Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold1049

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3136
ACGTcount: A:0.17, C:0.07, G:0.08, T:0.15

Warning! 1677 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:767 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 743--874  Score: 210
    Period size: 19  Copynumber: 6.8  Consensus size: 19

        733 AATTTTTGAG

                               
        743 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                       *       
        762 GATATGCAATCCTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                               
        781 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                                 
        800 GATATATGCAATCTTAGATAT
          1 G--ATATGCAATCTTAGATAT

                               
        821 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                 **   *        
        840 GATATATAATATTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                            
        859 GATATGCAATCTTAGA
          1 GATATGCAATCTTAGA

        875 ATATATGATT


Statistics
Matches: 103,  Mismatches: 8, Indels: 4
        0.90            0.07        0.03

Matches are distributed among these distances:
  19   84  0.82
  21   19  0.18

ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.36


Consensus pattern (19 bp):   
GATATGCAATCTTAGATAT

Found at i:810 original size:59 final size:57

Alignment explanation


    Indices: 743--881  Score: 210
    Period size: 59  Copynumber: 2.4  Consensus size: 57

        733 AATTTTTGAG

                                                       *    *        
        743 GATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCTAGATATGATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCTAGATATGATATACAATATTAGATAT

                                            *             *            
        800 GATATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATATAATATTAGATAT
          1 G--ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCTAGATATGATATACAATATTAGATAT

                                     
        859 GATATGCAATCTTAGA-AT-ATATG
          1 GATATGCAATCTTAGATATGATATG

        882 ATTTTGTAAT


Statistics
Matches: 76,  Mismatches: 4, Indels: 6
        0.88            0.05        0.07

Matches are distributed among these distances:
  55    5  0.07
  56    2  0.03
  57   16  0.21
  59   53  0.70

ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.15, T:0.37


Consensus pattern (57 bp):   
GATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCTAGATATGATATACAATATTAGATAT
Done.