genome.fa.s1027.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold443
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  237995

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307--333	4	6.8	4	100	0	54	74	0	25	0	0.83
9259--9341	9	8.7	9	75	13	51	68	0	4	26	1.09
11439--11485	21	2.3	20	82	10	69	25	4	0	70	1.05
13887--13928	22	1.9	22	85	0	57	47	9	2	40	1.49
19332--19392	24	2.5	24	100	0	122	49	11	29	9	1.71
19739--19765	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24949--25031	42	2.0	42	90	0	130	14	31	27	26	1.95
24888--25122	104	2.3	105	83	4	316	21	30	24	24	1.99
26284--26341	21	2.7	22	86	7	84	13	8	18	58	1.61
27217--27242	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
29829--29871	22	2.0	21	82	13	52	55	2	6	34	1.39
29898--29936	21	1.9	21	84	5	53	56	7	17	17	1.64
30620--30652	16	2.1	16	94	0	57	81	3	0	15	0.80
31452--31996	131	4.2	131	98	0	1018	28	20	19	31	1.97
44311--44353	22	2.0	21	82	13	52	55	2	6	34	1.39
44380--44418	21	1.9	21	84	5	53	56	7	17	17	1.64
45103--45135	16	2.1	16	94	0	57	81	3	0	15	0.80
46298--46352	18	3.1	18	86	0	74	49	18	7	25	1.73
49722--49757	18	2.0	18	94	0	63	25	38	11	25	1.88
50643--50697	18	3.1	18	86	0	74	49	18	7	25	1.73
53660--53689	11	2.7	11	94	0	51	56	10	16	16	1.66
56891--57069	41	4.3	40	75	10	148	22	16	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56891--57069	82	2.2	83	83	7	213	22	16	23	37	1.93
57836--57874	16	2.5	16	91	4	62	25	0	41	33	1.56
57851--57892	23	1.9	21	90	9	66	19	0	45	35	1.50
57792--57892	22	4.9	21	73	21	88	22	0	42	34	1.54
58489--58533	19	2.3	20	85	11	58	77	0	4	17	0.92
58918--58952	11	3.2	11	91	0	52	14	2	2	80	0.95
58929--58967	18	2.2	18	90	4	62	12	10	0	76	1.01
59713--59807	3	30.7	3	82	6	109	30	3	3	63	1.26
60005--60049	22	2.0	22	86	0	63	11	20	26	42	1.85
60130--60247	42	2.8	42	88	2	184	33	22	22	21	1.97
60219--60464	42	5.9	41	84	4	321	23	20	21	34	1.96
60132--60475	126	2.7	126	81	4	408	27	21	20	30	1.98
60132--60464	84	4.0	83	82	2	351	26	21	21	31	1.98
73647--73881	113	2.1	113	80	8	255	27	22	17	33	1.96
74173--74206	15	2.3	15	90	10	52	38	5	0	55	1.24
79001--79064	12	5.4	12	80	14	71	82	0	15	1	0.74
79014--79058	15	2.8	16	83	10	56	82	0	15	2	0.77
79432--79753	108	3.0	106	85	4	423	26	17	8	47	1.76
80650--81455	46	17.4	46	89	1	1135	26	16	25	32	1.96
82114--82191	38	2.0	39	97	2	149	48	7	21	21	1.75
82213--82247	11	3.2	11	91	0	52	14	2	2	80	0.95
82224--82262	18	2.2	18	90	4	62	12	10	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83227--83271	22	2.0	22	86	0	63	11	20	26	42	1.85
83352--83469	42	2.8	42	88	2	184	33	22	22	21	1.97
83441--83686	42	5.9	41	84	4	321	23	20	21	34	1.96
83354--83697	126	2.7	126	81	4	408	27	21	20	30	1.98
83354--83686	84	4.0	83	82	2	351	26	21	21	31	1.98
85960--86001	19	2.2	19	100	0	84	59	9	21	9	1.57
92967--93023	29	1.9	29	86	10	80	45	12	3	38	1.59
98022--98311	50	5.7	50	82	4	296	27	21	27	22	1.99
107244--107295	26	2.0	26	100	0	104	38	23	0	38	1.55
112307--112841	72	7.4	71	77	4	396	32	12	23	31	1.92
112319--112841	217	2.4	214	82	3	611	32	13	22	31	1.92
112493--112802	145	2.1	144	80	1	334	33	13	22	31	1.92
115218--115248	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
123326--123368	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
123461--123816	43	8.3	43	85	1	446	30	32	16	21	1.95
123926--123991	34	1.9	35	84	9	91	56	3	1	39	1.24
124563--124655	47	2.0	47	100	0	186	38	18	21	21	1.93
125570--125627	24	2.4	24	91	0	98	29	15	15	39	1.88
126144--126201	29	2.0	29	96	0	107	25	13	15	44	1.83
129557--129839	41	6.9	40	86	5	354	30	28	19	21	1.98
129557--129841	82	3.5	82	85	3	396	30	28	19	21	1.97
129877--130009	39	3.4	38	76	7	115	20	18	22	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129901--130012	38	2.9	38	75	9	102	19	19	22	38	1.94
132397--132457	13	4.7	13	91	0	104	22	9	26	40	1.85
132657--132708	20	2.7	20	81	3	70	53	1	0	44	1.11
132985--133052	22	3.0	23	68	23	72	45	4	10	39	1.58
138932--138984	13	3.8	13	80	11	61	60	1	0	37	1.08
138935--138973	15	2.6	15	87	0	60	64	2	0	33	1.08
140786--141138	100	3.5	100	84	2	460	25	19	22	32	1.98
140789--141142	50	7.1	50	73	4	284	25	19	22	31	1.98
141287--141762	44	10.8	44	67	14	194	26	25	18	28	1.98
141859--142067	88	2.4	88	90	0	328	25	25	17	30	1.97
141146--141982	132	6.3	132	91	0	1237	27	25	18	29	1.98
141727--142290	220	2.6	220	91	1	900	26	25	17	30	1.97
141607--142012	44	9.2	44	66	23	115	26	24	17	30	1.97
141960--142199	132	1.8	132	93	1	419	26	25	18	29	1.98
142082--142295	88	2.4	87	89	1	329	26	25	18	29	1.98
143600--143657	7	7.9	7	76	16	55	0	18	0	81	0.70
143593--143667	30	2.5	30	81	14	91	4	14	0	81	0.83
143587--143667	31	2.7	29	80	12	85	3	18	0	77	0.91
143599--143658	19	3.3	19	79	11	72	0	18	0	81	0.69
143592--143667	38	2.0	38	82	10	93	3	15	0	80	0.86
146357--146390	12	2.8	12	86	0	50	17	29	11	41	1.85
149654--149701	24	2.0	23	84	8	60	14	6	8	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150135--150193	28	2.1	28	84	9	77	71	1	10	16	1.22
151466--151902	144	3.0	144	62	11	343	28	22	16	32	1.95
151394--152201	288	2.8	288	94	1	1388	28	23	15	32	1.95
154883--154944	29	2.2	28	82	2	70	24	14	16	45	1.84
156733--157207	125	3.8	126	94	1	819	29	14	21	34	1.93
159902--159926	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
160070--160139	35	2.0	35	100	0	140	22	2	34	40	1.69
161727--161785	29	2.0	29	96	0	109	23	0	27	49	1.51
161727--161811	29	2.7	30	77	19	93	24	1	25	48	1.59
161856--161904	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
162000--162049	21	2.4	21	82	0	64	2	22	34	42	1.65
162302--162347	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
164821--164871	22	2.3	22	96	0	93	41	0	33	25	1.56
170434--170466	17	2.1	17	88	11	52	75	0	6	18	1.00
171827--171879	28	1.9	28	85	11	74	66	1	11	20	1.33
171827--171886	27	2.1	29	82	11	72	66	1	13	18	1.32
173744--174024	144	2.0	144	92	0	472	27	24	15	32	1.95
173990--174235	72	3.4	72	95	0	429	21	24	19	34	1.96
173990--174281	72	4.1	70	89	3	304	21	26	18	33	1.96
183434--183606	86	2.0	87	98	1	339	27	14	19	38	1.91
183578--183611	11	3.2	11	87	4	52	26	0	0	73	0.83
186136--186164	15	1.9	15	100	0	58	37	20	0	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199240--199273	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
199281--199915	317	2.0	318	99	0	1263	37	13	10	37	1.80
213342--213410	20	3.3	19	76	15	66	21	2	2	72	1.11
217487--217571	44	1.9	45	87	2	127	45	5	10	37	1.63
217638--217663	12	2.2	12	100	0	52	57	7	7	26	1.54
219487--219526	18	2.2	19	90	4	64	27	10	2	60	1.42
221417--221598	45	4.1	45	89	2	262	23	17	24	34	1.96
225883--225934	4	13.2	4	84	8	63	71	1	1	25	1.07
227997--229048	526	2.0	526	99	0	2095	32	16	13	36	1.88
229980--230174	97	2.0	98	97	1	374	26	3	20	49	1.63

Tables:   1   2