genome.fa.s129.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold484
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  288598

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151--347	41	4.7	42	73	9	154	33	27	17	21	1.96
137--347	83	2.5	83	77	7	198	33	27	18	20	1.96
755--785	14	2.3	13	94	5	53	67	0	0	32	0.91
3529--3718	89	2.2	88	93	6	348	46	7	6	39	1.57
6114--6193	31	2.6	31	89	0	124	43	22	13	20	1.86
7723--7763	21	2.0	21	90	0	64	51	26	2	19	1.59
7835--7902	7	9.9	7	82	3	75	42	39	1	16	1.57
8118--8333	41	5.2	41	80	4	202	31	27	18	21	1.97
8134--8333	82	2.4	82	82	1	231	32	26	19	22	1.97
8396--8495	39	2.5	40	82	6	114	22	23	18	37	1.94
22553--22750	63	3.2	62	72	5	200	21	27	22	27	1.99
25460--25519	18	3.4	18	71	17	63	21	18	13	46	1.83
31279--31331	3	17.7	3	84	0	70	35	5	0	58	1.22
31282--31331	15	3.3	15	94	0	91	36	6	0	58	1.23
31678--31880	110	1.8	110	87	4	302	31	16	19	32	1.94
35220--35276	28	2.1	27	83	3	69	73	8	5	12	1.23
36130--36196	20	3.3	20	87	8	84	68	1	14	14	1.28
36151--36186	6	5.7	6	90	9	54	72	0	13	13	1.13
36151--36192	13	3.3	13	96	3	77	73	0	11	14	1.09
36130--36196	7	10.0	7	78	15	79	68	1	14	14	1.28
37470--39090	44	37.4	44	70	13	642	30	20	22	26	1.98
37467--38441	219	4.5	219	90	2	1384	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38062--38911	300	2.8	300	81	6	963	30	20	22	26	1.98
38579--39002	129	3.3	128	90	2	614	30	20	21	27	1.98
38062--39218	44	26.8	44	68	13	255	29	20	22	26	1.99
38584--39090	129	3.9	128	85	2	399	29	20	22	27	1.99
38584--39090	258	2.0	257	80	3	572	29	20	22	27	1.99
38843--39284	217	2.0	217	83	5	563	28	21	24	25	1.99
39106--39265	85	1.9	85	79	5	180	26	19	27	26	1.99
40986--41038	3	17.7	3	84	0	70	35	5	0	58	1.22
40989--41038	15	3.3	15	94	0	91	36	6	0	58	1.23
51299--51474	89	2.0	89	84	6	232	34	15	11	38	1.84
51487--51542	26	2.2	26	87	6	78	39	12	10	37	1.78
51610--51703	9	9.9	9	70	19	57	64	1	2	31	1.12
51607--51685	19	4.3	18	77	12	72	65	1	1	31	1.08
51620--51704	21	4.2	20	73	13	68	64	1	2	31	1.13
51609--51703	20	4.8	20	71	23	69	65	1	2	31	1.11
51618--51703	29	2.9	29	76	11	86	63	1	2	32	1.14
51658--51762	49	2.1	49	81	10	117	65	4	1	27	1.23
53056--53097	14	3.0	14	80	13	59	33	2	0	64	1.07
57662--57726	30	2.2	30	91	2	105	40	3	24	32	1.71
58859--58900	22	1.9	22	90	9	68	14	2	28	54	1.52
59624--59669	18	2.6	18	86	6	58	43	6	2	47	1.41
59624--59670	20	2.5	18	86	6	58	44	6	2	46	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59696--59755	30	2.0	30	90	6	95	40	11	1	46	1.50
63315--63433	25	4.8	25	78	6	109	37	23	21	17	1.94
67292--67335	14	2.8	16	86	10	56	29	2	4	63	1.26
69580--69947	114	3.3	111	84	6	463	23	24	25	26	2.00
82203--82302	43	2.3	43	91	3	157	34	29	18	19	1.95
82229--82368	43	3.3	43	82	3	149	27	27	20	25	1.99
82469--82511	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
94283--94311	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
94311--94339	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
101427--101454	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
103696--103735	21	1.9	22	85	10	57	67	2	2	27	1.16
112294--112974	44	15.8	44	72	10	453	28	19	22	28	1.98
112299--112504	84	2.4	87	79	10	208	30	18	22	28	1.98
112516--112693	84	2.1	84	90	0	275	26	20	21	32	1.98
112516--112746	84	2.8	84	83	2	232	26	19	22	30	1.98
112299--112921	301	2.1	301	92	0	1039	28	19	22	29	1.98
114876--115129	98	2.6	97	94	3	445	25	11	24	38	1.89
115595--115827	43	5.4	43	77	6	213	33	21	15	29	1.94
115527--115844	129	2.5	128	90	0	483	33	22	14	30	1.94
118654--118697	21	2.1	21	86	0	61	22	20	36	20	1.95
118684--118736	21	2.5	21	78	3	61	20	26	37	15	1.92
120819--120875	20	2.9	20	82	10	64	35	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121057--121110	28	1.9	28	88	7	83	57	7	16	18	1.62
121544--121585	19	2.1	19	86	8	57	42	0	2	54	1.13
122134--122158	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
129403--129430	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
129464--129501	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
130739--130775	11	3.5	11	82	14	51	48	0	0	51	1.00
130765--130825	25	2.4	25	97	0	113	55	0	3	40	1.16
131038--131110	31	2.3	32	88	4	103	41	2	0	56	1.14
131038--131097	11	5.5	11	73	16	54	41	1	0	56	1.09
131691--131754	25	3.0	20	71	20	65	56	0	1	42	1.09
131685--131746	25	2.5	24	84	5	79	56	0	1	41	1.09
140726--140804	29	2.6	30	82	6	79	54	0	5	40	1.22
140990--141113	10	12.9	10	67	18	59	29	3	4	62	1.29
140990--141072	37	2.2	36	75	10	87	30	3	3	62	1.29
141030--141103	28	2.6	28	80	8	78	31	2	4	62	1.28
140990--141115	9	13.2	9	67	22	62	30	3	3	62	1.29
141078--141123	22	2.0	23	91	4	76	32	0	0	67	0.91
188032--188056	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
190534--190685	75	2.0	76	98	1	297	35	9	9	46	1.68
193655--193745	45	2.0	45	89	0	137	34	19	21	24	1.97
193667--193756	45	2.0	45	86	0	126	38	18	18	23	1.93
193948--194028	34	2.4	34	82	2	90	40	14	12	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198351--198389	20	1.9	21	89	5	62	43	7	5	43	1.55
201785--201882	51	1.9	52	89	2	153	37	17	10	34	1.83
205855--205912	26	2.2	25	76	8	62	32	36	8	22	1.85
209831--209886	17	3.6	16	72	16	55	71	5	0	23	1.06
209877--210441	282	2.0	283	99	0	1123	30	17	19	32	1.95
210458--210488	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
210519--210581	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
223858--223900	21	2.0	21	86	0	59	11	11	23	53	1.69
238872--238945	6	12.3	6	88	0	112	51	13	13	21	1.75
244849--244887	16	2.4	17	86	4	53	25	17	2	53	1.56
245134--245186	19	2.6	21	76	8	65	33	1	22	41	1.65
245184--245223	21	2.0	20	85	5	53	15	7	37	40	1.75
246074--246166	18	5.1	18	66	13	55	27	2	8	61	1.37
247141--247179	16	2.4	16	82	0	51	74	7	15	2	1.15
252623--252661	16	2.4	16	82	0	51	74	7	15	2	1.15
256651--256701	23	2.3	21	81	15	59	41	11	0	47	1.40
259817--259850	13	2.4	14	90	9	52	20	0	0	79	0.73
259865--259902	20	1.9	20	94	0	67	26	0	2	71	1.00
259855--259908	23	2.3	23	81	15	67	35	0	1	62	1.06
264666--264704	14	2.7	14	84	4	51	38	2	0	58	1.12
264653--264710	29	2.0	29	83	6	73	32	6	3	56	1.42
268148--268193	18	2.6	18	82	3	58	54	4	6	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269050--269094	22	2.0	22	95	0	81	37	6	17	37	1.76
270954--270979	9	2.9	9	100	0	52	69	19	11	0	1.18
274866--274927	19	3.3	19	80	10	65	37	0	6	56	1.25
274866--274921	21	2.9	19	84	7	60	39	0	5	55	1.23
274867--274928	20	3.2	19	80	8	63	35	0	6	58	1.24
276140--276172	12	2.8	12	90	0	57	66	0	3	30	1.06
278530--278566	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
278758--278871	44	2.6	44	80	9	115	31	24	17	26	1.97
278911--279136	46	4.8	46	79	7	231	27	23	21	28	1.99
278907--279136	91	2.5	92	82	7	266	27	23	20	28	1.99

Tables:   1   2