Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold2588

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 541

Length: 903
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.18, T:0.30


Found at i:468 original size:152 final size:152

Alignment explanation


    Indices: 192--478  Score: 574
    Period size: 152  Copynumber: 1.9  Consensus size: 152

        182 GAATATTGAG

                                                                             
        192 GATATTACCGTGATAAAATTTAAAATTCATAATTAAATTGCCGTGATAAAATTTAAAAATTTCTA
          1 GATATTACCGTGATAAAATTTAAAATTCATAATTAAATTGCCGTGATAAAATTTAAAAATTTCTA

                                                                             
        257 AAATGGAGCATACAAAATATGTAAAATTGTGAATGAAGTTAAATAAGTTAAGAAATAATTTTAAA
         66 AAATGGAGCATACAAAATATGTAAAATTGTGAATGAAGTTAAATAAGTTAAGAAATAATTTTAAA

                                  
        322 ACAACATATACTTCCATCTAAC
        131 ACAACATATACTTCCATCTAAC

                                                                             
        344 GATATTACCGTGATAAAATTTAAAATTCATAATTAAATTGCCGTGATAAAATTTAAAAATTTCTA
          1 GATATTACCGTGATAAAATTTAAAATTCATAATTAAATTGCCGTGATAAAATTTAAAAATTTCTA

                                                                             
        409 AAATGGAGCATACAAAATATGTAAAATTGTGAATGAAGTTAAATAAGTTAAGAAATAATTTTAAA
         66 AAATGGAGCATACAAAATATGTAAAATTGTGAATGAAGTTAAATAAGTTAAGAAATAATTTTAAA

                 
        474 ACAAC
        131 ACAAC

        479 TTAAGAAATA


Statistics
Matches: 135,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
 152  135  1.00

ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.11, T:0.32


Consensus pattern (152 bp):   
GATATTACCGTGATAAAATTTAAAATTCATAATTAAATTGCCGTGATAAAATTTAAAAATTTCTA
AAATGGAGCATACAAAATATGTAAAATTGTGAATGAAGTTAAATAAGTTAAGAAATAATTTTAAA
ACAACATATACTTCCATCTAAC

Found at i:491 original size:22 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 456--500  Score: 83
    Period size: 22  Copynumber: 2.0  Consensus size: 23

        446 GTTAAATAAG

                                   
        456 TTAAGAAATAATTTTAAAACAAC
          1 TTAAGAAATAATTTTAAAACAAC

                                   
        479 TTAAGAAAT-ATTTTAAAACAAC
          1 TTAAGAAATAATTTTAAAACAAC

        501 ATATACCTAC


Statistics
Matches: 22,  Mismatches: 0, Indels: 1
        0.96            0.00        0.04

Matches are distributed among these distances:
  22   13  0.59
  23    9  0.41

ACGTcount: A:0.56, C:0.09, G:0.04, T:0.31


Consensus pattern (23 bp):   
TTAAGAAATAATTTTAAAACAAC
Done.