Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 55708359
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 2600 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 161 of 182
Found at i:49125506 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 49125380--49125506 Score: 191
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 42
49125370 CGGCACTTTT
* *
49125380 TGGAAAAGCGCAGCTAAAGAACATGGCCTTCAGCGGCGATTG
1 TGGAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTCAGCGGCGCTTG
* *
49125422 TGAAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTCAGCGACGCTTG
1 TG-GAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTCAGCGGCGCTTG
*
49125465 TGGAGAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTCAGTGGCGCTT
1 TGGA-AAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTCAGCGGCGCTT
49125507 TTTCGCATAA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 3
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.04
43 73 0.96
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.29, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGGCCTTCAGCGGCGCTTG
Found at i:49127978 original size:210 final size:209
Alignment explanation
Indices: 49127586--49128002 Score: 534
Period size: 210 Copynumber: 2.0 Consensus size: 209
49127576 GAGCTCTTAC
* * * * * *
49127586 GAAGCTTAAGCTTTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTTTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAA
1 GAAGCTTAAACTTTAGAATTTAAAAGACTGCAAAAGTTTGAGGAATCTTCCAACCAAAATTGGAA
* *
49127651 TGGAATCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCAGGCTGTTCAAAACTTCAAAGCTTTCCAGAGATTGAT
66 TGGAATCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCACGCTGTTCAAAACTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGAT
* * * * * * * * *
49127716 GGGAAAATGGAATGTTTGTTGGAGCTTTGTTTTGATGGGACAAACGTTAAAGAGCTACC-TTCTT
131 GGCAAAATGGAATGTCTGCTAGAGCTTTATTTAGATGGAACAAACATTAAAGAACTACCTTTC-T
49127780 CAATCGGAAATCTCA
195 CAATCGGAAATCTCA
*
49127795 GAAGACTTAAACTTTAGAATTTAAAAGACTGCAAAAGTCTT-AGGAATCTTCCAATCAAAATTGG
1 GAAG-CTTAAACTTTAGAATTTAAAAGACTGCAAAAGT-TTGAGGAATCTTCCAACCAAAATTGG
* * * *
49127859 AATGGAATCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCACGTTGCTTC-AATCTTAAAAGCTTTTCAGATATT
64 AATGGAATCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCACGCTG-TTCAAAACTTAAAAGCTTTCCAGAGATT
*** *
49127923 GATGGCAAAATGGAATGTCTGCTAGAGCTTTATTTAGATGGAACGGGCATTAAAGAACTATCTTT
128 GATGGCAAAATGGAATGTCTGCTAGAGCTTTATTTAGATGGAACAAACATTAAAGAACTACCTTT
*
49127988 CTCAATTGGAAATCT
193 CTCAATCGGAAATCT
49128003 GAGCAGTCTT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 27, Indels: 7
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
209 4 0.02
210 165 0.93
211 8 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (209 bp):
GAAGCTTAAACTTTAGAATTTAAAAGACTGCAAAAGTTTGAGGAATCTTCCAACCAAAATTGGAA
TGGAATCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCACGCTGTTCAAAACTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGAT
GGCAAAATGGAATGTCTGCTAGAGCTTTATTTAGATGGAACAAACATTAAAGAACTACCTTTCTC
AATCGGAAATCTCA
Found at i:49131256 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 49131201--49131286 Score: 156
Period size: 40 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40
49131191 AACTCAACTT
49131201 CCCATATGTGATTTTAACTAGAGTGATCAAAATGATCAAA
1 CCCATATGTGATTTTAACTAGAGTGATCAAAATGATCAAA
*
49131241 CCCATTTGTGATTTTAACTAGAGTGATCAAAATGATCAAA
1 CCCATATGTGATTTTAACTAGAGTGATCAAAATGATCAAA
49131281 -CCATAT
1 CCCATAT
49131287 AACGTGGGTG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 1
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 5 0.11
40 39 0.89
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (40 bp):
CCCATATGTGATTTTAACTAGAGTGATCAAAATGATCAAA
Found at i:49141619 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 49141561--49141623 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
49141551 ATAGCCTATT
*
49141561 ATATTTATAAAGTATTTATTTTTTAA
1 ATATTAATAAAGTATTTA-TTTTTAA
* *
49141587 A-AATAATAAAGTGTTTA-TTTTAA
1 ATATTAATAAAGTATTTATTTTTAA
*
49141610 ATATTGATAAAGTA
1 ATATTAATAAAGTA
49141624 AAATGAGTAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 4
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.23
24 9 0.30
25 13 0.43
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
ATATTAATAAAGTATTTATTTTTAA
Found at i:49142413 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 49142396--49142431 Score: 65
Period size: 12 Copynumber: 3.1 Consensus size: 12
49142386 TCCTCATAGC
49142396 TGTGTCTGAATA
1 TGTGTCTGAATA
49142408 TGTGTCTGAATA
1 TGTGTCTGAATA
49142420 TGTGTC-GAATA
1 TGTGTCTGAATA
49142431 T
1 T
49142432 AAGTGTTAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 6 0.25
12 18 0.75
ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.25, T:0.42
Consensus pattern (12 bp):
TGTGTCTGAATA
Found at i:49143444 original size:210 final size:210
Alignment explanation
Indices: 49143082--49143564 Score: 763
Period size: 210 Copynumber: 2.3 Consensus size: 210
49143072 AGCTTAAGTT
* * * *
49143082 TTTGAATTTAAGATGGTGCAATAGTCTGAGGAGAT-TTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTT
1 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAG-TCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTT
* * * *
49143146 GAGGTATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAACGCTTTCCAGAGATTGATGGCAAAATGGA
65 GAAGAATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGACAAAATGGA
*
49143211 ATGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
130 ATGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
*
49143276 TCAGAAGACTT-AAACG
195 TCAAAAGACTTGAAA-G
49143292 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
* * *
49143357 AAGAATTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGATAAGATGGAA
66 AAGAATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGACAAAATGGAA
49143422 TGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
131 TGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
*
49143487 CAAAAGACTTGAAAT
196 CAAAAGACTTGAAAG
* * ** *
49143502 TTTGAATTTAAGCGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATTGAATCTCT
1 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCT
49143565 GCGAAAGCTT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 19, Indels: 4
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.00
210 248 0.98
211 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (210 bp):
TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
AAGAATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGACAAAATGGAA
TGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
CAAAAGACTTGAAAG
Found at i:49151967 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 49151956--49152002 Score: 76
Period size: 6 Copynumber: 7.8 Consensus size: 6
49151946 TAGTGTATTT
* *
49151956 ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTT ATTTTT ATTTT
1 ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTTC ATTTT
49152003 AATTATGCAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 40 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.11, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (6 bp):
ATTTTC
Found at i:49152948 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 49152915--49152948 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
49152905 TTTATTATTT
49152915 AAAAAAAAGTTGA
1 AAAAAAAAGTTGA
* *
49152928 AAAGAAAATTTGA
1 AAAAAAAAGTTGA
49152941 AAAAAAAA
1 AAAAAAAA
49152949 AGAAAATTGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 18 1.00
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.12, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
AAAAAAAAGTTGA
Found at i:49152972 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49152927--49152969 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
49152917 AAAAAAGTTG
49152927 AAAAGAAAATTTGAAAAAA
1 AAAAGAAAATTTGAAAAAA
* *
49152946 AAAAGAAAA-TTGAGAAGA
1 AAAAGAAAATTTGAAAAAA
49152964 AAAAGA
1 AAAAGA
49152970 GAAGAAAAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 13 0.59
19 9 0.41
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.16, T:0.12
Consensus pattern (19 bp):
AAAAGAAAATTTGAAAAAA
Found at i:49154060 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 49154034--49154079 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
49154024 CCAATTAGGG
49154034 AATTAT-TGTTTAG-ATTTAATTCT
1 AATTATCTGTTTAGAATTTAATTCT
*
49154057 AATTATCTTTTTAGAATTTAATT
1 AATTATCTGTTTAGAATTTAATT
49154080 TGGATCCAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.30
24 6 0.30
25 8 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (25 bp):
AATTATCTGTTTAGAATTTAATTCT
Found at i:49160486 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 49160429--49160486 Score: 71
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
49160419 AGCAAATTTT
* * *
49160429 GAAGAAGAAAAGGAAGCAAAAGTTTT
1 GAAGAAGAAAAGGAAACAAAAGGTTA
*
49160455 GAAGAAGAAAAGGAAACAGAAGGTTA
1 GAAGAAGAAAAGGAAACAAAAGGTTA
*
49160481 GCAGAA
1 GAAGAA
49160487 AATTTTAATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.29, T:0.10
Consensus pattern (26 bp):
GAAGAAGAAAAGGAAACAAAAGGTTA
Found at i:49163271 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 49163215--49163272 Score: 73
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
49163205 CATTTTTCTG
*
49163215 TTGGAATTAATTAAGTTTATGATTTAAT
1 TTGGAATTAATTAAGTTTATAATTTAAT
**
49163243 TTGGAATTAATTCTGTTTA-AATTTGAAT
1 TTGGAATTAATTAAGTTTATAATTT-AAT
49163271 TT
1 TT
49163273 ATTTAATAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.15
28 22 0.85
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (28 bp):
TTGGAATTAATTAAGTTTATAATTTAAT
Found at i:49163861 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 49163850--49163880 Score: 62
Period size: 6 Copynumber: 5.2 Consensus size: 6
49163840 ATAGTGCTGT
49163850 GGCTCA GGCTCA GGCTCA GGCTCA GGCTCA G
1 GGCTCA GGCTCA GGCTCA GGCTCA GGCTCA G
49163881 ACGGCTGAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 25 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (6 bp):
GGCTCA
Found at i:49165895 original size:29 final size:32
Alignment explanation
Indices: 49165837--49165895 Score: 88
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
49165827 TTAAAAATTT
*
49165837 AAAAATAATTTTTATTTCAAATTTTAATATTC
1 AAAAATAATTTTTATTTAAAATTTTAATATTC
49165869 AAAAAT-A-TTTT-TTTAAAATTTTAATAT
1 AAAAATAATTTTTATTTAAAATTTTAATAT
49165896 AGTAGAAACA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.58
30 4 0.15
31 1 0.04
32 6 0.23
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (32 bp):
AAAAATAATTTTTATTTAAAATTTTAATATTC
Found at i:49166006 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 49165999--49166024 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
49165989 AAGCATCACA
49165999 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
49166025 TGTTTTAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:49166354 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 49166334--49166367 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
49166324 TTTTACATGA
*
49166334 TTAAATAATATTTAAAT
1 TTAAATAACATTTAAAT
49166351 TTAAATAACATTTAAAT
1 TTAAATAACATTTAAAT
49166368 GATTTTTTCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATAACATTTAAAT
Found at i:49169224 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 49169190--49169248 Score: 84
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
49169180 TAAATTTTTG
49169190 TTTTTTTTAATTTTTAAAGGCAT-AA
1 TTTTTTTTAATTTTTAAAGG-ATAAA
* *
49169215 TTTTTTTTAATTTTTATAGGTTAAA
1 TTTTTTTTAATTTTTAAAGGATAAA
49169240 TTTTTTTTA
1 TTTTTTTTA
49169249 TCAATTTTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.03
25 30 0.97
ACGTcount: A:0.27, C:0.02, G:0.07, T:0.64
Consensus pattern (25 bp):
TTTTTTTTAATTTTTAAAGGATAAA
Found at i:49169246 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 49169215--49169278 Score: 85
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28
49169205 AAAGGCATAA
49169215 TTTTTTTTAATTTTTATAGGT-TAAATTT
1 TTTTTTTTAATTTTTA-AGGTCTAAATTT
* * *
49169243 TTTTTATCAATTTTTAAGGTCTCAATTT
1 TTTTTTTTAATTTTTAAGGTCTAAATTT
49169271 TTTTTTTT
1 TTTTTTTT
49169279 TTTAGTTTTG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.13
28 26 0.87
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.06, T:0.67
Consensus pattern (28 bp):
TTTTTTTTAATTTTTAAGGTCTAAATTT
Found at i:49170190 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49170168--49170232 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 3.7 Consensus size: 18
49170158 ACCAACTTAA
49170168 TTGCGAGCTCA-TCAAAG
1 TTGCGAGCTCACTCAAAG
* *
49170185 TTGCGAGGTCATTCAAAG
1 TTGCGAGCTCACTCAAAG
* *
49170203 TTACGAGCTCACTCAATG
1 TTGCGAGCTCACTCAAAG
**
49170221 ACGCGAGCTCAC
1 TTGCGAGCTCAC
49170233 CTTAAAAGTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.26
18 29 0.74
ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TTGCGAGCTCACTCAAAG
Found at i:49170731 original size:263 final size:264
Alignment explanation
Indices: 49170236--49170738 Score: 823
Period size: 263 Copynumber: 1.9 Consensus size: 264
49170226 AGCTCACCTT
49170236 AAAAGTTTAATATTGTAAAATTTTTATTATTTCCACAACAATCATAATACAATCACAAGTTCACA
1 AAAAGTTTAATATTGTAAAATTTTTATTATTTCCACAACAATCATAATACAATCACAAGTTCACA
* * *
49170301 ACACGAGGAGAACAGAATATCATGGAGAAAGAACAAGTAAATTCATCTCAAGTGAGTCTGAGTTT
66 ACACGAGGAGAACAGAATATCATGGAAAAAGAACAAGTAAATCCATCTCAAGTGAGTCTGAGTTC
* *
49170366 ACCTTAAGGTGAGCTATACCTGAATTGACTAGAAGCAAAAGCTCAAAGCAACCAAAGATCAGCTG
131 ACCTTAAGGGGAGCTATACCTGAACTGACTAGAAGCAAAAGCTCAAAGCAACCAAAGATCAGCTG
*
49170431 CTCTTTTTTAAAGACATACGCATGAAGATAAGTGAAAGTGGTATCATTCAACATCATTCAACATT
196 CTCTTTTTTAAAGACATACGCAGGAAGATAAGTGAAAGTGGTATCATTCAACATCATTCAACATT
49170496 CATC
261 CATC
** *
49170500 AAAAGTTTAATATTGT-AGTTTTTTATTTTTTCCACAACAATCATAATACAATCACAAGTTCACA
1 AAAAGTTTAATATTGTAAAATTTTTATTATTTCCACAACAATCATAATACAATCACAAGTTCACA
* * * *
49170564 ACATGAGGAGAATAGGATATCATGGAAAAAGAACAAGTAAATCCATCTCAAGTGAGTTTGAGTTC
66 ACACGAGGAGAACAGAATATCATGGAAAAAGAACAAGTAAATCCATCTCAAGTGAGTCTGAGTTC
* *
49170629 ACCTTAAGGGGAGCTATACTTGAACTGGCTAGAAGCAAAAGCTCAAAGCAACCAAAGATCAG-TG
131 ACCTTAAGGGGAGCTATACCTGAACTGACTAGAAGCAAAAGCTCAAAGCAACCAAAGATCAGCT-
*
49170693 GCTCTTTTTTAAAGACATACGCAGGAA-ATTAGGTGAAAGTGGTATC
195 GCTCTTTTTTAAAGACATACGCAGGAAGA-TAAGTGAAAGTGGTATC
49170739 TAAATTTTTA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 16, Indels: 5
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
262 2 0.01
263 203 0.92
264 16 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.17, T:0.27
Consensus pattern (264 bp):
AAAAGTTTAATATTGTAAAATTTTTATTATTTCCACAACAATCATAATACAATCACAAGTTCACA
ACACGAGGAGAACAGAATATCATGGAAAAAGAACAAGTAAATCCATCTCAAGTGAGTCTGAGTTC
ACCTTAAGGGGAGCTATACCTGAACTGACTAGAAGCAAAAGCTCAAAGCAACCAAAGATCAGCTG
CTCTTTTTTAAAGACATACGCAGGAAGATAAGTGAAAGTGGTATCATTCAACATCATTCAACATT
CATC
Found at i:49175519 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49175496--49175556 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
49175486 AAACAGTTGG
49175496 GAGCTCGTAACTTTGAAT
1 GAGCTCGTAACTTTGAAT
** * *
49175514 GAGCTCGT-TGTTTTAGGT
1 GAGCTCGTAACTTTGA-AT
*
49175532 GAGCTCGCAACTTTGAAT
1 GAGCTCGTAACTTTGAAT
49175550 GAGCTCG
1 GAGCTCG
49175557 CAGCTTTGGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 9, Indels: 4
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.12
18 24 0.75
19 4 0.12
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
GAGCTCGTAACTTTGAAT
Found at i:49175571 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 49175529--49175576 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
49175519 CGTTGTTTTA
49175529 GGTGAGCTCGCAACTTT
1 GGTGAGCTCGCAACTTT
* *
49175546 GAATGAGCTCGCAGCTTT
1 G-GTGAGCTCGCAACTTT
49175564 GGTGAGCTCGCAA
1 GGTGAGCTCGCAA
49175577 TTAGGTTGGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.42
18 15 0.58
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (17 bp):
GGTGAGCTCGCAACTTT
Found at i:49175575 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 49175492--49175576 Score: 118
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
49175482 TTTCAAACAG
* ** *
49175492 TTGG-GAGCTCGTAACTTTGAATGAGCTCGTTGTT
1 TTGGTGAGCTCGCAACTTTGAATGAGCTCGCAGCT
49175526 TTAGGTGAGCTCGCAACTTTGAATGAGCTCGCAGCT
1 TT-GGTGAGCTCGCAACTTTGAATGAGCTCGCAGCT
49175562 TTGGTGAGCTCGCAA
1 TTGGTGAGCTCGCAA
49175577 TTAGGTTGGT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.04
35 15 0.33
36 28 0.62
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.29, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
TTGGTGAGCTCGCAACTTTGAATGAGCTCGCAGCT
Found at i:49175851 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49175828--49175882 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
49175818 ATTTCTGTAA
49175828 ATTCAAAGCTGCGAGCTC
1 ATTCAAAGCTGCGAGCTC
*
49175846 ATTCAAAGTTGCGAGCTC
1 ATTCAAAGCTGCGAGCTC
* *
49175864 ACTCAAGGAC-GCGAGCTC
1 ATTCAAAG-CTGCGAGCTC
49175882 A
1 A
49175883 CCTCAAAAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 32 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (18 bp):
ATTCAAAGCTGCGAGCTC
Found at i:49178461 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49178417--49178474 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
49178407 AAGCAAGTTA
* *
49178417 AATTGGAGAAGCTCTAAACTG
1 AATTGGAGAAGGTCTAAACAG
49178438 AATTGGAGAAGGTCTTAAA-AG
1 AATTGGAGAAGGTC-TAAACAG
49178459 AA-TGGTAGAAGG-CTAA
1 AATTGG-AGAAGGTCTAA
49178475 CAAAAAACAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 6
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.09
20 4 0.12
21 22 0.67
22 4 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
AATTGGAGAAGGTCTAAACAG
Found at i:49179461 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49179412--49179462 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
49179402 ACTTTTGAGG
* *
49179412 TGAGCTCGC-GCCTTGAG
1 TGAGCTCGCAGCTTTGAA
* *
49179429 TGAGCTCGTAACTTTGAA
1 TGAGCTCGCAGCTTTGAA
49179447 TGAGCTCGCAGCTTTG
1 TGAGCTCGCAGCTTTG
49179463 GTAAGCTCGC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 1
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.30
18 19 0.70
ACGTcount: A:0.18, C:0.24, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (18 bp):
TGAGCTCGCAGCTTTGAA
Found at i:49179986 original size:214 final size:214
Alignment explanation
Indices: 49179617--49180044 Score: 741
Period size: 214 Copynumber: 2.0 Consensus size: 214
49179607 GCTTCACTTT
*
49179617 CTTTCAATATTTTCTTCCGGTAAATCAAACCTTACTTTTAATTTCTTTGAATTTTAATCCACCAC
1 CTTTCAATATTTTCTTCCGGTAAATCAAACCTTACTCTTAATTTCTTTGAATTTTAATCCACCAC
* *
49179682 TTAAAGTCGACTAGGTAATATTTATACACTTTATATTTGTTCAAGTTCAGTGTAGCCTAAAATAT
66 TTAAAGCCGACTAGGTAATATTTATACACTTTATATTTGTTCAAGTTCAGTATAGCCTAAAATAT
*
49179747 TGACCTACACTTAAATGAAGTTATACAACCATGGTGAGCTTGCTAATTGAAAAGAAAGTCGTTCA
131 TGACCTACACTTAAATGAAGTTATACAACCATGGAGAGCTTGCTAATTGAAAAGAAAGTCGTTCA
*
49179812 TATGTTAAAAATTT-AAATA
196 TATATT-AAAATTTCAAATA
*
49179831 CTTTCAATATTTTCTTCCGGTAAATCAAACCTTACTCTTAGTTTCTTTGAATTTTAATCCACCAC
1 CTTTCAATATTTTCTTCCGGTAAATCAAACCTTACTCTTAATTTCTTTGAATTTTAATCCACCAC
* * * *
49179896 TTAAAGCCGACTGGGTAATATTTATACGCTTTATGTTTGTTCAAGTTCAGTATAGTCTAAAATAT
66 TTAAAGCCGACTAGGTAATATTTATACACTTTATATTTGTTCAAGTTCAGTATAGCCTAAAATAT
*
49179961 TGACCTACACTTGAATGAAGTTATACAACCATGGAGAGCTTGCTAATTGAAAAGAAAGTCGTTCA
131 TGACCTACACTTAAATGAAGTTATACAACCATGGAGAGCTTGCTAATTGAAAAGAAAGTCGTTCA
49180026 TATATTAAAATTTCAAATA
196 TATATTAAAATTTCAAATA
49180045 TAGTTTTCAC
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 11, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
213 7 0.03
214 195 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (214 bp):
CTTTCAATATTTTCTTCCGGTAAATCAAACCTTACTCTTAATTTCTTTGAATTTTAATCCACCAC
TTAAAGCCGACTAGGTAATATTTATACACTTTATATTTGTTCAAGTTCAGTATAGCCTAAAATAT
TGACCTACACTTAAATGAAGTTATACAACCATGGAGAGCTTGCTAATTGAAAAGAAAGTCGTTCA
TATATTAAAATTTCAAATA
Found at i:49180386 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49180351--49180386 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
49180341 TCCCATGTAA
*
49180351 TTGTGAGCTCATTAAAAG
1 TTGTGAGCTCACTAAAAG
*
49180369 TTGTGAGCTCACTCAAAG
1 TTGTGAGCTCACTAAAAG
49180387 ACGCAATCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
TTGTGAGCTCACTAAAAG
Found at i:49180588 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 49180529--49180590 Score: 74
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
49180519 CTTCAGAACT
*
49180529 AAAAAAAATTGAGACCTTAAAAATTGATA
1 AAAAAAAATTGAGACCTTAAAAATTGAAA
* *
49180558 AAAAAAAATTTA-ACCTATAAAAGTT-AAA
1 AAAAAAAATTGAGACCT-TAAAAATTGAAA
49180586 AAAAA
1 AAAAA
49180591 TTTCTAGGGC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 11 0.38
29 18 0.62
ACGTcount: A:0.65, C:0.06, G:0.06, T:0.23
Consensus pattern (29 bp):
AAAAAAAATTGAGACCTTAAAAATTGAAA
Found at i:49185714 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 49185676--49185727 Score: 86
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
49185666 GGAGACAATC
49185676 GGTGTCGCCTGTCAAGTAAGCACCATT
1 GGTGTCGCCTGTCAAGTAAGCACCATT
* *
49185703 GGTGTCGCCTGTCAGGTAGGCACCA
1 GGTGTCGCCTGTCAAGTAAGCACCA
49185728 CCCTTTAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 23 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.31, T:0.23
Consensus pattern (27 bp):
GGTGTCGCCTGTCAAGTAAGCACCATT
Found at i:49189131 original size:210 final size:209
Alignment explanation
Indices: 49188760--49189356 Score: 797
Period size: 210 Copynumber: 2.8 Consensus size: 209
49188750 TTTACGATGG
* * ***
49188760 TGCAAAAGTCTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTGAA-AAGTTAATTCTTT
1 TGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATGGAATCTCTTGAATAA-TTAATTCTTT
* * **
49188824 CAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGATAAGATGGAATGTTTG-TTAGATCT
65 CAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAAGATGGAATGTCTGCGAAGAT-T
* ** * * * * * * *
49188888 TGAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCGCTGAAGACTTCAAC
129 TG-TTTAGATGGGACAAGCATTGAAGAACTTCCCTCTTCAATTGGAAATCACAGAAAACTTCAAA
*
49188953 GTTTGAATTTAAAAAAC
193 ATTTGAATTTAAAAAAC
49188970 TGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATGGAATCTCTTGAATAATTAATTCTTTC
1 TGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATGGAATCTCTTGAATAATTAATTCTTTC
*
49189035 AGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAAAATGGAATGTCTGCGAAGACTTT
66 AGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAAGATGGAATGTCTGCGAAGA-TTT
* *
49189100 GTTTAGATGGGACAAGCATTGAACAACTTCCCTCTTCAATTGGAAATCACAGAAAACTTGAAAAT
130 GTTTAGATGGGACAAGCATTGAAGAACTTCCCTCTTCAATTGGAAATCACAGAAAACTTCAAAAT
** ***
49189165 TTGTGTTTAAATGGC
195 TTGAATTTAAAAAAC
* *
49189180 TGCAAAAGTCGTAGGAGTCTTGCAATTGAAATTGGAATGGAATCTCTTGAAGT-ATTAATTCTTT
1 TGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATGGAATCTCTTGAA-TAATTAATTCTTT
* *
49189244 CAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTGTCCAGAGATTGATGGTAAGATGGAATGTCTGCGAAGGTTT
65 CAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAAGATGGAATGTCTGCGAAGATTT
* *
49189309 -TATGTAGATGGGACAAGCATTGGAGAGCTTCCCTCTTCAATTGGAAAT
130 GT-T-TAGATGGGACAAGCATTGAAGAACTTCCCTCTTCAATTGGAAAT
49189357 TTGGGCAGTC
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 36, Indels: 12
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
208 1 0.00
209 4 0.01
210 330 0.96
211 9 0.03
212 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (209 bp):
TGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATGGAATCTCTTGAATAATTAATTCTTTC
AGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAAGATGGAATGTCTGCGAAGATTTG
TTTAGATGGGACAAGCATTGAAGAACTTCCCTCTTCAATTGGAAATCACAGAAAACTTCAAAATT
TGAATTTAAAAAAC
Found at i:49190661 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 49190552--49190743 Score: 339
Period size: 66 Copynumber: 2.9 Consensus size: 66
49190542 ATCAATAGGT
**
49190552 AACGGTTCCCTTGTAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGACGAAGGGCCGCAACCAACACTGAGGCA
1 AACGGTTCCCTTAAAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGACGAAGGGCCGCAACCAACACTGAGGCA
49190617 A
66 A
* *
49190618 AACGGTTCCCTTAAAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGATGAAGGGCCGCAACTAACACTGAGGCA
1 AACGGTTCCCTTAAAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGACGAAGGGCCGCAACCAACACTGAGGCA
49190683 A
66 A
*
49190684 AACGGTTCCCTTAAAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGACGAAGGGCCGCAATCAACACTG
1 AACGGTTCCCTTAAAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGACGAAGGGCCGCAACCAACACTG
49190744 TCAAAAATTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 7, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 119 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.29, T:0.13
Consensus pattern (66 bp):
AACGGTTCCCTTAAAAAGCGAAAACGTGAGGAGATGGACGAAGGGCCGCAACCAACACTGAGGCA
A
Found at i:49200952 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 49200915--49200953 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
49200905 AAATAACTTG
* *
49200915 AAAATTATAAAAAGATT
1 AAAATTATAAAAAAATA
*
49200932 AAAATTTTAAAAAAATA
1 AAAATTATAAAAAAATA
49200949 AAAAT
1 AAAAT
49200954 AAAAAAGTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 19 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.03, T:0.28
Consensus pattern (17 bp):
AAAATTATAAAAAAATA
Found at i:49201217 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 49201163--49201217 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
49201153 GATGTCATAA
* *
49201163 TTTATTTTTCTATTTCACTTTTTCC
1 TTTATTTTCCTATTTCACATTTTCC
*
49201188 TTT-TTTTCCT-TTTC-CATTTTCT
1 TTTATTTTCCTATTTCACATTTTCC
49201210 TTTATTTT
1 TTTATTTT
49201218 TTCTTTTCTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 4
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 9 0.35
23 8 0.31
24 6 0.23
25 3 0.12
ACGTcount: A:0.09, C:0.18, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (25 bp):
TTTATTTTCCTATTTCACATTTTCC
Found at i:49202201 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 49202184--49202208 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
49202174 TAAAAAAATA
49202184 AAAAATAATTTT
1 AAAAATAATTTT
49202196 AAAAATAATTTT
1 AAAAATAATTTT
49202208 A
1 A
49202209 CTAATTTTTA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
AAAAATAATTTT
Found at i:49204298 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 49204279--49204316 Score: 60
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
49204269 GTGTATGTCT
49204279 TTTTTTAATATATA
1 TTTTTTAATATATA
49204293 TTTTTTGAA-ATATA
1 TTTTTT-AATATATA
49204307 TTTTTTAATA
1 TTTTTTAATA
49204317 ACTTAACATG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.09
14 18 0.82
15 2 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.03, T:0.63
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTTAATATATA
Found at i:49204794 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49204769--49204813 Score: 83
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
49204759 GTCAGTTAGG
49204769 AGTTAAAGTTAGTTAATAA-C
1 AGTTAAAGTTAGTTAATAATC
49204789 AGTTAAAGTTAGTTAATAATC
1 AGTTAAAGTTAGTTAATAATC
49204810 AGTT
1 AGTT
49204814 GTCATTCTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 19 0.79
21 5 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AGTTAAAGTTAGTTAATAATC
Found at i:49209442 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 49209428--49209456 Score: 58
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
49209418 TCAGTTGTCA
49209428 TTCTTTCAG
1 TTCTTTCAG
49209437 TTCTTTCAG
1 TTCTTTCAG
49209446 TTCTTTCAG
1 TTCTTTCAG
49209455 TT
1 TT
49209457 GCACTTCTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 20 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.21, G:0.10, T:0.59
Consensus pattern (9 bp):
TTCTTTCAG
Found at i:49218845 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 49218829--49218866 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
49218819 TTCCTTCGCT
49218829 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
49218840 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
49218849 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
49218861 TGCCTC
1 TGCCTC
49218867 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.08
10 7 0.29
11 13 0.54
12 2 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:49218862 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49218815--49218867 Score: 88
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
49218805 CTTGTAGCCT
* *
49218815 CTGCTTCCTTCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
49218836 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
1 CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
49218857 CTGCTGCCTCC
1 CTGCTGCCTCC
49218868 ACTTTAAGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 30 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
CTGCTGCCTCCGCTTGCCTCG
Found at i:49218969 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 49218863--49219010 Score: 208
Period size: 66 Copynumber: 2.2 Consensus size: 66
49218853 CTCGCTGCTG
* * *
49218863 CCTCCACTTTAAGTTGTATGTGGAGTTCTTCTTATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTCACTGCA
1 CCTCCTCTTTAAGTTGTATGTGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTCACTGCA
49218928 A
66 A
* * **
49218929 CCTCCTCTTTAAGTTTTA-GATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGCCTCTGCTTCTCTCGTTGC
1 CCTCCTCTTTAAGTTGTATG-TGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTCACTGC
*
49218993 AG
65 AA
49218995 CCTCCTCTTTAAGTTG
1 CCTCCTCTTTAAGTTG
49219011 AGCAATTTGC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 9, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 1 0.01
66 71 0.99
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.16, T:0.45
Consensus pattern (66 bp):
CCTCCTCTTTAAGTTGTATGTGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTCACTGCA
A
Found at i:49224444 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 49224415--49224870 Score: 148
Period size: 26 Copynumber: 18.0 Consensus size: 26
49224405 TAAATTATGG
*
49224415 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAG
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
*
49224441 TTACTTTAATATCATTAAATAATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* * * *
49224467 AT-CTTT--TA-ACTTTATATAATTAT
1 TTACTTTAATATA-ATTAAATAATTAA
49224490 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* * *
49224516 ATA-TTTAATTTAA-T--ATAATTAT
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* *
49224538 TTACTTTAGTATAATTAAATGATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* * * *
49224564 AT-CTTT--TA-ACTTAATATAATCAT
1 TTACTTTAATATAATTAA-ATAATTAA
* *
49224587 TTAATTAAATATAATTAAATAATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* * ** *
49224613 AT-CTTTTAACT-TAAATATTTAACTAA
1 TTAC-TTTAA-TATAATTAAATAATTAA
*
49224639 TCGATAGTGTT--TATAATTAAATACA-TAA
1 T---TACT-TTAATATAATTAAATA-ATTAA
* *
49224667 TTA----AACATGATTAAATAATTTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAA-TTAA
* * * *
49224690 TATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAA
1 T-T-A-C-TTTAATATAAT-TAAATAATTAA
* *
49224721 TTATATCTTT--TA-AATTAATATACTTAT
1 -T-TA-CTTTAATATAATTAA-ATAATTAA
49224748 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* * *
49224774 ATA-TTTAATTTAA-T--ATAATTAT
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* *
49224796 TTACTTTAGTATAATTAAATGATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
* * * *
49224822 AT-CTTT--TA-ACTTAATATAATCAT
1 TTACTTTAATATAATTAA-ATAATTAA
49224845 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
1 TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
49224871 ATCTTTTAAC
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 74, Indels: 100
0.64 0.15 0.21
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
22 38 0.12
23 49 0.16
24 19 0.06
25 35 0.11
26 99 0.32
27 26 0.08
28 12 0.04
29 3 0.01
30 5 0.02
31 10 0.03
32 9 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
Found at i:49224486 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 49224433--49224882 Score: 357
Period size: 49 Copynumber: 8.9 Consensus size: 49
49224423 ATATAATTAA
* *
49224433 ATAATTAGTTACTTTAATATCATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTAT
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTAT
*
49224482 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT-ATTTAA-TTTAAT
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTT-AT
* * *
49224530 ATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAAT
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTAT
* * *
49224579 ATAATCATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC--T-T
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTAT
* ** * * *
49224625 A-AA-TATTTAAC--TAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGAT
1 ATAATTATTT-ACTTTAAT--ATAAT-TAAATAATTAAAT-C-T--TTTAACTTTAT
* * * * * *
49224678 -TAAATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAAT
1 AT-AATTATTTACTTTAAT-A--TA-ATTAA-ATAA-T---T-A--A-ATCTTTTAACTTTAT
* *
49224740 ATACTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT-ATTTAA-TTTAAT
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTT-AT
* * *
49224788 ATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAAT
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTAT
*
49224837 ATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTT
1 ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTT
49224883 AAATATTTAA
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 46, Indels: 70
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.01
44 4 0.01
45 7 0.02
46 13 0.04
47 6 0.02
48 82 0.26
49 132 0.41
50 10 0.03
52 1 0.00
53 2 0.01
54 3 0.01
55 5 0.02
56 5 0.02
57 7 0.02
58 9 0.03
59 3 0.01
61 1 0.00
62 20 0.06
63 2 0.01
64 1 0.00
65 2 0.01
66 2 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (49 bp):
ATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTAT
Found at i:49224501 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49224475--49224554 Score: 75
Period size: 18 Copynumber: 4.8 Consensus size: 18
49224465 AAATCTTTTA
49224475 ACTTT-ATATAATTATTT
1 ACTTTAATATAATTATTT
49224492 ACTTTAATATAATTA---
1 ACTTTAATATAATTATTT
* *
49224507 A--ATAAT-TAAATATTT
1 ACTTTAATATAATTATTT
*
49224522 AATTTAATATAATTATTT
1 ACTTTAATATAATTATTT
*
49224540 ACTTTAGTATAATTA
1 ACTTTAATATAATTA
49224555 AATGATTAAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 13
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.10
13 4 0.08
15 2 0.04
17 9 0.18
18 30 0.60
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
ACTTTAATATAATTATTT
Found at i:49224589 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49224549--49224601 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
49224539 TACTTTAGTA
*
49224549 TAATTAAATGATTAAATCTTT
1 TAATTAAAT-A-T-AATCATT
49224570 TAACTT-AATATAATCATT
1 TAA-TTAAATATAATCATT
49224588 TAATTAAATATAAT
1 TAATTAAATATAAT
49224602 TAAATAATTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 7
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.07
18 17 0.59
19 1 0.03
20 1 0.03
21 6 0.21
22 2 0.07
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TAATTAAATATAATCATT
Found at i:49224776 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49224676--49225047 Score: 103
Period size: 18 Copynumber: 21.6 Consensus size: 18
49224666 ATTAAACATG
49224676 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
49224694 ATCATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
49224712 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
49224727 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
49224743 CTTATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
49224761 ATTAAATAA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
49224776 ATT---TAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** * *
49224791 ATTATTTACTTTAGTATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
*
49224809 ATTAAATGA-TTAA-AT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
49224824 CTT--TTAACTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
49224840 ATCATTTACTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* *
49224858 ATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 ATTAAATAATTTAA---TATA
*
49224879 ACTTAAAT-ATTTAA-CTA
1 A-TTAAATAATTTAATATA
** *
49224896 A-TCGATAGTGTT--TATA
1 ATTAAATAAT-TTAATATA
* *
49224912 ATTAAATACATAATTAAACATG
1 ATTAAATA-AT--TT-AATATA
49224934 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
* ** *
49224952 ATCATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
49224970 ATTAAATAA-TT-ATAT-
1 ATTAAATAATTTAATATA
* * *
49224985 CTT--TTAAATTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
**
49225001 ATTATTTAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
**
49225019 ATTATTTAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
49225037 ATTAAATAATT
1 ATTAAATAATT
49225048 AAATCTTTTA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 64, Indels: 68
0.66 0.16 0.18
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.01
13 12 0.05
14 10 0.04
15 25 0.10
16 22 0.09
17 20 0.08
18 133 0.52
19 4 0.02
21 11 0.04
22 16 0.06
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATTAAATAATTTAATATA
Found at i:49224883 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 49224686--49225451 Score: 373
Period size: 49 Copynumber: 15.1 Consensus size: 49
49224676 ATTAAATAAT
* * *
49224686 TTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* * * *
49224735 TTAATATACTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT-ATTTAAT
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* * *
49224783 TTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATTAAATGATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
49224832 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* * * * * * *
49224881 TTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAA-CATGATTAAATAAT
1 TT-AATA--TAA-TCAT--TTACT-TTAAT-A-TAATTAAATAATTAAATC-T--TT---TAAC
* * *
49224944 TTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* * ** * * *
49224993 TTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAA-
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAAC
* * * ** * * * *
49225042 ATAAT-TAAATCTTTTAAC-TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAA-
1 TTAATAT-AATCATTT-ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAAC
* * ** * * * *
49225091 ATAAT-TAAATC-TTTAAC-TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAA-
1 TTAATAT-AATCATTT-ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAAC
* * * ** * * * *
49225139 ATAAT-TAAATCTTTTAAC-TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAA-
1 TTAATAT-AATCATTT-ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAAC
* *
49225188 ATAAT-TAAATCTTTTAAC-TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATAT-AATCATTT-ACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
*
49225237 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTACC
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
* ** * * * * * *
49225286 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAACTTAA-TATAATCATTT-AC
1 TT-AATATAATCATTTACTTTAATATAATTAA-ATAATTA-AATCTTTTAAC
* *
49225335 TTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACT-TAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 -TTAATATAA-T-CAT--TT--A-C-TTTAA-TAT-AAT-TAA--ATA--ATTAAATCTTTTAAC
*
49225399 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTACC
1 TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
49225448 TTAA
1 TTAA
49225452 ATATTTAATT
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 75, Indels: 92
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
48 98 0.16
49 328 0.55
50 40 0.07
51 3 0.01
52 5 0.01
53 7 0.01
54 18 0.03
55 12 0.02
56 9 0.02
57 12 0.02
58 16 0.03
59 6 0.01
60 8 0.01
61 3 0.01
62 5 0.01
63 22 0.04
64 4 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (49 bp):
TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
Found at i:49224884 original size:258 final size:256
Alignment explanation
Indices: 49224420--49225374 Score: 1097
Period size: 258 Copynumber: 3.8 Consensus size: 256
49224410 TATGGTTACT
* * * * * *
49224420 TTAATATAA-TTAA-ATAATTAGTTACTTTAATATCATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTTATA
1 TTAATATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATA
49224483 TAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGT
66 TAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATA--TAATTTAATATAATTATTTACTTTA-T
* *
49224548 ATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTAATTAAATATAATTAAATAATTAA
128 ATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
49224613 ATCTTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGA
193 ATCTTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGA
*
49224677 TTAA-ATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATA
1 TTAATATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATA
*
49224741 TACTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGT
66 TAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATA--TAATTTAATATAATTATTTACTTTA-T
49224806 ATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
128 ATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
49224871 ATCTTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGA
193 ATCTTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGA
*
49224935 TTAA-ATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATA
1 TTAATATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATA
* ** * **
49224999 TAATTATTTAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAA-TTAA-ATAATTAAAT-CTTT-TA-A
66 TAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATAATTTAATATAATTATTTACTTTATATA
* * * ** * ** *
49225059 CTT-AAT-A-T-AATCATTT-ACTTTAATATAATTAAATA-ATTAA-ATCTTTAACTTAA-TATA
131 ATTAAATGATTAAATCTTTTAAC-TTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAA-ATAATTA-A
* * * * * * * *
49225116 ATCATTT-ACTTTAATATAATTAAATAAT-TA-AATCTTT-TAACTTAATATA-ATCATT-TAC-
193 ATCTTTTAAC-TTAA-ATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAA-TTAA-ATACATAATTAAACA
49225174 T--
254 TGA
* * ** *
49225175 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTA
1 TTAATATAATTTAAT-A-T-AATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTA
* * **
49225240 ATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATT-AA-AT-CTTT--TA-CCTTA---A----AT
63 ATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATAATTTAATATAATTATTTACTTTAT
*
49225292 ATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
128 ATAATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAA
49225357 ATCTTTTAACTTAAATAT
193 ATCTTTTAACTTAAATAT
49225375 AATTAAATAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 58, Indels: 71
0.83 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
235 2 0.00
236 3 0.00
237 3 0.00
238 1 0.00
239 1 0.00
240 30 0.05
241 30 0.05
242 16 0.03
243 8 0.01
244 94 0.15
245 24 0.04
246 31 0.05
247 1 0.00
248 1 0.00
249 3 0.00
250 3 0.00
251 2 0.00
253 4 0.01
254 8 0.01
255 4 0.01
256 7 0.01
257 8 0.01
258 329 0.54
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (256 bp):
TTAATATAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATA
TAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATAATTTAATATAATTATTTACTTTATATA
ATTAAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATC
TTTTAACTTAAATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATGA
Found at i:49225000 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 49224962--49225069 Score: 117
Period size: 31 Copynumber: 3.3 Consensus size: 31
49224952 ATCATTTAGT
49224962 TTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
1 TTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
** * *
49224993 TTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTATTTAAT
1 TTAATATAATTAAATAA-TT-ATAT--CT-TTTAAA
* *
49225029 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
49225060 TTAATATAAT
1 TTAATATAAT
49225070 CATTTACTTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 10
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 30 0.48
32 3 0.05
33 4 0.06
34 3 0.05
35 3 0.05
36 20 0.32
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (31 bp):
TTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAA
Found at i:49225017 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 49224940--49225445 Score: 245
Period size: 67 Copynumber: 7.8 Consensus size: 67
49224930 CATGATTAAA
* * *
49224940 TAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATATAATTA
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAATCA
49225005 TT
66 TT
* *
49225007 TAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCA
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAATCA
49225072 TT
66 TT
* * ** ** * * **
49225074 TACTTTAATATAATTAAATAA-TTAA-ATCTTTAACTTAA-TATAATCATTTACTTTAATAT-A-
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAA-ATAATTA-AATCTTTTAAATTAATATAAT
49225134 -A-T
64 CATT
* * * * ** * * * *
49225136 TAA-ATAAT-TAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAA-TAAT-TAAA
1 TAATTTAATAT-AATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAAATTAATAT-AA
*
49225197 TCTTT
63 TCATT
* * ** * * * * * **
49225202 TAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCT-TTTAACTTAA-TATAATCATTTACTTTAATAT-A-
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAA-ATAATTA-AATCTTTTAAATTAATATAAT
49225263 -A-T
64 CATT
* * * * *
49225265 TAA-ATAAT-TAAATCTTTTACCTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAAT
1 TAATTTAATAT-AATCATTTA-ATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAAT
49225328 CATT
64 CATT
* * ** * * * *
49225332 TACTTTAATATAATTAAATAA-TTAA-AT-CTT--TTAACTTAAATATAATTAAA-TAAT-TAAA
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAA-TTAAATCT-TTTAAATTAATAT-AA
*
49225390 TCTTT
63 TCATT
* *
49225395 TAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTA
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTA
49225446 CCTTAAATAT
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 87, Indels: 73
0.66 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
60 1 0.00
61 12 0.04
62 30 0.09
63 71 0.22
64 17 0.05
65 13 0.04
66 42 0.13
67 115 0.36
68 14 0.04
69 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (67 bp):
TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAATCA
TT
Found at i:49225018 original size:325 final size:329
Alignment explanation
Indices: 49224682--49225439 Score: 1036
Period size: 325 Copynumber: 2.3 Consensus size: 329
49224672 CATGATTAAA
* * * * *
49224682 TAATTTAATATAATCATTTAGTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATATACTTA
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCA
* * *
49224747 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAATTTAATATAATTATTTACTTTAGTATAATT
66 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT
*
49224812 AAATGATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTT
131 AAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTT
* * * *
49224877 TAACTTAA-ATATTTAACTAATCGATAGTGTTTATAA-TTAA-ATACATAATTAAACATGATTAA
196 TAACTTAATATAATTAAATAAT-GA-AATCTTT-TAACTTAATATA-ATAATT-AAC-T--TTAA
* * * *
49224939 -ATAATTTAAT-A-T-AATCATTTA-GTTTAATATAATTAAATAATTATATCTTTTAAATTAATA
253 TATAATTAAATAATTAAATCATTTACCTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATA
49224999 T-A-A-TTA-TT
318 TAACATTTACTT
*
49225007 TAATTTAATATAATTATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCA
1 TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCA
*
49225072 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT
66 TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT
49225137 AAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTT
131 AAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTT
* * *
49225202 TAACTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTA
196 TAACTTAATATAATTAAATAATGAAATCTTTTAACTTAATATAATAATTAACTTTAATATAATTA
* *
49225267 AATAATTAAATCTTTTACCTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATT
261 AATAATTAAATCATTTACCTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAA-CATT
49225332 TACTT
325 TACTT
* *
49225337 TAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTA
1 T-A-AT--TT-AAT-A-T-AATCATTTAA-TTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTA
49225402 ATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
57 ATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
49225440 CTTTTACCTT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 27, Indels: 30
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 4 0.01
321 9 0.02
322 2 0.01
323 6 0.02
324 22 0.06
325 232 0.60
326 12 0.03
328 1 0.00
329 3 0.01
330 3 0.01
331 1 0.00
332 2 0.01
334 2 0.01
335 3 0.01
336 1 0.00
337 1 0.00
338 8 0.02
339 72 0.19
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (329 bp):
TAATTTAATATAATCATTTAATTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCA
TTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATT
AAATAATTAAATCTTTTAACTTAATATAATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTTT
TAACTTAATATAATTAAATAATGAAATCTTTTAACTTAATATAATAATTAACTTTAATATAATTA
AATAATTAAATCATTTACCTTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAATTAATATAACATTT
ACTT
Found at i:49225070 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49224983--49225426 Score: 105
Period size: 18 Copynumber: 27.1 Consensus size: 18
49224973 AAATAATTAT
*
49224983 ATCTTTTAAATTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225001 AT-TATTTAATTTAATATA
1 ATCT-TTTAACTTAATATA
*
49225019 AT-TATTTAATTTAATATA
1 ATCT-TTTAACTTAATATA
*
49225037 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225050 ATCTTTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225068 ATCATTT-ACTTTAATATA
1 ATCTTTTAAC-TTAATATA
*
49225086 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225099 ATC-TTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225116 ATCATTT-ACTTTAATATA
1 ATCTTTTAAC-TTAATATA
*
49225134 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225147 ATCTTTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225165 ATCATTT-ACTTTAATATA
1 ATCTTTTAAC-TTAATATA
*
49225183 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225196 ATCTTTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225214 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225227 ATCTTTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225245 ATCATTT-ACTTTAATATA
1 ATCTTTTAAC-TTAATATA
*
49225263 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
*
49225276 ATCTTTTACCTTAAATATA
1 ATCTTTTAACTT-AATATA
*
49225295 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225308 ATCTTTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225326 ATCATTT-ACTTTAATATA
1 ATCTTTTAAC-TTAATATA
*
49225344 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225357 ATCTTTTAACTTAAATATA
1 ATCTTTTAACTT-AATATA
*
49225376 A----TTAA-ATAAT-TAA
1 ATCTTTTAACTTAATAT-A
49225389 ATCTTTTAACTTAATATA
1 ATCTTTTAACTTAATATA
*
49225407 ATCATTT-ACTTTAATATA
1 ATCTTTTAAC-TTAATATA
49225425 AT
1 AT
49225427 TAAATAATTA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 26, Indels: 154
0.64 0.05 0.31
Matches are distributed among these distances:
12 9 0.03
13 52 0.16
14 20 0.06
15 12 0.04
16 4 0.01
17 52 0.16
18 156 0.48
19 16 0.05
20 2 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
ATCTTTTAACTTAATATA
Found at i:49225161 original size:31 final size:28
Alignment explanation
Indices: 49225126--49225408 Score: 128
Period size: 31 Copynumber: 10.4 Consensus size: 28
49225116 ATCATTTACT
49225126 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
*
49225157 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * *
49225179 TATAAT-TAAATAATTAAAT-CTTTTAAC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
49225206 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
*
49225237 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * * *
49225259 TATAAT-TAAATAATTAAAT-CTTTTACC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
49225286 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TT-AATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
*
49225318 TTAATATAA-T-CAT--TTAC-TTTAA-
1 TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
* * *
49225340 TATAAT-TAAATAATTAAAT-CTTTTAAC
1 T-TAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
49225367 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TT-AATATAATTAAATAATT--A-CTTTTAAC
49225399 TTAATATAAT
1 TTAATATAAT
49225409 CATTTACTTT
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 23, Indels: 76
0.66 0.08 0.26
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.06
23 30 0.16
24 6 0.03
25 6 0.03
26 23 0.12
27 25 0.13
28 20 0.10
29 6 0.03
30 3 0.02
31 41 0.21
32 19 0.10
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
TTAATATAATTAAATAATTACTTTTAAC
Found at i:49225293 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 49225244--49225327 Score: 123
Period size: 32 Copynumber: 2.7 Consensus size: 30
49225234 AACTTAATAT
*
49225244 AATCATTTACTTTAATATAATTAAATAATTA
1 AATCTTTTAC-TTAATATAATTAAATAATTA
49225275 AATCTTTTACCTTAAATATAATTAAATAATTA
1 AATCTTTTA-CTT-AATATAATTAAATAATTA
49225307 AATCTTTTAACTTAATATAAT
1 AATCTTTT-ACTTAATATAAT
49225328 CATTTACTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 6
0.88 0.02 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 18 0.37
32 30 0.61
33 1 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (30 bp):
AATCTTTTACTTAATATAATTAAATAATTA
Found at i:49225374 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 49225336--49225408 Score: 137
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
49225326 ATCATTTACT
49225336 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
49225367 TTAAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
1 TT-AATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
49225399 TTAATATAAT
1 TTAATATAAT
49225409 CATTTACTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 10 0.24
32 31 0.76
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (31 bp):
TTAATATAATTAAATAATTAAATCTTTTAAC
Found at i:49225522 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49225501--49225552 Score: 68
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
49225491 ATTAAACATG
49225501 ATTAAATAATTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
** *
49225519 ATTATTTAGTTTAATATA
1 ATTAAATAATTTAATATA
49225537 ATTAAATAATTATAAT
1 ATTAAATAATT-TAAT
49225553 TAAGCTGATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 1
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 23 0.85
19 4 0.15
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATTAAATAATTTAATATA
Found at i:49230163 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 49230065--49230615 Score: 474
Period size: 41 Copynumber: 13.4 Consensus size: 41
49230055 GCTTATTTAT
* * * *
49230065 AAAAGCGCCGCTAATAACCTGACCTTTAGCGGCGCTTTA-T
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
* * *
49230105 ATATAAGCGCTGCTAATGACCCGAACTTTAGCGGCTCTTGAGG
1 A-A-AAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
*
49230148 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTTAGCGGCGCTTGAATG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACC-TTTAGCGGCGCTTG-AGG
* *
49230191 -AAAGCGCCGCTAAATGACCCTACCTTTAGCGGCACTTGAGG
1 AAAAGCGCCGCT-AATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
* * * * *
49230232 GAAAGCGTCGCTAATGACCCGACCCTTTCGTGGCGCTTCAGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGA-CCTTTAGCGGCGCTTGAGG
* * ** *
49230274 GAAAGCGCCGCTAATGATCATACCTTTAGCGGCGCTTGAGT
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
* * *
49230315 TAAAGCGCCGCTAATTACCTGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
* * * * *
49230356 GAAAGCGTCGCTAATTACCCTACCTTTAGCGGCGTATTAGAGG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCG-CTT-GAGG
** * *
49230399 --AAGCGCCGCTAATGACTTGAACTTTAGCGGCGCTTG-TG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
* *
49230437 ATAAAGCGCCGCTAATGACCCCACCTTTAGCGGCGCTTGTGGG
1 A-AAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTG-AGG
* * **
49230480 TAAAGCGCCGCTAATGACCCCACCTTTAGCGGCGCTT-TTG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
** *** * *
49230520 TTAAGCGCCGCTAATG-CTTTACCTTTTGCGGCGCATT-AAG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGC-TTGAGG
*** * *
49230560 AAAAGCGCCGCTAATG-CTTTACCTTTTGCGGCGCATT-AAG
1 AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGC-TTGAGG
49230600 AAAAGCGCCGCTAATG
1 AAAAGCGCCGCTAATG
49230616 CTTTACCTTT
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 64, Indels: 32
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.00
39 15 0.03
40 76 0.18
41 170 0.39
42 150 0.35
43 19 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
AAAAGCGCCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGG
Found at i:49232725 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 49232661--49232725 Score: 89
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
49232651 GATATGAGAA
*
49232661 AATTGAATCAAAATTAAAGTTTCATGTATAT
1 AATTGAATCAAAATTAAAATTTCATGTATAT
*
49232692 AATTGAA-CAAAATTAAAATTT-GTGTATAT
1 AATTGAATCAAAATTAAAATTTCATGTATAT
*
49232721 GATTG
1 AATTG
49232726 CACATTGAGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.35
30 13 0.42
31 7 0.23
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
AATTGAATCAAAATTAAAATTTCATGTATAT
Found at i:49235802 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 49235744--49235806 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
49235734 ATAGCCTATT
*
49235744 ATATTTATAAAGTATTTATTTTTTAA
1 ATATTAATAAAGTATTTA-TTTTTAA
* *
49235770 A-AATAATAAAGTGTTTA-TTTTAA
1 ATATTAATAAAGTATTTATTTTTAA
*
49235793 ATATTGATAAAGTA
1 ATATTAATAAAGTA
49235807 AAATGAGTAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 4
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.23
24 9 0.30
25 13 0.43
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
ATATTAATAAAGTATTTATTTTTAA
Found at i:49248847 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 49248789--49248851 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
49248779 ATAGCCTATT
*
49248789 ATATTTATAAAGTATTTATTTTTTAA
1 ATATTAATAAAGTATTTA-TTTTTAA
* *
49248815 A-AATAATAAAGTGTTTA-TTTTAA
1 ATATTAATAAAGTATTTATTTTTAA
*
49248838 ATATTGATAAAGTA
1 ATATTAATAAAGTA
49248852 AAATGAGTAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 4
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.23
24 9 0.30
25 13 0.43
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
ATATTAATAAAGTATTTATTTTTAA
Found at i:49250697 original size:210 final size:210
Alignment explanation
Indices: 49250335--49250817 Score: 754
Period size: 210 Copynumber: 2.3 Consensus size: 210
49250325 AGCTTAAGTT
* * * * *
49250335 TTTGAATTTAAGATGGTGCAATAGTCTGAGGAGAT-TTCCAACCAAAATTGGATTGGAATCTCTT
1 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAG-TCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTT
* * * *
49250399 GAGGTATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAACGCTTTCCAGAGATTGATGGCAAAATGGA
65 GAAGAATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGACAAAATGGA
*
49250464 ATGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
130 ATGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
*
49250529 TCAGAAGACTT-AAACG
195 TCAAAAGACTTGAAA-G
49250545 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
* * *
49250610 AAGAATTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGATAAGATGGAA
66 AAGAATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGACAAAATGGAA
49250675 TGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
131 TGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
*
49250740 CAAAAGACTTGAAAT
196 CAAAAGACTTGAAAG
* * ** *
49250755 TTTGAATTTAAGCGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATTGAAATTGGAATTGAATCTCT
1 TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCT
49250818 GCGAAAGCTT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 20, Indels: 4
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
209 1 0.00
210 247 0.98
211 3 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (210 bp):
TTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
AAGAATTAATTCTTTCAGATTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGACAAAATGGAA
TGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTAAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
CAAAAGACTTGAAAG
Found at i:49254048 original size:16 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49254010--49254049 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
49254000 ATCCAATATT
*
49254010 TATTTACATATTTAGTTTT
1 TATTTACATATTTAGTTTA
49254029 TATTTA-AT-TTTA-TTTA
1 TATTTACATATTTAGTTTA
49254045 TATTT
1 TATTT
49254050 TTATCTTTTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.40
17 4 0.20
18 2 0.10
19 6 0.30
ACGTcount: A:0.28, C:0.03, G:0.03, T:0.68
Consensus pattern (19 bp):
TATTTACATATTTAGTTTA
Found at i:49261461 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 49261417--49261544 Score: 116
Period size: 23 Copynumber: 5.4 Consensus size: 23
49261407 TGCTGGGCAA
*
49261417 CAGAGAGCACACACAA-TGCTAAAT
1 CAGAGAGCACACA-AAGTACT-AAT
* *
49261441 -AGAGAGTATACAAAGTACTAAT
1 CAGAGAGCACACAAAGTACTAAT
*
49261463 CAGAGAGCACACAAAGTGCTAAT
1 CAGAGAGCACACAAAGTACTAAT
*
49261486 CAGAGAGAGCACACAAAGTGCTAAT
1 C--AGAGAGCACACAAAGTACTAAT
* * *
49261511 CAGAGAGCACATACAGTGCTAAT
1 CAGAGAGCACACAAAGTACTAAT
49261534 AACAGAGAGCA
1 --CAGAGAGCA
49261545 TGAGACGTGC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 8, Indels: 11
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.06
23 53 0.59
25 32 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.20, G:0.21, T:0.14
Consensus pattern (23 bp):
CAGAGAGCACACAAAGTACTAAT
Found at i:49261560 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 49261415--49261565 Score: 97
Period size: 23 Copynumber: 6.4 Consensus size: 23
49261405 AGTGCTGGGC
* *
49261415 AACAGAGAGCACACACAATGCTA
1 AACAGAGAGCACAGACAGTGCTA
* * * * * *
49261438 AATAGAGAGTATACAAAGTACTA
1 AACAGAGAGCACAGACAGTGCTA
* * *
49261461 ATCAGAGAGCACACAAAGTGCTA
1 AACAGAGAGCACAGACAGTGCTA
* * *
49261484 ATCAGAGAGAGCACACAAAGTGCTA
1 A--ACAGAGAGCACAGACAGTGCTA
* *
49261509 ATCAGAGAGCACATACAGTGCTAA
1 AACAGAGAGCACAGACAGTGCT-A
*
49261533 TAACAGAGAGCATGAGAC-GTGCTA
1 -AACAGAGAGCA-CAGACAGTGCTA
49261557 AACAGAGAG
1 AACAGAGAG
49261566 AGTGCTAGTG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 20, Indels: 10
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 62 0.60
24 2 0.02
25 36 0.35
26 3 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.19, G:0.23, T:0.14
Consensus pattern (23 bp):
AACAGAGAGCACAGACAGTGCTA
Found at i:49261565 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 49261417--49261544 Score: 154
Period size: 48 Copynumber: 2.7 Consensus size: 48
49261407 TGCTGGGCAA
* * * *
49261417 CAGAGAGCACACACAA-TGCT-A-AATAGAGAGTATACAAAGTACTAAT
1 CAGAGAGCACACA-AAGTGCTAATAACAGAGAGCACACAAAGTGCTAAT
* *
49261463 CAGAGAGCACACAAAGTGCTAATCAGAGAGAGCACACAAAGTGCTAAT
1 CAGAGAGCACACAAAGTGCTAATAACAGAGAGCACACAAAGTGCTAAT
* *
49261511 CAGAGAGCACATACAGTGCTAATAACAGAGAGCA
1 CAGAGAGCACACAAAGTGCTAATAACAGAGAGCA
49261545 TGAGACGTGC
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
45 2 0.03
46 17 0.24
47 1 0.01
48 50 0.71
ACGTcount: A:0.45, C:0.20, G:0.21, T:0.14
Consensus pattern (48 bp):
CAGAGAGCACACAAAGTGCTAATAACAGAGAGCACACAAAGTGCTAAT
Found at i:49264305 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 49264273--49264328 Score: 112
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
49264263 ACGTGGATTG
49264273 CCACGTGGATGTCATGTCAACAGGTAAT
1 CCACGTGGATGTCATGTCAACAGGTAAT
49264301 CCACGTGGATGTCATGTCAACAGGTAAT
1 CCACGTGGATGTCATGTCAACAGGTAAT
49264329 TAACTTTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 28 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (28 bp):
CCACGTGGATGTCATGTCAACAGGTAAT
Found at i:49264966 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 49264944--49264986 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
49264934 TATAAATATT
49264944 AAAAAAA-TTAAAAAATAGA
1 AAAAAAAGTTAAAAAATAGA
* *
49264963 AAAAAAAGTTTAAAATTAGA
1 AAAAAAAGTTAAAAAATAGA
49264983 AAAA
1 AAAA
49264987 TTGTTCATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.33
20 14 0.67
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.07, T:0.19
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAGTTAAAAAATAGA
Found at i:49266811 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 49266784--49266812 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
49266774 TTCAATCCAA
49266784 TCTTCAAGATAAATT
1 TCTTCAAGATAAATT
49266799 TCTTCAA-ATAAATT
1 TCTTCAAGATAAATT
49266813 GAACTTCATA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.50
15 7 0.50
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
TCTTCAAGATAAATT
Found at i:49282553 original size:210 final size:209
Alignment explanation
Indices: 49282185--49282807 Score: 867
Period size: 210 Copynumber: 3.0 Consensus size: 209
49282175 TCTTACGAGG
* * *
49282185 CTTAAGCTTTTGAATTTAAGAGGATGCAAAAGTCTGAGGAGTTTTCCGACCAAAATTGGAATGGG
1 CTTAAACTTTTGAATTTAAGAGGATGCAAAAGTCTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGGA
* * *
49282250 GTCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAAACTTCAAAGCTTTCCAGAGATTAATGGGA
66 GTCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAAATTTCAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGAA
* *
49282315 AAATGGAACGTTTGTTAGAGCTTTGTTTTGATGGGACAACCATTAAAGAGCTACCTTCTTCAATT
131 AAATGGAATGTTTGTT-GAGCTTTGTTTTGATGGGACAAACATTAAAGAGCTACCTTCTTCAATT
49282380 GGAAATCTCAGAAGA
195 GGAAATCTCAGAAGA
* *
49282395 CTTAAACTTTTGAATTTAAGAGGGTGCAAAAATCTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGGA
1 CTTAAACTTTTGAATTTAAGAGGATGCAAAAGTCTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGGA
49282460 GTCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAAATTTCAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGAA
66 GTCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAAATTTCAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGAA
49282525 AAATGGAATGTTTGTTGGAGCTTTGTTTTGATGGGACAAACATTAAAGAGCTACCTTCTTCAATT
131 AAATGGAATGTTTGTT-GAGCTTTGTTTTGATGGGACAAACATTAAAGAGCTACCTTCTTCAATT
49282590 GGAAATCTCAGAAGA
195 GGAAATCTCAGAAGA
* * * *
49282605 CTTAAACTTTTGAATTTAA-AAGACTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAATCAAAATTGGAATGG
1 CTTAAACTTTTGAATTTAAGAGGA-TGCAAAAGTCTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGG
* * * * *
49282669 AATCTCTTGAAATA-TTTACTCTTTCAGGTTGCTC-AAATCTTAAAAACTTTCCAGAGATTGATG
65 AGTCTCTTGAAA-AGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAAAT-TTCAAAGCTTTCCAGAGATTGATG
* * * * * * * * * * * * *
49282732 GTAAGATAGG-ATGTCTGCTAAGGCTTTATTTAGATGGGACAAGCATTGAACAACTTCCCTCTTC
128 GAAAAAT-GGAATGTTTGTTGA-GCTTTGTTTTGATGGGACAAACATTAAAGAGCTACCTTCTTC
49282796 AATTGGAAATCT
191 AATTGGAAATCT
49282808 GAGCAGTCTT
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 35, Indels: 10
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
209 7 0.02
210 363 0.97
211 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (209 bp):
CTTAAACTTTTGAATTTAAGAGGATGCAAAAGTCTGAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGGA
GTCTCTTGAAAAGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAAATTTCAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGAA
AAATGGAATGTTTGTTGAGCTTTGTTTTGATGGGACAAACATTAAAGAGCTACCTTCTTCAATTG
GAAATCTCAGAAGA
Found at i:49284337 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49284303--49284338 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
49284293 TCTACAGTAT
*
49284303 TATTAATAATTTTTATTTC
1 TATTAATAATATTTATTTC
49284322 TATTAA-AATATTTATTT
1 TATTAATAATATTTATTT
49284339 TGGATATATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.62
19 6 0.38
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (19 bp):
TATTAATAATATTTATTTC
Found at i:49286675 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 49286552--49286796 Score: 331
Period size: 43 Copynumber: 5.7 Consensus size: 44
49286542 CCGCAAAAAA
* * *
49286552 TAGCGGCGCTTTT-ACCACAAGTGCCGCTAAAGGCCATGTTCTT
1 TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGACCATGTTCTT
* * *
49286595 TAGCGGCGCTTTTTTCCACAAGCGCCGCTAAAGATCATGTTCGT
1 TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGACCATGTTCTT
* *
49286639 TAGCGGCG-TTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAAATCATGTTCTT
1 TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGACCATGTTCTT
* * *
49286682 TACCGGCGCATTT-TCCACAAGCGCCGCGAAAGACCATGTTCTT
1 TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGACCATGTTCTT
* *
49286725 TAG-GGCGC-TTTCTCCACAAGCGCCACTAAAGGCCATGTTCTT
1 TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGACCATGTTCTT
49286767 TAGCGGCGC-TTTCTCCACAAGCGCCGCTAA
1 TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAA
49286797 TATAACAGAT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 18, Indels: 8
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 3 0.02
42 35 0.19
43 106 0.59
44 36 0.20
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (44 bp):
TAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGACCATGTTCTT
Found at i:49286765 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 49286552--49286793 Score: 335
Period size: 85 Copynumber: 2.8 Consensus size: 85
49286542 CCGCAAAAAA
*
49286552 TAGCGGCGCTTT-TACCACAAGTGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTTCCACAA
1 TAGCGGCGCTTTCT-CCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGC--TTTTCCACAA
* *
49286616 GCGCCGCTAAAGATCATGTTCGT
63 GCGCCGCGAAAGACCATGTTCGT
* *** *
49286639 TAGCGGCGTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAAATCATGTTCTTTACCGGCGCATTTTCCACAAGC
1 TAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGC-TTTTCCACAAGC
*
49286704 GCCGCGAAAGACCATGTTCTT
65 GCCGCGAAAGACCATGTTCGT
*
49286725 TAG-GGCGCTTTCTCCACAAGCGCCACTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGC
1 TAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTT-TCCACAAGC
49286789 GCCGC
65 GCCGC
49286794 TAATATAACA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 16, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 3 0.02
85 56 0.41
86 33 0.24
87 44 0.32
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (85 bp):
TAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTCCACAAGCG
CCGCGAAAGACCATGTTCGT
Found at i:49286785 original size:128 final size:130
Alignment explanation
Indices: 49286555--49286796 Score: 373
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 130
49286545 CAAAAAATAG
* * * *
49286555 CGGCGCTTTTACCACAAGTGCCGCTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTTTCCACAAGCGC
1 CGGCGCTTTTACCACAAGCGCCGCGAAAGACCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGC
* * *
49286620 CGCTAAAGATCATGTTCGTTAGCGGCGTTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAAATCATGTTCTTTAC
66 CACTAAAGACCATGTTCGTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAAATCATGTTCTTTAC
49286685 CGGCGCATTTT-CCACAAGCGCCGCGAAAGACCATGTTCTTTAG-GGCGC-TTTCTCCACAAGCG
1 CGGCGC-TTTTACCACAAGCGCCGCGAAAGACCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCG
* *
49286747 CCACTAAAGGCCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAA
65 CCACTAAAGACCATGTTCGTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAA
49286797 TATAACAGAT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 9, Indels: 4
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
128 58 0.57
129 5 0.05
130 35 0.34
131 4 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (130 bp):
CGGCGCTTTTACCACAAGCGCCGCGAAAGACCATGTTCTTTAGCGGCGCTTTTCTCCACAAGCGC
CACTAAAGACCATGTTCGTTAGCGGCGCTTTCTCCACAAGCGCCGCTAAAAATCATGTTCTTTAC
Found at i:49287109 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 49287093--49287130 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
49287083 TTCCTTCGCT
49287093 TGCCTCGCTGC
1 TGCCTCGCTGC
49287104 TGCCTC-C-GC
1 TGCCTCGCTGC
49287113 TTGCCTCGCTGC
1 -TGCCTCGCTGC
49287125 TGCCTC
1 TGCCTC
49287131 CACTTTAAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 2 0.08
10 7 0.29
11 13 0.54
12 2 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.47, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (11 bp):
TGCCTCGCTGC
Found at i:49287114 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49287089--49287131 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
49287079 CAGCTTCCTT
49287089 CGCTTGCCTCGCTGCTGCCTC
1 CGCTTGCCTCGCTGCTGCCTC
49287110 CGCTTGCCTCGCTGCTGCCTC
1 CGCTTGCCTCGCTGCTGCCTC
49287131 C
1 C
49287132 ACTTTAAGTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.49, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
CGCTTGCCTCGCTGCTGCCTC
Found at i:49287231 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 49287121--49287273 Score: 236
Period size: 65 Copynumber: 2.3 Consensus size: 66
49287111 GCTTGCCTCG
* * * *
49287121 CTGCTGCCTCCACTTTAAGTTGTAGGTGGAGTTCTTCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
49287186 A
66 A
*
49287187 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTT-TAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGCCTCTGCTTCTCTC
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
*
49287251 G
66 A
*
49287252 CTGCAGCCTCCTTTTTAAGTTG
1 CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTG
49287274 AGCAATTTGC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 7, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 60 0.76
66 19 0.24
ACGTcount: A:0.15, C:0.24, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (66 bp):
CTGCAGCCTCCTCTTTAAGTTGTAGATGGAGTTCATCATATTTTTTTTGAGACTCTGCTTCTCTC
A
Found at i:49291654 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 49291605--49291668 Score: 110
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
49291595 TTGATTTAAA
49291605 TTTAAAAATATATATTAGTGACAACATTTTAC
1 TTTAAAAATATATATTAGTGACAACATTTTAC
*
49291637 TTTAAAATATATATATTAGTGACAATATTTTA
1 TTTAAAA-ATATATATTAGTGACAACATTTTA
49291669 AATTAAATAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.23
33 23 0.77
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (32 bp):
TTTAAAAATATATATTAGTGACAACATTTTAC
Found at i:49291675 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 49291599--49291675 Score: 109
Period size: 33 Copynumber: 2.3 Consensus size: 32
49291589 TATAAATTGA
49291599 TTTAAATTTAAAAATATATATTAGTGACAACAT
1 TTTAAA-TTAAAAATATATATTAGTGACAACAT
** *
49291632 TTTACTTTAAAATATATATATTAGTGACAATAT
1 TTTAAATTAAAA-ATATATATTAGTGACAACAT
49291665 TTTAAATTAAA
1 TTTAAATTAAA
49291676 TATTTAATTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 2
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 6 0.16
33 32 0.84
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
TTTAAATTAAAAATATATATTAGTGACAACAT
Found at i:49291838 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49291815--49291877 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 3.5 Consensus size: 18
49291805 AATTAAATAC
49291815 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAACATAATTAA
* * *
49291833 ATAATTTACCATAATTAT
1 ATAATTAAACATAATTAA
* * * *
49291851 TTACTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAACATAATTAA
49291869 ATAATTAAA
1 ATAATTAAA
49291878 TATTTTAAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 11, Indels: 0
0.76 0.24 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 34 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAACATAATTAA
Found at i:49291856 original size:112 final size:112
Alignment explanation
Indices: 49291709--49292407 Score: 1222
Period size: 112 Copynumber: 6.2 Consensus size: 112
49291699 ACAATTAAAT
** *
49291709 ACATAATTAAACATAATTTAATATAGTTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAA
1 ACATAATT-AA-ATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAA
*
49291774 ATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
64 ATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
49291823 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
1 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
49291888 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
66 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
49291935 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
1 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
49292000 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
66 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
49292047 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
1 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
49292112 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
66 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
** * *
49292159 ACATAATTAAATAATTTAATATAGTTATTTACTTAAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
1 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
*
49292224 TAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
66 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
* * * * *
49292271 ACATAATTAATTGATTTACTATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAAT
1 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
* *
49292336 TAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
66 TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
49292383 ACATAATTAAATAATTTA--ATAATTA
1 ACATAATTAAATAATTTACCATAATTA
49292408 AATATTTTAA
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 21, Indels: 4
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
110 7 0.01
112 547 0.97
113 2 0.00
114 8 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (112 bp):
ACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAAT
TAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAA
Found at i:49292221 original size:44 final size:46
Alignment explanation
Indices: 49292141--49292238 Score: 121
Period size: 44 Copynumber: 2.1 Consensus size: 46
49292131 TACTGTTTAC
*
49292141 AATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTT-AATATAGTTATTT
1 AATTAAAT--ATAATTAAACATAATTAAATAATTTAAAT-TAATTATTT
* *
49292189 ACTTAAATATAATT-AA-ATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTT
1 AATTAAATATAATTAAACATAATTAAATAATTTAAATTAATTATTT
49292233 AATTAA
1 AATTAA
49292239 TTGATACTGT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 6
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
44 27 0.60
45 5 0.11
46 6 0.13
48 7 0.16
ACGTcount: A:0.52, C:0.03, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (46 bp):
AATTAAATATAATTAAACATAATTAAATAATTTAAATTAATTATTT
Found at i:49292398 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 49292343--49292476 Score: 120
Period size: 46 Copynumber: 3.1 Consensus size: 45
49292333 AATTAAATAT
*
49292343 TTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
1 TTAAATAATT-GTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
* ** * ** *
49292389 TTAAATAATT-TAATAATTA-AA-T-ATTTTA-AATT-AA-ATAT
1 TTAAATAATTGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
*
49292427 TTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
1 TTAAATAATTG-TACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
49292473 TTAA
1 TTAA
49292477 TTGATTTAAT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 16, Indels: 16
0.67 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
38 12 0.19
39 2 0.03
40 10 0.16
41 5 0.08
42 2 0.03
43 5 0.08
44 10 0.16
45 2 0.03
46 16 0.25
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (45 bp):
TTAAATAATTGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
Found at i:49292406 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 49292385--49292436 Score: 70
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
49292375 ATAATTAAAC
49292385 ATAATTAAATAATTTA
1 ATAATTAAAT-ATTTA
*
49292401 ATAATTAAATATTTT
1 ATAATTAAATATTTA
49292416 A-AATTAAATATTTA
1 ATAATTAAATATTTA
49292430 ATTAATT
1 A-TAATT
49292437 GATACTGTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 13 0.41
15 5 0.16
16 14 0.44
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
ATAATTAAATATTTA
Found at i:49292418 original size:196 final size:196
Alignment explanation
Indices: 49292197--49292599 Score: 752
Period size: 196 Copynumber: 2.1 Consensus size: 196
49292187 TTACTTAAAT
* *
49292197 ATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
1 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
*
49292262 CATAATTAAACATAATTAATTGATTTACTATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
66 CATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
49292327 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
131 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
49292392 A
196 A
49292393 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
1 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
* *
49292458 CATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTAGTTTAGTATAATTAAATAATTAAAT
66 CATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
*
49292523 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
131 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
49292588 A
196 A
49292589 ATAATTTAATA
1 ATAATTTAATA
49292600 TAATTATTTT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 6, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
196 201 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (196 bp):
ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
CATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
A
Found at i:49292431 original size:308 final size:308
Alignment explanation
Indices: 49292080--49292711 Score: 1084
Period size: 308 Copynumber: 2.0 Consensus size: 308
49292070 ATTATTTACT
*
49292080 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
1 TTAA-ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
*
49292145 AAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAGTTATTTACTTAAATATAATTAAATAAT
65 AAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTAAATATAATTAAATAAT
* * *
49292210 TAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACAT
130 TAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACAT
* * *
49292275 AATTAATTGATTTACTATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAA
195 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAA
49292340 TATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
260 TATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
49292389 TTAAATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTA
1 TTAAATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTA
* * * * *
49292454 AATACATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTAGTTTAGTATAATTAAATAATT
66 AATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTAAATATAATTAAATAATT
* * *
49292519 AAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATA
131 AAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATA
**
49292584 ATTAAATAATTTAATATAATTATTTTGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAAT
196 ATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAAT
*
49292649 ATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAA
261 ATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
49292697 TTAAATAATTTAATA
1 TTAAATAATTTAATA
49292712 TAATTATTTA
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 19, Indels: 1
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
308 300 0.99
309 4 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (308 bp):
TTAAATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTA
AATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTAAATATAATTAAATAATT
AAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATA
ATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAAT
ATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
Found at i:49292432 original size:420 final size:422
Alignment explanation
Indices: 49291968--49292747 Score: 1296
Period size: 420 Copynumber: 1.9 Consensus size: 422
49291958 ATTATTTACT
49291968 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
*
49292033 AAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTACCATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAAT
66 AAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAACATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAAT
* *
49292098 TAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACAT
131 TAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACAT
* * *
49292163 AATTAAATAATTTAATATAGTTATTTACTTAAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAT
196 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTAAATATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAA
* * * *
49292228 TATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAATTGATTTACTAT
261 TATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
49292293 AATTATTTA-CTTTAATATAATTAAATAATT-AAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGT
326 AATTATTTAGC-TTAATATAATTAAATAATTCAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGT
49292356 ACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
390 ACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
*
49292389 TTAA-ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
1 TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
* * * * *
49292453 AAATACATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTAGTTTAGTATAATTAAATAAT
66 AAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAACATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAAT
* * *
49292518 TAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACAT
131 TAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACAT
** * *
49292583 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTTGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAA
196 AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTAAATATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAA
* *
49292648 TATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
261 TATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
*
49292713 AATTATTTAGCTTAATATAATTAAATCATTCAAAT
326 AATTATTTAGCTTAATATAATTAAATAATTCAAAT
49292748 TAAATTTTTA
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 26, Indels: 4
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
420 322 0.97
421 9 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (422 bp):
TTAATATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATT
AAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAACATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAAT
TAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACAT
AATTAAATAATTTAATATAATTATTTACTTAAATATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAA
TATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAT
AATTATTTAGCTTAATATAATTAAATAATTCAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTA
CTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAA
Found at i:49292464 original size:112 final size:110
Alignment explanation
Indices: 49292365--49292785 Score: 400
Period size: 112 Copynumber: 3.8 Consensus size: 110
49292355 TACTGTTTAC
* *
49292365 AATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTA
1 AATTAAATACATAATT-AACATAATTAAATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAATATTTA
* *
49292430 ATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
65 AGTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
* ** * * *
49292476 ATTGATTTAAT--ATAATT-ATTTAGTTTAGTATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATA
1 A---ATTAAATACATAATTAACATA-ATTA-AATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAATA
*
49292538 TTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
61 TTTAAGTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
* * *** ** *
49292588 AA-TAATTTAATATAATTATTTTGTTTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATT
1 AATTAA-AT-ACATAATTAACATAATTAA-ATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAATATT
*
49292652 TAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAAC---A-T-
63 TAAGTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
* ** * * *
49292695 AATTAAATA-AT--TTAATATAATTATTTAGCTTAATATAATTAAATCAT-TCAAATTAAATTTT
1 AATTAAATACATAATTAACATAATTAAATA-ATTAA-ATAATTAAAT-ATATTAAATTAAATATT
*
49292756 TAATTAATTGATACTGTTTATAATTAAATA
63 TAAGTAATTGATACTGTTTATAATTAAATA
49292786 TAAAATCATT
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 29, Indels: 37
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
102 2 0.01
103 12 0.05
104 50 0.19
105 3 0.01
106 1 0.00
107 3 0.01
108 6 0.02
109 3 0.01
110 3 0.01
111 4 0.02
112 170 0.64
113 3 0.01
114 6 0.02
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (110 bp):
AATTAAATACATAATTAACATAATTAAATAATTAAATAATTAAATATATTAAATTAAATATTTAA
GTAATTGATACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
Found at i:49292484 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 49292304--49292487 Score: 296
Period size: 84 Copynumber: 2.2 Consensus size: 84
49292294 ATTATTTACT
* * *
49292304 TTAATATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATT
1 TTAA-ATAATTTAATAATTAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATT
49292369 AAATACATAATTAAACATAA
65 AAATACATAATTAAACATAA
* *
49292389 TTAAATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTA
1 TTAAATAATTTAATAATTAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTA
49292454 AATACATAATTAAACATAA
66 AATACATAATTAAACATAA
* *
49292473 TTAATTGATTTAATA
1 TTAAATAATTTAATA
49292488 TAATTATTTA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 7, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
84 88 0.96
85 4 0.04
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (84 bp):
TTAAATAATTTAATAATTAAATATATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGATACTGTTTACAATTA
AATACATAATTAAACATAA
Found at i:49292492 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49292469--49292512 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
49292459 ATAATTAAAC
49292469 ATAATTAATTGA-TTTAAT
1 ATAATTAATTGAGTTTAAT
* *
49292487 ATAATT-ATTTAGTTTAGT
1 ATAATTAATTGAGTTTAAT
49292505 ATAATTAA
1 ATAATTAA
49292513 ATAATTAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.18
18 17 0.77
19 1 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTAATTGAGTTTAAT
Found at i:49292563 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 49292393--49292801 Score: 229
Period size: 54 Copynumber: 7.5 Consensus size: 54
49292383 ACATAATTAA
* * * *
49292393 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
* * *
49292447 ACAATTAAATACATAATTAAA-C-A-T-AATTAATTGATTTAATATAATT-AT-TTAGTTTAGT
1 ATAATT--A-A-ATAATTAAATCTATTAAATTAAAT-ATTTAA-ATAATTGATACT-G-TT--T
* *
49292505 ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
**
49292559 ATAATTAAATACATAATTAAA-C-A-T-AATTAAATAATTTAATATAATT-ATTTTGTTTAAT
1 ATAATT--A-A-ATAATTAAATCTATTAAATTAAAT-ATTTAA-ATAATTGATACTG-TT--T
* *
49292617 ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTT
1 ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
49292671 ATAATTAAATACATAATTAAA-C-A-T-AATTAAATAATTTAATATAA-T--TA---TTT
1 ATAATT--A-A-ATAATTAAATCTATTAAATTAAAT-ATTTAA-ATAATTGATACTGTTT
** * *
49292721 A-GCTTAATATAATTAAATC-ATTCAAATTAAATTTTTAATTAATTGATACTGTTT
1 ATAATTAA-ATAATTAAATCTATT-AAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
* *
49292775 ATAATTAAAT-ATAAAATC-ATTTAATTA
1 ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTA
49292802 TTTACTGGTT
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 30, Indels: 96
0.69 0.07 0.24
Matches are distributed among these distances:
46 10 0.04
47 3 0.01
48 4 0.01
49 8 0.03
50 12 0.04
51 2 0.01
52 5 0.02
53 12 0.04
54 67 0.24
55 36 0.13
56 39 0.14
57 24 0.09
58 56 0.20
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (54 bp):
ATAATTAAATAATTAAATCTATTAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
Found at i:49292594 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49292571--49292643 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 4.1 Consensus size: 18
49292561 AATTAAATAC
*
49292571 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
* *
49292589 ATAATTTAATATAATTAT
1 ATAATTAAATATAATTAA
* ** *
49292607 TTTGTTTAATATAATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
*
49292625 ATAATTAAATCT-ATTAA
1 ATAATTAAATATAATTAA
49292642 AT
1 AT
49292644 TAAATATTTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 12, Indels: 1
0.77 0.21 0.02
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.16
18 36 0.84
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAATATAATTAA
Found at i:49292678 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 49292625--49292784 Score: 121
Period size: 46 Copynumber: 3.2 Consensus size: 47
49292615 ATATAATTAA
* *
49292625 ATAATTAAATCTATT-AAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTT
1 ATAATTAAATCTATTAAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
*
49292671 ATAATTAAATACATAATTAAACATAATTAAATAATTTAATATAATT-ATTTAGCT-TAAT
1 ATAATTAAAT-C-T-ATT--A-A-AATTAAAT-ATTTAA-ATAATTGA--TA-CTGT-TT
* * *
49292729 ATAATTAAATC-ATTCAAATTAAATTTTTAATTAATTGATACTGTTT
1 ATAATTAAATCTATTAAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
49292775 ATAATTAAAT
1 ATAATTAAAT
49292785 ATAAAATCAT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 7, Indels: 32
0.70 0.05 0.25
Matches are distributed among these distances:
46 23 0.25
47 4 0.04
48 6 0.07
49 9 0.10
50 8 0.09
51 1 0.01
53 1 0.01
54 11 0.12
55 6 0.07
56 5 0.05
57 4 0.04
58 13 0.14
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (47 bp):
ATAATTAAATCTATTAAAATTAAATATTTAAATAATTGATACTGTTT
Found at i:49292689 original size:196 final size:196
Alignment explanation
Indices: 49292197--49292658 Score: 639
Period size: 196 Copynumber: 2.4 Consensus size: 196
49292187 TTACTTAAAT
* * * * * *
49292197 ATAATTAAATAATTAAATATTTTAAATTAATTATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
1 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATAATTAAATAATTAATACTGATTACAATTAAATA
* * * *
49292262 CATAATTAAACATAATTAATTGATTTACTATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
66 CATAAGTAAACATAATTAATTAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
49292327 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
131 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
49292392 A
196 A
* * * *
49292393 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATATTTAATTAATTGATACTGTTTACAATTAAATA
1 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATAATTAAATAATTAATACTGATTACAATTAAATA
* * * * *
49292458 CATAATTAAACATAATTAATTGATTTAATATAATTATTTAGTTTAGTATAATTAAATAATTAAAT
66 CATAAGTAAACATAATTAATTAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
*
49292523 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTATAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
131 CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
49292588 A
196 A
* **
49292589 ATAATTTAAT-A-TAATTATTTT-GTTTAATATAATTAAATAATTAA-ATCT-ATTA-AATTAAA
1 ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAA-ATAATTAAATAATTAATA-CTGATTACAATTAAA
**
49292648 TATTTAAGTAA
64 TACATAAGTAA
49292659 TTGGTACTGT
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 16, Indels: 8
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
192 15 0.06
193 8 0.03
194 24 0.10
195 1 0.00
196 200 0.81
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (196 bp):
ATAATTTAATAATTAAATATTTTAAATTAAATAATTAAATAATTAATACTGATTACAATTAAATA
CATAAGTAAACATAATTAATTAATTAAATATAATTATTTACTTTAATATAATTAAATAATTAAAT
CTATTAAATTAAATATTTAAGTAATTGGTACTGTTTACAATTAAATACATAATTAAACATAATTA
A
Found at i:49292706 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49292683--49292717 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
49292673 AATTAAATAC
49292683 ATAATTAAACATAATTAA
1 ATAATTAAACATAATTAA
* *
49292701 ATAATTTAATATAATTA
1 ATAATTAAACATAATTA
49292718 TTTAGCTTAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.03, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTAAACATAATTAA
Found at i:49295126 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 49295108--49295140 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
49295098 TTGGAGTGAA
49295108 GAGGGAACGGAGT
1 GAGGGAACGGAGT
*
49295121 GAGGGAATGGAGT
1 GAGGGAACGGAGT
49295134 GAGGGAA
1 GAGGGAA
49295141 ATAGAGAGAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.55, T:0.09
Consensus pattern (13 bp):
GAGGGAACGGAGT
Found at i:49295418 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 49295253--49295465 Score: 191
Period size: 41 Copynumber: 5.2 Consensus size: 41
49295243 AGCGGCGCTT
* * **
49295253 CCGCTAATGACCTGTCCTTTAGCGGCGCTT-ATTAGAAAGCG
1 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGA-GGGAAAGCG
* * *
49295294 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGTTTTAGGGTAAGCG
1 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCG
* * * * *
49295335 CCGCTAATGACCCGACATTTAACGGCGCTTGTGATG-AGGCG
1 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAG-GGAAAGCG
*
49295376 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCTCTTGAGGGAAAGCG
1 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCG
* *** * * *
49295417 CCACTAATG-CTTTACCTTTTGCAGCGCATT-AGGGAAAGTG
1 CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGC-TTGAGGGAAAGCG
49295457 CCGCTAATG
1 CCGCTAATG
49295466 CTTTACCTTT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 28, Indels: 9
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 30 0.21
41 108 0.77
42 2 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.27, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
CCGCTAATGACCCGACCTTTAGCGGCGCTTGAGGGAAAGCG
Found at i:49295451 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 49295407--49295483 Score: 127
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
49295397 GCGGCTCTTG
49295407 AGGGAAAGCGCCACTAATGCTTTACCTTTTGCAGCGCATT
1 AGGGAAAGCGCCACTAATGCTTTACCTTTTGCAGCGCATT
* * *
49295447 AGGGAAAGTGCCGCTAATGCTTTACCTTTTGCGGCGC
1 AGGGAAAGCGCCACTAATGCTTTACCTTTTGCAGCGC
49295484 TTTGTTTCCA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 34 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.26, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
AGGGAAAGCGCCACTAATGCTTTACCTTTTGCAGCGCATT
Found at i:49300452 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 49300435--49300463 Score: 58
Period size: 12 Copynumber: 2.4 Consensus size: 12
49300425 ATCTTCAAAA
49300435 TTTGTCATTATT
1 TTTGTCATTATT
49300447 TTTGTCATTATT
1 TTTGTCATTATT
49300459 TTTGT
1 TTTGT
49300464 ACCCTTTCCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.07, G:0.10, T:0.69
Consensus pattern (12 bp):
TTTGTCATTATT
Found at i:49303581 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 49303564--49303607 Score: 70
Period size: 12 Copynumber: 3.7 Consensus size: 12
49303554 GGGTTTTTTG
49303564 TTTATTTATTCA
1 TTTATTTATTCA
49303576 TTTATTTATTCA
1 TTTATTTATTCA
* *
49303588 CTTATTTATTTA
1 TTTATTTATTCA
49303600 TTTATTTA
1 TTTATTTA
49303608 CAAGTTTATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 29 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.07, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (12 bp):
TTTATTTATTCA
Found at i:49303600 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 49303531--49303605 Score: 89
Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
49303521 CTTTTCATGA
* *
49303531 ATTTATTTATTCATTTATTTTTAGGGTTTTTT
1 ATTTATTTATTCATTTATTTTTA-GCTTATTT
*
49303563 GTTTATTTATTCATTTATTTATTCA-CTTATTT
1 ATTTATTTATTCATTTATTT-TT-AGCTTATTT
49303595 ATTTATTTATT
1 ATTTATTTATT
49303606 TACAAGTTTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 34 0.92
33 2 0.05
34 1 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.05, T:0.68
Consensus pattern (31 bp):
ATTTATTTATTCATTTATTTTTAGCTTATTT
Found at i:49303619 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 49303564--49303607 Score: 61
Period size: 4 Copynumber: 11.0 Consensus size: 4
49303554 GGGTTTTTTG
* * *
49303564 TTTA TTTA TTCA TTTA TTTA TTCA CTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
49303608 CAAGTTTATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 34 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.07, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:49304542 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 49304499--49304578 Score: 151
Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 34
49304489 ACTTGCCGAT
49304499 GATCCCACGCATGGTTGTAAGGATTACATCCTAC
1 GATCCCACGCATGGTTGTAAGGATTACATCCTAC
*
49304533 GATCCCACGCATGGTTGTAAGGATTACATCCTAT
1 GATCCCACGCATGGTTGTAAGGATTACATCCTAC
49304567 GATCCCACGCAT
1 GATCCCACGCAT
49304579 CAATATGCTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 45 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (34 bp):
GATCCCACGCATGGTTGTAAGGATTACATCCTAC
Found at i:49307985 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 49307962--49308028 Score: 73
Period size: 18 Copynumber: 3.9 Consensus size: 16
49307952 AACAAATAAT
49307962 TTAAAAATTATAAAAAG
1 TTAAAAATTA-AAAAAG
49307979 ATTAAAAATTCAAAAAAG
1 -TTAAAAATT-AAAAAAG
*
49307997 -TAAAAATTAAAAAAT
1 TTAAAAATTAAAAAAG
49308012 TCATAAAAATTAAAAAA
1 T--TAAAAATTAAAAAA
49308029 AACAACATGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 1, Indels: 8
0.83 0.02 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.14
16 8 0.18
18 29 0.66
19 1 0.02
ACGTcount: A:0.69, C:0.03, G:0.03, T:0.25
Consensus pattern (16 bp):
TTAAAAATTAAAAAAG
Found at i:49308000 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 49307972--49308028 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
49307962 TTAAAAATTA
49307972 TAAAAAGATT-AAAAATTCA-AAAAAG
1 TAAAAA-ATTAAAAAATTCATAAAAAG
*
49307997 T-AAAAATTAAAAAATTCATAAAAAT
1 TAAAAAATTAAAAAATTCATAAAAAG
49308022 TAAAAAA
1 TAAAAAA
49308029 AACAACATGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 5
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 3 0.11
24 13 0.46
25 7 0.25
26 5 0.18
ACGTcount: A:0.70, C:0.04, G:0.04, T:0.23
Consensus pattern (26 bp):
TAAAAAATTAAAAAATTCATAAAAAG
Found at i:49308028 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 49307962--49308028 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 8.0 Consensus size: 8
49307952 AACAAATAAT
*
49307962 TTAAAAAT
1 TTAAAAAA
49307970 TATAAAAAGA
1 T-TAAAAA-A
49307980 TT-AAAAA
1 TTAAAAAA
49307987 TTCAAAAAA
1 TT-AAAAAA
*
49307996 GT-AAAAA
1 TTAAAAAA
49308003 TTAAAAAA
1 TTAAAAAA
49308011 TTCATAAAAA
1 TT-A-AAAAA
49308021 TTAAAAAA
1 TTAAAAAA
49308029 AACAACATGA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 14
0.74 0.05 0.21
Matches are distributed among these distances:
7 9 0.18
8 17 0.35
9 15 0.31
10 8 0.16
ACGTcount: A:0.69, C:0.03, G:0.03, T:0.25
Consensus pattern (8 bp):
TTAAAAAA
Found at i:49308711 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 49308674--49308705 Score: 64
Period size: 10 Copynumber: 3.2 Consensus size: 10
49308664 CATTGTCGAC
49308674 ATTTAATTTT
1 ATTTAATTTT
49308684 ATTTAATTTT
1 ATTTAATTTT
49308694 ATTTAATTTT
1 ATTTAATTTT
49308704 AT
1 AT
49308706 CAAATTGGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 22 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (10 bp):
ATTTAATTTT
Found at i:49308711 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 49308674--49308711 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
49308664 CATTGTCGAC
**
49308674 ATTTAATTTTATTTAATTTT
1 ATTTAATTTTATCAAATTTT
49308694 ATTTAATTTTATCAAATT
1 ATTTAATTTTATCAAATT
49308712 GGTATTAGAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (20 bp):
ATTTAATTTTATCAAATTTT
Found at i:49312217 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 49312204--49312233 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 5.8 Consensus size: 5
49312194 TAATTTTCAC
49312204 TTTACT TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTA
1 TTTA-T TTTAT TTTAT TTTAT TTTAT TTTA
49312234 ATTAGAATAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
5 20 0.83
6 4 0.17
ACGTcount: A:0.20, C:0.03, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (5 bp):
TTTAT
Found at i:49321369 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 49321312--49321370 Score: 59
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
49321302 AACAATAGGT
* *
49321312 TATA-TATTATTTTTCTAATATTA
1 TATATTATAATTTTTCTAATATCA
49321335 TATATTATAATTTTTACTAAT-TCA
1 TATATTATAATTTTT-CTAATATCA
*
49321359 TATTTTAATAAT
1 TATATT-ATAAT
49321371 AATTATATTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.13
24 16 0.53
25 10 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (24 bp):
TATATTATAATTTTTCTAATATCA
Found at i:49321623 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 49321602--49321657 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 3.5 Consensus size: 16
49321592 TGAATTACTG
*
49321602 ATTACAG-TCCTATTTC
1 ATTACAGCT-CTATTCC
49321618 ATTACAGCTCTATTCC
1 ATTACAGCTCTATTCC
*
49321634 ATTACA-CTTTTATTCC
1 ATTACAGC-TCTATTCC
49321650 ATTACAGC
1 ATTACAGC
49321658 GAACCAAACG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 5
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
16 32 0.91
17 2 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (16 bp):
ATTACAGCTCTATTCC
Found at i:49329988 original size:16 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49329950--49329989 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
49329940 ATCCAATATT
*
49329950 TATTTACATATTTAGTTTT
1 TATTTACATATTTAGTTTA
49329969 TATTTA-AT-TTTA-TTTA
1 TATTTACATATTTAGTTTA
49329985 TATTT
1 TATTT
49329990 TTATCTTTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.40
17 4 0.20
18 2 0.10
19 6 0.30
ACGTcount: A:0.28, C:0.03, G:0.03, T:0.68
Consensus pattern (19 bp):
TATTTACATATTTAGTTTA
Found at i:49334370 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 49334317--49334370 Score: 65
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
49334307 GATACTTTTT
*
49334317 AAAAAAAAGAAGACCAAATTAAAC
1 AAAAAAAAGAAGACCAAAGTAAAC
* *
49334341 TAAAAAAATAAGGACCAAAGT-AAC
1 AAAAAAAAGAA-GACCAAAGTAAAC
49334365 AAAAAA
1 AAAAAA
49334371 TGTAAACATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 17 0.68
25 8 0.32
ACGTcount: A:0.70, C:0.11, G:0.09, T:0.09
Consensus pattern (24 bp):
AAAAAAAAGAAGACCAAAGTAAAC
Found at i:49337185 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 49337159--49337287 Score: 159
Period size: 23 Copynumber: 5.5 Consensus size: 23
49337149 AGTACTGGGC
49337159 AACAGAGAGCACACACAGTGCTA
1 AACAGAGAGCACACACAGTGCTA
* * *
49337182 AACAGAGAGTACACAAAGTACTA
1 AACAGAGAGCACACACAGTGCTA
* * *
49337205 ATCAGAGAGCACAAAAAGTGCTA
1 AACAGAGAGCACACACAGTGCTA
*
49337228 ATCAGAGAGCACACACAGTGCTA
1 AACAGAGAGCACACACAGTGCTA
* *
49337251 ATCAGAGAGCACATACAGTGCTAA
1 AACAGAGAGCACACACAGTGCT-A
49337275 TAACAGAGAGCAC
1 -AACAGAGAGCAC
49337288 GCCAGTGTTC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 11, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
23 81 0.87
24 1 0.01
25 11 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.22, G:0.21, T:0.12
Consensus pattern (23 bp):
AACAGAGAGCACACACAGTGCTA
Found at i:49337234 original size:69 final size:68
Alignment explanation
Indices: 49337112--49337287 Score: 205
Period size: 69 Copynumber: 2.5 Consensus size: 68
49337102 TATACGGAAC
*
49337112 AAACAGAGAGTAC-CAAAGTACTAA-CAGAGAGCACATAAGTACTGGGCAACAGAGAGCACACAC
1 AAACAGAGAGTACACAAAGTACTAATCAGAGAGCACAAAAGTACT--G-AACAGAGAGCACACAC
49337175 AGTGCT
63 AGTGCT
*
49337181 AAACAGAGAGTACACAAAGTACTAATCAGAGAGCACAAAAAGTGCT-AATCAGAGAGCACACACA
1 AAACAGAGAGTACACAAAGTACTAATCAGAGAGCAC-AAAAGTACTGAA-CAGAGAGCACACACA
49337245 GTGCT
64 GTGCT
* * * * *
49337250 AATCAGAGAGCACATACAGTGCTAATAACAGAGAGCAC
1 AAACAGAGAGTACACAAAGTACTAAT--CAGAGAGCAC
49337288 GCCAGTGTTC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 7, Indels: 10
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
68 2 0.02
69 54 0.57
70 11 0.12
71 20 0.21
72 7 0.07
ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (68 bp):
AAACAGAGAGTACACAAAGTACTAATCAGAGAGCACAAAAGTACTGAACAGAGAGCACACACAGT
GCT
Found at i:49338212 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 49338182--49338225 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
49338172 AAGGTTGATA
49338182 TTCTTCTCTTCTTACTCCTT
1 TTCTTCTC-T-TTAC-CCTT
49338202 GTTCTTCTCTTTACCCTT
1 -TTCTTCTCTTTACCCTT
49338220 TTCTTC
1 TTCTTC
49338226 AATTTGGTCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.26
18 4 0.17
19 4 0.17
20 1 0.04
21 8 0.35
ACGTcount: A:0.05, C:0.34, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
TTCTTCTCTTTACCCTT
Found at i:49340319 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 49340265--49340320 Score: 85
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
49340255 ACGTGGATTG
* *
49340265 CCACGTGAATGTCATGTCAATAGGTAAT
1 CCACGTGAATGTCATGTCAACAAGTAAT
*
49340293 CCACGTGGATGTCATGTCAACAAGTAAT
1 CCACGTGAATGTCATGTCAACAAGTAAT
49340321 TAATTTTTAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 25 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (28 bp):
CCACGTGAATGTCATGTCAACAAGTAAT
Found at i:49345928 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 49345884--49345960 Score: 154
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
49345874 GAGAGATCTG
49345884 GAAGAGGTGCATAGCAGTCAGTGTTGTGCAAATTTA
1 GAAGAGGTGCATAGCAGTCAGTGTTGTGCAAATTTA
49345920 GAAGAGGTGCATAGCAGTCAGTGTTGTGCAAATTTA
1 GAAGAGGTGCATAGCAGTCAGTGTTGTGCAAATTTA
49345956 GAAGA
1 GAAGA
49345961 TATCCAGCAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 41 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
GAAGAGGTGCATAGCAGTCAGTGTTGTGCAAATTTA
Found at i:49356093 original size:210 final size:210
Alignment explanation
Indices: 49355729--49357391 Score: 2613
Period size: 210 Copynumber: 7.9 Consensus size: 210
49355719 AGCTTAAGCT
** * *
49355729 TTTGAATTTAAGATGG-TGCGGAAGTCTCAGGAGTTTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTT
1 TTTGAATTTAAGA-GGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTT
** * *
49355793 GAAGAATTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAATATGGA
65 GAAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
*
49355858 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGGCGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
130 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
*
49355923 TCAGAAGACTTCGATA
195 TCAGAAGACTTCAATA
*
49355939 TTTGAATTTAAGTGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
* *
49356004 AAGTGTTAATTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAGCATGGAA
66 AAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGAA
* * *
49356069 CGTCTG-TATGAGCTTTATTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
131 CGTCTGTTA-GATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
* * **
49356133 TTAGAAGACTTAAACG
195 TCAGAAGACTTCAATA
* * * **
49356149 TTTGAGTTTAAAAGACCACAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
*
49356214 AA-TGGTTAACTCTTTCAGGCTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
66 AAGT-GTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
*
49356278 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGGCGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
130 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
*
49356343 TCAGAAGACTTCGATA
195 TCAGAAGACTTCAATA
* *
49356359 TTTGAATTTAAGAGACTGCAAAAGTCTTTGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
* *
49356424 AAAG-GTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCGGAGATTGATGGTAGCATGGA
66 -AAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
* * * *
49356488 ACGTCTG-TATGAGCTTTATTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAATT
130 ACGTCTGTTA-GATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAAT
* **
49356552 CTCAGAAGACTTAAACG
194 CTCAGAAGACTTCAATA
* * * *
49356569 TTTGAGTTTAAAAGACTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGGATGGAATCTCTTC
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTT-
*
49356634 AAAGT-TTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
65 GAAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
* * **
49356698 ACGTCTGCTAGATCTTCATTTAGATGGGGTGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
130 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
*
49356763 TCAGACGACTTCAATA
195 TCAGAAGACTTCAATA
* *
49356779 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTATTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTC
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
* * *
49356844 AAGTGTTAATTCTTTCAGGCTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGAGTGATGGTAACATGGAA
66 AAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGAA
*** *
49356909 CGTCTGTTTTCTCTTCAGTTAGATGGGGCGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
131 CGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
49356974 CAGAAGACTTCAATA
196 CAGAAGACTTCAATA
49356989 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
*
49357054 AAAG-GTTAACTCTCTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
66 -AAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
*
49357118 ACGTCTGTTAGATCTTGAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
130 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATC
*
49357183 TCAGAAGACTTCGATA
195 TCAGAAGACTTCAATA
49357199 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
1 TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
* *
49357264 AAAG-GTTAACTCTTTCAGGCTACTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
66 -AAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGA
* *
49357328 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGTGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGGAAAT
130 ACGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAAT
49357392 TTGAGCAGTC
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 103, Indels: 24
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
209 11 0.01
210 1318 0.99
211 9 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (210 bp):
TTTGAATTTAAGAGGCTGCAAAAGTCTTAGGAGTCTTCCAACCAAAATTGGAATGGAATCTCTTG
AAGTGTTAACTCTTTCAGGTTGCTCAAATCTTAAAAGCTTTCCAGAGATTGATGGTAACATGGAA
CGTCTGTTAGATCTTCAGTTAGATGGGACGGGTATTGAAGGACTTCCCTCTTCAATTGCAAATCT
CAGAAGACTTCAATA
Found at i:49360666 original size:16 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49360628--49360667 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
49360618 ATCCAATATT
*
49360628 TATTTACATATTTAGTTTT
1 TATTTACATATTTAGTTTA
49360647 TATTTA-AT-TTTA-TTTA
1 TATTTACATATTTAGTTTA
49360663 TATTT
1 TATTT
49360668 TTATCTTTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.40
17 4 0.20
18 2 0.10
19 6 0.30
ACGTcount: A:0.28, C:0.03, G:0.03, T:0.68
Consensus pattern (19 bp):
TATTTACATATTTAGTTTA
Found at i:49362992 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 49362928--49363030 Score: 179
Period size: 54 Copynumber: 1.9 Consensus size: 54
49362918 AGTCTCTGAA
49362928 ATATTTTCAAACCATGGGATGGATGCCTCTACTCCAGCAGGAACCTCAATGGTC
1 ATATTTTCAAACCATGGGATGGATGCCTCTACTCCAGCAGGAACCTCAATGGTC
* * *
49362982 ATATTTTCAAACCATGGGATGGATGTCTCTTCTCCAGCAGGAAGCTCAA
1 ATATTTTCAAACCATGGGATGGATGCCTCTACTCCAGCAGGAACCTCAA
49363031 CACTATCGAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 46 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
ATATTTTCAAACCATGGGATGGATGCCTCTACTCCAGCAGGAACCTCAATGGTC
Done.