Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold3289
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 462
Length: 771
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.24, T:0.44
Found at i:106 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 42--116 Score: 98
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 37
32 TTAAGTTTGT
*
42 AAAATTATTAATTAATAAACTGTATTAATGGTTAGTA
1 AAAATTATAAATTAATAAACTGTATTAATGGTTAGTA
* *
79 AAAATTATCAAATTATATAAA-TTTATTAATTGTTAGTA
1 AAAATTAT-AAATTA-ATAAACTGTATTAATGGTTAGTA
117 CCAGTCAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
37 8 0.24
38 20 0.61
39 5 0.15
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (37 bp):
AAAATTATAAATTAATAAACTGTATTAATGGTTAGTA
Found at i:275 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 219--704 Score: 602
Period size: 29 Copynumber: 16.7 Consensus size: 29
209 ATGAAAAATT
219 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* *
248 ATTAGGTTAGGGTTATGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
278 ATTAAATTAGGTT-GGAGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGG-GTTAGGGTTTTTA
* ** *
307 AATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * *
336 ATTAATTTAGGTTAGGGTTAAGGTTTGTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
365 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTA
*
395 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
424 ATTAAATTAGGTT-GGAGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGG-GTTAGGGTTTTTA
* ** *
453 AATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * *
482 ATTAATTTAGGTTAGGGTTAAGGTTTGTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
511 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTA
*
541 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
570 ATTAAATTAGGTT-GGAGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGG-GTTAGGGTTTTTA
* ** *
599 AATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * *
628 ATTAATTTAGGTTAGGGTTAAGGTTTGTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
*
657 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTA
687 ATTAAGTTAGG-TAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTT
705 TTTATTTAAT
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 59, Indels: 20
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.01
29 284 0.73
30 99 0.26
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.29, T:0.45
Consensus pattern (29 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:351 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 219--740 Score: 617
Period size: 117 Copynumber: 4.5 Consensus size: 116
209 ATGAAAAATT
*
219 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTAGGGTTATGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
* *** *
284 TTAGGTT-GGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
65 TTAGGTTAGG-GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * ** *
336 ATTAATTTAGGTTAGGGTTAAGGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAG
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTAATTAAA
*
401 TTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAATTAGGTT-GGAGTTAGGGTTTTTA
65 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG-GTTAGGGTTTTTA
* ** * ** * *
453 AATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGTTAGGGTTAAGGTTTGTAATTAAAT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAAT
* *
518 TAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTA
66 TAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * * *
570 ATTAAATTAGGTT-GGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAT
1 ATTAAGTTAGGTTAGG-GTTAGGGTTTTTAATTAGGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
* *
634 TTAGGTTAGGGTTAAGGTTTGTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTA
65 TTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTA
*
687 ATTAAGTTAGG-TAGGGTT---TTTATTTAATTAGGTTAGGGTTTAGGGTTAAGGGTT
1 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTT-TTTAATTAGGTTA-GG-TTAGGGTT-AGGGTT
741 AGAGTTTTTA
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 49, Indels: 24
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
113 2 0.01
114 11 0.03
115 1 0.00
116 81 0.24
117 245 0.71
118 4 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.30, T:0.46
Consensus pattern (116 bp):
ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAGGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAAT
TAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:483 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 219--704 Score: 913
Period size: 146 Copynumber: 3.3 Consensus size: 146
209 ATGAAAAATT
* * * *
219 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG-TTTTTAATTAGGTTAGGGTTATGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAA
283 ATTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGT
65 ATTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGT
348 TAGGGTTAAGGTTTGTA
130 TAGGGTTAAGGTTTGTA
365 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAA
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAA
430 TTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGTT
66 TTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGTT
495 AGGGTTAAGGTTTGTA
131 AGGGTTAAGGTTTGTA
511 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAA
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAA
576 TTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGTT
66 TTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGTT
641 AGGGTTAAGGTTTGTA
131 AGGGTTAAGGTTTGTA
657 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGG-TAGGGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTT
705 TTTATTTAAT
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 4, Indels: 3
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
145 7 0.02
146 314 0.94
147 14 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.29, T:0.45
Consensus pattern (146 bp):
ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAA
TTAGGTTGGAGTTAGGGTTTTTAAATGGGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAATTTAGGTT
AGGGTTAAGGTTTGTA
Found at i:644 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 614--727 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 4.5 Consensus size: 23
604 GTTATGTTAG
614 GGTTAGGGTTTTTAATTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAATTTA
637 GGTTAGGGTTAAGGTTTGTAATTAAATTAGGTTA
1 GGTTAGGG-T----TTT-TAATT-AA-T---TTA
*
671 GGGTTAGGGTTTTTTAATTAAGTTA
1 -GGTTAGGG-TTTTTAATTAATTTA
*
696 GG-TAGGGTTTTTATTTAA-TTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAATTTA
717 GGTTAGGGTTT
1 GGTTAGGGTTT
728 AGGGTTAAGG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 2, Indels: 27
0.72 0.02 0.26
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.07
22 18 0.24
23 13 0.17
24 3 0.04
25 3 0.04
28 3 0.04
29 7 0.09
30 7 0.09
31 4 0.05
34 3 0.04
35 10 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.28, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTAATTTA
Found at i:717 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 661--771 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 5.0 Consensus size: 23
651 TTTGTAATTA
*
661 AATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTT
1 AATTAAGTTA-GGTTAGGG-TTTTT
686 AATTAAGTTAGG-TAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTT
* **
708 ATTTAA-TTAGGTTAGGGTTTAG
1 AATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTT
** *
730 GGTTAAG---GGTTAGAGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTT
750 AATTTAA-TTAGGTTAGGGTTTT
1 AA-TTAAGTTAGGTTAGGGTTTT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 14
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.15
21 9 0.13
22 22 0.32
23 16 0.24
24 2 0.03
25 9 0.13
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
AATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTT
Done.