Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold2469
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 562
Length: 937
ACGTcount: A:0.12, C:0.08, G:0.40, T:0.40
Found at i:252 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 242--937 Score: 298
Period size: 7 Copynumber: 95.7 Consensus size: 7
232 GTTTCTTTTT
242 GGGTTTG
1 GGGTTTG
249 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
*
257 GGG-TTA
1 GGGTTTG
*
263 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
270 GGTTTTG
1 GGGTTTG
*
277 GGGTTAG
1 GGGTTTG
** *
284 TGTTTTTA
1 -GGGTTTG
292 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
299 GGGTTAG
1 GGGTTTG
*
306 TGGTTTG
1 GGGTTTG
**
313 GGG-AAG
1 GGGTTTG
319 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
*
327 GGTTTTG
1 GGGTTTG
334 GGG-TTG
1 GGGTTTG
340 GGGTTT-
1 GGGTTTG
346 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
*
354 GGG-TTA
1 GGGTTTG
360 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
368 GGGTTTG
1 GGGTTTG
375 GGGTTGTAG
1 GGGTT-T-G
* *
384 GGCTTGG
1 GGGTTTG
*
391 GGGTCTGG
1 GGGT-TTG
*
399 GGGTCTAG
1 GGGT-TTG
407 GGGTTAT-
1 GGGTT-TG
*
414 GGGTTAG
1 GGGTTTG
421 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
428 GGGTTTC
1 GGGTTTG
**
435 GGGTTCC
1 GGGTTTG
442 GGGTTCTG
1 GGGTT-TG
*
450 GGTTTTG
1 GGGTTTG
* *
457 GGTTTTA
1 GGGTTTG
*
464 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
471 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
478 GGGTCTTA
1 GGGT-TTG
* *
486 GCGTCTTA
1 GGGT-TTG
*
494 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
501 GGGTCTTA
1 GGGT-TTG
*
509 GGGTCTTA
1 GGGT-TTG
*
517 GGGTCTTAA
1 GGGT-TT-G
* *
526 GGTTTTA
1 GGGTTTG
533 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
*
541 GGGTTAG
1 GGGTTTG
*
548 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
555 GGGTTTA
1 GGGTTTG
562 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
569 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTG
578 GGGTTTG
1 GGGTTTG
585 GGGTTTG
1 GGGTTTG
592 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
599 GAGTTTTG
1 G-GGTTTG
*
607 GGTTTTG
1 GGGTTTG
*
614 GGTTTTG
1 GGGTTTG
* *
621 GGTTTTT
1 GGGTTTG
*
628 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
635 GGGTTTA
1 GGGTTTG
642 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
**
650 GATTTTAG
1 GGGTTT-G
* *
658 GGTTTTA
1 GGGTTTG
* *
665 GTGTTTA
1 GGGTTTG
*
672 GGGTTTA
1 GGGTTTG
679 GGG-TTG
1 GGGTTTG
685 GGGTTTTTAG
1 GGG--TTT-G
* *
695 GGTTTTTA
1 GG-GTTTG
*
703 GGGTTCG
1 GGGTTTG
710 GGGTTTG
1 GGGTTTG
717 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
*
725 GGTTTTAG
1 GGGTTT-G
*
733 GGTTTTG
1 GGGTTTG
740 GGGTTTG
1 GGGTTTG
747 GGGTTTG
1 GGGTTTG
754 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
* *
762 GGTTTTA
1 GGGTTTG
*
769 GTGTTTG
1 GGGTTTG
*
776 GGGTTTA
1 GGGTTTG
783 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
790 GGG-TCG
1 GGGTTTG
*
796 AGGGTTTTA
1 -GGG-TTTG
*
805 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
812 GGGTTTA
1 GGGTTTG
819 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
* *
827 GGTTTTA
1 GGGTTTG
*
834 GGGTTTA
1 GGGTTTG
841 GGG-TTG
1 GGGTTTG
*
847 GGGTTTTA
1 GGG-TTTG
* *
855 AGGTTTA
1 GGGTTTG
*
862 GGGTTTA
1 GGGTTTG
869 GGGTTTAG
1 GGGTTT-G
**
877 GGGTTAA
1 GGGTTTG
884 GGG-TTG
1 GGGTTTG
*
890 AGGG-GTG
1 -GGGTTTG
897 AGGGTTTG
1 -GGGTTTG
905 GGGTTTG
1 GGGTTTG
912 GGGTTTG
1 GGGTTTG
919 GGGTTTG
1 GGGTTTG
926 GGGTTTG
1 GGGTTTG
933 GGGTT
1 GGGTT
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 96, Indels: 80
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
6 35 0.06
7 357 0.65
8 137 0.25
9 21 0.04
10 3 0.01
ACGTcount: A:0.09, C:0.02, G:0.46, T:0.42
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTG
Found at i:298 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 264--930 Score: 121
Period size: 22 Copynumber: 30.9 Consensus size: 21
254 TAGGGGTTAG
*
264 GGTTTAGGTTTTGGGGTTAGT
1 GGTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
*
285 GTTTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
1 G-GTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
***
307 GGTTT-GGGGAAGGGGTTTAG-
1 GGTTTAGGGTTTGGGG-TTAGT
* * *
327 GGTTTTGGGGTTGGGGTTTG-
1 GGTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
* * *
347 GGTTTAGGGGTTAGGGTTTAGG
1 GGTTTA-GGGTTTGGGGTTAGT
* * * *
369 GGTTTGGGGTTGTAGGGCTTGGG
1 GGTTTAGGGTT-T-GGGGTTAGT
** *
392 GGTCTGGGGGTCTAGGGGTTA-T
1 GGT-TTAGGGT-TTGGGGTTAGT
* *
414 GGGTTAGGGGTTTGGGGTTTCG-
1 GGTTTA-GGGTTTGGGG-TTAGT
** * *
436 GGTTCCGGGTTCTGGGTTTTG-
1 GGTTTAGGGTT-TGGGGTTAGT
*
457 GGTTTTAGGGTTTAGGGTTTAG-
1 GG-TTTAGGGTTT-GGGGTTAGT
* *
479 GGTCTTAGCGTCTTAGGGTTTAG-
1 GGT-TTAGGGT-TT-GGGGTTAGT
*
502 GGTCTTAGGGTCTTAGGGTCTTAAG-
1 GGT-TTAGGGT-TT-GGG-GTT-AGT
* *
527 GTTTTAGGGTTTAGGGGTTAGG
1 GGTTTAGGGTTT-GGGGTTAGT
* * *
549 GGTTTAGGGTTTAGGGTTTGG
1 GGTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
* *
570 GGTTTTTAGGGTTTGGGGTTTGG
1 GG--TTTAGGGTTTGGGGTTAGT
* *
593 GGTTT-GGAGTTTTGGGTT-TT
1 GGTTTAGG-GTTTGGGGTTAGT
* *
613 GGGTTTTGGGTTTTTGGGTTTAG-
1 -GGTTTAGGG--TTTGGGGTTAGT
**
636 GGTTTAGGGTTTAGGATTTTAG-
1 GGTTTAGGGTTT-GG-GGTTAGT
* *
658 GGTTTTAGTGTTTAGGGTTTAG-
1 GG-TTTAGGGTTT-GGGGTTAGT
*
680 GG-TTGGGGTTT----TTAG-
1 GGTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
* * *
695 GGTTTTTAGGGTTCGGGGTTTGG
1 GG--TTTAGGGTTTGGGGTTAGT
* * *
718 GGTTTAGGGTTTTAGGGTTTTGG
1 GGTTTAGGG-TTT-GGGGTTAGT
*
741 GGTTTGGGGTTTGGGGTTTAG-
1 GGTTTAGGGTTTGGGG-TTAGT
*
762 GGTTTTAGTGTTTGGGGTTTAG-
1 GG-TTTAGGGTTTGGGG-TTAGT
* *
784 GGTTT-GGGGTCGAGGGTTTTAG-
1 GGTTTAGGGTTTG-GGG--TTAGT
*
806 GGTTTAGGGTTTAGGGTTTAG-
1 GGTTTAGGGTTT-GGGGTTAGT
* *
827 GGTTTTAGGGTTTAGGGTT-GG
1 GG-TTTAGGGTTTGGGGTTAGT
* *
848 GGTTTTAAGGTTTAGGGTTTAG-
1 GG-TTTAGGGTTT-GGGGTTAGT
**
870 GGTTTAGGGGTTAAGGGTTGAG-
1 GGTTTA-GGGTTTGGGGTT-AGT
* * * *
892 GGGTGAGGGTTTGGGGTTTGG
1 GGTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
*
913 GGTTTGGGGTTTGGGGTT
1 GGTTTAGGGTTTGGGGTT
931 TGGGGTT
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 90, Indels: 108
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.01
18 7 0.01
20 38 0.08
21 153 0.30
22 164 0.33
23 113 0.23
24 16 0.03
25 5 0.01
ACGTcount: A:0.09, C:0.02, G:0.46, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
GGTTTAGGGTTTGGGGTTAGT
Found at i:331 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 288--379 Score: 107
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
278 GGTTAGTGTT
*
288 TTTAGGGTTTGGGGTTAGTGGTTTGGG-GAAGGGG
1 TTTAGGGTTTGGGGTT-GGGGTTTGGGTGAAGGGG
**
322 TTTAGGGTTTTGGGGTTGGGGTTTGGGTTTAGGGG
1 TTTAGGG-TTTGGGGTTGGGGTTTGGGTGAAGGGG
357 -TTAGGGTTTAGGGGTTTGGGGTT
1 TTTAGGGTTT-GGGG-TTGGGGTT
380 GTAGGGCTTG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 7
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
33 3 0.06
34 26 0.51
35 22 0.43
ACGTcount: A:0.09, C:0.00, G:0.51, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
TTTAGGGTTTGGGGTTGGGGTTTGGGTGAAGGGG
Found at i:407 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 353--425 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
343 TTTGGGTTTA
* *
353 GGGGTTAGGGTTTAGGGGTTTG
1 GGGGTTAGGGCTTAGGGGTCTG
* *
375 GGGTTGTAGGGCTTGGGGGTCTG
1 GGGGT-TAGGGCTTAGGGGTCTG
* * *
398 GGGGTCTAGGGGTTATGGGT-TA
1 GGGGT-TAGGGCTTAGGGGTCTG
420 GGGGTT
1 GGGGTT
426 TGGGGTTTCG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 10, Indels: 3
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.03
22 10 0.25
23 29 0.73
ACGTcount: A:0.08, C:0.04, G:0.55, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
GGGGTTAGGGCTTAGGGGTCTG
Done.