genome.fa.s1843.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  931450

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 323 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5709--5745	16	2.3	16	90	0	56	37	40	5	16	1.71
6802--6835	16	2.1	16	100	0	68	38	0	11	50	1.39
7606--7650	23	2.0	23	90	0	72	17	24	20	37	1.93
10261--10455	37	5.3	37	90	3	295	33	4	14	47	1.64
10299--10362	20	3.3	20	68	27	66	32	6	14	46	1.69
10371--10462	17	5.0	18	68	15	71	34	3	15	46	1.62
10460--10540	9	8.6	9	84	10	108	22	7	29	40	1.81
10460--10541	20	4.3	18	89	6	110	21	7	29	41	1.80
10463--10541	29	2.7	29	90	9	126	20	7	30	41	1.80
12016--12061	22	2.1	21	84	4	56	47	0	0	52	1.00
19521--19992	44	10.9	43	81	7	458	29	16	24	29	1.97
19523--20023	129	3.8	130	79	6	527	29	17	24	28	1.97
19890--19969	39	2.1	39	100	0	160	25	15	28	31	1.95
28449--28732	141	2.0	141	100	0	568	39	5	16	38	1.73
31856--31902	20	2.2	22	85	11	62	0	12	8	78	0.95
31859--31905	13	3.8	12	81	13	51	0	10	10	78	0.96
32891--33049	50	3.3	50	73	13	188	30	24	17	27	1.97
32890--33103	94	2.3	93	95	0	365	31	22	17	28	1.96
32941--33145	44	4.5	44	73	11	155	31	21	17	28	1.96
38559--39664	86	12.9	86	92	1	1564	24	24	23	28	2.00
38559--39664	256	4.3	258	89	2	1555	24	24	23	28	2.00
40879--40918	21	1.9	21	90	10	64	15	15	0	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41306--41399	47	2.0	47	81	6	109	8	13	6	71	1.30
43433--43470	20	1.9	20	94	0	67	15	23	5	55	1.61
46839--47065	29	7.8	29	93	5	363	28	10	19	41	1.84
46839--47065	59	3.9	59	95	2	399	28	10	19	41	1.84
50478--50515	17	2.3	17	90	4	60	28	0	2	68	1.03
50657--50689	12	2.8	12	90	0	57	30	3	0	66	1.06
50722--50755	18	1.9	17	88	5	50	23	2	2	70	1.15
52022--52055	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
58094--58152	30	2.0	30	86	6	84	18	10	23	47	1.79
62691--62970	96	3.0	94	88	3	379	29	17	24	28	1.98
62706--62981	45	6.0	46	82	5	333	29	18	23	28	1.97
63018--63423	173	2.3	172	88	4	575	31	18	23	27	1.97
63139--63251	44	2.6	44	77	5	120	31	20	23	23	1.98
64827--64871	12	3.8	12	88	2	65	28	4	0	66	1.11
64904--64937	18	1.9	17	88	5	50	23	2	2	70	1.15
80983--81042	33	1.9	30	83	10	75	31	1	1	65	1.13
94343--94539	43	4.6	43	79	5	161	38	22	16	22	1.93
94379--94539	86	1.9	85	82	6	200	40	22	14	22	1.90
95205--95283	29	2.7	29	80	11	90	26	12	13	46	1.79
95406--95448	16	2.8	16	83	16	56	13	9	2	74	1.16
95858--95890	11	3.1	11	86	8	50	48	0	0	51	1.00
100557--100582	12	2.2	12	100	0	52	73	0	26	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101122--102345	50	24.6	49	70	5	693	24	21	21	32	1.98
101122--102345	100	12.3	100	87	1	1657	24	21	21	32	1.98
103601--103650	13	4.0	13	80	15	52	16	12	0	72	1.13
103601--103638	7	5.6	7	82	17	53	15	13	0	71	1.16
104446--104471	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
126399--126985	285	2.1	285	99	0	1165	32	12	21	33	1.91
127528--127568	21	2.0	21	100	0	82	12	9	9	68	1.40
128573--128699	58	2.2	58	87	2	175	42	0	6	51	1.27
136243--136291	13	3.8	13	91	5	64	57	10	0	32	1.32
136998--137037	21	1.9	21	84	0	53	32	0	22	45	1.53
137307--137359	24	2.2	24	86	6	72	37	5	7	49	1.55
141140--141181	18	2.3	18	100	0	84	23	21	19	35	1.96
146161--146239	20	4.0	20	70	15	56	13	29	17	39	1.89
153458--153490	6	5.7	6	92	7	59	15	0	0	84	0.61
156527--156588	25	2.4	26	84	7	74	37	19	24	19	1.94
157297--157368	25	2.8	27	77	10	78	16	20	20	41	1.90
157302--157375	26	2.9	26	82	6	80	18	20	21	39	1.93
165870--165908	6	6.3	6	82	5	51	61	0	0	38	0.96
167032--167105	31	2.3	32	84	6	98	16	20	17	45	1.85
178422--178455	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
182160--182199	20	2.0	20	90	0	62	30	20	15	35	1.93
190207--190513	89	3.4	90	89	2	447	30	18	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190465--190665	89	2.3	89	83	3	244	31	18	24	25	1.98
190247--190837	222	2.6	222	85	2	727	30	18	24	26	1.98
190527--190703	89	2.0	89	86	2	248	30	19	23	25	1.98
190419--190701	133	2.1	133	80	1	289	31	18	24	25	1.98
191954--192141	93	2.0	94	97	2	360	20	29	33	15	1.94
192580--192619	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
195472--195593	63	1.9	64	81	1	147	52	4	7	36	1.49
198818--199173	43	8.3	43	85	2	457	30	32	18	19	1.95
198810--199177	171	2.2	171	85	3	499	30	31	17	20	1.96
204398--204448	15	3.2	17	84	15	74	35	49	0	15	1.45
204398--204448	8	6.5	8	86	8	70	35	49	0	15	1.45
204372--204445	7	9.9	7	85	7	67	33	47	1	17	1.56
204677--204748	33	2.2	33	87	0	99	34	43	4	18	1.69
204807--204838	15	2.1	16	94	5	57	46	31	0	21	1.52
204610--204840	115	2.0	114	83	5	284	42	30	1	25	1.63
205565--205699	40	3.4	39	81	8	139	19	21	21	37	1.94
205585--205701	40	3.0	40	84	2	148	21	21	20	36	1.95
207235--207300	25	2.5	28	74	18	70	19	31	0	48	1.49
210593--212595	988	2.0	951	89	6	2870	36	15	14	33	1.88
223845--223945	43	2.4	43	96	3	188	42	16	13	26	1.86
225762--225819	30	1.9	30	96	0	107	46	18	13	20	1.83
227083--227128	25	1.9	23	83	16	58	36	4	6	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228224--228293	31	2.3	30	80	11	79	41	17	0	41	1.49
228241--228301	31	2.0	31	90	6	97	37	19	1	40	1.62
234040--234131	46	2.0	46	95	0	166	36	8	25	29	1.86
238951--238984	16	2.1	16	94	0	59	47	2	17	32	1.63
240095--240186	46	2.0	46	95	0	166	36	8	25	29	1.86
245898--245977	40	2.0	40	100	0	160	25	15	25	35	1.94
248409--248474	17	3.8	17	81	16	55	34	0	1	63	1.04
248418--248474	17	3.2	17	84	15	80	33	0	1	64	1.04
252468--252583	44	2.7	43	75	13	114	30	31	18	20	1.96
254614--254663	25	2.2	21	86	13	64	58	0	4	38	1.17
256229--256306	38	2.0	39	97	2	149	25	10	5	58	1.51
256856--256905	11	3.9	13	80	17	52	58	0	0	42	0.98
258858--258932	23	3.3	23	92	0	123	34	26	21	17	1.95
259020--259048	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
260075--260178	50	2.1	50	92	0	172	23	16	30	29	1.96
262426--262622	101	2.0	101	87	0	286	33	15	27	23	1.95
269331--269390	19	3.2	19	80	2	77	38	1	3	56	1.26
269477--269514	9	4.2	9	80	12	51	31	10	10	47	1.72
271852--271889	9	4.2	9	80	12	51	31	10	10	47	1.72
277862--277990	40	3.3	39	79	7	134	26	13	12	48	1.77
279689--280065	188	2.0	189	99	0	747	42	10	9	38	1.71
280073--280130	29	2.1	28	84	9	75	63	3	1	31	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281419--281465	17	2.7	17	81	12	60	25	4	2	68	1.19
281517--281558	20	2.2	20	86	4	59	28	4	4	61	1.36
296285--296378	25	3.8	24	75	13	75	29	18	26	25	1.98
296298--296378	25	3.2	24	75	19	85	32	18	27	22	1.97
298510--298543	7	4.9	7	100	0	68	29	0	55	14	1.40
304728--304766	3	13.0	3	83	0	51	61	2	5	30	1.31
304719--304766	15	3.3	15	88	2	71	62	2	6	29	1.31
306145--306197	27	2.0	27	100	0	106	30	32	18	18	1.96
306554--307032	44	10.7	44	70	13	219	28	21	19	30	1.98
307053--307225	89	1.9	89	94	0	301	24	24	24	26	2.00

Tables:   1   2   3