Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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Warning! 2289 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4166 original size:447 final size:446
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Indices: 2635--6138 Score: 5836
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* *
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*
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* ** * *
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*
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* * * *
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260 AATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTT
*
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* *
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* * *
3082 TTTAATTATCACTTAAAACCAAATTAACAACTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTTG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
*
3147 ATGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTT-TTGAG
66 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTT-AG
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130 TTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGC
*
3276 TTAAACCCATGAAT-AATATAATAGTTATTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCC
195 TTAAACCCATGAATGAA-ATAATAGTT-TTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCC
* * * * *
3340 AAACTAATAATAACAAACCCGTACATCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACT
258 AAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACT
* *
3405 TTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTGTTTCAAATCA
323 TTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCA
* * *
3470 CCTTAGCTCG-TTTTAACAAAATTCAGTACTAATTTACCTTA-GAAATTCCAAACATTAA
388 CCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACG-AATTCCAAACATTAG
* * *
3528 TTTAATTATCACTTAAAACTAGATTAACAGCTCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
*
3593 ATA-TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAAGCTTTCTTCTTAG
66 A-AGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAG
* ** *
3657 TTTGGAAATCATATCCAGTTGCTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGC
130 TTTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGC
*
3722 TTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTCTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
195 TTAAACCCATGAATGAAATAATAGTTT-TAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
* * *
3787 AAATAATCATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTGCAATCTCATTGAAAATACTT
259 AAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTT
*
3852 TCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCAC
324 TCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCAC
* * * *
3917 CTTTGCTCACTTTTCACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTAACGAAGTCCAAACATTAG
389 CTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAG
* * *
3975 TTTAATTATCACTTAAAACCAAATTAACAACTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTTG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
4040 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
66 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
* *
4105 GTGAAAAACATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGCT
131 TTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGCT
* *
4170 TAAACCCATGAAT-AATATAATAGTTATTAATTTAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCA
196 TAAACCCATGAATGAA-ATAATAGTT-TTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
* * *
4234 AAATAATAATAACAAACCCGTACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTT
259 AAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTT
* *
4299 TCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTGTTTCAAATCAC
324 TCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCAC
* * *
4364 CTTAGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTACTAATTTACCTTACAAATTCCAAACATTAG
389 CTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAG
* *
4422 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
* *
4487 ATGTTTTGTTAACTGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
66 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
4552 TTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGCT
131 TTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGCT
4617 TAAACCCATGAAT-AATATAATAGTTATTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
196 TAAACCCATGAATGAA-ATAATAGTT-TTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
* *
4681 AAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTGCAATCTCATTGAAAATACTT
259 AAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTT
*
4746 TCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCAC
324 TCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCAC
*
4811 CTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTATGAATTCCAAACATTAG
389 CTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAG
* * * *
4869 TTTAATTATTACTTAAAACCAGATTAACAGGTCATGTATTAAATTTGTAGCCAAAACAGATTTTG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
4934 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
66 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
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131 TTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAATAGCATTTCAGTTAGCT
* * *
5064 TAGACCCATGAATAAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAA
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* * *
5129 AATAATAATAACAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTTATTGAAAATACTTT
260 AATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTT
* * *
5194 CTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAACAAATTTCCTGTTTCAAATCACC
325 CTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACC
* * *
5259 TTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTACTAATTTACCTTACAAATTCCAAATATTAG
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* *
5316 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
*
5381 ATGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
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* * * *
5446 GTGAAAAACATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAAAGAAAATAGCAATTCAGTTAGCT
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*
5511 TAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAA
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*
5576 AATAATAATAAAAAACCCATACCTTAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTT
260 AATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTT
* *
5641 CTATAAACTTAAGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTTCATTTTTCAAACCAC
325 CTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAA-TTTCCTTTTTCAAACCAC
5706 CTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAG
389 CTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAG
*
5764 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAATACAGATTTAG
1 TTTAATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAG
*
5829 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTTTTAGT
66 AAGTTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGT
* *
5894 TTGAAAATCAGAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAAAGAAAATTA-CATTTCAGTTAGC
131 TTGAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAACGAAAA-TAGCATTTCAGTTAGC
* * *
5958 TTAACCCCATGCATGAAATAATTGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
195 TTAAACCCATGAATGAAATAATAG-TTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCA
6023 AAATAATAATAAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACT
259 AAATAATAAT-AAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACT
* *
6088 TTCTTTAAACTTATGAAAAGCTTTATTAATCTAAACCAAGATAAGAAATTT
323 TTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTT
6139 TGAGACCTCC
Statistics
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0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
445 2 0.00
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449 100 0.03
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ATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACTTTC
TATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCT
TTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAG
Found at i:7783 original size:17 final size:16
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7733 CTCACCCGTT
*
7743 AAAACTTTAACGAACA
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1 AAAACTTTAA
7785 CGAAAATTGA
Statistics
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0.82 0.04 0.14
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16 15 0.65
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AAAACTTTAAAGAACA
Found at i:8600 original size:246 final size:246
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8131 ATTAAAAATC
8141 ATAATTGGGTTAGATAATTAAAATAATTAAGAATTAATTAAATAAAATATTAAAATAAATAGAAT
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66 TAATAATTTTAGGTTAAGAAATTAAAATTGAGTGTTCGAGAACTAATTTGGTTAAAAAGAATTTT
*
8271 AAAAAAAAGATTGGATTTGAAAATAATTTTGAAATTGGCTTTAATTGAAAAACAAGAACCAATTT
131 AAAAAAAAGATTGGATTTGAAAATAATTTTAAAATTGGCTTTAATTGAAAAACAAGAACCAATTT
* *
8336 GGAAAAGGGAGAAAACTAGAGGTGGTTGAATGGGAAATGGACCAATTTTTT
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8387 ATAATTGGGTTAGATAATTAAAATAATTAAGAATTAATTAAATAAAATATTAAAATAAATAGAAT
1 ATAATTGGGTTAGATAATTAAAATAATTAAGAATTAATTAAATAAAATATTAAAATAAATAGAAT
* *
8452 TAATAATTTTAGGTTAAGAAATTAAAATTGAGTGTTCGGGAATTAATTTGGTTAAAACAG-ATTT
66 TAATAATTTTAGGTTAAGAAATTAAAATTGAGTGTTCGAGAACTAATTTGGTTAAAA-AGAATTT
* ** * * *
8516 TAGAAACGAGATTGGATTTGAAAATAATTTTAAAATTGGTTTTAATTGAAAAACAAGGACCTATT
130 TAAAAAAAAGATTGGATTTGAAAATAATTTTAAAATTGGCTTTAATTGAAAAACAAGAACCAATT
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195 TGAAAAA-GGGAGA-AAACTAGAGGTGGTTAAATGGGAAATG
8621 ACCCAAATTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.17, T:0.33
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AAAAAAAAGATTGGATTTGAAAATAATTTTAAAATTGGCTTTAATTGAAAAACAAGAACCAATTT
GAAAAAGGGAGAAAACTAGAGGTGGTTAAATGGGAAATGGACCAATTTTTT
Found at i:9852 original size:23 final size:23
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9813 ATATTTGGTT
* *
9823 GTATATTTGGATGTGTTGGGAGG
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* *
9846 CTATATTTGGTTCTGTTTGGAGG
1 GTATATTTGGTTGTGTTTGGAGG
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1 GTATATTTGGTTGTGTTTGGAGG
* * *
9891 GTATACTTGGTTATGTTCGGAGG
1 GTATATTTGGTTGTGTTTGGAGG
*
9914 TTATATATATGGTTGTGTTTGGAGG
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* ** *
9961 GTATGTACGATTGTGTTTGGAGG
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* *
9984 GTA-AATTGGTTGTGTTTGGTGG
1 GTATATTTGGTTGTGTTTGGAGG
10006 GT
1 GT
10008 GATAGCTTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 54 0.40
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GTATATTTGGTTGTGTTTGGAGG
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9813 ATATTTGGTT
* * * *
9823 GTATATTTGGATGTGTTGGGAGGCTATATTTGGTTCTGTTTGGAGG
1 GTATA-TTGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTATGTTTGGAGG
* *
9869 GTATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATACTTGGTTATGTTCGGAGG
1 GTATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTATGTTTGGAGG
* *
9914 TTATATATATGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTGTG-TTGGAGG
1 --GTATAT-TGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTATGTTTGGAGG
* * * * * *
9961 GTATGTACGATTGTGTTTGGAGGGTA-AATTGGTTGTGTTTGGTGG
1 GTATAT-TGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTATGTTTGGAGG
10006 GT
1 GT
10008 GATAGCTTTA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 16, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 10 0.08
45 64 0.54
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Consensus pattern (45 bp):
GTATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTATGTTTGGAGG
Found at i:9983 original size:70 final size:68
Alignment explanation
Indices: 9834--10007 Score: 196
Period size: 70 Copynumber: 2.6 Consensus size: 68
9824 TATATTTGGA
* *
9834 TGTGTTGGGAGGCTATAT-TTGGTTCTGTTTGGAGGGTATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATACT
1 TGTGTTCGGAGGCTATATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATAC-
*
9898 TGGT
65 TGAT
* *
9902 TATGTTCGGAGGTTATATATATGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTTGGTTGTG-TTGGAGGGTATG
1 TGTGTTCGGAGGCTATATAT-TGGTTGTGTTTGGAGGGTATA-TTGGTTGTGTTTGGAGGGTA--
9966 TAC-GAT
62 TACTGAT
* * *
9972 TGTGTTTGGAGGGTA-A-ATTGGTTGTGTTTGGTGGGT
1 TGTGTTCGGAGGCTATATATTGGTTGTGTTTGGAGGGT
10008 GATAGCTTTA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 11
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
67 17 0.18
68 17 0.18
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TGTGTTCGGAGGCTATATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATATTGGTTGTGTTTGGAGGGTATACT
GAT
Found at i:14527 original size:109 final size:109
Alignment explanation
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14326 TTGAACTTGA
* *
14336 TTTTCAAATCTGAAAAGTAGAGGGACTAAATTCTTGAAAATAAAAGTGCAAAGACTAAATTACAA
1 TTTTCAAATCTGAAAAGTAGAGAGACTAAATTCTTGAAAATAAAAGTACAAAGACTAAATTACAA
* *
14401 ATTTGTGAAAAGTACATATACTTATGACATATTTTAACCTTTAT
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* * * **
14445 TTTTCAAATCTGAAAAGTAGAGAGACTTAGTTCTTGAAAATAAAAGTATAAAGACTAAATTGTAA
1 TTTTCAAATCTGAAAAGTAGAGAGACTAAATTCTTGAAAATAAAAGTACAAAGACTAAATTACAA
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14554 ATTACAAAAC
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 9, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
109 100 1.00
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Consensus pattern (109 bp):
TTTTCAAATCTGAAAAGTAGAGAGACTAAATTCTTGAAAATAAAAGTACAAAGACTAAATTACAA
ATTTGTGAAAAGTACATAGACTTATGACAAATTTTAACCTTTAT
Done.