genome.fa.s1454.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold432
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  253078

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 103 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3201--3281	38	2.2	37	80	14	87	34	24	0	40	1.56
6152--6197	16	2.6	18	83	12	60	50	21	10	17	1.77
6879--6942	23	2.8	23	83	9	78	32	9	12	45	1.74
9135--9177	21	2.0	21	81	0	50	58	0	9	32	1.30
13037--13091	23	2.3	24	87	6	76	76	9	3	10	1.13
14366--17500	176	17.8	176	99	0	6216	28	20	24	26	1.99
17388--17624	124	1.9	124	98	0	456	30	18	24	26	1.98
17708--17802	44	2.2	44	92	3	156	27	15	26	30	1.96
17212--17758	300	1.8	300	98	0	1067	28	19	24	26	1.99
17547--17819	44	6.2	44	65	16	136	27	20	23	28	1.99
17783--17919	44	3.1	44	67	6	116	30	19	24	24	1.98
17769--17941	87	2.0	87	89	2	267	29	23	23	23	1.99
17793--17973	87	2.1	87	85	0	236	28	22	25	23	1.99
18328--18484	44	3.5	45	76	12	146	29	24	22	24	1.99
18020--18444	218	1.9	218	87	0	627	28	20	24	26	1.99
18333--18442	45	2.5	46	79	10	120	29	25	24	20	1.99
19014--19058	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
19488--19839	3	117.3	3	100	0	704	33	0	0	66	0.92
20209--20320	30	3.8	29	80	8	127	35	24	1	38	1.66
20209--20333	30	4.2	28	77	14	101	35	22	3	39	1.70
20223--20369	30	5.0	29	74	13	95	33	25	2	39	1.67
21076--21131	10	5.4	11	79	16	57	80	1	16	1	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21076--21136	21	2.9	21	80	9	54	80	3	14	1	0.92
21206--21279	27	2.7	27	93	4	121	16	48	29	5	1.68
21670--22142	18	25.8	18	70	16	183	31	12	10	44	1.77
21759--21859	17	5.6	18	77	13	82	31	15	8	43	1.78
22073--22158	36	2.3	38	83	13	108	32	11	10	45	1.75
26124--26172	21	2.3	21	78	0	53	51	0	30	18	1.47
27644--27696	19	2.8	19	78	16	56	39	1	18	39	1.62
29713--29758	22	2.1	22	83	0	56	58	0	8	32	1.28
34205--34242	14	2.6	15	91	4	60	2	18	0	78	0.86
36328--36373	24	2.0	23	86	4	65	2	10	8	78	1.05
43959--44002	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
47184--47219	18	2.0	18	88	0	54	33	5	8	52	1.55
58797--58836	16	2.5	16	83	0	53	60	0	5	35	1.19
59226--59283	9	6.4	9	83	0	71	44	22	6	25	1.77
59234--59283	18	2.8	18	93	0	91	44	24	8	24	1.80
60098--60122	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
60610--60761	45	3.3	45	69	13	148	40	1	11	46	1.51
60601--60789	92	2.0	93	98	1	371	39	2	11	46	1.52
65639--65711	37	2.0	37	97	0	137	10	15	17	56	1.67
68685--68714	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
70720--70767	21	2.2	22	77	3	53	37	2	8	52	1.44
71167--71208	22	1.9	22	90	9	68	59	4	0	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74768--74831	26	2.3	26	84	12	76	35	0	0	64	0.94
85502--85537	18	2.1	17	89	5	54	30	8	5	55	1.52
85502--85542	17	2.3	18	87	4	57	31	7	4	56	1.48
85987--86013	13	2.1	13	100	0	54	25	0	22	51	1.48
87337--87710	181	2.1	178	85	7	494	37	21	19	21	1.94
88247--88277	12	2.6	12	100	0	62	58	9	25	6	1.54
97595--97641	22	2.1	22	88	0	67	61	2	2	34	1.20
99781--100025	39	6.3	39	82	2	260	34	19	12	33	1.89
101136--101194	23	2.7	21	80	14	66	35	16	8	38	1.80
102691--102729	14	2.9	14	88	3	53	79	0	7	12	0.93
104447--104494	16	3.0	16	78	0	51	58	0	2	39	1.10
105450--106199	234	3.1	234	92	4	1175	39	20	18	21	1.93
108960--109006	16	2.9	16	84	6	51	53	2	6	38	1.39
111552--111580	14	2.0	15	93	6	51	48	13	0	37	1.43
114412--114482	35	2.0	35	94	0	124	42	21	12	23	1.87
116032--116088	28	2.0	28	96	0	105	45	17	3	33	1.65
120367--120392	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
121042--121097	26	2.2	26	100	0	112	17	16	17	48	1.82
125522--125553	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
126602--126643	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
126617--126671	22	2.5	22	84	0	74	43	1	1	52	1.22
137744--137776	11	2.8	12	86	9	50	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141073--141130	31	1.9	30	85	3	80	37	8	8	44	1.66
148642--148724	40	2.1	40	97	0	157	50	16	4	27	1.65
150622--150663	21	1.9	22	85	9	59	47	4	0	47	1.23
162535--162584	20	2.8	17	82	17	57	42	4	2	52	1.31
171164--171190	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
176532--177032	132	3.8	132	93	1	799	25	24	18	31	1.98
176829--177025	44	4.5	44	67	14	127	24	26	18	29	1.98
177114--177936	50	16.5	50	72	4	440	23	22	22	30	1.99
177148--177588	100	4.4	100	85	2	546	24	22	22	30	1.99
177564--177947	200	1.9	201	86	2	549	22	21	23	31	1.98
177083--177941	150	5.7	150	75	4	532	23	22	22	31	1.98
180451--180489	6	6.2	6	88	11	60	2	15	0	82	0.79
180451--180487	7	5.6	7	90	3	51	2	13	0	83	0.74
180451--180487	14	2.8	13	92	8	58	2	13	0	83	0.74
180451--180489	13	3.1	12	89	10	60	2	15	0	82	0.79
180502--180548	20	2.2	21	85	11	69	6	2	10	80	0.96
181412--181438	14	1.9	14	100	0	54	88	0	3	7	0.61
182369--182423	26	2.0	28	86	6	78	45	0	9	45	1.35
196242--196287	21	2.2	21	84	0	56	52	2	4	41	1.33
196495--196565	29	2.4	30	81	9	83	46	9	5	38	1.61
197202--197393	103	1.9	101	84	8	255	52	9	5	31	1.58
198505--198533	14	2.1	14	100	0	58	0	6	0	93	0.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198509--198533	13	1.9	13	100	0	50	0	4	0	96	0.24
199498--199558	18	3.2	18	68	20	52	21	8	9	60	1.54
205156--205375	73	3.0	73	100	0	440	29	15	23	32	1.95
212343--212431	43	2.1	41	91	4	142	37	4	4	53	1.41
212355--212427	24	3.3	23	68	18	64	36	5	4	53	1.43
220391--220424	16	2.2	16	89	5	52	29	32	32	5	1.81
221910--221939	6	4.8	6	95	4	51	36	0	0	63	0.95
232344--232382	11	3.7	10	89	6	51	33	0	2	64	1.08
232342--232409	20	3.4	19	82	8	55	33	1	4	60	1.26
232355--232409	19	2.8	20	83	5	67	36	1	3	58	1.26
233301--233338	20	1.9	20	94	0	67	50	0	13	36	1.42
233302--233354	20	2.6	20	81	3	61	54	0	7	37	1.29
234678--234732	23	2.4	23	93	3	94	23	14	20	41	1.89
235064--235123	30	2.0	30	83	0	75	28	56	8	6	1.54
246327--246465	68	2.0	68	97	0	260	31	17	18	31	1.95

Tables:   1

The End!