genome.fa.s1092.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold467
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  261416

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2768--2816	19	2.4	21	86	6	66	34	16	4	44	1.66
2768--2821	21	2.7	20	85	5	65	35	16	3	44	1.66
4932--5673	153	5.0	151	80	9	756	30	18	8	43	1.79
5333--5598	141	1.9	140	88	3	403	30	19	8	41	1.82
6390--6426	16	2.3	16	100	0	74	56	8	10	24	1.60
6675--6825	37	4.1	37	85	0	203	21	17	11	49	1.77
8494--8528	16	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
8718--8749	13	2.4	13	94	5	55	37	31	9	21	1.85
10728--10762	10	3.6	10	88	3	54	0	11	0	88	0.51
12126--12167	20	2.2	19	87	12	59	21	30	7	40	1.80
19228--19472	122	2.0	123	99	0	483	41	13	14	30	1.85
23583--23646	22	3.0	21	75	11	58	39	0	1	59	1.07
27448--27494	23	2.1	22	81	14	53	42	4	0	53	1.20
27595--28008	224	1.8	224	94	0	738	35	15	12	35	1.85
27881--28152	147	1.9	143	88	3	409	27	18	11	43	1.84
29903--29947	3	15.7	3	90	9	76	66	0	0	33	0.92
31444--31855	44	9.3	44	78	5	411	27	24	18	30	1.98
31444--31857	88	4.7	88	90	1	598	27	24	18	30	1.98
42454--42550	29	3.3	29	91	1	140	34	25	3	37	1.72
42454--42583	58	2.2	59	81	8	140	32	24	3	39	1.73
43067--43124	29	2.0	30	82	3	73	62	3	34	0	1.12
43280--43330	20	2.6	19	81	9	57	72	0	25	1	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43297--43338	10	4.1	10	84	3	57	76	0	19	4	0.96
43297--43345	20	2.5	20	86	6	64	77	0	16	6	0.96
43959--44006	17	2.8	18	87	9	66	29	18	8	43	1.79
44016--44072	17	3.3	17	67	2	51	40	12	12	35	1.80
44198--44259	17	3.8	16	84	4	70	25	11	12	50	1.74
50447--50535	10	8.5	11	72	14	55	80	11	6	1	0.94
50446--50537	28	3.4	28	74	18	95	80	10	7	1	0.95
50461--50531	25	2.8	25	81	14	83	80	12	5	1	0.95
50459--50548	16	5.9	15	74	14	62	82	10	6	1	0.90
50487--50542	8	6.8	8	78	15	60	85	10	3	0	0.71
50461--50542	25	3.2	25	76	11	78	81	10	6	1	0.91
51221--52335	76	14.7	76	92	3	1760	28	18	20	33	1.96
52641--52708	29	2.3	30	84	2	84	33	25	4	36	1.76
52642--52741	30	3.4	29	76	13	80	32	24	5	39	1.77
53438--53488	20	2.6	19	84	9	66	72	0	27	0	0.85
53444--53481	14	2.7	15	84	15	55	71	0	28	0	0.87
53455--53496	10	4.1	10	90	3	66	76	0	21	2	0.90
54119--54166	17	2.8	18	87	9	66	29	18	8	43	1.79
54185--54232	17	2.8	17	70	0	51	39	12	12	35	1.81
54358--54426	34	2.1	34	86	2	95	31	11	11	44	1.77
54358--54420	17	3.7	17	87	8	83	25	12	12	49	1.76
54388--54446	18	3.3	18	83	4	57	44	10	8	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74583--74632	22	2.3	22	100	0	100	32	20	12	36	1.89
79733--79796	34	1.9	33	81	9	76	21	4	15	57	1.56
86851--86937	39	2.4	34	79	20	106	17	19	24	39	1.92
86845--87083	45	5.4	45	88	3	310	18	19	22	39	1.92
86818--87068	45	6.0	39	77	16	198	18	19	22	39	1.93
88912--89160	135	1.9	131	93	3	426	25	19	6	47	1.74
89738--89844	52	2.0	53	96	1	198	41	1	8	48	1.44
90884--91174	33	8.8	33	97	0	528	50	3	35	11	1.55
92090--92131	20	2.0	21	86	4	59	35	45	9	9	1.69
97983--98026	22	1.9	24	81	9	56	18	25	18	38	1.92
101219--101257	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
105398--105441	19	2.3	19	84	0	61	20	25	6	47	1.74
105876--105924	19	2.4	21	86	6	66	34	16	4	44	1.66
105876--105929	21	2.7	20	85	5	65	35	16	3	44	1.66
106699--106744	22	2.1	22	83	0	56	45	2	2	50	1.26
106991--107145	82	1.9	82	97	0	292	54	14	9	21	1.68
107657--108066	163	2.6	162	80	13	444	30	17	9	43	1.80
112361--112434	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
113088--113125	17	2.1	18	85	9	51	55	0	0	44	0.99
116583--116621	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
129285--129423	48	2.9	48	100	0	278	19	25	4	50	1.66
133531--133579	24	2.0	24	96	0	89	32	16	14	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133674--133751	40	1.9	39	87	10	113	35	6	17	39	1.76
141340--141381	6	7.0	6	94	0	66	0	11	33	54	1.37
141333--141381	18	2.8	18	90	3	73	0	10	32	57	1.32
146459--146503	23	2.0	23	86	0	63	40	2	0	57	1.11
152021--152065	23	2.0	23	86	0	63	40	2	0	57	1.11
158347--158406	31	2.0	30	83	9	77	41	13	8	36	1.74
160296--160324	8	3.8	8	90	9	51	48	0	0	51	1.00
162338--162386	14	3.8	14	74	20	52	71	4	2	22	1.13
171432--171475	11	3.9	11	79	5	52	4	29	0	65	1.12
171424--171468	23	2.0	23	82	8	56	6	26	0	66	1.16
175596--175634	19	2.1	19	95	0	69	0	46	10	43	1.37
175691--175715	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
175711--175778	33	2.1	33	91	0	109	8	27	14	48	1.74
177733--177762	16	1.9	15	93	6	51	63	0	3	33	1.11
177806--177850	9	4.7	10	78	15	51	62	0	0	37	0.96
178407--178503	44	2.2	45	83	5	117	37	25	4	32	1.75
178483--178531	16	3.1	16	87	0	71	24	34	4	36	1.75
181384--181624	44	5.5	44	76	10	237	28	21	17	31	1.97
181401--181639	129	1.9	129	97	0	451	28	21	18	31	1.97
181635--182316	87	7.9	86	76	4	541	23	23	22	30	1.99
181634--182311	44	15.7	43	73	6	451	23	24	21	30	1.99
181638--182316	131	5.2	131	83	3	890	23	24	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181810--182330	215	2.4	214	80	4	620	23	24	20	30	1.99
181638--182316	258	2.6	259	81	4	848	23	24	22	30	1.99
183519--183558	7	5.7	7	91	8	64	15	12	0	72	1.12
183519--183553	13	2.6	13	95	4	61	14	14	0	71	1.15
183520--183558	20	1.9	21	94	5	71	15	12	0	71	1.14
184465--184503	8	4.6	8	84	12	51	0	23	0	76	0.78
184462--184509	9	5.6	8	83	11	51	2	18	0	79	0.84
185236--185293	25	2.3	25	82	11	66	62	5	10	22	1.47
189465--189489	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
191436--191475	20	2.0	21	85	5	55	47	2	7	42	1.45
204115--204155	21	2.0	21	90	9	66	51	4	0	43	1.23
204825--204851	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
209952--209985	15	2.1	16	89	10	52	23	5	0	70	1.09
212034--212066	15	2.1	17	88	11	52	57	6	0	36	1.23
212047--212084	18	2.0	19	85	10	51	47	5	0	47	1.24
213290--213331	18	2.3	19	80	12	52	57	7	2	33	1.39
213957--214002	23	2.0	24	83	12	60	52	13	2	32	1.52
218967--219003	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
219217--219276	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
219758--219788	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
226541--227206	154	4.3	155	88	5	918	30	9	7	52	1.61
232809--232869	13	4.7	13	70	8	52	37	21	6	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234272--234325	24	2.2	24	83	0	63	35	3	1	59	1.26
237782--238127	187	1.9	178	88	8	529	42	6	7	43	1.59
242412--242644	118	2.0	118	94	3	407	40	14	13	31	1.84
248464--248530	30	2.2	30	78	0	71	43	4	13	38	1.64
250872--250966	21	4.5	21	89	4	129	14	24	26	34	1.94

Tables:   1

The End!