Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold2914
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 495
Length: 825
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.21, T:0.42
Found at i:351 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 307--354 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
297 GGAATTTGGA
* *
307 ATCGATAAATGCGGTT
1 ATCGATACATGCGATT
* *
323 ATCGAAACGTGCGATT
1 ATCGATACATGCGATT
339 ATCGATACATGCGATT
1 ATCGATACATGCGATT
355 TGTTGTGTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 26 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (16 bp):
ATCGATACATGCGATT
Found at i:393 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 353--586 Score: 199
Period size: 31 Copynumber: 7.7 Consensus size: 31
343 ATACATGCGA
* *
353 TTTGTTGTGTTTGATTGTGTTTCATGGTGTG
1 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
384 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
1 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
* *
415 TTTGTTGTGTTTGA-TGTGTTTGAT--TGTG
1 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
443 TTTCATGATGTGTTTG-TTGTG-TT--TGATGTG
1 -TT--TGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
* *
473 TTTGATTGTGTTTCA-TGATGTGTT--TGTTGTG
1 TTTGA-TGTGTTTGATTG-TGT-TTCATGATGTG
*
504 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTA
1 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
* * *
535 TTTGTTGTGTTT-AATGTGTTTGAT--TGTG
1 TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
563 TTTCATGATGTGTTTG-TTGTGTTT
1 -TT--TGATGTGTTTGATTGTGTTT
587 GATGTGTTTT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 16, Indels: 36
0.76 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.02
28 17 0.10
29 10 0.06
30 36 0.21
31 103 0.61
ACGTcount: A:0.10, C:0.03, G:0.29, T:0.58
Consensus pattern (31 bp):
TTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTG
Found at i:427 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 380--614 Score: 418
Period size: 40 Copynumber: 5.9 Consensus size: 40
370 TGTTTCATGG
380 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
1 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
420 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
1 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
460 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
1 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
*
500 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTATTTGT
1 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
*
540 TGTGTTTAATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
1 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
* * *
580 TGTGTTTGATGTGTTTTA-GGTGTATCATGATGTGT
1 TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGT
615 ATATTGCGTT
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 7, Indels: 1
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.08
40 173 0.92
ACGTcount: A:0.11, C:0.03, G:0.29, T:0.57
Consensus pattern (40 bp):
TGTGTTTGATGTGTTTGATTGTGTTTCATGATGTGTTTGT
Found at i:602 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 353--595 Score: 144
Period size: 22 Copynumber: 12.2 Consensus size: 18
343 ATACATGCGA
*
353 TTTGTTGTGTTTGATTGTG
1 TTTGTGGTGTTTGA-TGTG
*
372 TTTCATGGTGTGTTTGATGTG
1 TTT-GT-G-GTGTTTGATGTG
*
393 TTTGATTGTGTTTCATGATGTG
1 TTTG-TGGTG-TT--TGATGTG
*
415 TTTGTTGTGTTTGATGTG
1 TTTGTGGTGTTTGATGTG
*
433 TTTGATTGTGTTTCATGATGTG
1 TTTG-TGGTG-TT--TGATGTG
*
455 TTTGTTGTGTTTGATGTG
1 TTTGTGGTGTTTGATGTG
*
473 TTTGATTGTGTTTCATGATGTG
1 TTTG-TGGTG-TT--TGATGTG
*
495 TTTGTTGTGTTTGATGTG
1 TTTGTGGTGTTTGATGTG
* *
513 TTTGATTGTGTTTCATGATGTA
1 TTTG-TGGTG-TT--TGATGTG
* *
535 TTTGTTGTGTTTAATGTG
1 TTTGTGGTGTTTGATGTG
*
553 TTTGATTGTGTTTCATGATGTG
1 TTTG-TGGTG-TT--TGATGTG
*
575 TTTGTTGTGTTTGATGTG
1 TTTGTGGTGTTTGATGTG
593 TTT
1 TTT
596 TAGGTGTATC
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 8, Indels: 47
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 52 0.27
19 26 0.13
20 21 0.11
21 33 0.17
22 61 0.32
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.29, T:0.58
Consensus pattern (18 bp):
TTTGTGGTGTTTGATGTG
Found at i:614 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 580--687 Score: 114
Period size: 30 Copynumber: 3.6 Consensus size: 30
570 ATGTGTTTGT
*
580 TGTGTTTGATGTGTTTTAGGTGTATCATGA
1 TGTGTTTGATGTGTTTTAGGTGTTTCATGA
* * *
610 TGTGTAT-ATTGCGTTTTACGTGTTTCATGA
1 TGTGTTTGA-TGTGTTTTAGGTGTTTCATGA
640 TGTGTTTGATGTGTTTGCTA--TGTTTCATGA
1 TGTGTTTGATGTGTTT--TAGGTGTTTCATGA
**
670 TGCATTTGATGTGTTTTA
1 TGTGTTTGATGTGTTTTA
688 TCCCGGTTCC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 10
0.79 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.03
29 1 0.02
30 60 0.91
31 1 0.02
32 2 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.06, G:0.26, T:0.52
Consensus pattern (30 bp):
TGTGTTTGATGTGTTTTAGGTGTTTCATGA
Done.