Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold3867
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 382
Length: 637
ACGTcount: A:0.39, C:0.20, G:0.11, T:0.30
Found at i:243 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 214--401 Score: 89
Period size: 26 Copynumber: 7.8 Consensus size: 25
204 TTTAAATTTA
214 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
1 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
** *
239 TTATTTGATGTAATACGCATAGAACT
1 TTATTTGATGTAATA-AAATAGAAGT
** *
265 TT-TTTCGA-GT--T-ATTTTG-A-T
1 TTATTT-GATGTAATAAAATAGAAGT
284 ATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
1 -TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
* * *
310 TTATTTGATATAATAGGAATAGAAAT
1 TTATTTGATGTAATA-AAATAGAAGT
** *
336 TT-TTTCGA-GT--T-ATTTTG-A-T
1 TTATTT-GATGTAATAAAATAGAAGT
* *
355 ATTATTTTATATAATAAAATAGAAGT
1 -TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
381 TCTATTTGATGTAATAAAATA
1 T-TATTTGATGTAATAAAATA
402 AAAACCCTAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 25, Indels: 41
0.64 0.14 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.02
20 9 0.08
21 13 0.11
23 4 0.03
24 6 0.05
25 41 0.35
26 42 0.36
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (25 bp):
TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
Found at i:300 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 212--396 Score: 307
Period size: 71 Copynumber: 2.6 Consensus size: 71
202 TATTTAAATT
* *
212 TATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGCATAGAACTTTTTTCGAGTTA
1 TATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGAATAGAAATTTTTTCGAGTTA
277 TTTTGA
66 TTTTGA
* *
283 TATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATATAATAGGAATAGAAATTTTTTCGAGTTA
1 TATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGAATAGAAATTTTTTCGAGTTA
348 TTTTGA
66 TTTTGA
* *
354 TATTATTTTATATAATAAAATAGAAGTTCTATTTGATGTAATA
1 TATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTT-TATTTGATGTAATA
397 AAATAAAAAC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 7, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
71 93 0.88
72 13 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (71 bp):
TATTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGAATAGAAATTTTTTCGAGTTA
TTTTGA
Found at i:435 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 400--436 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
390 TGTAATAAAA
**
400 TAAAAACCCTAATTTAAT
1 TAAAAACCCTAACCTAAT
418 TAAAAACCCTAACCTAAT
1 TAAAAACCCTAACCTAAT
436 T
1 T
437 TAATTAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.22, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
TAAAAACCCTAACCTAAT
Found at i:468 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 422--637 Score: 285
Period size: 29 Copynumber: 7.3 Consensus size: 29
412 TTTAATTAAA
422 AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCCT
1 AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAA-CCCT
452 AACCCTAA-CTAATTTAATTAAAAACCC-
1 AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
479 ACTGCCCAAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
1 A--ACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
*
510 AACCCTAACCAAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
539 AAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACTCACT
1 -AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAAC-C-CT
* ** *
571 -GCTTTAACCTAATTTAATTAAAAACTCT
1 AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
*
599 AACTCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
628 AACCCTAACC
1 AACCCTAACC
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 14, Indels: 17
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.01
28 5 0.03
29 80 0.49
30 74 0.45
31 2 0.01
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.27, G:0.01, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
AACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT
Found at i:499 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 424--637 Score: 265
Period size: 59 Copynumber: 3.6 Consensus size: 58
414 TAATTAAAAA
424 CCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCCTAACCCTAA-CTAATTTAATTAAAAACCCACT
1 CCCTAACCTAATTTAATTAAAAA-CCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCACT
* * **
482 GCCCAAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCAAATTTAATTAAAAACCCTAAA
1 -CCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCC-ACT
* ** *
542 CCCTAACCTAATTTAATTAAAAACTCACT-GCTTTAACCTAATTTAATTAAAAACTCTAACT
1 CCCTAACCTAATTTAATTAAAAAC-C-CTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAAC-C-CACT
603 --CTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACC
1 CCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 15, Indels: 15
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.02
58 19 0.14
59 85 0.64
60 23 0.17
61 4 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.27, G:0.01, T:0.28
Consensus pattern (58 bp):
CCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCACT
Done.