genome.fa.s143.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold224
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1473716

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881717--881946	115	2.0	116	92	4	385	40	9	7	42	1.65
884019--884071	24	2.2	25	96	3	99	16	18	16	47	1.83
888176--888233	28	2.1	28	96	0	107	34	32	13	18	1.91
895314--895397	40	2.1	40	82	4	98	33	21	0	45	1.52
895383--895446	30	2.1	31	94	2	112	35	0	0	64	0.94
895539--895568	14	2.1	15	93	6	53	26	0	6	66	1.16
896531--896555	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
897207--897241	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
897501--897555	24	2.3	24	90	0	92	43	30	21	3	1.70
897785--898011	29	7.7	29	85	9	300	44	30	0	24	1.57
897762--898011	92	2.8	90	85	6	341	44	29	0	24	1.59
897908--897954	23	2.0	23	84	8	60	38	36	2	23	1.67
898353--898629	28	9.8	28	89	1	383	50	24	0	24	1.55
898353--898629	57	4.9	56	87	2	392	50	24	0	24	1.55
898628--898682	26	2.1	26	100	0	110	25	7	7	60	1.49
898778--898802	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
901728--901967	127	1.9	127	98	0	462	32	21	15	30	1.94
903963--904038	17	4.7	17	70	18	63	35	1	0	63	1.03
904022--904076	26	2.1	26	93	0	92	29	3	0	67	1.08
903968--904064	9	10.8	9	69	11	56	30	2	0	67	1.03
904033--904090	26	2.2	25	85	11	73	27	3	1	67	1.17
918369--918420	19	2.6	19	85	11	61	30	1	3	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919611--919649	19	2.1	19	95	0	69	71	0	0	28	0.86
921398--921432	19	1.9	17	88	11	52	22	0	11	65	1.24
921398--921438	18	2.2	19	83	12	50	24	2	9	63	1.37
928561--928611	15	3.5	15	78	5	59	25	0	0	74	0.82
928552--928626	34	2.2	34	79	9	82	36	0	0	64	0.94
928555--928611	29	1.9	30	89	3	89	29	0	0	70	0.88
928563--928630	34	1.9	35	85	5	93	29	0	0	70	0.87
928592--928617	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
930388--930440	23	2.3	23	90	0	88	35	0	0	64	0.94
930410--930441	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
933070--933199	45	2.9	45	90	0	197	19	18	21	40	1.91
934176--934235	30	2.0	31	86	3	86	55	5	10	30	1.54
934540--934642	49	2.2	47	91	6	165	7	57	1	33	1.39
949806--950076	42	6.4	42	92	3	411	25	25	21	28	1.99
952230--952296	17	3.6	17	72	18	62	28	11	13	46	1.79
952217--952295	39	2.0	39	97	0	149	27	11	15	45	1.80
957297--957375	39	2.0	39	92	0	131	30	11	12	45	1.77
958652--958689	14	2.6	16	84	16	55	68	2	0	28	1.03
971042--971242	99	2.0	99	100	0	402	39	11	14	34	1.83
997023--997205	92	2.0	92	96	0	339	37	22	13	26	1.92
1001741--1001793	24	2.3	23	80	6	61	45	3	3	47	1.39
1002453--1002495	22	2.0	22	85	0	59	16	16	13	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008011--1008057	13	3.6	13	82	0	58	29	2	25	42	1.67
1020938--1021064	36	3.1	42	78	13	117	31	22	11	34	1.90
1020983--1021085	36	2.9	35	89	4	152	32	19	12	35	1.89
1021326--1021537	30	7.1	30	100	0	424	36	36	6	19	1.78
1022481--1022574	40	2.4	38	81	8	111	31	26	18	23	1.97
1023607--1023667	12	4.8	12	73	15	50	3	22	3	70	1.17
1029041--1029103	13	4.9	13	77	11	76	36	23	7	31	1.84
1030512--1030563	7	7.6	7	93	6	81	86	0	0	13	0.57
1055265--1055305	21	2.0	21	85	9	57	65	0	0	34	0.93
1057084--1057154	31	2.3	31	82	4	81	39	12	8	39	1.74
1057663--1057722	31	2.0	31	90	3	95	40	10	8	41	1.69
1071806--1071872	27	2.5	27	100	0	134	31	22	32	13	1.92
1071871--1071956	19	4.6	19	72	16	81	33	0	9	56	1.31
1071916--1071961	21	2.1	22	88	4	67	26	0	10	63	1.27
1071872--1071974	55	1.9	52	92	5	170	33	0	8	58	1.29
1071998--1072033	11	3.3	11	88	0	54	38	5	5	50	1.49
1072243--1072319	27	2.9	28	90	3	115	19	38	24	16	1.92
1080663--1080770	41	2.6	41	91	0	171	30	21	25	22	1.98
1080745--1080794	26	1.9	26	92	8	84	24	18	32	26	1.97
1086700--1086889	41	4.6	41	78	8	161	25	18	24	31	1.97
1099204--1099240	17	2.2	17	90	0	56	67	0	0	32	0.91
1101361--1101500	69	2.0	69	90	0	217	25	26	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1102502--1102574	35	2.1	35	100	0	146	43	8	15	32	1.76
1107893--1107925	14	2.3	15	89	5	50	69	15	0	15	1.19
1111225--1111261	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
1114629--1114669	14	3.1	14	72	13	50	24	12	4	58	1.53
1120921--1121697	346	2.2	346	96	1	1441	49	10	4	35	1.58
1121839--1121919	40	2.0	40	97	0	153	50	16	4	28	1.65
1121988--1122062	27	2.8	27	81	0	87	24	30	25	20	1.98
1133548--1133682	34	4.1	33	75	15	102	43	0	14	42	1.45
1133593--1133689	34	2.9	32	83	10	113	43	0	14	42	1.45
1133758--1134149	125	3.1	124	86	3	520	38	17	15	28	1.90
1139844--1139870	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1139839--1139885	18	2.6	18	80	6	51	48	2	2	46	1.25
1141593--1141631	16	2.4	17	86	8	62	10	7	20	61	1.52
1147172--1147211	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
1147195--1147235	20	2.0	20	90	0	64	26	9	12	51	1.70
1147180--1147246	34	1.9	35	87	3	100	31	8	11	47	1.71
1149937--1149965	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1150467--1150497	14	2.2	14	94	0	53	48	6	3	41	1.45
1153779--1153828	14	3.4	16	74	20	56	44	0	10	46	1.37
1153954--1153988	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1154221--1154254	16	2.1	16	88	0	50	23	32	8	35	1.86
1166023--1166069	23	2.0	24	87	4	69	36	2	4	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1172140--1172165	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
1177979--1178050	38	1.9	37	88	2	108	47	4	0	48	1.21
1191016--1191085	36	2.0	36	91	2	115	48	5	11	34	1.63
1200826--1200875	25	2.0	25	100	0	100	48	16	8	28	1.74
1202631--1202854	50	4.6	49	76	10	199	27	19	19	33	1.96
1202605--1202858	95	2.6	97	85	4	307	27	20	20	31	1.97
1202995--1203128	45	2.8	47	82	7	173	24	23	20	30	1.99
1203103--1203774	100	6.8	100	89	0	911	22	20	23	33	1.97
1203003--1203774	200	3.9	199	86	3	920	23	20	23	32	1.98
1203008--1203761	50	15.3	50	69	6	394	22	20	23	32	1.98
1204852--1204897	22	2.1	22	92	8	76	13	13	0	73	1.09
1204852--1204896	7	6.3	7	87	10	65	13	13	0	73	1.10
1205696--1205732	16	2.2	16	90	4	56	5	10	0	83	0.79
1205742--1205781	8	4.8	8	93	6	62	12	0	10	77	0.99
1205742--1205781	17	2.4	17	91	8	64	12	0	10	77	0.99
1208683--1208724	14	2.8	15	78	10	50	69	9	2	19	1.28
1211506--1211695	90	2.1	90	80	9	210	40	20	7	32	1.81
1211731--1211873	10	15.6	9	65	13	51	60	1	2	35	1.20
1211741--1211776	19	1.9	19	88	5	56	55	0	5	38	1.23
1211731--1211838	46	2.3	47	78	12	114	59	0	2	37	1.18
1211784--1211824	18	2.4	16	84	11	55	51	0	0	48	1.00
1211759--1211811	26	2.0	28	88	7	83	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1211760--1211823	25	2.4	27	82	5	78	54	0	0	45	0.99
1216041--1216111	37	1.9	37	91	0	115	19	16	9	53	1.71
1244283--1244322	19	1.9	19	85	14	53	55	2	0	42	1.13
1244645--1244919	136	2.0	137	98	1	534	34	4	5	55	1.43
1248604--1248651	16	2.9	17	80	17	57	20	0	8	70	1.12
1254283--1254396	25	4.6	25	81	3	88	30	23	24	21	1.99
1254316--1254396	25	3.2	25	84	3	101	32	19	28	19	1.97
1256799--1256879	3	27.3	3	87	2	101	33	4	1	60	1.26
1257610--1258248	109	5.9	109	94	0	967	31	16	17	34	1.92
1257610--1258248	217	2.9	216	91	0	981	31	16	17	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6