genome.fa.s1339.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1506968

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660393--660456	17	3.8	17	73	8	58	25	28	23	23	2.00
668819--669280	193	2.4	193	79	10	469	42	19	9	28	1.82
672359--672481	7	17.3	7	70	12	54	41	34	0	22	1.60
672392--672452	28	2.1	29	82	8	72	42	32	0	24	1.55
672500--672544	14	3.2	14	80	0	63	48	31	0	20	1.49
672662--672717	15	3.9	15	79	9	62	35	44	0	19	1.51
672627--672722	7	13.7	7	71	12	54	36	43	1	18	1.57
685496--685554	31	2.0	29	83	6	73	64	11	10	13	1.50
691410--691627	50	4.3	50	89	4	296	33	14	13	38	1.85
693580--693659	26	3.0	27	67	5	65	42	32	10	15	1.79
695506--695532	12	2.2	12	100	0	54	29	0	14	55	1.40
703403--703466	20	3.0	21	74	17	60	12	23	21	42	1.87
708998--709039	22	1.9	22	85	0	57	21	11	16	50	1.77
716169--716208	17	2.6	15	85	14	55	0	12	10	77	0.99
719967--720098	41	3.2	41	85	1	185	21	27	16	34	1.95
720001--720060	20	2.9	22	68	14	63	25	30	15	30	1.95
724368--724405	20	1.9	20	94	0	67	42	0	5	52	1.24
724636--724679	19	2.3	19	84	0	61	61	2	11	25	1.41
726046--726402	114	3.1	111	68	13	267	28	23	19	28	1.98
726040--726451	228	1.8	227	84	5	571	28	23	19	28	1.98
726786--726826	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
727001--727070	7	10.0	7	76	0	59	14	1	40	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740838--741110	43	6.3	43	83	6	270	25	22	21	30	1.99
740839--741090	85	3.0	84	83	5	276	25	22	21	30	1.99
745607--745655	23	2.1	24	84	3	64	32	8	12	46	1.71
745727--746043	105	3.0	105	92	1	528	29	20	8	41	1.81
746402--746450	21	2.4	20	83	16	57	44	0	4	51	1.20
747559--747645	19	4.2	20	76	18	90	40	0	4	55	1.21
748185--748881	348	2.0	349	99	0	1387	31	13	11	43	1.80
749139--749186	18	2.6	19	80	12	55	22	2	2	72	1.05
749137--749195	19	3.2	18	74	13	57	23	1	5	69	1.18
749801--750136	42	7.9	43	79	6	235	28	26	18	25	1.98
749950--750137	87	2.2	86	84	4	236	26	27	18	27	1.98
749908--750137	43	5.3	43	78	8	211	27	27	18	26	1.98
750397--750481	43	2.0	43	100	0	170	40	14	18	27	1.89
750631--750681	21	2.4	21	90	0	75	3	47	15	33	1.64
750545--750714	87	1.9	88	89	1	261	11	30	17	41	1.84
754403--754441	21	1.9	21	94	5	71	25	7	10	56	1.59
755731--755760	15	2.0	15	93	0	51	33	3	0	63	1.11
755880--755940	21	2.9	21	82	0	77	45	29	1	22	1.62
756013--756088	21	3.6	21	72	19	68	51	31	1	15	1.52
756013--756055	22	2.0	21	90	4	68	51	30	2	16	1.57
757244--757273	15	2.0	15	93	0	51	33	3	0	63	1.11
757393--757453	21	2.9	21	82	0	77	45	29	1	22	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757526--757601	21	3.6	21	72	19	68	51	31	1	15	1.52
757526--757568	22	2.0	21	90	4	68	51	30	2	16	1.57
758111--758155	22	2.0	22	83	8	56	44	4	4	46	1.43
763394--763418	11	2.3	11	100	0	50	0	8	16	76	1.02
766271--766334	27	2.4	26	71	7	65	48	9	3	39	1.51
766432--766497	23	3.0	21	84	8	78	60	0	16	22	1.35
766425--766499	11	6.6	11	76	11	71	58	1	16	24	1.45
766551--766619	22	3.1	22	85	6	86	55	1	15	27	1.50
766551--766617	11	6.1	11	70	19	59	55	1	16	26	1.50
766560--766617	17	3.5	17	73	17	50	56	1	15	25	1.49
767284--767358	35	2.1	37	78	14	95	62	1	9	26	1.33
767292--767386	35	2.7	34	84	10	113	60	1	10	28	1.37
767305--767363	16	3.5	16	73	13	55	61	1	6	30	1.32
767482--767556	39	1.9	39	89	5	116	65	0	13	21	1.26
767509--767551	16	2.5	18	78	21	56	67	0	11	20	1.22
767482--767600	56	2.1	56	86	6	161	63	0	14	21	1.36
767490--767595	11	9.5	11	72	17	76	59	0	15	24	1.42
767888--767941	10	5.4	10	78	8	56	20	42	14	22	1.88
770104--770336	90	2.6	90	83	4	276	57	12	6	23	1.58
772610--772690	17	4.8	16	71	17	56	50	1	23	24	1.56
775198--775251	27	2.0	27	92	0	90	53	9	1	35	1.44
779510--779558	20	2.7	18	77	22	57	51	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779522--779582	25	2.4	26	81	10	72	52	4	1	40	1.33
785972--785996	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
790114--790468	188	1.9	183	92	2	593	42	21	9	27	1.82
793597--793627	14	2.2	14	100	0	62	12	6	19	61	1.53
800299--800332	17	1.9	18	88	5	52	5	11	2	79	1.02
806616--806682	1	67.0	1	75	0	62	88	10	1	0	0.59
806615--806682	20	3.3	20	87	8	102	86	11	1	0	0.63
806618--806682	29	2.2	30	91	2	105	87	10	1	0	0.61
807153--807216	32	1.9	32	84	6	83	70	1	15	12	1.24
808440--808691	127	2.0	128	92	0	425	28	21	22	28	1.99
810076--810354	127	2.2	127	94	0	486	29	22	21	26	1.99
810120--811201	44	25.7	41	68	12	390	28	21	21	27	1.99
810330--811274	127	7.4	127	90	0	1451	28	21	22	27	1.99
811958--811991	17	1.9	18	88	5	52	5	11	2	79	1.02
814496--814532	14	2.7	14	87	4	58	40	27	8	24	1.83
816789--816860	18	4.0	18	75	10	67	26	2	4	66	1.23
816789--816825	17	2.2	17	90	4	58	27	0	0	72	0.84
816846--816879	16	2.1	16	89	10	52	41	5	0	52	1.25
817884--817924	20	2.0	21	85	9	57	60	0	34	4	1.18
821164--821191	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
822775--822807	13	2.5	13	95	0	57	45	9	33	12	1.73
825371--825408	20	1.9	20	94	0	67	31	26	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834520--834560	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
835985--836015	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
840320--840383	20	3.2	21	86	4	71	23	28	15	32	1.95
840317--840383	30	2.2	30	80	12	75	22	26	14	35	1.93
863827--863881	4	13.8	4	77	11	51	0	25	0	74	0.82
863839--863881	9	4.8	9	86	11	61	0	20	0	79	0.74
868032--868083	27	1.9	27	88	7	79	46	11	3	38	1.59
874724--874766	14	2.9	14	86	10	50	0	9	13	76	1.01
875213--875247	17	2.1	18	89	10	56	71	0	2	25	1.00
889912--890142	114	2.0	115	99	0	455	41	6	5	45	1.54
890646--890688	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
890685--890741	18	3.4	18	67	30	54	24	21	19	35	1.96
890673--890748	31	2.5	31	93	0	134	19	22	22	35	1.96
890852--891072	43	5.1	45	78	9	160	19	20	30	29	1.97
890844--891072	86	2.7	86	86	4	275	19	20	30	30	1.97
890907--891094	43	4.4	43	83	1	207	23	22	27	26	2.00
891080--891258	43	4.2	43	78	1	144	31	29	17	21	1.96
891062--891258	86	2.3	86	80	6	220	29	29	18	22	1.97
891118--891265	43	3.4	43	80	0	161	33	28	16	20	1.95
891119--891290	86	2.0	86	81	0	200	30	27	17	23	1.97
891616--891728	21	5.4	21	74	10	79	7	40	15	37	1.74
891699--891864	66	2.5	66	85	3	210	12	28	18	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903621--903688	14	4.9	14	72	16	52	41	33	0	25	1.56
904238--904477	41	5.8	43	76	8	230	38	23	23	15	1.92
904218--904477	82	3.2	82	90	2	380	38	23	22	14	1.91
923448--923700	128	2.0	128	92	0	425	30	26	11	31	1.92
924178--924249	31	2.3	31	90	4	110	37	9	13	38	1.78
944021--944125	42	2.5	42	84	1	129	27	19	21	31	1.97
943974--944138	43	3.9	42	76	13	158	24	18	26	30	1.98
948304--948408	49	2.1	48	81	6	113	61	8	2	26	1.39
952121--952304	51	3.6	51	81	5	214	30	12	24	32	1.92
952121--952203	26	3.2	26	65	27	68	30	12	25	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5