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
5928919 GGGTCAAAATATAATTTT
1 GGGTCAAAATATAATTTT
5928937 TGGATAGTTT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 40, Indels: 4
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.01
30 152 0.97
31 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.21, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
GGGTCAAAATATAATTTTGAAAAAGTTTTG
Found at i:5928748 original size:116 final size:115
Alignment explanation
Indices: 5928506--5928862 Score: 286
Period size: 116 Copynumber: 3.0 Consensus size: 115
5928496 GATAAAATTA
* * ** **
5928506 GGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGT-AAATGGTAATTTTTGGTGAAATCGGGGTCA
1 GGGTCAAAAATGGAATTTTGG-AAGTTGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTTATGAAATCAAGGTCA
* * ***
5928570 AAAATGGAATTTTGGAAAGTTCAAAGG-TAAAATGATAATTTTTGGTGAAA--TT-
64 AAAATGGAATTTTGG-AAGTTTAAGGGTTAAAATG-TAA-TTTT-CAAAAATTTTG
5928622 GGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTATGAAATCAAGGTCAA
1 GGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTT-GAGGGTAAAATGGTAATTTTTTATGAAATCAAGGTCAA
5928687 AAATGGAATTTTGGAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTG
65 AAATGGAATTTTGGAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAA-TTTTG
* * **
5928739 GGGTCAAAATAT--AATTTTGAAGAAGTTTTG-GGGTCAAAAT-ATTA-TTTTTAT-AAAGCTTT
1 GGGTCAAAA-ATGGAATTTTG--GAAG--TTGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTTATGAAA--TCA
* * ** *
5928798 AGGGCCAAAATATAATTTTGGAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAATTGTTG
58 AGGTCAAAAATGGAATTTT-G-GAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAATT-TTG
5928859 GGGT
1 GGGT
5928863 TGAAATATAA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 20, Indels: 32
0.80 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
113 3 0.01
114 4 0.02
115 21 0.10
116 81 0.40
117 16 0.08
118 28 0.14
119 9 0.04
120 41 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.25, T:0.35
Consensus pattern (115 bp):
GGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTATGAAATCAAGGTCAAA
AATGGAATTTTGGAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAATTTTG
Found at i:5928786 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 5928693--5928936 Score: 314
Period size: 60 Copynumber: 4.1 Consensus size: 60
5928683 TCAAAAATGG
* *
5928693 AATTTTG--GAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTGGGGTCAAAATAT
1 AATTTTGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
* * * * * * * *
5928751 AATTTTGAAGAAGTTTTGGGGTCAAAATATTATTTTTATAAAGCTTTAGGGCCAAAATAT
1 AATTTTGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
* * **
5928811 AATTTTGGAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAA-TTGTTGGGGTTGAAATAT
1 AATTTTGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTT-TTAGGGTCAAAATAT
* *
5928871 AATTTTGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
1 AATTTTGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
5928931 AATTTT
1 AATTTT
5928937 TGGATAGTTT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 28, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 7 0.05
59 1 0.01
60 144 0.94
61 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.21, T:0.39
Consensus pattern (60 bp):
AATTTTGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
Found at i:5928846 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 5928693--5928950 Score: 371
Period size: 120 Copynumber: 2.2 Consensus size: 120
5928683 TCAAAAATGG
*
5928693 AATTTT-G-GAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAAGTT-TTGGGGTCAAAATATAATT
1 AATTTTGGAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAA-TTGTTGGGGTCAAAATATAATT
* * *
5928755 TTGAAGAAGTTTTGGGGTCAAAATATTATTTTTATAAAGCTTTAGGGCCAAAATAT
65 TTGAAGAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGCTTTAGGGCCAAAATAT
**
5928811 AATTTTGGAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAATTGTTGGGGTTGAAATATAATTT
1 AATTTTGGAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAATTGTTGGGGTCAAAATATAATTT
* * * *
5928876 TGAAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTTAGGGTCAAAATAT
66 TGAAGAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGCTTTAGGGCCAAAATAT
*
5928931 AATTTTTGGA-TAGTTTAGGG
1 AA-TTTTGGAGAAGTTTAGGG
5928951 ACTTTTAGGG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 11, Indels: 6
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
118 6 0.05
119 3 0.02
120 109 0.87
121 7 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (120 bp):
AATTTTGGAGAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTCAAAAATTGTTGGGGTCAAAATATAATTT
TGAAGAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTAGAAAGCTTTAGGGCCAAAATAT
Found at i:5934279 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 5934237--5934275 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 4.0 Consensus size: 9
5934227 TGAGCCAACT
5934237 GCATCAGCAA
1 GCATCAGC-A
5934247 GCATCGAGCA
1 GCATC-AGCA
5934257 GCATCAGGCA
1 GCATCA-GCA
5934267 GCATCAGCA
1 GCATCAGCA
5934276 AGCAGTTGAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
9 4 0.15
10 20 0.74
11 3 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.31, G:0.26, T:0.10
Consensus pattern (9 bp):
GCATCAGCA
Found at i:5938736 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5938712--5938772 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 22
5938702 TAGTTGTATG
5938712 ACTTGTATCGGTAGAAATCA-T
1 ACTTGTATCGGTAGAAATCAGT
*
5938733 ACTTGTATCGGTAGAACT-AGT
1 ACTTGTATCGGTAGAAATCAGT
**
5938754 ACAAGTATCGGTAGAAATC
1 ACTTGTATCGGTAGAAATC
5938773 TGCACAGTTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 3
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 33 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
ACTTGTATCGGTAGAAATCAGT
Found at i:5941206 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 5941188--5941229 Score: 59
Period size: 10 Copynumber: 4.2 Consensus size: 10
5941178 GAGCCAACTA
*
5941188 CATCAAGCAG
1 CATCGAGCAG
5941198 CATCGAGCAG
1 CATCGAGCAG
5941208 CATC-AGGCAG
1 CATCGA-GCAG
5941218 CATCGAGCAG
1 CATCGAGCAG
5941228 CA
1 CA
5941230 AGCAATTGGC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 4
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.03
10 27 0.93
11 1 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.31, G:0.26, T:0.10
Consensus pattern (10 bp):
CATCGAGCAG
Found at i:5941217 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 5941188--5941229 Score: 75
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
5941178 GAGCCAACTA
5941188 CATCAAGCAGCATCGAGCAG
1 CATCAAGCAGCATCGAGCAG
*
5941208 CATCAGGCAGCATCGAGCAG
1 CATCAAGCAGCATCGAGCAG
5941228 CA
1 CA
5941230 AGCAATTGGC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.31, G:0.26, T:0.10
Consensus pattern (20 bp):
CATCAAGCAGCATCGAGCAG
Found at i:5941943 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 5941890--5941947 Score: 71
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
5941880 ACGTGGCGGC
** *
5941890 ATCCAGTCAGCAGCTTTTAGAAG
1 ATCCAGTCAGCAGCTTCCAAAAG
5941913 ATCCAGTCAGCAGCTTCCAAAAG
1 ATCCAGTCAGCAGCTTCCAAAAG
* *
5941936 GTCTAGTCAGCA
1 ATCCAGTCAGCA
5941948 AGGATGGACG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 30 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.26, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (23 bp):
ATCCAGTCAGCAGCTTCCAAAAG
Found at i:5947864 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 5947820--5947899 Score: 81
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
5947810 TAAATAGGAA
5947820 AAGGGTTACAAGG-AGATGAAAGGTG
1 AAGGGTT--AAGGAAGATGAAAGGTG
* *
5947845 AAGGGTTAAGGAAGATGAAATGTA
1 AAGGGTTAAGGAAGATGAAAGGTG
* * *
5947869 AAGAGTTAAGAAAGATAAAAGGTG
1 AAGGGTTAAGGAAGATGAAAGGTG
*
5947893 AAAGGTT
1 AAGGGTT
5947900 GAACATCCAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 3
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.09
24 34 0.76
25 7 0.16
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.34, T:0.19
Consensus pattern (24 bp):
AAGGGTTAAGGAAGATGAAAGGTG
Found at i:5951212 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5950927--5951269 Score: 652
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
5950917 TGATAATTCT
*
5950927 TTAAATTTAAAGAATCCTTTTAGTTCTTGAATGAAAATTCAATGAATTCTCGATTAATTTTCGTA
1 TTAAATTTAAAGAATCCTTTTAGTTCTTGAATGAAAATTCAATGAATTCTCGATTAATTTTCGCA
5950992 TCATATATGATCCGAGATAGCCTAACTGGTCATGTCAAATAGTAAAAGTATGTGGTTCTACAAAC
66 TCATATATGATCCGAGATAGCCTAACTGGTCATGTCAAATAGTAAAAGTATGTGGTTCTACAAAC
5951057 TTCTGATTTGCAGTAACATGTGTTTCAATTACAATAATATG
131 TTCTGATTTGCAGTAACATGTGTTTCAATTACAATAATATG
*
5951098 TTAAATTTAAAGAAT-CTTTTAGTTCTTGAATGAAAATTCATATGAATTCTCGATTAATTTTTGC
1 TTAAATTTAAAGAATCCTTTTAGTTCTTGAATGAAAATTCA-ATGAATTCTCGATTAATTTTCGC
5951162 ATCATATATGATCCGAGATAGCCTAACTGGTCATGTCAAATAGTAAAAGTATGTGGTTCTACAAA
65 ATCATATATGATCCGAGATAGCCTAACTGGTCATGTCAAATAGTAAAAGTATGTGGTTCTACAAA
5951227 CTTCTGATTTGCAGTAACATGTGTTTCAATTACAATAATATG
130 CTTCTGATTTGCAGTAACATGTGTTTCAATTACAATAATATG
5951269 T
1 T
5951270 GTATAATATA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 2, Indels: 2
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 25 0.15
171 144 0.85
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTAAATTTAAAGAATCCTTTTAGTTCTTGAATGAAAATTCAATGAATTCTCGATTAATTTTCGCA
TCATATATGATCCGAGATAGCCTAACTGGTCATGTCAAATAGTAAAAGTATGTGGTTCTACAAAC
TTCTGATTTGCAGTAACATGTGTTTCAATTACAATAATATG
Found at i:5953754 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 5953704--5953801 Score: 142
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
5953694 TTATGCGAAA
*
5953704 AAGCACCGCTAAAGTCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTACAAC
1 AAGCACCGCTAAAG-CCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCACAAC
* *
5953747 AAGCACCGCTAAAAGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCCCCAC
1 AAGCACCGCT-AAAGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCACAAC
*
5953790 AAGCGCCGCTAA
1 AAGCACCGCTAA
5953802 TATAACAGAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 3
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.04
43 44 0.88
44 4 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.32, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (42 bp):
AAGCACCGCTAAAGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCACAAC
Found at i:5953890 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5953870--5953898 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
5953860 CCTGTAAATT
5953870 CAAATCCAACCAATG
1 CAAATCCAACCAATG
5953885 CAAATCCAACCAAT
1 CAAATCCAACCAAT
5953899 AACTTCAGAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.34, G:0.03, T:0.14
Consensus pattern (15 bp):
CAAATCCAACCAATG
Found at i:5954124 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 5954108--5954145 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
5954098 TTCCTTCGCT
5954108 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
5954119 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
5954128 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
5954140 TGCCTC
1 TGCCTC
5954146 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.08
10 7 0.29
11 13 0.54
12 2 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:5954141 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5954094--5954146 Score: 88
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
5954084 CTTGTAGCCT
* *
5954094 CTGCTTCCTTCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
5954115 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
5954136 CTGCTGCCTCC
1 CTGCTGCCTCC
5954147 ACTTTAAGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 30 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
Found at i:5954218 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 5954136--5954289 Score: 236
Period size: 66 Copynumber: 2.3 Consensus size: 66
5954126 GCTTGCCTCG
* * * *
5954136 CTGCTGCCTCCACTTTAAGTTGTAGGTGGAGTTCTTCATATTTTTCTTGAGACTCTGCTTCTCTC
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTCTTGAGACTCTGCTTCTCTC
5954201 A
66 A
* * *
5954202 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTTTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGCCTCTGCTTCTCTC
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTCTTGAGACTCTGCTTCTCTC
*
5954267 G
66 A
5954268 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTG
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTG
5954290 AGCAATTTGC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 9, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 79 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.25, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (66 bp):
CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTCTTGAGACTCTGCTTCTCTC
A
Found at i:5960096 original size:69 final size:67
Alignment explanation
Indices: 5960015--5960298 Score: 210
Period size: 69 Copynumber: 4.4 Consensus size: 67
5960005 ATAATTATAT
*
5960015 AATTAAATATTTGGATTATTTTTAATTATTAAATATTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAATAT
1 AATTAAATATTTGG-TTATTTTTAATTA-TAAATATTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATAT
5960080 TTTG
64 TTTG
* * * * *
5960084 AATTAAGTATTTGGGTTGTTTTT-A--ATAAATAACTAATT-ATTA-AACTAAATAATTAAATA-
1 AATTAAATATTT-GGTTATTTTTAATTATAAAT-ATTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATAT
5960143 TTTG
64 TTTG
* * *
5960147 AATT----GTTT--TTA---ATAA-T-TAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATT
1 AATTAAATATTTGGTTATTTTTAATTATAAATATT-AATTAAATATAATTAAATAATTAAATATT
5960201 TTG
65 TTG
* * * *
5960204 AATTAAATATTTGGATT-GTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAA-TAACAT
1 AATTAAATATTTGG-TTATTTTTAATTA-TAAATA-TTAATTAAATATAATTAAATAATTAA-AT
*
5960267 ATTTTT
62 ATTTTG
*
5960273 AATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAAT
1 AATTAAATATTT-GGTTATTTTTAAT
5960299 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 21, Indels: 49
0.71 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.02
54 10 0.06
55 3 0.02
56 17 0.10
57 8 0.05
59 3 0.02
61 3 0.02
63 8 0.05
64 17 0.10
65 8 0.05
66 10 0.06
68 3 0.02
69 63 0.37
70 13 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (67 bp):
AATTAAATATTTGGTTATTTTTAATTATAAATATTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATATTT
TG
Found at i:5960246 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 5960013--5960825 Score: 450
Period size: 120 Copynumber: 7.0 Consensus size: 119
5960003 AAATAATTAT
* * *
5960013 ATAATTAAATATTTGGATTATTTTTAATTATTAAATATTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAAT
1 ATAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATAATTAAATATTAATTAAATATAATTAAATAATTAAAT
* * *
5960078 ATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAA
66 ATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATTATTAAACTAA
* *
5960132 ATAATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATA
1 ATAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATAATTAAATATT-AATTAAATATAATTAAATAATTAAA
* *
5960197 TATTTTGAATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAA-T--
65 TATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATT-ATTAAACTAA
* * * * *** * **
5960249 GTATTTAAATA-AT-AA-CATATTTT--TAATTAAATA-T--TTCGGT-T-GTT-TTTAA-TAAA
1 ATAATTAAATATTTGAATTAT-TTTTAATAATTAAATATTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
* * *
5960302 TA-----A-TTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATT-AACT--
65 TATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATT-ATTAAACTAA
* * * * * ** ** * * *
5960349 ATAATTAAGTAATT-AAATATTTTGAATTAAGTATTTAGGTTGTTTTTAATA-AATAACTAATTA
1 ATAATTAAATATTTGAATTATTTTTAA-TAATTAAATA--TT-AATTAAATATAATTA--AATAA
** * *
5960412 TTAAACTA-AAT-AATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAAT-ATTAAATTAAA-T--
60 TTAAA-TATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATT--ATTAAACTAA
* * * *** *
5960469 ATAATTAAATAATT--A-TATATTTT--GAATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATT
1 ATAATTAAATATTTGAATTAT-TTTTAATAATTAAATA-TT-AATT-AAAT-ATAATTAAATAAT
* ** * * *** * ** ** * *
5960529 TAATTA-AATGTATTTAAATAATAACA-TATTTTTAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAA-TAA
61 TAAATATTTTG-AATTAAATATTTGGATTGTTTTTAA-TAAATAAAT--AAT-TATTAAACTAA
* * * *
5960590 ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
1 ATAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATAATTAAATA-TTAATTAAATATAATTAAATAATTAAA
* * *
5960655 TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAA
65 TATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATTATTAAACTAA
* *
5960710 ATAATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATA
1 ATAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATAATTAAATATT-AATTAAATATAATTAAATAATTAAA
* *
5960775 TATTTTGAATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAA
65 TATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATT-ATTAAA
5960826 TGTATTTAAA
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 106, Indels: 103
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
99 18 0.03
100 32 0.06
101 6 0.01
102 2 0.00
104 7 0.01
105 5 0.01
106 3 0.01
107 3 0.01
108 1 0.00
109 3 0.01
110 3 0.01
111 1 0.00
112 1 0.00
113 10 0.02
114 3 0.01
115 20 0.04
116 26 0.05
117 26 0.05
118 7 0.01
119 88 0.16
120 192 0.36
121 16 0.03
122 31 0.06
123 16 0.03
124 5 0.01
125 11 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (119 bp):
ATAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATAATTAAATATTAATTAAATATAATTAAATAATTAAAT
ATTTTGAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAATAAATAATTATTAAACTAA
Found at i:5960306 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5960272--5960328 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
5960262 AACATATTTT
5960272 TAATTAAATATTTCGG-TTGTTTTTAATAAA
1 TAATTAAATATTT-GGATTGTTTTTAATAAA
5960302 TAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAAT
1 TAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAAT
5960329 TATTAAATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.08
30 24 0.92
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.11, T:0.53
Consensus pattern (30 bp):
TAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAA
Found at i:5960335 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5960272--5960340 Score: 90
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
5960262 AACATATTTT
5960272 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAAA
1 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAAT--A
5960302 TAATTAAATATTT-GGATTGTTTTTAAT-
1 TAATTAAATATTTCGG-TTGTTTTTAATA
5960329 T-ATTAAATATTT
1 TAATTAAATATTT
5960341 AATTAACTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 6
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
26 11 0.29
27 1 0.03
29 2 0.05
30 24 0.63
ACGTcount: A:0.36, C:0.01, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (28 bp):
TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATA
Found at i:5960531 original size:289 final size:289
Alignment explanation
Indices: 5960013--5961075 Score: 1778
Period size: 289 Copynumber: 3.7 Consensus size: 289
5960003 AAATAATTAT
*
5960013 ATAATTAAATATTTGGATTATTTTTAATTATTAAATA-TTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
1 ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
5960077 TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
66 TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
5960142 ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
131 ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
5960207 TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATATTTT
196 TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATATTTT
5960272 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAA
261 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAA
*
5960301 ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAACTATAATTAAGTAATTAAA
1 ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
*
5960366 TATTTTGAATTAAGTATTTAGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
66 TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
5960431 ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
131 ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
5960496 TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATATTTT
196 TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATATTTT
5960561 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAA
261 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAA
5960590 ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
1 ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
5960655 TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
66 TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
5960720 ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
131 ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
5960785 TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATA-TTT
196 TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATATTTT
5960849 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAAATAATTA
261 TAATTAAATATTTCGGTTG-TTTT--T-AAT-A--A
*
5960885 ATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAACTAA
1 A-T--A-A-TTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAA
* * * * * * * ** ** *
5960950 TAAAATATTTTTAATTAAATATTTGGGTTATTTTTAAT--AT--TTATTTATTTATTTATTTATT
61 TTAAATATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAAT
* * * * * *
5961011 TAAATATTTGAATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTATATATAACTAAATAATAAAATATTT
126 TAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTT
5961076 AATTATATAT
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 24, Indels: 18
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
288 58 0.08
289 507 0.69
291 1 0.00
292 3 0.00
293 1 0.00
295 2 0.00
296 73 0.10
298 3 0.00
299 1 0.00
300 89 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (289 bp):
ATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAAA
TATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAAT
ATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTGAAT
TAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATATTTT
TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAA
Found at i:5960535 original size:69 final size:67
Alignment explanation
Indices: 5960422--5960900 Score: 305
Period size: 69 Copynumber: 6.9 Consensus size: 67
5960412 TTAAACTAAA
* *
5960422 TAATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATAT
1 TAATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTA-AT
5960487 ATTT
64 ATTT
* * *
5960491 TGAATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACAT
1 T-AATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTA-AT
5960556 ATTTT
64 A-TTT
* *** *
5960561 TAATTAAATATTTCGG-TTGTTTTTAATAAATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAA
1 TAATTAAATATTT-GGATTG--TTT--T-AATAATTAAATATTT--AAT-TAAAT-ATAATTAAA
* * *
5960625 TATTTAATTAAATA
56 TAATTAA-T-ATTT
* * * * * * * ** *** * *
5960639 TAATTAAGTAATT-AAATATTTT--GAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAA-TAAATAACTAATT
1 TAATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTT-AATTAAATATAATTAAATAATTAA-T
5960700 ATTAAACT
64 ATT----T
* *
5960708 AAATAATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTA
1 ---TAATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTA
5960773 TATATTT
62 -ATATTT
* * *
5960780 TGAATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACAT
1 T-AATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTA-AT
5960845 ATTT
64 ATTT
*
5960849 TAATTAAATATTTCGG-TTGTTTT--TAA-TAAATAATTAATTAAATAT--TTAAATA
1 TAATTAAATATTT-GGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATA
5960901 TTTGGATTGT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 55, Indels: 66
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
63 7 0.02
65 19 0.06
66 14 0.04
67 2 0.01
68 23 0.07
69 107 0.33
70 51 0.16
71 3 0.01
72 12 0.04
73 5 0.02
74 19 0.06
75 9 0.03
76 25 0.08
77 5 0.02
78 23 0.07
79 1 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (67 bp):
TAATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAATAT
TT
Found at i:5960595 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5960561--5960617 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
5960551 AACATATTTT
5960561 TAATTAAATATTTCGG-TTGTTTTTAATAAA
1 TAATTAAATATTT-GGATTGTTTTTAATAAA
5960591 TAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAAT
1 TAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAAT
5960618 TATTAAATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.08
30 24 0.92
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.11, T:0.53
Consensus pattern (30 bp):
TAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATAAA
Found at i:5960624 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5960561--5960629 Score: 90
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
5960551 AACATATTTT
5960561 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAAA
1 TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAAT--A
5960591 TAATTAAATATTT-GGATTGTTTTTAAT-
1 TAATTAAATATTTCGG-TTGTTTTTAATA
5960618 T-ATTAAATATTT
1 TAATTAAATATTT
5960630 AATTAAATAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 6
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
26 11 0.29
27 1 0.03
29 2 0.05
30 24 0.63
ACGTcount: A:0.36, C:0.01, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (28 bp):
TAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATA
Found at i:5960879 original size:112 final size:112
Alignment explanation
Indices: 5960763--5961085 Score: 402
Period size: 116 Copynumber: 2.9 Consensus size: 112
5960753 TAAATATAAT
* *
5960763 TAAATAATTATATATTTTGAATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAAT
1 TAAATAATTATATATTTT-ATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAAT
* * * *
5960827 GTATTTAAATAATAACATATTTTAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAA
65 ATAATTAAATAATAAAATATTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAA
**
5960875 TAAATAATTA-AT-TAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAAT
1 TAAATAATTATATAT-TTTATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAAT
* *
5960938 ATAATTAACTAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTGGGTTATTTTTAA
65 ATAATTAAATAATAAAATA-TTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAA
** * * * *
5960987 TATTTATTTATTTATTTATTTATTTAAATATTTGAATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAT
1 TAAATAATTA--TATAT-TTTATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAA
* *
5961052 ATATAACTAAATAATAAAATA-TTTAATTATATAT
63 ATATAATTAAATAATAAAATATTTTAATTAAATAT
5961086 AACTAAATAA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 20, Indels: 12
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
110 18 0.10
111 44 0.24
112 44 0.24
114 12 0.07
115 2 0.01
116 64 0.35
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.05, T:0.52
Consensus pattern (112 bp):
TAAATAATTATATATTTTATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATA
TAATTAAATAATAAAATATTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAA
Found at i:5960996 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 5960987--5961012 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 6.5 Consensus size: 4
5960977 TTATTTTTAA
5960987 TATT TATT TATT TATT TATT TATT TA
1 TATT TATT TATT TATT TATT TATT TA
5961013 AATATTTGAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 22 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (4 bp):
TATT
Found at i:5961039 original size:116 final size:112
Alignment explanation
Indices: 5960294--5961075 Score: 431
Period size: 120 Copynumber: 6.7 Consensus size: 112
5960284 TCGGTTGTTT
* * *
5960294 TTAA-TAAATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAACTATAATTAAG
1 TTAATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
* * * * *
5960358 TAATTAAATATTTTGAATTAAGTATTTAGGTTGTTTTTAATAAATAA
66 TAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAATAAATAA
* * * *
5960405 CTAATTATTAAACTAAATAATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATA
1 -T--TAATTAAA-T--AT--TTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATA
* * * * *
5960470 TAATTAAATAATTATATATTTTGAATTAAATATTT-GGATTGTTTTAATAATTAAATAT
58 TAATTAAATAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTCGG-TTATTTT--TAA-TAAATAA
* *** * ** *** *
5960528 TTAATTAAATGTATTTAAATAATAACA-TATTTTT-A--ATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAA-T
1 TTAATTAAA--TATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTT-AATTAAATATAATT
* ** * ***
5960588 AAATAATTAAATATTTGGATTGTTTTTAAT-TATT-AAATATTTAATTAAATATAATTAA
63 AAATAATAAAATATTT---TT-AATTAAATAT-TTCGGTTATTT--TT-AATA-AA-TAA
* * * * * *
5960646 GTAATTAAATATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATT-ATTAAACTAA
1 TTAATTAAATA-TTT--A--AA-TATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAA-T--
* * * * *** ** *
5960710 ATAATTAAATATTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATA-TTAAATTAAATATAATTAAATAA
57 ATAATTAAATA-ATAAAAT-ATTTT--TAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAA-TAAATAA
** * * * *
5960770 TT-ATATATTTTGAATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTT
1 TTAAT-TA-AAT-ATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATT
* *
5960833 AAATAATAACATA-TTTTAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAAATAA
63 AAATAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAATAAATAA
*
5960882 TTAATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAC
1 TTAATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
* * *
5960947 TAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTGGGTTATTTTTAATATTTATTTAT
66 TAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAATA---A-ATAA
* ** * * *
5960998 TTATTTATTTATTTAAATATTTGAATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTATATATAACTAAA
1 TTAATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
5961063 TAATAAAATATTT
66 TAATAAAATATTT
5961076 AATTATATAT
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 101, Indels: 110
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
110 17 0.03
111 42 0.08
112 51 0.10
113 36 0.07
114 11 0.02
115 6 0.01
116 94 0.18
117 32 0.06
118 12 0.02
119 22 0.04
120 103 0.20
121 5 0.01
122 7 0.01
123 15 0.03
124 9 0.02
125 8 0.02
126 12 0.02
127 6 0.01
128 16 0.03
129 5 0.01
130 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (112 bp):
TTAATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAA
TAATAAAATATTTTTAATTAAATATTTCGGTTATTTTTAATAAATAA
Found at i:5961045 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 5960959--5961051 Score: 107
Period size: 46 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
5960949 ATAAAATATT
** ** *
5960959 TTTAATTAAATATTTGGGTTATTTTTAATATTTATTTATTTATTTA
1 TTTAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATATTTAAATATTTAATTA
* *
5961005 TTTATTTAAATATTTGAATTGTTTTTAAT-TATTAAATATTTAATTA
1 TTTAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATAT-TTAAATATTTAATTA
5961051 T
1 T
5961052 ATATAACTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 7, Indels: 2
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 1 0.03
46 38 0.97
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.05, T:0.61
Consensus pattern (46 bp):
TTTAATTAAATATTTGAATTATTTTTAATATTTAAATATTTAATTA
Found at i:5961072 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5961038--5961111 Score: 148
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
5961028 TTTAATTATT
5961038 AAATATTTAATTATATATAACTAAATAATA
1 AAATATTTAATTATATATAACTAAATAATA
5961068 AAATATTTAATTATATATAACTAAATAATA
1 AAATATTTAATTATATATAACTAAATAATA
5961098 AAATATTTAATTAT
1 AAATATTTAATTAT
5961112 TAAATATTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 44 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (30 bp):
AAATATTTAATTATATATAACTAAATAATA
Found at i:5961077 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5960592--5960975 Score: 428
Period size: 180 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179
5960582 TTTAATAAAT
* * * *
5960592 AATTAAATATTTGGATTGTTTTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAAGTAATTAA-AT
1 AATTAAATATTTGGATTG-TTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAA-TAACAT
* *** * * * *
5960656 ATTTTGAATTAAGTATTTGGGTTGTTTTTAATAAATAACTAATTATTAAACTAAATAATTAAATA
64 ATTTT-AATTAAATATTT-CAAT-TATAT-AT-AAT-A--AATAATT-AA-TAAATATTTAAATA
* *
5960721 TTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATTATATATTTTG
119 TTTGAATTGTTTTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATAAAATATTTTG
5960782 AATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATAT
1 AATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATAT
** * * * *
5960847 TTTAATTAAATATTTCGGTTGTTTTTAATAAATAATTAATTAAATATTTAAATATTTGGATTGTT
66 TTTAATTAAATATTTCAATTATATATAATAAATAATTAA-TAAATATTTAAATATTTGAATTGTT
* * * *
5960912 TTTAATTATTAAATATTTAATTAAATATAATTAACTAATAAAATATTTTT
130 TTTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATAAAATATTTTG
5960962 AATTAAATATTTGG
1 AATTAAATATTTGG
5960976 GTTATTTTTA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 19, Indels: 12
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 83 0.48
181 6 0.03
183 1 0.01
184 3 0.02
185 1 0.01
186 4 0.02
187 2 0.01
188 14 0.08
189 42 0.24
190 18 0.10
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (179 bp):
AATTAAATATTTGGATTGTTTTAATAATTAAATATTTAATTAAATGTATTTAAATAATAACATAT
TTTAATTAAATATTTCAATTATATATAATAAATAATTAATAAATATTTAAATATTTGAATTGTTT
TTAATAATTAAATATTAAATTAAATATAATTAAATAATAAAATATTTTG
Found at i:5961176 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 5961154--5961236 Score: 67
Period size: 8 Copynumber: 10.1 Consensus size: 8
5961144 GGCTATTTTT
5961154 AATAATTAA
1 AATAATT-A
5961163 ATATAATTA
1 A-ATAATTA
5961172 AATAATTA
1 AATAATTA
*
5961180 ACTAATTA
1 AATAATTA
* *
5961188 AATATTTG
1 AATAATTA
** *
5961196 AATTTTTT
1 AATAATTA
5961204 AATAATTA
1 AATAATTA
*
5961212 AATTATTA
1 AATAATTA
*
5961220 AATATTTA
1 AATAATTA
*
5961228 AATATTTA
1 AATAATTA
5961236 A
1 A
5961237 TTAGTAATAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 12, Indels: 3
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
8 52 0.85
9 3 0.05
10 6 0.10
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (8 bp):
AATAATTA
Found at i:5964173 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5964128--5964206 Score: 140
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
5964118 ATTTATTATT
5964128 TGACTTTTAGCGGCGCTTTTACATAAGCGCCGCTAATGATC
1 TGACTTTTAGCGGCGCTTTTACATAAGCGCCGCTAATGATC
* *
5964169 TGACTTTTAGCGGCGCTTTTTCATAAGCGTCGCTAATG
1 TGACTTTTAGCGGCGCTTTTACATAAGCGCCGCTAATG
5964207 CTCTTTTCCA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 36 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (41 bp):
TGACTTTTAGCGGCGCTTTTACATAAGCGCCGCTAATGATC
Found at i:5965664 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 5965614--5965895 Score: 298
Period size: 41 Copynumber: 6.9 Consensus size: 40
5965604 GCTTATGGGA
* * *
5965614 AAGCGCCGCTATTGTTCCGGCCTTTAGCGGCGCTTTCCTAT
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTTCC-AT
* *
5965655 AAGCACCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTGCACAT
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTTC-CAT
**
5965696 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCCTACCCAT
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCG-CTTTCCAT
* * **
5965737 AAGCGTCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCAGCGCTTATGGGA-
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTT-T-CCAT
* * * * *
5965778 AAGCGTCGCTGTTGCTCTGACATTTAGCGGCACTTTACCGT
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTT-CCAT
5965819 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCAT
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGC-TTTCCAT
* * * * *
5965860 AAGCGCCGCTATTCCT-CTACCTTTTGCGGCGTTTTC
1 AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTTC
5965896 TTTCCAAACG
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 32, Indels: 14
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 4 0.02
40 16 0.08
41 175 0.86
42 8 0.04
ACGTcount: A:0.15, C:0.32, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (40 bp):
AAGCGCCGCTGTTGCTCCGACCTTTAGCGGCGCTTTCCAT
Found at i:5967052 original size:211 final size:211
Alignment explanation
Indices: 5966671--5967063 Score: 633
Period size: 211 Copynumber: 1.9 Consensus size: 211
5966661 TTGAGTTTCT
*
5966671 AGATTAAGTTAATACTAGTAAATGTATTCATTTTCAAAAGAAGTTGCTCTGGTAGCGTATGGAGG
1 AGATTAAGTTAATACTAGTAAATGTATTCATTTTCAAAAAAAGTTGCTCTGGTAGCGTATGGAGG
* *
5966736 CTGCAATTTCCAATATTTATAAATTATTTATAACGCAAGCTGAAATCTACAAAATTTATAAATGC
66 CCGCAATTTCCAATATTTATAAATTATTTATAACGCAAGCTGAAATCTACAAAATGTATAAATGC
* * * *
5966801 CTCAATCTTGCTGTCTTCAAATGTAACCTCCCACATTTGACTTAGACGTTATAACTTTGAAGGTC
131 CTCAATCTTGCTGCCTTCAAATCTAACCTCCCAAATTTGACTTAAACGTTATAACTTTGAAGGTC
5966866 ACATCAATCATCCGAA
196 ACATCAATCATCCGAA
* * * *
5966882 AGATTAGGTTATTACTAGTCAGTGTATTCATTTTCAAAAAAAGTTGCTCTGGTAGCGTATGGAGG
1 AGATTAAGTTAATACTAGTAAATGTATTCATTTTCAAAAAAAGTTGCTCTGGTAGCGTATGGAGG
* * *
5966947 CCGCAATTTTCAATATTTATAAATTATTTATAACGCAAGCTGAAATCTACAATATGTATAAATGT
66 CCGCAATTTCCAATATTTATAAATTATTTATAACGCAAGCTGAAATCTACAAAATGTATAAATGC
* * *
5967012 CTTAATCTTGTTGCCTTCAAATCTAACCTCTCAAATTTGACTTAAACGTTAT
131 CTCAATCTTGCTGCCTTCAAATCTAACCTCCCAAATTTGACTTAAACGTTAT
5967064 GACCTAATCT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 17, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
211 165 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (211 bp):
AGATTAAGTTAATACTAGTAAATGTATTCATTTTCAAAAAAAGTTGCTCTGGTAGCGTATGGAGG
CCGCAATTTCCAATATTTATAAATTATTTATAACGCAAGCTGAAATCTACAAAATGTATAAATGC
CTCAATCTTGCTGCCTTCAAATCTAACCTCCCAAATTTGACTTAAACGTTATAACTTTGAAGGTC
ACATCAATCATCCGAA
Found at i:5971389 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 5971370--5971398 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
5971360 AAGAACATGG
5971370 TCTTTAGCGGCGCT
1 TCTTTAGCGGCGCT
5971384 TCTTTAGCGGCGCT
1 TCTTTAGCGGCGCT
5971398 T
1 T
5971399 TCCCACAAGC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.28, G:0.28, T:0.38
Consensus pattern (14 bp):
TCTTTAGCGGCGCT
Found at i:5971548 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5971528--5971556 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
5971518 CCTGTAAATT
5971528 CAAATCCAACCAATG
1 CAAATCCAACCAATG
5971543 CAAATCCAACCAAT
1 CAAATCCAACCAAT
5971557 AACTTCAAAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.34, G:0.03, T:0.14
Consensus pattern (15 bp):
CAAATCCAACCAATG
Found at i:5971781 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5971757--5971812 Score: 85
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
5971747 TTGTAGCCTA
* *
5971757 TGCTTCCTTCACTTGCCTCGC
1 TGCTGCCTCCACTTGCCTCGC
*
5971778 TGCTGCCTCCGCTTGCCTCGC
1 TGCTGCCTCCACTTGCCTCGC
5971799 TGCTGCCTCCACTT
1 TGCTGCCTCCACTT
5971813 TAAGTTGTAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 31 1.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.45, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (21 bp):
TGCTGCCTCCACTTGCCTCGC
Found at i:5971786 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 5971770--5971807 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
5971760 TTCCTTCACT
5971770 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
5971781 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
5971790 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
5971802 TGCCTC
1 TGCCTC
5971808 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.08
10 7 0.29
11 13 0.54
12 2 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:5971942 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 5971794--5971952 Score: 223
Period size: 66 Copynumber: 2.4 Consensus size: 67
5971784 CTCCGCTTGC
* * *
5971794 CTCGCTGC-TGCCTCCACTTTAAGTTGTAGGTGGAGTTCTTCATATTTTTTTTTGAGACTCTGCT
1 CTCGCTGCAT-CCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTTGAGACTCTGCT
5971858 TCT
65 TCT
* * * * *
5971861 CTCACTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTTTAGATGGAGTTCATCATA-TTTTTTTTGAGCCTTTGCTT
1 CTCGCTGCATCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTTGAGACTCTGCTT
5971925 CT
66 CT
5971927 CTCGCTGCATCCTCCTCTTTAAGTTG
1 CTCGCTGCATCCTCCTCTTTAAGTTG
5971953 AGCAATTTGC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 11, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
66 43 0.54
67 37 0.46
ACGTcount: A:0.14, C:0.25, G:0.17, T:0.44
Consensus pattern (67 bp):
CTCGCTGCATCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTTGAGACTCTGCTT
CT
Found at i:5977453 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 5977440--5977511 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 8.8 Consensus size: 8
5977430 TTGTTTTTAT
5977440 TAATTAAA
1 TAATTAAA
5977448 TAATTAAA
1 TAATTAAA
*
5977456 T-ATTTAA
1 TAATTAAA
*
5977463 T--TTAGTA
1 TAATTA-AA
5977470 TAATTAAA
1 TAATTAAA
5977478 TAATTAATTA
1 TAATTAA--A
*
5977488 AAATTAAA
1 TAATTAAA
5977496 TAATTATATA
1 TAATTA-A-A
5977506 TAATTA
1 TAATTA
5977512 TTTACGAAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 12
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
6 2 0.04
7 8 0.16
8 23 0.45
9 4 0.08
10 14 0.27
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (8 bp):
TAATTAAA
Found at i:5977510 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5977468--5977511 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
5977458 TTTAATTTAG
5977468 TATAATTAAATAATTAAT
1 TATAATTAAATAATTAAT
*
5977486 TAAAATTAAATAATT-AT
1 TATAATTAAATAATTAAT
5977503 ATATAATTA
1 -TATAATTA
5977512 TTTACGAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.09
18 21 0.91
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
TATAATTAAATAATTAAT
Found at i:5977609 original size:112 final size:111
Alignment explanation
Indices: 5977558--5978359 Score: 1185
Period size: 112 Copynumber: 7.3 Consensus size: 111
5977548 TATAATTGAA
*
5977558 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAGTT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
5977623 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
66 ATTTAC-TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
*
5977670 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAGTT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
5977735 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
66 ATTTAC-TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
* *
5977782 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
* *
5977847 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATT
66 ATTTAC-TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
* *
5977894 TAAGTAATTGGTACTG-------TT---T--ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
* * *
5977947 ATTTAGTTTA-AT-A-T-AAT---TAAATATTTTAAATTAATTATT
66 ATTTACTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
5977986 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
* ** * *
5978051 ATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCGACTTAATTATT
66 ATTTA-CTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
*
5978098 TAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
* *
5978163 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATTTT
66 ATTTAC-TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
*
5978210 TAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
* *
5978275 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCA-TTCAAATTAAATTTT
66 ATTTAC-TTAATATAATTAAATAATTAAAT-ATTTTAAATTAAATATT
* *
5978322 TAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATATATAATTA
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTA
5978360 TTTAATTATT
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 32, Indels: 44
0.89 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
92 33 0.05
95 3 0.00
96 1 0.00
97 1 0.00
98 2 0.00
99 5 0.01
100 37 0.06
102 2 0.00
104 39 0.06
105 5 0.01
106 2 0.00
107 1 0.00
108 1 0.00
109 3 0.00
112 501 0.79
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (111 bp):
TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
ATTTACTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATT
Found at i:5977612 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5977589--5978304 Score: 163
Period size: 18 Copynumber: 39.6 Consensus size: 18
5977579 AATTAAATAC
*
5977589 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5977607 ATAATTTAATATAGTTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5977625 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
5977643 ATAATTAAATATTTTAAATTAA
1 ATAATTAAATA---T-AATTAA
*
5977665 AT-ATTTAAT-TAATTGATA
1 ATAATTAAATATAATT-A-A
* ** * *
5977683 CTGTTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
5977701 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5977719 ATAATTTAATATAGTTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5977737 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
5977755 ATAATTAAATATTTTAAATTAA
1 ATAATTAAATA---T-AATTAA
*
5977777 AT-ATTTAAT-TAATTGATA
1 ATAATTAAATATAATT-A-A
* ** * *
5977795 CTGTTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
5977813 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * * *
5977831 TTGATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5977849 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
5977867 ATAATTAAATCT-ATT--
1 ATAATTAAATATAATTAA
5977882 A-AATTAAATAT--TTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* ** * *
5977897 GTAATT-GGTACT-GTT-T
1 ATAATTAAATA-TAATTAA
*
5977913 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
5977931 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5977949 TTAGTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
5977967 ATATTTTAAAT-TAATTAT
1 ATA-ATTAAATATAATTAA
* *
5977985 TTAATT-AAT-TGA-T-A
1 ATAATTAAATATAATTAA
* ** * *
5977999 CTGTTTACAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
5978017 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
5978035 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5978053 TTAGTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
5978071 ATAATTAAATATTTCGACTT-A
1 ATAATTAAATA--T--AATTAA
* *
5978092 ATTATTTAAT-TAATTGATA
1 ATAATTAAATATAATT-A-A
* ** * *
5978111 CTGTTTATAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
5978129 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
5978147 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5978165 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
5978183 ATAATTAAATCTTTTAAATTAA
1 ATAATTAAA---TAT-AATTAA
* *
5978205 AT-TTTTAAT-TAATTGATA
1 ATAATTAAATATAATT-A-A
* ** * *
5978223 CTGTTTATAAT-TAAATAC
1 ATAATTA-AATATAATTAA
*
5978241 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
5978259 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* * *
5978277 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
5978295 ATAATTAAAT
1 ATAATTAAAT
5978305 CATTCAAATT
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 150, Indels: 100
0.67 0.20 0.13
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.00
14 12 0.02
15 4 0.01
16 36 0.07
17 27 0.05
18 312 0.63
19 20 0.04
20 29 0.06
21 29 0.06
22 27 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATATAATTAA
Found at i:5977628 original size:50 final size:49
Alignment explanation
Indices: 5977525--5977659 Score: 115
Period size: 50 Copynumber: 2.8 Consensus size: 49
5977515 ACGAAAATAT
* * *
5977525 TTTA-AATTAAATATTTAATTAAATATAATTGAATAA-TTAATTGATACTG
1 TTTACAATTAAATA-ATAATTAAA-ATAATTAAATAATTTAATTGATACTA
*
5977574 TTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAA-T-ATAGTTA
1 TTTACAATTAAATA-ATAATTAAA-ATAATTAAATAATTTAATTGATA-CTA
* *
5977624 TTTAC--TTTAAT-ATAATT-AAATAATTAAATATTTTAA
1 TTTACAATTAAATAATAATTAAAATAATTAAATAATTTAA
5977660 ATTAAATATT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 11
0.80 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
44 16 0.21
45 2 0.03
46 6 0.08
48 5 0.07
49 7 0.09
50 35 0.47
51 4 0.05
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (49 bp):
TTTACAATTAAATAATAATTAAAATAATTAAATAATTTAATTGATACTA
Found at i:5978011 original size:316 final size:319
Alignment explanation
Indices: 5977589--5978359 Score: 1109
Period size: 316 Copynumber: 2.3 Consensus size: 319
5977579 AATTAAATAC
*
5977589 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAGTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATA
1 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATA---A-TTA-TTTAATTTAA-T--ATAATTAAATA
*
5977654 TTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAA
58 TTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAA
* *
5977719 ATAATTTAATATAGTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTA
123 ATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCAAATTAAATATTTA
* *
5977784 ATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTAT
188 ATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTAT
*
5977849 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTG-TT-
253 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTA
5977912 T-
318 TA
*
5977913 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATATTTTAAAT
1 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAAATATTTTAAAT
5977978 TAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTA
66 TAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTA
* * * *
5978043 ATATAATTATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCGACTTAATTATTTAATTAATTG
131 ATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCAAATTAAATATTTAATTAATTG
*
5978108 ATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTA
196 ATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTA
* * *
5978173 ATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATTTTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAA
261 ATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTG----T--TT--A
5978238 TA
318 TA
*
5978240 CATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
1 -ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAAAT-A-T---T
* *
5978305 CATTCAAATTAAATT-TTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATATATAATTA
60 --TT-AAATT-AATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTA
5978360 TTTAATTATT
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 19, Indels: 30
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 253 0.62
318 1 0.00
319 8 0.02
320 3 0.01
321 1 0.00
323 2 0.00
324 31 0.08
326 1 0.00
328 55 0.14
329 1 0.00
330 1 0.00
333 1 0.00
335 2 0.00
336 43 0.11
337 4 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (319 bp):
ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAAATATTTTAAAT
TAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTA
ATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCAAATTAAATATTTAATTAATTG
ATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTA
ATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTATA
Found at i:5978188 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 5978129--5978303 Score: 205
Period size: 54 Copynumber: 3.2 Consensus size: 54
5978119 AATTAAATAC
5978129 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAA
* * * * *
5978183 ATAATTAAATCTTTTAAATTAAAT-TTTTAAT-TAATTGA--TACTGTTTATAATTAAATAC
1 ATAATTAAA-C--AT-AATTAAATAATTTAATATAATT-ATTTACT-TTAAT-A-TAATTAA
5978241 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAA
5978295 ATAATTAAA
1 ATAATTAAA
5978304 TCATTCAAAT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 10, Indels: 24
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
54 31 0.31
55 14 0.14
56 18 0.18
57 14 0.14
58 22 0.22
ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (54 bp):
ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAA
Found at i:5978217 original size:428 final size:428
Alignment explanation
Indices: 5977558--5978349 Score: 1424
Period size: 428 Copynumber: 1.9 Consensus size: 428
5977548 TATAATTGAA
*
5977558 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAGTT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
*
5977623 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTT
66 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTT
*
5977688 TACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAGTTATTTACTTTAATATAATT
131 TACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATT
5977753 AAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAAT
196 AAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAAT
* *
5977818 TAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATT-
261 TAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATC-ATTC
*
5977882 AAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
325 AAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
5977947 ATTTAGTTTAATATAATTAAATATTTTAAATTAATTATT
390 ATTTAGTTTAATATAATTAAATATTTTAAATTAATTATT
5977986 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
1 TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
* * * *
5978051 ATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCGACTTAATTATTTAATTAATTGATACTGTT
66 ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTT
*
5978116 TATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATT
131 TACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATT
* * *
5978181 AAATAATTAAATCTTTTAAATTAAATTTTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAAT
196 AAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAAT
5978246 TAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCATTCA
261 TAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCATTCA
* *
5978311 AATTAAATTTTTAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAA
326 AATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTATAATTAAA
5978350 TATATAATTA
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 16, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
427 3 0.01
428 344 0.99
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (428 bp):
TAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT
ATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTCAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTT
TACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATT
AAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAAT
TAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCATTCA
AATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTA
TTTAGTTTAATATAATTAAATATTTTAAATTAATTATT
Found at i:5980705 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 5980687--5980719 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
5980677 TGGGAGTGAA
5980687 GAGGGAACGGAGT
1 GAGGGAACGGAGT
*
5980700 GAGGGAATGGAGT
1 GAGGGAACGGAGT
5980713 GAGGGAA
1 GAGGGAA
5980720 ACAGAGAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.55, T:0.09
Consensus pattern (13 bp):
GAGGGAACGGAGT
Found at i:5980767 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 5980749--5980781 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
5980739 CCGGCGTGAA
5980749 GAGGGAACGGAGT
1 GAGGGAACGGAGT
*
5980762 GAGGGAATGGAGT
1 GAGGGAACGGAGT
5980775 GAGGGAA
1 GAGGGAA
5980782 GCAGATTGTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.55, T:0.09
Consensus pattern (13 bp):
GAGGGAACGGAGT
Found at i:5981583 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5981561--5981638 Score: 79
Period size: 17 Copynumber: 4.8 Consensus size: 16
5981551 TTAAAATGAT
*
5981561 TTAAATTGAAATTTATC
1 TTAAATTTAAATTTA-C
*
5981578 TTAAATTTAAATTTAA
1 TTAAATTTAAATTTAC
5981594 TT--ATTTAAATTTACC
1 TTAAATTTAAATTTA-C
*
5981609 TTAAATTTAAATTTAAAT
1 TTAAATTTAAATTT--AC
5981627 TTAAATTTAAAT
1 TTAAATTTAAAT
5981639 ACTAAATTCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 9
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.21
15 2 0.04
16 2 0.04
17 24 0.46
18 12 0.23
19 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.01, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
TTAAATTTAAATTTAC
Found at i:5981587 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 5981559--5981638 Score: 85
Period size: 6 Copynumber: 13.3 Consensus size: 6
5981549 ATTTAAAATG
*
5981559 ATTTAA ATTGAA ATTT-- ATCTTAA ATTTAA ATTTAA TTATTTAA ATTT-A
1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA AT-TTAA ATTTAA ATTTAA --ATTTAA ATTTAA
**
5981607 CCTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA AT
1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA AT
5981639 ACTAAATTCA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 12
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.03
5 5 0.08
6 47 0.76
7 2 0.03
8 6 0.10
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.01, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
ATTTAA
Found at i:5981606 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5981559--5981635 Score: 118
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
5981549 ATTTAAAATG
* *
5981559 ATTTAAATTGAAATTTATCTTAAATTTAA
1 ATTTAAATTTAAATTTACCTTAAATTTAA
5981588 ATTTAATTATTTAAATTTACCTTAAATTTAA
1 ATTTAA--ATTTAAATTTACCTTAAATTTAA
5981619 ATTTAAATTTAAATTTA
1 ATTTAAATTTAAATTTA
5981636 AATACTAAAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 17 0.39
31 27 0.61
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (29 bp):
ATTTAAATTTAAATTTACCTTAAATTTAA
Found at i:5981645 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5981559--5981646 Score: 90
Period size: 31 Copynumber: 2.9 Consensus size: 29
5981549 ATTTAAAATG
*
5981559 ATTTAAATTGAAATTT-ATCTTAAATTTAA
1 ATTTAAATTTAAATTTAATC-TAAATTTAA
*
5981588 ATTTAATTATTTAAATTT-ACCTTAAATTTAA
1 ATTTAA--ATTTAAATTTAATC-TAAATTTAA
5981619 ATTTAAATTTAAATTTAAATACTAAATT
1 ATTTAAATTTAAATTT-AAT-CTAAATT
5981647 CAAACATTAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 8
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
29 16 0.31
31 34 0.67
32 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
ATTTAAATTTAAATTTAATCTAAATTTAA
Found at i:5982335 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 5982320--5982366 Score: 58
Period size: 12 Copynumber: 3.8 Consensus size: 12
5982310 TCATAAATGC
*
5982320 TATTAATAATGA
1 TATTAATAATAA
5982332 TATTAATAATAA
1 TATTAATAATAA
*
5982344 TAATAATAAATAAA
1 TATTAAT-AAT-AA
5982358 TATTAATAA
1 TATTAATAA
5982367 ATAAAAAAGG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 17 0.57
13 5 0.17
14 8 0.27
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (12 bp):
TATTAATAATAA
Found at i:5982364 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 5982331--5982371 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
5982321 ATTAATAATG
5982331 ATATTAAT-AAT-A
1 ATATTAATAAATAA
*
5982343 ATAATAATAAATAA
1 ATATTAATAAATAA
5982357 ATATTAATAAATAA
1 ATATTAATAAATAA
5982371 A
1 A
5982372 AAAGGGAAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.28
13 3 0.12
14 15 0.60
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (14 bp):
ATATTAATAAATAA
Found at i:5982661 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5982618--5982661 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
5982608 TTTTTTTACT
*
5982618 AAAAAAAACATAAAAGATATAA
1 AAAAAAAACATAAAAGATAGAA
5982640 AAAAAAAACA-AAAAGA-AGAA
1 AAAAAAAACATAAAAGATAGAA
5982660 AA
1 AA
5982662 GGAAGGAGAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.24
21 6 0.29
22 10 0.48
ACGTcount: A:0.82, C:0.05, G:0.07, T:0.07
Consensus pattern (22 bp):
AAAAAAAACATAAAAGATAGAA
Found at i:5983394 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5983353--5983441 Score: 133
Period size: 30 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30
5983343 CCCCAAACAA
5983353 TCCAGAAATTATATTTTAACCCCAAAACTTT
1 TCCA-AAATTATATTTTAACCCCAAAACTTT
* *
5983384 TCCAAAATTATGTTTTGACCCCAAAACTTT
1 TCCAAAATTATATTTTAACCCCAAAACTTT
* *
5983414 TCTAAAATTACATTTTAACCCCAAAACT
1 TCCAAAATTATATTTTAACCCCAAAACT
5983442 CTCGAAAATT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 48 0.92
31 4 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.24, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
TCCAAAATTATATTTTAACCCCAAAACTTT
Found at i:5983463 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5983353--5983554 Score: 132
Period size: 30 Copynumber: 6.7 Consensus size: 30
5983343 CCCCAAACAA
*
5983353 TCCAGAAATTATATTTTAACCCCAAAACTTT
1 TCCA-AAATTACATTTTAACCCCAAAACTTT
** *
5983384 TCCAAAATTATGTTTTGACCCCAAAACTTT
1 TCCAAAATTACATTTTAACCCCAAAACTTT
* *
5983414 TCTAAAATTACATTTTAACCCCAAAAC-TC
1 TCCAAAATTACATTTTAACCCCAAAACTTT
* * * *
5983443 TCGAAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTT
1 TCCAAAATTA-CATTTTAACCCCAAAACTTT
* *
5983474 T--AAAATTCCATTTTTTAACCCC--GA-TTT
1 TCCAAAATTACA--TTTTAACCCCAAAACTTT
* * *
5983501 CACCAAAAATTACCATTTTATCCCCGAAAC--T
1 -TCC-AAAATTA-CATTTTAACCCCAAAACTTT
*
5983532 TCCAAAATTCCATTTTTAACCCC
1 TCCAAAATTACA-TTTTAACCCC
5983555 GATTTCACCA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 28
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.02
28 4 0.03
29 31 0.23
30 81 0.60
31 13 0.10
32 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.27, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
TCCAAAATTACATTTTAACCCCAAAACTTT
Found at i:5983474 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 5983402--5983759 Score: 272
Period size: 59 Copynumber: 6.1 Consensus size: 60
5983392 TATGTTTTGA
* * *
5983402 CCCCAAAACTTTTCTAAAATTACA-TTTTAACCCCAAAACTC-TCGAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCGAAAC-TTTCTAAAATTACATTTTTAACCCC-AAACTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * ** *
5983462 CCCCGAATCTTT-TAAAATTCCATTTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAT
1 CCCCGAAACTTTCTAAAATTACA-TTTTTAACCCCAAACTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * **
5983522 CCCCGAAAC-TTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCGAAACTTTCTAAAATTACATTTTTAACCCCAAACTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * * ** *
5983581 CCCCGAATCTTT-TAAAATT-CTATTTTTGACCTCGATTTCGCCAAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCGAAACTTTCTAAAATTAC-ATTTTTAACCCCAAACTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * * **
5983640 CCTCGAAGC-TTCT-AAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATTACCATTTTAC
1 CCCCGAAACTTTCTAAAATTACATTTTTAACCCCAAACTCACCAAAAATTACCATTTTAC
* * * * * * *
5983698 CCCC-AAATCTTT-TAAGATTCCATCTTCAACCCC-GATTACACC-AAAATTACCATTTTGC
1 CCCCGAAA-CTTTCTAAAATTACATTTTTAACCCCAAACT-CACCAAAAATTACCATTTTAC
5983756 CCCC
1 CCCC
5983760 CCCGGGTATC
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 30, Indels: 26
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.01
58 78 0.30
59 124 0.48
60 52 0.20
ACGTcount: A:0.32, C:0.30, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (60 bp):
CCCCGAAACTTTCTAAAATTACATTTTTAACCCCAAACTCACCAAAAATTACCATTTTAC
Found at i:5983694 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 5983446--5983753 Score: 478
Period size: 117 Copynumber: 2.6 Consensus size: 118
5983436 AAAACTCTCG
5983446 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAAT
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCA-TTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAAT
5983511 TACCATTTTATCCCCGAAACTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
65 TACCATTTTATCCCCGAAACTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
* * * *
5983565 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCTATTTTTGACCTCGATTTCGCCAAAAATT
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATT
* *
5983630 ACCATTTTA-CCCTCGAAGCTT-CTAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
66 ACCATTTTATCCC-CGAAACTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
* * * * *
5983682 AAAATTACCATTTTACCCCCAAATCTTTTAAGATTCCATCTTCAACCCCGATTACACC-AAAATT
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATT
5983746 ACCATTTT
66 ACCATTTT
5983754 GCCCCCCCCG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 15, Indels: 5
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
116 14 0.08
117 82 0.47
118 40 0.23
119 37 0.21
ACGTcount: A:0.32, C:0.29, G:0.04, T:0.35
Consensus pattern (118 bp):
AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCAAAAATT
ACCATTTTATCCCCGAAACTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
Found at i:5983760 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 5983446--5983759 Score: 452
Period size: 59 Copynumber: 5.3 Consensus size: 59
5983436 AAAACTCTCG
5983446 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTTAACCCCGATTTCACCA
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCA-TTTTTAACCCCGATTTCACCA
* * **
5983506 AAAATTACCATTTTATCCCCGAAACTTCCAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
* * * *
5983565 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCTATTTTTGACCTCGATTTCGCCA
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
* * *
5983624 AAAATTACCATTTTACCCTCGAAGCTTCT-AAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
* * * * *
5983682 AAAATTACCATTTTACCCCCAAATCTTTTAAGATTCCATCTTCAACCCCGATTACACC-
1 AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
*
5983740 AAAATTACCATTTTGCCCCC
1 AAAATTACCATTTTACCCCC
5983760 CCCGGGTATC
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 28, Indels: 4
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 69 0.31
59 122 0.54
60 34 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.30, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
AAAATTACCATTTTACCCCCGAATCTTTTAAAATTCCATTTTTAACCCCGATTTCACCA
Found at i:5985474 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5985451--5985495 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
5985441 TCACACATTT
5985451 AGCGGCGCTTTTCTAATA
1 AGCGGCGCTTTTCTAATA
5985469 AGCGGCGCTTTTCTAATA
1 AGCGGCGCTTTTCTAATA
*
5985487 AGCGCCGCT
1 AGCGGCGCT
5985496 AATGACCTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (18 bp):
AGCGGCGCTTTTCTAATA
Found at i:5985536 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5985469--5985602 Score: 168
Period size: 41 Copynumber: 3.2 Consensus size: 41
5985459 TTTTCTAATA
*
5985469 AGCGGCGCTTTTCTA-ATAAGCGCCGCTAATGACCTGACCTTT
1 AGCGGCGCTTAT-TAGA-AAGCGCCGCTAATGACCTGACCTTT
5985511 AGCGGCGCTTATTAGAAAGCGCCGCTAATGA-CTCGACCTTT
1 AGCGGCGCTTATTAGAAAGCGCCGCTAATGACCT-GACCTTT
* *
5985552 AGCGGCACTTGA--AGGAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTT
1 AGCGGCGCTT-ATTA-GAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCTTT
5985593 AGCGGCGCTT
1 AGCGGCGCTT
5985603 TGTTTCCAAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 4, Indels: 11
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
40 3 0.04
41 66 0.80
42 14 0.17
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
AGCGGCGCTTATTAGAAAGCGCCGCTAATGACCTGACCTTT
Found at i:5995247 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5995204--5995261 Score: 77
Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
5995194 CAAGGTCACG
* *
5995204 ATCAATAGCGTCACTAGC
1 ATCAATATCGTCACTATC
5995222 ATCAATATCGTCACTATC
1 ATCAATATCGTCACTATC
5995240 ATCAATATCG--A-TATC
1 ATCAATATCGTCACTATC
5995255 ATCAATA
1 ATCAATA
5995262 AGAAAACCTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 3
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.29
16 1 0.03
18 26 0.68
ACGTcount: A:0.38, C:0.24, G:0.09, T:0.29
Consensus pattern (18 bp):
ATCAATATCGTCACTATC
Found at i:6002278 original size:15 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6002241--6002279 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
6002231 AAGTTTATAA
6002241 TATTTTATATTATATTAT
1 TATTTTATATTATATTAT
6002259 T-TTTTATA-TAT-TT-T
1 TATTTTATATTATATTAT
6002273 TATTTTA
1 TATTTTA
6002280 ATGTATCTTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 5
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.10
15 7 0.35
16 3 0.15
17 7 0.35
18 1 0.05
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (18 bp):
TATTTTATATTATATTAT
Found at i:6005963 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 6005930--6005977 Score: 78
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
6005920 AGGGGGATTT
6005930 TTATTTTATTCAATATTAATATAA
1 TTATTTTATTCAATATTAATATAA
*
6005954 TTATATTTATTTAATATTAATATA
1 TTAT-TTTATTCAATATTAATATA
6005978 TATAATTTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.18
25 18 0.82
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (24 bp):
TTATTTTATTCAATATTAATATAA
Found at i:6007411 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6007388--6007427 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
6007378 TTTTTACCAA
6007388 TTTTAATAA-ATTTTATAT
1 TTTTAA-AACATTTTATAT
*
6007406 TTTTAAAACGTTTTATAT
1 TTTTAAAACATTTTATAT
6007424 TTTT
1 TTTT
6007428 CTAATAACCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.10
18 18 0.90
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.03, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
TTTTAAAACATTTTATAT
Found at i:6014027 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6014006--6014049 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
6013996 AAATTTATTA
*
6014006 AAAATATAAAAAGT-TCAT
1 AAAATATAAAAA-TAGCAT
*
6014024 AAAATTTAAAAATAGCAT
1 AAAATATAAAAATAGCAT
6014042 AAAATATA
1 AAAATATA
6014050 TTATTGTTGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.05
18 21 0.95
ACGTcount: A:0.64, C:0.05, G:0.05, T:0.27
Consensus pattern (18 bp):
AAAATATAAAAATAGCAT
Found at i:6020037 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 6020013--6020041 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
6020003 TTAGACAAAT
6020013 ATTTAATATTATTAA
1 ATTTAATATTATTAA
6020028 ATTT-ATATTATTAA
1 ATTTAATATTATTAA
6020042 TTACTAATTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.71
15 4 0.29
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
ATTTAATATTATTAA
Found at i:6022150 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 6022122--6022187 Score: 60
Period size: 11 Copynumber: 5.8 Consensus size: 11
6022112 CGAACTTTTG
*
6022122 ATTTTTAATTAA
1 ATTTTAAATT-A
*
6022134 AGTTTAAATTA
1 ATTTTAAATTA
*
6022145 ATTTTAAATTT
1 ATTTTAAATTA
6022156 ATTTTAAATTTA
1 ATTTTAAA-TTA
* *
6022168 AATTTAAAATA
1 ATTTTAAATTA
*
6022179 AATTTAAAT
1 ATTTTAAAT
6022188 AAATAAATTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 3
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 28 0.62
12 17 0.38
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (11 bp):
ATTTTAAATTA
Found at i:6022160 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 6022122--6022233 Score: 117
Period size: 31 Copynumber: 3.4 Consensus size: 34
6022112 CGAACTTTTG
* * *
6022122 ATTTTTAA-TTAAAGTTTAAATTAATTTTAAATTT
1 ATTTTAAATTTAAA-TTTAAAATAAATTTAAATTT
6022156 ATTTTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAA--T
1 ATTTTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTT
** *
6022188 A-AATAAATTTAAATTTAAGATAAATTTAAATTT
1 ATTTTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTT
*
6022221 A-ATTAAATTTAAA
1 ATTTTAAATTTAAA
6022234 ATAATATTAA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 7, Indels: 7
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 26 0.38
32 2 0.03
33 13 0.19
34 22 0.32
35 5 0.07
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (34 bp):
ATTTTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTT
Done.