Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1536
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 955
Length: 1592
ACGTcount: A:0.20, C:0.11, G:0.31, T:0.37
Found at i:562 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 527--608 Score: 78
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
517 CTGTTGGAGG
527 GCTATTTCGGGGATATCCCAAGC-TGAATTAA
1 GCTATTTCGGGGATATCCCAA-CTTGAATTAA
* * * * *
558 GCTATGTCGCGGAAATACCAACTTGATTTAA
1 GCTATTTCGGGGATATCCCAACTTGAATTAA
*
589 GGTA-TTCTGGGGATATCCCA
1 GCTATTTC-GGGGATATCCCA
609 TTCAAATCCC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 10, Indels: 4
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.08
31 36 0.92
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (31 bp):
GCTATTTCGGGGATATCCCAACTTGAATTAA
Found at i:829 original size:37 final size:32
Alignment explanation
Indices: 730--853 Score: 160
Period size: 32 Copynumber: 3.9 Consensus size: 32
720 GGGATATCCT
*
730 ATTCCACGGATATCCCGGTTTAGGTTTATTCC
1 ATTCCACGCATATCCCGGTTTAGGTTTATTCC
*
762 ATTCCACTCATATCCCGGTTTAGGTTTATTCC
1 ATTCCACGCATATCCCGGTTTAGGTTTATTCC
*
794 ATTCCACGCATATCCCGGTTT-GGATTTATTCT
1 ATTCCACGCATATCCCGGTTTAGG-TTTATTCC
*** * *
826 ATTCTTTGCATATCCCGGCTTGGGTTTA
1 ATTCCACGCATATCCCGGTTTAGGTTTA
854 AGGGTTTAGG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 8, Indels: 4
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.02
32 78 0.95
33 2 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.25, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (32 bp):
ATTCCACGCATATCCCGGTTTAGGTTTATTCC
Found at i:866 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 847--1592 Score: 496
Period size: 7 Copynumber: 104.9 Consensus size: 7
837 ATCCCGGCTT
847 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
855 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
862 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
869 GGGTTTG
1 GGGTTTA
876 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
884 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
891 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
898 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
905 GGGTGTCA
1 GGGT-TTA
* *
913 -GGTGTC
1 GGGTTTA
* *
919 GGGTGTC
1 GGGTTTA
*
926 GGGTGTA
1 GGGTTTA
933 GGGTTTA
1 GGGTTTA
940 GGGTTTA
1 GGGTTTA
* *
947 GTGTTAA
1 GGGTTTA
954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
961 GGATTTA
1 GGGTTTA
968 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
*
976 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
983 GGGGGTTA
1 -GGGTTTA
991 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
999 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
*
1007 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
1014 GAGGGTTA
1 G-GGTTTA
1022 GGGGGTTT-
1 --GGGTTTA
1030 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1037 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1044 -GGTTTA
1 GGGTTTA
1050 -GGTTTA
1 GGGTTTA
1056 -GGTTTA
1 GGGTTTA
1062 -GGTTTA
1 GGGTTTA
1068 -GGTTTA
1 GGGTTTA
1074 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
1080 GGG-TTC
1 GGGTTTA
*
1086 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1093 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1100 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1107 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1114 GGGCTTA
1 GGGTTTA
1121 GGGCTTT-
1 GGG-TTTA
*
1128 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1135 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1142 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1149 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1156 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1163 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1170 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1177 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1184 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1191 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1198 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1205 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1212 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1219 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1226 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1233 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1240 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1247 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1254 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1261 GGGCTTA
1 GGGTTTA
*
1268 GGGCTGTA
1 GGG-TTTA
*
1276 GGGTTTG
1 GGGTTTA
1283 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1290 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
1298 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
1305 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
1312 GGGTTTG
1 GGGTTTA
1319 GGGTTGTA
1 GGGTT-TA
*
1327 GGGTTTG
1 GGGTTTA
1334 GGGTTGTA
1 GGGTT-TA
**
1342 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
1349 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
1356 GGGTTCG
1 GGGTTTA
1363 GGGTTT-
1 GGGTTTA
1369 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
1378 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1385 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1392 GGGTTCTA
1 GGGTT-TA
1400 GGGTTCTA
1 GGGTT-TA
1408 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1415 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
1422 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
1429 GGG-GTA
1 GGGTTTA
* *
1435 GAGGGTTG
1 G-GGTTTA
*
1443 GGGGTT-
1 GGGTTTA
* *
1449 GGGGTTC
1 GGGTTTA
***
1456 GGGTACG
1 GGGTTTA
**
1463 GGGTTCGG
1 GGGTT-TA
1471 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1478 GGGTTTA
1 GGGTTTA
**
1485 GGGTTCGG
1 GGGTT-TA
1493 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1500 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1507 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
1515 AGG-TTA
1 GGGTTTA
1521 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
1529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1536 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
1543 GGGTTTT
1 GGGTTTA
1550 GAGG-TTA
1 G-GGTTTA
1557 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
1565 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
1573 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1580 GGGTTTA
1 GGGTTTA
1587 GGGTTT
1 GGGTTT
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 56, Indels: 67
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
6 68 0.10
7 442 0.68
8 131 0.20
9 7 0.01
10 1 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.05, G:0.46, T:0.37
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:991 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 965--1043 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 3.4 Consensus size: 23
955 GGTTTAGGAT
*
965 TTAGGGTTTAAGGGGTTAGGGGG
1 TTAGGGTTTAAGGGGTTAAGGGG
*
988 TTAGGGTTTAAGGGTTTAAGGGG
1 TTAGGGTTTAAGGGGTTAAGGGG
* * * *
1011 TTAGAGGGTTAGGGGGTT-TGGGT
1 TTAG-GGTTTAAGGGGTTAAGGGG
1034 TTAGGGTTTA
1 TTAGGGTTTA
1044 GGTTTAGGTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 3
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.11
23 32 0.68
24 10 0.21
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.47, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
TTAGGGTTTAAGGGGTTAAGGGG
Found at i:1028 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 975--1025 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
965 TTAGGGTTTA
*
975 AGGGGTTAGGGGGTT
1 AGGGGTTAGAGGGTT
*
990 AGGGTTTA-AGGGTTT
1 AGGGGTTAGAGGG-TT
1005 AAGGGGTTAGAGGGTT
1 -AGGGGTTAGAGGGTT
1021 AGGGG
1 AGGGG
1026 GTTTGGGTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.10
15 14 0.47
16 9 0.30
17 4 0.13
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.53, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
AGGGGTTAGAGGGTT
Found at i:1033 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1025--1081 Score: 96
Period size: 6 Copynumber: 9.3 Consensus size: 6
1015 AGGGTTAGGG
*
1025 GGTTTG GGTTTA GGGTTTA GGTTTA GGTTTA GGTTTA GGTTTA GGTTTA
1 GGTTTA GGTTTA -GGTTTA GGTTTA GGTTTA GGTTTA GGTTTA GGTTTA
1074 GGTTTA GG
1 GGTTTA GG
1082 GTTCGGGCTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
6 43 0.88
7 6 0.12
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.39, T:0.47
Consensus pattern (6 bp):
GGTTTA
Done.