genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3824748

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660947--661357	44	9.5	43	69	11	175	29	22	22	25	1.99
660993--661357	172	2.1	172	94	0	631	29	22	22	25	1.99
660993--661415	172	2.5	172	90	1	614	29	21	23	25	1.99
664575--664714	40	3.6	39	81	6	140	30	22	20	27	1.98
664576--664714	37	3.5	40	79	6	131	30	23	20	26	1.98
664873--664919	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
665592--665645	23	2.2	25	80	12	67	0	24	3	72	1.01
665606--665681	17	4.6	16	74	8	62	5	14	2	77	1.05
665658--665705	18	2.6	18	80	3	51	25	4	0	70	1.04
665672--665727	29	1.9	29	81	0	67	37	1	0	60	1.07
668617--668732	46	2.5	45	75	10	119	56	11	10	22	1.64
671106--671384	138	2.0	139	99	0	551	34	8	5	51	1.56
672267--672305	21	1.9	20	89	5	60	74	0	7	17	1.05
680743--680793	21	2.4	21	90	0	75	50	17	0	31	1.46
684102--684136	15	2.3	15	90	5	52	0	14	2	82	0.77
684103--684136	14	2.2	16	90	10	54	0	14	2	82	0.79
686429--686474	16	2.8	16	83	6	56	36	32	6	23	1.81
687640--687670	16	1.9	16	93	0	53	32	45	0	22	1.53
691662--691706	16	2.8	16	82	3	63	31	4	24	40	1.75
691731--691786	16	3.4	16	80	4	58	28	3	28	39	1.73
693120--693280	83	2.0	81	93	2	277	30	24	19	25	1.98
696396--696445	19	2.5	20	78	12	59	64	0	6	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696508--696559	27	1.9	27	92	0	86	40	0	1	57	1.10
696508--696577	27	2.5	27	81	9	70	37	0	1	61	1.05
702286--702330	23	2.0	23	86	4	65	48	0	6	44	1.29
703006--703041	16	2.2	16	90	0	54	50	5	16	27	1.68
703028--703114	44	2.0	45	88	6	133	35	4	21	37	1.74
704209--704286	38	2.0	39	87	2	113	50	17	16	15	1.79
711454--711495	18	2.3	18	92	8	68	9	33	7	50	1.62
720236--720280	21	2.2	21	84	4	56	44	6	2	46	1.42
730389--730451	19	3.3	19	95	0	117	36	7	17	38	1.79
730389--730503	38	2.9	39	82	12	137	38	7	13	40	1.74
735775--735818	19	2.3	19	84	0	52	20	36	22	20	1.95
736728--736787	3	20.7	3	79	6	70	36	3	0	60	1.14
739276--739302	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
740853--740916	34	1.9	33	87	9	94	62	1	9	26	1.35
741509--741535	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
744319--744422	43	2.5	42	83	1	127	30	16	22	30	1.95
744999--745074	25	3.1	25	73	7	93	25	15	17	42	1.88
744972--745098	23	5.3	23	66	7	74	26	14	17	40	1.88
744972--745203	97	2.4	96	83	2	313	26	14	15	43	1.85
744972--745205	48	4.8	49	87	1	312	26	14	14	44	1.84
746624--746652	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
746985--747086	37	2.8	37	82	4	127	32	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747111--747156	19	2.4	19	96	0	83	19	21	30	28	1.98
747134--747393	69	3.8	68	74	7	238	28	19	23	28	1.98
751408--751459	20	2.5	19	75	25	52	34	3	7	53	1.48
752867--752892	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
754488--754575	22	4.4	21	74	17	71	56	0	1	42	1.06
756145--756191	19	2.5	19	85	0	67	36	0	0	63	0.94
756116--756430	157	2.0	158	99	0	623	33	1	9	55	1.41
756302--756348	19	2.5	19	85	0	67	36	0	0	63	0.94
756917--757126	43	4.9	43	92	0	330	23	31	18	26	1.97
757449--757497	21	2.3	21	89	0	71	4	44	16	34	1.66
757468--757636	66	2.6	66	83	4	200	14	28	17	39	1.90
759208--759416	16	13.0	16	72	21	129	33	1	18	45	1.58
759204--759441	25	9.4	25	71	21	149	34	1	18	45	1.58
759204--759312	57	1.9	57	88	0	164	33	2	18	45	1.64
759385--759477	41	2.3	41	88	3	134	34	1	18	46	1.56
759432--759479	25	1.9	25	86	0	69	33	2	18	45	1.61
759516--759561	8	6.2	8	80	19	64	26	0	15	58	1.37
759460--759553	20	4.7	20	83	8	129	30	1	14	53	1.49
759734--759826	21	4.1	21	66	15	51	47	3	3	46	1.35
760842--760866	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
761244--761297	24	2.2	24	90	0	81	31	0	40	27	1.57
761378--762097	375	1.9	375	83	2	917	31	20	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762122--762170	19	2.5	19	83	3	62	20	2	4	73	1.10
762123--762175	25	2.1	26	82	3	63	18	3	3	73	1.14
762573--762637	21	3.1	21	73	20	64	35	41	0	23	1.55
762911--762964	22	2.5	22	81	3	56	35	42	1	20	1.63
762477--763398	309	2.9	309	83	8	1147	41	27	2	28	1.69
763688--764174	41	11.8	41	84	4	561	34	28	19	17	1.95
766778--766819	6	7.0	6	86	0	57	66	19	2	11	1.34
770014--770098	27	3.1	27	84	0	107	16	22	38	22	1.92
774376--774501	43	3.1	43	64	25	101	54	11	8	24	1.65
774331--774551	78	2.9	78	88	2	304	55	11	8	25	1.63
774376--774588	78	2.8	74	86	6	229	54	11	7	25	1.64
774741--774827	33	2.6	33	80	7	113	25	12	44	17	1.83
775989--776177	51	3.7	50	78	3	191	23	16	28	31	1.97
775991--776122	50	2.6	50	81	1	165	25	18	26	29	1.98
776182--776522	42	8.1	43	77	9	310	20	16	25	36	1.94
776182--776477	84	3.5	84	91	0	484	20	16	25	37	1.93
780750--780835	41	2.1	41	97	2	165	31	13	18	36	1.90
782720--782940	51	4.4	51	77	6	209	25	15	28	30	1.96
782945--783156	84	2.5	84	93	0	361	20	16	25	38	1.92
788010--788258	50	4.9	50	79	7	211	29	20	26	23	1.99
792152--792202	20	2.5	20	81	6	59	54	0	1	43	1.11
792139--792201	25	2.5	26	70	14	62	53	0	1	44	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801859--801949	25	3.7	24	83	1	92	30	21	24	23	1.99
801839--801946	50	2.2	49	80	6	128	30	21	25	22	1.98
801869--801950	25	3.3	25	82	3	103	32	21	25	19	1.97
801905--802010	24	4.4	24	73	13	85	33	21	26	17	1.96
801869--801994	48	2.6	49	80	7	114	34	20	26	18	1.95
803983--804036	25	2.2	25	93	0	90	14	25	40	18	1.89
806847--806895	20	2.5	20	83	6	55	51	4	2	42	1.32
806864--806902	20	1.9	21	84	5	53	56	5	2	35	1.35
806884--806932	25	2.0	25	88	8	73	57	2	0	40	1.10
817723--817818	49	2.0	49	83	4	122	34	11	18	35	1.87
825423--825451	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
826491--826622	42	3.1	41	77	6	129	20	16	22	40	1.91
826496--826578	43	2.0	42	87	2	121	21	14	22	40	1.90
826502--826622	43	2.9	42	80	7	120	20	16	23	39	1.92
826505--826639	42	3.2	41	74	14	121	21	16	22	40	1.91
828063--828101	16	2.3	17	86	8	53	25	35	0	38	1.56
836779--836814	18	2.0	18	100	0	72	11	22	44	22	1.84
837042--837321	54	5.2	54	85	2	377	42	17	21	18	1.90
837033--837321	27	10.8	26	81	5	258	41	19	20	18	1.91
837021--837323	80	3.8	81	85	3	398	41	18	20	19	1.90
837515--837602	26	3.4	26	87	0	131	17	23	21	37	1.94
837711--837798	30	2.9	30	86	0	122	20	26	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841547--841605	4	14.8	4	100	0	118	50	23	0	25	1.49
850262--850369	42	2.6	42	80	0	117	23	17	18	40	1.91
853232--853257	12	2.2	12	100	0	52	38	15	7	38	1.76
853447--853738	47	6.2	47	95	1	512	40	20	16	23	1.91
853447--853738	95	3.1	94	95	1	512	40	20	16	23	1.91
853447--853740	142	2.1	142	95	0	534	40	20	15	23	1.91
854578--854675	42	2.3	42	94	0	169	27	24	10	37	1.88
855537--855574	20	1.9	20	88	0	58	36	10	0	52	1.36
858613--858643	16	1.9	16	93	0	53	25	41	32	0	1.56
875392--875442	21	2.4	21	93	3	84	35	23	5	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14