Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
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Warning! 2600 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 101 of 182
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33178000 TGTCCGATAC
* * * * **
33178010 CCCCGTACA-TCTAAGGCATCAAGGTGCCGATGCTTTCCGATTGTCCCGTACCA-TCAT-TGGTG
1 CCCCGTACATTC-AAGGCACCAAGGTGCCGATGC-TTCCCAATGTCCCGCACCACT-ATCT-GCC
*
33178072 TAAGTTGT-TGATGGTGTTCAATG
62 TAAGTTGTCTG-TGGTGTCCAATG
* *
33178095 CTCCCGTACATTCAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCAATGATCCCGCACCACTATCTGCCTA
1 C-CCCGTACATTCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATG-TCCCGCACCACTATCTGCCTA
*
33178160 AGTTGTCTGTGGTGTCCGATG
64 AGTTGTCTGTGGTGTCCAATG
* * *
33178181 CCACCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCAATG
1 CC-CCGTACATTCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATG
33178224 GTCCTGCAGC
Statistics
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CCCCGTACATTCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGTCCCGCACCACTATCTGCCTAAG
TTGTCTGTGGTGTCCAATG
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33178062 ATCATTGGTG
* * * *
33178072 TAAGTTGT-TGATGGTGTTCAATGCTCCCGTACATTCAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCAA
1 TAAGTTGTCTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCAA
* *
33178136 TGATCCCGCACCACTATCTGCC
66 TGATCCCGCACCACTACCAGCC
** *
33178158 TAAGTTGTCTG-TGGTGTCCGATGC-CACCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCA
1 TAAGTTGTCTGATGGTGTCCGATGCTC-CCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCA
* * * *
33178221 ATGGTCCTGCAGCAC-CCCAAGCC
65 ATGATCCCGCACCACTACC-AGCC
* * *
33178244 TAAGTTATC-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACAACAAGGTACCAATG
1 TAAGTTGTCTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCAATG
33178300 ATCCCGCACC
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.03
86 112 0.95
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TAAGTTGTCTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCAA
TGATCCCGCACCACTACCAGCC
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33179027 ATGCTTCTCG
* * ** * * *
33179037 ATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTACCAATAGTGTTTGATGCTGTCGCACATCTAAGGCC
1 ATGGTCCCGTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
* * * *
33179102 CCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCTCGTACCACCATCGGCATAAGTTC-CTGATGGTGTCCG
66 CCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTCTC-GATGGTGTCCG
* * * **
33179166 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCAATACTACCTT
130 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCAA
* * * *
33179209 ATGGTCTCGTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGGTAGTGTCCGTTGCTCTCGCACATGCAAGGCA
1 ATGGTCCCGTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
* * * * * * * *
33179274 CCAAGGTACCAATGCTTCTCAATGCTCCCACACCACCAACGGCCTAAGTTAC-CGATGGTGTTCG
66 CCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTT-CTCGATGGTGTCCG
* * * * *
33179338 ATGCTTCCACACATCCAAGACACCAAGGTGTCGATACTGCCAC
130 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCAA
* * * * * * * *
33179381 ATGGTCCCGCACCATCATCGAT-ATAAGTTACCGATAATGTCCGATGCTTTTGTAGATCCAAGGC
1 ATGGTCCCGTACCACCATCG-TCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGC
* * *** * *
33179445 ACGATGG-AGCCGATAG-TTCCCGAAAATCCCGCACCACCATCAACCTAAGTTGTCGATGGTGTC
65 ACCAAGGTA-CCGAT-GCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTC
* * *
33179508 CGATACTCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCTGATACTGCCCAA
128 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTG-CCAA
* * * * *
33179554 A-GGTCCCGCT-CCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCAGATTCTCTCGAACATCCAAGGC
1 ATGGTCCCG-TACCACCATCGTCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGC
* * * * * * * * **
33179617 ACGAAGGTACCGATGGTTCTCGGTGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAATTATCGATGATGTTTG
65 ACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTCCG
* * * ** *
33179682 ATGCTCTCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTTTTC-G
130 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATAC-TGCCAA
* * * * * * * * * *
33179725 ATGGTCCCGCACCACGATTGGCCTAAGTTACCGGTGGTGTCTGATGC-CACCGAACAACCAAGGC
1 ATGGTCCCGTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTC-TCGCACATCCAAGGC
* *
33179789 ACCAAGGTGCCGATGCTGT-CTGATGGTCCCGCA
65 ACCAAGGTACCGATGCT-TCCCGATGGTCCCGCA
33179822 TATCCAAGGC
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 113, Indels: 30
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Matches are distributed among these distances:
171 4 0.01
172 470 0.97
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ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (172 bp):
ATGGTCCCGTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
CCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTCTCGATGGTGTCCGA
TGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCAA
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33179002 CTACATGTAG
* * * * * * * *
33179012 GGCACGAAGGTGTCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTACCAATAGTGT
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
* * * *
33179077 TTGATGCTGTCGCACATCTAA
66 CTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * * * * * * * *
33179098 GGCCCCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCTCGTACCACCATCGGCATAAGTT-CCTGATGGTG
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACC-GATGGTG
* * *
33179162 TCCGATGCTCCCGCACATCCAA
65 TCTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * * * * * * * * *
33179184 GGCACCAAGGTACCAATACTAC-CTTATGGTCTCGTACCACCATCGTCCTAAGTTACCGGTAGTG
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTC-GATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTG
* * * *
33179248 TCCGTTGCTCTCGCACATGCAA
65 TCTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * * * * * *
33179270 GGCACCAAGGTACCAATGCTTCTCAATGCTCCCACACCACCAA-CGGCCTAAGTTACCGATGGTG
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCA-CAATCGACCTAAGTTACCGATGGTG
*
33179334 T-TCGATGCT-TCCACACATCCAA
65 TCT-GATGCTCTCGA-ACATCCAA
* * * * ** **
33179356 GACACCAAGGTGTCGATACTGC-CACATGGTCCCGCACCATC-ATCGATATAAGTTACCGATAAT
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTC-GATGGTCCCGCACCA-CAATCGACCTAAGTTACCGATGGT
* * * * *
33179419 GTCCGATGCTTTTGTAGATCCAA
64 GTCTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * * * * *** * * **
33179442 GGCACGATGGAGCCGATAGTTCCCGAAAATCCCGCACCACCATCAACCTAAGTTGTCGATGGTGT
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
* * * * *
33179507 CCGATACTCCCGCACATCTAA
66 CTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * * * * * *
33179528 GGCACCAAGGTGCTGATACTGCCCAAAGGTCCCGCTCCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
* *
33179593 CAGATTCTCTCGAACATCCAA
66 CTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * ** * * * *
33179614 GGCACGAAGGTACCGATGGTTCTCGGTGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAATTATCGATGATGT
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
* *
33179679 TTGATGCTCTCGTACATCCAA
66 CTGATGCTCTCGAACATCCAA
* * * * * *
33179700 GGCACCAAGGTGTCGATACTTTTCGATGGTCCCGCACCACGATTGGCCTAAGTTACCGGTGGTGT
1 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
* *
33179765 CTGATGC-CACCGAACAACCAA
66 CTGATGCTC-TCGAACATCCAA
*
33179786 GGCACCAAGGTGCCGATGCTGTCT-GATGGTCCCGCA
1 GGCACCAAGGTGCCGATACT-TCTCGATGGTCCCGCA
33179822 TATCCAAGGC
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 145, Indels: 30
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 9 0.02
86 546 0.97
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GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTCGATGGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
CTGATGCTCTCGAACATCCAA
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33179772 CACCGAACAA
* *
33179782 CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTGTCT-GATGGTCCCGCATAT
1 CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCTCGATGGTCCCGTACAT
* * * * * *
33179825 CCAAGGCATCAAGCTGCTGATGCTTGTCAATGCTCCCGTACAT
1 CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACAT
* *
33179868 CCAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCTCGATGGT
1 CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGT
33179902 GCTGTACAAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 16, Indels: 2
0.77 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.03
43 58 0.97
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.24, T:0.23
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CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACAT
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33180025 GATGCTTTCT
* ** ** * *
33180035 GATGATCCCACACCACCACCGGCCTAAGTTACCGTTGGTATCCAATGTTCCTGCATATCGAAGGC
1 GATGATCCCACACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTATCCAATGCCCCCACACATCCAAGGC
33180100 CCCAAGGTACC
66 CCCAAGGTACC
* * * * *
33180111 GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
1 GATGATCCCACACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTATCCAATGCCCCCACACATCCAAGGC
33180176 ACTAAGGTGT
Statistics
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0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 53 1.00
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GATGATCCCACACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTATCCAATGCCCCCACACATCCAAGGC
CCCAAGGTACC
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33180099 CCCCAAGGTA
* *
33180109 CCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* * * *
33180174 GCACTAAGGTGTTGGTGCTTC
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
** * * * *
33180195 CCGATGGTCTTGTACCACCATCGACCTAATTTATCGATGGTGTCCGATTCTCCCACACATCCAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
33180260 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * * * * ****** **
33180281 CTGATGGTCCCGTACTACCACCGACCTAAGTTACTGATAGTGTCTGATACTGTGGTACATGTAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* * ** *
33180346 GCACCAAGTTACCGATGCTTT
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * ** * * * *****
33180367 CAGATGGTCCCGCACCACCGTCGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTCTTGTGCATCCAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* * *
33180432 GCACCAAGGTGTCGATACTGC
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * * ** **
33180453 CCCATGGTCCCGCACCACCATC-ATCATAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATGTAA
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAA
* * **
33180517 GGCATCAAGGTACCGATGCTTC
65 GCCACCAAGGTGTCGATGCTTC
** * * ** * ** **
33180539 CCGATGGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTCTGATGCTTCTGCACATCCAAA
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCC-AA
* *
33180604 G-CACCAAAGTGTCGATGCTGC
65 GCCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * ** * * *
33180625 CCCACGGTCCCGCACCATCATCGGTCTAAGTT----A-----T-CGATGCTCCCATACATTCAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* * ** * *
33180680 GCTCCAAGGTACCCATGGTTC
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * ** * * ***
33180701 CCGATGGTCCTGCACCACTATCAACCTAAGTTGTCTATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
** *
33180766 GTACCAAGGTGTCGATGCTAC
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * * * * * * * * * * *
33180787 CTGATGGTCCTGCACTATCATCTACCTAAATTATCGATGGTGTCTGATTCTCTCGCACATCTAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* * * *
33180852 GCACAAAGGTG-CTAATGGTTC
66 CCACCAAGGTGTC-GATGCTTC
* ** * *** * * * * *
33180873 CCAATGGTCTTGCACCACCATC-AGCCTAAGTTATTAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACGTCTAA
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAA
* *
33180937 GGCACCAAGGTGCCGATGCTTC
65 GCCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * * * * * *** * * **
33180959 CCGATTGTCCTGCACTACCA-CTGGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATTTTCTCGCACATGAAA
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATC-GACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAA
* * *
33181023 GGCACGAAGGTGTCGATGATTC
65 GCCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * * * * * * * * *
33181045 CCAATAGTCTCGCAGCACCGTCGGCTTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* ** * *
33181110 GCACCAAGG-G-AAATTACTAC
66 CCACCAAGGTGTCGA-TGCTTC
* * * * * * * * * * *
33181130 CCCATGGTCTCGCACCACAATTGGCCTAAGTTATCGACGGTGTCCGATGCTCCCGCACATACAAG
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
* ** *
33181195 GCACCAAGGTACCGATGCCTC
66 CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* ** *
33181216 CCAATGGTCCTATACCACCATC-AGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGC
1 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC
33181266 TTCCGTACAT
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 224, Indels: 48
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
75 3 0.00
76 49 0.06
77 1 0.00
80 1 0.00
82 1 0.00
84 1 0.00
85 73 0.09
86 688 0.84
87 6 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (86 bp):
CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAG
CCACCAAGGTGTCGATGCTTC
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Indices: 33180250--33181286 Score: 540
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
33180240 GATTCTCCCA
* ** * * *
33180250 CACATCCAAGCCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTGATGGTCCCGTACTACCACCGA-CCTAAGTTA
1 CACATCCAAG-CACCAAGGTGTCGATGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCACC-ATCATAAGTTA
* *** * *
33180314 -CTGATAGTGTCTGATACTGTGGTACATGTAAGGCACCAAGTTACCGATGCTTTCAGATGGTCCC
64 TC-GATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGTAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCAGATGGTCCC
* * *
33180378 GCACCACCGTCGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGC-TCTTG
128 ACACCACCATAGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTC-TG
** * *
33180422 TGCATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTGCCCCATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAGTTAT
1 CACATCCAA-GCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCACCATCATAAGTTAT
* * * *
33180487 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATGTAAGGCATCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCAC
65 CGATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGTAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCAGATGGTCCCAC
*
33180552 ACCACCATAGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTCTGATGCTTCTG
130 ACCACCATAGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTCTG
* * * **
33180594 CACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCATCATCGGTC-TAAGTTA
1 CACATCC-AAGCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCA-CCATCATAAGTTA
* * * * * *
33180658 TCG--A---T--G---CTCCCATACAT-TCAAGGCTCCAAGGTACCCATGGTTCCCGATGGTCCT
64 TCGATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGT-AAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCAGATGGTCCC
* * * * *
33180712 GCACCACTATCA-ACCTAAGTTGTCTATGGTGTCCGATGC-TCTTG
128 ACACCACCAT-AGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTC-TG
* * ** * * * * * *
33180756 CACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTCCTGCACTATCATC-TACCTAAATTA
1 CACATCCAA-GCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCACCAT-CATAAGTTA
* * * * * * * * ** * **
33180820 TCGATGGTGTCTGATTCTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTGCTAATGGTTCCCA-ATGGTCTT
64 TCGATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGTAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT-CCAGATGGTCCC
* * * * *
33180884 GCACCACCATCA-GCCTAAGTTATTAATGGTGTCTGATGCTCCCG
128 ACACCACCAT-AGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTCTG
* * * * * * * * *** *
33180928 CACGTCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATTGTCCTGCACTACCACTGGCCTAAGTTAT
1 CACATCCAA-GCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCACCATCATAAGTTAT
* * * ** * * * * ** * * * *
33180993 CAATGGTGTCTGATTTTCTCGCACATGAAAGGCACGAAGGTGTCGATGATTCCCA-ATAGTCTCG
65 CGATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGTAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT-CCAGATGGTCCCA
* * * * * * * * *
33181057 CAGCACCGTCGGCTTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
129 CACCACCATAGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTCTG
* ** * * * * **** *
33181100 CACATGCAAGGCACCAAGG-G-AAATTACTACCCCATGGTCTCGCACCACAATTGGCCTAAGTTA
1 CACATCCAA-GCACCAAGGTGTCGA-TGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCACCATCATAAGTTA
** * * ** * *
33181163 TCGACGGTGTCCGATGCTCCCGCACATACAAGGCACCAAGGTACCGATGCCTCCCA-ATGGTCCT
64 TCGATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGTAAGGCACCAAGGTACCGATG-CTTCCAGATGGTCCC
* ** * *
33181227 ATACCACCATCA-GCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTTCCG
128 ACACCACCAT-AGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTCTG
*
33181271 TACATCCAAGGCACCA
1 CACATCCAA-GCACCA
33181287 TTGGCCTGTT
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 146, Indels: 61
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 6 0.01
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163 1 0.00
165 1 0.00
167 2 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
171 126 0.18
172 415 0.60
173 12 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (171 bp):
CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCCATGGTCCCGCACCACCACCATCATAAGTTATC
GATAGTGTCCGATACTCCCGTACATGTAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCAGATGGTCCCACA
CCACCATAGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTTCTG
Found at i:33180610 original size:258 final size:258
Alignment explanation
Indices: 33180111--33180610 Score: 538
Period size: 258 Copynumber: 1.9 Consensus size: 258
33180101 CCAAGGTACC
*
33180111 GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
1 GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
* * * * * * ** * * *
33180176 ACTAAGGTGTTGGTGCTTCCCGATGGTCTTGTACCACCATCGACCTAATTTATCGATGGTGTCCG
66 ACCAAGGTGTCGATACTGCCCCATGGTCCCGCACCACCATCGACATAAGTTATCGATGGTGTCCG
* ** * ** * *
33180241 ATTCTCCCACACATCCAAGCCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTGATGGTCCCGTACTACCACCGAC
131 ATGCTCCCACACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCACAGAC
* ** *
33180306 CTAAGTTACTGATAGTGTCTGATACTGTGGTACATGTAAGGCACCAAGTTACCGATGCTTTCA
196 CTAAGTTACTGATAGTGTCTGATACTGTGGCACATCCAAAGCACCAAGTTACCGATGCTTTCA
* ** * * *****
33180369 GATGGTCCCGCACCACCGTCGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTCTTGTGCATCCAAGGC
1 GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
33180434 ACCAAGGTGTCGATACTGCCCCATGGTCCCGCACCACCATC-ATCATAAGTTATCGATGGTGTCC
66 ACCAAGGTGTCGATACTGCCCCATGGTCCCGCACCACCATCGA-CATAAGTTATCGATGGTGTCC
** ** * * * *
33180498 GATGCTCCCGTACATGTAAGGCATCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGG
130 GATGCTCCCACACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCACAGA
* * * *
33180563 CCTAAGTT-GTCGATGGTGTCTGATGCT-TCTGCACATCCAAAGCACCAA
195 CCTAAGTTACT-GATAGTGTCTGATACTGT-GGCACATCCAAAGCACCAA
33180611 AGTGTCGATG
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 46, Indels: 6
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
257 3 0.02
258 190 0.98
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (258 bp):
GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
ACCAAGGTGTCGATACTGCCCCATGGTCCCGCACCACCATCGACATAAGTTATCGATGGTGTCCG
ATGCTCCCACACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCACAGAC
CTAAGTTACTGATAGTGTCTGATACTGTGGCACATCCAAAGCACCAAGTTACCGATGCTTTCA
Found at i:33180823 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 33180336--33180825 Score: 407
Period size: 162 Copynumber: 3.0 Consensus size: 162
33180326 GATACTGTGG
* * * * * * * * *
33180336 TACATGTAAGGCACCAAGTTACCGATGCTTTCAGATGGTCCCGCACCACCGTCGGCCTAAGTTGT
1 TACATGTAAGGCATCAAGGTACCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGACCTAAGTTGT
* * ** * * * * *
33180401 CAATGGTGTCTGATGC-TCTTGTGCATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTGCCCCATGGTCCCG
66 CGATGGTGTCCGATGCTTC-TGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTACCCCACGGTCCCG
* * * *
33180465 CACCACCATC-ATCATAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
130 CACCATCATCGA-CCT-A---A---AT--TAT-CGATGCTCCCA
* *
33180508 TACATGTAAGGCATCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTGT
1 TACATGTAAGGCATCAAGGTACCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGACCTAAGTTGT
* *
33180573 CGATGGTGTCTGATGCTTCTGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTGCCCCACGGTCCCGC
66 CGATGGTGTCCGATGCTTCTGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTACCCCACGGTCCCGC
** *
33180638 ACCATCATCGGTCTAAGTTATCGATGCTCCCA
131 ACCATCATCGACCTAAATTATCGATGCTCCCA
* ** *
33180670 TACAT-TCAAGGC-TCCAAGGTACCCATGGTTCCCGATGGTCCTGCACCACTATCA-ACCTAAGT
1 TACATGT-AAGGCAT-CAAGGTACCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCAT-AGACCTAAGT
* * * * ** *
33180732 TGTCTATGGTGTCCGATGC-TCTTGCACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTC
63 TGTCGATGGTGTCCGATGCTTC-TGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTACCCCACGGTC
* * *
33180796 CTGCACTATCATCTACCTAAATTATCGATG
127 CCGCACCATCATCGACCTAAATTATCGATG
33180826 GTGTCTGATT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 42, Indels: 22
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.01
162 136 0.50
163 3 0.01
165 1 0.00
168 1 0.00
171 1 0.00
172 122 0.45
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (162 bp):
TACATGTAAGGCATCAAGGTACCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGACCTAAGTTGT
CGATGGTGTCCGATGCTTCTGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTACCCCACGGTCCCGC
ACCATCATCGACCTAAATTATCGATGCTCCCA
Found at i:33180990 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 33180391--33181286 Score: 757
Period size: 334 Copynumber: 2.7 Consensus size: 334
33180381 CCACCGTCGG
* ** *
33180391 CCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTCTTGTGCATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTGCCCC
1 CCTAAGTTGTCAATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTACCCC
* * *
33180456 ATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATGTAAGGCA
66 ATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCA
* * * *
33180521 TCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTCTGA
131 TCAAGGTACCAATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGA
* * * * *
33180586 TGCTTCTGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCATCATCGGTC
196 TGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCACCATCGGCC
33180651 TAAGTTATCGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGGTTCCCGATGGTCCTGCAC
261 TAAGTTATCGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGGTTCCCGATGGTCCTGCAC
33180716 CACTATCAA
326 CACTATCAA
* * * **
33180725 CCTAAGTTGTCTATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGCTACCTG
1 CCTAAGTTGTCAATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTACCCC
* * * * * * *
33180790 ATGGTCCTGCACTATCATC-TACCTAAATTATCGATGGTGTCTGATTCTCTCGCACATCTAAGGC
66 ATGGTCCCGCACCACCATCAT-CATAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGC
* * * *** *
33180854 A-CAAAGGTGCTAATGGTTCCCAATGGTCTTGCACCACCATCA-GCCTAAGTTATTAATGGTGTC
130 ATC-AAGGTACCAATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCAT-AGGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* * * * * * ** * *
33180917 TGATGCTCCCGCACGTCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATTGTCCTGCACTACCA-CT
193 TGATGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCACCATC-
* * ** ** * * ** * *
33180981 GGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATTTTCTCGCACATGAAAGGCACGAAGGTGTCGATGATTCC
257 GGCCTAAGTTATC---GATG-C------TCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGGTTCC
* * * ** **
33181046 CAATAGT-CTCGCAGCACCGTCGG
312 CGATGGTCCT-GCACCACTATCAA
* * * ** * **
33181069 CTTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGG-G-AAATTACTACCC
1 CCTAAGTTGTCAATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGA-TACTACCC
* * *** * * *
33181132 CATGGTCTCGCACCACAATTGGCCTAAGTTATCGACGGTGTCCGATGCTCCCGCACATAC-AAGG
65 CATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CTAAGG
* * * * * *
33181196 CACCAAGGTACCGATGCCTCCCAATGGTCCTATACCACCATCA-GCCTAAGTTACCAATGGTGTC
129 CATCAAGGTACCAATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCAT-AGGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* * * *
33181260 CGATGCTTCCGTACATCCAAGGCACCA
193 TGATGCTCCCGCACATCCAAAGCACCA
33181287 TTGGCCTGTT
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 103, Indels: 29
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 3 0.01
334 216 0.49
335 1 0.00
337 3 0.01
338 1 0.00
342 1 0.00
343 131 0.30
344 84 0.19
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (334 bp):
CCTAAGTTGTCAATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTACCCC
ATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCA
TCAAGGTACCAATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGA
TGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAAAGTGCCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCACCATCGGCC
TAAGTTATCGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGGTTCCCGATGGTCCTGCAC
CACTATCAA
Found at i:33180991 original size:506 final size:506
Alignment explanation
Indices: 33180192--33181116 Score: 1077
Period size: 506 Copynumber: 1.8 Consensus size: 506
33180182 GTGTTGGTGC
* * * * *
33180192 TTCCCGATGGTCTTGTACCACCATCGACCTAATTTATCGATGGTGTCCGATTCTCCCACACATCC
1 TTCCCGATGGTCCTGCACCACCATCAACCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCC
* * *
33180257 AAGCCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTGATGGTCCCGTACTACCACCGACCTAAGTTACTGATAGT
66 AAGCCACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTCCCGCACTACCACCGACCTAAATTACTGATAGT
* * * * * * * * *
33180322 GTCTGATACTGTGGTACATGTAAGGCACCAAGTTACCGATGCTTTCAGATGGTCCCGCACCACCG
131 GTCTGATACTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTACCAATGCTTCCAGATGGTCCCGCACCACCA
* * ** ** *
33180387 TCGGCCTAAGTTGTCAATGGTGTCTGATGCTCTTGTGCATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTG
196 TCAGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTG
* * *
33180452 CCCCATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATGTAA
261 CCCCATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAGTTATCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGAAA
* * * *
33180517 GGCATC-AAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTGTCGATGGTG
326 GGCA-CGAAGGTACCGATGATTCCCAATAGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTATCGATGGTG
* * *
33180581 TCTGATGCTTCTGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCATCAT
390 TCCGATGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCATCAT
33180646 CGGTCTAAGTTATCGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGG
455 CGGTCTAAGTTATCGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGG
* * * ***
33180698 TTCCCGATGGTCCTGCACCACTATCAACCTAAGTTGTCTATGGTGTCCGATGCTCTTGCACATCC
1 TTCCCGATGGTCCTGCACCACCATCAACCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCC
** * * * * *
33180763 AAGGTACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTCCTGCACTATCATCTACCTAAATTA-TCGATGG
66 AAGCCACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTCCCGCACTACCACCGACCTAAATTACT-GATAG
* * * * **
33180827 TGTCTGATTCTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTGCTAATGGTTCCCA-ATGGTCTTGCACCAC
130 TGTCTGATACTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTACCAATGCTT-CCAGATGGTCCCGCACCAC
* * * *
33180891 CATCAGCCTAAGTTATTAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACGTCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGC
194 CATCAGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATAC
* * * * * * * ** *
33180956 TTCCCGATTGTCCTGCACTACCA-C-TGGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATTTTCTCGCACAT
259 TGCCCCATGGTCCCGCACCACCATCAT--CATAAGTTATCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT
** * * * * * *
33181019 GAAAGGCACGAAGGTGTCGATGATTCCCAATAGTCTCGCAGCACCGTCGGCTTAAGTTATCGATG
322 GAAAGGCACGAAGGTACCGATGATTCCCAATAGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTATCGATG
* *
33181084 GTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAA
387 GTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAA
33181117 GGGAAATTAC
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 77, Indels: 10
0.79 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 3 0.01
506 331 0.98
507 2 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (506 bp):
TTCCCGATGGTCCTGCACCACCATCAACCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCC
AAGCCACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTCCCGCACTACCACCGACCTAAATTACTGATAGT
GTCTGATACTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTACCAATGCTTCCAGATGGTCCCGCACCACCA
TCAGCCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTG
CCCCATGGTCCCGCACCACCATCATCATAAGTTATCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGAAA
GGCACGAAGGTACCGATGATTCCCAATAGTCCCACACCACCATAGGCCTAAGTTATCGATGGTGT
CCGATGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAAAGTGTCGATGCTGCCCCACGGTCCCGCACCATCATC
GGTCTAAGTTATCGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGG
Found at i:33181281 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33180659--33181286 Score: 485
Period size: 86 Copynumber: 7.3 Consensus size: 86
33180649 TCTAAGTTAT
** * * * * * * *
33180659 CGATGCTCCCATACATTCAAGGCTCCAAGGTACCCATGGTTCCCGATGGTCCTGCACCACTATCA
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCTGCACCACCATCA
* * *
33180724 ACCTAAGTTGTCTATGGTGTC
66 GCCTAAGTTATCAATGGTGTC
** * * * * ** * *
33180745 CGATGCTCTTGCACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGCTACCTGATGGTCCTGCACTATCATCT
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCTGCACCACCATC-
* *
33180810 A-CCTAAATTATCGATGGTGTC
65 AGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* * * * * ** * *
33180831 TGATTCTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTGCTAATGGTTCCCAATGGTCTTGCACCACCATCA
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCTGCACCACCATCA
*
33180896 GCCTAAGTTATTAATGGTGTC
66 GCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* * * * * * *
33180917 TGATGCTCCCGCACGTCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATTGTCCTGCACTACCA-CT
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCTGCACCACCATC-
*
33180981 GGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
65 AGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* ** * ** * * * * *
33181003 TGATTTTCTCGCACATGAAAGGCACGAAGGTGTCGATGATTCCCAATAGT-CTCGCAGCACCGTC
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCT-GCACCACCATC
* * *
33181067 GGCTTAAGTTATCGATGGTGTC
65 AGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* ** * * * *
33181089 CGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACCAAGG-G-AAATTACTACCCCATGGT-CTCGCACCACAAT
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGA-TTCCCAATGGTCCT-GCACCACCAT
** * *
33181151 TGGCCTAAGTTATCGACGGTGTC
64 CAGCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* * ** **
33181174 CGATGCTCCCGCACATACAAGGCACCAAGGTACCGATGCCTCCCAATGGTCCTATACCACCATCA
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCTGCACCACCATCA
*
33181239 GCCTAAGTTACCAATGGTGTC
66 GCCTAAGTTATCAATGGTGTC
* *
33181260 CGATGCTTCCGTACATCCAAGGCACCA
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
33181287 TTGGCCTGTT
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 105, Indels: 18
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 3 0.01
85 72 0.17
86 347 0.81
87 6 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (86 bp):
CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGATTCCCAATGGTCCTGCACCACCATCA
GCCTAAGTTATCAATGGTGTC
Found at i:33181413 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 33181170--33181421 Score: 324
Period size: 135 Copynumber: 1.9 Consensus size: 135
33181160 TTATCGACGG
* * *
33181170 TGTCCGATGCTCCCGCACATACAAGGCACCAAGGTACCGATGCCTCCCAATGGTCCTATACCACC
1 TGTCCAATGCTCCCGCACATACAAAGCACCAAGGTACCGATGCCTCCCAATGGTCCTACACCACC
* *
33181235 ATCAGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTTCCGTACATCCAAGGCACCATTGGCCTGTTACC
66 ATCAGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCATTGGCCTGTTACC
33181300 GATAT
131 GATAT
* * ** ** * * * *
33181305 TGTCCAATGCTCTCGCACATCCAAAGCACCAAGGTGTCGATGGTTCTCAATGGTCCTGCACTATC
1 TGTCCAATGCTCCCGCACATACAAAGCACCAAGGTACCGATGCCTCCCAATGGTCCTACACCACC
* * * **
33181370 ATCTGTCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCGTATCCAAGGCACCA
66 ATCAGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
33181422 AGGTACCGAT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 20, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
135 97 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (135 bp):
TGTCCAATGCTCCCGCACATACAAAGCACCAAGGTACCGATGCCTCCCAATGGTCCTACACCACC
ATCAGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCATTGGCCTGTTACC
GATAT
Found at i:33181723 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33181676--33181793 Score: 150
Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 43
33181666 TCCAGCAGAA
** * *
33181676 CCAAGGCAGTAAGGTACCGATGCTGTCCGATGCTCCCACATAT
1 CCAAGGCACCAAGCTACCGATGCTGTCCGATGCTCCCACACAT
* *
33181719 CCAAGGCACCAAGCTACCGATGCTTGT-CGATGCTCTCACACGT
1 CCAAGGCACCAAGCTACCGATGC-TGTCCGATGCTCCCACACAT
33181762 CCAAGGCACCAAGCTACCGATGCT-TCTCGATG
1 CCAAGGCACCAAGCTACCGATGCTGTC-CGATG
33181794 GCGCCATACA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 6
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.02
42 1 0.02
43 61 0.92
44 3 0.05
ACGTcount: A:0.25, C:0.33, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
CCAAGGCACCAAGCTACCGATGCTGTCCGATGCTCCCACACAT
Found at i:33182364 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33182247--33182408 Score: 236
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
33182237 CACCGGCTTA
* * * * * * *
33182247 AGTTATCGATGGTGTCTGATGCCTCCCTACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGACTCCCTACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCTCAATGG
*
33182312 TCCCACACCACCATTGGCCTG
66 TCACACACCACCATTGGCCTG
33182333 AGTTACCGATGGTGTCCGAT-ACTCCCGTACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCTCAATG
1 AGTTACCGATGGTGTCCGATGACTCCC-TACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCTCAATG
33182397 GTCACACACCAC
65 GTCACACACCAC
33182409 TACCAGCCTA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 5 0.07
86 62 0.93
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (86 bp):
AGTTACCGATGGTGTCCGATGACTCCCTACATCCAAGCCACCAAGGTACCGATGCTTCTCAATGG
TCACACACCACCATTGGCCTG
Found at i:33182434 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 33182231--33182478 Score: 228
Period size: 86 Copynumber: 2.9 Consensus size: 85
33182221 GATGGTGTCG
* * * * * * *
33182231 CACCACCACCGGCTTAAGTTATC-GATGGTGTCTGATGCCTCCCTACATCTAAGGCACCAAGGTG
1 CACCACCACCAGCCTAAGTTA-CAGATAGTGTCCGAT-ACTCCCTACATCCAAGGCACCAAGGTA
* *
33182295 CCGATGCTTCTCGATGGTCCCA
64 CCGATGCTTCTCAATGGTCACA
*** * * * *
33182317 CACCACCATTGGCCTGAGTTACCGATGGTGTCCGATACTCCCGTACATCCAAGCCACCAAGGTAC
1 CACCACCACCAGCCTAAGTTACAGATAGTGTCCGATACTCCC-TACATCCAAGGCACCAAGGTAC
33182382 CGATGCTTCTCAATGGTCACA
65 CGATGCTTCTCAATGGTCACA
* ** * * * * *
33182403 CACCACTACCAGCCTAAGTTGTAGATAGTGTCTGATGCTCCCACACATCCATGGCACCAAGTTAC
1 CACCACCACCAGCCTAAGTTACAGATAGTGTCCGATACTCCC-TACATCCAAGGCACCAAGGTAC
*
33182468 CGACGCTTCTC
65 CGATGCTTCTC
33182479 GATAATCCAG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 28, Indels: 4
0.80 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
85 6 0.05
86 126 0.95
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (85 bp):
CACCACCACCAGCCTAAGTTACAGATAGTGTCCGATACTCCCTACATCCAAGGCACCAAGGTACC
GATGCTTCTCAATGGTCACA
Found at i:33183519 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 33183179--33184065 Score: 427
Period size: 86 Copynumber: 10.2 Consensus size: 84
33183169 TTTTTAGCCT
** * * **
33183179 GATGGTGTCTC-ATGCTCTAGCACATGTAAGGTACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTTTCGC
1 GATGGTGTC-CGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
*
33183243 ACCACCATCGACCTAAGTTGC
64 ACCACCATCGACCTAAGTTAC
* * * * * * * ** * *
33183264 TGATAGTGTCCGATGCCCCCGCACAACCAA-GCACCAACGTACCGATACTACCCCATTTTCTCAC
1 -GATGGTGTCCGATGCTCCCGCAC-ATCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* ** * *
33183328 ACCATCATCGGTCTAACTTGCC
64 ACCACCATCGACCTAAGTT-AC
* * * * * * * *** * ** *
33183350 AATGGTTTCCGACGCTCTCACACATCCAAGACACCAAGATGGTGATAG-TTCCTGCTATTCTCTC
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGGTACCGAT-GCTTCC--CGATGGTCCC
*
33183414 GCACCACCATCGGCCTAAGTTATC
62 GCACCACCATCGACCTAAGTTA-C
* * * * * * *
33183438 GATGGTGTTCGATGCTCCCGTACATACAAGGTACCAAGGTACTGATACTGCCCGATGGTCCTGCA
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCA
33183503 CCACCATC-ACCTTAAGTTAC
65 CCACCATCGACC-TAAGTTAC
* * * ** * * * *
33183523 TGATGGTGTCCAATTCTCTCGCACATCTAAGGCATGAAGGTGCCGATGGTTCGCGTTAGTGTCCC
1 -GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-AAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGAT-G-GTCCC
* * *
33183588 GTACCACCATCGGCTTAAGTTATC
62 GCACCACCATCGACCTAAGTTA-C
* * * * *
33183612 GATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATTCAAGGCACTAAGGTACCGATGCTTTCCGATGATCCCACA
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA-TCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCA
*
33183677 CCACTATCGACCTAAGTTAC
65 CCACCATCGACCTAAGTTAC
* * * * * * *
33183697 TGATGGTGTCCGACGCTCCCGTACATCCAAGACACCGAGGTGCTGATGCTTCTCGATGGTCCCGC
1 -GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
* *
33183762 ACCACCACCGACCTAAGCTACC
64 ACCACCATCGACCTAAGTTA-C
* * * * * * **
33183784 GATGGTG-CCTAATGCTCTCACCATCACACACCAAGGCACCAAGGTGCCTATGGTTCTTGATGGT
1 GATGGTGTCC-GATG--CT--CC--CGCACATCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGT
* * * *
33183848 CCTGCACTACCACCGGCCTAAGTTACC
59 CCCGCACCACCATCGACCTAAGTTA-C
** * * * * * ***
33183875 GACAGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCGAGGTACCTATACATCATAATGGTCCCGCA
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCA
*
33183940 CCACCA-CCAGCCTAAGTTATC
65 CCACCATCGA-CCTAAGTTA-C
* ** * * * **** * * *
33183961 GATGGTGTTCGATATTCCTGGATATCCAAGGCACCAAGGCGTTGATGCTTCCTGATGATCCCGTA
1 GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCA
* *
33184026 CCACTATCGGCCTAAGTTATC
65 CCACCATCGACCTAAGTTA-C
*
33184047 GATGGTGTCCGATACTCCC
1 GATGGTGTCCGATGCTCCC
33184066 ATACATGTCT
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 171, Indels: 64
0.72 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
84 1 0.00
85 74 0.12
86 314 0.53
87 7 0.01
88 129 0.22
89 6 0.01
90 2 0.00
91 59 0.10
92 6 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (84 bp):
GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCAC
CACCATCGACCTAAGTTAC
Found at i:33183889 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 33183723--33183891 Score: 216
Period size: 91 Copynumber: 1.9 Consensus size: 91
33183713 TCCCGTACAT
* **
33183723 CCAAGACACCGAGGTGCTGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGCTACCGATG
1 CCAAGACACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGCTACCGACA
33183788 GTGCCTAATGCTCTCACCATCACACA
66 GTGCCTAATGCTCTCACCATCACACA
* * * * * * *
33183814 CCAAGGCACCAAGGTGCCT-ATGGTTCTTGATGGTCCTGCACTACCACCGGCCTAAGTTACCGAC
1 CCAAGACACCAAGGTG-CTGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGCTACCGAC
33183878 AGTGTCC-AATGCTC
65 AGTG-CCTAATGCTC
33183892 CCGCACATCC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 10, Indels: 4
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
91 62 0.94
92 4 0.06
ACGTcount: A:0.23, C:0.35, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (91 bp):
CCAAGACACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGCTACCGACA
GTGCCTAATGCTCTCACCATCACACA
Found at i:33184876 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33184717--33185151 Score: 455
Period size: 86 Copynumber: 5.1 Consensus size: 86
33184707 CTTTTTTAGC
* * * * * * *
33184717 TCGATGGTGTCCCATGCTCCTGCACATGGAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCGATGGTCCCA
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCGCCAAGGTATCGATGCTGCCCAATGGTCCCG
*
33184782 CACAACCATCAGCCTAAGTTA
66 CACCACCATCAGCCTAAGTTA
* * * * **
33184803 CCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCGCCAAGGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCTTG
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCGCCAAGGTATCGATGCTGCCCAATGGTCCCG
* *
33184868 GACCACCATC-GACCTAGGTTA
66 CACCACCATCAG-CCTAAGTTA
* * * ** * *
33184889 TCGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAG-CAAGACATCGATACTGCCCCATGGTCCC
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGC-GCCAAGGTATCGATGCTGCCCAATGGTCCC
* *
33184953 GTACCACCATCGGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATCAGCCTAAGTTA
* * * * * * *
33184975 TCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACAAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCTA
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCGCCAAGGTATCGATGCTGCCCAATGGTCC-C
* *
33185040 G-ACCACCATCGGCCTAAGTTG
65 GCACCACCATCAGCCTAAGTTA
* * * * *
33185061 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAG-CAAGGCATCGATACTGCCCCATGGTCCC
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGC-GCCAAGGTATCGATGCTGCCCAATGGTCCC
33185125 GCACCACCATCAGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATCAGCCTAAGTTA
33185147 TCGAT
1 TCGAT
33185152 AGTGCTCGAC
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 56, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 2 0.01
86 281 0.98
87 3 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (86 bp):
TCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCGCCAAGGTATCGATGCTGCCCAATGGTCCCG
CACCACCATCAGCCTAAGTTA
Found at i:33185003 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 33184717--33185166 Score: 612
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
33184707 CTTTTTTAGC
* ** ** * *** * * *
33184717 TCGATGGTGTCCCATGCTCCTGCACATGGAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTGCCCGATGGTCCCA
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAGCAAGACATCGATACTGCCCCATGGTCCCG
* * * * * * * **
33184782 CACAACCATCAGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCGCCAAGGTGT
66 CACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACAAAGGTAC
* * *
33184847 CGATGCTTCCCAATGGTCTTGGACCACCATCGACCTAGGTTA
131 CGATGCTTCCCAATGGTCCTAGACCACCATCGACCTAAGTTA
*
33184889 TCGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAGCAAGACATCGATACTGCCCCATGGTCCCG
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAGCAAGACATCGATACTGCCCCATGGTCCCG
* *
33184954 TACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACAAAGGTAC
66 CACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACAAAGGTAC
* *
33185019 CGATGCTTCCCAATGGTCCTAGACCACCATCGGCCTAAGTTG
131 CGATGCTTCCCAATGGTCCTAGACCACCATCGACCTAAGTTA
*
33185061 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAGCAAGGCATCGATACTGCCCCATGGTCCCG
1 TCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAGCAAGACATCGATACTGCCCCATGGTCCCG
* *
33185126 CACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATAGTGCTCGACGCTCC
66 CACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATAGTGTTCGATGCTCC
33185167 TACACAGCTG
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 35, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
172 243 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (172 bp):
TCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCAGCAAGACATCGATACTGCCCCATGGTCCCG
CACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATAGTGTTCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCACAAAGGTAC
CGATGCTTCCCAATGGTCCTAGACCACCATCGACCTAAGTTA
Found at i:33186105 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33185951--33186244 Score: 336
Period size: 86 Copynumber: 3.4 Consensus size: 86
33185941 GTAAAATAAG
* * * * * *
33185951 CCTAAGGTACCGATGGTGCCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCCAGGTACCGATGGTACCCG
1 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
* * *
33186016 ATGGTCCTGTACCACCATCGA
66 ATGGTCCCGCACCACCACCGA
* * * * *
33186037 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCGAGGTGCCGATGCTTTCTG
1 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
* *
33186102 ATGGTCCCGCACTACCACCGG
66 ATGGTCCCGCACCACCACCGA
* * * * * *
33186123 CGTAAGTTACCGATGGCGTCTGATACTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACAGATGCTTCCCG
1 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
*
33186188 ATGGTCCCGCACCACTACCGA
66 ATGGTCCCGCACCACCACCGA
* * * * *
33186209 CCTAAGATGCTGATGGTGTCCGATGATCCAGCACAT
1 CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT
33186245 GTAGGGCACC
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 38, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 170 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (86 bp):
CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
ATGGTCCCGCACCACCACCGA
Found at i:33186464 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 33186456--33186480 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
33186446 CCTTCAAATT
33186456 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
33186481 TTTGCTTAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:33191165 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33191118--33191590 Score: 125
Period size: 43 Copynumber: 11.2 Consensus size: 43
33191108 TTCTCCCACT
*** **
33191118 CATCCAAGGCACCAAGGTACC-GATGGTGTTTGAGGCTTTTGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTG-TGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
*
33191161 CATCCAAGGCACCAAGGTGCCTGTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTGTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
* * * * *
33191204 CATCCAAGG---CAA--TA----TGGTGTACGATGCTGCAGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTGTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
* * * * *
33191238 CATCTAAGGCACCAAGGTACC-GATGCT-TCTCGATGCTCCCGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTG-TGGTGTC-CAAGGCTTCCGCA
** * ** * *
33191281 CATCCAAGTTACTAAGGTGTCGGTGGTGTCCAATGC-TCTCGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTGTGGTGTCCAAGGCTTC-CGCA
* * * ** *
33191324 CATCCAAGACATCAAGGTGCC-GATGGTGTCCAATTCTCCCGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTG-TGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
* ** * * * * * * **
33191367 CATCCAAGGCACCTAGGTGTCGGTAGTGTTCGATGCTCCCATA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTGTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
* ** * * * *
33191410 CATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGGTGTTCGATGCTCCCGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTGTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
** * * * * * * **
33191453 CATCCAACCCACCAAGATATC-GATAGTGTCCGACGCTACAACA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTG-TGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
* * ** * * * *
33191496 TATCTAAGGCACCAAGGTGTC-GATGGTGTCCGATGCTCCCACA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCTG-TGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
* * * *
33191539 CATCCAAGGCACCAAGGTA-CTAGTGGTGTTCGATGCTGCCGCA
1 CATCCAAGGCACCAAGGTACCT-GTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
*
33191582 GATCCAAGG
1 CATCCAAGG
33191591 TGCTAATGGT
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 79, Indels: 40
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 23 0.07
37 3 0.01
38 1 0.00
39 2 0.01
40 3 0.01
42 4 0.01
43 288 0.87
44 7 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.29, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
CATCCAAGGCACCAAGGTACCTGTGGTGTCCAAGGCTTCCGCA
Found at i:33191363 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33191270--33191556 Score: 270
Period size: 86 Copynumber: 3.3 Consensus size: 86
33191260 ATGCTTCTCG
** * * *
33191270 ATGCTCCCGCACATCCAAGTTA-CTAAGGTGTCGGTGGTGTCCAATGCTCTCGCACATCCAAGAC
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCT-AGGTGTCGGTAGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGAC
* *
33191334 ATCAAGGTGCCGATGGTGTCCA
65 ACCAAGGTGCCAATGGTGTCCA
* * * * *
33191356 ATTCTCCCGCACATCCAAGGCACCTAGGTGTCGGTAGTGTTCGATGCTCCCATACATCCAAGGCA
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCTAGGTGTCGGTAGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACA
* *
33191421 CCAAGGTGCCAATGGTGTTCG
66 CCAAGGTGCCAATGGTGTCCA
** * * * * * * * * * * *
33191442 ATGCTCCCGCACATCCAACCCACCAAGATATCGATAGTGTCCGACGCTACAACATATCTAAGGCA
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCTAGGTGTCGGTAGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACA
* * *
33191507 CCAAGGTGTCGATGGTGTCCG
66 CCAAGGTGCCAATGGTGTCCA
* *
33191528 ATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGT
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCTAGGT
33191557 ACTAGTGGTG
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 35, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
86 163 0.99
87 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (86 bp):
ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCTAGGTGTCGGTAGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACA
CCAAGGTGCCAATGGTGTCCA
Found at i:33191437 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 33191236--33191588 Score: 314
Period size: 129 Copynumber: 2.7 Consensus size: 129
33191226 GATGCTGCAG
* ** * ** *
33191236 CACATCTAAGGCACCAAGGTACCGAT-GCT-TCTCGATGCTCCCGCACATCCAAGTTACTAAGGT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATAG-TGT-TCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGT
* ** * * * * * * ** * *
33191299 GTCGGTGGTGTCCAATGCTCTCGCACATCCAAGACATCAAGGTGCCGATGGTGTCCAATTCTCCC
64 GCCAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAACACACCAAGATACCGATAGTGTCCAACGCTACA
*
33191364 G
129 A
* * *
33191365 CACATCCAAGGCACCTAGGTGTCGGTAGTGTTCGATGCTCCCATACATCCAAGGCACCAAGGTGC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATAGTGTTCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGC
* * * * *
33191430 CAATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCAACCCACCAAGATATCGATAGTGTCCGACGCTACAA
66 CAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAACACACCAAGATACCGATAGTGTCCAACGCTACAA
* * * * *
33191494 CATATCTAAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTAC
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATAGTGTTCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGC
* * * * * *
33191559 TAGTGGTGTTCGATGCTGCCGCAGATCCAA
66 CAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAA
33191589 GGTGCTAATG
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 41, Indels: 4
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
129 179 0.99
130 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (129 bp):
CACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATAGTGTTCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGC
CAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAACACACCAAGATACCGATAGTGTCCAACGCTACAA
Found at i:33191786 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 33191628--33191789 Score: 193
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
33191618 CAACATCGGC
* * **
33191628 CTAAGTTATTGGTGGTGTCCGATGCCTCCGTACATCCAAGGAACCAAGGTACCGATGGTTCCTGA
1 CTAAGTTATCGGTGGTGTCCGATGCCTCCG-ACACCCAAGGAACCAAGGTACCGATACTTCCTGA
*
33191693 TGGTCCCGCACCACCATTAAA
65 TGCTCCCGCACCACCATTAAA
* * * *
33191714 CTAAGTTATCGGTGGTGTTCGATGCCCTCAC-ACACCCAAGGCACCAAGGTGCCGTTACTATCC-
1 CTAAGTTATCGGTGGTGTCCGATG-CCTC-CGACACCCAAGGAACCAAGGTACCGATACT-TCCT
33191777 GATGCTCCCGCAC
63 GATGCTCCCGCAC
33191790 ATTCAAGGCA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 6
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
86 56 0.88
87 7 0.11
88 1 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (85 bp):
CTAAGTTATCGGTGGTGTCCGATGCCTCCGACACCCAAGGAACCAAGGTACCGATACTTCCTGAT
GCTCCCGCACCACCATTAAA
Found at i:33192127 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 33192037--33192266 Score: 252
Period size: 85 Copynumber: 2.7 Consensus size: 85
33192027 CGATGGTTCT
* * * * *
33192037 GCACCACCATCGGCCTATGTTACCTATGGTGTTCGATG-TCCCCGCACATCCAAGGCATCAAGGT
1 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCT-CCCACAAAT-CAAGGCACCAAGGT
* *
33192101 GTTGAAGCTTCTCGATAGCT-C-
64 GTCGAACCTTCTCGAT-GCTCCA
* * *
33192122 GCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACAAATCAAGGCACCAAGGTGT
1 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCACAAATCAAGGCACCAAGGTGT
* * *
33192187 CGATCCTTCTGGATGGTCCA
66 CGAACCTTCTCGATGCTCCA
* * *
33192207 ACACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCT-CCAAAAATCCAAGGCACCAA
1 GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCACAAAT-CAAGGCACCAA
33192267 CGTACCGATA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.02
84 33 0.27
85 86 0.70
86 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.32, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (85 bp):
GCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCACAAATCAAGGCACCAAGGTGT
CGAACCTTCTCGATGCTCCA
Found at i:33192298 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 33192119--33192333 Score: 234
Period size: 85 Copynumber: 2.5 Consensus size: 84
33192109 TTCTCGATAG
* * *
33192119 CTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACAAATCAAGGCACCAAGG
1 CTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCT-CCAAAAATCAAGGCACCAACG
** * *** *
33192184 TGTCGATCCTTCTGGATGGT
65 TACCGATACTTCCCAATGAT
* * * *
33192204 C-CAACACCACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCAAAAATCCAAGGCACCAAC
1 CTC-GCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCAAAAAT-CAAGGCACCAAC
33192268 GTACCGATACTTCCCAATGAT
64 GTACCGATACTTCCCAATGAT
* ***
33192289 CTCGTACCACCATCGACCTAAGTTGTTGATGGTGTCCGATGCTCC
1 CTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
33192334 CGCACATGTC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 22, Indels: 6
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.08
85 96 0.91
86 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.33, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (84 bp):
CTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCAAAAATCAAGGCACCAACGT
ACCGATACTTCCCAATGAT
Found at i:33193145 original size:85 final size:86
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Indices: 33193000--33193197 Score: 272
Period size: 85 Copynumber: 2.3 Consensus size: 86
33192990 CCATGCTACT
* * * *
33193000 GCACATGCAAGGCACCAAAGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCATCGTCGGCCTAAGTTA
1 GCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTA
* *
33193065 CCGATGGT-ATCGATGCTTTC
66 CCGATGGTCATCGAGGCTCTC
* * *
33193085 GCACATGTAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTA
1 GCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTA
* *
33193150 CTGATGGTCTTCGAGGCTCTC
66 CCGATGGTCATCGAGGCTCTC
* *
33193171 GCACATCCAAGGCACTAAGGTGCCGAT
1 GCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGAT
33193198 ACTGTATGAT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 15, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 65 0.67
86 32 0.33
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (86 bp):
GCACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTA
CCGATGGTCATCGAGGCTCTC
Found at i:33197717 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33197569--33198177 Score: 667
Period size: 86 Copynumber: 7.1 Consensus size: 86
33197559 TTTTTTTAGC
** * * * * * * *
33197569 CCGATGGTGTCCCATGCTCCCGTACATACAAGGCACTATGCTGCCGATGCTTTCTGATGGTCCCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
*
33197634 CACCACCATCGGCCTATGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * *
33197655 CCAATGGTGTCTGATGCTCCCGGAAATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
* * *
33197720 TACCACCATCGGCTTATGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * * *
33197741 CCGATGGTGTCTGATACTTCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGCTACTGCCCTATGGTTCCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
33197806 CACCA-CATCGGCCTAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* ** * * * **
33197826 CTGATGGTGTCCCATGCTCTCACACATGCAAGGCACCAAGGAACCGATGCTTCCCGATGGT-CC-
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
* *
33197889 CA-TACCACCGGCCTAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * *
33197909 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCAATGGTCCCG
1 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
*
33197974 CACCACCATCGGCCTAAGTTG
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* *
33197995 TCGATGGTGT-TCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG-CTATGCTTCCCGATGGTCCC
1 CCGATGGTGTCT-GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
33198058 GCACCACCA-CTGGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATC-GGCCTAAGTTA
* * * * * *
33198080 CCGATGGTGT-TCGATGCTCTCGCACATCTAAGGCACTAAGGTGCCGATTCTTTCGGATGGTCCC
1 CCGATGGTGTCT-GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCC
* * **
33198144 ACACTACCATCGATCTAAGTTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
33198166 CCGATGGTGTCT
1 CCGATGGTGTCT
33198178 AATCTTCCCG
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 76, Indels: 17
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
82 1 0.00
83 68 0.16
84 5 0.01
85 136 0.31
86 226 0.52
87 2 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (86 bp):
CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCG
CACCACCATCGGCCTAAGTTA
Found at i:33197874 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33197625--33198176 Score: 648
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
33197615 ATGCTTTCTG
* ** * * *
33197625 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTATGTTACCAATGGTGTCTGATGCTCCCGGAAATGCAAGGCA
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCA
* *
33197690 CCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCTTATGTTACCGATGGTGTCTGA
66 CCAAGG-ACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCA-CGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCTGA
* * * *
33197755 TACTTCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGCTACTGCCCT
129 TGCTTCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCA
* * * *
33197797 ATGGTTCCGCACCA-CATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCCATGCTCTCACACATGCAAGGCA
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCA
* *
33197861 CCAAGGAACCGATGCTTCCCGATGGTCCCATACCA-C-CGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
66 CCAAGG-ACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCACGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCTGAT
* *
33197924 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCA
130 GCTTCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCA
* * *
33197965 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTT-GTCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACT-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGC
** * *
33198029 ACCAAGGTGCTATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCACTGGCCTAAGTTACCGATGGTGT-TCG
65 ACCAAGGACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCAC-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCT-G
* * * ** **
33198093 ATGC-TCTCGCACATCTAAGGCACTAAGGTGCCGATTCTTTCGG
128 ATGCTTC-CGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCA
* * ** *
33198136 ATGGTCCCACACTACCATCGATCTAAGTTACCGATGGTGTC
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTC
33198177 TAATCTTCCC
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 48, Indels: 17
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 96 0.30
169 49 0.15
170 3 0.01
171 163 0.50
172 13 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (170 bp):
ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCA
CCAAGGACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCACGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATG
CTTCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCA
Found at i:33198024 original size:254 final size:257
Alignment explanation
Indices: 33197612--33198176 Score: 685
Period size: 254 Copynumber: 2.2 Consensus size: 257
33197602 CACTATGCTG
* * * * * * *
33197612 CCGATGCTTTCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTATGTTACCAATGGTGTCTGATGCTCCCG
1 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACTACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * * * * * *
33197677 GAAATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCTTATGTTAC
66 CAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
33197742 CGATGGTGTCTGATACTTCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGCTACTGCCCTATGGTTCCGC
131 CGATGGTGTCTGATACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG-CGATACTGCCCGATGGTCCCGC
*
33197807 ACCA-CA-TCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCCATGCTCTCACACATGC-AAGGCACCAAGGAA
195 ACCACCACT-GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCTCACACAT-CTAAGGCACCAAGGAA
*
33197869 CCGATGCTTCCCGATGGT-CC-CA-TACCACCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
1 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACTACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
* * **
33197931 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTGT
66 CAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
33197996 CGATGGTGT-TCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTATGCTTCCCGATGGTCCCGC
131 CGATGGTGTCT-GATACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCGATACTGCCCGATGGTCCCGC
* * * * **
33198060 ACCACCACTGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCTAAGGCACTAAGGTG
195 ACCACCACTGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCTCACACATCTAAGGCACCAAGGAA
* * * **
33198123 CCGATTCTTTCGGATGGTCCCACACTACCATCGATCTAAGTTACCGATGGTGTC
1 CCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACTACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTC
33198177 TAATCTTCCC
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 40, Indels: 14
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
253 22 0.08
254 188 0.72
255 5 0.02
256 4 0.02
257 42 0.16
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (257 bp):
CCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACTACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
CAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTAC
CGATGGTGTCTGATACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCGATACTGCCCGATGGTCCCGCA
CCACCACTGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCTCACACATCTAAGGCACCAAGGAA
Found at i:33198058 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33197835--33198127 Score: 135
Period size: 43 Copynumber: 6.9 Consensus size: 43
33197825 ACTGATGGTG
* * * **
33197835 TCCC-ATGCTCTCACACATGCAAGGCACCAAGGAACCGATGCT
1 TCCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
33197877 TCCCGATGGT-CC-CATA-CCACCGGC-CTAAGTTACCGATGGT
1 TCCCGATGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCAAGGTGCCGATGCT
*
33197917 GT-CCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACT
1 -TCCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * * *
33197960 TCCCAATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CTAAGTTGTCGATGGT
1 TCCCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTGCCGATGCT
* *
33198003 GT-TCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG-CTATGCT
1 -TCCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * * * *
33198045 TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCACTGGC-CTAAGTTACCGATGGT
1 TCCCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTGCCGATGCT
* * * *
33198088 GT-TCGATGCTCTCGCACATCTAAGGCACTAAGGTGCCGAT
1 -TCCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT
33198128 TCTTTCGGAT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 48, Indels: 39
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
40 21 0.11
41 10 0.05
42 47 0.26
43 98 0.54
44 7 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.34, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
TCCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT
Found at i:33198127 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33197909--33198127 Score: 164
Period size: 43 Copynumber: 5.1 Consensus size: 43
33197899 GCCTAAGTTA
*
33197909 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTG
** * * * *
33197952 CCGATACT-TCCCAATGGTCCCGCACCA-CCATCGGC-CTAAGTTG
1 CCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACTAAGGTG
* * *
33197995 TCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTG
* * * * * *
33198038 -CTATGCT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCACTGGC-CTAAGTTA
1 CCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACTAAGGTG
* * *
33198080 CCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCTAAGGCACTAAGGTG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTG
33198123 CCGAT
1 CCGAT
33198128 TCTTTCGGAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 33, Indels: 26
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 36 0.28
43 86 0.66
44 7 0.05
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTG
Found at i:33198469 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 33198461--33198485 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
33198451 TCGTTAAATT
33198461 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
33198486 TTTGCTTAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:33202809 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33202742--33202828 Score: 111
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
33202732 GCTCTCGCGT
*
33202742 ATCCAAGGTACCAAGCTACCGATGCTTGTCGACGCTCCCGCAC
1 ATCCAAGGTACCAAGCTACCGATGCTTCTCGACGCTCCCGCAC
* *** * *
33202785 ATCCAAGGTACCAAGGTGTTGATGCTTCTCGATGGTCCCGCAC
1 ATCCAAGGTACCAAGCTACCGATGCTTCTCGACGCTCCCGCAC
33202828 A
1 A
33202829 AACATCGGTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 37 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
ATCCAAGGTACCAAGCTACCGATGCTTCTCGACGCTCCCGCAC
Found at i:33203428 original size:303 final size:304
Alignment explanation
Indices: 33202754--33203434 Score: 822
Period size: 303 Copynumber: 2.2 Consensus size: 304
33202744 CCAAGGTACC
* * * *
33202754 AAGCTACCGATGCTTGTC-GACGCTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGTTGATGCTTCTCGAT
1 AAGCTACCGATG-GTGTCTGATGCCCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGAT
* * * *
33202818 GGTCCCGCACAAACATCGGTATGTCTGAAACATGGAAACTTTTTTTAGGCCCGACGCTACCGCAC
65 GGTCCCGCACAAACATCGGCATGTCTGAAACATAGAAACTTTTTTTAAGCCCGACGCTACCACAC
* * *
33202883 CAACATTGGCCTAAGTTACCGGTGGTGCTCAATGCTCTCGCACATCCAAGGAACCAAGGTACCGA
130 CAACATTGGCCTAAGTTACCGATGGTGCTCAATGCTCCCGCACATCCAAGGAACCAACGTACCGA
* * *
33202948 TGCTTCCCAATGGTCCAGCACCACTACCACCGCCTAAGTTACAGATGGTGTCCGATGTTCCCGCA
195 TGCTTCCCAATAGTCCAGCACCACCACCA-CACCTAAGTTACAGATGGTGTCCGATGTTCCCGCA
* * * *
33203013 CATCAAAGGGACCAAGGTGTCGATGGTCCTGCACCATCATCGACCT
259 CATCAAAGGCACCAAGGTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCT
* * * * *
33203059 AAGTTATCGATGGTGTCTGATGCCTCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATGCTTCCCGATG
1 AAGCTACCGATGGTGTCTGATGCCCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGATG
*
33203124 GTCCCGCACAAACATCGGCATGTCT-AAA-ATAGAGACATTTTTTTAAGCCCGACAG-TACCACA
66 GTCCCGCACAAACATCGGCATGTCTGAAACATAGAAAC-TTTTTTTAAGCCCGAC-GCTACCACA
* * * * *
33203186 CCAACATTGGCCTAAGTTATCGATGGTGCT-AGATGCTCCCGTACATCCAAGGCATCAACGTGCC
129 CCAACATTGGCCTAAGTTACCGATGGTGCTCA-ATGCTCCCGCACATCCAAGGAACCAACGTACC
* * * * * * *
33203250 GATGCTTCCCGATAGTCTCTCGCACCACCACTA-ACCTAA-TTGCCGATGGTGTCTGATGTTCTC
193 GATGCTTCCCAATAGTC-C-AGCACCACCACCACACCTAAGTTACAGATGGTGTCCGATGTTCCC
* * *
33203313 TCACATCGAAGGCACCAAGGTACT-GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
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* * * * *
33203362 AAGCTGCCGCTGGTGTCTGATGCCCCCGCACATCCAAAGG-ACTAAGCTGCTGATACTTCTCGAT
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AAGCTACCGATGGTGTCTGATGCCCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGATG
GTCCCGCACAAACATCGGCATGTCTGAAACATAGAAACTTTTTTTAAGCCCGACGCTACCACACC
AACATTGGCCTAAGTTACCGATGGTGCTCAATGCTCCCGCACATCCAAGGAACCAACGTACCGAT
GCTTCCCAATAGTCCAGCACCACCACCACACCTAAGTTACAGATGGTGTCCGATGTTCCCGCACA
TCAAAGGCACCAAGGTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCT
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* * *
33203457 ATGGTGTCCGATACTCCAGGACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCAATGGTTCCACAC
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* *
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** * * * * * * *
33203543 ATAATGTCCGCTGCTCTAGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTTCCGAT-GATCCTTCA
1 ATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCAATGGATCC-ACA
*
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*
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ATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCAATGGATCCACAC
CACCACCAGCCTAAGTTACCG
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*
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*
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* * * * * *
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*
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* * * * ** * * *
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* *
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** * ** * * *
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** *
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65 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * ** * *
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*
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* * * ** * ***
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*
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65 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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CCGATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCGATGGTCCCGC
ACCACCATCGGCCTAAGTTA
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33204275 TTTTTTTAGC
* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * **
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** * * ** *
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*
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* * *
33204693 GCATCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCTAATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCAAGGCA
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* * *** *
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** * *
33204801 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATAATGCCCGATGGTCCCA
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* * * *
33204866 CACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATCGTGTCCT-ATTCTCTCGCACATCTAAGGCACAAAGGTA
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* * *
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*
33204973 TCGATGGTGTCTGAT
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CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATACTGCCCGATGGTCCCG
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CGATGCTTCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
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33204536 TAAGTTACTA
* * **
33204546 ATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATTG
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* * * * * ** *
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* **
33204632 ATGGTGTCTGATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGTCG
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** * * * * * *
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* * * *
33204718 ATGGTGTCTAATGCTCTCGCACATCAAAGGCACCAAGGCACCG
1 ATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCG
* * *** * * * *
33204761 ATGGT-TGCAGATGGTTTTGCACCA-CTATCGGC-CTAAGTTACCG
1 ATGGTGT-CTGATGCTCCCGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCG
33204804 ATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCG
1 ATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCG
33204847 AT
1 AT
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Consensus pattern (43 bp):
ATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCG
Found at i:33204889 original size:43 final size:43
Alignment explanation
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33204770 GATGGTTTTG
* ** * * *
33204780 CACCACTATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCG
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* * * *
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1 CACCA-CCATCGGC-CTAAGTTACCGATAATGCCCGATGCTCCCA
33204866 CACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
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33204892 CGTGTCCTAT
Statistics
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CACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATAATGCCCGATGCTCCCA
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Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
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* **
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* * *
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**
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Statistics
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0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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44 1 0.02
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Consensus pattern (43 bp):
CGATGGTCCCACACCACCATTGACCTAAGTTACCGATGGTTCC
Found at i:33205557 original size:76 final size:75
Alignment explanation
Indices: 33205425--33205580 Score: 170
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 75
33205415 AGATGCTTTT
* * ** * *
33205425 CGATGGTCCCGCACCACCATCGCCTAAGTTATCGATATTGTCTGATGTTCGAGCACATCGAAGGC
1 CGATGGTCCCACACCACCATCGCCTAAGTTATCGATAGTGTCTGATGCCCCAGCACATCCAAGGC
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* * * *
33205500 CGATGGTCCCACACCACCATTTGCCTAAGTTA-CTGATGGTGTTTGATGCCCCCGCACATCCAAG
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* **
33205564 GTAGTAAGGTGC
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1 CGATG
33205581 CTTCCCGATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CGATGGTCCCACACCACCATCGCCTAAGTTATCGATAGTGTCTGATGCCCCAGCACATCCAAGGC
ACCAAGGTGC
Found at i:33205653 original size:78 final size:78
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Indices: 33205569--33205798 Score: 201
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33205559 CCAAGGTAGT
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66 CATCCAAGGCACC
* * * * * *
33205647 AAGGTGCTGA-GACTTCTCGGTGGTCCTGCACTACCATCAGCCTAAGTTACTGATAGTGTTCGAT
1 AAGGTGCCGATG-CTTCCCGATGGTCCTGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGAT-G-G-T--A-
* **
33205711 GCTCCTACACATCCAAGGCACC
59 --TCCGATGCATCCAAGGCACC
* * * * * * ** * *
33205733 AAGGTACCGATGCTTCCCCATGATCCCGTACCACTATCGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTCTGATG
1 AAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCTGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTATCCGATG
33205798 C
66 C
33205799 TTCCGTACAT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 28, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
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78 50 0.44
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81 1 0.01
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CATCCAAGGCACC
Found at i:33205745 original size:164 final size:162
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33205351 ACCAACATTG
* * * **
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** * *
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* **
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* * * * **
33205522 GCCTAAGTTACTGATGGTGTTTGATGCCCCCGCACATCCAAGGTAGTAAGGTGCCGATGCTTCCC
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* * * *
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** ** * * ** *
33205650 GTGCTGAGACTTCTCGGTGGTCCTGCACTACCATCA
129 GCACCAAG-CTGC-CGATGGTCCCACACCACCATCA
* * *
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1 GCCTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCC
* * * * *
33205751 CATGATCCCGTACCACTATCGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTCTGATGCT
66 GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCTGATGCT
33205800 TCCGTACATG
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 49, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
161 73 0.33
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GCCTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCC
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ACCAAGCTGCCGATGGTCCCACACCACCATCA
Found at i:33206630 original size:86 final size:86
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Indices: 33206441--33207523 Score: 807
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33206431 TTTTTTTAGC
* * * * * ** *
33206441 CCGATGGTGTCCCATGCTCCCGCATATGCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCTAATGGTCCCG
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* ** * *
33206506 TACCATAATCAGCCTTAA-TTG
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* * * *
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1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTC-CCGATGGTCTC
* * *
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* * * * * * * *
33206613 CCGATGGCGTCCAATGCTCCCGCACATACAAGGCACCAGGGTACCAATACTTCCCGTTTGTC-CT
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTC-
* * *
33206677 GAACCACCATCGACCTAAGTTG
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * * * *
33206699 CCGATGGTGTCCAATGCTGCCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTGCCCTAAGGTCCCA
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTCG
* * *
33206764 CACCACCAACGGTCTAAGTTG
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** * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * ** *
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* **
33207022 CACACCACCATTAGCCTAAGTTA
64 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * *
33207045 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTCGATGGTCTCG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTCG
* * *
33207110 TACCACTATCGACCTAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * *
33207131 CCGATGATGTTCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCC-ATTGGTCTC
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGA-TGGTCTC
*
33207195 GCACCACCACCGGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
** * * * * ** * *
33207217 CCGATAATGTCTGATGCTCTCTCACTCATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATGGTTCACGATGATC-
1 CCGATGGTGTCCGATGCTC-C-CGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCT
* * * *
33207281 CTGCACTATCATCAGCCTAAGTTT
64 C-GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
** * * * * * *
33207305 TTGATGGTGTCCAATGCTCCCGTACAT-CAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTCCCGATGGTCCCG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTCG
* * *
33207369 CAGCACCACCGGCTTAAGTTA
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * **
33207390 CCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTACCGATGTTTCCCGATGGTCTCG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTCG
* * ** * *
33207455 TACCACCGTCAACCTAAGATG
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * ** * * *
33207476 CTGATGGTGTCCGATGATCCAACACATCTAGGGCACCAACGTGCCGAT
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT
33207524 GGTGTCCGAC
Statistics
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Consensus pattern (86 bp):
CCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCTCG
CACCACCATCGGCCTAAGTTA
Found at i:33207103 original size:43 final size:43
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33207046 CGATGGTGTC
33207056 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCT
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCT
* * * * ** * ** *
33207099 CGATGGTCTCGTACCA-CTATCG-ACCTAAGTTACCGATGATGT-T
1 CGATGCTCCCGCA-CATCCAAGGCACC-AAGGTGTCGATGCT-TCT
33207142 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTC
1 CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTC
33207184 CCATTGGTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (43 bp):
CGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCT
Found at i:33213849 original size:43 final size:43
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Period size: 43 Copynumber: 15.2 Consensus size: 43
33213791 CCACATGCTT
*
33213801 ACCAAGGTACCAATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * *
33213844 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCAAGGCTCCCGCACATCCAATGC
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * * *
33213887 ACCAAGGTGCTGGTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGT
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * * * * *
33213930 ACCAAGGTGCTGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCTAATGC
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * *
33213973 ACCAAGGTGCCGATGCT-TCTCGATGCTCTCGCACATCTAAGGC
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * **
33214016 ACCAAGGTACCGGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAGAATGCTGCCACAC
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCAC-----AT-C--CAAGGC
* * * * * *
33214067 ATCCAAGGCACCAAGCTGTCGATGGTGTCTGATGCTCCAGCACATCCAAGGT
1 A-CCAAGGTACC--GATG-G-----TGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * * *
33214119 ACCAAGGT-GCTAGTGGTGTCCGATGTTGCTGCACATCCAAGGC
1 ACCAAGGTACCGA-TGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * *
33214162 ACCAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATCTAAGGC
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * * *** **
33214205 ACCAAAGTACCGATAGT-TCTCGATGATCCTATACCA-CCATCG-
1 ACCAAGGTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCCAAGGC
* * **
33214247 ACCTAAGTTACCGATGGTGCCCGATGC-CTCCGCACATCCAAGTT
1 ACC-AAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTC-CCGCACATCCAAGGC
* * * * **
33214291 ACAAAGGTACCGATGGT-TCCCGATGGTCTCACACCA-CCATCG-
1 ACCAAGGTACCGATGGTGT-CCGATGCTCCCGCA-CATCCAAGGC
* * ** * * * *
33214333 ACATAAGTTATTGGTGGTGTTCGATGCCCCCGAACATCCAAGGC
1 AC-CAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* * *
33214377 ACCAAGGTACCGATGTTGTCTGATGCTCCTGCACATCCAAGGC
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* * * *
33214420 ACCAAGCTACCGATGCTTGT-CGATACTCCCGTACATCCAAGGC
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33214463 ACCAAGGT
1 ACCAAGGT
33214471 GTCGAAGCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
ACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
Found at i:33214135 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 33213951--33214143 Score: 255
Period size: 103 Copynumber: 1.9 Consensus size: 103
33213941 GATGGTGTCC
* * * *
33213951 AATGCTACCACACATCTAATGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGCTCTCGCACATCTAAGGC
1 AATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGCTGCCGATGCTTCTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGC
*
33214016 ACCAAGGTACCGGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAG
66 ACCAAGGTACCAGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAG
* * *
33214054 AATGCTGCCACACATCCAAGGCACCAAGCTGTCGATGGTGTCT-GATGCTC-CAGCACATCCAAG
1 AATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGCTGCCGATGCT-TCTCGATGCTCTC-GCACATCCAAG
* * *
33214117 GTACCAAGGTGCTAGTGGTGTCCGATG
64 GCACCAAGGTACCAGTGGTGTCCGATG
33214144 TTGCTGCACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
102 1 0.01
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AATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGCTGCCGATGCTTCTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGC
ACCAAGGTACCAGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAG
Found at i:33214143 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 33213918--33214191 Score: 342
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
33213908 GAGGCTCCCG
* * * *
33213918 CACATCCAAGGTACCAAGGTGCTGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCTAATGCACCAAGGTGC
1 CACATCCAAGGCACCAAGCTGCTGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGGTGC
* * *
33213983 CGATGCTTCTCGATGCT-CTCGCACATCTAAGGCACCAAGGTACCGGTGGTGTCCGATGCTCCCA
66 AGATGCTTCTCGATGCTGCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCA
33214047 CACTAAGAATGCTGCCA
130 CACTAAGAATGCTGCCA
** *
33214064 CACATCCAAGGCACCAAGCTG-TCGATGGTGTCTGATGCT-CCAGCACATCCAAGGTACCAAGGT
1 CACATCCAAGGCACCAAGCTGCT-GATGGTGTCCAATGCTACCA-CACATCCAAGGCACCAAGGT
* * * *
33214127 GCTAG-TGGTGTC-CGATGTTGCTGCACATCCAAGGCACCAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTC
64 GC-AGATGCT-TCTCGATGCTGCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTC
33214190 CC
127 CC
33214192 GTACATCTAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 14, Indels: 10
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
145 4 0.04
146 100 0.92
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ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (146 bp):
CACATCCAAGGCACCAAGCTGCTGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGGTGC
AGATGCTTCTCGATGCTGCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCAC
ACTAAGAATGCTGCCA
Found at i:33214200 original size:189 final size:189
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Indices: 33213875--33214216 Score: 456
Period size: 189 Copynumber: 1.8 Consensus size: 189
33213865 AAGGCTCCCG
* * * *
33213875 CACATCCAATGCACCAAGGTGCTGGTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGC
1 CACATCCAAGGCACCAAGCTGCTGATGGTGTCCGAGGCTCCAGCACATCCAAGGTACCAAGGTGC
* * * *
33213940 TGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCTAATGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGCTCTCGC
66 TGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGCTCCCGC
*
33214005 ACATCTAAGGCACCAAGGTACCGGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAGAATGCTGCCA
131 ACATCTAAGGCACCAAAGTACCGGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAGAATGCTGCCA
* *
33214064 CACATCCAAGGCACCAAGCTG-TCGATGGTGTCTGATGCTCCAGCACATCCAAGGTACCAAGGTG
1 CACATCCAAGGCACCAAGCTGCT-GATGGTGTCCGAGGCTCCAGCACATCCAAGGTACCAAGGTG
* * * ** * * *
33214128 CT-AGTGGTGTCCGATGTTGCTGCACATCCAAGGCACCAAGTTATCGATGGTGTC-CGATGCTCC
65 CTGA-TGGTGTCCAATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCT-TCTCGATGCTCC
*
33214191 CGTACATCTAAGGCACCAAAGTACCG
128 CGCACATCTAAGGCACCAAAGTACCG
33214217 ATAGTTCTCG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 20, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
188 2 0.02
189 126 0.97
190 2 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (189 bp):
CACATCCAAGGCACCAAGCTGCTGATGGTGTCCGAGGCTCCAGCACATCCAAGGTACCAAGGTGC
TGATGGTGTCCAATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGCTCCCGC
ACATCTAAGGCACCAAAGTACCGGTGGTGTCCGATGCTCCCACACTAAGAATGCTGCCA
Found at i:33214273 original size:232 final size:234
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Indices: 33213823--33214282 Score: 511
Period size: 232 Copynumber: 2.0 Consensus size: 234
33213813 ATGGTGTCCG
* * * *
33213823 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCCAAGGCTCCCGCACATCCAATGCA
1 ATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGCTACCGATGGTGTCCAAGGCTCCAGCACATCCAAGGCA
* *
33213888 CCAAGGTGCTGGTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCTGATGGTGTCCAA
66 CCAAGGTGCTAGTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGGTGTCCAA
* * * * * * *
33213953 TGCTACCACACATCTAATGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGCTCTCGCACATCTAAGGCAC
131 TGCTACCACACATCTAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTCTCGATGATCTCACACATCCAACGCAC
* *
33214018 CAAGGTACCGGTGGTGTCCGATG-CTCC-CACACTAAGA
196 CAAGGTACCGATGGTGCCCGATGCCTCCGCACACTAAGA
* ** ** * *
33214055 ATGCTGCCACACATCCAAGGCACCAAGCTGTCGATGGTGTCTGATGCTCCAGCACATCCAAGGTA
1 ATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGCTACCGATGGTGTCCAAGGCTCCAGCACATCCAAGGCA
* * * * ** *
33214120 CCAAGGTGCTAGTGGTGTCCGATGTTGCTGCACATCCAAGGCACCAA-GTTATCGATGGTGTCCG
66 CCAAGGTGCTAGTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCT-GATGGTGTCCA
* ** * *
33214184 ATGCTCCCGTACATCTAAGGCACCAAAGTACCGATAG-TTCTCGATGATC-CTATACCA-CCATC
130 ATGCTACCACACATCTAAGGCACCAAAGTACCGAT-GCTTCTCGATGATCTC-ACA-CATCCAAC
*
33214246 G-ACCTAAGTTACCGATGGTGCCCGATGCCTCCGCACA
192 GCACC-AAGGTACCGATGGTGCCCGATGCCTCCGCACA
33214283 TCCAAGTTAC
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 35, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
231 7 0.04
232 168 0.90
233 7 0.04
234 4 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (234 bp):
ATGCTCCCACACATCCAAGGCACCAAGCTACCGATGGTGTCCAAGGCTCCAGCACATCCAAGGCA
CCAAGGTGCTAGTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGGTGTCCAA
TGCTACCACACATCTAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTCTCGATGATCTCACACATCCAACGCAC
CAAGGTACCGATGGTGCCCGATGCCTCCGCACACTAAGA
Found at i:33215507 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33215354--33215560 Score: 238
Period size: 86 Copynumber: 2.4 Consensus size: 86
33215344 ATGGTGACCC
** * *
33215354 ATGCTCCCACACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCAGATGGTCCTAAACCACTATCAGC
1 ATGCTCCCGTACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCAGATGGTCCTAAACCACCATCAGC
* * *
33215419 CTAAGTTGCTAATGGTGTCTG
66 CTAAGTTACCAATGGTGTCTA
* * *** *
33215440 ATGCTCCCGTACATGCAAGGCACTAAGGTGCCGATGCTTTTC-GATGGT-CTCGCCCCACCATCG
1 ATGCTCCCGTACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGC-TTCCAGATGGTCCT-AAACCACCATCA
* *
33215503 GCCTAAGTTACCGATGGTGTTTA
64 GCCTAAGTTACCAATGGTGTCTA
*
33215526 ATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT
1 ATGCTCCCGTACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGAT
33215561 ACAGCCCCAT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 17, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 2 0.02
86 97 0.95
87 3 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
ATGCTCCCGTACATGCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCAGATGGTCCTAAACCACCATCAGC
CTAAGTTACCAATGGTGTCTA
Found at i:33215573 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33215430--33215598 Score: 203
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
33215420 TAAGTTGCTA
* * * * **** * * *
33215430 ATGGTGTCTGATGCTCCCGTACATGCAAGGCACTAAGGTGCCGATGCTTTTCGATGGTCTCGCCC
1 ATGGTGTCTAATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACAGCCCCATGGTCACGCAC
*
33215495 CACCATCGGCCTAAGTTACCG
66 CACCATCGACCTAAGTTACCG
*
33215516 ATGGTGTTTAATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACAGCCCCATGGTCACGCAC
1 ATGGTGTCTAATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACAGCCCCATGGTCACGCAC
* *
33215581 TACCATTGACCTAAGTTA
66 CACCATCGACCTAAGTTA
33215599 TCATCTTTCC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 15, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 68 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
ATGGTGTCTAATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACAGCCCCATGGTCACGCAC
CACCATCGACCTAAGTTACCG
Found at i:33216984 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33216923--33217434 Score: 436
Period size: 43 Copynumber: 11.9 Consensus size: 43
33216913 TCTTTAGCCC
*
33216923 GATGCTCCCAG-ACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGTCT
1 GATGCTCCC-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
** * *
33216966 GATGCTCCCAAACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGATGGTGT-T
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * * * * *
33217008 CGAGGCTCCCGTATATACAAGGCACCAAGGTGCCGGTGGTATCT
1 -GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * * * * *
33217052 GAGGCTCTCGTACATCTAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGCCT
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * * * *
33217095 GATGCTGCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGAAGCT-TCT
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * * *
33217137 CGATGCTCCCGCACATCCAAAGCACCAAGGTACCGGTGGTGTCA
1 -GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * *
33217181 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACGAAGGTGCCGATGATATCT
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * * * * *
33217224 GATGCTCCTGTACATCCAAGACACTAAGGTGCCAATGGTGTCC
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* ** * * * *
33217267 GATGCTACCGCACATTTAATGCACCAAGGTACCGATAGTGTCC
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
** * * * * * *
33217310 GATGCTTTCGCATATCCAAGACACCAAGGGGTCGGTGGTGTCC
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* * * * * *
33217353 GATGCTACCGTACATCCAAGGAACCAAGTTACCGATGGTGTCC
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
* ** *
33217396 GATACTTTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGT
1 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGT
33217435 TCCCGATGGT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 92, Indels: 10
0.78 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.01
43 366 0.98
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ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCT
Found at i:33217468 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33217378--33217586 Score: 242
Period size: 86 Copynumber: 2.4 Consensus size: 86
33217368 CCAAGGAACC
*** * *
33217378 AAGTTACCGATGGTGTCCGATACTTTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTTCCCGATG
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATACCCCCGCACATCCAAAGCACCAAGGTACCGACGGTTCCCGATG
* *
33217443 GTCCCGTGCCACCACC-AGCCT
66 GTCACGTACCACCACCGA-CCT
* * *
33217464 AAGTTACCTG-TGGTGTCCGATGCCCCCGCACATCCAAAGTACCAAGGTATCGACGGTTCCCGAT
1 AAGTTACC-GATGGTGTCCGATACCCCCGCACATCCAAAGCACCAAGGTACCGACGGTTCCCGAT
* *
33217528 GGTCATGTACCACCATCGACCT
65 GGTCACGTACCACCACCGACCT
* * * *
33217550 AAGTTACCGATGGTGTTCGATGCCCCTGCACAACCAA
1 AAGTTACCGATGGTGTCCGATACCCCCGCACATCCAA
33217587 GGCAGTAATG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 15, Indels: 6
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.01
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Consensus pattern (86 bp):
AAGTTACCGATGGTGTCCGATACCCCCGCACATCCAAAGCACCAAGGTACCGACGGTTCCCGATG
GTCACGTACCACCACCGACCT
Found at i:33217928 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 33217793--33217950 Score: 176
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
33217783 CTAATGCTTC
* * **
33217793 CCGATGGTCTCGCACCACCACCGGCCTAAGTTGTCGATGGTGTCCGATGTTCCCGTACA-TCGAA
1 CCGATGGTCCCGCACCACCACCGGCCTAAGTTGACGATGGTGTCCGATGCCCCCGTACATTC-AA
33217857 GGCACCAAGGTA
65 GGCACCAAGGTA
* ** * * *
33217869 CCGATGGTCCCGCACCACTATTGGCCTAAGTT-ACGAATGGTGTCTGATGCCCCCTTACATTCAT
1 CCGATGGTCCCGCACCACCACCGGCCTAAGTTGACG-ATGGTGTCCGATGCCCCCGTACATTCAA
*
33217933 GGCTCCAAGGTA
65 GGCACCAAGGTA
*
33217945 TCGATG
1 CCGATG
33217951 CTTCCCAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
75 2 0.03
76 64 0.94
77 2 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (76 bp):
CCGATGGTCCCGCACCACCACCGGCCTAAGTTGACGATGGTGTCCGATGCCCCCGTACATTCAAG
GCACCAAGGTA
Found at i:33218020 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 33217872--33218178 Score: 260
Period size: 86 Copynumber: 3.6 Consensus size: 85
33217862 CAAGGTACCG
** * * * * *
33217872 ATGGTCCCGCACCACTATTGGCCTAAGTTACGAATGGTGTCTGATGCCCCCT-TACATTCATGGC
1 ATGGTCCCAAACCACCATTGGCCTAAGTTTC-AATGGTGTCCGATG-CTCCTGTACATCCATGGC
*
33217936 TCCAAGGTATCGATGCTTCCCA
64 ACCAAGGTATCGATGCTTCCCA
** * *
33217958 ATGGTCCCAAATTATCATTGGCCTAAGTTGTCAATGGTATCCGATGCTCCTGTACATCCATGGCA
1 ATGGTCCCAAACCACCATTGGCCTAAGTT-TCAATGGTGTCCGATGCTCCTGTACATCCATGGCA
* * *
33218023 CAAAGGTATCGATGCTTTCCG
65 CCAAGGTATCGATGCTTCCCA
* ** * * * *
33218044 ATGGTCCCACACCACCACCGGCCTAAGTTTTCAATGGTGTCCAATGCTTCTGCACATCCAAGGCA
1 ATGGTCCCAAACCACCATTGGCCTAAG-TTTCAATGGTGTCCGATGCTCCTGTACATCCATGGCA
33218109 CCAAGGTA-CAGATGCTTCCC-
65 CCAAGGTATC-GATGCTTCCCA
* * * * * * * * *
33218129 ATGATCCTACACTACCATCGACCTAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCC
1 ATGGTCCCAAACCACCATTGGCCTAAGTT-TCAATGGTGTCCGATGCTCC
33218179 CGCACATGTA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 38, Indels: 11
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.01
85 42 0.24
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87 3 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (85 bp):
ATGGTCCCAAACCACCATTGGCCTAAGTTTCAATGGTGTCCGATGCTCCTGTACATCCATGGCAC
CAAGGTATCGATGCTTCCCA
Found at i:33218834 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33218686--33219743 Score: 843
Period size: 86 Copynumber: 12.7 Consensus size: 86
33218676 ACAAACCCTA
* ** * * * * *
33218686 GGTGTCCCATGCTCTTGCACGTGCAAGGGACGAAGGTGCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
*
33218751 CCATCGGCCTAAGTTATCGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
** * ** *
33218772 GGTGTCCGATGCTCCCATACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTTGATGGTCTCGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* *
33218837 CCATCGACCTAAGTTATCGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * * *
33218858 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTATCGAT-ATTGCCAC-ATGGTCACGTAA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT-CC-CGATGGTCCCGCAC
* * *
33218921 CTCCATCGGCTTAAGTTATCGAT
64 CACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * * * **
33218944 GGTGTACGATACTCCCACACATGCAAGGCACTAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCTACACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* *
33219009 CCATCGGCCTAAGTTGCCAAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * * * * * * *
33219030 GGTATCCGATGCTCTCGTACATCCAAGGCACCAAGCTACCGATACTACCCCATCGTCTCGTACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* * * ***
33219095 CTATCGACCTAAGTTTCATTT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * *
33219116 GGTGTCTGATGTTCTCGCATATCCAAGGCACCAA-G----G-TG--T--CGATGGTCCCGTACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* *
33219171 CCATCGACCTAAGTTACTGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * *
33219192 GGTGTCTGATGCTCCTGCACATCCAAGGCATC--GATA-C--TGCTT---GATGGTCCCGTACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* * *
33219249 CCATCGGTCTAAGTTATCAAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * * * * *
33219270 GGTGTCTGATTCTCTCGCACATCCAAGGCACGAAGGTGCCGATGGTTCCCGATGGTCTCACACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
*
33219335 CCCTCGGCCTAAGTTACCGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * * **
33219356 GGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACGAAGGTACCGAGGCTTCCCGGTTGTCTTGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
* *
33219421 CCATCGACCTATGTTACCGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * * * *
33219442 GGTGTCCAATGCTCCCACACATGCAAGACACCCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACC
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCA-CCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * **
33219507 ATCACCGATCTAAGTTACCGAT
65 ACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * * *
33219529 GGTGTCCGATGTTCTCGCACATCCAAAGCACCAAGGT----A------CCGATGGTCCTGCACCA
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
*
33219584 CCATCGGCCTAACTTACCGAT
66 CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
* * ** *
33219605 GGTGT-CTACTGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTCGA---TCCCGCACC
1 GGTGTCCGA-TGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACC
* * *
33219666 ACCACCGGCCTTAGTTCCCGAT
65 ACCATCGGCCTAAGTTACCGAT
** *
33219688 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTAGTGATGCTTCCTGATGGT
1 GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGT
33219744 GTTTGATTGT
Statistics
Matches: 766, Mismatches: 172, Indels: 68
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
75 2 0.00
76 117 0.15
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79 1 0.00
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81 2 0.00
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84 2 0.00
85 3 0.00
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ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
GGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCA
CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
Found at i:33218898 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 33218765--33218900 Score: 114
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 42
33218755 CGGCCTAAGT
**
33218765 TATCGATGGTGTCCGATGCTCCCATACATGCAAGGCACCAAGG
1 TATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACAT-CAAGGCACCAAGG
* * * * * * ** *
33218808 TACCGATGCT-TCTTGATGGTCTCGCACCACCATCG-ACCTAAGT
1 TATCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGCA-CATCAAGGCACC-AAGG
33218851 TATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCAAGG
1 TATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATC-AAGGCACCAAGG
33218894 TATCGAT
1 TATCGAT
33218901 ATTGCCACAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 20, Indels: 12
0.68 0.20 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 8 0.12
43 52 0.78
44 7 0.10
ACGTcount: A:0.24, C:0.29, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
TATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAGGCACCAAGG
Found at i:33219261 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 33219088--33219299 Score: 247
Period size: 78 Copynumber: 2.7 Consensus size: 78
33219078 CCCATCGTCT
* * * * *
33219088 CGTACCACTATCGACCTAAGTT-TCATTTGGTGTCTGATGTTCTCGCATATCCAAGGCA-CCA-A
1 CGTACCACCATCGACCTAAGTTATCA-ATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCATCGATA
* *
33219150 GGTG-TCGATGGTCC
65 -CTGCTTGATGGTCC
*
33219164 CGTACCACCATCGACCTAAGTTA-CTGATGGTGTCTGATGCTC-CTGCACATCCAAGGCATCGAT
1 CGTACCACCATCGACCTAAGTTATC-AATGGTGTCTGATGCTCTC-GCACATCCAAGGCATCGAT
33219227 ACTGCTTGATGGTCC
64 ACTGCTTGATGGTCC
** *
33219242 CGTACCACCATCGGTCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATTCTCTCGCACATCCAAGGCA
1 CGTACCACCATCGACCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
33219300 CGAAGGTGCC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 12, Indels: 14
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.01
76 49 0.42
77 4 0.03
78 60 0.52
79 2 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.21, T:0.28
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CGTACCACCATCGACCTAAGTTATCAATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCATCGATAC
TGCTTGATGGTCC
Found at i:33219396 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33219268--33219397 Score: 129
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 43
33219258 TAAGTTATCA
* * * *
33219268 ATGGTGTCTGATTCTCTCGCACATCCAAGGCACGAAGGTGCCG
1 ATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACGAAGGTACCG
* * ** * *
33219311 ATGGT-TCCCGATGGTCTCACACCACCCTCGGC-CTAAGTTACCG
1 ATGGTGT-CCGATGCTCTCACA-CATCCAAGGCACGAAGGTACCG
*
33219354 ATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACGAAGGTACCG
1 ATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACGAAGGTACCG
33219397 A
1 A
33219398 GGCTTCCCGG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 17, Indels: 8
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
42 8 0.12
43 50 0.76
44 8 0.12
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
ATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACGAAGGTACCG
Found at i:33219429 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 33218744--33219725 Score: 853
Period size: 326 Copynumber: 2.9 Consensus size: 327
33218734 CCGATGGTCC
* * * * *
33218744 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTATC-GATGGTGTCCGATGCTCCCATACATGCAAGGCA-CCAAG
1 CGCACCACCATCGACCTAAGTTA-CAGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAG
* *
33218807 GTACCGATGCTTCTTGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTA-TCGATGGTGTCCGATGCT
65 G---CGATGC-TC--GATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACT-GATGGTGTCCGATGCT
* * * * * * *
33218871 CCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTATCGATATTGCCACATGGTCACGTAACTCCATCGGCTTAAG
123 CCTGCACA--T------CCAAGGCATCGATACTG-C-GATGGTCCCGTACCACCATCGGC-TAAG
* * * * *
33218936 TTATCGATGGTGTAC-GATACTCCCACACATGCAAGGCACTAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGT
177 TTATCGATGGTGT-CTGATACTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGT
* * * * * *
33219000 CCTACACCACCATCGGCCTAAGTTGCCAATGGTATCCGATGCTCTCGTACATCCAAGGCACCAAG
241 CC-ACACCACCCTCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAG
* *
33219065 CTACCGATACTACCCCATCGTCT
305 GTACCGAGACTACCCCATCGTCT
* * * ** ** * * * * *
33219088 CGTACCACTATCGACCTAAGTTTCATTTGGTGTCTGATGTTCTCGCATATCCAAGGCA-CCAA-G
1 CGCACCACCATCGACCTAAGTTACAGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAGG
*
33219151 -G-TG-TCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACTGATGGTGTCTGATGCTCCTGCACA
66 CGATGCTCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACA
*
33219213 TCCAAGGCATCGATACTGCTTGATGGTCCCGTACCACCATCGGTCTAAGTTATCAATGGTGTCTG
131 TCCAAGGCATCGATACTGC--GATGGTCCCGTACCACCATCGG-CTAAGTTATCGATGGTGTCTG
* * * *
33219278 ATTCTCTCGCACATCCAAGGCACGAAGGTGCCGATGGTTCCCGATGGTCTCACACCACCCTCGGC
193 ATACTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTC-CACACCACCCTCGGC
* * * * **
33219343 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACGAAGGTACCGAGGCTTCCCGG
257 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGAGACTACCCCA
*
33219408 TTGTCT
322 TCGTCT
* * * *
33219414 TGCACCACCATCGACCTATGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATGCAAGACACCCAAGG
1 CGCACCACCATCGACCTAAGTTACAGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAGG
* * * * *
33219479 TACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCATCACCGATCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATG-TTC
66 ---CGATG---CTCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCC
* * * * * * *
33219543 TCGCACATCCAAAGCACCAAGGTAC--CGATGGTCCTGCACCACCATCGGCCTAACTTACCGATG
125 T-GCACATCCAAGGCATC--GATACTGCGATGGTCCCGTACCACCATCGG-CTAAGTTATCGATG
* * * *
33219606 GTGTCT-ACTGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTCGAT--CCCGCACCAC
186 GTGTCTGA-TACTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCACACCAC
* *
33219668 CAC-CGGCCTTAGTTCCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
250 C-CTCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
33219726 GTGATGCTTC
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 90, Indels: 56
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 203 0.39
327 6 0.01
328 1 0.00
332 61 0.12
333 4 0.01
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335 77 0.15
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338 2 0.00
339 5 0.01
343 2 0.00
344 47 0.09
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (327 bp):
CGCACCACCATCGACCTAAGTTACAGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAGG
CGATGCTCGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACA
TCCAAGGCATCGATACTGCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCTAAGTTATCGATGGTGTCTGATA
CTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCACACCACCCTCGGCCTAA
GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGAGACTACCCCATCGT
CT
Found at i:33219707 original size:159 final size:161
Alignment explanation
Indices: 33219414--33219725 Score: 412
Period size: 159 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
33219404 CCGGTTGTCT
** *
33219414 TGCACCACCATCGACCTATGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATGCAAGACACCCAAGG
1 TGCACCACCATCGACCTAACTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAGG
* * * * *
33219479 TACCGATGCTTCTCGATGGTCCCGTACCATCACCGATCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGTTCT
66 TACCGATGCTTCTCGA--GTCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCC
33219544 CGCACATCCAAAGCACCAAGGTACCGATGGTCC
129 CGCACATCCAAAGCACCAAGGTACCGATGGTCC
* * * * * *
33219577 TGCACCACCATCGGCCTAACTTACCGATGGTGTCTACTGCTCTCGCACATCCAAGGCA-CCAAGG
1 TGCACCACCATCGACCTAACTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAGG
** * * *
33219641 TGTCGATGCTTCTCGA-TCCCGCACCACCACCGGCCTTAGTTCCCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
66 TACCGATGCTTCTCGAGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
*
33219705 CACATCCAAGGCACCAAGGTA
131 CACATCCAAAGCACCAAGGTA
33219726 GTGATGCTTC
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 60 0.47
162 20 0.16
163 49 0.38
ACGTcount: A:0.23, C:0.35, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (161 bp):
TGCACCACCATCGACCTAACTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGACACCCAAGG
TACCGATGCTTCTCGAGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCG
CACATCCAAAGCACCAAGGTACCGATGGTCC
Found at i:33219717 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 33219578--33219735 Score: 230
Period size: 83 Copynumber: 1.9 Consensus size: 83
33219568 CGATGGTCCT
* * *
33219578 GCACCACCATCGGCCTAACTTACCGATGGTGTCTACTGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGT-
1 GCACCACCACCGGCCTAACTTACCGATGGTGTCGACTGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
33219642 GTCGATGCTTCTCGATCCC
66 GT-GATGCTTCTCGATCCC
* * *
33219661 GCACCACCACCGGCCTTAGTTCCCGATGGTGTCCGA-TGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
1 GCACCACCACCGGCCTAACTTACCGATGGTGT-CGACTGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
33219725 AGTGATGCTTC
65 AGTGATGCTTC
33219736 CTGATGGTGT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 63 0.94
84 4 0.06
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GCACCACCACCGGCCTAACTTACCGATGGTGTCGACTGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
GTGATGCTTCTCGATCCC
Found at i:33219937 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 33219929--33219956 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 9.3 Consensus size: 3
33219919 AAGTTAATAG
33219929 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
33219957 AATGAAATTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
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TTA
Found at i:33235004 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 33234765--33235605 Score: 532
Period size: 129 Copynumber: 6.5 Consensus size: 129
33234755 TTTTAGCCCA
* * * * ** * *
33234765 ATGCTTCCTCACATCAAAGGCACCAAGGCGTTGATGGTGT-TCGATGCTCTGTACATCCAAGGCA
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGCTCCGCACATCCAAGGCA
* ** * * * * * * *
33234829 CCAAGGTGCCAATAGTGTCCGAGGCTCCCT-CACATCTAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCTG
66 CCAAGGTGTCGGTGGTGTCTGATGCT-CTTGCACATCCAAGGAACCAAGGTACCGATGGTGTCCG
** * * * *
33234893 ATGCTATCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCTTGATGCTCCTGCACATCCAAAGC
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGCTCC-GCACATCCAAGGC
* * * **
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65 ACCAAGGTGTCGGTGGTGTCTGATGCTCTTGCACATCCAAGGAACCAAGGTACCGATGGTGTCCG
* * * ** * * *
33235022 ATGCTCCCACTCATCCAAGTCACCAAGGTATCGGTGGTGTC-CGATGCTCCCGAACATCCAAGGT
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGCT-CCGCACATCCAAGGC
* * * * * * * * *
33235086 ACCAAGGTGCCGGTGATGTCCGATGCTCCTGAACATCCAAGGTAGCAAGGTGCCGATGGTATCCG
65 ACCAAGGTGTCGGTGGTGTCTGATGCTCTTGCACATCCAAGGAACCAAGGTACCGATGGTGTCCG
* ** *
33235151 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGT-TCGATACTTCCGCATGTCTAAGGC
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGC-TCCGCACATCCAAGGC
* * * *
33235215 ACCAAGGTGTCGATGGTGTCTGATGCTATTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGGTGGTGTCCG
65 ACCAAGGTGTCGGTGGTGTCTGATGCTCTTGCACATCCAAGGAACCAAGGTACCGATGGTGTCCG
* * * * * * *
33235280 ATGCTGCTGCACATCCAAGGTACCAA-TTACCGATTGTGT-TCGATGCTCCCGCACATCTAAGGC
1 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGCT-CCGCACATCCAAGGC
* * * * * * * * * *
33235343 ACCAAGGTGCCGATGGT-TCCCGATGGTCTCGCACCA-CCAA-TAACTTAAGTTACCGGTAGTGT
65 ACCAAGGTGTCGGTGGTGT-CTGATGCTCTTGCA-CATCCAAGGAAC-CAAGGTACCGATGGTGT
*
33235405 CTG
127 CCG
* * * * * * * * **
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1 ATGCTC-CCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGCTC-CGCA-CATCCAAG
* * * * * * * *
33235469 G-ACTTAAGTTGTCGGTGGTGT-TCAATGCCCCCTT--ACAACCAAGGTACCAAGGTGCCGATGC
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**
33235530 TGTTTG
124 TGTCCG
* * * * *
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ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCTCGATGCTCCGCACATCCAAGGCA
CCAAGGTGTCGGTGGTGTCTGATGCTCTTGCACATCCAAGGAACCAAGGTACCGATGGTGTCCG
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* * ** *
33234774 CACATCAAAGGCACCAAGGCGTTGATGGTGTTCGATGCTCT-G
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* * * * * *
33234816 TACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATAGTGTCCGAGGCTCCCT
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
* * * *
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* * *
33234902 CACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCT-TCTTGATGCTC-CTG
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* ** * ** *
33234945 CACATCCAAAGCACCAAGGTGTTGGTGGTGTCTAATGCTCTTG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
** * * *
33234988 CACATCCAAGAAACCAAGGTGTCGATGGTGTCCGATGCTCCCA
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
* * ** * *
33235031 CTCATCCAAGTCACCAAGGTATCGGTGGTGTCCGATGCTCCCG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
* * * *
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* * * * *
33235117 AACATCCAAGGTAGCAAGGTGCCGATGGTATCCGATGCTCCCG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
* *
33235160 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTTCGATACT-TCCG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCT-CG
** * * * * *
33235203 CATGTCTAAGGCACCAAGGTGTCGATGGTGTCTGATGCTATTG
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
* *
33235246 CACATCCAAGGCACCAAGGTACCGGTGGTGTCCGATGCTGCT-G
1 CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCT-CTCG
* * * * * *
33235289 CACATCCAAGGTACCAA-TTACCGATTGTGTTCGATGCTCCCG
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* *
33235331 CACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGGT-TCCCGATGGTCTCG
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33235374 CAC
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CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCG
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33235333 CATCTAAGGC
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1 ACCAAGGTGCCGATGGTTCCCGATGGTCTCGCACCACC-ATCAACTTAAGTTACCGGTAGTGTTC
* * *
33235406 TGATGCCTCCGTACATCCAAAG-
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* * * * * ** *
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* *
33235493 ATGCCCCCTTACAACCAAGGT
66 ATGCCCCCGTACAACCAAAGT
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33235529 CTGTTTGATG
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ACCAAGGTGCCGATGGTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCAACTTAAGTTACCGGTAGTGTTCA
ATGCCCCCGTACAACCAAAGT
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33235497 CCCCTTACAA
* * *
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* *
33235550 CTAAGGCACCAAGCTGCCGATGCTTGTCGATGCTCCCTCACAT
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* * *
33235593 CCAAGGCACCAAGCTACTGATGCTTCTCGATG
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CCAAGGCACCAAGCTGCCGATGCTTGTCGATGCTCCCGCACAT
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33235824 CACCAAGGTG
* * *
33235834 CCGATGGTCCCGTACCACCATCGACGTAAGTTATCGATGGTGTCCAATGC-CCCGCACATCCAAG
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*
33235898 GTACTAAGGTACCGATGCTTC
65 GAACTAAGGTA-CGATGCTTC
* * * * * *
33235919 TCGATGATCCCGTACCACCATCGGCCTAAGTTATTGATGATGTCCGGTGCTCCCGCACATCCAAG
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65 GAACTAAGGTA-CGATGCTTC
* * * * *
33236005 CCGATTGTCCTGCACCACCA-CCAGCTTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCTGTACATCCAA
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* *
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*
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CCGATGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGG
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* * * * * * * **
33236367 GATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCTGATGCTCTCATACATCCAAGGC
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** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* *
33236603 AGCAAGGTGTCGATGCTTCCC
66 AGCAAGGTGCCAATGCTTCCC
* ** * ** *
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* * ** *
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66 AGCAAGGTGCCAATGCTTCCC
* * * * * * * * *
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*
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33236783 TCGATAGTTC
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AGCAAGGTGCCAATGCTTCCC
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33236970 TTAATAATAA
*
33236980 TAATTATTATTATAATAATAATGGAATTAAATATACAATTGAATTTTTTTTCAAA-T
1 TAATAATTATTATAATAATAATGGAATTAAATATACAATTG-A-TTTTTTTCAAATT
* *
33237036 TAATAATTATTATTATAATAATGGAATTAAATATACATTTGATTTTTTTCAAATT
1 TAATAATTATTATAATAATAATGGAATTAAATATACAATTGATTTTTTTCAAATT
* *
33237091 TAATAATAATAATAAT
1 TAATAATTATTATAAT
33237107 TTTGCTTAGA
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TAATAATTATTATAATAATAATGGAATTAAATATACAATTGATTTTTTTCAAATT
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33245244 AAGTTATCGT
* ** *
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1 TGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTAC-CGA
* * *
33245296 CAGGGGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGA
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** * **
33245340 TGGTGTCTTATACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTATTGA
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* **
33245383 TGGTGTCCGATGCTCCCGCTCATCCAAGGCACCAAGGCGCCGA
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* ** * * *
33245426 TGGTGTCTGATGCTCCTACACATCCAAGGAACCAAGGTACTGG
1 TGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGA
* * * * *
33245469 TAGTGTCCGATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAGTTACCAA
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1 TGGTGT
33245518 TCAATAAACA
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Alignment explanation
Indices: 33245270--33245504 Score: 310
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33245260 CCGATGTTTT
* * * *
33245270 CACACATCCAAGGCACCAAGGT-CTCACAGGGGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
1 CACACATCCAAGGAACCAAGGTACTGATA-GTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGG
*
33245334 TGCCGATGGTGTCTTATACTCC
65 TGCCGATGGTGTCTGATACTCC
* * * * * *
33245356 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTATTGATGGTGTCCGATGCTCCCGCTCATCCAAGGCACCAAGGC
1 CACACATCCAAGGAACCAAGGTACTGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
*
33245421 GCCGATGGTGTCTGATGCTCC
66 GCCGATGGTGTCTGATACTCC
* * * *
33245442 TACACATCCAAGGAACCAAGGTACTGGTAGTGTCCGATGCTACCACACATCCAAGGCACCAAG
1 CACACATCCAAGGAACCAAGGTACTGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAG
33245505 TTACCAATGG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
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CACACATCCAAGGAACCAAGGTACTGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
GCCGATGGTGTCTGATACTCC
Found at i:33245819 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33245696--33246298 Score: 468
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33245686 GTACTGCCCT
** * * *
33245696 ATGGTCTCGCACCACCATCATCCTAAGTTGCTGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATGCAAGGCA
1 ATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
33245761 CCAAGGTACCGATGCTTTCCG
66 CCAAGGTACCGATGCTTTCCG
* * * * *
33245782 ATGGTCTCGCACTACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCT-TCAACATATCCAAGGC
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* ** *
33245846 ACCAAGGTACCGATACTGCCCT
65 ACCAAGGTACCGATGCTTTCCG
* * * * * * *
33245868 ATGTTCTCACACCACCATCGGCATAAGTTATCGATGGTGTCCAATGCTCTCGTAGATCCAAGGCA
1 ATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
* * * * *
33245933 CTAAGGTGCAGATG-GTTCTCA
66 CCAAGGTACCGATGCTTTC-CG
* * *
33245954 ATGGT-TCCGCACCACCATC-GCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTC-CTGCACCTTCAAGG
1 ATGGTCT-CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTC-GCACATCCAAGG
* ** * **
33246016 CACTAAGGTGTCGATACTGCCCG
64 CACCAAGGTACCGATGCTTTCCG
* * * * * * * *
33246039 ATAGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATTCTCACGTACATCCAAGGCA
1 ATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
* * *
33246104 CGATGGTACCGATG-GTTCTCG
66 CCAAGGTACCGATGCTTTC-CG
* * * ** * * *
33246125 ATGGTCCCGCACCACTATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTTGATGCTCCCCCACATCCAAAGCA
1 ATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
* *
33246190 CCAAGGTACCAATAC-TTCTCG
66 CCAAGGTACCGATGCTTTC-CG
* * * * * * * * *
33246211 ATGGTCTCGCACTACTATCAGCCTAGGTTACCCG-TGGTATCCGTTGC-CACCACACAACCAAGG
1 ATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA-CCGATGGTGTCCGATGCTC-TCGCACATCCAAGG
* *
33246274 TACCAAGGTACCGATGCTGTCCG
64 CACCAAGGTACCGATGCTTTCCG
33246297 AT
1 AT
33246299 ACTCTTGCAC
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 93, Indels: 28
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Matches are distributed among these distances:
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85 70 0.17
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CCAAGGTACCGATGCTTTCCG
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Alignment explanation
Indices: 33246305--33246395 Score: 112
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33246295 CGATACTCTT
* *
33246305 GCACATCAAAGGCA-TCAAGCTGTCGATGCTTGTCGATGCTCCC
1 GCACATCAAAGGCACT-AAGCTGTCGAAGCTTCTCGATGCTCCC
* * * *
33246348 GCACATCCAAGGCACTAAGGTGTCGAAGCTTCTCGATGGTTCC
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33246391 GCACA
1 GCACA
33246396 AACATCGACA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 42
33247060 CGACCTAAGT
* * *
33247070 TACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGTATATCCATGGCACCAAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATTCA-GGCACCAAGG
* ** * *
33247113 TACCGATGGT-TCTCGATGGTCCCACACCACTATC-GGC-CTAAGT
1 TACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCGTA-CA-T-TCAGGCACCAAGG
33247156 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATTCAAGGCACCAAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATTC-AGGCACCAAGG
*
33247199 AACCGAT
1 TACCGAT
33247206 ATTGCCCGAT
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46 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACATTCAGGCACCAAGG
Found at i:33247459 original size:86 final size:86
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33246486 TCCAACACAT
* ** ** * *
33246496 CCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCTAATGGTCCTGCACCACTATC-AGCCTAAGTTATCGAT
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGAT
* *
33246560 AGTGTCCGATG-GCCC-TACACA
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* * * * * * * **
33246581 TCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCTC-ACGATCTCGCACCATCACCGGCCTAAGTTACAAA
1 -CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCC-CGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGA
* * * * *
33246645 TTGTGTTCGATGCTCTCGCACAT
64 TGGTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* ** * * * * *
33246668 CCAAGGCACCTAGGTGTCGATGCTTCCTGATTGTCCCACACCACCACCAACCTAAGTTACCGATA
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATG
* * * *
33246733 GTGTCCAATGCTACCGCACAT
66 GTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* ** * ** * * *** *
33246754 GCAAGGCACCAATATGCCGATGCTTTTCGATGGTCTCGCACCACCATCGGGTTAAGTTATCGATG
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATG
* * * *
33246819 GTGTCTGATGTTCCCGCACAT
66 GTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* * * * **** * * **
33246840 CCAAGGTACCAAGGTGCCGAT-ATTACCCCATGGTTTGGCAGCACCATCGTCCTAAGTTATTGAT
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT-CCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGAT
* * **
33246904 GGTGCCCGATGCTCCCGCACCT
65 GGTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* * * * * *
33246926 GCAAGGCATCAAGGTACCGATGCTTCTCGATGGTCTCACACCACCATTGGCCTAAGTTACCGATT
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGA-T
**
33246991 GGTGTCCGATGCTTTCGTA-AA
65 GGTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* * * * * * * *
33247012 TCCAAGGCACCAAGGTGCTGATACTACCCCATGGTCCCGCATCATCATCGACCTAAGTTACCGAT
1 -CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGAT
* * *
33247077 GGTGTCCGATGCTCTCGTATAT
65 GGTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* * * * *
33247099 CCATGGCACCAAGGTACCGATGGTTCTCGATGGTCCCACACCACTATCGGCCTAAGTTACCGATG
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATG
*
33247164 GTGTCCGATGCTCCCGTACAT
66 GTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* * * * * *
33247185 TCAAGGCACCAAGGAACCGAT-ATTGCCCGATGGTACTACACCACCATCGACCTAAGTTACCAAT
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT-CCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGAT
** * *
33247249 GGTGTTTGATTCTCTCGTAC-A
65 GGTGTCCGATGCTCCCGTACAA
** * * ** **** *
33247270 CCAAGGCATGAAGGTATCGATGTTTCGAGATGGTCTTGTACCACCATCGACCTAAGTTACTGATG
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATG
* * *
33247335 GTGTCCAATGCTCCCGCACAT
66 GTGTCCGATGCTCCCGTACAA
* ** * * * *
33247356 CCAAGGTACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGCTG
1 CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATG
*
33247421 GTGTCCGATGCCCCCGTACAA
66 GTGTCCGATGCTCCCGTACAA
*
33247442 CTAAGGCA
1 CCAAGGCA
33247450 TAATGGTGTC
Statistics
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ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
CCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATG
GTGTCCGATGCTCCCGTACAA
Found at i:33247528 original size:44 final size:43
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Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 43
33247454 GGTGTCAAGG
* * *
33247464 TTGTCTGATGCTTTCACACATCCAAGGTATCAAGGTT-CTCGATAC
1 TTGTC-GATGCTTCCGCACATCCAAGGCATCAA-GTTCCT-GATAC
* **
33247509 TTGTCGATGCTTCCGCACATCCAGGGCATCAAGTTCCTGATGG
1 TTGTCGATGCTTCCGCACATCCAAGGCATCAAGTTCCTGATAC
* * *
33247552 TTATCGATGCTCCCGCACATGCAAGGCA
1 TTGTCGATGCTTCCGCACATCCAAGGCA
33247580 CTAAGGTGCC
Statistics
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TTGTCGATGCTTCCGCACATCCAAGGCATCAAGTTCCTGATAC
Found at i:33247602 original size:43 final size:42
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Indices: 33247480--33247602 Score: 104
Period size: 43 Copynumber: 2.8 Consensus size: 42
33247470 GATGCTTTCA
* * * * *
33247480 CACATCCAAGGTATCAAGGTTCTCGATACTTGTCGATGCTTCCG
1 CACATCCAAGGCATCAA-GTGC-CGATGCTTATCGATGCTCCCG
* * *
33247524 CACATCCAGGGCATCAAGTTCCTGATGGTTATCGATGCTCCCG
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* *
33247567 CACATGCAAGGCA-CTAAGGTGCCGATGCTTTTCGAT
1 CACATCCAAGGCATC-AA-GTGCCGATGCTTATCGAT
33247603 AGTGTAGCAC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 11, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
42 2 0.03
43 44 0.68
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ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.23, T:0.27
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CACATCCAAGGCATCAAGTGCCGATGCTTATCGATGCTCCCG
Found at i:33248015 original size:86 final size:86
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Indices: 33247817--33248119 Score: 313
Period size: 86 Copynumber: 3.5 Consensus size: 86
33247807 TAAGGTGCCA
* * * * * * * * *
33247817 ATGGTCTCACACCACTATCGGCCTAAGTT-GCTAATGGTGTTCGATGC-CCCACATATCGAAGGT
1 ATGGTCTCGCACCACTATCGGCCTAAGTTATC-GATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGC
* *
33247880 ACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
65 ACCAAGATGCCGATGCTTCCCG
* * * * * *
33247902 ATGGTCTCACACCACTATCGGCCTAAGTTTTTGATGGTGTCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCA
1 ATGGTCTCGCACCACTATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCA
* *
33247967 CCAAGATGCTGATGCTTTCCG
66 CCAAGATGCCGATGCTTCCCG
** *
33247988 ATGGTCTCGCACCTGTATCGGTCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCA
1 ATGGTCTCGCACCACTATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCA
* *
33248053 CCAAGGTGCCGATGCTTCCCA
66 CCAAGATGCCGATGCTTCCCG
* * * * * *
33248074 ATGATCTCGCACTACTATTGGGCTAAGTTACCAATAGTGTCCGATG
1 ATGGTCTCGCACCACTATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATG
33248120 ATTTCGTACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
85 41 0.23
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ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.22, T:0.27
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ATGGTCTCGCACCACTATCGGCCTAAGTTATCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCA
CCAAGATGCCGATGCTTCCCG
Found at i:33248632 original size:27 final size:27
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Indices: 33248601--33248653 Score: 106
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
33248591 AACCCCTAGG
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33248654 TAAAGAGCTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
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Consensus pattern (27 bp):
TCTGGTCCTTCGTGATCACTCCCCCCC
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Indices: 33248816--33249410 Score: 413
Period size: 86 Copynumber: 6.9 Consensus size: 84
33248806 CCATGCTTCT
* * * * * *
33248816 CGATGGTCTCGCACCA-CATTGACCTAAGTTACCGATAGTGTCTAATTCTCCCGCACATACAAGG
1 CGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAAT-GTGTC-GATGCTCCTGCACATCCAAGG
*
33248880 C-CCTAAGGTACCGAT-CGTTCC
64 CACC-AAGGTACCGATAC-TGCC
* *
33248901 CGATGGTCTCACACCACCATCGACTTAAGTTACCAATAGTGTTCGATGCTCCTGCACATCCAAGG
1 CGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAAT-GTG-TCGATGCTCCTGCACATCCAAGG
* *
33248966 CACCAAGGTGCCGTTACTGCC
64 CACCAAGGTACCGATACTGCC
* * * * * *
33248987 TC-ATGGACTCGTACCACCATC-AGCCTAAGTTGCCAATGATGTCTGATACTCCCGCACATGCAA
1 -CGATGGTCTCGCACCACCATCGA-CCTAAGTTACCAATG-TGTC-GATGCTCCTGCACATCCAA
* ** * *
33249050 GGTACCAAGGTATTGATGCTTCC
62 GGCACCAAGGTACCGATACTGCC
* * * * *
33249073 CGATGGTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCGATGCT-TTCGTACATCCAAGG
1 CGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAAT-GTGTCGATGCTCCT-GCACATCCAAGG
33249137 CACCAA-GTACCGATACTGCC
64 CACCAAGGTACCGATACTGCC
* * * * * * *
33249157 CCATGGTCTTGTACCATCGTCGACCTAAGTTACCAATGTTATCCAATGCT-CTCGCACATCCAAG
1 CGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATG-TGT-CGATGCTCCT-GCACATCCAAG
* ** ** *
33249221 GCACCATGGTGTCGATGGTTCC
63 GCACCAAGGTACCGATACTGCC
* * * *
33249243 TGATGGTCTCACACACCACCATCAACCTAAGTTA-CAGATGGTGTCCGATGCTGCC-GCGCATCC
1 CGATGGTCT--CGCACCACCATCGACCTAAGTTACCA-AT-GTGT-CGATGCT-CCTGCACATCC
33249306 AAGGCACCAAGGTACCGATACTGCC
60 AAGGCACCAAGGTACCGATACTGCC
* * * * * * *
33249331 CGATGGTTTCGCACCACTATCGGCCTAAGTGATCGATGGTGTCCGATTCT-CT-CACATATCCAA
1 CGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAAT-GTGT-CGATGCTCCTGCAC--ATCCAA
*
33249394 GGCACGAAGGTACCGAT
62 GGCACCAAGGTACCGAT
33249411 GGTTCCGCAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 46 0.11
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86 216 0.54
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90 1 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (84 bp):
CGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATGTGTCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCA
CCAAGGTACCGATACTGCC
Found at i:33249480 original size:76 final size:76
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Indices: 33249330--33249473 Score: 200
Period size: 76 Copynumber: 1.9 Consensus size: 76
33249320 CCGATACTGC
* * * * * *
33249330 CCGATGGTTTCGCACCACTATCGGCCTAAGTGATCGATGGTGTCCGATTCTCTCACATATCCAAG
1 CCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTGACCGATGGTGTCCGATGCTCTAACAAATCCAAG
33249395 GCACGAAGGTA
66 GCACGAAGGTA
* *
33249406 CCGATGGTTCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTC-AAGCAAATCCAA
1 CCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTGACCGATGGTGTCCGATGCTCTAA-CAAATCCAA
33249470 GGCA
65 GGCA
33249474 GCAAGGTGCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 2
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.02
76 58 0.98
ACGTcount: A:0.24, C:0.29, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (76 bp):
CCGATGGTTCCGCACCACCATCGGCCTAAGTGACCGATGGTGTCCGATGCTCTAACAAATCCAAG
GCACGAAGGTA
Found at i:33249929 original size:76 final size:76
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Indices: 33249798--33249945 Score: 172
Period size: 76 Copynumber: 1.9 Consensus size: 76
33249788 ATGCTTCCCG
* * * * * *
33249798 ATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACGTATGTTGTTCGATGTTCCCGCACATCGAAGGCA
1 ATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGATACGTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACA
33249863 CCAAGGTGCCT
66 CCAAGGTGCCT
* ** * * *
33249874 ATGGTCCTGCACCACCATTGGCCTAAGATACCG-ATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCATGAC
1 ATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGATA-CGTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGAC
33249938 ACCAAGGT
65 ACCAAGGT
33249946 TTTGATGCTT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 12, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
76 57 0.97
77 2 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.22, T:0.22
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ATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGATACGTATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGACA
CCAAGGTGCCT
Found at i:33250003 original size:162 final size:162
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Indices: 33249728--33250031 Score: 432
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
33249718 TCGCACCAAT
* * *
33249728 ATTGGCCTAAGTTACCAATGGTGCTCAATGCTCCTGCACATTCAAGGCACCAAGCTATTGATGCT
1 ATTGGCCTAAGATACCAATGGTGCTCAATGCTCCTGCACATCCAAGACACCAAGCTATTGATGCT
* * ** *
33249793 TCCCGATGGTCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACGTATGTTGTTCGATGTTCCCGCACATCGA
66 TCCCGATGATCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACGTATGCTGTTCGATGCACCCGCACATCCA
33249858 AGGCACCAAGGTGCCTATGGTCCTGCACCACC
131 AGGCACCAAGGTGCCTATGGTCCTGCACCACC
* * * * *
33249890 ATTGGCCTAAGATACCGATGGTG-TCCGATGCTCCTGCACATCCATGACACCAAGGTTTTGATGC
1 ATTGGCCTAAGATACCAATGGTGCT-CAATGCTCCTGCACATCCAAGACACCAAGCTATTGATGC
* * *
33249954 TTCCCGATGATCCTGCACTACCACCGACCTAAGTTAC-TGATGCTGTTCGATGCACCCGTACATC
65 TTCCCGATGATCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACGT-ATGCTGTTCGATGCACCCGCACATC
33250018 CAAGGCACCAAGGT
129 CAAGGCACCAAGGT
33250032 ACCGATGCTT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 16, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.02
162 122 0.98
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (162 bp):
ATTGGCCTAAGATACCAATGGTGCTCAATGCTCCTGCACATCCAAGACACCAAGCTATTGATGCT
TCCCGATGATCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACGTATGCTGTTCGATGCACCCGCACATCCA
AGGCACCAAGGTGCCTATGGTCCTGCACCACC
Found at i:33250027 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33249895--33250086 Score: 213
Period size: 86 Copynumber: 2.2 Consensus size: 86
33249885 CCACCATTGG
* * * * * ***
33249895 CCTAAGATACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCCATGACACCAAGGTTTTGATGCTTCCCG
1 CCTAAGTTACCGATGCTGTCCGATGCACCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
**
33249960 ATGATCCTGCACTACCACCGA
66 ATGATCCCACACTACCACCGA
* * * *
33249981 CCTAAGTTACTGATGCTGTTCGATGCACCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
1 CCTAAGTTACCGATGCTGTCCGATGCACCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
** *
33250046 ATGATCCCACACTACCTTCGG
66 ATGATCCCACACTACCACCGA
* *
33250067 CCTAAGTTACCAATGGTGTC
1 CCTAAGTTACCGATGCTGTC
33250087 TGATAATCTC
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 21, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 85 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.20, T:0.24
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CCTAAGTTACCGATGCTGTCCGATGCACCCGCACATCCAAGACACCAAGGTACCGATGCTTCCCG
ATGATCCCACACTACCACCGA
Found at i:33250925 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33250743--33251178 Score: 344
Period size: 86 Copynumber: 5.1 Consensus size: 86
33250733 ATGATGTCCC
* * * * * * * *
33250743 ATGCTGCCCCACATGCAAGGCACCAAGG-AGTCGATGGTT-TCGATGGACTCACACCACCATCGG
1 ATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTA-TCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCGA
*** *
33250806 CCTATA-TTTTTGATAGTGTTCA
65 CCTA-AGTTACCGATAGTGTTCG
* * * *
33250828 ATGCTCCCGCACATGCAAGGCACGAAGGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACTACCAAT-GA
1 ATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACC-ATCGA
*
33250892 CCTACGTTACCGATAGTGTTCG
65 CCTAAGTTACCGATAGTGTTCG
* * * * * * * *
33250914 ACGCTTCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTATCGATACTGCCCCATGGTCCCGCACCATCATCGGC
1 ATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCGAC
**
33250979 CTAAGTTACCGACGGTGTTCG
66 CTAAGTTACCGATAGTGTTCG
* * ** *
33251000 ATGCTTCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTGCCAATGGTCCTGCACCACCATCAAC
1 ATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCGAC
*
33251065 CTAAGTTACCGATGGTG-TCTG
66 CTAAGTTACCGATAGTGTTC-G
* * * * ** * * * * * * *
33251086 ATGC-ACCTGTAAATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCCATGATCCTATACCTCCATCGA
1 ATGCTTCC-GCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCGA
* * *
33251150 CCTAAGTTATCGATGGTGTCCG
65 CCTAAGTTACCGATAGTGTTCG
33251172 ATGCTTC
1 ATGCTTC
33251179 TCGATGGTGC
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 62, Indels: 16
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 38 0.14
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CTAAGTTACCGATAGTGTTCG
Found at i:33251017 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 33250821--33251179 Score: 420
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
33250811 ATTTTTGATA
* * * * * *
33250821 GTGTTCAATGCTCCCGCACATGCAAGGCACGAAGGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACTAC
1 GTGTTCGATGCTTCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCAC
* * * * *
33250886 CAAT-GACCTACGTTACCGATAGTGT-TCGACGCTTCC-GCACATCCAAGGCACCAAGGTATCGA
66 C-ATCAACCTAAGTTACCGATAGTGTCT-GACGC-ACCTGCAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGA
* * *
33250948 TACTGCCCCATGGTCCCGCACCAT-CATCGGCCTAAGTTACCGACG
128 TACTGCCCCATGATCCCACACC-TCCATCGACCTAAGTTACCGACG
* **
33250993 GTGTTCGATGCTTCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTGCCAATGGTCCTGCACCAC
1 GTGTTCGATGCTTCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCAC
* * * *
33251058 CATCAACCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCACCTGTAAATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATAC
66 CATCAACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGACGCACCTGCAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATAC
* * * *
33251123 TGCCCCATGATCCTATACCTCCATCGACCTAAGTTATCGATG
131 TGCCCCATGATCCCACACCTCCATCGACCTAAGTTACCGACG
*
33251165 GTGTCCGATGCTTCT
1 GTGTTCGATGCTTCT
33251180 CGATGGTGCT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 26, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.03
172 151 0.96
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (172 bp):
GTGTTCGATGCTTCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCAATGGTCCCACACCAC
CATCAACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGACGCACCTGCAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATAC
TGCCCCATGATCCCACACCTCCATCGACCTAAGTTACCGACG
Found at i:33251436 original size:33 final size:33
Alignment explanation
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Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
33251378 ATCGAAGGTA
* * * *
33251388 CTAAGGTACCGATGGTGCCGCACCACTATCGGC
1 CTAAGTTACCGATGGTGCCACACCACCATCAGC
* *
33251421 CTAAGTTACCAATGGTCCCACACCACCATCAGC
1 CTAAGTTACCGATGGTGCCACACCACCATCAGC
33251454 CTAAGTTACCGATGGTG
1 CTAAGTTACCGATGGTG
33251471 TCCGATGCCT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
33 42 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.33, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
CTAAGTTACCGATGGTGCCACACCACCATCAGC
Found at i:33251677 original size:86 final size:88
Alignment explanation
Indices: 33251455--33251687 Score: 242
Period size: 88 Copynumber: 2.7 Consensus size: 88
33251445 ACCATCAGCC
* * * *
33251455 TAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CTCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGTTGATGCTTCCCGA
1 TAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTC-CCGCACATCCAAGGCATCAAGGTGTCGATGCTTCCCAA
* * * *
33251519 TGGTCTCGCGCATCACCATCGGCC
65 TGGTCTCGCACATCACCACCGACA
* * * **
33251543 TAAGTTACCGATAGTG-TCTGATGCTCCGGCACATCCAAGGCATAAAGGTGTCGATGCTTCTTAA
1 TAAGTTACCGATGGTGTTC-GATGCTCCCGCACATCCAAGGCATCAAGGTGTCGATGCTTCCCAA
33251607 TGGTC-CTGCAC-T-ACCACCGACA
65 TGGTCTC-GCACATCACCACCGACA
* * * **
33251629 TAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCTAAGGCATCAAGGTACCGATGCTT
1 TAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCATCAAGGTGTCGATGCTT
33251688 TCCGATGATC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 10
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 55 0.46
87 5 0.04
88 59 0.49
89 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (88 bp):
TAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCATCAAGGTGTCGATGCTTCCCAAT
GGTCTCGCACATCACCACCGACA
Found at i:33251719 original size:86 final size:85
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Indices: 33251432--33251748 Score: 307
Period size: 86 Copynumber: 3.7 Consensus size: 85
33251422 TAAGTTACCA
* * * *
33251432 ATGGTCCCACACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC-CTCCGCACATCCAAGGC
1 ATGGTCCCGCACCACCATC-GCCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTC-CCACACATCCAAGGC
* * *
33251496 ACCAAGGTGTTGATGCTTCCCG
64 ATCAAGGTGTCGATGCTTTCCG
* **
33251518 ATGGTCTCGCGCATCACCATCGGCCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTCCGGCACATCCAAGG
1 ATGGTC-C-CGCACCACCATC-GCCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTCCCACACATCCAAGG
* **
33251583 CATAAAGGTGTCGATGC-TTCTTA
63 CATCAAGGTGTCGATGCTTTC-CG
* * * * * * *
33251606 ATGGTCCTGCACTACCACCGACATAAGTTATCGATGGTGT-TCGATGCTCCCACACATCTAAGGC
1 ATGGTCCCGCACCACCATCG-CCTAAGTTACCGATAGTGTCT-GATGCTCCCACACATCCAAGGC
**
33251670 ATCAAGGTACCGATGCTTTCCG
64 ATCAAGGTGTCGATGCTTTCCG
* * *
33251692 ATGATCCCGCACCACTATCGCCCTAAGTTACCAATAGTGTCTGATGCTCCCACACAT
1 ATGGTCCCGCACCACCATCG-CCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTCCCACACAT
33251749 GTTTGAAATT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 37, Indels: 16
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
85 2 0.01
86 107 0.58
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88 68 0.37
89 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (85 bp):
ATGGTCCCGCACCACCATCGCCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATGCTCCCACACATCCAAGGCAT
CAAGGTGTCGATGCTTTCCG
Found at i:33252654 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33252381--33253339 Score: 572
Period size: 86 Copynumber: 11.3 Consensus size: 86
33252371 TTTTTTTAGT
* * * * *
33252381 CCGATGGTGTCTC-ATGCTC-CGCACATGCAAGGCACCAAGGCG-TCGATACTTCTCGATGATCC
1 CCGATGGTGT-TCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCT-GATGCTTCCCGATGGTCC
* * *
33252443 CGCACCACCATCAGCTTAAGCTA
64 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
** * * * * * ** * * * * *
33252466 TTGATGGTG-TCTGATGCCCCCGCACAACAAAGGCACCAAAATACCGATACTGCCC-ATGATCCC
1 CCGATGGTGTTC-AATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCC
*
33252529 GCACCACCATCGGTCTAAGTTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * *
33252551 CCGATGGTG-TCTGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGGTTCCCGATAGTCCC
1 CCGATGGTGTTC-AATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCC
** *
33252615 GCACCAATATCGGCCTAAGCTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * *
33252637 CC-AGTGGTGTTCAATGCT-TC-CATACGTCCAAGTCATCAAGGTACCGAT-ATTGCCCGAAGGT
1 CCGA-TGGTGTTCAATGCTCTCGC--ACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTT-CCCGATGGT
* * *
33252698 CTCACACCACCATCGACCTAAGTTA
62 CCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * * * ** *
33252723 CCGATGGTGTTCGATTCTCTCGAACATCTAAGGCACGAAGGTGTTGATGGTTCCTGATTATCCTG
1 CCGATGGTGTTCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCCG
33252788 CACCACCAT----C---G--A
66 CACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * * *
33252800 CCAATGGTGTCCAATGCTCCCGTACATCCAAGACACCAACGTG-TCGATGCTTCACGATGGTCCC
1 CCGATGGTGTTCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCT-GATGCTTCCCGATGGTCCC
* *
33252864 GTACCACCATCTGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * * ** *
33252886 CCGATGGTG-TCAGACGCACCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCTC
1 CCGATGGTGTTCA-ATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCC
33252950 GCACCACCA-CTGGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATC-GGCCTAAGTTA
* * ** * * **
33252972 CCGATGGTG-TCAGATGCTCTCGTACATCCAAGGCACTAAGGTGCCAATGGTTCCCTATGGTCTT
1 CCGATGGTGTTCA-ATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCC
* *
33253036 GCACTATCATCGGCCTAAGTTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * ** *
33253058 CCAATGGT-TTCCAATG-TTTCCGCATATCCAAGGCACCAAGGT-ATCGATGCTTCTTGATGGTT
1 CCGATGGTGTT-CAATGCTCT-CGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCT-GATGCTTCCCGATGGTC
* *
33253120 CCGCACCACCACCAGCCTAAGTTA
63 CCGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * * ** * * * *
33253144 TCGATGGTGTTCGATTCTCCCGCACATCTTAGGCACCAAGGT-ATCGATGCTTCTCGATGGTACT
1 CCGATGGTGTTCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCT-GATGCTTCCCGATGGTCCC
* * *
33253208 GCACAACCACCGACCTAAGTTA
65 GCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * * *
33253230 CCGATGGTGTTCGATGCTCCTAG-ACATCCAAGGCACCAAGGT-ATCGATGCTTCCCGATGATCC
1 CCGATGGTGTTCAATGCT-CTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCT-GATGCTTCCCGATGGTCC
* * *
33253293 CACACCACTATTGGCCTAAGTTA
64 CGCACCACCATCGGCCTAAGTTA
* * *
33253316 CCAATGGTGTCCGATGCTCTCGCA
1 CCGATGGTGTTCAATGCTCTCGCA
33253340 TATGTCTGAA
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 168, Indels: 71
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
76 1 0.00
77 56 0.08
79 1 0.00
81 1 0.00
82 1 0.00
83 2 0.00
84 2 0.00
85 93 0.14
86 498 0.74
87 15 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
CCGATGGTGTTCAATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCCCGATGGTCCCG
CACCACCATCGGCCTAAGTTA
Found at i:33252953 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33252906--33253281 Score: 114
Period size: 43 Copynumber: 8.7 Consensus size: 43
33252896 CAGACGCACC
33252906 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCT
1 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCT
* * * * * *
33252949 CGCACCA-CCACTGGC-CTAAGTTACCGATG-GTGTCAGATGCTCT
1 CGCA-CATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTC-GATGGTCT
* * * * * ** *
33252992 CGTACATCCAAGGCACTAAGGTGCCAATGGTTCCCTATGGTCT
1 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCT
* * * * * * * * *
33253035 TGCACTAT-CATCGGC-CTAAGTTACCAATGGTTTCCAAT-GTTT
1 CGCAC-ATCCA-AGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCT
* *
33253077 CCGCATATCCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCTT-GATGGT-T
1 -CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT-TTCGATGGTCT
* * * * * ** *
33253120 CCGCACCA-CCACCA-GC-CTAAGTTATCGATGGTGTTCGATTCTCC
1 -CGCA-CATCCA--AGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCT
** * *
33253164 CGCACATCTTAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCTCGATGGTACT
1 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGT-CT
* ** * * * *
33253208 -GCACAACCACCG-ACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCT
1 CGCACATCCAAGGCACC-AAGGTACCGATGCTTTTCGATGGT-CT
* *
33253251 AG-ACATCCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTT
1 CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTT
33253282 CCCGATGATC
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 71, Indels: 50
0.66 0.20 0.14
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.00
42 25 0.11
43 187 0.79
44 23 0.10
45 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
CGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTTTCGATGGTCT
Found at i:33253151 original size:258 final size:258
Alignment explanation
Indices: 33252799--33253339 Score: 642
Period size: 258 Copynumber: 2.1 Consensus size: 258
33252789 ACCACCATCG
* *
33252799 ACCAATGGTGTCCAATGCTCCCGTACATCCAAGACACCAACGTGTCGATGCTTCACGATGGTCCC
1 ACCAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAACGTATCGATGCTTCACGATGGTCCC
* * *
33252864 GTACCACCATCTGCCTAAGTTACCGATGGTG-TCAGACGCACCCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
66 GCACCACCACCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTTC-GACGCACCCGCACATCCAAGGCACCAAGGT
* * * *
33252928 ACCGATGCTTTTCGATGGT-CTCGCACCACCACTGGCCTAAGTTACCGATGGTG-TCAGATGCT-
130 ACCGATGCTTCTCGATGGTACT-GCACAACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTC-GATGCTC
* *
33252990 CTCGTACATCCAAGGCACTAAGGTGCCAATGGTTCCCTATGGTCTTGCACTATCATCGGCCTAAG
193 CTAG-ACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGGTTCCCTATGGTCTTGCACTATCATCGGCCTAAG
33253055 TT
257 TT
* * * * * * ** *
33253057 ACCAATGGTTTCCAATGTTTCCGCATATCCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCTTGATGGTTCC
1 ACCAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAACGTATCGATGCTTCACGATGGTCCC
* ** * **
33253122 GCACCACCACCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATTCTCCCGCACATCTTAGGCACCAAGGTA
66 GCACCACCACCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGACGCACCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
*
33253187 TCGATGCTTCTCGATGGTACTGCACAACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTA
131 CCGATGCTTCTCGATGGTACTGCACAACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTA
** * * * * *** * *
33253252 GACATCCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCGATGATCCCACACCA-CTATTGGCCTAAGTT
196 GACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGGTTCCCTATGGTCTTGCACTATC-ATCGGCCTAAGTT
* *
33253315 ACCAATGGTGTCCGATGCTCTCGCA
1 ACCAATGGTGTCCAATGCTCCCGCA
33253340 TATGTCTGAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 43, Indels: 10
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
257 1 0.00
258 225 0.96
259 9 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (258 bp):
ACCAATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGACACCAACGTATCGATGCTTCACGATGGTCCC
GCACCACCACCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGACGCACCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTA
CCGATGCTTCTCGATGGTACTGCACAACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTA
GACATCCAAGGCACCAAGGTGCCAATGGTTCCCTATGGTCTTGCACTATCATCGGCCTAAGTT
Found at i:33254102 original size:86 final size:83
Alignment explanation
Indices: 33253946--33254334 Score: 254
Period size: 86 Copynumber: 4.6 Consensus size: 83
33253936 TTTTTTTAGC
* * * *** *
33253946 CCGATGATGTCCCATGCTCCTGCACATGCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTTTTGACGGTCCTG
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCC-GCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCGATGGTCCT-
33254011 CACCACCACCAGTC-TAAGTTA
64 -ACCACCACC-GTCTTAAGTTA
* *
33254032 CCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATGCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCTCA
1 CCGATGGTGTCCGATGCTC-CGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCGATGGTC-C-
**
33254097 TACCACCACCGTCTTAAGTGG
63 TACCACCACCGTCTTAAGTTA
* * * * * * **
33254118 TCGATGGTGTTCGATGCTCC-CACA--C-A---TCCAAGGTACCGATACTGCCCTCTGGTCCTAC
1 CCGATGGTGTCCGATGCTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCGATGGTCCT--
* *
33254176 ACCACCATCGGCTTAAGTTA
64 ACCACCACCGTCTTAAGTTA
* * * * * * * *
33254196 TCGATGGTGTCTGATTCTCCCACACATGTAAGGCACCAAGGTACCAATGCTTTCCGATGGTCTCG
1 CCGATGGTGTCCGATGCT-CCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCGATGGTC-C-
* * * *
33254261 CACCACCATCGACCTAAGTTA
63 TACCACCACCGTCTTAAGTTA
** * * * *
33254282 CCGATGGCATTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTATTGATGCTTC
1 CCGATGGTGTCCGATGCTC-CGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTC
33254335 TTGATGGTTC
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 50, Indels: 34
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
76 1 0.00
77 1 0.00
78 52 0.22
79 2 0.01
80 4 0.02
81 1 0.00
82 1 0.00
83 1 0.00
84 4 0.02
85 5 0.02
86 160 0.68
87 3 0.01
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (83 bp):
CCGATGGTGTCCGATGCTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTATCGATGCTTCCCGATGGTCCTAC
CACCACCGTCTTAAGTTA
Found at i:33254458 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 33254410--33254540 Score: 123
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
33254400 CACCAAGGTG
33254410 CCGATGCTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTA
1 CCGATGCTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTA
* * ** * *
33254453 CCGATGCTTGT-TGATGCTCCCGCACATCCATGGTATC-A---A
1 CCGATGC-TGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTA
* * *
33254492 --GGTACTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTG
1 CCGATGCTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTA
33254533 CCGATGCT
1 CCGATGCT
33254541 TGTTGATGCT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 17, Indels: 16
0.66 0.18 0.17
Matches are distributed among these distances:
36 3 0.05
37 23 0.37
38 1 0.02
39 1 0.02
42 1 0.02
43 31 0.49
44 3 0.05
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTA
Found at i:33254517 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 33254416--33254576 Score: 313
Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 80
33254406 GGTGCCGATG
33254416 CTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTACCGATGCTTGTTGATGCTCCCGCACATC
1 CTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTACCGATGCTTGTTGATGCTCCCGCACATC
33254481 CATGGTATCAAGGTA
66 CATGGTATCAAGGTA
*
33254496 CTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTGCCGATGCTTGTTGATGCTCCCGCACATC
1 CTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTACCGATGCTTGTTGATGCTCCCGCACATC
33254561 CATGGTATCAAGGTA
66 CATGGTATCAAGGTA
33254576 C
1 C
33254577 CCGACGCTAC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
80 80 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (80 bp):
CTGTCCGATGCTTCCATACATCCAAGGCATCGAGCTACCGATGCTTGTTGATGCTCCCGCACATC
CATGGTATCAAGGTA
Found at i:33254890 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 33254764--33255809 Score: 768
Period size: 86 Copynumber: 12.3 Consensus size: 86
33254754 CCCCATCAGT
* * *
33254764 CTAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTTA
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTGA
* *
33254829 TGGTCCCGCACGACCATTGAC
66 TGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * * *
33254850 CTAAGTCACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGTCAATGA-T-TCTC
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT-ACTGCCT-
** *
33254913 GATGGTCCCGCATGACCATCGGC
64 GATGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * * * * *
33254936 CTAAGTTACTGATGGTATCCGATCCTCCCACACATCCAAGGTACCAAGGTGCCGATACTGCCCGA
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTGA
* ** * * **
33255001 TAGTCCCATATCATCATCGGT
66 TGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * * * *
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1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT-ACTGCCT-
* * *
33255085 GAAGGTCCCGTACCACCATCTAC
64 GATGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * *
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* * *
33255173 TGGTCCCCCACCACTATCGTC
66 TGGTCCCGCACCACCATCGAC
** * * * * * * * *
33255194 CTAAGTTGTCGATGATGTCCAATGCTTTCGCACATCCGAGACACCAAGGTGCTGATGCT-TCTCG
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCT-G
* * *
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* * * * * *
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1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCT-CGCAC-ATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCT
* * *
33255343 CATGATCCCACACCACCATCGAC
64 GATGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * * * ** * *
33255366 CTACGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCTAGGTGCTGATGGTTCCCGA
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTGA
33255431 TGGTCCCGCACCACCATC-AGC
66 TGGTCCCGCACCACCATCGA-C
* * * * * * *
33255452 CTAAATTATCGATGGTGTTCGATGCTGC-AGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTGCCCG
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCT-CTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTG
*
33255516 ATGGTCCTGCACCACCATCGAC
65 ATGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * * * *
33255538 CTAAGTTACCAATAGTGTCCGATTCTCTCACACATCTAAGGCACGAA---G--G-T-CT---TGA
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTGA
* *
33255593 TGGTCCCGCACCACCATTGGC
66 TGGTCCCGCACCACCATCGAC
** * * * * * * *
33255614 CTACA-TTTTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAAGTACCAAGGTACTGATGCTTTCC-
1 CTA-AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATAC-TGCCT
* * **
33255677 GATGGACCCGTACCAATATCGAC
64 GATGGTCCCGCACCACCATCGAC
* * * * * * * * **
33255700 CAAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGATACTGATGCTTCCCAA
1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTGA
* * **
33255765 TGATCTCGCACCACCATCGGG
66 TGGTCCCGCACCACCATCGAC
*
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1 CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATG
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Statistics
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CTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCTGA
TGGTCCCGCACCACCATCGAC
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Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 172
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* * * * * * *
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** * * * *
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* *
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** * * *
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1 GTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
* * * * ** * *
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66 AGGTGCCGATACTGCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC
* * *
33255047 TCTCACACATCCAAGGCACAAAGGTGCTGATGATTCTCGAAG
131 TCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGATTCTCGATG
* ** * * *
33255089 GTCCCGTACCACCATCTACCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
* * * * * * ** * *
33255154 AGGTGCCGATATTTCCTGATGGTCCCCCACCACTATCGTCCTAAGTTGTCGATGATGTCCAATGC
66 AGGTGCCGATACTGCCCGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGC
* * * *
33255219 TTTCGCACATCCGAGACACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGATG
131 TCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGATTCTCGATG
* * *
33255261 GTCTCGTACCACCA-CTGGCCTAAGTTA-TCGATGGTGTCCGATGCCTCCGCACA-AT-AAAGGC
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* * * * * * *
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62 ACCAAGGTGCCGATACTGCC-CGATGGTCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCC
* * * *
33255386 GATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCTAGGTGCTGATGGTTCCCGATG
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* * * * *
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* ** * *
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* * * *
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129 GCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGATTCTCGATG
* * * * * *
33255595 GTCCCGCACCACCATTGGCCTACATTTTC-GATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAAGTACC
1 GTCCCGCACCACCATCGGCCTA-AGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACC
* * * ** * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * **
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1 GTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATG
33255810 ATTTCGTACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (172 bp):
GTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
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TCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCTGATGATTCTCGATG
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Alignment explanation
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33254754 CCCCATCAGT
* * * *
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* * *
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64 TGGTCCCGCACCACCATTGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGTAC
* ** *
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129 CAAGGTG-CGATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATC-GATGGTGTCCGA
* * * * * * *
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* * * * *
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1 CTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGAT-ATGC-CTA
* * * *
33255087 AGGTCCCGTACCACCATCT-ACCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGGCA
64 TGGTCCCGCACCACCAT-TGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGTA
* * * * *
33255151 CCAAGGTGCCGAT-ATT-TCCTGATGGTCCCCCACCACTATCGTCCTAAGTTGTCGATGATGTCC
128 CCAAGGTG-CGATGATTCT-C-GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCC
* * * * * * * * * *
33255214 AATGCTTTCGCACATCCGAGACACCAAGGTGCTGATGCTTCTCGATGGTCTCGTACCACCA-CTG
190 GATGC-TCCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCGATGGTCCCGTACCACCATC-G
33255278 GC
253 GC
* * * * * * * *
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1 CTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCT-CACAC-ATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATA-TGCCT
* * * * * *
33255343 CATGATCCCACACCACCATCGACCTACGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGT
63 -ATGGTCCCGCACCACCATTGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGT
* * * * * *
33255408 ACCTAGGTGCTGATGGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAATTATCGATGGTGTTCG
127 ACCAAGGTGC-GATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCG
* * * * * *
33255473 ATGCTGCAGTACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTGCCCGATGGTCCTGCACCACCATCGAC
191 ATGCTCCA-CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGC
* * * *
33255538 CTAAGTTACCAATAGTGTCCGATTCTCTCACACATCTAAGGCACGAAGGT--C--T-TG---ATG
1 CTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATATGCCTATG
* ** *
33255595 GTCCCGCACCACCATTGGCCTACA-TTTTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAAGTACC
66 GTCCCGCACCACCATTGACCTA-AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGTACC
* * * * ** * *
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130 AAGGTGC-GATGATTCT-CGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGAT
* * * * * * * * * * *
33255723 GCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGATACTGATGCTTCCCAATGATCTCGCACCACCATCGGG
193 GCT-CCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGC
33255786 CTAAGTTACCAATGGTGTCCGATG
1 CTAAGTTACCAATGGTGTCCGATG
33255810 ATTTCGTACA
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 138, Indels: 56
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (254 bp):
CTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATATGCCTATG
GTCCCGCACCACCATTGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGTACCA
AGGTGCGATGATTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCT
CCACACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTGCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGC
Found at i:33255700 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 33255429--33255743 Score: 387
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
33255419 GATGGTTCCC
* * * *
33255429 GATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAATTATCGATGGTGTTCGATGCTGCAGTACATCCAAGGC
1 GATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAAGC
* * * *
33255494 ACCAAGGTACCGATACTGCCCGATGGTCCTGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATAGTGTCCG
66 ACCAAGGTACCGATACTGCCCGATGGACCCGCACCAACATCGACCAAAGTTACCAATAGTGTCCG
* * *
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131 ATGCTCCCACACATCCAAGGCACGAAGGTCTT
** * * * *
33255591 GATGGTCCCGCACCACCATTGGCCTACATTTTCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAAGT
1 GATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAAGC
* * ** * * * * *
33255656 ACCAAGGTACTGATGCTTTCCGATGGACCCGTACCAATATCGACCAAAGTTATCGATGGTGTCCG
66 ACCAAGGTACCGATACTGCCCGATGGACCCGCACCAACATCGACCAAAGTTACCAATAGTGTCCG
*
33255721 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCAC
131 ATGCTCCCACACATCCAAGGCAC
33255744 CAAGATACTG
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 27, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
162 126 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (162 bp):
GATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAATTATCGATGGTGTCCGATGCTCCAGCACATCCAAAGC
ACCAAGGTACCGATACTGCCCGATGGACCCGCACCAACATCGACCAAAGTTACCAATAGTGTCCG
ATGCTCCCACACATCCAAGGCACGAAGGTCTT
Found at i:33256322 original size:26 final size:26
Alignment explanation
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Period size: 26 Copynumber: 2.4 Consensus size: 26
33256283 AACCCCTAGG
* *
33256293 TCTGGTCCTTCTTGATCACTCCCCCC
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1 TCTGGTCCCTCGTGATCACTCCCCCC
*
33256345 TCTAGTCCCTC
1 TCTGGTCCCTC
33256356 TAGTCCCTCG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (26 bp):
TCTGGTCCCTCGTGATCACTCCCCCC
Found at i:33256745 original size:86 final size:83
Alignment explanation
Indices: 33256548--33257187 Score: 419
Period size: 86 Copynumber: 7.6 Consensus size: 83
33256538 GCTTCCCGAT
* * * * * * * * *
33256548 GTCTCGCACCACCATTGACCTAAGTTACCGATAGTGTCCTATTCTCCCCGCACATGCAAGGCCCC
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* * **
33256613 AAGGTATCGATGGTTCTCGGTG
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* * * * * *
33256635 GTCTCGTACCACCAACGACTTAAGTTACCTATGGTGTTCGATGCTCCTGCGCAGATCCAAGGCAC
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*
33256700 CAAGGTTCCATTAGCCTCATG
65 CAAGGTACCA-TAGCC-CATG
* * * * ** *
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1 GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTC-GATGCTCCTCGCACATCCAAGGCAC
* *
33256784 CATGGGTACCGAT-GCTTCCCAACG
65 CA-AGGTACC-ATAG---CCC-ATG
* * ** * *
33256808 GTCCCGTACCACCATCAACCTAAGTTACCGATGGTGTT-GATGCTTC-CGTACATCCAAGGCACC
1 GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTCGCACATCCAAGGCACC
*
33256871 AAGGTGCCGATACTGCCCCATG
66 AAGGTACC-ATA--G-CCCATG
* * * * * * *
33256893 GTCTTGTACCACCGTCGGTCTAAGTTACCGATGTTGTCCGATGC-ACTCGCACATCCAAGGCACC
1 GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTCGCACATCCAAGGCACC
* * * * *
33256957 ATGGTGTCGATGGTTCCTGATG
66 AAGGT-ACCATAG--CC-CATG
* *
33256979 GTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCC-CGCGCATCCAAGGCACC
1 GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTCGCACATCCAAGGCACC
33257043 AAGGTACCAATACTGCCCGATG
66 AAGGTACC-ATA--GCCC-ATG
* * * * *
33257065 GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATTCT-CTCACACATCCAAGGCACG
1 GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTCGCACATCCAAGGCACC
33257129 AAGGTACC---G---ATG
66 AAGGTACCATAGCCCATG
* *
33257141 GT-TCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCC
1 GTCT-CGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCC
33257188 AGTAAATTCA
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 89, Indels: 66
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.00
76 43 0.10
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80 1 0.00
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Consensus pattern (83 bp):
GTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCTCGCACATCCAAGGCACC
AAGGTACCATAGCCCATG
Found at i:33257142 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 33256542--33257145 Score: 662
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 172
33256532 GTCGATGCTT
* * * * * * *
33256542 CCCGAT-GTCTCGCACCACCATTGACCTAAGTTACCGATAGTGTCCTATTCTCCCCGCACATGCA
1 CCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATTC-ACTCGCACATCCA
* * * * * *
33256606 AGGCCCCAAGGTATCGATGGTT-CTCGGTGGTCTCGTACCACCAACGACTTAAGTTACCTATGGT
65 AGGCACCAAGGTACCGATGGTTCCT-GATGGTCTCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGT
* * *
33256670 GTTCGATGCTCCTGCGCAGATCCAAGGCACCAAGGTTCCATTA--G
129 GTTCGATGCTCCCGCGC--ATCCAAGGCACCAAGGTACCAATACTG
* * * * **
33256714 CCTC-ATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCAATGATGTCTGATACACTCGCACATGTA
1 CC-CGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATTCACTCGCACATCCA
* * * ** * * *
33256778 AGGTACCATGGGTACCGATGCTTCCCAACGGTCCCGTACCACCATCAACCTAAGTTACCGATGGT
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* ** * *
33256843 GTT-GATGCTTCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATACTG
129 GTTCGATGCTCCCGCGCATCCAAGGCACCAAGGTACCAATACTG
* * * * * * *
33256886 CCCCATGGTCTTGTACCACCGTCGGTCTAAGTTACCGATGTTGTCCGATGCACTCGCACATCCAA
1 CCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATTCACTCGCACATCCAA
* ** *
33256951 GGCACCATGGTGTCGATGGTTCCTGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
66 GGCACCAAGGTACCGATGGTTCCTGATGGTCTCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
33257016 TCGATGCTCCCGCGCATCCAAGGCACCAAGGTACCAATACTG
131 TCGATGCTCCCGCGCATCCAAGGCACCAAGGTACCAATACTG
* * *
33257058 CCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATTCTCTCACACATCCAA
1 CCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATTCACTCGCACATCCAA
*
33257123 GGCACGAAGGTACCGATGGTTCC
66 GGCACCAAGGTACCGATGGTTCC
33257146 GCACCACCAT
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CCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATTCACTCGCACATCCAA
GGCACCAAGGTACCGATGGTTCCTGATGGTCTCGTACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGT
TCGATGCTCCCGCGCATCCAAGGCACCAAGGTACCAATACTG
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33256965 GATGGTTCCT
* **
33256975 GATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCGCATCCAAGGC
1 GATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCAGCAAATCCAAGGC
* * * *
33257040 ACCAAGGTACCAATACTGCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGGCCTAAGTTATC-GATGGTGTCC
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130 GATTCTCTCACACATCCAAGGCACGAAGGTACC
* * * * *
33257137 GATGGT-TCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCAGTAAATTCAAGG
1 GATGGTCT-CGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCAGCAAATCCAAGG
* * ** * * *
33257201 TAGCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATAGTCCCACAACACCATCGGCCTAAGTTATCAGTGGTGTCC
65 CACCAAGGTACCAATACTGCCCGATAGTCCCACAACACCATCGGCCTAAGTTATCAGTGGTGTCC
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130 GAT
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GATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGCTCCAGCAAATCCAAGGC
ACCAAGGTACCAATACTGCCCGATAGTCCCACAACACCATCGGCCTAAGTTATCAGTGGTGTCCG
ATTCTCTCACACATCCAAGGCACGAAGGTACC
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33257300 GTGCTGTCCA
* *
33257310 ATGCTCTCGCATATCCAAGGTACCAAGCTA-TCG
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* *
33257343 ATGCTCTAGCACATCCAGGGCACCAAGCTACTG
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1 ATGC-TCTCG
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ATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGCTACTG
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33257612 CGCCACCATT
* * * * * *
33257622 GGCCTAAGTTACC-ACTGGTGTCCTATGCTCCTGCACATCCATGGCACCAAGGTTCTGATGCTTC
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*
33257686 GCGATAATCCTGCACTACCACC
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* * *
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* * *
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*
33257794 GGCCTAAGTTATCGATGGTGT
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33257815 TTGATAATCT
Statistics
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GGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCAATGCACCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCC
CGATAATCCTGCACTACCACC
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33257446 ACCGTACCAA
*
33257456 CATTGGCCTAAGTTACCAATGGTGCTCAATGCTCCCGCACATTCAAGGCACCAAGCTATCGATGC
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** * * * * * ** **
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33257586 AAGGCACCAATGTACCAATGGTCCTGCGCCAC
131 AAGGCACCAATGTACCAATGGTCCTGCGCCAC
* * * * *
33257618 CATTGGCCTAAGTTACCACTGGTG-TCCTATGCTCCTGCACATCCATGGCACCAAGGT-TCTGAT
1 CATTGGCCTAAGTTACCAATGGTGCT-CAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGCTATC-GAT
* * ** *
33257681 GCTTCGC-GATAATCCTGCACTACCACCGGTCTAAGTTACCGATGGTGTTCAATGCACCCGCATA
64 GCTTC-CTGATAATCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCAATGCACCCGCACA
33257745 TCCAAGGCACCAA
128 TCCAAGGCACCAA
33257758 GGTGCCGATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
161 3 0.03
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CATTGGCCTAAGTTACCAATGGTGCTCAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGCTATCGATGC
TTCCTGATAATCCCGCACCACCACCGACCTAAGTTACCGATGGTGTTCAATGCACCCGCACATCC
AAGGCACCAATGTACCAATGGTCCTGCGCCAC
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33258535 GCCTATTATT
* * * **
33258545 GATGGTGTTCGATGCTCCCACACATGCAAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCA
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*
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** * * * * * *
33258631 GATGGTGTTTAATGCTTCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTACCGATACTGCCCTATGGTCTCGCA
1 GATGGTGTTCGATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCA
*
33258696 CCATCATCGGCTTACGTTACC
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* * ** * * * *
33258717 AATGGTGTCCGATGCTTTTGCACATGCAAGGCACCACGGTACCGATGCTTGCCGATAGTCCCGCA
1 GATGGTGTTCGATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCA
* * * *
33258782 CCACCATTGACCTAAGTTACC
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* * * *
33258803 GATGGTGTCCGATGC-ACTCGCAAAT-CTAAGGTACCAAGGTACCGAT
1 GATGGTGTTCGATGCTTC-CGCACATGC-AAGGCACCAAGGTACCGAT
33258849 ACTGCCCCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
85 1 0.01
86 173 0.99
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Consensus pattern (86 bp):
GATGGTGTTCGATGCTTCCGCACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCA
CCACCATCGGCTTACGTTACC
Found at i:33258896 original size:172 final size:172
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Indices: 33258565--33258905 Score: 380
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
33258555 GATGCTCCCA
** * * * *
33258565 CACATGCAAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCAACGGCTTACGTTAC
1 CACATGCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTCCCAATAGTCCCGCACCACCAACGACCTAAGTTAC
** * * * * * *
33258630 CGATGGTGTTTAATGCTTCCGCACATCCAAGGCACTAAGGTACCGATACTGCCCTATGGTCTCGC
66 CGATGGTGTCCAATGCCTCCGCAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTGCCCCATGATCTCAC
* * *
33258695 ACCATCATCGGCTTACGTTACCAATGGTGTCCGATGCTTTTG
131 ACCATCATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTTTTG
** * * **
33258737 CACATGCAAGGCACCACGGTACCGATGCTTGCCGATAGTCCCGCACCACCATTGACCTAAGTTAC
1 CACATGCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTCCCAATAGTCCCGCACCACCAACGACCTAAGTTAC
* * * *
33258802 CGATGGTGTCCGATGCACT-CGCAAATCTAAGGTACCAAGGTACCGATACTGCCCCATGATCTTA
66 CGATGGTGTCCAATGC-CTCCGCAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTGCCCCATGATCTCA
* * *
33258866 TACC-TCTATCGACCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTT
130 CACCATC-ATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTT
33258906 CTCGATGGTG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 30, Indels: 4
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 134 0.98
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (172 bp):
CACATGCAAGGCACCAAAGTACCGATGCTTCCCAATAGTCCCGCACCACCAACGACCTAAGTTAC
CGATGGTGTCCAATGCCTCCGCAAATCCAAGGCACCAAGGTACCGATACTGCCCCATGATCTCAC
ACCATCATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCTTTTG
Found at i:33259175 original size:33 final size:33
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Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
33259123 CCGGTGGTGC
33259133 CGCACCACCAT-AGGCCTAAGTTACCAATGGTCT
1 CGCACCACCATCA-GCCTAAGTTACCAATGGTCT
33259166 CGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCAATGGT
1 CGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCAATGGT
33259197 GTCCGATGCC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 29 0.97
34 1 0.03
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CGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCAATGGTCT
Found at i:33259304 original size:86 final size:86
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33259146 GCCTAAGTTA
* * * *
33259156 CCAATGGTCTCGCACCACCATC-AGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCGTACATCCAA
1 CCAATGGTCCCGCACCACCATCGA-CCTAAGTTACCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAA
*
33259220 GGCACCAAGGTGTTGATGCTTC
65 GGCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * * *
33259242 CCGATGGTTCCGCACCACCATCGATCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCGTACATCCAAG
1 CCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAG
*
33259307 GCACAAAGGTGTCGATGCTTC
66 GCACCAAGGTGTCGATGCTTC
** * * * * * * *
33259328 TTAATGGTCCCGCACCACCACCAACCTAAGTTATCGATTGTGT-TCGATGCTTCCACACATCCAA
1 CCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCT-GATGCTCCCGCACATCCAA
* * * *
33259392 GGCATCAAGGTGCCGATACTTT
65 GGCACCAAGGTGTCGATGCTTC
* * * *
33259414 CCAATGATCCCGCACCACTATCGGCCTAAGTTACCAATAGTGTCTGATGCTCCCGCACAT
1 CCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACAT
33259474 GTCTGAAATT
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 38, Indels: 6
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.01
86 188 0.98
87 2 0.01
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CCAATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATGGTGTCTGATGCTCCCGCACATCCAAG
GCACCAAGGTGTCGATGCTTC
Found at i:33259445 original size:172 final size:172
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Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
33259148 CTAAGTTACC
* * * **
33259158 AATGGTCTCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCGTACATCCAAGGC
1 AATGGTCCCGCACCACCACCAACCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
** * * * * * * *
33259223 ACCAAGGTGTTGATGCTTCCCGATGGTTCCGCACCACCATCGATCTAAGTTACCGATGGTGTCTG
66 ACCAAGGTGCCGATACTTCCCAATGATCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATAGTGTCTG
*
33259288 ATGCTCCCGTACATCCAAGGCACAAAGGTGTCGATGCTTCTT
131 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACAAAGGTGTCGATGCTTCTT
* * * * **
33259330 AATGGTCCCGCACCACCACCAACCTAAGTTATCGATTGTGTTCGATGCTTCCACACATCCAAGGC
1 AATGGTCCCGCACCACCACCAACCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
* * * *
33259395 ATCAAGGTGCCGATACTTTCCAATGATCCCGCACCACTATCGGCCTAAGTTACCAATAGTGTCTG
66 ACCAAGGTGCCGATACTTCCCAATGATCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATAGTGTCTG
33259460 ATGCTCCCGCACAT
131 ATGCTCCCGCACAT
33259474 GTCTGAAATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 25, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
172 119 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.32, G:0.20, T:0.24
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AATGGTCCCGCACCACCACCAACCTAAGTTACCAATGGTGTCCGATGCCCCCACACATCCAAGGC
ACCAAGGTGCCGATACTTCCCAATGATCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATAGTGTCTG
ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACAAAGGTGTCGATGCTTCTT
Found at i:33260379 original size:86 final size:86
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Period size: 86 Copynumber: 16.6 Consensus size: 86
33260258 GGTACTGATA
* * * * *
33260268 GTCCCGCACCTCCATC-AGTCTAAGTTACCGATGGTGTCCCATGCTCCCAAATATCCAAGGCACC
1 GTCCCGCACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACC
*
33260332 AAGGTACCGATACTGCTCCATG
65 AAGGTACCGATACTTCTCCATG
* * *
33260354 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGCCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
** ** * *
33260419 AGGTGTCGATGGTTCTCAACG
66 AGGTACCGATACTTCTCCATG
* * * * * *
33260440 GTCCCGCACGACCATCGGCCTAATTTACTGATGCTATCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
* * *
33260505 TGGTACCGATACTGTC-CGATA
66 AGGTACCGATACT-TCTCCATG
* * * * * * * ** *
33260526 GTCACACATCATCATCGGCTTAAGTTACCGATGGTGTCCGATTCTCTTACACATCCAAGGCACAA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
* * * *
33260591 AGGTGCTGATA-TTCTCGAAG
66 AGGTACCGATACTTCTCCATG
** * * ** * **
33260611 GTCCCATACCACTATCTG-CTTAAGTTATAGATGGTGTCTGATGCTCCTGCACATCCCAA-GCAC
1 GTCCCGCACCACCATC-GACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACAT-CCAAGGCAC
* * * *
33260674 CAAGGTGCCAATGCTTC-CTAATG
64 CAAGGTACCGATACTTCTC-CATG
** * * * * ** *
33260697 GTCCC-CTACCACCATC-ATCCTAAGTTGTCGAAGATGTCCAATGCTTCTGCACATCCAAGACAC
1 GTCCCGC-ACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCAC
* * *
33260760 CAAGGTACTGATGCTTCTCGATG
64 CAAGGTACCGATACTTCTCCATG
* * * ** *
33260783 GTCCCGTACCACCA-CTGGCCTAAGTTATCGATATTGTCCGATGCCTCCGCACA-A-CAAAGGCA
1 GTCCCGCACCACCATC-GACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATG-CTCC-CACACATCCAAGGCA
* * *
33260845 CCAATGTACCGATACTACCCCATG
63 CCAAGGTACCGATACTTCTCCATG
* * * * * * * *
33260869 ATCTCGAACCACCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
** *
33260934 AGGT-CCTGATGGTTCTCGATG
66 AGGTACC-GATACTTCTCCATG
* * * * **
33260955 GTCCCGTACCACCATC-AGCCTAAGTTACCGATGGTGTTCGATGGTGCCGTACATCCAAGGCACC
1 GTCCCGCACCACCATCGA-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACC
* *
33261019 AAGGTATCGATACTGC-CCGATG
65 AAGGTACCGATACTTCTCC-ATG
* ** * ** * * *
33261041 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCAATAATGTCTGATTATCTCACACATCTAAGGCACGA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
*
33261106 A-G----G-T-C--C-CGATG
66 AGGTACCGATACTTCTCCATG
* * * ** * *
33261117 GTCCCGTACCACCATCGACCTAAGTTA-CTAGTGGTGTCCAATGCTCCCGTAAATCCAAGGGACC
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGA-TGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACC
* * *
33261181 AATGTGCCGATGCTTC-CCGATG
65 AAGGTACCGATACTTCTCC-ATG
* * * * * * * * **
33261203 GTCCCGCACCACTATCGACCTAAGTTACTGATGGTGTCAAGACGCTCTCATAGATTCAAGGCATG
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTC-CGATGCTCCCACACATCCAAGGCACC
* * * * *
33261268 AAGATGCTGATGCTTC-CCAATA
65 AAGGTACCGATACTTCTCC-ATG
* ** * * * ** ** *
33261290 TTCCCATACCACCACCGGCCTATGTTACCGATGGTGTCCGATGCTTTCGTACATCCAAGGCACCT
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
** ** * *
33261355 AGGTTTCGATGGTTCACGATG
66 AGGTACCGATACTTCTCCATG
** * * * * ***
33261376 GTCTTGCACCACC-TCGGCCTAAGTTACCAATGGTGTCCAATGTTCTTGCACATCCAAGGCACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
* *
33261440 ATGTGCCGATACTTC-CCGATG
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* * * * * *
33261461 GTCTCGTACCACCACCGACCTAAGTTATCGATGGTGTCTGATGCTCCCACATATCCAAGGCACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
* *
33261526 AGGTACAGATGCTTC-CCGATG
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* * * * * * * *
33261547 GTACCGCACAACCACCGACCTAAGTTACCTATGGTGTTCGATGCTCCTAGACATCCAAGGTACCA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAGGCACCA
**
33261612 AGGTGTCGATGA-TTC-CCGATG
66 AGGTACCGAT-ACTTCTCC-ATG
* ** * * ** *
33261633 ATCCTACACCACTATTGGTCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACA
1 GTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACA
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AGGTACCGATACTTCTCCATG
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Alignment explanation
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33266499 GGATCAAGAT
33266509 AGGAGAACGTCCCTCTTGAAGCAACTTC
1 AGGAGAACGTCCCTCTTGAAGCAACTTC
*
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1 AGGAGAACGTCCCTCTTGAAGCAACTTC
33266565 CTAAGAACGA
Statistics
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AGGAGAACGTCCCTCTTGAAGCAACTTC
Found at i:33266571 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 33266512--33266573 Score: 88
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33266502 TCAAGATAGG
*
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* **
33266540 AGAATGTCCCTCTTGAAGCAACTTCCTA
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Statistics
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Consensus pattern (28 bp):
AGAACGTCCCTCTTGAAGCAACTTCAGA
Done.